CN113215285B

CN113215285B - 影响猪生长性状的snp标记

Info

Publication number: CN113215285B
Application number: CN202110698439.6A
Authority: CN
Inventors: 黄路生; 麻骏武; 李景; 杨斌; 郭源梅; 肖石军
Original assignee: Jiangxi Agricultural University
Current assignee: Jiangxi Agricultural University
Priority date: 2021-05-25
Filing date: 2021-06-23
Publication date: 2022-04-26
Anticipated expiration: 2041-06-23
Also published as: CN113215285A

Abstract

本发明提供了影响猪生长性状的SNP标记。所述SNP标记包括如下SNP标记中的至少一种：含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID Nos.1至9所示，所述SNP标记分别位于各序列上的从5’端起的第301位点，并依次为T或C、T或G、G或C、G或A、A或G、G或A、A或C、T或C、T或C。

Description

影响猪生长性状的SNP标记

技术领域

本发明提供了影响猪生长性状的SNP标记，特别是影响猪胴体直长、胴体斜长等生长性状的SNP标记。

背景技术

我国是农业大国，畜牧业为农业的重要支柱，而猪乃六畜之首。因此在中国对猪种进行选育不仅能增加企业的经济效益更能稳定民生。生长性状是猪经济性状中的重要指标，它主要包括猪胴体直长、胴体斜长、胴体重等。生长性状主要受遗传影响，目前很多研究发现了猪生长性状的QTL(quantitative trait locus，数量性状位点)，但仍未找到影响胴体直长、斜长、体重等的因果突变位点，同时也鲜有研究对杜长大商品猪进行生长性状的遗传分析。目前，在中国猪业市场，主要以杜长大商品猪为主，每年出栏近7亿头杜长大商品猪。而每增加1cm体长就会增加近1kg体重，将直接增加近100亿经济效益。因此对杜长大猪体长进行选育尤为重要。

发明内容

本发明之一提供了一种猪的SNP标记，所述SNP标记包括如下SNP标记中的至少一种：

(I)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.1所示，所述SNP标记位于SEQ IDNo.1上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15626425位点，为T或C；

(II)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.2所示，所述SNP标记位于SEQID No.2上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15318066位点，为T或G；

(III)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.3所示，所述的SNP标记位于SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15362358位点，为G或C；

(IV)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.4所示，所述SNP标记位于SEQID No.4上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15486492位点，为G或A；

(V)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.5所示，所述SNP标记位于SEQ IDNo.5上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15546300位点，为A或G；

(VI)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.6所示，所述SNP标记位于SEQID No.6上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15396970位点，为G或A；

(VII)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.7所示，所述SNP标记位于SEQID No.7上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15650146位点，为A或C；

(VIII)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.8所示，所述SNP标记位于SEQID No.8上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15650489位点，为T或C；

(IX)含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.9所示，所述SNP标记位于SEQID No.9上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15653560位点，为T或C。

在一个具体实施方式中，所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种。

在一个具体实施方式中，所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、杜洛克猪和长白猪的杂交猪，杜洛克猪和大白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

本发明之二提供了本发明之一所述的SNP标记在确定猪的胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长的至少一种中的应用。

本发明之三提供了一种猪的遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如本发明之一所述的SNP标记，并根据所述SNP标记做出相应的选择：

对于(I)，在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点为T/T和T/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；优选在所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点为T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/C和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；

对于(II)，在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点为G/G和T/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；优选在所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点为G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/G和T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；

对于(III)，在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点为G/G和G/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；优选在所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点为G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/C和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；

对于(IV)，在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.4上的从5’端起的第301位点为G/G和G/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；优选在所述SEQ ID No.4上的从5’端起的第301位点为G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/A和A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；

对于(V)，所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.5上的从5’端起的第301位点为A/A和A/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；优选在所述SEQ ID No.5上的从5’端起的第301位点为A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/G和G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；

对于(VI)，所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.6上的从5’端起的第301位点为G/G和G/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；优选在所述SEQ ID No.6上的从5’端起的第98167490位点为G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/A和A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；

对于(VII)，所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.7上的从5’端起的第301位点为A/A和A/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；优选在所述SEQ ID No.7上的从5’端起的第301位点为A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/C和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；

对于(VIII)，所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.8上的从5’端起的第301位点为T/T和T/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；优选在所述SEQ ID No.8上的从5’端起的第301位点为T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/C和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；

对于(IX)，所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No.9上的从5’端起的第301位点为T/T和T/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；优选在所述SEQ ID No.9上的从5’端起的第301位点为T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/C和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率。

在一个具体实施方式中，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如本发明之一所述的SNP标记，其中所述核酸的序列选自如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ IDNo.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ ID No.7、SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示中的至少一种。

本发明之四提供了一种确定猪的生长性状优劣的方法，所述方法包括：确定所述猪的如本发明之一所述的SNP标记，并根据所述SNP标记确定所述猪的生长性状：

对于(I)，所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：T/T基因型、T/C基因型和C/C基因型；

对于(II)，所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.2上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：G/G基因型、T/G基因型和T/T基因型；

对于(III)，所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.3上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：G/G基因型、G/C基因型和C/C基因型；

对于(IV)，所述的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.4上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：G/G基因型、G/A基因型和A/A基因型；

对于(V)，所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.5上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：A/A基因型、A/G基因型和G/G基因型；

对于(VI)，所述的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.6上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：G/G基因型、G/A基因型和A/A基因型；

对于(VII)，所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.7上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：A/A基因型、A/C基因型和C/C基因型；

对于(VIII)，所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.8上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：T/T基因型、T/C基因型和C/C基因型；

对于(IX)，所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No.9上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：T/T基因型、T/C基因型和C/C基因型；

其中，所述生长性状包括猪的胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长的至少一种，且长的猪胴体直体长优于短的猪胴体直体长，长的猪胴体斜长优于短的猪胴体斜长，重的猪胴体重优于轻的猪胴体重，薄的猪背膘厚优于厚的猪背膘厚，长的猪胸椎总长优于短的胸椎总长，长的猪颈椎总长优于短的颈椎总长。

在一个具体实施方式中，利用分析所述猪的核酸序列来确定所述猪的如本发明之一所述的SNP标记，其中所述核酸的序列选自如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ ID No.7、SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示中的至少一种。

本发明之五提供了一种改善猪的生长性状的猪新品系和/或猪新品种建立的方法，其包括如下步骤：对于如本发明之一所述SNP标记的基因型为

(I)T/C或C/C的猪，通过定点突变将其中的T/C和C/C突变为T/T基因型；

(II)T/G或T/T的猪，通过定点突变将其中的T/G和G/G突变为G/G基因型；

(III)G/C或C/C的猪，通过定点突变将其中的G/C和C/C突变为G/G基因型；

(IV)G/A或A/A的猪，通过定点突变将其中的G/A和A/A突变为G/G基因型；

(V)A/G或G/G的猪，通过定点突变将其中的A/G和G/G突变为A/A基因型；

(VI)G/A或A/A的猪，通过定点突变将其中的G/A和A/A突变为G/G基因型；

(VII)A/C或C/C的猪，通过定点突变将其中的A/C和C/C突变为A/A基因型；

(VIII)T/C或C/C的猪，通过定点突变将其中的T/C和C/C突变为T/T基因型；

(IX)T/C或C/C的猪，通过定点突变将其中的T/C和C/C突变为T/T基因型；

在一个具体实施方式中，利用转基因的方法或基因编辑的方法进行突变。

在一个具体实施方式中，利用CRISPR/Cas9的基因编辑方法进行突变。

本发明的有益效果：

本发明的SNP标记与猪的生长性状(包括胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长)密切相关，因此可以通过本发明的SNP标记中的至少一个来检测猪的相关指标，或者通过这些SNP标记中的至少一个来进行遗传改良。

附图说明

图1显示了imputation后QTL区域内关联性分析结果。

图2显示了ps15626425与周边SNPs连锁不平衡程度(LD)的分析结果。

具体实施方式

下面结合实施例对本发明作进一步说明，但本发明实施例仅为示例性的说明，该实施方式无论在任何情况下均不构成对本发明的限定。

本发明中使用的杜长大猪指的是以长白猪为父本，以大白猪为母本杂交后的母猪再与杜洛克公猪杂交的后代。

实施例1

1、基因填充方法(imputation)分析

利用本实验室杜长大猪进行一代测序的500个个体的基因型数据和NationalCenter for Biotechnology Information(NCBI)下载的561个杜长大猪个体的重测序数据，使用Beagle(4.1)软件在17号染色体14.5-16.6Mb的体长QTL(quantitative traitlocus)区域构建影响杜长大体长的单倍型，从而得到QTL区域内的所有SNP基因型。根据Beagle(4.1)软件计算，最终得到56216个SNPs基因型。其中，基因型准确率大于0.9的SNPs为4643个。

2、数据及个体质量控制

用PLINK v1.07对第1小节获得的4643个SNPs基因型数据和本实验室测序的500个个体的80个基因型数据进行质量控制：剔除基因型检出率<97％或次等位基因频率(minorallele frequency，MAF)<0.1的SNP，结果在14.5-16.6Mb的QTL区域内的4723个SNPs剩下3888个SNPs；接着对500个个体进行排除，即排除检出率<90％的个体或家系孟德尔错误率高于0.1的个体，结果本实验室测序的500个个体的基因型数据均符合检测要求，故该500个个体全部用于数据分析。

3、基因型填充后区域关联分析结果

通过PLINK v1.07软件对区域内3888个SNPs与500头杜长大猪的胴体长做区域关联分析，即准备含有基因型位置的map文件、基因型类型的ped文件和含有表型的txt文件。程序代码为--file文件、--pheno表型文件、--all-pheno、--linear、--adjust、--out输出文件。结果显示，在猪的17号染色体上存在多个与杜长大猪胴直长和胴体斜长著相关的位点，且相关性P值都非常高，在以下表1中列出了显著性居前9位的9个位点，其中，与胴体直长和胴体斜长最相关的位点为ps15626425，此位点对应于国际猪基因组参考序列(11.1版本)17号染色体上的15626425bp，且该位点的P值(3.07E-29)明显高于其他位点(图1)。

表1.关联分析最显著的9个SNP位点信息及相关性P值

通过利用PLINK v1.07软件对9个SNP位点与500头杜长大猪胴体直长、斜长、体重、背膘厚进行关联(相关性)分析，以及与具有腰椎数和颈椎总长的表型的206头杜长大猪的胸椎总长、颈椎总长也同样关联分析，结果见表2至10。

根据表2可知，(1)ps15626425位点其CT基因型个体较CC型个体胴体直长长近6.28cm，胴体斜长长4.79cm，胴体重增加近9.27kg，背膘厚增加0.06cm，胸椎总长增加1cm，颈椎总长增加0.77cm。

根据表3可知，(2)ps15318066位点其TG基因型个体较TT型个体胴体直长长近5.66cm，胴体斜长长4.29cm，胴体重增加近7.08kg，背膘厚未变化，胸椎总长增加0.01cm，颈椎总长增加1.11cm。

根据表4可知，(3)ps15362358位点其GC基因型个体较CC型个体胴体直长长近5.65cm，胴体斜长长4.32cm，胴体重增加近7.17kg，背膘厚未变化，胸椎总长增加1.01cm，颈椎总长增加1.08cm。

根据表5可知，(4)ps15486492位点其AG基因型个体较AA型个体胴体直长长近5.48cm，胴体斜长长4.06cm，胴体重增加近7.33kg，背膘厚未变化，胸椎总长增加0.87cm，颈椎总长增加0.02cm。

根据表6可知，(5)ps15546300位点其AG基因型个体较GG型个体胴体直长长近5.74cm，胴体斜长长4.39cm，胴体重增加近8.07kg，背膘厚增加0.03cm，胸椎总长增加0.82cm，颈椎总长增加0.95cm。

根据表7可知，(6)ps15396970位点其AG基因型个体较AA型个体胴体直长长近6.70cm，胴体斜长长5.05cm，胴体重增加近10.1kg，背膘厚增加0.06cm，胸椎总长增加0.35cm，颈椎总长增加0.53cm。

根据表8可知，(7)ps15650146位点其AC基因型个体较CC型个体胴体直长长近5.42cm，胴体斜长长4.07cm，胴体重增加近7.84kg，背膘厚增加0.04cm，胸椎总长增加0.74cm，颈椎总长增加0.58cm。

根据表9可知，(8)ps15650489位点其CT基因型个体较CC型个体胴体直长长近5.42cm，胴体斜长长4.07cm，胴体重增加近7.84kg，背膘厚增加0.04cm，胸椎总长增加0.79cm，颈椎总长增加0.62cm。

根据表10可知，(9)ps15653560位点其TC基因型个体较CC型个体胴体直长长近5.41cm，胴体斜长长4.05cm，胴体重增加近7.84kg，背膘厚增加0.04cm，胸椎总长增加0.79cm，颈椎总长增加0.64cm。

因此利用此标记进行选育，同时可影响胴体斜长、体重、背膘厚、胸椎总长、颈椎总长等性状，因此具有重大的经济效益。

表2.SNP ps15626425对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

表3.SNP ps15318066对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

表4.SNP ps15362358对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

表5.SNP ps15486492对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

表6.SNP ps15546300对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

表7.SNP ps15396970对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

表8.SNP ps15650146对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

表9.SNP ps15650489对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

表10.SNP ps15653560对表型极端的杜长大猪生长性状的影响效应

4、连锁不平衡(LD)分析

采用Haploview version4.1分析软件构建单倍型框的方法对ps15626425与周边SNPs连锁不平衡程度(LD)进行分析，结果见图2。结果显示显著性SNP与周围SNPs连锁程度不高，没有形成一个明显的单倍型框。表示每个SNP位点都可以单独作为育种位点进行选育或者所有位点同时进行选育。

实施例2

本实施例对实施例1中得到的与猪的有关生长性状显著性关联的9个位点进行扩大群体验证分析，以确定影响有关生长性状的9个SNPs位点是否在更大的群体中同样有效果，即扩大到总计1515头杜长大猪群体(包括实施例1中的500个个体)中进行验证。其中，1515个个体来自于不同时期屠宰、不同猪场的群体。

将1515头杜长大猪中的每个个体的9个SNPs位点进行测序，通过PLINK v1.07软件对9个SNPs与1515头杜长大猪的胴体直长做区域关联分析，即准备含有基因型位置的map文件、基因型类型的ped文件和含有表型的txt文件。程序代码为--file文件、--pheno表型文件、--all-pheno、--linear、--adjust、--out输出文件。结果见表11。从结果可以看出，尽管这1515个个体来自于不同时期屠宰、不同猪场的群体，但其关联分析的结果发现ps15626425与胴体直长关联性(P值)达到5.80×10^-24；9个SNPs位点的显著性都小于1.34×10^-13。在生物统计学意义上，当SNP位点与表型的关联性达到1×10^-5，认为该位点与表型存在相关性，可见，ps15626425位点等9个SNPs标记与扩大范围的1515个猪胴体直长的关联性极其显著，而且在例如ps15626425位点的有利等位基因T可增加约3.02cm的胴体直长(TC比CC)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.23(基因频率计算方法为：(TT×2+CT)/(CC+CT+TT)×2)(表12)，ps15318066位点的有利等位基因G可增加约3.12cm的胴体直长(GT比TT)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.18(基因频率计算方法为：(GG×2+GT)/(GG+GT+TT)×2)(表12)，ps15362358位点的有利等位基因G可增加约3.13cm的胴体直长(CG比CC)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.18(基因频率计算方法为：(GG×2+CG)/(GG+CG+CC)×2)(表12)，ps15486492位点的有利等位基因G可增加约2.88cm的胴体直长(AG比AA)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.18(基因频率计算方法为：(GG×2+AG)/(GG+AG+AA)×2)(表12)，ps15546300位点的有利等位基因A可增加约2.95cm的胴体直长(AG比GG)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.18(基因频率计算方法为：(AA×2+AG)/(GG+AG+AA)×2)(表12)，ps15396970位点的有利等位基因G可增加约2.58cm的胴体直长(AG比AA)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.29(基因频率计算方法为：(GG×2+AG)/(GG+AG+AA)×2)(表12)，ps15650146位点的有利等位基因A可增加约2.26cm的胴体直长(AC比CC)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.29(基因频率计算方法为：(AA×2+AC)/(CC+AC+AA)×2)(表12)，ps15650489位点的有利等位基因T可增加约2.25cm的胴体直长(CT比CC)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.29(基因频率计算方法为：(TT×2+CT)/(CC+CT+TT)×2)(表12)，ps15653560位点的有利等位基因T可增加约2.29cm的胴体直长(CT比CC)，但其在杜长大猪中的频率仅为0.29(基因频率计算方法为：(TT×2+CT)/(CC+CT+TT)×2)(表12)。因此9个SNP位点都具有非常大的选育空间。

表11.关联分析最显著的9个SNP在扩大群体中的相关性

表12.9个SNP对所有杜长大猪胴体直长的影响效应

实施例3

本实施例目的在于评估实施例2中的9个SNP标记与长白和大白纯种猪的生长性状的相关性，以便分析有利等位基因来自的纯种品，同时为生长性状分子选育提供理论与技术支持。

对299头纯种大白猪和287头纯种长白猪成年样本利用一代测序对9个SNP位点进行基因分型检测，对各头的活体体长进行测量然后计算平均值，结果见表13至21。

根据表13可知：ps15626425位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.17，有利等位基因能提高1.24cm活体体长(TC比CC)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.87，且有利等位基因具有提高3.74cm活体体长的作用(TC比CC)。

根据表14可知：ps15318066位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.09，有利等位基因能提高0.88cm活体体长(TG比TT)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.69，且有利等位基因具有提高2cm活体体长的作用(TG比TT)。

根据表15可知：ps15362358位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.06，有利等位基因能提高2.4cm活体体长(CG比CC)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.93，且有利等位基因具有提高2cm活体体长的作用(CG比CC)。

根据表16可知：ps15486492位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.06，有利等位基因能提高2.54cm活体体长(AG比AA)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.69，且有利等位基因具有提高2cm活体体长的作用(AG比AA)。

根据表17可知：ps15546300位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.07，有利等位基因能提高2.75cm活体体长(AG比GG)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.69，且有利等位基因具有提高2cm活体体长的作用(AG比GG)。

根据表18可知：ps15396970位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.18，有利等位基因能提高1.35cm活体体长(AG比AA)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.86，且有利等位基因具有提高3.75cm活体体长的作用(AG比AA)。

根据表19可知：ps15650146位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.31，有利等位基因能提高0.9cm活体体长(CA比CC)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.92，等位基因A具有提高1.3cm活体体长的作用(AA比CA)。

根据表20可知：ps15650189位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.31，有利等位基因能提高0.9cm活体体长(CT比CC)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.92，等位基因T提高1.24cm活体体长的作用(TT比CT)。

根据表21可知：ps15653560位点在纯种大白中存在分离，且有利等位基因频率较低，仅为0.31，有利等位基因能提高0.9cm活体体长(CT比CC)；在长白中同样存在分离，其有利等位基因频率较高，达到0.92，等位基因T提高1.3cm活体体长的作用(TT比CT)。

由以上结果可知，该9个SNP标记位点均能显著增加大白猪和长白猪的活体体长，因此，适用于这两个品种及含它们血缘的猪种的体长选育。不过，在现有群体中9个SNPs位点增长活体体长的有利等位基因型来自长白的频率较高，而来自大白的频率较低，因而，对大白进行选育的空间更大。

表13.SNP ps15626425对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

表14.SNP ps15318066对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

表15.SNP ps15362358对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

表16.SNP ps15486492对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

表17.SNP ps15546300对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

表18.SNP ps15396970对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

表19.SNP ps15650146对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

表20.SNP ps15650489对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

表21.SNP ps15653560对大白长白纯种猪活体体长的影响效应

虽然本发明已经参照具体实施方式进行了描述，但是本领域的技术人员应该理解在没有脱离本发明的真正的精神和范围的情况下，可以进行的各种改变。此外，可以对本发明的主体、精神和范围进行多种改变以适应特定的情形、材料、材料组合物和方法。所有的这些改变均包括在本发明的权利要求的范围内。

序列表

<110> 江西农业大学

<120> 影响猪生长性状的SNP标记

<130> LHA2160054

<160> 9

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 1

ccagggcatg taagtgggcc ctttatactt ctgtgttcaa atgagtttgt aaatgaagtc 60

ttttgatatt ttctccaaat gaggttgtga atataagtgc actgctgcag aggtcaaagg 120

tgaatccaaa gatgttcatt ccacaagttt aaacttgtgt ccttttatct gaaccatata 180

atctctaatg aagtgatata atttatgaat attttatgaa taaatgtatt aactttatga 240

ctatcatatt gcattgtgtt ttaaaattaa aaatattacc atgttcaagg taaatctcaa 300

caatattttg cagtttttta atcaaatgat aacatttaaa aaatgttcac atggaaactt 360

taaaaaagga agcatgttaa gctttttctg accatgatct tgcctgctta acccaggaaa 420

ttattctttt gacatcatga acacagactt cctaattagt ccaaaaattt attattaaca 480

agtaagtata aaccctcatt aagtccagcc tttcctaact taatttagaa aatttaggac 540

ccattggata taatatttat tgacacaaaa taattaacat ttcttcctca atgcacttct 600

t 601

<210> 2

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 2

gaatggactt ttgttttaaa gattctctgc catcttaatt tatttatgca gttgcttttg 60

tgtgtgtgtg tgtgtgtatg gtgaggaata atgactttgg gagaaatatt ccaaacgtgg 120

tgctataaac aatggtatgg gttttggatc aactgattgg aggatttttc acaccaatgt 180

tgagaaacat ttgtcagcaa aaaaatcagg tacgctcata gaaagtttgt ttgcatagga 240

tcctaaagca aagaattcca gactgagttt gataagacat gtctacctag ttcatttccc 300

tgatttgctt accaataaaa agtattagct ggaaattact agtttcttca gcagttacta 360

catctctact attagtttct gtataacact cagataatct gttaatttct agcaacctcc 420

atttgctcag ctgtggaatg aaaactaaat aagataaagt gcatgggata aaataggagt 480

gggtcaactt taccctctac ctgccttcct tccttctttt gaccttttct atatgtgtat 540

tgaggaagag accctgagag cctagagcta gtcttggacc cacaattagg ccttggtatt 600

t 601

<210> 3

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 3

tttcttctga tgaaaacttt taggatttac tctgaacaac tttcaaatat gcaatacagt 60

attgttaatt atagtcacat gttgtgcatc atgtcccaga actttctcat aactaaaagt 120

ttatgtcttt gaccatgtac gtccattttc cctatctccc acctccacct ctggtaatta 180

ccaatctgtt ctctgttttt acaagttttt gtttagattc cacctgtaag ttagatcata 240

caggaattgt cttctttgtc tgactcacct cacttagcat aaatggcctc aaaatccatc 300

catgttgttg aaagtggtag gatgtcattc ttctttttct ttaaggctga ataatatcct 360

gatatatgtt tatatctcca aacttcttta tctactcatc tgttaatgga cacctaggtt 420

atttccatgt cttgactgct gtaaagactg ctgatattaa tgtgggggtg cagatttttc 480

atcaagatag tgactttgtt tcctttgggt atgtatgcag aagtggagtt tctggatcat 540

atggtatctc tattttcaat tttttgagga acatccaaac tgtttttcct agtgtttata 600

c 601

<210> 4

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 4

aggcaggagc catgagatga gagtttgaga ataaatcaga agaagaacat tgggacaaaa 60

gacaactagg agaaagatac cctaaaccac ctcctttcca cctcccattg caatggagga 120

atctccaact atatggaaga tggggtaaag gaatttgagt ctgggacatc cttttaaaaa 180

caatgggata agacatcctt taaaaatact gtgctacagg aaaactgcag tctgacaaag 240

ttacaagata ttcaagaaat gataccagct ttattttggg gctaagccat aatttcctat 300

acttttgaag acacagaaag cacacatata gcacattaga aaataaatct tattggctat 360

acctgcaaac aaagaccatc taatataaca atttttggta atttacttcc ctgtacattt 420

ccaactcacc tggatgttct gcaaaatgtc agtttaagtt tggattctat gtgcttctgg 480

cttctcaatt ttttttctct ctttttaggg ctgctcctgt ggcacatggt agttccaggt 540

aggggtcgaa ttggagctgc agctgccagc ctctgtcaca gccatagcaa tgccagatct 600

g 601

<210> 5

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 5

gcttatccat tctaaatgga atagtttgca gctactaatg cccaattctg tgtcctttat 60

gattcaactc tgtcaagaca ttcaagtcta tgaacaagac ttcatgtctt tgcatatatt 120

gttctctcat cctggaattt cccttctgct tctacatatc aacctggcaa actttaatcc 180

tctcgttgct tggtgaagct ttcctgactt ctatgaccat ccaggtagac gcaagagctt 240

ttggaactaa accccttata ggaattttgt catcattatg aatgtcaagc atgtttatat 300

gtctgggttc atcactagac cgtgggtaac atatgagtgg agagcatggt ttataaatac 360

ttccatctgt aagaagccta caacattgca attattactg agttttggct taataatgaa 420

tatttattga gtgaaggaca tatgtttagt catttgccta aaaatgactg ttatcagtag 480

cagagcagac ccaactttcc aaattcacac tccagtgttt tttcactgga ctaaagcacc 540

tttgtcattt attgggtggt tttttgttgg tcaaggggga aaaaaaaaaa aaaagcaacc 600

a 601

<210> 6

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 6

agctcagagc atctgaccca ctgagcgaga ccaggtgttg aacccacatc cacatggata 60

gtagtcggat tcatttccgc tgtgctacaa tgggaactcc cagattttgg acaattttta 120

aactcactga ggtcttttca atgtggtata agggctgtat ttgctatgaa attcctagaa 180

agcttgattc ataaatatta caatattaga gcatatttta gtatcaaatt ttaagtagtt 240

agtgtttttg ttatttgggg ttatttaaaa ctttttgttt ggttttgctt tttccaatat 300

aaatactgga gaattgacta gtacttttct ccaaaagaag ttaagaatgg aaagtttagg 360

gaggggcatc aacacagtgc agaagggatt catttatgct caagggtggc cccaatatga 420

cttcatgtat ttaatgtcag ctccattttt cagatgctga aaagcttcta tttgaattag 480

gtgaatgttg ggcttaaact tttccttttt tcttttattt tttggccata tatatatagc 540

taaatactga tatatttgtg tattcttttt ttgcactgtt tcctaatatt ttttttgcca 600

a 601

<210> 7

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 7

caattgcagc caatggacct cattaacatg agatattaat aacaggaaaa ctgtgccagg 60

tagaggaggt atatgggaag tctctatact tttgcattat ttctgtaagc ctaagacggc 120

tccaaaagtg aagtctcttc attaaaagca tgttatcaat atatgtttat atacatacat 180

atatgtatat ataataaaac gaacatataa ggtgatatct ataaagatgc atgcatatat 240

atacatgtaa atttttaaaa acttctactc acatatctgt gcataacccc atattaattt 300

cttttcagtt aaatgctttc tagagaaatt ctgtttccta cgcagtctct gactatcgtt 360

acttgcagca aaaaggcact ttgaagataa aggaaacaga taaagtgatg atattatcaa 420

aatctttttg tttctaacat gcatgttaac catcaaaata tagatgtctc attttatcaa 480

tgctgaaaat ttaacaggta tatatatcgc tttgtttcct caacaatatc tgggctttag 540

aaagcaaaga atgacatgtt ttcctggatg ttattactaa taaaactcca ttttgctctc 600

a 601

<210> 8

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 8

agtctctgac tatcgttact tgcagcaaaa aggcactttg aagataaagg aaacagataa 60

agtgatgata ttatcaaaat ctttttgttt ctaacatgca tgttaaccat caaaatatag 120

atgtctcatt ttatcaatgc tgaaaattta acaggtatat atatcgcttt gtttcctcaa 180

caatatctgg gctttagaaa gcaaagaatg acatgttttc ctggatgtta ttactaataa 240

aactccattt tgctctcaga agtgtcctga tttggacaaa aaattacatt attgttgtag 300

ctctaagatt tttcttggga gaggcgttgc aacgtaccat ggagtctagt catatttacc 360

ccagtttgtc tgtttgaata atgtctgcgg cagatagact agactgagaa caaaggtatg 420

tctgcaagga cccaatgtac tcaaagcaaa tggctttatc agatgaaact ataacctaga 480

tcttcaaagg agtgaatgca atttctgtag tttaaaaaag tagcttaaat agactaagga 540

tttgctgaag gtgaatctca ggccatatga gatcctcaag aagttgaacc acaggggcat 600

g 601

<210> 9

<211> 601

<212> DNA

<213> 猪(Sus Scrofa)

<400> 9

ccccgctaaa atatcaacaa gagtgaggaa tgcctttggg cctgtataca ctaattacag 60

aaatcaaatc cttttggctt tctgagcatc ttaactccca ataattacct taggatatgt 120

ttaggaaaac tatgaaaatt gtggaagatt tcaagggaaa tattccagtc acaagtatat 180

gaaaatttaa acagccaagg aagcaaggag atttgctctc ggagaaagtg aattgcagcg 240

accagaagag acattccatc ctcagatgca ctaagctttg tctgagcctc ttgtgggcta 300

cacgaacaca ttccccctct ggatgcttct gactagcttc aggactaaag tatttgatga 360

tcttccaaaa actatgactc cttcctgaca ttggcaagga agcttggaaa agatgagata 420

ccaccttttt tttttttttt tctttttaca gccatacctg tagcatacgg actttcccag 480

gctaggggtc aaattgcaac tgaagctgca gcctacccca cagccatagc gacaccagac 540

caaagctgta tctgtgacct tcacccagct gacagcaaag ccagatcctt accccactga 600

g 601

Claims

1.一种猪的SNP标记在确定猪的胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长的至少一种中的应用；含有所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No. 1所示，所述SNP标记位于SEQ ID No. 1上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15626425位点，为T或C；

所述猪为纯种长白猪、纯种大白猪、含有长白血统的合成系猪、含有长白血统的配套系猪、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成系猪、含有大白血统的配套系猪、含有大白血统的杂交猪中的至少一种。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述猪为纯种长白猪，纯种大白猪，杜洛克猪和长白猪的杂交猪，杜洛克猪和大白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

3.一种猪的遗传改良的方法，其中，遗传改良的特性为胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长的至少一种，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如权利要求1或2所述应用中所述的SNP标记，并根据所述SNP标记做出相应的选择：

在所述种猪核心群中选择在所述SEQ ID No. 1上的从5’端起的第301位点为T/T和T/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，在所述种猪核心群中选择在在所述SEQ IDNo. 1上的从5’端起的第301位点为T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/C和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率。

5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述猪为纯种长白猪，纯种大白猪，杜洛克猪和长白猪的杂交猪，杜洛克猪和大白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如权利要求1或2所述应用中所述的SNP标记，其中所述核酸的序列如SEQ ID No.1所示。

7.一种确定猪的生长性状优劣的方法，所述方法包括：确定所述猪的如权利要求1或2所述应用中所述的SNP标记，并根据所述SNP标记确定所述猪的生长性状：

所述猪的生长性状从优到劣，以所述SEQ ID No. 1上的从5’端起的第301位点的基因型排序依次为：T/T基因型、T/C基因型和C/C基因型；

其中，所述生长性状包括猪的胴体直长、胴体斜长、胴体重、背膘厚、胸椎总长和颈椎总长中的至少一种，且长的猪胴体直体长优于短的猪胴体直体长，长的猪胴体斜长优于短的猪胴体斜长，重的猪胴体重优于轻的猪胴体重，薄的猪背膘厚优于厚的猪背膘厚，长的猪胸椎总长优于短的胸椎总长，长的猪颈椎总长优于短的颈椎总长；

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，利用分析所述猪的核酸序列来确定所述猪的如权利要求1或2所述应用中所述的SNP标记，其中所述核酸的序列如SEQ ID No. 1所示。

9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述猪为纯种长白猪, 纯种大白猪, 杜洛克猪和长白猪的杂交猪，杜洛克猪和大白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。