CN112512538A - 改进的靶向t细胞疗法 - Google Patents

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Abstract

公开了细胞的组合物、此类细胞的文库以及制备用于治疗诸如癌症和病毒感染的病症的T细胞群的方法。T细胞组合物包含在一些实施方式中用PRAME、存活素和/或WT1刺激的细胞亚群。

Description

改进的靶向T细胞疗法
相关申请
本申请要求于2018年05月18日提交的美国临时申请号62/673,745的权益，其全部内容出于所有目的通过引用在此并入。
技术领域
本发明提供了针对患者肿瘤的特异性抗原表达定制的改进的非工程化过继性T细胞组合物、疗法和制备方法，从而允许所施用的T细胞组合物响应于基于来自抗肿瘤疗法的压力或天然异质性选择而导致的肿瘤表达随时间的变化而改变。在某些实施方式中，本发明包括非工程化的过继性T细胞组合物及其在治疗血液系统恶性肿瘤或实体瘤中的用途和制备。本发明还扩展到制备此类非工程化的过继性T细胞组合物的方法，以及从健康供体产生单一抗原靶向T细胞库的方法，以提供改进的个性化T细胞疗法。
背景技术
过继免疫疗法是一种用于增强免疫系统抵抗疾病(如肿瘤和病毒感染)的能力的方法。根据这种方法，从患者或供体中收集T细胞，在携带肿瘤或病毒相关抗原的抗原呈递细胞的存在下进行刺激，然后离体扩增。将这些非工程化的T细胞给予患者，以帮助其免疫系统抵抗疾病。
自2000年初以来，已经报道了活化的T细胞的方法。这种努力始于使用通过离体暴露于病毒抗原而被激活的自体血液，通常是在对已接受造血干细胞疗法且需要额外免疫能力的患者进行治疗的背景下，尤其是要对抗诸如爱泼斯坦-巴尔病毒、巨细胞病毒、腺病毒和单纯疱疹病毒，以及来自RSV(呼吸道合胞病毒)、副流感病毒和流感病毒的呼吸道病毒感染的病毒性疾病。这种努力后来扩展到了针对干细胞疗法患者的同种异体方法，随后是通过各种方法以尝试使用肿瘤相关抗原激活自体或同种异体血液来源。多个小组的研究表明，这种方法在病毒和肿瘤的情况中取得了一些临床上的成功(Haque等，Blood(2007)110(4):1123-1131和Leen等，Blood(2013)121(26):5113-5123)。已对来自初始
Figure BDA0002894249000000021
和非初始供体的血液进行了评价。多个小组使用具有单一抗原和多种抗原的初始T细胞供体来源在病毒和肿瘤背景下也显示了临床成功(Park等，Blood(2006)108:1770-3；Hanley等，Blood(2009)114:1958-67；Jedema等，Haematologica(2011)96:1204-112)。
有很多正在进行的人类临床试验正在评价一系列T细胞策略。这些包括RESOLVE试验，该试验施用同种异体T细胞以治疗白血病患者；REST试验，该试验评价自体和同种异体肿瘤相关抗原淋巴细胞对实体瘤的治疗；TACTAM试验，该试验施用同种异体T细胞以治疗多发性骨髓瘤患者；ADSPAM试验，该试验施用同种异体T细胞以治疗AML和MDS患者；MUSTAT试验，该试验评价使用CMV、EBV和/或腺病毒致敏的自体和同种异体T细胞；CHAPS试验，该试验评价同种异体病毒抗原致敏的T细胞；NATS试验，该试验评价用于移植患者的多价6病毒抗原方法；HXTC和RESIST试验，该试验评价自体HIV激活的T细胞；ACTCAT2试验，该试验评价使用病毒抗原致敏的脐带血；以及CHEERS试验，该试验评价使用多种病毒抗原激活的脐带血。
已经开发了产生在单个T细胞产物中靶向多种潜在抗原的活化的T细胞的最新策略。特别地，产生多抗原特异性T细胞的方法已集中在使用多种靶向抗原重叠肽文库(“PepMixTM”)致敏和激活T细胞，例如，通过跨越几种靶抗原的整个氨基酸序列的11个氨基酸重叠的15mer肽的多个文库(参见例如，来自JPT Technologies或Miltenyi的市售重叠肽文库产品)。例如，转让给国家儿童医疗中心的WO 2016/154112描述了通过在细胞因子混合物存在的条件下使用跨目标抗原的重叠肽文库混合物脉冲处理的树突状细胞作为刺激物进行刺激产生同时对多种肿瘤抗原反应性的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)。
然而，重叠肽文库包含一些具有抗原性的肽区段，而另一些则没有。在这些过程中，通常将所选抗原的单个重叠肽文库以等量混合，而不管蛋白抗原的分子量如何，以形成用于T细胞致敏的主混物(mastermix)，并将单一批次T细胞暴露于多抗原重叠肽文库。尽管这种方法确实为“通用”方案提供了产生多重TAA特异性T细胞的可能性，但是重叠肽文库的主混物可能无法与患者的特异性肿瘤表达谱(profile)很好地匹配，这降低了治疗的潜在效能。此外，由于肽具有不同分子量，针对混合物中的每种抗原蛋白使用相同重量量的重叠肽文库导致在较高分子量蛋白的文库中使用更少的区段重复。而且，每种蛋白具有多少活性表位是某些随机的使得一个重叠肽文库可能比另一个重叠肽文库含有更多的免疫原性表位，而不管分子量如何。另外的原因包括使用非免疫原性抗原，如果其他不必要的肽具有交叉反应性，则其可能会引发耐受或引入自身免疫的潜在途径。因此，这种方法导致致敏和活化的T细胞对每种产生的T细胞产物内每种特定抗原的大差异性，这可能无法反映任何特定患者肿瘤的肿瘤抗原谱，以及仍存在缺乏最佳靶向性和有效性的问题。
尽管鉴于其在肿瘤治疗中的重要意义，过继性T细胞疗法已经取得了进步，但是仍存在对于该疗法的效率和结局进行改进的强烈需求。作为一个实例，仍然需要改进过继免疫疗法以治疗包括血液系统恶性肿瘤和其他肿瘤在内的病症。
发明内容
本文提供了用于治疗人类肿瘤的过继性T细胞疗法的改进的组合物和方法。提供了用于向患有肿瘤的人类患者施用的以相同剂型包含多种T细胞亚型的非工程化T细胞组合物，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原(TAA)是特异性的，并且根据患者肿瘤的TAA表达谱特别地选择构成施用的T细胞组合物的T细胞亚群。通过使用单独的活化T细胞亚群以形成供施用的T细胞组合物，T细胞组合物作为整体包含靶向特定TAA的单个T细胞亚群，从而产生了能够靶向多种TAA的高度一致且活化的T细胞组合物。此外，通过基于患者的TAA表达谱选择T细胞亚群，施用高度靶向性的T细胞组合物，其具有提高有效性、增加一致性和表征水平，以及降低由使用靶向患者肿瘤未表达的抗原的T细胞而产生脱靶效应的可能性的潜力。所有这些因素对于通过这种方法开发的产品批准过程都非常重要。将所得T细胞治疗组合物在本文中称为“多重单一肿瘤抗原(Multiple Single Tumor ANtiGen)”T细胞组合物或“MUSTANG”组合物。
通过使用多TAA策略(例如，多TAA重叠肽文库)(例如，如图1中所示)的重复刺激用于T细胞单一群体离体扩增的现有策略，尽管是有希望的，产生具有针对多TAA混合物的单个抗原特异性的可变T细胞亚群的高度异质性T细胞产物。由于多重TAA活化的巨大变异性，这些T细胞组合物可能在一个样品或批次与另一样品或批次之间变化很大，并且在很多情况下，所得T细胞组合物可能对一个或多个靶向的TAA活性很小或没有活性。例如，Weber等描述了多TAA特异性T细胞组合物的产生，其中使用树突状细胞离体刺激同种异体健康供体外周血单核细胞，所述树突状细胞使用五种TAA的完整肽文库脉冲刺激—蛋白酶3(Pr3)、Wilms肿瘤基因1(WT1)、人中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)、黑色素瘤中优先表达的抗原(PRAME)和黑色素瘤相关抗原A3(MAGE-A3)，通常在髓性白血病上表达的抗原。如通过IFNγ-ELISpot测定所测量的，离体扩增的T细胞组合物的活性表明10％的产生的T细胞组合物仅识别5种TAA中的1种，40％仅识别5种TAA中的2种，30％仅识别5种TAA中的3种，以及仅20％产生的T细胞组合物识别5种靶向的TAA中的4种。因此，产生的T细胞组合物均不能识别全部5种靶向的TAA，而使用多TAA重叠肽文库方法产生的T细胞组合物的50％不能识别两种或更多种靶向的TAA。参见Weber等，Generation of multi-leukemia antigen-specific Tcells to enhance the graft-versus-leukemia effect after allogeneic stem celltransplant.Leukemia(2013)27:1538-1547(出版物的图1d、1e和1f，本文的图4、5和6)；亦参见本文的图4、5和6以及实施例2，图3(显示了使用合并的多TAA重叠肽文库产生的产物的变异性)。
与通过使用合并的多TAA重叠肽文库衍生的随机T细胞组合物(其可能导致相当大的变异性，且在某些情况下，尽管一种或多种靶向的TAA包含在主混物中，但没有针对其的活性)不同，本发明避免了这些组合物的显著变异性。本发明(MUSTANG组合物)及其用途和制备与现有技术的不同之处在于，T细胞没有作为一个组暴露于来自多个TAA的肽片段或重叠肽文库的主混物中。而是相反，T细胞亚群各自暴露于来自单一TAA的重叠肽文库、重叠肽文库加上一种或多种来自单一TAA的选择的免疫原性肽(包括且可能基本上由TAA的选择的细胞供体HLA限制性肽免疫原性表位组成)或者特别选择的来自单一TAA的一种或多种免疫原性肽的混合物(包括且可能基本上由TAA的选择的细胞供体HLA限制性肽免疫原性表位组成)。MUSTANG的治疗性剂型包含一种以上，例如两种、三种、四种、或五种或者更多种T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一TAA是特异性的；即，组成MUSTANG的单独的T细胞亚群分别被单一肿瘤抗原致敏，例如每种T细胞亚群能够识别一个TAA。组成MUSTANG组合物的特定T细胞亚群靶向肿瘤患者的TAA表达谱的代表性TAA。在一些实施方式中，在MUSTANG组合物中每种特异性TAA靶向T细胞亚群的百分比与在接受治疗的患者中肿瘤的肿瘤相关抗原表达谱相关。在一些实施方式中，通过T细胞亚群的细胞数测量在MUSTANG组合物中每种特异性TAA靶向T细胞亚群的百分比。在一些实施方式中，通过T细胞亚群的活性测量在MUSTANG组合物中每种特异性TAA靶向T细胞亚群的百分比。
组成MUSTANG组合物的T细胞亚群分别靶向单一TAA。每种T细胞亚群的产生可以通过将T细胞亚群对来自于单一TAA的一种或多种肽离体致敏和活化来完成。在某些实施方式中，如果使用来自单一、靶向的肿瘤抗原的多于一种肽，则可以通过制备肿瘤抗原的重叠肽片段产生肽区段，例如在市售重叠肽文库或“PepMixesTM”中所提供的。实例包括来自JPTTechnologies或Miltenyi的市售的重叠肽文库。在特定实施方式中，例如，重叠肽文库的肽的长度为7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个氨基酸，且具有长度为5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33或34个氨基酸的重叠。在某些实施方式中，如果使用来自单一、靶向的肿瘤抗原的一种以上的肽，则可以通过制备肿瘤抗原的重叠肽片段产生肽区段，例如在市售的重叠肽片段中所提供的，并且使用靶向的TAA的某些抗原性表位进一步富集，其通过特定细胞供体HLA等位基因是活性的，例如，TAA的单一特异性HLA限制性表位或多个特异性HLA限制性表位。在某些实施方式中，如果使用来自单一、靶向的肿瘤抗原的一种以上的肽，则肽区段可以选自靶向的TAA的某些抗原性表位，其通过特定HLA等位基因是活性的，例如，TAA的单一特异性HLA限制性表位或多个特异性HLA限制性表位。
在一些实施方式中，T细胞亚群是使用单一TAA肽混合物致敏的，其中肽混合物包含基于一种或多种供体的HLA表型源自TAA的抗原性表位，所述肽例如通过一种或多种细胞供体的HLA等位基因限制，比如但不限于HLA-A、HLA-B和HLA-DR。通过在肽混合物中包含来自单一TAA的特异性选择的供体HLA限制性肽用于致敏和扩增每种T细胞亚群，可以产生通过一种或多种供体HLA等位基因提供更高的TAA靶向活性的T细胞亚群，从而改善T细胞亚群对与供体共有至少一个HLA等位基因的患者的潜在功效。此外，通过产生具有通过一种以上供体HLA等位基因的TAA靶向活性的T细胞亚群，可以通过匹配显示TAA活性的一种或多种供体HLA等位基因将单一供体T细胞亚群包括在用于具有不同HLA谱的多个接受者的MUSTANG组合物中(参见例如，实施例5和图9)。在一些实施方式中，基于细胞供体的HLA谱产生用于致敏和扩增T细胞亚群的TAA肽，其中肽是至少针对供体的HLA-A等位基因、HLA-B等位基因或HLA-DR等位基因或者其组合中的一种或多种特异性的HLA限制性表位。在一些实施方式中，HLA-A等位基因选自包含以下的组：HLA-A*01、HLA-A*02:01、HLA-A*03、HLA-A*11:01、HLA-A*24:02、HLA-A*26和HLA-A*68:01。在一些实施方式中，HLA-B等位基因选自包含以下的组：HLA-B*07:02、HLA-B*08、HLA-B*15:01(B62)、HLA-B*18、HLA-B*27:05、HLA-B*35:01和HLA-B*58:02。在一些实施方式中，HLA-DR等位基因选自包含以下的组：HLA-DRB1*0101、HLA-DRB1*0301(DR17)、HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)、HLA-DRB1*0701、HLA-DRB1*1101和HLA-DRB1*1501(DR2b)。在一些实施方式中，肽的主混物包括重叠肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特别选择的HLA限制性肽两者。
可以将这种改进的T细胞疗法用于治疗血液系统肿瘤或实体瘤。在某些非限制性实例中，肿瘤是白血病、淋巴瘤或骨髓瘤，包括但不限于急性髓性白血病、急性淋巴母细胞性白血病、慢性淋巴母细胞性白血病、多发性骨髓瘤或实体瘤，如乳腺癌、前列腺癌、黑色素瘤、肉瘤、癌、骨肉瘤、神经母细胞瘤、胰腺癌或肺癌(包括但不限于小细胞肺癌和非小细胞肺癌)、Wilms肿瘤、横纹肌肉瘤和尤因肉瘤。在某些实施方式中，肿瘤是复发的和标准治疗方法难治的，或者随着时间的推移对其他抗肿瘤方法产生抗性。在一些实施方式中，肿瘤是复发的或难治的白血病、淋巴瘤或骨髓瘤。在一些实施方式中，肿瘤是复发的或难治的实体瘤。或者，本文所述的细胞组合物可以向患有病毒诱导肿瘤的患者施用，例如但不限于：乙肝病毒或丙肝病毒诱发的肝硬化或肝癌；人乳头瘤病毒(HPV)诱发的宫颈癌、肛门生殖器癌和头颈癌；爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)诱发的伯基特氏淋巴瘤和鼻咽癌；疱疹病毒(HHV)相关的卡波西氏肉瘤；人T细胞嗜淋巴病毒相关的成人T细胞白血病；和HIV相关的癌症。
重要的是，可以通过检测每种T细胞亚群针对患者肿瘤的活性和反应性来针对患者中的个人功效优化这种有利的T细胞疗法。如在背景技术中所讨论的，与使用来自多种肿瘤抗原的肽的主混物或重叠肽文库致敏和激活的T细胞群的施用相关的问题之一是其可能包含非常大量不产生针对患者肿瘤的反应的T细胞。因此，在一些实施方式中，本发明包括致敏和激活用于包含在MUSTANG组合物中的T细胞亚群，这些T细胞亚群基于患者的肿瘤类型用特定TAA致敏和激活。在一些实施方式中，首先鉴定由患者的肿瘤表达的表位，并且使用这些表位的肽致敏的T细胞亚群包括在MUSTANG组合物中。在一个替代的实施方式中，首先鉴定由患者的肿瘤表达的特异性表位，合成针对这些表位特异性的肽，并将其用于致敏和激活T细胞亚群。通过在肽混合物中使用或包括特异性表达的患者肿瘤表位来致敏和激活特定T细胞亚群，可以优化特异性TAA的肽混合物以通过与供体共有的HLA等位基因增加产生针对患者肿瘤活性的细胞毒性T淋巴细胞的可能性，并且可以离体确认T细胞亚群识别TAA的能力。在一些实施方式中，可以离体检测产生的T细胞亚群对患者肿瘤的活性，以确认强劲的反应。可以对构成MUSTANG组合物的一些或全部剩余T细胞亚群重复该过程，直至确认一种、一些或全部T细胞亚群针对患者的靶向TAA被致敏和激活。
在MUSTANG组合物中使用的T细胞亚群能够识别单一TAA的一个表位、两个表位、三个表位或三个以上表位。在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含靶向同一TAA的一种以上T细胞亚群，其中每种T细胞亚群能够识别同一TAA内离散的和单独的表位。
产生的MUSTANG组合物的每种T细胞亚群对单一TAA具有特异性。由T细胞亚群靶向的TAA可以包括由肿瘤表达的任何TAA，例如癌胚、致癌病毒、过表达/累积、癌症-睾丸、谱系限制性、突变的、翻译后改变的或独特型抗原。尽管其优先由肿瘤细胞表达，但是经常在正常组织中发现TAA。然而，其表达与正常组织的表达不同之处在于其在肿瘤中的表达程度，与正常组织相比其蛋白结构的改变或者其在恶性或肿瘤细胞内异常的亚细胞定位。在某些实施方式中，用于靶向的TAA的非限制性实例可以选自癌胚抗原(CEA)、未成熟的层粘连蛋白受体、和肿瘤相关糖蛋白(TAG)72、人乳头瘤病毒(HPV)E6和E7、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)爱泼斯坦-巴尔核抗原(EBNA)、潜伏膜蛋白(LMP)1和2、BING-4、钙激活氯离子通道(CLCA)2、细胞周期蛋白A1、细胞周期蛋白B1、9D7、上皮细胞粘附分子(Ep-Cam)、EphA3、Her2/neu、端粒酶、间皮素、胃癌相关蛋白酪氨酸磷酸酶1(SAP-1)、存活素、b黑色素瘤抗原(BAGE)家族、癌症相关基因(CAGE)家族、G抗原(GAGE)家族、黑色素瘤抗原(MAGE)家族、肉瘤抗原(SAGE)家族、X抗原(XAGE)家族、CT9、CT10、NY-ESO-1、L抗原(LAGE)1、优先在肿瘤中表达的黑色素瘤抗原(PRAME)、滑膜肉瘤X(SSX)2、T细胞识别的黑色素瘤抗原-1/2(Melan-A/MART-1/2)、Gp100/pmel17、酪氨酸激酶、酪氨酸相关蛋白(TRP)1和2、P.多肽、黑皮质素1受体(MC1R)、前列腺特异性抗原、β-连环蛋白、乳腺癌抗原(BRCA)1/2、细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)4、慢性髓性白血病抗原(CML)66、纤连蛋白、MART-2、p53、Ras、TGF-βRII、粘蛋白(MUC)1、免疫球蛋白(Ig)和T细胞受体(TCR)的一个或多个肽区段、重叠肽文库或选择的表位。在一些实施方式中，肿瘤抗原是新抗原。在一些实施方式中，新抗原是通过单点突变、缺失、插入、移码突变、融合、错误剪接的肽或内含子翻译衍生的内源性蛋白的突变形式。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含一种或多种T细胞亚群，其靶向WT1、PRAME、存活素、NY-ESO-1、MAGE-A3、MAGE-A4、Pr3、细胞周期蛋白A1、SSX2、中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)、HPV E6、HPV E7、EBV LMP1、EBV LMP2、EBV EBNA1和EBV EBNA2。在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含一种或多种T细胞亚群，其靶向WT1、PRAME和存活素。在一些实施方式中，MUSTANG组合物由靶向WT1、PRAME和存活素的单个T细胞亚群组成，其中用于产生T细胞亚群的肽是重叠的肽文库。在一些实施方式中，MUSTANG组合物由靶向WT1、PRAME和存活素的单个T细胞亚群组成，其中用于产生T细胞亚群的肽是使用一种或多种特定的已知或已鉴定的由患者的肿瘤表达的表位进一步富集的重叠肽文库。在一些实施方式中，MUSTANG组合物由靶向WT1、PRAME和存活素的单个T细胞亚群组成，其中用于产生T细胞亚群的肽是基于细胞供体的HLA型HLA限制的特异性选择的TAA的表位。在一些实施方式中，HLA限制性表位至少针对一种或多种细胞供体的HLA-A等位基因、HLA-B等位基因或HLA-DR等位基因是特异性的。在一些实施方式中，HLA-A等位基因选自包含以下的组：HLA-A*01、HLA-A*02:01、HLA-A*03、HLA-A*11:01、HLA-A*24:02、HLA-A*26或HLA-A*68:01。在一些实施方式中，HLA-B等位基因选自包含以下的组：HLA-B*07:02、HLA-B*08、HLA-B*15:01(B62)、HLA-B*18、HLA-B*27:05、HLA-B*35:01或HLA-B*58:02。在一些实施方式中，HLA-DR等位基因选自包含以下的组：HLA-DRB1*0101、HLA-DRB1*0301(DR17)、HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)、HLA-DRB1*0701、HLA-DRB1*1101或HLA-DRB1*1501(DR2b)。
在一些实施方式中，通过组织活检、血液样本或其他分离方法获取患者肿瘤样品，并鉴定和量化肿瘤中表达的相关抗原性蛋白谱，并且MUSTANG组合物的T细胞亚群靶向一种或多种表达的致肿瘤抗原。在另一个实施方式中，鉴定表达的抗原性蛋白的表位谱，并且MUSTANG组合物的T细胞亚群靶向一种或多种鉴定的表位。在一些实施方式中，选择的抗原蛋白不是过表达的自身蛋白，所述自身蛋白未被突变、重排或以其他方式在正常序列和构象上被改变。
在一些实施方式中，包括在MUSTANG组合物中的T细胞亚群来自患者自体。在一些实施方式中，包括在MUSTANG组合物中的T细胞亚群来自同种异体供体，例如来自初始、健康供体的外周血、血液单采产物或骨髓。在一些实施方式中，包括在MUSTANG组合物中的T细胞亚群源自脐带血。
在一个方面中，本发明还包括个体T细胞亚群的库，以及生产具有相关表型特征数据库的个体T细胞亚群的库的方法。该库包含对于特异性、单一TAA致敏和激活的个体T细胞亚群。T细胞亚群源自同种异体供体来源，例如来自初始、健康供体的外周血、血液单采产品或骨髓和/或脐带血样品。对T细胞亚群进行HLA分型并记录供体来源。例如，通过ELISPOTIFN-γ测定、IL-2测定、TNF-α测定或多聚体测定对T细胞亚群的抗原识别反应进行验证和表征，以量化T细胞群对特异性、靶向的TAA的活性。或者，例如，可以使用TCR连接锚定磁捕获PCR(TCR-LA-MC PCR)(参见，例如，Ruggiero等，High-resolution analysis of thehuman T-cell receptor repertoire,Nat.Cumm.2015 6:8081)或其他适当的表征技术对T细胞受体(TCR)α-链和β-链库的多样性进行表征。此外，通过其相应的HLA等位基因(例如，通过HLA限制性测定)进一步表征T细胞亚群的抗原识别反应。可以冻存和保存T细胞亚群。在一些实施方式中，基于供体来源储存T细胞亚群。在一些实施方式中，通过TAA特异性储存T细胞亚群。在一些实施方式中，通过人白细胞抗原(HLA)亚型和限制性储存T细胞亚群。
通过表征每种T细胞亚群的反应性和相应的HLA等位基因，可以基于特异性T细胞亚群的反应性和HLA匹配为每名患者优化MUSTANG组合物，从而提供高度个性化的T细胞疗法。因此，如果患者的肿瘤表达TAA的一个表位而不是另一表位，或者如果TAA的一个表位引起更强的T细胞应答，则可以将该细胞亚群从库中取出并用于MUSTANG组合物。通过这种方式，可以定制T细胞疗法以引发针对患者肿瘤的最大反应。
因而，本发明认识并考虑了这样的事实，即来自各个不同供体的T细胞对相同的肿瘤相关抗原或者甚至相同的表位可能具有可变的活性，从而以不同的效率产生T细胞应答。当生产用于本发明的个性化T细胞治疗组合物的各种各样同种异体活化T细胞综合库时考虑到了该事实。可以从库中选择具有共享的HLA等位基因的衍生的T细胞亚群包括在MUSTANG组合物中，所述T细胞亚群对在患者肿瘤中表达的表位或肿瘤抗原显示出强劲的活性。在一些实施方式中，在体内施用之前，通过将患者的肿瘤细胞在体外暴露于一种或多种T细胞亚群并确定T细胞亚群裂解肿瘤细胞的能力，针对来自患者肿瘤的细胞对考虑包括在MUSTANG组合物中的一种或多种T细胞亚群进行测试。通过这种方式，MUSTANG组合物向患者施用时诱导治疗反应的概率大大提高。
在一个方面中，本文提供了一种治疗患有肿瘤的患者的方法，包括：
i)确定所述患者的HLA亚型；
ii)诊断所述患者的所述肿瘤类型；
iii)鉴定用于用TAA特异性T细胞亚群靶向的与所述肿瘤类型相关的两种或更多种肿瘤相关抗原；
iv)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共有的一种或多种HLA-等位基因，选择对每个靶向的TAA具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
v)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成MUSTANG组合物；并且，
vi)向所述患者施用有效量的所述MUSTANG组合物。
在一个方面中，本文提供了一种治疗患有肿瘤的患者的方法，包括：
i)确定所述患者的HLA亚型；
ii)确定所述患者的肿瘤的TAA表达谱；
iii)鉴定TAA特异性T细胞亚群靶向的由所述患者的肿瘤表达的两种或更多种肿瘤相关抗原；
iv)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共享的一种或多种HLA-等位基因，选择对每个靶向的TAA具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此分开致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
v)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成MUSTANG组合物；并且，
vi)向所述患者施用有效量的所述MUSTANG组合物。
在一些实施方式中，共享的HLA等位基因选自HLA-A、HLA-B或HLA-DR的一种或多种。
在一些实施方式中，将用于形成所述MUSTANG组合物的所述T细胞亚群以与所述患者相对鉴定的TAA表达谱相关的比例或百分比组合。在一些实施方式中，基于所测量的每种T细胞亚群针对TAA的活性对每种T细胞亚群的比例或百分比归一化，例如但不限于，通过EliSpot测定测量。在一些实施方式中，由医疗从业者根据所诊断的肿瘤类型选择由用于形成MUSTANG组合物的T细胞亚群靶向的TAA。在一些实施方式中，用于形成MUSTANG组合物的T细胞亚群以大致相等的比例组合。在一些实施方式中，用于形成MUSTANG组合物的T细胞亚群以可变比例组合。在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含第一T细胞亚群和第二T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群特异性针对与第二T细胞亚群不同的TAA。在一些实施方式中，第一T细胞亚群和第二T细胞亚群的比例固定为1:1的相等比例，其中该比例基于总细胞数或归一化的细胞活性。在一个替代的实施方式中，单独的T细胞亚群未组合成单一剂型，而是作为单独的组合物施用，其中所述单独的组合物以上述比例伴随施用。
可以基于对患者肿瘤特征的了解或保健服务人员的最佳判断来选择MUSTANG组合物中T细胞亚群的比例。在一些实施方式中，所述组合物包含：(i)至少约45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％或85％的第一T细胞亚群，和(ii)至少约15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％或55％的第二T细胞亚群，其中百分比之和为以重量计100％。在一些实施方式中，如通过例如但不限于EliSpot测定所测量的，基于所测量的每种T细胞亚群对TAA的活性将每种T细胞亚群的比例或百分比进行归一化。在一些实施方式中，第一T细胞亚群和第二T细胞亚群的百分比基于恶性肿瘤或肿瘤的TAA表达谱，以使得第一T细胞亚群和第二T细胞亚群的百分比与肿瘤的TAA表达谱相关。
MUSTANG组合物可以包括两种、三种、四种、五种或更多种T细胞亚群。T细胞亚群可以以大约相等的比例或以反映通过患者TAA表达谱确定的个体TAA表达的比例包括在MUSTANG组合物中。在一个替代的实施方式中，可以以反映针对显示出高免疫原性的已知TAA的T细胞亚群的更高百分比的比例包括T细胞亚群。在一些实施方式中，如通过EliSpot测定所测量的，基于所测量的每种T细胞亚群对TAA的活性将每种T细胞亚群的比例或百分比进行归一化。
在一个典型的实施方式中，以范围从1x 106至1x 108个细胞/m2的MUSTANG组合物的有效剂量对患者(如人)进行输注或注射。或者，MUSTANG组合物的T细胞亚群不组合成单一剂型，而是每种T细胞亚群单独施用。如果卫生保健从业者推荐，患者可以在约1周或多周后接受第二次或另外的输注或注射，并且可以在此后接受有用的和推荐的另外的剂量。
在一个方面中，本文提供了一种治疗患有肿瘤的患者的方法，包括：
i)确定所述患者的HLA亚型；
ii)确定所述患者的肿瘤的TAA表达谱；
iii)鉴定TAA特异性T细胞亚群靶向的由所述患者的肿瘤表达的两种或更多种肿瘤相关抗原；
iv)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共享的一种或多种HLA-等位基因，选择对每个靶向的TAA具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
v)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第一MUSTANG组合物；并且
vi)向所述患者施用有效量的所述第一MUSTANG组合物；
vii)通过测量循环TAA特异性T细胞的存在，监测所述患者对所述第一MUSTANG组合物的反应；
viii)监测所述患者的TAA表达谱的变化；
ix)如果所述患者的TAA表达谱已改变，则鉴定TAA特异性T细胞亚群靶向的由所述患者的肿瘤表达的两种或更多种肿瘤相关抗原，其中如果所述患者对来自所述第一MUSTANG组合物的任何一种或多种特异性TAA T细胞亚群显示出强劲的反应，则排除靶向该TAA；
x)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共享的一种或多种HLA-等位基因，选择对来自步骤ix)的每个靶向的TAA具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
xi)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第二MUSTANG组合物；
xii)向所述患者施用有效量的所述第二MUSTANG组合物；
xiii)任选地重复步骤viii)至xii)；并且
xiv)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第三MUSTANG组合物；并且
xv)向所述患者施用有效量的所述第三MUSTANG组合物。
在一些实施方式中，共享的HLA等位基因选自HLA-A、HLA-B或HLA-DR的一种或多种。
在一个替代的实施方式中，单独的T细胞亚群不组合成单一剂型，而是作为单独的组合物施用，其中所述单独的组合物伴随施用。
通过监测第一MUSTANG组合物施用后循环TAA特异性T细胞的水平和患者肿瘤的TAA表达谱，可以对包括在任何第二、第三或随后施用的MUSTANG组合物中的T细胞亚群进行调整，以随着肿瘤的进展提供更具针对性的治疗方法。例如，如果在初始施用包含例如针对PRAME的T细胞亚群的MUSTANG组合物后，如果测量到循环PRAME特异性T细胞的高水平，则在随后施用的MUSTANG组合物中可以不必包含PRAME特异性T细胞亚群。类似地，如果初始施用包含例如PRAME T细胞亚群的MUSTANG组合物后，通过患者肿瘤的TAA表达谱测量到PRAME表达显著降低，则在随后的MUSTANG组合物中可以不必包含PRAME特异性T细胞亚群。因此，可以对随后施用的MUSTANG组合物进行改进，以更密切地反映肿瘤的肿瘤相关抗原表达谱。此外，可以基于正在进行的体内T细胞亚群应答对随后施用的MUSTANG组合物进行改进，从而在后续MUSTANG组合物中不包括在体内显示出强劲活性的此前施用的T细胞亚群，因为另外施用该特异性T细胞亚群可能没有必要。在一些实施方式中，在第一、第二和任何随后的MUSTANG组合物由源自同一供体的T细胞亚群组成。在一个替代的实施方式中，第一、第二和随后的MUSTANG组合物可以源自不同供体，只要其中一个供体是非脐带血供体即可。
在一个方面中，本文提供了一种治疗患有肿瘤的患者的方法，包括：
i)确定所述患者的HLA亚型；
ii)诊断所述患者的所述肿瘤类型；
iii)鉴定TAA特异性T细胞亚群靶向的与所述肿瘤类型相关的预先选定的两种或更多种肿瘤相关抗原的集；
iv)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共享的一种或多种HLA-等位基因，选择对每个靶向的TAA具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
v)将每种选择的库存的T细胞亚群组合，以形成第一MUSTANG组合物；
vi)向所述患者施用有效量的所述第一MUSTANG组合物；
vii)通过测量循环TAA特异性T细胞的存在，监测所述患者对所述第一MUSTANG组合物的反应；
viii)监测所述患者的TAA表达谱的变化；
ix)如果所述患者的TAA表达谱已改变，则鉴定TAA特异性T细胞亚群靶向的由所述患者的肿瘤表达的两种或更多种肿瘤相关抗原，其中如果所述患者对来自所述第一MUSTANG组合物的任何一种或多种特异性TAA T细胞亚群显示出强劲的反应，则排除靶向该TAA；
x)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共享的一种或多种HLA-等位基因，选择对来自步骤ix)的每个靶向的TAA具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
xi)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第二MUSTANG组合物；
xii)向所述患者施用有效量的所述第二MUSTANG组合物；
xiii)任选地重复步骤viii)至xii)；并且，
xiv)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第三MUSTANG组合物；并且，
xv)向所述患者施用有效量的所述第三MUSTANG组合物。
在一些实施方式中，可以使用尚未库存的新产生的T细胞亚群代替使用库存的T细胞亚群。在一些方面中，可以将新产生的T细胞亚群的一部分用于治疗患者，并且可以将另一部分库存以供将来使用。
在一些实施方式中，共享的HLA等位基因选自HLA-A、HLA-B或HLA-DR的一种或多种。
在一个替代的实施方式中，单独的T细胞亚群不组合成单一剂型，而是作为单独的组合物施用，其中所述单独的组合物伴随施用。通过向患者初始施用包含靶向基于肿瘤类型预先确定的TAA集的T细胞亚群的第一MUSTANG组合物，可以开始直接T细胞疗法，并且通过确定患者对第一MUSTANG组合物的反应和TAA表达谱并调整第二(以及随后的)MUSTANG组合物的T细胞亚群进一步调整治疗方法。确定患者肿瘤的TAA表达谱的时机可以在施用第一MUSTANG组合物之前或之后进行。在一些实施方式中，第一MUSTANG组合物的T细胞亚群靶向的预先确定的TAA选自WT1、PRAME、存活素、NY-ESO-1、MAGE-A3、MAGE-A4、Pr3、细胞周期蛋白A1、SSX2、中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)、HPV E6、HPV E7、EBV LMP1、EBV LMP2、EBV EBNA1和EBV EBNA2或其任何组合。在一些实施方式中，第一MUSTANG组合物由分别靶向PRAME、WT1和存活素之一的T细胞亚群组成。在一些实施方式中，第一MUSTANG组合物由分别靶向PRAME、WT1和存活素的T细胞亚群组成。此外，根据上文所述的方案，可以进行另外的MUSTANG组合物施用，例如第四次、第五次、第六次、第七次或更多次。
可以使用多种已知程序进行T细胞的致敏和激活。在一个非限制性方面中，本发明包括用于产生对单一TAA具有特异性的T细胞亚群以形成MUSTANG治疗性组合物的方法，所述方法包括但不限于：
i)鉴定对患者疾病呈阴性且优选是健康的合格供体，并且其中供体样品可以是脐带血或PBMC；
ii)从健康供体收集单核细胞，并且任选地除去任何效应或其他记忆T细胞，任选地基于CD45RA-、CD45RO+、CCR7-、CD62L-、CCR7+和/或CD62L+标志物；
iii)将单核细胞分离成两个组分；
iv)使用本领域已知的任何方法，例如，暴露于固体介质、磁性分离、使用抗体等，将第一组分中的细胞分离成非贴壁(nonadherent)T细胞和前体，以及贴壁(adherent)树突状细胞和前体，并且如果没有完成的话，任选地除去任何效应或其他记忆T细胞，任选地基于CD45RA-、CD45RO+、CCR7-、CD62L-、或CCR7+、CD62L+标志物；
v)使用IL-4和GM-CSF将单核细胞和前体分化成树突状细胞，随后使用成熟细胞因子(如LPS、TNFα、IL-1β、IL-4、IL-6和GM-CSF)处理，然后用来自单一选定TAA的一种或多种肽和/或表位进行脉冲处理；并且然后照射以形成树突状抗原呈递细胞(APC)；
vi)使用细胞因子IL-7和IL-15处理非贴壁T细胞和前体以使其极化为Th1细胞(并且在一些实施方式中，不使用IL-12)；
vii)在存在细胞因子IL-6的情况下，将来自(v)的树突状抗原呈递细胞与来自(vi)的非贴壁T细胞和T细胞前体混合，任选地(vi)与(v)的比例在5：1至20：1之间，以产生针对单一TAA特异性的T细胞亚群；
viii)任选地，在存在IL-2的情况下，使用有丝分裂原(mitogen)，如PHA、T-母细胞、B-母细胞、淋巴母细胞或CD3/CD28母细胞，处理单核细胞的第二组分，以产生活化的T细胞；并且然后照射细胞以抑制生长；
ix)使用来自单一选择的肿瘤相关抗原的选择的抗原肽和/或表位脉冲处理(viii)中的PHA母细胞，并且照射以抑制生长；
x)任选地在存在K562辅助细胞(优选地，HLA阴性、表达CD80、CD83、CD86和/或4-IBBL的K562细胞)或LPS，以及任选地IL-15和/或IL-2的情况下，将来自(vii)的抗原特异性T细胞与来自(ix)的活化的T细胞亚群混合；
xi)回收产生的单一TAA特异性T细胞亚群；
xii)任选地，表征用于库存的所得的T细胞亚群；并且，
xiii)任选地，冻存和在库中保存，直至使用。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增在步骤(v)中的T细胞亚群的TAA肽来自肿瘤抗原的重叠肽片段的文库，如例如在市售重叠肽文库中提供的。在一些实施方式中，用于致敏和扩增在步骤(v)中的T细胞亚群的TAA肽来自肿瘤抗原的重叠肽片段的文库，如例如在市售重叠肽文库中提供的，其中使用由患者肿瘤表达的一种或多种特定的已知或已鉴定的表位进一步富集文库。在一些实施方式中，用于致敏和扩增在步骤(v)中的T细胞亚群的TAA肽包括特异性选择的通过确定供体来源的HLA谱产生的HLA限制性肽，并且包括来源于通过供体的HLA型是活性的靶向TAA的肽表位。
在上述过程中，除非采用特定步骤来除去供体血液初始原料的细胞组分，例如基于细胞表面标志物除去等，否则最终的T细胞亚群通常还包括一系列细胞类型，如自然杀伤T细胞、γδT细胞、CD4+T细胞、CD8+(细胞毒性)T细胞和尤其自然杀伤T细胞，并且可以具有初始以及效应记忆或中央记忆细胞。在MUSTANG组合物中，这些细胞类型的比例将根据供体血液和处理条件而变化。
在另一个方面中，本发明包括制备本发明的T细胞亚群的方法，包括(i)收集来自健康供体的单核细胞产物；(ii)确定单核细胞产物的HLA亚型；(iii)从单核细胞产物中分离单核细胞和淋巴细胞；(iv)从单核细胞部分产生并成熟树突状细胞(DC)；(v)使用来自单一TAA的一种或多种肽和/或表位脉冲处理DC；(vi)进行CD45RA+选择，从淋巴细胞部分中分离初始淋巴细胞；(vii)在存在细胞因子混合物的情况下，使用肽脉冲处理的DC刺激初始淋巴细胞；(viii)在存在细胞因子混合物的情况下，使用新的肽脉冲处理的DC或其他肽脉冲处理的抗原呈递细胞重复进行T细胞刺激；并且(ix)收获T细胞亚群，(x)如本文所述，表征T细胞亚群；并且(xi)将T细胞亚群库存，以备将来在MUSTANG组合物中使用。在一些实施方式中，用于致敏和扩增在步骤(v)中的T细胞亚群的TAA肽来自肿瘤抗原的重叠肽片段的文库，如例如在市售重叠肽文库中提供的。在一些实施方式中，用于致敏和扩增在步骤(v)中的T细胞亚群的TAA肽来自肿瘤抗原的重叠肽片段的文库，如例如在市售重叠肽文库中提供的，其中使用由患者肿瘤表达的一种或多种特定的已知或已鉴定的表位进一步富集文库。在一些实施方式中，用于致敏和扩增在步骤(v)中的T细胞亚群的TAA肽包括特别选择的通过确定供体来源的HLA谱产生的HLA限制性肽，并且包括来源于通过供体的HLA型活性的靶向TAA的肽表位。在另一个方面中，本发明包括制备本发明的T细胞亚群的方法，包括(i)收集来自健康供体的单核细胞产物；(ii)确定单核细胞产物的HLA亚型；(iii)从单核细胞产物中分离单核细胞和淋巴细胞；(iv)从单核细胞部分产生并成熟树突状细胞(DC)；(v)使用来自单一TAA的一种或多种肽和/或表位脉冲处理DC；(vi)进行CD45RA+选择，从淋巴细胞部分中分离初始T细胞；(vii)在存在细胞因子混合物的情况下，使用肽脉冲处理的DC刺激初始T细胞；(viii)在存在细胞因子混合物的情况下，使用新的肽脉冲处理的DC或其他肽脉冲处理的抗原呈递细胞重复进行T细胞刺激，以形成致敏的T细胞亚群；(ix)收获致敏的T细胞亚群，(x)如本文所述，表征致敏的T细胞亚群；并且(xi)将致敏的T细胞亚群库存，以备将来在MUSTANG组合物中使用。
在一个进一步的方面中，本发明包括包含两种或更多种表征的T细胞亚群的分离的靶向TAA的T细胞亚群库。对T细胞亚群进行表征，将表征记录在数据库中以备将来使用，并冻存T细胞亚群。已通过下述表征T细胞亚群：例如HLA表型、对其特异性TAA的特异性、每种T细胞亚群对其特异性的一个或多个表位、T细胞亚群限制为I类或II类MHC、通过所述T细胞的对应HLA-等位基因的抗原性活性和免疫效应物亚型的浓度。
附图说明
图1：产生抗原特异性T细胞系的示意图。在存在含有IL7、IL12、IL15和IL6的细胞因子混合物的情况下，以效应-靶10：1的比例使用3种TAA(存活素、WT1和PRAME)脉冲处理的自体树突状细胞致敏健康供体PBMC。使用IL2和IL7进行随后的刺激。为了进一步维持T细胞，在第一次刺激后使用IL15和IL2。
图2：与使用多-TAA PepMixTM产生的T细胞识别特异性肿瘤相关抗原相关的IFN-γ-ELISpot测定。x轴包含TAA混合物(阳性对照)、单独的特异性抗原(PRAME、WT1和存活素)和阴性对照。y轴是通过SFU/2x 105个细胞测量的平均斑点计数。
图3：与特异性肿瘤相关抗原的识别相关的IFN-γ-ELISpot测定。x轴代表使用多TAA PepMixTM生成的21个T细胞亚群中的每一个。y轴是通过IFNγSFU/2x 105个细胞测量的平均斑点计数，将其作为每种产生的T细胞亚群对特定抗原(PRAME、WT1和存活素)特异性的度量。
图4：饼图描述了在IFNγ-ELISpot中通过针对以下产生的T细胞群识别的抗原数量：i)多TAA PepMixesTM(左图)和2)在单独培养物中的单个TAA(右图)。参见Weber等，Generation of tumor multi-leukemia antigen-specific T cells to enhance thegraft-versus-leukemia effect after allogeneic stem cell transplant,Leukemia2013；27,1538-1547(图1d)。
图5：与使用多TAA PepMixTM产生的T细胞识别特异性肿瘤相关抗原相关的IFN-γ-ELISpot测定。x轴包含TAA混合物(阳性对照)、单独的TAA混合物的特异性抗原(WT1、NE、Pr3、MAGE和PRAME)和阴性对照。y轴是通过SFU/2x 105个细胞测量的平均斑点计数。参见Weber等，Generation of tumor multi-leukemia antigen-specific T cells toenhance the graft-versus-leukemia effect after allogeneic stem celltransplant,Leukemia 2013；27,1538-1547(图1e)。
图6：在基于羧基荧光素琥珀酰亚胺酯(CFSE)的细胞毒性测定中，以效应与靶40:1的比例，T细胞群体(n＝8)对肽脉冲处理的自体PHA-母细胞(PHAB)的平均溶细胞活性±s.e.。使用多TAA PepMixTM产生T细胞群体。x轴包含TAA混合物(阳性对照)、单独的TAA混合物的特异性抗原(WT1、NE、Pr3、MAGE和PRAME)和阴性对照。y轴是PHA-母细胞的裂解百分比。参见Weber等，Generation of tumor multi-leukemia antigen-specific T cells toenhance the graft-versus-leukemia effect after allogeneic stem celltransplant,Leukemia 2013；27,1538-1547(图1f)。
图7：示例性细胞毒性测定。将使用多TAA PepMixTM产生的T细胞群体与部分HLA匹配的AML母细胞样品共培养。通过抗CD33/CD34共染色对白血病母细胞进行定量，通过CD3染色对T细胞进行定量。当与用多TAA PepMixTM产生的T细胞共培养时，白血病母细胞会随着时间的推移而消除，但是当与来自相同供体的对照T细胞一起孵育时，白血病母细胞在培养物中仍保持较高水平。在第0天以及共培养1天和3天后进行分析。
图8：使用单一肿瘤抗原肽或肽文库产生抗原特异性T细胞系的示意图。在含IL7、IL12、IL15和IL6的细胞因子混合物存在的情况下，以效应与靶10:1的比例，使用用单一TAA脉冲处理的自体树突状细胞致敏健康供体PMBC。使用IL2和IL7进行随后的刺激。为了进一步维持CTL，在第一次刺激后使用IL15和IL2。
图9：显示可以从单一供体中产生可以用于共享具有TAA活性的HLA等位基因的多个患者的T细胞亚群的示例性示意图。在该实例中，从该供体扩增的T细胞亚群通过HLA-IB8和HLA-II DR1具有TAA活性。因而，可以将这些T细胞亚群用于这3名患者的任何一个，因为至少一个共享的HLA等位基因具有TAA活性。
图10：与使用多TAA重叠肽文库(WT1、PRAME和存活素)和针对每个TAA的个体重叠肽文库产生的T细胞识别特异性肿瘤相关抗原相关的IFN-γ-ELISpot测定。x轴包含TAA混合物(WT1、PRAME和存活素)和单独的特异性抗原(WT1、PRAME和存活素)，以及1:1:1的细胞-细胞比例的单一抗原T细胞群体。y轴是通过相对于肌动蛋白(阳性对照)归一化的log SFU/105个细胞测量的平均斑点计数。
具体实施方式
本文提供了用于治疗人肿瘤的改进的过继性T细胞疗法，其包括向有需要的患者施用有效量的T细胞组合物，所述T细胞组合物在相同剂型中包括多种T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原(TAA)是特异性的，以及特别地基于患者肿瘤的TAA表达谱选择构成用于施用的T细胞组合物的T细胞亚群。
此外，重要的是，这种有利的T细胞疗法可以通过分别测定每种T细胞亚群在体内对患者肿瘤的潜在反应性来优化在宿主中的个体功效。
定义
除非另有定义，否则本文所使用的所有技术和科学术语均具有与本发明所属领域普通技术人员通常所理解的相同含义。
术语“一个(a)”和“一种(an)”指物品的语法对象中的一个或多个(即，至少一个)。举例来说，“一个元件”指一个元件或一个以上元件。
如本文所使用的，术语“同种异体的”指其中供体和受体是相同物种的不同个体的医学疗法。
如本文所使用的，术语“抗原”指被免疫系统，如人免疫系统的细胞或体液分支(arm)识别的分子，如多肽、肽、或者糖肽或脂肽。术语“抗原”包括抗原决定簇，如长度为6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或更多个氨基酸残基的肽，其与MHC分子结合，形成MHC I类或II类复合物的部分，或者当与此类分子复合时被识别。
如本文所使用的，术语“抗原呈递细胞(APC)”指一类能够呈递一种或多种可被免疫系统的特定效应细胞识别的肽-MHC复合物形式的抗原且由此诱导针对所呈递的一种或多种抗原的有效细胞免疫应答的细胞。专门APC的实例是树突状细胞和巨噬细胞，但是任何表达MHC I类或II类分子的细胞都可潜在呈递肽抗原。
如本文所使用的，术语“自体的”指其中供体和受体是同一个人的医学疗法。
如本文所使用的，术语“脐带血”具有其在本领域中的通常含义，并且指出生后留在胎盘和脐带中并含有造血干细胞的血液。脐带血可以是新鲜的、冻存的或从脐带血库获得的。
如本文所使用的，术语“细胞因子”具有其在本领域中的通常含义。用于本发明的细胞因子的非限制性实例包括IL-2、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15和IL-27。
如本文所使用的，术语“细胞毒性T细胞”或“细胞毒性T淋巴细胞”是具有CD8+抗原并且能够杀死某些细胞(包括外来细胞、肿瘤细胞和被病毒感染的细胞)的免疫细胞类型。细胞毒性T细胞可以与其他血细胞分离，离体生长，然后给予患者以杀死肿瘤细胞或病毒细胞。细胞毒性T细胞是一种白细胞和一种淋巴细胞。
如本文所使用的，术语“树突状细胞”或“DC”描述了在各种淋巴组织和非淋巴组织中发现的形态上相似的细胞类型的多样性群体，参见Steinman,Ann.Rev.Immunol.9:271-296(1991)。
如本文所使用的，术语“效应细胞”描述了可结合至或以其他方式识别抗原并介导免疫应答的细胞。肿瘤、病毒或其他抗原特异性T细胞和NKT细胞是效应细胞的实例。
如本文所使用的，术语“内源性”指来自或在生物体、细胞、组织或系统内部产生的任何物质。
如本文所使用的，术语“表位”或“抗原决定簇”指被免疫系统，特别是被抗体、B细胞或T细胞识别的抗原的一部分。
如本文所使用的，术语“外源性”指从生物体、细胞、组织或系统外部引入或产生的任何物质。
如本文所使用的，术语“HLA”指人白细胞抗原。有7,196种HLA等位基因。针对每个个体(在两条染色体上)，将其分为6个HLA I类和6个HLA II类等位基因。HLA系统或复合物是编码人类主要组织相容性复合物(MHC)蛋白的基因复合物。对应于MHC I类(A、B或C)的HLA从细胞内呈递肽并激活CD8阳性(即，细胞毒性)T细胞。对应于II类MHC的HLA(DP、DM、DOA、DOB、DQ和DR)刺激CD4阳性T细胞的增殖，从而刺激产生抗体的B细胞。
如本文所使用的，术语“分离的”指从通常与物质相关的组分中分离出来，例如，分离的脐带血单核细胞可以与红细胞、血浆和脐带血的其他组分分离。
如本文所使用的，“初始(naive)”T细胞或其他免疫效应细胞是未暴露于抗原或被抗原致敏或者未暴露于呈递能够活化所述细胞的肽抗原的抗原呈递细胞的细胞。
术语“非工程化的”当涉及组合物的细胞时指不含或不表达外源性核酸或氨基酸序列的细胞。例如，组合物的细胞不表达例如嵌合抗原受体。
如本文所使用的，本申请含义内的“肽文库”或“重叠肽文库”是肽的复杂混合物，其总体上涵盖蛋白抗原的部分或完整序列。所述混合物内的相继肽彼此重叠，例如，肽文库可由长度为15个氨基酸的肽构成，所述肽与文库中的相邻肽重叠11个氨基酸残基并且跨越蛋白抗原的整个长度。肽文库是可商购或可针对特定抗原定制。
如本文所使用的，“外周血单核细胞”或“PBMC”是具有圆形细胞核的任何外周血细胞。这些细胞由淋巴细胞(T细胞、B细胞、NK细胞)和单核细胞组成。在人类中，淋巴细胞占PBMC群体的大部分，其次是单核细胞，以及小部分的树突状细胞。
如本文所使用的，术语“前体细胞”指可分化或以其他方式转化成特定种类的细胞的细胞。例如，“T细胞前体细胞”可以分化成T细胞，和“树突状前体细胞”可以分化成树突状细胞。
如本文所使用的，“受试者”或“宿主”或“患者”是脊椎动物，优选哺乳动物，更优选人。哺乳动物包括但不限于人、猿、马、牛、猪、犬、猫、小鼠、其他农场动物、运动动物或宠物。人包括需要病毒或其他抗原特异性T细胞的那些人，如患有淋巴细胞减少症的那些，经历免疫系统消融的那些，正在进行移植和/或免疫抑制方案的那些，具有初始或发育的免疫系统的那些(如新生儿)或正在进行脐带血或干细胞移植的那些。在一个典型的实施方式中，如在本文所使用的，术语“患者”指人。
“T细胞群体”或“T细胞亚群”可以包括胸腺细胞、未成熟的T淋巴细胞、成熟的T淋巴细胞、静息的T淋巴细胞和活化的T淋巴细胞。T细胞群体或亚群可以包括αβT细胞，包括CD4+T细胞、CD8+T细胞、γδT细胞、自然杀伤T细胞或T细胞的任何其他子集。
如本文所使用的，术语“肿瘤相关抗原表达谱”或“肿瘤抗原表达谱”指恶性肿瘤或肿瘤内肿瘤相关抗原表达水平的特征。可以通过本领域公知的任何适宜方法来评估肿瘤相关抗原的表达，包括但不限于定量实时聚合酶链式反应(qPCR)、细胞染色或其他适宜的技术。用于确定肿瘤相关抗原表达谱的非限制性示例性方法可以见Ding等，Cancer Bio Med(2012)9:73-76；Qin等，Leukemia Research(2009)33(3)384-390；Weber等，Leukemia(2009)23:1634-1642；Liu等，J.Immunol(2006)176:3374-3382；Schuster等，Int J Cancer(2004)108:219-227。
如本文所使用的，术语“肿瘤相关抗原”或“TAA”是与特定肿瘤细胞高度相关的抗原。它们通常在正常细胞上找不到，或以较小程度存在。
术语“MUSTANG组合物”指“多重单一肿瘤抗原”T细胞组合物。MUSTANG组合物由两种或更多种T细胞亚群组成，其中每种T细胞亚群靶向单一肿瘤相关抗原。对于本文的目的，当涉及将T细胞亚群组合以构成MUSTANG组合物时，组合旨在包括其中T细胞被物理合并为单一剂型，即单一组合物的情况。在替代的实施方式中，T细胞亚群在物理上保持分离，但伴随施用并共同构成MUSTANG组合物。
肿瘤相关抗原
仔细选择用于MUSTANG组合物疗法的抗原对于成功至关重要。应基于肿瘤细胞的独特性，与正常细胞相比肿瘤细胞中更高的表达，或具有抗原表达的正常细胞受到不利影响而不会严重损害正常细胞或组织的能力，来有意地选择用于免疫疗法的抗原。
可以将肿瘤相关抗原(TAA)大致分类为癌胚(通常仅在胎儿组织中和在癌性体细胞中表达)、致癌病毒(由致瘤性转化病毒编码)、过表达/累积的(正常和赘生组织均表达，在赘生物中表达水平大大升高)、癌症-睾丸(仅由癌细胞和成人生殖组织如睾丸和胎盘表达)、谱系限制性的(主要由单一癌症组织型表达)、突变的(仅由因基因突变或转录改变导致的癌症表达)、翻译后改变的(糖基化的肿瘤相关改变等)或独特型的(高度多态性基因，其中肿瘤细胞表达特异性“克隆型”，即如在由克隆异常产生的B细胞、T细胞淋巴瘤/白血病中)。尽管其优选由肿瘤细胞表达，但是TAA经常在正常组织中被发现。然而，其表达与正常组织的表达不同之处在于其在肿瘤中的表达程度、与正常组织中的对应物相比蛋白结构的变化或其在恶性或肿瘤细胞内异常的亚细胞定位。
癌胚肿瘤相关抗原的实例包括癌胚抗原(CEA)、未成熟的层粘连蛋白受体和肿瘤相关糖蛋白(TAG)72。过表达/累积的实例包括BING-4、该激活的氯离子通道(CLCA)2、细胞周期蛋白A1、细胞周期蛋白B1、9D7、上皮细胞粘附分子(Ep-Cam)、EphA3、Her2/neu、端粒酶、间皮素、孤儿酪氨酸激酶受体(ROR1)、胃癌相关蛋白酪氨酸磷酸酶1(SAP-1)和存活素。
癌症-睾丸抗原的实例包括b黑色素瘤抗原(BAGE)家族、癌症相关基因(CAGE)家族、G抗原(GAGE)家族、黑色素瘤抗原(MAGE)家族、肉瘤抗原(SAGE)家族和X抗原(XAGE)家族、CT9、CT10、NY-ESO-1、L抗原(LAGE)1、优先在肿瘤中表达的黑色素瘤抗原(PRAME)和滑膜肉瘤X(SSX)2。谱系限制性肿瘤抗原的实例包括T细胞-1/2识别的黑色素瘤抗原(Melan-A/MART-1/2)、Gp100/pmel17、酪氨酸相关蛋白(TRP)1和2、P.多肽、黑皮质素1受体(MC1R)和前列腺特异性抗原。突变的肿瘤抗原的实例包括β-连环蛋白、乳腺癌抗原(BRCA)1/2、细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)4、慢性髓性白血病抗原(CML)66、纤连蛋白、p53、Ras和TGF-βRII。翻译后改变的肿瘤抗原的实例是粘蛋白(MUC)1。独特型肿瘤抗原的实例是免疫球蛋白(Ig)和T细胞受体(TCR)。
在一些实施方式中，与疾病或病症相关的抗原选自以下：CD19、CD20、CD22、乙肝病毒表面抗原、抗叶酸受体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、0EPHa2、ErbB2，3或4、FBP、胎儿乙酰胆碱受体、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α、kdr、κ轻链、Lewis Y、MUC16(CA-125)、PSCA、NKG2D配体、癌胚抗原、VEGF-R2、PSMA、雌激素受体、孕激素受体、ephrinB2、CD123、CS-1、c-Met和/或生物素化的分子、和/或由HIV、HCV、HBV或其他病原体表达的分子。
示例性肿瘤抗原至少包括以下：针对肠癌的癌胚抗原(CEA)；针对卵巢癌的CA-125；针对乳腺癌的MUC1或上皮肿瘤抗原(ETA)或CA15-3；针对恶性黑色素瘤的酪氨酸酶或黑色素瘤相关抗原(MAGE)；和针对多种类型肿瘤的ras、p53的异常产物；针对肝癌、卵巢癌或睾丸癌的甲胎蛋白；针对患有睾丸癌的男性的hCG的β亚基；针对前列腺癌的前列腺特异性抗原；针对多发性骨髓瘤和一些淋巴瘤的β2微球蛋白；针对结直肠癌、胆管癌和胰腺癌的CA19-9；针对肺癌和前列腺癌的嗜铬粒蛋白A；针对黑色素瘤、软组织肉瘤以及乳腺癌、结肠癌和肺癌的TA90。TAA的实例在本领域中是公知的，例如在N.Vigneron,“Human TumorAntigens and Cancer Immunotherapy,”BioMed Research International,vol.2015，文章ID 948501，17页，2015.doi:10.1155/2015/948501；Ilyas等，J Immunol.(2015)Dec 1；195(11):5117–5122；Coulie等，Nature Reviews Cancer(2014)第14卷，第135–146页；Cheever等，Clin Cancer Res.(2009)Sep 1；15(17):5323-37中，其全部内容通过引用并入本文。
致癌病毒TAA的实例包括人乳头瘤病毒(HPV)L1、E6和E7、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)爱泼斯坦-巴尔核抗原(EBNA)1和2、EBV病毒衣壳抗原(VCA)Igm或IgG、EBV早期抗原(EA)、潜伏膜蛋白(LMP)1和2、乙肝病毒表面抗原(HBsAg)、乙肝病毒e抗原(HBeAg)、乙肝病毒核心抗原(HBcAg)、乙肝病毒x抗原(HBxAg)、丙肝病毒核心抗原(HCV核心Ag)、人T嗜淋巴细胞病毒1型核心抗原(HTLV-1核心抗原)、HTLV-1 Tax抗原、HTLV-1组特异性(Gag)抗原、HTLV-1包膜(Env)、HTLV-1蛋白酶抗原(Pro)、HTLV-1 Tof、HTLV-1 Rof、HTLV-1聚合酶(Pro)抗原、人T嗜淋巴细胞病毒2型核心抗原(HTLV-2核心抗原)、HTLV-2 Tax抗原、HTLV-2组特异性(Gag)抗原、HTLV-2包膜(Env)、HTLV-2蛋白酶抗原(Pro)、HTLV-2 Tof、HTLV-2 Rof、HTLV-2蛋白酶(Pro)抗原、潜伏相关核抗原(LANA)、人疱疹病毒-8(HHV-8)K8.1、梅克尔细胞多瘤病毒大T抗原(LTAg)和梅克尔细胞多瘤病毒小T抗原(sTAg)。
某些类型糖脂(例如，神经节苷脂)的表达升高与在某些类型癌症中促进肿瘤存活相关。神经节苷脂的实例包括例如GM1b、GD1c、GM3、GM2、GM1a、GD1a、GT1a、GD3、GD2、GD1b、GT1b、GQ1b、GT3、GT2、GT1c、GQ1c和GP1c。神经节苷脂衍生物的实例包括例如9-O-Ac-GD3、9-O-Ac-GD2、5-N-de-GM3、N-羟乙酰基GM3、NeuGcGM3和岩藻糖基-GM1。通常以较高水平存在于肿瘤(例如，黑色素瘤、小细胞肺癌、肉瘤和神经母细胞瘤)中的示例性神经节苷脂包括GD3、GM2和GD2。
除了上文所述的TAA以外，另一类TAA是肿瘤特异性新抗原，其是通过改变氨基酸编码序列的突变(非同义体细胞突变)产生的。这些突变的肽中的一些可以在细胞表面上表达、加工和呈递，并且随后被T细胞识别。由于正常组织不具有这些体细胞突变，因而新抗原特异性T细胞不具有中央和外周耐受性，并且也缺乏诱导正常组织破坏的能力。参见，例如，Lu&Robins,Cancer Immunotherapy Targeting Neoantigens,Seminars in Immunology,第28卷，第1期，2016年02月，第22-27页，通过引用并入本文。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的至少一种T细胞亚群特异性针对选自以下的癌胚TAA：癌胚抗原(CEA)、未成熟的层粘连蛋白受体、孤儿酪氨酸激酶受体(ROR1)和肿瘤相关糖蛋白(TAG)72。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CEA。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对未成熟的层粘连蛋白受体。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对ROR1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对TAG72。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对选自以下的致癌病毒TAA：人乳头瘤病毒(HPV)E6和E7、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)爱泼斯坦-巴尔核抗原(EBNA)1和2、潜伏膜蛋白(LMP)1和LMP2。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对HPV E6。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对HPV E7。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对EBV。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对EBNA1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对EBNA2。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对LMP1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对LMP2。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对选自以下的过表达/累积的TAA：BING-4、钙激活氯离子通道(CLCA)2、细胞周期蛋白A1、细胞周期蛋白B1、9D7、上皮细胞粘附分子(Ep-Cam)、EphA3、Her2/neu、L1细胞粘附分子(L1-Cam)、端粒酶、间皮素、胃癌相关蛋白酪氨酸磷酸酶1(SAP-1)和存活素。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对BING-4。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CLCA2。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对细胞周期蛋白A1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对细胞周期蛋白B1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对9D7。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对Ep-Cam。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对EphA3。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对Her2/neu。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对L1-Cam。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对端粒酶。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对间皮素。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对SAP-1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群对存活素是特异性的。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对选自以下的癌症-睾丸抗原：b黑色素瘤抗原(BAGE)家族、癌症相关基因(CAGE)家族、G抗原(GAGE)家族、黑色素瘤抗原(MAGE)家族、肉瘤抗原(SAGE)家族和X抗原(XAGE)家族、皮肤T细胞淋巴瘤相关抗原家族(cTAGE)、白介素-13受体亚基α-1(IL13RA)、CT9、推定肿瘤抗原NA88-A、亮氨酸拉链蛋白4(LUZP4)、NY-ESO-1、L抗原(LAGE)1、解旋酶抗原(HAGE)、脂肪酶I(LIPI)、优先在肿瘤中表达的黑色素瘤抗原(PRAME)、滑膜肉瘤X(SSX)家族、X染色体上与核相关精子蛋白(SPANX)家族、癌症/睾丸抗原2(CTAG2)、钙结合酪氨酸磷酸化调控的纤维鞘蛋白(CABYR)、顶体素结合蛋白(ACRBP)、中心体蛋白55(CEP55)和联会丝复合体蛋白1(SYCP1)。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对BAGE家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CAGE家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对GAGE家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对MAGE家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对SAGE家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对XAGE家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对cTAGE家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对IL13RA。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CT9。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对NA88-A。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对LUZP4。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对LAGE-1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对HAGE。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对LIPI。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群针对PRAME是特异性的。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对SSX家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对SPANX家族。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CTAG2。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CABYR。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对ACRBP。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CEP55。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对SYCP1。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对选自以下的谱系限制性肿瘤抗原：T细胞-1/2识别的黑色素瘤抗原(Melan-A/MART-1/2)、Gp100/pmel17、酪氨酸激酶、酪氨酸相关蛋白(TRP)1和2、P.多肽、黑皮质素1受体(MC1R)和前列腺特异性抗原。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对Melan-A/MART-1/2。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对Gp100/pmel17。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对酪氨酸激酶。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对TRP1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对TRP2。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对P.多肽。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对MC1R。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对前列腺特异性抗原。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对选自以下的突变的TAA：β-连环蛋白、乳腺癌抗原(BRCA)1/2、细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)4、慢性髓性白血病抗原(CML)66、纤连蛋白、MART-2、p53、Ras、TGF-βRII和截短的上皮生长因子(tEGFR)。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对β-连环蛋白。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对BRCA1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对BRCA2。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CDK4。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CML66。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对纤连蛋白。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对MART-2。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对p53。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对Ras。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对TGF-βRII。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对tEGFR。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对翻译后改变的TAA粘蛋白(MUC)1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对MUC1。
在一些实施方式中，单一抗原T细胞亚群特异性针对选自以下的独特型TAA：免疫球蛋白(Ig)和T细胞受体(TCR)。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对Ig。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对TCR。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对BCMA。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对BCMA。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对CS1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CS1。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对XBP-1。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对XBP-1。
在一些实施方式中，构成MUSTANG组合物的T细胞亚群特异性针对CD138。在一些实施方式中，至少一种T细胞亚群特异性针对CD138。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含特异性针对BCMA、CS1、XBP-1或CD138的两种或更多种T细胞亚群。
在某些实施方式中，MUSTANG组合物包含两种或更多种T细胞亚群，其针对WT1、PRAME、存活素、NY-ESO-1、MAGE-A3、MAGE-A4、Pr3、细胞周期蛋白A1、SSX2、中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)、HPV E6、HPV E7、EBV LMP1、EBV LMP2、EBV EBNA1和EBV EBNA2。在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含靶向WT1、PRAME和存活素的一种或多种T细胞亚群。
Wilms肿瘤基因(WT1)存在于出生后的肾脏、胰腺、脂肪、性腺和造血干细胞中(Chau等，Trends in Genetics(2012)28(10)515-524)。在健康造血干细胞中，WT1编码转录因子，其调控细胞增殖、细胞死亡和分化(Scharnhorst等，Gene(2001)273(2)141-161)。在恢复的骨髓中，WT1的表达程度高于体内平衡(Boublikova等，Leukemia(2006)20(2)254-263)。尽管WT1在健康干细胞中表达并恢复骨髓状态，但是迄今为止针对该抗原使用反义或定向细胞毒性疗法的研究尚未显示出对健康干细胞群体的不利影响(Rosenfeld等，Leukemia(2003)17(7)1301-1312)。
WT1在Wilms肿瘤、包括横纹肌肉瘤的软组织肉瘤(91.7％)和恶性周围神经鞘瘤(71.4％)、卵巢癌和前列腺癌中过表达(Lee等，Experimental Cell Research(2001)264(1)74-99；Barbolina等，Cancer(2008)112(7)1632-1641；Kim等，World journal of surgonc(2014)12:214；Brett等，Molecular Cancer(2013)12:3)。在卵巢癌中，经常在原发性肿瘤中鉴定出WT1表达，并保留在配对的腹膜转移中。WT1在前列腺癌中的表达与高级别疾病相关，且可能在迁移和转移中起作用。由于WT1基因在最常见的小儿肾脏肿瘤Wilms肿瘤(成纤维细胞瘤)中失活，因而最初被鉴定为肿瘤抑制基因。然而，最近的发现表明，WT1在卵巢癌和其他肿瘤中起致癌基因作用。此外，几项研究报道，WT1的高表达与癌症的侵袭性以及白血病、乳腺癌、生殖细胞肿瘤、前列腺癌、软组织肉瘤、横纹肌肉瘤和头颈部鳞状细胞癌的不良预后相关。有几项研究描述了WT1在卵巢癌中的表达。主要在浆液性腺癌中观察到阳性表达，WT1在高级别浆液性癌中更常见，由于其侵袭性和其携带独特的遗传改变，使其在其他亚型中脱颖而出。WT1阳性肿瘤患者往往具有较高的肿瘤分级和分期。
最初在黑色素瘤中鉴定出的黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)与其他肿瘤相关，包括神经母细胞瘤、骨肉瘤、软组织肉瘤、头颈癌、肺癌以及包括Wilms肿瘤在内的肾癌。在神经母细胞瘤和骨肉瘤中，PRAME表达与疾病晚期和预后不良相关。PRAME在白血病细胞中也高度表达，且其表达水平与复发和缓解相关。尽管研究表明，PRAME参与白血病细胞的增殖和存活，但是尚没有很好的了解其在健康组织中的功能(Yin Leukemia Research(2011)35(9)1159-1160)。
在神经母细胞瘤中，在全部患者的93％和晚期患者的100％中检测到PRAME表达。PRAME表达与较高的肿瘤分期和诊断时患者的年龄具有非常显著的关联，这两者均为高风险特征(Oberthuer等，Clinical Cancer Research(2004)10(13)4307-4313)。约70％骨肉瘤患者的样本表达PRAME，并且高表达与不良预后和肺转移性疾病相关(Tan等，Biochemical and biophysical research communications(2012)419(4)801-808；Toledo等，Journal of ortho sci(2011)16(4)458-466；Segal等，Cancer Immunity(2005)5:4)。还发现软组织肉瘤(如滑膜细胞肉瘤、粘液样/圆形细胞脂肪肉瘤和恶性纤维组织细胞瘤)表达PRAME(Segal等，Cancer Immunity(2005)5:4)。
存活素是调控造血干细胞凋亡和增殖的蛋白。尽管在正常胎儿发育过程中高表达，但在大多数成熟组织中不表达，在健康造血干细胞中的可能低水平表达除外(Shinozawa等，Leukemia Research(2000)24(11)965-970)。
存活素在大多数癌症中高表达，包括食管癌、非小细胞肺癌、中枢神经系统肿瘤、乳腺癌、结直肠癌、黑色素瘤、胃癌、肉瘤、骨肉瘤、胰腺癌、口腔癌、宫颈癌、肝细胞癌和血液系统恶性肿瘤(Fukuda等，Molecular Cancer Therapeutics(2006)5(5)1087-1098；Tamm等，Cancer research(1998)58(23)5315-5320；Coughlin等，Journal of Clin Onc(2006)24(36)5725-5734)。在神经母细胞瘤肿瘤细胞中一致地检测到存活素表达(Coughlin等，Journal of Clin Onc(2006)24(36)5725-5734)。
存活素与化疗抗性疾病、肿瘤复发增加和患者存活不良相关。针对存活素抗原的靶向疗法是一种有吸引力的癌症治疗策略(Fukuda等，Molecular Cancer Therapeutics(2006)5(5)1087-1098)。
用于激活T细胞亚群的靶向肿瘤相关抗原肽的产生
靶向单一TAA的T细胞亚群可以通过以下方式制备：抗原呈递细胞或人工抗原呈递细胞用单一肽或表位、几种肽或表位，或者用选择的抗原的重叠肽文库脉冲处理，例如其包括约7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或更多个氨基酸长以及在某些方面中彼此5、6、7、8、9、10、11或更多个氨基酸重叠的肽。针对多种肿瘤相关抗原的GMP质量的重叠肽文库例如通过JPT Technologies和/或Miltenyi Biotec市售获得。在特定实施方式中，肽的长度例如为7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个或更多个氨基酸，且存在长度为5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33或34个氨基酸的重叠。
在一些实施方式中，T细胞亚群特异性针对所靶向的单一TAA的一个或多个已知表位。已经做了很多工作以确定TAA的特异性表位以及与之相关的HLA等位基因。TAA的特异性表位以及与之相关的HLA等位基因的非限制性实例可以参见Kessler等，J ExpMed.2001Jan 1；193(1):73-88；Oka等，Immunogenetics.2000Feb；51(2):99-107；Ohminami等，Blood.2000Jan 1；95(1):286-93；Schmitz等，Cancer Res.2000Sep 1；60(17):4845-9和Bachinsky等，Cancer Immun.2005Mar 22；5:6，其通过引用分别并入本文。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的TAA肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的靶向的TAA的肽。通过在肽混合物中包含特异性选择的供体HLA限制性肽用于致敏和扩增T细胞亚群，可以产生通过一种以上供体HLA提供更高的TAA靶向活性的T细胞亚群，从而提高T细胞亚群的潜在有效性。此外，通过产生通过一种以上供体HLA等位基因具有TAA靶向活性的T细胞亚群，可以通过匹配显示TAA活性的一种或多种供体HLA等位基因将单一供体T细胞亚群包括在用于具有不同HLA谱的多个受体的MUSTANG组合物中(参见例如，实施例5和图9)。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的TAA肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。在一些实施方式中，HLA限制性表位特异性针对细胞供体的HLA-A等位基因、HLA-B等位基因或HLA-DR等位基因的至少一种或多种。在一些实施方式中，HLA-A等位基因选自包含以下的组：HLA-A*01、HLA-A*02:01、HLA-A*03、HLA-A*11:01、HLA-A*24:02、HLA-A*26或HLA-A*68:01。在一些实施方式中，HLA-B等位基因选自包含以下的组：HLA-B*07:02、HLA-B*08、HLA-B*15:01(B62)、HLA-B*18、HLA-B*27:05、HLA-B*35:01或HLA-B*58:02。在一些实施方式中，HLA-DR等位基因选自包含以下的组：HLA-DRB1*0101、HLA-DRB1*0301(DR17)、HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)、HLA-DRB1*0701、HLA-DRB1*1101或HLA-DRB1*1501(DR2b)。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptide motifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。在一些实施方式中，肽的主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
这种集中的激活方法可以提高激活的T细胞亚群的效力，并最终提高产生MUSTANG组合物的效力。尽管现有技术教导可以在多肿瘤相关抗原方法中使用表位富集肽混合物，但是本发明提供了一种通过使用最可能引起激活的肽靶向激活T细胞亚群来优化治疗的新的平台，并在组合到MUSTANG组合物中之前可以各自进行测测以进行确认。
WT-1抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含WT-1特异性T细胞。WT1特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种WT1的抗原肽生产。在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用一种或多种WT1的抗原肽，或者衍生自WT1肽的修饰或异变(heteroclitic)肽产生的。在一些实施方式中，使用WT1抗原文库产生WT1特异性T细胞，所述WT抗原文库包含通过扫描蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.1(UniProtKB-P19544(WT1_HUMAN))形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MGSDVRDLNALLPAVPSLGGGGGCALPVSGAAQWAPVLDFAPPGASAYGSLGGPAPPPAPPPPPPPPPHSFIKQEPSWGGAEPHEEQCLSAFTVHFSGQFTGTAGACRYGPFGPPPPSQASSGQARMFPNAPYLPSCLESQPAIRNQGYSTVTFDGTPSYGHTPSHHAAQFPNHSFKHEDPMGQQGSLGEQQYSVPPPVYGCHTPTDSCTGSQALLLRTPYSSDNLYQMTSQLECMTWNQMNLGATLKGVAAGSSSSVKWTEGQSNHSTGYESDNHTTPILCGAQYRIHTHGVFRGIQDVRRVPGVAPTLVRSASETSEKRPFMCAYPGCNKRYFKLSHLQMHSRKHTGEKPYQCDFKDCERRFSRSDQLKRHQRRHTGVKPFQCKTCQRKFSRSDHLKTHTRTHTGKTSEKPFSCRWPSCQKKFARSDELVRHHNMHQRNMTKLQLAL
抗原文库是市售可得的，例如，来自JPT(产品代码：PM-WT1：Pep MixTM人(WT1/WT33))。在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用由WT1肽制成的市售重叠抗原文库产生的。
在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用一种或多种WT1的肽抗原，或者衍生自WT1肽的修饰或异变肽产生的。
在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用一种或多种WT1的肽抗原，或者衍生自WT1肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，WT1特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的WT1肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的WT1肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的WT1肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向WT1的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性的肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性的肽，其中HLA-A匹配的肽选自表1-7的肽，HLA-B肽选自表8-14的肽和HLA-DR肽选自表15-20的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增WT1特异性T细胞亚群的WT1肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表1(Seq.ID.No.2-11)；针对HLA-A*02:01的表2(Seq.ID.No.12-21)；针对HLA-B*15:01的表10(Seq.ID.No.92-101)；针对HLA-B*18的表11(Seq.ID.No.102-111)；针对HLA-DRB1*0101的表15(Seq.ID.No.142-151)；和针对HLA-DRB1*0301的表16(Seq.ID.No.152-159)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽的主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表1(Seq.ID.No.2-11)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表1(Seq.ID.No.2-11)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表1的肽(Seq.ID.No.2-11)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表1的肽(Seq.ID.No.2-11)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表2-7的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表8-20(Seq.ID No.72-198)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表1：WT1 HLA-A*01表位肽
Figure BDA0002894249000000411
Figure BDA0002894249000000421
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表2(Seq.ID.No.12-21)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表2(Seq.ID.No.12-21)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表2的肽(Seq.ID.No.12-21)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表2的肽(Seq.ID.No.12-21)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表1和3-7的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表8-20(Seq.ID No.72-198)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表2：WT1 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
12 SLGGGGGCAL
13 NALLPAVPSL
14 AIRNQGYSTV
15 NMHQRNMTKL
16 ALLPAVPSL
17 DLNALLPAV
18 SLGEQQYSV
19 NLGATLKGV
20 NLYQMTSQL
21 ILCGAQYRI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表3(Seq.ID.No.22-31)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表3(Seq.ID.No.22-31)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表3的肽(Seq.ID.No.22-31)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表3的肽(Seq.ID.No.22-31)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表1-2和4-7的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表8-20(Seq.ID No.72-198)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表3：WT1 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
22 DVRRVPGVAP
23 ALLPAVPSLG
24 ALPVSGAAQW
25 AIRNQGYSTV
26 RHQRRHTGVK
27 GVFRGIQDVR
28 RVPGVAPTL
29 RIHTHGVFR
30 DVRRVPGVA
31 HQRRHTGVK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表4(Seq.ID.No.32-41)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表4(Seq.ID.No.32-41)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表4的肽(Seq.ID.No.32-41)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表4的肽(Seq.ID.No.32-41)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表1-3和5-7的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表8-20(Seq.ID No.72-198)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表4：WT1 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
32 CTGSQALLLR
33 GVFRGIQDVR
34 HTGVKPFQCK
35 RTHTGKTSEK
36 KTHTRTHTGK
37 RSASETSEKR
38 LSHLQMHSRK
39 FSCRWPSCQK
40 RSASETSEK
41 FSRSDQLKR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表5(Seq.ID.No.42-51)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表5(Seq.ID.No.42-51)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表5的肽(Seq.ID.No.42-51)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表5的肽(Seq.ID.No.42-51)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表1-4和6-7的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表8-20(Seq.ID No.72-198)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表5：WT1 HLA-A*24:02表位肽
Figure BDA0002894249000000441
Figure BDA0002894249000000451
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表6(Seq.ID.No.52-61)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表6(Seq.ID.No.52-61)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表6的肽(Seq.ID.No.52-61)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表6的肽(Seq.ID.No.52-61)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表1-5和7的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表8-20(Seq.ID No.72-198)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表6：WT1 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
52 TVTFDGTPSY
53 DFAPPGASAY
54 EGQSNHSTGY
55 TTPILCGAQY
56 ETSEKRPFMC
57 DVRDLNALL
58 VTFDGTPSY
59 FTVHFSGQF
60 EKRPFMCAY
61 ETSEKRPFM
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表7(Seq.ID.No.62-71)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表7(Seq.ID.No.62-71)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表7的肽(Seq.ID.No.62-71)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表7的肽(Seq.ID.No.62-71)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表1-6的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表8-20(Seq.ID No.72-198)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表7：WT1 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
62 GVFRGIQDVRR
63 TTPILCGAQYR
64 ELVRHHNMHQR
65 PSCLESQPAIR
66 CTGSQALLLR
67 GVFRGIQDVR
68 KTHTRTHTGK
69 LVRHHNMHQR
70 FTGTAGACR
71 RIHTHGVFR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表8(Seq.ID.No.72-81)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表8(Seq.ID.No.72-81)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表8的肽(Seq.ID.No.72-81)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表8的肽(Seq.ID.No.72-81)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表9-14的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-7和15-20(Seq.ID No.1-71和142-198)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表8：WT1 HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
72 PPGASAYGSL
73 EPHEEQCLSA
74 LPSCLESQPA
75 PPPPPPHSFI
76 PPSQASSGQA
77 DPMGQQGSL
78 PPPPPHSFI
79 PPPPPPHSF
80 TPSHHAAQF
81 WPSCQKKFA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表9(Seq.ID.No.82-91)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表9(Seq.ID.No.82-91)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表9的肽(Seq.ID.No.82-91)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表9的肽(Seq.ID.No.82-91)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表8和10-14的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-7和15-20(Seq.ID No.1-71和142-198)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表9：WT1 HLA-B*08表位肽
Figure BDA0002894249000000471
Figure BDA0002894249000000481
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表10(Seq.ID.No.92-101)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表10(Seq.ID.No.92-101)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表10的肽(Seq.ID.No.92-101)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表10的肽(Seq.ID.No.92-101)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表8-9和11-14的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-7和15-20(Seq.ID No.1-71和142-198)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表10：WT1 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
92 QQYSVPPPVY
93 TVTFDGTPSY
94 QQGSLGEQQY
95 SQALLLRTPY
96 SQPAIRNQGY
97 FQCKTCQRKF
98 AQWAPVLDF
99 GQSNHSTGY
100 NQGYSTVTF
101 CLSAFTVHF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表11(Seq.ID.No.102-111)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表11(Seq.ID.No.102-111)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表11的肽(Seq.ID.No.102-111)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表11的肽(Seq.ID.No.102-111)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表8-10和12-14的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-7和15-20(Seq.ID No.1-71和142-198)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表11：WT1 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
102 HEEQCLSAF
103 SETSEKRPF
104 GEKPYQCDF
105 SEKPFSCRW
106 AEPHEEQCL
107 DVRDLNALL
108 QALLLRTPY
109 EEQCLSAF
110 ETSEKRPF
111 DELVRHHN
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表12(Seq.ID.No.112-121)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表12(Seq.ID.No.112-121)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表12的肽(Seq.ID.No.112-121)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表12的肽(Seq.ID.No.112-121)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表8-11和13-14的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-7和15-20(Seq.ID No.1-71和142-198)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表12：WT1 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
112 RRVPGVAPTL
113 RRFSRSDQLK
114 CRWPSCQKKF
115 LRTPYSSDNL
116 RRFSRSDQL
117 KRYFKLSHL
118 RRHTGVKPF
119 FRGIQDVRR
120 CRWPSCQKK
121 ARSDELVRH
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表13(Seq.ID.No.122-131)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表13(Seq.ID.No.122-131)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表13的肽(Seq.ID.No.122-131)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表13的肽(Seq.ID.No.122-131)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表8-12和14的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-7和15-20(Seq.ID No.1-71和142-198)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表13：WT1 HLA-B*35:01表位肽
Figure BDA0002894249000000501
Figure BDA0002894249000000511
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表14(Seq.ID.No.132-141)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表14(Seq.ID.No.132-141)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表14的肽(Seq.ID.No.132-141)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表14的肽(Seq.ID.No.132-141)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表8-13的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-7和15-20(Seq.ID No.1-71和142-198)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表14：WT1 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
132 ASETSEKRPF
133 QASSGQARMF
134 RTPYSSDNLY
135 DSCTGSQALL
136 ASSGQARMF
137 RVPGVAPTL
138 TSQLECMTW
139 HTHGVFRGI
140 RTPYSSDNL
141 RSDELVRHH
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表15(Seq.ID.No.142-151)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表15(Seq.ID.No.142-151)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表15的肽(Seq.ID.No.142-151)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表15的肽(Seq.ID.No.142-151)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表16-20的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-14(Seq.ID No.1-141)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表15：WT1 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
142 ASAYGSLGGPAPPPA
143 GSDVRDLNALLPAVP
144 IQDVRRVPGVAPTLV
145 VRDLNALLPAVPSLG
146 GATLKGVAAGSSSSV
147 TVHFSGQFTGTAGAC
148 VRRVPGVAPTLVRSA
149 NKRYFKLSHLQMHSR
150 LPAVPSLGGGGGCAL
151 RDLNALLPAVPSLGG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表16(Seq.ID.No.152-159)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表16(Seq.ID.No.152-159)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表16的肽(Seq.ID.No.152-159)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表16的肽(Seq.ID.No.152-159)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表15和17-20的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-14(Seq.ID No.1-141)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表16：WT1 HLA-DRB1*0301表位肽
SEQ ID NO. 序列
152 YSTVTFDGTPSYGHT
153 MGSDVRDLNALLPAV
154 YQCDFKDCERRFSRS
155 VPSLGGGGGCALPVS
156 VLDFAPPGASAYGSL
157 LYQMTSQLECMTWNQ
158 PTLVRSASETSEKRP
159 HHNMHQRNMTKLQLA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表17(Seq.ID.No.160-169)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表17(Seq.ID.No.160-169)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表17的肽(Seq.ID.No.160-169)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表17的肽(Seq.ID.No.160-169)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表15-16和18-20的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-14(Seq.ID No.1-141)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表17：WT1 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
Figure BDA0002894249000000531
Figure BDA0002894249000000541
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表18(Seq.ID.No.170-179)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表18(Seq.ID.No.170-179)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表18的肽(Seq.ID.No.170-179)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表18的肽(Seq.ID.No.170-179)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表15-17和19-20的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-14(Seq.ID No.1-141)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表18：WT1 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
170 TPSYGHTPSHHAAQF
171 TVTFDGTPSYGHTPS
172 LSAFTVHFSGQFTGT
173 TPTDSCTGSQALLLR
174 LKGVAAGSSSSVKWT
175 TVHFSGQFTGTAGAC
176 YSTVTFDGTPSYGHT
177 CGAQYRIHTHGVFRG
178 HGVFRGIQDVRRVPG
179 APTLVRSASETSEKR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表19(Seq.ID.No.180-188)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表19(Seq.ID.No.180-188)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表19的肽(Seq.ID.No.180-188)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表19的肽(Seq.ID.No.180-188)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表15-18和20的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-14(Seq.ID No.1-141)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表19：WT1 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
180 FRGIQDVRRVPGVAP
181 NKRYFKLSHLQMHSR
182 QCDFKDCERRFSRSD
183 STGYESDNHTTPILC
184 SCRWPSCQKKFARSD
185 AAQWAPVLDFAPPGA
186 ASAYGSLGGPAPPPA
187 PGVAPTLVRSASETS
188 QMNLGATLKGVAAGS
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表20(Seq.ID.No.189-198)的一种或多种WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表20(Seq.ID.No.189-198)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表20的肽(Seq.ID.No.189-198)的WT1衍生的肽致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表20的肽(Seq.ID.No.189-198)的WT1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增WT1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表15-19的肽。在一些实施方式中，WT1衍生的肽还包含一个或多个选自表1-14(Seq.ID No.1-141)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表20：WT1 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
189 WAPVLDFAPPGASAY
190 RPFMCAYPGCNKRYF
191 GSDVRDLNALLPAVP
192 NALLPAVPSLGGGGG
193 PPGASAYGSLGGPAP
194 EQCLSAFTVHFSGQF
195 TAGACRYGPFGPPPP
196 PSCLESQPAIRNQGY
197 WNQMNLGATLKGVAA
198 IQDVRRVPGVAPTLV
PRAME抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含PRAME特异性T细胞。PRAME特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种PRAME的抗原肽产生。在一些实施方式中，PRAME特异性T细胞是使用一种或多种PRAME的抗原肽，或者衍生自PRAME肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用PRAME抗原文库产生PRAME特异性T细胞，所述PRAME抗原文库包含含有通过扫描针对在肿瘤中优先表达的人黑色素瘤抗原(PRAME)的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.199(UniProt KB–P78395)形成的每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MERRRLWGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAAFDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQVLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGLSTEAEQPFIPVEVLVDLFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLEVTCTWKLPTLAKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQCLQALYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLSGVMLTDVSPEPLQALLERASATLQDLVFDECGITDDQLLALLPSLSHCSQLTTLSFYGNSISISALQSLLQHLIGLSNLTHVLYPVPLESYEDIHGTLHLERLAYLHARLRELLCELGRPSMVWLSANPCPHCGDRTFYDPEPILCPCFMPN
重叠的抗原文库是市售可得的，例如，来自JPT(产品代码：PM-OIP4 Pep MixTM人(Prame/OIP4))。在一些实施方式中，PRAME特异性T细胞是使用由PRAME肽制成的市售重叠抗原文库产生的。
在一些实施方式中，PRAME特异性T细胞是使用一种或多种PRAME的肽抗原，或者衍生自PRAME肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，PRAME特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，PRAME特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，PRAME特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的PRAME肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的PRAME肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的PRAME肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向PRAME的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表21-27的肽，HLA-B肽选自表28-34的肽和HLA-DR肽选自表35-40的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增PRAME特异性T细胞亚群的PRAME肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表21(Seq.ID.No.200-209)；针对HLA-A*02:01的表22(Seq.ID.No.210-219)；针对HLA-B*15:01的表30(Seq.ID.No.289-298)；针对HLA-B*18的表31(Seq.ID.No.299-308)；针对HLA-DRB1*0101的表35(Seq.ID.No.339-348)；和针对HLA-DRB1*0301的表36(Seq.ID.No.349-358)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表21(Seq.ID.No.200-209)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表21(Seq.ID.No.200-209)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表21的肽(Seq.ID.No.200-209)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表21的肽(Seq.ID.No.200-209)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表22-27的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表28-40(Seq.ID No.269-398)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表21：PRAME HLA-A*01表位肽
Figure BDA0002894249000000581
Figure BDA0002894249000000591
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表22(Seq.ID.No.210-219)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表22(Seq.ID.No.210-219)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表22的肽(Seq.ID.No.210-219)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表22的肽(Seq.ID.No.210-219)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表21和23-27的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表28-40(Seq.IDNo.269-398)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表22：PRAME HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
210 ALLERASATL
211 ALAIAALELL
212 SLSGVMLTDV
213 ALYVDSLFFL
214 QLLALLPSL
215 SLLQHLIGL
216 RLRELLCEL
217 YLHARLREL
218 ALAIAALEL
219 FLRGRLDQL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表23(Seq.ID.No.220-229)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表23(Seq.ID.No.220-229)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表23的肽(Seq.ID.No.220-229)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表23的肽(Seq.ID.No.220-229)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表21-22和24-27的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表28-40(Seq.IDNo.269-398)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表23：PRAME HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
220 HLIGLSNLTH
221 RLWGSIQSRY
222 KVKRKKNVLR
223 VLYPVPLESY
224 CLPLGVLMK
225 ELAGQSLLK
226 KLQVLDLRK
227 RLSEGDVMH
228 YLIEKVKRK
229 NVLRLCCKK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表24(Seq.ID.No.230-239)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表24(Seq.ID.No.230-239)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表24的肽(Seq.ID.No.230-239)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表24的肽(Seq.ID.No.230-239)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表21-23和25-27的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表28-40(Seq.ID No.269-398)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表24：PRAME HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
230 KVKRKKNVLR
231 PMQDIKMILK
232 CTWKLPTLAK
233 AIAALELLPR
234 AVLDGLDVLL
235 FSYLIEKVKR
236 ELAGQSLLK
237 EVLVDLFLK
238 ASSYISPEK
239 ELFSYLIEK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表25(Seq.ID.No.240-249)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表25(Seq.ID.No.240-249)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表25的肽(Seq.ID.No.240-249)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表25的肽(Seq.ID.No.240-249)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表21-24和26-27的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表28-40(Seq.ID No.269-398)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表25：PRAME HLA-A*24:02表位肽
Figure BDA0002894249000000611
Figure BDA0002894249000000621
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表26(Seq.ID.No.250-258)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表26(Seq.ID.No.250-258)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表26的肽(Seq.ID.No.250-258)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表26的肽(Seq.ID.No.250-258)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表21-25和27的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表28-40(Seq.IDNo.269-398)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表26：PRAME HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
250 ETFKAVLDGL
251 DVSPEPLQAL
252 ETLSITNCRL
253 EGACDELFSY
254 EKEEQYIAQF
255 SVSQLSVLSL
256 EVRPRRWKL
257 ETFKAVLDG
258 EVLVDLFLK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表27(Seq.ID.No.259-268)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表27(Seq.ID.No.259-268)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表27的肽(Seq.ID.No.259-268)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表27的肽(Seq.ID.No.259-268)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表21-26的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表28-40(Seq.IDNo.269-398)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表27：PRAME HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
259 DVLLAQEVRPR
260 EAAQPMTKKR
261 KVKRKKNVLR
262 EAAQPMTKK
263 EVLVDLFLK
264 ELFSYLIEK
265 ETLSITNCR
266 DVLLAQEVR
267 DSLFFLRGR
268 IAALELLPR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表28(Seq.ID.No.269-278)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表28(Seq.ID.No.269-278)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表28的肽(Seq.ID.No.269-278)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表28的肽(Seq.ID.No.269-278)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表29-34的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-27和35-40(Seq.ID No.200-268和339-398)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表28：PRAME HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
269 RPRRWKLQVL
270 SPSVSQLSVL
271 LPSLSHCSQL
272 MPMQDIKMIL
273 LPRELFPPL
274 QPFIPVEVL
275 IPVEVLVDL
276 SPEPLQALL
277 RPRRWKLQV
278 RPSMVWLSA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表29(Seq.ID.No.279-288)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表29(Seq.ID.No.279-288)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表29的肽(Seq.ID.No.279-288)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表29的肽(Seq.ID.No.279-288)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表28和30-34的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-27和35-40(Seq.ID No.200-268和339-398)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表29：PRAME HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
279 TKKRKVDGL
280 FLRGRLDQL
281 KVKRKKNVL
282 EVRPRRWKL
283 PRRWKLQVL
284 VLRLCCKKL
285 YLHARLREL
286 RLRELLCEL
287 HARLRELL
288 VKRKKNVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表30(Seq.ID.No.289-298)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表30(Seq.ID.No.289-298)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表30的肽(Seq.ID.No.289-298)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表30的肽(Seq.ID.No.289-298)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表28-29和31-34的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-27和35-40(Seq.ID No.200-268和339-398)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表30：PRAME HLA-B*15:01(B62)表位肽
Figure BDA0002894249000000651
Figure BDA0002894249000000661
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表31(Seq.ID.No.299-308)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表31(Seq.ID.No.299-308)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表31的肽(Seq.ID.No.299-308)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表31的肽(Seq.ID.No.299-308)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表28-30和32-34的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-27和35-40(Seq.ID No.200-268和339-398)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表31：PRAME HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
299 DEALAIAAL
300 LELLPRELF
301 KEGACDELF
302 PEPILCPCF
303 VEVLVDLF
304 EEQYIAQF
305 LELLPREL
306 RELFPPLF
307 SEGDVMHL
308 LERASATL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表32(Seq.ID.No.309-318)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表32(Seq.ID.No.309-318)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表32的肽(Seq.ID.No.309-318)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表32的肽(Seq.ID.No.309-318)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表28-31和33-34的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-27和35-40(Seq.ID No.200-268和339-398)的HLA-A和HLA-DR的限制性肽集合。
表32：PRAME HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
309 RRLWGSIQSR
310 RRWKLQVLDL
311 ERLAYLHARL
312 ARLRELLCEL
313 KRKKNVLRL
314 RRLLLSHIH
315 GRLDQLLRH
316 PRRWKLQVL
317 LRLCCKKLK
318 ERLAYLHAR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表33(Seq.ID.No.319-328)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表33(Seq.ID.No.319-328)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表33的肽(Seq.ID.No.319-328)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表33的肽(Seq.ID.No.319-328)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表28-32和34的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-27和35-40(Seq.ID No.200-268和339-398)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表33：PRAME HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
319 RPRRWKLQVL
320 SPSVSQLSVL
321 LPRELFPPLF
322 IPVEVLVDLF
323 MPMQDIKMIL
324 LPTLAKFSPY
325 IPVEVLVDL
326 LPRELFPPL
327 SPEPLQALL
328 QPFIPVEVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表34(Seq.ID.No.329-338)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表34(Seq.ID.No.329-338)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表34的肽(Seq.ID.No.329-338)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表34的肽(Seq.ID.No.329-338)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表28-33的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-27和35-40(Seq.ID No.200-268和339-398)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表34：PRAME HLA-B*58:02表位肽
Figure BDA0002894249000000681
Figure BDA0002894249000000691
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表35(Seq.ID.No.339-348)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表35(Seq.ID.No.339-348)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表35的肽(Seq.ID.No.339-348)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表35的肽(Seq.ID.No.339-348)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表36-40的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-34(Seq.ID No.200-338)的HLA-A和HLA-B的限制性肽集合。
表35：PRAME HLA-DRB1*0101表位肽
Figure BDA0002894249000000692
Figure BDA0002894249000000701
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表36(Seq.ID.No.349-358)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表36(Seq.ID.No.349-358)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表36的肽(Seq.ID.No.349-358)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表36的肽(Seq.ID.No.349-358)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表35和37-40的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-34(Seq.ID No.200-338)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表36：PRAME HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
349 ECGITDDQLLALLPS
350 LKMVQLDSIEDLEVT
351 LQALYVDSLFFLRGR
352 RRLVELAGQSLLKDE
353 IAALELLPRELFPPL
354 LGQMINLRRLLLSHI
355 FWTVWSGNRASLYSF
356 SSYISPEKEEQYIAQ
357 LAYLHARLRELLCEL
358 GQSLLKDEALAIAAL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表37(Seq.ID.No.359-368)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表37(Seq.ID.No.359-368)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表37的肽(Seq.ID.No.359-368)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表37的肽(Seq.ID.No.359-368)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表35-36和38-40的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-34(Seq.ID No.200-338)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表37：PRAME HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
359 RRLWGSIQSRYISMS
360 RRLVELAGQSLLKDE
361 SYLIEKVKRKKNVLR
362 LGQMINLRRLLLSHI
363 EQYIAQFTSQFLSLQ
364 RGRLDQLLRHVMNPL
365 RHVMNPLETLSITNC
366 EGDVMHLSQSPSVSQ
367 LALLPSLSHCSQLTT
368 SISISALQSLLQHLI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表38(Seq.ID.No.369-378)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表38(Seq.ID.No.369-378)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表38的肽(Seq.ID.No.369-378)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表38的肽(Seq.ID.No.369-378)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表35-37和39-40的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-34(Seq.ID No.200-338)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表38：PRAME HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
369 RRLWGSIQSRYISMS
370 IEDLEVTCTWKLPTL
371 GDVMHLSQSPSVSQL
372 MVQLDSIEDLEVTCT
373 LSFYGNSISISALQS
374 MAAFDGRHSQTLKAM
375 EEQYIAQFTSQFLSL
376 EQYIAQFTSQFLSLQ
377 RHVMNPLETLSITNC
378 LQALLERASATLQDL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表39(Seq.ID.No.379-388)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表39(Seq.ID.No.379-388)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表39的肽(Seq.ID.No.379-388)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表39的肽(Seq.ID.No.379-388)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表35-38和40的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-34(Seq.ID No.200-338)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表39：PRAME HLA-DRB1*1101表位肽
Figure BDA0002894249000000721
Figure BDA0002894249000000731
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表40(Seq.ID.No.389-398)的一种或多种PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表40(Seq.ID.No.389-398)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表40的肽(Seq.ID.No.389-398)的PRAME衍生的肽致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表40的肽(Seq.ID.No.389-398)的PRAME衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PRAME靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表35-39的肽。在一些实施方式中，PRAME衍生的肽还包含一个或多个选自表21-34(Seq.ID No.200-338)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表40：PRAME HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
389 HLHLETFKAVLDGLD
390 PVPLESYEDIHGTLH
391 YISMSVWTSPRRLVE
392 PLFMAAFDGRHSQTL
393 LPTLAKFSPYLGQMI
394 EQYIAQFTSQFLSLQ
395 LTTLSFYGNSISISA
396 LAKFSPYLGQMINLR
397 MERRRLWGSIQSRYI
398 GSIQSRYISMSVWTS
存活素抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含存活素特异性T细胞。存活素特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种存活素的抗原肽产生。在一些实施方式中，存活素特异性T细胞是使用一种或多种存活素的抗原肽，或者衍生自存活素肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用存活素抗原文库产生存活素特异性T细胞，所述存活素抗原文库包含通过扫描针对含有凋亡重复序列5的人杆状病毒抑制剂(存活素)的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.399(UniProt KB–O15392)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MGAPTLPPAWQPFLKDHRISTFKNWPFLEGCACTPERMAEAGFIHCPTENEPDLQCFFCFKELEGWEPDDDPIEEHKKHSSGCAFLSVKKQFEELTLGEFLKLDRERAKNKIAKETNNKKKEFEETAKKVRRAIEQLAAMD
重叠的抗原文库是市售可得的，例如，来自JPT，例如，来自JPT(产品代码：PM-存活素(Pep MixTM人(存活素))。在一些实施方式中，存活素特异性T细胞是使用存活素肽制成的市售重叠抗原文库产生的。
在一些实施方式中，存活素特异性T细胞是使用一种或多种存活素的肽抗原，或者衍生自存活素肽的修饰或异变肽产生的。
在一些实施方式中，存活素特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，存活素特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，存活素特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的存活素肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的存活素肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的存活素肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向存活素的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性的肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表41-47的肽，HLA-B肽选自表48-54的肽和HLA-DR肽选自表55-60的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增存活素特异性T细胞亚群的存活素肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表41(Seq.ID.No.400-409)；针对HLA-A*02:01的表42(Seq.ID.No.410-419)；针对HLA-B*15:01的表50(Seq.ID.No.490-500)；针对HLA-B*18的表51(Seq.ID.No.501-510)；针对HLA-DRB1*0101的表55(Seq.ID.No.541-550)；和针对HLA-DRB1*0301的表56(Seq.ID.No.551-560)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽的主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表41(Seq.ID.No.400-409)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表41(Seq.ID.No.400-409)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表41的肽(Seq.ID.No.400-409)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表41的肽(Seq.ID.No.400-409)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表42-47的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表48-60(Seq.IDNo.470-600)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表41：存活素HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
400 PTENEPDLAQC
401 KLDRERAKNKI
402 LKDHRISTFKN
403 STFKNWPFLEG
404 DDDPIEEHKKH
405 PTENEPDLAQ
406 PTENEPDLA
407 LTLGEFLKL
408 LGEFLKLDR
409 KLDRERAKN
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表42(Seq.ID.No.410-419)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表42(Seq.ID.No.410-419)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表42的肽(Seq.ID.No.410-419)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表42的肽(Seq.ID.No.410-419)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表41和43-47的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表48-60(Seq.ID No.470-600)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表42：存活素HLA-A*02:01表位肽
Figure BDA0002894249000000761
Figure BDA0002894249000000771
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表43(Seq.ID.No.420-429)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表43(Seq.ID.No.420-429)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表43的肽(Seq.ID.No.420-429)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表43的肽(Seq.ID.No.420-429)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表41-42和44-47的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表48-60(Seq.ID No.470-600)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表43：存活素HLA-A*03表位肽
Figure BDA0002894249000000772
Figure BDA0002894249000000781
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表44(Seq.ID.No.430-439)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表44(Seq.ID.No.430-439)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表44的肽(Seq.ID.No.430-439)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表44的肽(Seq.ID.No.430-439)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表41-43和45-47的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表48-60(Seq.ID No.470-600)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表44：存活素HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
430 SSGCAFLSVK
431 DLAQCFFCFK
432 SGCAFLSVKK
433 TLGEFLKLDR
434 STFKNWPFLE
435 KLDRERAKNK
436 KIAKETNNKK
437 SSGCAFLSV
438 GCAFLSVKK
439 ELTLGEFLK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表45(Seq.ID.No.440-449)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表45(Seq.ID.No.440-449)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表45的肽(Seq.ID.No.440-449)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表45的肽(Seq.ID.No.440-449)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表41-44和46-47的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表48-60(Seq.ID No.470-600)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表45：存活素HLA-A24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
440 QFEELTLGEF
441 TLPPAWQPFL
442 PDLAQCFFCF
443 PTLPPAWQPF
444 NEPDLAQCFF
445 LSVKKQFEEL
446 ELTLGEFLKL
447 AFLSVKKQF
448 LTLGEFLKL
449 TLPPAWQPF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表46(Seq.ID.No.450-459)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表46(Seq.ID.No.450-459)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表46的肽(Seq.ID.No.450-459)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表46的肽(Seq.ID.No.450-459)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表41-45和47的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表48-60(Seq.IDNo.470-600)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表46：存活素HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
450 ELTLGEFLKL
451 ENEPDLAQCF
452 ETAKKVRRAI
453 ETNNKKKEFE
454 ETNNKKKEF
455 ETAKKVRRA
456 KVRRAIEQL
457 STFKNWPFL
458 EELTLGEFL
459 SVKKQFEEL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表47(Seq.ID.No.460-469)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表47(Seq.ID.No.460-469)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表47的肽(Seq.ID.No.460-469)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表47的肽(Seq.ID.No.460-469)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表41-46的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表48-60(Seq.ID No.470-600)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表47：存活素HLA-A*68:01表位肽
Figure BDA0002894249000000801
Figure BDA0002894249000000811
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表48(Seq.ID.No.470-479)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表48(Seq.ID.No.470-479)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表48的肽(Seq.ID.No.470-479)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表48的肽(Seq.ID.No.470-479)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表49-54的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-47和55-60(Seq.ID No.400-469和541-600)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表48：存活素HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
470 LPPAWQPFL
471 CPTENEPDL
472 EPDLAQCFF
473 APTLPPAWQ
474 QPFLKDHRI
475 KHSSGCAFL
476 LTLGEFLKL
477 WPFLEGCACT
478 TPERMAEAGF
479 CPTENEPDLA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表49(Seq.ID.No.480-489)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表49(Seq.ID.No.480-489)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表49的肽(Seq.ID.No.480-489)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表49的肽(Seq.ID.No.480-489)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表48和50-54的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-47和55-60(Seq.ID No.400-469和541-600)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表49：存活素HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
480 RAKNKIAKE
481 QPFLKDHRI
482 SVKKQFEEL
483 NNKKKEFEE
484 TAKKVRRAI
485 AKKVRRAI
486 FLSVKKQF
487 RAKNKIAK
488 RERAKNKI
489 VKKQFEEL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表50(Seq.ID.No.490-500)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表50(Seq.ID.No.490-500)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表50的肽(Seq.ID.No.490-500)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表50的肽(Seq.ID.No.490-500)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表48和51-54的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-47和55-60(Seq.ID No.400-469和541-600)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表50：存活素HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
490 FLKDHRISTF
491 KQFEELTLGE
492 TLPPAWQPFL
493 ELEGWEPDDD
495 TLGEFLKLDR
496 TLPPAWQPF
497 DLAQCFFCF
498 KQFEELTLG
499 FLKDHRIST
500 KVRRAIEQL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表51(Seq.ID.No.501-510)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表51(Seq.ID.No.501-510)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表51的肽(Seq.ID.No.501-510)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表51的肽(Seq.ID.No.501-510)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表48-50和52-54的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-47和55-60(Seq.ID No.400-469和541-600)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表51：存活素HLA-B*18表位肽
Figure BDA0002894249000000831
Figure BDA0002894249000000841
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表52(Seq.ID.No.511-520)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表52(Seq.ID.No.511-520)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表52的肽(Seq.ID.No.511-520)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表52的肽(Seq.ID.No.511-520)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表48-51和53-54的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-47和55-60(Seq.ID No.400-469和541-600)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表52：存活素HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
511 RRAIEQLAAM
512 GEFLKLDRER
513 ERMAEAGFIH
514 ERAKNKIAKE
515 KIAKETNNKK
516 ERAKNKIAK
517 DRERAKNKI
518 KEFEETAKK
519 ERMAEAGFI
520 GCAFLSVKK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表53(Seq.ID.No.521-530)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表53(Seq.ID.No.521-530)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表53的肽(Seq.ID.No.521-530)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表53的肽(Seq.ID.No.521-530)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表48-52和54的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-47和55-60(Seq.ID No.400-469和541-600)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表53：存活素HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
521 TPERMAEAGF
522 LPPAWQPFLK
523 EPDDDPIEEH
524 LSVKKQFEEL
525 LPPAWQPFL
526 CPTENEPDL
527 EPDLAQCFF
528 QPFLKDHRI
529 TPERMAEAG
530 EPDDDPIEE
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表54(Seq.ID.No.531-540)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表54(Seq.ID.No.531-540)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表54的肽(Seq.ID.No.531-540)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表54的肽(Seq.ID.No.531-540)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表48-53的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-47和55-60(Seq.ID No.400-469和541-600)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表54：存活素HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
531 ETAKKVRRAI
532 PTLPPAWQPF
533 ISTFKNWPFL
534 LSVKKQFEEL
535 TAKKVRRAI
536 RAIEQLAAM
537 KVRRAIEQL
538 ISTFKNWPF
539 LTLGEFLKL
540 GAPTLPPAW
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表55(Seq.ID.No.541-550)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表55(Seq.ID.No.541-550)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表55的肽(Seq.ID.No.541-550)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表55的肽(Seq.ID.No.541-550)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表56-60的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-54(Seq.ID No.400-540)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表55：存活素HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
541 FFCFKELEGWEPDDD
542 FKNWPFLEGCACTPE
543 LGEFLKLDRERAKNK
544 NWPFLEGCACTPERM
545 KKQFEELTLGEFLKL
546 CTPERMAEAGFIHCP
547 FEELTLGEFLKLDRE
548 MGAPTLPPAWQPFLK
549 KKKEFEETAKKVRRA
550 AKKVRRAIEQLAAMD
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表56(Seq.ID.No.551-560)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表56(Seq.ID.No.551-560)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表56的肽(Seq.ID.No.551-560)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表56的肽(Seq.ID.No.551-560)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表55和57-60的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-54(Seq.ID No.400-540)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表56：存活素HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
Figure BDA0002894249000000871
Figure BDA0002894249000000881
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表57(Seq.ID.No.561-570)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表57(Seq.ID.No.561-570)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表57的肽(Seq.ID.No.561-570)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表47的肽(Seq.ID.No.561-570)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表55-56和58-60的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-54(Seq.ID No.400-540)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表57：存活素HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
561 WQPFLKDHRISTFKN
562 LGEFLKLDRERAKNK
563 APTLPPAWQPFLKDH
564 KNKIAKETNNKKKEF
565 DHRISTFKNWPFLEG
566 GEFLKLDRERAKNKI
567 FLKLDRERAKNKIAK
568 AKKVRRAIEQLAAMD
569 FLKDHRISTFKNWPF
570 RMAEAGFIHCPTENE
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表58(Seq.ID.No.571-580)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表58(Seq.ID.No.571-580)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表58的肽(Seq.ID.No.571-580)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表58的肽(Seq.ID.No.571-580)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表55-57和59-60的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-54(Seq.ID No.400-540)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表58：存活素HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
571 AKKVRRAIEQLAAMD
572 APTLPPAWQPFLKDH
573 DHRISTFKNWPFLEG
574 LEGCACTPERMAEAG
575 EAGFIHCPTENEPDL
576 KKEFEETAKKVRRAI
577 AQCFFCFKELEGWEP
578 QCFFCFKELEGWEPD
579 LEGWEPDDDPIEEHK
580 KKQFEELTLGEFLKL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表59(Seq.ID.No.581-590)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表59(Seq.ID.No.581-590)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表59的肽(Seq.ID.No.581-590)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表59的肽(Seq.ID.No.581-590)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表55-58和60的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-54(Seq.ID No.400-540)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表59：存活素HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
581 LGEFLKLDRERAKNK
582 GCAFLSVKKQFEELT
583 FFCFKELEGWEPDDD
584 DDPIEEHKKHSSGCA
585 KKEFEETAKKVRRAI
586 PPAWQPFLKDHRIST
587 WQPFLKDHRISTFKN
588 AWQPFLKDHRISTFK
589 AQCFFCFKELEGWEP
590 ISTFKNWPFLEGCAC
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表60(Seq.ID.No.591-600)的一种或多种存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表60(Seq.ID.No.591-600)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表60的肽(Seq.ID.No.591-600)的存活素衍生的肽致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表60的肽(Seq.ID.No.591-600)的存活素衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增存活素靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表55-59的肽。在一些实施方式中，存活素衍生的肽还包含一个或多个选自表41-54(Seq.ID No.400-540)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表60：存活素HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
591 LGEFLKLDRERAKNK
592 GCAFLSVKKQFEELT
593 FFCFKELEGWEPDDD
594 DDPIEEHKKHSSGCA
595 KKEFEETAKKVRRAI
596 PPAWQPFLKDHRIST
597 WQPFLKDHRISTFKN
598 AWQPFLKDHRISTFK
599 AQCFFCFKELEGWEP
600 ISTFKNWPFLEGCAC
NY-ESO-1抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含NY-ESO-1(癌症/睾丸抗原1)特异性T细胞。NY-ESO-1特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种NY-ESO-1的抗原肽产生。在一些实施方式中，NY-ESO-1特异性T细胞是使用一种或多种NY-ESO-1的抗原肽，或者衍生自NY-ESO-1肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用NY-ESO-1抗原文库产生NY-ESO-1特异性T细胞，所述NY-ESO-1抗原文库包含通过扫描针对NY-ESO-1的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.601(UniProt KB–P78358)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MQAEGRGTGGSTGDADGPGGPGIPDGPGGNAGGPGEAGATGGRGPRGAGAARASGPGGGAPRGPHGGAASGLNGCCRCGARGPESRLLEFYLAMPFATPMEAELARRSLAQDAPPLPVPGVLLKEFTVSGNILTIRLTAADHRQLQLSISSCLQQLSLLMWITQCFLPVFLAQPPSGQRR。
重叠的抗原文库是市售可得的，例如，来自JPT，例如，来自JPT(产品代码：PM-NYE(Pep MixTM人(NY-ESO-1))。在一些实施方式中，NY-ESO-1特异性T细胞是使用由NY-ESO-1肽制成的市售重叠抗原文库产生的。
在一些实施方式中，NY-ESO-1特异性T细胞是使用一种或多种NY-ESO-1的肽抗原，或者衍生自NY-ESO-1肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，NY-ESO-1特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，NY-ESO-1特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，NY-ESO-1特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的NY-ESO-1肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的NY-ESO-1肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的NY-ESO-1肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligandsand peptide motifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向NY-ESO-1的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性的肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表61-67的肽，HLA-B肽选自表68-74的肽和HLA-DR肽选自表75-80的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增NY-ESO-1特异性T细胞亚群的NY-ESO-1肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表61(Seq.ID.No.602-611)；针对HLA-A*02:01的表62(Seq.ID.No.612-621)；针对HLA-B*15:01的表70(Seq.ID.No.692-701)；针对HLA-B*18的表71(Seq.ID.No.702-711)；针对HLA-DRB1*0101的表75(Seq.ID.No.742-751)；和针对HLA-DRB1*0301的表76(Seq.ID.No.752-761)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表61(Seq.ID.No.602-611)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表61(Seq.ID.No.602-611)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表61的肽(Seq.ID.No.602-611)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表61的肽(Seq.ID.No.602-611)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表62-67的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表68-80(Seq.ID No.672-801)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表61：NYESO1 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
602 RGPESRLLEFY
603 AADHRQLQLSI
604 EAELARRSLAQ
605 GPESRLLEFY
606 AQDAPPLPVP
607 AADHRQLQLS
608 EAELARRSLA
609 PESRLLEFY
610 AQDAPPLPV
611 AADHRQLQL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表62(Seq.ID.No.612-621)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表62(Seq.ID.No.612-621)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表62的肽(Seq.ID.No.612-621)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表62的肽(Seq.ID.No.612-621)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表61和63-67的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表68-80(Seq.ID No.672-801)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表62：NYESO1 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
612 LLMWITQCFL
613 DAPPLPVPGV
614 RLLEFYLAMP
615 FTVSGNILTI
616 QLQLSISSCL
617 SLAQDAPPL
618 SISSCLQQL
619 RLLEFYLAM
620 TVSGNILTI
621 LMWITQCFL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表63(Seq.ID.No.622-631)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表63(Seq.ID.No.622-631)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表63的肽(Seq.ID.No.622-631)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表63的肽(Seq.ID.No.622-631)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表61-62和64-67的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表68-80(Seq.ID No.672-801)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表63：NYESO1 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
622 PLPVPGVLLK
623 RLLEFYLAMP
624 ELARRSLAQD
625 TIRLTAADHR
626 RLTAADHRQL
627 QLSISSCLQQ
628 FLAQPPSGQR
629 TIRLTAADH
630 RLLEFYLAM
631 ELARRSLAQ
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表64(Seq.ID.No.632-641)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表64(Seq.ID.No.632-641)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表64的肽(Seq.ID.No.632-641)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表64的肽(Seq.ID.No.632-641)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表61-63和65-67的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表68-80(Seq.ID No.672-801)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表64：NYESO1 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
632 ATPMEAELAR
633 PLPVPGVLLK
634 ASGPGGGAPR
635 TVSGNILTIR
636 GVLLKEFTVS
637 ASGLNGCCR
638 LPVPGVLLK
639 VSGNILTIR
640 FTVSGNILT
641 SSCLQQLSL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表65(Seq.ID.No.642-651)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表65(Seq.ID.No.642-651)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表65的肽(Seq.ID.No.642-651)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表65的肽(Seq.ID.No.642-651)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表61-64和66-67的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表68-80(Seq.ID No.672-801)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表65：NYESO1 HLA-A*24:02表位肽
Figure BDA0002894249000000961
Figure BDA0002894249000000971
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表66(Seq.ID.No.652-661)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表66(Seq.ID.No.652-661)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表66的肽(Seq.ID.No.652-661)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表66的肽(Seq.ID.No.652-661)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表61-65和67的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表68-80(Seq.ID No.672-801)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表66：NYESO1 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
652 PVPGVLLKEF
653 FTVSGNILTI
654 LSISSCLQQL
655 WITQCFLPVF
656 EFTVSGNIL
657 ITQCFLPVF
658 ESRLLEFYL
659 EAELARRSL
660 SISSCLQQL
661 TVSGNILTI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表67(Seq.ID.No.662-671)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表67(Seq.ID.No.662-671)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表67的肽(Seq.ID.No.662-671)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表67的肽(Seq.ID.No.662-671)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表61-66的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表68-80(Seq.ID No.672-801)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表67：NYESO1 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
662 ATPMEAELARR
663 FTVSGNILTIR
664 EAGATGGRGPR
665 LTIRLTAADHR
666 RASGPGGGAPR
667 TVSGNILTIR
668 ASGPGGGAPR
669 ATPMEAELAR
670 VSGNILTIR
671 PMEAELARR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表68(Seq.ID.No.672-681)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表68(Seq.ID.No.672-681)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表68的肽(Seq.ID.No.672-681)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表68的肽(Seq.ID.No.672-681)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表69-74的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-67和75-80(Seq.ID No.602-671和742-801)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表68：NYESO1 HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
672 APRGPHGGAA
673 APPLPVPGVL
674 PPLPVPGVLL
675 GPHGGAASGL
676 GPRGAGAARA
677 APRGPHGGA
678 IPDGPGGNA
679 APPLPVPGV
680 PPLPVPGVL
681 GPGGPGIPD
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表69(Seq.ID.No.682-691)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表69(Seq.ID.No.682-691)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表69的肽(Seq.ID.No.682-691)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表69的肽(Seq.ID.No.682-691)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表68和70-74的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-67和75-80(Seq.ID No.602-671和742-801)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表69：NYESO1 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
682 GPESRLLEF
683 AADHRQLQL
684 GARGPESRL
685 ESRLLEFYL
686 LLKEFTVSG
687 SLAQDAPPL
688 PLPVPGVLL
689 AELARRSL
690 LLKEFTVS
691 PLPVPGVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表70(Seq.ID.No.692-701)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表70(Seq.ID.No.692-701)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表70的肽(Seq.ID.No.692-701)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表70的肽(Seq.ID.No.692-701)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表68-69和71-74的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-67和75-80(Seq.ID No.602-671和742-801)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表70：NYESO1 HLA-B*15:01(B62)表位肽
Figure BDA0002894249000001001
Figure BDA0002894249000001011
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表71(Seq.ID.No.702-711)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表71(Seq.ID.No.702-711)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表71的肽(Seq.ID.No.702-711)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表71的肽(Seq.ID.No.702-711)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表68-70和72-74的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-67和75-80(Seq.ID No.602-671和742-801)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表71：NYESO1 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
702 PESRLLEFY
703 LEFYLAMPF
704 MEAELARRS
705 ESRLLEFYL
706 VPGVLLKEF
707 ITQCFLPVF
708 PESRLLEF
709 AELARRSL
710 PGVLLKEF
711 MEAELARR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表72(Seq.ID.No.712-721)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表72(Seq.ID.No.712-721)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表72的肽(Seq.ID.No.712-721)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表72的肽(Seq.ID.No.712-721)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表68-71和73-74的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-67和75-80(Seq.ID No.602-671和742-801)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表72：NYESO1 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
712 SRLLEFYLAM
713 RGPESRLLEF
714 RSLAQDAPPL
715 GPHGGAASGL
716 RRSLAQDAPP
717 ARGPESRLL
718 IRLTAADHR
719 GARGPESRL
720 GRGTGGSTG
721 GATGGRGPR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表73(Seq.ID.No.722-731)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表73(Seq.ID.No.722-731)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表73的肽(Seq.ID.No.722-731)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表73的肽(Seq.ID.No.722-731)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表68-72和74的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-67和75-80(Seq.ID No.602-671和742-801)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表73：NYESO1 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
722 PPLPVPGVLL
723 GPESRLLEFY
724 GPHGGAASGL
725 APPLPVPGVL
726 MPFATPMEAE
727 PPLPVPGVL
728 GPESRLLEF
729 VPGVLLKEF
730 LQLSISSCL
731 LPVFLAQPP
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表74(Seq.ID.No.732-741)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表74(Seq.ID.No.732-741)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表74的肽(Seq.ID.No.732-741)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表74的肽(Seq.ID.No.732-741)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表68-73的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-67和75-80(Seq.ID No.602-671和742-801)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表74：NYESO1 HLA-B*58:02表位肽
Figure BDA0002894249000001031
Figure BDA0002894249000001041
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表75(Seq.ID.No.742-751)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表75(Seq.ID.No.742-751)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表75的肽(Seq.ID.No.742-751)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表75的肽(Seq.ID.No.742-751)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表76-80的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-74(Seq.ID No.602-741)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表75：NYESO1 HLA-DRB1*0101表位肽
Figure BDA0002894249000001042
Figure BDA0002894249000001051
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表76(Seq.ID.No.752-761)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表76(Seq.ID.No.752-761)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表76的肽(Seq.ID.No.752-761)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表76的肽(Seq.ID.No.752-761)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表75和77-80的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-74(Seq.ID No.602-741)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表76：NYESO1 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
Figure BDA0002894249000001052
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表77(Seq.ID.No.762-771)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表77(Seq.ID.No.762-771)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表77的肽(Seq.ID.No.762-771)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表77的肽(Seq.ID.No.762-771)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表75-76和78-80的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-74(Seq.ID No.602-741)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表77：NYESO1 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
Figure BDA0002894249000001061
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表78(Seq.ID.No.772-781)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表78(Seq.ID.No.772-781)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表78的肽(Seq.ID.No.772-781)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表78的肽(Seq.ID.No.772-781)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表75-77和79-80的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-74(Seq.ID No.602-741)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表78：NYESO1 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
772 HRQLQLSISSCLQQL
773 AMPFATPMEAELARR
774 VLLKEFTVSGNILTI
775 LKEFTVSGNILTIRL
776 FTVSGNILTIRLTAA
777 TIRLTAADHRQLQLS
778 QLSLLMWITQCFLPV
779 LSLLMWITQCFLPVF
780 YLAMPFATPMEAELA
781 SGNILTIRLTAADHR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表79(Seq.ID.No.782-791)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表79(Seq.ID.No.782-791)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表79的肽(Seq.ID.No.782-791)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表79的肽(Seq.ID.No.782-791)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表75-78和80的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-74(Seq.ID No.602-741)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表79：NYESO1 HLA-DRB1*1101表位肽
Figure BDA0002894249000001071
Figure BDA0002894249000001081
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表80(Seq.ID.No.792-801)的一种或多种NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表80(Seq.ID.No.792-801)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表80的肽(Seq.ID.No.792-801)的NY-ESO-1衍生的肽致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表80的肽(Seq.ID.No.792-801)的NY-ESO-1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增NY-ESO-1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表75-79的肽。在一些实施方式中，NY-ESO-1衍生的肽还包含一个或多个选自表61-74(Seq.ID No.602-741)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表80：NYESO1 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
792 SRLLEFYLAMPFATP
793 QCFLPVFLAQPPSGQ
794 ESRLLEFYLAMPFAT
795 YLAMPFATPMEAELA
796 PGVLLKEFTVSGNIL
797 GVLLKEFTVSGNILT
798 QLSLLMWITQCFLPV
799 MWITQCFLPVFLAQP
800 LLEFYLAMPFATPME
801 LKEFTVSGNILTIRL
MAGE-A3抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含MAGE-A3(黑色素瘤相关抗原3)特异性T细胞。MAGE-A3特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种MAGE-A3的抗原肽产生。在一些实施方式中，MAGE-A3特异性T细胞是使用一种或多种MAGE-A3的抗原肽，或者衍生自MAGE-A3肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用MAGE-A3抗原文库产生MAGE-A3特异性T细胞，所述MAGE-A3抗原文库包含通过扫描针对MAGE-A3的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.802(UniProt KB–P43357)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MPLEQRSQHCKPEEGLEARGEALGLVGAQAPATEEQEAASSSSTLVEVTLGEVPAAESPDPPQSPQGASSLPTTMNYPLWSQSYEDSSNQEEEGPSTFPDLESEFQAALSRKVAELVHFLLLKYRAREPVTKAEMLGSVVGNWQYFFPVILLIIVLAIIAREGDCAPEEKIWEELSVLEVFEGREDSILGDPKKLLTQHFVQENYLEYRQVPGSDPACYEFLWGPRALVETSYVKVLHHMVKISGGPHISYPPLHEWVLREGEE。
重叠的抗原文库是市售可得的，例如，来自JPT，例如，来自JPT(产品代码：PM-MAGEA3(Pep MixTM人(MAGE-A3))。在一些实施方式中，MAGE-A3特异性T细胞是使用由MAGE-A3肽制成的市售重叠抗原文库产生的。
在一些实施方式中，MAGE-A3特异性T细胞是使用一种或多种MAGE-A3的肽抗原，或者衍生自MAGE-A3肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，MAGE-A3特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，MAGE-A3特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，MAGE-A3特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的MAGE-A3肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的MAGE-A3肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的MAGE-A3肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligandsand peptide motifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向MAGE-A3的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表81-87的肽，HLA-B肽选自表88-94的肽和HLA-DR肽选自表95-100的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增MAGE-A3特异性T细胞亚群的MAGE-A3肽限于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表81(Seq.ID.No.803-812)；针对HLA-A*02:01的表82(Seq.ID.No.813-822)；针对HLA-B*15:01的表90(Seq.ID.No.893-902)；针对HLA-B*18的表91(Seq.ID.No.903-912)；针对HLA-DRB1*0101的表95(Seq.ID.No.943-952)；和针对HLA-DRB1*0301的表96(Seq.ID.No.953-962)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽的主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表81(Seq.ID.No.803-812)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表81(Seq.ID.No.803-812)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表81的肽(Seq.ID.No.803-812)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表81的肽(Seq.ID.No.803-812)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表82-87的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表88-100(Seq.ID No.873-1002)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表81：MAGEA3 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
803 LMEVDPIGHLY
804 AELVHFLLLKY
805 QHFVQENYLEY
806 ASSLPTTMNY
807 ELVHFLLLKY
808 LTQHFVQENY
809 EVDPIGHLY
810 SSLPTTMNY
811 LVHFLLLKY
812 GSVVGNWQY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表82(Seq.ID.No.813-822)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表82(Seq.ID.No.813-822)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表82的肽(Seq.ID.No.813-822)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表82的肽(Seq.ID.No.813-822)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表81和83-87的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表88-100(Seq.ID No.873-1002)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表82：MAGEA3 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
813 TLVEVTLGEV
814 ALVETSYVKV
815 GLLIIVLAII
816 AALSRKVAEL
817 LVFGIELMEV
818 ALSRKVAEL
819 LLIIVLAII
820 GLLIIVLAI
821 FLWGPRALV
822 KIWEELSVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表83(Seq.ID.No.823-832)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表83(Seq.ID.No.823-832)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表83的肽(Seq.ID.No.823-832)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表83的肽(Seq.ID.No.823-832)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表81-82和84-87的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表88-100(Seq.ID No.873-1002)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表83：MAGEA3 HLA-A*03表位肽
Figure BDA0002894249000001121
Figure BDA0002894249000001131
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表84(Seq.ID.No.833-842)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表84(Seq.ID.No.833-842)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表84的肽(Seq.ID.No.833-842)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表84的肽(Seq.ID.No.833-842)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表81-83和85-87的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表88-100(Seq.ID No.873-1002)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表84：MAGEA3 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
833 ESEFQAALSR
834 YVKVLHHMVK
835 AELVHFLLLK
836 LIIVLAIIAR
837 ASSSSTLVEV
838 STLVEVTLGE
839 ELVHFLLLK
840 SVLEVFEGR
841 DSILGDPKK
842 ALVETSYVK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表85(Seq.ID.No.843-852)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表85(Seq.ID.No.843-852)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表85的肽(Seq.ID.No.843-852)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表85的肽(Seq.ID.No.843-852)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表81-84和86-87的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表88-100(Seq.ID No.873-1002)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表85：MAGEA3 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
843 SYPPLHEWVL
844 LYIFATCLGL
845 VFEGREDSIL
846 KVAELVHFLL
847 TFPDLESEF
848 VFEGREDSI
849 EFLWGPRAL
850 VAELVHFLL
851 IFSKASSSL
852 AELVHFLLL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表86(Seq.ID.No.853-862)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表86(Seq.ID.No.853-862)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表86的肽(Seq.ID.No.853-862)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表86的肽(Seq.ID.No.853-862)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表81-85和87的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表88-100(Seq.ID No.873-1002)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表86：MAGEA3 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
853 ELVHFLLLKY
854 EKIWEELSVL
855 EVFEGREDSI
856 EVTLGEVPAA
857 EVDPIGHLY
858 LVHFLLLKY
859 EVFEGREDS
860 KVAELVHFL
861 EPVTKAEML
862 SVVGNWQYF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表87(Seq.ID.No.863-872)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表87(Seq.ID.No.863-872)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表87的肽(Seq.ID.No.863-872)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表87的肽(Seq.ID.No.863-872)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表81-86的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表88-100(Seq.ID No.873-1002)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表87：MAGEA3 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
863 LLIIVLAIIAR
864 ELVHFLLLKYR
865 ELSVLEVFEGR
866 LIIVLAIIAR
867 ESEFQAALSR
868 IIVLAIIAR
869 ELVHFLLLK
870 IVLAIIARE
871 SVLEVFEGR
872 DSILGDPKK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表88(Seq.ID.No.873-882)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表88(Seq.ID.No.873-882)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表88的肽(Seq.ID.No.873-882)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表88的肽(Seq.ID.No.873-882)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表89-94的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-87和95-100(Seq.ID No.803-872和943-1002)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表88：MAGEA3 HLA-B*07:02表位肽
Figure BDA0002894249000001161
Figure BDA0002894249000001171
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表89(Seq.ID.No.883-892)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表89(Seq.ID.No.883-892)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表89的肽(Seq.ID.No.883-892)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表89的肽(Seq.ID.No.883-892)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表88和90-94的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-87和95-100(Seq.ID No.803-872和943-1002)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表89：MAGEA3 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
883 ALSRKVAEL
884 EPVTKAEML
885 GLEARGEAL
886 LLKYRAREP
887 QIMPKAGLL
888 EARGEALGL
889 MPKAGLLII
890 LLKYRARE
891 QIMPKAGL
892 EEKIWEEL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表90(Seq.ID.No.893-902)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表90(Seq.ID.No.893-902)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表90的肽(Seq.ID.No.893-902)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表90的肽(Seq.ID.No.893-902)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表88-89和91-94的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-87和95-100(Seq.ID No.803-872和943-1002)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表90：MAGEA3 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
893 NQEEEGPSTF
894 ELVHFLLLKY
895 QVPGSDPACY
896 SVVGNWQYFF
897 TQHFVQENY
898 LVHFLLLKY
899 FVQENYLEY
900 WQYFFPVIF
901 EVDPIGHLY
902 VVGNWQYFF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表91(Seq.ID.No.903-912)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表91(Seq.ID.No.903-912)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表91的肽(Seq.ID.No.903-912)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表91的肽(Seq.ID.No.903-912)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表88-90和92-94的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-87和95-100(Seq.ID No.803-872和943-1002)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表91：MAGEA3 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
903 EELSVLEVF
904 QEEEGPSTF
905 LESEFQAAL
906 PEEKIWEEL
907 AELVHFLLL
908 VETSYVKVL
909 EEEGPSTF
910 EEKIWEEL
911 AELVHFLL
912 LEARGEAL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表92(Seq.ID.No.913-922)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表92(Seq.ID.No.913-922)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表92的肽(Seq.ID.No.913-922)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表92的肽(Seq.ID.No.913-922)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表88-91和93-94的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-87和95-100(Seq.ID No.803-872和943-1002)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表92：MAGEA3 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
913 AREPVTKAEM
914 SRKVAELVHF
915 SEFQAALSRK
916 RALVETSYVK
917 YRAREPVTK
918 PRALVETSY
919 SRKVAELVH
920 YFFPVIFSK
921 KAGLLIIVL
922 DSILGDPKK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表93(Seq.ID.No.923-932)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表93(Seq.ID.No.923-932)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表93的肽(Seq.ID.No.923-932)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表93的肽(Seq.ID.No.923-932)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表88-92和94的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-87和95-100(Seq.ID No.803-872和943-1002)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表93：MAGEA3 HLA-B*35:01表位肽
Figure BDA0002894249000001201
Figure BDA0002894249000001211
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表94(Seq.ID.No.933-942)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表94(Seq.ID.No.933-942)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表94的肽(Seq.ID.No.933-942)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表94的肽(Seq.ID.No.933-942)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表88-93的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-87和95-100(Seq.ID No.803-872和943-1002)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表94：MAGEA3 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
933 KVAELVHFLL
934 KASSSLQLVF
935 SSSTLVEVTL
936 FSKASSSLQL
937 KAGLLIIVL
938 KVAELVHFL
939 SSTLVEVTL
940 SSLQLVFGI
941 KVLHHMVKI
942 SSLPTTMNY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表95(Seq.ID.No.943-952)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表95(Seq.ID.No.943-952)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表95的肽(Seq.ID.No.943-952)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表95的肽(Seq.ID.No.943-952)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表96-100的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-94(Seq.ID No.803-942)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表95：MAGEA3 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
943 PACYEFLWGPRALVE
944 YLEYRQVPGSDPACY
945 AGLLIIVLAIIAREG
946 GEALGLVGAQAPATE
947 QYFFPVIFSKASSSL
948 SSSLQLVFGIELMEV
949 EVTLGEVPAAESPDP
950 HHMVKISGGPHISYP
951 HFLLLKYRAREPVTK
952 ETSYVKVLHHMVKIS
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表96(Seq.ID.No.953-962)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表96(Seq.ID.No.953-962)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表96的肽(Seq.ID.No.953-962)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表96的肽(Seq.ID.No.953-962)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表95和97-100的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-94(Seq.ID No.803-942)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表96：MAGEA3 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
953 EDSILGDPKKLLTQH
954 IELMEVDPIGHLYIF
955 YDGLLGDNQIMPKAG
956 FPDLESEFQAALSRK
957 GPSTFPDLESEFQAA
958 LGSVVGNWQYFFPVI
959 ASSLPTTMNYPLWSQ
960 VAELVHFLLLKYRAR
961 CLGLSYDGLLGDNQI
962 SRKVAELVHFLLLKY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表97(Seq.ID.No.963-972)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表97(Seq.ID.No.963-972)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表97的肽(Seq.ID.No.963-972)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表97的肽(Seq.ID.No.963-972)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表95-96和98-100的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-94(Seq.ID No.803-942)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表97：MAGEA3 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
Figure BDA0002894249000001231
Figure BDA0002894249000001241
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表98(Seq.ID.No.973-982)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表98(Seq.ID.No.973-982)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表98的肽(Seq.ID.No.973-982)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表98的肽(Seq.ID.No.973-982)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表95-97和99-100的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-94(Seq.ID No.803-942)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表98：MAGEA3 HLA-DRB1*0701表位肽
Figure BDA0002894249000001242
Figure BDA0002894249000001251
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表99(Seq.ID.No.983-992)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表99(Seq.ID.No.983-992)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表99的肽(Seq.ID.No.983-992)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表99的肽(Seq.ID.No.983-992)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表95-98和100的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-94(Seq.ID No.803-942)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表99：MAGEA3 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
983 VKVLHHMVKISGGPH
984 WQYFFPVIFSKASSS
985 PACYEFLWGPRALVE
986 ETSYVKVLHHMVKIS
987 SRKVAELVHFLLLKY
988 ELVHFLLLKYRAREP
989 QYFFPVIFSKASSSL
990 YLEYRQVPGSDPACY
991 TSYVKVLHHMVKISG
992 SEFQAALSRKVAELV
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表100(Seq.ID.No.993-1002)的一种或多种MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表100(Seq.ID.No.993-1002)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表100的肽(Seq.ID.No.993-1002)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表100的肽(Seq.ID.No.993-1002)的MAGE-A3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表95-99的肽。在一些实施方式中，MAGE-A3衍生的肽还包含一个或多个选自表81-94(Seq.ID No.803-942)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表100：MAGEA3 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
993 GSVVGNWQYFFPVIF
994 HFLLLKYRAREPVTK
995 IGHLYIFATCLGLSY
996 VAELVHFLLLKYRAR
997 SSSLQLVFGIELMEV
998 GIELMEVDPIGHLYI
999 TCLGLSYDGLLGDNQ
1000 DNQIMPKAGLLIIVL
1001 AGLLIIVLAIIAREG
1002 LSVLEVFEGREDSIL
MAGE-A4抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含MAGE-A4(黑色素瘤相关抗原4)特异性T细胞。MAGE-A4特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种MAGE-A4的抗原肽产生。在一些实施方式中，MAGE-A4特异性T细胞是使用一种或多种MAGE-A4的抗原肽，或者衍生自MAGE-A4肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用MAGE-A4抗原文库产生MAGE-A4特异性T细胞，所述MAGE-A4抗原文库包含通过扫描针对MAGE-A4的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.1003(UniProt KB–P43358)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MSSEQKSQHCKPEEGVEAQEEALGLVGAQAPTTEEQEAAVSSSSPLVPGTLEEVPAAESAGPPQSPQGASALPTTISFTCWRQPNEGSSSQEEEGPSTSPDAESLFREALSNKVDELAHFLLRKYRAKELVTKAEMLERVIKNYKRCFPVIFGKASESLKMIFGIDVKEVDPASNTYTLVTCLGLSYDGLLGNNQIFPKTGLLIIVLGTIAMEGDSASEEEIWEELGVMGVYDGREHTVYGEPRKLLTQDWVQENYLEYRQVPGSNPARYEFLWGPRALAETSYVKVLEHVVRVNARVRIAYPSLREAALLEEEEGV
重叠的抗原文库是市售的，例如，来自JPT，例如，来自JPT(产品代码：PM-MAGEA4(Pep MixTM人(MAGE-A4))。在一些实施方式中，MAGE-A4特异性T细胞是使用MAGE-A4肽制成的市售重叠抗原文库产生的。
在一些实施方式中，MAGE-A4特异性T细胞是使用一种或多种MAGE-A4的肽抗原，或者衍生自MAGE-A4肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，MAGE-A4特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，MAGE-A4特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，MAGE-A4特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的MAGE-A4肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的MAGE-A4肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的MAGE-A4肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligandsand peptide motifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向MAGE-A4的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表101-107的肽，HLA-B肽选自表108-114的肽和HLA-DR肽选自表115-120的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增MAGE-A4特异性T细胞亚群的MAGE-A4肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表101(Seq.ID.No.1004-1013)；针对HLA-A*02:01的表102(Seq.ID.No.1014-1023)；针对HLA-B*15:01的表110(Seq.ID.No.1093-1102)；针对HLA-B*18的表111(Seq.ID.No.1103-1112)；针对HLA-DRB1*0101的表115(Seq.ID.No.1143-1152)；和针对HLA-DRB1*0301的表116(Seq.ID.No.1153-1162)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表101(Seq.ID.No.1004-1013)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表101(Seq.ID.No.1004-1013)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表101的肽(Seq.ID.No.1004-1013)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表101的肽(Seq.ID.No.1004-1013)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表102-107的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表108-120(Seq.ID No.1073-1202)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表101：MAGEA4 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1004 YTLVTCLGLSY
1005 VKEVDPASNTY
1006 IWEELGVMGVY
1007 QDWVQENYLEY
1008 VYDGREHTVY
1009 WEELGVMGVY
1010 LTQDWVQENY
1011 EVDPASNTY
1012 TQDWVQENY
1013 MLERVIKNY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表102(Seq.ID.No.1014-1023)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表102(Seq.ID.No.1014-1023)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表102的肽(Seq.ID.No.1014-1023)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表102的肽(Seq.ID.No.1014-1023)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表101和103-107的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表108-120(Seq.ID No.1073-1202)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表102：MAGEA4 HLA-A*02:01表位肽
Figure BDA0002894249000001291
Figure BDA0002894249000001301
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表103(Seq.ID.No.1024-1033)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表103(Seq.ID.No.1024-1033)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表103的肽(Seq.ID.No.1024-1033)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表103的肽(Seq.ID.No.1024-1033)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表101-102和104-107的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表108-120(Seq.ID No.1073-1202)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表103：MAGEA4 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
1024 SLFREALSNK
1025 KYRAKELVTK
1026 RVRIAYPSLR
1027 TLVTCLGLSY
1028 QVPGSNPARY
1029 HVVRVNARVR
1030 ALAETSYVK
1031 FLLRKYRAK
1032 ALGLVGAQA
1033 ELAHFLLRK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表104(Seq.ID.No.1034-1043)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表104(Seq.ID.No.1034-1043)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表104的肽(Seq.ID.No.1034-1043)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表104的肽(Seq.ID.No.1034-1043)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表101-103和105-107的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表108-120(Seq.ID No.1073-1202)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表104：MAGEA4 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1034 TSPDAESLFR
1035 YVKVLEHVVR
1036 SSEQKSQHCK
1037 LVTKAEMLER
1038 RVRIAYPSLR
1039 VTKAEMLER
1040 ELAHFLLRK
1041 GVMGVYDGR
1042 TTISFTCWR
1043 ALAETSYVK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表105(Seq.ID.No.1044-1052)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表105(Seq.ID.No.1044-1052)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表105的肽(Seq.ID.No.1044-1052)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表105的肽(Seq.ID.No.1044-1052)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表101-104和106-107的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表108-120(Seq.ID No.1073-1202)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表105：MAGEA4 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1044 AYPSLREAAL
1045 TYTLVTCLGL
1046 NYKRCFPVIF
1047 IFPKTGLLII
1048 KVDELAHFLL
1049 VYGEPRKLL
1050 NYKRCFPVI
1051 EFLWGPRAL
1052 IFGKASESL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表106(Seq.ID.No.1053-1062)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表106(Seq.ID.No.1053-1062)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表106的肽(Seq.ID.No.1053-1062)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表106的肽(Seq.ID.No.1053-1062)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表101-105和107的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表108-120(Seq.ID No.1073-1202)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表106：MAGEA4 HLA-A*26表位肽
Figure BDA0002894249000001321
Figure BDA0002894249000001331
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表107(Seq.ID.No.1063-1072)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表107(Seq.ID.No.1063-1072)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表107的肽(Seq.ID.No.1063-1072)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表107的肽(Seq.ID.No.1063-1072)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表101-106的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表108-120(Seq.ID No.1073-1202)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表107：MAGEA4 HLA-A*68:01表位肽
Figure BDA0002894249000001332
Figure BDA0002894249000001341
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表108(Seq.ID.No.1073-1082)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表108(Seq.ID.No.1073-1082)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表108的肽(Seq.ID.No.1073-1082)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表108的肽(Seq.ID.No.1073-1082)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表109-114的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-107和115-120(Seq.ID No.1004-1072和1143-1202)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表108：MAGEA4 HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1073 YPSLREAALL
1074 SPQGASALPT
1075 VPGTLEEVPA
1076 APTTEEQEAA
1077 DPASNTYTLV
1078 PPQSPQGASA
1079 YPSLREAAL
1080 DPASNTYTL
1081 APTTEEQEA
1082 FPKTGLLII
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表109(Seq.ID.No.1083-1092)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表109(Seq.ID.No.1083-1092)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表109的肽(Seq.ID.No.1083-1092)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表109的肽(Seq.ID.No.1083-1092)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表108和110-114的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-107和115-120(Seq.ID No.1004-1072和1143-1202)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表109：MAGEA4 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
1083 LRKYRAKEL
1084 ALSNKVDEL
1085 ELVTKAEML
1086 YPSLREAAL
1087 QIFPKTGLL
1088 VIKNYKRCF
1089 SLREAALL
1090 SLKMIFGI
1091 QIFPKTGL
1092 FPKTGLLI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表110(Seq.ID.No.1093-1102)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表110(Seq.ID.No.1093-1102)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表110的肽(Seq.ID.No.1093-1102)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表110的肽(Seq.ID.No.1093-1102)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表108-109和111-114的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-107和115-120(Seq.ID No.1004-1072和1143-1202)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表110：MAGEA4 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1093 TLVTCLGLSY
1094 RVNARVRIAY
1095 ELAHFLLRKY
1096 QVPGSNPARY
1097 RVIKNYKRCF
1098 MLERVIKNY
1099 TQDWVQENY
1100 LVTCLGLSY
1101 WVQENYLEY
1102 EVDPASNTY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表111(Seq.ID.No.1103-1112)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表111(Seq.ID.No.1103-1112)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表111的肽(Seq.ID.No.1103-1112)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表111的肽(Seq.ID.No.1103-1112)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表108-110和112-114的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-107和115-120(Seq.ID No.1004-1072和1143-1202)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表111：MAGEA4 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
1103 AESLFREAL
1104 SEEEIWEEL
1105 EELGVMGVY
1106 AETSYVKVL
1107 DELAHFLL
1108 EEEIWEEL
1109 LERVIKNY
1110 SESLKMIF
1111 VEAQEEAL
1112 DGREHTVY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表112(Seq.ID.No.1113-1122)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表112(Seq.ID.No.1113-1122)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表112的肽(Seq.ID.No.1113-1122)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表112的肽(Seq.ID.No.1113-1122)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表108-111和112-114的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-107和115-120(Seq.ID No.1004-1072和1143-1202)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表112：MAGEA4 HLA-B*27:05表位肽
Figure BDA0002894249000001371
Figure BDA0002894249000001381
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表113(Seq.ID.No.1123-1132)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表113(Seq.ID.No.1123-1132)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表113的肽(Seq.ID.No.1123-1132)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表113的肽(Seq.ID.No.1123-1132)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表108-112和114的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-107和115-120(Seq.ID No.1004-1072和1143-1202)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表113：MAGEA4 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1123 YPSLREAALL
1124 GPRALAETSY
1125 DPASNTYTL
1126 YPSLREAAL
1127 VPGSNPARY
1128 FPKTGLLII
1129 LPTTISFTC
1130 KVDELAHFL
1131 MLERVIKNY
1132 LGLSYDGLL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表114(Seq.ID.No.1133-1142)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表114(Seq.ID.No.1133-1142)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表114的肽(Seq.ID.No.1133-1142)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表114的肽(Seq.ID.No.1133-1142)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表108-1134的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-107和115-120(Seq.ID No.1004-1072和1143-1202)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表114：MAGEA4 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1133 RVIKNYKRCF
1134 KASESLKMIF
1135 SSSPLVPGTL
1136 KAEMLERVI
1137 KTGLLIIVL
1138 KVDELAHFL
1139 KASESLKMI
1140 PSLREAALL
1141 SSPLVPGTL
1142 LAHFLLRKY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表115(Seq.ID.No.1143-1152)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表115(Seq.ID.No.1143-1152)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表115的肽(Seq.ID.No.1143-1152)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表115的肽(Seq.ID.No.1143-1152)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表116-120的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-114(Seq.ID No.1004-1142)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表115：MAGEA4 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1143 PARYEFLWGPRALAE
1144 TGLLIIVLGTIAMEG
1145 YLEYRQVPGSNPARY
1146 KRCFPVIFGKASESL
1147 EEALGLVGAQAPTTE
1148 SESLKMIFGIDVKEV
1149 GLLIIVLGTIAMEGD
1150 PGTLEEVPAAESAGP
1151 HFLLRKYRAKELVTK
1152 EEIWEELGVMGVYDG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表116(Seq.ID.No.1153-1162)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表116(Seq.ID.No.1153-1162)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表116的肽(Seq.ID.No.1153-1162)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301并且使用包含表116的肽(Seq.ID.No.1153-1162)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表115和117-120的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-114(Seq.ID No.1004-1142)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表116：MAGEA4 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1153 GPSTSPDAESLFREA
1154 EHTVYGEPRKLLTQD
1155 LERVIKNYKRCFPVI
1156 VVRVNARVRIAYPSL
1157 KMIFGIDVKEVDPAS
1158 KAEMLERVIKNYKRC
1159 CLGLSYDGLLGNNQI
1160 RKLLTQDWVQENYLE
1161 ALSNKVDELAHFLLR
1162 TYTLVTCLGLSYDGL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表117(Seq.ID.No.1163-1172)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表117(Seq.ID.No.1163-1172)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表117的肽(Seq.ID.No.1163-1172)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表117的肽(Seq.ID.No.1163-1172)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表115-116和118-120的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-114(Seq.ID No.1004-1142)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表117：MAGEA4 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
Figure BDA0002894249000001411
Figure BDA0002894249000001421
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表118(Seq.ID.No.1173-1182)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表118(Seq.ID.No.1173-1182)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表118的肽(Seq.ID.No.1173-1182)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表118的肽(Seq.ID.No.1173-1182)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表115-117和119-120的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-114(Seq.ID No.1004-1142)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表118：MAGEA4 HLA-DRB1*0701表位肽
Figure BDA0002894249000001422
Figure BDA0002894249000001431
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表119(Seq.ID.No.1183-1192)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表119(Seq.ID.No.1183-1192)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表119的肽(Seq.ID.No.1183-1192)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表119的肽(Seq.ID.No.1183-1192)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表115-118和120的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-114(Seq.ID No.1004-1142)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表119：MAGEA4 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1183 VKVLEHVVRVNARVR
1184 RYEFLWGPRALAETS
1185 PARYEFLWGPRALAE
1186 ELAHFLLRKYRAKEL
1187 KRCFPVIFGKASESL
1188 YLEYRQVPGSNPARY
1189 TSYVKVLEHVVRVNA
1190 SNKVDELAHFLLRKY
1191 KMIFGIDVKEVDPAS
1192 AEMLERVIKNYKRCF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表120(Seq.ID.No.1193-1202)的一种或多种MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表120(Seq.ID.No.1193-1202)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表120的肽(Seq.ID.No.1193-1202)的MAGE-A4衍生的肽致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表120的肽(Seq.ID.No.1193-1202)的MAGE-A4衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增MAGE-A4靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表115-119的肽。在一些实施方式中，MAGE-A4衍生的肽还包含一个或多个选自表101-114(Seq.ID No.1004-1142)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表120：MAGEA4 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1193 HFLLRKYRAKELVTK
1194 LGVMGVYDGREHTVY
1195 EAAVSSSSPLVPGTL
1196 ASALPTTISFTCWRQ
1197 ERVIKNYKRCFPVIF
1198 SESLKMIFGIDVKEV
1199 TCLGLSYDGLLGNNQ
1200 NNQIFPKTGLLIIVL
1201 GLLIIVLGTIAMEGD
1202 LIIVLGTIAMEGDSA
SSX2抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含SSX2(滑膜肉瘤，X断点2)特异性T细胞。SSX2特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种SSX2的抗原肽产生。在一些实施方式中，SSX2特异性T细胞是使用一种或多种SSX2的抗原肽，或者衍生自SSX2肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用SSX2抗原文库产生SSX2特异性T细胞，所述SSX2抗原文库包含通过扫描针对SSX2的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.1203(UniProt KB–Q16385)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MNGDDAFARRPTVGAQIPEKIQKAFDDIAKYFSKEEWEKMKASEKIFYVYMKRKYEAMTKLGFKATLPPFMCNKRAEDFQGNDLDNDPNRGNQVERPQMTFGRLQGISPKIMPKKPAEEGNDSEEVPEASGPQNDGKELCPPGKPTTSEKIHERSGPKRGEHAWTHRLRERKQLVIYEEISDPEEDDE。
重叠的抗原文库是市售的，例如，来自JPT，例如，来自JPT(产品代码：PM-SSX2(PepMixTM人(SSX2))。在一些实施方式中，SSX2特异性T细胞是使用由SSX2肽制成的市售重叠抗原文库产生的。
在一些实施方式中，SSX2特异性T细胞是使用一种或多种SSX2的肽抗原，或者衍生自SSX2肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，SSX2特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，SSX2特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，SSX2特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的SSX2肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的SSX2肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的SSX2肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向SSX2的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表121-127的肽，HLA-B肽选自表128-134的肽和HLA-DR肽选自表135-140的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增SSX2特异性T细胞亚群的SSX2肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表121(Seq.ID.No.1204-1213)；针对HLA-A*02:01的表122(Seq.ID.No.1214-1223)；针对HLA-B*15:01的表130(Seq.ID.No.1294-1303)；针对HLA-B*18的表131(Seq.ID.No.1304-1313)；针对HLA-DRB1*0101的表135(Seq.ID.No.1344-1353)；和针对HLA-DRB1*0301的表136(Seq.ID.No.1354-1363)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表121(Seq.ID.No.1204-1213)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表121(Seq.ID.No.1204-1213)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表121的肽(Seq.ID.No.1204-1213)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表121的肽(Seq.ID.No.1204-1213)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表122-127的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表128-140(Seq.IDNo.1274-1403)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表121：SSX2 HLA-A*01表位肽
Figure BDA0002894249000001461
Figure BDA0002894249000001471
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表122(Seq.ID.No.1214-1223)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表122(Seq.ID.No.1214-1223)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表122的肽(Seq.ID.No.1214-1223)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表122的肽(Seq.ID.No.1214-1223)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表121和123-127的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表128-140(Seq.ID No.1274-1403)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表122：SSX2 HLA-A*02:01表位肽
Figure BDA0002894249000001472
Figure BDA0002894249000001481
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表123(Seq.ID.No.1224-1233)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表123(Seq.ID.No.1224-1233)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表123的肽(Seq.ID.No.1224-1233)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表123的肽(Seq.ID.No.1224-1233)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表121-122和124-127的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表128-140(Seq.ID No.1274-1403)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表123：SSX2 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
1224 RLRERKQLVI
1225 KIFYVYMKRK
1226 KIHERSGPK
1227 QVERPQMTF
1228 TLPPFMCNK
1229 GISPKIMPK
1230 TVGAQIPEK
1231 AQIPEKIQK
1232 KRKYEAMTK
1233 ARRPTVGAQI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表124(Seq.ID.No.1234-1243)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表124(Seq.ID.No.1234-1243)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表124的肽(Seq.ID.No.1234-1243)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表124的肽(Seq.ID.No.1234-1243)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表121-123和125-127的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表128-140(Seq.ID No.1274-1403)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表124：SSX2 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1234 ATLPPFMCNK
1235 PTVGAQIPEK
1236 PTTSEKIHER
1237 FSKEEWEKMK
1238 ASGPQNDGK
1239 TVGAQIPEK
1240 GISPKIMPK
1241 TTSEKIHER
1242 WTHRLRERK
1243 AQIPEKIQK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表125(Seq.ID.No.1244-1253)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表125(Seq.ID.No.1244-1253)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表125的肽(Seq.ID.No.1244-1253)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表125的肽(Seq.ID.No.1244-1253)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表121-124和126-127的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表128-140(Seq.ID No.1274-1403)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表125：SSX2 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1244 KYEAMTKLGF
1245 TVGAQIPEKI
1246 QIPEKIQKAF
1247 VYMKRKYEAM
1248 GRLQGISPKI
1249 AFDDIAKYF
1250 VGAQIPEKI
1251 GFKATLPPF
1252 GKPTTSEKI
1253 KQLVIYEEI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表126(Seq.ID.No.1254-1263)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表126(Seq.ID.No.1254-1263)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表126的肽(Seq.ID.No.1254-1263)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表126的肽(Seq.ID.No.1254-1263)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表121-125和127的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表128-140(Seq.ID No.1274-1403)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表126：SSX2 HLA-A*26表位肽
Figure BDA0002894249000001501
Figure BDA0002894249000001511
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表127(Seq.ID.No.1264-1273)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表127(Seq.ID.No.1264-1273)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表127的肽(Seq.ID.No.1264-1273)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表127的肽(Seq.ID.No.1264-1273)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表121-126的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表128-140(Seq.ID No.1274-1403)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表127：SSX2 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1264 ATLPPFMCNKR
1265 KIQKAFDDIAK
1266 QVERPQMTFGR
1267 GAQIPEKIQK
1268 DPNRGNQVER
1269 EASGPQNDGK
1270 TTSEKIHER
1271 EAMTKLGFK
1272 TVGAQIPEK
1273 GISPKIMPK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表128(Seq.ID.No.1274-1283)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表128(Seq.ID.No.1274-1283)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表128的肽(Seq.ID.No.1274-1283)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表128的肽(Seq.ID.No.1274-1283)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表129-134的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-127和135-140(Seq.ID No.1204-1273和1344-1403)的HLA-A和HLA-DR的限制性肽集合。
表128：SSX2 HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1274 SPKIMPKKPA
1275 GPKRGEHAWT
1276 LPPFMCNKRA
1277 RPQMTFGRL
1278 GPQNDGKEL
1279 IPEKIQKAF
1280 PPGKPTTSE
1281 FARRPTVGA
1282 AEDFQGNDL
1283 MPKKPAEEG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表129(Seq.ID.No.1284-1293)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表129(Seq.ID.No.1284-1293)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表129的肽(Seq.ID.No.1284-1293)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表129的肽(Seq.ID.No.1284-1293)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表128和130-134的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-127和135-140(Seq.ID No.1204-1273和1344-1403)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表129：SSX2 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
1284 WEKMKASEK
1285 YMKRKYEAM
1286 SPKIMPKKP
1287 GPQNDGKEL
1288 RLRERKQL
1289 KLGFKATL
1290 EAMTKLGF
1291 IQKAFDDI
1292 GPKRGEHA
1293 GFKATLPPF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表130(Seq.ID.No.1294-1303)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表130(Seq.ID.No.1294-1303)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表130的肽(Seq.ID.No.1294-1303)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表130的肽(Seq.ID.No.1294-1303)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表128-129和131-134的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-127和135-140(Seq.ID No.1204-1273和1344-1403)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表130：SSX2 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1294 NQVERPQMTF
1295 AQIPEKIQKA
1296 KASEKIFYVY
1297 RLRERKQLVI
1298 RLQGISPKIM
1299 ELCPPGKPTT
1300 KAFDDIAKY
1301 AQIPEKIQK
1302 PQNDGKELC
1303 RLRERKQLV
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表131(Seq.ID.No.1304-1313)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表131(Seq.ID.No.1304-1313)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表131的肽(Seq.ID.No.1304-1313)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表131的肽(Seq.ID.No.1304-1313)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表128-130和132-134的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-127和135-140(Seq.ID No.1204-1273和1344-1403)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表131：SSX2 HLA-B*18表位肽
Figure BDA0002894249000001541
Figure BDA0002894249000001551
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表132(Seq.ID.No.1314-1323)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表132(Seq.ID.No.1314-1323)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表132的肽(Seq.ID.No.1314-1323)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表132的肽(Seq.ID.No.1314-1323)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表128-131和133-134的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-127和135-140(Seq.ID No.1204-1273和1344-1403)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表132：SSX2 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
1314 GRLQGISPKI
1315 KRKYEAMTKL
1316 KRGEHAWTHR
1317 ERPQMTFGRL
1318 ERSGPKRGEH
1319 GRLQGISPK
1320 KRKYEAMTK
1321 HRLRERKQL
1322 RRPTVGAQI
1323 LRERKQLVI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表133(Seq.ID.No.1324-1333)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表133(Seq.ID.No.1324-1333)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表133的肽(Seq.ID.No.1324-1333)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表133的肽(Seq.ID.No.1324-1333)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表128-132和134的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-127和135-140(Seq.ID No.1204-1273和1344-1403)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表133：SSX2 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1324 THRLRERKQL
1325 KRKYEAMTKL
1326 ERPQMTFGRL
1327 GRLQGISPKI
1328 IHERSGPKRG
1329 LRERKQLVI
1330 RRPTVGAQI
1331 AFDDIAKYF
1332 TKLGFKATL
1333 AEDFQGNDL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表134(Seq.ID.No.1334-1343)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表134(Seq.ID.No.1334-1343)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表134的肽(Seq.ID.No.1334-1343)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表134的肽(Seq.ID.No.1334-1343)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表128-133的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-127和135-140(Seq.ID No.1204-1273和1344-1403)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表134：SSX2 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1334 KAFDDIAKYF
1335 KASEKIFYVY
1336 RAEDFQGNDL
1337 MTKLGFKATL
1338 ASEKIFYVYM
1339 IAKYFSKEEW
1340 KAFDDIAKY
1341 FSKEEWEKM
1342 ASEKIFYVY
1343 QVERPQMTF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表135(Seq.ID.No.1344-1353)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表135(Seq.ID.No.1344-1353)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表135的肽(Seq.ID.No.1344-1353)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表135的肽(Seq.ID.No.1344-1353)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表136-140的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-134(Seq.ID No.1204-1343)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表135：SSX2 HLA-DRB1*0101表位肽
Figure BDA0002894249000001571
Figure BDA0002894249000001581
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表136(Seq.ID.No.1354-1363)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表136(Seq.ID.No.1354-1363)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表136的肽(Seq.ID.No.1354-1363)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表136的肽(Seq.ID.No.1354-1363)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表135和137-140的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-134(Seq.ID No.1204-1343)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表136：SSX2 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
Figure BDA0002894249000001582
Figure BDA0002894249000001591
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表137(Seq.ID.No.1364-1373)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表137(Seq.ID.No.1364-1373)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表137的肽(Seq.ID.No.1364-1373)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表137的肽(Seq.ID.No.1364-1373)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表135-136和138-140的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-134(Seq.ID No.1204-1343)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表137：SSX2 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1364 GNDLDNDPNRGNQVE
1365 QKAFDDIAKYFSKEE
1366 AKYFSKEEWEKMKAS
1367 PEKIQKAFDDIAKYF
1368 SEKIFYVYMKRKYEA
1369 YEAMTKLGFKATLPP
1370 FGRLQGISPKIMPKK
1371 SEEVPEASGPQNDGK
1372 QLVIYEEISDPEEDD
1373 MNGDDAFARRPTVGA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表138(Seq.ID.No.1374-1383)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表138(Seq.ID.No.1374-1383)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表138的肽(Seq.ID.No.1374-1383)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表138的肽(Seq.ID.No.1374-1383)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表135-137和139-140的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-134(Seq.ID No.1204-1343)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表138：SSX2 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
1374 KLGFKATLPPFMCNK
1375 PEKIQKAFDDIAKYF
1376 CPPGKPTTSEKIHER
1377 DDAFARRPTVGAQIP
1378 FGRLQGISPKIMPKK
1379 PKRGEHAWTHRLRER
1380 LVIYEEISDPEEDDE
1381 WEKMKASEKIFYVYM
1382 AKYFSKEEWEKMKAS
1383 EWEKMKASEKIFYVY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表139(Seq.ID.No.1384-1393)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表139(Seq.ID.No.1384-1393)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表139的肽(Seq.ID.No.1384-1393)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表139的肽(Seq.ID.No.1384-1393)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表135-138和140的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-134(Seq.ID No.1204-1343)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表139：SSX2 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1384 QKAFDDIAKYFSKEE
1385 KIFYVYMKRKYEAMT
1386 KRKYEAMTKLGFKAT
1387 QMTFGRLQGISPKIM
1388 EHAWTHRLRERKQLV
1389 EKIFYVYMKRKYEAM
1390 IFYVYMKRKYEAMTK
1391 GISPKIMPKKPAEEG
1392 LPPFMCNKRAEDFQG
1393 DDAFARRPTVGAQIP
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表140(Seq.ID.No.1394-1403)的一种或多种SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表140(Seq.ID.No.1394-1403)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表140的肽(Seq.ID.No.1394-1403)的SSX2衍生的肽致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表140的肽(Seq.ID.No.1394-1403)的SSX2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增SSX2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表135-1390的肽。在一些实施方式中，SSX2衍生的肽还包含一个或多个选自表121-134(Seq.ID No.1204-1343)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表140：SSX2 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
Figure BDA0002894249000001611
Figure BDA0002894249000001621
PR3抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含PR3(白细胞蛋白酶3)特异性T细胞。PR3特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种PR3的抗原肽产生。在一些实施方式中，PR3特异性T细胞是使用一种或多种PR3的抗原肽，或者衍生自PR3肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用PR3抗原文库产生PR3特异性T细胞，所述PR3抗原文库包含通过扫描针对PR3的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.1404(UniProt KB–P24158)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MAHRPPSPALASVLLALLLSGAARAAEIVGGHEAQPHSRPYMASLQMRGNPGSHFCGGTLIHPSFVLTAAHCLRDIPQRLVNVVLGAHNVRTQEPTQQHFSVAQVFLNNYDAENKLNDVLLIQLSSPANLSASVATVQLPQQDQPVPHGTQCLAMGWGRVGAHDPPAQVLQELNVTVVTFFCRPHNICTFVPRRKAGICFGDSGGPLICDGIIQGIDSFVIWGCATRLFP DFFTRVALYVDWIRSTLRRVEAKGRP。
在一些实施方式中，PR3特异性T细胞是使用一种或多种PR3的肽抗原，或者衍生自PR3肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，PR3特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，PR3特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，PR3特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的PR3肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的PR3肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的PR3肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向PR3的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表141-147的肽，HLA-B肽选自表148-154的肽和HLA-DR肽选自表155-160的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增PR3特异性T细胞亚群的PR3肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表141(Seq.ID.No.1405-1414)；针对HLA-A*02:01的表142(Seq.ID.No.1415-1424)；针对HLA-B*15:01的表150(Seq.ID.No.1495-1504)；针对HLA-B*18的表151(Seq.ID.No.1505-1514)；针对HLA-DRB1*0101的表155(Seq.ID.No.1545-1554)；和针对HLA-DRB1*0301的表156(Seq.ID.No.1555-1564)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表141(Seq.ID.No.1405-1414)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表141(Seq.ID.No.1405-1414)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表141的肽(Seq.ID.No.1405-1414)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表141的肽(Seq.ID.No.1405-1414)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表142-147的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表148-160(Seq.ID No.1475-1604)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表141：Pr3 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1405 FPDFFTRVALY
1406 GHEAQPHSRPY
1407 FSVAQVFLNNY
1408 SVAQVFLNNY
1409 HEAQPHSRPY
1410 LRDIPQRLVN
1411 DFFTRVALY
1412 EAQPHSRPY
1413 VAQVFLNNY
1414 YVDWIRSTLRR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表142(Seq.ID.No.1415-1424)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表142(Seq.ID.No.1415-1424)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表142的肽(Seq.ID.No.1415-1424)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表142的肽(Seq.ID.No.1415-1424)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表141和143-147的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表148-160(Seq.IDNo.1475-1604)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表142：Pr3 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1415 ALASVLLALL
1416 KLNDVLLIQL
1417 VLQELNVTVV
1418 LICDGIIQGI
1419 LIHPSFVLTA
1420 RLFPDFFTRV
1421 ALYVDWIRST
1422 NLSASVATV
1423 LLALLLSGA
1424 CLAMGWGRV
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表143(Seq.ID.No.1425-1434)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表143(Seq.ID.No.1425-1434)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表143的肽(Seq.ID.No.1425-1434)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表143的肽(Seq.ID.No.1425-1434)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表141-142和144-147的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表148-160(Seq.IDNo.1475-1604)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表143：Pr3 HLA-A*03表位肽
Figure BDA0002894249000001651
Figure BDA0002894249000001661
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表144(Seq.ID.No.1435-1444)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表144(Seq.ID.No.1435-1444)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表144的肽(Seq.ID.No.1435-1444)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表144的肽(Seq.ID.No.1435-1444)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表141-143和145-147的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表148-160(Seq.ID No.1475-1604)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表144：Pr3 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1435 FVLTAAHCLR
1436 NVTVVTFFCR
1437 YVDWIRSTLR
1438 RVALYVDWIR
1439 STLRRVEAK
1440 VVLGAHNVR
1441 ASVLLALLL
1442 SVLLALLLS
1443 VTVVTFFCR
1444 SVAQVFLNN
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表145(Seq.ID.No.1445-1454)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表145(Seq.ID.No.1445-1454)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表145的肽(Seq.ID.No.1445-1454)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表145的肽(Seq.ID.No.1445-1454)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表141-144和146-147的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表148-160(Seq.ID No.1475-1604)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表145：Pr3 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1445 LYVDWIRSTL
1446 CFGDSGGPLI
1447 TFVPRRKAGI
1448 SFVLTAAHCL
1449 PSPALASVLL
1450 VIWGCATRLF
1451 TFFCRPHNI
1452 CFGDSGGPL
1453 HFSVAQVFL
1454 NKLNDVLLI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表146(Seq.ID.No.1455-1464)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表146(Seq.ID.No.1455-1464)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表146的肽(Seq.ID.No.1455-1464)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表146的肽(Seq.ID.No.1455-1464)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表141-145和147的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表148-160(Seq.IDNo.1475-1604)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表146：Pr3 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
1455 SVAQVFLNNY
1456 DGIIQGIDSF
1457 DVLLIQLSSP
1458 ELNVTVVTFF
1459 FVIWGCATRL
1460 DFFTRVALY
1461 ELNVTVVTF
1462 DVLLIQLSS
1463 YVDWIRSTL
1464 EAQPHSRPY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表147(Seq.ID.No.1465-1474)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表147(Seq.ID.No.1465-1474)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表147的肽(Seq.ID.No.1465-1474)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表147的肽(Seq.ID.No.1465-1474)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表141-146的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表148-160(Seq.IDNo.1475-1604)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表147：Pr3 HLA-A*68:01表位肽
Figure BDA0002894249000001681
Figure BDA0002894249000001691
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表148(Seq.ID.No.1475-1484)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表148(Seq.ID.No.1475-1484)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表148的肽(Seq.ID.No.1475-1484)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表148的肽(Seq.ID.No.1475-1484)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表149-154的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-147和155-160(Seq.ID No.1405-1474和1545-1604)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表148：Pr3 HLA-B*07:02表位肽
Figure BDA0002894249000001692
Figure BDA0002894249000001701
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表149(Seq.ID.No.1485-1494)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表149(Seq.ID.No.1485-1494)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表149的肽(Seq.ID.No.1485-1494)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表149的肽(Seq.ID.No.1485-1494)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表148和150-154的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-147和155-160(Seq.ID No.1405-1474和1545-1604)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表149：Pr3 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
1485 ENKLNDVLL
1486 VPRRKAGIC
1487 CLRDIPQRL
1488 SPALASVLL
1489 PQRLVNVVL
1490 SASVATVQL
1491 VPRRKAGI
1492 ENKLNDVL
1493 VDWIRSTL
1494 DFFTRVAL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表150(Seq.ID.No.1495-1504)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表150(Seq.ID.No.1495-1504)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表150的肽(Seq.ID.No.1495-1504)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表150的肽(Seq.ID.No.1495-1504)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表148-149和151-154的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-147和155-160(Seq.ID No.1405-1474和1545-1604)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表150：Pr3 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1495 QQHFSVAQVF
1496 SVAQVFLNNY
1497 ELNVTVVTFF
1498 RLFPDFFTRV
1499 RLVNVVLGAH
1500 KLNDVLLIQL
1501 ELNVTVVTF
1502 TQEPTQQHF
1503 GIIQGIDSF
1504 ALASVLLAL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表151(Seq.ID.No.1505-1514)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表151(Seq.ID.No.1505-1514)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表151的肽(Seq.ID.No.1505-1514)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表151的肽(Seq.ID.No.1505-1514)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表148-150和152-154的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-147和155-160(Seq.ID No.1405-1474和1545-1604)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表151：Pr3 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
1505 AENKLNDVL
1506 DFFTRVALY
1507 ATRLFPDFF
1508 GGTLIHPSF
1509 QEPTQQHF
1510 LNVTVVTF
1511 QELNVTVV
1512 NDVLLIQL
1513 PRRKAGICF
1514 CATRLFPDF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表152(Seq.ID.No.1515-1524)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表152(Seq.ID.No.1515-1524)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表152的肽(Seq.ID.No.1515-1524)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表152的肽(Seq.ID.No.1515-1524)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表148-151和153-154的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-147和155-160(Seq.ID No.1405-1474和1545-1604)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表152：Pr3 HLA-B*27:05表位肽
Figure BDA0002894249000001721
Figure BDA0002894249000001731
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表153(Seq.ID.No.1525-1534)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表153(Seq.ID.No.1525-1534)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表153的肽(Seq.ID.No.1525-1534)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表153的肽(Seq.ID.No.1525-1534)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表148-152和154的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-147和155-160(Seq.ID No.1405-1474和1545-1604)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表153：Pr3 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1525 FPDFFTRVAL
1526 IPQRLVNVVL
1527 PPSPALASVL
1528 DPPAQVLQEL
1529 QPVPHGTQCL
1530 VPRRKAGICF
1531 SPALASVLL
1532 PPAQVLQEL
1533 GPLICDGII
1534 RPYMASLQM
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表154(Seq.ID.No.1535-1544)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表154(Seq.ID.No.1535-1544)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表154的肽(Seq.ID.No.1535-1544)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表154的肽(Seq.ID.No.1535-1544)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表148-153的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-147和155-160(Seq.ID No.1405-1474和1545-1604)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表154：Pr3 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1535 RTQEPTQQHF
1536 LTAAHCLRDI
1537 PSPALASVLL
1538 LSGAARAAEI
1539 GSHFCGGTLI
1540 ASVLLALLL
1541 EAQPHSRPY
1542 HSRPYMASL
1543 RVALYVDWI
1544 CATRLFPDF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表155(Seq.ID.No.1545-1554)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表155(Seq.ID.No.1545-1554)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表155的肽(Seq.ID.No.1545-1554)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表155的肽(Seq.ID.No.1545-1554)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表156-160的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-154(Seq.ID No.1405-1544)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表155：Pr3 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1545 AMGWGRVGAHDPPAQ
1546 SVLLALLLSGAARAA
1547 NDVLLIQLSSPANLS
1548 HPSFVLTAAHCLRDI
1549 DGIIQGIDSFVIWGC
1550 GICFGDSGGPLICDG
1551 ASVLLALLLSGAARA
1552 LLALLLSGAARAAEI
1553 ARAAEIVGGHEAQPH
1554 SLQMRGNPGSHFCGG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表156(Seq.ID.No.1555-1564)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表156(Seq.ID.No.1555-1564)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表156的肽(Seq.ID.No.1555-1564)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表156的肽(Seq.ID.No.1555-1564)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表155和157-160的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-154(Seq.ID No.1405-1544)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表156：Pr3 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1555 VFLNNYDAENKLNDV
1556 SPALASVLLALLLSG
1557 VLLIQLSSPANLSAS
1558 GGPLICDGIIQGIDS
1559 AAHCLRDIPQRLVNV
1560 ATRLFPDFFTRVALY
1561 SLQMRGNPGSHFCGG
1562 HFSVAQVFLNNYDAE
1563 PAQVLQELNVTVVTF
1564 RVALYVDWIRSTLRR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表157(Seq.ID.No.1565-1574)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表157(Seq.ID.No.1565-1574)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表157的肽(Seq.ID.No.1565-1574)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表157的肽(Seq.ID.No.1565-1574)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表155-156和158-160的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-154(Seq.ID No.1405-1544)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表157：Pr3 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
Figure BDA0002894249000001761
Figure BDA0002894249000001771
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表158(Seq.ID.No.1575-1584)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表158(Seq.ID.No.1575-1584)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表158的肽(Seq.ID.No.1575-1584)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表158的肽(Seq.ID.No.1575-1584)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表155-157和159-160的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-154(Seq.ID No.1405-1544)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表158：Pr3 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
1575 DGIIQGIDSFVIWGC
1576 HPSFVLTAAHCLRDI
1577 GICFGDSGGPLICDG
1578 YVDWIRSTLRRVEAK
1579 AHCLRDIPQRLVNVV
1580 VLLIQLSSPANLSAS
1581 PAQVLQELNVTVVTF
1582 LQELNVTVVTFFCRP
1583 CDGIIQGIDSFVIWG
1584 SFVIWGCATRLFPDF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表159(Seq.ID.No.1585-1594)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表159(Seq.ID.No.1585-1594)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表159的肽(Seq.ID.No.1585-1594)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表159的肽(Seq.ID.No.1585-1594)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表155-158和160的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-154(Seq.ID No.1405-1544)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表159：Pr3 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1585 HNICTFVPRRKAGIC
1586 FVIWGCATRLFPDFF
1587 AMGWGRVGAHDPPAQ
1588 VVTFFCRPHNICTFV
1589 DWIRSTLRRVEAKGR
1590 PDFFTRVALYVDWIR
1591 ASVLLALLLSGAARA
1592 SVLLALLLSGAARAA
1593 SRPYMASLQMRGNPG
1594 LNNYDAENKLNDVLL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表160(Seq.ID.No.1595-1604)的一种或多种PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表160(Seq.ID.No.1595-1604)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表160的肽(Seq.ID.No.1595-1604)的PR3衍生的肽致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表160的肽(Seq.ID.No.1595-1604)的PR3衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增PR3靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表155-159的肽。在一些实施方式中，PR3衍生的肽还包含一个或多个选自表141-154(Seq.ID No.1405-1544)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表160：Pr3 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1595 QVFLNNYDAENKLND
1596 PHNICTFVPRRKAGI
1597 TRLFPDFFTRVALYV
1598 VNVVLGAHNVRTQEP
1599 LIQLSSPANLSASVA
1600 PAQVLQELNVTVVTF
1601 NVTVVTFFCRPHNIC
1602 VTVVTFFCRPHNICT
1603 DGIIQGIDSFVIWGC
1604 IQGIDSFVIWGCATR
细胞周期蛋白-A1抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含细胞周期蛋白-A1特异性T细胞。细胞周期蛋白-A1特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种细胞周期蛋白-A1的抗原肽产生。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1特异性T细胞是使用一种或多种细胞周期蛋白-A1的抗原肽，或者衍生自细胞周期蛋白-A1肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用细胞周期蛋白-A1抗原文库产生细胞周期蛋白-A1特异性T细胞，所述细胞周期蛋白-A1抗原文库包含通过扫描针对细胞周期蛋白-A1的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.1605(UniProt KB–P78396)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
METGFPAIMYPGSFIGGWGEEYLSWEGPGLPDFVFQQQPVESEAMHCSNPKSGVVLATVARGPDACQILTRAPLGQDPPQRTVLGLLTANGQYRRTCGQGITRIRCYSGSENAFPPAGKKALPDCGVQEPPKQGFDIYMDELEQGDRDSCSVREGMAFEDVYEVDTGTLKSDLHFLLDFNTVSPMLVDSSLLSQSEDISSLGTDVINVTEYAEEIYQYLREAEIRHRPKAHYMKKQPDITEGMRTILVDWLVEVGEEYKLRAETLYLAVNFLDRFLSCMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKYEEIYPPEVDEFVYITDDTYTKRQLLKMEHLLLKVLAFDLTVPTTNQFLLQYLRRQGVCVRTENLAKYVAELSLLEADPFLKYLPSLIAAAAFCLANYTVNKHFWPETLAAFTGYSLSEIVPCLSELHKAYLDIPHRPQQAIREKYKASKYLCVSLMEPPAVLLLQ。
在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1特异性T细胞是使用一种或多种细胞周期蛋白-A1的肽抗原，或者衍生自细胞周期蛋白-A1肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的细胞周期蛋白-A1肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的细胞周期蛋白-A1肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的细胞周期蛋白-A1肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:databasefor MHC ligands and peptide motifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向细胞周期蛋白-A1的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表161-167的肽，HLA-B肽选自表168-174的肽和HLA-DR肽选自表175-180的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增细胞周期蛋白-A1特异性T细胞亚群的细胞周期蛋白-A1肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表161(Seq.ID.No.1606-1616)；针对HLA-A*02:01的表162(Seq.ID.No.1617-1626)；针对HLA-B*15:01的表170(Seq.ID.No.1698-1707)；针对HLA-B*18的表171(Seq.ID.No.1708-1717)；针对HLA-DRB1*0101的表175(Seq.ID.No.1747-1756)；和针对HLA-DRB1*0301的表176(Seq.ID.No.1757-1766)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表161(Seq.ID.No.1606-1616)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表161(Seq.ID.No.1606-1616)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表161的肽(Seq.ID.No.1606-1616)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表161的肽(Seq.ID.No.1606-1616)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表162-167的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表168-180(Seq.ID No.1678-1806)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表161：细胞周期蛋白A1 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1606 VTEYAEEIYQY
1607 VREGMAFEDVY
1608 WPETLAAFTGY
1609 GTAAMLLASKY
1610 GTDVINVTEY
1611 LLEADPFLKY
1612 PTTNQFLLQY
1613 IREKYKASKY
1614 TTNQFLLQY
1615 PPEVDEFVY
1616 AAMLLASKY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表162(Seq.ID.No.1617-1626)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表162(Seq.ID.No.1617-1626)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表162的肽(Seq.ID.No.1617-1626)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表162的肽(Seq.ID.No.1617-1626)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表161和163-167的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表168-180(Seq.ID No.1678-1806)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表162：细胞周期蛋白A1 HLA-A*02:01表位肽
Figure BDA0002894249000001821
Figure BDA0002894249000001831
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表163(Seq.ID.No.1627-1637)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表163(Seq.ID.No.1627-1637)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表163的肽(Seq.ID.No.1627-1637)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表163的肽(Seq.ID.No.1627-1637)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表161-162和164-167的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表168-180(Seq.ID No.1678-1806)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表163：细胞周期蛋白A1 HLA-A*03表位肽
Figure BDA0002894249000001832
Figure BDA0002894249000001841
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表164(Seq.ID.No.1638-1647)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表164(Seq.ID.No.1638-1647)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表164的肽(Seq.ID.No.1638-1647)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表164的肽(Seq.ID.No.1638-1647)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表141-143和145-147的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表168-180(Seq.ID No.1678-1806)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表164：细胞周期蛋白A1 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1638 DTYTKRQLLK
1639 GTAAMLLASK
1640 IVPCLSELHK
1641 SLLEADPFLK
1642 LLKMEHLLLK
1643 GVVLATVAR
1644 CVRTENLAK
1645 RTCGQGITR
1646 LVEVGEEYK
1647 YLAVNFLDR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表165(Seq.ID.No.1648-1657)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表165(Seq.ID.No.1648-1657)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表165的肽(Seq.ID.No.1648-1657)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表165的肽(Seq.ID.No.1648-1657)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表161-164和166-167的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表168-180(Seq.ID No.1678-1806)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表165：细胞周期蛋白A1 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1648 EYLSWEGPGL
1649 EYAEEIYQYL
1650 PFLKYLPSLI
1651 IYQYLREAEI
1652 IYPPEVDEF
1653 KYVAELSLL
1654 VYEVDTGTL
1655 HYMKKQPDI
1656 EYKLRAETL
1657 CYSGSENAF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表166(Seq.ID.No.1658-1667)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表166(Seq.ID.No.1658-1667)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表166的肽(Seq.ID.No.1658-1667)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表166的肽(Seq.ID.No.1658-1667)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表161-165和167的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表168-180(Seq.ID No.1678-1806)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表166：细胞周期蛋白A1 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
1658 DVYEVDTGTL
1659 ETLYLAVNFL
1660 EIYPPEVDEF
1661 DPFLKYLPSL
1662 EIVPCLSEL
1663 ETGFPAIMY
1664 ETLAAFTGY
1665 EYAEEIYQY
1666 DTGTLKSDL
1667 EVDEFVYIT
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表167(Seq.ID.No.1668-1677)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表167(Seq.ID.No.1668-1677)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表167的肽(Seq.ID.No.1668-1677)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表167的肽(Seq.ID.No.1668-1677)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表161-166的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表168-180(Seq.ID No.1678-1806)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表167：细胞周期蛋白A1 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1668 DVYEVDTGTLK
1669 DIPHRPQQAIR
1670 DTYTKRQLLK
1671 TAAMLLASK
1672 ITDDTYTKR
1673 GVVLATVAR
1674 EVGEEYKLR
1675 RTCGQGITR
1676 DACQILTRA
1677 KAYLDIPHR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表168(Seq.ID.No.1678-1687)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表168(Seq.ID.No.1678-1687)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表168的肽(Seq.ID.No.1678-1687)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表168的肽(Seq.ID.No.1678-1687)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表169-174的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-167和175-180(Seq.ID No.1606-1677和1747-1806)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表168：细胞周期蛋白A1 HLA-B*07:02表位肽
Figure BDA0002894249000001871
Figure BDA0002894249000001881
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表169(Seq.ID.No.1688-1697)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表169(Seq.ID.No.1688-1697)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表169的肽(Seq.ID.No.1688-1697)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表169的肽(Seq.ID.No.1688-1697)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表168和170-174的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-167和175-180(Seq.ID No.1606-1677和1747-1806)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表169：细胞周期蛋白A1 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
1688 EYKLRAETL
1689 LLKVLAFDL
1690 TLKSDLHFL
1691 LLKMEHLLL
1692 HLLLKVLAF
1693 VLRGKLQL
1694 FLKYLPSL
1695 NPKSGVVL
1696 PPAGKKAL
1697 LAKYVAEL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表170(Seq.ID.No.1698-1707)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表170(Seq.ID.No.1698-1707)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表170的肽(Seq.ID.No.1698-1707)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表170的肽(Seq.ID.No.1698-1707)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表168-169和171-174的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-167和175-180(Seq.ID No.1606-1677和1747-1806)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表170：细胞周期蛋白A1 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1698 CVRTENLAKY
1699 GQGITRIRCY
1700 LLASKYEEIY
1701 LLEADPFLKY
1702 WLVEVGEEY
1703 PQQAIREKY
1704 CLSELHKAY
1705 GLLTANGQY
1706 HLLLKVLAF
1707 VQEPPKQGF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表171(Seq.ID.No.1708-1717)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表171(Seq.ID.No.1708-1717)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表171的肽(Seq.ID.No.1708-1717)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表171的肽(Seq.ID.No.1708-1717)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表168-170和172-174的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-167和175-180(Seq.ID No.1606-1677和1747-1806)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表171：细胞周期蛋白A1 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
1708 MEHLLLKVL
1709 WEGPGLPDF
1710 LEADPFLKY
1711 REKYKASKY
1712 PEVDEFVY
1713 YEVDTGTL
1714 QEPPKQGF
1715 TEYAEEIY
1716 AEEIYQYL
1717 TEGMRTIL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表172(Seq.ID.No.1718-1727)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表171(Seq.ID.No.1708-1717)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表172的肽(Seq.ID.No.1718-1727)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表172的肽(Seq.ID.No.1718-1727)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表168-171和173-174的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-167和175-180(Seq.ID No.1606-1677和1747-1806)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表172：细胞周期蛋白A1 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
1718 RRTCGQGITR
1719 DRFLSCMSVL
1720 HRPQQAIREK
1721 HRPKAHYMKK
1722 IREKYKASKY
1723 KRQLLKMEHL
1724 LRRQGVCVR
1725 IREKYKASK
1726 KRQLLKMEH
1727 LREAEIRHR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表173(Seq.ID.No.1728-1736)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表173(Seq.ID.No.1728-1736)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表173的肽(Seq.ID.No.1728-1736)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表173的肽(Seq.ID.No.1728-1736)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表168-172和174的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-167和175-180(Seq.ID No.1606-1677和1747-1806)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表173：细胞周期蛋白A1 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1728 PPQRTVLGLL
1729 EPPKQGFDIY
1730 SPMLVDSSLL
1731 DPFLKYLPSL
1732 LPSLIAAAAF
1733 FPPAGKKAL
1734 DPPQRTVLGL
1735 RPQQAIREKY
1736 FPAIMYPGSF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表174(Seq.ID.No.1737-1746)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表174(Seq.ID.No.1737-1746)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表174的肽(Seq.ID.No.1737-1746)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表174的肽(Seq.ID.No.1737-1746)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表168-173的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-167和175-180(Seq.ID No.1606-1677和1747-1806)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表174：细胞周期蛋白A1 HLA-B*58:02表位肽
Figure BDA0002894249000001921
Figure BDA0002894249000001931
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表175(Seq.ID.No.1747-1756)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表175(Seq.ID.No.1747-1756)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表175的肽(Seq.ID.No.1747-1756)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表175的肽(Seq.ID.No.1747-1756)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表176-180的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-174(Seq.ID No.1606-1746)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表175：细胞周期蛋白A1 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1747 VAELSLLEADPFLKY
1748 EHLLLKVLAFDLTVP
1749 LKYLPSLIAAAAFCL
1750 LLDFNTVSPMLVDSS
1751 SEDISSLGTDVINVT
1752 DPFLKYLPSLIAAAA
1753 NGQYRRTCGQGITRI
1754 RGKLQLVGTAAMLLA
1755 ASKYEEIYPPEVDEF
1756 YLCVSLMEPPAVLLL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表176(Seq.ID.No.1757-1766)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表176(Seq.ID.No.1757-1766)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表176的肽(Seq.ID.No.1757-1766)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表176的肽(Seq.ID.No.1757-1766)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表175和177-180的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-174(Seq.ID No.1606-1746)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表176：细胞周期蛋白A1 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1757 TGTLKSDLHFLLDFN
1758 LSLLEADPFLKYLPS
1759 DCGVQEPPKQGFDIY
1760 DLHFLLDFNTVSPML
1761 EAEIRHRPKAHYMKK
1762 VINVTEYAEEIYQYL
1763 QPDITEGMRTILVDW
1764 DWLVEVGEEYKLRAE
1765 VPCLSELHKAYLDIP
1766 GSFIGGWGEEYLSWE
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表177(Seq.ID.No.1767-1776)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表177(Seq.ID.No.1767-1776)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表177的肽(Seq.ID.No.1767-1776)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表177的肽(Seq.ID.No.1767-1776)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表175-176和178-180的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-174(Seq.ID No.1606-1746)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表177：细胞周期蛋白A1 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1767 DLHFLLDFNTVSPML
1768 EFVYITDDTYTKRQL
1769 HKAYLDIPHRPQQAI
1770 FEDVYEVDTGTLKSD
1771 TGTLKSDLHFLLDFN
1772 VSPMLVDSSLLSQSE
1773 SEDISSLGTDVINVT
1774 YLAVNFLDRFLSCMS
1775 VNFLDRFLSCMSVLR
1776 RGKLQLVGTAAMLLA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表178(Seq.ID.No.1777-1786)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表178(Seq.ID.No.1777-1786)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表178的肽(Seq.ID.No.1777-1786)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表178的肽(Seq.ID.No.1777-1786)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表175-177和179-180的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-174(Seq.ID No.1606-1746)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表178：细胞周期蛋白A1 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
1777 VDEFVYITDDTYTKR
1778 NGQYRRTCGQGITRI
1779 ENAFPPAGKKALPDC
1780 FEDVYEVDTGTLKSD
1781 FLLDFNTVSPMLVDS
1782 SEDISSLGTDVINVT
1783 EEIYQYLREAEIRHR
1784 RGKLQLVGTAAMLLA
1785 KLQLVGTAAMLLASK
1786 ASKYEEIYPPEVDEF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表179(Seq.ID.No.1787-1796)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表179(Seq.ID.No.1787-1796)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表179的肽(Seq.ID.No.1787-1796)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表179的肽(Seq.ID.No.1787-1796)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表175-178和180的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-174(Seq.ID No.1606-1746)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表179：细胞周期蛋白A1 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1787 YLAVNFLDRFLSCMS
1788 LANYTVNKHFWPETL
1789 HKAYLDIPHRPQQAI
1790 ETGFPAIMYPGSFIG
1791 LVEVGEEYKLRAETL
1792 ASKYLCVSLMEPPAV
1793 KRQLLKMEHLLLKVL
1794 LKMEHLLLKVLAFDL
1795 NQFLLQYLRRQGVCV
1796 CVRTENLAKYVAELS
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表180(Seq.ID.No.1797-1806)的一种或多种细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表180(Seq.ID.No.1797-1806)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表180的肽(Seq.ID.No.1797-1806)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表180的肽(Seq.ID.No.1797-1806)的细胞周期蛋白-A1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增细胞周期蛋白-A1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表175-179的肽。在一些实施方式中，细胞周期蛋白-A1衍生的肽还包含一个或多个选自表161-174(Seq.ID No.1606-1746)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表180：细胞周期蛋白A1 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
Figure BDA0002894249000001971
Figure BDA0002894249000001981
中性粒细胞弹性蛋白酶抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞。中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶的抗原肽产生。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞是使用一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶的抗原肽，或者衍生自中性粒细胞弹性蛋白酶肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用中性粒细胞弹性蛋白酶抗原文库产生中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞，所述中性粒细胞弹性蛋白酶抗原文库包含通过扫描针对中性粒细胞弹性蛋白酶的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.1807(UniProt KB–P08246)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MTLGRRLACLFLACVLPALLLGGTALASEIVGGRRARPHAWPFMVSLQLRGGHFCGATLIAPNFVMSAAHCVANVNVRAVRVVLGAHNLSRREPTRQVFAVQRIFENGYDPVNLLNDIVILQLNGSATINANVQVAQLPAQGRRLGNGVQCLAMGWGLLGRNRGIASVLQELNVTVVTSLCRRSNVCTLVRGRQAGVCFGDSGSPLVCNGLIHGIASFVRGGCASGLYPDAFAPVAQFVNWIDSIIQRSEDNPCPHPRDPDPASRTH。
在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞是使用一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶的肽抗原，或者衍生自中性粒细胞弹性蛋白酶肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的中性粒细胞弹性蛋白酶肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的中性粒细胞弹性蛋白酶肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的中性粒细胞弹性蛋白酶肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptide motifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向中性粒细胞弹性蛋白酶的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表181-187的肽，HLA-B肽选自表188-194的肽和HLA-DR肽选自表195-200的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶特异性T细胞亚群的中性粒细胞弹性蛋白酶肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表181(Seq.ID.No.1808-1817)；针对HLA-A*02:01的表182(Seq.ID.No.1818-1827)；针对HLA-B*15:01的表190(Seq.ID.No.1989-1907)；针对HLA-B*18的表191(Seq.ID.No.1908-1917)；针对HLA-DRB1*0101的表195(Seq.ID.No.1948-1957)；和针对HLA-DRB1*0301的表196(Seq.ID.No.1958-1967)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表181(Seq.ID.No.1808-1817)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表181(Seq.ID.No.1808-1817)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表181的肽(Seq.ID.No.1808-1817)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表181的肽(Seq.ID.No.1808-1817)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表182-187的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表188-200(Seq.ID No.1878-2007)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表181：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1808 FVRGGCASGLY
1809 FAVQRIFENGY
1810 AVQRIFENGY
1811 GYDPVNLLND
1812 VRGGCASGLY
1813 ASEIVGGRRA
1814 FGDSGSPLVC
1815 VQRIFENGY
1816 RGGCASGLY
1817 LNDIVILQL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表182(Seq.ID.No.1818-1827)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表182(Seq.ID.No.1818-1827)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表182的肽(Seq.ID.No.1818-1827)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表182的肽(Seq.ID.No.1818-1827)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表181和183-187的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表188-200(Seq.IDNo.1878-2007)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表182：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1818 LLNDIVILQL
1819 RLACLFLACV
1820 GLYPDAFAPV
1821 FLACVLPAL
1822 NLLNDIVIL
1823 VLQELNVTV
1824 ALLLGGTAL
1825 GIASVLQEL
1826 TLGRRLACL
1827 LLLGGTALA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表183(Seq.ID.No.1828-1837)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表183(Seq.ID.No.1828-1837)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表183的肽(Seq.ID.No.1828-1837)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表183的肽(Seq.ID.No.1828-1837)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表181-182和184-187的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表188-200(Seq.IDNo.1878-2007)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表183：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
1828 VVLGAHNLSR
1829 LVRGRQAGVC
1830 AVQRIFENGY
1831 NVRAVRVVL
1832 GLIHGIASF
1833 ALLLGGTAL
1834 AVRVVLGAH
1835 NLSRREPTR
1836 SLQLRGGHF
1837 FVRGGCASG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表184(Seq.ID.No.1838-1847)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表184(Seq.ID.No.1838-1847)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表184的肽(Seq.ID.No.1838-1847)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表184的肽(Seq.ID.No.1838-1847)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表181-183和185-187的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表188-200(Seq.IDNo.1878-2007)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表184：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1838 VVLGAHNLSR
1839 PTRQVFAVQR
1840 NVTVVTSLCR
1841 ALASEIVGGR
1842 QVAQLPAQGR
1843 RSNVCTLVR
1844 VTVVTSLCR
1845 ASEIVGGRR
1846 AMGWGLLGR
1847 NVCTLVRGR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表185(Seq.ID.No.1848-1857)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表185(Seq.ID.No.1848-1857)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表185的肽(Seq.ID.No.1848-1857)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表185的肽(Seq.ID.No.1848-1857)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表181-184和186-187的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表188-200(Seq.IDNo.1878-2007)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表185：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1848 LFLACVLPAL
1849 VSLQLRGGHF
1850 VNLLNDIVIL
1851 QCLAMGWGLL
1852 GSPLVCNGLI
1853 CFGDSGSPL
1854 QFVNWIDSI
1855 NGYDPVNLL
1856 GYDPVNLLN
1857 LYPDAFAPV
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表186(Seq.ID.No.1858-1867)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表186(Seq.ID.No.1858-1867)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表186的肽(Seq.ID.No.1858-1867)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表186的肽(Seq.ID.No.1858-1867)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表181-185和187的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表188-200(Seq.ID No.1878-2007)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表186：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
1858 ELNVTVVTSL
1859 ENGYDPVNLL
1860 MTLGRRLACL
1861 AVQRIFENGY
1862 DIVILQLNGS
1863 FVRGGCASGL
1864 DAFAPVAQF
1865 RVVLGAHNL
1866 QVFAVQRIF
1867 EIVGGRRAR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表187(Seq.ID.No.1868-1877)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表187(Seq.ID.No.1868-1877)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表187的肽(Seq.ID.No.1868-1877)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表187的肽(Seq.ID.No.1868-1877)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表181-186的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表188-200(Seq.IDNo.1878-2007)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表187：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-A*68:01表位肽
Figure BDA0002894249000002051
Figure BDA0002894249000002061
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表188(Seq.ID.No.1878-1887)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表188(Seq.ID.No.1878-1887)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表188的肽(Seq.ID.No.1878-1887)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表188的肽(Seq.ID.No.1878-1887)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表189-194的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-187和195-200(Seq.ID No.1808-1877和1948-2007)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表188：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
1878 APVAQFVNWI
1879 CPHPRDPDPA
1880 LPALLLGGTA
1881 WPFMVSLQL
1882 YPDAFAPVA
1883 APNFVMSAA
1884 EPTRQVFAV
1885 RPHAWPFMV
1886 ACVLPALLL
1887 NVRAVRVVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表189(Seq.ID.No.1888-1897)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表189(Seq.ID.No.1888-1897)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表189的肽(Seq.ID.No.1888-1897)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表189的肽(Seq.ID.No.1888-1897)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表188和190-194的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-187和195-200(Seq.IDNo.1808-1877和1948-2007)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表189：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
1888 TLGRRLACL
1889 SLQLRGGHF
1890 GLLGRNRGI
1891 GRRLACLFL
1892 FLACVLPAL
1893 ALLLGGTAL
1894 NLLNDIVIL
1895 VRAVRVVL
1896 SPLVCNGL
1897 CLFLACVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表190(Seq.ID.No.1898-1907)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表190(Seq.ID.No.1898-1907)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表190的肽(Seq.ID.No.1898-1907)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表190的肽(Seq.ID.No.1898-1907)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表188-189和191-194的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-187和195-200(Seq.ID No.1808-1877和1948-2007)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表190：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1898 RQVFAVQRIF
1899 TLGRRLACLF
1900 AVQRIFENGY
1901 ALLLGGTALA
1902 ILQLNGSATI
1903 RLGNGVQCLA
1904 VQRIFENGY
1905 GLIHGIASF
1906 SLQLRGGHF
1907 QVFAVQRIF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表191(Seq.ID.No.1908-1917)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表191(Seq.ID.No.1908-1917)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表191的肽(Seq.ID.No.1908-1917)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表191的肽(Seq.ID.No.1908-1917)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表188-190和192-194的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-187和195-200(Seq.ID No.1808-1877和1948-2007)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表191：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
1908 DAFAPVAQF
1909 LGRRLACLF
1910 NVRAVRVVL
1911 ASGLYPDAF
1912 ACLFLACVL
1913 GATLIAPNF
1914 REPTRQVF
1915 QELNVTVV
1916 ANVQVAQL
1917 ACVLPALL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表192(Seq.ID.No.1918-1927)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表192(Seq.ID.No.1918-1927)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表192的肽(Seq.ID.No.1918-1927)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表192的肽(Seq.ID.No.1918-1927)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表188-191和193-194的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-187和195-200(Seq.ID No.1808-1877和1948-2007)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表192：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
1918 RRLGNGVQCL
1919 RRARPHAWPF
1920 GRNRGIASVL
1921 RRSNVCTLVR
1922 VRVVLGAHNL
1923 RREPTRQVF
1924 GRRLACLFL
1925 VRGGCASGL
1926 TRQVFAVQR
1927 PRDPDPASR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表193(Seq.ID.No.1928-1937)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表193(Seq.ID.No.1928-1937)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表193的肽(Seq.ID.No.1928-1937)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表193的肽(Seq.ID.No.1928-1937)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表188-192和194的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-187和195-200(Seq.ID No.1808-1877和1948-2007)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表193：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
1928 APVAQFVNWI
1929 LFLACVLPAL
1930 VNVRAVRVVL
1931 YPDAFAPVAQ
1932 WPFMVSLQL
1933 DPVNLLNDI
1934 SPLVCNGLI
1935 ACLFLACVL
1936 NLLNDIVIL
1937 RNRGIASVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表194(Seq.ID.No.1938-1947)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表194(Seq.ID.No.1938-1947)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表194的肽(Seq.ID.No.1938-1947)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表194的肽(Seq.ID.No.1938-1947)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表188-193的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-187和195-200(Seq.ID No.1808-1877和1948-2007)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表194：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-B*58:02表位肽
Figure BDA0002894249000002111
Figure BDA0002894249000002121
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表195(Seq.ID.No.1948-1957)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表195(Seq.ID.No.1948-1957)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表195的肽(Seq.ID.No.1948-1957)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表195的肽(Seq.ID.No.1948-1957)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表196-200的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-194(Seq.IDNo.1808-1947)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表195：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1948 PHAWPFMVSLQLRGG
1949 LNDIVILQLNGSATI
1950 CLFLACVLPALLLGG
1951 APNFVMSAAHCVANV
1952 ASFVRGGCASGLYPD
1953 VLPALLLGGTALASE
1954 ALASEIVGGRRARPH
1955 RAVRVVLGAHNLSRR
1956 YDPVNLLNDIVILQL
1957 NVQVAQLPAQGRRLG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表196(Seq.ID.No.1958-1967)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表196(Seq.ID.No.1958-1967)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表196的肽(Seq.ID.No.1958-1967)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表196的肽(Seq.ID.No.1958-1967)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表195和197-200的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-194(Seq.ID No.1808-1947)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表196：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1958 VFAVQRIFENGYDPV
1959 PVNLLNDIVILQLNG
1960 ASGLYPDAFAPVAQF
1961 CLFLACVLPALLLGG
1962 IFENGYDPVNLLNDI
1963 IASVLQELNVTVVTS
1964 ACLFLACVLPALLLG
1965 VRVVLGAHNLSRREP
1966 VNLLNDIVILQLNGS
1967 NDIVILQLNGSATIN
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表197(Seq.ID.No.1968-1977)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表197(Seq.ID.No.1968-1977)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表197的肽(Seq.ID.No.1968-1977)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表197的肽(Seq.ID.No.1968-1977)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表195-196和198-200的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-194(Seq.ID No.1808-1947)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表197：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1968 PDAFAPVAQFVNWID
1969 PNFVMSAAHCVANVN
1970 NRGIASVLQELNVTV
1971 IASVLQELNVTVVTS
1972 VTVVTSLCRRSNVCT
1973 RSNVCTLVRGRQAGV
1974 AQFVNWIDSIIQRSE
1975 PHAWPFMVSLQLRGG
1976 AMGWGLLGRNRGIAS
1977 GVCFGDSGSPLVCNG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表198(Seq.ID.No.1978-1987)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表198(Seq.ID.No.1978-1987)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表198的肽(Seq.ID.No.1978-1987)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表198的肽(Seq.ID.No.1978-1987)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表195-197和199-200的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-194(Seq.ID No.1808-1947)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表198：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
1978 GVCFGDSGSPLVCNG
1979 PHAWPFMVSLQLRGG
1980 VFAVQRIFENGYDPV
1981 ILQLNGSATINANVQ
1982 APNFVMSAAHCVANV
1983 IVILQLNGSATINAN
1984 LQELNVTVVTSLCRR
1985 VAQFVNWIDSIIQRS
1986 YDPVNLLNDIVILQL
1987 VNLLNDIVILQLNGS
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表199(Seq.ID.No.1988-1997)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表199(Seq.ID.No.1988-1997)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表199的肽(Seq.ID.No.1988-1997)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表199的肽(Seq.ID.No.1988-1997)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表195-198和200的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-194(Seq.ID No.1808-1947)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表199：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
1988 AMGWGLLGRNRGIAS
1989 RSNVCTLVRGRQAGV
1990 VTVVTSLCRRSNVCT
1991 ASEIVGGRRARPHAW
1992 VAQLPAQGRRLGNGV
1993 PNFVMSAAHCVANVN
1994 AVRVVLGAHNLSRRE
1995 VLGAHNLSRREPTRQ
1996 TRQVFAVQRIFENGY
1997 GWGLLGRNRGIASVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表200(Seq.ID.No.1998-2007)的一种或多种中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表200(Seq.ID.No.1998-2007)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表200的肽(Seq.ID.No.1998-2007)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表200的肽(Seq.ID.No.1998-2007)的中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增中性粒细胞弹性蛋白酶靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表195-199的肽。在一些实施方式中，中性粒细胞弹性蛋白酶衍生的肽还包含一个或多个选自表181-194(Seq.IDNo.1808-1947)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表200：中性粒细胞弹性蛋白酶HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
1998 PALLLGGTALASEIV
1999 VRVVLGAHNLSRREP
2000 RIFENGYDPVNLLND
2001 ILQLNGSATINANVQ
2002 VQCLAMGWGLLGRNR
2003 WGLLGRNRGIASVLQ
2004 IASVLQELNVTVVTS
2005 ELNVTVVTSLCRRSN
2006 VTSLCRRSNVCTLVR
2007 NGLIHGIASFVRGGC
爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)毒株B95-8 LMP1抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)毒株B95-8LMP1特异性T细胞。LMP1特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种LMP1的抗原肽产生。在一些实施方式中，LMP1特异性T细胞是使用一种或多种LMP1的抗原肽，或者衍生自LMP1的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用LMP1抗原文库产生LMP1特异性T细胞，所述LMP1抗原文库包含通过扫描针对EBV毒株B95-8 LMP1的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.2008(UniProt KB–P03230)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MEHDLERGPPGPRRPPRGPPLSSSLGLALLLLLLALLFWLYIVMSDWTGGALLVLYSFALMLIIIILIIFIFRRDLLCPLGALCILLLMITLLLIALWNLHGQALFLGIVLFIFGCLLVLGIWIYLLEMLWRLGATIWQLLAFFLAFFLDLILLIIALYLQQNWWTLLVDLLWLLLFLAILIWMYYHGQRHSDEHHHDDSLPHPQQATDDSGHESDSNSNEGRHHLLVSGAGDGPPLCSQNLGAPGGGPDNGPQDPDNTDDNGPQDPDNTDDNGPHDPLPQDPDNTDDNGPQDPDNTDDNGPHDPLPHSPSDSAGNDGGPPQLTEEVENKGGDQGPPLMTDGGGGHSHDSGHGGGDPHLPTLLLGSSGSGGDDDDPHGPVQLSYYD。
在一些实施方式中，LMP1特异性T细胞是使用一种或多种LMP1的肽抗原，或者衍生自LMP1肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，LMP1特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，LMP1特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，LMP1特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的LMP1肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的LMP1肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的LMP1肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向LMP1的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表201-207的肽，HLA-B肽选自表208-214的肽和HLA-DR肽选自表215-220的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增LMP1特异性T细胞亚群的LMP1肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表201(Seq.ID.No.2009-2013)；针对HLA-A*02:01的表202(Seq.ID.No.2014-2018)；针对HLA-B*15:01的表210(Seq.ID.No.2054-2058)；针对HLA-B*18的表211(Seq.ID.No.2059-2063)；针对HLA-DRB1*0101的表215(Seq.ID.No.2079-2083)；和针对HLA-DRB1*0301的表216(Seq.ID.No.2084-2088)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表201(Seq.ID.No.2009-2013)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表201(Seq.ID.No.2009-2013)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表201的肽(Seq.ID.No.2009-2013)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表201的肽(Seq.ID.No.2009-2013)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表202-207的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表208-220(Seq.IDNo.2044-2108)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表201：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2009 LLALLFWLY
2010 WTGGALLVLY
2011 LLLLALLFWLY
2012 MSDWTGGALLV
2013 DWTGGALLVLY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表202(Seq.ID.No.2014-2018)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表202(Seq.ID.No.2014-2018)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表202的肽(Seq.ID.No.2014-2018)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表202的肽(Seq.ID.No.2014-2018)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表203-207的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表208-220(Seq.ID No.2044-2108)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表202：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2014 ALLLLLLAL
2015 LLLLLLALL
2016 YLLEMLWRL
2017 GLALLLLLL
2018 LLLALLFWL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表203(Seq.ID.No.2019-2023)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表203(Seq.ID.No.2019-2023)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表203的肽(Seq.ID.No.2019-2023)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表203的肽(Seq.ID.No.2019-2023)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表201-202和204-207的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表208-220(Seq.ID No.2044-2108)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表203：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
2019 ALFLGIVLF
2020 QLLAFFLAF
2021 LLLLLALLF
2022 MLWRLGATI
2023 QLTEEVENK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表204(Seq.ID.No.2024-2028)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表204(Seq.ID.No.2024-2028)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表204的肽(Seq.ID.No.2024-2028)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表204的肽(Seq.ID.No.2024-2028)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表201-203和205-207的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表208-220(Seq.ID No.2044-2108)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表204：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2024 SSLGLALLL
2025 IILIIFIFR
2026 SSSLGLALLL
2027 IIILIIFIFR
2028 ESDSNSNEGR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表205(Seq.ID.No.2029-2033)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表205(Seq.ID.No.2029-2033)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表205的肽(Seq.ID.No.2029-2033)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表205的肽(Seq.ID.No.2029-2033)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表201-204和206-207的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表208-220(Seq.ID No.2044-2108)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表205：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2029 LYSFALMLI
2030 FFLDLILLI
2031 IFIFRRDLL
2032 IYLLEMLWRL
2033 LYLQQNWWTL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表206(Seq.ID.No.2034-2038)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表206(Seq.ID.No.2034-2038)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表206的肽(Seq.ID.No.2034-2038)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表206的肽(Seq.ID.No.2034-2038)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表201-205和207的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表208-220(Seq.ID No.2044-2108)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表206：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
2034 DLILLIIAL
2035 ATIWQLLAF
2036 LIIIILIIF
2037 EVENKGGDQ
2038 LVDLLWLLLF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表207(Seq.ID.No.2039-2043)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表207(Seq.ID.No.2039-2043)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表207的肽(Seq.ID.No.2039-2043)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表207的肽(Seq.ID.No.2039-2043)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表201-206的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表208-220(Seq.ID No.2044-2108)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表207：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2039 IIIILIIFIFR
2040 IILIIFIFR
2041 IIILIIFIFR
2042 ILIIFIFRR
2043 DLERGPPGPR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表208(Seq.ID.No.2044-2048)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表208(Seq.ID.No.2044-2048)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表208的肽(Seq.ID.No.2044-2048)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表208的肽(Seq.ID.No.2044-2048)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表209-214的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-207和215-220(Seq.ID No.2009-2043和2079-2108)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表208：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2044 DPHLPTLLL
2045 PPLSSSLGL
2046 GPPLCSQNL
2047 GPPLSSSLGL
2048 CPLGALCILL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表209(Seq.ID.No.2049-2053)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表209(Seq.ID.No.2049-2053)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表209的肽(Seq.ID.No.2049-2053)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表209的肽(Seq.ID.No.2049-2053)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表208和210-214的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-207和215-220(Seq.ID No.2009-2043和2079-2108)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表209：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
2049 FIFRRDLL
2050 SNEGRHHLL
2051 SLGLALLLL
2052 ILLLMITLL
2053 DLILLIIAL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表210(Seq.ID.No.2054-2058)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表210(Seq.ID.No.2054-2058)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表210的肽(Seq.ID.No.2054-2058)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表210的肽(Seq.ID.No.2054-2058)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表208-209和211-214的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-207和215-220(Seq.ID No.2009-2043和2079-2108)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表210：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2054 ALFLGIVLF
2055 CLLVLGIWIY
2056 LLLALLFWLY
2057 MLIIIILIIF
2058 DLILLIIALY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表211(Seq.ID.No.2059-2063)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表211(Seq.ID.No.2059-2063)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表211的肽(Seq.ID.No.2059-2063)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表211的肽(Seq.ID.No.2059-2063)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表2088-210和212-214的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-207和215-220(Seq.ID No.2009-2043和2079-2108)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表211：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
2059 DEHHHDDSL
2060 DLILLIIAL
2061 NEGRHHLL
2062 DLLWLLLF
2063 EEVENKGG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表212(Seq.ID.No.2064-2068)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表212(Seq.ID.No.2064-2068)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表212的肽(Seq.ID.No.2064-2068)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表212的肽(Seq.ID.No.2064-2068)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表208-211和213-214的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-207和215-220(Seq.ID No.2009-2043和2079-2108)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表212：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
2064 WRLGATIWQL
2065 PRGPPLSSSL
2066 RRPPRGPPL
2067 ERGPPGPRR
2068 FRRDLLCPL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表213(Seq.ID.No.2069-2073)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表213(Seq.ID.No.2069-2073)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表213的肽(Seq.ID.No.2069-2073)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表213的肽(Seq.ID.No.2069-2073)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表208-212和214的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-207和215-220(Seq.ID No.2009-2043和2079-2108)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表213：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2069 PPLSSSLGL
2070 DPHLPTLLL
2071 GPPLCSQNL
2072 CPLGALCILL
2073 DPHGPVQLSY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表214(Seq.ID.No.2074-2078)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表214(Seq.ID.No.2074-2078)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表214的肽(Seq.ID.No.2074-2078)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表214的肽(Seq.ID.No.2074-2078)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表208-213的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-207和215-220(Seq.ID No.2009-2043和2079-2108)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表214：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2074 SSLGLALLL
2075 ITLLLIALW
2076 LSSSLGLAL
2077 SSSLGLALLL
2078 NSNEGRHHLL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表215(Seq.ID.No.2079-2083)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表215(Seq.ID.No.2079-2083)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表215的肽(Seq.ID.No.2079-2083)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表215的肽(Seq.ID.No.2079-2083)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表216-220的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-214(Seq.ID No.2009-2078)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表215：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2079 LALLLLLLALLFWLY
2080 RDLLCPLGALCILLL
2081 LIALWNLHGQALFLG
2082 GATIWQLLAFFLAFF
2083 LGIVLFIFGCLLVLG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表216(Seq.ID.No.2084-2088)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表216(Seq.ID.No.2084-2088)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表216的肽(Seq.ID.No.2084-2088)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表216的肽(Seq.ID.No.2084-2088)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表215和217-220的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-214(Seq.ID No.2009-2078)的HLA-A和HLA-B的限制性肽集合。
表216：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2084 WWTLLVDLLWLLLFL
2085 IFIFRRDLLCPLGAL
2086 IILIIFIFRRDLLCP
2087 ILIIFIFRRDLLCPL
2088 GLALLLLLLALLFWL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表217(Seq.ID.No.2089-2093)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表217(Seq.ID.No.2089-2093)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表217的肽(Seq.ID.No.2089-2093)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表217的肽(Seq.ID.No.2089-2093)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表215-216和218-220的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-214(Seq.ID No.2009-2078)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表217：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
Figure BDA0002894249000002291
Figure BDA0002894249000002301
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表218(Seq.ID.No.2094-2098)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表218(Seq.ID.No.2094-2098)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表218的肽(Seq.ID.No.2094-2098)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表218的肽(Seq.ID.No.2094-2098)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表215-217和219-220的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-214(Seq.ID No.2009-2078)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表218：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
2094 HDPLPHSPSDSAGND
2095 GGALLVLYSFALMLI
2096 LVLYSFALMLIIIIL
2097 LCILLLMITLLLIAL
2098 LWRLGATIWQLLAFF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表219(Seq.ID.No.2099-2103)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表219(Seq.ID.No.2099-2103)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表219的肽(Seq.ID.No.2099-2103)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表219的肽(Seq.ID.No.2099-2103)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表215-128和220的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-214(Seq.ID No.2009-2078)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表219：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2099 IYLLEMLWRLGATIW
2100 FWLYIVMSDWTGGAL
2101 ATIWQLLAFFLAFFL
2102 IILIIFIFRRDLLCP
2103 QNWWTLLVDLLWLLL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表220(Seq.ID.No.2104-2108)的一种或多种LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表220(Seq.ID.No.2104-2108)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表220的肽(Seq.ID.No.2104-2108)的LMP1衍生的肽致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表200的肽(Seq.ID.No.2104-2108)的LMP1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表215-219的肽。在一些实施方式中，LMP1衍生的肽还包含一个或多个选自表201-214(Seq.ID No.2009-2078)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表220：EBV毒株B95-8 LMP1 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
Figure BDA0002894249000002311
Figure BDA0002894249000002321
爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)毒株B95-8 LMP2抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)毒株B95-8LMP2特异性T细胞。LMP2特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种LMP2的抗原肽产生。在一些实施方式中，LMP2特异性T细胞是使用一种或多种LMP2的抗原肽，或者衍生自LMP2的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用LMP2抗原文库产生LMP2特异性T细胞，所述LMP2抗原文库包含通过扫描针对EBV毒株B95-8 LMP2的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.2109(UniProt KB–P13285)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MGSLEMVPMGAGPPSPGGDPDGYDGGNNSQYPSASGSSGNTPTPPNDEERESNEEPPPPYEDPYWGNGDRHSDYQPLGTQDQSLYLGLQHDGNDGLPPPPYSPRDDSSQHIYEEAGRGSMNPVCLPVIVAPYLFWLAAIAASCFTASVSTVVTATGLALSLLLLAAVASSYAAAQRKLLTPVTVLTAVVTFFAICLTWRIEDPPFNSLLFALLAAAGGLQGIYVLVMLVLLILAYRRRWRRLTVCGGIMFLACVLVLIVDAVLQLSPLLGAVTVVSMTLLLLAFVLWLSSPGGLGTLGAALLTLAAALALLASLILGTLNLTTMFLLMLLWTLVVLLICSSCSSCPLSKILLARLFLYALALLLLASALIAGGSILQTNFKSLSSTEFIPNLFCMLLLIVAGILFILAILTEWGSGNRTYGPVFMCLGGLLTMVAGAVWLTVMSNTLLSAWILTAGFLIFLIGFALFGVIRCCRYCCYYCLTLESEERPPTPYRNTV。
在一些实施方式中，LMP2特异性T细胞是使用一种或多种LMP2的肽抗原，或者衍生自LMP2肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，LMP2特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，LMP2特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，LMP2特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的LMP2肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的LMP2肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的LMP2肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向LMP2的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表221-227的肽，HLA-B肽选自表228-234的肽和HLA-DR肽选自表235-240的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增LMP2特异性T细胞亚群的LMP2肽限于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表221(Seq.ID.No.2010-2014)；针对HLA-A*02:01的表222(Seq.ID.No.2115-2119)；针对HLA-B*15:01的表230(Seq.ID.No.2155-2159)；针对HLA-B*18的表231(Seq.ID.No.2160-2164)；针对HLA-DRB1*0101的表235(Seq.ID.No.2180-2184)；和针对HLA-DRB1*0301的表236(Seq.ID.No.2185-2189)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表221(Seq.ID.No.2110-2114)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表221(Seq.ID.No.2110-2114)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表221的肽(Seq.ID.No.2110-2114)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表221的肽(Seq.ID.No.2110-2114)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表222-227的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表228-240(Seq.IDNo.2145-2209)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表221：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2110 RDDSSQHIY
2111 ESEERPPTPY
2112 GYDGGNNSQY
2113 GNDGLPPPPY
2114 LTEWGSGNRTY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表222(Seq.ID.No.2115-2119)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表222(Seq.ID.No.2115-2119)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表222的肽(Seq.ID.No.2115-2119)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表222的肽(Seq.ID.No.2115-2119)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表221和223-227的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表228-240(Seq.ID No.2145-2209)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表222：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2115 LLLAFVLWL
2116 FLLMLLWTL
2117 LLASLILGTL
2118 LLARLFLYAL
2119 FLIGFALFGV
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表223(Seq.ID.No.2120-2124)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表223(Seq.ID.No.2120-2124)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表223的肽(Seq.ID.No.2120-2124)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表223的肽(Seq.ID.No.2130-2134)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表221-222和224-227的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表228-240(Seq.ID No.2145-2209)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表223：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
2120 LLAAVASSY
2121 ALIAGGSIL
2122 SLLLLAAVA
2123 LLLAAVASSY
2124 QLSPLLGAVT
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表224(Seq.ID.No.2125-2129)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表224(Seq.ID.No.2125-2129)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表224的肽(Seq.ID.No.2115-2119)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表224的肽(Seq.ID.No.2125-2129)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表221-223和225-227的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表228-240(Seq.ID No.2145-2209)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表224：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2125 SSYAAAQRK
2126 GSILQTNFK
2127 SSCSSCPLSK
2128 ASSYAAAQRK
2129 AVLQLSPLLG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表225(Seq.ID.No.2130-2134)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表225(Seq.ID.No.2130-2134)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表225的肽(Seq.ID.No.2130-2134)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表225的肽(Seq.ID.No.2130-2134)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表221-224和226-227的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表228-240(Seq.ID No.2145-2209)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表225：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2130 TYGPVFMCL
2131 PYLFWLAAI
2132 SYAAAQRKLL
2133 IYVLVMLVLL
2134 MFLACVLVLI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表226(Seq.ID.No.2135-2139)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表226(Seq.ID.No.2135-2139)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表226的肽(Seq.ID.No.2135-2139)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表226的肽(Seq.ID.No.2135-2139)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表221-225和227的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表228-240(Seq.ID No.2145-2209)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表226：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
2135 PVFMCLGGL
2136 DAVLQLSPL
2137 TVVSMTLLLL
2138 TVVTATGLAL
2139 VTVLTAVVTF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表227(Seq.ID.No.2140-2144)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表227(Seq.ID.No.2140-2144)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表227的肽(Seq.ID.No.2140-2144)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表227的肽(Seq.ID.No.2140-2144)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表221-226的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表228-240(Seq.ID No.2145-2209)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表227：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2140 AVASSYAAAQR
2141 VTFFAICLTWR
2142 LVLLILAYR
2143 PLSKILLAR
2144 VASSYAAAQR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表228(Seq.ID.No.2145-2149)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表228(Seq.ID.No.2145-2149)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表228的肽(Seq.ID.No.2145-2149)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表228的肽(Seq.ID.No.2145-2149)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表229-234的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-227和235-240(Seq.ID No.2110-2144和2180-2209)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表228：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-B*07:02表位肽
Figure BDA0002894249000002381
Figure BDA0002894249000002391
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表229(Seq.ID.No.2150-2154)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表229(Seq.ID.No.2150-2154)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表229的肽(Seq.ID.No.2150-2154)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表229的肽(Seq.ID.No.2150-2154)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表228和230-234的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-227和235-240(Seq.ID No.2110-2144和2180-2209)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表229：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
2150 CPLSKILL
2151 ILLARLFL
2152 AAAQRKLL
2153 AYRRRWRRL
2154 LARLFLYAL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表230(Seq.ID.No.2155-2159)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表230(Seq.ID.No.2155-2159)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表230的肽(Seq.ID.No.2155-2159)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表230的肽(Seq.ID.No.2155-2159)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表228-229和231-234的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-227和235-240(Seq.ID No.2110-2144和2180-2209)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表230：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2155 MLVLLILAY
2156 CLPVIVAPY
2157 LLAAVASSY
2158 LLLAAVASSY
2159 RLTVCGGIMF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表231(Seq.ID.No.2160-2164)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表231(Seq.ID.No.2160-2164)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表231的肽(Seq.ID.No.2160-2164)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表231的肽(Seq.ID.No.2160-2164)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表228-230和232-234的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-227和235-240(Seq.ID No.2110-2144和2180-2209)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表231：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-B*18表位肽
Figure BDA0002894249000002401
Figure BDA0002894249000002411
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表232(Seq.ID.No.2165-2169)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表232(Seq.ID.No.2165-2169)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表232的肽(Seq.ID.No.2165-2169)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表232的肽(Seq.ID.No.2165-2169)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表228-231和233-234的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-227和235-240(Seq.ID No.2110-2144和2180-2209)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表232：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
2165 ARLFLYALAL
2166 GRGSMNPVCL
2167 RRLTVCGGIM
2168 GGLQGIYVL
2169 CRYCCYYCL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表233(Seq.ID.No.2170-2174)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表233(Seq.ID.No.2170-2174)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表233的肽(Seq.ID.No.2170-2174)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表233的肽(Seq.ID.No.2170-2174)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表228-232和234的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-227和235-240(Seq.ID No.2110-2144和2180-2209)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表233：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2170 LPVIVAPYL
2171 SPGGDPDGY
2172 QPLGTQDQSL
2173 PPFNSLLFAL
2174 GPVFMCLGGL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表234(Seq.ID.No.2175-2179)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表234(Seq.ID.No.2175-2179)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表234的肽(Seq.ID.No.2175-2179)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表234的肽(Seq.ID.No.2175-2179)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表228-233的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-227和235-240(Seq.ID No.2110-2144和2180-2209)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表234：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2175 KSLSSTEFI
2176 SSCPLSKIL
2177 LSKILLARLF
2178 SSYAAAQRKL
2179 LSSPGGLGTL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表235(Seq.ID.No.2180-2184)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表235(Seq.ID.No.2180-2184)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表235的肽(Seq.ID.No.2180-2184)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表235的肽(Seq.ID.No.2180-2184)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表236-240的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-234(Seq.ID No.2110-2179)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表235：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2180 QTNFKSLSSTEFIPN
2181 ALSLLLLAAVASSYA
2182 PGGLGTLGAALLTLA
2183 CMLLLIVAGILFILA
2184 AGFLIFLIGFALFGV
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表236(Seq.ID.No.2185-2189)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表236(Seq.ID.No.2185-2189)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表236的肽(Seq.ID.No.2185-2189)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表236的肽(Seq.ID.No.2185-2189)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表235和237-240的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-234(Seq.ID No.2110-2179)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表236：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2185 YLGLQHDGNDGLPPP
2186 VLVLIVDAVLQLSPL
2187 AVWLTVMSNTLLSAW
2188 YQPLGTQDQSLYLGL
2189 VLVMLVLLILAYRRR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表237(Seq.ID.No.2190-2194)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表237(Seq.ID.No.2190-2194)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表237的肽(Seq.ID.No.2190-2194)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表237的肽(Seq.ID.No.2190-2194)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表235-236和238-240的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-234(Seq.ID No.2110-2179)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表237：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2190 HSDYQPLGTQDQSLY
2191 QSLYLGLQHDGNDGL
2192 QHIYEEAGRGSMNPV
2193 ASSYAAAQRKLLTPV
2194 GAVWLTVMSNTLLSA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表238(Seq.ID.No.2195-2199)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表238(Seq.ID.No.2195-2199)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表238的肽(Seq.ID.No.2195-2199)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表238的肽(Seq.ID.No.2195-2199)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表235-237和239-240的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-234(Seq.ID No.2110-2179)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表238：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
2195 ASCFTASVSTVVTAT
2196 ACVLVLIVDAVLQLS
2197 VTFFAICLTWRIEDP
2198 GAVWLTVMSNTLLSA
2199 LSAWILTAGFLIFLI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表239(Seq.ID.No.2200-2204)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表239(Seq.ID.No.2200-2204)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表239的肽(Seq.ID.No.2200-2204)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表239的肽(Seq.ID.No.2200-2204)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表235-238和240的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-234(Seq.ID No.2110-2179)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表239：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2200 QSLYLGLQHDGNDGL
2201 LTEWGSGNRTYGPVF
2202 PNLFCMLLLIVAGIL
2203 NRTYGPVFMCLGGLL
2204 VTVLTAVVTFFAICL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表240(Seq.ID.No.2205-2209)的一种或多种LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表240(Seq.ID.No.2205-2209)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表240的肽(Seq.ID.No.2205-2209)的LMP2衍生的肽致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表240的肽(Seq.ID.No.2205-2209)的LMP2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增LMP2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表235-239的肽。在一些实施方式中，LMP2衍生的肽还包含一个或多个选自表221-234(Seq.ID No.2110-2179)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表240：EBV毒株B95-8 LMP2 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2205 LTAVVTFFAICLTWR
2206 FLLMLLWTLVVLLIC
2207 LIFLIGFALFGVIRC
2208 LAILTEWGSGNRTYG
2209 LIGFALFGVIRCCRY
爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)毒株B95-8 EBNA1抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)毒株B95-8EBNA1特异性T细胞。EBNA1特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种EBNA1的抗原肽产生。在一些实施方式中，EBNA1特异性T细胞是使用一种或多种EBNA1的抗原肽，或者衍生自EBNA1的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用EBNA1抗原文库产生EBNA1特异性T细胞，所述EBNA1抗原文库包含通过扫描针对EBV毒株B95-8 EBNA1的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.2210(UniProt KB–P03211)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MSDEGPGTGPGNGLGEKGDTSGPEGSGGSGPQRRGGDNHGRGRGRGRGRGGGRPGAPGGSGSGPRHRDGVRRPQKRPSCIGCKGTHGGTGAGAGAGGAGAGGAGAGGGAGAGGGAGGAGGAGGAGAGGGAGAGGGAGGAGGAGAGGGAGAGGGAGGAGAGGGAGGAGGAGAGGGAGAGGGAGGAGAGGGAGGAGGAGAGGGAGAGGAGGAGGAGAGGAGAGGGAGGAGGAGAGGAGAGGAGAGGAGAGGAGGAGAGGAGGAGAGGAGGAGAGGGAGGAGAGGGAGGAGAGGAGGAGAGGAGGAGAGGAGGAGAGGGAGAGGAGAGGGGRGRGGSGGRGRGGSGGRGRGGSGGRRGRGRERARGGSRERARGRGRGRGEKRPRSPSSQSSSSGSPPRRPPPGRRPFFHPVGEADYFEYHQEGGPDGEPDVPPGAIEQGPADDPGEGPSTGPRGQGDGGRRKKGGWFGKHRGQGGSNPKFENIAEGLRALLARSHVERTTDEGTWVAGVFVYGGSKTSLYNLRRGTALAIPQCRLTPLSRLPFGMAPGPGPQPGPLRESIVCYFMVFLQTHIFAEVLKDAIKDLVMTKPAPTCNIRVTVCSFDDGVDLPPWFPPMVEGAAAEGDDGDDGDEGGDGDEGEEGQE。
在一些实施方式中，EBNA1特异性T细胞是使用一种或多种EBNA1的肽抗原，或者衍生自EBNA1肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，EBNA1特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，EBNA1特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，EBNA1特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的EBNA1肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的EBNA1肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的EBNA1肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向EBNA1的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表241-247的肽，HLA-B肽选自表248-254的肽和HLA-DR肽选自表255-260的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增EBNA1特异性T细胞亚群的EBNA1肽限于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表241(Seq.ID.No.2211-2215)；针对HLA-A*02:01的表242(Seq.ID.No.2216-2220)；针对HLA-B*15:01的表250(Seq.ID.No.2256-2260)；针对HLA-B*18的表251(Seq.ID.No.2261-2265)；针对HLA-DRB1*0101的表255(Seq.ID.No.2281-2285)；和针对HLA-DRB1*0301的表256(Seq.ID.No.2286-2290)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表241(Seq.ID.No.2211-2215)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表241(Seq.ID.No.2211-2215)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表241的肽(Seq.ID.No.2211-2215)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表241的肽(Seq.ID.No.2211-2215)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表242-247的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表248-260(Seq.ID No.2246-2310)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表241：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2211 VGEADYFEY
2212 TTDEGTWVA
2213 TWVAGVFVY
2214 GTWVAGVFVY
2215 FVYGGSKTSLY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表242(Seq.ID.No.2216-2220)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表242(Seq.ID.No.2216-2220)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表242的肽(Seq.ID.No.2216-2220)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表242的肽(Seq.ID.No.2216-2220)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表241和243-247的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表248-260(Seq.ID No.2246-2310)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表242：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2216 NIAEGLRAL
2217 ALAIPQCRL
2218 VLKDAIKDL
2219 FLQTHIFAEV
2220 AIPQCRLTPL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表243(Seq.ID.No.2221-2225)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表243(Seq.ID.No.2221-2225)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表243的肽(Seq.ID.No.2221-2225)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表243的肽(Seq.ID.No.2221-2225)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表241-242和244-247的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表248-260(Seq.ID No.2246-2310)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表243：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
2221 AIKDLVMTK
2222 GVFVYGGSK
2223 ALLARSHVER
2224 RLTPLSRLPF
2225 GLRALLARSH
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表244(Seq.ID.No.2226-2230)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表244(Seq.ID.No.2226-2230)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表244的肽(Seq.ID.No.2226-2230)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表244的肽(Seq.ID.No.2226-2230)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表241-243和245-247的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表248-260(Seq.ID No.2246-2310)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表244：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2226 GVFVYGGSK
2227 GSGSGPRHR
2228 QTHIFAEVLK
2229 ALLARSHVER
2230 GSKTSLYNLR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表245(Seq.ID.No.2231-2235)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表245(Seq.ID.No.2231-2235)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表245的肽(Seq.ID.No.2231-2235)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表245的肽(Seq.ID.No.2231-2235)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表241-244和246-247的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表248-260(Seq.ID No.2246-2310)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表245：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2231 VYGGSKTSL
2232 LYNLRRGTAL
2233 KFENIAEGL
2234 IFAEVLKDAI
2235 YFMVFLQTHI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表246(Seq.ID.No.2236-2240)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表246(Seq.ID.No.2236-2240)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表246的肽(Seq.ID.No.2236-2240)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表246的肽(Seq.ID.No.2236-2240)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表241-245和247的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表248-260(Seq.ID No.2246-2310)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表246：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
2236 MVFLQTHIF
2237 DGVDLPPWF
2238 EVLKDAIKDL
2239 ENIAEGLRAL
2240 DVPPGAIEQG
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表247(Seq.ID.No.2241-2245)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表247(Seq.ID.No.2241-2245)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表247的肽(Seq.ID.No.2241-2245)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表247的肽(Seq.ID.No.2241-2245)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表241-246的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表248-260(Seq.ID No.2246-2310)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表247：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2241 RALLARSHVER
2242 GTALAIPQCR
2243 QTHIFAEVLK
2244 DAIKDLVMTK
2245 MTKPAPTCNIR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表248(Seq.ID.No.2246-2250)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表248(Seq.ID.No.2246-2250)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表248的肽(Seq.ID.No.2246-2250)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表248的肽(Seq.ID.No.2246-2250)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表249-254的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-247和255-260(Seq.ID No.2211-2245和2281-2310)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表248：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2246 IPQCRLTPL
2247 GPGPQPGPL
2248 EPDVPPGAI
2249 GPGTGPGNGL
2250 RPPPGRRPFF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表249(Seq.ID.No.2251-2255)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表249(Seq.ID.No.2251-2255)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表249的肽(Seq.ID.No.2251-2255)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表249的肽(Seq.ID.No.2251-2255)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表248和250-254的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-247和255-260(Seq.ID No.2211-2245和2281-2310)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表249：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
2251 NLRRGTAL
2252 GPRHRDGV
2253 VLKDAIKDL
2254 IPQCRLTPL
2255 GRRKKGGWF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表250(Seq.ID.No.2256-2260)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表250(Seq.ID.No.2256-2260)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表250的肽(Seq.ID.No.2256-2260)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表250的肽(Seq.ID.No.2256-2260)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表248-249和251-254的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-247和255-260(Seq.ID No.2211-2245和2281-2310)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表250：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2256 PLRESIVCY
2257 RLTPLSRLPF
2258 GQGGSNPKF
2259 PVGEADYFEY
2260 MVFLQTHIF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表251(Seq.ID.No.2261-2265)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表251(Seq.ID.No.2261-2265)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表251的肽(Seq.ID.No.2261-2265)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表251的肽(Seq.ID.No.2261-2265)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表248-250和252-254的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-247和255-260(Seq.ID No.2211-2245和2281-2310)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表251：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-B*18表位肽
Figure BDA0002894249000002551
Figure BDA0002894249000002561
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表252(Seq.ID.No.2266-2270)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表252(Seq.ID.No.2266-2270)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表252的肽(Seq.ID.No.2266-2270)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表252的肽(Seq.ID.No.2266-2270)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表248-251和253-254的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-247和255-260(Seq.ID No.2211-2245和2281-2310)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表252：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
2266 RRKKGGWFGK
2267 GRGGSGGRGR
2268 GRGGSGGRR
2269 RRGGDNHGR
2270 CRLTPLSRL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表253(Seq.ID.No.2271-2275)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表253(Seq.ID.No.2271-2275)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表253的肽(Seq.ID.No.2271-2275)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表253的肽(Seq.ID.No.2271-2275)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表248-252和254的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-247和255-260(Seq.ID No.2211-2245和2281-2310)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表253：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2271 HPVGEADYF
2272 IPQCRLTPL
2273 GPGPQPGPL
2274 GPLRESIVCY
2275 GPGTGPGNGL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表254(Seq.ID.No.2276-2280)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表254(Seq.ID.No.2276-2280)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表254的肽(Seq.ID.No.2276-2280)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表254的肽(Seq.ID.No.2276-2280)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表248-253的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-247和255-260(Seq.ID No.2211-2245和2281-2310)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表254：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-B*58:02表位肽
Figure BDA0002894249000002571
Figure BDA0002894249000002581
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表255(Seq.ID.No.2281-2285)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表255(Seq.ID.No.2281-2285)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表255的肽(Seq.ID.No.2281-2285)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表255的肽(Seq.ID.No.2281-2285)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表256-260的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-254(Seq.ID No.2211-2280)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表255：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2281 CYFMVFLQTHIFAEV
2282 TSLYNLRRGTALAIP
2283 RLPFGMAPGPGPQPG
2284 AEGLRALLARSHVER
2285 AGVFVYGGSKTSLYN
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表256(Seq.ID.No.2286-2290)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表256(Seq.ID.No.2286-2290)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表256的肽(Seq.ID.No.2286-2290)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表256的肽(Seq.ID.No.2286-2290)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表255和257-260的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-254(Seq.ID No.2211-2280)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表256：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2286 FAEVLKDAIKDLVMT
2287 FENIAEGLRALLARS
2288 QCRLTPLSRLPFGMA
2289 RPFFHPVGEADYFEY
2290 GVFVYGGSKTSLYNL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表257(Seq.ID.No.2291-2295)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表257(Seq.ID.No.2291-2295)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表257的肽(Seq.ID.No.2291-2295)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表257的肽(Seq.ID.No.2291-2295)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表255-256和258-260的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-254(Seq.ID No.2211-2280)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表257：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
Figure BDA0002894249000002591
Figure BDA0002894249000002601
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表258(Seq.ID.No.2296-2300)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表258(Seq.ID.No.2296-2300)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表2580的肽(Seq.ID.No.2296-2300)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表258的肽(Seq.ID.No.2296-2300)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表255-257和259-260的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-254(Seq.ID No.2211-2280)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表258：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
2296 VFVYGGSKTSLYNLR
2297 RPFFHPVGEADYFEY
2298 NPKFENIAEGLRALL
2299 RSHVERTTDEGTWVA
2300 CYFMVFLQTHIFAEV
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表259(Seq.ID.No.2301-2305)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表259(Seq.ID.No.2301-2305)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表259的肽(Seq.ID.No.2301-2305)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表259的肽(Seq.ID.No.2301-2305)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表255-258和260的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-254(Seq.ID No.2211-2280)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表259：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2301 KTSLYNLRRGTALAI
2302 KGGWFGKHRGQGGSN
2303 THIFAEVLKDAIKDL
2304 PPWFPPMVEGAAAEG
2305 QCRLTPLSRLPFGMA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表260(Seq.ID.No.2306-2310)的一种或多种EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表260(Seq.ID.No.2306-2310)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表260的肽(Seq.ID.No.2306-2310)的EBNA1衍生的肽致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表260的肽(Seq.ID.No.2306-2310)的EBNA1衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA1靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表255-259的肽。在一些实施方式中，EBNA1衍生的肽还包含一个或多个选自表241-254(Seq.ID No.2211-2280)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表260：EBV毒株B95-8 EBNA1 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2306 RESIVCYFMVFLQTH
2307 ESIVCYFMVFLQTHI
2308 VAGVFVYGGSKTSLY
2309 GVDLPPWFPPMVEGA
2310 LYNLRRGTALAIPQC
爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)毒株B95-8 EBNA2抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)毒株B95-8EBNA2特异性T细胞。EBNA2特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种EBNA2的抗原肽产生。在一些实施方式中，EBNA2特异性T细胞是使用一种或多种EBNA2的抗原肽，或者衍生自EBNA2的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用EBNA2抗原文库产生EBNA2特异性T细胞，所述EBNA2抗原文库包含通过扫描针对EBV毒株B95-8 EBNA2的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.2311(UniProt KB–P03211)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MPTFYLALHGGQTYHLIVDTDSLGNPSLSVIPSNPYQEQLSDTPLIPLTIFVGENTGVPPPLPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPSPPPPPPPPPPPQRRDAWTQEPSPLDRDPLGYDVGHGPLASAMRMLWMANYIVRQSRGDRGLILPQGPQTAPQARLVQPHVPPLRPTAPTILSPLSQPRLTPPQPLMMPPRPTPPTPLPPATLTVPPRPTRPTTLPPTPLLTVLQRPTELQPTPSPPRMHLPVLHVPDQSMHPLTHQSTPNDPDSPEPRSPTVFYNIPPMPLPPSQLPPPAAPAQPPPGVINDQQLHHLPSGPPWWPPICDPPQPSKTQGQSRGQSRGRGRGRGRGRGKGKSRDKQRKPGGPWRPEPNTSSPSMPELSPVLGLHQGQGAGDSPTPGPSNAAPVCRNSHTATPNVSPIHEPESHNSPEAPILFPDDWYPPSIDPADLDESWDYIFETTESPSSDEDYVEGPSKRPRPSIQ。
在一些实施方式中，EBNA2特异性T细胞是使用一种或多种EBNA2的肽抗原，或者衍生自EBNA2肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，EBNA2特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，EBNA2特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，EBNA2特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的EBNA2肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的EBNA2肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的EBNA2肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向EBNA2的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表261-267的肽，HLA-B肽选自表268-274的肽和HLA-DR肽选自表275-280的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增EBNA2特异性T细胞亚群的EBNA2肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表261(Seq.ID.No.2312-2316)；针对HLA-A*02:01的表262(Seq.ID.No.2317-2321)；针对HLA-B*15:01的表270(Seq.ID.No.2357-2361)；针对HLA-B*18的表271(Seq.ID.No.2362-2366)；针对HLA-DRB1*0101的表275(Seq.ID.No.2382-2386)；和针对HLA-DRB1*0301的表276(Seq.ID.No.2387-2391)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表261(Seq.ID.No.2312-2316)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表261(Seq.ID.No.2312-2316)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表261的肽(Seq.ID.No.2312-2316)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表261的肽(Seq.ID.No.2312-2316)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表262-267的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表268-280(Seq.ID No.2347-2411)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表261：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2312 PLDRDPLGY
2313 PADLDESWDY
2314 TTESPSSDEDY
2315 SPEPRSPTVFY
2316 PSPLDRDPLGY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表262(Seq.ID.No.2317-2321)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表262(Seq.ID.No.2317-2321)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表262的肽(Seq.ID.No.2317-2321)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表262的肽(Seq.ID.No.2317-2321)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表261和263-267的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表268-280(Seq.ID No.2347-2411)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表262：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2317 HLIVDTDSL
2318 SLGNPSLSV
2319 TLPPTPLLTV
2320 VINDQQLHHL
2321 ALHGGQTYHL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表263(Seq.ID.No.2322-2326)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表263(Seq.ID.No.2322-2326)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表263的肽(Seq.ID.No.2322-2326)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表263的肽(Seq.ID.No.2322-2326)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表261-262和264-267的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表268-280(Seq.ID No.2347-2411)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表263：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
2322 RGRGRGRGK
2323 PLDRDPLGY
2324 YLALHGGQTY
2325 RLTPPQPLMM
2326 SVIPSNPYQE
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表264(Seq.ID.No.2327-2331)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表264(Seq.ID.No.2327-2331)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表264的肽(Seq.ID.No.2327-2331)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表264的肽(Seq.ID.No.2327-2331)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表261-263和265-267的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表268-280(Seq.ID No.2347-2411)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表264：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2327 PSNAAPVCR
2328 WTQEPSPLDR
2329 PTPLLTVLQR
2330 LVQPHVPPLR
2331 MLWMANYIVR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表265(Seq.ID.No.2332-2336)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表265(Seq.ID.No.2332-2336)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表265的肽(Seq.ID.No.2332-2336)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表265的肽(Seq.ID.No.2332-2336)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表261-264和266-267的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表268-280(Seq.ID No.2347-2411)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表265：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-A*24:02表位肽
Figure BDA0002894249000002661
Figure BDA0002894249000002671
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表266(Seq.ID.No.2337-2341)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表266(Seq.ID.No.2337-2341)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表266的肽(Seq.ID.No.2337-2341)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表266的肽(Seq.ID.No.2337-2341)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表261-265和267的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表268-280(Seq.ID No.2347-2411)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表266：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
2337 LVQPHVPPL
2338 ETTESPSSD
2339 DTPLIPLTIF
2340 DTDSLGNPSL
2341 DVGHGPLASA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表267(Seq.ID.No.2342-2346)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表267(Seq.ID.No.2342-2346)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表267的肽(Seq.ID.No.2342-2346)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表267的肽(Seq.ID.No.2342-2346)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表261-266的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表268-280(Seq.ID No.2347-2411)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表267：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2342 PTILSPLSQPR
2343 PATLTVPPR
2344 PTPLLTVLQR
2345 MLWMANYIVR
2346 LVQPHVPPLR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表268(Seq.ID.No.2347-2351)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表268(Seq.ID.No.2347-2351)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表268的肽(Seq.ID.No.2347-2351)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表268的肽(Seq.ID.No.2347-2351)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表269-274的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-267和275-280(Seq.ID No.2312-2346和2382-2411)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表268：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-B*07:02表位肽
Figure BDA0002894249000002681
Figure BDA0002894249000002691
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表269(Seq.ID.No.2352-2356)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表269(Seq.ID.No.2352-2356)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表269的肽(Seq.ID.No.2352-2356)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表269的肽(Seq.ID.No.2352-2356)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表268和270-274的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-267和275-280(Seq.ID No.2312-2346和2382-2411)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表269：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-B*08表位肽
Figure BDA0002894249000002692
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表270(Seq.ID.No.2357-2361)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表270(Seq.ID.No.2357-2361)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表270的肽(Seq.ID.No.2357-2361)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表270的肽(Seq.ID.No.2357-2361)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表268-269和271-274的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-267和275-280(Seq.ID No.2312-2346和2382-2411)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表270：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2357 PLDRDPLGY
2358 YLALHGGQTY
2359 SLSVIPSNPY
2360 DLDESWDYIF
2361 PLPPATLTVP
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表271(Seq.ID.No.2362-2366)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表271(Seq.ID.No.2362-2366)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表271的肽(Seq.ID.No.2362-2366)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表271的肽(Seq.ID.No.2362-2366)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表268-270和272-274的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-267和275-280(Seq.ID No.2312-2346和2382-2411)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表271：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-B*18表位肽
Figure BDA0002894249000002701
Figure BDA0002894249000002711
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表272(Seq.ID.No.2367-2371)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表272(Seq.ID.No.2367-2371)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表272的肽(Seq.ID.No.2367-2371)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表272的肽(Seq.ID.No.2367-2371)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表268-271和273-274的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-267和275-280(Seq.ID No.2312-2346和2382-2411)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表272：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
2367 GRGKGKSRDK
2368 PRLTPPQPLM
2369 QRKPGGPWR
2370 PRPTPPTPL
2371 PRPTRPTTL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表273(Seq.ID.No.2372-2376)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表273(Seq.ID.No.2372-2376)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表273的肽(Seq.ID.No.2372-2376)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表273的肽(Seq.ID.No.2372-2376)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表268-272和274的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-267和275-280(Seq.ID No.2312-2346和2382-2411)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表273：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2372 EPRSPTVFY
2373 VPDQSMHPL
2374 LPPTPLLTVL
2375 SPPRMHLPVL
2376 SPLDRDPLGY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表274(Seq.ID.No.2377-2381)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表274(Seq.ID.No.2377-2381)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表274的肽(Seq.ID.No.2377-2381)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表274的肽(Seq.ID.No.2377-2381)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表268-273的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-267和275-280(Seq.ID No.2312-2346和2382-2411)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表274：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2377 RSPTVFYNI
2378 NSPEAPILF
2379 LALHGGQTY
2380 PSGPPWWPPI
2381 PSMPELSPVL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表275(Seq.ID.No.2382-2386)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表275(Seq.ID.No.2382-2386)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表275的肽(Seq.ID.No.2382-2386)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表275的肽(Seq.ID.No.2382-2386)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表276-280的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-274(Seq.ID No.2312-2381)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表275：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2382 QPHVPPLRPTAPTIL
2383 SNPYQEQLSDTPLIP
2384 PTVFYNIPPMPLPPS
2385 DQQLHHLPSGPPWWP
2386 RGLILPQGPQTAPQA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表276(Seq.ID.No.2387-2391)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表276(Seq.ID.No.2387-2391)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表276的肽(Seq.ID.No.2387-2391)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表276的肽(Seq.ID.No.2387-2391)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表275和277-280的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-274(Seq.ID No.2312-2381)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表276：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2387 PPGVINDQQLHHLPS
2388 PTILSPLSQPRLTPP
2389 TYHLIVDTDSLGNPS
2390 HLIVDTDSLGNPSLS
2391 ASAMRMLWMANYIVR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表277(Seq.ID.No.2392-2396)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表277(Seq.ID.No.2392-2396)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表277的肽(Seq.ID.No.2392-2396)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表277的肽(Seq.ID.No.2392-2396)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表275-276和278-280的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-274(Seq.ID No.2312-2381)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表277：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2392 MPTFYLALHGGQTYH
2393 GGPWRPEPNTSSPSM
2394 PTILSPLSQPRLTPP
2395 PTPLLTVLQRPTELQ
2396 DQSMHPLTHQSTPND
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表278(Seq.ID.No.2397-2401)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表278(Seq.ID.No.2397-2401)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表278的肽(Seq.ID.No.2397-2401)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表278的肽(Seq.ID.No.2397-2401)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表275-277和279-280的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-274(Seq.ID No.2312-2381)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表278：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
2397 NPSLSVIPSNPYQEQ
2398 PADLDESWDYIFETT
2399 DYIFETTESPSSDED
2400 YLALHGGQTYHLIVD
2401 YHLIVDTDSLGNPSL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表279(Seq.ID.No.2402-2406)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表279(Seq.ID.No.2402-2406)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表279的肽(Seq.ID.No.2402-2406)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表279的肽(Seq.ID.No.2402-2406)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表275-278和280的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-274(Seq.ID No.2312-2381)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表279：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2402 GQTYHLIVDTDSLGN
2403 TPLLTVLQRPTELQP
2404 PQPLMMPPRPTPPTP
2405 DQSMHPLTHQSTPND
2406 VINDQQLHHLPSGPP
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表280(Seq.ID.No.2407-2411)的一种或多种EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表280(Seq.ID.No.2407-2411)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表280的肽(Seq.ID.No.2407-2411)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表280的肽(Seq.ID.No.2407-2411)的EBNA2衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表275-279的肽。在一些实施方式中，EBNA2衍生的肽还包含一个或多个选自表261-274(Seq.ID No.2312-2381)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表280：EBV毒株B95-8 EBNA2 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2407 LIPLTIFVGENTGVP
2408 YHLIVDTDSLGNPSL
2409 TIFVGENTGVPPPLP
2410 MLWMANYIVRQSRGD
2411 QPRLTPPQPLMMPPR
人乳头瘤病毒(HPV)毒株16E6抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含人乳头瘤病毒(HPV)毒株16E6特异性T细胞。E6特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种E6的抗原肽产生。在一些实施方式中，E6特异性T细胞是使用一种或多种E6的抗原肽，或者衍生自E6的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用E6抗原文库产生E6特异性T细胞，所述E6抗原文库包含通过扫描针对HPV毒株16-8E6的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.2412(UniProt KB–P03126)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MHQKRTAMFQDPQERPRKLPQLCTELQTTIHDIILECVYCKQQLLRREVYDFAFRDLCIVYRDGNPYAVCDKCLKFYSKISEYRHYCYSLYGTTLEQQYNKPLCDLLIRCINCQKPLCPEEKQRHLDKKQRFHNIRGRWTGRCMSCCRSSRTRRETQL。
在一些实施方式中，E6特异性T细胞是使用一种或多种E6的肽抗原，或者衍生自E6肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，E6特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，E6特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，E6特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的E6肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的E6肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的E6肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向E6的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表281-287的肽，HLA-B肽选自表288-294的肽和HLA-DR肽选自表295-280的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增E6特异性T细胞亚群的E6肽限制于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表281(Seq.ID.No.2413-2417)；针对HLA-A*02:01的表282(Seq.ID.No.2418-2422)；针对HLA-B*15:01的表290(Seq.ID.No.2458-2462)；针对HLA-B*18的表291(Seq.ID.No.2463-2467)；针对HLA-DRB1*0101的表295(Seq.ID.No.2483-2487)；和针对HLA-DRB1*0301的表296(Seq.ID.No.2488-2492)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表281(Seq.ID.No.2413-2417)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表281(Seq.ID.No.2413-2417)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表281的肽(Seq.ID.No.2413-2417)的EBNA2衍生的肽致敏和扩增EBNA2靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表281的肽(Seq.ID.No.2413-2417)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表282-287的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表288-300(Seq.ID No.2448-2512)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表281：HPV毒株16E6 HLA-A*01表位肽
Figure BDA0002894249000002781
Figure BDA0002894249000002791
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表282(Seq.ID.No.2418-2422)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表282(Seq.ID.No.2418-2422)的MAGE-A3衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表282的肽(Seq.ID.No.2418-2422)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表282的肽(Seq.ID.No.2418-2422)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表281和283-287的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表288-300(Seq.IDNo.2448-2512)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表282：HPV毒株16E6 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2418 TIHDIILECV
2419 QLCTELQTTI
2420 PLCDLLIRCI
2421 KLPQLCTEL
2422 QLCTELQTT
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表283(Seq.ID.No.2423-2427)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表283(Seq.ID.No.2423-2427)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表283的肽(Seq.ID.No.2423-2427)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表283的肽(Seq.ID.No.2423-2427)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表281-282和284-287的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表288-300(Seq.IDNo.2448-2512)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表283：HPV毒株16E6 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
2423 LLIRCINCQK
2424 DIILECVYCK
2425 CVYCKQQLLR
2426 SLYGTTLEQQ
2427 IVYRDGNPY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表284(Seq.ID.No.2428-2432)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表284(Seq.ID.No.2428-2432)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表284的肽(Seq.ID.No.2428-2432)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表284的肽(Seq.ID.No.2428-2432)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表281-283和285-287的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表288-300(Seq.IDNo.2448-2512)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表284：HPV毒株16E6 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2428 CVYCKQQLLR
2429 GTTLEQQYNK
2430 DIILECVYCK
2431 AFRDLCIVYR
2432 WTGRCMSCCR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表285(Seq.ID.No.2433-2437)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表285(Seq.ID.No.2433-2437)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表285的肽(Seq.ID.No.2433-2437)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表285的肽(Seq.ID.No.2433-2437)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表281-284和286-287的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表288-300(Seq.IDNo.2448-2512)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表285：HPV毒株16E6 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2433 QYNKPLCDLL
2434 QDPQERPRKL
2435 LCPEEKQRHL
2436 VYDFAFRDL
2437 PYAVCDKCL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表286(Seq.ID.No.2438-2442)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表286(Seq.ID.No.2438-2442)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表286的肽(Seq.ID.No.2438-2442)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表286的肽(Seq.ID.No.2438-2442)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表281-285和287的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表288-300(Seq.ID No.2448-2512)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表286：HPV毒株16E6 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
2438 EVYDFAFRDL
2439 AVCDKCLKFY
2440 EYRHYCYSLY
2441 DIILECVYCK
2442 CIVYRDGNPY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表287(Seq.ID.No.2443-2447)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表287(Seq.ID.No.2443-2447)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表287的肽(Seq.ID.No.2443-2447)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表287的肽(Seq.ID.No.2443-2447)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表281-286的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表288-300(Seq.ID No.2448-2512)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表287：HPV毒株16E6 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2443 FAFRDLCIVYR
2444 RTAMFQDPQER
2445 CVYCKQQLLRR
2446 MSCCRSSRTRR
2447 DLLIRCINCQK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表288(Seq.ID.No.2448-2452)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表288(Seq.ID.No.2448-2452)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表288的肽(Seq.ID.No.2448-2452)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表288的肽(Seq.ID.No.2448-2452)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表289-294的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-287和295-300(Seq.IDNo.2413-2447和2483-2512)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表288：HPV毒株16E6 HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2448 RPRKLPQLCT
2449 NPYAVCDKCL
2450 LPQLCTELQT
2451 QERPRKLPQL
2452 DPQERPRKL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表289(Seq.ID.No.2453-2457)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表289(Seq.ID.No.2453-2457)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表289的肽(Seq.ID.No.2453-2457)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表289的肽(Seq.ID.No.2453-2457)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表288和290-294的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-287和295-300(Seq.IDNo.2413-2447和2483-2512)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表289：HPV毒株16E6 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
2453 CPEEKQRHL
2454 DPQERPRKL
2455 DKKQRFHNI
2456 ERPRKLPQL
2457 CVYCKQQLL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表290(Seq.ID.No.2458-2462)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表290(Seq.ID.No.2458-2462)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表290的肽(Seq.ID.No.2458-2462)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表290的肽(Seq.ID.No.2458-2462)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表288-289和291-294的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-287和295-300(Seq.ID No.2413-2447和2483-2512)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表290：HPV毒株16E6 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2458 KQQLLRREVY
2459 AVCDKCLKFY
2460 QLLRREVYDF
2461 QLCTELQTTI
2462 FAFRDLCIVY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表291(Seq.ID.No.2463-2467)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表291(Seq.ID.No.2463-2467)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表291的肽(Seq.ID.No.2463-2467)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表291的肽(Seq.ID.No.2463-2467)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表288-290和292-294的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-287和295-300(Seq.ID No.2413-2447和2483-2512)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表291：HPV毒株16E6 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
2463 LEQQYNKPL
2464 QQLLRREVY
2465 DPQERPRKL
2466 AFRDLCIVY
2467 REVYDFAF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表292(Seq.ID.No.2468-2472)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表292(Seq.ID.No.2468-2472)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表292的肽(Seq.ID.No.2468-2472)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表292的肽(Seq.ID.No.2468-2472)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表288-291和293-294的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-287和295-300(Seq.ID No.2413-2447和2483-2512)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表292：HPV毒株16E6 HLA-B*27:05表位肽
Figure BDA0002894249000002851
Figure BDA0002894249000002861
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表293(Seq.ID.No.2473-2477)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表293(Seq.ID.No.2473-2477)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表293的肽(Seq.ID.No.2473-2477)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表293的肽(Seq.ID.No.2473-2477)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表288-292和294的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-287和295-300(Seq.IDNo.2413-2447和2483-2512)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表293：HPV毒株16E6 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2473 NPYAVCDKCL
2474 FAFRDLCIVY
2475 LQTTIHDIIL
2476 KPLCDLLIRC
2477 ECVYCKQQLL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表294(Seq.ID.No.2478-2482)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表294(Seq.ID.No.2478-2482)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表294的肽(Seq.ID.No.2478-2482)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表294的肽(Seq.ID.No.2478-2482)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表288-293的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-287和295-300(Seq.IDNo.2413-2447和2483-2512)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表294：HPV毒株16E6 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2478 YSKISEYRHY
2479 EVYDFAFRDL
2480 SSRTRRETQL
2481 FAFRDLCIVY
2482 YAVCDKCLKF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表295(Seq.ID.No.2483-2487)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表295(Seq.ID.No.2483-2487)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表295的肽(Seq.ID.No.2483-2487)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表295的肽(Seq.ID.No.2483-2487)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表296-300的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-294(Seq.IDNo.2413-2482)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表295：HPV毒株16E6 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2483 IRCINCQKPLCPEEK
2484 CIVYRDGNPYAVCDK
2485 RHYCYSLYGTTLEQQ
2486 NKPLCDLLIRCINCQ
2487 DLLIRCINCQKPLCP
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表296(Seq.ID.No.2488-2492)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表296(Seq.ID.No.2488-2492)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表296的肽(Seq.ID.No.2488-2492)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表296的肽(Seq.ID.No.2488-2492)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表295和297-300的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-294(Seq.IDNo.2211-2280)的HLA-A和HLA-B的限制性肽集合。
表296：HPV毒株16E6 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2488 RTAMFQDPQERPRKL
2489 LCIVYRDGNPYAVCD
2490 EKQRHLDKKQRFHNI
2491 GTTLEQQYNKPLCDL
2492 NPYAVCDKCLKFYSK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表297(Seq.ID.No.2493-2497)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表297(Seq.ID.No.2493-2497)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表297的肽(Seq.ID.No.2493-2497)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表297的肽(Seq.ID.No.2493-2497)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表295-296和298-300的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-294(Seq.ID No.2413-2482)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表297：HPV毒株16E6 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2493 PRKLPQLCTELQTTI
2494 LPQLCTELQTTIHDI
2495 FRDLCIVYRDGNPYA
2496 LCIVYRDGNPYAVCD
2497 REVYDFAFRDLCIVY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表298(Seq.ID.No.2498-2502)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表298(Seq.ID.No.2498-2502)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表298的肽(Seq.ID.No.2498-2502)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表298的肽(Seq.ID.No.2498-2502)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表295-297和299-300的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-294(Seq.ID No.2413-2482)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表298：HPV毒株16E6 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
2498 YSLYGTTLEQQYNKP
2499 CTELQTTIHDIILEC
2500 QTTIHDIILECVYCK
2501 LKFYSKISEYRHYCY
2502 GTTLEQQYNKPLCDL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表299(Seq.ID.No.2503-2507)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表299(Seq.ID.No.2503-2507)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表299的肽(Seq.ID.No.2503-2507)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表299的肽(Seq.ID.No.2503-2507)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表295-298和300的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-294(Seq.IDNo.2413-2482)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表299：HPV毒株16E6 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2503 FRDLCIVYRDGNPYA
2504 GNPYAVCDKCLKFYS
2505 REVYDFAFRDLCIVY
2506 DLLIRCINCQKPLCP
2507 LKFYSKISEYRHYCY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表300(Seq.ID.No.2508-2512)的一种或多种E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表300(Seq.ID.No.2508-2512)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表300的肽(Seq.ID.No.2508-2512)的E6衍生的肽致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表300的肽(Seq.ID.No.2508-2512)的E6衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E6靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表295-299的肽。在一些实施方式中，E6衍生的肽还包含一个或多个选自表281-294(Seq.IDNo.2413-2482)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表300：HPV毒株16E6 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2508 DKCLKFYSKISEYRH
2509 RREVYDFAFRDLCIV
2510 IRCINCQKPLCPEEK
2511 LDKKQRFHNIRGRWT
2512 LECVYCKQQLLRREV
人乳头瘤病毒(HPV)毒株16E6抗原肽
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含人乳头瘤病毒(HPV)毒株16E7特异性T细胞。E7特异性T细胞可以如下文所述使用一种或多种E7的抗原肽产生。在一些实施方式中，E7特异性T细胞是使用一种或多种E7的抗原肽，或者衍生自E7的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，使用E7抗原文库产生E7特异性T细胞，所述E7抗原文库包含通过扫描针对HPV毒株16-8E7的蛋白氨基酸序列SEQ.ID.No.2513(UniProt KB–P03129)形成的含有每个序列之间的氨基酸重叠(例如，11个氨基酸重叠)的肽(例如，15mer)的池：
MHGDTPTLHEYMLDLQPETTDLYCYEQLNDSSEEEDEIDGPAGQAEPDRAHYNIVTFCCKCDSTLRLCVQSTHVDIRTLEDLLMGTLGIVCPICSQKP。
在一些实施方式中，E7特异性T细胞是使用一种或多种E7的肽抗原，或者衍生自E7肽的修饰或异变肽产生的。在一些实施方式中，E7特异性T细胞是使用识别I类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，E7特异性T细胞是使用识别II类MHC分子的肽产生的。在一些实施方式中，E7特异性T细胞是使用识别I类和II类MHC分子的肽产生的。
在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的E7肽包括通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，还包括来源于最佳匹配供体HLA型的E7肽。在一些实施方式中，用于致敏和扩增T细胞亚群的E7肽来源于选自HLA-A限制性肽、HLA-B限制性肽或HLA-DR限制性肽的至少一种或多种的HLA限制性肽。已在例如Rammensee,HG.,Bachmann,J.,Emmerich,N.等，SYFPEITHI:database for MHC ligands and peptidemotifs.Immunogenetics(1999)50:213.https://doi.org/10.1007/s002510050595中描述了用于从抗原产生HLA限制性肽的适宜方法。
如本文所提供的，可以确定供体细胞来源的HLA谱，并得到靶向E7的T细胞亚群，其中使用HLA限制于供体HLA谱的一组肽致敏和扩增T细胞亚群。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含一种或多种HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽。在某些实施方式中，T细胞亚群暴露于肽混合物，所述肽混合物包含HLA-A限制性、HLA-B限制性和HLA-DR限制性肽，其中HLA-A匹配的肽选自表301-307的肽，HLA-B肽选自表308-314的肽和HLA-DR肽选自表315-320的肽。例如，如果供体细胞来源的HLA谱为HLA-A*01/*02:01；HLA-B*15:01/*18；和HLA-DRB1*0101/*0301，则用于致敏和扩增E7特异性T细胞亚群的E7肽限于特异性HLA谱，并且可以包括针对HLA-A*01的表301(Seq.ID.No.2514-2518)；针对HLA-A*02:01的表302(Seq.ID.No.2519-2523)；针对HLA-B*15:01的表310(Seq.ID.No.2559-2563)；针对HLA-B*18的表311(Seq.ID.No.2564-2568)；针对HLA-DRB1*0101的表315(Seq.ID.No.2584-2588)；和针对HLA-DRB1*0301的表316(Seq.ID.No.2589-2593)中鉴定的肽。在一些实施方式中，肽主混物包括重叠的肽文库和通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽两者。
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表301(Seq.ID.No.2514-2518)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用选自表301(Seq.ID.No.2514-2518)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表301的肽(Seq.ID.No.2514-2518)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*01，并且使用包含表301的肽(Seq.ID.No.2514-2518)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表302-307的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表308-320(Seq.ID No.2547-2613)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表301：HPV毒株16E7 HLA-A*01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2514 MHGDTPTLHEY
2515 HGDTPTLHEY
2516 QPETTDLYCY
2517 DLQPETTDLY
2518 QAEPDRAHY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表302(Seq.ID.No.2519-2523)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用选自表302(Seq.ID.No.2519-2523)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表302的肽(Seq.ID.No.2519-2523)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*02:01，并且使用包含表302的肽(Seq.ID.No.2519-2523)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表301和303-307的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表308-320(Seq.ID No.2547-2613)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表302：HPV毒株16E7 HLA-A*02:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2519 DLLMGTLGIV
2520 TLEDLLMGTL
2521 LLMGTLGIV
2522 TLHEYMLDL
2523 DLQPETTDL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表303(Seq.ID.No.2524-2427)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用选自表303(Seq.ID.No.2524-2427)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表303的肽(Seq.ID.No.2524-2427)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*03，并且使用包含表303的肽(Seq.ID.No.2524-2527)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表301-302和304-307的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表308-320(Seq.IDNo.2547-2613)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表303：HPV毒株16E7 HLA-A*03表位肽
SEQ ID NO. 序列
2524 TLRLCVQSTH
2525 GIVCPICSQK
2526 DLQPETTDLY
2527 LLMGTLGIVC
2528 IVCPICSQK
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表304(Seq.ID.No.2529-2533)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用选自表304(Seq.ID.No.2529-2533)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表304的肽(Seq.ID.No.2529-2533)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*11:01，并且使用包含表304的肽(Seq.ID.No.2529-2533)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表301-303和305-307的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表308-320(Seq.IDNo.2547-2613)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表304：HPV毒株16E7 HLA-A*11:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2529 CVQSTHVDIR
2530 GIVCPICSQK
2531 SSEEEDEIDG
2532 IVCPICSQK
2533 STLRLCVQS
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表305(Seq.ID.No.2534-2538)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用选自表305(Seq.ID.No.2534-2538)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表305的肽(Seq.ID.No.2534-2538)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*24:02，并且使用包含表305的肽(Seq.ID.No.2534-2538)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表301-304和306-307的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表308-320(Seq.IDNo.2547-2613)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表305：HPV毒株16E7 HLA-A*24:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2534 TFCCKCDSTL
2535 VDIRTLEDLL
2536 AEPDRAHYNI
2537 TDLYCYEQL
2538 GTLGIVCPI
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表306(Seq.ID.No.2539-2543)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用选自表306(Seq.ID.No.2539-2543)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表306的肽(Seq.ID.No.2539-2543)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*26，并且使用包含表306的肽(Seq.ID.No.2539-2543)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表301-305和307的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表308-320(Seq.ID No.2547-2613)的HLA-B和HLA-DR限制性肽的集合。
表306：HPV毒株16E7 HLA-A*26表位肽
SEQ ID NO. 序列
2539 DTPTLHEYML
2540 HVDIRTLEDL
2541 DRAHYNIVTF
2542 STHVDIRTL
2543 ETTDLYCYE
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表307(Seq.ID.No.2544-2548)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用选自表307(Seq.ID.No.2544-2548)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表307的肽(Seq.ID.No.2544-2548)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-A*68:01，并且使用包含表307的肽(Seq.ID.No.2544-2548)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-A谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表301-306的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表308-320(Seq.ID No.2447-2512)的HLA-B和HLA-DR的限制性肽集合。
表307：HPV毒株16E7 HLA-A*68:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2544 TFCCKCDSTLR
2545 ETTDLYCYEQL
2546 CVQSTHVDIR
2547 IVCPICSQK
2548 PAGQAEPDR
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表308(Seq.ID.No.2549-2553)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用选自表308(Seq.ID.No.2549-2553)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表308的肽(Seq.ID.No.2549-2553)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*07:02，并且使用包含表308的肽(Seq.ID.No.2549-2553)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表309-314的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-307和315-320(Seq.IDNo.2514-2548和2584-2513)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表308：HPV毒株16E7 HLA-B*07:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2549 EPDRAHYNIV
2550 GPAGQAEPDR
2551 CCKCDSTLRL
2552 TPTLHEYML
2553 EIDGPAGQA
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表309(Seq.ID.No.2554-2558)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用选自表309(Seq.ID.No.2554-2558)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表309的肽(Seq.ID.No.2554-2558)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*08，并且使用包含表309的肽(Seq.ID.No.2554-2558)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表308和310-314的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-307和315-320(Seq.IDNo.2514-2548和2584-2513)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表309：HPV毒株16E7 HLA-B*08表位肽
SEQ ID NO. 序列
2554 DIRTLEDLL
2555 TLHEYMLDL
2556 TPTLHEYML
2557 DLQPETTDL
2558 CCKCDSTL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表310(Seq.ID.No.2559-2563)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用选自表310(Seq.ID.No.2559-2563)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表310的肽(Seq.ID.No.2559-2563)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*15:01，并且使用包含表310的肽(Seq.ID.No.2559-2563)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表308-309和311-314的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-307和315-320(Seq.ID No.2514-2548和2584-2513)的HLA-A和HLA-DR的限制性肽集合。
表310：HPV毒株16E7 HLA-B*15:01(B62)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2559 DLQPETTDLY
2560 GQAEPDRAHY
2561 TLRLCVQSTH
2562 LLMGTLGIVC
2563 LQPETTDLY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表311(Seq.ID.No.2564-2568)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用选自表311(Seq.ID.No.2564-2568)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表311的肽(Seq.ID.No.2564-2568)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*18，并且使用包含表311的肽(Seq.ID.No.2564-2568)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表308-310和312-314的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-307和315-320(Seq.ID No.2514-2548和2584-2513)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表311：HPV毒株16E7 HLA-B*18表位肽
SEQ ID NO. 序列
2564 LEDLLMGTL
2565 PETTDLYCY
2566 DEIDGPAGQ
2567 DIRTLEDLL
2568 AEPDRAHY
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表312(Seq.ID.No.2569-2573)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用选自表312(Seq.ID.No.2569-2573)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表312的肽(Seq.ID.No.2569-2573)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*27:05，并且使用包含表312的肽(Seq.ID.No.2569-2573)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表308-314和313-314的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-307和315-320(Seq.ID No.2514-2548和2584-2513)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表312：HPV毒株16E7 HLA-B*27:05表位肽
SEQ ID NO. 序列
2569 DRAHYNIVTF
2570 LDLQPETTDL
2571 LRLCVQSTH
2572 IRTLEDLLM
2573 RAHYNIVTF
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表313(Seq.ID.No.2574-2578)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用选自表313(Seq.ID.No.2574-2578)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表313的肽(Seq.ID.No.2574-2578)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*35:01，并且使用包含表313的肽(Seq.ID.No.2574-2578)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表308-312和314的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-307和315-320(Seq.IDNo.2514-2548和2584-2513)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表313：HPV毒株16E7 HLA-B*35:01表位肽
SEQ ID NO. 序列
2574 QPETTDLYCY
2575 TPTLHEYML
2576 EPDRAHYNI
2577 FCCKCDSTL
2578 LEDLLMGTL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表314(Seq.ID.No.2579-2583)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用选自表314(Seq.ID.No.2579-2583)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表314的肽(Seq.ID.No.2579-2583)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-B*58:02，并且使用包含表314的肽(Seq.ID.No.2579-2583)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-B谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表308-313的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-307和315-320(Seq.IDNo.2514-2548和2584-2513)的HLA-A和HLA-DR限制性肽的集合。
表314：HPV毒株16E7 HLA-B*58:02表位肽
SEQ ID NO. 序列
2579 QSTHVDIRTL
2580 RAHYNIVTF
2581 DSSEEEDEI
2582 GTLGIVCPI
2583 DTPTLHEYM
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表315(Seq.ID.No.2584-2588)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用选自表315(Seq.ID.No.2584-2588)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表315的肽(Seq.ID.No.2584-2588)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0101，并且使用包含表315的肽(Seq.ID.No.2584-2588)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表316-320的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-314(Seq.IDNo.2514-2583)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表315：HPV毒株16E7 HLA-DRB1*0101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2584 MGTLGIVCPICSQKP
2585 HVDIRTLEDLLMGTL
2586 DLLMGTLGIVCPICS
2587 IRTLEDLLMGTLGIV
2588 TLEDLLMGTLGIVCP
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表316(Seq.ID.No.2589-2593)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用选自表316(Seq.ID.No.2589-2593)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表316的肽(Seq.ID.No.2589-2593)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0301，并且使用包含表316的肽(Seq.ID.No.2589-2593)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表315和317-320的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-314(Seq.IDNo.2514-2583)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表316：HPV毒株16E7 HLA-DRB1*0301(DR17)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2589 TFCCKCDSTLRLCVQ
2590 MLDLQPETTDLYCYE
2591 TTDLYCYEQLNDSSE
2592 IRTLEDLLMGTLGIV
2593 LHEYMLDLQPETTDL
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表317(Seq.ID.No.2594-2598)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用选自表317(Seq.ID.No.2594-2598)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表317的肽(Seq.ID.No.2594-2598)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0401，并且使用包含表317的肽(Seq.ID.No.2594-2598)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表315-316和318-320的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-314(Seq.ID No.2514-2583)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表317：HPV毒株16E7 HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2594 LHEYMLDLQPETTDL
2595 TDLYCYEQLNDSSEE
2596 RAHYNIVTFCCKCDS
2597 HEYMLDLQPETTDLY
2598 MLDLQPETTDLYCYE
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表318(Seq.ID.No.2599-2603)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用选自表318(Seq.ID.No.2599-2603)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表318的肽(Seq.ID.No.2599-2603)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*0701，并且使用包含表318的肽(Seq.ID.No.2599-2603)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表315-317和319-320的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-314(Seq.ID No.2514-2583)的HLA-A和HLA-B限制性肽的集合。
表318：HPV毒株16E7 HLA-DRB1*0701表位肽
SEQ ID NO. 序列
2599 IVTFCCKCDSTLRLC
2600 MLDLQPETTDLYCYE
2601 THVDIRTLEDLLMGT
2602 HVDIRTLEDLLMGTL
2603 YEQLNDSSEEEDEID
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表319(Seq.ID.No.2604-2608)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用选自表319(Seq.ID.No.2604-2608)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表319的肽(Seq.ID.No.2604-2608)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1101，并且使用包含表319的肽(Seq.ID.No.2604-2608)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表315-318和320的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-314(Seq.IDNo.2514-2583)的HLA-A和HLA-B的限制性肽集合。
表319：HPV毒株16E7 HLA-DRB1*1101表位肽
SEQ ID NO. 序列
2604 YNIVTFCCKCDSTLR
2605 DLLMGTLGIVCPICS
2606 MGTLGIVCPICSQKP
2607 TDLYCYEQLNDSSEE
2608 LYCYEQLNDSSEEED
在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表320(Seq.ID.No.2609-2613)的一种或多种E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用选自表320(Seq.ID.No.2609-2613)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表320的肽(Seq.ID.No.2609-2613)的E7衍生的肽致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群。在一些实施方式中，供体细胞来源是HLA-DRB1*1501，并且使用包含表320的肽(Seq.ID.No.2609-2613)的E7衍生的肽以及基于供体细胞来源HLA-DR谱的至少一个另外的肽集合致敏和扩增E7靶向的T细胞亚群，其中至少一个另外的肽集合选自表315-319的肽。在一些实施方式中，E7衍生的肽还包含一个或多个选自表301-314(Seq.IDNo.2514-2583)的HLA-A和HLA-B的限制性肽集合。
表320：HPV毒株16E7 HLA-DRB1*1501(DR2b)表位肽
SEQ ID NO. 序列
2609 TTDLYCYEQLNDSSE
2610 TPTLHEYMLDLQPET
2611 EDLLMGTLGIVCPIC
2612 MGTLGIVCPICSQKP
2613 HYNIVTFCCKCDSTL
在MUSTANG组合物中T细胞亚群的比例
本发明的MUSTANG组合物由两种或更多种T细胞亚群组成，其各自靶向单一TAA。用于产生MUSTANG组合物的T细胞亚群可以以单一剂型组合施用，或各自单独施用，其中单独的T细胞亚群共同组成MUSTANG组合物。在一些实施方式中，MUSTANG组合物以反映患者的相对鉴定的TAA表达谱或与其相关的比例或百分比包含T细胞亚群。在一些实施方式中，用于产生MUSTANG组合物的T细胞亚群的比例大致相等。在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含两种或更多种T细胞亚群，其中每种T细胞亚群特异性针对不同TAA。
可以基于对患者肿瘤特征的了解或医护人员的最佳判断来选择MUSTANG组合物中T细胞亚群的比例。在一些实施方式中，组合物包含两种T细胞亚群，其中MUSTANG包含(i)至少约45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％或85％的第一T细胞亚群和(ii)至少约15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％或55％的第二T细胞亚群，其中所述百分比累加至以重量计100％。
在一些实施方式中，如通过例如但不限于EliSpot测定所测量的，基于所测量的每种T细胞亚群对TAA的活性，将每种T细胞亚群的比例或百分比归一化。每种T细胞亚群产生的活性数据可以用于确保每种T细胞亚群的活性大致相等或标准化。如图10中所示，实施例5中所述的MUSTANG组合物的PRAME活性比WT1和存活素活性高约10倍以上。为了控制MUSTANG组合物中的活性水平，可以将不同量的T细胞亚群组合以形成如有需要对所有抗原具有大致等同活性的MUSTANG组合物，或者还用于基于患者肿瘤的表达谱形成可变比例。为了产生对所有三种抗原具有等同活性的MUSTANG组合物，有必要以10:10:1的比例组合WT1、存活素和PRAME T细胞亚群。可以基于最终MUSTANG组合物中每种T细胞亚群的所需活性来调整该比例。在一些实施方式中，第一T细胞亚群和第二T细胞亚群的百分比基于恶性肿瘤或肿瘤的TAA表达谱，以使得第一T细胞亚群和第二T细胞亚群的百分比与肿瘤的TAA表达谱相关。
MUSTANG组合物可以包含两种、三种、四种、五种或更多种T细胞亚群。T细胞亚群可以以大致相等的比例，或者以反映通过患者TAA表达谱确定的个体TAA表达的比例或替代比例包含在MUSTANG组合物中。在一个替代的实施方式中，可以以反映出针对显示出高免疫原性的已知TAA的T细胞亚群的更高百分比包含T细胞亚群。
在一个特定实施方式中，MUSTANG组合物至少包含两种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的和所述第二T细胞亚群选自以下：WT1、存活素、NY-ESO-1和MAGE-A3。
在一个特定实施方式中，MUSTANG组合物至少包含两种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群针对存活素和所述第二T细胞亚群选自以下：WT1、NY-ESO-1和MAGE-A3。
在一个特定实施方式中，MUSTANG组合物至少包含两种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群针对WT1是特异性的和所述第二T细胞亚群选自以下：NY-ESO-1和MAGE-A3。
在一个特定实施方式中，MUSTANG组合物至少包含两种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的和所述第二T细胞亚群针对MAGE-A3是特异性的。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含第一T细胞亚群，第二T细胞亚群和第三T细胞亚群，其中每种T细胞亚群特异性针对不同TAA。在一些实施方式中，用于产生MUSTANG组合物的T细胞亚群的比例大致相等。
可以基于对患者肿瘤特征的了解或医护人员的最佳判断来选择MUSTANG组合物中T细胞亚群的比例。在一些实施方式中，组合物包含三种T细胞亚群，其中MUSTANG组合物包含(i)至少约45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％或85％的第一T细胞亚群，(ii)至少约5％、10％、15％、20％或25％的第二T细胞亚群和(iii)至少约10％、15％、20％、25％、30％或35％的第三T细胞亚群，其中所述百分比以重量计累加为100％。在一些实施方式中，T细胞亚群的百分比基于恶性肿瘤或肿瘤的TAA表达谱，以使得第一T细胞亚群、第二T细胞亚群和第三T细胞亚群的百分比与肿瘤的TAA表达谱相关。在一些实施方式中，如通过例如但不限于EliSpot测定所测量的，基于所测量的每种T细胞亚群对TAA的活性，将每种T细胞亚群的比例或百分比归一化。
在一些实施方式中，TAA选自存活素、MAGE-A3、NY-ESO-1、PRAME和WT1。
在一个特定实施方式中，MUSTANG组合物至少包含三种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的，所述第二T细胞亚群针对WT1是特异性的和所述第三种T细胞亚群选自以下：存活素、NY-ESO-1和MAGE-A3。
在另一个特定实施方式中，MUSTANG组合物至少包含三种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的，所述第二T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的和所述第三T细胞亚群针对MAGE-A3是特异性的。
在另一个特定实施方式中，MUSTANG组合物至少包含三种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群组合物针对WT1是特异性的，所述第二T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的和所述第三T细胞亚群针对MAGE-A3是特异性的。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含第一T细胞亚群，第二T细胞亚群，第三T细胞亚群和第四T细胞亚群，其中每种T细胞亚群特异性针对不同TAA。在一些实施方式中，用于产生MUSTANG组合物的T细胞亚群的比例大致相等。
可以基于对患者肿瘤特征的了解或医护人员的最佳判断来选择MUSTANG组合物中T细胞亚群的比例。在一些实施方式中，组合物包含四种T细胞亚群，其中MUSTANG组合物包含(i)至少约45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％或85％的第一T细胞亚群，(ii)至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％或45％的第二T细胞亚群，(iii)至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％或45％的第三T细胞亚群，和(iv)至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％或45％的第四T细胞亚群，其中所述百分比以重量计累加为100％。在一些实施方式中，如通过例如但不限于EliSpot测定所测量的，基于所测量的每种T细胞亚群对TAA的活性，将每种T细胞亚群的比例或百分比归一化。在一些实施方式中，T细胞亚群的百分比基于恶性肿瘤或肿瘤的TAA表达谱，以使得第一T细胞亚群、第二T细胞亚群、第三T细胞亚群和第四T细胞亚群的百分比与肿瘤的TAA表达谱相关。在一些实施方式中，T细胞亚群特异性针对选自以下的TAA：存活素、MAGE-A3、NY-ESO-1、PRAME和WT1。
在一个特定实施方式中，MUSTANG组合物包含至少四种T细胞组合物，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的，所述第二T细胞亚群针对WT1是特异性的，所述第三T细胞亚群针对存活素是特异性的和所述第四T细胞亚群选自以下：MAGE-A3和NY-ESO-1。
在一个进一步的实施方式中，MUSTANG组合物包含至少四种T细胞组合物，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的，所述第二T细胞亚群针对WT1是特异性的，所述第三T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的和所述第四T细胞亚群针对MAGE-A3是特异性的。
在又一个进一步的实施方式中，MUSTANG组合物至少包含四种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的，所述第二T细胞亚群针对存活素是特异性的，所述第三T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的和所述第四T细胞亚群针对MAGE-A3是特异性的。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物包含第一T细胞亚群，第二T细胞亚群，第三T细胞亚群，第四T细胞亚群和第五T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的。在一些实施方式中，用于产生MUSTANG组合物的T细胞亚群的比例大致相等。
可以基于对患者肿瘤特征的了解或医护人员的最佳判断来选择MUSTANG组合物中T细胞亚群的比例。在一些实施方式中，组合物包含五种T细胞亚群，其中MUSTANG组合物包含(i)至少约45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％或80％的第一T细胞亚群，(ii)至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％或40％的第二T细胞亚群，(iii)至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％或40％的第三T细胞亚群，(iv)至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％或40％的第四T细胞亚群和(v)至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％或40％的第五T细胞亚群，其中所述百分比以重量计累加为100％。在一些实施方式中，如通过例如但不限于EliSpot测定所测量的，基于所测量的每种T细胞亚群对TAA的活性，将每种T细胞亚群的比例或百分比归一化。在一些实施方式中，T细胞亚群的百分比基于恶性肿瘤或肿瘤的TAA表达谱，以使得第一T细胞亚群、第二T细胞亚群、第三T细胞亚群、第四T细胞亚群和第五T细胞亚群的百分比与肿瘤的TAA表达谱相关。在一些实施方式中，五种T细胞亚群的每一种分别针对存活素、MAGE-A3、NY-ESO-1、PRAME和WT1是特异性的。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物至少包含五种T细胞亚群，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的，所述第二T细胞亚群针对WT1是特异性的，所述第三T细胞亚群针对存活素是特异性的，所述第四T细胞亚群针对MAGE-A3是特异性的和所述第五T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的。
在一些实施方式中，从中分离出T细胞亚群的单核细胞样品源自也对其施用组合物的人(自体的)。
在一些实施方式中，从中分离出T细胞亚群的单核细胞样品源自细胞供体(同种异体的)。在某些实施方式中，同种异体T细胞亚群组合物具有与患者共有的至少一种HLA等位基因或HLA等位基因的组合。在某些实施方式中，同种异体T细胞亚群组合物具有与患者共有的一种以上HLA等位基因或HLA等位基因的组合。在某些实施方式中，MUSTANG组合物的肿瘤相关抗原活性是通过与患者共有的至少一种HLA等位基因或HLA等位基因的组合。在某些实施方式中，构成MUSTANG组合物的同种异体T细胞亚群是通过相同的共享HLA限制识别的。在某些实施方式中，构成MUSTANG组合物的同种异体T细胞亚群是通过不同的共享HLA限制识别的。
在第二个方面中，本发明提供了一种治疗疾病或病症的方法，其包括向患者(通常是有需要的人类)施用有效量的本文公开的MUSTANG组合物。
在一些实施方式中，所述方法还包括从患者(通常是对其施用MUSTANG组合物的人类(自体))中分离单核细胞样品，其中所述MUSTANG组合物包含由单核细胞样品制备的T细胞亚群。
在一些实施方式中，所述方法还包括从细胞供体(同种异体)分离单核细胞样品，其中所述MUSTANG组合物包含由单核细胞样品制备的T细胞亚群。在某些实施方式中，同种异体MUSTANG组合物具有与患者共有的至少一种HLA等位基因或HLA等位基因的组合。在某些实施方式中，MUSTANG组合物的TAA活性是通过与患者共有的至少一种HLA等位基因或HLA等位基因的组合。在某些实施方式中，MUSTANG组合物的TAA活性是通过与患者共有的一种以上HLA等位基因或HLA等位基因的组合。在某些实施方式中，构成MUSTANG组合物的同种异体T细胞亚群是通过相同的共享HLA限制识别的。在某些实施方式中，构成MUSTANG组合物的同种异体T细胞亚群是通过不同的共享HLA限制识别的。在某些实施方式中，选择的MUSTANG组合物具有最多共享的HLA等位基因或等位基因的组合以及最高的TAA特异性。
在某些实施方式中，所述方法还包括基于患者恶性肿瘤或肿瘤的TAA表达谱选择MUSTANG组合物。
在某些实施方式中，所述方法还包括基于施用MUSTANG组合物后患者中存在的循环TAA特异性T细胞水平选择MUSTANG组合物。测量患者中存在的循环TAA特异性T细胞水平的方法是本领域公知的，并且非限制性的示例性方法包括Elispot测定、TCR测序、胞内细胞因子染色以及通过使用MHC肽多聚体。
通过施用MUSTANG组合物治疗患有肿瘤的患者的方法
本发明包括一种通过施用本文所述的有效量的MUSTANG组合物治疗患有肿瘤的患者(通常是人)的方法。
施用剂量可以改变。在一些实施方式中，以从1x106个细胞/m2至1x108个细胞/m2的剂量范围向患者(如人类)施用MUSTANG组合物。剂量可以是单一剂量，例如包含构成MUSTANG组合物的所有T细胞亚群的组合，或多个单独剂量，其中每个剂量包含单独的T细胞亚群，而集合的T细胞亚群的单独剂量构成总MUSTANG组合物。在一些实施方式中，MUSTANG组合物的剂量是1x106个细胞/m2、2x106个细胞/m2、3x106个细胞/m2、4x106个细胞/m2、5x106个细胞/m2、6x106个细胞/m2、7x106个细胞/m2、8x106个细胞/m2、9x106个细胞/m2、1x107个细胞/m2、2x107个细胞/m2、3x107个细胞/m2、4x107个细胞/m2、5x107个细胞/m2、6x107个细胞/m2、7x107个细胞/m2、8x107个细胞/m2、9x107个细胞/m2或1x108个细胞/m2。
可以通过任何适宜的方法施用MUSTANG组合物。在一些实施方式中，MUSTANG组合物以输注形式向患者(如人类)施用，并且在一个特定实施方式中，以1至10cc的总体积输注。在一些实施方式中，以1、2、3、4、5、6、7、8、9或10cc输注向患者施用MUSTANG组合物。在一些实施方式中，当以输注形式存在时，将MUSTANG组合物在10、20、30、40、50、60或更多分钟内向有需要的患者施用。
在一些实施方式中，在MUSTANG组合物输注前、输注期间和输注后1小时对接受输注的患者进行生命体征监测。在某些实施方式中，在初始输注后长达6周的时间病情稳定(SD)、部分缓解(PR)或完全缓解(CR)的患者可以有资格接受另外的输注，例如间隔几周的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次另外的输注，例如间隔长约2、3、4、5、6、7、8、9或10周。
确定肿瘤相关抗原表达谱
可以通过本领域已知的任何方法确定TAA表达谱。用于确定肿瘤相关抗原表达谱的非限制性示例性方法可以参见Ding等，Cancer Bio Med(2012)9:73-76；Qin等，LeukemiaResearch(2009)33(3)384-390；和Weber等，Leukemia(2009)23:1634-1642。在一些实施方式中，由从恶性肿瘤或肿瘤患者收集的样品产生TAA表达谱。在一些实施方式中，样品选自以下：血液、骨髓和肿瘤活检样品。
在一些实施方式中，从患有恶性肿瘤或肿瘤的患者的血液样品中确定TAA表达谱。在一些实施方式中，从患有恶性肿瘤或肿瘤的患者的骨髓样品中确定TAA表达谱。在一些实施方式中，从患有恶性肿瘤或肿瘤的患者的肿瘤活检样品中确定TAA表达谱。
在一些实施方式中，从在患有恶性肿瘤或肿瘤的患者中收集的样品提取遗传物质。在一些实施方式中，遗传物质选自以下：总RNA、信使RNA和基因组DNA。
提取遗传物质后，利用由目标TAA开发的引物对遗传物质进行定量逆转录酶聚合酶链反应(qPCR)。
可以使用任何已知方法(包括本文所述的细胞毒性测定法)检查患者的肿瘤细胞对本发明的活化的T细胞亚群和/或MUSTANG组合物的反应性。
确定循环TAA特异性T细胞的水平
可以采用本领域公知的任何方法确定MUSTANG组合物输注后循环TAA特异性T细胞的水平。用于确定循环TAA特异性T细胞的水平的非限制性示例性方法包括Elispot测定、胞内细胞因子染色、多聚体分析和TCR测序，并且可以参见Chapuis等，Sci Transl Med(2013)5(174):174ra27和Hanley等，Sci Transl Med(2015)7(285):285ra63，其通过引用并入本文。在一些实施方式中，从在使用MUSTANG组合物治疗的患有恶性肿瘤或肿瘤的患者收集的样品中确定循环TAA特异性T细胞的水平。在一些实施方式中，样品选自以下：血液、外周血单核细胞和骨髓。
在一些实施方式中，从在使用MUSTANG组合物治疗的患有恶性肿瘤或肿瘤的患者收集的血液样品中确定循环TAA特异性T细胞的水平。在一些实施方式中，从在使用MUSTANG组合物治疗的患有恶性肿瘤或肿瘤的患者收集的外周血单核细胞样品中确定循环TAA特异性T细胞的水平。在一些实施方式中，从在使用MUSTANG组合物治疗的患有恶性肿瘤或肿瘤的患者收集的骨髓样品中确定循环TAA特异性T细胞的水平。
在一些实施方式中，使用Elispot测定确定循环TAA特异性T细胞的水平。在一些实施方式中，使用胞内细胞因子染色测定确定循环TAA特异性T细胞的水平。在一些实施方式中，使用多聚体分析确定循环TAA特异性T细胞的水平。在一些实施方式中，通过TCR测序确定循环TAA特异性T细胞的水平。
作为治疗目标的血液系统肿瘤和实体瘤
本文所述的MUSTANG组合物可以用于治疗患有实体瘤或血液系统肿瘤的患者。
淋巴肿瘤大致分为前体淋巴肿瘤以及成熟的T细胞、B细胞或自然杀伤细胞(NK)肿瘤。慢性白血病是那些可能在血液和骨髓中显示出主要征候的疾病，而淋巴瘤通常见于髓外部位，具有血液或骨中的继发性事件。在2013年，估计有79,000例新发淋巴瘤病例。淋巴瘤是淋巴细胞的癌症，淋巴细胞是白细胞的一个类型。淋巴瘤分为霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤。在2013年预计有超过48,000例新的白血病病例。
在一些实施方式中，疾病或病症是选自以下的血液系统恶性肿瘤：白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤。
在一些实施方式中，可以将本文所述的方法用于治疗白血病。例如，患者(如人类)可能罹患淋巴细胞性或骨髓性起源的急性或慢性白血病，诸如但不限于：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；急性髓性白血病(AML)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；慢性髓性白血病(CML)；幼年型髓单核细胞性白血病(JMML)；毛细胞白血病(HCL)；急性早幼粒细胞白血病(AML的一个亚型)；大颗粒淋巴细胞性白血病；或成人T细胞慢性白血病。在一些实施方式中，患者罹患急性髓性白血病，例如未分化的AML(M0)；成髓性白血病(M1；有/无最小细胞成熟)；成髓性白血病(M2；具有细胞成熟)；早幼粒细胞白血病(M3或M3变型[M3V])；髓单核细胞性白血病(M4或M4变型，伴嗜酸性粒细胞增多症[M4E])；单核细胞性白血病(M5)；红白血病(M6)；或成巨核细胞性白血病(M7)。
在一个特定实施方式中，血液系统恶性肿瘤是淋巴瘤或者淋巴细胞或髓细胞增殖病症或异常。在一些实施方式中，淋巴瘤是非霍奇金氏淋巴瘤。在一些实施方式中，淋巴瘤是霍奇金氏淋巴瘤。
在一些方面中，本文所述的方法可以用于治疗患有非霍奇金氏淋巴瘤的患者(如人类)，诸如但不限于：AIDS相关的淋巴瘤；间变性大细胞淋巴瘤；血管免疫母细胞性淋巴瘤；成NK细胞淋巴瘤；伯基特氏淋巴瘤；伯基特样淋巴瘤(小型非裂解细胞淋巴瘤)；慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤；皮肤T细胞淋巴瘤；弥漫性大B细胞淋巴瘤；肠病型T细胞淋巴瘤；滤泡性淋巴瘤；肝脾γ-δT细胞淋巴瘤；成淋巴细胞淋巴瘤；套细胞淋巴瘤；边缘区淋巴瘤；鼻T细胞淋巴瘤；小儿淋巴瘤；外周T细胞淋巴瘤；原发性中枢神经系统淋巴瘤；T细胞白血病；转化的淋巴瘤；治疗相关的T细胞淋巴瘤；或者华氏巨球蛋白血症。
或者，本文所述的方法可以用于治疗患有霍奇金氏淋巴瘤的患者(如人类)，诸如但不限于：结节硬化型经典霍奇金氏淋巴瘤(CHL)；混合细胞型CHL；淋巴细胞耗竭的CHL；淋巴细胞富集的CHL；淋巴细胞为主的霍奇金氏淋巴瘤；或者结节性淋巴细胞为主的HL。
或者，本文所述的方法可以用于治疗患有特异性B细胞淋巴瘤或增殖性病症的患者(如人类)，诸如但不限于：多发性骨髓瘤；弥漫性大B细胞淋巴瘤；滤泡性淋巴瘤；粘膜相关淋巴组织淋巴瘤(MALT)；小细胞淋巴细胞性淋巴瘤；纵隔大B细胞淋巴瘤；淋巴结边缘区B细胞淋巴瘤(NMZL)；脾边缘区淋巴瘤(SMZL)；血管内大B细胞淋巴瘤；原发性积液性淋巴瘤；或淋巴瘤样肉芽肿病；B细胞幼淋巴细胞白血病；毛细胞白血病；脾淋巴瘤/白血病，无法分类的；脾弥漫性红髓性小B细胞淋巴瘤；毛细胞白血病变体；淋巴浆细胞性淋巴瘤；重链病，例如α型重链病、γ型重链病、μ型重链病；浆细胞骨髓瘤；骨的孤立性浆细胞瘤；骨外浆细胞瘤；原发性皮肤滤泡中心淋巴瘤；富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤；与慢性炎症相关的DLBCL；老年爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)+DLBCL；原发性纵膈(胸腺)大B细胞淋巴瘤；原发性皮肤DLBCL，腿型；ALK+大B细胞淋巴瘤；浆母细胞淋巴瘤；HHV8相关的多中心发生的大B细胞淋巴瘤；Castleman病；B细胞淋巴瘤，无法分类的，其特征介于弥漫性大B细胞淋巴瘤之间；或者B细胞淋巴瘤，无法分类的，其特征介于弥漫性大B细胞淋巴瘤和经典霍奇金氏淋巴瘤之间。
T细胞、B细胞和/或NK细胞的异常增殖能够导致多种癌症。可以用有效量的本文所述的TAA-L组合物治疗患有任何这些病症的宿主(例如，人类)，以减轻症状(姑息剂)或减少基础疾病(疾病改善剂)。
或者，本文所述的方法可以用于治疗患有血液系统恶性肿瘤的患者，例如但不限于T细胞或NK细胞淋巴瘤，例如但不限于：外周T细胞淋巴瘤；间变性大细胞淋巴瘤，例如间变性淋巴瘤激酶(ALK)阳性，ALK阴性间变性大细胞淋巴瘤或原发性皮肤间变性大细胞淋巴瘤；血管免疫母细胞淋巴瘤；皮肤T细胞淋巴瘤，例如蕈样肉芽肿病、塞泽里综合征、原发性皮肤间变性大细胞淋巴瘤、原发性皮肤CD30+T细胞淋巴增生性病症；原发性皮肤侵袭性向表皮性CD8+细胞毒性T细胞淋巴瘤；原发性γ-δT细胞淋巴瘤；原发性皮肤小/中CD4+T细胞淋巴瘤和淋巴瘤样丘疹；成人T细胞白血病/淋巴瘤(ATLL)；成NK细胞淋巴瘤；肠病型T细胞淋巴瘤；肝脾(hematosplenic)γ-δT细胞淋巴瘤；成淋巴细胞淋巴瘤；鼻NK/T细胞淋巴瘤；治疗相关的T细胞淋巴瘤；例如，实体器官或骨髓移植后出现的淋巴瘤；T细胞幼淋巴细胞白血病；T细胞大颗粒淋巴细胞性白血病；NK细胞的慢性淋巴细胞增殖性病症；侵袭性NK细胞白血病；儿童的系统性EBV+T细胞淋巴增殖性疾病(与慢性活动性EBV感染相关)；种痘水疱样淋巴瘤；成人T细胞白血病/淋巴瘤；肠病相关的T细胞淋巴瘤；肝脾T细胞淋巴瘤；或者皮下脂膜炎样T细胞淋巴瘤。
在一些实施方式中，本文公开的MUSTANG组合物用于在造血干细胞移植(HSCT)之前或之后治疗患有选择的造血系统恶性肿瘤的患者。在一些实施方式中，MUSTANG组合物用于在HSCT之后治疗患有选择的造血系统恶性肿瘤的患者。在一些实施方式中，MUSTANG组合物用于在HSCT之后至多约30、35、40、45或50天治疗患有选择的造血系统恶性肿瘤的患者。在一些实施方式中，MUSTANG组合物用于在HSCT后的期间内中性粒细胞植入后治疗患有选择的造血系统恶性肿瘤的患者。在一些实施方式中，MUSTANG组合物用于在HSCT之前(如HSCT之前一周、两周、三周或更多周)治疗患有选择的造血系统恶性肿瘤的患者。
在一些方面中，肿瘤是实体瘤。在一些实施方式中，实体瘤是Wilms肿瘤。在一些实施方式中，实体瘤是骨肉瘤。在一些实施方式中，实体瘤是尤因肉瘤。在一些实施方式中，实体瘤是神经母细胞瘤。在一些实施方式中，实体瘤是软组织肉瘤。在一些实施方式中，实体瘤是横纹肌肉瘤。
可以根据本发明治疗的肿瘤的非限制性实例包括但不限于听神经瘤、腺癌、肾上腺癌、肛门癌、血管肉瘤(例如，淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、血管肉瘤)、阑尾癌、良性单克隆丙种球蛋白病、胆道癌(例如，胆管癌)、膀胱癌、乳腺癌(例如，乳腺的腺癌、乳腺乳头状癌、乳腺癌(mammary cancer)、乳腺髓样癌、三阴乳腺癌、HER2阴性乳腺癌、HER2阳性乳腺癌、男性乳腺癌、晚期转移性乳腺癌、孕激素受体阴性乳腺癌、孕激素受体阳性乳腺癌、复发性乳腺癌)、脑癌(例如，脑膜瘤；神经胶质瘤，例如星形细胞瘤、少突胶质瘤；髓母细胞瘤)、支气管癌、类癌肿瘤、宫颈癌(例如，宫颈腺癌)、绒毛膜癌、脊索瘤、颅咽管瘤、结直肠癌(例如，结肠癌、直肠癌、结直肠腺癌)、上皮癌、室管膜瘤、内皮肉瘤(例如，卡波西氏肉瘤、多发性特发性出血性肉瘤)、子宫内膜癌(例如，子宫癌、子宫肉瘤)、食道癌(例如，食道腺癌、巴雷特氏腺癌)、尤因氏肉瘤、眼癌(例如，眼内黑色素瘤、视网膜母细胞瘤)、丝虫性高嗜酸性粒细胞增多症(familiar hypereosinophilia)、胆囊癌、胃癌(例如胃腺癌)、胃肠道间质肿瘤(GIST)、多形胶质母细胞瘤、头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌、口腔癌(例如，口腔鳞状细胞癌(OSCC)、咽喉癌(例如，喉癌、咽癌、鼻咽癌、口咽癌))、重链病(例如，α链病、γ链病、μ链病)、血管母细胞瘤、炎性肌纤维母细胞瘤、免疫细胞淀粉样变性病、肾癌(例如，肾母细胞瘤，又称Wilms肿瘤，肾细胞癌)、肝癌(例如，肝细胞癌(HCC)、恶性肝细胞瘤)、肺癌(例如，支气管癌、小细胞肺癌(SCLC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、肺腺癌)、平滑肌肉瘤(LMS)、肥大细胞增多症(例如，系统性肥大细胞增多症)、骨髓增生异常综合征(MDS)、间皮瘤、骨髓增生性病症(MPD)(例如，真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)、神经纤维瘤(例如，1型或2型神经纤维瘤病(NF)、神经鞘瘤)、神经内分泌癌(例如，胃肠胰腺神经内分泌肿瘤(GEP-NET)、类癌肿瘤)、骨肉瘤、卵巢癌(例如，囊腺癌、卵巢胚胎性癌、卵巢腺癌)、乳头状腺癌、胰腺癌(例如，胰腺腺癌、导管内乳头状粘液性肿瘤(IPMN)、胰岛细胞肿瘤)、阴茎癌(例如，阴茎和阴囊的佩吉特氏病)、松果体瘤、原始神经外胚层肿瘤(PNT)、前列腺癌(例如，前列腺腺癌)、直肠癌、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、皮肤癌(例如，鳞状细胞癌(SCC)、角膜棘皮瘤(KA)、黑色素瘤、基底细胞癌(BCC))、小肠癌(例如，阑尾癌)、软组织肉瘤(例如，恶性纤维组织细胞瘤(MFH)、脂肪肉瘤、恶性周围神经鞘瘤(MPNST)、软骨肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤)、皮脂腺癌、汗腺癌、滑膜瘤、睾丸癌(例如，精原细胞瘤、睾丸胚胎性癌)、甲状腺癌(例如，甲状腺乳头状癌、乳头状甲状腺癌(PTC)、甲状腺髓样癌)、尿道癌、阴道癌和外阴癌(例如，外阴佩吉特氏病)。
MUSTANG组合物的施用
用于施用过继性细胞疗法的细胞的方法是已知的，并且可以与所提供的方法和MUSTANG组合物结合使用。例如，在例如Gruenberg等的美国专利申请公开号2003/0170238；Rosenberg的美国专利号4,690,915；Rosenberg(2011)Nat Rev Clin Oncol.8(10):577-85中描述了过继性T细胞治疗的方法。参见例如，Themeli等，(2013)Nat Biotechnol.31(10):928-933；Tsukahara等，(2013)Biochem Biophys Res Commun 438(1):84-9；Davila等，(2013)PLoS ONE 8(4):e61338。
MUSTANG组合物的施用可以改变。在一个方面中，可以在初始施用MUSTANG组合物后以选自每1周、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周或更长时间一次的间隔向患者(如人类)施用MUSTANG组合物。在一个典型的实施方式中，以初始剂量施用MUSTANG组合物，然后每4周施用。在一些实施方式中，初始施用组合物后，可以将MUSTANG组合物重复施用1、2、3、4、5、6次或更多次。在一个典型的实施方式中，初始施用MUSTANG组合物后，再重复施用MUSTANG组合物多达10次。在一个替代的实施方式中，初始施用MUSTANG组合物后，重复施用MUSTANG组合物超过10次。
在一些实施方式中，在初始施用MUSTANG组合物之前，确定患者(例如，人类)恶性肿瘤或肿瘤的TAA表达谱。在一些实施方式中，在每次后续施用MUSTANG组合物之前，确定患者恶性肿瘤或肿瘤的TAA表达谱，从而允许选择以调整MUSTANG组合物。在一些实施方式中，随后施用的MUSTANG组合物保持与初始施用的相同。在一些实施方式中，根据患者恶性肿瘤或肿瘤TAA表达谱的变化改变随后施用的MUSTANG组合物。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物以药物组合物的形式向受试者施用，如包含细胞或细胞群体以及药学上可接受的载体或赋形剂的组合物。在一些实施方式中，药物组合物还包含其他药物活性剂或药物，如化学治疗剂，例如天冬酰胺酶、白消安、卡铂、顺铂、柔红霉素、阿霉素、氟尿嘧啶、吉西他滨、羟基脲、甲氨蝶呤、紫杉醇、利妥昔单抗、长春碱、长春新碱等。在一些实施方式中，以盐(例如，药学上可接受的盐)的形式施用药剂。适宜的药学上可接受的酸加成盐包括衍生自无机酸(如盐酸、氢溴酸、磷酸、偏磷酸、硝酸和硫酸)以及有机酸(如酒石酸、乙酸、柠檬酸、苹果酸、乳酸、富马酸、苯甲酸、乙醇酸、葡萄糖酸、琥珀酸和芳基磺酸，例如，对甲苯磺酸)的那些。
药物组合物中载体的选择可以部分地通过用于施用细胞组合物的特定方法来确定。因此，有多种适宜的制剂。例如，药物组合物可以含有防腐剂。适宜的防腐剂可以包括例如对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠和苯扎氯铵。在一些方面中，使用两种或更多种防腐剂的混合物。防腐剂或其混合物通常以占组合物总重量约0.0001％至约2％的量存在。
此外，在一些方面中，在组合物中包含缓冲剂。适宜的缓冲剂包括例如柠檬酸、柠檬酸钠、磷酸、磷酸钾和各种其他酸和盐。在一些方面中，使用两种或更多种缓冲剂的混合物。缓冲剂或其混合物通常以占组合物总重量约0.001％至约4％的量存在。用于制备可施用的药物组合物的方法是已知的。例如，在Remington:The Science and Practice ofPharmacy,Lippincott Williams&Wilkins第21版(2005年05月01日)中更详细地描述了示例性方法。
在一些实施方式中，以有效治疗或预防疾病或病况的量将MUSTANG组合物包含在药物组合物中，如治疗有效量或预防有效量。因而，在一些实施方式中，施用方法包括以有效量施用MUSTANG组合物。在一些实施方式中，通过定期评估治疗的受试者监测治疗或预防功效。对于在几天或更长时间的重复施用，取决于病况，重复进行治疗直至出现所需疾病症状抑制。然而，其他剂量方案可能是有用的，并且能够确定。可以通过单次推注施用组合物，通过多次推注施用组合物，或者通过连续输注施用组合物来递送所需剂量。
在一些实施方式中，以所需剂量施用MUSTANG组合物，其在一些方面中包括所需剂量或数量的细胞和/或所需比例的T细胞亚群。因而，在一些实施方式中，细胞的剂量基于细胞总数(或每m2体表面积或每kg体重的数量)和单个群体或亚型的所需比例。在一些实施方式中，细胞剂量基于单个群体或单个细胞类型中的所需细胞总数(或每m2体表面积或每kg体重的数量)。在一些实施方式中，剂量基于此类特征的组合，如所需的总细胞数、所需的比例和单个群体中所需的细胞总数。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物以所需的总细胞剂量(如所需的T细胞剂量)的容许差异或在其内施用。在一些方面中，所需剂量是所需细胞数、所要施用细胞的受试者的每单位体表面积的所需细胞数或每单位体重的所需细胞数，例如，细胞/m2或细胞/kg。在一些方面中，所需剂量处于或高于最低细胞数或者每单位体表面积或体重的最低细胞数。在一些方面中，在以所需剂量施用的总细胞中，单个群体或亚型以本文所述的所需输出比例或接近所需输出比例存在，例如在该比例的一定容许差异或误差内。
在一些实施方式中，以所需剂量的容许差异或在容许差异之内施用细胞。在一些方面中，所需剂量是所需细胞数，所要施用细胞的受试者的每单位体表面积或体重的所需此类细胞的数量，例如，细胞/m2或细胞/kg。在一些方面中，所需剂量处于或高于该群体的最低细胞数量或者每单位体表面积或体重的该群体的最低细胞数量。
因而，在一些实施方式中，剂量基于所需固定剂量的总细胞和所需比例，和/或基于所需固定剂量的两种或更多种(例如，每种)单个T细胞亚群。因而，在一些实施方式中，剂量基于T细胞亚群的所需固定或最小剂量及其所需比例。
在某些实施方式中，以约100万至约1000亿个细胞的范围向受试者施用MUSTANG组合物，诸如，例如100万至约500亿个细胞(例如，约500万个细胞、约2500万个细胞、约5亿个细胞、约10亿个细胞、约50亿个细胞、约200亿个细胞、约300亿个细胞、约400亿个细胞，或者由前述值中任意两个值定义的范围)，诸如约1千万至约1000亿个细胞(例如，约2000万个细胞、约3000万个细胞、约4000万个细胞、约6000万个细胞、约7000万个细胞、约8000万个细胞、约9000万个细胞、约100亿个细胞、约250亿个细胞、约500亿个细胞、约750亿个细胞、约900亿个细胞，或者由前述值中任意两个值定义的范围)，以及在一些情况下，约1亿个细胞至约500亿个细胞(例如，约1.2亿个细胞、约2.5亿个细胞、约3.5亿个细胞、约4.5亿个细胞、约6.5亿个细胞、约8亿个细胞、约9亿个细胞、约30亿个细胞、约300亿个细胞、约450亿个细胞)或者这些范围之间的任何值。
在一些实施方式中，总细胞剂量和/或细胞的单个T细胞亚群的剂量在104个或约104个至109个或约109个细胞/米2(m2)体表面积之间的范围内，如在105至106个细胞/m2体表面积之间，例如，在或约1×105个细胞/m2、1.5×105个细胞/m2、2×105个细胞/m2或1×106个细胞/m2体表面积。例如，在一些实施方式中，以104或约104至109或约109个T细胞/米2(m2)体表面积或在其一定误差范围内施用细胞，如在105至106个T细胞/米2(m2)体表面积之间，例如，在或约1×105个T细胞/m2、1.5×105个T细胞/m2、2×105个T细胞/m2或1×106个T细胞/m2体表面积。
在一些实施方式中，以104或约104至109或约109个细胞/米2(m2)体重或在其一定误差范围内施用细胞，如在105至106个细胞/m2体重之间，例如，在或约1×105个细胞/m2、1.5×105个细胞/m2、2×105个细胞/m2或1×106个细胞/m2体表面积。
产品发布(Release)测试和T细胞亚群的表征
在输注之前，可以对MUSTANG组合物进行安全性和发布测试表征。产品发布测试(也称为批量或批次发布测试)是药物物质和药物产品质量控制过程的重要步骤。该测试验证T细胞亚群和/或MUSTANG组合物符合预先确定的一组规格集。T细胞亚群和MUSTANG组合物预先确定的发布规格包括确认细胞产品>70％存活，内毒素<5.0EU/ml，需氧、厌氧、真菌病原体和支原体阴性，并对同种异体PHA母细胞缺乏反应性(例如，对PHA母细胞的裂解小于10％)。MUSTANG组合物的表型可以根据清除的要求确定以在一个非限制性实施方式中包含<2％的树突状细胞和<2％的B细胞。还确认了MUSTANG组合物和供体之间的HLA身份。
可以通过干扰素γ酶联免疫斑点(IFNγELISpot)测定检测T细胞亚群的抗原特异性。也可以将其他细胞因子用于测量抗原特异性，包括TNFα和IL-4。以1:2的E/T比例将预先刺激的效应细胞与用目标TAA脉冲处理的靶细胞在96孔板(使用抗IFNγ抗体预先孵育)中孵育。将其与无TAA对照(不用于产生T细胞的无关肽)和作为阳性对照的SEB进行比较。洗涤后，将板与生物素化的抗IFNγ抗体一起孵育。通过与链霉亲和素偶联的碱性磷酸酶和底物一起孵育来检测斑点。使用自动酶标仪对形成斑点的细胞(SFC)进行计数和评价。
可以通过用抗CD3、CD4、CD8、CD45、CD19、CD16、CD56、CD14、CD45、CD83、HLA-DR、TCRαβ、TCRγδ进行细胞外抗体染色来确定MUSTANG组合物的表型，并在流式细胞仪上进行分析。可以将膜联蛋白-V和PI抗体用为存活力对照，并使用FlowJo流式细胞术软件(Treestar,Ashland,OR,USA)分析数据。
可以通过51铬(51Cr)和铕(Eu)释放细胞毒性测定评价T细胞亚群的裂解能力，以检测T细胞亚群和MUSTANG组合物对靶细胞的识别和裂解。
通常，可以以例如40:1、20:1、10:1和5:1的效应-靶比例针对51Cr标记的靶细胞检测活化的致敏T细胞(效应细胞)。可以通过在γ计数器上测量释放到上清液中的51Cr来确定细胞溶解活性。通过单独孵育靶细胞来评估自发释放，并通过添加1％Triton X-100来评估最大裂解。特异性裂解计算为：特异性裂解(％)＝(实验释放-自发释放)/(最大释放-自发释放)x 100。
还可以将铕释放测定用于测量T细胞亚群和MUSTANG组合物的裂解能力。这是常规铬-51(51Cr)释放测定的一种非放射性替代方法，其工作原理与放射性测定相同。靶细胞首先加载BATDA的乙酰氧基甲基酯。配体迅速穿透细胞膜。在细胞内，酯键被水解以形成亲水配体(TDA)，该配体不再穿过细胞膜。如果细胞被效应细胞裂解，则TDA释放到细胞外进入上清液中。将铕溶液添加到上清液中后，铕能够与释放的TDA形成高度荧光和稳定的螯合物(EuTDA)。在细胞毒性测定中，测得的荧光信号与裂解细胞数量直接相关。特异性裂解计算为：特异性裂解(％)＝(实验释放-自发释放)/(最大释放-自发释放)x 100。
监测
施用细胞后，在一些实施方式中，例如通过多种已知方法的任何一种测量所施用细胞群体的生物学活性。评估的参数包括T细胞或其他免疫细胞与抗原在体内(例如通过成像)或者离体(例如通过ELISA或流式细胞术)的特异性结合。在某些实施方式中，可以使用本领域公知的任何适宜方法测量施用的细胞破坏靶细胞的能力，如在例如，Kochenderfer等，J.Immunotherapy,32(7):689-702(2009)，和Herman等，J.Immunological Methods,285(1):25-40(2004)中描述的细胞毒性测定，其均通过引用并入本文。在某些实施方式中，通过测定一种或多种细胞因子(如IFNγ、IL-2和TNF)的表达和/或分泌测量细胞的生物活性。在一些方面中，通过评估临床结果(如肿瘤负荷或负载的降低情况)测量生物活性。
联合疗法
在本发明的一个方面中，本文公开的MUSTANG组合物可以与另一种治疗方案有利地联合施用以产生有益、累加或协同作用。
在一些实施方式中，MUSTANG组合物与另一种疗法联合施用以治疗血液系统恶性肿瘤。在一些实施方式中，MUSTANG组合物与另一种疗法联合施用以治疗实体瘤。第二种疗法可以是药物或生物制剂(例如抗体)，以提高联合或协同治疗的功效。
在一些实施方式中，另外的疗法是单克隆抗体(MAb)。一些Mab刺激破坏肿瘤细胞的免疫应答。与B细胞天然产生的抗体相似，这些MAb“包被”肿瘤细胞表面，触发其被免疫系统破坏。FDA批准的这种类型的MAb包括靶向在非霍奇金氏淋巴瘤细胞上发现的CD20抗原的利妥昔单抗和靶向在B细胞慢性淋巴细胞白血病(CLL)细胞上发现的CD52抗原的阿仑单抗。利妥昔单抗还可以直接触发细胞死亡(凋亡)。另一组MAb通过与免疫细胞表面上的受体结合并抑制阻止免疫细胞攻击人体自身组织(包括肿瘤细胞)的信号来刺激抗肿瘤免疫应答。其他MAb干扰肿瘤生长所必需的蛋白质的作用。例如，贝伐单抗靶向血管内皮生长因子(VEGF)，这是由肿瘤微环境中的肿瘤细胞和其他细胞分泌的蛋白质，其促进肿瘤血管的发育。当与贝伐单抗结合时，VEGF不能与其细胞受体相互作用，从而阻止导致新血管生长的信号传导。类似地，西妥昔单抗和帕尼单抗靶向表皮生长因子受体(EGFR)。与细胞表面生长因子受体结合的MAb阻止靶向的受体发送其正常的促生长信号。其还可以触发凋亡并激活免疫系统以破坏肿瘤细胞。另一组肿瘤治疗性MAb是免疫缀合物。这些MAb(有时称为免疫毒素或抗体-药物缀合物)由附接至细胞杀伤物质(如植物或细菌毒素)、化疗药或放射性分子的抗体组成。抗体栓锁在肿瘤细胞表面上的其特异性抗原上，并且细胞杀伤物质被细胞摄取。FDA批准的以这种方式工作的缀合的MAb包括90Y-替伊莫单抗(ibritumomab tiuxetan)，其靶向CD20抗原以将放射性钇-90递送至B细胞非霍奇金淋巴瘤细胞；131I-托西莫单抗(tositumomab)，其靶向CD20抗原以将放射性131I递送至非霍奇金淋巴瘤细胞。
在一些实施方式中，另外的药剂是免疫检查点抑制剂(ICI)，例如，但不限于PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂、PD-L2抑制剂、CTLA-4抑制剂、LAG-3抑制剂、TIM-3抑制剂和T细胞激活V结构域Ig抑制物(VISTA)的抑制剂或其组合。
在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是PD-1抑制剂，其通过与PD-1受体结合来阻断PD-1与PD-L1的相互作用，进而抑制免疫抑制。在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是选自以下的PD-1免疫检查点抑制剂：纳武单抗
Figure BDA0002894249000003251
派姆单抗
Figure BDA0002894249000003252
pidilizumab、AMP-224(AstraZeneca and MedImmune)、PF-06801591(Pfizer)、MEDI0680(AstraZeneca)、PDR001(Novartis)、REGN2810(Regeneron)、MGA012(MacroGenics)、BGB-A317(BeiGene)、SHR-12-1(江苏恒瑞医药股份有限公司和IncyteCorporation)、TSR-042(Tesaro)和PD-L1/VISTA抑制剂CA-170(Curis Inc.)。
在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是以有效量施用以治疗霍奇金氏淋巴瘤的PD-1免疫检查点抑制剂纳武单抗
Figure BDA0002894249000003253
在本实施方式的另一个方面中，免疫检查点抑制剂是以有效量施用的PD-1免疫检查点抑制剂派姆单抗
Figure BDA0002894249000003261
在本实施方式的其他方面中，免疫检查点抑制剂是以有效量施用以用于难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的PD-1免疫检查点抑制剂pidilizumab(Medivation)。
在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是PD-L1抑制剂，其通过与PD-L1受体结合来阻断PD-1与PD-L1的相互作用，进而抑制免疫抑制。PD-L1抑制剂包括但不限于阿特朱单抗、德瓦鲁单抗、KN035CA-170(Curis Inc.)和LY3300054(Eli Lilly)。
在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是以有效量施用的PD-L1免疫检查点抑制剂阿特朱单抗
Figure BDA0002894249000003262
在本实施方式的另一个方面中，免疫检查点抑制剂是以有效量施用的德瓦鲁单抗(AstraZeneca and MedImmune)。在实施方式的又一个方面中，免疫检查点抑制剂是KN035(Αmab)。PD-L1免疫检查点抑制剂的其他实例是BMS-936559(Bristol-Myers Squibb)，但该抑制剂的临床试验已于2015年暂停。
在该实施方式的一个方面中，免疫检查点抑制剂是CTLA-4免疫检查点抑制剂，其与CTLA-4结合并抑制免疫抑制。CTLA-4抑制剂包括但不限于伊匹单抗、tremelimumab(AstraZeneca and MedImmune)、AGEN1884和AGEN2041(Agenus)。
在一些实施方式中，CTLA-4免疫检查点抑制剂是以有效量施用的伊匹单抗
Figure BDA0002894249000003263
在另一个实施方式中，免疫检查点抑制剂是LAG-3免疫检查点抑制剂。LAG-3免疫检查点抑制剂的实例包括但不限于BMS-986016(Bristol-Myers Squibb)、GSK2831781(GlaxoSmithKline)、IMP321(Prima BioMed)、LAG525(Novartis)以及双重PD-1和LAG-3抑制剂MGD013(MacroGenics)。在实施方式的又一个方面中，免疫检查点抑制剂是TIM-3免疫检查点抑制剂。特异性TIM-3抑制剂包括但不限于TSR-022(Tesaro)。
用于与本文所述的发明联用的其他免疫检查点抑制剂包括但不限于B7-H3/CD276免疫检查点抑制剂如MGA217、吲哚胺2,3-双加氧酶(IDO)免疫检查点抑制剂如Indoximod和INCB024360、杀伤性免疫球蛋白样受体(KIR)免疫检查点抑制剂如Lirilumab(BMS-986015)、癌胚抗原细胞粘附分子(CEACAM)抑制剂(例如，CEACAM-1、-3和/或-5)。在WO2010/125571、WO 2013/082366和WO 2014/022332中描述了示例性抗-CEACAM-1抗体，例如单克隆抗体34B1、26H7和5F4；或其重组形式，如在例如US 2004/0047858、美国专利号7,132,255和WO 99/052552中所描述的。在其他实施方式中，抗CEACAM抗体与CEACAM-5结合，如在例如Zheng等，PLoS One.2010年9月2日；5(9).pii:e12529(DOI:10:1371/journal.pone.0021146)中所描述的，或者与CEACAM-1和CEACAM-5交叉反应，如在例如WO2013/054331和US 2014/0271618中所描述的。再其他的检查点抑制剂可以是针对B和T淋巴细胞弱化因子分子(BTLA)的分子，例如，如在Zhang等，Monoclonal antibodies to B andT lymphocyte attenuator(BTLA)have no effect on in vitro B cell proliferationand act to inhibit in vitro T cell proliferation when presented in a cis,butnot trans,format relative to the activating stimulus,Clin Exp Immunol.2011Jan；163(1):77–87中所描述的。
可以用于与本文所述的MUSTANG组合物联用的目前的化学治疗药物包括用于治疗AML的那些，包括阿糖胞苷(胞嘧啶阿拉伯糖苷或ara-C)和蒽环类药物(如柔红霉素/道诺霉素、伊达比星和米托蒽醌)。可以用于治疗AML的一些其他化疗药包括：克拉屈滨(
Figure BDA0002894249000003271
2-CdA)、氟达拉滨
Figure BDA0002894249000003272
拓扑替康、依托泊苷(VP-16)、6-硫鸟嘌呤(6-TG)、羟基脲
Figure BDA0002894249000003273
皮质类固醇药物，如强的松或地塞米松
Figure BDA0002894249000003274
甲氨蝶呤(MTX)、6-巯基嘌呤(6-MP)、阿扎胞苷
Figure BDA0002894249000003275
地西他滨
Figure BDA0002894249000003276
其他药物包括达沙替尼和检查点抑制剂，如纳武单抗、派姆单抗和阿特朱单抗。
可以用于与本文所述的MUSTANG组合物联用的目前的化学治疗药物包括用于CLL和其他淋巴瘤的那些，包括：嘌呤类似物，如氟达拉滨
Figure BDA0002894249000003281
喷司他丁
Figure BDA0002894249000003282
和克拉屈滨(2-CdA，
Figure BDA0002894249000003283
)，以及烷化剂，其包括苯丁酸氮芥
Figure BDA0002894249000003284
和环磷酰胺
Figure BDA0002894249000003285
和苯达莫司汀
Figure BDA0002894249000003286
有时用于CLL的其他药物包括阿霉素
Figure BDA0002894249000003287
甲氨蝶呤、奥沙利铂、长春新碱
Figure BDA0002894249000003288
依托泊苷(VP-16)和阿糖胞苷(ara-C)。其他药物包括利妥昔单抗(Rituxan)、奥滨尤妥珠单抗(GazyvaTM)、奥法木单抗
Figure BDA0002894249000003289
阿仑单抗
Figure BDA00028942490000032810
和依鲁替尼(ImbruvicaTM)。
可以用于与本文所述的MUSTANG组合物联用的目前的化学治疗药物包括用于CML的那些，包括：干扰素、伊马替尼(Gleevec)、化疗药羟基脲
Figure BDA00028942490000032811
阿糖胞苷(Ara-C)、白消安、环磷酰胺
Figure BDA00028942490000032812
和长春新碱
Figure BDA00028942490000032813
高三尖杉酯碱
Figure BDA00028942490000032814
是一种化疗药，其已被批准用于治疗对目前正在使用的一些TKI具有抗性的CML。
可以用于与本文所述的MUSTANG组合物联用的目前的化学治疗药物包括用于CMML的那些，例如，地拉罗司
Figure BDA00028942490000032815
阿糖胞苷联用伊达比星、阿糖胞苷联用拓扑替康、及阿糖胞苷联用氟达拉滨、羟基脲(羟基氨基甲酸酯，
Figure BDA00028942490000032816
)、氮杂胞苷
Figure BDA00028942490000032817
和地西他滨
Figure BDA00028942490000032818
可以用于与本文所述的MUSTANG组合物联用的目前的化学治疗药物包括用于多发性骨髓瘤的那些，包括泊马利度胺
Figure BDA00028942490000032819
卡非佐米(KyprolisTM)、依维莫司
Figure BDA00028942490000032820
地塞米松(Decadron)、泼尼松和甲泼尼龙
Figure BDA00028942490000032821
和氢化可的松。
可以用于与本文所述的MUSTANG组合物联用的目前的化学治疗药物包括用于霍奇金氏病的那些，包括本妥昔单抗(AdcetrisTM)：抗CD-30、利妥昔单抗、
Figure BDA00028942490000032822
(多柔比星)、博来霉素、长春碱、达卡巴嗪(DTIC)。
可以用于与本文所述的MUSTANG组合物联用的目前的化学治疗药物包括用于非霍奇金氏病的那些，包括利妥昔单抗
Figure BDA0002894249000003291
替伊莫单抗
Figure BDA0002894249000003292
托西莫单抗
Figure BDA0002894249000003293
阿仑单抗
Figure BDA0002894249000003294
(CD52抗原)、奥法木单抗
Figure BDA0002894249000003295
本妥昔单抗
Figure BDA0002894249000003296
和来那度胺
Figure BDA0002894249000003297
可以用于与本文所述的MUSTANG组合物联用的目前的化学治疗药物包括用于以下的那些：
B细胞淋巴瘤，例如：
弥漫性大B细胞淋巴瘤：CHOP(环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松)，加单克隆抗体利妥昔单抗(Rituxan)。该方案称为R-CHOP，通常给予约6个月。
原发性纵膈B细胞淋巴瘤：R-CHOP。
滤泡性淋巴瘤：与化疗联用的利妥昔单抗(Rituxan)，使用单一化疗药(如苯达莫司汀或氟达拉滨)或者药物的组合，如CHOP或CVP(环磷酰胺、长春新碱、泼尼松方案)。放射性单克隆抗体替伊莫单抗(Zevalin)和托西莫单抗(Bexxar)也是可能的治疗选择。对于可能无法耐受更强的化疗方案的患者，单独的利妥昔单抗，更温和的化疗药(如苯丁酸氮芥或环磷酰胺)。
慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞淋巴瘤：R-CHOP。
套细胞淋巴瘤：氟达拉滨、克拉屈滨或喷司他丁；硼替佐米(Velcade)和来那度胺(Revlimid)和依鲁替尼(Imbruvica)。
淋巴结外边缘区B细胞淋巴瘤-粘膜相关淋巴样组织(MALT)淋巴瘤：利妥昔单抗；苯丁酸氮芥或氟达拉滨或组合如CVP，通常与利妥昔单抗一起。
淋巴结边缘区B细胞淋巴瘤：与化疗联用的利妥昔单抗(Rituxan)，使用单一化疗药(如苯达莫司汀或氟达拉滨)或者药物的组合，如CHOP或CVP(环磷酰胺、长春新碱、泼尼松方案)。放射性单克隆抗体替伊莫单抗(Zevalin)和托西莫单抗(Bexxar)也是可能的治疗选择。对于可能无法耐受更强的化疗方案的患者，仅使用利妥昔单抗，更温和的化疗药(如苯丁酸氮芥或环磷酰胺)。
脾边缘区B细胞淋巴瘤：利妥昔单抗；伴丙型肝炎的患者-抗病毒药。
伯基特淋巴瘤：甲氨蝶呤；高-CVAD-环磷酰胺、长春新碱、多柔比星(也称为阿霉素)和地塞米松。疗程B由甲氨蝶呤和阿糖胞苷组成；CODOX-M-环磷酰胺、阿霉素、大剂量甲氨蝶呤/异环磷酰胺、依托泊苷和大剂量阿糖胞苷；依托泊苷、长春新碱、阿霉素、环磷酰胺和泼尼松(EPOCH)
淋巴浆细胞性淋巴瘤-利妥昔单抗。
毛细胞白血病-克拉屈滨(2-CdA)或喷司他丁；利妥昔单抗；干扰素-α
T细胞淋巴瘤，例如：
前体T淋巴母细胞淋巴瘤/白血病-环磷酰胺、多柔比星(阿霉素)、长春新碱、L-天冬酰胺酶、甲氨蝶呤、泼尼松，以及有时阿糖胞苷(ara-C)。由于存在扩散到脑和脊髓的风险，因而也向脊髓液中给予诸如甲氨蝶呤的化疗药。
皮肤淋巴瘤：吉西他滨脂质体阿霉素(Doxil)；甲氨蝶呤；苯丁酸氮芥；环磷酰胺；喷司他汀；依托泊苷；替莫唑胺；普拉曲沙；R-CHOP。
血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤：泼尼松或地塞米松。
淋巴结外自然杀伤/T细胞淋巴瘤，鼻型：CHOP。
间变性大细胞淋巴瘤：CHOP；普拉曲沙(Folotyn)，靶向药物，如硼替佐米(Velcade)或罗米地辛(Istodax)，或免疫治疗药物，如阿仑单抗(Campath)和地尼白介素(denileukin diftitox)(Ontak)。
原发性中枢神经系统(CNS)淋巴瘤-甲氨蝶呤；利妥昔单抗。
适宜化学治疗剂的更一般的列表包括但不限于放射性分子、毒素，也称为细胞毒素或细胞毒性剂，其包括对细胞存活力有害的任何药剂，含有化学治疗化合物的药剂和脂质体或其他囊泡。适宜化学治疗剂的实例包括但不限于1-脱氢睾酮、5-氟尿嘧啶达卡巴嗪、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、放线菌素D、阿霉素、阿地白介素、烷化剂、别嘌醇钠、六甲蜜胺、氨磷汀、阿那曲唑、蒽霉素(AMC)、抗有丝分裂剂、顺二氯二胺铂(II)(DDP)顺铂、二氨基二氯铂、蒽环类抗生素、抗生素、antis、天冬酰胺酶、BCG live(膀胱内)、倍他米松磷酸钠和醋酸倍他米松、比卡鲁胺、硫酸博来霉素、白消安、甲酰四氢叶酸钙、刺孢霉素、卡培他滨、卡铂、洛莫司汀(CCNU)、卡莫司汀(BSNU)、苯丁酸氮芥、顺铂、克拉屈滨、秋水仙碱、缀合的雌激素、环磷酰胺、环磷酰胺(cyclothosphamide)、阿糖胞苷、爱力生、细胞松弛素B、癌得星、达卡巴嗪、更生霉素(Dactinomycin)、放线菌素D(dactinomycin)(此前称为放线菌素)、盐酸柔红霉素、柠檬酸柔红霉素、地尼白介素(denileukin diftitox)、右雷佐生、二溴甘露醇、二羟基蒽醌二酮、多西他赛、多拉西坦甲磺酸盐、盐酸阿霉素、屈大麻酚、大肠杆菌L-天冬酰胺酶、依美丁、依泊汀-α、欧文氏菌L-天冬酰胺酶、酯化雌激素、雌二醇、雌莫司汀磷酸钠、溴化乙锭、乙炔雌二醇、依替膦酸、依托泊苷citrororum因子、磷酸依托泊苷、非格司亭、氟尿苷、氟康唑，氟达拉滨磷酸盐、氟尿嘧啶、氟他胺、亚叶酸、盐酸吉西他滨、糖皮质激素、醋酸戈舍瑞林、短杆菌素D、盐酸格拉司琼、羟基脲、盐酸伊达比星、异环磷酰胺、干扰素α-2b、盐酸伊立替康、来曲唑、甲酰四氢叶酸钙、醋酸亮丙瑞林、盐酸左旋咪唑、利多卡因、洛莫司汀、类美坦素、盐酸二氯甲基二乙胺、醋酸甲羟孕酮、醋酸甲地孕酮、盐酸美法仑、巯基嘌呤、美司钠、甲氨蝶呤、甲基睾酮、光神霉素、丝裂霉素C、米托坦、米托蒽醌、尼鲁米特、醋酸奥曲肽、盐酸昂丹司琼、紫杉醇、帕米膦酸二钠、喷司他丁、盐酸匹鲁卡品、plimycin、聚苯丙生20与卡莫司汀植入物、卟吩姆钠、普鲁卡因、盐酸甲基苄肼、普萘洛尔、利妥昔单抗、沙格司亭、链脲霉素、他莫西芬、紫杉醇、替尼泊苷、替诺泊甙(tenoposide)、睾内酯、丁卡因、噻替派苯丁酸氮芥、硫鸟嘌呤、噻替派、盐酸拓扑替康、柠檬酸托瑞米芬、曲妥珠单抗、维甲酸、戊柔比星、硫酸长春花碱、硫酸长春新碱和酒石酸长春瑞滨。
可与本文公开的MUSTANG组合物联合施用的其他治疗剂可以包括贝伐单抗、舒尼替尼、索拉非尼、2-甲氧基雌二醇、芬那酯(finasunate)、瓦他拉尼、凡德他尼、阿柏西普、伏洛西单抗、依他西单抗、西仑吉肽、厄洛替尼、西妥昔单抗、帕尼单抗、吉非替尼、曲妥珠单抗、阿塞西普、利妥昔单抗、阿仑单抗、阿地白介素(aldesleukine)、阿利珠单抗、托珠单抗、替西罗莫司、依维莫司、卢卡单抗、达沙珠单抗、阿替莫德、那他珠单抗、硼替佐米、卡非佐米、马利佐米、坦西霉素、甲磺酸沙奎那韦、利托那韦、甲磺酸奈非那韦、硫酸茚地那韦、贝利司他、泛比司他、马帕木单抗、来沙木单抗、奥利默森(oblimersen)、plitidepsin、他匹莫德、恩扎他林、替吡法尼、哌立福新、伊马替尼、达沙替尼、来那度胺、沙利度胺、辛伐他汀和塞来昔布。
在本发明的一个方面中，本文公开的MUSTANG组合物与至少一种免疫抑制剂联合施用。免疫抑制剂可以选自以下：钙调磷酸酶抑制剂，例如环孢菌素或子囊霉素，例如环孢菌素A
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他克莫司，mTOR抑制剂，例如雷帕霉素或其衍生物，例如，西罗莫司
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依维莫司
Figure BDA0002894249000003323
替西罗莫司、biolimus-7、biolimus-9、雷帕霉素类似物(rapalog)，例如硫唑嘌呤、喜树碱1H，S1P受体调节剂，例如芬戈莫德或其类似物，抗IL-8抗体，霉酚酸或其盐，例如钠盐，或其前药，例如霉酚酸酯
Figure BDA0002894249000003324
OKT3(RTHOCLONE
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)，泼尼松，
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Figure BDA0002894249000003327
布喹那钠，15-脱氧精胍菌素，曲培莫司，来氟米特
Figure BDA0002894249000003328
抗CD25，抗IL2R，巴利昔单抗
Figure BDA0002894249000003329
达克珠单抗
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咪唑立宾，甲氨蝶呤，地塞米松，吡美莫司
Figure BDA00028942490000033211
阿巴西普，贝拉西普，依那西普
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阿达木单抗
Figure BDA00028942490000033213
英夫利昔单抗
Figure BDA00028942490000033214
抗LFA-1抗体，那他珠单抗
Figure BDA00028942490000033215
恩莫单抗，ABX-CBL，抗胸腺细胞免疫球蛋白，西普利单抗和依法珠单抗。
在本发明的一个方面中，本文公开的MUSTANG组合物可以与至少一种抗炎剂联合施用。抗炎剂可以是甾体抗炎剂、非甾体抗炎剂或其组合。在一些实施方式中，抗炎药包括但不限于阿氯芬酸、二丙酸阿氯米松、丙缩阿尔孕酮、α淀粉酶、安西法尔、阿米那非、氨芬酸钠、盐酸氨普立糖、阿那白滞素、阿尼罗酸、阿尼扎芬、阿帕宗、巴沙拉嗪二钠、苯达沙克、贝诺沙芬、盐酸苄达明、菠萝蛋白酶、溴哌莫、布地奈德、卡洛芬、环丙洛芬、辛喷他宗、克利洛芬、丙酸氯倍他索、丁酸氯倍他松、氯吡酸、丙酸氯硫卡松、醋酸可米松、可托多松、地夫可特、地奈德、去羟米松、双丙酸地塞米松、双氯芬酸钾、双氯芬酸钠、双醋酸双氟拉松、二氟米酮钠、二氟尼柳、二氟泼尼酯、地弗他酮、二甲亚砜、羟西奈德、甲地松、恩莫单抗、依诺利康钠、依匹唑、依托度酸、依托芬那酯、联苯乙酸、非那莫、芬布芬、芬氯酸、苯克洛酸、芬多沙尔、奋匹帕隆、芬替酸、夫拉扎酮、氟扎可特、氟芬那酸、氟鲁咪唑、醋酸氟尼缩松、氟尼辛、氟尼辛葡甲胺、氟考丁酯、醋酸氟米龙、氟喹宗、氟比洛芬、氟瑞托芬、丙酸氟替卡松、呋喃洛芬、呋罗布芬、哈西奈德、丙酸卤倍他索、醋酸卤泼尼松、异丁芬酸、布洛芬、布洛芬铝、皮考布洛芬、伊洛达普、吲哚美辛、吲哚美辛钠、吲哚洛芬、吲哚克索、吲四唑、醋酸异氟泼尼龙、伊索克酸、伊索昔康、酮洛芬、盐酸洛非咪唑、氯诺昔康、依碳酸氯替泼诺、甲氯芬那酸钠、甲氯芬那酸、二丁酸甲氯松、甲灭酸、氨水杨酸、美西拉宗、磺庚酸甲泼尼龙、莫尼氟酯、萘丁美酮、萘普生、萘普生钠、萘普索、尼玛宗、奥沙拉嗪钠、奥克丁、奥帕诺辛、奥沙普嗪、羟基保泰松、盐酸瑞尼托林、戊聚硫钠、苯丁氮酮甘油酸钠、吡非尼酮、吡罗昔康、肉桂酸吡罗昔康、吡罗昔康油胺、吡洛芬、泼那扎特、普立非酮、普罗度酸、普罗喹宗、普罗沙唑、柠檬酸普罗沙唑、利美索龙、氯马扎利、柳胆来司、沙那西定、双水杨酯、血根氯铵、司克拉宗、丝美辛、舒多昔康、舒林酸、舒洛芬、他美辛、他尼氟酯、他洛柳酯、特丁非隆、替尼达普、替尼达普钠、替诺昔康、替昔康、替西米特、四氢甲吲胺、硫平酸、新戊酸替可的松、托美汀、托美汀钠、三氯奈德、三氟甲酸酯、齐朵菌素、佐美酸钠、阿司匹林(乙酰水杨酸)、水杨酸、皮质类固醇、糖皮质激素、他可莫司、吡美莫司，及其前药、其共药和其组合。
在本发明的一个方面中，可以将本文所述的MUSTANG组合物与至少一种免疫调节剂联合施用。
制备MUSTANG组合物的方法
可以使用本领域中任何公知的方法或如本文所述的来产生对单一TAA具有特异性的T细胞亚群，以将其组合成本文所述的用于治疗施用的MUSTANG组合物。可以通过本领域中任何公知的方法或如本文所述的方法来产生识别肿瘤抗原的至少一个表位的活化的T细胞亚群。产生识别肿瘤抗原的至少一个表位的活化的T细胞亚群的非限制性示例性方法可以参见例如Shafer等，Leuk Lymphoma(2010)51(5):870-880；Cruz等，Clin Cancer Res.,(2011)17(22):7058-7066；Quintarelli等，Blood(2011)117(12):3353-3362；和Chapuis等，Sci Transl Med(2013)5(174):174ra27，均通过引用并入本文。
通常，产生本发明的MUSTANG组合物的T细胞亚群可以涉及(i)收集来自供体的外周血单核细胞产物；(ii)确定单核细胞产物的HLA亚型；(iii)从单核细胞产物分离单核细胞和淋巴细胞；(iv)从单核细胞产生树突状细胞(DC)和使其成熟；(v)使用TAA脉冲处理DC；(vi)任选地进行CD45RA+选择，以分离初始淋巴细胞；(vii)在存在细胞因子混合物的情况下，使用肽脉冲处理的DC刺激初始淋巴细胞；(viii)在存在细胞因子混合物的情况下，使用新鲜的肽脉冲处理的DC或其他肽脉冲处理的抗原呈递细胞重复进行T细胞刺激；(ix)收获TAA-L并冻存以备将来使用。
在一些方面中，产生本发明的MUSTANG组合物的T细胞亚群可以涉及(i)收集来自供体的外周血单核细胞产物；(ii)确定单核细胞产物的HLA亚型；(iii)从单核细胞产物分离单核细胞和淋巴细胞；(iv)从单核细胞产生树突状细胞(DC)和使其成熟；(v)使用TAA脉冲处理DC；(vi)任选地进行CD45RA+选择，以分离初始T细胞；(vii)在存在细胞因子混合物的情况下，使用肽脉冲处理的DC刺激初始T细胞；(viii)在存在细胞因子混合物的情况下，使用新鲜的肽脉冲处理的DC或其他肽脉冲处理的抗原呈递细胞重复进行T细胞刺激；(ix)收获TAA-L并冻存以备将来使用。
从供体收集外周血单核细胞产物
对单一TAA具有特异性的T细胞亚群的产生通常需要来自供体(同种异体或自体供体)的外周血单核细胞(PBMC)产物作为初始原料。PBMC的分离是本领域熟知的。分离PBMC的非限制性示例性方法参见Grievink,H.W.,等，(2016)“Comparison of three isolationtechniques for human peripheral blood mononuclear cells:Cell recovery andviability,population composition,and cell functionality,”Biopreservation andBioBanking，其通过引用并入本文。可以从供体提供的全血、单采血液样品、白细胞分离样品或骨髓样品中分离PBMC产物。在一些实施方式中，初始原料是单采血液样品，其提供了大量的初始起始单核细胞，潜在地允许产生多种不同T细胞亚群。在一些实施方式中，PBMC产物是从包含供体提供的外周血单核细胞(PBMC)的样品中分离出来的。在一些实施方式中，供体是健康供体。在一些实施方式中，PBMC产物源自脐带血。在一些实施方式中，供体是为造血干细胞移植(HSCT)提供干细胞的相同供体。
确定HLA亚型
当从同种异体、健康的供体产生T细胞亚群时，确定并表征了供体来源的HLA亚型谱。可以通过本领域公知的任何方法确定HLA亚型(即，对HLA基因座分型)。用于确定HLA亚型的非限制性示例性方法可以参见Lange,V.,等，BMC Genomics(2014)15:63；Erlich,H.,Tissue Antigens(2012)80:1-11；Bontadini,A.,Methods(2012)56:471-476；Dunn,P.P.,Int J Immunogenet(2011)38:463-473；和Hurley,C.K.,“DNA-based typing of HLA fortransplantation.”，Leffell,M.S.等编著，Handbook of Human Immunology,1997.BocaRaton:CRC Press，其均单独通过引用并入本文。优选地，每种供体来源的HLA分型尽可能完整。
在一些实施方式中，确定的HLA亚型至少包括4个HLA基因座，优选地，HLA-A、HLA-B、HLA-C和HLA-DRB1。在一些实施方式中，确定的HLA亚型至少包括6个HLA基因座。在一些实施方式中，确定的HLA亚型至少包括6个HLA基因座。在一些实施方式中，确定的HLA亚群包括所有已知HLA基因座。在通常情况下，对更多HLA基因座分型对于实施本发明而言是优选的，因为分型的HLA基因座越多，相对于与患者或患者中的患病细胞共同具有HLA等位基因或HLA等位基因组合的其他同种异体T细胞亚群，所选的同种异体T细胞亚群更有可能具有最高的活性。
从外周血单核细胞产物中分离单核细胞和淋巴细胞
在通常情况下，可以将PBMC产物分离成各种细胞类型，例如分离成血小板、红细胞、淋巴细胞和单核细胞，并保留淋巴细胞和单核细胞以最初产生T细胞亚群。PBMC的分离是本领域公知的。分离单核细胞和淋巴细胞的非限制性示例性方法包括Vissers等，JImmunol Methods.1988Jun 13；110(2):203-7和Wahl等，Current Protocols inImmunology(2005)7.6A.1-7.6A.10，其通过引用并入本文。例如，可以通过板贴壁、通过CD14+选择或其他公知方法对单核细胞进行分离。通常保留单核细胞部分以便在T细胞亚群生产中将其作为抗原呈递细胞以产生树突状细胞。可以将PBMC产物的淋巴细胞部分冻存直至需要，例如可以将等分的淋巴细胞部分(～5x107个细胞)分别冻存以用于植物凝集素(PHA)母细胞扩增和T细胞亚群的产生。
产生树突状细胞
用于抗原呈递以致敏T细胞的成熟树突状细胞的产生是本领域熟知的。非限制性的示例性方法包括Nair等，“Isolation and generation of human dendritic cells.”Current protocols in immunology(2012)0 7:Unit7.32.doi:10.1002/0471142735.im0732s99和Castiello等，Cancer Immunol Immunother,2011Apr；60(4):457-66，其通过引用并入本文。例如，可以将单核细胞部分接种到封闭系统生物反应器(如Quantum Cell Expansion System)中，并允许细胞贴壁2-4小时，此时可以加入1,000U/mLIL-4和800U/mL GM-CSF。可以保持GM-CSF和IL-4的浓度。可以使用细胞因子混合物使树突状细胞成熟。在一些实施方式中，细胞因子混合物由LPS(30ng/mL)、IL-4(1,000U/mL)、GM-CSF(800U/mL)、TNF-α(10ng/mL)、IL-6(100ng/mL)和IL-1β(10ng/mL)组成。树突状细胞成熟通常在2至5天内发生。在一些实施方式中，收集贴壁的DC并使用血细胞计数器计数。在一些实施方式中，将DC的一部分冻存以备另外的进一步刺激。
脉冲处理树突状细胞
使用单一TAA的一种或多种肽脉冲处理非成熟和成熟的树突状细胞。
在一些实施方式中，用于脉冲处理未成熟和成熟树突状细胞的TAA肽来自肿瘤抗原的重叠肽片段文库，如例如在市售的重叠肽文库中所提供的。在一些实施方式中，用于脉冲处理未成熟和成熟树突状细胞的用于TAA肽的TAA肽来自肿瘤抗原的重叠肽片段文库，如例如在市售的重叠肽文库中所提供的，其中使用由患者肿瘤表达的一种或多种特定已知的或已鉴定的表位对所述文库进行进一步富集。在一些实施方式中，用于脉冲处理未成熟和成熟树突状细胞的TAA肽来自通过确定供体来源的HLA谱产生的特异性选择的HLA限制性肽，并且包括源自通过供体的HLA型活性的靶向TAA的肽表位。使用TAA脉冲处理树突状细胞的方法是公知的。例如，可以每1000万个树突状细胞添加约100ng的TAA的一种或多种肽(例如，肽文库)，并孵育约30至120分钟。
淋巴细胞的初始T细胞选择
为了增加特异性TAA活化的T细胞的潜在数量并减少靶向其他抗原的T细胞，优选使用初始T细胞作为初始原料。为分离初始T细胞，可以对淋巴细胞进行选择，例如CD45RA+细胞选择。CD45RA+细胞选择方法通常是本领域公知的。非限制性示例性方法参见Richards等，Immune memory in CD4+CD45RA+T cells.Immunology.1997；91(3):331-339和McBreen等，J Virol.2001May；75(9):4091–4102，其通过引用并入本文。例如，为选择CD45RA+细胞，在使用100mL CliniMACS缓冲液以及约3mL 10％人IVIG、10ug/mL DNAase I和200mg/mL氯化镁孵育5-30分钟后，可以每1x1011个细胞使用1小瓶来自Miltenyi Biotec的CD45RA微珠对细胞进行标记。30分钟后，对细胞进行充分洗涤并重悬在20mL CliniMACS缓冲液中。然后，将袋子设置在CLINIMACS Plus设备上，并可以根据生产厂商的建议运行选择程序。程序完成后，可以对细胞进行计数，洗涤并重悬于“CTL培养基”中，该培养基由44.5％EHAAClick、44.5％高级RPMI、10％人血清和1％GlutaMAX组成。
使用肽脉冲处理的树突状细胞刺激初始T细胞
使用树突状细胞刺激初始T细胞之前，可以优选地照射DC，例如在25Gy下。然后，对DC和初始T细胞进行共培养。可以在DC与T细胞约1:5-1:50(例如，1:5；1:10、1:15、1:20、1:25、1:30、1:35、1:40、1:45或约1:50)的比例范围内对初始T细胞进行共培养。DC和T细胞通常与细胞因子共培养。在一些实施方式中，细胞因子选自以下：IL-6(100ng/mL)、IL-7(10ng/mL)、IL-15(5ng/mL)、IL-12(10ng/mL)和IL-21(10ng/mL)。
第二T细胞刺激
在通常情况下，使用一个或多个另外的刺激程序进一步刺激T细胞亚群是优选的。类似于如上文所述，可以使用例如与在第一刺激中所使用的相同的肽脉冲处理新的DC进行另外的刺激。在一些实施方式中，在第二刺激期间使用的细胞因子选自以下：IL-7(10ng/mL)和IL-2(100U/mL)。
或者，可以将肽脉冲处理的PHA母细胞用作抗原呈递细胞。肽脉冲处理的PHA母细胞刺激和扩增T细胞的用途是本领域熟知的。非限制性示例性方法可以参见Weber等，ClinCancer Res.2013Sep 15；19(18):5079–5091和Ngo等，J Immunother.2014May；37(4):193–203，其通过引用并入本文。可以以PHA母细胞与扩增的T细胞10:1-1:10的比例范围将肽脉冲处理的PHA母细胞用于扩增T细胞亚群。例如，PHA母细胞与T细胞的比例可以是10:1、在10:1至9:1之间、在9:1至8:1之间、在8:1至7:1之间、在7:1至6:1之间、在6:1至5:1之间、在5:1至4:1之间、在4:1至3:1之间、在3:1至2:1之间、在2:1至1:1之间、在1:1至1:2之间、在1:2至1:3之间、在1:3至1:4之间、在1:4至1:5之间、在1:5至1:6之间、在1:6至1:7之间、在1:7至1:8之间、在1:8至1:9之间、在1:9至1:10之间。在通常情况下，在共培养中包含细胞因子，并且其选自以下：IL-7(10ng/mL)和IL-2(100U/mL)。
另外的T细胞扩增和T细胞亚群收获
另外的T细胞刺激对于产生MUSTANG组合物中使用的必要数量的T细胞亚群可能是必要的。在任何刺激和扩增后，收获、洗涤和浓缩T细胞亚群。在一些实施方式中，将含有终浓度10％二甲亚砜(DMSO)、50％人血清白蛋白(HSA)和40％Hank平衡盐溶液(HBSS)的溶液然后加入冻存袋。在一些实施方式中，在液氮中冻存T细胞亚群。
T细胞亚群的进一步表征
对用于本发明的MUSTANG组合物中的T细胞亚群进行HLA分型，并且在用于或包含在MUSTANG组合物中之前可以对其进行进一步表征。例如，可以通过例如以下一种或多种进一步表征每种T细胞亚群：i)确定T细胞亚群的TAA特异性；ii)鉴定T细胞亚群特异性针对的一个或多个肿瘤相关抗原表位；iii)确定T细胞亚群是否包含MHC I类或II类限制性子集或者这两者的组合；iv)通过T细胞的对应HLA等位基因关联抗原活性；和v)表征T细胞亚群的免疫效应亚型浓度，例如，效应记忆细胞、中央记忆细胞、γδT细胞、CD8+、CD4+、NKT细胞的群体。
确定T细胞亚群的肿瘤相关抗原特异性
可以通过确定每种T细胞亚群对其靶向的肿瘤抗原的特异性进一步表征MUSTANG组合物的T细胞亚群。可以使用任何公知程序确定特异性，例如，基于ELISA的免疫斑点测定(ELISpot)。在一些实施方式中，通过ELISpot测定确定T细胞亚群的肿瘤相关抗原特异性。ELISpot测定在人和动物中广泛用于监测适应性免疫应答。该方法最初是从标准ELISA测定开发的，用于测量B细胞的抗体分泌(Czerkinsky C.等，(1983)A solid-phase enzyme-linked immunospot(ELISPOT)assay for enumeration of specific antibody-secreting cells.J.Immunol Methods 65:109-21)，其通过引用并入本文。自此之后，该测定适应于检测T细胞分泌的细胞因子(例如，IFN-γ)，且是了解辅助T细胞应答的重要工具。
T细胞ELISpot测定通常包括以下步骤：
i)将特异性针对选定分析物(例如，IFN-γ)的捕获抗体包被在PVDF板上；
ii)通常使用血清将板封闭；
iii)将T细胞亚群与特异性的、靶向的肿瘤相关抗原一起添加；
iv)孵育板，并通过在PVDF表面上固化的抗体捕获分泌的细胞因子(例如，IFN-γ)；
v)洗涤后，加入生物素化的检测抗体，以允许检测捕获的细胞因子；并且
vi)使用抗生物素蛋白-HRP或抗生物素蛋白-ALP缀合物和有色沉淀物质使分泌的细胞因子可见。
每个着色斑点代表分泌细胞因子的细胞。可以通过目测或通过使用自动酶标仪对斑点进行计数。使用此方法可检测很多不同的细胞因子，包括IL-2、IL-4、IL-17、IFNγ、TNFα和颗粒酶B。斑点尺寸是每个细胞生产率和结合亲和力的指示。T细胞识别的亲和力越高，产生大的、明确定义的斑点的生产率就越高。
鉴定对T细胞亚群具有特异性的一个或多个TAA表位
可以通过鉴定T细胞亚群特异性针对的一个或多个特异性TAA表位进一步表征MUSTANG组合物的T细胞亚群。当将超过一种TAA肽用于致敏T细胞亚群时，这可能是特别有用的。确定TAA表位的特异性通常是本领域公知的。非限制性示例性方法包括Ohminami等，Blood.2000Jan 1；95(1):286-93；Oka等，Immunogenetics.2000Feb；51(2):99-107；和Bachinsky等，Cancer Immun.2005Mar 22；5:6，其通过引用分别并入本文。例如，为鉴定具有TAA特异性活性的表位，可以将抗原肽文库分组为其中每种肽在两个或更多个池中表示的多个池(pool)作为Elispot测定中的快速筛选工具，并确定显示出活性的池。然后，可以进一步筛选出两个池中代表的共同肽以鉴定显示活性的特异性肽表位。
确定T细胞亚群的MHC I类或II类限制性子集
可以通过确定亚群的MHC I类或II类子集限制性反应进一步表征MUSTANG组合物的T细胞亚群。如此以确定表位识别是否由CD8+(I类)还是CD4+(II类)T细胞介导。确定I类或II类MHC反应的一般方法通常是本领域公知的。非限制性示例性方法参见Weber等，ClinCancer Res.2013Sep 15；19(18):5079–5091，其通过引用并入本文。例如，为确定HLA限制性反应，可以在使用自体肽脉冲处理的PHA母细胞作为靶和未经脉冲处理的PHA母细胞作为对照的ELISPOT测定中，在添加抗原肽之前将T细胞与I类或II类封闭抗体预孵育1小时。在存在每种封闭抗体的情况下测量IFNγ分泌。如果当使用I类封闭抗体预孵育时，IFNγ分泌降低至背景水平，则这表明是I类限制并且表位识别是由CD8+T细胞介导的。如果当使用II类封闭抗体预孵育时，IFNγ分泌降低至背景水平，则这表明是II类限制并且表位识别是由CD4+T细胞介导的。
使用可溶性肽-主要组织相容性复合物(pMHC)分子的四聚体直接检测抗原特异性T细胞已广泛用于基础和临床免疫学。可以将HLA分子的四聚体复合物用于在FACS分析中对抗原特异性T细胞染色。将体外合成的可溶性HLA-肽复合物用作四聚体复合物以在FACS分析中对抗原特异性T细胞染色(Altman等，Science 274:94-96,1996)。在体外刺激过程中的各个时间点，用CD8异硫氰酸荧光素(FITC)和藻红蛋白(PE)标记的MHC五聚体染色对TAA特异性的T细胞亚群。通过流式细胞术测量抗原特异性。
通过T细胞的对应HLA等位基因关联抗原活性
可以通过T细胞亚群的对应HLA等位基因关联抗原活性进一步表征T细胞亚群。可以使用任何公知的方法进行通过对应HLA等位基因关联抗原活性。例如，在一些实施方式中，将HLA限制性分析用于确定通过相应等位基因的抗原活性。确定T细胞限制的方法是本领域公知的，并涉及用基因座特异性抗体进行抑制，然后使用在各种目标基因座处匹配或错配的细胞系组进行抗原呈递测定(ELISPOT)(参见例如，Oseroff等，J Immunol(2010)185(2):943-955；Oseroff等，J Immunol(2012)189(2):679-688；Wang Curr Protocols inimmunol(2009)第20章第10页；Wilson等，J.Virol.(2001)75(9):4195-4207)，其各自独立地通过引用并入本申请。由于与HLA II类分子的表位结合对于T细胞激活是绝对必要的(但并不是足够的)，来自体外HLA结合测定的数据也有助于缩小可能的限制(Arlehamn等，JImmunol(2012b)188(10):5020-5031)。这通常通过测试给定表位与特定供体中表达的特定HLA分子的结合，并从进一步考虑中删除该表位不结合的HLA分子来实现。为确定已鉴定表位的HLA限制，可以将T细胞与具有单一等位基因匹配的TAA肽脉冲处理的PHA母细胞一起接种IFN-γELISPOT测定中，从而测量最强抗原活性并鉴定相应等位基因。
表征T细胞亚群的免疫效应物亚型浓度
T细胞亚群可能由不同淋巴细胞子集组成，例如，CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、CD3+/CD56+自然杀伤T细胞(CD3+NKT)和TCRγδT细胞(γδT细胞)的组合。特别地，T细胞亚群可能至少包含CD4+ T细胞和CD8+ T细胞，其已被致敏并且能够靶向单一特异性TAA以杀死肿瘤和/或交叉呈递。T细胞亚群可以进一步包含能够介导抗肿瘤反应的活化的γδT细胞和/或活化的CD3+/CD56+NKT细胞。因此，还可以通过确定各种淋巴细胞亚型群体进一步表征T细胞亚群，并对这些亚型进行进一步分类，例如，通过确定是否存在由细胞表达以及决定细胞类型的某些分化簇(CD)标志物或其他细胞表面标志物。
在一些实施方式中，可以分析T细胞亚群以确定CD8+T细胞群、CD4+ T细胞群、γδT细胞群、NKT细胞群和其他淋巴细胞亚型群。例如，可以确定T细胞亚群内的CD4+ T细胞群，并进一步确定CD4+ T细胞亚型。例如，可以确定CD4+ T细胞群，然后例如通过鉴定T辅助1(Th1)、T辅助2(Th2)、T辅助17(Th17)、调节性T细胞(Treg)、滤泡辅助T细胞(Tfh)和T辅助9(Th9)对其进行进一步定义。同样地，可以确定并进一步表征包含T细胞亚群的其他淋巴细胞亚型。
此外，例如，可以针对存在或缺乏与例如成熟或耗竭相关的一种或多种标志物进一步表征T细胞亚群。T细胞耗竭(Tex)是由持久的抗原和炎症引起的功能障碍状态，这两种情况通常都在肿瘤组织中发生。逆转或预防耗竭是肿瘤免疫疗法的主要研究领域。可以使用多个表型参数单独或组合地分析Tex细胞群。通常用于监测T细胞耗竭的标志是本领域公知的，并且包括但不限于程序性细胞死亡-1(PD-1)、CTLA-4/CD152(细胞毒性T淋巴细胞抗原4)、LAG-3(淋巴细胞活化基因-3；CD223)、TIM-3(T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域-3)、2B4/CD244/SLAMF4、CD160和TIGIT(具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体)。
如有需要，可以对本文所描述的所述组合物的T细胞亚群进行进一步选择。例如，包含在本文所述的MUSTANG组合物中的特定T细胞亚群可以通过亚群耗竭或富集进行进一步选择。例如，致敏、扩增和选择后，可以针对其他分化簇(CD)标志物对细胞进行进一步正向或负向的选择。例如，对例如CD4+ T细胞选择后，可以针对例如中央记忆T细胞(Tcm)对CD4+ T细胞进行进一步选择。例如，CD4+ Tcm细胞的富集包括对表达在初始T细胞上存在的表面标记物(如CD45RA)的细胞进行负向选择，或者对表达在Tcm细胞上存在且在初始T细胞上不存在的表面标志物(例如，CD45RO、CD62L、CCR7、CD27、CD127和/或CD44)的细胞进行正向选择。此外，可以进一步选择本文所述的T细胞亚群以消除表达某些耗竭标志物的细胞，例如，程序性细胞死亡-1(PD-1)、CTLA-4/CD152(细胞毒性T淋巴细胞抗原4)、LAG-3(淋巴细胞活化基因-3；CD223)、TIM-3(T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域-3)、2B4/CD244/SLAMF4、CD160和TIGIT(具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体)。
用于表征淋巴细胞亚型的方法是本领域熟知的，例如流式细胞术，其在Pockley等，Curr Protoc Toxicol.2015Nov 2；66:18.8.1-34中对其进行了描述，其通过引用并入本文。
鉴定最适于施用的MUSTANG组合物
各种T细胞亚群组成的表征使得能够针对任何给定的患者选择包含在MUSTANG组合物中的最适宜的T细胞亚群。目标是使产品与通过最高数量的共享等位基因具有最高HLA匹配度和最大TAA活性的患者相匹配。在一些实施方式中，T细胞亚群具有至少一个共享等位基因或等位基因的组合及通过等位基因或等位基因的组合的TAA活性。在一些实施方式中，T细胞亚群具有一个以上共享等位基因或等位基因的组合及通过该等位基因或等位基因的组合的TAA活性。在一些实施方式中，将具有最多共享等位基因或等位基因的组合以及具有通过那些共享等位基因和等位基因的组合的最高特异性的T细胞亚群提供给有此需要的人。例如，如果T细胞亚群1与具有通过3个共享等位基因或等位基因的组合的TAA活性的患者5/8HLA匹配，而T细胞亚群2与具有通过1个共享等位基因的TAA活性的患者是6/8HLA匹配，则熟练的从业者将选择T细胞亚群1，因为其具有通过更多共享等位基因数的TAA活性。
测试T细胞亚群或MUSTANG组合物对患者肿瘤的反应性
可以评价活化的T细胞亚群或MUSTANG组合物对患者肿瘤的细胞溶解活性。检测T细胞亚群对肿瘤细胞反应性的方法是公知的。非限制性示例性方法包括Jedema等，Blood(2004)103:2677-2682；Noto et al.,J Vis Exp.2013；(82):51105和Baumgaertner等，Bio-protocol“Chromium-51(51Cr)Release Assay to Assess Human T Cells forFunctional Avidity and Tumor Cell Recognition.”(2016)6(16):e1906。例如，可以将T细胞亚群与患者的肿瘤一起孵育，并确定肿瘤细胞裂解百分比。例如，将从患者中收集组织活检或血液样品。用羧基荧光素琥珀酰亚胺酯(CFSE,Invitrogen)对来自患者的靶细胞进行荧光标记，进行肽脉冲处理，并以效应与靶40:1的比例与活化的T细胞亚群或MUSTANG组合物孵育6-8hr。孵育后，添加乙锭均二聚体(Invitrogen)以染色死细胞。在BD Fortessa流式细胞仪上获取样品。通过在羧基荧光素琥珀酰亚胺酯阳性、乙锭二聚体阴性细胞上进行门控来确定活靶细胞的数量，并用于根据如下所示计算细胞溶解活性：裂解(％)＝100-(活靶细胞/样品/活靶细胞对照)x100)。
可以选择对患者的肿瘤具有最高水平反应性的T细胞亚群或MUSTANG组合物向患者施用，从而更有可能获得成功的治疗功效。
针对单一肿瘤相关抗原的库存的T细胞亚群
建立包含用于选择和包括在MUSTANG组合物中的离散的、表征的T细胞亚群的T细胞亚群库避免了对立即可用供体的需求，并消除了自体T细胞产生所需的等待。通过使用供体(例如，健康志愿者或脐带血)来制备针对特异性、已知肿瘤抗原的T细胞亚群允许生产和库存供施用的易于获得的T细胞亚群。由于对T细胞亚群进行了表征，因而可以基于来自患者的最少信息(例如，HLA亚型和任选地TAA表达谱)快速确定适宜T细胞亚群的选择。
可以从单一供体产生T细胞组合物以用于共享对特异性TAA具有活性的HLA等位基因的多个患者。本发明的T细胞亚群库包含如上文所述表征的T细胞亚群的群体。例如，针对HLA亚型以及下述的一种或多种对该库的T细胞亚群进行表征：i)T细胞亚群的TAA特异性；ii)T细胞亚群特异性针对的TAA表位；iii)T细胞亚群MHC I类和II类限制性子集；iv)通过T细胞的对应HLA等位基因的抗原活性；和v)免疫效应物亚型浓度，例如效应记忆细胞、中央记忆细胞、γδT细胞、CD8+、CD4+、NKT细胞的群体。
在一些实施方式中，本发明是一种产生T细胞亚群库的方法，包括：(i)获得合格供体样品；(ii)产生针对单一TAA特异性的T细胞亚群；(iii)表征T细胞亚群；(iv)冻存T细胞亚群；和(v)产生包含T细胞亚群组成表征数据的数据库。在一些实施方式中，根据其供体来源储存T细胞亚群。在一些实施方式中，通过TAA特异性储存T细胞亚群。在一些实施方式中，通过人白细胞抗原(HLA)的亚型和限制储存T细胞亚群。
在确定患者的HLA亚型以及任选地患者肿瘤的TAA表达谱后，本文所述的库存的T细胞亚群用于构成向肿瘤患者施用的MUSTANG组合物。
实施例
实施例1：使用多重TAA重叠肽从外周血产生T细胞亚群
从总的人血液外周单核细胞产生TAA特异性T细胞系(步骤1)。收获成熟的树突状细胞(DC)和用作抗原呈递细胞(APC)，并使用针对WT1、存活素和PRAME的三个重叠肽文库的混合物进行肽脉冲处理(步骤2)。最初使用包含IL-7、IL-12、IL-15、IL-6和IL-27的细胞因子混合物刺激T细胞(步骤3)。使用照射的DC或照射的植物血凝素(PHA)母细胞进行随后的刺激(步骤4和5)。通常参见图1。下面提供了这些步骤每一个的实验程序。
步骤1：分离单核细胞
以等体积的温RPMI 1641(Invitrogen)或PBS稀释肝素化的外周血。在50mL离心管中，使用20-30mL稀释的血液覆盖10-15mL Lymphoprep(Axis-Shield)。将混合物在环境温度下以800x g离心20分钟或以400x g离心40分钟，确保将加速和减速设定为“1”以防止破坏界面。保存1mL血浆等分样品，并在-80℃下储存。将外周血单核细胞(PBMC)界面收集到等体积RPMI 1640中，在环境温度下以450x g离心10分钟，然后吸出上清液。将球团打散，并将细胞重悬于一定体积的RPMI 1640或PBS中，估计其收率为10x106个细胞/mL。去除等分细胞样品用于使用50％红细胞裂解缓冲液或台盼蓝以及使用血细胞计数器进行计数。将PBMC保存用于使用贴壁的DC产生(下面的步骤2)和非贴壁细胞冻存在引发时使用。
步骤2：产生树突状细胞(DC)
将PBMC在环境温度下以400x g离心5分钟，然后吸出上清液。以约5x106个细胞/mL将细胞重悬在含2mM Glutamax(Invitrogen)的CellGenix DC培养基中，并将细胞接种在6孔板(2mL/孔)中。1-2小时后除去PBMC非贴壁部分，并用2-5mL CellGenix DC培养基或PBS冲洗孔，并添加到收获的培养基/非贴壁部分中。保存非贴壁部分用于以后冻存。将2mL含1,000U/mL IL-4(R&D Systems)和800U/mL GM-CSF(CNMC Pharmacy)的DC培养基加回到贴壁细胞中。将所有周围孔中填充约2mL无菌水或PBS以保持板内的湿度，并将板置于37℃和5％CO2下的培养箱中。在第3天至第4天，使用1,000U/mL IL-4和800U/mL GM-CSF饲养细胞。在第5天至第6天，DC在2mL/孔含脂多糖(LPS，Sigma)(30ng/mL)、IL-4(1,000U/mL)、GM-CSF(800U/mL)、TNF-α(10ng/mL，R&D Systems)、IL-6(100ng/mL，CellGenix)和IL-1β(10ng/mL，R&D Systems)的DC培养基中成熟。在第7天至第8天通过轻柔重悬收获成熟的DC。使用血细胞计数器对细胞进行计数。将DC转移至15mL离心管中，并在环境温度下以400x g离心5分钟。吸出上清液，用手指轻弹将沉淀重悬，将每1-5x106个细胞100μL适当的重叠肽文库主混物(在200μL中，200ng/肽；PRAME、WT1和存活素PepMixTM；JPT Peptide Technologies)添加到DC中。将DC与重叠的肽文库混合，并转移至培养箱中。将混合物在37℃和5％CO2下孵育60-90分钟。
步骤3：T细胞群体引发
使用重叠的肽文库脉冲处理后，以25Gy照射DC。使用DC培养基洗涤DC，并且在环境温度下以400x g离心5分钟。吸出上清液，并将洗涤步骤再重复两次。使用血细胞计数器对细胞进行计数。以2-4x105个细胞/mL含10％人血清(HS,Valley)的CTL培养基重悬DC用于引发。1mL照射的DC/孔接种在24孔组织培养物处理板中。
将来自步骤1的此前冷冻的PBMC在37℃下解冻，并在10mL温培养基/1mL冷冻细胞中稀释。在环境温度下，以400x g离心PBMC 5分钟并重悬在5-10mL培养基中，并使用血细胞计数器进行细胞计数。以2x106个细胞/mL重悬PBMC。将DC和PBMC在平板中重组而以DC:CTL的1:10至1:5的比例刺激CTL。添加细胞因子IL-7、IL-15、IL-6和IL-12以达到IL-7(10ng/mL，R&D Systems)、IL-15(5ng/mL，CellGenix)、IL-6(100ng/mL，CellGenix)和IL-12(10ng/mL，R&D Systems)的终浓度。将所有周围的孔中填充约2mL PBS以保持板内的湿度。将细胞在37℃和5％CO2下在培养箱中培养7至8天。在第4天至第5天更换一半的培养基，如果几乎汇合，则将孔按照1:1拆分。
步骤4：在24孔板中进行第二T细胞刺激
使用重叠的肽文库-脉冲处理自体DC(程序A)或重叠的肽文库-脉冲处理自体植物血凝素(PHA)母细胞(程序B)作为抗原呈递细胞进行T细胞的第二刺激。
程序A：使用重叠的肽文库-脉冲处理自体DC作为抗原呈递细胞(APC)的刺激
使用适当的重叠肽文库(PRAME、WT1和存活素PepMixTM；JPT PeptideTechnologies)脉冲处理后，以25Gy照射DC。使用DC培养基洗涤DC，并在环境温度下以400xg离心5分钟。吸出上清液，并将洗涤步骤再重复两次。使用血细胞计数器对细胞进行计数。DC以0.5-2x105个细胞/mL含10％HS(Valley)的CTL培养基重悬以供引发。以1mL照射的DC/孔(0.5-2x105个细胞)接种在24孔组织培养物处理的板中。使用血细胞计数器对T细胞进行计数。以1x106个细胞/mL补充IL-7(终浓度10ng/mL，R&D Systems)和IL-2(终浓度100U/mL，Proleukin)的T细胞培养基重悬细胞，并以每孔1mL等分加入24孔板中。将细胞在37℃和5％CO2下在培养箱中培养3至4天。更换含IL-2(终浓度～100U/mL，Proleukin)的培养基，并且再培养3-4天。第二次刺激后可以冷冻细胞。
程序B：使用重叠的肽文库-脉冲处理自体植物血凝素(PHA)作为APC的刺激
在第7天通过轻柔重悬收获自体PHA母细胞，并使用血细胞计数器对细胞进行计数。将PHA母细胞转移至15mL离心管中，并且在环境温度下以400xg离心5分钟。吸出上清液，并通过轻弹将沉淀重悬。每1-10x106个细胞将100μL适当的重叠的肽文库主混物(在200μL中，200ng/肽；PRAME、WT1和存活素PepMixTM；JPT Peptide Technologies)添加至PHA母细胞中。将PHA母细胞孵育30-60分钟。将PHA母细胞重悬在5-10mL培养基中，并以50Gy照射(或如果用于G-rex，则为100Gy)。使用CTL培养基洗涤PHA母细胞，并且在环境温度下以400xg离心5分钟。吸出上清液，并将洗涤步骤再重复两次。使用血细胞计数器对细胞进行计数。将PHA母细胞以0.5x106个细胞/mL CTL培养基重悬而以PHA母细胞：T细胞约1:1的比例再刺激T细胞。使用血细胞计数器对T细胞进行计数。以0.5x106个细胞/mL补充IL-7(终浓度100ng/mL；R&D Systems)和IL-2(终浓度100U/mL；Proleukin)的CTL培养基重悬T细胞。保留仅PHA母细胞的一个孔作为照射对照。将细胞在培养箱中在37℃和5％CO2下培养3至4天。更换含IL-2(终浓度100U/mL，Proleukin)的培养基，并且再培养细胞3至4天。
步骤5：使用PHA母细胞作为APC在G-Rex10中进行第三T细胞刺激
在第7天通过轻柔重悬收获自体PHA母细胞，并使用血细胞计数器对细胞进行计数。将PHA母细胞转移至15mL离心管中，并且在环境温度下以400x g离心5分钟。吸出上清液，并通过轻弹将沉淀重悬。每1-10x106个细胞将100μL适当的重叠肽文库主混物(在200μL中，200ng/肽；PRAME、WT1和存活素PepMixTM；JPT Peptide Technologies)添加至PHA母细胞中，并将PHA母细胞孵育30-60分钟。将PHA母细胞重悬在5-10mL培养基中，并以50Gy照射(如果用于G-Rex中，则为100Gy)。使用CTL培养基洗涤PHA母细胞，并且在环境温度下以400x g离心5分钟。吸出上清液，并将洗涤步骤再重复两次。使用血细胞计数器对细胞进行计数。将PHA母细胞以0.5x106个细胞/mL CTL培养基重悬而以约1:1PHA母细胞的比例再刺激T细胞。将10mL细胞悬液添加到G-Rex10中，并在24孔对照板中添加1mL/孔(0.5x106个PHA母细胞)。使用血细胞计数器对T细胞进行计数。将T细胞以0.5x106个细胞/mL CTL培养基重悬，将10mL(5x106个CTL)添加到G-Rex10中，并在24孔对照板中添加1mL/孔(0.5x106个CTL)。培养基中补充IL-7(终浓度10ng/mL；R&D Systems)和IL-2(终浓度100U/mL；Proleukin)，并将细胞在培养箱中在37℃和5％CO2下培养3至4天。留下仅PHA母细胞的24孔板的一个孔作为照射对照。更换含IL-2(终浓度100U/mL，Proleukin)的培养基，并且再培养细胞3至4天。
实施例2：用于T细胞功能分析的ELISPOT接种和显色
在IFN-γ-酶联免疫斑点(ELISpot)测定中检测对存活素、PRAME和WT1多重TAA特异性的肽识别。与无肽培养基对照(SEB 90％)、仅CTL和肌动蛋白比较，检测了对合并的TAA以及单一抗原的识别。结果如图2中所示。下文中详述了进行ELISpot测定的3天程序。
此外，按照与上述相同的程序，在IFN-γ-酶联免疫斑点(ELISpot)测定中检测了由实体瘤患者产生的21个T细胞群体的肽识别。与无肽培养基对照(SEB 90％)、仅CTL和肌动蛋白比较，检测了对合并TAA以及单一抗原的识别。在用肿瘤相关抗原刺激后，通过IFNγELISpot测定证明了抗原特异性。所有产物显示对阳性对照SEB的反应。将肌动蛋白用作阴性对照以检测非特异性活性。从肽WT1、PRAME和存活素的结果中减去对肌动蛋白的特异性。阳性定义为减去肌动蛋白后10IFNγSFC/2.5x105个细胞或更高的结果。一个产物对包括肌动蛋白在内的任何抗原不具有特异性。剩余产物的一半显示出对肌动蛋白具有高背景活性，超过了对特异性TAA的活性。总体而言，肌动蛋白活性范围为0-159.5IFNγSFC/2.5x105个细胞，中位数为23.25IFNγSFC/2.5x105细胞。减去肌动蛋白后对特异性抗原的反应如下：WT1(中位数0.75，范围0-561IFNγSFC/2.5x105个细胞)；PRAME(中位数6.25，范围0-653.5IFNγSFC/2.5x105个细胞)；存活素(中位数0，范围0-540IFNγSFC/2.5x105个细胞)。17％的产物显示出如上文所定义的对所有3种抗原的阳性，11％的产物显示出对2种抗原的阳性，11％的产物显示出对1种抗原的阳性；61％的产物未显示出根据这些标准的定义的通过ELISpot的任何特异性。针对21个TAA-L产物的ELISpot测定结果如图3中所示。
此外，Weber等从10个供体产生了对五种TAA具有特异性的多重TAA：WT1、Pr3、NE、MAGE-A3和PRAME。与无肽培养基对照(SEB 90％)、仅CTL和肌动蛋白比较，检测了对合并TAA以及单一抗原的识别。结果如图4和5中所示。
第1天：ELISPOT板的制备
ELISPOT包被缓冲体通过将1.59g Na2CO3溶解在1升无菌水中，然后进行无菌过滤制备。INFγ捕获抗体(Ab)溶液通过向每10mL ELISPOT包被缓冲液中加入100μL IFN-γmAB1-D1K(MabTech)制备。使用200μL多道移液器将35μL 70％的乙醇添加到96孔滤板(Millipore)的每个孔中。弃去乙醇，立即将板用150μL PBS洗涤两次。弃去最后的PBS洗涤液，并立即将100μL Ab溶液添加到每个孔中。用封口膜包裹板的边缘以防止蒸发，将板在4℃下静置至少6小时。这些包被的板在4℃下稳定最多4周。
第2天：ELISPOT细胞接种
通过将250mL RPMI、12.5mL人血清(HS)和2.5mL无菌过滤的GlutaMAX组合制备ELISPOT培养基。弃去96孔板中的包被缓冲液，并且孔用150μL PBS洗涤两次。向各孔中添加100μL ELISPOT培养基，并将板置于培养箱中于37℃下最少一小时。
在孵育板时，在24孔板中制备肽池。使用250μL ELISPOT培养基和2.5μL肽制备下述肽池：PBMC；肌动蛋白；葡萄球菌肠毒素B(SEB；以1.0μL肽给药)；PRAME；存活素；WT1；和TAA(PRAME+存活素+WT1)。收集细胞并使用血细胞计数器计数。等分4.0x106个细胞，以400xg离心5分钟，并除去上清液。将细胞重悬于ELISPOT培养基中以确保2.5x105个细胞/100μL培养基。孵育后，从板中弃去ELISPOT培养基，并将100μL细胞置于适当的孔中。在适当的孔中混合100μL肽池，并在37℃下孵育过夜。
第3天：ELISPOT板显色
从板上倒出细胞，并用PBS/0.05％吐温20溶液将板洗涤6次。生物素缓冲液通过将2.5g牛血清白蛋白(BSA)粉末添加到500mL PBS中，然后进行无菌过滤制备。生物素化抗体溶液通过向每10mL生物素缓冲液中添加10μL mAb 7-B6(MabTech)制备。弃去最后的板洗涤液，并将100μL生物素化的抗体溶液添加到每个孔中。将板在37℃下孵育1至2小时。弃去生物素化的抗体溶液，并用PBS/0.05％吐温20溶液将板洗涤6次。使用多道移液器将100μL抗生物素蛋白-过氧化物酶复合物(APC)溶液添加到每个孔中。用箔纸覆盖板，并在室温下放置1至2小时。通过在50mL离心管中将AEC片溶解于2.5mL二甲基甲酰胺中，加入47.5mL乙酸盐缓冲液(通过将4.6mL 0.1N乙酸、11mL 0.1M乙酸钠和46.9mL无菌水混合制备)和25μL过氧化氢，并通过倒置混合制备3-氨基-9-乙基咔唑(AEC)底物溶液而同时孵育板。弃去APC溶液，并用空白PBS溶液洗板3次。然后，将100μL AEC底物溶液添加到每个孔中，将板用箔纸覆盖，并孵育4分钟。弃去AEC溶液，并通过强烈自来水流冲洗以终止板显色。除去板衬，用水冲洗膜，并且板在纸巾上轻拍以除去多余的水。板通过将其倒置而不使边沿在风机栅格(hoodgrate)上来干燥。干燥后，将板用纸巾包裹起来，并存放在黑暗的地方以防止斑点漂白。
使用自动酶标仪系统(Karl Zeiss)对形成斑点的细胞(SFC)进行计数和评价。
实施例3：测量多重TAA特异性T细胞群体的细胞溶解活性的细胞毒性测定
还通过细胞毒性测定测量了来自Weber等的多重TAA特异性T细胞群的细胞溶解活性。将靶细胞用羧基荧光素琥珀酰亚胺酯(CFSE,Invitrogen)进行荧光标记，肽脉冲处理，并与T细胞以不同效应与靶比例孵育6-8hr。孵育后，添加乙锭均二聚体(Invitrogen)以染色死细胞。在BD Fortessa流式细胞仪上获取样品。通过在羧基荧光素琥珀酰亚胺酯阳性、乙锭二聚体阴性细胞上进行门控来确定活靶细胞的数量，并用于根据如下计算细胞溶解活性：裂解(％)＝100-(活靶细胞/样品/活靶细胞对照)x100)。细胞毒性测定结果如图6中所示。
实施例4：针对部分HLA匹配的AML母细胞的抗白血病活性
为评价多重TAAmix特异性T细胞在体外的抗白血病活性，将T细胞与在至少一个HLA-抗原(范围1-3)中匹配的(仅在HLA II类等位基因上匹配的)原代白血病母细胞样品(包括对)中共培养。在可获得的情况下，评价AML母细胞样品的MAGE-A3和PRAME的表达。通过免疫组织化学检测到低表达(数据未显示)。图7显示了针对一组五个原代AML母细胞样品检测的五种T细胞系的结果。即使用单一HLA I类或II类等位基因匹配的靶也发生特异性白血病的识别和消除。作为非特异性裂解或同种异体反应性的对照，在所有实验中使用了由同一供体产生的具有无关特异性(病毒抗原)的细胞毒性T细胞系。如通过CFU测定、IFNγ-ELISpot和胞内细胞因子检测所确定的，所有供体源的多重TAAmix特异性T细胞均显示出白血病特异性杀伤作用以及T细胞激活。与AML母细胞的共培养实验的代表性实例如图7中所示。相比于与对照细胞毒性T细胞的共培养中持续存在的6％母细胞相比，与特异性细胞毒性T细胞共培养3天消除了白血病母细胞(0.5％)。
实施例5：由多重TAA、单一TAA以及单一TAA组合物的等比例组合(MUSTANG组合物)产生的T细胞组合物的抗原活性比较
单核细胞产物由供体提供。使用实施例1中概述以及如图8中所示的过程产生多重TAA T细胞群。具体而言，使用Lymphoprep密度梯度分离从全血或leukopaks中分离外周血单核细胞(PBMC)。PBMC用PBS 1X洗涤，计数并立即用于产生树突状细胞(DC)，或以50-100x106个细胞/mL/小瓶冷冻以备将来使用。通过在CellGenix培养基中孵育20x106个PBMC/孔1-2hr，通过在6孔板中的贴壁分离单核细胞，然后用CellGenix洗涤3次以除去非贴壁细胞(NAC)。然后，对NAC进行计数，并以20-50x106个细胞/mL/瓶冷冻以备将来使用。通过在补充了1000U/mL IL-4和800U/mL GM-CSF的CellGenix培养基中培养单核细胞6-9天，然后在补充了1000U/mL IL-4、800U/mL GM-CSF、10ng/mL TNF-α、100ng/mL IL-6、10ng/mL IL-1β和30ng/mL LPS的CellGenix中成熟24hr产生DC。通过刮取收集成熟的DC，计数，将其均等分到4个试管中并暴露于4种不同肽混合物(Pep MixesTM WT1、Prame、存活素或所有TAA一起)1hr，随后进行照射。然后，在24孔板中，以1:5(DC:PBMC/NAC)的比例用DC引发PBMC或NAC，每孔在2mL补充了10ng/mL IL-7、5ng/mL IL-15、10ng/mL IL-12和100ng/mL IL-6的CTL培养基(45％高级RPMI、45％Click培养基、10％人血清和1％glutamax)中最多2x106个细胞接种，并培养7-8天。计数收获的细胞，并在补充了10ng/mL IL-7和100U/mL IL-2的CTL培养基中以1:2至1:48的比例(DC:CTL)使用暴露于PepMixesTM的照射的成熟DC进行第二次引发。将CTL再培养7天，并收获以供分析或使用植物血凝素母细胞(PHA母细胞)进行第三次引发。在24孔板中以106个细胞/孔/2mL CTL培养基用暴露于5μg/mL PHA 24hr的10x106个解冻的NAC产生PHA母细胞。次日，收获PHA母细胞，计数并暴露于相同PepMixesTM(WT1、Prame、存活素和TAA)1hr，随后进行照射。以1:8至1:18的比例(PHA母细胞：CTL)使用照射的PHA母细胞培养来自第二次引发的CTL(5x106个细胞)。在20mL补充了10ng/mL IL-7和100U/mL IL-2的CTL培养基中在GRex中培养细胞系7天，且最后收获以供分析。将等量的单一抗原TAA重叠肽文库(WT1、PRAME和存活素)混合在一起，并用于致敏APC和aAPC以产生多重TAA T细胞组合物。使用实施例1中概述以及如图8中所示的过程产生单一TAA T细胞亚群。将单一抗原重叠肽文库(WT1、PRAME和存活素)用于致敏APC和aAPC以产生单一TAA T细胞组合物。单一TAA T细胞组合物以1:1:1比例混合在一起。利用EliSpot测定对每种所得T细胞组合物的抗原特异性进行测试，实施例2中概述了其过程。结果在图10中显示为每105个细胞的斑点形成单位(SFU)的对数，并针对阳性对照肌动蛋白进行了归一化。使用多重TAA方法产生的产物仅显示出对两种抗原(WT1和PRAME)的活性，而单一抗原T细胞亚群的1:1:1混合物显示出对所有三种抗原(WT1、PRAME和存活素)的活性。
针对每种T细胞亚群产生的活性数据可以用于确保每种T细胞亚群的活性相等。如图10中所示，实施例5中所述的MUSTANG组合物的PRAME活性比WT1和存活素活性高约10倍。为了控制MUSTANG组合物中的活性水平，可以将不同量的T细胞亚群组合以形成需要时对所有抗原具有大致相等活性的MUSTANG组合物，或者还用于基于患者肿瘤的表达谱形成可变比例。为了产生针对所有三种抗原具有相等活性的MUSTANG组合物，有必要将WT1、存活素和PRAME T细胞亚群以10:10:1比例组合。可以基于在最终MUSTANG组合物中每种T细胞亚群的所需活性对该比例进行调整。此外，可以使用实施例4中所述的过程确定MUSTAN组合物的体外抗肿瘤活性。对TAA CTL的其他表征包括鉴定具有TAA活性的表位，确定HLA限制性反应，以及进行HLA限制性测定以确定通过对应等位基因的抗原活性。为确定组成，提供了患者的血液或组织活检样品，其用于确定患有血液系统恶性肿瘤或肿瘤的受试者的HLA亚型和抗原表达谱。基于通过共享等位基因的最高抗原特异性，MUSTANG组合物选自可用的单一TAACTL。显示此过程的示意图如图9中所示。
本说明书已参考本发明的实施方式进行说明。已参考各种实施方式描述了本发明，通过所附实施例对这些实施方式进行了说明。然而，可以以不同形式实施本发明，并且不应被解释为限于本文所述的实施方式。根据本文的教导，本领域普通技术人员将能够针对所需目的修改本发明，并且认为这种变化在本发明的范围内。

Claims (86)

1.一种用于向患有肿瘤的患者施用的分离的T细胞组合物，其包含两种或更多种T细胞亚群，
其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群以限定的比例在所述T细胞组合物中组合，其中所述限定的比例是总细胞数或归一化的细胞活性；和
其中所述单一肿瘤相关抗原包含PRAME、WT1和存活素。
2.一种用于向患有肿瘤的患者施用的分离的T细胞组合物，其中所述分离的T细胞组合物包含两种或更多种T细胞亚群；
其中每种所述T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群源自同种异体供体细胞来源；
其中每种所述T细胞亚群是彼此单独离体致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群是使用包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽进行致敏和扩增的，所述肿瘤相关抗原是HLA限制于所述供体细胞来源的一个或多个HLA等位基因；并且
其中每种所述T细胞亚群以限定的比例在所述T细胞组合物中组合，其中所述限定的比例是总细胞数或归一化的细胞活性。
3.一种用于向患有肿瘤的患者施用的分离的T细胞组合物，其中所述分离的T细胞组合物包含两种或更多种T细胞亚群；
其中每种所述T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群源自同种异体供体细胞来源；
其中每种所述T细胞亚群是彼此单独离体致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群是使用包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽进行致敏和扩增的，所述肿瘤相关抗原HL-A限制于所述供体细胞来源的一个或多个HLA等位基因，其中所述HLA等位基因选自HLA-A、HLA-B或HLA-C；并且
其中每种所述T细胞亚群以限定的比例在所述T细胞组合物中组合，其中所述限定的比例是总细胞数或归一化的细胞活性。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的T细胞组合物，其中在所述T细胞组合物中每种所述T细胞亚群的所述限定的比例基于每种T细胞亚群的所述总细胞数。
5.根据权利要求1至3中任一项所述的T细胞组合物，其中在所述T细胞组合物中每种所述T细胞亚群的所述限定的比例基于每种T细胞亚群的所述归一化的细胞活性。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的T细胞组合物，其中在所述T细胞组合物中每种所述T细胞亚群的所述限定的比例是大致均等。
7.根据权利要求2至6中任一项所述的T细胞组合物，其中每种所述T细胞亚群针对由所述患者的肿瘤表达的肿瘤相关抗原是特异性的。
8.根据权利要求7所述的T细胞组合物，其中一种或多种所述单一肿瘤相关抗原选自以下：WT1、PRAME、存活素、NY-ESO-1、MAGE-A3、MAGE-A4、Pr3、细胞周期蛋白A1、SSX2、中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)、HPV E6、HPV E7、EBV LMP1、EBV LMP2、EBV EBNA1或EBV EBNA2。
9.根据权利要求2至8中任一项所述的T细胞组合物，其中所述T细胞组合物至少包含三种T细胞亚群。
10.根据权利要求9所述的T细胞组合物，其中所述组合物包含至少约45％的第一T细胞亚群、至少约10％的第二T细胞亚群和至少约5％的第三T细胞亚群。
11.根据权利要求2至8中任一项所述的T细胞组合物，其中所述T细胞组合物由四种T细胞亚群组成。
12.根据权利要求11所述的T细胞组合物，其中所述组合物包含至少约45％的第一T细胞亚群、至少约10％的第二T细胞亚群、和至少约5％的第三T细胞亚群和至少约5％的第四T细胞亚群。
13.根据权利要求2至8中任一项所述的T细胞组合物，其中所述T细胞组合物由五种T细胞亚群组成。
14.根据权利要求13所述的T细胞组合物，其中所述组合物包含至少约45％的第一T细胞亚群、至少约10％的第二T细胞亚群、和至少约5％的第三T细胞亚群、至少约5％的第四T细胞亚群和至少约5％的第五T细胞亚群。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤是血液系统恶性肿瘤。
16.根据权利要求1至14中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤是实体瘤。
17.根据权利要求2至16中任一项所述的T细胞组合物，其中至少一种所述肿瘤相关抗原是PRAME或存活素。
18.根据权利要求2至16中任一项所述的T细胞组合物，其中至少一种所述肿瘤相关抗原是PRAME。
19.根据权利要求2至16中任一项所述的T细胞组合物，其中至少一种所述肿瘤相关抗原是WT1。
20.根据权利要求2至16中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是PRAME、WT1和存活素。
21.根据权利要求2至16中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是PRAME、WT1、存活素和NY-ESO-1。
22.根据权利要求2至16中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是PRAME、WT1、存活素、NY-ESO-1和MAGE-A3。
23.根据权利要求10所述的T细胞组合物，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的、所述第二T细胞亚群针对WT1是特异性的和所述第三T细胞亚群针对存活素是特异性的。
24.根据权利要求12所述的T细胞组合物，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的、所述第二T细胞亚群针对WT1是特异性的、所述第三T细胞亚群针对存活素是特异性的和所述第四T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的。
25.根据权利要求14所述的T细胞组合物，其中所述第一T细胞亚群针对PRAME是特异性的、所述第二T细胞亚群针对WT1是特异性的、所述第三T细胞亚群针对存活素是特异性的、所述第四T细胞亚群针对NY-ESO-1是特异性的和所述第五肿瘤相关抗原针对MAGE-A3是特异性的。
26.根据权利要求1至25中任一项所述的T细胞组合物，其中一种或多种所述T细胞亚群源自脐带血。
27.根据权利要求1至26中任一项所述的T细胞组合物，其中每种所述T细胞亚群是使用包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽进行致敏和扩增的，所述肿瘤相关抗原HLA-限制于至少供体的HLA-A等位基因、HLA-B等位基因和HLA-DR等位基因。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的T细胞组合物，其中每种所述T细胞亚群是使用包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽进行致敏和扩增的，所述肿瘤相关抗原HLA-限制于至少一种所述供体的HLA-A等位基因、至少一种所述供体的HLA-B等位基因和至少一种所述供体的HLA-DR等位基因。
29.根据权利要求1至28中任一项所述的T细胞组合物，其中每种所述T细胞亚群是使用包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽进行致敏和扩增的，所述肿瘤相关抗原HLA-限制于至少两种所述供体的HLA-A等位基因、至少两种所述供体的HLA-B等位基因和至少两种所述供体的HLA-DR等位基因。
30.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述HLA-A等位基因选自包含以下的组：HLA-A*01、HLA-A*02:01、HLA-A*03、HLA-A*11:01、HLA-A*24:02、HLA-A*26和HLA-A*68:01。
31.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述HLA-B等位基因选自包含以下的组：HLA-B*07:02、HLA-B*08、HLA-B*15:01(B62)、HLA-B*18、HLA-B*27:05、HLA-B*35:01和HLA-B*58:02。
32.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述HLA-DR等位基因选自包含以下的组：HLA-DRB1*0101、HLA-DRB1*0301(DR17)、HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)、HLA-DRB1*0701、HLA-DRB1*1101和HLA-DRB1*1501(DR2b)。
33.一种用于向患有肿瘤的患者施用的分离的T细胞组合物，其中所述分离的T细胞组合物包含两种或更多种T细胞亚群；
其中每种所述T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群源自同种异体供体细胞来源；
其中每种所述T细胞亚群是彼此单独离体致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群是使用包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽进行致敏和扩增的，所述肿瘤相关抗原HLA-限制于至少一种所述供体的HLA-A等位基因、至少一种所述供体的HLA-B等位基因和至少一种所述供体的HLA-DR等位基因；
其中每种所述T细胞亚群以限定的比例在所述T细胞组合物中组合，其中所述限定的比例是总细胞数或归一化的细胞活性；和其中所述单一肿瘤相关抗原包含PRAME、WT1和存活素。
34.根据权利要求33所述的T细胞组合物，其中每种所述T细胞亚群是使用包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽进行致敏和扩增的，所述肿瘤相关抗原HLA-限制于至少两种所述供体的HLA-A等位基因、至少两种所述供体的HLA-B等位基因和至少两种所述供体的HLA-DR等位基因。
35.根据权利要求33和34中任一项所述的T细胞组合物，其中所述HLA-A等位基因选自包含以下的组：HLA-A*01、HLA-A*02:01、HLA-A*03、HLA-A*11:01、HLA-A*24:02、HLA-A*26和HLA-A*68:01。
36.根据权利要求33和34中任一项所述的T细胞组合物，其中所述HLA-B等位基因选自包含以下的组：HLA-B*07:02、HLA-B*08、HLA-B*15:01(B62)、HLA-B*18、HLA-B*27:05、HLA-B*35:01和HLA-B*58:02。
37.根据权利要求33和34中任一项所述的T细胞组合物，其中所述HLA-DR等位基因选自包含以下的组：HLA-DRB1*0101、HLA-DRB1*0301(DR17)、HLA-DRB1*0401(DR4Dw4)、HLA-DRB1*0701、HLA-DRB1*1101和HLA-DRB1*1501(DR2b)。
38.根据权利要求33至37中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是WT1，其中所述HLA型是HLA-A，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表1至7的肽的一种或多种HLA限制性组。
39.根据权利要求33至38中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是WT1，其中所述HLA型是HLA-B，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表8至15的肽的一种或多种HLA限制性组。
40.根据权利要求33至39中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是WT1，其中所述HLA型是HLA-DR，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表16至20的肽的一种或多种HLA限制性组。
41.根据权利要求33至40中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是PRAME，其中所述HLA型是HLA-A，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表21至27的肽的一种或多种HLA限制性组。
42.根据权利要求33至41中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是PRAME，其中所述HLA型是HLA-B，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表28至35的肽的一种或多种HLA限制性组。
43.根据权利要求33至42中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是PRAME，其中所述HLA型是HLA-DR，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表35至40的肽的一种或多种HLA限制性组。
44.根据权利要求33至43中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是存活素，其中所述HLA型是HLA-A，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表41至47的肽的一种或多种HLA限制性组。
45.根据权利要求33至44中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是存活素，其中所述HLA型是HLA-B，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表48至55的肽的一种或多种HLA限制性组。
46.根据权利要求33至45中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是存活素，其中所述HLA型是HLA-DR，并且其中用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表55至60的肽的一种或多种HLA限制性组。
47.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是NY-ESO-1，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表61至67的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表68至74的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表75至80的肽的一种或多种HLA限制性组。
48.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是MAGE-A3，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表81至87的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表88至94的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含限于选自表95至100的肽的一种或多种HLA限制性组。
49.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是MAGE-A4，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表101至107的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表108至114的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表115至120的肽的一种或多种HLA限制性组。
50.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是SSX2，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表121至127的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表128至134的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表135至140的肽的一种或多种HLA限制性组。
51.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是PR3，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表141至147的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表148至154的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表155至160的肽的一种或多种HLA限制性组。
52.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是细胞周期蛋白-A1，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表161至167的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表168至174的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表175至180的肽的一种或多种HLA限制性组。
53.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是中性粒细胞弹性蛋白酶，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表181至187的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表188至194的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表195至200的肽的一种或多种HLA限制性组。
54.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是EBVLMP1，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表201至207的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表208至214的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表215至220的肽的一种或多种HLA限制性组。
55.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是EBVLMP2，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表221至227的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表228至234的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表235至240的肽的一种或多种HLA限制性组。
56.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是EBVEBNA1，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表241至247的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表248至254的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表255至260的肽的一种或多种HLA限制性组。
57.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是EBVEBNA2，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表261至267的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表268至274的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表275至280的肽的一种或多种HLA限制性组。
58.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是HPVE6，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表281至287的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表288至294的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表295至300的肽的一种或多种HLA限制性组。
59.根据权利要求27至29中任一项所述的T细胞组合物，其中所述肿瘤相关抗原是HPVE7，其中所述HLA型是HLA-A，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表301至307的肽的一种或多种HLA限制性组，其中所述HLA型是HLA-B，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表308至314的肽的一种或多种HLA限制性组，以及其中所述HLA型是HLA-DR，并且用于致敏和扩增的所述特异性肽包含选自表315至320的肽的一种或多种HLA限制性组。
60.一种治疗恶性肿瘤或肿瘤的方法，包括向患有肿瘤的患者施用有效量的权利要求1至69中任一项所述的T细胞组合物。
61.根据权利要求60所述的方法，其中所述肿瘤是血液系统恶性肿瘤。
62.根据权利要求61所述的方法，其中所述血液系统恶性肿瘤选自以下：白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤。
63.根据权利要求60所述的方法，其中所述肿瘤是实体瘤。
64.根据权利要求63所述的方法，其中所述实体瘤选自以下：Wilms肿瘤、骨肉瘤、尤因肉瘤、神经母细胞瘤、软组织肉瘤和横纹肌肉瘤。
65.根据权利要求60至64中任一项所述的方法，其中所述T细胞组合物具有在所述患者中常见的至少一种HLA等位基因或HLA等位基因组合。
66.根据权利要求60至64中任一项所述的方法，其中所述T细胞组合物具有在所述患者中常见的多于一种HLA等位基因或HLA等位基因组合。
67.根据权利要求60至65中任一项所述的方法，其中所述施用包括施用第一剂量，然后施用至少一个另外的剂量，其中所述另外的剂量以选自以下的间隔施用：每1周、2周、3周、4周、每5周、每6周、每7周或每8周。
68.一种治疗患有肿瘤的患者的方法，包括：
i)确定所述患者的HLA亚型；
ii)诊断所述患者的所述肿瘤类型；
iii)鉴定用于用肿瘤相关抗原特异性T细胞亚群靶向的与所述肿瘤类型相关的两种或更多种肿瘤相关抗原；
iv)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共有的一种或多种HLA-等位基因，选择对每个靶向的肿瘤相关抗原具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
v)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成T细胞组合物；并且，
vi)向所述患者施用有效量的所述T细胞组合物。
69.一种治疗患有肿瘤的患者的方法，包括：
i)确定所述患者的HLA亚型；
ii)确定所述患者的肿瘤的TAA表达谱；
iii)鉴定用于用TAA特异性T细胞亚群靶向的由所述患者的肿瘤表达的两种或更多种肿瘤相关抗原；
iv)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共有的一种或多种HLA-等位基因，选择对每个靶向的TAA具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此独立致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体扩增的；
v)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成T细胞组合物；并且，
vi)向所述患者施用有效量的所述T细胞组合物。
70.一种治疗患有肿瘤的患者的方法，包括：
i)确定所述患者的HLA亚型；
ii)确定所述患者的肿瘤的所述肿瘤相关抗原表达谱；
iii)鉴定用于用肿瘤相关抗原特异性T细胞亚群靶向的由所述患者的肿瘤表达的两种或更多种肿瘤相关抗原；
iv)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共有的一种或多种HLA-等位基因，选择对每个靶向的肿瘤相关抗原具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
v)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第一T细胞组合物；
vi)向所述患者施用有效量的所述第一T细胞组合物；
vii)通过测量循环肿瘤相关抗原特异性T细胞的存在，监测所述患者对所述第一T细胞组合物的反应；
viii)监测所述患者的肿瘤相关抗原表达谱的变化；
ix)如果所述患者的肿瘤相关抗原表达谱改变，则鉴定用于用肿瘤相关抗原特异性T细胞亚群靶向的由所述患者的肿瘤表达的两种或更多种肿瘤相关抗原，其中如果所述患者对所述第一T细胞组合物的任何特异性肿瘤相关抗原T细胞亚群显示出强劲的反应，则排除靶向该肿瘤相关抗原；
x)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共有的一种或多种HLA-等位基因，选择对来自步骤ix)的每个靶向的肿瘤相关抗原具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
xi)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第二T细胞组合物；
xii)向所述患者施用有效量的所述第二T细胞组合物；并且，
xiii)任选地重复步骤viii)至xii)，并且
xiv)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第三T细胞组合物；并且
xv)向所述患者施用有效量的所述第三T细胞组合物。
71.一种治疗患有肿瘤的患者的方法，包括：
i)确定所述患者的HLA亚型；
ii)诊断所述患者的所述肿瘤类型；
iii)鉴定用于用肿瘤相关抗原特异性T细胞亚群靶向的与所述肿瘤类型相关的预先选定的两种或更多种肿瘤相关抗原的组；
iv)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共有的一种或多种HLA-等位基因，选择对每个靶向的肿瘤相关抗原具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
v)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第一T细胞组合物；
vi)向所述患者施用有效量的所述第一T细胞组合物；
vii)通过测量循环TAA特异性T细胞的存在，监测所述患者对所述第一T细胞组合物的反应；
viii)监测所述患者的肿瘤相关抗原表达谱的变化；
ix)如果所述患者的肿瘤相关抗原表达谱改变，则鉴定用于用肿瘤相关抗原特异性T细胞亚群靶向的由所述患者的肿瘤表达的两种或更多种肿瘤相关抗原，其中如果所述患者对所述第一T细胞组合物的任何特异性肿瘤相关抗原T细胞亚群显示出强劲的反应，则排除靶向该肿瘤相关抗原；
x)通过所述患者与所述T细胞亚群之间共有的一种或多种HLA-等位基因，选择对来自步骤ix)的每个靶向的肿瘤相关抗原具有最高活性的一个库存的T细胞亚群，其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的，其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的，其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
xi)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第二T细胞组合物；
xii)向所述患者施用有效量的所述第二T细胞组合物；并且
xiii)任选地重复步骤viii)至xii)；并且，
xiv)将每种选择的库存的T细胞亚群组合以形成第三T细胞组合物；并且，
xv)向所述患者施用有效量的所述第三T细胞组合物。
72.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，其中在施用前测试向所述患者施用的所述T细胞亚群对所述患者的肿瘤的反应性。
73.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，其中所述T细胞亚群源自同种异体供体。
74.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，其中所述T细胞亚群源自脐带血。
75.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，其中一种或多种所述T细胞亚群源自脐带血。
76.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，包括向患有肿瘤的患者施用有效量的权利要求1至24中任一项所述的T细胞组合物。
77.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，其中所述肿瘤是血液系统恶性肿瘤。
78.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，其中所述血液系统恶性肿瘤选自以下：白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤。
79.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，其中所述肿瘤是实体瘤。
80.根据权利要求68至71中任一项所述的方法，其中所述实体瘤选自以下：Wilms肿瘤、骨肉瘤、尤因肉瘤、神经母细胞瘤、软组织肉瘤和横纹肌肉瘤。
81.一种分离的T细胞亚群的库或文库，其包含两种或更多种已表征的T细胞亚群；
其中每种T细胞亚群源自同种异体供体；
其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群是彼此单独致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群已通过下述表征：
i)HLA-表型；
ii)对其特异性TAA的特异性；
iii)每种T细胞亚群对其特异性的一个或多个表位；
iv)所述T细胞亚群所限定的I类或II类MHC；
v)通过所述T细胞的对应HLA-等位基因的抗原性活性；和
vi)免疫效应物亚型的浓度；
其中将每种T细胞亚群的表征记录在数据库中以供将来参考；并且将所述T细胞亚群冻存以供将来使用。
82.根据权利要求1至58中任一项所述的T细胞组合物，其中一种或多种T细胞亚群使用重叠的肽文库进行致敏和扩增。
83.根据权利要求82的任一项所述的T细胞组合物，其中一种或多种T细胞亚群使用重叠的肽文库和包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽两者致敏和扩增，所述肿瘤相关抗原HLA限制于至少一种所述供体的HLA-A等位基因、至少一种所述供体的HLA-B等位基因和至少一种所述供体的HLA-DR等位基因。
84.根据权利要求82和83中任一项所述的T细胞组合物，其中一种或多种T细胞亚群使用重叠的肽文库和包含针对每种肿瘤相关抗原特异性的肽的一组肽两者致敏和扩增，所述肿瘤相关抗原HLA限制于至少两种所述供体的HLA-A等位基因、至少两种所述供体的HLA-B等位基因和至少两种所述供体的HLA-DR等位基因。
85.一种分离的T细胞组合物，其包含两种或更多种T细胞亚群，
其中每种T细胞亚群针对单一肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群针对不同肿瘤相关抗原是特异性的；
其中每种所述T细胞亚群是彼此独立致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群是离体致敏和扩增的；
其中每种所述T细胞亚群以限定的比例在所述T细胞组合物中组合，其中所述限定的比例是总细胞数或归一化的细胞活性；和
其中所述单一肿瘤相关抗原包含选自以下的一种抗原或抗原的组合：PRAME、WT1和存活素或来源于其的表位。
86.根据权利要求7所述的分离的T细胞组合物，其中所述肿瘤抗原包含表位，所述表位包含与来自表1至表302的任何序列具有至少75％、85％、95％或100％的序列同一性。
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