CN111235249A - 一种检测线粒体基因组开放状态的方法 - Google Patents

一种检测线粒体基因组开放状态的方法 Download PDF

Info

Publication number
CN111235249A
CN111235249A CN202010226358.1A CN202010226358A CN111235249A CN 111235249 A CN111235249 A CN 111235249A CN 202010226358 A CN202010226358 A CN 202010226358A CN 111235249 A CN111235249 A CN 111235249A
Authority
CN
China
Prior art keywords
mitochondrial
minutes
solution
supernatant
mitochondria
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202010226358.1A
Other languages
English (en)
Other versions
CN111235249B (zh
Inventor
薛金锋
薛志刚
齐凌彬
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Tongji University
Original Assignee
Tongji University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Tongji University filed Critical Tongji University
Priority to CN202010226358.1A priority Critical patent/CN111235249B/zh
Publication of CN111235249A publication Critical patent/CN111235249A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111235249B publication Critical patent/CN111235249B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种检测线粒体基因组开放状态的方法，特点是包括以下步骤：(1)通过差速离心法分离纯度线粒体；(2)将纯化后的线粒体经甲醛交联后用微球菌核酸酶进行酶切，得到与蛋白结合的线粒体基因片段；(3)将与蛋白结合的线粒体基因片段分离和纯化；(4)利用二代测序技术对纯化后的基因片段进行测序，得到线粒体基因的开放序列图谱，优点是对线粒体DNA的开放状态进行鉴定，操作简单且耗时短。

Description

一种检测线粒体基因组开放状态的方法
技术领域
本发明属于生物技术领域，尤其是涉及一种检测线粒体基因组开放状态的方法。
背景技术
线粒体作为能量代谢的中心，是细胞中极为重要的细胞器之一。线粒体为双层膜结构，内膜与膜间隙中含有大量呼吸链相关蛋白，基质内含有遗传物质。人线粒体遗传物质(mtDNA)是大小为16.6Kb左右的双链环状DNA分子，由于碱基含量不同，富含鸟嘌呤的称为重链，富含胞嘧啶的称为轻链。线粒体DNA含有37个基因区段，其中重链编码12个呼吸链相关蛋白，14个tRNA以及2个rRNA；轻链编码1个呼吸链相关蛋白以及8个tRNA。尽管线粒体作为环状DNA分子，没有与核小体相互结合形成染色质的结构。但线粒体表面仍然存在许多蛋白与其结合，形成一个类似于拟核的结构。这些附着于线粒体上的蛋白一方面作为转录因子，参与线粒体DNA的转录；另一方面，这些蛋白还通过改变结合的比例来调控线粒体DNA的复制活性。现已探明，这类蛋白主要为线粒体转录因子TFAM。当TFAM等蛋白的含量升高时，线粒体开放状态下降，复制/转录活性降低；而当TFAM等蛋白的含量降低时，线粒体逐渐开放，复制/转录活性升高。理论上，任何能有效区分染色质开放状态的技术和方法均可用于鉴定线粒体基因的开放性。
目前，关于检测染色质开放状态的方法包括：基于DNase I(脱氧核糖核酸酶I的脱氧核糖核酸酶I酶切测序法(DNase-seq)，基于染色质免疫共沉淀的结合位点分析法(CHIP-seq)以及基于转座子插入的利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术(ATAC-seq)等。这些方法的原理较为相似但略有不同，总的来说就是利用酶切、超声等手段将染色质打断后，纯化分离出目标片段，随后利用第二代高通量测序技术对捕获的片段进行扩增、测序，从而获得目标序列的基因图谱。尽管上述方法在检测核基因组开放性方面已取得成功，但尚无法对线粒体基因组的开放性进行检测。DNase I有较强的核基因偏好性，且操作繁琐，耗时长，不适合用作检测线粒体基因组。同时，由于超声波的打断力度较大，而蛋白与线粒体DNA的连接并不像核小体那样紧密，因此很容易造成蛋白与基因脱离，影响测序结果。而转座酶虽然剪切效率高，但对小片段的分辨能力不足，无法满足对线粒体检测的需要。微球菌核酸酶(micrococcal nuclease，MNase)作为一种非特异性的核酸酶，可对所有相邻核小体之间的裸露DNA进行切割，而与被核小体包裹的片段则不被切割降解。因此，经过微球菌核酸酶处理后，染色质可被分为有核小体蛋白包裹的部分和未被包括的开放部分，但上述几种方法的对象均为核基因组，未针对线粒体基因组进行优化，并把线粒体的基因组视为噪音，将其在建库过程中去除。目前，国内外还没有公开任何关于检测线粒体基因组开放状态的方法的相关研究报道。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一种对线粒体DNA的开放状态进行鉴定，具有操作简单、耗时短且不需要特殊仪器的检测线粒体基因组开放状态的方法。
本发明解决上述技术问题所采用的技术方案为：一种检测线粒体基因组开放状态的方法，包括以下步骤：
(1)通过差速离心法分离纯度线粒体；
(2)将纯化后的线粒体经甲醛交联后用微球菌核酸酶进行酶切，得到与蛋白结合的线粒体基因片段；
(3)将与蛋白结合的线粒体基因片段分离和纯化；
(4)利用二代测序技术对纯化后的基因片段进行测序，得到线粒体基因的开放序列图谱。
步骤(1)具体过程如下：
1)将含有人精子细胞的离心管放置于冰上，用细胞线粒体分离试剂盒分离线粒体，收集细胞沉淀；
2)在含有细胞沉淀的试管中加入800μL试剂A，涡旋震荡5秒后放置冰水孵育2分钟后，加入10μL试剂B，涡旋震荡5秒，冰上孵育5分钟，然后加入800μL试剂C，反复吹打混匀，700g离心10分钟，取上清液；
3)将上清液转移到新的离心管中，在4000g转速下，离心15分钟，去除上清，取沉淀即为纯化的线粒体；其中所述的试剂A、所述的B和所述的C均为试剂盒配套试剂。
步骤(2)具体过程如下：
在步骤(1)纯化的线粒体中加入28μL 37wt％甲醛溶液，于37℃孵育15分钟；然后加入141μL 125mM甘氨酸溶液，室温孵育5分钟后，在3000g转速下，于4℃离心5分钟后，去除上清液，用1mL预冷的PBS缓冲液轻轻重悬洗涤线粒体沉淀，再次在3000g转速下，于4℃离心5分钟后，去除上清液后，在沉淀中加入1mL线粒体裂解液，重新悬浮线粒体沉淀，在3000g转速下，于4℃离心15分钟后，去除上清液后，在沉淀中加入150μL线粒体裂解液重新悬浮线粒体沉淀后，加入0.5单位微球菌核酸酶和100单位核酸外切酶III，37℃孵育15分钟，消化完成得到线粒体消化液，即与蛋白结合的线粒体基因片段；
所述的线粒体裂解液的配制方法如下：将500μL 1M Tris-HCl溶液、40μL 1MMgCl2溶液，10μL 1M CaCl2溶液、100μL 100mM DTT溶液、7.5μL NP-40裂解液、100μL 100X蛋白酶抑制剂和9.24mL ddH20混合得到。
步骤(3)具体过程如下：将步骤(2)得到的线粒体消化液立即加入到500μL 2wt％SDS溶液中，于65℃孵育10分钟后，加入100μL Tris-HCl-KCl缓冲液，4℃孵育5分钟后，在10000rpm转速下，于4℃离心5分钟，离心结束后去除上清液，在沉淀中加入1mL洗涤缓冲液重新悬浮线粒体，于65℃孵育10分钟，再在10000rpm转速下，于4℃下离心5分钟，去除上清液，在沉淀中加入100μL洗涤缓冲液，再加入1μL 20μg/μL蛋白酶K溶液，涡旋混匀，于5℃孵育6小时后，在12000g转速下，于4℃离心2分钟后，取上清液，即得到经纯化的蛋白结合线粒体基因片段。
所述的Tris-HCl-KCl缓冲液的配制方法如下：由1M Tris-HCl溶液和1M KCl溶液按体积比1∶50混合后调pH至7.5得到；所述的洗涤缓冲液配制方法如下：将1mL 1M KCl溶液、2μL 0.5M EDTA溶液、200μL 1M Tris-HCl溶液和8.8mL ddH2O混合得到。
步骤(4)具体过程如下：将步骤3得到的上清液经纯化、添加接头以及体外扩增，经质量检测后上机测序，所测得的基因序列即代表线粒体基因组与蛋白结合的片段，将测序结果与线粒体基因组进行比对，根据线粒体基因组与蛋白结合片段占线粒体基因组的比例，判断线粒体基因组开放状态。
与现有技术相比，本发明的优点在于：本发明首次公开了一种检测线粒体基因组开放状态的方法，该方法利用线粒体核酸酶对小片段的高度敏感性，将提取出的线粒体与微球菌核酸酶作用后，再利用其它核酸酶将未与蛋白结合的DNA片段降解，纯化分离出与蛋白结合的部分，最后利用二代测序技术对所的片段进行测序，便可得到线粒体基因的开放图谱，无核基因与线粒体基因偏好的特性，可以很好的对线粒体DNA的开放状态进行鉴定，具有操作简单、耗时短，不需要特殊的仪器设备。本发明在微球菌核酸酶测序法的基础上，改良方法并转变使用场景，将原本用于检测核基因组开放性的方法来检测线粒体基因组的开放性，具有很大的创新性。以往的基因开放性检测主要侧重于细胞核内基因组的检测，而把线粒体内基因组看作是检测中的噪音。因此先前的方法均采用各种手段(如提纯细胞核等)降低结果中线粒体基因组的比例，不适用于线粒体基因组的检测。本专利通过提纯线粒体并采用MNase-seq的建库方法，在体外纯化出线粒体基因组中与蛋白质相结合的区段，进而利用二代测序对线粒体开放区段进行检测，填补了该领域的空白，对后续研究具有重要意义。
附图说明
图1为人精子线粒体DNA开放区段大小；
图2为人精子线粒体基因组开放区段峰值图。
具体实施方式
以下结合附图实施例对本发明作进一步详细描述。
具体实施例
1、分离纯化线粒体
1)将含有人精子细胞(1×107/mL)的离心管放置于冰上，用细胞线粒体分离试剂盒(如赛默飞，#89874)分离线粒体，收集细胞沉淀；
2)将含有细胞沉淀的试管中加入800μL试剂A，涡旋震荡5秒后放置冰水孵育2分钟后，加入10μL试剂B，涡旋震荡5秒，冰上孵育5分钟，每分钟以最大速度涡旋，然后加入800μL试剂C，反复吹打混匀，700g离心10分钟，取上清液；
3)将上清液转移到新的2mL离心管中，在4000g转速下，离心15分钟，去除上清，取沉淀即为线粒体；上述试剂A、B、C均为试剂盒配套试剂。
2、甲醛交联后用微球菌核酸酶(MNase)进行酶切消化
在步骤(1)纯化的线粒体中加入28μL 37wt％甲醛溶液，于37℃孵育15分钟；然后加入141μL 125mM甘氨酸溶液，室温孵育5分钟后，在3000g转速下，于4℃离心5分钟后，去除上清液，用1mL预冷的PBS缓冲液轻轻重悬洗涤线粒体沉淀，再次在3000g转速下，于4℃离心5分钟后，去除上清液后取沉淀，在沉淀中加入1mL线粒体裂解液，重新悬浮线粒体沉淀，在3000g转速下，于4℃离心15分钟后，去除上清液后取沉淀，在沉淀中加入150μL线粒体裂解液重新悬浮线粒体沉淀后，加入0.5单位微球菌核酸酶(MNase)和100单位核酸外切酶III，37℃孵育15分钟，消化完成得到线粒体消化液，，即与蛋白结合的线粒体基因片段；其中线粒体裂解液的配制方法如下：将500μL 1M Tris-HCl溶液、40μL 1M MgCl2溶液，10μL 1MCaCl2溶液、100μL 100mM DTT溶液、7.5μL NP-40裂解液、100μL 100X蛋白酶抑制剂和9.24mL ddH2O混合得到(此裂解液有助于裂解线粒体，释放线粒体DNA)。
3、蛋白结合线粒体基因片段的分离和纯化
将步骤2得到的线粒体消化液立即加入到500μL2wt％SDS溶液中，于65℃孵育10分钟后，加入100μL Tris-HCl-KCl缓冲液(由1M Tris-HCl溶液和1M KCl溶液按体积比1∶50混合后调pH至7.5)，4℃孵育5分钟后，在10000rpm转速下，于4℃离心5分钟，离心结束后去除上清液，在沉淀中加入1mL洗涤缓冲液重新悬浮线粒体，于65℃孵育10分钟，再在10000rpm转速下，于4℃下离心5分钟，去除上清液，在沉淀中加入100μL洗涤缓冲液，再加入1μL 20μg/μL蛋白酶K溶液，涡旋混匀，于5℃孵育6小时(如表1所示，该时间下蛋白消化效果最佳)后，在12000g转速下，于4℃离心2分钟，将上清液转移到新管中；其中洗涤缓冲液配制方法如下：将1mL 1M KCl溶液、2μL 0.5M EDTA溶液、200μL 1M Tris-HCl溶液和8.8mL ddH20混合得到。
表1蛋白酶K不同处理时间下，纯化所得的DNA片段的浓度
Figure BDA0002427584250000051
4、结果分析
将步骤3得到的上清液经纯化、添加接头以及体外扩增(纯化、添加接头以及体外扩增的方法参照Hoeijmakers，Bartfai et a1.2011)，经质量检测后上机进行测序，所测得的基因序列即代表线粒体基因组与蛋白结合的片段，将测序数据与线粒体基因组进行比对，根据线粒体基因组与蛋白结合片段占线粒体基因组的比例，判断线粒体基因组开放状态，结合区段越多则表明开放程度越低，反之亦然。质检与测序结果如图1，2所示。
如图1质检结果所示，经Agilent 2100 Bioanalyzer检测，结果显示，DNA样品片段峰值约为4771bp，这表明线粒体基因组与蛋白结合的区段大小在4771bp左右。
如图2人精子线粒体基因组开放区段峰值所示，峰值代表该区段存在与蛋白结合位点，峰值越高则说明结合的频率越高。结果表明，精子线粒体基因组的大部分区段可与蛋白质结合。
上述说明并非对本发明的限制，本发明也并不限于上述举例。本技术领域的普通技术人员在本发明的实质范围内，做出的变化、改型、添加或替换，也应属于本发明的保护范围。

Claims (7)

1.一种检测线粒体基因组开放状态的方法，其特征在于包括以下步骤：
(1)通过差速离心法分离纯度线粒体；
(2)将纯化后的线粒体经甲醛交联后用微球菌核酸酶进行酶切，得到与蛋白结合的线粒体基因片段；
(3)将与蛋白结合的线粒体基因片段分离和纯化；
(4)利用二代测序技术对纯化后的基因片段进行测序，得到线粒体基因的开放序列图谱。
2.根据权利要求1所示的一种检测线粒体基因组开放状态的方法，其特征在于步骤(1)具体过程如下：
1)将含有人精子细胞的离心管放置于冰上，用细胞线粒体分离试剂盒分离线粒体，收集细胞沉淀；
2)在含有细胞沉淀的试管中加入800μL试剂A，涡旋震荡5秒后放置冰水孵育2分钟后，加入10μL试剂B，涡旋震荡5秒，冰上孵育5分钟，然后加入800μL试剂C，反复吹打混匀，700g离心10分钟，取上清液；
3)将上清液转移到新的离心管中，在4000g转速下，离心15分钟，去除上清，取沉淀即为纯化的线粒体；其中所述的试剂A、所述的B和所述的C均为试剂盒配套试剂。
3.根据权利要求2所示的一种检测线粒体基因组开放状态的方法，其特征在于步骤(2)具体过程如下：
在步骤(1)纯化的线粒体中加入28μL 37wt％甲醛溶液，于37℃孵育15分钟；然后加入141μL 125mM甘氨酸溶液，室温孵育5分钟后，在3000g转速下，于4℃离心5分钟后，去除上清液，用1mL预冷的PBS缓冲液轻轻重悬洗涤线粒体沉淀，再次在3000g转速下，于4℃离心5分钟后，去除上清液后，在沉淀中加入1mL线粒体裂解液，重新悬浮线粒体沉淀，在3000g转速下，于4℃离心15分钟后，去除上清液后，在沉淀中加入150μL线粒体裂解液重新悬浮线粒体沉淀后，加入0.5单位微球菌核酸酶和100单位核酸外切酶III，37℃孵育15分钟，消化完成得到线粒体消化液，即与蛋白结合的线粒体基因片段。
4.根据权利要求3所示的一种检测线粒体基因组开放状态的方法，其特征在于所述的线粒体裂解液的配制方法如下：将500μL 1M Tris-HCl溶液、40μL 1M MgCl2溶液，10μL 1MCaCl2溶液、100μL 100mM DTT溶液、7.5μL NP-40裂解液、100μL 100X蛋白酶抑制剂和9.24mL ddH2O混合得到。
5.根据权利要求3所示的一种检测线粒体基因组开放状态的方法，其特征在于步骤(3)具体过程如下：将步骤(2)得到的线粒体消化液立即加入到500μL 2wt％SDS溶液中，于65℃孵育10分钟后，加入100μL Tris-HCl-KCl缓冲液，4℃孵育5分钟后，在10000rpm转速下，于4℃离心5分钟，离心结束后去除上清液，在沉淀中加入1mL洗涤缓冲液重新悬浮线粒体，于65℃孵育10分钟，再在10000rpm转速下，于4℃下离心5分钟，去除上清液，在沉淀中加入100μL洗涤缓冲液，再加入1μL 20μg/μL蛋白酶K溶液，涡旋混匀，于5℃孵育6小时后，在12000g转速下，于4℃离心2分钟后，取上清液，即得到经纯化的蛋白结合线粒体基因片段。
6.根据权利要求5所示的一种检测线粒体基因组开放状态的方法，其特征在于所述的Tris-HCl-KCl缓冲液的配制方法如下：由1M Tris-HCl溶液和1M KCl溶液按体积比1∶50混合后调pH至7.5得到；所述的洗涤缓冲液配制方法如下：将1mL 1M KCl溶液、2μL 0.5M EDTA溶液、200μL 1M Tris-HCl溶液和8.8mL ddH2O混合得到。
7.根据权利要求5所示的一种检测线粒体基因组开放状态的方法，其特征在于步骤(4)具体过程如下：将步骤3得到的上清液经纯化、添加接头以及体外扩增，经质量检测后上机测序，所测得的基因序列即代表线粒体基因组与蛋白结合的片段，将测序结果与线粒体基因组进行比对，根据线粒体基因组与蛋白结合片段占线粒体基因组的比例，判断线粒体基因组开放状态。
CN202010226358.1A 2020-03-26 2020-03-26 一种检测线粒体基因组开放状态的方法 Active CN111235249B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010226358.1A CN111235249B (zh) 2020-03-26 2020-03-26 一种检测线粒体基因组开放状态的方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010226358.1A CN111235249B (zh) 2020-03-26 2020-03-26 一种检测线粒体基因组开放状态的方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111235249A true CN111235249A (zh) 2020-06-05
CN111235249B CN111235249B (zh) 2022-10-11

Family

ID=70878887

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010226358.1A Active CN111235249B (zh) 2020-03-26 2020-03-26 一种检测线粒体基因组开放状态的方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111235249B (zh)

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102417903A (zh) * 2011-10-09 2012-04-18 温州医学院 一种人类线粒体dna纯化方法
CN106987629A (zh) * 2017-03-31 2017-07-28 上海市第妇婴保健院 一种在单细胞水平上检测基因组上核小体排布的方法
CN107881225A (zh) * 2017-12-03 2018-04-06 浙江大学 线粒体基因组dna快速分离、测序新方法及试剂盒
CN109706236A (zh) * 2019-02-02 2019-05-03 南京农业大学 一种利用微球菌核酸酶鉴定植物基因组开放性染色质位点的方法
US20190211404A1 (en) * 2016-09-02 2019-07-11 New England Biolabs, Inc. Analysis of Chromatin Using a Nicking Enzyme

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102417903A (zh) * 2011-10-09 2012-04-18 温州医学院 一种人类线粒体dna纯化方法
US20190211404A1 (en) * 2016-09-02 2019-07-11 New England Biolabs, Inc. Analysis of Chromatin Using a Nicking Enzyme
CN106987629A (zh) * 2017-03-31 2017-07-28 上海市第妇婴保健院 一种在单细胞水平上检测基因组上核小体排布的方法
CN107881225A (zh) * 2017-12-03 2018-04-06 浙江大学 线粒体基因组dna快速分离、测序新方法及试剂盒
CN109706236A (zh) * 2019-02-02 2019-05-03 南京农业大学 一种利用微球菌核酸酶鉴定植物基因组开放性染色质位点的方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ELI RODGERS-MELNICK 等: "Open chromatin reveals the functional maize genome", 《PNAS》 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN111235249B (zh) 2022-10-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN112553695B (zh) 鉴定靶蛋白染色质结合图谱的快速建库方法
US8476017B2 (en) Microvesicle-based compositions and methods
CN110191962A (zh) 外来体相关核酸的测序和分析
WO2018045141A1 (en) Analysis of chromatin using a nicking enzyme
WO2019153851A1 (zh) 一种融合蛋白、试剂盒以及CHIP-seq检测方法
US20240200122A1 (en) Bodily fluid target enrichment
US20240209348A1 (en) Solid phase negative enrichment
US20080131954A1 (en) Method of Separating Target DNA from Mixed DNA
CN108265104B (zh) 染色体构型捕捉文库及其构建方法
CN111662959A (zh) 一种真菌高通量快速检测方法
CN113005145B (zh) 不依赖于特异性抗体的捕获tf在全基因组上结合位点的方法
KR101913735B1 (ko) 차세대 염기서열 분석을 위한 시료 간 교차 오염 탐색용 내부 검정 물질
US20180355437A1 (en) Plasma/serum target enrichment
CN111235249B (zh) 一种检测线粒体基因组开放状态的方法
CN111440843A (zh) 一种利用微量临床穿刺样本进行染色质免疫共沉淀文库制备的方法及其应用
EP4215618A1 (en) Method for analyzing cell epigenomics from multiple dimensions
CN114703173A (zh) 一种λ噬菌体DNA提取试剂盒及提取方法
Alecki et al. Identification of R-loop-forming sequences in Drosophila melanogaster embryos and tissue culture cells using DRIP-seq
CN111088303A (zh) 模拟血浆cfDNA及制备方法和测序文库的构建方法
CN110320357A (zh) 一种针对组织的自然染色质免疫沉淀处理方法
WO2023284076A1 (zh) 一种单细胞翻译组测序的方法
CN114410813B (zh) 一种在全基因组水平鉴定植物基因组dna胞嘧啶四联体位点的方法
Robbins et al. CUT&RUN chromatin profiling of human kidney tissue
US20240052412A1 (en) Method for detecting rna structure at whole transcriptome level and use thereof
CN116516495A (zh) 一种捕获全长非编码rna测序文库的构建方法与应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant