CN112823013A - 包含细菌菌株的组合物 - Google Patents

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亚历山大·史蒂文森
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Abstract

提供包含拟杆菌属细菌菌株的组合物，所述组合物用于增加受试者的微生物区多样性和/或诱导所述受试者的所述微生物区的稳定性的方法中。

Description

包含细菌菌株的组合物
技术领域
本发明属于包含从哺乳动物消化道分离的细菌菌株的组合物和此类组合物在疾病治疗中的用途的领域。
背景技术
虽然认为人肠道在子宫内是无菌的，但在出生后它立即暴露于大量的各种母体和环境微生物。此后，出现微生物定殖和演替的变动期，该变动期受诸如分娩模式、环境、饮食和宿主基因型的因素影响，所有因素均影响肠微生物区(microbiota)的组成，尤其是在早期生命期间。随后，微生物区稳定化且变为成体样[1]。人肠微生物区含有超过1500个在丰度水平上主要为两大细菌门类(门(phylum))拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的不同演化型(phylotype)[2]。由人肠的细菌定殖产生的成功共生关系产生多种代谢、结构、保护和其它有益功能。经定殖肠的增强的代谢活性确保原本无法消化的饮食组分降解，同时释放副产物，为宿主提供重要营养物来源和额外的健康益处。类似地，充分认识到肠微生物区的免疫学重要性，且在免疫系统减弱的无菌动物中予以例示，该免疫系统在引入共生细菌后在功能上重构[3-5]。
微生物区组成的显著变化已在诸如炎症性肠病(IBD)的胃肠病症中予以证明。例如，在IBD受试者中梭菌属(Clostridium)XIVa簇细菌的水平降低，而大肠杆菌(E.coli)数目增加，此表明肠内共生体与病原性共生体(pathobiont)的平衡的变化[6-9、16]。
认识到某些细菌菌株对动物肠可能具有的潜在积极作用，已提出将各种菌株用于治疗各种疾病(参见例如[10-13])。已提出将诸多菌株，包括大部分乳杆菌属(Lactobacillus)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)菌株，用于治疗各种肠病症(综述参见[14]且参见[15])。
不同细菌菌株与不同疾病之间的关系以及特定细菌菌株对肠和在全身层面上以及对任何特定类型疾病的准确作用尚未充分表征，并且迄今为止的结果是可变的且提出的问题多于提供的答案[16]。
尽管文献中已使用术语“生态失调”来一般性地定义微生物体中的有害波动，但对于什么构成或不构成“生态失调”尚无通用定义。评估微生物体扰动的更准确、可验证的度量是“微生物区多样性”。多样性的损失还通过香侬多样性指数(Shannon DiversityIndex)的降低来测量。如所属领域技术人员所知，香侬多样性指数同时解释了存在于微生物体中的物种的丰度(即存在的不同OTU的群体的变化)和均匀度(即存在于微生物体中的不同OTU的群体在数值上的相似度)。群体中“健康”或“正常”微生物体的丰度或均匀度的显著变化等同于生态失调。
在肥胖症、炎症性肠病(IBD)、刺激性肠综合征(IBS)、2型糖尿病和较体弱的老年人的最近研究中报道了降低的微生物区多样性[20]。特定来说，参考文献[17]和[18]教示降低的微生物区多样性与IBD密切相关，且参考文献[17]对研究进行了进一步总结，得出增加微生物区多样性对IBD有疗效的结论。
然而，健康微生物区的重建可能很困难，这是因为肠道中的细菌抵抗定殖。当尝试通过增加微生物区的多样性来治疗不健康受试者的微生物区时，此构成了挑战[19]。伴随的微生物代谢功能损失被假定为此类病理生理学症状的促成因素。与微生物区稳定的健康成人相比，不健康受试者(诸如罹患IBD、IBS的受试者和体弱年老受试者)的微生物区不稳定[16、20]。
需要对肠细菌的分布效应(profile effect)进行正向修饰，以容许治疗特征在于微生物区多样性和/或均匀度降低的疾病或疾患。
发明内容
本发明者已研发出通过增加或维持受试者的肠微生物区多样性来治疗和预防疾病和病症的新疗法。特定来说，本发明者意外地鉴别出，来自拟杆菌属(Bacteroides)的细菌菌株可有效增加或维持受试者远端肠中不同类型细菌的多样性和/或均匀度。
如实例中所述，用来自多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)物种的生物体治疗的IBD患者群体经历它们的微生物体多样性和均匀度的统计学上显著的增加。另外，实例显示，在整个研究过程中，用包含多形拟杆菌的组合物进行治疗增加了IBD受试者中微生物区的稳定性。
因此，在第一实施方案中，本发明提供包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，该组合物用于增加或维持微生物区多样性的方法中。类似地，还提供增加或维持受试者的微生物区多样性的方法，该方法包括使用多形拟杆菌物种的细菌菌株。优选地，受试者具有降低的微生物区多样性和/或稳定性。
术语“增加或维持微生物区多样性”在本文中用于意指增加或维持受试者的微生物区中不同类型的细菌的数目和/或不同类型的细菌的均匀度。在一些实施方案中，增加微生物区多样性。在一些实施方案中，增加微生物区中不同细菌属的数目。在一些实施方案中，增加微生物区中不同细菌物种的数目。在一些实施方案中，增加微生物区中不同细菌菌株的数目。在一些实施方案中，维持微生物区多样性。在一些实施方案中，维持微生物区中不同细菌属的数目。在一些实施方案中，维持微生物区中不同细菌物种的数目。在一些实施方案中，维持微生物区中不同细菌菌株的数目。在一些实施方案中，增加或维持微生物区中属、物种和菌株的数目。
微生物区多样性的增加可针对非产乙酸细菌来说。它还可针对产乙酸细菌和非产乙酸细菌二者来说。此类细菌为此项技术中所熟知。简言之，产乙酸细菌产生乙酸盐作为厌氧呼吸或发酵的最终产物。
在一些实施方案中，微生物区多样性的损失、增加或维持可通过样品中基于序列的细菌分类或操作分类单位(OTU)的数值的相应可测量降低、增加或维持来定量，该数值通常通过16S rRNA扩增子测序方法确定。在一些实施方案中，多样性的损失可通过香侬多样性指数的降低来测量。反之，在一些实施方案中，多样性的增加可通过香侬多样性指数的增加来测量。类似地，在一些实施方案中，多样性的维持可通过香侬多样性指数的相同结果来测量。
在一些实施方案中，增加不同类型细菌的均匀度。在一些实施方案中，在施用本发明的组合物之后，微生物区中不同类型细菌的相对丰度变得更均匀。
本发明者还已开发出通过诱导肠微生物区的稳定性来治疗和预防疾病和病症的新疗法。特定来说，本发明者已鉴别出来自拟杆菌属的细菌菌株诱导肠微生物区的稳定性。“诱导稳定性”意指微生物区多样性保持稳定且微生物区中不同属的相对数目也保持稳定。因此，相对数目可能波动小于10％、小于8％、小于7％、小于6％、小于5％、小于4％、小于3％、小于2％或小于1％。
肠微生物区的稳定性是重要的，这是因为包括IBS和IBD在内的诸多疾病和病症的特征在于微生物区的稳定性降低。如实例中所述，包含多形拟杆菌的组合物的经口施用诱导粪便中微生物区的稳定性。因此，在又一实施方案中，本发明提供包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，该组合物用于诱导受试者的微生物区的稳定性的方法中。类似地，还提供诱导受试者的微生物区的稳定性的方法，该方法包括使用多形拟杆菌物种的细菌菌株。
在一些实施方案中，用本发明的组合物治疗或预防后，受试者微生物区中不同细菌物种的相对数目变得更加稳定，例如在诊断患有特征在于微生物区多样性降低的疾病或病症的受试者中。在一些实施方案中，用本发明的组合物治疗或预防后，受试者微生物区中不同细菌属的相对数目变得更加稳定，例如在诊断患有特征在于微生物区多样性降低的疾病或病症的受试者中。可通过在两个不同时间点比较来自受试者的微生物体来评估受试者的微生物区的稳定性。如果微生物体存在差异，那么此可表明存在疾病或病症。在一些实施方案中，两个不同的时间点间隔至少三天(例如间隔至少1周、2周、1个月、3个月、6个月、1年、2年)。在一些实施方案中，两个不同的时间点间隔3-7天、间隔1-2周、间隔2-4周、间隔4-8周、间隔8-24周、间隔24-40周、间隔40-52周或间隔超过52周。在一些实施方案中，使用超过两个的不同时间点，例如三个、四个、五个或超过五个的时间点。例如如上所述，在各个时间点之间选择合适间隔。
细菌菌株可为多形拟杆菌且优选为以登录号NCIMB 42341寄存的菌株。此菌株于2014年12月3日寄存在国际寄存当局NCIMB有限公司(international depositaryauthority NCIMB,Ltd.,Ferguson Building,Aberdeen,AB21 9YA,Scotland)。
用于本发明中的其它多形拟杆菌菌株是ATCC 29148型菌株。这些菌株的16S rRNA基因序列公开为SEQ ID NO 2。用于本发明中的又一优选多形拟杆菌菌株是描述于EP1448995中的菌株。多形拟杆菌菌株WAL 2926的16S rRNA基因序列登录号是M58763(在本文中公开为SEQ ID NO:3)。其它合适的多形拟杆菌菌株具有SEQ ID NO4-12的16S rRNA序列。
在一些实施方案中，微生物区的多样性、均匀度和/或微生物区的稳定性是指来自受试者的粪便样品中微生物区的多样性、均匀度和/或稳定性。在一些实施方案中，微生物区的多样性、均匀度和/或微生物区的稳定性是指受试者的远端肠中微生物区的多样性和/或稳定性。在一些实施方案中，微生物区的多样性、均匀度和/或微生物区的稳定性是指受试者的胃肠道中微生物区的多样性、均匀度和/或稳定性。在一些实施方案中，微生物区的多样性、均匀度和/或微生物区的稳定性是指盲肠中微生物区的多样性、均匀度和/或稳定性。在一些实施方案中，微生物区的多样性、均匀度和/或微生物区的稳定性是指结肠中微生物区的多样性、均匀度和/或稳定性。
在一些实施方案中，本发明提供包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，该组合物用于治疗或预防疾病或病症的方法中，该疾病或病症与相对于健康受试者或健康受试者群体的微生物区多样性降低的微生物区多样性水平相关。此类疾病为此项技术中所熟知，且尤其包括例如IBS、IBD(诸如克隆氏病(Crohn’s disease)和溃疡性结肠炎)[21]、癌症(例如结肠直肠癌，或其它癌症，例如利用包括化疗在内的伴随癌症疗法治疗观测到的微生物区多样性降低的癌症)、肥胖症[22]、自闭症、过敏症、乳糜泻、感染性疾病和移植物抗宿主病[23]。本发明可用于治疗这些疾病。优选地，本发明的组合物用于治疗IBD，尤其克隆氏病或癌症。尽管这些病症可能与降低的微生物区多样性和/或稳定性相关，但此并非这些疾病的固有特征，这是因为即使患者的微生物体多样性/稳定性未受影响，患者也可罹患这些病症。所属领域技术人员可容易地确定罹患这些病症中的任何一种的患者相对于健康个体或健康个体群体中的水平是否具有降低的微生物区多样性和/或稳定性，如下文所进一步详细解释。因此，在本发明的实施方案中，可经诊断患有一种或多种其中所讨论的疾病的拟治疗受试者具有降低的微生物区多样性和/或稳定性。
在一些实施方案中，使用本发明的组合物的治疗或预防使微生物区的多样性、均匀度和/或稳定性增加到对应于或大于存在于健康个体或健康个体群体中的水平的水平。在此背景下，健康个体可为未罹患与微生物体多样性降低相关的疾病的某人。健康个体可为在他们的疾病发作或诊断之前接受治疗的受试者；本发明组合物的施用可使他们的微生物体的多样性、均匀度或稳定性恢复到他们的先前病前水平。
在一些实施方案中，使用本发明的组合物的治疗或预防使微生物区的多样性、均匀度和/或稳定性增加到对应于或大于存在于健康个体群体中的水平的水平。
在参照健康个体或健康个体群体确定微生物体多样性的变化的本发明实施方案中，健康个体居住于与该受试者相同的地理区域中(例如，居住于200km半径内、100km半径内或50km半径内)，与该受试者的年龄类似/相同，和/或与该受试者的种族类似/相同。类似地，本发明还提供治疗或预防疾病或病症的方法，该疾病或病症与相对于健康个体或健康个体群体的微生物区多样性降低的微生物区多样性水平相关，其中该方法包括施用包含拟细菌属细菌菌株的组合物。
健康个体中微生物区多样性的水平为此项技术中所熟知，且可由所属领域技术人员使用此项技术中已知的方法来确定(参见例如参考文献[24])。
在一些实施方案中，受试者是分别与健康的婴儿或儿童(或其群体)相比具有降低的微生物区多样性的婴儿或儿童。已观测到，一些在生命后期发生与微生物区多样性降低相关的疾病的儿童在为1周大婴儿时粪便微生物区多样性降低[25]。因此，在一些实施方案中，婴儿小于1周大，小于2周大，小于1个月大，小于2个月大或小于4个月大。在一些实施方案中，受试者是未通过阴道分娩分娩的婴儿。例如，在一些实施方案中，受试者是已通过剖腹生产术分娩的婴儿。也已在体弱老年受试者中报道降低的微生物区多样性。因此，在一些实施方案中，受试者是老年受试者，例如体弱老年受试者。在一些实施方案中，受试者年龄为65岁或更大(例如70岁或更大、75岁或更大、80岁或更大、85岁或更大或90岁或更大)[20]。受试者还可为青少年。例如，受试者的年龄可在10岁与19岁之间。
据估计，健康人个体在它的微生物区中有大约101种不同的细菌物种和195种不同的细菌菌株[26]。因此，在一些实施方案中，组合物用于治疗在它的微生物区中具有少于101种不同细菌物种(例如少于100种、99种、98种、97种、96种、95种、94种、93种、92种、91种、90种、85种、80种、75种或70种细菌物种)和/或少于195种不同菌株(例如少于194种、193种、192种、191种、190种、189种、188种、187种、186种、185种、183种、180种、175种、170种、165种、160种、150种、140种细菌菌株)的受试者。在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过80种细菌物种(例如，超过85种、90种、91种、92种、93种、94种、95种、96种、97种、98种、99种或100种细菌物种)或增加到101种细菌物种。例如，在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过90种细菌物种。例如，在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过95种细菌物种。例如，在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过97种细菌物种。例如，在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过99种细菌物种。在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过160种细菌菌株(例如，超过165种、170种、185种、186种、187种、188种、189种、190种、191种、192种、193种或194种细菌物种)或增加到195种细菌菌株。例如，在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过175种细菌菌株。例如，在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过185种细菌菌株。例如，在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加到超过190种细菌菌株。
在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加至少一个细菌属(例如至少两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个细菌属)。在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加至少一种细菌物种(例如至少两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种、12种、15种、17种或20种细菌物种)。在一些实施方案中，治疗或预防使微生物区多样性增加至少一种细菌菌株(例如至少两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种、12种、15种、17种、20种或25种细菌菌株)。
在一些实施方案中，本发明提供包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，该组合物用于治疗或预防疾病或病症的方法中，该疾病或病症与相较于健康受试者(或相较于健康受试者群体)的微生物区稳定性降低的微生物区稳定性相关。“降低的微生物区稳定性”意指微生物区多样性不如在健康受试者或健康受试者群体中观测到的稳定性那样稳定，且微生物区中不同属的相对数目也不如在健康受试者或健康受试者群体中观察到的稳定性那样稳定。在一些实施方案中，诱导微生物区的稳定性使稳定性诱导到与健康受试者或健康受试者群体中存在的水平类似的水平。在一些实施方案中，诱导微生物区的稳定性使稳定性诱导到与健康受试者或健康受试者群体中存在的水平相同的水平。
类似地，本发明提供治疗或预防与微生物区稳定性降低相关的疾病或病症的方法，其中该方法包括施用包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物。例如，一些疾病或病症的发病机制的特征在于微生物区的稳定性降低。此类疾病和病症的实例是IBS、IBD、糖尿病(例如2型糖尿病)、过敏性疾病、自身免疫性疾病和代谢疾病/病症。因此，在一些实施方案中，本发明提供包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，该组合物用于治疗或预防与微生物区稳定性降低相关的疾病或病症的方法中，其中该治疗或预防包括诱导微生物区的稳定性。在一些实施方案中，疾病或病症选自IBS、IBD、糖尿病(例如2型糖尿病)、过敏性疾病、自身免疫性疾病和代谢疾病/病症。在一些实施方案中，疾病或病症是IBS或IBD。在一些实施方案中，疾病或病症是克隆氏病。因此，在一些实施方案中，本发明提供包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，该组合物用于治疗或预防IBS或IBD(尤其克隆氏病)的方法中，其中该治疗或预防包括诱导微生物区的稳定性。在此类实施方案中，组合物可施用于具有降低的微生物区多样性和/或稳定性的受试者。
在一些实施方案中，本发明提供治疗或预防疾病或病症的方法，该疾病或病症与相对于健康受试者或健康受试者群体的微生物区多样性降低的微生物区多样性和/或均匀度的水平相关，其中该方法包括将受试者诊断为具有降低的微生物区多样性水平，然后如果发现存在降低的多样性水平，那么向该受试者施用包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物。
在一些实施方案中，本发明提供治疗或预防疾病或病症的方法，该疾病或病症与相对于健康受试者的微生物区稳定性降低的微生物区稳定性相关，其中该方法包括将受试者诊断为具有降低的微生物区稳定性，然后如果发现存在降低的稳定性，那么向该受试者施用包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物。
还可使用与多形拟杆菌物种密切相关的菌株。此类细菌菌株可具有与多形拟杆菌的细菌菌株的16s rRNA序列至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16srRNA序列。优选地，细菌菌株具有与SEQ ID NO:1-12中任一者，优选与SEQ ID NO:1至少95％、95％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16s rRNA序列。优选地，细菌菌株具有SEQ ID NO:1的16s rRNA序列。最优选地，组合物中的细菌菌株是以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌菌株。
在某些实施方案中，本发明的组合物用于经口施用。本发明菌株的经口施用可有效增加微生物区多样性和/或诱导微生物区的稳定性。此外，经口施用对于受试者和从业人员来说是方便的且容许递送到肠和/或肠的部分或全部定殖。
在某些实施方案中，本发明的组合物包含一种或多种医药学上可接受的赋形剂或载体。
在某些实施方案中，本发明的组合物包含已冻干的细菌菌株。冻干是用于制备容许递送细菌的稳定组合物的有效且方便的技术，且在实例中显示提供有效组合物。
在某些实施方案中，本发明提供包含如上所述的组合物的食品。
在某些实施方案中，本发明提供包含如上所述的组合物的疫苗组合物。
另外，本发明提供增加微生物区多样性和/或诱导微生物区稳定性并由此治疗或预防与微生物区多样性降低和/或与微生物区稳定性降低相关的疾病或病症的方法，该方法包括施用包含拟杆菌属细菌菌株的组合物。
附图说明
图1：使用观测物种和香侬多样性度量(Observed Species and ShannonDiversity Metrics)确定赛坦尼克斯(Thetanix)治疗对微生物区多样性的作用
图2：赛坦尼克斯对微生物区均匀度的作用
具体实施方式
细菌菌株
本发明的组合物包含拟杆菌属的细菌菌株。实例证实该属细菌可用于增加微生物区多样性和/或诱导微生物区的稳定性。优选细菌菌株属于多形拟杆菌物种，尤其是以登录号NCIMB 42341寄存的细菌。
拟杆菌属是革兰氏(gram)阴性专性厌氧细菌属。拟杆菌属物种是非形成内生孢子的杆菌，且根据物种，可为可动的或不动的。
多形拟杆菌于1912年首次以名称多形芽孢杆菌(Bacillus thetaiotaomicron)被描述，且于1919年移到拟杆菌属。它最初分离自成人粪便。多形拟杆菌触发活化B细胞的核κ轻链增强子(NK-B)(重要核转录因子)的RelA亚单位的核输出，由此限制下游促炎症基因的转录和炎症因子(包括白介素(IL)-9和肿瘤坏死因子α(TNFα))的合成。
还预计与实例中测试的菌株密切相关的细菌菌株有效增加微生物区多样性和/或诱导微生物区的稳定性。在某些实施方案中，用于本发明中的细菌菌株具有与多形拟杆菌的细菌菌株的16s rRNA序列至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16srRNA序列。优选地，用于本发明中的细菌菌株具有与SEQ ID NO:1至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16s rRNA序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有具SEQ ID NO:1的序列的16s rRNA序列。优选地，用于本发明中的细菌菌株属于拟杆菌属。
还预计以登录号NCIMB 42341寄存的细菌生物型的细菌菌株有效增加微生物区多样性和/或诱导微生物区的稳定性。生物型为具有相同或极相似的生理和生物化学特性的密切相关菌株。
作为以登录号NCIMB 42341寄存且适用于本发明中的细菌的生物型的菌株可通过对以登录号NCIMB 42341寄存的细菌的其它核苷酸序列进行测序来鉴别。例如，基本上可对全基因组进行测序，且用于本发明中的生物型菌株可在它的全基因组的至少80％内(例如在至少85％、90％、95％或99％内或在它的全基因组内)具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列一致性。例如，在一些实施方案中，生物型菌株在它的基因组的至少98％内具有至少98％序列一致性，或在它的基因组的99％内具有至少99％序列一致性。用于鉴别生物型菌株的其它合适序列可包括hsp60或重复序列，诸如BOX、ERIC、(GTG)5或REP或[27]。生物型菌株可具有与以登录号NCIMB 42341寄存的细菌的对应序列具有至少97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列一致性的序列。在一些实施方案中，生物型菌株具有与以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌菌株的对应序列具有至少97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列一致性的序列且包含与SEQ ID NO:1至少99％一致(例如至少99.5％或至少99.9％一致)的16S rRNA序列。在一些实施方案中，生物型菌株具有与以登录号NCIMB42341寄存的多形拟杆菌菌株的对应序列具有至少97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列一致性的序列且具有SEQ ID NO:1的16S rRNA序列。
替代地，作为以登录号NCIMB 42341寄存的细菌的生物型且适用于本发明中的菌株可通过使用登录号NCIMB 42341寄存物以及限制片段分析和/或PCR分析，例如通过使用荧光扩增片段长度多型性(fluorescent amplified fragment length polymorphism，FAFLP)和重复DNA元件(rep)-PCR指纹分析或蛋白质剖析(profiling)或部分16S或23srDNA测序来鉴别。在优选实施方案中，此类技术可用于鉴别其它多形拟杆菌菌株。
在某些实施方案中，作为以登录号NCIMB 42341寄存的细菌的生物型且适用于本发明中的菌株是当通过扩增核糖体DNA限制分析(amplified ribosomal DNA restrictionanalysis，ARDRA)分析时，例如当使用Sau3AI限制酶(关于例示性方法和指导参见例如[28])时提供与以登录号NCIMB 42341寄存的细菌相同的模式的菌株。替代地，将生物型菌株鉴别为具有与以登录号NCIMB 42341寄存的细菌相同的碳水化合物发酵模式的菌株。
可用于本发明的组合物和方法的其它拟杆菌属物种(诸如以登录号NCIMB 42341寄存的细菌的生物型)可使用任何适当方法或策略鉴别。例如，可通过培养细菌并施用到大鼠以在扩张测定中测试来鉴别用于本发明中的菌株。特定来说，具有与以登录号NCIMB42341寄存的细菌类似的生长模式、代谢类型和/或表面抗原的细菌菌株可用于本发明中。有用菌株将具有与NCIMB 42341菌株相当的微生物区调节活性。特定来说，生物型菌株将引发与实施例中所示作用相当的对微生物区的作用。
本发明的特别优选的菌株是以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌菌株。此是实例中测试的例示性菌株且显示有效增加微生物区多样性和/或诱导微生物区的稳定性。因此，本发明提供以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌菌株或其衍生物的细胞，诸如经分离细胞，该细胞用于疗法中，尤其是用于本文中所描述的疾病和病症。
菌株衍生物可为子代菌株(后代)或从原始培养(亚克隆)的菌株。本发明菌株的衍生物可例如在基因层面上修饰，而不消除生物活性。特定来说，本发明的衍生菌株具有治疗活性。衍生菌株将具有与原始菌株相当的微生物区调节活性。特定来说，衍生菌株将引发与实施例中所示作用相当的对微生物区的作用，所述作用可通过使用实施例中所述的培养和施用方案来鉴别。NCIMB 42341菌株的衍生物一般将为NCIMB 42341菌株的生物型。
提到以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌菌株的细胞涵盖具有与以登录号NCIMB 42341寄存的菌株相同的安全性和治疗功效特性的任何细胞，且本发明涵盖此类细胞。
在优选实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株可存活且能够部分或全部定殖肠部。
治疗用途
在某些实施方案中，本发明的组合物用于增加微生物区多样性、均匀度和/或诱导微生物区的稳定性。降低的微生物区多样性或均匀度和/或降低的微生物区稳定性与诸多如上所述的病理性疾病和/或病症相关，且实例证实本发明的组合物可有效增加微生物区多样性和均匀度和/或诱导微生物区的稳定性。因此，拟使用本发明组合物治疗或预防的疾病或病症优选为与相对于健康受试者的微生物区多样性和/或均匀度降低的微生物区多样性和/或均匀度的水平相关的疾病或病症，和/或与降低的微生物区稳定性相关的疾病或病症。因此，在一些实施方案中，疾病或病症可与相对于健康受试者的微生物区多样性降低的微生物区多样性和/或均匀度的水平相关，且还可与降低的微生物区稳定性相关。
在某些实施方案中，本发明的组合物用于增加经诊断患有选自以下的疾病或病症的患者的微生物区多样性、均匀度和/或诱导微生物区的稳定性：IBS、IBD(包括克隆氏病)、癌症(包括结肠直肠癌)(任选地在接受伴随的诸如化疗的抗癌疗法的患者中)、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病和一种或多种代谢疾病/病症。还设想使用本发明的组合物增加经诊断患有其它疾病和病症的患者的微生物区多样性、均匀度和/或诱导所述患者的微生物区的稳定性。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防IBS或IBD。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防IBS。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防IBD。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防一种或多种过敏性疾病。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防任选地施用伴随抗癌疗法的患者的癌症。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防肥胖症。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防一种或多种感染性疾病。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防一种或多种自身免疫性疾病。在某些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防一种或多种代谢疾病/病症。优选地，治疗或预防包括增加受试者的微生物区多样性和/或诱导受试者的微生物区的稳定性。优选地，经治疗的疾病是克隆氏病。
在某些实施方案中，一种或多种感染性疾病选自病毒性疾病、细菌性疾病或真菌性疾病。在某些实施方案中，一种或多种过敏性疾病是哮喘。在某些实施方案中，一种或多种代谢疾病/病症选自糖尿病(例如2型糖尿病)和肥胖症。在某些实施方案中，一种或多种自身免疫性疾病选自多发性硬化症和类风湿性关节炎。
在某些实施方案中，本发明的组合物因增加微生物区中的微生物区多样性而用于治疗或预防IBS、IBD(包括克隆氏病)、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病或一种或多种代谢疾病/病症。在某些实施方案中，本发明的组合物因诱导微生物区的稳定性而用于治疗或预防IBS或IBD。在某些实施方案中，本发明的组合物因诱导微生物区的稳定性而用于治疗或预防IBD。
在优选实施方案中，本发明提供包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，该组合物用于治疗或预防IBD、IBS、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病或一种或多种代谢疾病/病症，其中该治疗或预防包括增加受试者的微生物区多样性和/或诱导受试者的微生物区的稳定性。
在一些实施方案中，本发明提供包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，该组合物用于治疗或预防选自以下的疾病或病症：IBS、IBD、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病和一种或多种代谢疾病/病症。在一些实施方案中，本发明提供治疗或预防选自以下的疾病或病症的方法：IBS、IBD、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病和一种或多种代谢疾病/病症，该方法包括施用包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物。
在优选实施方案中，本发明的组合物包含以登录号NCIMB 42341寄存的细菌，且用于在患者中增加微生物区多样性和和/或诱导微生物区的稳定性，以治疗IBD、IBS、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病或一种或多种代谢疾病/病症。在其它优选实施方案中，本发明的组合物包含以登录号NCIMB 42341寄存的细菌，且因增加微生物区多样性和/或诱导微生物区的稳定性而用于治疗或预防IBD、IBS、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病或一种或多种代谢疾病/病症。
在一些实施方案中，疾病或病症的发病机制影响肠。在一些实施方案中，疾病或病症的发病机制不影响肠。在一些实施方案中，疾病或病症的发病机制未定位于肠。在一些实施方案中，治疗或预防发生在除肠以外的部位。在一些实施方案中，治疗或预防发生在肠以及除肠以外的部位。在某些实施方案中，疾病或病症是全身性的。
在某些实施方案中，组合物用于例如当与健康受试者或健康受试者群体相比时展现出或预计展现出微生物区多样性水平降低的受试者中。例如，在一些实施方案中，组合物用于治疗在它的微生物区中具有少于101种不同细菌物种(例如少于100种、99种、98种、97种、96种、95种、93种、90种、85种、80种、75种或70种细菌物种)和/或少于195种不同菌株(例如少于193种、190种、187种、185种、183种、180种、175种、170种、165种、160种、150种、140种细菌菌株)的受试者。例如，在一些实施方案中，组合物用于治疗肠微生物区中与健康受试者相比或与健康受试者群体相比少至少一个细菌属(例如至少2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个细菌属)的受试者。在一些实施方案中，治疗或预防包括以下步骤：将受试者诊断为具有降低的微生物区多样性水平，然后如果发现存在降低的多样性水平，那么用本发明的组合物治疗该受试者。
在某些实施方案中，组合物用于展现出或预计展现出降低的微生物区稳定性的受试者中。在一些实施方案中，组合物用于例如当与健康受试者或健康受试者群体相比时展现出或预计展现出它的微生物区的稳定性降低的受试者中。在一些实施方案中，治疗或预防包括以下步骤：将受试者诊断为具有降低的微生物区稳定性，然后如果发现存在降低的稳定性，那么用本发明的组合物治疗该受试者。
在某些实施方案中，受试者是婴儿。在某些实施方案中，受试者是儿童。在某些实施方案中，受试者是成人。受试者可为青少年，例如年龄在10岁与19岁之间的受试者。
在某些实施方案中，受试者是健康受试者。例如，在组合物用于预防疾病或病症的一些实施方案中，受试者是健康受试者，任选地为鉴别为具有产生特征在于微生物区多样性降低的疾病或病症的风险的受试者。
在某些实施方案中，受试者先前已接受、正在接受或将接受抗癌治疗，例如化疗。因此，在一些实施方案中，治疗或预防包括在抗癌治疗之后、与抗癌治疗一起或在抗癌治疗之前施用本发明的组合物。
在某些实施方案中，受试者先前已接受、正在接受或将接受抗生素治疗。因此，在一些实施方案中，治疗或预防包括在抗生素治疗之后、与抗生素治疗一起或在抗生素治疗之前施用本发明的组合物。本发明的组合物与一种或多种抗生素可用于分开、同时或依序施用。
治疗或预防可指，例如，减轻症状的严重程度或减小恶化的频率或对受试者来说成问题的触发因素范围。
可使用标准技术，诸如用于实例中的qPCR技术，检测来自受试者的粪便中的微生物区中的细菌。
施用模式
优选地，本发明的组合物拟施用到胃肠道，以便使得能够递送到肠和/或使本发明的细菌菌株能够部分或全部定殖肠部。一般地，虽然本发明的组合物经口施用，但所述组合物可经直肠、鼻内或经颊或舌下途径施用。
在某些实施方案中，本发明的组合物可以泡沫、喷雾或凝胶形式施用。
在某些实施方案中，本发明的组合物可以栓剂，诸如直肠栓剂，例如以可可豆油(可可脂)、合成硬脂(例如suppocire、witepsol)、甘油基-明胶、聚乙二醇或肥皂甘油组合物的形式施用。
在某些实施方案中，本发明的组合物通过管(诸如鼻胃管、口胃管、胃管、空肠造瘘管(J型管)、经皮内视镜胃造瘘术(percutaneous endoscopic gastrostomy,PEG))或口(port)(诸如提供出入胃、空肠的胸壁口和其它合适出入口)施用到胃肠道。
本发明的组合物可施用一次，或所述组合物可作为治疗方案的一部分连续施用。在某些实施方案中，本发明的组合物将每日施用。实例证实，每日施用可提供成功的分娩和临床益处。
在某些实施方案中，将本发明的组合物定期，诸如每天、每两天或每周施用延长的时间段，诸如至少一周、两周、一个月、两个月、六个月或一年。
在本发明的某些实施方案中，本发明的治疗伴随有受试者肠微生物区的评估。如果未实现本发明的菌株的递送和/或部分或全部定殖而使得未观测到功效，那么可重复治疗，或者如果递送和/或部分或全部定殖成功且观测到功效，那么可停止治疗。
在某些实施方案中，本发明的组合物可施用到怀孕动物，例如哺乳动物，诸如人，以预防她的子代在子宫内和/或她的子代在出生后发生微生物区的多样性水平降低和/或微生物区的稳定性降低。
可向受试者施用本发明的组合物，该受试者已诊断为微生物区多样性相对于健康受试者降低和/或微生物区稳定性降低，或诊断患有与微生物区多样性相对于健康受试者降低和/或微生物区稳定性降低相关的疾病或病症，或已鉴别为具有微生物区多样性相对于健康受试者降低和/或微生物区稳定性降低的风险。组合物还可作为预防措施施用以预防产生相对于健康受试者的微生物区多样性降低和/或健康受试者的微生物区稳定性降低。
可将本发明的组合物施用到已鉴别为具有异常肠微生物区的受试者。例如，受试者可具有减少或缺乏的拟杆菌属定殖、尤其是多形拟杆菌定殖。
本发明的组合物可作为食品，诸如营养补充剂施用。
一般地，本发明的组合物用于治疗人，但所述组合物可用于治疗动物，包括单胃哺乳动物，诸如家禽、猪、猫、狗、马或兔。本发明的组合物可用于增强动物的生长和性能。如果施用到动物，那么可使用经口胃管灌食。
组合物
一般地，本发明的组合物包含细菌。在本发明的优选实施方案中，组合物是以冻干形式配制。例如，本发明的组合物可包含含有本发明的细菌菌株的颗粒或明胶胶囊，例如硬明胶胶囊。
优选地，本发明的组合物包含冻干细菌。细菌冻干为公知程序且相关指导可于例如参考文献[29-31]中获得。实例证实冻干物组合物尤其有效。
替代地，本发明的组合物可包含活的活性细菌培养物。
在一些实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株尚未经灭活，例如尚未经热灭活。在一些实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株尚未经杀死，例如尚未经热杀死。在一些实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株尚未经减毒，例如尚未经热减毒。例如，在一些实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株尚未经杀死、灭活和/或减毒。例如，在一些实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株是活的。例如，在一些实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株可存活。例如，在一些实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株能够部分或全部定殖肠部。例如，在一些实施方案中，本发明组合物中的细菌菌株可存活且能够部分或全部定殖肠部。
在一些实施方案中，组合物包含活细菌菌株与已杀死的细菌菌株的混合物。
在优选实施方案中，本发明的组合物经囊封以使得能够将细菌菌株递送到肠。囊封保护组合物免于降解，直到借助例如用可通过pH值变化引起的化学或物理刺激(诸如压力、酶促活性或物理崩解)破裂而在目标位置递送。可使用任何适当的囊封法。例示性囊封技术包括截留在多孔基质内、附着或吸附在固体载体表面上、通过絮凝或利用交联剂而自我聚集以及机械容纳在微孔膜或微胶囊后。关于可用于制备本发明的组合物的囊封的指导可于例如参考文献[32]和[33]中获得。
组合物可经口施用且可呈片剂、胶囊或粉剂的形式。囊封产品是优选的，这是因为布劳特氏菌属(Blautia)为厌氧菌。其它成分(诸如维生素C)可作为除氧剂和益生元基质纳入以改良体内递送和/或部分或全部定殖和存活。替代地，本发明的益生菌组合物可作为食品或营养产品，诸如基于牛乳或乳清的发酵乳制品，或作为医药产品经口施用。
组合物可配制为益生菌。
本发明的组合物包括治疗有效量的本发明的细菌菌株。治疗有效量的细菌菌株足以对受试者发挥有益作用。治疗有效量的细菌菌株可足以递送到患者的肠和/或部分或全部定殖于受试者的肠部。
例如适于成年人的细菌日剂量可为约1×103到约1×1011个菌落形成单位(colonyforming unit，CFU)；例如约1×107到约1×1010CFU；在另一实例中，约1×107到约1×1011CFU；在另一实例中，约1×108到约1×1010CFU；在另一实例中，约1×108到约1×1011CFU；在另一实例中，约1×106到约1×1010CFU。
在某些实施方案中，细菌的剂量为每日至少109个细胞，诸如每日至少1010个、至少1011个或至少1012个细胞。
在某些实施方案中，组合物含有相对于组合物的重量，约1×106到约1×1011CFU/g，例如约1×108到约1×1010CFU/g的量的细菌菌株。剂量可为例如1g、3g、5g和10g。在优选实施方案中，组合物含有约1×106到约1×109.5的量的细菌菌株。
通常，任选地将益生菌(诸如本发明的组合物)与至少一种合适的益生元化合物组合。益生元化合物通常为在上消化道中不降解或吸收的不易消化的碳水化合物，诸如低聚糖或多糖，或糖醇。已知益生元包括商业产品，诸如菊糖和反式半乳低聚糖。
在某些实施方案中，本发明的益生菌组合物包括相对于组合物总重量，约1重量％到约30重量％(例如5重量％到20重量％)的量的益生元化合物。碳水化合物可选自由以下组成的组：低聚果糖(或FOS)、短链低聚果糖、菊糖、低聚异麦芽糖、果胶、低聚木糖(或XOS)、低聚几丁糖(或COS)、β-葡聚糖、阿拉伯胶改性和抗性淀粉、聚右旋糖、D-塔格糖、阿拉伯胶纤维、角豆胶(carob)、燕麦和柑橘纤维。在一个方面中，益生元为短链果糖-低聚糖(下文中为简单起见而显示为FOSs-c.c)；该FOSs-c.c.为不可消化的碳水化合物，一般由甜菜糖转化获得且包括三个葡萄糖分子键结而成的蔗糖分子。
本发明的组合物可包含医药学上可接受的赋形剂或载体。此类合适赋形剂的实例可见于参考文献[34]中。用于治疗用途的可接受的载体或稀释剂为医药技术中所熟知且描述于例如参考文献[35]中。合适载体的实例包括乳糖、淀粉、葡萄糖、甲基纤维素、硬脂酸镁、甘露糖醇、山梨糖醇等。合适稀释剂的实例包括乙醇、甘油和水。医药载体、赋形剂或稀释剂的选择可针对预期施用途径和标准医药实践来选择。药物组合物可包含任何合适的粘合剂、润滑剂、悬浮剂、包被剂、增溶剂作为载体、赋形剂或稀释剂，或除载体、赋形剂或稀释剂之外，还可包含任何合适的粘合剂、润滑剂、悬浮剂、包被剂、增溶剂作为载体、赋形剂或稀释剂。合适粘合剂的实例包括淀粉、明胶、天然糖(诸如葡萄糖、无水乳糖、自由流动的乳糖、β-乳糖、玉米甜味剂)、天然和合成胶(例如阿拉伯胶、黄蓍胶)或海藻酸钠、羧甲基纤维素和聚乙二醇。合适润滑剂的实例包括油酸钠、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠、氯化钠等。防腐剂、稳定剂、染料和甚至矫味剂可提供于药物组合物中。防腐剂的实例包括苯甲酸钠、山梨酸、半胱氨酸和对羟基苯甲酸酯。还可使用抗氧化剂和悬浮剂。合适载体的又一实例是蔗糖。合适防腐剂的又一实例是半胱氨酸。
本发明的组合物可配制为食品。例如，除本发明的治疗作用之外，食品还可提供营养益处，诸如在营养补充剂中。类似地，可将食品配制成增强本发明组合物的口味，或通过使该组合物更类似于常见食品而非药物组合物，使得组合物食用起来更具吸引力。在某些实施方案中，将本发明的组合物配制为基于乳的产品。术语“基于乳的产品”意指具有变化的脂肪含量的任何基于乳或乳清的液体或半固体产品。基于乳的产品可为例如牛乳、山羊乳、绵羊乳、脱脂乳、全乳、无任何加工下由乳粉与乳清重组的乳或加工产品，诸如酸奶酪、凝乳、凝块、酸乳、酸全乳、酪乳和其它酸乳产品。另一重要组包括乳饮料，诸如乳清饮料、发酵乳、炼乳、婴儿或婴孩乳；增香乳、冰淇淋；含乳食品，诸如甜食。
在某些实施方案中，本发明的组合物含有单一细菌菌株或物种且不含任何其它细菌菌株或物种。此类组合物可仅包含最低限度量或生物学上无关量的其它细菌菌株或物种。此类组合物可为基本上不含其它生物体物种的培养物或冻干物。
在某些实施方案中，本发明的组合物包含一种或多种拟杆菌属细菌菌株，且不含任何其它细菌属，或所述组合物仅包含最低量或生物无关量的来自另一属的细菌。在某些实施方案中，本发明的组合物包含单一拟杆菌属物种，优选为多形拟杆菌，且不含任何其它细菌物种，或所述组合物仅包含最低量或生物无关量的来自另一物种的细菌。在某些实施方案中，本发明的组合物包含单一拟杆菌属菌株，例如多形拟杆菌NCIMB 42341，且不含任何其它细菌菌株或物种，或所述组合物仅包含最低量或生物无关量的来自另一菌株或物种的细菌。
在一些实施方案中，本发明的组合物包含超过一种的细菌菌株或物种。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物包含超过一种来自同一物种内的菌株(例如超过1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、15种、20种、25种、30种、35种、40种或45种菌株)，且任选地不含来自任何其它物种的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含少于50种来自同一物种内的菌株(例如少于45种、40种、35种、30种、25种、20种、15种、12种、10种、9种、8种、7种、6种、5种、4种或3种菌株)，且任选地不含来自任何其它物种的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含1-40种、1-30种、1-20种、1-19种、1-18种、1-15种、1-10种、1-9种、1-8种、1-7种、1-6种、1-5种、1-4种、1-3种、1-2种、2-50种、2-40种、2-30种、2-20种、2-15种、2-10种、2-5种、6-30种、6-15种、16-25种或31-50种来自同一物种内的菌株，且任选地不含来自任何其它物种的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含超过一个来自同一属内的物种(例如超过1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、12个、15个、17个、20个、23个、25个、30个、35个或40个物种)，且任选地不含来自任何其它属的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含少于50个来自同一属内的物种(例如少于50个、45个、40个、35个、30个、25个、20个、15个、12个、10个、8个、7个、6个、5个、4个或3个物种)，且任选地不含来自任何其它属的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含1-50个、1-40个、1-30个、1-20个、1-15个、1-10个、1-9个、1-8个、1-7个、1-6个、1-5个、1-4个、1-3个、1-2个、2-50个、2-40个、2-30个、2-20个、2-15个、2-10个、2-5个、6-30个、6-15个、16-25个或31-50个来自同一属内的物种，且任选地不含来自任何其它属的细菌。本发明包含前述的任何组合。
在一些实施方案中，组合物包含微生物共生物种(consortium)。例如，在一些实施方案中，组合物包含拟杆菌属细菌菌株(例如多形拟杆菌细菌菌株)作为微生物共生物种的一部分。例如，在一些实施方案中，拟杆菌属细菌菌株与一种或多种(例如至少2种、3种、4种、5种、10种、15种或20种)来自其它属的其它细菌菌株组合存在，该拟杆菌属细菌菌株可与其它属在肠中体内共生生活。例如，在一些实施方案中，组合物包含多形拟杆菌的细菌菌株与来自不同属的细菌菌株的组合。在一些实施方案中，微生物共生物种包含两种或多种从单一生物体(例如人)的粪便样品获得的细菌菌株。在一些实施方案中，微生物共生物种在自然界中并非一起存在。例如，在一些实施方案中，微生物共生物种包含从至少两种不同生物体的粪便样品获得的细菌菌株。在一些实施方案中，两种不同生物体来自同一物种，例如两个不同的人。在一些实施方案中，两种不同生物体是人婴儿和成年人。在一些实施方案中，两种不同生物体是人和非人哺乳动物。
在一些实施方案中，本发明的组合物另外包含一种细菌菌株，该细菌菌株具有与以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌菌株相同的安全性和治疗功效特性，但它并非以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌菌株，或它并非多形拟杆菌菌株。
在本发明的组合物包含超过一种细菌菌株、物种或属的一些实施方案中，单个细菌菌株、物种或属可用于分开、同时或依序施用。例如，组合物可包含所有超过一种的细菌菌株、物种或属，或细菌菌株、物种或属可分开储存且可分开、同时或依序施用。在一些实施方案中，将该超过一种的细菌菌株、物种或属分开储存，但在使用前混合在一起。
在一些实施方案中，用于本发明中的细菌菌株获自成人粪便。在本发明的组合物包含超过一种细菌菌株的一些实施方案中，所有细菌菌株均获自成人粪便，或者如果存在其它细菌菌株，那么它们仅以最低量存在。在一些实施方案中，细菌可能已在从成人粪便中获得且用于本发明的组合物中之后进行培养。
在一些实施方案中，一种或多种拟杆菌属细菌菌株(例如多形拟杆菌菌株)是本发明的组合物中的唯一治疗活性剂。在一些实施方案中，组合物中的细菌菌株是本发明的组合物中的唯一治疗活性剂。
根据本发明使用的组合物可能需要或可能不需要上市许可。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株是冻干的。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株经喷雾干燥。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株经冻干或喷雾干燥且其中该细菌菌株为活的。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株经冻干或喷雾干燥且其中该细菌菌株可存活。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株经冻干或喷雾干燥且其中该细菌菌株能够部分或全部定殖肠部。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株经冻干或喷雾干燥且其中该细菌菌株可存活且能够部分或全部定殖肠部。
在一些情况下，使冻干或喷雾干燥的细菌菌株在施用之前重构。在一些情况下，重构是通过使用本文所述的稀释剂实现。
本发明的组合物可包含医药学上可接受的赋形剂、稀释剂或载体。
在某些实施方案中，本发明提供药物组合物，该药物组合物包含：如本发明中所用的细菌菌株；和医药学上可接受的赋形剂、载体或稀释剂；其中在施用到有需要的受试者时，细菌菌株的量足以增加受试者的微生物区多样性和/或诱导微生物区的稳定性和/或治疗与降低的微生物区多样性和/或降低的微生物区稳定性相关的病症，与微生物区多样性相关的病症选自例如IBS、IBD、癌症、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病或一种或多种代谢疾病/病症。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株的量为每克组合物的重量约1×103到约1×1011个菌落形成单位。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中组合物是以1g、3g、5g或10g的剂量施用。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中组合物是通过选自由口腔、直肠、皮下、鼻、颊和舌下组成的组的方法施用。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，该药物组合物包含选自由乳糖、淀粉、葡萄糖、甲基纤维素、硬脂酸镁、甘露糖醇和山梨糖醇组成的组的载体。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，该药物组合物包含选自由乙醇、甘油和水组成的组的稀释剂。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，该药物组合物包含选自由以下组成的组的赋形剂：淀粉、明胶、葡萄糖、无水乳糖、自由流动的乳糖、β-乳糖、玉米甜味剂、阿拉伯胶、黄蓍胶、海藻酸钠、羧甲基纤维素、聚乙二醇、油酸钠、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠和氯化钠。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，该药物组合物进一步包含防腐剂、抗氧化剂和稳定剂中的至少一者。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，该药物组合物包含选自由苯甲酸钠、山梨酸和对羟基苯甲酸酯组成的组的防腐剂。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株是冻干的。
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中当将组合物在密封容器中于约4℃或约25℃下储存且将容器置于具有50％相对湿度的氛围中时，在至少约1个月、3个月、6个月、1年、1.5年、2年、2.5年或3年时期后，如以菌落形成单位测量的至少80％细菌菌株得以保留。
在一些实施方案中，本发明的组合物提供于包含如本文所述组合物的密封容器中。在一些实施方案中，密封容器是小药囊或瓶。在一些实施方案中，本发明的组合物提供于包含如本文所述组合物的注射器中。
在一些实施方案中，本发明的组合物可作为医药制剂提供。例如，组合物可作为片剂或胶囊提供。在一些实施方案中，胶囊是明胶胶囊(“gel-cap”)。
在一些实施方案中，本发明的组合物是经口施用。经口施用可涉及吞咽，以使得化合物进入胃肠道，和/或经颊、舌或舌下施用，借此化合物直接从口腔进入血流。
适于经口施用的医药制剂包括固体栓(solid plug)、固体微粒、半固体和液体系统(包括多相或分散系统)，诸如片剂；含有多颗粒或纳米颗粒的软或硬胶囊、液体(例如水溶液)、乳液或粉剂；菱形片剂(包括充液型)；咀嚼片(chew)；凝胶；快速分散剂型；膜剂；珠形剂(ovule)；喷雾剂；和经颊/粘膜粘着贴片。
在一些实施方案中，医药制剂是肠溶制剂，即适于通过经口施用将本发明的组合物递送到肠的耐胃制剂(例如，耐胃pH)。当细菌或组合物的另一组分对酸敏感(例如在胃条件下易于降解)时，肠溶制剂可能尤其有用。
在一些实施方案中，肠溶制剂包含肠溶包衣。在一些实施方案中，制剂是肠溶包衣剂型。例如，制剂可为肠溶包衣片剂或肠溶包衣胶囊等。肠溶包衣可为常规肠溶包衣，例如用于经口递送的片剂、胶囊等的常规包衣。制剂可包含膜包衣，例如肠溶聚合物的薄膜层，例如酸不溶性聚合物。
在一些实施方案中，肠溶制剂是固有肠溶性的，例如耐胃的，而无需肠溶包衣。因此，在一些实施方案中，制剂是不包含肠溶包衣的肠溶制剂。在一些实施方案中，制剂是由热胶凝材料制成的胶囊。在一些实施方案中，热胶凝材料是纤维素材料，诸如甲基纤维素、羟甲基纤维素或羟丙基甲基纤维素(HPMC)。在一些实施方案中，胶囊包含不含任何成膜聚合物的壳。在一些实施方案中，胶囊包含壳，且壳包含羟丙基甲基纤维素，且不包含任何成膜聚合物(例如参见[36])。在一些实施方案中，制剂是固有肠溶性胶囊(例如，来自Capsugel的
Figure BDA0003011375050000291
)。
在一些实施方案中，制剂是软胶囊。软胶囊是如下胶囊：由于添加存在于胶囊壳中的软化剂(诸如甘油、山梨糖醇、麦芽糖醇和聚乙二醇)而可具有一定弹性和柔软性。软胶囊可例如基于明胶或淀粉来生产。基于明胶的软胶囊可从各种供货商购得。根据施用方法，诸如经口或经直肠施用，软胶囊可具有各种形状，它们可为例如圆形、椭圆形、长椭圆形或鱼雷形。软胶囊可通过常规工艺产生，诸如通过Scherer工艺、Accogel工艺或微滴或吹制工艺。
培养方法
用于本发明的细菌菌株可使用如例如参考文献[37-39]中详述的标准微生物学技术来培养。
用于培养的固体或液体培养基可为YCFA琼脂或YCFA培养基。YCFA培养基可包括(每100ml，近似值)：酪胨(1.0g)、酵母提取物(0.25g)、NaHCO3(0.4g)、半胱氨酸(0.1g)、K2HPO4(0.045g)、KH2PO4(0.045g)、NaCl(0.09g)、(NH4)2SO4(0.09g)、MgSO4·7H2O(0.009g)、CaCl2(0.009g)、刃天青(0.1mg)、氯化血红素(1mg)、生物素(1μg)、钴胺素(1μg)、对氨基苯甲酸(3μg)、叶酸(5μg)和吡哆胺(15μg)。
用于疫苗组合物中的细菌菌株
本发明者已鉴别出，本发明的细菌菌株可用于治疗或预防与微生物区多样性水平相关的疾病或病症，该微生物区多样性水平相对于健康受试者的微生物区多样性(或相对于健康受试者群体的微生物区多样性)降低，和/或治疗或预防与微生物区稳定性与健康受试者相比(或与健康受试者群体相比)降低相关的疾病或病症。此可能为本发明的细菌菌株对宿主免疫系统所具有的作用的结果。因此，当作为疫苗组合物施用时，本发明的组合物还可用于预防此类疾病或病症。这些疫苗包含多形拟杆菌抗原。在某些此类实施方案中，本发明的细菌菌株可存活。在某些此类实施方案中，本发明的细菌菌株能够部分或全部定殖肠部。在某些此类实施方案中，本发明的细菌菌株可存活且能够部分或全部定殖肠部。在其它某些此类实施方案中，本发明的细菌菌株可经杀死、灭活或减毒。在某些此类实施方案中，组合物可包含疫苗佐剂。在某些实施方案中，组合物用于通过注射，诸如通过皮下注射施用。
通则
除非另外指明，否则本发明的实践将采用在本领域技术内的常规化学、生物化学、分子生物学、免疫学和药理学方法。此类技术在文献中有充分解释。参见例如参考文献[40]和[41-47]等。
术语“包含”涵盖“包括”以及“由......组成”，例如“包含”X的组合物可排他性地由X组成，或可包括其它某物，例如X+Y。
关于数值x的术语“约”为可选的且意指例如x±10％。
词语“基本上”不排除“完全”，例如“基本上不含”Y的组合物可完全不含Y。必要时，本发明的定义中可省略词语“基本上”。
提到两个核苷酸序列之间的序列一致性百分比意指在比对时，在比较该两个序列时该百分比的核苷酸相同。此比对和同源性或序列一致性百分比可使用此项技术中已知的软件程序，例如参考文献[48]的部分7.7.18中所述的软件程序来确定。优选比对通过史密斯-沃特曼同源性搜索算法(Smith-Waterman homology search algorithm)使用仿射空位搜索(其中开放空位罚分为12且空位延伸罚分为2，BLOSUM矩阵为62)来确定。史密斯-沃特曼同源性搜索算法公开于参考文献[49]中。
除非特别陈述，否则包括多个步骤的工艺或方法可在方法开始或结束时包括其它步骤，或可包括其它插入步骤。此外，适当时步骤可组合，省去或以替代次序进行。
本文中描述本发明的各个实施方案。应了解各实施方案中说明的特征均可与其它所说明的特征组合以提供其它实施方案。特定来说，本文中强调为合适、典型或优选的实施方案可彼此组合(除非它们互斥时)。
实施本发明的模式
实施例1-赛坦尼克斯对微生物区多样性的作用
赛坦尼克斯是含有细菌多形拟杆菌(B.Theta)作为活性成分的活生物治疗剂。将它冻干且配制为用于经口施用的耐胃胶囊。各胶囊含有107.73±1.43个菌落形成单位(CFU)。
总体研究设计
该研究是针对年龄为16到18岁患有克隆氏病的受试者的随机化、双盲、安慰剂对照的多剂量研究。在适当的胃肠病诊所从患者清单中鉴别出适于该研究的受试者。
患者接受7.5天的每日给药，其中于第0天(D0)在诊所服用第一剂量，在家服用接下来13个剂量，且在诊所服用第15剂量。在7.5天的给药期内，受试者每12小时在进食前一小时接受一剂多形拟杆菌或安慰剂。
在D0、D1、D7和D56收集粪便样品。通过定量聚合酶链反应(PCR)针对多形拟杆菌和微生物体的其它常见组分分析这些样品。
结果
使用每个样品的观测物种数(丰富度)和香侬多样性指数来评估治疗对微生物区多样性的作用，香侬多样性指数表示各样品内的分类群数(丰富度)和它们的相对丰度(均匀度)。赛坦尼克斯治疗对微生物区多样性的作用示于图1中，该图显示研究时间点(D0、D7和D56)之间的香侬多样性的显著差异。类似地，发现微生物区均匀度在整个研究时间点均显著，如图2中所示。
结论
多形拟杆菌在研究中耐受良好。治疗后没有严重不良事件、死亡或中断研究的受试者。在血液学、临床化学、生命征象或体格检查中无趋势表明多形拟杆菌对这些参数有不利作用。
尽管该研究是在小群体中进行的，但赛坦尼克斯显示作为能够增加微生物区的多样性和均匀度的剂的前景。鉴于疾病与微生物区多样性损失之间的相关性，预计赛坦尼克斯可治疗与微生物体多样性降低相关的疾患，如克隆氏病。
此外，在研究过程中，在若干施用赛坦尼克斯的患者中观测到粪便钙卫蛋白水平的显著变化，表明赛坦尼克斯治疗克隆氏病的功效。
上文已仅以实例的方式描述本发明，且应理解，可作出属于权利要求书的范围内的其它修改。
序列
SEQ ID NO:1(多形拟杆菌菌株NCIMB 42341 16S核糖体RNA基因)
Figure BDA0003011375050000321
Figure BDA0003011375050000331
SEQ ID NO:2(多形拟杆菌(ATCC 29148)16S rRNA)
Figure BDA0003011375050000332
Figure BDA0003011375050000341
SEQ ID NO:3(多形拟杆菌菌株WAL 2926(M58763)16S rRNA)
Figure BDA0003011375050000342
SEQ ID NO:4(多形拟杆菌16S rRNA–BT-A基因)
Figure BDA0003011375050000343
Figure BDA0003011375050000351
SEQ ID NO:5(多形拟杆菌16S rRNA–BT-B基因)
Figure BDA0003011375050000352
Figure BDA0003011375050000361
SEQ ID NO:6(多形拟杆菌16S rRNA–BT-C基因)
Figure BDA0003011375050000362
SEQ ID NO:7(多形拟杆菌16S rRNA–BT-D基因)
Figure BDA0003011375050000363
Figure BDA0003011375050000371
SEQ ID NO:8(多形拟杆菌16S rRNA–BT-E基因)
Figure BDA0003011375050000372
SEQ ID NO:9(多形拟杆菌16S rRNA–BT-F基因)
Figure BDA0003011375050000373
Figure BDA0003011375050000381
SEQ ID NO:10(多形拟杆菌16S rRNA–BT-G基因)
Figure BDA0003011375050000382
Figure BDA0003011375050000391
SEQ ID NO:11(多形拟杆菌16S rRNA–BT-H基因)
Figure BDA0003011375050000392
SEQ ID NO:12(多形拟杆菌16S rRNA–BT-I基因)
Figure BDA0003011375050000393
Figure BDA0003011375050000401
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PCT
(电子版原件)
(此页不是也不算为国际申请的页)
Figure BDA0003011375050000421
由受理局填写
Figure BDA0003011375050000422
由国际局填写
Figure BDA0003011375050000423
序列表
<110> 4D制药研究有限公司（4D PHARMA RESEARCH LIMITED）
<120> 包含细菌菌株的组合物
<130> P074041WO
<140>
<140> 2019-10-09
<150> EP18199455.9
<151> 2018-10-09
<160> 13
<170> SeqWin2010, version 1.0
<210> 1
<211> 1482
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌菌株NCIMB 42341 (Bacteroides thetaiotaomicron strainNCIMB 42341)
<400> 1
cttttacaat gaagagtttg atcctggctc aggatgaacg ctagctacag gcttaacaca 60
tgcaagtcga ggggcagcat ttcagtttgc ttgcaaactg gagatggcga ccggcgcacg 120
ggtgagtaac acgtatccaa cctgccgata actcggggat agcctttcga aagaaagatt 180
aatacccgat ggtataatca gaccgcatgg tttgattatt aaagaatttc ggttatcgat 240
ggggatgcgt tccattaggc agttggtgag gtaacggctc accaaacctt cgatggatag 300
gggttctgag aggaaggtcc cccacattgg aactgagaca cggtccaaac tcctacggga 360
ggcagcagtg aggaatattg gtcaatgggc gcaggcctga accagccaag tagcgtgaag 420
gatgactgcc ctatgggttg taaacttctt ttatatggga ataaagtttt ccacgtgtgg 480
aattttgtat gtaccatatg aataaggatc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat 540
acggaggatc cgagcgttat ccggatttat tgggtttaaa gggagcgtag gtggacagtt 600
aagtcagttg tgaaagtttg cggctcaacc gtaaaattgc agttgatact ggctgtcttg 660
agtacagtag aggtgggcgg aattcgtggt gtagcggtga aatgcttaga tatcacgaag 720
aactccgatt gcgaaggcag ctcactggac tgcaactgac actgatgctc gaaagtgtgg 780
gtatcaaaca ggattagata ccctggtagt ccacacagta aacgatgaat actcgctgtt 840
tgcgatatac agtaagcggc caagcgaaag cattaagtat tccacctggg gagtacgccg 900
gcaacggtga aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt 960
aattcgatga tacgcgagga accttacccg ggcttaaatt gcatttgaat atattggaaa 1020
cagtatagcc gtaaggcaaa tgtgaaggtg ctgcatggtt gtcgtcagct cgtgccgtga 1080
ggtgtcggct taagtgccat aacgagcgca acccttatct ttagttacta acaggtcatg 1140
ctgaggactc tagagagact gccgtcgtaa gatgtgagga aggtggggat gacgtcaaat 1200
cagcacggcc cttacgtccg gggctacaca cgtgttacaa tggggggtac agaaggcagc 1260
tacctggtga caggatgcta atcccaaaag cctctctcag ttcggatcga agtctgcaac 1320
ccgacttcgt gaagctggat tcgctagtaa tcgcgcatca gccatggcgc ggtgaatacg 1380
ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcaa gccatgaaag ccgggggtac ctgaagtacg 1440
taaccgcaag gagcgtccta gggtaaaact ggtaattggg gc 1482
<210> 2
<211> 1475
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌(ATCC 29148) （Bacteroides thetaiotaomicron (ATCC 29148)）
<220>
<221> n
<222> 3
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 30
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> (78)...(79)
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> (94)...(95)
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 195
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 277
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 341
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 393
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 441
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 444
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 462
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 532
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 1274
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 1405
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 1412
<223> c、g、t或a
<400> 2
cantgaagag tttgatcctg gctcaggatn aacgctagct acaggcttaa cacatgcaag 60
tcgaggggca gcatttcnnt ttgcttgcaa actnnagatg gcgaccggcg cacgggtgag 120
taacacgtat ccaacctgcc gataactcgg ggatagcctt tcgaaagaaa gattaatacc 180
cgatggcata atcanaccgc atggtcttat tattaaagaa tttcggttat cgatggggat 240
gcgttccatt aggcagttgg tgaggtaacg gctcacnaaa ccttcgatgg ataggggttc 300
tgagaggaag gtcccccaca ttggaactga gacacggtcc naactcctac gggaggcagc 360
agtgaggaat attggtcaat gggcgcaggc ctnaaccagc caagtagcgt gaaggatgac 420
tgccctatgg gttgtaaact nctnttatat gggaataaag tnttccacgt gtggaatttt 480
gtatgtacca tatgaataag gatcggctaa ctccgtgcca gcagccgcgg tnatacggag 540
gatccgagcg ttatccggat ttattgggtt taaagggagc gtaggtggac agttaagtca 600
gttgtgaaag tttgcggctc aaccgtaaaa ttgcagttga tactggctgt cttgagtaca 660
gtagaggtgg gcggaattcg tggtgtagcg gtgaaatgct tagatatcac gaagaactcc 720
gattgcgaag gcagctcact ggactgcaac tgacactgat gctcgaaagt gtgggtatca 780
aacaggatta gataccctgg tagtccacac agtaaacgat gaatactcgc tgtttgcgat 840
atacagtaag cggccaagcg aaagcattaa gtattccacc tggggagtac gccggcaacg 900
gtgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcgga ggaacatgtg gtttaattcg 960
atgatacgcg aggaacctta cccgggctta aattgcattt gaataatctg gaaacaggtt 1020
agccgcaagg caaatgtgaa ggtgctgcat ggttgtcgtc agctcgtgcc gtgaggtgtc 1080
ggcttaagtg ccataacgag cgcaaccctt atctttagtt actaacaggt catgctgagg 1140
actctagaga gactgccgtc gtaagatgtg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcagcac 1200
ggcccttacg tccggggcta cacacgtgtt acaatggggg gtacagaagg cagctacctg 1260
gtgacaggat gctnatccca aaagcctctc tcagttcgga tcgaagtctg caacccgact 1320
tcgtgaagct ggattcgcta gtaatcgcgc atcagccatg gcgcggtgaa tacgttcccg 1380
ggccttgtac acaccgcccg tcaanccatg anagccgggg gtacctgaag tacgtaaccg 1440
caaggagcgt cctagggtaa aactggtaat tgggg 1475
<210> 3
<211> 1482
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌菌株WAL 2926 (M58763) (Bacteroides thetaiotaomicronstrain WAL 2926 (M58763))
<220>
<221> n
<222> 4
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 36
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 69
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 188
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 209
<223> c、g、t或a
<220>
<221> r
<222> 215
<223> g或a
<220>
<221> n
<222> (283)...(284)
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 533
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 536
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 538
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 547
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 935
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 1207
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 1212
<223> c、g、t或a
<220>
<221> n
<222> 1390
<223> c、g、t或a
<220>
<221> y
<222> 1032
<223> t或c
<400> 3
cttntacaat gaagagtttg atcctggctc aggatnaacg ctagctacag gcttaacaca 60
tgcaagtcna ggggcagcat ttcagtttgc ttgcaaactg gagatggcga ccggcgcacg 120
ggtgagtaac acgtatccaa cctgccgata actcggggat agcctttcga aagaaagatt 180
aatacccnat ggtataatca gaccgcatng tcttrttatt aaagaatttc ggttatcgat 240
ggggatgcgt tccattaggc agttggtgag gtaacggctc acnnaacctt cgatggatag 300
gggttctgag aggaaggtcc cccacattgg aactgagaca cggtccaaac tcctacggga 360
ggcagcagtg aggaatattg gtcaatgggc gcaggcctga accagccaag tagcgtgaag 420
gatgactgcc ctatgggttg taaacttctt ttatatggga ataaagtttt ccacgtgtgg 480
aattttgtat gtaccatatg aataaggatc ggctaactcc gtgccagcag ccncgntnat 540
acggagnatc cgagcgttat ccggatttat tgggtttaaa gggagcgtag gtggacagtt 600
aagtcagttg tgaaagtttg cggctcaacc gtaaaattgc agttgatact ggctgtcttg 660
agtacagtag aggtgggcgg aattcgtggt gtagcggtga aatgcttaga tatcacgaag 720
aactccgatt gcgaaggcag ctcactggac tgcaactgac actgatgctc gaaagtgtgg 780
gtatcaaaca ggattagata ccctggtagt ccacacagta aacgatgaat actcgctgtt 840
tgcgatatac agtaagcggc caagcgaaag cattaagtat tccacctggg gagtacgccg 900
gcaacggtga aactcaaagg aattgacggg ggccngcaca agcggaggaa catgtggttt 960
aattcgatga tacgcgagga accttacccg ggcttaaatt gcatttgaat atattggaaa 1020
cagtatagcc gyaaggcaaa tgtgaaggtg ctgcatggtt gtcgtcagct cgtgccgtga 1080
ggtgtcggct taagtgccat aacgagcgca acccttatct ttagttacta acaggtcatg 1140
ctgaggactc tagagagact gccgtcgtaa gatgtgagga aggtggggat gacgtcaaat 1200
cagcacngcc cntacgtccg gggctacaca cgtgttacaa tggggggtac agaaggcagc 1260
tacctggtga caggatgcta atcccaaaag cctctctcag ttcggatcga agtctgcaac 1320
ccgacttcgt gaagctggat tcgctagtaa tcgcgcatca gccatggcgc ggtgaatacg 1380
ttcccgggcn ttgtacacac cgcccgtcaa gccatgaaag ccgggggtac ctgaagtacg 1440
taaccgcaag gagcgtccta gggtaaaact ggtaattggg gc 1482
<210> 4
<211> 1416
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌BT-A (Bacteroides thetaiotaomicron BT-A)
<220>
<221> n
<222> 1142
<223> c、g、t或a
<400> 4
gttttcccta ggacgctcct tgcggttacg tacttcaggt acccccggct ttcatggctt 60
gacgggcggt gtgtacaagg cccgggaacg tattcaccgc gccatggctg atgcgcgatt 120
actagcgaat ccagcttcac gaagtcgggt tgcagacttc gatccgaact gagagaggct 180
tttgggatta gcatcctgtc accaggtagc tgccttctgt accccccatt gtaacacgtg 240
tgtagccccg gacgtaaggg ccgtgctgat ttgacgtcat ccccaccttc ctcacatctt 300
acgacggcag tctctctaga gtcctcagca tgacctgtta gtaactaaag ataagggttg 360
cgctcgttat ggcacttaag ccgacacctc acggcacgag ctgacgacaa ccatgcagca 420
ccttcacatt tgccttacgg ctatactgtt tccaatatat tcaaatgcaa tttaagcccg 480
ggtaaggttc ctcgcgtatc atcgaattaa accacatgtt cctccgcttg tgcgggcccc 540
cgtcaattcc tttgagtttc accgttgccg gcgtactccc caggtggaat acttaatgct 600
ttcgcttggc cgcttactgt atatcgcaaa cagcgagtat tcatcgttta ctgtgtggac 660
taccagggta tctaatcctg tttgataccc acactttcga gcatcagtgt cagttgcagt 720
ccagtgagct gccttcgcaa tcggagttct tcgtgatatc taagcatttc accgctacac 780
cacgaattcc gcccacctct actgtactca agacagccag tatcaactgc aattttacgg 840
ttgagccgca aactttcaca actgacttaa ctgtccacct acgctccctt taaacccaat 900
aaatccggat aacgctcgga tcctccgtat taccgcggct gctggcacgg agttagccga 960
tccttattca tatggtacat acaaaattcc acacgtggaa aactttattc ccatataaaa 1020
gaagtttaca acccataggg cagtcatcct tcacgctact tggctggttc aggcctgcgc 1080
ccattgacca atattcctca ctgctgcctc ccgtaggagt ttggaccgtg tctcagttcc 1140
antgtggggg accttcctct cagaacccct atccatcgaa ggtttggtga gccgttacct 1200
caccaactgc ctaatggaac gcatccccat cgataaccga aattctttaa taacaagacc 1260
atgcggtcta attataccat cggatattaa tctttctttc gaaaggctat ccccgagtta 1320
tcggcaggtt ggatacgtgt tactcacccg tgcgccggtc gccatcttca gttgcaagca 1380
aactgaaatg ctgcccctcg acttgcatgg taagcc 1416
<210> 5
<211> 1393
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌BT-B (Bacteroides thetaiotaomicron BT-B)
<400> 5
gctccttgcg gttacgtact tcaggtaccc ccggctttca tggcttgacg ggcggtgtgt 60
acaaggcccg ggaacgtatt caccgcgcca tggctgatgc gcgattacta gcgaatccag 120
cttcacgaag tcgggttgca gacttcgatc cgaactgaga gaggcttttg ggattagcat 180
cctgtcacca ggtagctgcc ttctgtaccc cccattgtaa cacgtgtgta gccccggacg 240
taagggccgt gctgatttga cgtcatcccc accttcctca catcttacga cggcagtctc 300
tctagagtcc tcagcataac ctgttagtaa ctaaagataa gggttgcgct cgttatggca 360
cttaagccga cacctcacgg cacgagctga cgacaaccat gcagcacctt cacatttgcc 420
ttgcgactaa cctgtttcca gattattcaa atgcaattta agcccgggta aggttcctcg 480
cgtatcatcg aattaaacca catgttcctc cgcttgtgcg ggcccccgtc aattcctttg 540
agtttcaccg ttgccggcgt actccccagg tggaatactt aatgctttcg cttggccgct 600
tactgtatat cgcaaacagc gagtattcat cgtttactgt gtggactacc agggtatcta 660
atcctgtttg atacccacac tttcgagcat cagtgtcagt tgcagtccag tgagctgcct 720
tcgcaatcgg agttcttcgt gatatctaag catttcaccg ctacaccacg aattccgccc 780
acctctactg tactcaagac agccagtatc aactgcaatt ttacggttga gccgcaaact 840
ttcacaactg acttaactgt ccacctacgc tccctttaaa cccaataaat ccggataacg 900
ctcggatcct ccgtattacc gcggctgctg gcacggagtt agccgatcct tattcatatg 960
gtacatacaa aattccacac gtggaaaact ttattcccat ataaaagaag tttacaaccc 1020
atagggcagt catccttcac gctacttggc tggttcaggc ctgcgcccat tgaccaatat 1080
tcctcactgc tgcctcccgt aggagtttgg accgtgtctc agttccaatg tgggggacct 1140
tcctctcaga acccctatcc atcgaaggtt tggtgagccg ttacctcacc aactgcctaa 1200
tggaacgcat ccccatcgat aaccgaaatt ctttaataac aagaccatgc ggtctaatta 1260
taccatcggg tattaatctt tctttcgaaa ggctatcccc gagttatcgg caggttggat 1320
acgtgttact cacccgtgcg ccggtcgcca tctccagttt gcaagcaaac tgaaatgctg 1380
cccctcgact gca 1393
<210> 6
<211> 1393
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌BT-C (Bacteroides thetaiotaomicron BT-C)
<400> 6
gctccttgcg gttacgtact tcaggtaccc ccggctttca tggcttgacg ggcggtgtgt 60
acaaggcccg ggaacgtatt caccgcgcca tggctgatgc gcgattacta gcgaatccag 120
cttcacgaag tcgggttgca gacttcgatc cgaactgaga gaggcttttg ggattagcat 180
cctgtcacca ggtagctgcc ttctgtaccc cccattgtaa cacgtgtgta gccccggacg 240
taagggccgt gctgatttga cgtcatcccc accttcctca catcttacga cggcagtctc 300
tctagagtcc tcagcatgac ctgttagtaa ctaaagataa gggttgcgct cgttatggca 360
cttaagccga cacctcacgg cacgagctga cgacaaccat gcagcacctt cacatttgcc 420
ttacggctat actgtttcca gtatattcaa atgcaattta agcccgggta aggttcctcg 480
cgtatcatcg aattaaacca catgttcctc cgcttgtgcg ggcccccgtc aattcctttg 540
agtttcaccg ttgccggcgt actccccagg tggaatactt aatgctttcg cttggccgct 600
tactgtatat cgcaaacagc gagtattcat cgtttactgt gtggactacc agggtatcta 660
atcctgtttg atacccacac tttcgagcat cagtgtcagt tgcagtccag tgagctgcct 720
tcgcaatcgg agttcttcgt gatatctaag catttcaccg ctacaccacg aattccgccc 780
acctctactg tactcaagac agccagtatc aactgcaatt ttacggttga gccgcaaact 840
ttcacaactg acttaactgt ccacctacgc tccctttaaa cccaataaat ccggataacg 900
ctcggatcct ccgtattacc gcggctgctg gcacggagtt agccgatcct tattcatatg 960
gtacatacaa aattccacac gtggaaaact ttattcccat ataaaagaag tttacaaccc 1020
atagggcagt catccttcac gctacttggc tggttcaggc ctgcgcccat tgaccaatat 1080
tcctcactgc tgcctcccgt aggagtttgg accgtgtctc agttccaatg tgggggacct 1140
tcctctcaga acccctatcc atcgaaggtt tggtgagccg ttacctcacc aactgcctaa 1200
tggaacgcat ccccatcgat aaccgaaatt ctttaataac aagaccatgc ggtctgatta 1260
taccatcggg tattaatctt tctttcgaaa ggctatcccc gagttatcgg caggttggat 1320
acgtgttact cacccgtgcg ccggtcgcca tctccagttt gcaagcaaac tgaaatgctg 1380
cccctcgact gca 1393
<210> 7
<211> 1394
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌菌株BT-D (Bacteroides thetaiotaomicron BT-D)
<400> 7
gctccttgcg gttacgtact tcaggtaccc ccggctttca tggcttgacg ggcggtgtgt 60
acaaggcccg ggaacgtatt caccgcgcca tggctgatgc gcgattacta gcgaatccag 120
cttcacgaag tcgggttgca gacttcgatc cgaactgaga gaggcttttg ggattagcat 180
cctgtcacca ggtagctgcc ttctgtaccc cccattgtaa cacgtgtgta gccccggacg 240
taagggccgt gctgatttga cgtcatcccc accttcctca catcttacga cggcagtctc 300
tctagagtcc tcagcatgac ctgttagtaa ctaaagataa gggttgcgct cgttatggca 360
cttaagccga cacctcacgg cacgagctga cgacaaccat gcagcacctt cacatttgcc 420
ttacggctat actgtttcca gtatattcaa atgcaattta agcccgggta aggttcctcg 480
cgtatcatcg aattaaacca catgttcctc cgcttgtgcg ggcccccgtc aattcctttg 540
agtttcaccg ttgccggcgt actccccagg tggaatactt aatgctttcg cttggccgct 600
tactgtatat cgcaaacagc gagtattcat cgtttactgt gtggactacc agggtatcta 660
atcctgtttg atacccacac tttcgagcat cagtgtcagt tgcagtccag tgagctgcct 720
tcgcaatcgg agttcttcgt gatatctaag catttcaccg ctacaccacg aattccgccc 780
acctctactg tactcaagac agccagtatc aactgcaatt ttacggttga gccgcaaact 840
ttcacaactg acttaactgt ccacctacgc tccctttaaa cccaataaat ccggataacg 900
ctcggatcct ccgtattacc gcggctgctg gcacggagtt agccgatcct tattcatatg 960
gtacatacaa aattccacac gtggaaaact ttattcccat ataaaagaag tttacaaccc 1020
atagggcagt catccttcac gctacttggc tggttcaggc ctgcgcccat tgaccaatat 1080
tcctcactgc tgcctcccgt aggagtttgg accgtgtctc agttccaatg tgggggacct 1140
tcctctcaga acccctatcc atcgaaggtt tggtgagccg ttacctcacc aactgcctaa 1200
tggaacgcat ccccatcgat aaccgaaatt ctttaataac aagaccatgc ggtctgatta 1260
taccatcggg tattaatctt tctttcgaaa ggctatcccc gagttatcgg caggtggata 1320
cgtgttactc acccgtgcgc cggtcgccat ctccagtttg caagcaaact gaaatgctgc 1380
ccctcgactg catg 1394
<210> 8
<211> 1395
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌BT-E (Bacteroides thetaiotaomicron BT-E)
<400> 8
gctccttgcg gttacgtact tcaggtaccc ccggctttca tggcttgacg ggcggtgtgt 60
acaaggcccg ggaacgtatt caccgcgcca tggctgatgc gcgattacta gcgaatccag 120
cttcacgaag tcgggttgca gacttcgatc cgaactgaga gaggcttttg ggattagcat 180
cctgtcacca ggtagctgcc ttctgtaccc cccattgtaa cacgtgtgta gccccggacg 240
taagggccgt gctgatttga cgtcatcccc accttcctca catcttacga cggcagtctc 300
tctagagtcc tcagcatgac ctgttagtaa ctaaagataa gggttgcgct cgttatggca 360
cttaagccga cacctcacgg cacgagctga cgacaaccat gcagcacctt cacatttgcc 420
ttacggctat actgtttcca gtatattcaa atgcaattta agcccgggta aggttcctcg 480
cgtatcatcg aattaaacca catgttcctc cgcttgtgcg ggcccccgtc aattcctttg 540
agtttcaccg ttgccggcgt actccccagg tggaatactt aatgctttcg cttggccgct 600
tactgtatat cgcaaacagc gagtattcat cgtttactgt gtggactacc agggtatcta 660
atcctgtttg atacccacac tttcgagcat cagtgtcagt tgcagtccag tgagctgcct 720
tcgcaatcgg agttcttcgt gatatctaag catttcaccg ctacaccacg aattccgccc 780
acctctactg tactcaagac agccagtatc aactgcaatt ttacggttga gccgcaaact 840
ttcacaactg acttaactgt ccacctacgc tccctttaaa cccaataaat ccggataacg 900
ctcggatcct ccgtattacc gcggctgctg gcacggagtt agccgatcct tattcatatg 960
gtacatacaa aattccacac gtggaaaact ttattcccat ataaaagaag tttacaaccc 1020
atagggcagt catccttcac gctacttggc tggttcaggc ctgcgcccat tgaccaatat 1080
tcctcactgc tgcctcccgt aggagtttgg accgtgtctc agttccaatg tgggggacct 1140
tcctctcaga acccctatcc atcgaaggtt tggtgagccg ttacctcacc aactgcctaa 1200
tggaacgcat ccccatcgat aaccgaaatt ctttaataac aagaccatgc ggtctgatta 1260
taccatcggg tattaatctt tctttcgaaa ggctatcccc gagttatcgg caggttggat 1320
acgtgttact cacccgtgcg ccggtcgcca tctccagttt gcaagcaaac tgaaatgctg 1380
cccctcgact gcatg 1395
<210> 9
<211> 1395
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌BT-F (Bacteroides thetaiotaomicron BT-F)
<400> 9
gctccttgcg gttacgtact tcaggtaccc ccggctttca tggcttgacg ggcggtgtgt 60
acaaggcccg ggaacgtatt caccgcgcca tggctgatgc gcgattacta gcgaatccag 120
cttcacgaag tcgggttgca gacttcgatc cgaactgaga gaggcttttg ggattagcat 180
cctgtcacca ggtagctgcc ttctgtaccc cccattgtaa cacgtgtgta gccccggacg 240
taagggccgt gctgatttga cgtcatcccc accttcctca catcttacga cggcagtctc 300
tctagagtcc tcagcatgac ctgttagtaa ctaaagataa gggttgcgct cgttatggca 360
cttaagccga cacctcacgg cacgagctga cgacaaccat gcagcacctt cacatttgcc 420
ttacggctat actgtttcca gtatattcaa atgcaattta agcccgggta aggttcctcg 480
cgtatcatcg aattaaacca catgttcctc cgcttgtgcg ggcccccgtc aattcctttg 540
agtttcaccg ttgccggcgt actccccagg tggaatactt aatgctttcg cttggccgct 600
tactgtatat cgcaaacagc gagtattcat cgtttactgt gtggactacc agggtatcta 660
atcctgtttg atacccacac tttcgagcat cagtgtcagt tgcagtccag tgagctgcct 720
tcgcaatcgg agttcttcgt gatatctaag catttcaccg ctacaccacg aattccgccc 780
acctctactg tactcaagac agccagtatc aactgcaatt ttacggttga gccgcaaact 840
ttcacaactg acttaactgt ccacctacgc tccctttaaa cccaataaat ccggataacg 900
ctcggatcct ccgtattacc gcggctgctg gcacggagtt agccgatcct tattcatatg 960
gtacatacaa aattccacac gtggaaaact ttattcccat ataaaagaag tttacaaccc 1020
atagggcagt catccttcac gctacttggc tggttcaggc ctgcgcccat tgaccaatat 1080
tcctcactgc tgcctcccgt aggagtttgg accgtgtctc agttccaatg tgggggacct 1140
tcctctcaga acccctatcc atcgaaggtt tggtgagccg ttacctcacc aactgcctaa 1200
tggaacgcat ccccatcgat aaccgaaatt ctttaataac aagaccatgc ggtctgatta 1260
taccatcggg tattaatctt tctttcgaaa ggctatcccc gagttatcgg caggtaggat 1320
acgtgttact cacccgtgcg ccggtcgcca tctccagttt gcaagcaaac tgaaatgctg 1380
cccctcgact gcatg 1395
<210> 10
<211> 1412
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌BT-G (Bacteroides thetaiotaomicron BT-G)
<400> 10
tttactagga cgctcttgcg gttacgtact tcaggtaccc ccggctttca tggcttgacg 60
ggcggtgtgt acaaggcccg ggaacgtatt caccgcgcca tggctgatgc gcgattacta 120
gcgaatccag cttcacgaag tcgggttgca gacttcgatc cgaactgaga gaggcttttg 180
ggattagcat cctgtcacca ggtagctgcc ttctgtaccc cccattgtaa cacgtgtgta 240
gccccggacg taagggccgt gctgatttga cgtcatcccc accttcctca catcttacga 300
cggcagtctc tctagagtcc tcagcatgac ctgttagtaa ctaaagataa gggttgcgct 360
cgttatggca cttaagccga cacctcacgg cacgagctga cgacaaccat gcagcacctt 420
cacatttgcc ttacggctat actgtttcca gtatattcaa atgcaattta agcccgggta 480
aggttcctcg cgtatcatcg aattaaacca catgttcctc cgcttgtgcg ggcccccgtc 540
aattcctttg agtttcaccg ttgccggcgt actccccagg tggaatactt aatgctttcg 600
cttggccgct tactgtatat cgcaaacagc gagtattcat cgtttactgt gtggactacc 660
agggtatcta atcctgtttg atacccacac tttcgagcat cagtgtcagt tgcagtccag 720
tgagctgcct tcgcaatcgg agttcttcgt gatatctaag catttcaccg ctacaccacg 780
aattccgccc acctctactg tactcaagac agccagtatc aactgcaatt ttacggttga 840
gccgcaaact ttcacaactg acttaactgt ccacctacgc tccctttaaa cccaataaat 900
ccggataacg ctcggatcct ccgtattacc gcggctgctg gcacggagtt agccgatcct 960
tattcatatg gtacatacaa aattccacac gtggaaaact ttattcccat ataaaagaag 1020
tttacaaccc atagggcagt catccttcac gctacttggc tggttcaggc ctgcgcccat 1080
tgaccaatat tcctcactgc tgcctcccgt aggagtttgg accgtgtctc agttccaatg 1140
tgggggacct tcctctcaga acccctatcc atcgaaggtt tggtgagccg ttacctcacc 1200
aactgcctaa tggaacgcat ccccatcgat aaccgaaatt ctttaataac aagaccatgc 1260
ggtctgatta taccatcggg tattaatctt tctttcgaaa ggctatcccc gagttatcgg 1320
caggttggat acgtgttact cacccgtgcg ccggtcgcca tctccagttg caagcaaact 1380
gaaatgctgc ccctcgactg catgtgtagc cg 1412
<210> 11
<211> 1398
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌BT-H (Bacteroides thetaiotaomicron BT-H)
<220>
<221> n
<222> 936
<223> c、g、t或a
<400> 11
ggacgctcct tgcggttacg tacttcaggt acccccggct ttcatggctt gacgggcggt 60
gtgtacaagg cccgggaacg tattcaccgc gccatggctg atgcgcgatt actagcgaat 120
ccagcttcac gaagtcgggt tgcagacttc gatccgaact gagagaggct tttgggatta 180
gcatcctgtc accaggtagc tgccttctgt accccccatt gtaacacgtg tgtagccccg 240
gacgtaaggg ccgtgctgat ttgacgtcat ccccaccttc ctcacatctt acgacggcag 300
tctctctaga gtcctcagca tgacctgtta gtaactaaag ataagggttg cgctcgttat 360
ggcacttaag ccgacacctc acggcacgag ctgacgacaa ccatgcagca ccttcacatt 420
tgccttacgg ctatactgtt tccagtatat tcaaatgcaa tttaagcccg ggtaaggttc 480
ctcgcgtatc atcgaattaa accacatgtt cctccgcttg tgcgggcccc cgtcaattcc 540
tttgagtttc accgttgccg gcgtactccc caggtggaat acttaatgct ttcgcttggc 600
cgcttactgt atatcgcaaa cagcgagtat tcatcgttta ctgtgtggac taccagggta 660
tctaatcctg tttgataccc acactttcga gcatcagtgt cagttgcagt ccagtgagct 720
gccttcgcaa tcggagttct tcgtgatatc taagcatttc accgctacac cacgaattcc 780
gcccacctct actgtactca agacagccag tatcaactgc aattttacgg ttgagccgca 840
aactttcaca actgacttaa ctgtccacct acgctccctt taaacccaat aaatccggat 900
aacgctcgga tcctccgtat taccgcggct gctggncacg gagttagccg atccttattc 960
atatggtaca tacaaaattc cacacgtgga aaactttatt cccatataaa agaagtttac 1020
aacccatagg gcagtcatcc ttcacgctac ttggctggtt caggcctgcg cccattgacc 1080
aatattcctc actgctgcct cccgtaggag tttggaccgt gtctcagttc caatgtgggg 1140
gaccttcctc tcagaacccc tatccatcga aggtttggtg agccgttacc tcaccaactg 1200
cctaatggaa cgcatcccca tcgataaccg aaattcttta ataacaagac catgcggtct 1260
gattatacca tcgggtatta atctttcttt cgaaaggcta tccccgagtt atcggcaggt 1320
tggatacgtg ttactcaccc gtgcgccggt cgccatctcc agtttgcaag caaactgaaa 1380
tgctgcccct cgactgca 1398
<210> 12
<211> 1393
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌BT-I (Bacteroides thetaiotaomicron BT-I)
<220>
<221> w
<222> 443
<223> a或t
<400> 12
gctccttgcg gttacgtact tcaggtaccc ccggctttca tggcttgacg ggcggtgtgt 60
acaaggcccg ggaacgtatt caccgcgcca tggctgatgc gcgattacta gcgaatccag 120
cttcacgaag tcgggttgca gacttcgatc cgaactgaga gaggcttttg ggattagcat 180
cctgtcacca ggtagctgcc ttctgtaccc cccattgtaa cacgtgtgta gccccggacg 240
taagggccgt gctgatttga cgtcatcccc accttcctca catcttacga cggcagtctc 300
tctagagtcc tcagcatgac ctgttagtaa ctaaagataa gggttgcgct cgttatggca 360
cttaagccga cacctcacgg cacgagctga cgacaaccat gcagcacctt cacatttgcc 420
ttgcggctaa cctgtttcca gawtattcaa atgcaattta agcccgggta aggttcctcg 480
cgtatcatcg aattaaacca catgttcctc cgcttgtgcg ggcccccgtc aattcctttg 540
agtttcaccg ttgccggcgt actccccagg tggaatactt aatgctttcg cttggccgct 600
tactgtatat cgcaaacagc gagtattcat cgtttactgt gtggactacc agggtatcta 660
atcctgtttg atacccacac tttcgagcat cagtgtcagt tgcagtccag tgagctgcct 720
tcgcaatcgg agttcttcgt gatatctaag catttcaccg ctacaccacg aattccgccc 780
acctctactg tactcaagac agccagtatc aactgcaatt ttacggttga gccgcaaact 840
ttcacaactg acttaactgt ccacctacgc tccctttaaa cccaataaat ccggataacg 900
ctcggatcct ccgtattacc gcggctgctg gcacggagtt agccgatcct tattcatatg 960
gtacatacaa aattccacac gtggaaaact ttattcccat ataaaagaag tttacaaccc 1020
atagggcagt catccttcac gctacttggc tggttcaggc tttcgtccat tgaccaatat 1080
tcctcactgc tgcctcccgt aggagtttgg accgtgtctc agttccaatg tgggggacct 1140
tcctctcaga acccctatcc atcgaaggtt tggtgagccg ttacctcacc aactgcctaa 1200
tggaacgcat ccccatcgat aaccgaaatt ctttaataac aagaccatgc ggtctaatta 1260
taccatcggg tattaatctt tctttcgaaa ggctatcccc gagttatcgg caggttggat 1320
acgtgttact cacccgtgcg ccggtcgcca tctccagttt gcaagcaaac tgaaatgctg 1380
cccctcgact gca 1393
<210> 13
<211> 33038
<212> DNA
<213> 多形拟杆菌VPI-5482 (Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482)
<400> 13
atgaacaaac cgaagattat acagattatt gatgttgttt ccaatgcgat agacggaaac 60
cgtatcgacg aggattttat aaagagttgt atttacggca aagtgaatgc ggaactgtat 120
gcgcatcttt taggcaaata cagggggtat gacggggatt tctttcagtt ttatttgggg 180
acggacgatc ggataaaccg ggctttgctg gagaacctgg ggattaaggt cgaacccgac 240
aaatatccgg actatgatag ccggattgtt gcgcaggtcg tccagggaaa gaaaaggttt 300
gatatttatc ctttcgagtt ggaagccttt aacagatatg ccatgtttgg caataataat 360
gcgctttcat gcctgaaagg gatttccccg acagccgggc agaccgtccg ggaaaacggt 420
attaacgagt atggaaacgc cttgaattgg tcgctgttct ggataaaggc aaatccggag 480
gacaaagccc tgttagtgga tcacgttttg aatatccccg aacgatgata gcggaatatt 540
tcatttaccg gagaaagggg gataaagagc cgtttatctc cctgggggaa atgccgcaat 600
acgggttaag gccgaaacag aagtttaccg ggaaaaaact taaaatagag gtgatccgca 660
ggctttccgg tgtggaaatc gagcagacgg ccaccactcc gcagataaac gcctatatcg 720
aggcgaatat ctatgatacc gaacgttggc cggagtaccg gaagttatac cgacaggtgg 780
ccggagaggt ggaaaccgtg gccgacatct ttacgctcca gtatatttta gtggccgaac 840
tggaggatca gaccaggacg ggaaaggact gccagccgca gccgacagat ccgaaagacg 900
agaggctgat acacctaatc cggtgcgagc ttatgggtga acccctggaa atgtacaaga 960
cgatgataaa cccgatcatc gccttaaaga aacgtttcgt ttgatactac atctactaaa 1020
aatagtagat actactttta gtattttagt tcgtacgctc aatcctggga gaaaaactaa 1080
tcgggatatt cattgagttc ccggtatgcc ttagctaact cttcttgggt gtgacgtttg 1140
aactttttac ggcttatgat gaaaggcaac ctctgattca tttcattctc gtactcgtcc 1200
aggagatgtt taccccttcc ggtaaggacg acatgggtac ggtcgtcgga aaagcggatc 1260
tcttttaaat cttccattgt atctaatata cggaggatga ttttctcgta aatgggggta 1320
cgcagtaacg ggtgtgcgag catgggggaa ttgtatttta tatcgaaatt ctcgatgatc 1380
tccgtctgca cttcctctat atgcttggga agtgcttttc ccagcgtgta gtaaacagct 1440
atctgaaagt ctttgtaatt tggaaacatg ggcgtatatg gtttattggg aacgtggata 1500
tttttaatat ttccgttccg ggattcttcg gccgaaagat aaaaaaatct ctcgaataat 1560
ctttgggata gatgcgcttt ttttagtaaa tactaaaaat agtatttttg taatgcgcat 1620
tacagtagtg tattttgtaa acgtaacgtg tacttattca agtattttag taaaatgggt 1680
atcttttata tccggttata ctaatattag tattttagta tttttataat gtacattaca 1740
aaaatatccg tatctttgca ttcagattga aaaacaaaag gcttatgata acgacgatcc 1800
agtttaagac gttggacgac ttgtatcagt tttacaacga cgcaattttt aacggtgagc 1860
tttcggaatg tatcgtgaat atgtcccgtc acggtggggc gttcggcttt ttcgccgcca 1920
accgttggag aggggacggg caggaaaaaa aggtcgttca cgagatcagc atcaaccccg 1980
attttatgaa ccgggaagat cgggactggc attctaccct ggtacatgaa atgtgccatt 2040
tgtggcagga ggatttcggc aggccgagcc ggggagggta tcataattcg caatgggctg 2100
acaagatgat ccaggtcgga ctgatgccgt ccgacaccgg ggaggccgga ggcaaaagga 2160
caggccagag cattacgcat tatatcattc cgggagggaa gttcgagcag gttttcaata 2220
cgctaagccg ggaggatctg caaaacttgc ggcttaggta caagccgact ttggcggccg 2280
tacctacccg gccgatccgc atcgccggaa gcgacgggga cgaaacggaa gaaccggaag 2340
atccggacga gggggagagc aaaagcggaa agcggaagaa atacacctgt gggtgcggct 2400
gtaacgtgtg gggaaaatcc gggctggtgt taaggtgcgg actgtgcgac actgatttta 2460
cggaacaata ggaaacagtg caaaggtcag aagcccccag taaaaacccc gccggaggca 2520
gatttcaagc atactcgttt tactaaaata ctaagataag tctatactaa tcttagtatt 2580
ttagtattat tgtaatgtgc attacaatat aggggtatat gaaaaagtgg ggatgtcgta 2640
atacgtcaat tcgccccact tttaaggctt gacgtgcaat agccgtcagc ccccagacgg 2700
acgggaacca ccccggccgc acacaaatat agaaaatctt ccggatttaa ccaaacaggt 2760
cgggatcttt ctttttcccc ctggccttga taccgaaatc ctcacgcagc atctttgcca 2820
gtgaattttg tgcgtgggct gtactcattt caccgctgca aaccttatcg tcgtaatatg 2880
cacaacggtc gtacacgtct ttcagccgtc cgctttccag gatcttgtcg agtgccctta 2940
ccggggtgtt gtcgctcgga tagcttaaag caccgtaaac ccaacggtaa acgaacgagt 3000
attgttgttg ctggtcgcct cgcagttctt ggggatttct cgcatggatg aacaggataa 3060
tcgtgtcggc tttcggtttt tgcccctttt taggcgtttt gcagatgaat ttgtaatcga 3120
accatacatc ggcctcgctt tccttgattc gtgtctgtgc aggccttaaa accttttggt 3180
cgatctgtgc attcgagtag gaggccggga tctccaggtc tttgcagaat tggtcgatcg 3240
agtaataata ctcccgtctg tcccgttggc tgcaaatgat cttgtagagc cgcttggtgt 3300
aattgccccg gagggttaag gcgatgttct tcccgtacct tgtaccgccg acacccgtac 3360
cgtagtagag caggaaaggg atcgcccagg ggttgagcgt cagggctacc cggtttgtgc 3420
ctttgatgtt gtgtaccgtc gttatcacca ccccgaacgt ttccaccgtc tggtggatat 3480
tgggatgcac ccagcgaaag gaaaagtttt tccgcatcat ggcgatagcc tctttcagaa 3540
ctttgctctt gttgttcttc cccccggctt cgtcgcattt gatctcgacg acaggctggt 3600
taaagaggtc tttaggcagt tgtttttccc tggtcatgtg ttgctggatc tggtcgctta 3660
tgagcgtcag gaggttttct tgccactcgg tcacagagta ctggccgaat gttacgttat 3720
tcggctggat taacattact tcttcctccg taggaggaat atagagggtg atgtcgttgg 3780
tcgccatagg cttttttttt tgagttcggg acaaagttaa agaaataaaa gataccgcca 3840
aaaaatacca agtacttttt attgtaacct ttagtaaaat gggtatttat tggagggggt 3900
aattttagta aaataagtat tttccccctt cggattttag taaaatgagt attttaggtt 3960
gtgtcttttc acctataacg atttgtattt cagttaatta taaatgaaaa aacgctttct 4020
tacaaagaac ctctacaaag actattctca caaagaagga aaatcttagg gaatcacagg 4080
cttcaaaaac ggctggaaaa tgtgcatttt gaaaacggaa aatgagaaac ggagaaaaaa 4140
tgagcgaagc gtttctttag tgcgattttt ccgcgcgtta aaatgtgtaa aattttgttt 4200
ttgtgttgta aaatataagg tgatcggaac gattgccgcc gttttacaaa tgtacacttt 4260
tttggggggc ggtgtacatt tgtaatgtgc attttggggg ctgggtgtct gatgtattgg 4320
agcgaagccg tgcggagcgt tccaggagcg acgagcgaag caaggagaga gagaacgacg 4380
gtttaccaaa gtgagcaagc agtcattgga cttagtccaa tgctgatttt ccaaatcact 4440
gatatataac tgtttacttg tttatatgta tgcgaattgc atacatattg catacattat 4500
tttgataatt cattgaatta tagtatattg tagccgatat ttatgtatgc aaacccctat 4560
acgtgaaatt atggcaacaa caagtaaaga tacgtctatc cgtataaagg agagtacaag 4620
gtttaggctt gatatgctga aaggaaacaa atcgcacgat gcgttcgtgg ccgaaatgtt 4680
actctatttt gaaacaacgg ggatcacccc gcagtcgaat gtaatgccgc cgaacattgc 4740
ggccaaagag caggcaagcc gggtgatcga agttgtccgg ggcattgaga aatccactaa 4800
cgtaaggctg aaaaacatcg aacaactcct tttgtcgctt gtcggggaag tgaaaacgcc 4860
gggggacaat ccggacgaat atatgcacat ctcacaggta caggaacttt tggagcgttc 4920
caagcaactg gaacaggaag ccagggaaaa ccgggagaag gccgggaaac tgcaaacgga 4980
tctcgaaata gcccggcagg agaaaggaac tccggccgtc ggatgcaata cgcacaagat 5040
cctggagatc gtggagcgta tcgacgaggt gaagaagata ccgacattca acgatacggt 5100
ttatgagata gaccgtaata cgctggatat gtgggtgaaa aggttaaagg acgaactaaa 5160
gagataagcc tatgtttgcc aaagtacacc cggccgagga cgtgaaaagc ggaaatacgg 5220
gaagctgtca cgacctggtg cgttatctgg aaaaggaaac gggggaggga cagcgttttt 5280
tctcccatac ggagcaggat atttcacccg aacgggtaat tatggatata gacgggaaca 5340
aaaaggcgtt aggggctaac gacgctaaat tcttcatgct ttcgctcaat ccgtcgcagt 5400
cggaacaaat gcaccttatc ggccggaaag tggacgattt taaggaactt acaccacagg 5460
agaaaaaaga ggttttccaa aagctggagg cgttcacccg ttcggctatg gatgaatacg 5520
ccttgaactt cggacgggac aatattaggg gaggccagga tctcatgtat tacgcacgtg 5580
tggaaacgga acgatcctat catccggaag atgaagaggt gaaacagggg atcgccagga 5640
tcggagagcc taaacccggt ctgaacttac acgttcacgt aatcgtttca cgcaagagcc 5700
tggacgggaa agtgaaactt tctccggggg ctaaatcggc cgggaacacc tgggaactgg 5760
agggcagggg gacggtgaaa cggggttttt cacatgaggg ctggaaagtc agggtacagg 5820
aatgttttaa ccggaaattc gattaccagg ccaaagaggg ggaaacttat gtacgtccgc 5880
aggtatcggc cgagatcggg aagatcacga acccggagct taaaaggata ttgcaggacg 5940
agcagtttac ggcggcaaac cagatcgtcg cagccatgag ggaacaaggt tacacgcacc 6000
aggtaaggaa gggggtgcat tccttttcac gggagggtga agtgttccag gttgaacaca 6060
ggctcttgaa agcgttcgaa caacctctgt ctgacgagca gctaaaaagc ataacggaac 6120
gtttcgactt gacaaagtac gaggcgaacc cggccgggta cagggagaac ggtttgcagg 6180
taaaggatat aagtttctcg acatatgtaa aagatgaagc acagaagggg gaaaaggcct 6240
tgaaagaggt cgcttataaa gtggtttatg atgaacaaaa ccatacgacg gtatcgttcg 6300
ccaccgtccg gcagttcgca tacgagcatc aaataaacct ggtgaaaagc gaaccgacgg 6360
ccgaagccgt cttgaagaag atcaagaacc cggagcttaa aaacctgttg gagaactacc 6420
gttttacgtc cgctaaccag attgtcgtag ccatgaaaga acaaggctac acgcataagg 6480
tacggaaagg ggtacattcc ttttcacggg agggtgaacg ggtgagcata cggcacaagg 6540
atctgaaaaa attcgccgat ccgaaactgg agagccgcca catggagggc attatcgaac 6600
ggtttaacct gtacaagtac aagcaggagg gcgtggccta ccgggaaaac ggcctggaag 6660
ccaagaatat ttctttcctg acataccaga aagtgccgat cgagccggaa gaggataaaa 6720
gcgtgaccgg aaagccggaa acaaaggagg aagcgcagca gccacagcag gaaacgccgg 6780
ggagcgaggc acatccggaa gaaacggaaa acgaagcgga aacgcccatg cctgaacccg 6840
atccggtgaa atacaggaaa gagcttaaag aggtgtctta tgatgtactg tttgataggg 6900
aaacgaaaac ctatgtgccg atttcggcga tccggaaata cgcatacgag aatgagatca 6960
atctgataga ccgatacaag catgggtacg cagtcaggaa cgaggatctt agggagtgcc 7020
tggcaaatcc cgaataccgg acggtaaggc agataaacaa ggccatgagg gagaggggat 7080
atacgatcga aagggacgag gccggaaact atacctacat caagggggaa agttctttct 7140
ttatggaacg ccgggatttg cttgccttta ccgggtacgc caaagatacc ggaggccggg 7200
aaaggggaac gcaccgaagc gcagacaaga cggtcgggtt tatcggtggt aaggccaaac 7260
aaaagctgat aaacgagatc ctgggggata gcttccggac ggaaaggatg cttgtaggca 7320
acgtgaaaaa ggccgtcagc cttatacaga acccggctaa tataaaaatg atgctgataa 7380
aacagatcgg cagttttcta aacccgttta aagagttatg atatgatgat gtatattatt 7440
atagggatcg cctgcctggt ggggatcatc gttgttgtgc tgttgcttcc aaattccggg 7500
aaacagcagc aaaaaggaca gaaataccgt tttgaactgt cggccggggg agggaggaaa 7560
ataacctttg ccgatccgtt cgataatttc ctggtctatg gtggggcgaa ctccggaaag 7620
accaaaagca taggaaagcc cttgttaagc cagtatatac aggccgggtt tgccggattt 7680
gtctataatt acaaggattt cgatctggca aggacagccg tacacctggt aaaaaaacat 7740
aattaccctt atgggtgctt ccagatcagt ttcacggata tggaacggac gcaccggaca 7800
aatccgatac gtccttccgt ggtgaagaat gaaaccttgt tcttgcagct aatggatgat 7860
atgctgaccg cctaccaggg aaaggacggc aaacgggacg agtggtttaa cggggcgttg 7920
gggatattaa ggggcgtttc gatccggttt tataacgatt atccgcagtt ttgcacgata 7980
ccccatatcg ttaatttcat ttgttcggcc ggaactgtcc ggataacgtc gttcctggag 8040
ggcaagcacc agagccgggt actggccggg gcattcctgg acgcaaagga cagccccaag 8100
acgcaaagca gctatctaag cagccttacc aacagtctaa gcacgctcgc caacgaaaaa 8160
aaggtgtgtt atgtcctttc cggaaatgat ttcgacttta acctgataga tccggaatgt 8220
ccgaaattgg ttgtcgtatc gaacgcctat cagatcgaaa acctgatttc cccggttata 8280
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tttcaaaagt ataaaggttt ttggttagtt gctctttctg gggtagcaga tattttatag 22020
taagttatat gcaaaaaaaa cagaaaaaag ttggaaatat tgattttttt tataaacaca 22080
cacacacaca cacacacaca cacacacgag tgtgtgtaga aacctatatt taagactttt 22140
caaggtaatt ctcctttctt ttttatcgtg ttccgttctt ttcgtttccg ctcaagagac 22200
acgggattcc gtgaaaatat atttccacaa gggtagaacg gaaatagatc tctctttacg 22260
ggataacagg cggtcgttag agaagatcag ccgccggata ttggaataca ggccggacac 22320
ggctttctct atctgcaaga ttatggtggt cggtgcggcg tcccccgagg ggagcatcga 22380
actgaacagg cgtttgtctg aactaagggc gaaacgtttg ttcgatcacg tgtgcggtta 22440
ctcgccgcta cccgacacgc tgaaaacgtc ggtattcgtg gggcgtgact ggaggggatt 22500
gctgcgtttg gtggagaatg atcccggaat gcccggtaaa tcggaaacgg tggagcttct 22560
gcaaggtatt gtttccgagg tggaagcaag tggaaacggg gagaacaaga taaatgaatt 22620
gaaacgcttg cggtacggca tcccatatcg gtacatgtat cggaatttgt ttccggatct 22680
tcgtgcatct tgtttgtata tttggtatga atcgaaacgg aagtcgttcc ctgccatgca 22740
ggttatctcc cacctgcatg atacattgta cttaccttgt aagctttctc cgttcggtgg 22800
agaaacgggc ggtttccagt ctggggaaaa acatgggcct ttttacatgg ccgtgaaaac 22860
gaacatgctt tatgatgcgt tgcttgtgcc gaatataggg gtggagtttt acgtcggaaa 22920
gaactggtcc ttggccggga attggatgta tgcctggtgg aaaagcgacc ggcaccataa 22980
ctactggcgg ctctatggcg gggatctgga agtgcgccgc tggtttggca ggaaagcgtc 23040
ggaaaaaccg cttgcagggc atcacatcgg tctctacggt cggatattca cctacgactt 23100
cgagaccggg gggacgggct acatgggcgg caagcctggc ggtacgcttt gggataagat 23160
gaactattcg gtaggtctgg agtatggtta ttcgctgccc gtcgcccgtc gtctgaatct 23220
ggatttcgtc atcggtgtgg gctattgggg tggagaatac cataaatatg cccctatcga 23280
cggccattat gtctggaagg agacccgacg gcgccactgg tttggtctca cggaggcgga 23340
gatttcgctc gtatggctct tgggccgtgg caactacaac gagaagaaag gaggcaggca 23400
gtgatactga tacgctttag tctggtgttc atatttttat ggatgggact gacggcttgt 23460
gagcataagg atttatgtta cgatcatccg cactttgcca cggtgcgggt agtattcgac 23520
tggaccaaga tttccaatca tgacaagcct gaaggcatga gggtcgtatt ttatccgacc 23580
gatgatgaaa gcaacacgtg gatatttgat ttccccggag gagaggatgg ggaagtggag 23640
ctccccgaga atgattaccg ggtaatttgc ttcaactacg ataccgacgg gatggtttgg 23700
aaagaaaacg gcagttacac gctttttact gccgatacgc gtgatgttcg gtcgccggat 23760
aaccagacaa tggccgtcac cccaccctgg ctgtgtggcg accatataga cagagttatc 23820
ctcaaggaca ttccggaagg aagcacgaag ataatacggc taactcccgt aaacatggta 23880
tgtcactaca cgtatgaggt gaacggaatt cggggactgg acagggtggc ggatttgcgg 23940
gccgctcttt ccggcatgtc cggctcgctt aacatgtccg gcgacagttt gcccgccgat 24000
ctttcggaga gcctgctctt tgatggaatg gtttcacgga atcagattat aggcggattc 24060
tatacgtttg gacattccgc acttgaagga gagcccaatg ttttccggct gtatctcaag 24120
aaccgttcag gcagcatgtc tgtattggaa caggacgtga gcgaccaagt gcatgatgtc 24180
ccggtagcgg ggcatatcgg tgatgtgcat ctggtgttga attttgatta tgaggtacca 24240
tccgagccgg gaagtggcgg tccgggattt gatgtggacg ttgatgattg ggatgatgtg 24300
aatgtggata tagtgttgta atcgagtttt attaattata tttattaaca attttattca 24360
ttttatgaaa aaaagtacag taatgctttg ggcaatcttt ggagtactac tgatgagttg 24420
ctcagaagag gagattgcga atgtggaaac ctcctcacga aatgcgattg gttttaacgt 24480
gttaagtaat gcggcggaaa cgagggctac ccctactacc aacaccaact tgaagaacac 24540
cgatttcgac gtgttcgctt ttacggcgga tggtactgcc ttcatgggaa agaacgacac 24600
ggaatttgaa catgacggag tgaagatcgt gtacaaaaat ggtaagtggg attatgacaa 24660
tgcgagcgac cttcgttatt ggcctaccga ggctttggac ttttacgcgt tcaatcccgg 24720
aacggttagt gaagacatga tggcgtttta tagttgggaa gccaccaagg atgtccaaaa 24780
gataagttat acctgcatgg atgagtatgg aagcggtact actcatgcaa actacgacgt 24840
gatgtatgcc atggccaaag gccagacaaa agacatgaac aacggaatag tgaaatttaa 24900
tttcaaacat attctgtcac aggtcgtatt caaagcaaag acccaatacg ataacatgca 24960
ggtggacatc gacgtgatca agattcataa tttcaaattt gccggcgcct tcacattgcc 25020
tgcggcagcc gatggaacgg gaagttggag ttcgtctgat ttagcatttc cacacgcatt 25080
taccgtagtg aaaaacgcaa acatcacggt caatagcaat accgaagcta ccgatattac 25140
cacaaatact cctatgctga atataccaca ggagctgact gcttggaaag tttccgaaac 25200
agccaccaaa agcaagttgg aggccgataa tgcgaagcaa tgttatctgg agatcgcctg 25260
caaaatccgg cagtccggag cttatctgtt gggttcagca agcgaataca aaacaattta 25320
tgttccgttc ggagatacat gggaacaggg caagcgtcat atctacacgt tgattttcgg 25380
tggtggttat gatgatcagg gagaggctgt gttgaatccg atccagtttg atgcagagac 25440
aacaggctgg gttgatgcag ataaagacgt aaacgtccaa ccttaatcca aacgtttatt 25500
aatatcgtac ccgttggcag gttaaacata cgcaagatta accctgccaa cgggtttttt 25560
atagggaatc gcattttcaa tatacttttt gatgtgtagg ggtgcttttt gcgtaccttt 25620
ttcctggaga atttcttttg tggagtgttt gccctgtata ttcccgatac gctgttatag 25680
cagggaactg tttttatcca agtagtcaga tatagcctct tgcaataccg attttagcga 25740
atcgcctttg cggatcgcga tcagctttaa gttctggtga taggtttcgt ccatgacaaa 25800
attacaatgc acggttttcg ctttcttcgg cttttgagcc tctttttgcc cggccgtgga 25860
ttggatcagg ctgtctaatc ccccggtcag cccggccgac atactgtttt ttaaatcgtt 25920
cttctttgcc atatggttac tttatttctg ttagcagttc gttacataca ccctcgtagt 25980
cctctgcccc ggcagatttg ggggcatagt gaaaaatatc ctgcccttgt gtcggggctt 26040
cggccagcgc aatggagttg cgtacatggg tgctgaacac tttgccctgg aatgtttcct 26100
gtaccagttc cgaaacgctc ttgttcaggt tctttcttcc gtcgtactgg gttatcagaa 26160
ccccggcgat cgaaagatcc gagttcaaac gttgctgcac cttgtggact acctgcataa 26220
gtttggccat tccacgcatt gccaggaatt gagcctgaac cgggataatc aaccgatccg 26280
aggccgtcag tgcgttaagc gtgagcagcg acagcgaggg aggacagtcg atcaggatat 26340
aatcgaattt ctccttttgg cctttgataa ggtgggctaa gataagctcc cgtccggcct 26400
cgttgattaa ctccgtttca acggccgaga gatccaggca ggagggaacg acgctaaggc 26460
cgtccttatg ctcgtagatc ggcaggtcgt attcgccttt catcgcaccg tagatcgttt 26520
ggggaagctc cgcagagaag cccagcgatt cggtcaggtt ggcctgcccg tcaaggtcga 26580
tcaaaagaac cttgtaccct ttttgacgta acgcaccgcc caggttgatc gtggttgtgg 26640
tctttcctac tccccccttg tgattcaata cggagattac ttttgctttg ctcataaatt 26700
cagtttttta aatggttgtc atgtccgcaa atatagttaa aatactaata tactaaaata 26760
ctaaaagtag tatttttcgt tttttgcgtg ttttttgtgc cgatcgggga agcgtaccga 26820
aataaatcct gtttccgtct ttcggtacgt tttgtttctg taccggaatt aatcaaagat 26880
tagaataacc ataaatgttt ttatacgtta atcatacgta tgtatatatg tatatatttg 26940
tttttgagta tctttgtgtg ctataaataa aaaataaaag acatgagcac ttattcgtat 27000
aaaaatccga agtttataaa ttcccctaaa ggggtggttg aagttgtaga agtgatttat 27060
gacggcaaag atgatccggc ctattcactg gctattatta aatgggaaaa tacctataaa 27120
ttaggtattc gttggaacat cgcttatagt gaatgggacg attaccgcaa acagaacggg 27180
caagatgaat gtataggtaa tccacagtcg agaggtattc ccacctggtt tgttttgccc 27240
gatgatatga tgtttggtga gaagttcagc ggtgcgatgc agaggcttga tgaattaaga 27300
aaaggtaagt aagcaatgga acagggagaa atcatattat accagccgga tgaagcggtc 27360
aagttggaag tgaggttgga agatgaaacc gtttggctga cacaagaaca aatagccgac 27420
ttgttcggga ctaaaaggcc agctattacc aaacatttga acaacattta caaaagcggc 27480
gaacttgata tagatagcac atgttccatt ttggaacata tgggtaatga cggcaaacag 27540
agatatacta ctaaatatta taatcttgat gcgattctgt caataggata tcgggttaat 27600
agcaagaacg caaccctttt taggaaatgg gcgaatagtg tattaaagga ttatctttta 27660
aaggggtatt ccattaataa acgtttgtca gaacttgaaa ggactgtcgc tcaacatacc 27720
gagaagatag attttttcgt gcgtactgcc ttgcccccgg tcgaaggcat tttttataac 27780
ggccagattt tcgatgcgta caagttcgcc accgatctgg taaagtcggc caggcgttcg 27840
atcgtgctta tcgacaacta tgtggacgaa acggtcttgc tcatgttgag taaacgcagc 27900
gtcggtgtct cggccaccat ttacacacag cgtatcacgc agcaactcca acttgatctt 27960
gacaggcata acagccagta cccacctatc gacatcagga cgtaccggga cagtcacgac 28020
cgtttcctga tcgttgatga aacggacgtg taccatatcg gagcctcgtt aaaggatctg 28080
gggaaaaaga tgttcgcttt ctcaaagctg gatattccgg cggctgtgat aactgacctg 28140
ttataatatc ccttgtctta tgaatgtggt tatctattca cgtgtaagct cgcagtcggc 28200
caggcaatcg accgaacggc aggttgtcga tctggagagg ttcgcagccg gacgggggta 28260
cgaggtgacg gcggtctttg aggaaaagat aagcggacga aaggccaata tcgaacgccc 28320
ggttttaagc cgttgcctgg aatactgcac agatccgcag aaccgggtgg atatgctgtt 28380
gctgaccgag atctcacgcc tggggcgttc caccctggag atactaaagg cactcgatac 28440
gctgcacacg cataaaatat gcgtgtatat ccaaaacttg aacctggaaa cattacggcc 28500
ggacaagacg gtaaacccct tgtcctctct gattactacc ctattggggg aactggccgc 28560
aatcgaacgc caggggatca ttgaccgcct taatagcgga cgggagttgt acatccagaa 28620
agggggcagg ctgggacgga agccgggaag ccggaaaacg gccgaacaga ggaaagagga 28680
ataccgggag gcgatcgcct tgttgaagaa aggctactcg atccggaacg tggcgaagct 28740
cacgggaaag gccgtttcga cgatacaaca agtaaaaaaa gacttcatta atagctgatt 28800
atcggaacaa atattgtatt tttgcaacaa atacgagtaa atgcacgtaa ttaaaaacga 28860
gtatttgcac gaaaataatc agaatctaaa taaaaacggt tatggcaaca atggcggaga 28920
aaatggcggc ttcactggag gaattaagaa agctccagga gaaagaccgc tgtgtcgtcc 28980
tgcaagggac ggccgagata gggaggacgc atttaacccg gctgttggat aacggctggt 29040
tgcaggaagt aatgaaaggc tggtatattg cggccaggcc gggaacagag ggggacacga 29100
cggtctggta cacctcattc tggtatttta ttgcgaaata cgcggccgtc cggctggggg 29160
aacaatggtg cttgacggcc gaccagtcgc tggatctgta ttcggggaaa acgaccgtgc 29220
ccgtacaggt ggttatcaag tcgccgaaag gccataacaa cacgcaaaag ctgatgtatg 29280
atacctcgct tttggtgttt caaagcgaga ttccggatca ggtatataaa gagccggaat 29340
acggccttaa tctctatccg cttgccgaag ccctggtata taccacgccg agatatttcc 29400
aggtggagaa gatcgcagcc cgcacctgcc tggccatgat acgggacgct gccgatatat 29460
taaaggtact gacgaaaaac ggggcttcgc ttcgtgccgg aagaatagcc ggggcgttcc 29520
ggaacatcgg gaacagcgaa atcgccgaca gcatcgtttc cacgatgcgg gggttcgggt 29580
atgacgtgag agaagaagat ccgttcgagg atcagccacg aacgcccctt gtttatgagg 29640
tgtcgcctta cgtcacacgc ttgcgcctga tgtgggagaa catgagggat aaggttgtag 29700
aactgtttcc cgaagcccct ggaaagattg atgacgtgga ggggtatttg agatccgtcg 29760
atgaaaagta ttcggaggac gcttatcatt ctctctcgat cgagggatat agggtttccc 29820
cggaactgat cgagaaagtg cgtgtcggga actggaagcc ggaggaagaa gataaggagc 29880
ataaaaacgc actggtggca cgtgggtatt accaggcgtt ccaggctgtc agggggacga 29940
tcgccgatat actgaaagga aagaacgcag gggaagcggt aagggcggat catccggtct 30000
ggtatatgca gatgtggatg ccgttcgtta cggtggggat cttgcaaagg gaggatcttg 30060
tgggttatcg taccgggcag gtctatatac ggggatcgca acatatcccg ttgaacccga 30120
aagcggtcag ggacgctatg cccgtccttt tcgatctctt gaagaatgag ccgcacccgg 30180
cggtaagggc tgtcttggga cacttctttt tcgtgtatat tcacccctat atggacggga 30240
acgggagaat gggacggttc gtcttgaacg ccatgcttgc gtctggaggc tataactgga 30300
cggttgttcc ggtggagcgt agaaaagaat atatgaaagc gttggaaaag gccagcgtgg 30360
agggggatat ttcggagttt acgaaagtaa tcgcatcatt ggtcaagtaa tgatatttat 30420
aataatgaca atatgaaatc aacggaatat atcgaatggg ataaactgga gcagatcccg 30480
ttctgccttt gccggatcgc ggaggatgaa gaaaaccagg aaatagatgt ttattatctg 30540
gataaacggg tttgccatga ttacgatcat gtggggcatt attttcgtac tgcgataatc 30600
atgtttagaa ggatcaggaa cataacggcc gattgggtga acctcaaaaa cctttggttg 30660
ctaagggact gtatcaggga gaattttaat catggcctgg aggtggacga tctgatcttc 30720
ggggaaacat tcgacggtga ggatccggaa actataaagc cgctaaccaa agaacggctg 30780
ttcaagatta aaaaggtgat tcaggaaaaa gatccatacg ctaccgtata gggggggagt 30840
atataaaaac aaaaccctgg agtttgtctt gcgacaggga caacagggga ttactacgca 30900
aatataggga gtatatctcg tttatacaag gattttatgg cttttctgga ttgattttaa 30960
aaagaataga ggcttgttcc ctggaatgta gtatttacta cttttagtat tttagtatat 31020
tagtacgctt ttcttttgga ggatttgggc gttcccgtaa acggtcgggc tttccgcctc 31080
caagtcctcg cctaaaggct gtgggctttc cactgcaatc cctaacgcat gaatacaccc 31140
actcacccga ttaaggtagg ctatttccgg atagagccgt tcggtgaagc cagccggata 31200
aaagccgcct gacttttcac tgatcggcac aatccgggta ctccggtagc cgattgtcga 31260
acccggtttt aaaccccctt tcaggggaga gaggtatttt agtttttccg gcgtggccgc 31320
cttgcgttta ccttgaccgg ggtttttgtc tgcaaaggtc aaacgttttt ttccatatcc 31380
caagttgagc cgcaagcggc ttttagaaaa aatctccagc ctggctaaag ccaggtagta 31440
tttttcctaa aaaacttgtg ctatggaaaa aaacgtttgg ggtgttctca tacaaaaacc 31500
cctcggaact caaggtaaac gcaagatgac cacaccgaca gccccgaaaa accaaaatga 31560
ggttgtcttg atacaaaaac atcggaatct taggcatccg caaggttttt tgggggggag 31620
agggtgcgag gtggggagtt tactatcgga aaaaatcagg tagtaaatac taaatttagt 31680
atatactaaa atactacttt ttcatataat tatctgataa atagttagtt aaatgttgtt 31740
taaatacttg catatctcaa ataaaagtgc tatattagag gtatagaaaa agagataaca 31800
acctttagaa ctggctcacc caccaggata aagaacgggg gacgtagtta tgaaaactga 31860
ttatttcgac aaggcagcgc aacagtttgc aaatttgatg atcgagaaga tccagcaggt 31920
agaggacaat tggcaaaagc cctggatcac cattgcggcg aatacacgca atttctttcc 31980
gcagaacctc acaggacgca ggtacaccgg aggcaacgcc tttttactcc ttttcctttg 32040
cgagaaattc cagtaccaga cacccgtatt tatgacattc aaccaggcga aagaggctgg 32100
gatctccgtg ctgaaaggat cgaaatcgtt tccggtctat tacttccttt tctacgtgta 32160
ccacaaggaa acacgcaaga aaataacctt tgaggaatac aaggcgttaa gccgggagca 32220
gcaacaggaa tacaacgtta taccgaccta taaatattac tcggtcttta acctggatca 32280
gaccaatttt tcggacgtga ggccggaaga atgggaagcg ttaagggaga agttcagagg 32340
gggacaggca gagcagcccg acgggacaac cggagaggcg caccccgaaa tagatgccat 32400
gctggaggcg aaaagctggt tttgcccgat acgggagcag caaggcgaca gggctttcta 32460
ttctccttta gccgattata tcgtagtgcc gcttcgctcg cagttcgtcg atatgcagag 32520
cttttacgaa acgcttctgc atgaaatggg acattccacg ggacacccca cccgattgaa 32580
ccgggatctt gcgcacccgt tcggatcaga ggaatacggc aaggaggaat taacggccga 32640
gttcgccgca gccctggcag gaatgttttt cgggatagcc gaacatatac gcactgaaaa 32700
cgccgcttat ctgaaaagct ggataaaggc gatccgggaa gaacccaagt tcattttaaa 32760
cgtactggcc gacgctatga aaattgtcaa gatgatagcc gggaaactgg atatctccgt 32820
agaaagcgag gaaacggccg cagatgaagc ggaacaggtg gcatgataca aggaagatcc 32880
cccgaaaggg ggacagcctt tcggggtgag ttctttttgg cactcgcccc aaaaagaacc 32940
aaaaaacgct ttgccgctac actccgtttc gctttcatag ctctgataat gcgttttttg 33000
attggataga tatatatttg tagataaaat aatgtaat 33038

Claims (39)

1.一种包含多形拟杆菌物种的细菌菌株的组合物，所述组合物用于增加受试者的微生物区多样性和/或诱导所述受试者的所述微生物区的稳定性的方法中。
2.一种包含细菌菌株的组合物，所述细菌菌株具有与以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌的细菌菌株的16s rRNA序列至少95％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16s rRNA序列，所述组合物用于增加受试者的微生物区多样性和/或诱导所述受试者的所述微生物区的稳定性的方法中。
3.根据权利要求1或2所述的组合物，所述组合物用于治疗或预防受试者的疾病或病症的方法中，其中所述疾病或病症与相对于健康受试者的微生物区多样性降低的微生物区多样性水平相关，且其中所述治疗或预防包括增加所述受试者的所述微生物区多样性。
4.根据权利要求1到3中任一项所述的组合物，其中所述受试者具有相对于健康受试者降低的微生物区多样性。
5.根据权利要求4所述的组合物，其中所述受试者在其微生物区中具有少于99种不同的细菌物种和/或少于190种不同的细菌菌株。
6.根据权利要求1或2所述的组合物，所述组合物用于治疗或预防受试者的疾病或病症的方法中，其中所述疾病或病症与相较于健康受试者降低的所述微生物区的稳定性相关，且其中所述治疗或预防包括诱导所述受试者的所述微生物区的稳定性。
7.根据权利要求1到6中任一项所述的组合物，其中与健康受试者相比，所述受试者的微生物区的稳定性降低。
8.如权利要求1到7中任一项所述的组合物，其中所述组合物用于治疗或预防以下疾病的方法中：IBS、IBD、肥胖症、2型糖尿病、一种或多种感染性疾病、癌症、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病或一种或多种代谢疾病/病症。
9.如权利要求8所述的组合物，其中所述疾病是克隆氏病。
10.如权利要求8所述的组合物，其中所述疾病是哮喘。
11.如权利要求8所述的组合物，其中所述自身免疫性疾病是类风湿性关节炎或多发性硬化症。
12.如权利要求8所述的组合物，其中所述疾病是癌症。
13.如权利要求12所述的组合物，其中同时用化疗治疗所述受试者。
14.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述微生物区多样性的增加和/或所述微生物区稳定性的诱导是针对非产乙酸细菌来说。
15.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述微生物区多样性的增加和/或所述微生物区稳定性的诱导是针对产乙酸细菌和非产乙酸细菌二者来说。
16.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述受试者是已通过剖腹生产术分娩的婴儿。
17.如权利要求1到15中任一项所述的组合物，其中所述受试者是体弱老年受试者。
18.如权利要求1到15中任一项所述的组合物，其中所述受试者的年龄在10岁与19岁之间。
19.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中在所述受试者的肠内增加所述微生物区多样性和/或诱导所述微生物区的稳定性。
20.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中在所述受试者的远端肠中增加所述微生物区多样性和/或诱导所述微生物区的稳定性。
21.如权利要求1或2所述的组合物，其中所述组合物包含所述多形拟杆菌物种的细菌菌株，用于增加诊断患有IBD的受试者的所述微生物区多样性和/或诱导诊断患有IBD的受试者的所述微生物区的稳定性的方法中。
22.如权利要求21所述的组合物，其中所述IBD是克隆氏病。
23.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:1-12中任一者的序列至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16s rRNA序列。
24.如权利要求23所述的组合物，其中所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:1中任一者的序列至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16s rRNA序列。
25.如权利要求24所述的组合物，其中所述细菌菌株是以登录号NCIMB 42341寄存的所述多形拟杆菌细菌。
26.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述组合物是用于经口施用。
27.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述组合物包含一种或多种医药学上可接受的赋形剂或载体。
28.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述细菌菌株是冻干的。
29.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述细菌菌株可存活。
30.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述细菌菌株能够部分或全部定殖肠部。
31.如任一前述权利要求所述的组合物，所述组合物包含来自拟杆菌属的单一菌株。
32.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述组合物包含来自拟杆菌属的细菌菌株，且不包含来自任何其它属的细菌或仅包含最低量的此类其它细菌。
33.如任一前述权利要求所述的组合物，其中所述组合物包含多形拟杆菌，且不包含来自任何其它物种的细菌或仅包含最低量的此类其它细菌。
34.如权利要求1到33中任一项所述的组合物，所述组合物包含作为微生物共生物种的一部分的多形拟杆菌。
35.一种包含如任一前述权利要求所述的组合物的食品，所述食品供任一前述权利要求使用。
36.一种包含如任一前述权利要求所述的组合物的疫苗组合物，所述疫苗组合物供任一前述权利要求使用。
37.一种增加或维持受试者的肠微生物区多样性和/或诱导所述受试者的所述肠微生物区的稳定性的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用包含细菌菌株的组合物，所述细菌菌株具有与以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌的细菌菌株的16s rRNA序列至少95％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16s rRNA序列。
38.一种治疗疾病或病症的方法，所述疾病或病症选自IBS、IBD、肥胖症、2型糖尿病、癌症、一种或多种感染性疾病、一种或多种过敏性疾病、一种或多种自身免疫性疾病和一种或多种代谢疾病/病症，其中所述方法包括将受试者诊断为具有降低的肠微生物区多样性水平和/或降低的肠微生物区稳定性，然后向所述受试者施用包含细菌菌株的组合物，所述细菌菌株具有与以登录号NCIMB 42341寄存的多形拟杆菌的细菌菌株的16s rRNA序列至少95％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％一致的16s rRNA序列。
39.如权利要求37或38所述的方法，其中所述细菌菌株属于所述多形拟杆菌物种。
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