CN111778340B - 一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物 - Google Patents

一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物 Download PDF

Info

Publication number
CN111778340B
CN111778340B CN202010846196.1A CN202010846196A CN111778340B CN 111778340 B CN111778340 B CN 111778340B CN 202010846196 A CN202010846196 A CN 202010846196A CN 111778340 B CN111778340 B CN 111778340B
Authority
CN
China
Prior art keywords
cervical cancer
linc00487
expression
gene
biomarker
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
CN202010846196.1A
Other languages
English (en)
Other versions
CN111778340A (zh
Inventor
左宏玲
杜辉
郝增方
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Second Hospital of Hebei Medical University
Original Assignee
Second Hospital of Hebei Medical University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Second Hospital of Hebei Medical University filed Critical Second Hospital of Hebei Medical University
Priority to CN202010846196.1A priority Critical patent/CN111778340B/zh
Publication of CN111778340A publication Critical patent/CN111778340A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111778340B publication Critical patent/CN111778340B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16HHEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/20ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136Screening for pharmacological compounds
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Primary Health Care (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物,所述生物标志物为LINC00487,本发明通过检测宫颈癌的组织样本及其癌旁组织,发现了LINC00487在癌组织中的表达水平显著上调,同时该LncRNA具有改变细胞增殖活性以及迁移能力的特征,提示LINC00487可应用于早期宫颈癌的诊断和治疗。

Description

一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物
技术领域
本发明属于生物医药领域,涉及一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物,具体地,所述生物标志物为LINC00487。
背景技术
宫颈癌(Cervical cancer)是临床上常见的妇科恶性肿瘤,该病的发病率仅次于乳腺癌,位于妇科肿瘤的第二位。近年来,宫颈癌的临床发病率呈现出递增的发展趋势,且患病人群逐渐趋于年轻化,这对广大女性患者的身心健康造成了严重威胁。宫颈癌的发生于多种因素密切相关,如早婚、早育、多产及性生活紊乱等,人乳头状瘤病毒(Humanpapilloma virus,HPV)感染被认为是宫颈癌发病的必要条件。全世界每年有大约27万例宫颈癌的死亡比例(Vu M,Yu J,Awolude O A,et al.Cervical cancer worldwide[J].Current problems in cancer,2018,42(5):457-465.)和53万例新增确诊病例(CatarinoR,Petignat P,Dongui G,et al.Cervical cancer screening in developing countriesat a crossroad:Emerging technologies and policy choices[J].World journal ofclinical oncology,2015,6(6):281.),而中国作为宫颈癌发病率第二高的国家,每年新发病例约有10万,占世界新发病例总数的1/5(Hui-Hui Xu,Kai Wang,Xing-Jun Feng,Shan-Shan Dong,Ai fen Lin,Ling-Zhi Zheng,Wei-Hua Yan.Prevalence of humanpapillomavirus genotypes and relative risk of cervical cancer in China:asystematic review and Meta-analysis[J].Oncotarget.2018Mar 16,9(20):15386–15397.)。研究发现,在这些新发病例中,大部分人已经处于癌症晚期,生存率明显下降,宫颈癌的早发现早诊断早治疗是提高生存的关键,在我国宫颈癌的早期诊断更加重要。
长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNAs)是一类超过200个核苷酸,并具有与mRNA结构特征相似的非编码RNA,大多数是由RNA聚合酶Ⅱ转录产生的(EstellerM.Non-coding RNAs in human disease[J].Nature reviews genetics,2011,12(12):861-874.)。LncRNAs在表观遗传调控、选择性剪接、RNA衰变、细胞分化、细胞周期控制及癌细胞转移和耐药性等细胞调控过程中发挥着重要的作用(Richtig G,Ehall B,Richtig E,et al.Function and clinical implications of long non-coding RNAs in melanoma[J].International journal of molecular sciences,2017,18(4):715.)。近年来的研究表明,LncRNAs的表达或功能异常与人类多种生物学功能和疾病的发生密切相关,其中包括肿瘤的发生,与相应的正常组织相比,LncRNAs的表达在肿瘤组织中出现了显著的失调,并广泛参与了肿瘤细胞的恶性转化、谱系特征性改变、基因拷贝数变化和表观遗传修饰等生物学过程。目前针对LncRNAs在宫颈癌中的研究仍处于起步阶段,因此,研究与宫颈癌相关的新型LncRNAs对于揭示宫颈癌的发生发展机制,预测宫颈癌的发生发展情况具有重要意义。
发明内容
为了弥补现有技术的不足,本发明的目的在于提供一种与宫颈癌相关的LncRNA标志物,将其应用到临床中,从而实现宫颈癌的早期诊断和治疗,进行有效的干预,提高患者的生存率和生存质量。
为了实现上述目的,本发明采用如下技术方案:
本发明提供了检测LINC00487的试剂在制备诊断宫颈癌的产品中的应用。
进一步,所述产品包括用于检测样本中LINC00487表达水平的试剂。
进一步,所述样本可以是(但不限于):人体组织、血液、尿液或唾液。在本发明的具体实施例中,所述样本为人体组织。
本发明提供了一种诊断早期宫颈癌的产品。
进一步,所述产品包括试剂盒或芯片。
进一步,所述试剂盒或芯片包括检测LINC00487表达水平的试剂。
进一步,所述试剂包括通过反转录PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片技术检测LINC00487表达水平的试剂。
进一步,所述试剂盒中检测LINC00487表达水平的试剂包括特异性扩增LINC00487基因的引物或特异性识别LINC00487基因的探针;所述芯片中检测LINC00487表达水平的试剂包括特异性识别LINC00487基因的探针。
进一步,特异性扩增LINC00487基因的引物序列如SEQ ID NO.1~2所示。
进一步,所述用于诊断早期宫颈癌的产品包括但不限于试剂盒、芯片、试纸、或高通量测序平台;高通量测序平台是一种特殊工具,随着高通量测序技术的发展,对一个人的基因表达谱的构建将成为十分便捷的工作。通过对比疾病患者和正常人群的基因表达谱,容易分析出哪个基因的异常与疾病相关。因此,在高通量测序中获知LINC00487基因的异常与宫颈癌的发生相关也属于使用了本发明的LINC00487的新用途,同样在本发明的保护范围之内。
在本发明中,试剂盒还包括容器、使用说明书、阳性对照物、阴性对照物、缓冲剂、助剂或溶剂,以及附有试剂盒的使用说明书,其中记载了如何采用试剂盒进行检测,和如何利用检测结果对肿瘤发展进行判断、对治疗方案进行选择。
本发明所述的试剂盒可包含适于实用(如针对于不同的检测方法)的多种不同的试剂,并不限于目前所列举的试剂,只要是基于LINC00487基因或转录本的检测来诊断宫颈癌的试剂均包含在本发明范围内。
本发明提供了LINC00487在构建预测早期宫颈癌的计算模型中的应用。
正如熟练技术人员知道的,可以以不同方式实施和实现将标志物水平与某种可能性或风险关联起来的步骤。优选地,在数学上组合标志物和一种或多种其它标志物的测定浓度,并将组合值与根本的诊断问题关联起来。可以通过任何适宜的现有技术数学方法将标志物值的测定组合。
优选地,在标志物组合中应用的数学算法是一种对数函数。优选地,应用此类数学算法或此类对数函数的结果是单一值。根据根本的诊断问题,能容易地将此类值与例如个体关于宫颈癌的风险或与有助于评估早期宫颈癌患者的其它有意诊断用途关联起来。以一种优选的方式,此类对数函数是如下获得的:a)将个体分类入组,例如正常人、有宫颈癌风险的个体、具有宫颈癌的患者等等,b)通过单变量分析来鉴定在这些组之间差异显著的标志物,c)对数回归分析以评估标志物的可用于评估这些不同组的独立差别值,并d)构建对数函数来组合独立差别值。在这种类型的分析中,标志物不再是独立的,而是代表一个标志物组合。
用于将标志物组合与疾病关联起来的对数函数优选采用通过应用统计方法开发和获得的算法。例如,适宜的统计方法是判别分析(DA)(即线性、二次、规则DA)、Kernel方法(即SVM)、非参数方法(即k-最近邻居分类器)、PLS(部分最小二乘)、基于树的方法(即逻辑回归、CART、随机森林方法、助推/装袋方法)、广义线性模型(即对数回归)、基于主分量的方法(即SIMCA)、广义叠加模型、基于模糊逻辑的方法、基于神经网络和遗传算法的方法。熟练技术人员在选择适宜的统计方法来评估本发明的标志物组合并由此获得适宜的数学算法方面不会有问题。在一个实施方案中,用于获得评估宫颈癌中使用的数学算法的统计方法选自DA(即线性、二次、规则判别分析)、Kernel方法(即SVM)、非参数方法(即k-最近邻居分类器)、PLS(部分最小二乘)、基于树的方法(即逻辑回归、CART、随机森林方法、助推方法)、或广义线性模型(即对数回归)。
本发明提供了LINC00487在制备治疗宫颈癌的药物组合物中的应用。
进一步,所述药物组合物包括抑制LINC00487基因表达的试剂。
其中,所述抑制LINC00487基因表达的试剂选自:以LINC00487或其转录本为靶序列、且能够抑制LINC00487基因表达或基因转录的干扰分子,包括:shRNA(小发夹RNA)、小干扰RNA(siRNA)、dsRNA、微小RNA、反义核酸,或能表达或形成所述shRNA、小干扰RNA、dsRNA、微小RNA、反义核酸的构建物。
进一步,所述抑制LINC00487基因表达的试剂为双链分子。
进一步,所述双链分子为siRNA。
进一步,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.5~6所示。
进一步,所述药物组合物包含活性成分,加上一种或多种药物可接受的载体、稀释剂、填充剂、结合剂及其它赋形剂,这依赖于给药方式及所设计的剂量形式。本领域枝术人员已知的治疗惰性的无机或有机的载体包括(但不限于)乳糖、玉米淀粉或其衍生物、滑石、植物油、蜡、脂肪、多羟基化合物例如聚乙二醇、水、蔗糖、乙醇、甘油,诸如此类,各种防腐剂、润滑剂、分散剂、矫味剂。保湿剐、抗氧化剂、甜味剂、着色剂、稳定剂、盐、缓冲液诸如此类也可加入其中,这些物质根据需要用于帮助配方的稳定性或有助于提高活性或它的生物有效性或在口服的情况下产生可接受的口感或气味,在这种组合物中可以使用的制剂可是其原始化合物本身的形式,或任选地使用其药物学可接受的盐的形式。如此配制的组合物根据需要可选择本领域技术人员已知的任何适当的方式把药物进行给药。使用药物组合物时,是将安全有效量的本发明的药物施用于人,具体剂量还应考虑给药途径、病人健康状况等因素,这些都是熟练医师技能范围之内的。
本发明提供了LINC00487在筛选治疗宫颈癌的候选药物中的应用。
进一步,所述应用为一种筛选用于治疗或预防宫颈癌或抑制宫颈癌细胞生长的候选物质的方法。
进一步,所述筛选方法包括下述步骤:
1)用测试物质处理表达或含有LINC00487基因的体系;
2)检测所述体系中LINC00487基因的表达;
3)选择与在该测试物质不存在时检测到的表达水平相比降低LINC00487基因的表达水平的测试物质,即该测试物质可以抑制LINC00487基因的表达水平,则表明该测试物质是治疗宫颈癌的候选药物。
进一步,所述体系选自:细胞体系、亚细胞体系、溶液体系、组织体系、器官体系或动物体系。
进一步,所述测试物质包括(但不限于):针对LINC00487基因或其上游或下游基因设计的干扰分子、核酸抑制物、小分子化合物等。
除非另有定义,本发明上下文中的所有科技术语具有本领域普通技术人员所理解的相同含义。此外,对部分术语解释如下。
本文中使用的术语“治疗”通常涉及治疗人类或动物(例如,被兽医所应用),其中可达到某些预期的治疗效果,例如,抑制病症的发展(包括降低发展速度、使发展停止)、改善病症和治愈病症。还包括作为预防措施(例如预防)的治疗。对还没有发展为病症但有发展为该病症危险的患者的用途,也包括在术语“治疗”中。
本文中使用的术语“标志物”指代具有特异性生物学特性、生物化学特征或者方面的分子指示物,其可用于确定存在或不存在特定疾病或状况和/或特定疾病或状况的严重程度。其和“生物标志物”、“基因标志物”可以通用。
本文中使用的术语“差异表达”表示与第二种样品中相同的一种或多种本发明生物标志物的表达水平比较,经测定mRNA的量或水平,在一个样品中本发明的一种或多种生物标志物的RNA和/或所述生物标志物mRNA的一种或多种剪接变体表达水平的差异。
本文中使用的术语“表达差异增加”或“上调”表示基因相对于对照而言,基因表达(以RNA表达或蛋白质表达测定)显示增加至少10%或更多,例如20%、30%、40%或50%、60%、70%、80%、90%或更多或1.1倍、1.2倍、1.4倍、1.6倍、1.8倍或更多。
本文中使用的术语“表达差异降低”或“下调”表示基因相对于对照而言,基因表达(以RNA表达或蛋白质表达测定)显示降低至少10%或更多,例如20%、30%、40%或50%、60%、70%、80%、90%或少于1.0倍、0.8倍、0.6倍、0.4倍、0.2倍、0.1倍或更少的基因。
本发明的优点和有益效果:
本发明首次发现了LINC00487的差异表达与宫颈癌的发生发展相关,通过检测LINC00487的表达水平可以判断受试者是否患有早期宫颈癌。
本发明公开了一种筛选治疗宫颈癌的候选药物的方法,通过检测测试物质是否可以下调LINC00487的表达水平来判断测试物质是否为治疗宫颈癌的候选药物。
附图说明
以下,结合附图来详细说明本发明的实施方案,其中:
图1显示的是利用QPCR检测LINC00487基因在宫颈癌组织中的表达情况图;
图2显示的是CCK-8法检测LINC00487对细胞增殖活性的影响图。
具体实施方式
下面结合具体的实施例进一步说明本发明,本发明的实施例仅用于解释本发明,并不意味着限制本发明的保护范围。
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
实施例1筛选与宫颈癌相关的基因标志物
1、样本收集
收集30例医院妇产科提供的宫颈鳞癌组织样本及与之相对应的癌旁组织样本,从中随机选取5例进行高通量测序与分析,所有样本来源于经子宫切除术(锥切或全切)术后病理诊断为宫颈鳞癌的患者,其中癌旁正常组织作为对照组。所有病例术前均未做任何免疫抑制剂治疗、放疗以及化疗,排除其他肿瘤性疾病、自身免疫性疾病和严重慢性疾病,所有患者均已知情同意,并通过组织伦理委员会的同意。
2、组织RNA提取
取-80℃冻存的癌组织和周边癌旁组织约50mg,放入液氮中进行研磨,至无大颗粒组织时转移至1.5mL EP管中,加入1mL Trizol用于总RNA提取和实时定量PCR分析,具体流程如下:
1)在上述含有1mL Trizol的组织悬液中加入200μL氯仿,手动充分震荡混匀后室温下静置10min;
2)12000rpm,4℃的条件下,离心20min;
3)待离心完毕后,轻柔吸取EP管上层水相至新的1.5mL EP管中,加入400μL异丙醇,上下颠倒充分混匀,室温下放置20min(或-20℃放置2h,可增加RNA的析出);
4)12000rpm,4℃的条件下,离心20min;
5)弃去上清,向EP管中加入1mL预冷的75%的无水乙醇,12000rpm,4℃的条件下,离心10min,上述步骤重复2次;
6)弃去上清,用枪头吸取残存的液体,室温下晾置5min;
7)取20μL RNAase-free水溶解沉淀,定量后使用或冻存-80℃冰箱待用。
3、总RNA的定量与纯度分析
将提取的RNA进行琼脂糖凝胶电泳,利用Nanodrop2000对所提取的RNA的浓度和纯度进行测定,琼脂糖凝胶电泳检测RNA的完整性,Agilent 2100测定RIN值。单次建库要求RNA总量5μg,浓度≥200ng/μL,OD值A260/A280在1.8~2.0之间,测定后-80℃储存。
4、构建cDNA文库
使用Epicentre的Ribo-Zero试剂盒除去总RNA中的核糖体RNA;对完整的RNA序列,利用金属离子进行随机打断,将RNA随机断裂成200bp左右的小片段;采用IlluminaTruseqTM RNA sample Prep Kit进行cDNA文库的构建。
5、测序
使用Illumina X-Ten测序平台,进行2*150bp测序。
6、高通量转录组测序数据分析
删除不易检测到的LncRNA,使用R-3.3.3工具中的DESeq2对reads数进行差异表达分析,差异表达LncRNA筛选标准:FDR<0.05,abs(log2FC)>2。
7、结果
结果显示,与癌旁组织相比,LINC00487在宫颈鳞癌组织中的表达水平显著上调。
实施例2 QPCR验证LINC00487基因的差异表达
1、组织收集:利用实施例1中收集的30例宫颈鳞癌的组织样本及其对应的癌旁组织样本,对LINC00487进行大样本差异表达基因的验证。
2、组织RNA的提取:步骤同实施例1。
3、QPCR实验
1)逆转录反应
采用FastQμant cDNA第一链合成试剂盒(货号:KR106)进行LncRNA反转录,首先去除基因组DNA反应,在试管中加入5×gDNA Bμffer 2.0μL,总RNA1μg,加RNase Free ddH2O使总体积至10μL,水浴锅中42℃加热3min。
将10×Fast RT Bμffer 2.0μL,RT Enzyme Mix 1.0μL,FQ-RT Primer Mix 2.0μL,RNase Free ddH2O 5.0μL,混合后加入上述试管中一起混合共20μL,水浴锅中42℃加热15min,95℃加热3min。
2)引物的设计与制备
根据Genebank中LINC00487基因和GAPDH基因的编码序列设计QPCR扩增引物,在进行LINC00487的引物设计时,选择不同转录产物序列的共同序列进行设计,具体引物序列如下:
LINC00487基因:
正向引物为5’-CCAGCAAGAAGAAGAATT-3’(SEQ ID NO.1);
反向引物为5’-AGTTAGGTCACAATAGCA-3’(SEQ ID NO.2)。
GAPDH基因:
正向引物为5’-AATCCCATCACCATCTTCCAG-3’(SEQ ID NO.3);
反向引物为5’-GAGCCCCAGCCTTCTCCAT-3’(SEQ ID NO.4)。
3)实时定量PCR反应
用SuperReal PreMix Plus(SYBR Green)(货号:FP205),进行扩增。
采用20μL反应体系:2×SuperReal PreMix Plus 10μL,正反向引物(10μM)各0.6μL,5×ROX Reference Dye2μL,DNA模板2μL,灭菌蒸馏水4.8μL。每个样本设置3个平行管,所有扩增反应均重复三次以上以保证实验结果的可靠性。
扩增程序为:95℃15min,(95℃10s,55℃30s,72℃32s)×40个循环。
4、统计学分析
采用统计学软件SPSS20.0进行统计分析,计量资料以均数±标准差(mean±SD)表示。两组间比较采用配对T检验,三组及以上采用单因素方差分析,多重比较采用LSD-t检验。所有实验重复三次,以P<0.05为差异具有统计学意义。
5、结果
QPCR结果如图1所示,相比癌旁组织,宫颈癌组织中LINC00487的表达量显著上调,差异具有统计学意义(P<0.05);其中表达上调的癌组织样本有29例,无显著性差异的有1例,提示LINC00487可作为分子标志物用于宫颈癌的诊断和治疗。
ROC曲线分析表明LINC00487可以作为分子标志物应用于宫颈癌的诊断,其曲线下面积为0.976,说明LINC00487的表达对宫颈癌的诊断具有高敏感性和高特异性。
实施例3 LINC00487的表达与宫颈癌细胞增殖、迁移的关系研究
1、细胞培养
将液氮中保存的人宫颈癌SiHa细胞取出后进行复苏接种于含10%胎牛血清的DMEM培养基,于37℃、95%湿度及含5%CO2的培养箱中传代培养,取对数生长期的细胞用于实验。
2、细胞转染
转染前1d将细胞按2×105/孔接种于6孔细胞培养板中,当细胞融合度达60%~70%时,按Lipofectamine3000脂质体说明书转染细胞。实验设3个组:空白对照组(SiHa细胞),阴性对照组(siRNA-NC)和实验组(转染siRNA),其中,阴性对照组siRNA与LncRNA基因的序列无同源性。
其中,针对LINC00487的siRNA序列如下:
正义链为5’-UUCAAAAUGAGAGUAUUAGGA-3’(SEQ ID NO.5);
反义链为5’-CUAAUACUCUCAUUUUGAAGA-3’(SEQ ID NO.6)。
3、QPCR检测细胞中LINC00487的表达水平
使用Trizol法提取细胞总RNA,按照实施例1中的方法进行逆转录以及实时定量PCR检测。
4、细胞增殖实验
CCK-8细胞增殖实验检测LncRNA表达对宫颈癌SiHa细胞增殖的影响。
将转染siRNA-LINC00487的宫颈癌细胞作为实验组,转染siRNA-NC的细胞作为对照组,加入到96孔板中,每孔加入的细胞数量为1000个,每组设置5个复孔,培养72h时,细胞孔中加入10μL的CCK-8检测液,将96孔板继续放入细胞培养箱中孵育4h左右,用酶标仪检测各孔在450nm波长处的吸光度值并记录数据,根据检测的OD值,检测细胞的增殖情况。
5、细胞迁移实验
划痕实验检测LncRNA表达对宫颈癌SiHa细胞迁移能力的影响。
将转染后对数生长状态良好的细胞,用1×PBS冲洗3遍,去掉死细胞,胰酶消化,制备单细胞悬液,对细胞悬液进行稀释,调整密度为5×105个/mL,用记号笔在培养皿背面画一条横线作为标志,向每个培养皿中加入1mL细胞悬液,摇匀,放入培养箱中培养,当细胞覆盖面积为95%时,进行下一步操作,用100μL移液器枪头在单层细胞中间划“一”字形划痕,然后用PBS液冲洗细胞3遍,加入DMEM培养基后放入培养箱内培养。24h后取出培养皿,去掉培养基,用PBS液清洗培养皿3遍,观察细胞情况,测量伤痕距离并记录。
6、统计学分析
采用统计学软件SPSS20.0进行统计分析,计量资料以均数±标准差(mean±SD)表示。两组间比较采用配对T检验,三组及以上采用单因素方差分析,多重比较采用LSD-t检验。所有实验重复三次,以P<0.05为差异具有统计学意义。
7、结果
转染结果显示,以空白对照组LINC00487的表达水平作为参比设为1,相比空白对照组的LINC00487的表达量(相对表达量为1)与转染siRNA-NC阴性对照组的LINC00487的表达量(相对表达量为0.960±0.035),转染siRNA-LINC00487实验组的LINC00487的表达量(相对表达量为0.196±0.027)显著下调,差异具有统计学意义(实验组vs空白对照组,P﹤0.05;实验组vs siRNA-NC组,P﹤0.05),而siRNA-NC组和空白对照组之间没有显著的差异(P>0.05)。
CCK-8细胞增殖活性结果如图2所示,转染siRNA的实验组的OD450(0.682±0.037)明显低于转染siRNA-NC的对照组(1.264±0.058),说明LINC00487能影响宫颈癌细胞的增殖活性,改变LINC00487的表达水平可改变宫颈癌细胞的增殖能力。
划痕实验的结果表明,与空白对照组(愈合率%:83.02±3.60)及转染siRNA-NC阴性对照组(愈合率%:80.98±2.62)相比,转染siRNA-LINC00487实验组(愈合率%:31.03±2.60)下调LINC00487在宫颈癌细胞内的表达水平后,宫颈癌的细胞迁移能力显著下降(P<0.05),而空白对照组和阴性对照组的细胞迁移率差异无统计学意义(P<0.05),提示干扰LINC00487的表达可以显著抑制宫颈癌细胞的迁移能力。
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以对本发明进行若干改进和修饰,这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。
序列表
<110> 河北医科大学第二医院
<120> 一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物
<141> 2020-08-20
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ccagcaagaa gaagaatt 18
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
agttaggtca caatagca 18
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
aatcccatca ccatcttcca g 21
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gagccccagc cttctccat 19
<210> 5
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
uucaaaauga gaguauuagg a 21
<210> 6
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
cuaauacucu cauuuugaag a 21

Claims (8)

1.检测样本中LINC00487表达水平的试剂在制备诊断宫颈癌的产品中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述样本包括人体组织、血液、尿液或唾液。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述样本为人体组织。
4.抑制LINC00487基因表达的试剂在制备治疗宫颈癌的药物组合物中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,所述抑制LINC00487基因表达的试剂为双链分子。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,所述双链分子为siRNA。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.5~6所示。
8.LINC00487在筛选治疗宫颈癌的候选药物中的应用,其特征在于,所述应用是通过检测LINC00487的表达水平得以实现的。
CN202010846196.1A 2020-08-21 2020-08-21 一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物 Expired - Fee Related CN111778340B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010846196.1A CN111778340B (zh) 2020-08-21 2020-08-21 一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010846196.1A CN111778340B (zh) 2020-08-21 2020-08-21 一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111778340A CN111778340A (zh) 2020-10-16
CN111778340B true CN111778340B (zh) 2022-08-30

Family

ID=72762971

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010846196.1A Expired - Fee Related CN111778340B (zh) 2020-08-21 2020-08-21 一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111778340B (zh)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113718032B (zh) * 2021-09-08 2023-08-25 河北医科大学第二医院 生物标志物在早期检测宫颈癌中的应用
CN113736884B (zh) * 2021-09-08 2023-01-24 山西医科大学第二医院 LncRNA标志物作为宫颈癌标志物及治疗靶点在宫颈癌治疗药物中的应用

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
MX2018011348A (es) * 2016-03-18 2019-07-12 Brian Reid Christopher Composiciones de extractos naturales y uso de los mismos para prevenir o tratar enfermedades.

Also Published As

Publication number Publication date
CN111778340A (zh) 2020-10-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20210381062A1 (en) Nasal epithelium gene expression signature and classifier for the prediction of lung cancer
KR100966271B1 (ko) Ercc1 발현에 기초한 화학요법을 결정하는 방법
CN108531596B (zh) 一种lncRNA作为生物标志物在胃癌诊治中的应用
CN111778340B (zh) 一种用于早期宫颈癌诊断的生物标志物
CN109468382B (zh) lncRNA在肺腺癌诊疗中的应用
CN111187840B (zh) 一种用于早期乳腺癌诊断的生物标志物
CN107519193B (zh) 食管鳞癌早期分子诊断标志物及其应用
CN112322741A (zh) 生物标志物rp11-54a9.1在预测口腔鳞癌及其治疗中的应用
CN107586842A (zh) 一种用于肾透明细胞癌诊治的生物标志物
CN111893188B (zh) 生物标志物linc01356在宫颈癌诊断和治疗中的应用
KR101014345B1 (ko) Ercc1 발현에 기초한 화학요법을 결정하는 방법
CN107058480A (zh) 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物
CN110452989B (zh) 生物标志物在胃癌检测、诊断中的应用
CN108998532B (zh) 一种直肠腺癌的诊治标志物
CN110923324A (zh) 一种乳腺癌miRNA标记物及其应用
CN110042164B (zh) 肺癌诊疗用lncRNA标志物
CN113774131B (zh) 一种用于非小细胞肺癌早期诊断、治疗与预后检测的分子分型标志物及试剂盒
CN110055333B (zh) Rp11-116o18.1作为分子标志物在肺癌中的应用
CN108660211A (zh) 一种与肝细胞癌相关的生物标志物linc01549及其应用
CN114350812A (zh) 与奥西替尼耐药性相关的NSCLC-free RNA-3及其应用
CN108165632B (zh) Linc01426在肝细胞癌诊断和治疗中的应用
WO2020064006A2 (zh) 乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群及诊断产品和应用
CN111394464B (zh) 放射性损伤疾病的检测试剂及其应用
CN111455054B (zh) 放射性癌的诊断和治疗用分子
CN110241219B (zh) Myom3在黑色素瘤转移中的应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20220830

CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee