CN110637097A - 利用基于序列的排泄物微生物群落调查数据来鉴定结直肠癌的组合生物标志物 - Google Patents
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Abstract
本文提供用于诊断结直肠癌和结直肠腺瘤的粪便微生物标志物。本文还提供用这些肠道微生物标志物诊断结直肠癌和结直肠腺瘤的方法。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2017年3月17日提交的美国临时申请62/472,863的优先权，该临时申请的内容通过引用整体纳入本文。
技术领域
本文涉及排泄物微生物组作为非侵入性生物标志物用于诊断结直肠癌(CRC)和结直肠腺瘤(CRA)以及用于检测腺瘤向癌转变的用途。尤其，本文涉及排泄物微生物的16SrRNA序列作为诊断CRC和CRA的标志物的用途。
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背景技术
结直肠癌(CRC)是全球第三高发癌症，在美国是男女合计第二大主要癌症相关死因。[1]如果在早期局部阶段检出癌症，存活率超过90％，晚期转移的存活率则降至13％。[2-4]尽管如此，对筛查建议的依从率仍然有限。高风险组(即年龄≥50)超过30％的人称从未接受过CRC筛查。[5]
结肠镜检查有侵入性、昂贵且不能检出间期癌(即结肠镜检查后6-36个月内诊断出的CRC)，但它代表了最常用的筛查方法。[5,6]在家排泄物潜血检测(FOBT)用的不多，因为被认为无法有效降低癌症相关死亡率。[5]而且，FOBT检测癌前病变和结直肠腺瘤(CRA)灵敏度较低。[7]
Cologuard是一种较新的多目标粪便DNA测试。尽管它检测CRC具有很高的灵敏度，但检测非晚期CRA的灵敏度较低，它比FOBT昂贵，且保险公司对其是否承保各不相同。[8,9]
当前筛查方法的缺点突显了对CRC和癌前病变的高灵敏度、非侵入性诊断测试的需要，因为这种测试能提高患者的筛查率。
大多数CRC和CRA病例呈散发性(即没有遗传继承模式)，因此对诸如肠道微生物组等环境因素进行了广泛研究以识别反映这些疾病的“信号”。[10-17]16S核糖体RNA(rRNA)基因(rDNA)是一种核糖体成分，在所有细菌中保守并且其含有物种特异性的可变序列。因此，靶向小核糖体亚基RNA基因(尤其是16S rRNA基因)内高变区的DNA测序使得对微生物群的生物多样性进行表征成为可能。尽管许多研究已经分析了肠道微生物组与CRC或CRA之间的关联，但是尚未确定与CRC和癌前CRA相关的统一微生物签名(microbial signature)。尽管已报道的CRC相关分类群(例如具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)，消化链球菌属(Peptostreptococcus sp.)和卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.))间有一定的一致性，但尚未确立一致的CRC信号。[10,11,18,19]已报道的研究依赖于对单一原核生物分类生物标志物即16S核糖体RNA(rRNA)基因的测评，理论上这使得这些研究能够直接进行彼此比较。然而，不同的实验方法、16S rRNA基因靶区域、测序平台、信息学技术和人口统计学之间缺乏直接的可比性。
因此，需要开发更精准的提示发生CRC或CRA的风险或CRC或CRA存在的微生物标志物。
发明内容
本文提供用于诊断结直肠癌(CRC)或结直肠腺瘤(CRA)的排泄物微生物标志物及其使用方法。本文所述方法包括分析对象的肠道样品以确定该对象的肠道微生物谱和诊断该对象患有或没有CRC或CRA。
一些实施方式中，该方法包括获取对象的肠道样品(“测试样品”)并对该肠道样品进行处理以鉴定样品中的一种或多种微生物和/或操作分类单元(OTU)。
一些实施方式中，所述肠道样品是粪便样品。
一些实施方式中，一个或多个OTU包括菌科、菌属、菌种、菌株或其组合。
一些实施方式中，分析步骤包括定量肠道样品中微生物和/或OTU的水平。另一些实施方式中，分析步骤包括将肠道样品中微生物和/或OTU的水平与对照样品中微生物和/或OTU的水平进行比较。另一些实施方式中，对照样品获自一个或多个健康个体，所述健康个体与对象属相同物种。
一些实施方式中，一种或多种微生物和/或OTU的水平升高提示对象的CRC或CRA。另一些实施方式中，一种或多种微生物和/或OTU的水平升高提示CRC。另一些实施方式中，一种或多种微生物和/或OTU的水平降低指示对象的CRC或CRA。
一些实施方式中，所述方法包括当分析步骤测得肠道样品中存在2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21个表1所列OTU标识时诊断对象有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。另一些实施方式中，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21个表1所列OTU标识的水平各自高于对照样品。另一些实施方式中，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21个表1所列OTU标识的水平各自高于对照样品至少2倍、4倍、5倍或10倍。另一些实施方式中，当生物样品中4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21个表1所列OTU标识的水平按照log2差异倍数计各自高于对照样品至少约1.0倍、1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍或1.5倍时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。另一些实施方式中，对照肠道样品是至少来自5、10、15、20、25、30、40或50名健康个体的肠道样品。另一些实施方式中，对照样品来自与对象相同物种的健康个体。
一些实施方式中，所述方法包括当分析步骤测得肠道样品中存在至少一个或多个OTU标识时将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险，所述一个或多个OTU标识包括OTU1167和OTU3191。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU1044。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU2573。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU1873。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU1169。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU2790。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU2589。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU2910。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU3364。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU2049。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU2703。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU295。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU567。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU569。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU969。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU1255。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU1926。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU2405。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识还包括OTU2691。
另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识包括OTU1167、OTU3191、OTU2573、OTU1044、OTU567和OTU1873。另一些实施方式中，所述一个或多个OTU标识包括OTU1167、OTU2790、OTU3191和OTU1044。
一些实施方式中，检测一个或多个OTU标识存在性的步骤包括检测所述一个或多个OTU标识相对于对照样品中所述一个或多个OTU标识的升高。另一些实施方式中，对照样品是来自一名或多名健康个体的肠道样品。另一些实施方式中，对照样品是来自至少5、10、15、20、25、30、40或50名个体的肠道样品。另一些实施方式中，对照样品来自与对象相同物种的个体。另一些实施方式中，肠道样品是粪便样品。
另一实施方式中，当生物样品中一个或多个OTU的水平按log2差异倍数计高于对照样品至少约1.0倍、1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍或1.5倍时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。
本文所述方法包括获取对象的例如粪便样品的肠道样品(“测试样品”)；处理所述肠道样品以提取微生物核酸和/或对微生物核酸进行测序；以及分析所述微生物核酸以鉴定和定量肠道样品中的微生物和/或OTU水平。一些实施方式中，所述微生物核酸是DNA。另一些实施方式中，所述微生物核酸是RNA。另一些实施方式中，处理测试样品以提取样品中微生物的16S rRNA基因(rDNA)并测序。
一些实施方式中，分析微生物核酸的步骤包括分析16S rRNA序列。另一些实施方式中，所述分析步骤包括分析一个或多个16S rRNA高变区，所述高变区选自V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8和V9。
一些实施方式中，分析微生物核酸的步骤包括使用核酸扩增技术。一些实施方式中，扩增技术是实时聚合酶链反应(PCR)或逆转录PCR。
一些实施方式中，分析微生物核酸的步骤包括核酸测序。另一些实施方式中，核酸测序包括二代测序(NGS)。
一些实施方式中，分析微生物核酸的步骤包括使用核酸微阵列。
一些实施方式中，分析微生物核酸的步骤包括进行以下检测，所述检测包括一个或多个寡核苷酸与表1中的OTU标识中代表的一个或多个核酸杂交。另一些实施方式中，与OTU标识中代表的一个或多个核酸杂交的一个或多个寡核苷酸包括特异性杂交如下所述序列的寡核苷酸：SEQ ID NO:641-647(OTU1167)中至少其一、SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ ID NO:191-248(OTU2790)中至少其一、SEQ ID NO:113-149(OTU2589)中至少其一、SEQ ID NO:249-259(OTU2910)中至少其一、SEQ ID NO:514-546(OTU3364)中至少其一、SEQ ID NO:26-42(OTU1169)中至少其一、SEQ ID NO:648-654(OTU1873)中至少其一、SEQ ID NO:92-98(OTU2049)中至少其一、SEQ ID NO:8-14(OTU2573)中至少其一、SEQID NO:1-7(OTU2703)中至少其一、SEQ ID NO:260-290(OTU295)中至少其一、SEQ ID NO:655-660(OTU567)中至少其一、SEQ ID NO:560-587(OTU569)中至少其一、SEQ ID NO:588-640(OTU969)中至少其一、SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一、SEQ ID NO:43-49(OTU1255)中至少其一、SEQ ID NO:50-91(OTU1926)中至少其一、SEQ ID NO:99-112中至少其一、(OTU2405)中至少其一、SEQ ID NO:150-190(OTU2691)中至少其一和SEQ ID NO:547-559(OTU467)中至少其一。另一些实施方式中，与OTU标识中代表的一个或多个核酸杂交的一个或多个寡核苷酸包括特异性杂交如下所述序列的寡核苷酸：SEQ ID NO:641-647(OTU1167)中至少其一、SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ ID NO:648-654(OTU1873)中至少其一、SEQ ID NO:8-14(OTU2573)中至少其一、SEQ ID NO:655-660(OTU567)中至少其一和SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一。另一些实施方式中，与OTU标识中代表的一个或多个核酸杂交的一个或多个寡核苷酸包括特异性杂交如下所述序列的寡核苷酸：SEQ ID NO:641-647(OTU1167)中至少其一、SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ ID NO:191-248(OTU2790)中至少其一、SEQ ID NO:8-14(OTU2573)中至少其一和SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一。一些实施方式中，一个或多个寡核苷酸各自长度约为10至50个核苷酸、10至40个核苷酸、10至30个核苷酸、10至20个核苷酸、15至40个核苷酸、15至30个核苷酸、15至25个核苷酸、20至40个核苷酸、25至40个核苷酸、20至30个核苷酸、10至25个核苷酸或5至15个核苷酸。
一些实施方式中，分析微生物核酸的方法包括执行Strain Select-UPARSE(SS-UP)以确定一个或多个OTU标识的水平。一些实施方式中，用SS-UP分析16S rRNA基因序列数据的步骤提供微生物和/或OTU的菌株水平分辨率。
一些实施方式中，本文提供用于检测对象粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平的方法，包括：获取对象的粪便样品；处理所述粪便样品以获取16S rRNA基因序列；将16S rRNA基因序列与StrainSelect数据库中的参考序列比对；用SS-UP进行从头聚类(denovo clustering)；确定基于所述从头聚类的一种或多种微生物和/或OTU的水平；所述一种或多种微生物和/或OTU选自表1中列出的微生物和/或OTU组。
一些实施方式中，本文提供诊断对象结直肠癌或结直肠腺瘤的方法，包括：获取对象的粪便样品；处理粪便样品以分析16S rRNA基因序列数据；检测粪便样品中一种或多种OTU的水平，包括分析16S rRNA基因序列数据；并且当粪便样品中的一个或多个OTU的水平高于对照样品时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险，所述一个或多个OTU选自表1中列出的OTU组。
一些实施方式中，诊断结直肠癌或结直肠腺瘤的方法包括用Strain Select-UPARSE(SS-UP)分析16S rRNA基因序列数据以确定一种或多种OTU标识的水平，所述一种或多种OTU标识的水平选自：OTU1167、OTU3191、OTU2573、OTU1044、OTU567和OTU1873或选自OTU1167、OTU2790、OTU3191和OTU1044，其中，测试粪便样品中这些OTU标识中一个或多个的水平高于对照样品提示对象患有结直肠癌或结直肠腺瘤或存在发生结直肠或结直肠腺瘤的风险。另一些实施方式中，测试粪便样品中的OTU1167、OTU3191、OTU2573、OTU1044、OTU567和OTU1873的水平都高于对照样品或OTU1167、OTU2790、OTU3191、和OTU1044的水平都高于对照样品提示对象患有结直肠癌或结直肠腺瘤或存在发生结直肠癌或结直肠腺瘤的风险。
一些实施例中，用于诊断CRC或CRA的方法包括确定测试样品中OTU1167的水平，测试样品中OTU1167的水平升高提示对象患有结直肠癌或结直肠腺瘤或存在发生结直肠癌或结直肠腺瘤的风险。
一些实施方式中，分析微生物核酸的方法包括进行序列特异性检测，所述序列特异性检测包括多个寡核苷酸与表1中所列OTU标识的微生物核酸序列杂交。
一些实施方式中，所述序列特异性检测是PCR反应，其扩增、检测和定量OTU标识内各序列的水平。另一些实施方式中，所述检测是微阵列检测，其检测和定量OTU标识内各序列的水平。
一些实施方式中，分析微生物核酸的方法包括：从肠道样品中提取微生物DNA；由提取的微生物DNA扩增16S rRNA基因；对扩增的16S rRNA基因进行测序。
一些实施方式中，序列特异性检测包括采用与如下所述序列杂交的寡核苷酸：SEQID NO:641-647(OTU1167)中至少其一、SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ IDNO:191-248(OTU2790)中至少其一、SEQ ID NO:113-149(OTU2589)中至少其一、SEQ ID NO:249-259(OTU2910)中至少其一、SEQ ID NO:514-546(OTU3364)中至少其一、SEQ ID NO:26-42(OTU1169)中至少其一、SEQ ID NO:648-654(OTU1873)中至少其一、SEQ ID NO:92-98(OTU2049)中至少其一、SEQ ID NO:8-14(OTU2573)中至少其一、SEQ ID NO:1-7(OTU2703)中至少其一、SEQ ID NO:260-290(OTU295)中至少其一、SEQ ID NO:655-660(OTU567)中至少其一、SEQ ID NO:560-587(OTU569)中至少其一、SEQ ID NO:588-640(OTU969)中至少其一、SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一、SEQ ID NO:43-49(OTU1255)中至少其一、SEQID NO:50-91(OTU1926)中至少其一、SEQ ID NO:99-112(OTU2405)中至少其一、SEQ ID NO:150-190(OTU2691)中至少其一和SEQ ID NO:547-559(OTU467)中至少其一。另一些实施方式中，与OTU标识中代表的一个或多个核酸杂交的一个或多个寡核苷酸包括与如下所述序列杂交的寡核苷酸：SEQ ID NO:641-647(OTU1167)中至少其一、SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ ID NO:648-654(OTU1873)中至少其一、SEQ ID NO:8-14(OTU2573)中至少其一、SEQ ID NO:655-660(OTU567)中至少其一和SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一。另一些实施方式中，与OTU标识中代表的一个或多个核酸杂交的一个或多个寡核苷酸包括与如下所述序列杂交的寡核苷酸：SEQ ID NO:641-647(OTU1167)中至少其一、SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ ID NO:191-248(OTU2790)中至少其一、SEQ ID NO:8-14(OTU2573)中至少其一和SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一。
一些实施方式中，当肠道样品中一种或多种OTU的水平比对照样品高至少约5％、10％或15％时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。
在某些方面，提供了一种诊断工具，其中包括与如下所述序列互补的一个或多个寡核苷酸：SEQ ID NO:641-647(OTU1167)中至少其一SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ ID NO:191-248(OTU2790)中至少其一、SEQ ID NO:113-149(OTU2589)中至少其一、SEQ ID NO:249-259(OTU2910)中至少其一、SEQ ID NO:514-546(OTU3364)中至少其一、SEQ ID NO:26-42(OTU1169)中至少其一、SEQ ID NO:648-654(OTU1873)中至少其一、SEQID NO:92-98(OTU2049)中至少其一、SEQ ID NO:8-14(OTU2573)中至少其一、SEQ ID NO:1-7(OTU2703)中至少其一、SEQ ID NO:260-290(OTU295)中至少其一、SEQ ID NO:655-660(OTU567)中至少其一、SEQ ID NO:560-587(OTU569)中至少其一、SEQ ID NO:588-640(OTU969)中至少其一、SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一、SEQ ID NO:43-49(OTU1255)中至少其一、SEQ ID NO:50-91(OTU1926)中至少其一、SEQ ID NO:99-112(OTU2405)中至少其一、SEQ ID NO:150-190(OTU2691)中至少其一和SEQ ID NO:547-559(OTU467)中至少其一。另一些实施方式中，一个或多个寡核苷酸与如下所述序列互补：SEQID NO:641-647(OTU1167)中至少其一、SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ IDNO:648-654(OTU1873)中至少其一、SEQ ID NO:8-14(OTU2573)中至少其一、SEQ ID NO:655-660(OTU567)中至少其一和SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一。另一些实施方式中，一个或多个寡核苷酸与如下所述序列互补：SEQ ID NO:641-647(OTU1167)中至少其一、SEQ ID NO:291-513(OTU3191)中至少其一、SEQ ID NO:191-248(OTU2790)中至少其一、SEQID NO:8-14(OTU2573)中至少其一和SEQ ID NO:15-25(OTU1044)中至少其一。一些实施方式中，一个或多个寡核苷酸的各自的序列与至少一个OTU序列的互补序列99％或100％相同。一些实施方式中，诊断组合物是微阵列。另一些实施方式中，诊断组合物是试剂盒，其中还包含用于进行聚合酶链反应以检测本文中一个或多个OTU的试剂。
附图说明
图1显示选定研究的QIIME-CR和SS-UP分析的流程图。
图2显示了选定SS-UP(图2A)和QIIME-CR OTU(图2B)的森林图。该图描绘全体研究中在≥5项研究中测出的OTU的各研究和调整后的REM log2倍数差异。图中全部OTU的REMFDR＜0.1，常规报道的梭菌属(Fusobacterium)也包括在内。误差线的长度表示95％的置信区间，点的大小表示各项研究点估计的精度(1/(95％CI上限-95％CI下限)。RE模型点的大小是固定的。空白值表示在某具体研究中未检测到某特定OTU的序列。图2A中呈现的生物分类SS-UP所得的属、种、株(或OTU ID，如果未能确定菌株分类)，图2B中的则是QIIME-CR所得的门、属、种(或OTU ID，如果未能确定菌种分类)序列。
具体说明
定义
除非另有定义，本文所用的科技术语与本发明所属领域普通技术人员通常理解的同义。通常，本文中的化学、分子生物学、细胞及癌症生物学、免疫学、微生物学、药理学和蛋白质及核酸化学相关用语和技术是本领域公知且常用的。因此，虽然以下术语据信是本领域普通技术人员所熟知的，仍给予以下定义以助理解在此公开的主题。
本文全文中，“包含”一词或其衍变形式如“包括”或“含有”等应理解为表示包括明示的组分或组分组但不排除任何其他组分或组分组。
“一”表示一个或多个或一种或多种实体，即包括复数含义。因此，“一(个或种)”、“一(个或种)或多(个或种)”、“至少一(个或种)”可以互换使用。此外，用“一(个或种)”指示“一(个或种)元素”时不排除存在多于一(个或种)元素的情形，除非明确要求仅一(个或种)元素。
“包括”表示“包括但不限于”。“包括”和“包括但不限于”可互换使用。
数值之前的“约”表示该值正负5％或10％的范围，除非文中另有指定或与前述解释不符。
“对象”、“患者”和“个体”可互换使用，都指人或非人动物。这些术语包括哺乳动物，例如人、灵长类动物、畜牧动物(如牛、猪)，伴侣动物(如狗、猫)和啮齿动物(如小鼠和大鼠)。某些实施方式中，这些术语指人患者。一些实施方式中，这些术语指胃肠道疾病人患者。
本文部分地基于对来自多项排泄物微生物研究的原始16S rRNA基因序列数据采取对全体研究一致的方式进行分析时发现的CRC和CRA通用微生物标志物。
本文提供基于对象粪便样品中一个或多个操作分类单元(OTU)的存在情况来诊断CRC和/或CRA的方法。本文还提供用于检测对象粪便样品中一个或多个OTU存在情况的方法。一些实施方式中，本文所述方法提供对对象粪便样品中一种或多种微生物的科、属、种和/或菌株水平的分辨率。
“操作分类单元”(OTU)是指系统发生树中的末端叶(terminal leaf)，由特定的遗传序列以及与该序列在科、属、种或菌株水平上享有序列同一性的全体序列来定义。所述特定遗传序列可以是16S序列或16S序列的一部分，或者可以是在广泛存在于整个真细菌界的功能保守的管家基因。OTU之间具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。OTU经常通过比较生物体之间的序列来定义，序列同一性低于95％的序列不视为构成同一OTU的一部分，然而在本文所述的系统、算法和方法中，一个OTU标识可包含序列同一性为0至100％、25％至100％和50％至100％、优选70％至100％、75％至100％、77％至100％、80％至100％、81％至100％、82％至100％、83％至100％、84％、至100％、更优选85％至100％、86％至100％、87％至100％、88％至100％、89％至100％、90％至100％、91％至100％、92％至100％、93％至100％、94％至100％、95％至100％、96％至100％、97％至100％98％至100％和99％至100％的序列。
本文中认为，检测OTU或OTU标识(如后文表1中所述)等同于检测细菌的目、科、属、种或株，并且，表1中所述的OTU代表一种或多种可能此前已经归入或尚未归入属、种和/或株名的细菌。因此，本公开涉及基于对象肠道中微生物(细菌)的存在情况来诊断患有CRC或CRA的对象的方法，所述微生物(细菌)的存在情况则是基于对本文所述一个或多个OTU的检测，各个OTU标识由一个或多个核酸序列(SEQ ID NO:1-660)定义。
16S rRNA的“V1-V9区”指16S rRNA基因的第一至第九高变区，用于细菌样品的基因分型，这是普通技术人员众所周知的(Woese等，1975，Nature，254：83-86；Fox等，1980，Science，209：457-463)。细菌中的这些区域分别由核苷酸69-99、137-242、433-497、576-682、822-879、986-1043、1117-1173、1243-1294和1435-1465定义，以上采用大肠杆菌命名系统编号。Brosius等(PNAS 75:4801-4805(1978)).一些实施方式中，用V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8和V9区中至少其一来表征OTU。一些实施方式中，用V3和V4区来表征OTU。
本文所述与OTU多核苷酸“特异性杂交”的寡核苷酸指具有充分互补序列从而允许在本领域常用预定条件下与目标(例如OTU)核苷酸序列杂交的寡核苷酸(有时称为“基本互补”)。尤其，该表述包括一寡核苷酸与本文所述单链DNA或RNA分子内所含基本上互补的序列杂交，基本上排除该寡核苷酸与非互补序列的单链核酸杂交。探针和引物的具体长度和序列取决于所需核酸靶标的复杂性以及反应条件(例如温度和离子强度)。总体来说，杂交条件是本领域所知的严格杂交条件。“严格”指核苷酸序列能够结合相关或非特异性序列的条件。例如，高温和低盐提高严格性，使得非特异性结合或低熔融温度的结合发生解离。一些实施方式中，与OTU多核苷酸互补的寡核苷酸与OTU多核苷酸至少95％、96％、97％、98％、99％或100％互补。
实施方式之一中，用于诊断对象结直肠癌(CRC)或结直肠腺瘤(CRA)的方法包括：分析对象测试样品的核酸；检测测试样品的核酸中一种或多种微生物和/或OTU的水平；当所述测试样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平高于对照样品时诊断所述对象为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险；所述一种或多种微生物和/或OTU选自表1。
另一实施方式中，用于诊断对象结直肠癌(CRC)或结直肠腺瘤(CRA)的方法包括：获取对象的粪便样品；处理粪便样品以获取16S rRNA基因序列数据；检测粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平，包括用SS-UP分析16S rRNA基因序列数据；并且当粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平高于对照样品时将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险，所述一个或多个OTU选自表1中列出的微生物组。
样品采集和DNA提取
所述方法的各种实施方式中，生物样品或测试样品可以选自粪便、胃肠道某部位的粘膜活检、胃肠道某部位的抽吸液或其组合。所述方法的各种实施方式中，胃肠道中的部位可以是胃、小肠、大肠、肛门或其组合。一些实施方式中，胃肠道中的部位可以是十二指肠、空肠、回肠或其组合。或者，胃肠道中的部位可以是盲肠、结肠、直肠、肛门或其组合。另外，胃肠道中的部位可以是升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠弯曲或其组合。
粪便样品通常由对象在家中采集在标准化容器中。对象应将样品立即存储在他们的家用冰箱中。将冷冻样品送至实验室并在使用前储存在冰箱中。
粪便样品在冰上融化，并用标准技术提取核酸。提取的核酸可以是DNA和/或RNA。优选实施方式中，提取的核酸是DNA。
实施方式之一中，可用凯杰(Qiagen)的QlAamp DNA粪便迷你试剂盒从粪便样品中提取DNA。另一实施方式中，通过微珠击打(bead-beating)提取和苯酚-氯仿纯化从各个排泄物样品中提取基因组DNA，如此前所述[47]。提取物通常用无DNA酶的RNA酶处理以消除RNA污染。
用标准技术例如分光光度计、荧光计和凝胶电泳来确定DNA的数量和质量。例如，可以用Qubit荧光计(带有Quant-iTTMdsDNA BR检测试剂盒)来确定DNA的量。另一实施方式中，DNA的量可用荧光和放射性同位素科学成像系统FLA-5100(富士胶片，日本东京)来确定。
用0.8％(w/v)琼脂糖凝胶电泳在0.5mg/ml溴化乙锭中检查DNA的完整性和大小。后续处理前DNA样品全部保存于-20℃。
提取DNA的测序
可用本领域所知的多种测序方法从提取的DNA获得16S rRNA基因的序列，即16SrDNA序列。并且，可以设计通用引物来扩增16S rRNA基因的V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8和/或V9高变区。
例如，细菌16S rDNA的V1-V3区的PCR扩增可采用内含FLX钛衔接子和样品条码序列的通用引物(27F 5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’SEQ ID NO:661，533R5’-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3’SEQ ID NO:662)。可采用如下PCR循环参数：最初95℃变性5分钟；25轮的95℃变性(30秒)、55℃退火(30秒)、72℃延长(30秒)；最后72℃延长5分钟。可将各份样品的三次独立PCR反应合并后测序。PCR产物用1％琼脂糖凝胶电泳分离并用QIAquick凝胶提取试剂盒(凯杰(Qiagen))纯化。合并来自各份样品的等浓度的扩增子。进行乳液PCR和测序，如此前所述[48]。或者，可以在Roche GS FLX 454测序仪(Genoscreen公司，法国里尔)上对16S rRNA基因扩增子进行测序。
或者，可用细菌通用正向引物5’-NNNNNNNNCCTACGGGAGGCAGCAG-3’(SEQ ID NO:663)和反向引物5’-NNNNNNNNATTACCGCGGCTGCT-3’(SEQ ID NO:664)扩增各个DNA样品的16S rRNA基因V3区。NNNNNNNN是样品唯一性8碱基条码，用于区分不同样品的PCR扩增子，下划线文本表示16S rRNA基因V3区域的通用细菌引物。然后对16S rRNA基因扩增子进行测序。
或者，可用V3F(TACGGRAGGCAGCAG)正向引物(SEQ ID NO:665)和V4R(GGACTACCAGGGTATCTAAT)(SEQ ID NO:666)反向引物靶向V3-V4区来扩增各个DNA样品的16S rRNA基因V3-V4区。然后对16S rRNA基因扩增子进行测序。
可以按照条码序列和引物序列过滤测序读取结果。所得序列可以进一步针对质量和长度进行筛选和过滤。去除小于150个核苷酸、含有歧义字符、与引物有两处以上错配或含有六核苷酸以上单核苷酸重复的序列。
采用SS-UP的16S rRNA基因序列数据分析
用Strain Select-UPARSE(SS-UP)(第二基因组股份有限公司(Second Genome,Inc))法分析16S rRNA基因序列数据。SS-UP利用StrainSelect数据库，这是来自现存培养物中心可得的细菌和古细菌菌株的高质量序列和注释数据集合(secondgenome.com/StrainSelect)，并对所有无菌株匹配的序列进行从头(de novo)聚类。SS-UP法亦描述于“UPARSE：来自微生物扩增子读取的高精度OTU序列”，Edgar RC,Nat Meth,2013,10:996-8”，本文末参考文献编号34，通过援引将其整体纳入本文。
为了用SS-UP执行从头(de novo)聚类，可用USEARCH fastq_mergepairs和除fastq_minmergelen和fastq_maxmergelen数据集专用截止值之外的默认设置将配对末端(paired-end)测序读取结果合并(表3A-3B)。用USEARCH的usearch_global将全部所得合并序列与StrainSelect数据库进行比较。在用USEARCH的usearch_global与StrainSelect进行比较之前，用PrinSeq-lite[26]和参数‘-trim_ns_left 1-trim_ns_right 1-min_len$MIN_LEN-trim_qual_right 20’先对单端测序(Single-end)结果从N端进行质量修剪(各个数据集的最小长度值汇总见表3A-3B)。
各自不同的菌株匹配定义为与最接近匹配株的16S序列具有≥99％同一性而与第二近匹配株的同一性低些(即使低一个碱基)。汇总每个菌株的那些各自不同的匹配者，并创建菌株水平的OTU丰度表。剩余序列用USEARCH的fastq_maxee和MAX_EE值1进行整体读取结果质量过滤，长度修剪成读长分布95％区间的下限值(对于读长分布不均的数据集来说向着最短读长的长度修剪受到极短读出的严重影响；使用95％区间来弥补这种离群值影响)，去重复，按大小降序排序并用USEARCH(fastq_filter,derep_fulllength,sortbysize,cluster_otus)按97％同一性聚类。USEARCH cluster_otus排除可能的嵌合体。
将丰度低于3的从头(De novo)OTU视为假性而排除。然后，可将被用来与StrainSelect进行比较但未归入菌株OTU的所有序列映射到代表性共有序列(≥97％同一性)集合以生成从头(de novo)OTU丰度表。用莫氏贝叶斯分类器[28]以80％置信度给代表性菌株水平OTU序列和代表性从头OTU序列分配Greengenes[12]分类学分类；用16S rRNA基因序列的Greengenes参考数据库(例如版本13_5)对该分类器进行训练。若尚未确定标准分类名则采用等级分类标识(例如“97otu15279”)。合并菌株水平OTU丰度和分类映射从头OTU丰度，用于后续分析。SS-UP法允许对全部高质量序列进行计数，而从头OTU的分类学分类允许在各样本之间比较具有保守分类的从头OTU。
质量过滤和OTU分配后＜100个序列的样本被排除，不再进入后续分析。
可用标准工具进行统计学分析。例如，可用R程序包的phyloseq确定全球群落特征(global community properties)，诸如α多样性、β多样性指标，例如Bray-Curtis和Jaccard指数，Bray-Curtis相异度主坐标轴缩放，厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteroidete，F/B)之比和差异丰度分析。可用采用蒙特卡洛重采样(Monte-Carloresampling)的双样本置换t检验来比较CRC与对照以及CRA与对照的F/B之比和α多样性估计。使用Vegan程序包中的阿多尼斯(adonis)函数，可用方差置换分析(PERMANOVA)检测组内距离与组间距离是否显著不同。用vegan以betadisper函数检测群组分散系的多元同质性。如果OTU的伪发现率(FDR)校正本杰明·霍奇伯格(BH)p值＜0.1且log2倍数差异＞1.5或＜-1.5，则认为OTU显著不同。
统计学分析也可用其他工具进行，例如“SPSS统计(SPSS Statistics)”。
诊断方法
一些实施方式中，用于诊断结直肠癌或结直肠腺瘤的方法包括用Strain Select-UPARSE(SS-UP)方法分析排泄物16S rRNA基因序列中一种或多种微生物或OTU的存在情况。
实施方式之一中，SS-UP法包括将16S rRNA基因序列与可在secondgenome.com/StrainSelect上获得的StrainSelect数据库中的参考序列比对，并用SS-UP进行从头(denovo)聚类。
另一实施方式中，微生物和/或OTU的水平通过本领域熟知的标准核酸检测和定量技术来确定，包括但不限于聚合酶链反应(PCR)和实时PCR，其中将正向引物和反向引物设计为与表1中各OTU标识的代表序列(SEQ ID NO:1-660)杂交，并对定量测定反应产物的水平。还包括分析RNA水平的方法，其中，提取RNA并进行逆转录用于接下来PCR扩增16S rRNA序列。用于检测样品中微生物和/或OTU水平的方法还可以包括常规微阵列分析，其中，探针选择性地与表1中各OTU标识的代表序列(SEQ ID NO:1-660)直接或间接杂交从而用于检测和定量从样品中提取的多核苷酸。
杂交试验例如PCR、qPCR、RT-PCR和微阵列分析是本领域常用的，且本领域技术人员知道如何将这些技术用于出于诊断目的的本文所述微生物和/或OTU的分析和定量。
采用诸如PCR和微阵列方法之类序列特异性或序列选择性方法确定微生物和/或OTU的水平时，寡核苷酸(例如引物和探针)被设计为与表1中一个或多个OTU标识的一个或多个代表序列杂交。例如，为了检测OTU1167(由7个序列(SEQ ID NO:641-647)代表)，可用PCR扩增SEQ ID NO:641-647中的每一个。或者，可设计微阵列来检测和定量SEQ ID NO:641-647中的每一个。因此，将测试样品中对应于SEQ ID NO:641-647的核酸的检测水平与一份或多份健康对照样品中对应于SEQ ID NO:641-647的核酸的检测水平进行比较。
基于一条核酸与另一条核酸通过核苷酸碱基配对相互作用形成双链体、三链体或其他更高级结构的常识，用常规方法和/或软件确定用于例如PCR和微阵列分析目的与指定核酸序列(即具有SEQ ID NO:1-660之一序列的多核苷酸)杂交或退火的寡核苷酸是容易的。主要相互作用典型地具有根据Watson-Crick和Hoogsteen型氢键的核苷酸碱基特异性(例如A:T、A:U和G:C)。某些实施方式中，碱基堆积和疏水相互作用也可能有助于双链体稳定性。引物与互补或基本互补序列退火的条件是本领域众所周知的，例如参见《核酸杂交，实践方法》(Nucleic Acid Hybridization,A Practical Approach)(Hame和Higgins编，IRL出版社，华盛顿DC(1985))以及Wetmur和Davidson在MolMol.Biol.31:349,1968中所述。通常，这种退火是否发生受引物互补部分的长度及其在衔接子修饰分子和/或延伸产物中相应的引物结合位点、pH、温度、一价和二价阳离子存在情况、杂交区域中G核苷酸和C核苷酸的比例、培养基粘度以及变性剂存在情况等因素的影响。这些变量影响杂交所需的时间。引物和报道探针的互补部分中存在某些核苷酸类似物或小沟结合物也会影响杂交情况。因此，优选的退火条件取决于具体的应用。然而，这些条件是本领域普通技术人员无需过度试验能够常规确定的。通常，退火条件选择为允许所述寡核苷酸与其对应衔接子修饰分子和/或延伸产物中的互补或基本互补序列选择性杂交而不与反应中的其他序列显著杂交。
与例如包含SEQ ID NO:1-660其中之一序列的第二多核苷酸“选择性杂交”的寡核苷酸及其变体应理解为在适当严格条件下与包含互补核苷酸串(例如但不限于靶标侧翼序列或扩增子的引物结合位点)的该第二核苷酸退火而不与包含非所需序列(例如非靶标核酸或其他引物)的多核苷酸退火的寡核苷酸及其变体。通常，随着反应温度向着特定双链序列的解链温度升高，选择性杂交的相对量增加而错误引发减少。因此，说寡核苷酸与另一种寡核苷酸或多核苷酸杂交或选择性杂交涵盖了序列中至少其一整个地与另一核苷酸序列其整体或其部分杂交的情形。
用常规方法根据用于检测每个OTU标识的反应或独特序列数和样品量来调整检测信号，以便计算样品中每个OTU标识的相应水平。
实施方式之一中，当获自对象的测试样品中一种或多种微生物或OTU的水平高于对照样品(例如粪便样品)时，将对象诊断为患有结直肠癌或结直肠腺瘤或诊断为存在结直肠癌或结直肠腺瘤风险。
对照或对照样品是获自健康对象的样品。“健康对象”一词在此指没有CRC或CRA且/或没有发生CRC或CRA风险的对象。一些实施方式中，通过合并来自至少5、10、25或50名健康对象的样品而获得对照样品。
一些实施方式中，当测试样品中一种或多种微生物或OTU的水平高出对照样品约2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％或25％－－包括以上数值之间的数值和范围－－时将对象诊断为患有结直肠癌或结直肠腺瘤或诊断为存在发生结直肠癌或结直肠腺瘤的风险。
另一实施方式中，当测试样品中一种或多种微生物或OTU的水平相比对照样品按log2差异倍数计改变约1.2倍时，将对象诊断为患有结直肠癌或结直肠腺瘤或诊断为存在结直肠癌或结直肠腺瘤风险。“改变”一词包括测试样品中微生物或OTU水性相比对照样品升高或降低。一些实施方式中，测试样品与对照样品之间一种或多种微生物或一个或多个OTU水平的改变可以是按log2差异倍数计相对于对照样品的约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍、3.5倍、3.6倍、3.7倍、3.8倍、3.9倍、4倍、4.1倍、4.2倍、4.3倍、4.4倍、4.5倍、4.6倍、4.7倍、4.8倍、4.9倍或5倍，包括以上数值之间的数值和范围。
一些实施方式中，当测试样品中一种或多种微生物或一个或多个OTU的水平按log2差异倍数计相比对照样品高约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍、3.5倍、3.6倍、3.7倍、3.8倍、3.9倍、4倍、4.1倍、4.2倍、4.3倍、4.4倍、4.5倍、4.6倍、4.7倍、4.8倍、4.9倍或5倍－－包括以上数值之间的数值和范围－－时将对象诊断为患有结直肠癌或结直肠腺瘤或诊断为存在结直肠癌或结直肠腺瘤风险。
一些实施方式中，当测试样品中一种或多种微生物或一个或多个OTU的水平按log2差异倍数计相比对照样品低约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍、3.5倍、3.6倍、3.7倍、3.8倍、3.9倍、4倍、4.1倍、4.2倍、4.3倍、4.4倍、4.5倍、4.6倍、4.7倍、4.8倍、4.9倍或5倍－－包括以上数值之间的数值和范围－－时将对象诊断为患有结直肠癌或结直肠腺瘤或诊断为存在结直肠癌或结直肠腺瘤风险。
本文中可用作诊断CRC或CRA的标志物的微生物和/或OTU选自表1中列出的微生物和OTU。
表1
一具体实施方式中，用于诊断对象CRC或CRA的方法包括：获取对象的粪便样品；处理粪便样品以获取16S rRNA基因序列数据；检测粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平，包括用Strain Select-UPARSE分析16S rRNA基因序列数据；并且当粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平高于对照样品时将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险，所述一种或多种微生物和/或OTU选自表1中列出的微生物和/或OTU。
另一具体实施方式中，用于诊断对象CRC或CRA的方法包括：获取对象的粪便样品；处理粪便样品以获取16S rRNA基因序列数据；检测粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平，包括用Strain Select-UPARSE分析16S rRNA基因序列数据；并且当粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平高于对照样品时将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险，所述一种或多种微生物和/或OTU包括属于OTU标识OTU1167、OTU3191、OTU2573、OTU1044、OTU567和OTU1873的那些。
另一具体实施方式中，用于诊断对象CRC或CRA的方法包括：获取对象的粪便样品；处理粪便样品以获取16S rRNA基因序列数据；检测粪便样品中OTU1167、OTU2790、OTU3191和OTU1044的水平，包括用Strain Select-UPARSE分析16S rRNA基因序列数据；并且当粪便样品中OTU1167、OTU2790、OTU3191和OTU1044各自的水平都高于对照样品时将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。
实施方式之一中，Strain Select-UPARSE法给出对患者粪便样品中微生物的菌株水平分辨率。
实施方式之一中，Strain Select-UPARSE法给出至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％或95％的AUROC值(受试者操作特征曲线下面积)。例如，实施方式之一中，Strain Select-UPARSE法给出89.6％的AUROC值。另一实施方式中，Strain Select-UPARSE法给出91.3％的诊断用AUROC值。
Strain Select-UPARSE法相比QIIME-CR的物种水平识别率给出菌株水平分辨率。
Strain Select-UPARSE法相比QIIME-CR提供更好的AUROC值。例如，实施方式之一中，相比QIIME-CR 76.6％的AUROC值，Strain Select-UPARSE法给出80.3％的AUROC值。另一实施方式中，相比QIIME-CR 83.3％的AUROC值，Strain Select-UPARSE法给出91.3％的诊断用AUROC值。
一些实施方式中，用上述SS-UP法检测粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平。
一些实施方式中，可用定量PCR(qPCR)测定粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平。例如，如前所述提取粪便样品中的微生物DNA。qPCR中，用前文所述通用引物扩增提取DNA中的16S rRNA基因，同时用通用探针定量。可在同一qPCR中包括对目标微生物和/或OTU特异性或选择性的探针来对所述微生物或OTU定量。例如，qPCR可包括用于对全体微生物16S rRNA基因进行扩增和定量的通用引物和通用探针以及一个或多个表1中微生物和/或OTU的选择性探针，例如米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)ATCC 32770(OTU标识OTU1167，SEQ ID NO:641-647)的特异性或选择性探针，侵肺小类杆菌(Dialisterpneumosintes)ATCC 33048(OTU标识OTU2573，SEQ ID NO:8-14)的特异性探针，等等。微生物或OTU的选择性探针有助于定量特定微生物或OTU的水平。
另一实施方式是多核苷酸微阵列检测的应用，其中，靶标寡核苷酸选择性杂交肠道样品经处理所得的OTU多核苷酸。
换言之，可用常规测试(例如定量PCR、实时PCR、微阵列)使用与表1中各微生物/OTU的一种或多种SEQ ID NO所示序列选择性杂交的寡核苷酸对表1中所列的微生物和/或OTU进行检测和定量，即其全长与指定OTU的表1中SEQ ID NO的一部分90％、92％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的寡核苷酸或其互补序列寡核苷酸。
并且，可将基于选择性探针的定量反应(例如PCR，微阵列)设计为包括OTU标识中的全部或几乎全部序列(例如OTU1167全部7个序列中的6个或全部；OTU3191全部223个序列中的200个或全部)。或者或此外，可包括与表1中某OTU标识中至少50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％或100％的序列杂交的寡核苷酸来检测并定量肠道样品中该OTU的水平。
因此，一些实施方式中，用于诊断对象CRC或CRA的方法包括：获取对象的粪便样品；从粪便样品中提取微生物DNA；从提取的DNA中扩增16S rRNA基因；用qPCR、RT-PCR或微阵列定量16S rRNA基因的水平以及一种或多种微生物和/或OTU的水平；当粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平高于对照样品时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险；其中所述一种或多种微生物和/或OTU选自表1所列的微生物和/或OTU。
另一具体实施方式中，用于诊断对象CRC或CRA的方法包括：获取对象的粪便样品；从粪便样品中提取微生物DNA；从提取的DNA中扩增16S rRNA基因；用qPCR、RT-PCR或微阵列定量16S rRNA基因的水平以及一种或多种微生物和/或OTU的水平；当粪便样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平高于对照样品时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险；其中所述一种或多种微生物和/或OTU包括属于OTU标识OTU1167、OTU3191、OTU2573、OTU1044、OTU567和OTU1873的那些。
另一具体实施方式中，用于诊断对象CRC或CRA的方法包括：获取对象的粪便样品；检测粪便样品中OTU1167、OTU2790、OTU3191和OTU1044的水平；当粪便样品中OTU1167、OTU2790、OTU3191和OTU1044的水平都高于对照样品时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。
采用PCR的实施方式中，当测试样品中一种或多种微生物或OTU的水平高出对照样品约2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％或25％——包括以上数值之间的数值和范围——时可将对象诊断为患有结直肠癌或结直肠腺瘤或诊断为存在发生结直肠癌或结直肠腺瘤的风险。
采用定量PCR的另一实施方式中，当测试样品中一种或多种微生物或OTU的水平相比对照样品改变约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍、3.5倍、3.6倍、3.7倍、3.8倍、3.9倍、4倍、4.1倍、4.2倍、4.3倍、4.4倍、4.5倍、4.6倍、4.7倍、4.8倍、4.9倍或5倍——包括以上数值之间的数值和范围——时可将对象诊断为患有结直肠癌或结直肠腺瘤或诊断为存在结直肠癌或结直肠腺瘤风险。
诊断工具
本文教导的内容支持多种诊断工具或装置，它们均可用于实施本文所述的诊断方法。例如，诊断检测可以包括采用PCR反应、多核苷酸测序和/或微阵列杂交来检测本文一个或多个OTU的存在性和水平。因此，这些诊断工具或装置中任何一种，例如核苷酸微阵列、PCR试剂盒、核苷酸测序试剂盒等，均包含一组与本文所述一个或多个OTU互补的寡核苷酸。
与本文所述一个或多个OTU互补的寡核苷酸都能够特异性杂交其互补OTU。本文中，“特异性杂交”或“能够特异性杂交”的意思是某序列能够在某特定核苷酸序列或一组特定核苷酸序列存在于复杂DNA或RNA混合物中时在严格杂交条件下仅与其结合、形成双链或实质性杂交。一般来说，知道升温或降低核酸所在缓冲液的盐浓度使得核酸变性。低严格条件下(例如低温和/或高盐浓度)，逐渐冷却会形成杂化双链(例如DNA:DNA、RNA:RNA或RNA:DNA)，既便配对的序列不完全互补。所以，低严格条件下杂交特异性降低。相反，高严格条件下(例如高温或低盐浓度)，必需保持尽可能低的错频率来实现正确杂交。
本领域技术人员知道，可选择杂交条件来达到适当水平的严格度。一示例性实施方式中，在低严格性条件下进行杂交，例如6×SSPE-T、37℃(0.05％Triton X-100)，以确保完全杂交。然后，高严格条件下(例如1X SSPE-T，37℃)洗去错配的杂合双链。可用递升严格度(例如0.25SSPE-T，37℃至50℃)连续洗涤，直至达到想要的杂交特异性。杂交特异性可通过将序列与多种可检测对照(例如表达水平对照、标准化对照、错配对照等)的杂交与该序列与测试探针的杂交进行比较来确定。众多优化杂交条件的方法是本领域技术人员所熟知的(例如参见P.Tijssen(编)的“生物化学与分子生物学实验技术(Laboratory Techniquesin Biochemistry and Molecular Biology)”，第24卷，核酸探针杂交(HybridizationWith Nucleic Acid Probes)，1993，Elsevier,N.Y.)。
以下将进一步通过实施例来说明本发明，这些实施例不应理解为局限性的。在本文基础上本领域技术人员应懂得，在本文要旨和范围内可对本文所述具体实施方式进行多种改变而仍然得出相同或相近结果。
本文引用的专利和非专利文献都通过援引整体纳入本文用于所有目的。
实施例：
实施例1
为了确定是否能够鉴定到CRC和CRA的通用微生物标记，我们从2006年至2016年发表的多项排泄物微生物研究中获取了原始16S rRNA基因序列数据。我们采用了两种生物信息学流程来分析了数据，(1)从头QIIME(QIIME-CR)，先前发表的荟萃分析(meta-analysis)[20-22]中所用的一种从头(closed-reference)OTU分配方法，以及(2)Strain Select-UPARSE(SS-UP)，一种菌株特异性方法，在某些情况下使用更多原始序列数据给出菌株水平分辨率。此外，有数据的情况下我们将我们的组合微生物标志物与在家(take-home)愈创木脂法排泄物潜血检测(FOBT)进行了比较，FOBT是一种非侵入性但不大精确的试验。[23,24]
研究检索、选择与采纳
我们进行系统性PubMed检索来寻找标题中有结直肠癌、结肠癌、结直肠腺癌的、包括人对象的、发表于2006-2016年的研究。最后采用PubMed高级检索的具体检索式是((((((((((细菌微生物组或肠道微生物组或微生物群或微生物的))和(排泄物的或排泄物))和(结直肠癌[标题]或结肠癌[标题]或结直肠腺瘤[标题]或腺瘤性息肉[标题]或结直肠癌[标题]))和(“2006/01/01“[PDAT]:“2016/04/01”[PDAT]))和人[医学领域主题词])非综述[文献类型])和人们[医学领域主题词]))(“((((((((((bacterial microbiome ORgut microbiome OR microbiota OR microbial))AND(fecal or feces))AND(colorectalcancer[Title]OR colon cancer[Title]OR colorectal adenoma[Title]OR adenomatouspolyp[Title]or colorectal carcinoma[Title]))AND(“2006/01/01“[PDAT]:“2016/04/01”[PDAT]))AND humans[MeSH Terms])NOT review[Publication Type])AND Humans[Mesh]))”)。附言要求正文中有术语细菌微生物组、肠道微生物组或微生物群，标题中有术语结直肠癌或结直肠腺瘤或腺瘤性息肉或结直肠癌，仅包括人对象，并发表于2006-2016年。
为了提供评价排泄物微生物组与CRC关联性的流行病学研究的无偏合成，我们遵循MOOSE(流行病学观察性研究的荟萃分析)推荐清单来为我们的分析鉴定和采纳研究。[25]如果研究如下所述则符合我们的采纳标准：(i)对16S rRNA基因扩增子采用454或Illumina测序；(ii)包括经组织学确认的CRC或CRA样本和对照；并且(iii)2016年4月1日以前已由作者共享或已有公开的序列和相关元数据。
上述系统性检索鉴定到13项评价CRC与排泄物微生物相关性的研究。这些研究在DNA提取方法、所测16S rRNA基因可变区、测序平台和研究特征上存在差异，见表2A和2B概述。
其中九个含公共数据库中的序列数据(例如序列读取结果档案库(Sequence ReadArchive(SRA))，欧洲核苷酸档案库(European Nucleotide Archive(ENA))，MG-RAST)或应需提供原始数据。其中八个在研究设计中有CRC或CRA和对照。[10-14,26-28]一项研究评价了仅来自CRA病例的排泄物样本和对照。[29]其余四项研究的原始序列数据未公开、不应需提供或仅可通过受控访问获得。[15,30-32]因此，没有将这些研究纳入分析。
我们汇总了来自九项研究的16S rRNA基因测序数据。研究规模从12至129名对象不等，我们通过两条生物信息学流程QIIME-CR和SS-UP分析了59,163,765条原始16S rRNA基因序列。这一合并数据集由195例CRC、79例CRA和235名对照构成。研究之间序列长度和数量并不一致，但SS-UP的读取结果数量始终大于QIIME-CR。
患者元数据
将那些疾病状态(即CRC、CRA或对照)已知的参试者纳入分析。Zeller等[10]将大腺瘤排除在他们的分析之外并将小腺瘤合并作为对照。我们将所有这些样本作为CRA样本进行了评价。三项研究还有临床变量即年龄、性别、BMI(或身高和体重)以及排泄物潜血检测(FOBT)结果。[10-12]
生物信息学分析
如前所述，采用两条生物信息学流程，QIIME(QIIME-CR)运行的开源从头操作分类单元(OTU)分配流程[33]和将排泄物16S序列与Strain Select(StrainSelect)数据库(secondgenome.com/StrainSelect)中参考序列进行比对并用UPARSE法(SS-UP)进行从头(de novo)聚类的流程。[34]
采用两条流程是为评估微生物组荟萃分析中常用的从头OTU获取(OTU picking)的替代方法，并确定不同的OTU聚类方法如何影响CRC组合生物标志物的下游性能。SS-UP具有对某些OTU菌株水平注释的附加优点，而QIIME-CR只能提供某些OTU的物种水平分辨。我们试图确定疾病与对照对象之间的微生物组差异对于用两种流程中任一种来区分对象是否足够，亦或这种差异是细微的因此需要特殊的算法。对于每一流程，质量过滤标准和序列利用如表3A-3B所示，每一流程的运行细节见补充方法。
表3A：用于产生OTU聚类用读取结果的长度过滤标准
表3B：每一流程所用读取结果的中值序列长度。在SS-UP中，读取结果被映射到菌株水平OTU并聚类成从头(de novo)OTU，另用QIIME-CR将它们映射到参考OTU。
缩写：QIIME-CR：从头QIIME法；SS-UP：Strain Select-UPARSE法。
QIIME-CR处理：
对于QIIME-CR流程，用QIIME 1.8[10]中的split_libraries.py命令对454数据集进行质量过滤和解编。对QIIME-CR和SS-UP都根据目标扩增子长度选择最小和最大读长来滤去截短的或过长的读取结果。各自所用过滤长度汇总于表3A-3B。此外，我们用默认参数进行质量过滤(即排除有＞6个歧义碱基、＞6个核苷酸的均聚物串、与引物或条码序列错配的序列)。对于Illumina数据，我们采用QIIME 1.9中的multiple_join_paired_ends.py和multiple_split_libraries_fastq.py脚本，因为它们可以同时处理多个文件。将质量过滤参数设为默认值(即读取结果在第一个低质碱基检出(q＜20)时截止并排除＜75％原读长的读取结果)。QIIME 1.9.0仅用于大型MiSeq研究的初步fastq处理。全体研究的OTU聚类和分类分配用QIIME 1.8.0进行。
采用pick_closed_reference_otus.py将454研究和Illumina研究的经质量过滤和解编数据集分配到基于参考的OTU，它采用uclust 1.2.22q[11]并启用了反向链匹配。这种策略中，将输入序列与参考数据库(Greengenes_13_8)[12]中的预定义聚类中心比对。仅当序列以97％同一性阈值与参考数据集匹配时才将其留下。该方法的一个缺点是丢弃了与参考序列不同的读取结果。对于一项研究[14]，MG-RAST数据库上共享了被格式化为Fasta的序列文件，但没有qual文件。因此，对这项研究无法进行质量过滤，只在QIIME-CR和SS-UP流程聚类之前进行了长度修剪。两项研究中，[27，13]用454采集了F读取结果和R读取结果，但因为它们未配对，读取结果作为两个单端读取结果文库的加和接收评价。
SS-UP处理：
Strain Select-UPARSE(SS-UP)(第二基因组股份有限公司(Second Genome,Inc))流程采用StrainSelect数据库，这是来自现存培养物中心可得的细菌和古细菌菌株的高质量序列和注释数据集合(secondgenome.com/StrainSelect)，并对所有用UPARSE法(SS-UP)未找到菌株匹配的序列进行从头聚类。对于SS-UP，用USEARCH fastq_mergepairs和除fastq_minmergelen和fastq_maxmergelen数据集特征截止值之外的默认设置将配对末端序列读取结果合并(表3A-3B)。用USEARCH的usearch_global将全部所得合并序列与StrainSelect v2014-02-20进行比较。在用USEARCH的usearch_global与StrainSelect进行比较之前，用PrinSeq-lite[26]和参数‘-trim_ns_left 1-trim_ns_right 1-min_len$MIN_LEN-trim_qual_right20’先对454单端读取结果从N端进行质量修剪(各个数据集的最小长度值汇总见表3A-3B)。各自不同的菌株匹配定义为与最接近匹配株的16S序列具有≥99％同一性而与第二近匹配株的同一性低些(即使低一个碱基)。汇总每个菌株的那些各自不同的匹配者，并创建菌株水平的OTU丰度表。剩余序列用USEARCH的fastq_maxee和MAX_EE值1进行整体读取结果质量过滤，长度修剪成读长分布95％区间的下限值(对于读长分布不均的数据集来说向着最短读长的长度修剪受到极短读出的严重影响；使用95％区间来弥补这种离群值影响)，去重复，按大小降序排序并用USEARCH(fastq_filter,derep_fulllength,sortbysize,cluster_otus)按97％同一性聚类。USEARCH cluster_otus排除可能的嵌合体。每个从头OTU有一代表性共有序列。每项研究中将丰度低于3的从头(Denovo)OTU视为假性而排除。然后，将与StrainSelect进行比较但未归入菌株OTU的所有序列映射到代表性共有序列(≥97％同一性)集合以生成从头(de novo)OTU丰度表。用莫氏贝叶斯分类器[28]以80％置信度给代表性菌株水平OTU序列和代表性从头OTU序列分配Greengenes[12]分类学分类；用16S rRNA基因序列的Greengenes参考数据库(例如版本13_5)对该分类器进行训练。用于SS-UP的Greengenes 13_5版和用于QIIME-CR 13_8版都包含相同的参考序列集。13_8版中，手动调整其他分类词条，但是参考OTU和系统发育树保持不变。若尚未确定标准分类名则采用等级分类标识(例如“97otu15279”)。合并全体研究的菌株水平OTU丰度和分类映射从头OTU丰度，用于后续分析。SS-UP法允许对全部高质量序列进行计数，而从头OTU分类学分类允许在各样本之间比较具有保守分类的从头OTU。
质量过滤和OTU分配后＜100个序列的样本被排除，不再进入后续分析。所有情形中，一个流程中＜100个序列的样本在另一流程中也＜个100序列。
统计学分析
用R软件包的phyloseq确定全球群落特征，诸如α多样性、β多样性指标，例如Bray-Curtis和Jaccard指数，Bray-Curtis相异度主坐标轴缩放，厚壁菌门/拟杆菌门(F/B)之比和差异丰度分析。用采用蒙特卡洛重采样(Monte-Carlo resampling)的双样本置换t检验比较CRC与对照以及CRA与对照的F/B之比和α多样性估值。使用Vegan包中的阿多尼斯函数，用方差置换分析(PERMANOVA)检测组内距离与组间距离是否显著不同。用vegan和betadisper函数检测群组分散系的多元同质性。评估CRC病例和对照之间QIIME OTU和SS-UP OTU的差异丰度，针对研究进行调整，研究被作为DESeq2设计(～研究+疾病状态)中的混杂因素。如果OTU的伪发现率(FDR)校正本杰明·霍奇伯格(BH)p值＜0.1且log2倍数差异＞1.5或＜-1.5，则认为OTU显著不同。
随机效应模型(REM)将有CRC-对照样品的八项研究视为更大量研究的样本之一，并推断出如果进行新研究的可能结果。各项CRC-排泄物微生物组研究在其方法和患者人口统计方面不相似。这些差异可能会引入真实效应间的异质性。RE模型将这种异质性视为随机对待。具体地说，在前文所述合并分析之外，我们估算了各项研究的DESeq2 log2倍数差异作为效应量估值以及与之相关的标准误差作为相应的抽样方差作为REM的输入数据。用DESeq2分析，保留至少5项研究(即5或6或7或8项研究)中CRC与对照相比以差异丰度出现的OTU或在3或4项研究中CRA与对照相比以差异出现的OTU，进行分析。所得RE模型p值用FDR校正以用于分类群OTU之间的多重比较，并绘制显著OTU的森林图。我们还绘制了这些OUT的研究间的相对丰度图，用以估计病例相比对照的倍数差异对数值如何反映在实际OTU的出现率上。
为了确定微生物分类群对随机森林分类器而言的预测能力，将通常称为mtry的决策树各节点分叉随机采样的预测特征数量调整为(0.5,1,1.5,1.75,2,2.5,3.0)*(微生物预测总数的平方根)。对模型进行重复五次的十折内部交叉验证来避免过度拟合。用最大值来调整受试者操作特征曲线下面积(AUROC)以选择最佳模型。建立仅临床标志物(对于可获得临床元数据的研究(n＝3项研究，156个样本))，仅微生物标志物(对于全体样本和研究(n＝8项研究，344个样本)以及可获得完整临床元数据的样本子集(n＝3项研究，156个样本))和临床标志物与微生物标志物两者组合(n＝3项研究，156个样本)的RF模型来预测疾病结果。建立RF模型之前，对诸如年龄和BMI之类的临床元数据中的连续变量进行中心化和缩放。为了在有特定研究突出地影响分类器的最佳AUROC值的情况进行估测，我们进行了对每一项研究的留一法分析并估测了省略每一项研究后的分类器精度。我们还确定了各单项研究的分类器，以比较组合分类器的运作结果与相同处理的来自单项研究的特征。用五次重复的十折交叉验证消除递归特征，以此来鉴定对采用rfe函数的分类而言最有信息量的微生物分类群。为了确定组合微生物生物标志物的通用性，用predict.train函数、用留一研究队列(测试集)分类器来预测该被省略研究(验证集)中的疾病结果。用pROC软件包绘制上述模型的ROC。[29]用包内的DeLong检验对AUROC的差异进行统计学检验。
用单变量和多变量技术分析每个流程所得的OTU表，并且所有统计分析均在R(3.2.1版)中进行。据记录正接受化疗或放疗的患者的样本、每个样本小于100(＜100)个读取结果的样本和存在于＜5％总样品中的OTU被排除在两流程的分析之外。为了进行α多样性比较而将数据稀释到深度1000且无更替，但是对于所有其他分析都不进行数据稀释。[35]用phyloseq[35，36]评估全球群落特征，并用Vegan中的阿多尼斯函数进行方差置换分析(PERMANOVA)。[37]用DESeq2进行物种水平(QIIME-CR)和菌株水平(SS-UP)的差异丰度分析(病例与对照之间)。为了鉴定CRC和CRA病例中普遍存在且抗技术变异的微生物特征，我们用随机效应模型(REM)获取经调整的log2倍数差异总概算值(FDR p＜0.1时认为显著)。这用R中的metafor软件包进行，并将研究视为随机效应对待。[38]用随机森林(RF)模型确定组合排泄物微生物标志物是否能够将CRC和CRA病例与对照区分开来。用R中的caret软件包分析全体研究中合并的经相对丰度转化的OTU。[39,40]分析的更多细节见补充方法。
结果
分别用Bray-Curtis相异度和Jaccard指数来评价丰度和携带率(carriage)。排序分析显示样品之间存在微生物群落组成方面的实质性差异，并且显示来自SS-UP的排序沿前两个轴捕获的总差异量大于来自QIIME-CR的排序。沿轴1的分离主要是按不同研究，随后是按可变区和测序平台。鉴于那些参数的巨大差异，病例与对照之间的分离不容易察觉。
PERMANOVA提示，微生物组组成随疾病状况而显著不同，但该结果可能受到病例与对照之间缺乏差异均一性的影响。确认了差异的均一性之后，就任一流程而言有时就两流程而言，据不同BMI组别、测序平台FOBT检测结果和转移性疾病分类(在TNM分期中以M表示)(如有信息)的PERMANOVA，微生物学组组成显著不同。(表4)
表4：采用PERMANOVA的不同临床、人口统计和技术变量的微生物组组成比较
缩写：PERMANOVA:置换ANOVA，SS-UP:Strain Select-UPARSE，QIIME-CR:QIIME从头OTU获取，BMI:身体质量指数，V1-V4:16S rRNA基因可变区1到4，FOBT:排泄物潜血检测
#:样品数按“类别”一栏排列
*TNM：TNM是一种癌症分期系统，其中T代表原肿瘤大小(T1-T4分别为最小到最大，Tis：原位癌)，N代表淋巴结受累(N0到N2表示从低度到高度的淋巴结浸润，Nx：淋巴结受累无法评估)，M表示癌症是否已转移到身体其他部位(M0：未转移，M1：已转移)
由α多样性指数测度的全球群落特征，在SS-UP中，CRC病例与对照之间相似，在SS-UP流程和QIIME-CR流程中，CRA病例与对照之间相似。根据基于蒙特卡洛置换t检验，QIIME-CR流程中，CRA病例的香农指数(Shannon index)和逆辛普森指数(inverseSimpson index)显著低于对照。(表5)CRC病例或CRA病例的厚壁菌门/拟杆菌门之比相比对照组都没有差异。
表5：两条流程中不同疾病状态样本中的α多样性分布
缩写：QIIME-CR,QIIME从头OTU获取，SD.标准偏差，CRC-结直肠癌，CRA-结直肠腺瘤，SS-UP:Strain Select-UPARSE，p-值：蒙特卡洛置换t检验测定的疾病组别间差异的平均p-值。
过滤后，SS-UP和QIIME-CR流程分别保留总共895个和3511个OTU用于CRC病例与对照之间的差异丰度分析。厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anerobius)、帕危氏菌属(Parvimonas)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansiamuciniphila)和梭杆菌属(Fusobacterium sp.)在CRC病例中显著多于对照，两根流程中均如此。(表6)
表6：采用SS-UP所见CRC病例中相比对照的差异丰度
缩写：CRC:结直肠癌，SS-UP:Strain Select-UPARSE，OTU:操作分类单元，LogFC:Log2倍数差异，lfcse:Log2倍数差异标准误差，stat:Wald检验统计量，p:Wald检验相关p-值，padj:FDR校正的p-值
基均值(Base Mean)：标准化计数均值除以大小因数
Log2倍数差异正值表示在CRC排泄物样品中比对照中富集，负值则表示在对照样品中相比CRC富集。
“97otu12932”表示尚无标准分类名称的97％(物种水平)OTU簇。
分类注释：门；属；种；菌株。菌株的数字注释参见www.secondgenome.com/solutions/resources/data-analysis-tools/strainselect/
Log2倍数差异正值表示在CRC排泄物样品中比对照中富集，负值则表示在对照样品中相比CRC富集。
SS-UP流程鉴定到CRC病例中某些菌株显著富集，包括不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica)ATCC 25260和米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)ATCC33270。QIIME-CR还鉴定到CRC病例中成团泛菌(Pantoea agglomerans)显著富集(表7)。
表7：CRC病例中相比对照的差异丰度(QIIME-CR)
缩写：OTU:操作分类单元，LogFC:Log2倍数差异，lfcse:Log2倍数差异标准误差，stat:Wald检验统计量，pval:Wald检验相关p-值，padj:FDR校正的p-值，unc:未分类。基均值(Base Mean)：标准化计数均值除以大小因数。
Log2倍数差异正值表示在CRC排泄物样品中比对照中富集，负值则表示在对照样品中相比CRC富集。
CRA与对照的比较中由SS-UP和QIIME-CR流程分析了710和2586个OTU。两流程中普雷沃菌属、甲烷球菌属(Methanosphaera)和琥珀酸弧菌属(Succinovibrio)以及副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)显著富集。SS-UP鉴定到DESeq显示显著差异丰度的独特菌株，例如互养菌科DSM 25858、斯氏甲烷球菌(Methanosphaera stadtmanae)DSM3091。QIIME-CR显示嗜粘蛋白艾克曼菌在CRA中丰度低于对照(表8和表9)。
表8：CRA病例与对照比较的差异丰度(SS-UP)。Log2倍数差异正值表示在CRA排泄物样品中比对照中富集，负值则表示在对照样品中部相比CRA粪便样品富集
缩写：CRC：结直肠癌，SS-UP:Strain Select-UPARSE，OTU:操作分类单元，LogFC:Log2倍数差异，lfcse:Log2倍数差异标准误差，stat:Wald检验统计量，pval:Wald检验相关p-值，padj:FDR校正的p-值
基均值(Base Mean)：标准化计数均值除以大小因数。
Log2倍数差异正值表示在CRC排泄物样品中比对照中富集，负值则表示在对照样品中相比CRC富集。
“97otu2791”表示尚无标准分类名称的97％(物种水平)OTU簇。
分类按照门、属、种、菌株的传统顺序。菌株的数字注释参见www.secondgenome.com/solutions/resources/data-analysis-tools/strainselect/
表9：CRA病例中相比对照的差异丰度(QIIME-CR)
缩写：OTU:操作分类单元，LogFC:Log2倍数差异，lfcse:Log2倍数差异标准误差，stat:Wald检验统计量，pval:Wald检验相关p-值，padj:FDR校正的p-值，未分类基均值(BaseMean)：标准化计数均值除以大小因数
Log2倍数差异正值表示在CRA排泄物样品中比对照中富集，负值则表示在对照样品中相比CRA富集。
瘤胃球菌属和乳杆菌属以及肠杆菌科的OTU在CRC和CRA病例中都比对照中富集。尤其，梭杆菌属(Fusobacterium sp.)在CRC病例中比对照中富集，而在CRA病例中并非如此。
我们建立REM来评价不同研究间疾病微生物标志物的一致性程度。SS-UP流程的总共142个OTU和QIIME-CR流程的总共388个OTU可见于五项或更多项研究。8项SS-UP研究中的5项中米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)ATCC 33270株在CRC中显著高于对照(调整REMlog2倍数估值:3.3 95％CI:2.2-4.5,REM p＜0.001,FDR校正p-值＜0.001)。来自SS-UP流程的其他例子包括变形菌门内的OTU(8项研究的调整REM log2倍数估值:1.96,95％CI:0.8,3.1,REM p＝0.001,FDR p＝0.07)和咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)的OTU(5项研究的调整REM log2倍数估值:1.4,95％CI:0.4,2.4,REM p-值:0.008,FDR p:0.19)。不考虑这些研究相关的生物学和技术异质性，上述标志物表现为CRC的显著信号(图2A；表10)。
表10：SS-UP随机效应模型(REM)鉴定的CRC中相比对照的差异丰度OTU分类按照门、属、种、株的传统顺序。菌株的数字注释参见www.secondgenome.com/solutions/resources/data-analysis-tools/strainselect/。
缩写：LogFC:Log2倍数差异，τ2:真效应异质性(总)量，SE:标准误差，QE:全模型(剩余)异质性检验的检验统计量，QEp:QE相关p值，I2:对于随机效应模型而言，I2估算(百分比)效应值估值的总变异性(由异质性加抽样变异性组成)中有多少可归因于真效应之间的异质性，H2:效应值估值的总变异量与抽样变异量之比的估值，FDR:伪发现率，RE:随机效应
8项CRC-微生物组相关性研究中的7项中检出梭杆菌属，但其在病例与对照之间的差异缺乏一致性。一些研究中，差异极小，另一些中则检出负相关关系(即对照中比病例中多)。尤其在MiSeq研究中检出梭杆菌属在病理中多于对照，得出1.6的REM估值(95％CI:0.04,3.2,p:0.04,FDR p:0.4)(表10)。
REM确定为显著的分类群与这些分类群在跨研究中的相对丰度分布箱形图一致，尽管在比较组中分布稀薄。QIIME-CR流程还鉴定了多个OTU，它们在病例中一致多于或少于对照，但仅有少数具有高置信度的物种水平分类学分配。此类例子之一是卟啉单胞菌属(Porphyrmonas)的OTU(5项研究的调整REM log2倍数估值:2.9,95％CI:2.0,3.9,REM p-值:2.2*10-9,FDR p:5.8*10-7)(图2B；表11)。
表11：REM(QIIME-CR)鉴定的CRC病例中相比对照的差异丰度OTU。分类按照门、属、种的传统顺序。某生物分类等级下的分类不确定则为空白。
LogFC:Log2倍数差异缩写：LogFC:Log2倍数差异，τ2:真效应异质性(总)量，SE:标准误差，QE:全模型(剩余)异质性检验的检验统计量，QEp:QE相关p值，I2:对于随机效应模型而言，I2估算(百分比)效应值估值的总变异性(由异质性加抽样变异性组成)中有多少可归因于真效应之间的异质性，H2:效应值估值的总变异量与抽样变异量之比的估值，FDR:伪发现率，RE:随机效应
对包括CRA和对照的4项研究建立类似的REM。SS-UP鉴定到192个OTU可见于3项或全部4项含CRA的研究中。4项CRA研究中的3项中检出毛螺菌科的OTU(OTU1642调整REM估值:-1.96,95％CI:-2.97,-0.94,p:1.5*10-4,FDR:0.03)和平常拟杆菌(Bacteroidesplebius)的OTU(调整REM估值:1.86,95％CI:0.5-3.2,p:0.005,FDR:0.48)，它们的调整REMlog2倍数差异值高但FDR校正后不具备统计学显著性。类似的，QIIME-CR流程得出拟杆菌属内的OTU(调整REM估值:-2.9,95％CI:-4.1,-1.7,p:2.9*10-6,FDR:0.001)和瘤胃球菌属内的OTU(调整REM估值1.8,95％CI:0.6,2.9,p:.0.003,FDR:0.5)(表12和13)。
表12：随机效应模型(SS-UP)鉴定的CRA中相比对照的差异丰度OTU。分类按照门、属、种、菌株的传统顺序。菌株的数字注释参见www.secondgenome.com/solutions/resources/data-analysis-tools/strainselect/。
缩写：LogFC:Log2倍数差异，τ2:真效应异质性(总)量，SE:标准误差，QE:全模型(剩余)异质性检验的检验统计量，QEp:QE相关p值，I2:对于随机效应模型而言，I2估算(百分比)效应值估值的总变异性(由异质性加抽样变异性组成)中有多少可归因于真效应之间的异质性，H2:效应值估值的总变异量与抽样变异量之比的估值，FDR:伪发现率，RE:随机效应
表13：随机效应模型(QIIME-CR)鉴定的CRA中相比对照的差异丰度OTU。分类按照门、属、种的传统顺序。某生物分类等级下的分类不确定则为空白。
缩写：LogFC:Log2倍数差异，τ2:真效应异质性(总)量，SE:标准误差，QE:全模型(剩余)异质性检验的检验统计量，QEp:QE相关p值，I2:对于随机效应模型而言，I2估算(百分比)效应值估值的总变异性(由异质性加抽样变异性组成)中有多少可归因于真效应之间的异质性，H2:效应值估值的总变异量与抽样变异量之比的估值，FDR:伪发现率，RE:随机效应
如前所述，为了鉴定疾病的组合微生物生物标记，我们开发了每个生物信息学流程的随机森林分类器。针对受试者操作特征曲线下面积(AUROC)调整了最佳模型。对于SS-UP流程，8项研究鉴定到的微生物标志物具有的80.4％AUROC(灵敏度:60.1％，特异性84.8％)，与临床特征分类器(AUROC:79.6％,DeLongs检验p＝0.76)相近。SS-UP流程微生物分类群灵敏度更高，临床分类器特异性更好。QIIME-CR微生物分类器的AUROC为76.6％(灵敏度:55.3％，特异性:82.9％)(表14)。
表14：两流程的随机森林分类器特征
缩写：QIIME-CR:从头QIIME，SS-UP:Strain Select-UPARSE，ROC:受试者操作特征曲线，CRA:结直肠腺瘤平均值表示对交叉验证折数、临床和临床+中的临床变量的均值微生物分类器是FOBT、年龄、性别、BMI、国籍
就SS-UP和QIIME-CR两者而言，厌氧消化链球菌(Peptostreptococcusanerobius)、卟啉单胞菌属和小类杆菌属的OUT在变量重要性上均位居前列。SS-UP微生物分类器中居前的特征是前面提及的米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)、侵肺小类杆菌(Dialister pneumosintes)ATCC 33048、口炎消化链球菌(Peptostreptococcusstomatis)DSM 17678和普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)ATCC 84842，QIIME-CR鉴定为重要的则是穆式布雷德菌(Bulleida moorei)和细长真杆菌(Eubacterium dolichum)。梭杆菌属内的OUT在CRC与对照的区分中也是重要的。
采用一既有临床数据又有人口统计数据的研究子集(n＝3项研究，156个样本)[10-12]，这些研究的仅微生物分类器的QIIME-CR所得AUROC值为80.9％，SS-UP所得AUROC值为89.6％。如前所述，仅临床特征产生的AUROC为79.6％，既包括临床特征又包括微生物特征的分类器的QIIME-CR所得和SS-UP所得AUROC值分别为82.4％和91.3％(表14)。
]为了确定任一特定研究是否对于分类器的精度有加权效应，我们进行n-1分析评价了每项研究逐次排除时分类器性能相比基于全组研究(n＝8项研究)所得性能的变化。排除Wang_V3_454[14]使得分类器精度降低最大(从80.1降至75.8％)，提示该研究贡献了重要特征。排除WuZhu_V3_454改善了SS-UP流程的总体精度(AUROC从80.1升至83.9％)，提示该项研究贡献了偏离疾病结果分类的“噪音”特征。QIIME-CR分析可见类似趋势(表15)。
表15：留一法和各研究随机森林分类器的特征
缩写：QIIME-CR；从头QIIME，SS-UP:Strain Select-UPARSE，ROC:受试者操作特征曲线，PPV-阳性预测值，NPV-阴性预测值，mtry–用来确定随机森林分析中每个节点下采样特征数量的调整参数，特征数：随机森林分析所用微生物特征的总数均值显示对所有交叉验证折数的均值。
我们为每项研究分别构建了一个RF模型，观察到在采用相同加工样本的单项研究中鉴定的特征通常具有更好的ROC，但是单项研究模型的灵敏度通常低于组合分类器的灵敏度(表15)。
为了检验分类器的通用性，我们观测了n-1微生物分类器能够在何种程度上预测被留下的研究中的疾病结果。例如，我们将(n–Chen_V13_454队列)视为训练组而将Chen_V13_454视为验证组，确定来自其余研究项的微生物特征多好地预测Chen等队列中的疾病结果。我们发现，来自其余队列的生物素特征准确地预测了Chen_V13_454中的36/42个样本(AUROC:80.5％，精度:84.6％)。各项研究的预测值不尽相同(表16)。
表16：n研究-1队列对于被排除的研究的预测精度(SS-UP)
缩写：SS-UP:Strain Select-UPARSE,AUROC:受试者操作特征曲线下面积
表17：多项分析的前25个OTU(SS-UP)
上箭头表示分类群在CRC中多于对照。下箭头表示分类群在对照中多于病例。
缩写：SS-UP–Strain Select-UPARSE
丰度有差异：据DESeq2 Log2倍数差异＞1.5,＜-1.5,FDR p＜0.05选得研究间可变性一致：随机效应Log2倍数差异调整值>1或＜-1，或FDR调整RE-模型p＜0.5
分类中重要：微生物特征RF分类器中重要性＞10％。选取满足以上三项标准中至少两项的OTU。
CRA区别于对照的SS-UP分类器结合了来自四项研究的微生物分类群，其精度低于CRC分类器(AUROC：63.6％)但灵敏度好(80.5％)而特异性低(34.4％)。QIIME-CR CRA微生物分类器的指标类似(AUROC:67.4％，灵敏度:78.3％，特异性:38.8％)。我们还试图进行CRA与CRC样本之间的分类，获得了比较好的分类精度(SS-UP AUROC:73.7％，QIIME AUROC:80.7％)。
最后，我们将以上CRC与对照比较分析得出的微生物标志物合并鉴得一个显示丰度差异、研究间表现一致且在分类中具有重要性的通用集。表17中突出显示了SS-UP流程得出的这一25个微生物OTU的列表。
讨论
大多数先前报道的微生物组荟萃分析采用从头策略来处理16S数据[20,22,41]。本研究中，我们整合了不同微生物组研究，相对于参考数据库对从头方法和另一种将半有参OTU获取与从头OUT分类组合的方法都进行了评价。通过对多项排泄物微生物组研究原始测序数据的重新定位并采用统一方式进行分析，我们鉴定到了在CRC中一致富集或减少的微生物标志物。重要的是，我们鉴定到了新的、从未报道过的CRC和CRA相关菌株，而没有采用宏基因组测序。
尽管存在与各项原微生物组研究相关的异质性，我们建立的RF分类器可与Zeller等[10](22个分类群的鸟枪法宏基因组分类器，AUROC为84％)、Zackular等(6个分类群，AUROC为79％)和Baxter等(42)(结肠病变分类的微生物标志物，AUROC为84.7％)报道的结果相比。[42]与QIIME-CR法相比，基于SS-UP的分类器均得出更高的灵敏度和特异性，同时产生的预测(即OTU)和变量调整(mtry)更少。SS-UP微生物分类器具有80.1％的精度，排除Wu_V3_454研究(n＝39)得到的AUROC与Baxter等的相近[42]。微生物特征评价模型(AUROC89.6％)或微生物特征加FOBT结果、年龄、性别和BMI(来自一研究子集[10-12])评价模型(AUROC 91.8％)的SS-UP流程所得结果可与Zeller等(AUROC为87％)和Zackular等(AUROC为93.6％)报告的宏基因组联合FOBT分类器的结果相比。类似的，Baxter等报道了一组合分类器，其基于微生物标志物和排泄物免疫化学检测(FIT)——作为FOBT之外的另一种筛选方法——且具有95.2％的AUROC。[42]所以，此为首次报道具有＞84％的AUROC且同时包含了8个队列和多项实验室方案间变异的CRC粪便分类器。
值得注意的是，我们的留一法分析结果表明，SS-UP分类器不受任何特定研究独有特征的显著影响。这显示了微生物标志物作为可靠的CRC分类工具的稳定性。为了进一步确立SS-UP微生物分类器的通用性，在将留一法中被排除的研究作为外部验证队列时，平均预测AUROC为71.3％(表16)。
我们报道了一个与米卡瑞帕危氏菌ATCC 33270具有高度相似性的OUT，它在CRC中一致升高，且在微生物和临床-微生物组合分类器模型中排名前列。如先前提出的，[43]牙周病标志物例如消化链球菌属、卟啉单胞菌属和小类杆菌属(Diallister sp)的OTU对两流程都表现出高分类能力(表6-7)。已知口腔病原体与CRC相关，并且提出了多种机制来解释这种关系。[41,44]SS-UP流程还鉴定到此前在CRC病例中提及[26,45]的布劳特氏菌属菌株(例如卢氏布劳特氏菌(Blautia luti)DSM14534和卵形布劳特氏菌(Blautia obeum)ATCC29174)的富集，以及潜在的有益微生物例如食源性致癌物转化性霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)[46](DSM3353株)和产丁酸盐的普氏粪杆菌(Faecalibacteriumcf.prausnitzii)[1227](KLE1255株)减少(表6)。
SS-UP和QIIME-CR两流程都发现梭杆菌属——CRC研究中最常报告的细菌分类群之一——在CRC中比对照富集。在我们的差异丰度分析中它在CRC病例中显著富集并在组合(临床+微生物)FR模型中重要性居前，以上两项都是合并分析并可能被两项大型MiSeq研究加权。在逐项研究的分析中，我们鉴定到一梭杆菌属OTU在那些靶向V3区和/或V4区的MiSeq研究中具有显著高的log2倍数差异，但全体研究间比较时其相对丰度和分布的可变性则高得多。这提示CRC相关的梭杆菌属检测和报道可能依赖于16S靶标区(例如V3/V4扩增子)和/或所用测序平台。尽管梭杆菌属在CRC样本中富集，但两个流程的单变量分析、REM或RF分类模型均未见其在CRA样本中有差异丰度，说明它可能是一个晚期或较晚期疾病标志物。
两生物信息学流程的微生物标志物都未能将CRA或癌前病变与对照显著区分。尽管一项此前公开的研究报道了一个五OUT的组合以83.9％的AUROC区分腺瘤与对照，但另一项采用不同队列和20个微生物分类群的研究鉴定CRA的ROC则为67.3％。微生物标志物与临床标志物组合似乎比单纯的微生物标志物提供更好的CRA诊断实用性。值得注意的是，据报道FIT检测与门级微生物丰度组合对CRA分类具有76.7％的AUROC。[30]相比之前公开的研究，我们的单纯微生物标志物SS-UP分类器灵敏度更高(75.5％)，可用于对特异性较高的FOBT或FIT检测[24,30]进行补强。
我们的CRA相对于CRC分类比我们分析中的健康相对于CRA比较、或其他研究中的这些得出了更好的AUROC。[11,42]因此，微生物组成改变似乎在腺瘤－癌转化中很明显，但在息肉初期却不一定如此。差异丰度分析在CRA病例和CRC病例与对照的比较中都鉴定到一些琥珀酸弧菌属和梭菌属(Clostridia)共有的OTU，这些可能是癌症进展中的“驱动”物种。无论是驱动还是搭乘，这些观察性研究都证实了微生物失调是CRC的标志性特征，是可期的检测和干预靶标。
虽已尽力，但仍有局限。分析的9项研究中仅3项有关于癌症分期、肿瘤部位、FOBT结果和患者人口统计(包括年龄、性别和BMI)的信息。类似的，有关腺瘤生长方式(例如是管状还是绒毛状)和癌变能力(即赘生性还是增生性)的信息也有限。统计上，差异丰度分析对稀疏微生物OTU数据(微生物分类群分布的特征之一)和覆盖深度差异敏感。我们试图通过混杂因素调整和多比较校正来控制潜在的伪结果。
尽管有这些局限，我们的研究整合并统一分析了的一组多样的排泄物微生物组CRC数据集，鉴定到了CRC病例中一致升高的关键分类群，并确定了基于16S rRNA基因的用于CRC检测的一组组合排泄物微生物生物标志物，代表了探索灵敏、特异性且非侵入性CRC诊断的关键一步。
援引纳入
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然而，本文对任何参考文献、文章、出版物、专利、专利出版物和专利申请的援引均不是也不应视为承认或以任何形式示意它们构成世界上任何国家的有效的现有技术或是公知常识的一部分。
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aacaccggtg gcgaaggcga ctttctagac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 9
<211> 252
<212> DNA
<213> 侵肺小类杆菌(Dialister pneumosintes)
<400> 9
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggtttct 60
taagtccatc ttaaaagcgt ggggctcaac cccatgaggg gatggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctagac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 10
<211> 160
<212> DNA
<213> 侵肺小类杆菌(Dialister pneumosintes)
<400> 10
tggggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa cgccgcgtga acgaagaagg 60
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<210> 11
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<212> DNA
<213> 侵肺小类杆菌(Dialister pneumosintes)
<400> 11
tggggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa cgccgcgtga acgaagaagg 60
tcttcggatt gtaaagttct gtgattcggg acgaaagggt ttgtggtgaa taatcataga 120
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<210> 12
<211> 465
<212> DNA
<213> 侵肺小类杆菌(Dialister pneumosintes)
<400> 12
cctacgggag gcagcagtgg ggaatcttcc gcaatggacg aaagtctgac ggagcaacgc 60
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tagagattag gaagaacacc ggtggcgaag gcgactttct agacgaaaac tgacgctgag 420
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<211> 502
<212> DNA
<213> 侵肺小类杆菌(Dialister pneumosintes)
<400> 13
ctggcggcgt gcttaacaca tgcaagtcga acggaaagag atgaaagagc ttgctctttt 60
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cactggaact gagacacggt ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atcttccgca 360
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<210> 14
<211> 421
<212> DNA
<213> 侵肺小类杆菌(Dialister pneumosintes)
<400> 14
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cgatcagtag ccggtctgag aggatgaacg gccacactgg aactgagaca cggtccagac 240
tcctacggga ggcagcagtg gggaatcttc cgcaatggac gaaagtctga cggagcaacg 300
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c 421
<210> 15
<211> 472
<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 15
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtaggac 60
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aacagtatgt aacacatgtt agatgcttga aagatgcaat tgcatcgcta gtagatggac 240
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<210> 16
<211> 229
<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 16
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtaggac 60
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<210> 17
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<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 17
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<210> 18
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<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 18
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<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 19
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<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 20
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<210> 21
<211> 465
<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<220>
<221> misc_feature
<222> (2)..(2)
<223> n是a, c, g或t
<400> 21
cntacgggtg gcagcagtag ggaatcttcg gcaatggggg gaaccctgac cgagcaacgc 60
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tagatatatg gaggaacacc ggtggcgaaa gcggctctct ggtctgtaac tgacgctgag 420
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<210> 22
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<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 22
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<210> 23
<211> 463
<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 23
gcacagttta taccgtagct tgctacacca tagactgtga gttgcgaacg ggtgagtaac 60
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cctgcgttgt attagctagt aggtagggta aaggcctacc taggcaacga tacatagccg 240
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<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 24
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<212> DNA
<213> 咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)
<400> 25
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<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<400> 26
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<212> DNA
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<400> 27
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<212> DNA
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<400> 28
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<211> 252
<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<400> 29
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<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<400> 30
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<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<400> 31
tacgtatggg gcgagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agggtacgta ggcggtctat 60
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aataccggtg gcgaaggcga ctttctggac ttttactgac gctcaggtac gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
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<211> 251
<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<400> 32
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<211> 252
<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<400> 33
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<211> 252
<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<400> 34
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<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
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<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<400> 36
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tatcatagag gaagccccgg ctaaatacgt gccagcagcc gcggtaatac gtatggggcg 180
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<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
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<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
<220>
<221> misc_feature
<222> (2)..(2)
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gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa taccggtggc 360
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<212> DNA
<213> 帕危氏菌属(Parvimonas sp.)
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<212> DNA
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<400> 42
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aaatgaaagt ggcgaacggt gagtaacacg tgagcaacct acctacacag ggggatagcc 120
gttggaaacg acgattaata ccgcatgaga ccacagaatc gcatgatata ggggtcaaag 180
atttatcggt gtaagaaggg ctcgcgtctg attagctagt tggaagggta aaggcctacc 240
aaggcgacga tcagtagccg gtctgagagg atgaacggcc acattggaac tgagacacgg 300
tccaaactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgcac aatgggggga accctgatgc 360
agcgacgccg cgtgagcgaa gaaggttttc gaatcgtaaa gctctgtcct atgagaagat 420
aatgacggta tcataggagg aagccccggc taaatacgtg cc 462
<210> 43
<211> 229
<212> DNA
<213> 厚壁菌门(Firmicutes sp.)
<400> 43
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
ggagacagtg agtagcttgc tatgagctgt tttagcggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
gcaacctttc ccagacaggg gaataacaca ccgaaaggtg tactaatacc gcataagacc 180
acggaatcac atggttctga ggtaaaagat ttatcggttt ggggtgggc 229
<210> 44
<211> 252
<212> DNA
<213> 厚壁菌门(Firmicutes sp.)
<400> 44
tacgtagggg gcaagcgttg tccggaataa ttgggcgtaa agggcgcgta ggcggctcgg 60
taagtctgga gtgaaagtcc tgcttttaag gtgggaattg ctttggatac tgtcgggctt 120
gagtgcagga gaggttagtg gaattcccag tgtagcggtg aaatgcgtag agattgggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg actaactgga ctgtaactga cgctgaggcg cgaaagtgtg 240
gggagcaaac ag 252
<210> 45
<211> 251
<212> DNA
<213> 厚壁菌门(Firmicutes sp.)
<400> 45
tacgtagggg gcaagcgttg tccggaataa ttgggcgtaa agggcgcgta ggcggctcgg 60
taagtctgga gtgaaagtcc tgcttttaag gtgggaattg ctttggatac tgtcgggctt 120
gagtgcagga gaggttagtg gaattcccag tgtagcggtg aaatgcgtag agattgggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg actaactgga ctgtaactga cgctgaggcg cgaaagtgtg 240
gggagcaaac a 251
<210> 46
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<212> DNA
<213> 厚壁菌门(Firmicutes sp.)
<400> 46
tggggaatat tgggcaatgg aggaaactct gacccagcaa cgccgcgtgg aggaagaagg 60
ttttcggatc gtaaactcct gtccttggag acgagtagaa gacggtatcc aaggaggaag 120
<210> 47
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<212> DNA
<213> 厚壁菌门(Firmicutes sp.)
<400> 47
tggggaatat tgggcaatgg aggaaactct gacccagcaa cgccgcgtgg aggaagaagg 60
ttttcggatc gtaaactcct gtccttggag acgagtagaa gacggtatcc a 111
<210> 48
<211> 111
<212> DNA
<213> 厚壁菌门(Firmicutes sp.)
<400> 48
cggggaatat tgggcaatgg ggggaaccct gacccagcaa cgccgcgtgg aggaagaagg 60
ttttcggatc gtaaactcct gtccttggag acgagtagaa gacggtatcc a 111
<210> 49
<211> 363
<212> DNA
<213> 厚壁菌门(Firmicutes sp.)
<400> 49
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatattgg gcaatggagg aaactctgac ccagcaacgc 60
cgcgtggagg aagaaggttt tcggatcgta aactcctgtc cttggagacg agtagaagac 120
ggtatccaag gaggaagccc cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggg 180
gcaagcgttg tccggaataa ttgggcgtaa agggcgcgta ggcggctcgg taagtctgga 240
gtgaaagtcc tgcttttaag gtgggaattg ctttggatac tgtcgggctt gagtgcagga 300
gaggttagtg gaattcccag tgtagcggtg aaatgcgtag agattgggag gaacaccagt 360
ggc 363
<210> 50
<211> 414
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 50
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcattta gaacagatta cttcggtttg aagttcttta tgactgagtg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggtaacct gccttgtact gggggatagc agctggaaac ggctggtaat 180
accgcataag cgcacaatgt tgcatgacat ggtgtgaaaa actccggtgg tataagatgg 240
acccgcgtct gattagctag ttggtgagat aacagcccac caaggcgacg atcagtagcc 300
gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg 360
cagcagtggg gaatattgca caatggagga aactctgatg cagcgacgcg cgtg 414
<210> 51
<211> 229
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 51
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcattta agacggattc tttcgggatg aagactttta tgactgagtg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggtaacct gcctcacaca gggggatagc agttggaaac ggctgataat 180
accgcataag cgcacagtac cgcatggtac agtgtgaaaa actccggtg 229
<210> 52
<211> 229
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 52
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcattta gaacggatta tttcggtatg aagttcttta tgactgagtg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggtaacct gccttgtact gggggatagc agctggaaac ggctggtaat 180
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<211> 229
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 53
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcattta agacagattt tttcggaatg aagtttttta tgactgagtg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggtaacct gcctcacaca gggggatagc agttggaaac gactggtaat 180
accgcataag cgcacagctt cgcatgaagc ggtgtgaaaa actccggtg 229
<210> 54
<211> 229
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 54
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcattta gaacagatta cttcggtttg aagttcttta tgactgagtg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggtaacct gccttgtact gggggagtag cagctggaaa cggctggtaa 180
taccgcataa gcgcacaatg ttgcatgaca tggtgtgaaa aactaccgg 229
<210> 55
<211> 229
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 55
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcatttg cgacagattt cttcgggatg aagttgctta tgactgagtg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggtaacct gccttgtact gggggagtag cagctggaaa cgggactggt 180
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<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
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<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
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tatgcgcctt gccagcccgc tcaggtgtgc cagcagccgc ggtaatacgt atggagcaag 60
cgttatccgg atttactggg tgtaaaggga gtgtaggtgg ccaggcaagt cagaagtgaa 120
agcccggggc tcaaccccgg gactgctttt gaaactgcag ggctagagtg caggagg 177
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<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 60
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<211> 252
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<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
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gagtgcagga ggggtgagtg gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gcttactgga cggtaactga cgttgaggct cgaaagcgtg 240
gggagcaaac ag 252
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<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 63
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<211> 251
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<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 69
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<211> 251
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<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 71
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<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 72
tggggaatat tgcacaatgg aggaactctg atgcagcgac gccgcgtgag tgaagaagta 60
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<211> 120
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 73
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<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 74
tgggaatatt gcacaatgga ggaaactctg atgcagcgac gccgcgtgag tgaagaagta 60
gttcgctatg taaagctcta tcagcaggga agatagtgac ggtacctgac t 111
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<211> 111
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 75
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<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
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taattcgtta tgtaaagctc tatcagcagg gaagatagtg acggtacctg a 111
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<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
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<212> DNA
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<400> 78
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cga 363
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<211> 298
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 79
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gtgtaaaggg agtgtaggtg gccatgcaag ttagaagtga aaatccgggg ctcaaccccg 120
gaactgcttt tgaaactgta aggctggagt gcaggagggg tgagtggaat tcctagtgta 180
gcggtgaaat gcgtagatat taggaggaac accagtggcg aaggcggctc actggactgt 240
aactgacact gaggctcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc cggtagtc 298
<210> 80
<211> 363
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 80
cctacggggg gctgcagtgg ggaatattgc acaatggagg aaactctgat gcagcgacgc 60
cgcgtgagtg aagaagtaat tcgttatgta aagctctatc agcagggaag atagtgacgg 120
tacctgacta agaagctccg gctaaatacg tgccagcagc cgcggtaata cgtatggagc 180
aagcgttatc cggatttact gggtgtaaag ggagtgtagg tggccatgca agtcagaagt 240
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ggtgagtgga attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg 360
cga 363
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<211> 257
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 81
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ttacttcggt ttgaagttct ttatgactga gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120
cctgccttgt actgggggat agcagctgga aacggctggt aataccgcat aagcgcacag 180
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<210> 82
<211> 257
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 82
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gattttttcg gaatgaagtt ttttatgact gagtggcgga cgggtgagta acgcgtgggt 120
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agcttcgcat gaagcggtgt gaaaaactcc ggtggtgtga gatggacccg cgtctgatta 240
ggtagttggt gaggtaa 257
<210> 83
<211> 153
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 83
aactcctacg ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg gaggaaactc tgatgcagcg 60
acgccgcgtg agtgaagaag tagttcgcta tgtaaagctc tatcagcagg gaagatagtg 120
acggtacctg actaagaagc tccggctaaa tac 153
<210> 84
<211> 257
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 84
ggctcaggat gaacgctggc ggcgtgctta acacatgcaa gtcgaacgaa gcatttaaga 60
cagattactt cggtttgaag tcttttatga ctgagtggcg gacgggtgag taacgcgtgg 120
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<211> 257
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 85
ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt cgaacgaagc atttaagacg 60
gattctttcg ggatgaagac ttttatgact gagtggcgga cgggtgagta acgcgtgggt 120
aacctgcctc acacaggggg atagcagttg gaaacggctg ataataccgc ataagcgcac 180
agtaccgcat ggtacagtgt gaaaaactcc ggtggtgtga gatggacccg cgtctgatta 240
gctggttggc ggggtaa 257
<210> 86
<211> 478
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 86
aggatgaacg ctggcggcgt gcttaacaca tgcaagtcga acgaagcatt tagacagatt 60
acttcggttt gaagtctttt atgactgagt ggcggacggg tgagtaacgc gtggtaacct 120
gcctcataca gggggatagc agctggaaac ggctggtaat accgcataag cgcacagtac 180
cacatggtac agtgtgaaaa actccggtgg tatgagatgg acccgcgtct gattagcttg 240
ttggcggggt aacggcccac caaggcgacg atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc 300
cacattggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca 360
caatggagga aactctgatg cagcgacgcc gcgtgagtga agaagtagtt cgctatgtaa 420
agctctatca gcagggaaga tagtgacggt acctgactaa gaagctccgg ctaaatac 478
<210> 87
<211> 249
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 87
atgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgaacg aagcatttaa gacagatttt 60
ttcggaatga agttttttat gactgagtgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg 120
cctcacacag ggggatagca gttggaaacg actggtaata ccgcataagc gcacagcttc 180
gcatgaagcg gtgtgaaaaa ctccggtggt gtgagatgga cccgcgtctg attaggtagt 240
tggtgaggt 249
<210> 88
<211> 220
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 88
ggcgacgatc agtagccgac ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc 60
cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa tggaggaaac tctgatgcag 120
cgacgccgcg tgagtgaaga agtagttcgc tatgtaaagc tctatcagca gggaagatag 180
tgacggtacc tgactaagaa gctccggcta aatacgtgcc 220
<210> 89
<211> 204
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 89
agccgactga gaggtgacgg ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag 60
gcagcagtgg ggaatattgc acaatggagg aaactctgat gcagcgacgc cgcgtgagtg 120
aagaagtagt tcgctatgta aagctctatc agcagggaag atagtgacgg tacctgacta 180
agaagctccg gctaaatacg tgcc 204
<210> 90
<211> 399
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 90
gactgagtgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg ccttgtactg gggatagcag 60
cggaaacggc tggtaatacc gcataagcgc acaatgttgc atgacatggt gtgaaaaact 120
ccggtggtat agatggaccc gcgtctgatt agctagttgg tgagataaca gcccaccaag 180
gcgacgatca gtagccgacc tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc 240
agactcctac gggaggcagc agtggggaat attgcacaat ggaggaaact ctgatgcagc 300
gacgccgcgt gagtgaagaa gtaattcgtt atgtaaagct ctatcagcag ggaagatagt 360
gacggtacct gactaagaag ctccggctaa atacgtgcc 399
<210> 91
<211> 401
<212> DNA
<213> 毛螺菌属(Lachnospira sp.)
<400> 91
gactgagtgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg cctcatacag ggggatagca 60
gctggaaacg gctggtaata ccgcataagc gcacagtacc acatggtaca gtgtgaaaaa 120
ctccggtggt atgagatgga cccgcgtctg attagcttgt tggcgggtaa cggcccacca 180
aggcgacgat cagtagccga cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc 240
ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca atggaggaaa ctctgatgca 300
gcgacgccgc gtgagtgaag aagtagttcg ctatgtaaag ctctatcagc agggaagata 360
gtgacggtac ctgactaaga agctccggct aaatacgtgc c 401
<210> 92
<211> 229
<212> DNA
<213> 厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)
<400> 92
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gcgtctgatt tgatgcttgc attgatgaaa gatgagcggc ggacgggtga gtaacgcgtg 120
ggtaacctgc cctatacaca tggataacat actgaaaagt ttactaatac atgataatat 180
atatttacgg catcgtagat atatcaaagt gttagcggta taggatgga 229
<210> 93
<211> 252
<212> DNA
<213> 厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)
<400> 93
tacgtagggg gctagcgtta tccggattta ctgggcgtaa agggtgcgta ggtggtcttt 60
caagtcggtg gttaaaggct acggctcaac cgtagttagc ctccgaaact ggaagacttg 120
agtgcaggag aggaaagtgg aattcccagt gtagcggtga aatgcgtaga tattgggagg 180
aacaccagta gcgaaggcgg ctttctggac tgcaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
gtagcaaaca gg 252
<210> 94
<211> 251
<212> DNA
<213> 厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)
<400> 94
tacgtagggg gctagcgtta tccggattta ctgggcgtaa agggtgcgta ggtggtcttt 60
caagtcggtg gttaaaggct acggctcaac cgtagttagc ctccgaaact ggaagacttg 120
agtgcaggag aggaaagtgg aattcccagt gtagcggtga aatgcgtaga tattgggagg 180
aacaccagta gcgaaggcgg ctttctggac tgcaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
gtagcaaaca g 251
<210> 95
<211> 120
<212> DNA
<213> 厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)
<400> 95
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga acgatgaagg 60
tcttcggatc gtaaaagttc tgttgcaggg gaagataatg acggtaccct gtgaggaagc 120
<210> 96
<211> 363
<212> DNA
<213> 厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)
<400> 96
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagcaacgc 60
cgcgtgaacg atgaaggtct tcggatcgta aagttctgtt gcaggggaag ataatgacgg 120
taccctgtga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc 180
tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg tggtctttca agtcggtggt 240
taaaggctac ggctcaaccg tagttagcct ccgaaactgg aagacttgag tgcaggagag 300
gaaagtggaa ttcccagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttgggaggaa caccagtagc 360
gaa 363
<210> 97
<211> 463
<212> DNA
<213> 厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)
<400> 97
tgaacgctgg cggcgtgcct aacacatgca agtcgagcgc gtctgatttg atgcttgcat 60
taatgaagat gagcggcgga cgggtgagta acgcgtgggt aacctgccct atacacatgg 120
ataacatact gaaaagttta ctaatacatg ataatatata tttacggcat cgtagatata 180
tcaaagtgtt agcggtatag gatggacccg cgtctgatta gctagttggt gagataactg 240
cccaccaagg cgacgatcag tagccgacct gagagggtga tcggccacat tggaactgag 300
acacggtcca aactcctacg ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg ggcgcaagcc 360
tgatgcagca acgccgcgtg aacgatgaag gtcttcggat cgtaaagttc tgttgcaggg 420
gaagataatg acggtaccct gtgaggaagc cccggctaac tac 463
<210> 98
<211> 257
<212> DNA
<213> 厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)
<400> 98
cgtcaggatg aacgctggcg gcgtgcctaa cacatgcaag tcgagcgcgt ctgatttgat 60
gcttgcatta atgaaagatg agcggcggac gggtgagtaa cgcgtgggta acctgcccta 120
tacacatgga taacatactg aaaagtttac taatacatga taatatatat ttacggcatc 180
gtagatatat caaagtgtta gcggtatagg atggacccgc gtctgattag ctagttggtg 240
agataactgc ccaccaa 257
<210> 99
<211> 229
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 99
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggggtgctca tgacggagga ttcgtccaac ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac 180
cgcatgatgc agttgggtcg catggctctg actgccaaag atttatcgc 229
<210> 100
<211> 518
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 100
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggggtgctca tgacggagga ttcgtccaac ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac 180
cgcatgaagc agttgggtcg catggctctg actgccaaag atttatcgct ctgagatggc 240
ctcgcgtctg attagctagt aggcggggta acggcccacc taggcgacga tcagtagccg 300
gactgagagg ttgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc 360
agcagtgggg aatattgggc aatgggcgca agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa 420
gaaggctttc gggttgtaaa cttcttttgt cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg 480
aataagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtt 518
<210> 101
<211> 252
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 101
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ctgggtgtaa agggcgtgta ggcgggattg 60
caagtcagat gtgaaaactg ggggctcaac ctccagcctg catttgaaac tgtagttctt 120
gagtgctgga gaggcaatcg gaattccgtg tgtagcggtg aaatgcgtag atatacggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gattgctgga cagtaactga cgctgaggcg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac ag 252
<210> 102
<211> 251
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 102
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ctgggtgtaa agggcgtgta ggcgggattg 60
caagtcagat gtgaaaactg ggggctcaac ctccagcctg catttgaaac tgtagttctt 120
gagtgctgga gaggcaatcg gaattccgtg tgtagcggtg aaatgcgtag atatacggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gattgctgga cagtaactga cgctgaggcg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac a 251
<210> 103
<211> 120
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 103
tggggaatat tgggcaatgg gcgcaagcct gacccagcaa cgccgcgtga aggaagaagg 60
ctttcgggtt gtaaacttct tttgtcgggg acgaaacaaa tgacggtacc cgacgaataa 120
<210> 104
<211> 111
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 104
tggggaatat tgggcaatgg gcgcaagcct gacccagcaa cgccgcgtga aggaagaagg 60
ctttcgggtt gtaaacttct tttgtcgggg acgaaacaaa tgacggtacc c 111
<210> 105
<211> 363
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 105
cctacggggg gctgcagtgg ggaatattgg gcaatgggcg caagcctgac ccagcaacgc 60
cgcgtgaagg aagaaggctt tcgggttgta aacttctttt gtcggggacg aaacaaatga 120
cggtacccga cgaataagcc acggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt 180
ggcaagcgtt atccggattt actgggtgta aagggcgtgt aggcgggatt gcaagtcaga 240
tgtgaaaact gggggctcaa cctccagcct gcatttgaaa ctgtagttct tgagtgctgg 300
agaggcaatc ggaattccgt gtgtagcggt gaaatgcgta gatatacgga ggaacaccag 360
tgg 363
<210> 106
<211> 257
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 106
tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgaacgg gtgctcatga 60
cggaggattc gtccaacgga ttgagttacc tagtggcgga cgggtgagta acgcgtgagg 120
aacctgcctt ggagagggga ataacactcc gaaaggagtg ctaataccgc atgatgcagt 180
tgggtcgcat ggctctgact gccaaagatt tatcgctctg agatggcctc gcgtctgatt 240
agctagtagg cggggta 257
<210> 107
<211> 206
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 107
tagccggact gagaggttga ccggccacat tgggactgag acacggccca gactcctacg 60
ggaggcagca gtggggaata ttgggcaatg ggcgcaagcc tgacccagca acgccgcgtg 120
aaggaagaag gctttcgggt tgtaaacttc ttttgtcggg gacgaaacaa atgacggtac 180
ccgacgaata agccacggct aactac 206
<210> 108
<211> 470
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 108
gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg aacgggtgct catgacggag gattcgtcac 60
ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg 120
ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac cgcatgatgc agttgggtcg catggctctg 180
actgccaaag atttatcgct ctgagatggc ctcgcgtctg attagctagt aggcggggta 240
acggcccacc taggcgacga tcagtagccg gactgagagg ttgaccggcc acattgggac 300
tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgggc aatgggcgca 360
agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa gaaggctttc gggttgtaaa cttcttttgt 420
cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg aataagccac ggctaactac 470
<210> 109
<211> 498
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 109
agtttgatca tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgaacgg 60
ggtgctcatg acggaggatt cgtccaacgg attgagttac ctagtggcgg acgggtgagt 120
aacgcgtgag gaacctgcct tggagagggg aataacactc cgaaaggagt gctaataccg 180
catgaagcag ttgggtcgca tggctctgac tgccaaagat ttatcgctct gagatggcct 240
cgcgtctgat tagctagtag gcggggtaac ggcccaccta ggcgacgatc agtagccgga 300
ctgagaggtt gaccggccac attgggactg agacacggcc cagactccta cgggaggcag 360
cagtggggaa tattgggcaa tgggcgcaag cctgacccag caacgccgcg tgaaggaaga 420
aggctttcgg gttgtaaact tcttttgtcg gggacgaaac aaatgacggt acccgacgaa 480
taagccacgg ctaactac 498
<210> 110
<211> 249
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 110
ctggctcagg atgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgaacg gggtgctcat 60
gacggaggat tcgtccaacg gattgagtta cctagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
ggaacctgcc ttggagaggg gaataacact ccgaaaggag tgctaatacc gcatgatgca 180
gttgggtcgc atggctctga ctgccaaaga tttatcgctc tgagatggcc tcgcgtctga 240
ttagctagt 249
<210> 111
<211> 407
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 111
gttacctagt ggcggacggg tgagtaacgc gtgaggaacc tgccttggag aggggaataa 60
cactccgaaa ggagtgctaa taccgcatga tgcagttggg tcgcatggct ctgactgcca 120
aagatttatc gctctgagat ggcctcgcgt ctgattagct agtagcgggg taacggccca 180
cctaggcgac gatcagtagc cggactgaga ggttgaccgg ccacattggg actgagacac 240
ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg gcaatgggcg caagcctgac 300
ccagcaacgc cgcgtgaagg aagaaggctt tcgggttgta aacttctttt gtcggggacg 360
aaacaaatga cggtacccga cgaataagcc acggctaact acgtgcc 407
<210> 112
<211> 494
<212> DNA
<213> 颤螺菌属(Oscillospora sp.)
<400> 112
ctggctcagg atgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgaacg gggtgctcat 60
gacggaggat tcgtccaatg gattgagtta cctagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
ggaacctgcc ttggagaggg ggataacact ccgaaaggag tgctaatacc gcatgatgca 180
gttgggtcgc atggctctga ctgccaaaga tttatcgctc tgagatggcc tcgcgtctga 240
ttagctagta ggcggggtaa cggcccacct aggcgacgat cagtagccgg actgagaggt 300
tgaccggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtgggga 360
atattgggca atgggcgcaa gcctgaccca gcaacgccgc gtgaaggaag aaggctttcg 420
ggttgtaaac ttcttttgtc ggggacgaaa caaatgacgg tacccgacga ataagccacg 480
gctaactacg tgcc 494
<210> 113
<211> 229
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 113
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaaaagaggg aaagagcttg ctctttccgg aattgagtgg caaacgggtg agtaacacgt 120
aaacaacctg ccttcaggat ggggacaaca gacggaaacg actgctaata ccgaatagct 180
tccagagatc gcatgatcca tggaagaaaa ggtggcctct acctgtaag 229
<210> 114
<211> 177
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 114
tatgcgcctt gccagcccgc tcaggtgtgc cagcagccgc ggtaatacgt aggtggcaag 60
cgttgtccgg aattattggg cgtaaagcgc gcgcaggcgg cttcccaagt ccctcttaaa 120
agtgcggggc ttaaccccgt gatgggaagg aaactgggaa gctggagtat cggagag 177
<210> 115
<211> 177
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 115
tatgcgcctt gccagcccgc tcaggtgtgc cagcagccgc ggtaatacgt aggtggcaag 60
cgttgtccgg aattattggg cgtaaagcgc gcgcaggcgg cttcttaagt ccatcttaaa 120
agtgcggggc ttaaccccgt gatgggatgg aaactgagag gctggagtat cggagag 177
<210> 116
<211> 252
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 116
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttac 60
taagtccatc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact ggaaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
gtatccaaca gg 252
<210> 117
<211> 252
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 117
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttcc 60
caagtccctc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gaaggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtgg aatgcgtaga tatcgggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 118
<211> 252
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 118
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttcc 60
taagtccatc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 119
<211> 252
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 119
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttct 60
taagtccatc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact gggaggctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gacaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 120
<211> 252
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 120
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggccctt 60
taagtccatc ttaaaagcgt ggggcttaac cccatgatgg gatggaaact gaagagctgg 120
agtatcggag aggaaagcgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcgg ctttctggac gacaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 121
<211> 252
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 121
tacgtatggt gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttcc 60
caagtccctc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gaaggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 122
<211> 252
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 122
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttcc 60
caagtccctc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gaaggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagtgcgg 240
gtatcgaaca gg 252
<210> 123
<211> 251
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 123
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttcc 60
caagtccctc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gaaggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctaat gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcgg cttactggac gataactgac gctgaggctc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 124
<211> 251
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 124
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggtttct 60
taagtccatc ttaaaagcgt ggggctcaac cccatgaggg gatggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg cttactggac gataactgac gctgaggctc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 125
<211> 251
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 125
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggccgtg 60
caagtccatc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gacggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gacaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 126
<211> 251
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 126
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggccctt 60
taagtccatc ttaaaagcgt ggggcttaac cccatgatgg gatggaaact gaagagctgg 120
agtatcggag aggaaagcgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcgg ctttctggac gacaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 127
<211> 251
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 127
tacgtagggg gcgagcgttg tccggaatta ctgggcgtaa agggcgagta ggcggattgg 60
caagttggga gtgaaatgtc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact gagaggctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gacaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 128
<211> 251
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 128
tacgtatggt gcaagcgtta tccggattta ctgggtgtaa agggcgcgca ggcggcgtcg 60
taagtcggtc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gaaggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 129
<211> 251
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 129
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttcc 60
caagtccctc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gaaggaaact gtttagctgg 120
agtgccggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 130
<211> 252
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 130
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttcc 60
taagtccatc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 131
<211> 251
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 131
aacgtaggtc acaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcttcc 60
caagtccctc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgatgg gaaggaaact gggaagctgg 120
agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga gattaggaag 180
aacaccggtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 132
<211> 120
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 132
tggggaatct tccgcaatgg gcgaaagcct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcggttg taaagctctg tgatcgggga cgaacggtca gcagacgaat aatctgctga 120
<210> 133
<211> 120
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 133
tggggaatct tccgcaatgg gcgaaagcct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttggttgt aagctctgtg accggggacg aacggtctgt aagctaatac cttatagaag 120
<210> 134
<211> 120
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 134
tggggaatct tccgcaatgg gcgaaagcct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcggttg taaactctgt gatccgggac gaaaaggcag agtgcgaaga acaaactgca 120
<210> 135
<211> 160
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 135
tggggaatct tccgcaatgg gcgaaagcct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttggttgt aaactctgtg atccgggacg aaaaggcaga gtgcgaagaa caaactgcat 120
tgacggtacc ggaaaagcaa gccacggcta actacgtgcc 160
<210> 136
<211> 96
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 136
tggggaatct tccgcaatgg gcgaaagcct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttggttgt aaagctctgt gatcggggac gaacgg 96
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<211> 111
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 137
tggggaatct tccgcaatgg ggcgaaagcc tgacggagca acgccgcgtg agtgatgacg 60
gccttcgggt tgtaaaactc tgtgatccgg gacgaaaagg cagggtgcga a 111
<210> 138
<211> 111
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 138
tgggggaatc ttccgcaatg ggcgaaagcc tgacggagca acgccgcgtg agtgatgacg 60
gccttcgggt tgtaaaactc tgtgatccgg gacgaaaagg cagagtgcga a 111
<210> 139
<211> 99
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 139
cgggttagta aagctctgtg agtcggggac gaatggctgg tatgctaata ccatatcaga 60
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<210> 140
<211> 101
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 140
ttcgggttag taaaactctg tgatccggga acgaaaaggc agagtgcgaa gaacaaactg 60
cattgacggt accggaaaag caagccacgg ctaactacgt g 101
<210> 141
<211> 465
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 141
cctacggggg gcagcagtgg ggaatcttcc gcaatggacg aaagtctgac ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg aagacggcct tcgggttgta aagctctgtg atccgggacg aaagagcctg 120
aggtaaatag cctaaggaag tgacggtacc ggaaaagcaa gccacggcta actacgtgcc 180
agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc gttgtccgga attattgggc gtaaagcgcg 240
cgcaggcggc ttcctaagtc catcttaaaa gtgcggggct taaccccgtg atgggatgga 300
aactgggaag ctggagtatc ggagaggaaa gtggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg 360
tagagattag gaagaacacc ggtggcgaag gcgactttct ggacgaaaac tgacgctgag 420
gcgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtc 465
<210> 142
<211> 363
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 142
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatcttcc gcaatgggcg aaagcctgac ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta aaactctgtg atccgggacg aaaaggcaga 120
gtgcgaagaa caaactgcat tgacggtacc ggaaaagcaa gccacggcta actacgtgcc 180
agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc gttgtccgga attattgggc gtaaagcgcg 240
cgcaggcggc ttcccaagtc cctcttaaaa gtgcggggct taaccccgtg atgggaagga 300
aactgggaag ctggagtatc ggagaggaaa gtggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg 360
tag 363
<210> 143
<211> 363
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 143
cctacggggg gctgcagtgg ggaatcttcc gcaatgggcg aaagcctgac ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta aagctctgtg atcggggacg aatgagcagc 120
gtgccaatac cacgctgaaa tgacggtacc cgaaaagcaa gccacggcta actacgtgcc 180
agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc gttgtccgga attattgggc gtaaagcgcg 240
cgcaggcggt ttgttaagtc catcttaaaa gtgcggggct taaccccgtg aggggatgga 300
aactgacaga ctggagtatc ggagaggaaa gcggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg 360
tag 363
<210> 144
<211> 363
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 144
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatcttcc gcaatggacg aaagtctgac ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggttgta aagctctttg atccgggacg aacggtctgt 120
gtgctaatac cacatagaag tgacggtacc ggaagaacaa gccacggcta actacgtgcc 180
agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc gttgtccgga attattgggc gtaaagcgcg 240
cgcaggcggc cctttaagtc catcttaaaa gcgtggggct taaccccatg atgggatgga 300
aactgaagag ctggagtatc ggagaggaaa gcggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg 360
tag 363
<210> 145
<211> 429
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 145
caaacgggtg agtaacacgt aaacaacctg ccttcaggat ggggacaaca gacggaaacg 60
actgctaata ccgaataagt tccaagagcc gcatggccca tggaagaaaa ggtggcctct 120
acctgtaagc tatcgcctga agaggggttt gcgtctgatt agctggttgg agggtaacgg 180
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acacggtcca gactcctacg ggaggcagca gtggggaatc ttccgcaatg ggcgaaagcc 300
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gctaactac 429
<210> 146
<211> 180
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 146
cctacgggag gcagcagtgg ggaatcttcc gcaatggacg aaagtctgac ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg aagacggcct tcgggttgta aagctctgtg atccgggacg aaagagccta 120
aggtaaatag cctaaggaag tgacggtacc ggaaaagcaa gccacggcta actacgtgcc 180
<210> 147
<211> 249
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 147
ctggcggcgt gcttaacaca tgcaagtcga acgaaagagg aaagagcttg ctcttccgga 60
attgagtggc aaacgggtga gtaacacgta aacaacctgc cttcaggatg gggacaacag 120
acggaaacga ctgctaatac cgaataagtt ccaagagccg catggcccat ggaagaaaag 180
gtggcctcta cctgtaagct atcgcctgaa gaggggttgc gtctgattag ctggttggag 240
gggtaacgg 249
<210> 148
<211> 345
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 148
agccgcatgg cccatggaga aaaggtggcc tctacctgta agctatcgcc tgaagagggt 60
tgcgtctgat tagctggttg aggggtaacg gcccaccaag gcgacgatca gtagccggtc 120
tgagaggatg aacggccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc 180
agtggggaat cttccgcaat gggcgaaagc ctgacggagc aacgccgcgt gagtgatgac 240
ggccttcggg ttgtaaaact ctgtgatccg ggacgaaaag gcagagtgcg aagaacaaac 300
tgcattgacg gtaccggaaa agcaagccac ggctaactac gtgcc 345
<210> 149
<211> 474
<212> DNA
<213> 小类杆菌属(Dialister sp.)
<400> 149
acgggaagag atgaagagct tgctctttat cgaatccagt ggcaaacggg tgagtaacac 60
gtaacaacct gccttcagga tggggacaac agacggaacg actgctaata ccgaatacgt 120
tccacgggcc gcatgacctg tggaagaaag ggtagcctct acctgtaagc tatcgcctga 180
agaggggttt gcgtctgatt aggcagttgg tgggtaacgg cccaccaaac caacgatcag 240
tagccggtct gagaggatga acggccacac tggaactgag acacggtcca gactcctacg 300
ggaggcagca gtggggaatc ttccgcaatg gacgaaagtc tgacggagca acgccgcgtg 360
agtgaagacg gccttcgggt tgtaaagctc tgtgatccgg gacgaaagag cctgaggtga 420
atagcctaag gaagtgacgg taccggaaaa gcaagccacg gctaactacg tgcc 474
<210> 150
<211> 538
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 150
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaagtcttca ggaagcttgc ttccaaaaag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120
ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180
tacggagcgc atgctctgta tattaaagcg cccttcaagg cgtgaacatg gatggacctg 240
cgacgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg cgatgatgcg tagccggcct 300
gagagggtaa acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360
gtagggaatt ttcgtcaatg ggggaaaccc tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 420
gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt gaagaacggc tcatagagga aatgctatgg 480
gagtgacggt agcttaccag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaag 538
<210> 151
<211> 533
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 151
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaagttttta ggaaagcttg ctttccaaaa agacttagtg gcgaacgggt gagtaacacg 120
tagataacct gcccatgtgc ccgggataac tgctggaaac ggtagctaaa accggatagg 180
tggcttcgag gcatctcgga gacattaaaa tggctacggc catgaacatg gatggatctg 240
cggcgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg cgacgatgcg tagccgacct 300
gagagggtga acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360
gtagggaatt ttcgtcaatg gggggaaccc tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 420
gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaaga gaaaacggat catgtaggga atgacatgat 480
agtgatggta tcttaccaga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cgg 533
<210> 152
<211> 472
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 152
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaagtttcga ggaagcttgc ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120
ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180
tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccatcaagg cgtgaacatg gatggacctg 240
cggcgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg cgatgatgcg tagccggcct 300
gagagggtaa acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360
gtagggaatt ttcgcaatgg gggaaaccct gaacgagcaa tgccgcgtga gtgaagaagg 420
tcttcggatc gtaaagctct gttgtaagtg aagaacggct catagaggaa at 472
<210> 153
<211> 229
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 153
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaagtcttca ggaagcttgc ttccaaaaag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120
ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180
tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccatcaagg cgtgaacat 229
<210> 154
<211> 252
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 154
tacgtatggt gcaagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agggtgcgta ggtggcacga 60
taagtctgaa gtaaaaggca acagctcaac tgttgtatgc tttggaaact gtcgagctag 120
agtgcagaag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggtc tgtaactgac actgatgcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata gg 252
<210> 155
<211> 252
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 155
tacgtaggtg gcgagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agggtgcgta ggtggcggat 60
taagtccgta gtaaaaggca ttggctcaac caatgtaagc tatggaaact ggtcggctgg 120
agtgcagaag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggtc tgcaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata gg 252
<210> 156
<211> 252
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 156
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggaatga ttgggcgtaa agggtgcgta ggtggtacat 60
taagtctgaa gtaaaaggca gcagctcaac tgctgttcgc tttggaaact ggtgaactag 120
agtgcaggag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggcc tgtaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata gg 252
<210> 157
<211> 252
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 157
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agggtgcgta ggtggcacga 60
taagtctgaa gtaaaaggca acagctcaac tgttgtatgc tttggaaact gtcgagctag 120
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<210> 158
<211> 252
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 158
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taagtctgta gtaaaaggca atggctcaac cattgtaagc tatggaaact ggtatgctgg 120
agtgcagaag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggtc tgtaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata gg 252
<210> 159
<211> 252
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 159
tacgtaggtg gcgagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agggtgcgca ggtggtacat 60
taagtccgaa gtaaaaggca gcagctcaac tgctgttggc tttggaaact ggtgaactgg 120
agtgcaggag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggcc tgcaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata gg 252
<210> 160
<211> 251
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 160
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agggtgcgta ggtggcggat 60
taagtccgta gtaaaaggca ttggctcaac caatgtaagc tatggaaact ggtcggctgg 120
agtgcagaag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggtc tgcaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata g 251
<210> 161
<211> 251
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 161
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agggtgcgta ggtggcgtac 60
taagtctgta gtaaaaggca atggctcaac cattgtaagc tatggaaact ggtatgctgg 120
agtgcagaag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggtc tgtaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata g 251
<210> 162
<211> 252
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 162
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggaatga ttgggcgtaa agggtgcgta ggtggtacat 60
taagtctgaa gtaaaaggca gcagctcaac tgctgttcgc tttggaaact ggtgaactag 120
agtgcaggag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggcc tgtaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata gg 252
<210> 163
<211> 252
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 163
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agggtgcgta ggtggcacga 60
taagtctgaa gtaaaaggca acagctcaac tgttgtatgc tttggaaact gtcgagctag 120
agtgcagaag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggtc tgtaactgac actgatgcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata gg 252
<210> 164
<211> 251
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 164
tacgtaggtg gcgagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agggtgcgca ggtggtacat 60
taagtccgaa gtaaaaggca gcagctcaac tgctgttggc tttggaaact ggtgaactgg 120
agtgcaggag agggcgatgg aattccatgt gtagcggtaa aatgcgtaga tatatggagg 180
aacaccagtg gcgaaggcgg tcgcctggcc tgcaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
ggagcaaata g 251
<210> 165
<211> 120
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 165
tagggaattt tcgtcaatgg ggggaaccct gaacgagcaa tgccgcgtga gtgaagaagg 60
tcttcggatc gtaaagctct gttgtaagtg aagaacggtc agtagaggaa atgatactga 120
<210> 166
<211> 120
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 166
tagggaattt tcgtcaatgg ggggaaccct gaacgagcaa tgccgcgtgt gtgaagaagg 60
tcttcggatc gtaaagcact gttgtaagtg aagaatgcca tatagaggaa atgctatgtg 120
<210> 167
<211> 120
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 167
tagggaattt tcgtcaatgg gggaaacccg tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 60
gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt gaagaacggc tcatagagga aatgctatgg 120
<210> 168
<211> 120
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 168
tagggaattt tcgtcaatgg gggaaaccct gaacgagcaa tgccgcgtga gtgaagaagg 60
tcttcggatc gtaaagctct gttgtaagtg aagaacggct catagaggaa atgctatggg 120
<210> 169
<211> 160
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 169
tagggaattt tcgtcaatgg ggaaccctga acgagcaatg ccgcgtgagt gaagaaggtc 60
ttcggatcgt aaagctctgt tgtaagtgaa gaacggctca tagaggaaat gctatgggag 120
tgacggtagc ttaccagaaa gccacggcta actacgtgcc 160
<210> 170
<211> 111
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 170
tagggaattt tcgtcaatgg gggaaccctg aacgagcaat gccgcgtgtg tgaagaaggt 60
cttcggatcg taaagcactg ttgtaagtga agaatgccat atagaggaaa t 111
<210> 171
<211> 363
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 171
cctacggggg gctgcagtag ggaattttcg tcaatggggg caaccctgaa cgagcaatgc 60
cgcgtgagtg aagaacggat catagaggaa atgctatggg agtgacggta gcttaccaga 120
aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg taggtggcaa gcgttatccg 180
gaatcattgg gcgtaaaggg tgcgtaggtg gcgtactaag tctgtagtaa aaggcaatgg 240
ctcaaccatt gtaagctatg gaaactggta tgctggagtg cagaagaggg cgatggaatt 300
ccatgtgtag cggtaaaatg cgtagatata tggaggaaca ccagtggcga aggcggtcgc 360
ctg 363
<210> 172
<211> 363
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 172
cctacggggg gctgcagtag ggaattttcg tcaatggggg gaaccctgaa cgagcaatgc 60
cgcgtgagtg aagaaggtct tcggatcgta aagctctgtt gtaagtgaag aacggtcagt 120
agaggaaatg atactgaagt gacggtagct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcgagcg ttatccggaa tcattgggcg taaagggtgc 240
gcaggtggta cattaagtcc gaagtaaaag gcagcagctc aactgctgtt ggctttggaa 300
actggtgaac tggagtgcag gagagggcga tggaattcca tgtgtagcgg taaaatgcgt 360
aga 363
<210> 173
<211> 363
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 173
cctacggggg gctgcagtag ggaattttcg tcaatggggg aaaccctgaa cgagcaatgc 60
cgcgtgagtg aagaaggtct tcggatcgta aagctctgtt gtaagtgaag aacggctcat 120
agaggaaatg ctatgggagt gacggtagct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttatccggaa tcattgggcg taaagggtgc 240
gtaggtggcg tactaagtct gtagtaaaag gcaatggctc aaccattgta agctatggaa 300
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aga 363
<210> 174
<211> 464
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 174
cctacgggag gcagcagtag ggaattttcg tcaatggggg gaaccctgaa cgagcaatgc 60
cgcgtgagtg aagaaggtct tcggatcgta aagctctgtt gtaagagaaa aacggatcat 120
gtagggaatg acatgatagt gatggtatct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttatccggaa tgattgggcg taaagggtgc 240
gtaggtggta cattaagtct gaagtaaaag gcagcagctc aactgctgtt cgctttggaa 300
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cacgaaagcg tggggagcaa ataggattag ataccccagt agtc 464
<210> 175
<211> 464
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 175
cctacgggag gcagcagtag ggaattttcg tcaatggggg gaaccctgaa cgagcaatgc 60
cgcgtgtgta aagaaggtct tcggatcgta aagcactgtt gtaagtgaag aatgccacat 120
agaggaaatg ctatgtgggt gacggtagct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttatccggaa tcattgggcg taaagggtgc 240
gtaggtggca cgataagtct gaagtaaaag gcaacagctc aactgttgta tgctttggaa 300
actgtcgagc tagagtgcag aagagggcga tggaattcca tgtgtagcgg taaaatgcgt 360
agatatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggtcgcctg gtctgtaact gacactgatg 420
cacgaaagcg tggggagcaa ataggattag ataccctagt agtc 464
<210> 176
<211> 464
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 176
cctacgggcg gctgcagtag ggaattttcg tcaatggggg aaaccctgaa cgagcaatgc 60
cgcgtgagtg aagaaggtct tcggatcgta aagctctgtt gtaagtgaag aacggatcat 120
agaggaaatg ctatgggagt gacggtagct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttatccggaa tcattgggcg taaagggtgc 240
gtaggtggcg tactaagtct gtagtaaaag gcaatggctc aaccattgta agctatggaa 300
actggtatgc tggagtgcag aagagggcga tggaattcca tgtgtagcgg taaaatgcgt 360
agatatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggtcgcctg gtctgtaact gacactgagg 420
cacgaaagcg tggggagcaa ataggattag ataccctagt agtc 464
<210> 177
<211> 363
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 177
cctacggggg gctgcagtag ggaattttcg tcaatggggg aaaccctgaa cgagcaatgc 60
cgcgtgagtg aagaaggtct tcggatcgta aagctctgtt gtaagcgaag aacggtccgc 120
ataggaaatg atgcgggagt gacggtagct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcgagcg ttatccggaa tcattgggcg taaagggtgc 240
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actggtcggc tggagtgcag aagagggcga tggaattcca tgtgtagcgg taaaatgcgt 360
aga 363
<210> 178
<211> 363
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 178
cctacggggg gctgcagtag ggaattttcg tcaatggggg gaaccctgaa cgagcaatgc 60
cgcgtgtgtg aagaaggtct tcggatcgta aagcactgtt gtaagtgaag aacgccacat 120
agaggaaatg ctatgtgggt gacggtagct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttatccggaa tcattgggcg taaagggtgc 240
gtaggtggca cgataagtct gaagtaaaag gcaacagctc aactgttgta tgctttggaa 300
actgtcgagc tagagtgcag aagagggcga tggaattcca tgtgtagcgg taaaatgcgt 360
aga 363
<210> 179
<211> 257
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 179
tgaacgctgg cggcatgcct aatacatgca agtcgaacgg agcgaatatg gaagcttgct 60
tccgtaagag ctcagtggcg aacgggtgag taacacgtag gtaacctgcc catgtgcccg 120
ggataactgc tggaaacggt agctaaaacc ggataggtga ataggaggca tctcttattc 180
attaaaggac ctgcaaaggt gcgaacatgg atggacctgc ggcgcattag ctggttggag 240
tggtaacggc acaccaa 257
<210> 180
<211> 257
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 180
gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac gaagtttcga ggaagcttgc 60
ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta ggtaacctgc ccatgtgtcc 120
gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta tacagagcgc atgctcagta 180
tattaaagcg cccatcaagg cgtgaacatg gatggacctg cggcgcatta gctagttggt 240
gaggtaacgg cccacca 257
<210> 181
<211> 249
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 181
cgccaccaag gcgatgatgc gtagccggcc tgagagggta aacggccaca ttgggactga 60
gacacggccc aaactcctac gggaggcagc agtagggaat tttcgtcaat gggggaaacc 120
ctgaacgagc aatgccgcgt gagtgaagaa ggtcttcgga tcgtaaagct ctgttgtaag 180
tgaagaacgg ctcatagagg aaatgctatg ggagtgacgg tagcttacca gaaagccacg 240
gctaactac 249
<210> 182
<211> 496
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 182
atgaacgctg gcgcatgcct aatacatgca agtcgaacga agtcttcagg aagcttgctt 60
ccaaaaagac ttagtggcga acgggtgagt aacacgtagg taacctgccc atgtgtccgg 120
gataactgct ggaaacggta gctaaaaccg gataggtata cggagcgcat gctctgtata 180
ttaaagcgcc catcaaggcg tgaacatgga tggacctgcg gcgcattagc tagttggtga 240
ggtaacggcc caccaaggcg atgatgcgta gccggcctga gagggtaaac ggccacattg 300
ggactgagac acggcccaaa ctcctacggg aggcagcagt agggaatttt cgtcaatggg 360
ggaaaccctg aacgagcaat gccgcgtgag tgaagaaggt cttcggatcg taaagctctg 420
ttgtaagtga agaacggctc atagaggaaa tgctatggga gtgacggtag cttaccagaa 480
agccacggct aactac 496
<210> 183
<211> 500
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 183
aggatgaacg ctggcggcat gcctaataca tgcaagtcga acgaagtttt taggaaagct 60
tgctttccaa aaagacttag tggcgaacgg gtgagtaaca cgtagataac ctgcccatgt 120
gcccgggata actgctggaa acggtagcta aaaccggata ggtggcttcg aggcatctcg 180
gagacattaa aatggctacg gccatgaaca tggatggatc tgcggcgcat tagctagttg 240
gtgaggtaac ggcccaccaa ggcgacgatg cgtagccgac ctgagagggt gaacggccac 300
attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtagggaa ttttcgtcaa 360
tggggggaac cctgaacgag caatgccgcg tgagtgaaga aggtcttcgg atcgtaaagc 420
tctgttgtaa gagaaaaacg gatcatgtag ggaatgacat gatagtgatg gtatcttacc 480
agaaagccac ggctaactac 500
<210> 184
<211> 422
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 184
agtggcgaac gggtgagtaa cacgtaggta acctgcccat gtgcccggga taactgctgg 60
aaacggtagc taaaaccgga taggtatgag ggaggcatct tcctcatatt aaagcacctt 120
cgggtgtgaa catggatgga cctgcggcgc attagctggt tggtgaggta acggcccacc 180
aaggcgatga tgcgtagccg acctgagagg gtgaacggcc acattgggac tgagacacgg 240
cccaaactcc tacgggaggc agcagtaggg aattttcgtc aatgggggga accctgaacg 300
agcaatgccg cgtgtgtgaa gaaggtcttc ggatcgtaaa gcactgttgt aagtgaagaa 360
tgccatatag aggaaatgct atgtgggtga cggtagctta ccagaaagcc acggctaact 420
ac 422
<210> 185
<211> 497
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 185
atgaacgctg gcggcatgcc taatacatgc aagtcgaacg aagtttcgag gaagcttgct 60
tccaaagaga cttagtggcg aacgggtgag taacacgtag gtaacctgcc catgtgtccg 120
ggataactgc tggaaacggt agctaaaacc ggataggtat acagagcgca tgctcagtat 180
attaaagcgc ccatcaaggc gtgaacatgg atggacctgc ggcgcattag ctagttggtg 240
aggtaacggc ccaccaaggc gatgatgcgt agccggcctg agagggtaaa cggccacatt 300
gggactgaga cacggcccaa actcctacgg gaggcagcag tagggaattt tcgtcaatgg 360
gggaaaccct gaacgagcaa tgccgcgtga gtgaagaagg tcttcggatc gtaaagctct 420
gttgtaagtg aagaacggct catagaggaa atgctatggg agtgacggta gcttaccaga 480
aagccacggc taactac 497
<210> 186
<211> 239
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 186
gatgcgtagc cgacctgaga gggtgaacgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact 60
cctacgggag gcagcagtag ggaattttcg tcaatggggg gaaccctgaa cgagcaatgc 120
cgcgtgtgtg aagaaggtct tcggatcgta aagcactgtt gtaagtgaag aatgccatat 180
agaggaaatg ctatgtgggt gacggtagct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcc 239
<210> 187
<211> 495
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 187
tggcggcatg cctaatacat gacaagtcga acgaagtctt caggaagctt gcttccaaaa 60
agacttagtg gcgaacgggt gagtaacacg taggtaacct gcccatgtgt ccgggataac 120
tgctggaaac ggtagctaaa accggatagg tatacggagc gcatgctctg tatattaaag 180
cgcccttcaa ggcgtgaaca tggatggacc tgcgacgcat tagctagttg gtgaggtaac 240
ggcccaccaa ggcgatgatg cgtagccggc ctgagagggt aaacggccac attgggactg 300
agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtagggaa ttttcgtcaa tgggggaaac 360
cctgaacgag caatgccgcg tgagtgaaga aggtcttcgg atcgtaaagc tctgttgtaa 420
gtgaagaacg gctcatagag gaaatgctat gggagtgacg gtagcttacc agaaagccac 480
ggctaactac gtgcc 495
<210> 188
<211> 483
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 188
gcctaataca tgcaagtcga acgaagtttt taggaaagct tgcttccaaa agacttagtg 60
gcgaacgggt gagtaacacg tagataacct gcccatgtgc ccgggataac tgctggaaac 120
ggtagctaaa accggatagg tggcttcgag gcatctcgga gacattaaaa tggctacggc 180
catgaacatg gatggatctg cggcgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg 240
cgacgatgcg tagccgacct gagagggtga acggccacat tgggactgag acacggccca 300
aactcctacg ggaggcagca gtagggaatt ttcgtcaatg gggggaaccc tgaacgagca 360
atgccgcgtg agtgaagaag gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaaga gaaaaacgga 420
tcatgtaggg aatgacatga tagtgatggt atcttaccag aaagccacgg ctaactacgt 480
gcc 483
<210> 189
<211> 400
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 189
ggtaacctgc ccatgtgccc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 60
tgagggaggc atcttcctca tattaaagca cttcgggtgt gaacatggat ggacctgcgg 120
cgcattagct ggttggtgag gtaacggccc accaaggcga tgatgcgtag ccgacctgag 180
agggtgaacg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga ggcagcagta 240
gggaattttc gtcaatgggg ggaaccctga acgagcaatg ccgcgtgtgt gaagaaggtc 300
ttcggatcgt aaagcactgt tgtaagtgaa gaatgccaca tagaggaaat gctatgtggg 360
tgacggtagc ttaccagaaa gccacggcta actacgtgcc 400
<210> 190
<211> 403
<212> DNA
<213> 细长真杆菌(Eubacterium dolichum)
<400> 190
aggtaacctg cccatgtgtc cgggataact gctggaaacg gtagctaaaa ccggataggt 60
atacagagcg catgctcagt atattaaagc gcccatcaag gcgtgaacat ggatggacct 120
gcggcgcatt agctagtggt gaggtaacgg cccaccaagg cgatgatgcg tagccggcct 180
gagagggtaa acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 240
gtagggaatt ttcgtcaatg ggggaaaccc tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 300
gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt gaagaacggc tcatagagga aatgctatgg 360
gagtgacggt agcttaccag aaagccacgg ctaactacgt gcc 403
<210> 191
<211> 229
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 191
agagtttgat catggctcag gatgaacgct gacagaatgc ttaacacatg caagtcaact 60
tgaatttggg tttttaactt agatttgggt ggcggacggg tgagtaacgc gtaaagaact 120
tgcctcacag ctagggacaa catttagaaa tgaatgctaa tacctgatat tatgatttta 180
aggcatctta gaattatgaa agctataagc actgtgagag agctttgcg 229
<210> 192
<211> 401
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 192
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct gacagaatgc ttaacacatg caagtcgact 60
cgagtcttcg gacttgggtg gcgcacgggt gagtaacgcg taaagaactt gcctcttaga 120
ccgggacaac atctggaaac ggatgctaat accggatatt atggtttttt cgcatggagg 180
aatcatgaaa gctagatgcg ctaagagaga gctttgcgtc ccattagctg gttggtgagg 240
taacggccca ccaaggcaat gatgggtagc cggcctgaga gggtgaacgg ccacaagggg 300
actgagacac ggcccttact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc 360
gcaagtctga tccagcaatt ctgtgtgcac gatgacgttt t 401
<210> 193
<211> 229
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 193
agagtttgat catggctcag gatgaacgct gacagaatgc ttaacacatg caagtctact 60
tgaatttggg tctttgactt agatttgggt ggcggacggg tgagtaacgc gtaaagaact 120
tgcctcacag ttagggacaa catttggaaa cgaatgctaa tacctgatat tatgattata 180
cggcatcgta taattatgaa agctatatgc gctgtgagag agctttgcg 229
<210> 194
<211> 229
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 194
agagtttgat catggctcag gatgaacgct gacagaatgc ttaacacatg caagtctact 60
tgatccttcg ggtgaaggtg gcggacgggc gagtaacgcg taaagaactt gccttacaga 120
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<210> 195
<211> 229
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 195
agagtttgat catggctcag gatgaacgct gacagaatgc ttaacacatg caagtcaact 60
tgaatttggg tttttaactt aggtttgggt ggcggacggg tgagtaacgc gtaaagaact 120
tgcctcacag ctagggacaa catttggaaa cgagtgctaa tacctaatat tatgataata 180
gggcatccta taattatgaa agctataagc gctgtgagag agctttgcg 229
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<211> 252
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
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gtatcaaaca gg 252
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<211> 252
<212> DNA
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gtagcaaaca gg 252
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<212> DNA
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gtagcaaaca gg 252
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<211> 252
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<211> 252
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gtagcaaaca gg 252
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<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
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gtagcaaaca gg 252
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<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 213
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<400> 215
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tggggaatat tggacaatgg accgagagtc tgatccagca attctgtgtg cacgatgaag 60
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tggggaatat tggacaatgg accaaaagtc tgatccagca attctgtgtg cacgatgacg 60
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<210> 221
<211> 120
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 221
tggggaatat tggacaatgg accaaaagtc tgatccagca attctgtgtg cacgtatgaa 60
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<212> DNA
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<400> 222
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 224
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<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
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<211> 140
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 226
tggggaatat tggacaatgg accgagagtc tgatccagca attctgtgtg cacgatgaag 60
tttttcggaa tgtaaagtgc tttcagttgg gaagaaaaat agacggtacc aacagaagaa 120
gtgacggcta aatacgtgcc 140
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<212> DNA
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tggggaatat tggacaatgg accgagagtc tgatccagca attctgtgtg cacgatgaag 60
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
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<211> 111
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 232
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<211> 111
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 233
tggggaatat tggacaatgg accaaaagtc tgatccagca attctgtgtg cacgatgaag 60
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<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 234
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc gagagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgaagttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaaaaaaatg 120
acggtaccaa cagaagaagt gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcacgagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgcgtc taggtggtta tgtaagtctg 240
atgtgaaaat gcagggctca actctgtatt gcgttggaaa ctgtataact agagtactgg 300
agaggtaagc ggaactacaa gtgtagaggt gaaattcgta gatatcacga agaactccga 360
ttg 363
<210> 235
<211> 297
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 235
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aggtgaaatt cgtagatatt tgtaggaatg ccgatgggga agccagctta ctggacagat 240
actgacgcta aagcgcgaaa gcgtgggtag caaacaggat tagataccct ggtagtc 297
<210> 236
<211> 363
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<220>
<221> misc_feature
<222> (2)..(2)
<223> n是a, c, g或t
<400> 236
cntacgggtg gctgcagtgg ggaatattgg acaatggacc aagagtctga tccagcaatt 60
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tcacaagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgtgtc taggtggtta tgtaagtctg 240
atgtgaaaat gcagggctca actctgtatt gcgttggaaa ctgtgtaact agagtactgg 300
agaggtaagc ggaactacaa gtgtagaggt gaaattcgta gatattagga ggaacaccag 360
tgg 363
<210> 237
<211> 443
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 237
cctacggggg gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc gagagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgaagttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaaagaaatg 120
acggtaccaa cagaagaagt gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcacgagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagtgcgtc taggtggtta tgtaagtctg 240
atgtgaaaat gcagggctca actctgtatt gcgttggaaa ctgtataact agagtactgg 300
agaggtaagc ggaactacaa gtgtagaggt gaaattcgta gatatttgta ggaatgccga 360
tggggaagcc agcttactgg acagatactg acgctaaagc gcgaaagcgt gggtagcaaa 420
caggattaga taccctggta gtc 443
<210> 238
<211> 443
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(8)
<223> n是a, c, g或t
<400> 238
cctacggntg gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc gagagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgacgttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaaaaaaatg 120
acggtaccaa cagaagaagt gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcacgagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgcgtc taggtggtta tgtaagtctg 240
atgtgaaaat gcagggctca actctgtatt gcgttggaaa ctgtgtaact agagtactgg 300
agaggtaagc ggaactacaa gtgtagaggt gaaattcgta gatatttgta ggaatgccga 360
tggggaagcc agcttactgg acagatactg acgctgaagc gcgaaagcgt gggtagcaaa 420
caggattaga taccctggta gtc 443
<210> 239
<211> 443
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 239
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc aagagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgaagttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaaaaaaatg 120
acggtaccaa cagaagaagt gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcacaagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgcgtc taggtggtta tataagtctg 240
atgtgaaaat gcagggctca actctgtatt gcgttggaaa ctgtgtaact agagtactgg 300
agaggtaagc ggaactacaa gtgtagaggt gaaattcgta gatatttgta ggaatgccga 360
tggggaagcc agcttactgg acagatactg acgctgaagc gcgaaagcgt gggtagcaaa 420
caggattaga taccctggta gtc 443
<210> 240
<211> 442
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 240
cctacgggtg gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc aagagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgaagttt tcggaatgta aagtgctttc agttgggaag aaaaaaatga 120
cggtaccaac agaagaagtg acggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgt 180
cacgagcgtt atccggattt attgggcgta aagcgcgtct aggtggttat ataagtctga 240
tgtgaaaatg cagggctcaa ctctgtattg cgttggaaac tgtataacta gagtactgga 300
gaggtaagcg gaactacaag tgtagaggtg aaattcgtag atatttgtag gaatgccgat 360
ggggaagcca gcttactgga cagatactga cgctgaagcg cgaaagcgtg ggtagcaaac 420
aggattagat acccctgtag tc 442
<210> 241
<211> 443
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 241
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc gagagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgaagttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaaataaatg 120
acggtaccaa cagaagaagt gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcacgagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgcgtc taggtggtta tgtaagtctg 240
atgtgaaaat gcagggctca actctgtatt gcgttggaaa ctgtgtaact agagtactgg 300
agaggtaagc ggaactacaa gtgtagaggt gaaattcgta gatatttgta ggaatgccga 360
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caggattaga taccctggta gtc 443
<210> 242
<211> 443
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 242
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc aaaagtctga tccagcaatt 60
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caggattaga tacccgggta gtc 443
<210> 243
<211> 443
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 243
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc gcaagtctga tccagcaatt 60
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caggattaga taccctggta gtc 443
<210> 244
<211> 442
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 244
cctacggggg cagcagtggg gaatattgga caatggaccg agagtctgat ccagcaattc 60
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aggattagat accctggtag tc 442
<210> 245
<211> 363
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 245
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatattgg acaatggacc aaaagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgaagttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaagtcagtg 120
acggtaccaa cagaagaagc gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcgcaagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgcgtc taggcggctt agtaagtctg 240
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tgg 363
<210> 246
<211> 363
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 246
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatattgg acaatggacc gagagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgaagttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaaataaatg 120
acggtaccaa cagaagaagt gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcacgagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgcgtc taggtggtta tgtaagtctg 240
atgtgaaaat gcagggctca actctgtatt gcgttggaaa ctgtgtaact agagtactgg 300
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tgg 363
<210> 247
<211> 257
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 247
cagtcgacta gagtttgatt atggctcagg atgaacgctg acagaatgct taacacatgc 60
aagtctactt gatccttcgg gtgaaggtgg cggacgggtg agtaacgcgt aaagaacttg 120
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<210> 248
<211> 455
<212> DNA
<213> 梭杆菌属(Fusobacerium sp.)
<400> 248
gatgaacgct gacagaatgc ttaacacatg caagtcaact tgaactcggt ttgggtggcg 60
gacgggtgag taacgcgtaa agaacttgcc tcacagatag ggacaacatt tggaaacgaa 120
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<210> 249
<211> 229
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 249
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<210> 250
<211> 252
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 250
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<210> 251
<211> 253
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 251
tacgtagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgtgcgca ggcggttctg 60
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gagttcatca gaggggggtg gaattccaag tgtagcagtg aaatgcgtag atatttggaa 180
gaacaccaat ggcgaaggca gccccctggg atgcgactga cgctcatgca cgaaagcgtg 240
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<210> 252
<211> 253
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 252
tacgtagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgtgcgca ggcggttctg 60
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<210> 253
<211> 120
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 253
tggggaattt tggacaatgg gggcaaccct gatccagcca tgccgcgtgc aggatgaagg 60
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<210> 254
<211> 111
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 254
tggggaattt tggacaatgg gggcaaccct gatccagcca tgccgcgtgc aggatgaagg 60
ccttcgggtt gtaaactgct tttgtcaggg acgaaaagga ccgtgttaat a 111
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<211> 111
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 255
tggggaattt tggacaatgg ggggcaaccc ctgatccagc catgccgcgt gcaggatgaa 60
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<210> 256
<211> 363
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 256
cctacgggtg gctgcagtgg ggaattttgg acaatggggg caaccctgat ccagccatgc 60
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tgttaatacc atggtctgct gacggtacct gaagaataag caccggctaa ctacgtgcca 180
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tag 363
<210> 257
<211> 298
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 257
cctacggggg gctgcagccg cggtaatacg tagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg 60
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gcagtgaaat gcgtagatat ttggaagaac accaatggcg aaggcagccc cctgggatgc 240
gactgacgct catgcacgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc tagtagtc 298
<210> 258
<211> 257
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp.)
<400> 258
gtcgactaga gtttgattct ggctcagatt gaacgctggc ggcatgcttt acacatgcaa 60
gtcgaacggc agcacaggga gcttgctccc gggtggcgag tggcgcacgg gtgagtaata 120
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<210> 259
<211> 249
<212> DNA
<213> 肠球菌属(Enterococcus sp)
<400> 259
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<210> 260
<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 260
cacgtagggg gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcgggcgcc 60
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ggagcgaaca gg 252
<210> 261
<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 261
cacgtagggg gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggccgcg 60
caagcggaac ctctaacccg agggctcaac ccccggccgg gttccggact gcgcggctcg 120
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ggagcgaaca gg 252
<210> 262
<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 262
tacgtagggg gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcgcgc 60
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agtgaggtag gggaggtcgg aattcccggt gtagcggtgg aatgcgcaga tatcgggaag 180
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ggagcgaaca gg 252
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<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 263
tacgtagggg gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgta ggcggcgcgc 60
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ggagcgaaca gg 252
<210> 264
<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 264
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ggagcgaaca gg 252
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<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 265
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ggagcgaaca gg 252
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<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 266
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<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 267
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ggagcgaaca gg 252
<210> 268
<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 268
tacgtaggga gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgta ggcgggcgtt 60
taagcggaat ctctaatccg agggctcaac ccccggccgg attccgaact ggacgcctcg 120
agttcggtag aggaagatgg aattcccggt gtagcggtgg aatgcgcaga tatcgggaag 180
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ggagcgaaca gg 252
<210> 269
<211> 252
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 269
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<210> 270
<211> 251
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 270
tacgtatggg gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgta ggcggctgtg 60
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<210> 271
<211> 251
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 271
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ggagcgaaca g 251
<210> 272
<211> 251
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 272
tacgtagggg gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcctgc 60
caagcgggat ctccaatccg agggcccaac ccccggccgg atcccgaact gggaggctcg 120
agtacggtag aggaggatgg aattcccagt gtagcggtgg aatgcgcaga tattgggaag 180
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ggagcgaaca g 251
<210> 273
<211> 251
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 273
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ggagcgaaca g 251
<210> 274
<211> 251
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 274
tacgtagggg gcgagcgtta tccggaatca ttgggcgtaa agagcgcgta ggcggcccct 60
caagcgggat ctctaatccg agggctcaac ccccggccgg atcccgaact ggggggctcg 120
ggtgcggtag aggaggatgg aattcccggt gtagcggtgg aatgcgcaga tatcgggaag 180
aacaccgatg gcgaaggcag tcctctgggc cgccaccgac gctgaggcgc gaaagccggg 240
ggagcgaaca g 251
<210> 275
<211> 251
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 275
tacgtatggt gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgta ggcggcctgt 60
taagcaaggt cttaaatctt ggggctcaac ctcaagccgg actttgaact ggcaggctcg 120
agtgtggtag aggaaagtgg aattcccagt gtagcggtga aatgcgcaga tattgggaag 180
aacaccgatg gcgaaggcag ctttctgggc catcactgac gctgaggtgc gaaagctagg 240
ggagcaaaca g 251
<210> 276
<211> 120
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 276
tggggaatct tgcgcaatgg gcggaagcct gacgcagcga cgccgcgtgc gggaggaagg 60
ccctcgggtc gtaaaccgct ttcagcaggg acgaggccgc aaggtgacgg tacctgcaga 120
<210> 277
<211> 120
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 277
tggggaattt tgcgcaatgg gggcaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgacgg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct ttcagcaggg aagaaattcg acggtacctg cagaagaagc 120
<210> 278
<211> 120
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 278
tggggaattt tgcgcaatgg ggggaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgaagg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct ttcagcaggg aagattcaga cggtacctgc agaagaagct 120
<210> 279
<211> 120
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 279
tggggaattt tgcgcaatgg gggcaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacggagg 60
ccttcgggtc gtaaaccgct ttcagcaggg aagaactttg actgtacctg cagaagaagc 120
<210> 280
<211> 120
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 280
tggggaattt tgcgcaatgg gggaaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgaagg 60
ccttcgggtc gtaaaccgct ttcagcaggg aagaacactg acggtacctg cagaagaagc 120
<210> 281
<211> 120
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 281
tggggaattt tgcgcaatgg gggaaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgacgg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct ttcagcaggg aagaacaacg acggtacctg cagaagaagc 120
<210> 282
<211> 137
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 282
tggggaattt tgcgcaatgg gggaaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggatgacgg 60
ccttcggttg taaaccgctt tcagcaggga agaaattcga cggtacctgc agaagaagct 120
ccggctaact acgtgcc 137
<210> 283
<211> 136
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 283
tggggaattt tgcgcaatgg gggaaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgacgg 60
ccttcggttg taaaccgctt cagcagggaa gaaattcgac ggtacctgca gaagaagctc 120
cggctaacta cgtgcc 136
<210> 284
<211> 136
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 284
tggggaattt tgcgcaatgg ggggaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgaagg 60
ccttcgggtt gtaaccgctt tcagcaggga agacatagac ggtacctgca gaagaagctc 120
cggctaacta cgtgcc 136
<210> 285
<211> 137
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 285
tggggaatct tgcgcaatgg gggcaaccct gacgcagcga cgccgcgtgc gggacgaagg 60
ccttcgggtc gtaaaccgct ttcagcaggg acgagacaag acggtacctg cagaagaagc 120
ccggctaact acgtgcc 137
<210> 286
<211> 137
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 286
tggggaattt tgcgcaatgg ggggaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggatgaagg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct ttcagcaggg aagatagtga cggtacctgc agaagaagcc 120
ccggctaact acgtgcc 137
<210> 287
<211> 111
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 287
tggggaattt tgcgcaatgg gggcaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgacgg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct ttcagcaggg aagaaattcg acggtacctg c 111
<210> 288
<211> 111
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 288
tggggaattt tgcgcaatgg ggggaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgaagg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct ttcagcaggg aagattcaga cggtacctgc a 111
<210> 289
<211> 363
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 289
cctacgggtg gcagcagtgg ggaatcttgc gcaatggggg aaaccctgac gcagcaacgc 60
cgcgtgcggg atgacggcct tcgggttgta aaccgctttc agcagggaag aacctatgac 120
ggtacctgca gaagaagccc cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggg 180
gcgagcgtta tccggattca ttgggcgtaa agcgcgcgca ggcggcctgc caagcgggat 240
ctccaatccg agggcccaac ccccggccgg atcccgaact gggaggctcg agtacggtag 300
aggaggatgg aattcccagt gtagcggtgg aatgcgcaga tattgggaag aacaccggtg 360
gcg 363
<210> 290
<211> 257
<212> DNA
<213> 放线细菌门(Actinobacteria sp.)
<400> 290
cctatcccct gtgtgccttg gcagtcgact agagtttgat tctggctcag gatgaacgct 60
ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaataaccca cctccgggtg gttatagagt 120
ggcgaacggg tgagtaacac gtgaccaacc tacctctcac tccgggataa cccagagaaa 180
tctgcgctaa taccggatac tccgggcacc tcgcatgggg agcccgggaa agccccgacg 240
gtgggagatg gggtcgc 257
<210> 291
<211> 407
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 291
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga atcagcttgc tgatttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaaaggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaaga 407
<210> 292
<211> 461
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 292
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgagc 60
ggtagcacag agagcttgct ctcgggtgac gagcggcgga cgggtgagta atgtctggga 120
aactgcctga tggaggggga taactactgg aaacggtagc taataccgca taacgtcgca 180
agaccaaagt gggggacctt cgggcctcat gccatcagat gtgcccagat gggattagct 240
agtaggtggg gtaatggctc acctaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca 300
gccacactgg aactgagaca cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc gcaagcctga tgcagccatg ccgcgtgtat gaagaaggcc tcgggttgta 420
agtactttca gcgaggagga aggcattaag gttaataacc t 461
<210> 293
<211> 390
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 293
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga aacagcttgc tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataatgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaacggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca 390
<210> 294
<211> 406
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 294
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaacggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaag 406
<210> 295
<211> 411
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 295
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtagcacag agagcttgct cttgggtgac gagtggcgga cgggtgagta atgtctggga 120
aactgcccga tggaggggga taactactgg aaacggtagc taataccgca taacgtcgca 180
agaccaaagt gggggacctt cgggcctcac accatcggat gtgcccagat gggattagct 240
agtaggtggg gtaatggctc acctaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca 300
gccacactgg aactgagaca cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc gcaagcctga tgcagccatg ccgcgtgtat gaagaaggcc t 411
<210> 296
<211> 481
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 296
agagtttgat cctggctcag attgaacgcc ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agaagcttgc ttctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaacggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg ccttcgggtt 420
gtaaaggtac tttcagcggg aggaagggag taaagttaat aacctttgct cattgacgtt 480
a 481
<210> 297
<211> 413
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 297
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga atcagcttgc tgattcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
cttgttggtg gggtaacggc tcaccaaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg cct 413
<210> 298
<211> 406
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 298
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga aacagcttgc tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaaaggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaag 406
<210> 299
<211> 412
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 299
agagtttgat cctggctcag attgagcgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttagggcctc ttgccatcgg atgtgcccaa atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaacggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg cc 412
<210> 300
<211> 412
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 300
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga atcagcttgc tgattcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaacggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg cc 412
<210> 301
<211> 451
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 301
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtagcacag agagcttgct ctcgggtgac gagtggcgga cgggtgagta atgtctggga 120
aactgcctga tggaggggga taactactgg aaacggtagc taataccgca taacgtcgca 180
agaccaaaga gggggacctt cgggcctctt gccatcagat gtgcccagat gggattagct 240
agtaggtggg gtaacggctc acctaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca 300
gccacactgg aactgagaca cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc gcaagcctga tgcagccatg ccgcgtgtat gaagaaggcc tcggttgtaa 420
gtacttctag cgggaggaag gtgttgaggt t 451
<210> 302
<211> 321
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 302
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga aacagcttgc tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcag atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaacggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga c 321
<210> 303
<211> 411
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 303
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agaagcttgc ttctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaacggtag ctaataccgc ataacgtcgc 180
aagaccaaag agggggacct tcgggcctct tgccatcgga tgtgcccaga tgggattagc 240
ttgttggtgg ggtaacggct caccaaggcg acgatcccta gctggtctga gaggatgacc 300
agccacactg gaactgagac acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360
gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat gccgcgtgta tgaagaaggc c 411
<210> 304
<211> 410
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 304
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtagcacag agagcttgct ctcgggtgac gagtggcgga cgggtgagta atgtctggga 120
aactgcccga tggaggggga taactactgg aaacggtagc taataccgca taacgtcttc 180
ggaccaaagt gggggacctt cgggcctcac accatcggat gtgcccagat gggattagct 240
agtaggtggg gtaatggctc acctaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca 300
gccacactgg aactgagaca cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc gcaagcctga tgcagccatg ccgcgtgtat gaagaaggcc 410
<210> 305
<211> 407
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 305
cagagtttga tcaggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agaagcttgc ttctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaacggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaaga 407
<210> 306
<211> 358
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 306
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaaaggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaat 358
<210> 307
<211> 405
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 307
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgcttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaagctgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataatgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgcatcgga tgtgcccaga tgggattagc 240
ttgttggtgg ggtaacggct caccaaggcg acgatcccta gctggtctga gaggatgacc 300
agccacactg gaactgagac acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360
gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat gccgcgtgta tgaag 405
<210> 308
<211> 413
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 308
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcggac 60
ggtagcacag agagcttgct cttgggtgac gagtggcgga cgggtgagta atgtctgggg 120
atctgcccga tagaggggga taaccactgg aaacggtggc taataccgca taacgtcgca 180
agaccaaaga gggggacctt cgggcctctc actatcggat gaacccagat gggattagtt 240
agtaggcggg gtaatggccc acctaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca 300
gccacactgg aactgagaca cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatatgc 360
acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc cgcgtgtatg aagaaggcct cgg 413
<210> 309
<211> 403
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 309
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg ggtaaaggct cacctaggcg acgatcccta gctggtctga gaggatgacc 300
agccacactg gaactgagac acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360
gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat gccgcgtgta tga 403
<210> 310
<211> 479
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 310
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgcttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
ctagtaggtg gggtaacggc tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac 300
cagccacact ggaactgaga cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360
tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg ccttcggttg 420
taagtacttc agcgggagga agggagtaaa gttaatatct ttgctcattg acgttaccc 479
<210> 311
<211> 412
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 311
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga aacagcttgc tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag 240
cttgttggtg ggtaacggct caccaaggcg acgatcccta gctggtctga gaggatgacc 300
agccacactg gaactgagac acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360
gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat gccgcgtgta tgaagaaggc ct 412
<210> 312
<211> 229
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 312
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agaagcttgc ttctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgccca 229
<210> 313
<211> 229
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 313
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataacgtac tggaaacggt ggctaatacc gcataacgtc 180
gcaagaccaa agagggggac cttcggggcc tcttgccatc agatgtgcc 229
<210> 314
<211> 229
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 314
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga aacagcttgc tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc cgtcgggccg tcttgccatc ggatgtgcc 229
<210> 315
<211> 229
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 315
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgcttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataatgtcg 180
caagatcaaa gaggggggac cttcgggcct cttgccatcg gatgtgccc 229
<210> 316
<211> 229
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 316
agagtttgat catggctcag gttgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacaggg atcagcttgc tgattcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgccca 229
<210> 317
<211> 229
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 317
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtagcacaa aggagcttgc tccttgggtg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgccc gatggagggg gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgccca 229
<210> 318
<211> 229
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 318
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga aacagcttgc tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaaactgcct gatggagggg ataacgtact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg 180
caagaccaaa gagggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgccca 229
<210> 319
<211> 177
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 319
tatgcgcctt gccagcccgc tcaggtgtgc cagcagccgc ggtaatacgg agggtgcaag 60
cgttaatcgg aattactggg cgtaaagcgc acgcaggcgg tctgtcaagt cggatgtgaa 120
atccccgggc tcaacctggg aactgcattc gaaactggca ggctagagtc ttgtaga 177
<210> 320
<211> 130
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 320
gtctcgtaga ggggggtaga attccaggcg tagcggtgaa atgcgtagag atctggagga 60
ataccggtgg cgaaggcggc ccctggacga agactgacgc tcaggtgcga aagcgtgggg 120
agcaaacagg 130
<210> 321
<211> 118
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 321
gggtagaatt ccaggtgtag cggtggaatg cgtagagatc tggaggaata ccggtggcga 60
aggcggcccc ctggacgaag actgacgctc aggtgcgaaa gcgtggggag caaacagg 118
<210> 322
<211> 177
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 322
tatgcgcctt gccagcccgc tcaggtgtgc cagcagccgc ggtaatacgg agggtgcaag 60
cgttaatcgg aattactggg cgtaaagcgc acgcaggcgg tttgttaagt cagatgtgaa 120
aatccccggg ctcaacctgg gaactgcatc tgatactggc aagcttgagt ctcgtag 177
<210> 323
<211> 114
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 323
tagaattcca ggtgtagcgg tgaaatgcgt agagatctgg aggaataccg gtggcgaagg 60
cggcccctgg acgaagactg acgctcaggt gcgaaagcgt ggggagcaaa cagg 114
<210> 324
<211> 252
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 324
tacgtagggg gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtttgt 60
taagtcagat gtgaaatccc cgcgcttaac gtgggaactg catttgaaac tggcaagcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac ag 252
<210> 325
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 325
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaagctt 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 326
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 326
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cctccgaaac tggcaggcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 327
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 327
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggcttaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaggctg 120
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gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 328
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 328
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtttgt 60
taagtcagat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg catctgatac tggcaagctt 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga cgaaaactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 329
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 329
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcttat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaggcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 330
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 330
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcagat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg catccgaaac tggcaagcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 331
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 331
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaggcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtggcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 332
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 332
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtttgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaagcta 120
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gggagcaaac agg 253
<210> 333
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 333
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaggcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatccgtag agatctggag 180
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gggagcaaac agg 253
<210> 334
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 334
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtttgt 60
taagtcagat gtgaaatccc cgagctcaac ttgggaactg catttgaaac tggcaagcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
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gggagcaaac agg 253
<210> 335
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 335
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcagacta 120
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gggagcaaac agg 253
<210> 336
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 336
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
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gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caacgactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 337
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 337
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
taagtcagat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg catctgaaac tggcaggcta 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga ccaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 338
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 338
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtttgt 60
taagtcagat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggagctg catctgatac tggcaagctt 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga cgaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 339
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 339
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tgacaggcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 340
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 340
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaggcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcgatg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 341
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 341
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gggagcaaac agg 253
<210> 342
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 342
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gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga cgaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 343
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 343
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtttgt 60
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gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga cgaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 344
<211> 253
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 344
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca cgcggtttgt 60
taagtcagat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg catctgatac tggcaagctt 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga cgaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac agg 253
<210> 345
<211> 252
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 345
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaggcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac ag 252
<210> 346
<211> 251
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 346
tacgtagggg gcaagcgtta tccggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtttgt 60
taagtcagat gtgaaatccc cgagcttaac ttgggaactg catttgaaac tggcaagcta 120
gagtcttgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga caaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac a 251
<210> 347
<211> 251
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 347
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taagtcagat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg catctgatac tggcaagctt 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gcttactgga cgaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac a 251
<210> 348
<211> 251
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 348
aacgtagggt gcaagcgttg tccggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggtctgt 60
caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg catctgatac tggcaagctt 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga cgaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac a 251
<210> 349
<211> 251
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 349
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caagtcggat gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaggctg 120
gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga cgaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac a 251
<210> 350
<211> 251
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 350
tacggagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgcacgca ggcggaccgg 60
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gagtctcgta gaggggggta gaattccagg tgtagcggtg aaatgcgtag agatctggag 180
gaataccggt ggcgaaggcg gccccctgga cgaagactga cgctcaggtg cgaaagcgtg 240
gggagcaaac a 251
<210> 351
<211> 251
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 351
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
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<212> DNA
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<400> 393
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<222> (2)..(2)
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aca 363
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tag 363
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<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
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<222> (2)..(2)
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<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
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<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
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<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
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<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
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<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
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<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
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gcaggcggtt tgttaagtca gatgtgaaat ccccgggctc aacctgggaa ctgcatctga 300
tactggcaag cttgagtctc gtagaggggg gtagaattcc aggtgtagcg gtgaaatgcg 360
tagagatctg gaggaatacc ggtggcgaag gcggccccct ggacgaagac tgacgctcag 420
gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtc 465
<210> 434
<211> 464
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 434
cctacggggg cagcagtggg gaatattgca caatgggcgc aagcctgatg cagccatgcc 60
gcgtgtatga agaaggcctt cgggttgtaa agtactttca gcggggagga agggagtaaa 120
gttaatacct ttgctcattg acgttacccg cagaagaagc accggctaac tccgtgccag 180
cagccgcggt aatacggagg gtgcaagcgt taatcggaat tactgggcgt aaagcgcacg 240
caggcggttt gttaagtcag atgtgaaatc cccgggctca acctgggaac tgcatctgat 300
actggcaagc ttgagtctcg tagagggggg tagaattcca ggtgtagcgg tgaaatgcgt 360
agagatctgg aggaataccg gtggcgaagg cggccccctg gacgaagact gacgctcagg 420
tgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag atacccctgt agtc 464
<210> 435
<211> 465
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 435
cctacggggg gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcggggagg aaggtgttga 120
ggttaataac ctcagcaatt gacgttaccc gcagaagaag caccggctaa ctccgtgcca 180
gcagccgcgg taatacggag ggtgcaagcg ttaatcggaa ttactgggcg taaagcgcac 240
gcaggcggtc tgtcaagtcg gatgtgaaat ccccgggctc aacctgggaa ctgcattcga 300
aactggcagg ctggagtctt gtagaggggg gtagaattcc aggtgtagcg gtgaaatgcg 360
tagagatctg gaggaatacc ggtggcgaag gcggccccct ggacaaagac tgacgctcag 420
gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gatacccttg tagtc 465
<210> 436
<211> 465
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 436
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcgaggagg aaggtgttga 120
ggttaataac cgcagcaatt gacgttactc gcagaagaag caccggctaa ctccgtgcca 180
gcagccgcgg taatacggag ggtgcaagcg ttaatcggaa ttactgggcg taaagcgcac 240
gcaggcggtc tgtcaagtcg gatgtgaaat ccccgggctc aacctgggaa ctgcattcga 300
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tagagatctg gaggaatacc ggtggcgaag gcggccccct ggacaaagac tgacgctcag 420
gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccccgg tagtc 465
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<211> 465
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 437
tctacgggag gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcggggagg aagggagtaa 120
agttaatacc tttgctcatt gacgttaccc gcagaagaag caccggctaa ctccgtgcca 180
gcagccgcgg taatacggag ggtgcaagcg ttaatcggaa ttactgggcg taaagcgcac 240
gcaggcggtt tgttaagtca gatgtgaaat ccccgggctc aacctgggaa ctgcatctga 300
tactggcaag cttgagtctc gtagaggggg gtagaattcc aggtgtagcg gtgaaatgcg 360
tagagatctg gaggaatacc ggtggcgaag gcggccccct ggacgaagac tgacgctcag 420
gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccccag tagtc 465
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<211> 465
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 438
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cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcgaggagg aaggcattaa 120
ggttaataac cttagtgatt gacgttactc gcagaagaag caccggctaa ctccgtgcca 180
gcagccgcgg taatacggag ggtgcaagcg ttaatcggaa ttactgggcg taaagcgcac 240
gcaggcggtc tgttaagtca gatgtgaaat ccccgggctc aacctgggaa ctgcatttga 300
aactggcagg cttgagtctt gtagaggggg gtagaattcc aggtgtagcg gtgaaatgcg 360
tagagatctg gaggaatacc ggtggcgaag gcggccccct ggacaaagac tgacgctcag 420
gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtc 465
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<211> 463
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 439
ctacgggggc tgcagtgggg aatattgcac aatgggcgca agcctgatgc agccatgccg 60
cgtgtgtgaa gaaggccttc gggttgtaaa gcactttcag cggggaggaa ggcgttaagg 120
ttaataacct tggcgattga cgttacccgc agaagaagca ccggctaact ccgtgccagc 180
agccgcggta atacggaggg tgcaagcgtt aatcggaatt actgggcgta aagcgcacgc 240
aggcggtctg tcaagtcgga tgtgaaatcc ccgggctcaa cctgggaact gcattcgaaa 300
ctggcaggct agagtcttgt agaggggggt agaattccag gtgtagcggt gaaatgcgta 360
gagatctgga ggaataccgg tggcgaaggc ggccccctgg acgaagactg acgctcaggt 420
gcgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga taccctggta gtc 463
<210> 440
<211> 464
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 440
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
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gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gatacccggt agtc 464
<210> 441
<211> 465
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 441
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcgaggagg aaggcattaa 120
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gcaggcggtc tgtcaagtcg gatgtgaaat ccccgggctc aacctgggaa ctgcatccga 300
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gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtc 465
<210> 442
<211> 465
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 442
cctacgggcg gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 443
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 444
cctacggggg gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcggggagg aaggcgataa 120
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<211> 465
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 445
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<211> 363
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 446
cctacgggcg gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcggggagg aaggcgataa 120
ggttaataac cttgtcgatt gacgttaccc gcagaagaag caccggctaa ctccgtgcca 180
gcagccgcgg taatacggag ggtgcaagcg ttaatcggaa ttactgggcg taaagcgcac 240
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tag 363
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 447
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gcagccgcgg taatacggag ggtgcaagcg ttaatcggaa ttactgggcg taaagcgcac 240
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tag 363
<210> 448
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<220>
<221> misc_feature
<222> (2)..(2)
<223> n是a, c, g或t
<400> 448
cntacgggtg gctgcagccg cggtaatacg gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg 60
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<210> 449
<211> 363
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<220>
<221> misc_feature
<222> (2)..(2)
<223> n是a, c, g或t
<400> 449
cntacgggtg gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 60
cgcgtgtatg aataaggatc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat acggagggtg 120
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aggtaagcgg aattcctggt gtagcggtga aatgcgtaga gatcaggagg aacatcggtg 300
gcgaaggcgg cttactgggc ttttactgac gctgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca 360
gga 363
<210> 450
<211> 248
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 450
ctcaccaagg cgacgatccc tagctggtct gagaggatga ccagccacac tggaactgag 60
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tgatgcagcc atgccgcgtg tatgaagaag gccttcgggt tgtaaagtac tttcagcggg 180
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ctaactcc 248
<210> 451
<211> 191
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 451
tgagacacgg ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca atgggcgcaa 60
gcctgatgca gccatgccgc gtgtatgaag aaggccttcg ggttgtaaag tactttcagc 120
gaggaggaag gcgttaaggt taataacctt agcgattgac gttactcgca gaagaagcac 180
cggctaactc c 191
<210> 452
<211> 257
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 452
aacgctggcg gcaggcctaa cacatgcaag tcgaacggta gcacagagag cttgctctcg 60
ggtgacgagt ggcggacggg tgagtaatgt ctgggaaact gcccgatgga gggggataac 120
tactggaaac ggtagctaat accgcataat gtcgcaagac caaagtgggg gaccttcggg 180
cctcacacca tcggatgtgc ccagatggga ttagctagta ggtggggtaa cggctcacct 240
aggcgacgat cccctag 257
<210> 453
<211> 473
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 453
caggcctaac acatgcaagt cgaacggtaa cagaaatcag ctttgctgat ttgctgacga 60
gtggcggacg ggtgagtaat gtctgggaaa ctgcctgatg gagggggata actactggaa 120
acggtagcta ataccgcata acgtcgcaag accaaagagg gggaccttcg ggcctcttgc 180
catcggatgt gcccagatgg gattagctag taggtggggt aacggctcac ctaggcgacg 240
atccctagct ggtctgagag gatgaccagc cacactggaa ctgagacacg gtccagactc 300
ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatgggcgc aagcctgatg cagccatgcc 360
gcgtgtatga agaaggcctt cgggttgtaa agtactttca gcggggagga agggagtaaa 420
gttaatacct ttgctcattg acgttacccg cagaagaagc accggctaac tcc 473
<210> 454
<211> 484
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 454
aacgctggcg gcaggcctaa cacatgcaag tcgaacggta acaggaagca gcttgctgct 60
ttgctgacga gtggcggacg ggtgagtaat gtctgggaaa ctgcctgatg gagggggata 120
actactggaa acggtagcta ataccgcata acgtcgcaag accaaagagg gggaccttcg 180
ggcctcttgc catcggatgt gcccagatgg gattagctag taggtggggt aacggctcac 240
ctaggcgacg atcccctagc tggtctgaga ggatgaccag ccacactgga actgagacac 300
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gcagccatgc cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagcactttc agcggggagg 420
aaggcggtga ggttaataac ctcatcgatt gacgttaccc gcagaagaag caccggctaa 480
ctcc 484
<210> 455
<211> 495
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 455
tggctcagat tgaacgctgc ggcaggccta acacatgcaa gtcgaacggt aacaggaaga 60
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<210> 456
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 456
ctggcggcag gcctaacaca tgcaagtcga acggtaacag gaagcagctt gctgcttcgc 60
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agtaaagtta atacctttgc tcattgacgt tacccgcaga agaagcaccg gctaactcc 479
<210> 457
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 457
caggcctaac acatgcaagt cgagcggtag cacagagagc ttgctctcgg gtgacgagcg 60
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<210> 458
<211> 483
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 458
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tgatttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg gaaactgcct gatggagggg 120
gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg caagaccaaa gagggggacc 180
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tcc 483
<210> 459
<211> 310
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 459
accttcgggc ctcatgccat cagatgtgcc cagatgggat tagctagtag gtggggtaac 60
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<211> 475
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 460
gcaggcctaa cacgatgcaa gtcgaacggt aacaggaaga gcttgcttcg ttgctgacga 60
gtggcggacg ggtgagtaat gtctgggaaa ctgcctgatg gagggggata actactggaa 120
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cgatccctag ctggtctgag aggatgacca gccacactgg aactgagaca cggtccagac 300
tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga tgcagccatg 360
ccgcgtgtat gaagaaggcc ttcgggttgt aaagtacttt cagcggggag gaagggagta 420
aagttaatac ctttgctcat tgacgttacc cgcagaagaa gcaccggcta actcc 475
<210> 461
<211> 209
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 461
ccagccacac tggaactgag acacggtcca gactcctacg ggaggcagca gtggggaata 60
ttgcacaatg ggcgcaagcc tgatgcagcc atgccgcgtg tatgaagaag gccttcgggt 120
tgtaaagtac ttttcagcgg ggaggaaggg agtaaagtta atacctttgc tcattgacgt 180
tacccgcaga agaagcaccg gctaactcc 209
<210> 462
<211> 319
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 462
ccaaagaggg ggaccttcgg gcctcttgcc atcggatgtg cccagatggg attagctgtt 60
ggtgggtaac ggctcaccag gcgacgatcc ctagctggtc tgagaggatg accagccaca 120
ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc agtggggaat attgcacaat 180
gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt gtatgaagaa ggccttcggg ttgtaaagta 240
ctttcagcgg ggaggaaggg agtaaagtta atacctttgc tcattgacgt tacccgcaga 300
agaagcaccg gctaactcc 319
<210> 463
<211> 310
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 463
accctcgggc ctcttgccat cggatgtgcc cagatgggat tagcttgttg gtggggtaac 60
ggctcaccaa ggcgacgatc cctagctggt ctgagaggat gaccagccac actggaactg 120
agacacggtc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa tgggcgcaag 180
cctgatgcag ccatgccgcg tgtatgaaga aggccttcgg gttgtaaagt actttcagcg 240
gggaggaagg gagtaaagtt aatacctttg ctcattgacg ttacccgcag aagaagcacc 300
ggctaactcc 310
<210> 464
<211> 486
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 464
agattgaacg ctggcggcag gcctaacaca tgcaagtcga acggtaacag gaatcagctt 60
gctgatttgc tgacgagtgg cggacgggtg agtaatgtct gggaaactgc ctgatgaggg 120
ggataactac tggaaacggt agctaatacc gcataacgtc gcaagaccaa agagggggac 180
cttcgggcct cttgccatcg gatgtgccca gatggattag ctagtaggtg ggtaacggct 240
cacctaggcg acgatcccta gctggtctga gaggatgacc agccacactg gaactgagac 300
acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg cgcaagcctg 360
atgcagccat gccgcgtgta tgaagaaggc cttcgggttg taaagtactt tcagcgggga 420
ggaagggagt aaagttaata cctttgctca ttgacgttac ccgcagaaga agcaccggct 480
aactcc 486
<210> 465
<211> 331
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 465
tcgcaagacc aaagaggggg accttcgggc ctcttgccat cagatgtgcc cagatgggat 60
tagctagtag gtggggtaac ggctcaccta ggcaacgatc ccctagctgg tctgagagga 120
tgaccagcca cactggaact gagacacggt ccagactcct acgggaggca gcagtgggga 180
atattgcaca atgggcgcaa gcctgatgca gccatgccgc gtgtatgaag aaggccttcg 240
ggttgtaaag tactttcagc ggggaggaag gcgttgaggt taataacctc agcgattgac 300
gttacccgca gaagaagcac cggctaactc c 331
<210> 466
<211> 485
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 466
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtagcacag agagcttgct 60
ctcgggtgac gagtggcgga cgggtgagta atgtctggga aactgcctga tggaggggga 120
taactactgg aaacggtagc taataccgca taacgtcgca agaccaaaga ggggggacct 180
tcgggcctct tgccatcaga tgtgcccaga tggattagct agtaggtggg gtaacggctc 240
acctaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca gccacactgg aactgagaca 300
cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagccatg ccgcgtgtat gaagaaggcc ttcgggttgt aaagtacttt cagcggggag 420
gaaggcgata aggttaataa ccttgtcgat tgacgttacc cgcagaagaa gcaccggcta 480
actcc 485
<210> 467
<211> 291
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 467
ccatcggatg tgcccagatg ggattagctt gttgtggggt aacggctcac caaggcgacg 60
atccctagct ggtctgagag gatgaccagc cacactggaa ctgagacacg gtccagactc 120
ctacggaggc agcatgggga atattgcaca atgggcgcaa gcctgatgca gccatgccgc 180
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taataccttt actcattgac gttacccgca gaagaagcac cggctaactc c 291
<210> 468
<211> 490
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 468
ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt cgaacggtaa caggaaacag 60
cttgctgttt cgctgacgag tggcggacgg gtgagtaatg tctgggaaac tgcctgatga 120
gggggataac tactggaaac ggtagctaat accgcataac gtcgcaagac caaagagggg 180
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ggctaactcc 490
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<211> 249
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 469
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtaacagga agcagcttgc 60
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<210> 470
<211> 249
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 470
ctggcggcag gcctaacaca tgcaagtcga gcggtagcac agagagcttg ctctcgggtg 60
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ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg caagaccaaa gtgggggacc ttcgggcctc 180
atgccatcag atgtgcccag atgggattag ctagtagggt ggggtaatgg ctcacctagg 240
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<210> 471
<211> 249
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 471
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtaacagga aacagcttgc 60
tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg gaagctgcct gatggagggg 120
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<211> 151
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 472
tagggcggca agacctcgat gcagccactg ctcgcgtgta tgaagaaggc cttcgggttg 60
taaagtactt tcagcgggga ggaagggagt aaagttaata cctttgctca ttgacgttac 120
ccgcagaaga agcaccggct aactccgtgc c 151
<210> 473
<211> 249
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 473
cggcaggcct aacacatgca agtcgaacgg tacagaagca gcttgctgct ttgctgacga 60
gtggcgacgg gtgagtaatg tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa ctactggaaa 120
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atcggatgtg cccagatggg attagctagt aggtgggtaa aggctcacct aggcgacgat 240
ccctagctg 249
<210> 474
<211> 249
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 474
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtaacagaa agcagcttgc 60
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<210> 475
<211> 249
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 475
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtagcacag agagcttgct 60
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 476
cagcttgctg attcgctgga cgagtggcgg acgggtgagt aatgtctggg aaactgcctg 60
atgaggggga tactactgga acggtagcta ataccgcata acgtcgcaag accaaagagg 120
gggaccttcg ggcctcttgc catcggatgt gcccagatgg gattagctag taggtgggta 180
aaggctcacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg atgaccagcc acactggaac 240
tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgcac aatgggcgca 300
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<210> 477
<211> 249
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 477
ctcacctagg cgacgatccc tagctggtct gagaggatga ccagccacac tggaactgag 60
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ctaactccg 249
<210> 478
<211> 340
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 478
ctaatacgtc gcaagaccaa agagggggac cttgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag 60
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gaggatgacc agccacactg gaactgagac acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt 180
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<210> 479
<211> 491
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 479
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtagcacag aggagcttgc 60
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<211> 475
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 480
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<210> 481
<211> 490
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 481
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac gggtaacagg aacagcttgc 60
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<210> 482
<211> 431
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 482
tgctgctttg ctgacgagtg gcggacgggt gagtaatgtc tgggaaactg cctgatggag 60
gggataacta ctggaaacgg tagctaatac cgcataacgt cgcaagacca aagaggggga 120
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aactccgtgc c 431
<210> 483
<211> 485
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 483
ttgaacgctg gcggcaggcc taacacatgc aagtcgaacg gtacaggaac agcttgctgt 60
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ctactggaaa cggtagctaa taccgcataa cgtcgcaaga ccaaagaggg ggaccttcgg 180
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 484
tggtctgaga ggatgaccag ccacactgga actgagacac ggtccagact cctacgggag 60
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<210> 485
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 485
ttatggctca gattgaacgc tggcggcagg cctaacacat gcaagtcgaa cggtaacagg 60
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<211> 464
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 486
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<211> 486
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 487
ctggcggcag gcctaacaca tggcaagtcg aacggtaaca gaaagcagct tgctgctttg 60
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 488
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 489
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ctgcctgatg gagggggata actactggaa cggtagctaa taccgcataa cgtcgcaaga 120
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cactggaact gagacacggt ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 300
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<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 490
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<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 491
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<211> 486
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 492
aacgctggcg gcaggcctaa cacatgcaag tcgaacggta acaggaagaa gcttgcttct 60
tgctgacgag tggcggacgg gtgagtaatg tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa 120
ctactggaaa cggtagctaa taccgcataa cgtcgcaaga ccaaagaggg ggaccttcgg 180
gcctcttgcc atcggatgtg cccagatggg attagctagt aggtgggtaa cggctcacct 240
aggcgacgat ccctagctgg tctgagagga tgaccagcca cactggaact gagacacggt 300
ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca atgggcgcaa gcctgatgca 360
gccatgccgc gtgtatgaag aaggccttcg ggttgtaaag tactttcagc ggggaggaag 420
ggagtaaagt taataccttt gctcattgac gttacccgca gaagaagcac cggctaactc 480
cgtgcc 486
<210> 493
<211> 211
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 493
cagccacact ggaactgaga cacggccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 60
gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat gccgcgtgta tgaagaaggc cttcgggttg 120
taaagtactt tcagtcggga ggaaggtgtt aaggttaata accttgacaa ttgacgttac 180
cgacagaaga agcaccggct aactccgtgc c 211
<210> 494
<211> 225
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 494
tgagaggatg accagccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc 60
agtggggaat attgcacaat gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt gtgtgaagaa 120
ggccttcggg ttgtaaagct actttcagcg gggaggaagg cgataaggtt aataaccttg 180
tcgattgacg ttacccgcag aagaagcacc ggctaactcc gtgcc 225
<210> 495
<211> 474
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 495
cggcaggcct aacacatgca agtcgaacgg taacaggaga agcttgctct ttgctgacga 60
gtggcggacg gtgagtaatg tctgggaaac tgcctgatgg aggggataac tactggaaac 120
ggtagctaat accgcataac gtcgcaagac caaagagggg gaccttcggg cctcttgcca 180
tcggatgtgc ccagatggat tagctagtag gtgggtaacg gctcacctag gcgacgatcc 240
ctagctggtc tgagaggatg accagccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac 300
gggaggcagc agtggggaat attgcacaat gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt 360
gtatgaagaa ggccttcggg ttgtaaagta ctttcagcgg ggaggaaggg agtaaagtta 420
atacctttgc tcattgacgt tacccgcaga agaagcaccg gctaactccg tgcc 474
<210> 496
<211> 163
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 496
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg 60
ccttcgggtt gtaaagtact tttcagcggg gaggaaggga gtaaagttaa tacctttgct 120
cattgacgtt acccgcagaa gaagcaccgg ctaactccgt gcc 163
<210> 497
<211> 203
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 497
actggaactg agacacggtc cagactctac ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg 60
ggcgcaagcc tgatgcagcc atgccgcgtg tatgaagaag gccttcgggc tgtaaagtac 120
tttcagcggg gaggaaggga gtaaagttaa tacctttgct cattgacgtt acccgcagaa 180
gaagcaccgg ctaactccgt gcc 203
<210> 498
<211> 331
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 498
cgcaagacca aagaggggga ccttcgggcc tcttgccatc ggatgtgccc agatgggatt 60
agctgttggt gggtaacggc tcaccaggcg acgatcccta gctggtctga gaggatgacc 120
agccacactg gaactgagac acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 180
gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat gccgcgtgta tgaagaaggc cttcgggttg 240
taaagtactt tcagcgggga ggaagggagt aaagttaata cctttgctca ttgacgttac 300
ccgcagaaga agcaccggct aactccgtgc c 331
<210> 499
<211> 446
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 499
aacaggaagc agcttgctgc ttcgctgacg agtggcggac gggtgagtaa tgtctgggaa 60
actgcctgat ggaggggata actactggaa acggtagcta ataccgcata acgtcgaaag 120
accaaagagg ggaccttcgg gcctcttgcc atcggatgtg cccagatggg attagcttgt 180
tggtgggtaa tggctcacca aggcgacgat ccctagctgg tctgagagga tgaccagcca 240
cactggaact gagacacggt ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 300
atgggcgcaa gcctgatgca gccatgccgc gtgtatgaag aaggccttcg ggttgtaaag 360
tactttcagc ggggaggaag ggagtaaagt taataccttt gctcattgac gttacccgca 420
gaagaagcac cggctaactc cgtgcc 446
<210> 500
<211> 491
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 500
ttgaacgctg gcggcaggcc taacacatgc aagtcgagcg gtaacacagg gagcttgctc 60
ctgggtgacg gagcggcgga cgggtgagta atgtctggga aactgcctga tggaggggga 120
taactactgg aaacggtagc taataccgca taacgtcgca agaccaaaga gggggacctt 180
cgggcctctt gccatcagat gtgcccagat gggattagct agtaggtggg ggtaatggct 240
cacctaggcg acgatcccta gctggtctga gaggatgacc agccacactg gaactgagac 300
acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg cgcaagcctg 360
atgcagccat gccgcgtgta tgaagaaggc cttcgggttg taaagtactt tcagcgagga 420
ggaaggcatt aaggttaata accttggtga ttgacgttac tcgcagaaga agcaccggct 480
aactccgtgc c 491
<210> 501
<211> 492
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 501
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtaacagga aacagcttgc 60
tggttttgct gacgagtggc ggacgggtga gtaatgtctg ggaaactgcc tgatggaggg 120
ggataactac tggaaacggt agctaatacc gcataacgtc gcaagaccaa agagggggac 180
cttcgggcct cttgccatcg gatgtgccca gatgggatta gctagtaggt gggtaacggc 240
tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac cagccacact ggaactgaga 300
cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct 360
gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg ccttcgggtt gtaaagtact ttcagcgggg 420
aggaagggag taaagttaat acctttgctc attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc 480
taactccgtg cc 492
<210> 502
<211> 481
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 502
ctggcggcag gcctaacaca tgcaagtcga acggtaacga ggaagcagct tgctgcttcg 60
ctgacgagtg gcggacgggt gagtaatgtc tgggaaactg cctgatggag gggataacta 120
ctggaaacgg tggctaatac cgcataacgt cgcaagacca aagaggggac cttcgggcct 180
cttgccatca gatgtgccca gatggattag ctagtaggtg ggtaacggct cacctaggcg 240
acgatcccta gctggtctga gaggatgacc agccacactg gaactgagac acggtccaga 300
ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat 360
gccgcgtgta tgaagaaggc cttcgggttg taaagtactt tcagcgggga ggaaggcgat 420
aaggttaata accttgtcga ttgacgttac ccgcagaaga agcaccggct aactccgtgc 480
c 481
<210> 503
<211> 489
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 503
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgacg gtaacagaaa gcagcttgct 60
gctttgctga cgagtggcgg acgggtgagt aatgtctggg aaactgcctg atggagggga 120
taactactgg aaacggtagc taataccgca taacgtcgca agaccaaaga gggggaccct 180
cgggcctctt gccatcggat gtgcccagat gggattagct tgttggtggg taacggctca 240
ccaaggcgac gatccctagc tggtctgaga ggatgaccag ccacactgga actgagacac 300
ggtccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat 360
gcagccatgc cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcggggagg 420
aagggagtaa agttaatacc tttgctcatt gacgttaccc gcagaagaag caccggctaa 480
ctccgtgcc 489
<210> 504
<211> 492
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 504
agattgaacg ctggcggcag gcctaacaca tgcaagtcga acggtaacag gaagcagctt 60
gctgctttgc tgacgagtgg cggacgggtg agtaatgtct gggaaactgc ctgatggagg 120
ggataactac tggaaacggt agctaatacc gcataacgtc gcaagaccaa agagggggac 180
cttagggcct cttgccatcg gatgtgccca gatgggatta gctagtaggt gggtaacggc 240
tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac cagccacact ggaactgaga 300
cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct 360
gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg ccttcgggtt gtaaagtact ttcagcgggg 420
aggaagggag taaagttaat acctttgctc attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc 480
taactccgtg cc 492
<210> 505
<211> 429
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 505
gctctcgggt gacgagcggc ggacgggtga gtaatgtctg ggaaactgct gatgaggggg 60
ataactactg gaaacggtag ctaataccgc ataatgtcgc aagacaaagt gggggacctt 120
cgggcctcat gccatcagat gtgcccagat gggattagct agtaggtggg taacggctca 180
cctaggcgac gatccctagc tggtctgaga ggatgaccag ccacactgga actgagacac 240
ggtccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat 300
gcagccatgc cgcgtgtgtg aagaaggcct tcgggttgta aagcactttc agcggggagg 360
aaggcgttaa ggttaataac cttggcgatt gacgttaccc gcagaagaag caccggctaa 420
ctccgtgcc 429
<210> 506
<211> 444
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 506
gaagaagctt gcttcttgct gacgagtggc ggacgggtga gtaatgtctg ggaaactgcc 60
tgatggaggg ggataactac tggaaacggt agctaatacc gcataacgtc gcaagaacca 120
aagaggggga ccttcgggcc tcttgccatc ggatgtgccc agatgggatt tagctagtag 180
gtgggtaacg gctcacctag gcgacgatcc ctagctggtc tgagaggatg accagccaca 240
ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc agtggggaat attgcacaat 300
gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt gtatgaagaa ggccttcggg ttgtaaagta 360
ctttcagcgg ggaggaaggg agtaaagtta atacctttgc tcattgacgt tacccgcaga 420
agaagcaccg gctaactccg tgcc 444
<210> 507
<211> 478
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 507
ctggcggcag gcctaacaca tgcaagtcga acggtaacag aaagcagctt gctgctttgc 60
tgacgagtgg cggacggtga gtaatgtctg ggaactgcct gatggagggg ataactactg 120
gaaacggtag ctaataccgc ataacgtcgc aagaccaaag aggggacctt agggcctctt 180
gccatcggat gtgcccagat gggattagct agtaggtggg taacggctca cctaggcgac 240
gatccctagc tggtctgaga ggatgaccag ccacactgga actgagacac ggtccagact 300
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagccatgc 360
cgcgtgtatg aagaaggcct tcgggttgta aagtactttc agcgggagga agggagtaaa 420
gttaatacct ttgctcattg acgttacccg cagaagaagc accggctaac tccgtgcc 478
<210> 508
<211> 436
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 508
agcttgctgc ttcgctgacg agtggcggac gggtgagtaa tgtctgggaa actgcctgat 60
ggaggggagt aactactgga aacggtagct aataccgcat aacgtcgcaa gaccaaagag 120
ggggaccttc gggcctcttg ccatcggatg tgcccagatg gattagctag taggtgggta 180
acggctcacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg atgaccagcc acactggaac 240
tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgcac aatgggcgca 300
agcctgatgc agccatgccg cgtgtatgaa gaaggccttc gggttgtaaa gtactttcag 360
cgggaggaag ggagtaaagt taataccttt gctcattgac gttacccgca gaagaagcac 420
cggctaactc cgtgcc 436
<210> 509
<211> 437
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 509
agcttgctgt tttgctgacg agtggcggac ggtgagtaat gtctgggaaa ctgcctgatg 60
gaggggagta actactggaa acggtagcta ataccgcata acgtcgcaag accaaagagg 120
gggaccttcg ggcctcttgc catcggatgt gcccagatgg gattagctag taggtgggta 180
acggctcacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg atgaccagcc acactggaac 240
tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgcac aatgggcgca 300
agcctgatgc agccatgccg cgtgtatgaa gaaggccttc gggttgtaaa gtactttcag 360
cggggaggaa gggagtaaag ttaatacctt tgctcattga cgttacccgc agaagaagca 420
ccggctaact ccgtgcc 437
<210> 510
<211> 421
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 510
ctgacgagtg cggacgggtg agtaatgtct gggaaactgc ctgatggagg ggataactac 60
tggaaacggt agctaatacc gcataacgtc gcaagaccaa agagggggac cttcgggcct 120
cttgccatcg gatgtgccca gatggattag ctagtaggtg ggtaaaggct cacctaggcg 180
acgatcccta gctggtctga gaggatgacc agccacactg gaactgagac acggtccaga 240
ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat 300
gccgcgtgta tgaagaaggc cttcgggttg taaagtactt tcagcgggga ggaagggagt 360
aaagttaata cctttgctca ttgacgttac ccgcagaaga agcaccggct aactccgtgc 420
c 421
<210> 511
<211> 192
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 511
tgagacacgg tccagactcc tacggaggca gcagtgggaa tattgcacaa tgggcgcaag 60
cctgatgcag ccatgccgcg tgtatgaaga agccttcggt tgtaaagtac tttcagcggg 120
aggaagggag taaagttaat acctttgctc attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc 180
taactccgtg cc 192
<210> 512
<211> 351
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 512
tagctaatac cgcataacgt cgcagaccaa agaggggacc ttcgggcctc ttgccatcgg 60
atgtgcccag atgggattag ctagtaggtg ggtaaaggct cacctaggcg acgatcccta 120
gctggtctga gaggatgacc agccacactg gaactgagac acggtccaga ctcctacggg 180
aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg cgcaagcctg atgcagccat gccgcgtgta 240
tgaagaaggc cttcgggttg taaagtactt tcagcgggga ggaagggagt aaagttaata 300
cctttgctca ttgacgttac ccgcagaaga agcaccggct aactccgtgc c 351
<210> 513
<211> 490
<212> DNA
<213> 变形菌门(Proteobacteria sp.)
<400> 513
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtaacagga aacagcttgc 60
tgtttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg gaaactgcct gatgaggggg 120
ataactactg gaaacggtag ctaataccgc ataacgtcgc aagaccaaag agggggacct 180
tcgggcctct tgccatcgga tgtgcccaga tgggattagc ttgttggtgg gtaacggctc 240
accaaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca gccacactgg aactgagaca 300
cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagccatg ccgcgtgtat gaagaaggcc ttcgggttgt aaagtacttt cagcggggag 420
gaagggagta aagttaatac ctttgctcat tgacgttacc cgcagaagaa gcaccggcta 480
actccgtgcc 490
<210> 514
<211> 177
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 514
tatgcgcctt gccagcccgc tcaggtgtgc cagcagccgc ggtaatacag aggtctcaag 60
cgttgttcgg aatcactggg cgtaaagcgt gcgtaggctg tttcgtaagt cgtgtgtgaa 120
aaggcgcggg ctcaacccgc ggacggcaca tgatactgcg agactagagt aatggag 177
<210> 515
<211> 112
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 515
ggaattctcg gtgtagcagt gaaatgcgta gatatcgaga ggaacactcg tggcgaaggc 60
gggttcctgg acattaactg acgctgaggc acgaagccag ggagcgaaag gg 112
<210> 516
<211> 117
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 516
aaccggaatt ctcggtgtag cagtgaaatg cgtagatatc gagaggaaca ctcgtggcga 60
aggcgggttc ctggacatta actgacgctg aggcacgaag ccaggggagc gaaaggg 117
<210> 517
<211> 177
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 517
tatgcgcctt gccagcccgc tcaggtgtgc cagcagccgc ggtaatacag aggtctcaag 60
cgttgttcgg aatcactggg cgtaaagcgt gcgtaggctg tttcgtaagt cgtgtgtgaa 120
aggcaggggc tcaacccctg gattgcacat gatactgcga gactagagta atggagg 177
<210> 518
<211> 122
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 518
aggggaaccg aattctcggt gtagcagtga aatgcgtaga tatcgagagg aacactcgtg 60
gcgaaggcgg gttcctggac attaactgac gctgaggcac gaaggccagg ggagcgaaag 120
gg 122
<210> 519
<211> 252
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 519
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggcggtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg ggggctcaac ccccggactg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa gg 252
<210> 520
<211> 252
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 520
tccctctttc tcaatctttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg cgggctcaac ccgcggacgg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa gg 252
<210> 521
<211> 253
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 521
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg cgggctcaac ccgcggacgg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa ggg 253
<210> 522
<211> 252
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 522
tacgtagggg gcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg cgggctcaac ccgcggacgg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa gg 252
<210> 523
<211> 252
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 523
aacgtaggtc acaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggca ggggctcaac ccctggattg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa gg 252
<210> 524
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 524
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg cgggctcaac ccgcggacgg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatatggag 180
gaacaccggt ggcgaaagcg gctctctggt ctgtaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa g 251
<210> 525
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 525
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggcggtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg ggggctcaac ccccggactg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atattaggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa g 251
<210> 526
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 526
aacgtagggt gcaagcgttg tccggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggcggtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg ggggctcaac ccccggactg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa g 251
<210> 527
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 527
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggca ggggctcaac ccctggattg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gcttcctggc acacaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa g 251
<210> 528
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 528
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg cgggctcaac ccgcggacgg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga ggggggtaga attccaggtg tagcggtgaa atgcgtagat atcgagagga 180
acactcgtgg cgaaggcggg ttcctggaca ttaactgacg ctgaggcacg aaggccaggg 240
gagcgaaagg g 251
<210> 529
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 529
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggca ggggctcaac ccctggattg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa g 251
<210> 530
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 530
tacggagggg gctagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggca ggggctcaac ccctggattg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcaaac a 251
<210> 531
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 531
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggca ggggctcaac ccctggattg cacatgatac tgtcggtcta 120
gagtatgtga gagggaagtg gaattcccgg tgtagcggtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa g 251
<210> 532
<211> 253
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 532
tacagaggtc tcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg cgggctcaac ccgcggacgg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa ggg 253
<210> 533
<211> 251
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 533
tacgtaggtg gcaagcgttg ttcggaatca ctgggcgtaa agcgtgcgta ggctgtttcg 60
taagtcgtgt gtgaaaggcg cgggctcaac ccgcggacgg cacatgatac tgcgagacta 120
gagtaatgga gggggaaccg gaattctcgg tgtagcagtg aaatgcgtag atatcgagag 180
gaacactcgt ggcgaaggcg ggttcctgga cattaactga cgctgaggca cgaaggccag 240
gggagcgaaa g 251
<210> 534
<211> 120
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 534
tcgagaatca ttcacaatgg gggaaaccct gatggtgcga cgccgcgtgg gggaatgaag 60
gtcttcggat tgtaaacccc tgtcatgtgg gagcaaatta aaaagatagt accacaagag 120
<210> 535
<211> 298
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(8)
<223> n是a, c, g或t
<400> 535
cctacggncg gcagcagccg cggtaataca gaggtctcaa gcgttgttcg gaatcactgg 60
gcgtaaagcg tgcgtaggct gtttcgtaag tcgtgtgtga aaggcgcggg ctcaacccgc 120
ggacggcaca tgatactgcg agactagagt aatggagggg gaaccggaat tctcggtgta 180
gcagtgaaat gcgtagatat cgagaggaac actcgtggcg aaggcgggtt cctggacatt 240
aactgacgct gaggcacgaa ggccagggga gcgaaaggga ttagataccc cagtagtc 298
<210> 536
<211> 363
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 536
cctacgggtg gctgcagtcg agaatcattc acaatggggg caaccctgat ggtgcgacgc 60
cgcgtggggg aatgaaggtc ttcggattgt aaacccctgt catgtgggag caaattaaaa 120
agatagtacc acaagaggaa gagacggcta actctgtgcc agcagccgcg gtaatacaga 180
ggtctcaagc gttgttcgga atcactgggc gtaaagcgtg cgtaggctgt ttcgtaagtc 240
gtgtgtgaaa ggcaggggct caacccctgg attgcacatg atactgcgag actagagtaa 300
tggaggggga accggaattc tcggtgtagc agtgaaatgc gtagatatca cgaagaactc 360
cga 363
<210> 537
<211> 445
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 537
cctacggggg cagcagtcga gaatcattca caatggggga aaccctgatg gtgcgacgcc 60
gcgtggggga atgaaggtct tcggattgta aacccctgtc atgtgggagc aaattaaaaa 120
gatagtacca caagaggaag agacggctaa ctctgtgcca gcagccgcgg taatacagag 180
gtctcaagcg ttgttcggaa tcactgggcg taaagcgtgc gtaggctgtt tcgtaagtcg 240
tgtgtgaaag gcgcgggctc aacccgcgga cggcacatga tactgcgaga ctagagtaat 300
ggagggggaa ccggaattct cggtgtagca gtgaaatgcg tagatatcga gaggaacact 360
cgtggcgaag gcgggttcct ggacattaac tgacgctgag gcacgaaggc caggggagcg 420
aaagggatta gatacccctg tagtc 445
<210> 538
<211> 363
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 538
cctacggggg gcagcagtcg agaatcattc acaatggggg aaaccctgat ggtgcgacgc 60
cgcgtggggg aatgaaggtc ttcggattgt aaacccctgt catgtgggag caaattaaaa 120
agatagtacc acaagaggaa gagacggcta actctgtgcc agcagccgcg gtaatacaga 180
ggtctcaagc gttgttcgga atcactgggc gtaaagcgtg cgtaggctgt ttcgtaagtc 240
gtgtgtgaaa ggcgcgggct caacccgcgg acggcacatg atactgcgag actagagtaa 300
tggaggggga accggaattc tcggtgtagc agtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac 360
cag 363
<210> 539
<211> 363
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 539
cctacgggtg gctgcagtcg agaatcattc acaatggggg aaaccctgat ggtgcgacgc 60
cgcgtggggg aatgaaggtc ttcggattgt aaacccctgt catgtgggag caaattaaaa 120
agatagtacc acaagaggaa gagacggcta actctgtgcc agcagccgcg gtaatacaga 180
ggtctcaagc gttgttcgga atcactgggc gtaaagcgtg cgtaggcggt ttcgtaagtc 240
gtgtgtgaaa ggcgggggct caacccccgg actgcacatg atactgcgag actagagtaa 300
tggaggggga accggaattc tcggtgtagc agtgaaatgc gtagatatcg agaggaacac 360
tcg 363
<210> 540
<211> 257
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 540
cgtgtgcctt ggcagtcgac tagagtttga ttctggctca gaacgaacgc tggcggcgtg 60
gataagacat gcaagtcgaa cgagagaatt gctagcttgc taataattct ctagtggcgc 120
acgggtgagt aacacgtgag taacctgccc ccgagagcgg gatagccctg ggaaactggg 180
attaataccg catagtatcg aaagattaaa gcagcaatgc gcttggggat gggctcgcgg 240
cctattagtt agttggt 257
<210> 541
<211> 409
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 541
aattgctagc ttgctaataa ttctctagtg gcgcacgggt gagtaacacg tgagtaacct 60
gcccccgaga gcgggatagc cctgggaaac tgggattaat accgcatagt atcgaaagat 120
taaagcagca atgcgcttgg ggatgggctc gcggctatta gttagttggt gaggtaacgg 180
ctcaccaagg cgatgacggg tagccggtct gagaggatgt ccggccacac tggaactgag 240
acacggtcca gacacctacg ggtggcagca gtcgagaatc attcacaatg ggggaaaccc 300
tgatggtgcg acgccgcgtg ggggaatgaa ggtcttcgga ttgtaaaccc ctgtcatgtg 360
ggagcaaatt aaaaagatag taccacaaga ggaagagacg gctaactct 409
<210> 542
<211> 249
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 542
agagtttgat catggctcag aacgaacgct ggcggcgtgg ataagacatg caagtcgaac 60
gggagaattg ctagcttgct aataattctc tagtggcgca cgggtgagta acacgtgagt 120
aacctgcctc ttagtggggg atagccctgg gaaaccggga ttaataccgc atacgattga 180
aagatcaaag cagcaatgcg ctaggagatg ggctcgcggc ctattagtta gttggtgagg 240
taacggctc 249
<210> 543
<211> 249
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 543
aacgctggcg gcgtggataa gacatgcaag tcgaacggga gaattgctag cttgctaata 60
attctctagt ggcgcacggg tgagtaacac gtgagtaacc tgcccccaag agtgggatag 120
ccccgggaaa ctgggattaa taccgcataa aatcgcaaga ttaaagcagc aatgcgcttg 180
gggatgggct cgcgtcctat tagttagttg gtgaggtaac ggctcaccaa ggcgatgacg 240
ggtagccgg 249
<210> 544
<211> 249
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 544
agtttgatcc tggctcaaga acgacgctgg cggcgtggat aagacatgca agtcgaacga 60
gagaattgct agcttgctaa taattctcta gtggcgcacg gggtgagtaa cacgtgagta 120
acctgccccc gagagcggga tagccctggg aaactgggat taataccgca tagtatcgaa 180
agattaaagc agcaatgcgc ttgggatggg ctcgcggcct attagttagt tggtgaggta 240
acggctcac 249
<210> 545
<211> 158
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 545
ggcagcagtc gaagaatcat tcaacaaggt acgggggaaa ccctgatggt gcgacgccgc 60
ggtgggggaa tgaaggtctt cggattgtaa acccctgtca tgtgggagca aattaaaaag 120
atagtaccac aagaggaaga gacggctaac tctgtgcc 158
<210> 546
<211> 222
<212> DNA
<213> 嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)
<400> 546
gatgacgggt agccggtctg agaggatgtc cggccacact ggaactgaga cacggtccag 60
acacctacgg tggcagcagt cgagaatcat tcacaatggg ggaaaccctg atggtgcgac 120
gccgcgtggg ggaatgaagg tcttcggatt gtaaacccct gtcatgtggg agcaaattaa 180
aaagatagta ccacaagagg aagagacggc taactctgtg cc 222
<210> 547
<211> 250
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 547
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcatcagtt tggtttgctt gcaaaccaaa gctggcgacc ggcgcacggg tgagtaacac 120
gtatccaacc tacctcatac tcggggatag cctttcgaaa gaaagattaa tatccgatag 180
catatatttc ccgcatgggt tttatattaa agaaattcgg tatgagatgg ggatgcgttc 240
cattagtttg 250
<210> 548
<211> 229
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 548
agagtttgat catggctcag gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcatcagtt tggtttgctt gcaaaccaaa gctggcgacc ggcgcacggg tgagtaacac 120
gtatccaacc tgcctcatac tcggggatag cctttcgaaa gaaagattaa tatccgatag 180
catatatttc ccgcatgggt tttatattaa agaaattcgg tatgagatg 229
<210> 549
<211> 187
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 549
agttgtgaaa gtttgcggct caaccgtaaa attgcagttg atactggcag tcttgagtgc 60
agtagaggtg ggcggaattc gtggtgtagc ggtgaaatgc ttagatatca cgaagaactc 120
cgattgcgaa ggcagctcac tggagtgtaa ctgacgctga tgctcgaaag tgtgggtatc 180
aaacagg 187
<210> 550
<211> 253
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 550
tacggaggat ccgagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta ggcggattgt 60
taagtcagtt gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggcagtctt 120
gagtgcagta gaggtgggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa 180
gaactccgat tgcgaaggca gctcactgga gtgtaactga cgctgatgct cgaaagtgtg 240
ggtatcaaac agg 253
<210> 551
<211> 252
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 551
tacggaaggt ccgggcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta ggcggattgt 60
taagtcagtt gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggcagtctt 120
gagtgcagta gaggtgggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa 180
gaactccgat tgcgaaggca gctcactgga gtgtaactga cgctgatgct cgaaagtgtg 240
ggtatcaaac ag 252
<210> 552
<211> 251
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 552
tacggaggat ccgagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta ggcggattgt 60
taagtcagtt gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggcagtctt 120
gagtgcagta gaggtgggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa 180
gaactccgat tgcgaaggca gctcactgga gtgtaactga cgctgatgct cgaaggccag 240
gggagcgaaa g 251
<210> 553
<211> 253
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 553
tacggaggat ccgagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta ggcggattgt 60
taagtcagtt gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggcagtctt 120
gagtgcagta gaggtgggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa 180
gaactccgat tgcgaaggca gctcactgga gtgtaactga cgctgatgct cgaaagtgtg 240
ggtatcaaac agg 253
<210> 554
<211> 120
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 554
tgaggaatat tggtcaatgg acgcgagtct gaaccagcca agtagcgtga aggatgactg 60
ccctatgggt tgtaaacttc ttttatatgg gaataaagtt gtccacgtgt ggatttttgt 120
<210> 555
<211> 111
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 555
cgaggaatat tggtcaatgg acgcgagtct gaaccagcca agtagcgtga aggatgactg 60
ccctatgggt tgtaaacttc ttttatatgg gaataaagtt gtccacgtgt g 111
<210> 556
<211> 460
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 556
cctacgggag gcagcagtga ggaatattgg tcaatggacg cgagtctgaa ccagccaagt 60
agcgtgaagg atgactgccc tatgggttgt aaacttcttt tatatgggaa taaagtggtc 120
cacgtgtgga cttttgtatg taccatatga ataaggatcg gctaactccg tgccagcagc 180
cgcggtaata cggaggatcc gagcgttatc cggatttatt gggtttaaag ggagcgtagg 240
cggattgtta agtcagttgt gaaagtttgc ggctcaaccg taaaattgca gttgatactg 300
gcagtcttga gtgcagtaga ggtgggcgga attcgtggtg tagcggtgaa atgcttagat 360
atcacgaaga actccgattg cgaaggcagc tcactggagt gtaactgacg ctgatgctcg 420
aaagtgtggg tatcaaacag gattagatac cctggtagtc 460
<210> 557
<211> 257
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 557
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcatcagtt tggtttgctt 60
gcaaaccaaa gctggcgacc ggcgcacggg tgagtaacac gtatccaacc tgcctcatac 120
tcggggatag cctttcgaaa gaaagattaa tatccgatag catatatttc ccgcatgggt 180
tttatattaa agaaattcgg tatgagatgg ggatgcgttc cattagtttg ttggcggggt 240
aacggcccca ccaagac 257
<210> 558
<211> 237
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 558
aagactacga tggatagggg ttctgagagg aaggtccccc acattggaac tgagacacgg 60
tccaaactcc tacgggaggc agcagtgagg aatattggtc aatggacgcg agtctgaacc 120
agccaagtag cgtgaaggat gactgcccta tgggttgtaa acttctttta tatgggaata 180
aagtggtcca cgtgtggact tttgtatgta ccatatgaat aaggatcggc taactcc 237
<210> 559
<211> 266
<212> DNA
<213> 粪拟杆菌(Bacteroides caccae)
<400> 559
gtttgtgggg ggtaacggcc caccaagact acgatggata ggggttctga gaggaaggtc 60
ccccacattg gaactgagac acggtccaaa ctcctacggg aggcagcagt gaggaatatt 120
ggtcaatgga cgcgagtctg aaccagccaa gtagcgtgaa ggatgactgc cctatgggtt 180
gtaaacttct tttatatggg aataaagtgg tccacgtgtg gacttttgta tgtaccatat 240
gaataaggat cggctaactc cgtgcc 266
<210> 560
<211> 301
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 560
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcgataggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcagcgaga tgtagcaata cgtcgtcggc gaccggcgaa tgggtgagta acacgtatgc 120
aacttacctc ttagtggtga ataacccgat gaaagtcgga ctaatacacc atactctcct 180
tagatcacat gagaagagga ggaaagatta atcgctaaga gataggcctg cgttccatta 240
gctagttggt aaggtaacgg cttaccaagg caacgatgga tagggggact gagaggttga 300
c 301
<210> 561
<211> 229
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 561
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcgataggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcagcgaga tgtagcaata cgtcgtcggc gaccggcgaa tgggtgagta acacgtatgc 120
aacttacctc ttagaggtga ataacccgat gaaagtcgga ctaatacacc atatactcct 180
tgggtcacat gaattgagga ggaaagattt atcgctaaga gataggcct 229
<210> 562
<211> 229
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 562
agagtttgat catggctcag gatgaacgct agcgataggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcagcgaga tgtagcaata cgtcgtcggc gaccggcgaa tgggtgagta acacgtatgc 120
aacttacctc ttagtggtga ataactcgat gaaagtcgaa ctaatacacc atactctcct 180
tagctcacat gagcagagga ggaaagatta atcgctaaga gataggcct 229
<210> 563
<211> 177
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 563
tatgcgcctt gccagcccgc tcaggtgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatgcgag 60
cgttatccgg aattattggg tttaaagggt gcgtaggttg caagggaagt caggggtgaa 120
aagctgtagc tcaactatgg tcttgccttt gaaactctct agctagagtg tactgga 177
<210> 564
<211> 253
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 564
tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct atagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
gaactccgat tgcgcaggca gcgtactaca ttacaactga cactgaagca cgaaagcgtg 240
ggtatccaac agg 253
<210> 565
<211> 253
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 565
tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct gtagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
gaactccgat tgcgcaggca gcgtactaca ttacaactga cactgaagca cgaaagcgtg 240
ggtatccaac agg 253
<210> 566
<211> 253
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 566
tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct atagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
gaactccgat tgcgcaggca gcgtactaca ttacaactga cactgaagca cgaaagcgtg 240
ggtatcaaac agg 253
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 567
tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct gtagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
gaactccgat tgcgcaggca gcgtactaca ttacaactga cactgaagca cgaaagcgtg 240
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 568
tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct gtagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
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<212> DNA
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tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct atagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
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tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
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gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
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ggtatccaac agg 253
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<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 571
tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct atagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
gaactccgat tgcgcaggca gcgtactaca ttacaactga cactgaagca cgaaagcgtg 240
ggtatcaaac agg 253
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
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tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtcgcgtga aggaagactg 60
cccgcaaggg ttgtaaactt cttttgtatg ggattaaagt cgtctacgtg tagacgtttg 120
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 573
tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtcgcgtga aggaagactg 60
cccgcaaggg ttgtaaactt cttttgtatg ggattaaagt cacctacgtg taggtgttgc 120
agttaccata cgaataagca tcggctaact ccgtgcc 157
<210> 574
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 574
tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtcgcgtga aggaagactg 60
cccgcaaggg ttgtaaactt cttttgtatg ggattaaagt cgtctacgtg tagacgtttg 120
cagttaccat acgataagca tcggctaact ccgtg 155
<210> 575
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 575
cctacgggtg gctgcagtgg ggaattttgc acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc 60
cgcgtgattt agaaggcctt cgggttgtaa aaatcttttc tatgggaaga aaatgacagt 120
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gca 363
<210> 576
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 576
cctacgggag gctgcagccg cggtaatacg gaggatgcga gcgttatccg gaattattgg 60
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 577
cctacgggag gcagcagtga ggaatattgg tcaatgggcg agagcctgaa ccagccaagt 60
cgcgtgaagg aagactgccc gcaagggttg taaacttctt ttgtatggga ttaaagtcgt 120
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 578
cctacggggg gctgcagtga ggaatattgg tcaatgggcg agagcctgaa ccagccaagt 60
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
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cctacgggag gcagcagtga ggaatattgg tcaatgggcg agagcctgaa ccagccaagt 60
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
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cctacgggtg gcagcagtga ggaatattgg tcaatgggcg agagcctgaa ccagccaagt 60
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 581
taggtcacat gaagtagagg aggaaagatt taatcgctaa gagataggcc tgcgttccat 60
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<210> 582
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 582
tgagaagagg aggaaagatt aatcgctaag agatgggcct gcgttccatt agctagttgg 60
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<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 583
cctacgggag gcagcagtga ggaatattgg tcaatgggcg agagcctgaa ccagccaagt 60
cgcgtgaagg aagactgccc gcaagggttg taaacttctt ttgtatggga ttaaagtcac 120
ctacgtgtag gtgtttgcag ttaccatacg aataagcatc ggctaactcc 170
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<211> 315
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 584
atgagaagag gaggaaagat taatcgctaa gagatggcct gcgttccatt agctagttgg 60
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ttgacactga gatacgggtc aaactcctac gggaggcagc agtgaggaat attggtcaat 180
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gcatcggcta actcc 315
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<211> 257
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 585
gatgaacgct agcgataggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcgaga tgtagcaata 60
cgtcgtcggc gaccggcgaa tgggtgagta acacgtatgc aacttacctc ttagaggtga 120
ataacccgat gaaagtcgga ctaatacacc atatactcct tgggtcacat gaattgagga 180
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cttaccaagg caacgat 257
<210> 586
<211> 257
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 586
ttatggctca ggatgaacgc tagcgatagg cttaacacat gcaagtcgag gggcagcgag 60
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tgagaagagg aggaaagatt aatcgctaag agataggcct gcgttccatt agctagttgg 240
taaggtaacg gcttacc 257
<210> 587
<211> 328
<212> DNA
<213> 卟啉单胞菌属(Porphyromonas sp.)
<400> 587
ttagatcaca tgagaagagg aggaaagatt atcgctaaga gataggcctg cgttccatta 60
gctagttggt aagtaacggc ttaccaaggc aacgatggat agggggactg agaggttgac 120
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<210> 588
<211> 229
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 588
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcggaact aacagattta cttcggtaat gacgttagga aagcgagcgg cggatgggtg 120
agtaacacgt ggggaacctg ccccatagtc tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata 180
ccggataaga aagcagatcg catgatcagc ttttaaaagg cggcgtaag 229
<210> 589
<211> 503
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 589
agagtttgat catggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcgttggccc aattgattga tggtgcttgc acctgattga ttttggtcgc caacgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggtaacctg cccagaagcg ggggacaaca tttggaaaca 180
gatgctaata ccgcataaca gcgttgttcg catgaacaac gcttaaaaga tggcttctcg 240
ctatcacttc tggatggacc tgcggtgcat tagcttgttg gtggggtaac ggcctaccaa 300
ggcgatgatg catagccgag ttgagagact gatcggccac aatgggactg agacacggcc 360
catactccta cgggaggcag cagtagggaa tcttccacaa tgggcgcaag cctgatggag 420
caacaccgcg tgagtgaaga agggtttcgg ctcgtaaagc tctgttgtta aagaagaaca 480
cgtatgagag taactgttca tac 503
<210> 590
<211> 229
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 590
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcttgcct agatgaattt ggtgcttgca ccaaatgaaa ctagatacaa gcgagcggcg 120
gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc caagagactg ggataacacc tggaaacaga 180
tgctaatacc ggataacaac actagacgca tgtctagagt ttaaaagat 229
<210> 591
<211> 516
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 591
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcgttgaccc aattgattga tggtgcttgc acctgattga ttttggtcgc caacgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggtaacctg cccagaagcg ggggacaaca tttggaaaca 180
gatgctaata ccgcataaca acgttgttcg catgaacaac gcttaaaaga tggcttctcg 240
ctatcacttc tggatggacc tgcggtgcat tagcttgttg gtggggtaat ggcctaccaa 300
ggcgatgatg catagccgag ttgagagact gatcggccac aatgggactg agacacggcc 360
catactccta cgggaggcag cagtagggaa tcttccacaa tgggcgcaag cctgatggag 420
caacaccgcg tgagtgaaga agggtttcgg ctcgtaaagc tctgttgtta aagaagaaca 480
cgtatgagag taactgttca tacgttgacg gtattt 516
<210> 592
<211> 372
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 592
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcttgcct agatgaattt ggtgcttgca ccaaatgaaa ctagatacaa gcgagcggcg 120
gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc caagagactg ggataacacc tggaaacaga 180
tgctaatacc ggataacaac actagacgca tgtctagagt ttaaaagatg gttctgctat 240
cactcttgga tggacctgcg gtgcattagc tagttggtaa ggtaacggct taccaaggca 300
atgatgcata gccgagttga gagactgatc ggccacattg ggactgagac acggcccaaa 360
ctcctacggg ag 372
<210> 593
<211> 229
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 593
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcgttggcct aattgattga tggtgcttgc acctgattga ttttggtcgc caacgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggtaacctg cccagaagcg ggggacaaca tttggaaaca 180
gatgctaata ccgcataaca gcgttgttcg catgaacaac gcttaaaag 229
<210> 594
<211> 229
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 594
agagtttgat catagctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagctgaatt caaagatccc ttcggggtga tttgttggat gctagcggcg gatgggtgag 120
taacacgtgg gcaatctgcc ctaaagactg ggataccact tggaaacagg tgctaatacc 180
ggataacaac atgaatcgca tgattcaagt ttgaaaggcg gcgtaagct 229
<210> 595
<211> 229
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 595
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaaacttctt tatcaccgag tgcttgcact cgccgataaa gagttgagtg gcgaacgggt 120
gagtaacacg tgggcaacct gcccaaaaga gggggataac acttggaaac aggtgctaat 180
accgcataac catagttacc gcatggtaac tatgtaaaag gtggctatg 229
<210> 596
<211> 229
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 596
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcggaacc aacagattta cttcggtaat gacgttggga aagcgagcgg cggatgggtg 120
agtaacacgt ggggaacctg cccctaagtc tgggatacca tttggaaaca ggtgctaata 180
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<210> 597
<211> 252
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 597
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agagaatgta ggcggtttat 60
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gaatgcagaa gaggaaagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctttctggt ctgtaactga cgctgagatt cgaaagcatg 240
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<210> 598
<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 598
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttgct 60
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<210> 599
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<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 599
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagtgca ggcggttcaa 60
taagtctgat gtgaaagcct tcggctcaac cggagaattg catcagaaac tgttgaactt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctctctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac ag 252
<210> 600
<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 600
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggaaaga 60
taagtctgat gtgaaagccc tcggctcaac cgaggaattg catcggaaac tgtgtttctt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctctctggt ctgtaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac agg 253
<210> 601
<211> 252
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 601
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agggaacgca ggcggtcttt 60
taagtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cggagtagtg cattggaaac tgggagactt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaagcg gctctctggt ctgtaactga cgctgaggtt cgaaagcgtg 240
ggtagcaaac ag 252
<210> 602
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 602
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agagaatgta ggcggtttat 60
taagtttgaa gtgaaagccc tcggctcaac cgaggaagtg cttcgaaaac tggtaaactt 120
gagtgcagaa gaggaaagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctttctggt ctgtaactga cgctgagatt cgaaagcatg 240
ggtagcaaac a 251
<210> 603
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 603
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttgct 60
taggtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cgaagaagtg catcggaaac cgggcgactt 120
gagtacagga gaggtaagtg gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctctctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 604
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 604
tacgtaggga gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggtttct 60
taggtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cggagaagtg catcggaaac caggagactt 120
gagtgcagaa gaggacagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgtaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 605
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 605
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttgct 60
taggtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cgaagaagtg catcggaaac cgggcgactt 120
gagtggagta gaggcaagcg gaattccgag tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctctctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 606
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 606
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggaagaa 60
taagtctgat gtgaaagccc tcggcttaac cgaggaactg catcggaaac tgtttttctt 120
gagtatcgga gaggcaatcg gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 607
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 607
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggattga 60
taagtctgat gtgaaagcct tcggctcaac cgaagaactg catcagaaac tgtcaatctt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctctctggt ctgtaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
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<210> 608
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 608
tacgtagggg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggaagaa 60
taagtctgat gtgaaagcct tcggctcaac cggagaattg catcagaaac tgtttttctt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctctctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 609
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 609
tacagaggtc tcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agggaacgca ggcggtcttt 60
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gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaagcg gctctctggt ctgtaactga cgctgaggca cgaaagcgtg 240
gggagcaaac a 251
<210> 610
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 610
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagtgca ggcggttgct 60
taggtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cgaagaagtg catcggaaac tgtttttctt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 611
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 611
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggaagaa 60
taagtctgat gtgaaagccc tcggcttaac cgaggaactg cattggaaac tgccagtctt 120
gagtgccgga gaggtaagcg gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 612
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 612
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggaagaa 60
taagtctgat gtgaaagccc tcggcttaac cgaggaactg catcggaaac tgtcgaacta 120
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gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 613
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 613
tacgtaggtc ccgagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agggaacgca ggcggtcttt 60
taagtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cggagtagtg cattggaaac tggaagactt 120
gagtgcagaa aaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag 180
gaacaccagt ggcgaaagcg gctctctggt ctgtaactga cgctgaggtt cgaaagcgtg 240
ggtagcaaac a 251
<210> 614
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 614
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggaagaa 60
taagtctgat gtgaaagccc tcggcttaac cgaggaactg catcggaaac tgttgaactt 120
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gggagcaaac a 251
<210> 615
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 615
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttgct 60
taggtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cgaagaagtg catcggaaac cgggcgactt 120
gagtgaagta gaggcaggcg gaattccccg tgtagcggtg aaatgcgtag agatggggag 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 616
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 616
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agggaacgca ggcggtcttt 60
taagtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cggagtagtg cattggaaac tgtcaaactt 120
gagtgcagaa ggggagagtg gaattccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggag 180
gaacaccggt ggcgaaagcg gctctctggt ctgtaactga cgctgaggtt cgaaagcgtg 240
ggtagcaaac a 251
<210> 617
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 617
tacgtaggga gcgagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggaagaa 60
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ggtagcgaac a 251
<210> 618
<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 618
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggaaaaa 60
taagtctaat gtgaaagccc tcggcttaac cgaggaattg catcggaaac tgtttttctt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctctctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac agg 253
<210> 619
<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 619
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttgct 60
taggtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cgaagaaggg catcggaaac cgggcgactt 120
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<210> 620
<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 620
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agggaacgca ggcggtcttt 60
taagtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cggagtagtg cattggaaac tggaagactt 120
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gggagcgaac agg 253
<210> 621
<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 621
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttttt 60
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gggagcgaac agg 253
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<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 622
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttcaa 60
taagtctgat gtgaaagccc tcggctcaac cggagaattg catcagaaac tgttgaactt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctctctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac agg 253
<210> 623
<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 623
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttttt 60
taagtctgat gtgaaagccc tcggcttaac cgaggaattg catcggaaac tgggaaactt 120
gagtgcagaa gaggaaagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg gctgtctggt ctgtaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac agg 253
<210> 624
<211> 253
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 624
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agcgagcgca ggcggttgct 60
taggtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cgaagaagtg catcggaaac cgggcgactt 120
gagtgcagaa gaggacagtg gaactccatg tgtagcggtg gaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaggcg actgtctggt ctgcaactga cgctgaggct cgaaagcatg 240
ggtagcgaac agg 253
<210> 625
<211> 251
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 625
tacgtaggtg gcaagcgtta tccggattta ttgggcgtaa agggaacgca ggcggttctt 60
taagtctgat gtgaaagcct tcggcttaac cgaagatgtg cattggaaac tggggaactt 120
gagtgcagaa gaggagagtg gaactccatg tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggaa 180
gaacaccagt ggcgaaagcg gctctctggt ctgtaactga cgctgaggtt cgaaagcgtg 240
ggtagcgaac a 251
<210> 626
<211> 120
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 626
tagggaatct tccacaatgg acgcaagtct gatggagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaagctct gttgttggtg aagaaggata gaggtagtaa ctggccttta 120
<210> 627
<211> 111
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 627
cgagagatac cctacgggag cagcagtagg ggaatcttcc acaatggacg caagtctgat 60
ggagcaacgc cgcgtgagtg aagaaggttt tcggatcgta aagctctgtt g 111
<210> 628
<211> 94
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 628
ctacgtaaaa ctctgttgtt agagaagaac agccgtgaga gcaactgctc atggtatgac 60
ggtatctaac cagaaagtca cggctaacta cgtg 94
<210> 629
<211> 111
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 629
tagggaatct tccacatgga cgaaagtctg atggagcaac gccgcgtgag tgaagaaggg 60
tttcggctcg taaaactctg ttgttagaga agaacagccg tgagagcaac t 111
<210> 630
<211> 111
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 630
tagggaatct tccacatgga cgcaagtctg atggagcaac gccgcgtgag tgaagaaggt 60
tttcggatcg taaagctctg ttgttggtga agaaggatag aggcagtaac t 111
<210> 631
<211> 465
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 631
cctacggggg gctgcagtag ggaatcttcc acaatggacg caagtctgat ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg aagaaggttt tcggatcgta aagctctgtt gttggtgaag aaggatagag 120
gtagtaactg gcctttattt gacggtaatc aaccagaaag tcacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcag taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggat ttattgggcg taaagcgagc 240
gcaggcggaa aaataagtct aatgtgaaag ccctcggctt aaccgaggaa ttgcatcgga 300
aactgttttt cttgagtgca gaagaggaga gtggaactcc atgtgtagcg gtggaatgcg 360
tagatatatg gaagaacacc agtggcgaag gcggctctct ggtctgcaac tgacgctgag 420
gctcgaaagc atgggtagcg aacaggatta gataccctgg tagtc 465
<210> 632
<211> 465
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 632
cctacgggag gcagcagtag ggaatcttcc acaatgggcg caagcctgat ggagcaacac 60
cgcgtgagtg aagaagggtt tcggctcgta aagctctgtt gttggagaag aacgtgcgtg 120
agagtaactg ttcacgcagt gacggtatcc aacccgaaag tcacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacggag gtggcaagcg ttatccggat ttattgggcg taaagcgagc 240
gcaggcgggt gcttaggtct gatgtgaaag ccttcggctt aaccgaagaa gggcatcgga 300
aaccgggcga cttgagtgca gaagaggaca gtggaactcc atgtgtagcg gtggaatgcg 360
tagatatatg gaagaacacc agtggcgaag gcggctgtct ggtctgcaac tgacgctgag 420
gctcgaaagc atgggtagcg aacaggatta gataccctgg tagtc 465
<210> 633
<211> 465
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<220>
<221> misc_feature
<222> (2)..(2)
<223> n是a, c, g或t
<400> 633
cntacgggtg gcagcagtag ggaatcttcc acaatgggcg caagcctgat ggagcaacac 60
cgcgtgagtg aagaagggct tcggctcgta aagctctgtt gttggagaag aacgtgcgta 120
agagtaactg tttacgcagt gacggtatcc aaccagaaag tcacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttatccggat ttattgggcg taaagcgagc 240
gcaggcggtt gcttaggtct gatgtgaaag ccttcggctt aaccgaagaa gtgcatcgga 300
aaccgggcga cttgagtgca gaagaggaca gtggaactcc atgtgtagcg gtggaatgcg 360
tagatatatg gaagaacacc agtggcgaag gcggctgtct ggtctgcaac tgacgctgag 420
gctcgaaagc atgggtagcg aacaggatta gataccctgg tagtc 465
<210> 634
<211> 465
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 634
cctacgggag gctgcagtag ggaatcttcc acaatgggcg caagcctgat ggagcaacac 60
cgcgtgagtg aagaagggtt tcggctcgta aagctctgtt gttggagaag aatatgcgtg 120
agagtaactg ttcacgcagt gacggtatcc aaccagaaag tcacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttatccggat ttattgggcg taaagcgagc 240
gcaggcggtt gcttaggtct gatgtgaaag ccttcggctt aaccgaagaa gtgcatcgga 300
aaccgggcga cttgagtgca gaagaggaca gtggaactcc atgtgtagcg gtggaatgcg 360
tagatatatg gaagaacacc agtggcgaag gcgactgtct ggtctgcaac tgacgctgag 420
gctcgaaagc atgggtagcg aacaggatta gataccctgg tagtc 465
<210> 635
<211> 464
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 635
cctacggggg gcagcagtag ggaatcttcc acaatggacg caagtctgat ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg aagaagggtt tcggctcgta aagctctgtt ggtagtgaag aaagatagag 120
gtagtaactg gcctttattt gacggtaatt acttagaaag tcacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttgtccggat ttattgggcg taaagcgagt 240
gcaggcggtt caataagtct gatgtgaaag ccttcggctc aaccggagaa ttgcatcaga 300
aactgttgaa cttgagtgca gaagaggaga gtggaactcc atgtgtagcg gtggaatgcg 360
tagatatatg gaagaacacc agtggcgaag gcggctctct ggtctgcaac tgacgctgag 420
gctcgaaagc atgggtagcg aacaggatta gataccctgt agtc 464
<210> 636
<211> 465
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 636
cctacggggg gcagcagtag ggaatcttcc acaatggacg caagtctgat ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg aagaagggtt tcggctcgta aagctctgtt gttggtgaag aaggacaggg 120
gtagtaactg acctttgttt gacggtaatc aattagaaag tcacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggat ttattgggcg taaagcgagt 240
gcaggcggtt cgataagtct gatgtgaaag ccttcggctc aaccggagaa ttgcatcaga 300
aactgtcgag cttgagtaca gaagaggaga gtggaactcc atgtgtagcg gtgaaatgcg 360
tagatatatg gaagaacacc ggtggcgaag gcggctctct ggtctgttac tgacgctgag 420
gctcgaaagc atgggtagcg aacaggatta gataccccag tagtc 465
<210> 637
<211> 363
<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 637
cctacgggtg gctgcagtag ggaatcttcc acaatgggcg caagcctgat ggagcaacac 60
cgcgtgagtg aagaagggtt tcggctcgta aagctctgtt gttggagaag aacgtgcgtg 120
agagtaactg ttcacgcagt gacggtatcc aaccagaaag tcacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttatccggat ttattgggcg taaagcgagc 240
gcaggcggtt gcttaggtct gatgtgaaag ccttcggctt aaccgaagaa gtgcatcgga 300
aaccgggcga cttgagtgca gaagaggaca gtggaactcc atgtgtagcg gtggaatgcg 360
tag 363
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<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
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cctacgggtg gctgcagtag ggaatcttcc acaatggacg caagtctgat ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg aagaagggtt tcggctcgta aagctctgtt ggtagtgaag aaagatagag 120
gtagtaactg gcctttattt gacggtaatt acttagaaag tcacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggat ttattgggcg taaagcgagt 240
gcaggcggtt caataagtct gatgtgaaag ccttcggctc aaccggagaa ttgcatcaga 300
aactgttgaa cttgagtgca gaagaggaga gtggaactcc atgtgtagcg gtggaatgcg 360
tag 363
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<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
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cctacgggag gctgcagtag ggaatcttcc acaatggacg aaagtctgat ggagcaacgc 60
cgcgtgagtg aagaaggttt taggatcgta aaactctgtt gttggagaag aacagggact 120
agagtaactg ttagtccttt gacggtatcc aaccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca 180
gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggat ttattgggcg taaagcgagc 240
gcaggcggac cggcaagttg gaagtgaaaa ctatgggctc aacccataaa ttgctttcaa 300
aactgttttt cttgagtagt gcagaggtag gcggaattcc cggtgtagcg gtggaatgcg 360
tag 363
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<212> DNA
<213> 乳杆菌属(Lactobacillus sp.)
<400> 640
ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag gcagcagtag ggaatcttcc 60
acaatggacg caagtctgat ggagcaacgc cgcgtgagtg aagaagggtt tcggctcgta 120
aagctctgtt ggtagtgaag aaagatagag gtagtaactg gcctttattt gacggtaatt 180
acttagaaag tcacggctaa ctac 204
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<211> 397
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<213> 米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)
<400> 641
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gtgatttttg tggaaattct ttcgggaatg gaaatgaaat gaaagtggcg aacgggtgag 120
taacacgtga gcaacctacc ttacacaggg ggatagccgt tggaaacgac gattaatacc 180
gcatgagacc acagaatcgc atgatatagg ggtcaaagat ttatcggtgt aagaagggct 240
cgcgtctgat tagctagttg gaagggtaaa ggcctaccaa ggcgacgatc agtagccggt 300
ctgagaggat gaacggccac attggaactg agacacggtc caaactccta cgggaggcag 360
cagtggggaa tattgcacaa tggggggaac cctgatg 397
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<212> DNA
<213> 米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)
<400> 642
gaaactggaa gacttgagtg aaggagagga aagtggaatt cctagtgtag cggtgaaatg 60
cgtagatatt aggaggaata ccggtggcga aggcgacttt ctggtacttt tactgacgct 120
caggtacgaa agcgtgggga gcaaacagg 149
<210> 643
<211> 252
<212> DNA
<213> 米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)
<400> 643
tacgtatggg gcgagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agggtacgta ggcggttttt 60
taagtcaggt gtgaaagcgt gaggcttaac ctcattaagc acttgaaact ggaagacttg 120
agtgaaggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg 180
aataccggtg gcgaaggcga ctttctggac ttttactgac gctcaggtac gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 644
<211> 252
<212> DNA
<213> 米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)
<400> 644
tacgtatggg gcgagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agggtacgta ggcggttttt 60
taagtcaggt gtgaaagcgt gaggcttaac ctcattaagc acttgaaact ggaagacttg 120
agtgaaggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg 180
aataccggtg gcgaaggcga ctttctggac ttttactgac gctcaggtac gaaagcgtgg 240
ggagcaaaca gg 252
<210> 645
<211> 438
<212> DNA
<213> 米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)
<400> 645
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg gaaccctgat gcagcgacgc 60
cgcgtgagcg aagaaggttt tcgaatcgta aagctctgtc ctatgagaag ataatgacgg 120
tatcatagag gaagccccgg ctaaatacgt gccagcagcc gcggtaatac gtatggggcg 180
agcgttgtcc ggaattattg ggcgtaaagg gtacgtaggc ggttttttaa gtcaggtgtg 240
aaagcgtgag gcttaacctc attaagcact tgaaactgga agacttgagt gaaggagagg 300
aaagtggaat tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaggaat accggtggcg 360
aaggcgactt tctggacttt tactgacgct caggtacgaa agcgtgggga gcaaacagga 420
ttagataccc tggtagtc 438
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<211> 460
<212> DNA
<213> 米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)
<400> 646
gcgtgcttaa cacatgcaag tcgaacgtga tttttgtgga aattctttcg ggaatggaaa 60
tgaaatgaaa gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagcaa cctaccttac acagggggat 120
agccgttgga aacgacgatt aataccgcat gagaccacag aatcgcatga tataggggtc 180
aaagatttat cggtgtaaga agggctcgcg tctgattagc tagttggaag gtaaaggcct 240
accaaggcga cgatcagtag ccggtctgag aggatgaacg gccacattgg aactgagaca 300
cggtccaaac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg ggaaccctga 360
tgcagcgacg ccgcgtgagc gaagaaggtt ttcgaatcgt aaagctctgt cctatgagaa 420
gataatgacg gtatcatagg aggaagcccc ggctaaatac 460
<210> 647
<211> 462
<212> DNA
<213> 米卡瑞帕危氏菌(Parvimonas micra)
<400> 647
cgtgcttaac acatgcaagt cgaacgtgat ttttgtggaa atctttcggg aatggaaatg 60
aaatgaaagt ggcgaacggt gagtaacacg tgagcaacct acctacacag ggggatagcc 120
gttggaaacg acgattaata ccgcatgaga ccacagaatc gcatgatata ggggtcaaag 180
atttatcggt gtaagaaggg ctcgcgtctg attagctagt tggaagggta aaggcctacc 240
aaggcgacga tcagtagccg gtctgagagg atgaacggcc acattggaac tgagacacgg 300
tccaaactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgcac aatgggggga accctgatgc 360
agcgacgccg cgtgagcgaa gaaggttttc gaatcgtaaa gctctgtcct atgagaagat 420
aatgacggta tcataggagg aagccccggc taaatacgtg cc 462
<210> 648
<211> 252
<212> DNA
<213> 口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatisa)
<400> 648
tacgtagggg gctagcgtta tccggattta ctgggcgtaa agggtgcgta ggtggtcctt 60
caagtcggtg gttaaaggct acggctcaac cgtagtaagc cgccgaaact ggaggacttg 120
agtgcaggag aggaaagtgg aattcccagt gtagcggtga aatgcgtaga tattgggagg 180
aacaccagta gcgaaggcgg ctttctggac tgcaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
gtagcaaaca gg 252
<210> 649
<211> 252
<212> DNA
<213> 口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatisa)
<400> 649
tacgtagggg gctagcgtta tccggattta ctgggcgtaa agggtgcgta ggtggtcctt 60
caagtcggtg gttaaaggct acggctcaac cgtagtaagc cgccgaaact ggaggacttg 120
agtgcaggag aggaaagtgg aattcccagt gtagcggtga aatgcgtaga tattgggagg 180
aacaccagta gcgaaggcgg ctttctggac tgcaactgac actgaggcac gaaagcgtgg 240
gtagcaaaca gg 252
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<212> DNA
<213> 口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatisa)
<400> 650
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga acgatgaagg 60
tcttcggatc gtaaagttct gttgcagggg aagataatga cggtaccctg tgaggaagcc 120
ccggctaact acgtgcc 137
<210> 651
<211> 135
<212> DNA
<213> 口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatisa)
<400> 651
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga acgatgaagg 60
tcttcggatc gtaaagttct gttgcagggg aagataatga cggtaccctg tgaggaagcc 120
ccggctaact acgtg 135
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<211> 439
<212> DNA
<213> 口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatisa)
<400> 652
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcaacgc 60
cgcgtgaacg atgaaggtct tcggatcgta aagttctgtt gcaggggaag ataatgacgg 120
taccctgtga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc 180
tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg tggtccttca agtcggtggt 240
taaaggctac ggctcaaccg tagtaagccg ccgaaactgg aggacttgag tgcaggagag 300
gaaagtggaa ttcccagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttgggaggaa caccagtagc 360
gaaggcggct ttctggactg caactgacac tgaggcacga aagcgtgggt agcaaacagg 420
attagatacc ctggtagtc 439
<210> 653
<211> 311
<212> DNA
<213> 口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatisa)
<400> 653
aatatatatt tgcggcatcg cagatatatc aaagtgttag cggtatagga tggacccgcg 60
tctgattagc tagttggtga gataactgcc caccaaggcg acgatcagta gccgacctga 120
gagggtgatc ggccacattg gaactgagac acggtccaaa ctcctacggg aggcagcagt 180
ggggaatatt gcacaatggg cgaaagcctg atgcagcaac gccgcgtgaa cgatgaaggt 240
cttcggatcg taaagttctg ttgcagggga agataatgac ggtaccctgt gaggaagccc 300
cggctaacta c 311
<210> 654
<211> 247
<212> DNA
<213> 口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatisa)
<400> 654
ctagttggtg agataactgc ccaccaaggc gacgatcagt agccgacctg agagggtgat 60
cggccacatt ggaactgaga cacggtccaa actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 120
tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga acgatgaagg tcttcggatc 180
gtaaagttct gttgcagggg aagataatga cggtaccctg tgaggaagcc ccggctaact 240
acgtgcc 247
<210> 655
<211> 253
<212> DNA
<213> 不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica)
<400> 655
tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct gtagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
gaactccgat tgcgcaggca gcgtactaca ttacaactga cactgaagca cgaaagcgtg 240
ggtatccaac agg 253
<210> 656
<211> 253
<212> DNA
<213> 不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica)
<400> 656
tacggaggat gcgagcgtta tccggaatta ttgggtttaa agggtgcgta ggttgcaagg 60
gaagtcaggg gtgaaaagct gtagctcaac tatggtcttg cctttgaaac tctctagcta 120
gagtgtactg gaggtacgtg gaacgtgtgg tgtagcggtg aaatgcatag atatcacaca 180
gaactccgat tgcgcaggca gcgtactaca ttacaactga cactgaagca cgaaagcgtg 240
ggtatccaac agg 253
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<211> 157
<212> DNA
<213> 不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica)
<400> 657
tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtcgcgtga aggaagactg 60
cccgcaaggg ttgtaaactt cttttgtatg ggattaaagt cacctacgtg taggtgttgc 120
agttaccata cgaataagca tcggctaact ccgtgcc 157
<210> 658
<211> 156
<212> DNA
<213> 不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica)
<400> 658
tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtcgcgtga aggaagactg 60
cccgcaaggg ttgtaaactt cttttgtatg ggattaaagt cacctacgtg taggtgtttg 120
cagttaccat acgaataagc atcggctaac tccgtg 156
<210> 659
<211> 461
<212> DNA
<213> 不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica)
<400> 659
cctacgggag gcagcagtga ggaatattgg tcaatgggcg agagcctgaa ccagccaagt 60
cgcgtgaagg aagactgccc gcaagggttg taaacttctt ttgtatggga ttaaagtcac 120
ctacgtgtag gtgtttgcag ttaccatacg aataagcatc ggctaactcc gtgccagcag 180
ccgcggtaat acggaggatg cgagcgttat ccggaattat tgggtttaaa gggtgcgtag 240
gttgcaaggg aagtcagggg tgaaaagctg tagctcaact atggtcttgc ctttgaaact 300
ctctagctag agtgtactgg aggtacgtgg aacgtgtggt gtagcggtga aatgcataga 360
tatcacacag aactccgatt gcgcaggcag cgtactacat tacaactgac actgaagcac 420
gaaagcgtgg gtatccaaca ggattagata ccctggtagt c 461
<210> 660
<211> 170
<212> DNA
<213> 不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica)
<400> 660
cctacgggag gcagcagtga ggaatattgg tcaatgggcg agagcctgaa ccagccaagt 60
cgcgtgaagg aagactgccc gcaagggttg taaacttctt ttgtatggga ttaaagtcac 120
ctacgtgtag gtgtttgcag ttaccatacg aataagcatc ggctaactcc 170
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构造的PCR引物27F
<400> 661
agagtttgat cctggctcag 20
<210> 662
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构造的PCR引物533R
<400> 662
ttaccgcggc tgctggcac 19
<210> 663
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构造的16S rRNA细菌通用PCR
正向引物
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(8)
<223> n是a, c, g或t
<400> 663
nnnnnnnncc tacgggaggc agcag 25
<210> 664
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构造的16S rRNA细菌通用PCR
反向引物
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(8)
<223> n是a, c, g或t
<400> 664
nnnnnnnnat taccgcggct gct 23
<210> 665
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构造的V3F正向PCR引物
<400> 665
tacggraggc agcag 15
<210> 666
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成构造的V4R反向PCR引物
<400> 666
ggactaccag ggtatctaat 20
Claims (18)
1.一种用于诊断对象结直肠癌(CRC)或结直肠腺瘤(CRA)的方法，包括：
获取对象的肠道样品；
处理所述肠道样品以获取16S rRNA基因序列数据；
测定肠道样品中一种或多种微生物和/或操作分类单元(OTU)的水平，包括分析16SrRNA基因序列数据；
当肠道样品中两种或更多种微生物和/或OTU的水平高于对照样品时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险；
其中，所述两种或更多种微生物和/或OTU选自表1中列出的微生物和/或OTU。
2.如权利要求1所述的方法，所述两种或更多种微生物和/或OTU选自以下OTU标识：OTU1167、OTU3191、OTU2573、OTU1044、OTU567和OTU1873。
3.如权利要求1所述的方法，所述两种或更多种微生物和/或OTU选自以下OTU标识：OTU1167、OTU2790、OTU3191和OTU1044。
4.如权利要求1所述的方法，其中，分析16S rRNA基因序列数据的步骤包括提取肠道样品中的微生物多核苷酸，对肠道样品中提取的16S rRNA多核苷酸进行测序，将对象肠道样品的16S rRNA序列与StrainSelect数据库中的参照序列进行比对，并用SS-UP执行从头聚类。
5.如权利要求4所述的方法，其中，用SS-UP分析16S rRNA基因序列数据的步骤提供微生物和/或OTU的菌株水平分辨率。
6.如权利要求4所述的方法，其中，用SS-UP分析16S rRNA基因序列数据的步骤包括用SS-UP提供至少约80％的受试者操作特征曲线下面积(AUROC)。
7.如权利要求4所述的方法，其中，相比QIIME-CR提供的物种水平分辨率，用SS-UP分析16S rRNA基因序列数据的步骤提供OTU的菌株水平分辨率。
8.如权利要求1所述的方法，其中，测定一种或多种微生物和/或OTU水平的步骤包括进行检测，所述检测包括多个寡核苷酸与表1中的OTU多核苷酸序列杂交。
9.如权利要求8所述的方法，其中，所述多个寡核苷酸包括与SEQ ID NO:1-660中至少其一选择性杂交的寡核苷酸。
10.如权利要求8所述的方法，其中，所述一种或多种微生物和/或OTU选自：OTU1167(SEQ ID NO:641-647)、OTU3191(SEQ ID NO:291-513)、OTU1873(648-654)、OTU2573(SEQID NO:8-14)、OTU567(SEQ ID NO:655-660)和OTU1044(SEQ ID NO:15-25)。
11.如权利要求8所述的方法，其中，所述一种或多种微生物和/或OTU选自：OTU1167(SEQ ID NO:641-647)、OTU3191(SEQ ID NO:291-513)、OTU2790(SEQ ID NO:191-248)和OTU1044(SEQ ID NO:15-25)。
12.如权利要求1所述的方法，其中，当肠道样品中两种或更多种微生物和/或OTU的水平比对照样品高至少约5％时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。
13.如权利要求1所述的方法，其中，当肠道样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平比对照样品按log2差异倍数高至少约1.2倍时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。
14.如权利要求1所述的方法，其中，当肠道样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平比对照样品高至少约2倍时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。
15.如权利要求1所述的方法，其中，所述对照样品是采集自至少5名健康个体的肠道样品。
16.如权利要求1所述的方法，其中，所述肠道样品是粪便样品。
17.如权利要求1所述的方法，所述方法包括当粪便样品中两种或更多种微生物的水平高于对照样品时将对象诊断为具有CRC或存在发生CRC的风险。
18.一种诊断对象CRC或CRA的工具，包含多个与OTU1167(SEQ ID NO:641-647)、OTU3191(SEQ ID NO:291-513)、OTU1873(648-654)、OTU2573(SEQ ID NO:8-14)、OTU567(SEQ ID NO:655-660)和OTU1044(SEQ ID NO:15-25)各自的至少一个OTU互补的寡核苷酸。
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