CN111424092B - 一种检测基因及其应用 - Google Patents

一种检测基因及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN111424092B
CN111424092B CN202010318998.5A CN202010318998A CN111424092B CN 111424092 B CN111424092 B CN 111424092B CN 202010318998 A CN202010318998 A CN 202010318998A CN 111424092 B CN111424092 B CN 111424092B
Authority
CN
China
Prior art keywords
gipc3
gene
thyroid cancer
expression
sirna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
CN202010318998.5A
Other languages
English (en)
Other versions
CN111424092A (zh
Inventor
李美晔
薛国亮
王佳
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
960th Hospital of the Joint Logistics Support Force of PLA
Original Assignee
960th Hospital of the Joint Logistics Support Force of PLA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 960th Hospital of the Joint Logistics Support Force of PLA filed Critical 960th Hospital of the Joint Logistics Support Force of PLA
Priority to CN202010318998.5A priority Critical patent/CN111424092B/zh
Publication of CN111424092A publication Critical patent/CN111424092A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111424092B publication Critical patent/CN111424092B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407Specifically defined cancers
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136Screening for pharmacological compounds
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Abstract

本发明公开了一种检测基因及其应用,具体的涉及检测基因GIPC3。本发明提供了GIPC3在制备诊断甲状腺癌的产品中的应用以及一种诊断甲状腺癌的产品,同时还提供了GIPC3在制备治疗甲状腺癌的药物组合物中的应用及一种治疗甲状腺癌的药物组合物。

Description

一种检测基因及其应用
技术领域
本发明属于生物医药领域,涉及一种检测基因及其应用。
背景技术
甲状腺癌(thyroid carcinoma)已经成为头颈部最多发的恶性肿瘤,并且发病率还在逐年增高。甲状腺癌主要分为四种病理类型:甲状腺乳头状癌(papillary thyroidcarcinoma,PTC)、甲状腺滤泡癌(follicular thyroid carcinoma,FTC)、甲状腺髓样癌及甲状腺未分化癌。甲状腺乳头状癌和甲状腺滤泡癌合称为分化型甲状腺癌(differentiated thyroid carcinoma,DTC)。甲状腺乳头状癌为分化型甲状腺癌的主要类型,占全部甲状腺癌的94.7%(胡尔维,姜训圳,刘立彬.全甲状腺切除术治疗甲状腺癌的临床分析[J].实用肿瘤杂志,2014,29(1):69-72.)。转移的方式会随着分型的不同而不相同。甲状腺乳头状癌病发早期多发生甲状腺周围颈部淋巴结的转移,多转移至肿瘤同侧的VI区,VI又称为中央区,向远处的转移率则相当低;分化型甲状腺癌的另一个主要类型是甲状腺滤泡状癌,此类型的甲状腺癌恶性程度相对较高,虽然较少发生颈部淋巴结的转移,但其极易发生血道转移及侵犯周围组织器官,远处主要向肺部及骨骼转移;髓样癌亦称为C细胞的恶性肿瘤,恶性程度较高,较为少见,占所有甲状腺癌总数的3%~10%,分家族型和散发型,大多早期即发生淋巴道转移;恶性程度较高的甲状腺癌都归为甲状腺未分化癌,因为及其容易发生近处及远处的转移,所有本病甚难控制,本病患者1年内的生存率也只有10%(Vamvakidis K,Christoforides C,Zografos G N.Surgical treatment of anaplasticthyroid cancer[J].Hellenic Journal of Surgery,2015,87(1):63-66)。
甲状腺乳头状癌的发病具体原因尚不清楚,可能与外界因素:碘的摄入异常、电离辐射;自身因素:性别、年龄大小及家族遗传等相关。超声诊断目前是我们术前对甲状腺癌的主要检查方法。有些特殊形态的甲状腺乳头状癌与甲状腺良性的结节的彩超图像鉴别有时会困难。如果在甲状腺结节中仅仅有一小部分是恶性成分,那么我们用彩超也较难判断。而且在通过超声对术前颈部中央区淋巴结转移诊断的敏感性仅为31.3%(孙玉石,吕宏军,赵艳茹,等.甲状腺乳头状癌颈部中央区淋巴结转移相关因素分析[J].中华耳鼻咽喉头颈外科杂志,2017,52(6):421-425)。寻找到特异性和灵敏度高的生物学指标,可以为制定合适的手术方案及预后的判断提供可靠的依据。
发明内容
为了弥补现有技术的不足,本发明的目的在于提供与甲状腺癌相关的标志物及其在甲状腺癌诊断和治疗中的应用。
为了实现上述目的,本发明采用如下技术方案:
本发明提供了检测GIPC3的试剂在制备诊断甲状腺癌的产品中的应用。
进一步,所述试剂选自特异性识别GIPC3基因的寡核苷酸探针、特异性扩增GIPC3基因的引物或特异性结合GIPC3基因编码的蛋白的结合剂。
进一步,所述特异性扩增GIPC3基因的引物序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。
进一步,所述甲状腺癌为滤泡型甲状腺乳头状癌。
本发明提供了一种诊断甲状腺癌的产品,所述产品包括能够检测GIPC3表达水平的芯片、试剂盒或核酸膜条。
进一步,所述芯片包括基因芯片、蛋白芯片,所述基因芯片包括用于检测GIPC3基因转录水平的针对GIPC3基因的寡核苷酸探针,所述蛋白芯片包括GIPC3蛋白的特异性结合剂;所述试剂盒包括基因检测试剂盒、蛋白检测试剂盒,所述基因检测试剂盒包括用于检测GIPC3基因转录水平的试剂、或芯片,所述蛋白检测试剂盒包括用于检测GIPC3蛋白表达水平的试剂、或芯片。
进一步,所述试剂盒包括通过RT-PCR法、qRT-PCR法、生物芯片检测法、DNA印迹法、原位杂交法、免疫印迹法检测GIPC3基因或蛋白表达水平的试剂。
进一步,所述用qRT-PCR法检测GIPC3基因表达水平的试剂包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的特异性扩增GIPC3基因的引物序列。
本发明提供了GIPC3在构建预测甲状腺癌的计算模型中的应用。
本发明提供了GIPC3在制备治疗甲状腺癌的药物组合物中的应用。
进一步,所述药物组合物包括GIPC3的抑制剂。
进一步,所述抑制剂抑制GIPC3的表达水平。
进一步,所述抑制剂为siRNA。
进一步,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.5~6所示。
本发明提供了一种治疗甲状腺癌的药物组合物,所述药物组合物包括GIPC3的抑制剂。
进一步,所述抑制剂抑制GIPC3的表达水平。
进一步,所述抑制剂为siRNA。
进一步,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.5~6所示。
本发明提供了GIPC3在筛选治疗甲状腺癌的候选药物中的应用。
进一步,用待筛选物质处理表达或含有GIPC3基因或其编码的蛋白的培养体系;和检测所述体系中GIPC3基因或其编码的蛋白的表达或活性;其中,当所述待筛选物质抑制GIPC3基因的水平或表达活性时,该待筛选物质是治疗甲状腺癌的候选药物。
本发明的优点和有益效果:
本发明首次发现了一种与甲状腺癌的发生发展相关的分子标志物-GIPC3基因,通过检测受试者甲状腺组织中GIPC3的表达水平,可以判断受试者是否患有甲状腺癌,从而指导临床医师给受试者提供预防方案或者治疗方案;利用分子标记物来实现疾病的诊断和治疗,相比传统手段,具有更高的特异性和灵敏度。
本发明同时发现改变GIPC3的表达水平,可以影响细胞的增殖和侵袭,提示可以将GIPC3应用于甲状腺癌的治疗。
附图说明
图1显示利用QPCR检测GIPC3基因在甲状腺癌组织中的表达情况图。
发明详述
本发明通过广泛而深入的研究,采用高通量测序结合生物信息分析的方法,筛选在甲状腺癌样本中呈现差异表达的基因,并通过QPCR进一步大样本验证所筛选的差异表达的基因应用于甲状腺癌中的可行性,排除假阳性,为甲状腺癌的诊断及靶向治疗提供分子手段。同时探究基因在甲状腺癌的发生、发展中发挥的作用,以期为甲状腺癌的治疗提供靶标。通过筛选,本发明首次发现了GIPC3在甲状腺癌中的表达水平显著上调。
GIPC3包括野生型、突变型或其片段。该术语涵盖全长,未加工的GIPC3,以及源自细胞中加工的任何形式的GIPC3。该术语涵盖GIPC3的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖例如GIPC3基因,人GIPC3的mRNA序列(GenBank登录号NM_133261.3),和人GIPC3的氨基酸序列(GenBank登录号NP_573568.1)以及来自任何其它脊椎动物来源,包括哺乳动物,诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的GIPC3 DNA,mRNA,和氨基酸序列。作为一种优选的实施方案,在本发明中,GIPC3为人的基因,基因ID为126326。
本文所用术语“差异表达”表示与第二种样品中相同的一种或多种本发明生物标志物的表达水平比较,经测定mRNA的量或水平,在一个样品中本发明的一种或多种生物标志物的RNA和/或所述生物标志物mRNA的一种或多种剪接变体表达水平的差异。“差异表达的”还可以包括与第二种样品或样品群中蛋白质表达量或水平比较,对样品或样品群中本发明生物标志物编码的蛋白质的测定。差异表达可以如本文所述和本领域技术人员理解的方法确定。术语“差异表达”或“表达水平的变化”表示与第二种样品中给定生物标志物的可测定表达水平比较,经测定RNA的量和/或蛋白质的量,样品中给定生物标志物可测定表达水平的增加或降低。术语“差异表达”或“表达水平的变化”还可以表示与第二个样品群中生物标志物的可测定表达水平比较,样品群中给定生物标志物可测定表达水平的增加或降低。本文所用“差异表达”可以用给定生物标志物的表达水平相对于对照中给定生物标志物的平均表达水平的比率进行测定,其中比率不等于1.0。还可以用p值测定差异表达。当使用p值时,当p值小于0.1时生物标志物被鉴定为在第一和第二群体之间差异表达。更优选p值小于0.05。甚至更优选p值小于0.01。还更优选p值小于0.005。最优选p值小于0.001。当基于比率确定差异表达时,如果第一种和第二种样品中表达水平的比率大于或小于1.0,则RNA或蛋白质是差异表达的。举例来说,大于1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20的比率,或小于1的比率,例如0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05。在本发明的另一个实施方案中,如果第一群体的平均表达水平与第二群体的平均表达水平的比率大于或小于1.0,则核酸转录本是差异表达的。举例来说,大于1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20的比率,或小于1的比率,例如0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05。在本发明的另一个实施方案中,如果第一个样品中表达水平与第二个群体中平均表达水平的比率大于或小于1.0,例如包括比率大于1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20,或比率小于1,例如0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05,则核酸转录本是差异表达的。
本文包括任何本领域可用的用于检测本文所述的内在基因表达的方法。“检测表达”是指确定内在基因的RNA转录物或其表达产物的量或存在。检测本公开的内在基因表达,即基因表达概况分析的方法包括基于多核苷酸杂交分析的方法、基于多核苷酸测序的方法、免疫组化方法、和基于蛋白质组学的方法。这些方法通常检测本文所述的内在基因的表达产物(例如mRNA)。在优选的实施方案中,使用基于PCR的方法,例如逆转录PCR(RT-PCR),和基于阵列的方法例如微阵列。“微阵列”指可杂交阵列元件,如,例如,多核苷酸探针,在基质上的有序排列。术语“探针”指能与特别预期的靶生物分子,例如由内在基因编码的或相应于内在基因的核苷酸转录物或蛋白选择性结合的分子。探针可以由本领域技术人员合成,或者可以来自于合适的生物制备物。可以特异性地设计探针以对其进行标记。可以用作探针的分子的实例包括,但不限于RNA、DNA、蛋白、抗体、和有机分子。
在本发明中,针对GIPC3基因的寡核苷酸探针可以是DNA、RNA、DNA-RNA嵌合体、PNA或其它衍生物。所述探针的长度没有限制,只要完成特异性杂交、与目的核苷酸序列特异性结合,任何长度都可以。所述探针的长度可短至25、20、15、13或10个碱基长度。同样,所述探针的长度可长至60、80、100、150、300个碱基对或更长,甚至整个基因。由于不同的探针长度对杂交效率、信号特异性有不同的影响,所述探针的长度通常至少是14个碱基对,最长一般不超过30个碱基对,与目的核苷酸序列互补的长度以15-25个碱基对最佳。所述探针自身互补序列最好少于4个碱基对,以免影响杂交效率。
术语“引物”指能够与核酸杂交并允许互补核酸的聚合作用(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
本发明中特异性结合GIPC3基因编码的蛋白的结合剂例如蛋白质GIPC3的受体、结合蛋白质GIPC3的凝集素、针对蛋白质GIPC3的抗体、针对蛋白质GIPC3的肽抗体(peptidebody)、双特异性双重结合剂或双特异性抗体形式。特异性结合剂的具体例子是肽、肽模拟物、aptamer、spiegelmer、darpin、锚蛋白重复蛋白、Kunitz型域、抗体、单域抗体和单价抗体片段。在本发明的具体实施例中,所述特异性结合剂为GIPC3特异性抗体。
本发明中所述的芯片、试剂盒或膜条可用于检测包括GIPC3基因在内的多个基因及其表达产物(例如,与甲状腺癌相关的多个基因)的表达水平。将甲状腺癌的多个标志物同时进行检测,可大大提高甲状腺癌诊断的准确率。
本发明提供了GIPC3在构建预测甲状腺癌的计算模型中的应用,正如熟练技术人员知道的,可以以不同方式实施和实现将标志物水平与某种可能性或风险关联起来的步骤。优选地,在数学上组合标志物和一种或多种其它标志物的测定浓度,并将组合值与根本的诊断问题关联起来。可以通过任何适宜的现有技术数学方法将标志物值的测定组合。
本发明提供了GIPC3在制备治疗甲状腺癌的药物组合物中的应用,所述药物组合物包括GIPC3的抑制剂。所述抑制剂是指任何可降低GIPC3蛋白的活性、降低GIPC3基因或蛋白的稳定性、下调GIPC3蛋白的表达、减少GIPC3蛋白有效作用时间、或抑制GIPC3基因的转录和翻译的物质,这些物质均可用于本发明,作为对于下调GIPC3有用的物质,从而可用于预防或治疗甲状腺癌。例如所述的抑制剂包括核酸抑制物,蛋白抑制剂,蛋白水解酶,蛋白结合分子。其中核酸抑制物选自:以GIPC3或其转录本为靶序列、且能够抑制GIPC3基因表达或基因转录的干扰分子,包括:shRNA(小发夹RNA)、小干扰RNA(siRNA)、dsRNA、微小RNA、反义核酸,或能表达或形成所述shRNA、小干扰RNA、dsRNA、微小RNA、反义核酸的构建物。蛋白结合分子选自:与GIPC3蛋白特异性结合的物质,如能够抑制GIPC3蛋白活性的抗体或配体。作为一种优选的实施方式,所述抑制剂为小干扰RNA。
本发明中GIPC3的抑制剂可以通过脂质体给予,所述脂质体的作用是将药物靶向于特定的组织,以及增加药物的半衰期。脂质体包括乳化剂、起泡剂、液态脂质、固态脂质、不溶性单层、磷脂分散剂、表面活性剂等。所述的脂质体中还可以包括能与靶向的细胞中的受体分子结合或其他治疗性或免疫原性组合物。
本发明的药物还可与其他治疗甲状腺癌的药物联用,其他治疗性化合物可以与主要的活性成分(例如,GIPC3的抑制剂)同时给药,甚至在同一组合物中同时给药。还可以以单独的组合物或与主要的活性成分不同的剂量形式单独给予其它治疗性化合物。主要成分(如GIPC3抑制剂)的部分剂量可以与其它治疗性化合物同时给药,而其它剂量可以单独给药。
具体的实施方式
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。根据本发明的实质对本发明进行的简单改进都属于本发明要求保护的范围。
实施例1筛选与甲状腺癌相关的基因标志物
1、样品收集
分别收集4例滤泡型甲状腺乳头状癌组织和癌旁组织样本,排除其他恶性肿瘤患者,上述所有标本的取得均通过组织伦理委员会的同意。
2、RNA样品的制备
使用TRIZOL法提取组织总RNA
1)用剪刀组织剪碎,加入1ml Trizol,振荡器上震荡1min;常温放置10min,使核蛋白体完全分解。
2)加入200μl三氯甲烷(氯仿),盖紧管盖,剧烈震荡15s,常温静置10min。
3)4℃,11000rpm离心15min。
4)将水样层转移到一个新的离心管中,加入500μl异丙醇;颠倒混匀后,常温静置10min。
5)4℃,11000rpm离心15min。
6)用枪小心吸走液体,留沉淀在管底,加入1ml 75%的乙醇,在振荡器上震荡5s,洗涤沉淀一次。
7)4℃,8000rpm离心5min。
8)将上清小心去掉,干燥沉淀10min,加入适量的水溶解沉淀10min。
9)检测RNA浓度,鉴定RNA的产量和纯度。
3、构建cDNA文库
使用用Epicentre的Ribo-Zero试剂盒除去总RNA中的核糖体RNA;利用金属离子将完整的RNA随机打断成200bp左右的小片段。
利用Illumina的TruseqTM RNA sample Prep Kit进行cDNA文库的构建,具体操作详见说明书。
4、测序
检测合格的文库,加入NaOH变性成单链,变性稀释后的文库加入到FlowCell内,与FlowCell上的接头杂交,在cBot上完成桥式PCR扩增,使用Illumina X-Ten测序平台进行测序。
5、高通量转录组测序数据分析
对测序结果进行生物信息学分析,使用R软件中的DESeq包对基因的reads数进行分析,设定筛选标准为P<0.05。
6、结果
高通量测序结果分析显示,GIPC3基因在滤泡型甲状腺乳头状癌组织中的表达量显著高于癌旁组织。
实施例2 QPCR测序验证GIPC3基因的差异表达
1、对GIPC3基因差异表达进行大样本QPCR验证。按照实施例1中的样本收集方式分别收集30例癌组织样本和癌旁组织样本。
2、RNA提取步骤同实施例1
3、实时定量PCR检测
1)逆转录:使用TAKARA公司的反转录试剂盒(Takara code:DRR047A)进行操作。
a.去除基因组DNA
在试管中加入5×gDNA Eraser Bμffer 2.0μl,gDNA Eraser 1.0μl,总RNA 1μg,加Rnase Free ddH2O使总体积至10μl,水浴锅中42℃加热2min。
b.反转录反应
Figure BDA0002460634690000094
Buffer 2 4.0μl,
Figure BDA0002460634690000095
RT Enzyme Mix I 1.0μl,RTPrimer Mix 1.0μl,RNase Free ddH2O 4.0μl加入上述试管中一起混合共20μl,水浴锅中37℃15min,85℃5s。
2)QPCR扩增
a.引物设计
根据GIPC3和GADPH的基因序列设计引物,具体引物序列如下:
GIPC3基因(序列5’to3’):
AAGGAAGGCAGTATCATCA(SEQ ID NO.1);
AATGGAGTGGTCGTTGAT(SEQ ID NO.2)。
GAPDH基因(序列5’to3’):
AATCCCATCACCATCTTCCAG(SEQ ID NO.3);
GAGCCCCAGCCTTCTCCAT(SEQ ID NO.4)。
b.QPCR扩增检验
Figure BDA0002460634690000091
Premix Ex TaqTM II(Takara Code:DRR081)试剂盒配置PCR反应体系,在Thermal Cycler
Figure BDA0002460634690000092
Real Time System扩增仪上进行PCR扩增,反应结束后确认RealTime PCR的扩增曲线和溶解曲线,ΔΔCT法进行相对定量。
配置25μl反应体系:
Figure BDA0002460634690000093
Premix Ex TaqTM II(2×)12.5μl,正(反)向引物各1μl,DNA模板2μl,灭菌蒸馏水8.5μl。
反应条件:95℃30s,(95℃5s,60℃30s)×40
4、结果
QPCR结果如图1所示,与癌旁组织相比,GIPC3在甲状腺癌组织中表达显著上调,差异具有统计学意义(P<0.05),同高通量测序结果一致;其中,GIPC3在33例样本中表达上调,在癌组织表达上调的有29例,在癌旁组织中表达上调的有4例,提示GIPC3在甲状腺癌的诊断中具有较高的应用价值。
实施例3GIPC3基因的功能性研究
1、GIPC3干扰RNA的设计与合成
由上海吉码制药技术有限公司设计并合成针对GIPC3的干扰siRNA-GIPC3,对照为通用的siRNA-NC,siRNA-GIPC3的序列如下:
序列5’to3’:
UUGAUUCUCUUGAUGAAGGCG(SEQ ID NO.5);
CCUUCAUCAAGAGAAUCAAGG(SEQ ID NO.6)。
2、细胞培养
在37℃5%CO2培养箱内,将K1细胞置于含10%FBS的DMEM培养液中培养,取对数生长期的K1细胞用于实验。实验分为K1组(空白对照组即未转染siRNA的细胞)siRNA-NC组(阴性对照组即转染siRNA-NC的细胞)和siRNA-GIPC3组(实验组即转染siRNA-GIPC3)。
3、转染
实验前一天使用无双抗含血清培养基铺6孔板,细胞密度为6×105/孔。细胞融合度达70%时开始转染。取1.5ml EP管,每管各加入OPTI-MEM 50μL,分别加入siRNA-GIPC3、siRNA-NC以及培养液各5μL,室温静置5min。另取1.5ml EP管,每管各加入OPTI-MEM 30μL,加入Lipofectamine 2000 2μL,室温静置5min;将稀释好的siRNA与Lipofectamine2000轻轻混合,室温静置20min。将混合液加入到每个已经含有OPTI-MEM的6孔板中,前后左右轻轻混匀;培养箱中箱孵育6h后,将转染液换为无双抗含血清培养基。
4、Real-time PCR检测
各组细胞转染培养48h后,使用Trizol法提取细胞总RNA,按照实施例2中的方法进行逆转录以及实时定量PCR检测。
5、MTT检测
收集对数生长期细胞,细胞浓度调为1×103个细胞悬液,于96孔板中加入100μL,同时设置调零孔,放入37℃,5%CO2培养箱中培养,于48h取出细胞,每孔加入20μL MTT溶液,培养箱中孵育2h加入150μL DMSO,震荡10min,使结晶物充分溶解。选择490nm波长,在酶联免疫监测仪上测定各孔光吸收值,记录结果。
6、Transwell实验
用30μL 1:8稀释的Matrigel胶铺于Transwell小室上层,2h后加100μL DMEM培养基水化,上室加入转染好的K1细胞2×105个,下室加入500μL含10%FBS的培养基,每组设3个复孔。放置培养箱中培养48h。然后取出小室,PBS清洗3遍,棉签轻轻擦去上室内细胞,无水甲醇固定30min,0.5%的结晶紫染色30min,PBS清洗3次,自然风干,于显微镜下观察。
7、统计学方法
实验都是按照重复3次来完成的,结果数据都是以平均值±标准差的方式来表示,两者之间的差异采用配对t检验,认为当P<0.05时具有统计学意义。
8、结果
1)以GIPC3在对照组中(K1)的表达量作为基准定为100%,相比对照组,实验组在转染siRNA-GIPC3后,GIPC3的表达水平(25.54±7.519)%显著低于对照组(K1 vs siRNA-GIPC3,P值=0.0034,**),而转染siRNA-NC的阴性对照中的GIPC3的表达水平(93±5.292)%则无显著变化(K1vs siRNA-NC,P值=0.149,ns)
2)MTT检测结果显示,相比阴性对照组的OD值(0.526±0.068),实验组的OD值(0.31±0.0447)显著降低,差异具有统计学意义(siRNA-NC vs siRNA-GIPC3,P=0.0018,**),表明敲低GIPC3后K1的增殖明显受到抑制。
3)细胞侵袭实验结果显示,敲低GIPC3后,穿过基底膜的细胞数目为(56.33±9.452),与对照组(107.7±8.327)相比明显减少,差异具有统计学意义(P=0.0283,*),以上结果表明,敲低GIPC3后能够抑制癌细胞在体外的侵袭能力。
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以对本发明进行若干改进和修饰,这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。
序列表
<110> 中国人民解放军联勤保障部队第九六0医院
<120> 一种检测基因及其应用
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
aaggaaggca gtatcatca 19
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aatggagtgg tcgttgat 18
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
aatcccatca ccatcttcca g 21
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gagccccagc cttctccat 19
<210> 5
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
uugauucucu ugaugaaggc g 21
<210> 6
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
ccuucaucaa gagaaucaag g 21

Claims (5)

1.GIPC3的抑制剂在制备治疗甲状腺癌的药物组合物中的应用,其中,GIPC3在GenBank中的基因ID为126326。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述抑制剂抑制GIPC3的表达水平。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述抑制剂为siRNA。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.5~6所示。
5.GIPC3在筛选治疗甲状腺癌的候选药物中的应用,其中,GIPC3在GenBank中的基因ID为126326。
CN202010318998.5A 2020-04-22 2020-04-22 一种检测基因及其应用 Expired - Fee Related CN111424092B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010318998.5A CN111424092B (zh) 2020-04-22 2020-04-22 一种检测基因及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010318998.5A CN111424092B (zh) 2020-04-22 2020-04-22 一种检测基因及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111424092A CN111424092A (zh) 2020-07-17
CN111424092B true CN111424092B (zh) 2021-08-10

Family

ID=71558409

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010318998.5A Expired - Fee Related CN111424092B (zh) 2020-04-22 2020-04-22 一种检测基因及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111424092B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110184358A (zh) * 2019-06-25 2019-08-30 台州市立医院 甲状腺癌早期诊断用的oit3基因及其应用

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105624796A (zh) * 2014-11-07 2016-06-01 天津华大基因科技有限公司 芯片及其在检测耳聋相关基因中的用途
CN109735624A (zh) * 2019-03-14 2019-05-10 台州市立医院 基因标志物在甲状腺癌诊断中的应用
CN110055332A (zh) * 2019-05-16 2019-07-26 中国人民解放军联勤保障部队第九六0医院 与甲状腺癌相关的标志物及其应用
CN110129442A (zh) * 2019-05-16 2019-08-16 中国人民解放军联勤保障部队第九六0医院 甲状腺癌的分子诊治标志物

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7632679B2 (en) * 2002-07-16 2009-12-15 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Systems and methods for screening for modulators of neural differentiation
CN105695616A (zh) * 2016-04-22 2016-06-22 王冬国 诊断甲状腺癌的分析标志物及其应用

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105624796A (zh) * 2014-11-07 2016-06-01 天津华大基因科技有限公司 芯片及其在检测耳聋相关基因中的用途
CN109735624A (zh) * 2019-03-14 2019-05-10 台州市立医院 基因标志物在甲状腺癌诊断中的应用
CN110055332A (zh) * 2019-05-16 2019-07-26 中国人民解放军联勤保障部队第九六0医院 与甲状腺癌相关的标志物及其应用
CN110129442A (zh) * 2019-05-16 2019-08-16 中国人民解放军联勤保障部队第九六0医院 甲状腺癌的分子诊治标志物

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"GIPC 蛋白与肿瘤发生机制研究进展";毕芳芳等;《生物技术通讯》;20120331;第23卷(第2期);第267-270页 *
"NCBI GEO Profile GDS1732 / 1553058_at";Ismael Reyes et al.;《NCBI GEO Profile》;20180828;第2页数值部分 *
"NM_133261.3 Homo sapiens GIPC PDZ domain containing family member 3 (GIPC3), mRNA";Asgharzade S et al.;《GenBank》;20191204;第1-4页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN111424092A (zh) 2020-07-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Pallante et al. MicroRNA deregulation in human thyroid papillary carcinomas
Feng et al. miR-126 functions as a tumour suppressor in human gastric cancer
US7867709B2 (en) Method for detecting cancer and method for suppressing cancer
Zhan et al. MicroRNA-548j functions as a metastasis promoter in human breast cancer by targeting Tensin1
JP2012500389A (ja) 多発性脊髄腫の診断、予後および治療のためのマイクロrnaに基づく組成物および方法
JP2010510769A (ja) 食道癌の診断ならびに患者の生存の予後および改善のための方法および組成物
CN109468382B (zh) lncRNA在肺腺癌诊疗中的应用
CN108504658B (zh) Linc01836在制备胃癌诊断产品、治疗药物中的用途
Andreasen Molecular features of adenoid cystic carcinoma with an emphasis on micro RNA expression
CN108034725B (zh) Linc02185在乳腺癌诊断和治疗中的应用
CN108220446B (zh) Linc01356作为分子标志物在胃癌中的应用
CN107164554B (zh) Asprv1作为生物标志物在喉鳞癌诊疗中的应用
US20100234445A1 (en) Patterns of known and novel small RNAS in human cervical cancer
CN111424092B (zh) 一种检测基因及其应用
CN107475386B (zh) 用于诊治骨肉瘤的长链非编码rna标志物
CN107267616B (zh) 一种非编码基因生物标记物在肝癌中的应用
CN106995857B (zh) 生物标记物ensg00000267416在癌症中的应用
CN107227362B (zh) 一种与肝癌相关的基因及其应用
EP2253720B1 (en) Method for detecting esophageal carcinoma and agent for suppressing esophageal carcinoma
CN110042164B (zh) 肺癌诊疗用lncRNA标志物
US20220145395A1 (en) Transpochimeric Gene Transcripts (TCGTS) As Cancer Biomarkers
Liao et al. Overexpression of sprouty2 in human oral squamous cell carcinogenesis
CN107937550B (zh) 一种与乳腺癌发生发展相关的生物标志物及其应用
WO2016160882A1 (en) Methods for diagnosing and treating colorectal cancer using mirna549a
EP3930729A1 (en) Diagnosis and treatment of medulloblastoma

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20210810