CN113030472B - 线粒体蛋白suclg2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用 - Google Patents

线粒体蛋白suclg2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN113030472B
CN113030472B CN202110138499.2A CN202110138499A CN113030472B CN 113030472 B CN113030472 B CN 113030472B CN 202110138499 A CN202110138499 A CN 202110138499A CN 113030472 B CN113030472 B CN 113030472B
Authority
CN
China
Prior art keywords
colorectal cancer
suclg2
application
expression
diagnosis
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202110138499.2A
Other languages
English (en)
Other versions
CN113030472A (zh
Inventor
戴勇
张巍
汤冬娥
徐勇
林烈文
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shenzhen Peoples Hospital
Original Assignee
Shenzhen Peoples Hospital
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shenzhen Peoples Hospital filed Critical Shenzhen Peoples Hospital
Priority to CN202110138499.2A priority Critical patent/CN113030472B/zh
Publication of CN113030472A publication Critical patent/CN113030472A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN113030472B publication Critical patent/CN113030472B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57419—Specifically defined cancers of colon
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了线粒体蛋白SUCLG2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用。本申请的第一方面，提供定量检测SUCLG2的试剂在制备结直肠癌的诊断和/或预后判断的产品中的应用。根据本申请实施例的应用，至少具有如下有益效果：申请人意外地发现，该线粒体蛋白及其mRNA在结直肠癌患者与正常人之间存在明显的差异表达，因而可以通过对受试者体内SUCLG2在核酸和/或蛋白水平的检测来对是否患有结直肠癌以及结直肠癌的预后情况进行有效的诊断或判断。

Description

线粒体蛋白SUCLG2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用
技术领域
本申请涉及癌症检测领域，尤其是涉及线粒体蛋白SUCLG2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用。
背景技术
结直肠癌是世界上最为致命的癌症之一。虽然近年来出现了一些新的治疗方法，例如靶向治疗和免疫治疗，但结直肠癌的死亡率仍然较高，并且约50％的患者在治疗期间经历复发和远处转移。中国的结直肠癌发病率和死亡率增幅都明显高于世界平均水平，从1990年到2017年，中国结直肠癌的发病率升高了84.1％，死亡率升高了8.2％。因此，基于中国结肠癌的诊疗现状，开展结直肠癌相关的基础研究工作是十分有必要的。筛选结直肠癌相关的早期诊断标志物以及治疗靶点是基础研究工作中的一个重要部分。
作为真核生物中的重要细胞器，线粒体高度参与结直肠癌的发生和发展。在早期，线粒体耗竭引起的代谢变化是细胞转化的基础。随着肿瘤的发展，线粒体的功能被重新激活以适应细胞增殖和转移。线粒体在能量产生、细胞凋亡和代谢中起着不可或缺的作用，与其相关的信号通路调控机制也逐渐成为结直肠癌发生发展中的研究热点。然而，以线粒体作为对象研究结直肠癌的诊断、预后的靶点和生物标志物的工作进展较少，缺乏能够有效对结直肠癌进行评估的标志物。
发明内容
本申请旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本申请提出一种能够有效对结直肠癌进行评估的线粒体蛋白SUCLG2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用。
本申请的第一方面，提供定量检测SUCLG2的试剂在制备结直肠癌的诊断和/或预后判断的产品中的应用。
根据本申请实施例的应用，至少具有如下有益效果：
申请人意外地发现，该线粒体蛋白及其mRNA在结直肠癌患者与正常人之间存在明显的差异表达，因而可以通过对受试者体内SUCLG2在核酸和/或蛋白水平的检测来对是否患有结直肠癌以及结直肠癌的预后情况进行有效的诊断或判断。
其中，线粒体蛋白SUCLG2(Succinyl-CoA ligase GDP-forming subunit beta)是琥珀酸辅酶A连接酶GDP形成亚单位β，是由人类3号染色体上的SUCLG2基因编码的酶，其涉及琥珀酸辅酶A和琥珀酸形成的可逆反应。
诊断是指对受试者是否患有结直肠做出判断，而预后判断是指对结直肠癌的可能病程和结局进行判断，具体可以包括对结直肠癌的特定后果(如康复，特定症状、体征和并发症等其它异常的出现或消失及死亡)进行判断。
在本申请的一些实施方式中，结直肠癌选自结肠腺瘤、直肠腺瘤、结肠腺癌、盲肠腺癌、直肠腺癌、乙状结肠腺癌、粘液性结肠腺癌、粘液性直肠腺癌中的至少一种。
在本申请的一些实施方式中，试剂在核酸和/或蛋白水平上对SUCLG2进行定量检测。由于SUCLG2的核酸序列以及氨基酸序列在本领域中是已知的，因此，本领域技术人员可以基于常规手段制备或通过市售获得能够定量检测SUCLG2的试剂。
在本申请的一些实施方式中，试剂选自PCR试剂、免疫组化试剂、蛋白质印迹法试剂。PCR试剂具体可以例举出包括能够特异性扩增表达上述线粒体蛋白的编码基因的核酸分子片段的引物，进一步还可以包括用于进行参与扩增反应的酶混合物、dNTP、缓冲液等；而根据具体的PCR方法的差异，还可以包括检测探针或其它组分。免疫组化试剂具体可以例举出包括能够与上述线粒体蛋白发生特异性结合的抗体，为了方便检测，抗体上还可以进一步偶联有可检测的标记，如放射性同位素、荧光基团、酶、染料等。
在本申请的一些实施方式中，SUCLG2的水平与受试者的生存指标负相关。即，SUCLG2的核酸或蛋白质的含量/表达情况越低，受试者的预后情况越差。例如，受试者的SUCLG2的水平与预设的对照水平比较，若比较结果显示受试者的水平低于对照水平，则提示受试者患有结直肠癌、或预后不良。
在本申请的一些实施方式中，生存指标为总体生存率。
本申请的第二方面，提供试剂盒，该试剂盒包括定量检测SUCLG2的试剂。
在本申请的一些实施方式中，试剂盒用于结直肠癌的诊断和/或预后判断。
在本申请的一些实施方式中，结直肠癌选自结肠腺瘤、直肠腺瘤、结肠腺癌、盲肠腺癌、直肠腺癌、乙状结肠腺癌、粘液性结肠腺癌、粘液性直肠腺癌中的至少一种。
在本申请的一些实施方式中，试剂在核酸和/或蛋白水平上对SUCLG2进行定量检测。
本申请的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本申请的实践了解到。
附图说明
图1是本申请的实施例1的预后因子的筛选结果。
图2是本申请的实施例2的SUCLG2的差异表达验证结果。
图3是本申请的实施例2的SUCLG2的表达的定量比较结果。
图4是本申请的实施例3中根据结直肠癌的不同发展程度的分期对Ⅰ～Ⅳ期患者的SUCLG2的表达情况变化的比较结果。
图5是本申请的实施例3中SUCLG2不同表达量的总体生存率的比较结果。
图6是本申请的实施例3中不同亚型的结直肠癌患者的SUCLG2表达量的比较结果。
具体实施方式
以下将结合实施例对本申请的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以充分地理解本申请的目的、特征和效果。显然，所描述的实施例只是本申请的一部分实施例，而不是全部实施例，基于本申请的实施例，本领域的技术人员在不付出创造性劳动的前提下所获得的其他实施例，均属于本申请保护的范围。
下面详细描述本申请的实施例，描述的实施例是示例性的，仅用于解释本申请，而不能理解为对本申请的限制。
在本申请的描述中，若干的含义是一个以上，多个的含义是两个以上，大于、小于、超过等理解为不包括本数，以上、以下、以内等理解为包括本数。如果有描述到第一、第二只是用于区分技术特征为目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性或者隐含指明所指示的技术特征的数量或者隐含指明所指示的技术特征的先后关系。
本申请的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示意性实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本申请的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不一定指的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
实施例1
差异表达线粒体蛋白的筛选
收集8例结直肠癌病人(已根据组织病理学检测明确诊断结果)的结肠腺癌组织和作为对照的癌旁正常组织。
提取组织样本的蛋白。每两名相同疾病时期的患者混为一个样本，即共4个肿瘤组样本和4个癌旁组样本进行质谱分析，筛选出表达量存在显著差异的蛋白。并通过GO、KEGG和亚细胞结构等富集策略将差异表达蛋白富集，获得表达存在显著变化的线粒体相关蛋白。结果表明，结直肠癌患者中线粒体相关蛋白的表达相比于正常人存在显著变化，亚细胞结构分析显示表达下调的蛋白中，线粒体蛋白下调最为明显。而在192个表达变化的线粒体蛋白中有164个蛋白减少。
在The Cancer Genome Atlas Program(TCGA)数据库下载538名结直肠癌患者转录组数据和临床数据，结合蛋白质组学结果，联合生物信息学方法从上述结果中筛选出11个独立的预后因子，其中包括SUCLG2等线粒体基因。结果如图1所示。N1～N4表示癌旁组，C1～C4表示肿瘤组。从图1中可以看出，SUCLG2这个线粒体基因在肿瘤组中存在明显的下调。
实施例2
差异表达验证实验
检索The Cancer Genome Atlas Program(TCGA)数据库中结直肠癌患者的临床信息，排除有其它恶性肿瘤病史、接受过放疗或化疗的患者，从中筛选出538名结直肠癌患者的相关数据作为实验组进行研究，同时选择51名正常人的相关数据作为对照组。分别对实验组和对照组中SUCLG2的表达情况进行统计分析。检索The Human Protein Atlas数据库的45名结直肠癌患者的肿瘤组织和正常人组织内SUCLG2蛋白分布表达的免疫组化结果进行分析。
如图2所示，其中，A是对应的线粒体蛋白的表达情况统计，B和C是线粒体蛋白的对照组和实验组的免疫组化结果。图2的A中，对照组均为高表达，而实验组从上到下分别为低表达、中表达和高表达。从B和C的免疫组化染色结果可以看出，对照组具有广泛的强阳性着色，而实验组呈弱着色。上述结果表明在实验组中线粒体蛋白具有明显的下调表达。
线粒体蛋白SUCLG2的mRNA的表达的定量比较结果见图3，可以看到，该线粒体蛋白的mRNA在实验组中相比于对照组均存在显著的下调表达(p<0.01)。
上述结果表明，SUCLG2在结直肠癌患者与正常人中存在明显的差异表达，具有作为诊断或预后判断标志物的潜力。
实施例3
进一步对SUCLG2在结直肠癌中的预后判断的价值进行验证如下：
采用实施例2中筛选出的538名结直肠癌患者的相关临床数据，根据其不同发展程度的分期分析Ⅰ～Ⅳ期患者上述线粒体蛋白mRNA表达情况的变化，结果见图4。从图中可以看出，随着结直肠癌的发展，SUCLG2的表达逐渐降低，而且在Ⅰ期和Ⅳ期患者之间，SUCLG2的表达存在显著性差异(p<0.05)。
根据538名结直肠癌患者的相关临床数据绘制总体生存曲线图，结果如图5所示，其中，上侧为高表达的曲线，下侧为低表达的曲线。从图5中可以看出，SUCLG2的表达水平与患者的总体生存率呈负相关(p<0.05)。
检索oncomine数据库中结直肠癌患者的临床信息，排除有其它恶性肿瘤病史、接受过放疗或化疗的患者，从中筛选出410名结直肠癌患者的相关数据，分别统计各个亚型结直肠癌的SUCLG2的表达情况，结果见图6。其中，1～8号分别表示结肠腺瘤(30例)、直肠腺瘤(7例)、结肠腺癌(142例)、盲肠腺癌(39例)、直肠腺癌(134例)、乙状结肠腺癌(13例)、粘液性结肠腺癌(35例)、粘液性直肠腺癌(10例)。从图中可以看到，SUCLG2在多种结直肠肿瘤亚型均存在明显的下调表达。
上述结果进一步表明，SUCLG2作为结直肠癌的预后判断标志物具有较高的价值。
上面结合实施例对本申请作了详细说明，但是本申请不限于上述实施例，在所属技术领域普通技术人员所具备的知识范围内，还可以在不脱离本申请宗旨的前提下作出各种变化。此外，在不冲突的情况下，本申请的实施例及实施例中的特征可以相互组合。

Claims (4)

1.定量检测组织样本中SUCLG2的试剂在制备结直肠癌的I期和IV期的分期判断的产品中的应用，随着结直肠癌的发展，SUCLG2的表达逐渐降低，而且在Ⅰ期和Ⅳ期患者之间，SUCLG2的表达存在显著性差异。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述结直肠癌选自结肠腺瘤、直肠腺瘤、结肠腺癌、盲肠腺癌、直肠腺癌中的至少一种。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂在核酸和/或蛋白水平上对SUCLG2进行定量检测。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂选自PCR试剂、免疫组化试剂、蛋白质印迹法试剂。
CN202110138499.2A 2021-02-01 2021-02-01 线粒体蛋白suclg2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用 Active CN113030472B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110138499.2A CN113030472B (zh) 2021-02-01 2021-02-01 线粒体蛋白suclg2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110138499.2A CN113030472B (zh) 2021-02-01 2021-02-01 线粒体蛋白suclg2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN113030472A CN113030472A (zh) 2021-06-25
CN113030472B true CN113030472B (zh) 2022-11-18

Family

ID=76459665

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202110138499.2A Active CN113030472B (zh) 2021-02-01 2021-02-01 线粒体蛋白suclg2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN113030472B (zh)

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1852974A (zh) * 2003-06-09 2006-10-25 密歇根大学董事会 用于治疗和诊断癌症的组合物和方法
EP2177615A1 (en) * 2008-10-10 2010-04-21 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Method for a genome wide identification of expression regulatory sequences and use of genes and molecules derived thereof for the diagnosis and therapy of metabolic and/or tumorous diseases
US11035006B2 (en) * 2013-07-30 2021-06-15 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Colorectal cancer recurrence gene expression signature
CA3056911A1 (en) * 2017-03-23 2018-09-27 Meharry Medical College Methods for diagnosing and treating inflammatory bowel disease
CN109852698B (zh) * 2019-04-19 2021-05-18 佳木斯大学附属第一医院 检测环指蛋白32表达水平的试剂的应用和试剂盒

Also Published As

Publication number Publication date
CN113030472A (zh) 2021-06-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Liu et al. Blood-based liquid biopsy: Insights into early detection and clinical management of lung cancer
CN105219844B (zh) 一种筛查十一种疾病的基因标志物组合、试剂盒以及疾病风险预测模型
Yanagisawa et al. A 25-signal proteomic signature and outcome for patients with resected non–small-cell lung cancer
US20060265138A1 (en) Expression profiling of tumours
CN103299188A (zh) 用于癌症的分子诊断试验
EP3044328A1 (en) Molecular diagnostic test for lung cancer
CN111139300B (zh) 一组结肠癌预后相关基因的应用
Chen et al. Development and validation of a quantitative real-time polymerase chain reaction classifier for lung cancer prognosis
JP2011526487A (ja) 乳癌のゲノムフィンガープリント
KR102170726B1 (ko) 바이오마커의 선별 방법 및 이를 이용한 암의 진단을 위한 정보제공방법
CN115141887B (zh) 基于分泌细胞富集特征的结肠癌预后及辅助化疗获益的评分模型、构建方法及应用
US20220127678A1 (en) Biomarker panel for diagnosis and prognosis of cancer
CN113430267B (zh) 一种化疗相关基因表达特征在预测胰腺癌预后中的应用
Cai et al. A plasma-derived extracellular vesicle mRNA classifier for the detection of breast cancer
CN116656829B (zh) 一种预测胃癌不良预后的基因标志物组合、试剂盒及系统
CN112980951A (zh) 线粒体蛋白slc25a24在结直肠癌诊断、预后判断中的应用
CN113030472B (zh) 线粒体蛋白suclg2在结直肠癌诊断、预后判断中的应用
TW201827603A (zh) 用於膀胱癌預後的生物標記物組合
Santamarea et al. Progression of secondary hyperparathyroidism involves deregulation of genes related to DNA and RNA stability
CN110408706A (zh) 一种评估鼻咽癌复发的生物标志物及其应用
CN114300089B (zh) 一种中晚期结直肠癌治疗方案决策算法
US20170247766A1 (en) Late er+ breast cancer onset assessment and treatment selection
CN104185685A (zh) 用于结肠癌的体外诊断或预后的方法
CN113897431A (zh) 线粒体蛋白higd1a在结直肠癌诊断、预后判断中的应用
CN114277132A (zh) 免疫相关的lncRNA表达谱预测小细胞肺癌辅助化疗获益及预后的应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant