CN112176067A - 一种基于Y-STR基因座和Y-Indels基因座的复合扩增体系及其使用的引物组合 - Google Patents

一种基于Y-STR基因座和Y-Indels基因座的复合扩增体系及其使用的引物组合 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种基于Y‑STR基因座和Y‑Indels基因座的复合扩增体系及其使用的引物组合。本发明所提供的引物组合由序列表中的序列1至序列70所示的70种DNA分子组成。采用所述引物组合构建复合扩增体系,然后进行男性个体的STR分型,检出的多态性高,在父系亲缘关系鉴定、家系排查等方面具有重要的鉴别价值。本发明具有重要的应用价值。

Description

一种基于Y-STR基因座和Y-Indels基因座的复合扩增体系及 其使用的引物组合
技术领域
本发明属于法医学技术领域,具体涉及一种基于Y-STR基因座和Y-Indels基因座的复合扩增体系及其使用的引物组合,尤其涉及基于36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的复合扩增体系及其使用的引物组合。
背景技术
Y染色体为男性特有、同一父系所有的男性个体都具有相同或相似的Y-STR单倍型。基于其父系遗传特点,开创的Y-STR家系排查法是Y-STR技术在刑事侦查破案中应用的全新尝试,也为当前公安机关及时侦破案件提供了新的工作思路。Y-STR家系排查法是指侦查人员对收集的男性作案人作案遗留的生物检材进行有效的Y-STR分型后,在一定地域范围内或Y-STR数据库中搜索与现场物证具有相同或相似Y-STR分型的男性个体,排查出作案人所在家系,再利用常染色体检测等技术手段进而在该家系中精准查找出作案人的一种侦查方法。目前,Y-STR家系排查已经成为了案件侦查的重要手段,尤其是在一些以家族式聚居、人员流动较少的偏远地区发生的案件中,Y-STR排查为侦破案件提供了非常重要的指向性线索。
随着Y-STR技术的发展,国内外Y-STR相关的扩增检验体系不断完善,试剂产品也不断丰富。最初,Y-STR扩增检测体系仅可检验几个Y-STR基因座。随后,试剂体系中基因座数量不断增加,检验效能不断增强,如Promega公司首先推出了包含12个Y-STR基因座的PowerPlex YSystem,然后研制开发了可检验23个Y-STR基因座的PowerPlex Y23System;ABI公司推出了包含17个Y-STR基因座的Yfiler试剂盒,然后研制开发了可检验27个Y-STR基因座的YfilerPlus;在国内,公安部物证鉴定中心自主研发了DNATyperY系列试剂,无锡中德美联生物技术有限公司、苏州阅微基因技术有限公司等也不断推出Y-STR检验试剂,目前已有包含30余个Y-STR基因座的六色荧光扩增检测产品。上述产品不仅在男女成分混合或者多个男性成分混合的检材中发挥了重要的鉴定作用,而且可以协助寻找犯罪嫌疑人所在家系,大大地缩小侦查范围。但是在进行大量的男性个体识别时,现有Y-STR基因座的复合扩增体系,无论从基因座数量或是基因座突变率上,都显示出不足。基于此,Y-STR检验试剂类产品都应包含更多的基因座,尤其是应该包含关于Y数据库建设选用的20个Y-STR核心基因座(如DYS19、DYS385ab、DYS389I/II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS456、DYS458、DYS635、GATA-H4、DYS481、DYS533、DYS576)和15个优选基因座(如DYS643、DYS460、DYS549、DYF387S1、DYS449、DYS518、DYS627、DYS570、DYS527ab、DYS447、DYS444、DYS557、DYS596)以获得更强的系统检验效能,在实际应用中发挥更大的作用。
发明内容
本发明的目的是对男性个体进行STR分型。
本发明首先保护引物组合,可包括引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物25、引物26、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33、引物34、引物35、引物36、引物37、引物38、引物39、引物40、引物41、引物42、引物43、引物44、引物45、引物46、引物47、引物48、引物49、引物50、引物51、引物52、引物53、引物54、引物55、引物56、引物57、引物58、引物59、引物60、引物61、引物62、引物63、引物64、引物65、引物66、引物67、引物68、引物69和引物70;
引物1为序列表中的序列1所示的单链DNA分子;
引物2为序列表中的序列2所示的单链DNA分子;
引物3为序列表中的序列3所示的单链DNA分子;
引物4为序列表中的序列4所示的单链DNA分子;
引物5为序列表中的序列5所示的单链DNA分子;
引物6为序列表中的序列6所示的单链DNA分子;
引物7为序列表中的序列7所示的单链DNA分子;
引物8为序列表中的序列8所示的单链DNA分子;
引物9为序列表中的序列9所示的单链DNA分子;
引物10为序列表中的序列10所示的单链DNA分子;
引物11为序列表中的序列11所示的单链DNA分子;
引物12为序列表中的序列12所示的单链DNA分子;
引物13为序列表中的序列13所示的单链DNA分子;
引物14为序列表中的序列14所示的单链DNA分子;
引物15为序列表中的序列15所示的单链DNA分子;
引物16为序列表中的序列16所示的单链DNA分子;
引物17为序列表中的序列17所示的单链DNA分子;
引物18为序列表中的序列18所示的单链DNA分子;
引物19为序列表中的序列19所示的单链DNA分子;
引物20为序列表中的序列20所示的单链DNA分子;
引物21为序列表中的序列21所示的单链DNA分子;
引物22为序列表中的序列22所示的单链DNA分子;
引物23为序列表中的序列23所示的单链DNA分子;
引物24为序列表中的序列24所示的单链DNA分子;
引物25为序列表中的序列25所示的单链DNA分子;
引物26为序列表中的序列26所示的单链DNA分子;
引物27为序列表中的序列27所示的单链DNA分子;
引物28为序列表中的序列28所示的单链DNA分子;
引物29为序列表中的序列29所示的单链DNA分子;
引物30为序列表中的序列30所示的单链DNA分子;
引物31为序列表中的序列31所示的单链DNA分子;
引物32为序列表中的序列32所示的单链DNA分子;
引物33为序列表中的序列33所示的单链DNA分子;
引物34为序列表中的序列34所示的单链DNA分子;
引物35为序列表中的序列35所示的单链DNA分子;
引物36为序列表中的序列36所示的单链DNA分子;
引物37为序列表中的序列37所示的单链DNA分子;
引物38为序列表中的序列38所示的单链DNA分子;
引物39为序列表中的序列39所示的单链DNA分子;
引物40为序列表中的序列40所示的单链DNA分子;
引物41为序列表中的序列41所示的单链DNA分子;
引物42为序列表中的序列42所示的单链DNA分子;
引物43为序列表中的序列43所示的单链DNA分子;
引物44为序列表中的序列44所示的单链DNA分子;
引物45为序列表中的序列45所示的单链DNA分子;
引物46为序列表中的序列46所示的单链DNA分子;
引物47为序列表中的序列47所示的单链DNA分子;
引物48为序列表中的序列48所示的单链DNA分子;
引物49为序列表中的序列49所示的单链DNA分子;
引物50为序列表中的序列50所示的单链DNA分子;
引物51为序列表中的序列51所示的单链DNA分子;
引物52为序列表中的序列52所示的单链DNA分子;
引物53为序列表中的序列53所示的单链DNA分子;
引物54为序列表中的序列54所示的单链DNA分子;
引物55为序列表中的序列55所示的单链DNA分子;
引物56为序列表中的序列56所示的单链DNA分子;
引物57为序列表中的序列57所示的单链DNA分子;
引物58为序列表中的序列58所示的单链DNA分子;
引物59为序列表中的序列59所示的单链DNA分子;
引物60为序列表中的序列60所示的单链DNA分子;
引物61为序列表中的序列61所示的单链DNA分子;
引物62为序列表中的序列62所示的单链DNA分子;
引物63为序列表中的序列63所示的单链DNA分子;
引物64为序列表中的序列64所示的单链DNA分子;
引物65为序列表中的序列65所示的单链DNA分子;
引物66为序列表中的序列66所示的单链DNA分子;
引物67为序列表中的序列67所示的单链DNA分子;
引物68为序列表中的序列68所示的单链DNA分子;
引物69为序列表中的序列69所示的单链DNA分子;
引物70为序列表中的序列70所示的单链DNA分子。
所述引物组合具体可由引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物25、引物26、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33、引物34、引物35、引物36、引物37、引物38、引物39、引物40、引物41、引物42、引物43、引物44、引物45、引物46、引物47、引物48、引物49、引物50、引物51、引物52、引物53、引物54、引物55、引物56、引物57、引物58、引物59、引物60、引物61、引物62、引物63、引物64、引物65、引物66、引物67、引物68、引物69和引物70组成。
上述任一所述的引物组合中,引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物25、引物26、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33、引物34、引物35、引物36、引物37、引物38、引物39、引物40、引物41、引物42、引物43、引物44、引物45、引物46、引物47、引物48、引物49、引物50、引物51、引物52、引物53、引物54、引物55、引物56、引物57、引物58、引物59、引物60、引物61、引物62、引物63、引物64、引物65、引物66、引物67、引物68、引物69和引物70的摩尔比可为35:35:75:75:75:75:100:100:100:100:125:125:70:70:55:55:40:40:90:90:100:100:100:100:125:125:50:50:65:65:55:55:90:90:100:100:125:125:200:200:45:45:65:65:50:50:90:90:90:90:100:100:150:150:55:55:100:100:90:90:125:125:200:200:55:55:65:65:70:70。
上述任一所述的引物组合中,引物1、引物3、引物5、引物7、引物9、引物11、引物13、引物15、引物17、引物19、引物21、引物23、引物25、引物27、引物29、引物31、引物33、引物35、引物37、引物39、引物41、引物43、引物45、引物47、引物49、引物51、引物53、引物55、引物57、引物59、引物61、引物63、引物65、引物67和引物69均用荧光标记。
上述任一所述的引物组合中,引物1、引物3、引物5、引物7、引物9、引物11、引物65、引物67和引物69用FAM标记。引物13、引物15、引物17、引物19、引物21、引物23和引物25用HEX标记。引物27、引物29、引物31、引物33、引物35、引物37和引物39用TAMRA标记。引物41、引物43、引物45、引物47、引物49、引物51和引物53用ROX标记。引物55、引物57、引物59、引物61和引物63用SIZ标记。引物1、引物3、引物5、引物7、引物9、引物11、引物65、引物67和引物69的5’末端用FAM标记。引物13、引物15、引物17、引物19、引物21、引物23和引物25的5’末端用HEX标记。引物27、引物29、引物31、引物33、引物35、引物37和引物39的5’末端用TAMRA标记。引物41、引物43、引物45、引物47、引物49、引物51和引物53的5’末端用ROX标记。引物55、引物57、引物59、引物61和引物63的5’末端用SIZ标记。
本发明还保护一种基于Y-STR基因座和Y-Indels基因座的复合扩增体系,可包括上述任一所述引物组合;
所述Y-STR基因座可包括DYS460、DYS389I/II、DYS390、DYS533、DYS392、DYS518、DYS508、DYS437、DYS458、DYS385ab、GATA-H4、DYS576、DYS643、DYS456、DYS391、DYS447、DYS438、DYS448、DYF387S1、DYS596、DYS393、DYS635、DYS439、DYS19、DYS444、DYS449、DYS481、DYS570、DYS557、DYS549、DYS627和DYS527ab;
所述Y-Indels基因座可包括rs771783753、rs759551978和rs199815934。
DYS576、DYS449、DYS518、DYF387S1、DYS627和DYS570均为快速突变Y-STR基因座。
所述复合扩增体系具体可由上述任一所述引物组合组成。
上述任一所述复合扩增体系中,引物1和引物2在所述复合扩增体系中的浓度可为35mM。引物3、引物4、引物5和引物6在所述复合扩增体系中的浓度可为75mM。引物7、引物8、引物9、引物10、引物21、引物22、引物23、引物24、引物35、引物36、引物51、引物52、引物57和引物58在所述复合扩增体系中的浓度可为100mM。引物11、引物12、引物25、引物26、引物37、引物38、引物61和引物62在所述复合扩增体系中的浓度可为125mM。引物13和引物14在所述复合扩增体系中的浓度可为70mM。引物15、引物16、引物31、引物32、引物55和引物56在所述复合扩增体系中的浓度可为55mM。引物17和引物18在所述复合扩增体系中的浓度可为40mM。引物19、引物20、引物33、引物34、引物47、引物48、引物49、引物50、引物59和引物60在所述复合扩增体系中的浓度可为90mM。引物27、引物28、引物45和引物46在所述复合扩增体系中的浓度可为50mM。引物29、引物30、引物43和引物44在所述复合扩增体系中的浓度可为65mM。引物39、引物40、引物63和引物64在所述复合扩增体系中的浓度可为200mM。引物41和引物42在所述复合扩增体系中的浓度可为45mM。引物53和引物54在所述复合扩增体系中的浓度可为150mM。引物65和引物66在所述复合扩增体系中的浓度可为55mM。引物67和引物68在所述复合扩增体系中的浓度可为65mM。引物69和引物70在所述复合扩增体系中的浓度可为70mM。
上述复合扩增体系中,所述复合扩增体系还可包括进行PCR扩增反应所需的试剂;所述“进行PCR扩增反应所需的试剂”不包括PCR扩增反应所需的引物。
所述“进行PCR扩增反应所需的试剂”可包括DNA聚合酶、dNTP、Mg2+、BSA、KCl、Tris中的至少一种。
所述DNA聚合酶在所述复合扩增体系中的浓度可为0.1U/μL。所述dNTP在所述复合扩增体系中的浓度可为200μM(即dATP、dTTP、dCTP和dGTP的浓度为200μM)。所述Mg2+在所述复合扩增体系中的浓度可为1.5mM。所述BSA在所述复合扩增体系中的浓度可为0.8mg/mL。所述KCl在所述复合扩增体系中的浓度可为50mM。所述Tris在所述复合扩增体系中的浓度可为10mM。
所述复合扩增体系具体可由上述任一所述引物组合和进行PCR扩增反应所需的试剂组成。
含有上述任一所述引物组合的试剂盒也属于本发明的保护范围。所述试剂盒用于男性个体的STR分型。
上述任一所述复合扩增体系或含有上述任一所述引物组合的试剂盒的制备方法也属于本发明的保护范围。
上述任一所述复合扩增体系或含有上述任一所述引物组合的试剂盒的制备方法可包括将上述任一所述引物组合中的各条引物单独包装的步骤。
下述X1)或X2)也属于本发明的保护范围。
X1)上述任一所述引物组合或上述任一所述复合扩增体系,在制备用于男性个体的STR分型的试剂盒中的应用。
X2)上述任一所述引物组合或上述任一所述复合扩增体系,在男性个体的STR分型中的应用。
上述任一所述STR分型具体可为Y-STR分型。
上述任一所述男性个体可为中国男性个体。
采用本发明提供的复合扩增体系对样本一(9948人类基因组DNA)或样本二(人(已知为男性)的血液采集卡)进行STR分型。结果表明,样本一和样本二均得到了完整的STR分型,并且峰型尖锐清晰,平衡性好,无Pull-up峰、stutter带,无非特异性扩增产物出现。9948人类基因组DNA的结果还表明,该复合扩增体系对表1所示的36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的分型结果正确,完全能够满足法医Y-STR检验的要求。由此可见,本发明提供的复合扩增体系可用于扩增36个Y-STR基因座(其中7个为快速突变Y-STR基因座)和3个Y-Indels基因座,该复合扩增体系一次扩增可最多获得39个不同的等位基因片段,扩增效率非常高。同时,该复合扩增体系中包含7个快速突变的Y-STR基因座,检验效能也非常强。本发明提供的复合扩增体系在Y-STR在父系亲缘关系鉴定、家系排查等方面具有重要的应用价值。
附图说明
图1为样本一的DNA检测图谱。
图2为样本二的DNA检测图谱。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐明本发明,而不是为了限制本发明的范围。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
9948人类基因组DNA为Promaga公司产品。
实施例1、基于36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的复合扩增体系的制备
一、Y-STR基因座和Y-Indels基因座的筛选
本发明的发明人通过查阅文献获得大量候选的Y-STR基因座和Y-Indels基因座;然后应用人类基因组计划的研究成果,在UCSC网站(网址为:http://genome.ucsc.edu/)利用已报道的各基因座引物信息进行检索,获得相应的序列;将序列通过BLAST(网址为:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)在GenBank中进行检索查询,然后对现有的Y-STR基因座和Y-Indels基因座的核心及侧翼区序列信息、等位基因长度及分布等进行整理和系统研究,重点关注核心序列为4-6碱基重复的Y-STR基因座和插入片段不小于3bp的Y-Indels基因座。综合考虑各基因座的拷贝数、突变速率、重复单位特征、序列结构复杂程度等技术指标,以及与其它商品试剂盒的兼容性等,最终筛选获得36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座。
36个Y-STR基因座分别为:DYS460、DYS389I/II、DYS390、DYS533、DYS392、DYS518、DYS508、DYS437、DYS458、DYS385ab、GATA-H4、DYS576、DYS643、DYS456、DYS391、DYS447、DYS438、DYS448、DYF387S1、DYS596、DYS393、DYS635、DYS439、DYS19、DYS444、DYS449、DYS481、DYS570、DYS557、DYS549、DYS627、DYS527ab。其中,DYS576、DYS449、DYS518、DYF387S1、DYS627、DYS570为快速突变Y-STR基因座。
3个Y-Indels基因座分别为:rs771783753、rs759551978和rs199815934。
需要说明的是,DYS385ab、DYS527ab和DYF387S1的扩增片段长度没有明显差异,习惯上以a/b加以区分,即DYS385ab分为DYS385a和DYS385b,DYS527ab分为DYS527a和DYS527b,DYF387S1分为DYF387S1a和DYF387S1b;DYS389I/II的扩增片段长度有明显差异,习惯上以I/II加以区分,即DYS389I/II分为DYS389I和DYS389II。
上述39个基因座中包含了公安部关于Y数据库建设选用的20个Y-STR核心基因座和15个优选基因座。
二、基于36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的复合扩增体系的制备
1、根据各荧光染料发射波长的范围、荧光信号强弱等初步筛选出适合的荧光染料,而后通过大量实验,测试荧光染料的稳定性,最终获得互不干扰、品质稳定的六色荧光染料,实现六色荧光检测。
2、依据各基因座等位基因组成、范围及扩增片段长度,合理选取不同颜色的荧光标记,以区分位于片段重叠区域的各个基因座,然后制备基于36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的复合扩增体系。具体步骤如下:
(1)人工合成用于扩增每个基因座的引物,然后进行PCR扩增,获得每个基因座的特异性引物。
(2)综合单个基因座的扩增条件,选择适宜扩增程序,先将同一个颜色荧光标记的引物复合扩增,确认之后,再将不同颜色荧光标记的引物复合扩增。复合扩增时,观察各个基因座是否均有特异性产物和非特异产物的出现。如果不同基因座引物之间产生出现非特异的杂峰,则需要一一排除,找出这些基因座,重新设计并合成引物。此外,不同基因座的引物之间还会形成引物二聚体,降低引物的扩增效率,也需要重新设计并合成引物。
(3)反复测试、修改复合扩增体系,用复合扩增体系对男性的基因组DNA进行扩增,观察各基因座之间是否会有重叠,因为扩增产物是根据理论大小设计的,实际过程中会因为扩增产物的序列结构不一致而造成迁移速率偏快或偏慢,导致理论大小与实际大小不符,经常导致相邻基因座之间发生重叠或者距离过于接近,影响后续分析。一旦发生此类现象,则需要重新设计该基因座引物,再经历步骤(1)和(2),最终获得满足条件的复合扩增体系。
(4)复合扩增体系的调平。具体为:初次复合扩增时,各个引物在反应体系中的浓度均为100mM;根据反应结果调整各个引物对的浓度。
(5)优化复合扩增反应参数。用9948人类基因组DNA对反应体系中的关键组分和环节进行调整,如最优反应体系、扩增循环数、退火温度、延伸时间、热启动DNA聚合酶用量、引物量、缓冲液浓度等等。
经过上述步骤,获得基于36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的复合扩增体系。该复合扩增体系由DNA聚合酶、dNTP、Mg2+、BSA、KCl、Tris和引物混合物组成;引物混合物由70条引物混合而成;70条引物的名称、核苷酸序列、等位基因和扩增的基因座等信息详见表1中第1-5列。该复合扩增体系中,DNA聚合酶的浓度为0.1U/μL,dNTP的浓度为200μM(即dATP、dTTP、dCTP和dGTP的浓度均为200μM),Mg2+的浓度为1.5mM,BSA的浓度为0.8mg/mL,KCl的浓度为50mM,Tris的浓度为10mM,70条引物的浓度见表1中第6列。
表1
Figure BDA0002115202950000081
Figure BDA0002115202950000091
注:FAM表示5’末端进行FAM标记;HEX表示5’末端进行HEX标记;TAMRA表示5’末端进行TAMRA标记;ROX表示5’末端进行ROX标记,SIZ表示5’末端进行SIZ标记。
3、制备上述基于36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的复合扩增体系。
实施例2、基于36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的复合扩增体系的应用
Typer500内标为公安部物证鉴定中心的产品。去离子甲酰胺为ABI公司的产品,产品目录号为4311320。ABI3500xl遗传分析仪为ABI公司的产品。人(已知为男性)的血液采集卡由公安部物证鉴定中心日常DNA数据库建设所提供。
待测样本为样本一或样本二。
样本一:1ng9948人类基因组DNA。
样本二:取人(已知为男性)的血液采集卡,用0.5mm手持式打孔器打下一片圆片。
1、取10μL实施例1步骤二中3制备的复合扩增体系,加入待测样本进行PCR扩增,得到PCR扩增产物。
反应程序为:95℃预变性11min;94℃变性30s,59℃退火2min,72℃延伸1min,28次循环;60℃延伸60min;4℃保存。
2、完成步骤1后,将10μL上样混合物和1μL PCR扩增产物混合均匀,得到反应液。
上样混合物由10μL Typer500内标和1000μL去离子甲酰胺混合而成。
3、完成步骤2后,取反应液,95℃变性5min,迅速转移至-20℃放置5min,然后用ABI3130xl遗传分析仪进行毛细管电泳检测,得到DNA检测图谱。电泳条件为:进样电压1.2kV,进样时间为30s。
样本一的检测结果见图1(rs19…为rs199815934,rs7…为rs771783753,rs…为rs759551978)。
样本二的检测结果见图2(rs19…为rs199815934,rs7…为rs771783753,rs…为rs759551978)。
结果表明,样本一和样本二均得到了完整的STR分型,并且峰型尖锐清晰,平衡性好,无Pull-up峰、stutter带,无非特异性扩增产物出现。9948人类基因组DNA的结果还表明,实施例1制备的复合扩增体系对表1所示的36个Y-STR基因座和3个Y-Indels基因座的分型结果正确,完全能够满足法医Y-STR检验的要求。
本发明提供的复合扩增体系可用于扩增表1所示的36个Y-STR基因座(其中7个为快速突变Y-STR基因座)和3个Y-Indels基因座,该复合扩增体系一次扩增可最多获得39个不同的等位基因片段,扩增效率非常高。同时,该复合扩增体系中包含7个快速突变的Y-STR基因座,检验效能也非常强。本发明提供的复合扩增体系将进一步推动Y-STR在父系亲缘关系鉴定、家系排查等方面的应用。
<110> 公安部物证鉴定中心
<120> 一种基于Y-STR基因座和Y-Indels基因座的复合扩增体系及其使用的引物组合
<160> 70
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
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<213> Artificial sequence
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aggaatctga cacctctgac 20
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cttctgtatc caactctcat ctgt 24
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ctttcagcac atcacttgta tcc 23
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tttcctctga tggtgaagta atg 23
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gtcattccta atgtggtctt ctac 24
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atggaatgct ctcttggctt c 21
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tcgagttgtt atggttttag gtct 24
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gcttggaatt cttttaccca tc 22
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gtcaatctct gcacctggaa at 22
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atgactactg agtttctgtt atagtg 26
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atgaaaggtg tgaaccattt gg 22
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tccaaaggca gaaggaaatc tata 24
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caggagacag cctgttctat g 21
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ctggaagtgg agtttgctgt aag 23
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aggaatgtgg ctaacgctgt 20
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gcagagtgaa atacattttc ccctg 25
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gacaactggt ggcaacctaa gc 22
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tgtgattgtg acatacgcat ctg 23
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cgtcacctgg gtgtttgacc 20
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ctaggaagat tagccacaac ataag 25
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ggaggataag gcaggagaat ag 22
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tgatataata ggggaggctt gtc 23
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gtacccaaat caactcaact ccag 24
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acctttgttt ctgttcattc ttgag 25

Claims (10)

1.引物组合,包括引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物25、引物26、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33、引物34、引物35、引物36、引物37、引物38、引物39、引物40、引物41、引物42、引物43、引物44、引物45、引物46、引物47、引物48、引物49、引物50、引物51、引物52、引物53、引物54、引物55、引物56、引物57、引物58、引物59、引物60、引物61、引物62、引物63、引物64、引物65、引物66、引物67、引物68、引物69和引物70;
引物1为序列表中的序列1所示的单链DNA分子;
引物2为序列表中的序列2所示的单链DNA分子;
引物3为序列表中的序列3所示的单链DNA分子;
引物4为序列表中的序列4所示的单链DNA分子;
引物5为序列表中的序列5所示的单链DNA分子;
引物6为序列表中的序列6所示的单链DNA分子;
引物7为序列表中的序列7所示的单链DNA分子;
引物8为序列表中的序列8所示的单链DNA分子;
引物9为序列表中的序列9所示的单链DNA分子;
引物10为序列表中的序列10所示的单链DNA分子;
引物11为序列表中的序列11所示的单链DNA分子;
引物12为序列表中的序列12所示的单链DNA分子;
引物13为序列表中的序列13所示的单链DNA分子;
引物14为序列表中的序列14所示的单链DNA分子;
引物15为序列表中的序列15所示的单链DNA分子;
引物16为序列表中的序列16所示的单链DNA分子;
引物17为序列表中的序列17所示的单链DNA分子;
引物18为序列表中的序列18所示的单链DNA分子;
引物19为序列表中的序列19所示的单链DNA分子;
引物20为序列表中的序列20所示的单链DNA分子;
引物21为序列表中的序列21所示的单链DNA分子;
引物22为序列表中的序列22所示的单链DNA分子;
引物23为序列表中的序列23所示的单链DNA分子;
引物24为序列表中的序列24所示的单链DNA分子;
引物25为序列表中的序列25所示的单链DNA分子;
引物26为序列表中的序列26所示的单链DNA分子;
引物27为序列表中的序列27所示的单链DNA分子;
引物28为序列表中的序列28所示的单链DNA分子;
引物29为序列表中的序列29所示的单链DNA分子;
引物30为序列表中的序列30所示的单链DNA分子;
引物31为序列表中的序列31所示的单链DNA分子;
引物32为序列表中的序列32所示的单链DNA分子;
引物33为序列表中的序列33所示的单链DNA分子;
引物34为序列表中的序列34所示的单链DNA分子;
引物35为序列表中的序列35所示的单链DNA分子;
引物36为序列表中的序列36所示的单链DNA分子;
引物37为序列表中的序列37所示的单链DNA分子;
引物38为序列表中的序列38所示的单链DNA分子;
引物39为序列表中的序列39所示的单链DNA分子;
引物40为序列表中的序列40所示的单链DNA分子;
引物41为序列表中的序列41所示的单链DNA分子;
引物42为序列表中的序列42所示的单链DNA分子;
引物43为序列表中的序列43所示的单链DNA分子;
引物44为序列表中的序列44所示的单链DNA分子;
引物45为序列表中的序列45所示的单链DNA分子;
引物46为序列表中的序列46所示的单链DNA分子;
引物47为序列表中的序列47所示的单链DNA分子;
引物48为序列表中的序列48所示的单链DNA分子;
引物49为序列表中的序列49所示的单链DNA分子;
引物50为序列表中的序列50所示的单链DNA分子;
引物51为序列表中的序列51所示的单链DNA分子;
引物52为序列表中的序列52所示的单链DNA分子;
引物53为序列表中的序列53所示的单链DNA分子;
引物54为序列表中的序列54所示的单链DNA分子;
引物55为序列表中的序列55所示的单链DNA分子;
引物56为序列表中的序列56所示的单链DNA分子;
引物57为序列表中的序列57所示的单链DNA分子;
引物58为序列表中的序列58所示的单链DNA分子;
引物59为序列表中的序列59所示的单链DNA分子;
引物60为序列表中的序列60所示的单链DNA分子;
引物61为序列表中的序列61所示的单链DNA分子;
引物62为序列表中的序列62所示的单链DNA分子;
引物63为序列表中的序列63所示的单链DNA分子;
引物64为序列表中的序列64所示的单链DNA分子;
引物65为序列表中的序列65所示的单链DNA分子;
引物66为序列表中的序列66所示的单链DNA分子;
引物67为序列表中的序列67所示的单链DNA分子;
引物68为序列表中的序列68所示的单链DNA分子;
引物69为序列表中的序列69所示的单链DNA分子;
引物70为序列表中的序列70所示的单链DNA分子。
2.如权利要求1所述的引物组合,其特征在于:引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物25、引物26、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33、引物34、引物35、引物36、引物37、引物38、引物39、引物40、引物41、引物42、引物43、引物44、引物45、引物46、引物47、引物48、引物49、引物50、引物51、引物52、引物53、引物54、引物55、引物56、引物57、引物58、引物59、引物60、引物61、引物62、引物63、引物64、引物65、引物66、引物67、引物68、引物69和引物70的摩尔比为35:35:75:75:75:75:100:100:100:100:125:125:70:70:55:55:40:40:90:90:100:100:100:100:125:125:50:50:65:65:55:55:90:90:100:100:125:125:200:200:45:45:65:65:50:50:90:90:90:90:100:100:150:150:55:55:100:100:90:90:125:125:200:200:55:55:65:65:70:70。
3.如权利要求1或2所述的引物组合,其特征在于:引物1、引物3、引物5、引物7、引物9、引物11、引物13、引物15、引物17、引物19、引物21、引物23、引物25、引物27、引物29、引物31、引物33、引物35、引物37、引物39、引物41、引物43、引物45、引物47、引物49、引物51、引物53、引物55、引物57、引物59、引物61、引物63、引物65、引物67和引物69均用荧光标记。
4.如权利要求3所述的引物组合,其特征在于:引物1、引物3、引物5、引物7、引物9、引物11、引物65、引物67和引物69用FAM标记;引物13、引物15、引物17、引物19、引物21、引物23和引物25用HEX标记;引物27、引物29、引物31、引物33、引物35、引物37和引物39用TAMRA标记;引物41、引物43、引物45、引物47、引物49、引物51和引物53用ROX标记;引物55、引物57、引物59、引物61和引物63用SIZ标记。
5.一种基于Y-STR基因座和Y-Indels基因座的复合扩增体系,包括权利要求1至4任一所述引物组合;
所述Y-STR基因座包括DYS460、DYS389I/II、DYS390、DYS533、DYS392、DYS518、DYS508、DYS437、DYS458、DYS385ab、GATA-H4、DYS576、DYS643、DYS456、DYS391、DYS447、DYS438、DYS448、DYF387S1、DYS596、DYS393、DYS635、DYS439、DYS19、DYS444、DYS449、DYS481、DYS570、DYS557、DYS549、DYS627和DYS527ab;
所述Y-Indels基因座包括rs771783753、rs759551978和rs199815934。
6.如权利要求5所述复合扩增体系,其特征在于:
引物1和引物2在所述复合扩增体系中的浓度为35mM;
引物3、引物4、引物5和引物6在所述复合扩增体系中的浓度为75mM;
引物7、引物8、引物9、引物10、引物21、引物22、引物23、引物24、引物35、引物36、引物51、引物52、引物57和引物58在所述复合扩增体系中的浓度为100mM;
引物11、引物12、引物25、引物26、引物37、引物38、引物61和引物62在所述复合扩增体系中的浓度为125mM;
引物13和引物14在所述复合扩增体系中的浓度为70mM;
引物15、引物16、引物31、引物32、引物55和引物56在所述复合扩增体系中的浓度为55mM;
引物17和引物18在所述复合扩增体系中的浓度为40mM;
引物19、引物20、引物33、引物34、引物47、引物48、引物49、引物50、引物59和引物60在所述复合扩增体系中的浓度为90mM;
引物27、引物28、引物45和引物46在所述复合扩增体系中的浓度为50mM;
引物29、引物30、引物43和引物44在所述复合扩增体系中的浓度为65mM;
引物39、引物40、引物63和引物64在所述复合扩增体系中的浓度为200mM;
引物41和引物42在所述复合扩增体系中的浓度为45mM;
引物53和引物54在所述复合扩增体系中的浓度为150mM;
引物65和引物66在所述复合扩增体系中的浓度为55mM;
引物67和引物68在所述复合扩增体系中的浓度为65mM;
引物69和引物70在所述复合扩增体系中的浓度为70mM。
7.如权利要求5或6所述复合扩增体系,其特征在于:所述复合扩增体系还包括进行PCR扩增反应所需的试剂;所述“进行PCR扩增反应所需的试剂”不包括PCR扩增反应所需的引物。
8.含有权利要求1至4任一所述引物组合的试剂盒;所述试剂盒用于男性个体的STR分型。
9.权利要求5至7任一所述复合扩增体系或权利要求8所述试剂盒的制备方法,包括将权利要求1至4任一所述引物组合中的各条引物单独包装的步骤。
10.X1)或X2):
X1)权利要求1至4任一所述引物组合,或,权利要求5至7任一所述复合扩增体系,在制备用于男性个体的STR分型的试剂盒中的应用;
X2)权利要求1至4任一所述引物组合,或,权利要求5至7任一所述复合扩增体系,在男性个体的STR分型中的应用。
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