CN113186307B - 基于斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y的性别连锁SNPs标记开发方法及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了基于斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38‑Y开发的性别连锁SNPs标记，及其开发方法与应用。开发出的13个新的斑点叉尾鮰性别连锁SNPs标记在雄性中均为杂合型，在雌性中为纯合型。本发明提供了一种全新的斑点叉尾鮰遗传性别鉴定方法，根据SNPs标记位置设计了一对雄性特异扩增引物和一对对照引物，两重PCR扩增使得在雄性个体中能够扩增出1005bp特异条带和220bp对照条带，在雌性个体中仅能扩增出对照条带。本发明开发的斑点叉尾鮰遗传性别鉴定方法准确率达100％，能够高效、科学地实现斑点叉尾鮰遗传性别的鉴定。
Description
技术领域
本发明属鱼类基因组学技术领域，具体涉及斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y及其编码区上性别连锁SNPs标记的鉴定及应用，针对斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y基因编码区上性别连锁SNPs标记位置设计引物，开发遗传性别鉴定方法。
背景技术
斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)，属鲶形目，鮰科，原产于北美，是美国养殖技术最为成熟、产量最高的淡水鱼类养殖品种，因其具备较强的环境适应能力，较好的肌肉品质，且易于加工等优点，已成为世界性水产养殖品种。
斑点叉尾鮰的雌雄个体生长存在明显的生长二态性现象，即雄性斑点叉尾鮰在性成熟后的生长速度明显快于雌性斑点叉尾鮰个体，雌性个体达到一定的规格后卵巢发育加快，生长逐渐减慢，且较大的卵巢组织降低了斑点叉尾鮰的食用比例。因此，积极开展斑点叉尾鮰遗传性别鉴定技术研究，开发快速、准确、高效的遗传性别鉴定方法，对斑点叉尾鮰育种群体性别比例控制，以及全雄苗种的培育等都具有重要的应用价值。
发明内容
发明目的：为了克服现有技术中存在的不足，本发明提供一种基于斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y的性别连锁SNPs标记的开发方法及其应用。
技术方案：基于斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y开发的性别连锁SNPs标记，其包括下述SNPs标记中的一种或几种：第一个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第366个碱基处，突变类型为G/A，命名为g.zbtb38ycds 366G>A，其核苷酸序列如序列表SEQID NO:47所示；第二个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第431个碱基处，突变类型为G/A，命名为g.zbtb38ycds 431G>A，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:48所示；第三个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第733个碱基处，突变类型为G/A，命名为g.zbtb38ycds 733G>A，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:49所示；第四个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第953个碱基处，突变类型为A/C，命名为g.zbtb38ycds 953A>C，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:50所示；第五个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第1102个碱基处，突变类型为G/A，命名为g.zbtb38ycds 1102G>A，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:51所示；第六个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第1107个碱基处，突变类型为T/A，命名为g.zbtb38ycds 1107T>A，其核苷酸序列如序列表SEQID NO:52所示；第七个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第2073个碱基处，突变类型为T/C，命名为g.zbtb38ycds 2073T>C，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:53所示；第八个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第2409个碱基处，突变类型为T/C，命名为g.zbtb38ycds 2409T>C，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:54所示；第九个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第2825个碱基处，突变类型为T/C，命名为g.zbtb38ycds 2825T>C，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:55所示；第十个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第2836个碱基处，突变类型为C/T，命名为g.zbtb38ycds2836C>T，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:56所示；第十一个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第3070个碱基处，突变类型为A/G，命名为g.zbtb38ycds 3070A>G，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:57所示；第十二个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第3177个碱基处，突变类型为T/C，命名为g.zbtb38ycds 3177T>C，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:58所示；第十三个性别连锁SNPs标记位于zbtb38-Y基因编码区的第3375个碱基处，突变类型为A/G，命名为g.zbtb38ycds 3375A>G，其核苷酸序列如序列表SEQID NO:59所示。
作为本发明的另一方面，本发明提供一种基于斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y的性别连锁SNPs标记的开发方法，其包括以下步骤：(1)针对斑点叉尾鮰zbtb38基因编码区设计特异性引物，所述特异性引物的序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.44所示；(2)用斑点叉尾鮰基因组DNA和所述特异性引物进行第一轮PCR，获得第轮一产物；(3)用步骤(2)中所述第一轮产物和barcode进行第二轮PCR，获得第二轮产物；(4)将每个样品的第二轮PCR产物等量混合后，在Illumina HiSeqX-ten测序平台上，使用150bp双末端测序策略进行测序；(5)测序原始数据经过滤后，与斑点叉尾鮰zbtb38基因进行比对，比对率大于80％的样本中与性别连锁的SNPs标记即为性别连锁SNPs标记。
作为本发明的另一方面，本发明提供一种基于斑点叉尾鮰性别连锁SNPs标记的遗传性别鉴定方法。
优选的，其包括以下步骤：(6)针对性别连锁SNPs标记设计雄性特异性扩增引物，所述雄性特异性扩增引物中，其正向引物序列的倒数第一位碱基(g.zbtb38ycds 1107T>A)、倒数第六位碱基(g.zbtb38ycds 1102G>A)为雄性特异碱基，反向引物序列的倒数第一位碱基(g.zbtb38ycds 2073T>C)为雄性特异碱基；(7)在无突变位点区域设计一对对照引物，对照引物在雌性和雄性个体中均能扩增出条带；(8)利用雄性特异性扩增引物和对照引物建立两重PCR扩增反应，1％琼脂糖凝胶检测PCR扩增产物。
优选的，所述雄性特异性扩增引物的序列如SEQ ID NO.45-SEQ ID NO.46所示。
优选的，所述对照引物的序列如SEQ ID NO.60-SEQ ID NO.61所示。
优选的，在雄性个体中，仅所述雄性特异性扩增引物能够扩增出1 005bp的条带。
优选的，在雄性和雌性个体中，对照引物均能扩增出220bp的条带
作为本发明的另一方面，本发明提供一种开发斑点叉尾鮰性别连锁SNPs标记的引物及其试剂盒，其特征在于：包括序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.44所示引物的一种或几种；本发明还提供了一种基于SNP标记的斑点叉尾鮰遗传性别鉴定引物及其试剂盒，包括序列如SEQ ID NO.45、SEQ ID NO.46、SEQ ID NO.60、SEQ ID NO.61所示引物的一种或几种。
本发明的有益效果如下：
本发明提供了一种全新的斑点叉尾鮰性别鉴定方法，通过开发雄鱼性别连锁SNPs标记，利用这些标记的位置设计引物，通过PCR对待测斑点叉尾鮰的性别进行高效、科学地鉴定，准确率达到100％。
附图说明
图1为斑点叉尾鮰zbtb38基因编码区上16个SNPs连锁分析结果；
图2为斑点叉尾鮰zbtb38基因编码区上13个性别连锁SNPs的测序峰图；
图3为斑点叉尾鮰X和Y染色体上zbtb38基因编码蛋白的6个氨基酸变异；
图4为基于SNPs标记的斑点叉尾鮰遗传性别鉴定结果。
具体实施方式
下面通过实施例对本发明作更进一步的说明。
实施例1：基于斑点叉尾鮰zbtb38基因筛选性别连锁SNP标记
1.引物设计
针对斑点叉尾鮰zbtb38基因编码区序列设计22对特异性引物，保证扩增产物能够相互交错，覆盖整个编码区，具体引物信息见表1(依次为SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.44)，引物委托生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
表1斑点叉尾鮰zbtb38基因编码区多重PCR扩增引物信息
2.文库构建与测序
采集129尾已知性别斑点叉尾鮰个体(雄性50尾，雌性79尾)尾鳍样本，使用动物组织DNA提取试剂盒(南京诺唯赞生物科技股份有限公司)提取其基因组DNA。
第一轮PCR：将合成的SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.44引物溶解后，从每份引物溶液中吸取10μL，配制成Primer mix工作液，并分装于96孔板中。取样本板充分解冻、震荡，1000rpm离心1s后，在DNA自动化工作站中进行加样，PCR扩增体系及组分如表2所示。
PCR程序：95℃预变性15min；94℃变性30s，60℃退火10min，72℃延伸30s，4个循环；94℃变性30s，60℃退火1min，72℃延伸30s，24个循环。
表2构建靶向重测序文库第一轮PCR扩增体系
第二轮PCR：向第一轮PCR产物中加入90μL ddH2O，进行10倍稀释，瞬时离心后室温静置10min。以第一轮PCR产物稀释液作为第二轮PCR反应的扩增模板，扩增体系及组分如表3所示。
PCR程序：95℃预变性15min；94℃变性30s，60℃退火4min，72℃延伸30s，5个循环；94℃变性30s，65℃退火1min，72℃延伸30s，10个循环。
表3构建靶向重测序文库第二轮PCR扩增体系
PCR扩增结束后，所有PCR产物经3％琼脂糖凝胶电泳检测、qRT-PCR质控，合格后取所有的第二轮PCR扩增产物进行混合，构建测序文库。测序文库在Illumina HiSeqX-ten测序平台上，使用150bp双末端测序策略进行测序。最终，获得约5.79Gb的原始数据，包括3,860万个150bp的双末端reads，平均测序深度为8,102×。所有样本测序数据的平均Q30和GC含量分别为～93％和～48％。
3.数据过滤与变异筛选
根据barcode序列信息将各样品测序reads归类后，使用SOAPnuke软件去除包含超过10％poly-N序列的reads、低质量reads(超过50％的碱基Phred分数低于5％)以及含有错误barcode序列的reads。获得约5.39Gb的clean reads(36.48M个reads)用于后续分析。
使用SOAP2.22软件将这些高质量的双末端测序reads与斑点叉尾鮰zbtb38参考基因序列进行比对，129尾样本的平均比对率为93.86％。基于SOAP比对结果，分别使用SOAPsnp v1.05和SOAPindel(v2.1)在所有测序样本中调取SNPs和InDel(Insertion-deletion)变异信息。为了保证SNPs标记分型的准确性，去除了比对率低于80％的样本。经统计，在斑点叉尾鮰zbtb38基因编码区中共鉴定出16个SNPs标记，且所有样品中均未检测到InDel标记。16个SNPs标记分别位于zbtb38基因编码区的第183、366、431、733、953、1102、1107、1855、2073、2409、2544、2825、2836、3070、3177、3375个碱基处，分别命名为g.zbtb38cds 183C>T、g.zbtb38cds 366G>A、g.zbtb38cds 431G>A、g.zbtb38cds 733G>A、g.zbtb38cds 953A>C、g.zbtb38cds 1102G>A、g.zbtb38cds 1107T>A、g.zbtb38cds 1855G>C、g.zbtb38cds 2073T>C、g.zbtb38cds 2409T>C、g.zbtb38cds 2544G>A、g.zbtb38cds2825T>C、g.zbtb38cds 2836C>T、g.zbtb38cds 3070A>G、g.zbtb38cds 3177T>C、g.zbtb38cds 3375A>G。
4.性别连锁SNPs标记鉴定
使用SHEsis软件进行所有SNPs位点的连锁分析，根据连锁分析结果确定斑点叉尾鮰性别连锁SNPs标记，结果如图1所示。连锁不平衡分析表明16个SNPs标记中的13个为性别连锁SNPs标记，另外3个为X染色体内部变异。13个性别连锁SNPs标记分别位于zbtb38基因编码区的第366、431、733、953、1102、1107、2073、2409、2825、2836、3070、3177、3375个碱基处，分别命名为g.zbtb38ycds 366G>A、g.zbtb38ycds 431G>A、g.zbtb38ycds 733G>A、g.zbtb38ycds 953A>C、g.zbtb38ycds 1102G>A、g.zbtb38ycds 1107T>A、g.zbtb38ycds2073T>C、g.zbtb38ycds 2409T>C、g.zbtb38ycds 2825T>C、g.zbtb38ycds 2836C>T、g.zbtb38ycds 3070A>G、g.zbtb38ycds 3177T>C、g.zbtb38ycds 3375A>G，测序峰图如图2所示。13个性别连锁SNPs标记在雌、雄个体中的基因型如表5所示，在所有雄性个体中均为杂合基因型，在所有雌性中均为纯合基因型，表明斑点叉尾鮰的性别决定系统可能为XX/XY型，雄性为异配子。在zbtb38基因编码区的13个SNPs中，6个替换分别导致zbtb38-X和zbtb38-Y基因编码的氨基酸发生改变(图3；表4)，即Ser144Asn、Val245Ile、Asn318Thr、Ala368Thr、Met942Thr和Ser1024Gly，其中Ala368Thr位于第一个锌指结构域，另外的7个单碱基替换并未造成氨基酸编码改变。基于以上事实，认为zbtb38-Y基因为雄性特异基因。
表4 zbtb38基因编码区上的13个雄性性别连锁SNPs标记特征
实施例2：基于SNPs标记的遗传性别鉴定方法
1.引物设计
根据性连锁SNPs标记的位置设计了一对雄性特异性扩增引物CCMSF/R，其正向引物倒数第一位(g.zbtby38cds 1107T>A)和倒数第六位(g.zbtb38ycds 1102G>A)，以及反向引物倒数第一位(g.zbtb38ycds 2073T>C)为雄性特异碱基。同时，在无突变位点区域设计一对对照引物CCCSF/R。引物序列如表5所示。
表5斑点叉尾鮰遗传性别鉴定引物
2.PCR扩增
采集24尾已知性别斑点叉尾鮰个体(雄性和雌性各12尾)，提取基因组DNA后。使用雄性特异扩增引物(SEQ ID NO.45、SEQ ID NO.46)和对照引物(SEQ ID NO.60、SEQ IDNO.61)建立两重PCR扩增体系，同时扩增雄性特异条带和对照条带。PCR扩增使用2×TaqPlus Master Mix(Dye Plus)试剂盒(南京诺唯赞生物科技有限公司)，反应体系为：
2×Taq Master Mix 10μL；基因组DNA 1μL；10μM引物各0.5μL；ddH2O 7μL。
扩增条件为：94℃预变性5min；94℃变性30s，60℃～51℃(每个循环减1℃)退火30s，72℃延伸60s，每个退火温度2个循环；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸60s，15个循环；72℃延伸10min。
3.琼脂糖凝胶电泳
将上述PCR扩增产物在1％琼脂糖凝胶上电泳。电泳结束后，将凝胶置于紫外投射检测仪上观察电泳效果，确定每个样品扩增条带数量及大小。
4.结果分析
在雄性个体中，雄性特异性扩增引物能够扩增出1 005bp的条带，对照引物能扩增出220bp的条带；在雌性个体中，仅对照引物能扩增出条带，结果如图4所示。其主要是根据性别连锁SNPs标记位置，在雄性特异性扩增引物(SEQ ID NO.45、SEQ ID NO.46)中人为地制造了3个碱基的错配，由于雄性特异性扩增引物不能与雌性个体基因组DNA退火，因此不能在雌性个体中扩增出条带。
5.基于SNPs标记的遗传性别鉴定方法的验证
从斑点叉尾鮰遗传育种中心样本库中随机选取96个样本进行性别鉴定，以验证该遗传性别鉴定方法的准确性。扩增产物经1％琼脂凝胶电泳后，将所选样本的遗传性别鉴定结果与数据库中记录的性别信息进行比对，结果表明该遗传性别鉴定方法准确率为100％。
序列表
<110> 江苏省淡水水产研究所
<120> 基于斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y的性别连锁SNPs标记开发方法及应用
<141> 2021-06-21
<160> 61
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
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<210> 22
<211> 22
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 22
ctgtgccttt aagtggagca gc 22
<210> 23
<211> 23
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 23
actgccccgc tagatgttaa ctc 23
<210> 24
<211> 28
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 24
gttaaagcct tcctcttcga tatgagac 28
<210> 25
<211> 28
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 25
caacatgtag aaacttcttt gccttctg 28
<210> 26
<211> 24
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 26
ggaatggcat aacatctctg cttg 24
<210> 27
<211> 25
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 27
actcatctcc cacacaatgc agtag 25
<210> 28
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 28
accaggacaa gcaggcttgg 20
<210> 29
<211> 18
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 29
ctgacgccga accttcgc 18
<210> 30
<211> 28
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 30
gaatcctaga tcatcctctg ctgtgttc 28
<210> 31
<211> 27
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 31
agagaagaaa ctggaagcaa gataatg 27
<210> 32
<211> 27
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 32
agagaagaaa ctggaagcaa gataatg 27
<210> 33
<211> 22
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 33
ggcaaaagat tcagatccaa gc 22
<210> 34
<211> 22
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 34
gacaatatgc atgctgaggg tg 22
<210> 35
<211> 22
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 35
ctgccattgc tgtagtagct cc 22
<210> 36
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 36
cagtatgagc agcggtagcg 20
<210> 37
<211> 24
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 37
actcgatagg gttgactcgt agcc 24
<210> 38
<211> 27
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 38
cttgtgattg tctcactatt ttctgtc 27
<210> 39
<211> 25
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 39
catgagagca agcacttcaa taagg 25
<210> 40
<211> 24
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 40
gtcctgtcac ctttacagga caac 24
<210> 41
<211> 23
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 41
ttatccccaa atccctcaac tcc 23
<210> 42
<211> 29
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 42
catgttgtat agaggttgga tgtgttgag 29
<210> 43
<211> 28
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 43
gctttgtgga atattctaaa gactccac 28
<210> 44
<211> 24
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 44
tcagttgtgg gcataaaaaa cagg 24
<210> 45
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 45
ccttcagtag ttcaacacta 20
<210> 46
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 46
atccactatg gttattagtg 20
<210> 47
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 47
ttcttgagaa rcttcttgag a 21
<210> 48
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 48
aaatcagaaa rttcaatgaa t 21
<210> 49
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 49
aaaagagaac rtacaacaat a 21
<210> 50
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 50
tcatgctcaa mttcagcctt g 21
<210> 51
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 51
ggccttcagt agttcarcac t 21
<210> 52
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 52
cactwcttgc tgtccatatg c 21
<210> 53
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 53
gctttaaccc yactaataac c 21
<210> 54
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 54
aaacatacat ygccaagcct g 21
<210> 55
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 55
ttcatggaaa yggattgtgg t 21
<210> 56
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 56
ggattgtggt ytagaggaaa g 21
<210> 57
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 57
tgcctgccaa rgttgcacag a 21
<210> 58
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 58
tcctctacct ygccaccaaa a 21
<210> 59
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 59
gcaaagaaca rccgaaaatt g 21
<210> 60
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 60
ttatcagacc cgttggaagc 20
<210> 61
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> Artificial Sequence
<400> 61
ctcctgtgtg ccagatctca 20
Claims (5)
1.基于斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y的性别连锁SNPs标记的遗传性别鉴定方法，其特征在于：包括以下步骤，
(1)针对斑点叉尾鮰雄性特异基因zbtb38-Y设计雄性特异性扩增引物，所述雄性特异性扩增引物的序列如SEQ IDNO.45、SEQ ID NO.46所示，所述雄性特异性扩增引物中，其正向引物序列的倒数第一位碱基、倒数第六位碱基为雄性特异碱基，反向引物序列的倒数第一位碱基为雄性特异碱基；
(2)在无突变位点区域设计一对对照引物，所述对照引物在雌性和雄性个体中均能扩增出条带；
(3)利用所述雄性特异性扩增引物和对照引物建立两重PCR扩增反应，1％琼脂糖凝胶检测PCR扩增产物。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：仅在雄性个体中，所述雄性特异性扩增引物能够扩增出1005bp的条带。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述对照引物的序列如SEQ ID NO.60、SEQIDNO.61所示。
4.如权利要求3所述的方法，其特征在于：在雌性和雄性个体中，所述对照引物均能扩增出220bp的条带。
5.一种鉴定斑点叉尾鮰遗传性别的引物对，其特征在于：包括序列如SEQ IDNO.45和SEQ ID NO.46所示的引物对。
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Citations (6)
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|---|---|---|---|---|
| JP2014180233A (ja) * | 2013-03-19 | 2014-09-29 | Tokyo Univ Of Marine Science & Technology | ブリ類の性識別方法 |
| CN105969882A (zh) * | 2016-06-23 | 2016-09-28 | 江苏省淡水水产研究所 | 一种与斑点叉尾鮰快速生长相关的单倍型snp分子标记及其检测方法和应用 |
| CN107502663A (zh) * | 2017-09-19 | 2017-12-22 | 江苏省淡水水产研究所 | 一种斑点叉尾鮰微卫星家系鉴定方法 |
| CN109161603A (zh) * | 2018-10-31 | 2019-01-08 | 江苏省淡水水产研究所 | 斑点叉尾鮰性别连锁的微卫星标记引物及遗传性别鉴定方法 |
| CN111304338A (zh) * | 2020-03-13 | 2020-06-19 | 江苏省淡水水产研究所 | 与斑点叉尾鮰性别连锁的snp分子标记及遗传性别鉴定方法 |
| CN112342214A (zh) * | 2020-11-11 | 2021-02-09 | 江苏省淡水水产研究所 | 一种靶向敲除斑点叉尾鮰zbtb38基因的sgRNA序列及其筛选方法 |
-
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- 2021-06-21 CN CN202110688122.4A patent/CN113186307B/zh active Active
Patent Citations (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2014180233A (ja) * | 2013-03-19 | 2014-09-29 | Tokyo Univ Of Marine Science & Technology | ブリ類の性識別方法 |
| CN105969882A (zh) * | 2016-06-23 | 2016-09-28 | 江苏省淡水水产研究所 | 一种与斑点叉尾鮰快速生长相关的单倍型snp分子标记及其检测方法和应用 |
| CN107502663A (zh) * | 2017-09-19 | 2017-12-22 | 江苏省淡水水产研究所 | 一种斑点叉尾鮰微卫星家系鉴定方法 |
| CN109161603A (zh) * | 2018-10-31 | 2019-01-08 | 江苏省淡水水产研究所 | 斑点叉尾鮰性别连锁的微卫星标记引物及遗传性别鉴定方法 |
| CN111304338A (zh) * | 2020-03-13 | 2020-06-19 | 江苏省淡水水产研究所 | 与斑点叉尾鮰性别连锁的snp分子标记及遗传性别鉴定方法 |
| CN112342214A (zh) * | 2020-11-11 | 2021-02-09 | 江苏省淡水水产研究所 | 一种靶向敲除斑点叉尾鮰zbtb38基因的sgRNA序列及其筛选方法 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| Genetic differentiation and efficient sex-specific marker development of a pair of Yand X-linked markers in yellow catfish;Dan C等;International Journal of Biological Sciences;第9卷(第10期);1043-1049 * |
| 大黄鱼性别特异SNP标记的开发与验证;林晓煜;肖世俊;李完波;王志勇;;水产学报(第09期);3-11 * |
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