CN110872630A - 一种用于胶质瘤诊断的长链非编码rna及其应用 - Google Patents

一种用于胶质瘤诊断的长链非编码rna及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN110872630A
CN110872630A CN201911270054.9A CN201911270054A CN110872630A CN 110872630 A CN110872630 A CN 110872630A CN 201911270054 A CN201911270054 A CN 201911270054A CN 110872630 A CN110872630 A CN 110872630A
Authority
CN
China
Prior art keywords
long
coding rna
gene
foxd1
glioma
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201911270054.9A
Other languages
English (en)
Inventor
高元峰
廖建萍
戴冰
欧阳林旗
郭宇鸽
肖望重
王瑞颖
何怡然
曹艺
黎旭
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
First Hospitalof Hunan University Of Chinese Medicine
Original Assignee
First Hospitalof Hunan University Of Chinese Medicine
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by First Hospitalof Hunan University Of Chinese Medicine filed Critical First Hospitalof Hunan University Of Chinese Medicine
Priority to CN201911270054.9A priority Critical patent/CN110872630A/zh
Publication of CN110872630A publication Critical patent/CN110872630A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Abstract

本发明提供了一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA，还提供了应用，所述长链非编码RNA FOXD1‑AS1基因用于制备诊断检测胶质瘤表达的试剂产品。本发明提供了一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA，通过检测长链非编码RNA对应的cDNA的表达水平即可对早期胶质瘤进行判断，从而进行早期干预，提高患者的生存率。

Description

一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA及其应用
技术领域
本发明属于肿瘤分子生物学技术领域，具体涉及一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA及其应用。
背景技术
脑胶质瘤是人类中枢脑神经系统(颅内)中较为容易爆发的原发性恶性肿瘤之一。每年超过1100万人被诊断为神经胶质瘤，据世界卫生组织(WHO)不完全估计，到2020年，这个数字将上升到1600万，其在中枢神经系统恶性肿瘤中拥有较高的死亡率。其在颅脑疾病的死亡率中，位于脑卒中之后，居第二位。WHO按着脑胶质瘤的轻重水平，把神经胶质瘤一共分为四个级别(I-IV级)。一般来说，I和II级脑胶质瘤通常被认为是低级别脑胶质瘤(low-grade glioma,LGG)，而III和IV级脑胶质瘤被认为是高级别脑胶质瘤(high-gradeglioma,HGG)。治疗胶质瘤有手术、放射治疗及化学药物治疗等多种治疗手段。其中，化学药物治疗是个辅助手段,但由于受种种条件限制，治疗胶质瘤的较为有效的化疗药物少之又少。
最近人们发现，在人类基因组中除了有microRNA这一具有强大调控和表观遗传修饰功能的微小非编码RNA的存在，还存在着数以万计的另一种非编码RNA即长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)长链非编码是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，它们不具有编码蛋白的功能。lncRNA起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，是基因组转录的“噪音、垃圾”，不具有生物学功能。现研究证实，lncRNA在表观遗传调控、剂量补偿效应、细胞周期和细胞分化、增殖等众多生命活动中发挥重要作用。近年来我们对lncRNA的了解也越来越深入，发现其具有丰富多彩的生物学功能。而关于胶质瘤与lncRNA之间的关系,目前已被证实了的仅有：lncRNA HOTAIR、H19、MEG3、CRNDE、RMST、ASLNC22381、ADAMTS9-AS2、TSLC1-AS1等。当前，在患病组织中发现的异常表达的lncRNA可涉及全身各个系统，分布较为广泛，但是由于lncRNA数量庞大，目前针对lncRNA在胶质瘤领域中的研究仍处在起步阶段，因此探寻LncRNA胶质瘤的分子基础具有重要意义。
发明内容
本发明所要解决的技术问题在于针对上述现有技术的不足，提供一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA及其应用，该长链非编码RNA通过检测长链非编码RNA对应的cDNA的表达水平即可对早期胶质瘤进行判断，从而进行早期干预，提高患者的生存率。
为解决上述技术问题，本发明采用的技术方案是：一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA，所述长链非编码RNA为长链非编码RNA FOXD1-AS1基因，所述长链非编码RNAFOXD1-AS1基因对应的cDNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
本发明还提供了一种上述的长链非编码RNA的应用，所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因用于制备诊断检测胶质瘤表达的试剂产品。
优选地，所述试剂产品包括实时荧光定量检测试剂。
优选地，所述实时荧光定量检测试剂包括针对长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的特异性引物。
优选地，所述特异性引物为编码目的基因的长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对和检测时用作内参基因的管家基因U6的引物对；
所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对的正向引物的核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示；所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对的反向引物的核苷酸序列如SEQID NO.3所示；
所述管家基因U6的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；所述管家基因U6的反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。
本发明与现有技术相比具有以下优点：
本发明提供了一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA，通过检测长链非编码RNA对应的cDNA的表达水平即可对早期胶质瘤进行判断，从而进行早期干预，提高患者的生存率。
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细说明。
附图说明
图1是实时定量基因扩增荧光检测系统(QPCR)检测本发明长链非编码RNA对应的cDNA在胶质瘤患者中的表达情况。
具体实施方式
实施例1
本实施例的用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA，所述长链非编码RNA为长链非编码RNA FOXD1-AS1基因，所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因对应的cDNA的核苷酸序列如SEQID NO.1所示。
本实施例还提供了上述的长链非编码RNA的应用，所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因用于制备诊断检测胶质瘤表达的试剂产品；所述试剂产品包括实时荧光定量检测试剂；所述实时荧光定量检测试剂包括针对长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的特异性引物；所述特异性引物为编码目的基因的长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对和检测时用作内参基因的管家基因U6的引物对；
所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对的正向引物的核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示；所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对的反向引物的核苷酸序列如SEQID NO.3所示；
所述管家基因U6的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；所述管家基因U6的反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。
利用QPCR检测长链非编码RNA在胶质瘤患者中的表达情况，该方法为：
S1、样品收集：
各收集75例脑外伤的正常人(对照组)和75例胶质瘤患者(试验组)的相应的脑部组织，患者均知情同意，上述所有标本的取得均通过组织伦理委员会的同意。
S2、采用trizol法提取RNA。
S3、去除基因组gDNA：
提取好的各RNA，分别按如下体系加样：RNA 1～2μg、10×反应缓冲液2.0μL、gDNA清除酶Ⅰ1.0μL，不含RNA酶的H2O补足至10μL，然后在室温下静置5min，得到反应液。
S4、逆转录：
将S3中得到的反应液分别进行逆转录，分别按如下体系加样：S3中得到的反应液10μL、5×缓冲液4.0μL、逆转录酶Ⅰ1.0μL、逆转录通用引物1.0μL，不含RNA酶的H2O补足至20μL。然后在转速为1000rpm的条件下离心5s后，进行逆转录反应，逆转录的反应程序为：37℃15min，85℃5s，得到cDNA。
S5、QPCR扩增(实时荧光定量核酸扩增检测系统)检验：
(1)目的基因(长链非编码RNA FOXD1-AS1基因)的QPCR扩增：
以S4中得到的cDNA为模板，对目的基因进行QPCR扩增，每个cDNA模板重复三次，分别按如下体系加样：S4中得到的cDNA 2.0μL、实时荧光定量PCR Taq酶10.0μL、长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对的正向引物1.0μL、长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对的反向引物1.0μL，重蒸水补足至20μL；
(2)内参基因(管家基因U6)的QPCR扩增：
以S4中得到的cDNA为模板，对内参基因进行QPCR扩增，每个cDNA模板重复三次，分别按如下体系加样：S4中得到的cDNA 2.0μL、实时荧光定量PCR Taq酶10.0μL、管家基因U6引物对的正向引物1.0μL、管家基因U6引物对的反向引物1.0μL，重蒸水补足至20μL；
(3)QPCR扩增的反应程序为：95℃预变性30s；95℃变性5s，55℃退火30s，72℃延伸30s，循环40次；95℃变性0s，65℃退火15s，95℃变性0s。
上述扩增后，所有样本的最终Ct值取三次重复的平均值。结果计算公式：相对表达量＝2-ΔΔCt，其中，ΔΔCt＝试验组(Ct目的—Ct内参)—对照组(Ct目的—Ct内参)。
图1为QPCR检测长链非编码RNA对应的cDNA在胶质瘤患者中的表达情况，图中Normal为正常组；LGG为低级别胶质组；HGG为高级别胶质瘤组，与正常人相比，长链非编码RNA对应的cDNA基因在胶质瘤患者中表达上调，且与随着胶质瘤等级的增加(LGG到HGG)而增加。差异具有统计学意义(图中*表示P<0.05，***表示P<0.001)。
以上所述，仅是本发明的较佳实施例，并非对本发明作任何限制。凡是根据发明技术实质对以上实施例所作的任何简单修改、变更以及等效变化，均仍属于本发明技术方案的保护范围内。
序列表
<110> 湖南中医药大学第一附属医院（(中医临床研究所））
<120> 一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA及其应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 424
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
aatactcctt gtaaagaata cgcagtaagt acaaaaaaat ccacacgtct gttatgatac 60
aaaacacagg ttgaaataaa tgataatttt gacttttttt cttgtgtaaa catgttaacc 120
atttttcctt ttcatgaaaa agtacaccag acaagtgtcc tcaaataaaa aagaattgct 180
tcgctggcat tcttcaagac ctttactatt tttgtattat tcttttgacc attatttttt 240
aacgcctgga cctgagaatc tctacacctc aaaaaggctt agttgttttt catctgccaa 300
acgtcaaggg agcctctagt gcctggacag ggcggactcc cttccccggc accctcttcc 360
tccctacccc aggtcggggg ttggggggct gtagcatagc gttattaaca attggaaatc 420
ctag 424
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ttttaacgcc tggacctgag aat 23
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
gttaataacg ctatgctaca gcc 23
<210> 4
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
ctcgcttcgg cagcaca 17
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
aacgcttcac gaatttgcgt 20

Claims (5)

1.一种用于胶质瘤诊断的长链非编码RNA，其特征在于，所述长链非编码RNA为长链非编码RNA FOXD1-AS1基因，所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因对应的cDNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.一种如权利要求1所述的长链非编码RNA的应用，其特征在于，所述长链非编码RNAFOXD1-AS1基因用于制备诊断检测胶质瘤表达的试剂产品。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述试剂产品包括实时荧光定量检测试剂。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述实时荧光定量检测试剂包括针对长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的特异性引物。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述特异性引物为编码目的基因的长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对和检测时用作内参基因的管家基因U6的引物对；
所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对的正向引物的核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示；所述长链非编码RNA FOXD1-AS1基因的引物对的反向引物的核苷酸序列如SEQID NO.3所示；
所述管家基因U6的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；所述管家基因U6的反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。
CN201911270054.9A 2019-12-12 2019-12-12 一种用于胶质瘤诊断的长链非编码rna及其应用 Pending CN110872630A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911270054.9A CN110872630A (zh) 2019-12-12 2019-12-12 一种用于胶质瘤诊断的长链非编码rna及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911270054.9A CN110872630A (zh) 2019-12-12 2019-12-12 一种用于胶质瘤诊断的长链非编码rna及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110872630A true CN110872630A (zh) 2020-03-10

Family

ID=69718367

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911270054.9A Pending CN110872630A (zh) 2019-12-12 2019-12-12 一种用于胶质瘤诊断的长链非编码rna及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110872630A (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113322320A (zh) * 2021-05-27 2021-08-31 杭州医学院 一种长非编码rna及其在诊断及治疗神经胶质瘤中的应用
CN115807082A (zh) * 2022-07-21 2023-03-17 山东第一医科大学第一附属医院(山东省千佛山医院) lncRNA LINREP在胶质瘤诊断、预后和治疗中的应用

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012055409A1 (en) * 2010-10-27 2012-05-03 Quantibact A/S Capture of methylated rna and/or dna sequences by specific probes
EP2481814A2 (en) * 2003-06-09 2012-08-01 The Regents of the University of Michigan Compositions and methods for treating and diagnosing cancer
CN103981269A (zh) * 2014-05-26 2014-08-13 中南大学 长链非编码rna crym-as1的应用方法
CN105838820A (zh) * 2016-06-02 2016-08-10 北京市神经外科研究所 转录因子foxd1的新用途

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2481814A2 (en) * 2003-06-09 2012-08-01 The Regents of the University of Michigan Compositions and methods for treating and diagnosing cancer
WO2012055409A1 (en) * 2010-10-27 2012-05-03 Quantibact A/S Capture of methylated rna and/or dna sequences by specific probes
CN103981269A (zh) * 2014-05-26 2014-08-13 中南大学 长链非编码rna crym-as1的应用方法
CN105838820A (zh) * 2016-06-02 2016-08-10 北京市神经外科研究所 转录因子foxd1的新用途

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
YUAN-FENG GAO ET AL.: "LncRNA FOXD1-AS1 acts as a potential oncogenic biomarker in glioma" *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113322320A (zh) * 2021-05-27 2021-08-31 杭州医学院 一种长非编码rna及其在诊断及治疗神经胶质瘤中的应用
CN115807082A (zh) * 2022-07-21 2023-03-17 山东第一医科大学第一附属医院(山东省千佛山医院) lncRNA LINREP在胶质瘤诊断、预后和治疗中的应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN113604564A (zh) 一种检测外泌体相关microRNA分子的方法
EP2281903B1 (en) METHOD FOR EVALUATION OF CANCER BY USING miRNA CANCER MARKER
US9868988B2 (en) Method to assess human allograft status from microrna expression levels
CN109295218B (zh) 环状RNA标志物hsa_circ_0001788及其应用
WO2016186987A1 (en) Biomarker micrornas and method for determining tumor burden
CN110872630A (zh) 一种用于胶质瘤诊断的长链非编码rna及其应用
JP2021045131A (ja) 健康のサイン
Fu et al. Detection of mycobacterial small RNA in the bacterial culture supernatant and plasma of patients with active tuberculosis
EP3329005B1 (en) Microrna biomarkers for traumatic brain injury and methods of use thereof
CN106086017A (zh) Enst00000509938.1及制剂或诊断剂或药物或试剂盒和应用
CN109628583B (zh) 血浆/血清外泌体miRNA作为青光眼诊断标志物中的应用
CN109762883B (zh) 血浆/血清外泌体hsa-miRNA-29-3p作为青光眼诊断标志物中的应用
CN107058579A (zh) 肺腺癌相关的miRNA、组合物及其应用
CN108410977B (zh) 酒精性股骨头坏死患者血清miRNAs超早期检测试剂盒
CN110042161B (zh) 一种用于筛查急性高原反应易感者的microRNA分子标志物及其应用
CN114410795A (zh) 基于miRNA特征标记的肝癌早期检测
CN109609620B (zh) 用于辅助诊断血行播散型肺结核的试剂盒
CN109536612B (zh) 一种与鼻咽癌辅助诊断相关的血浆miRNA标志物及其应用
CN112941176A (zh) 肿瘤乳酸微环境相关非编码小rna分子谱及其应用
CN109943632B (zh) hsa-miR-1183作为急性高原反应易感者分子标志物的应用和试剂盒
CN109880899B (zh) hsa-miR-134-3p作为急性高原反应易感者分子标志物的应用和试剂盒
CN109355372B (zh) 长链非编码rna pev71i-1用于ev71感染诊断分子标志物的用途
CN109868318B (zh) hsa-miR-3654作为急性高原反应易感者分子标志物的应用和试剂盒
CN109868319B (zh) 一种用于筛查急性高原反应易感者唾液中的microRNA分子标志物及其应用
CN109880898B (zh) hsa-miR-23b-5p作为急性高原反应易感者分子标志物的应用和试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination