CN110453001B - 1073个snp位点在结核分枝杆菌谱系3中的应用 - Google Patents

1073个snp位点在结核分枝杆菌谱系3中的应用 Download PDF

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Abstract

本发明涉及SNP分子标记领域，具体而言，提供了1073个SNP位点在结核分枝杆菌谱系3中的应用。发明人从NCBI数据库获得30个结核分枝杆菌谱系3的全基因组数据，在此基础上进行比对，构建结核分枝杆菌谱系3的进化树后，通过设置Fst系数筛选出最能代表结核分枝杆菌谱系3进化树上每一分枝的共1073个SNP位点。该1073个SNP位点对结核分枝杆菌谱系3的亚谱系判断、菌株水平鉴定和进化分析，甚至是成簇菌株分析都具有重要意义，用于检测这1073个SNP位点的物质及其构成的试剂盒与相关的检测方法都能实现结核分枝杆菌谱系3的亚谱系判断、菌株水平鉴定和进化分析。

Description

1073个SNP位点在结核分枝杆菌谱系3中的应用
技术领域
本发明涉及SNP分子标记领域，具体而言，涉及1073个SNP位点在结核分枝杆菌谱系3中的应用。
背景技术
结核病(tuberculosis,TB)是由结核分枝杆菌感染引起的慢性传染病。引起结核病的病原菌为结核分枝杆菌(M.TBs)，目前M.TB分为7个谱系(lineage 1-lineage 7)，与lineage 2和lineage 4相比，lineage 3古老、致病性弱、数量少、在全球流行区域局限，并且遗传多态性等遗传进化规律的研究极其落后。因此，有必要对结核分枝杆菌的谱系3进行细分，实现其菌株水平鉴定。
目前，结核分枝杆菌的分型方法主要有：数目可变串联重复序列(variablenumber tandem repeats VNTR)分型、单核苷酸多态性(SNP)分型，以及全基因组序列(Whole Genomic Sequences,WGS)分析技术。
VNTR是最常用的分型方法，该方法实现了结核分枝杆菌菌株水平鉴定，操作简单、便捷，只需提取24个基因位点信息就可对其分型，并且结果易判读，然而，该方法存在同源异质性的缺点。
WGS技术是目前M.TB最好的基因分型方法，不但具有高分辨率，而且克服了同源异质性的缺点，但是运用全部基因组信息分析运算量庞大。
有鉴于此，特提出本发明。
发明内容
本发明的第一目的在于提供1073个SNP位点在结核分枝杆菌谱系3中的应用，以缓解现有技术中缺少相关SNP位点的问题。
本发明的第二目的在于提供用于检测1073个SNP位点的物质在结核分枝杆菌谱系3中的应用，以缓解现有技术中缺少结核分枝杆菌谱系3进行菌株水平鉴定或进化分析或亚谱系的产品的问题。
本发明的第三目的在于提供一种对结核分枝杆菌谱系3进行亚谱系判断或菌株水平鉴定或进化分析的试剂盒和方法，实现结核分枝杆菌谱系3菌株水平的准确鉴定，具有更高的分辨率，同时克服了同源异质性和数据繁杂的缺点。
为了实现本发明的上述目的，特采用以下技术方案：
1073个SNP位点针对结核分枝杆菌谱系3，在如下至少一种中的应用：
1)亚谱系判断；
2)菌株水平鉴定；
3)进化分析；
上述1073个SNP位点的物理位置来源于Accesion Number为NC_000962.3的结核分枝杆菌H37Rv的全基因组序列；
具体包括：
SNP位点1为结核分枝杆菌的染色体的1419位点，序列为C/G；
SNP位点2为结核分枝杆菌的染色体的1829位点，序列为T/C；
SNP位点3为结核分枝杆菌的染色体的2039位点，序列为G/C；
SNP位点4为结核分枝杆菌的染色体的3446位点，序列为C/T；
SNP位点5为结核分枝杆菌的染色体的9341位点，序列为C/T；
SNP位点6为结核分枝杆菌的染色体的10043位点，序列为C/G；
SNP位点7为结核分枝杆菌的染色体的10407位点，序列为G/T；
SNP位点8为结核分枝杆菌的染色体的11410位点，序列为G/A；
SNP位点9为结核分枝杆菌的染色体的12297位点，序列为C/T；
SNP位点10为结核分枝杆菌的染色体的12990位点，序列为G/A；
SNP位点11为结核分枝杆菌的染色体的13376位点，序列为C/G；
SNP位点12为结核分枝杆菌的染色体的16643位点，序列为C/T；
SNP位点13为结核分枝杆菌的染色体的17842位点，序列为G/C；
SNP位点14为结核分枝杆菌的染色体的24007位点，序列为G/T；
SNP位点15为结核分枝杆菌的染色体的24904位点，序列为G/A；
SNP位点16为结核分枝杆菌的染色体的28082位点，序列为G/C；
SNP位点17为结核分枝杆菌的染色体的37450位点，序列为C/G；
SNP位点18为结核分枝杆菌的染色体的39030位点，序列为C/T；
SNP位点19为结核分枝杆菌的染色体的40675位点，序列为C/G；
SNP位点20为结核分枝杆菌的染色体的42519位点，序列为C/G；
SNP位点21为结核分枝杆菌的染色体的47241位点，序列为C/G；
SNP位点22为结核分枝杆菌的染色体的53128位点，序列为A/C；
SNP位点23为结核分枝杆菌的染色体的59223位点，序列为C/T；
SNP位点24为结核分枝杆菌的染色体的61742位点，序列为G/C；
SNP位点25为结核分枝杆菌的染色体的63885位点，序列为A/G；
SNP位点26为结核分枝杆菌的染色体的65083位点，序列为G/A；
SNP位点27为结核分枝杆菌的染色体的65631位点，序列为G/A；
SNP位点28为结核分枝杆菌的染色体的66632位点，序列为C/T；
SNP位点29为结核分枝杆菌的染色体的68380位点，序列为T/G；
SNP位点30为结核分枝杆菌的染色体的79379位点，序列为A/C；
SNP位点31为结核分枝杆菌的染色体的83069位点，序列为T/C；
SNP位点32为结核分枝杆菌的染色体的84931位点，序列为A/G；
SNP位点33为结核分枝杆菌的染色体的89451位点，序列为C/A；
SNP位点34为结核分枝杆菌的染色体的93729位点，序列为C/G；
SNP位点35为结核分枝杆菌的染色体的99223位点，序列为C/G；
SNP位点36为结核分枝杆菌的染色体的99604位点，序列为C/G；
SNP位点37为结核分枝杆菌的染色体的99870位点，序列为C/A；
SNP位点38为结核分枝杆菌的染色体的100029位点，序列为G/C；
SNP位点39为结核分枝杆菌的染色体的100137位点，序列为T/C；
SNP位点40为结核分枝杆菌的染色体的100465位点，序列为C/G；
SNP位点41为结核分枝杆菌的染色体的101314位点，序列为G/A；
SNP位点42为结核分枝杆菌的染色体的103930位点，序列为G/C；
SNP位点43为结核分枝杆菌的染色体的104830位点，序列为C/A；
SNP位点44为结核分枝杆菌的染色体的111821位点，序列为C/T；
SNP位点45为结核分枝杆菌的染色体的113872位点，序列为C/T；
SNP位点46为结核分枝杆菌的染色体的117389位点，序列为C/T；
SNP位点47为结核分枝杆菌的染色体的117566位点，序列为T/G；
SNP位点48为结核分枝杆菌的染色体的122499位点，序列为C/T；
SNP位点49为结核分枝杆菌的染色体的123745位点，序列为G/A；
SNP位点50为结核分枝杆菌的染色体的130693位点，序列为C/G；
SNP位点51为结核分枝杆菌的染色体的132954位点，序列为C/G；
SNP位点52为结核分枝杆菌的染色体的133524位点，序列为G/A；
SNP位点53为结核分枝杆菌的染色体的135503位点，序列为G/A；
SNP位点54为结核分枝杆菌的染色体的140750位点，序列为G/C；
SNP位点55为结核分枝杆菌的染色体的142113位点，序列为C/G；
SNP位点56为结核分枝杆菌的染色体的144865位点，序列为C/T；
SNP位点57为结核分枝杆菌的染色体的145164位点，序列为G/C；
SNP位点58为结核分枝杆菌的染色体的149838位点，序列为C/A；
SNP位点59为结核分枝杆菌的染色体的153818位点，序列为G/C；
SNP位点60为结核分枝杆菌的染色体的160736位点，序列为C/G；
SNP位点61为结核分枝杆菌的染色体的168176位点，序列为G/T；
SNP位点62为结核分枝杆菌的染色体的170277位点，序列为C/T；
SNP位点63为结核分枝杆菌的染色体的175911位点，序列为C/A；
SNP位点64为结核分枝杆菌的染色体的187990位点，序列为C/A；
SNP位点65为结核分枝杆菌的染色体的198401位点，序列为G/T；
SNP位点66为结核分枝杆菌的染色体的200736位点，序列为A/G；
SNP位点67为结核分枝杆菌的染色体的204866位点，序列为T/G；
SNP位点68为结核分枝杆菌的染色体的206128位点，序列为C/G；
SNP位点69为结核分枝杆菌的染色体的206386位点，序列为T/C；
SNP位点70为结核分枝杆菌的染色体的208425位点，序列为C/T；
SNP位点71为结核分枝杆菌的染色体的208811位点，序列为G/A；
SNP位点72为结核分枝杆菌的染色体的218816位点，序列为G/C；
SNP位点73为结核分枝杆菌的染色体的231581位点，序列为G/A；
SNP位点74为结核分枝杆菌的染色体的233212位点，序列为C/T；
SNP位点75为结核分枝杆菌的染色体的233238位点，序列为C/T；
SNP位点76为结核分枝杆菌的染色体的233963位点，序列为A/G；
SNP位点77为结核分枝杆菌的染色体的235716位点，序列为T/C；
SNP位点78为结核分枝杆菌的染色体的237116位点，序列为C/T；
SNP位点79为结核分枝杆菌的染色体的241758位点，序列为G/A；
SNP位点80为结核分枝杆菌的染色体的257071位点，序列为C/T；
SNP位点81为结核分枝杆菌的染色体的267617位点，序列为C/T；
SNP位点82为结核分枝杆菌的染色体的276633位点，序列为C/T；
SNP位点83为结核分枝杆菌的染色体的283496位点，序列为G/A；
SNP位点84为结核分枝杆菌的染色体的284146位点，序列为T/G；
SNP位点85为结核分枝杆菌的染色体的288715位点，序列为C/T；
SNP位点86为结核分枝杆菌的染色体的301839位点，序列为C/T；
SNP位点87为结核分枝杆菌的染色体的304045位点，序列为G/A；
SNP位点88为结核分枝杆菌的染色体的307823位点，序列为G/A；
SNP位点89为结核分枝杆菌的染色体的310972位点，序列为C/T；
SNP位点90为结核分枝杆菌的染色体的316184位点，序列为C/G；
SNP位点91为结核分枝杆菌的染色体的323414位点，序列为T/C；
SNP位点92为结核分枝杆菌的染色体的327789位点，序列为C/T；
SNP位点93为结核分枝杆菌的染色体的330340位点，序列为G/A；
SNP位点94为结核分枝杆菌的染色体的330710位点，序列为A/G；
SNP位点95为结核分枝杆菌的染色体的332231位点，序列为G/A；
SNP位点96为结核分枝杆菌的染色体的332522位点，序列为G/C；
SNP位点97为结核分枝杆菌的染色体的334151位点，序列为A/G；
SNP位点98为结核分枝杆菌的染色体的334153位点，序列为T/C；
SNP位点99为结核分枝杆菌的染色体的335642位点，序列为A/G；
SNP位点100为结核分枝杆菌的染色体的335643位点，序列为G/T；
SNP位点101为结核分枝杆菌的染色体的335651位点，序列为G/C；
SNP位点102为结核分枝杆菌的染色体的335654位点，序列为G/A；
SNP位点103为结核分枝杆菌的染色体的335847位点，序列为C/A；
SNP位点104为结核分枝杆菌的染色体的335919位点，序列为T/G；
SNP位点105为结核分枝杆菌的染色体的335920位点，序列为C/G；
SNP位点106为结核分枝杆菌的染色体的335922位点，序列为C/G；
SNP位点107为结核分枝杆菌的染色体的335927位点，序列为A/G；
SNP位点108为结核分枝杆菌的染色体的335929位点，序列为T/C；
SNP位点109为结核分枝杆菌的染色体的336728位点，序列为G/A；
SNP位点110为结核分枝杆菌的染色体的336957位点，序列为T/C；
SNP位点111为结核分枝杆菌的染色体的336975位点，序列为T/G；
SNP位点112为结核分枝杆菌的染色体的336976位点，序列为T/C；
SNP位点113为结核分枝杆菌的染色体的338561位点，序列为G/A；
SNP位点114为结核分枝杆菌的染色体的338618位点，序列为C/G；
SNP位点115为结核分枝杆菌的染色体的338648位点，序列为T/G；
SNP位点116为结核分枝杆菌的染色体的338669位点，序列为T/C；
SNP位点117为结核分枝杆菌的染色体的338682位点，序列为T/G；
SNP位点118为结核分枝杆菌的染色体的338683位点，序列为C/G；
SNP位点119为结核分枝杆菌的染色体的338685位点，序列为C/G；
SNP位点120为结核分枝杆菌的染色体的338690位点，序列为A/G；
SNP位点121为结核分枝杆菌的染色体的338692位点，序列为T/C；
SNP位点122为结核分枝杆菌的染色体的338810位点，序列为G/C；
SNP位点123为结核分枝杆菌的染色体的338876位点，序列为G/A；
SNP位点124为结核分枝杆菌的染色体的338903位点，序列为G/C；
SNP位点125为结核分枝杆菌的染色体的339230位点，序列为G/C；
SNP位点126为结核分枝杆菌的染色体的342381位点，序列为G/A；
SNP位点127为结核分枝杆菌的染色体的342382位点，序列为C/T；
SNP位点128为结核分枝杆菌的染色体的348386位点，序列为C/T；
SNP位点129为结核分枝杆菌的染色体的350088位点，序列为C/A；
SNP位点130为结核分枝杆菌的染色体的350388位点，序列为G/T；
SNP位点131为结核分枝杆菌的染色体的353197位点，序列为C/T；
SNP位点132为结核分枝杆菌的染色体的358567位点，序列为C/T；
SNP位点133为结核分枝杆菌的染色体的367508位点，序列为C/G；
SNP位点134为结核分枝杆菌的染色体的369886位点，序列为C/G；
SNP位点135为结核分枝杆菌的染色体的371102位点，序列为A/T；
SNP位点136为结核分枝杆菌的染色体的379028位点，序列为G/A；
SNP位点137为结核分枝杆菌的染色体的390447位点，序列为G/C；
SNP位点138为结核分枝杆菌的染色体的390593位点，序列为C/A；
SNP位点139为结核分枝杆菌的染色体的394767位点，序列为C/A；
SNP位点140为结核分枝杆菌的染色体的402836位点，序列为G/A；
SNP位点141为结核分枝杆菌的染色体的404845位点，序列为A/C；
SNP位点142为结核分枝杆菌的染色体的409532位点，序列为C/A；
SNP位点143为结核分枝杆菌的染色体的409554位点，序列为C/G；
SNP位点144为结核分枝杆菌的染色体的411274位点，序列为G/C；
SNP位点145为结核分枝杆菌的染色体的411819位点，序列为C/T；
SNP位点146为结核分枝杆菌的染色体的415693位点，序列为G/A；
SNP位点147为结核分枝杆菌的染色体的417810位点，序列为C/T；
SNP位点148为结核分枝杆菌的染色体的422678位点，序列为G/A；
SNP位点149为结核分枝杆菌的染色体的428921位点，序列为G/A；
SNP位点150为结核分枝杆菌的染色体的430561位点，序列为G/T；
SNP位点151为结核分枝杆菌的染色体的430674位点，序列为T/C；
SNP位点152为结核分枝杆菌的染色体的431525位点，序列为T/G；
SNP位点153为结核分枝杆菌的染色体的431587位点，序列为C/G；
SNP位点154为结核分枝杆菌的染色体的433727位点，序列为C/G；
SNP位点155为结核分枝杆菌的染色体的442689位点，序列为T/C；
SNP位点156为结核分枝杆菌的染色体的455024位点，序列为G/A；
SNP位点157为结核分枝杆菌的染色体的457392位点，序列为G/A；
SNP位点158为结核分枝杆菌的染色体的466808位点，序列为G/C；
SNP位点159为结核分枝杆菌的染色体的473310位点，序列为A/G；
SNP位点160为结核分枝杆菌的染色体的475987位点，序列为C/T；
SNP位点161为结核分枝杆菌的染色体的476612位点，序列为G/A；
SNP位点162为结核分枝杆菌的染色体的480350位点，序列为T/G；
SNP位点163为结核分枝杆菌的染色体的482268位点，序列为T/C；
SNP位点164为结核分枝杆菌的染色体的484623位点，序列为G/A；
SNP位点165为结核分枝杆菌的染色体的485730位点，序列为C/T；
SNP位点166为结核分枝杆菌的染色体的491940位点，序列为T/C；
SNP位点167为结核分枝杆菌的染色体的495890位点，序列为C/T；
SNP位点168为结核分枝杆菌的染色体的519183位点，序列为C/T；
SNP位点169为结核分枝杆菌的染色体的519844位点，序列为C/T；
SNP位点170为结核分枝杆菌的染色体的521871位点，序列为C/T；
SNP位点171为结核分枝杆菌的染色体的523541位点，序列为C/G；
SNP位点172为结核分枝杆菌的染色体的541153位点，序列为C/T；
SNP位点173为结核分枝杆菌的染色体的542104位点，序列为C/A；
SNP位点174为结核分枝杆菌的染色体的549873位点，序列为C/T；
SNP位点175为结核分枝杆菌的染色体的550630位点，序列为T/C；
SNP位点176为结核分枝杆菌的染色体的551206位点，序列为T/C；
SNP位点177为结核分枝杆菌的染色体的555492位点，序列为G/A；
SNP位点178为结核分枝杆菌的染色体的573699位点，序列为C/A；
SNP位点179为结核分枝杆菌的染色体的575920位点，序列为C/T；
SNP位点180为结核分枝杆菌的染色体的580797位点，序列为A/AG；
SNP位点181为结核分枝杆菌的染色体的597411位点，序列为G/C；
SNP位点182为结核分枝杆菌的染色体的608684位点，序列为C/G；
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SNP位点900为结核分枝杆菌的染色体的3842392位点，序列为G/C；
SNP位点901为结核分枝杆菌的染色体的3842394位点，序列为T/G；
SNP位点902为结核分枝杆菌的染色体的3842425位点，序列为T/A；
SNP位点903为结核分枝杆菌的染色体的3842611位点，序列为G/A；
SNP位点904为结核分枝杆菌的染色体的3846749位点，序列为G/C；
SNP位点905为结核分枝杆菌的染色体的3847215位点，序列为T/C；
SNP位点906为结核分枝杆菌的染色体的3847221位点，序列为T/C；
SNP位点907为结核分枝杆菌的染色体的3862850位点，序列为G/A；
SNP位点908为结核分枝杆菌的染色体的3865296位点，序列为C/T；
SNP位点909为结核分枝杆菌的染色体的3868506位点，序列为C/T；
SNP位点910为结核分枝杆菌的染色体的3876570位点，序列为T/C；
SNP位点911为结核分枝杆菌的染色体的3880175位点，序列为C/A；
SNP位点912为结核分枝杆菌的染色体的3880778位点，序列为G/A；
SNP位点913为结核分枝杆菌的染色体的3881709位点，序列为A/G；
SNP位点914为结核分枝杆菌的染色体的3882905位点，序列为A/C；
SNP位点915为结核分枝杆菌的染色体的3883796位点，序列为G/T；
SNP位点916为结核分枝杆菌的染色体的3883797位点，序列为G/A；
SNP位点917为结核分枝杆菌的染色体的3884697位点，序列为C/G；
SNP位点918为结核分枝杆菌的染色体的3892234位点，序列为T/G；
SNP位点919为结核分枝杆菌的染色体的3892897位点，序列为A/G；
SNP位点920为结核分枝杆菌的染色体的3894980位点，序列为C/T；
SNP位点921为结核分枝杆菌的染色体的3895146位点，序列为G/A；
SNP位点922为结核分枝杆菌的染色体的3895149位点，序列为A/G；
SNP位点923为结核分枝杆菌的染色体的3895150位点，序列为G/T；
SNP位点924为结核分枝杆菌的染色体的3895151位点，序列为T/G；
SNP位点925为结核分枝杆菌的染色体的3895157位点，序列为A/G；
SNP位点926为结核分枝杆菌的染色体的3895158位点，序列为G/C；
SNP位点927为结核分枝杆菌的染色体的3895159位点，序列为C/T；
SNP位点928为结核分枝杆菌的染色体的3895442位点，序列为G/A；
SNP位点929为结核分枝杆菌的染色体的3902119位点，序列为A/T；
SNP位点930为结核分枝杆菌的染色体的3929350位点，序列为T/A；
SNP位点931为结核分枝杆菌的染色体的3930442位点，序列为G/A；
SNP位点932为结核分枝杆菌的染色体的3931139位点，序列为T/C；
SNP位点933为结核分枝杆菌的染色体的3935494位点，序列为C/A；
SNP位点934为结核分枝杆菌的染色体的3937848位点，序列为A/G；
SNP位点935为结核分枝杆菌的染色体的3940932位点，序列为G/A；
SNP位点936为结核分枝杆菌的染色体的3941572位点，序列为C/G；
SNP位点937为结核分枝杆菌的染色体的3945928位点，序列为T/C；
SNP位点938为结核分枝杆菌的染色体的3947395位点，序列为G/A；
SNP位点939为结核分枝杆菌的染色体的3952753位点，序列为G/C；
SNP位点940为结核分枝杆菌的染色体的3958971位点，序列为G/A；
SNP位点941为结核分枝杆菌的染色体的3960322位点，序列为C/G；
SNP位点942为结核分枝杆菌的染色体的3964930位点，序列为C/T；
SNP位点943为结核分枝杆菌的染色体的3967507位点，序列为G/A；
SNP位点944为结核分枝杆菌的染色体的3970123位点，序列为A/G；
SNP位点945为结核分枝杆菌的染色体的3971609位点，序列为T/G；
SNP位点946为结核分枝杆菌的染色体的3976472位点，序列为C/T；
SNP位点947为结核分枝杆菌的染色体的3990093位点，序列为C/T；
SNP位点948为结核分枝杆菌的染色体的4004896位点，序列为G/A；
SNP位点949为结核分枝杆菌的染色体的4005360位点，序列为C/A；
SNP位点950为结核分枝杆菌的染色体的4007272位点，序列为G/A；
SNP位点951为结核分枝杆菌的染色体的4013858位点，序列为C/T；
SNP位点952为结核分枝杆菌的染色体的4023049位点，序列为G/A；
SNP位点953为结核分枝杆菌的染色体的4033364位点，序列为A/T；
SNP位点954为结核分枝杆菌的染色体的4034433位点，序列为C/T；
SNP位点955为结核分枝杆菌的染色体的4040753位点，序列为C/T；
SNP位点956为结核分枝杆菌的染色体的4043248位点，序列为C/T；
SNP位点957为结核分枝杆菌的染色体的4053050位点，序列为A/G；
SNP位点958为结核分枝杆菌的染色体的4058792位点，序列为T/G；
SNP位点959为结核分枝杆菌的染色体的4060100位点，序列为G/A；
SNP位点960为结核分枝杆菌的染色体的4062293位点，序列为C/A；
SNP位点961为结核分枝杆菌的染色体的4075145位点，序列为G/C；
SNP位点962为结核分枝杆菌的染色体的4078056位点，序列为G/C；
SNP位点963为结核分枝杆菌的染色体的4082366位点，序列为G/C；
SNP位点964为结核分枝杆菌的染色体的4083340位点，序列为G/A；
SNP位点965为结核分枝杆菌的染色体的4087495位点，序列为A/G；
SNP位点966为结核分枝杆菌的染色体的4087880位点，序列为G/A；
SNP位点967为结核分枝杆菌的染色体的4090453位点，序列为C/G；
SNP位点968为结核分枝杆菌的染色体的4090890位点，序列为G/T；
SNP位点969为结核分枝杆菌的染色体的4097569位点，序列为G/T；
SNP位点970为结核分枝杆菌的染色体的4099286位点，序列为G/A；
SNP位点971为结核分枝杆菌的染色体的4101865位点，序列为G/C；
SNP位点972为结核分枝杆菌的染色体的4111038位点，序列为T/A；
SNP位点973为结核分枝杆菌的染色体的4111598位点，序列为G/A；
SNP位点974为结核分枝杆菌的染色体的4124254位点，序列为C/G；
SNP位点975为结核分枝杆菌的染色体的4127714位点，序列为A/C；
SNP位点976为结核分枝杆菌的染色体的4131236位点，序列为G/A；
SNP位点977为结核分枝杆菌的染色体的4131262位点，序列为G/C；
SNP位点978为结核分枝杆菌的染色体的4132509位点，序列为G/A；
SNP位点979为结核分枝杆菌的染色体的4135702位点，序列为C/T；
SNP位点980为结核分枝杆菌的染色体的4138622位点，序列为G/A；
SNP位点981为结核分枝杆菌的染色体的4147047位点，序列为G/C；
SNP位点982为结核分枝杆菌的染色体的4147994位点，序列为T/C；
SNP位点983为结核分枝杆菌的染色体的4148499位点，序列为C/T；
SNP位点984为结核分枝杆菌的染色体的4151014位点，序列为A/G；
SNP位点985为结核分枝杆菌的染色体的4152025位点，序列为G/A；
SNP位点986为结核分枝杆菌的染色体的4153475位点，序列为G/C；
SNP位点987为结核分枝杆菌的染色体的4156742位点，序列为A/G；
SNP位点988为结核分枝杆菌的染色体的4157512位点，序列为C/T；
SNP位点989为结核分枝杆菌的染色体的4159398位点，序列为A/G；
SNP位点990为结核分枝杆菌的染色体的4161737位点，序列为C/G；
SNP位点991为结核分枝杆菌的染色体的4165432位点，序列为G/A；
SNP位点992为结核分枝杆菌的染色体的4166290位点，序列为G/A；
SNP位点993为结核分枝杆菌的染色体的4170240位点，序列为G/A；
SNP位点994为结核分枝杆菌的染色体的4171788位点，序列为A/C；
SNP位点995为结核分枝杆菌的染色体的4172086位点，序列为T/C；
SNP位点996为结核分枝杆菌的染色体的4174388位点，序列为G/C；
SNP位点997为结核分枝杆菌的染色体的4180075位点，序列为G/A；
SNP位点998为结核分枝杆菌的染色体的4183734位点，序列为G/A；
SNP位点999为结核分枝杆菌的染色体的4185055位点，序列为G/A；
SNP位点1000为结核分枝杆菌的染色体的4199398位点，序列为G/A；
SNP位点1001为结核分枝杆菌的染色体的4201963位点，序列为G/T；
SNP位点1002为结核分枝杆菌的染色体的4204478位点，序列为G/T；
SNP位点1003为结核分枝杆菌的染色体的4206960位点，序列为G/A；
SNP位点1004为结核分枝杆菌的染色体的4208317位点，序列为T/G；
SNP位点1005为结核分枝杆菌的染色体的4220393位点，序列为G/C；
SNP位点1006为结核分枝杆菌的染色体的4221849位点，序列为G/A；
SNP位点1007为结核分枝杆菌的染色体的4225225位点，序列为C/G；
SNP位点1008为结核分枝杆菌的染色体的4225865位点，序列为T/C；
SNP位点1009为结核分枝杆菌的染色体的4230333位点，序列为G/A；
SNP位点1010为结核分枝杆菌的染色体的4232273位点，序列为G/A；
SNP位点1011为结核分枝杆菌的染色体的4235277位点，序列为C/G；
SNP位点1012为结核分枝杆菌的染色体的4237558位点，序列为G/C；
SNP位点1013为结核分枝杆菌的染色体的4247919位点，序列为G/A；
SNP位点1014为结核分枝杆菌的染色体的4249195位点，序列为C/A；
SNP位点1015为结核分枝杆菌的染色体的4249334位点，序列为G/A；
SNP位点1016为结核分枝杆菌的染色体的4260135位点，序列为G/T；
SNP位点1017为结核分枝杆菌的染色体的4264537位点，序列为C/A；
SNP位点1018为结核分枝杆菌的染色体的4265151位点，序列为C/G；
SNP位点1019为结核分枝杆菌的染色体的4266983位点，序列为G/A；
SNP位点1020为结核分枝杆菌的染色体的4281944位点，序列为G/A；
SNP位点1021为结核分枝杆菌的染色体的4282707位点，序列为C/G；
SNP位点1022为结核分枝杆菌的染色体的4286937位点，序列为C/T；
SNP位点1023为结核分枝杆菌的染色体的4291078位点，序列为G/T；
SNP位点1024为结核分枝杆菌的染色体的4291979位点，序列为T/G；
SNP位点1025为结核分枝杆菌的染色体的4296077位点，序列为G/C；
SNP位点1026为结核分枝杆菌的染色体的4296231位点，序列为G/A；
SNP位点1027为结核分枝杆菌的染色体的4302956位点，序列为G/A；
SNP位点1028为结核分枝杆菌的染色体的4303333位点，序列为A/G；
SNP位点1029为结核分枝杆菌的染色体的4308976位点，序列为G/C；
SNP位点1030为结核分枝杆菌的染色体的4309137位点，序列为C/A；
SNP位点1031为结核分枝杆菌的染色体的4313156位点，序列为G/A；
SNP位点1032为结核分枝杆菌的染色体的4314018位点，序列为G/A；
SNP位点1033为结核分枝杆菌的染色体的4314657位点，序列为C/G；
SNP位点1034为结核分枝杆菌的染色体的4314765位点，序列为G/A；
SNP位点1035为结核分枝杆菌的染色体的4314815位点，序列为C/G；
SNP位点1036为结核分枝杆菌的染色体的4315395位点，序列为G/C；
SNP位点1037为结核分枝杆菌的染色体的4316938位点，序列为C/T；
SNP位点1038为结核分枝杆菌的染色体的4319179位点，序列为G/C；
SNP位点1039为结核分枝杆菌的染色体的4320514位点，序列为G/A；
SNP位点1040为结核分枝杆菌的染色体的4322555位点，序列为T/C；
SNP位点1041为结核分枝杆菌的染色体的4327373位点，序列为A/G；
SNP位点1042为结核分枝杆菌的染色体的4329783位点，序列为G/A；
SNP位点1043为结核分枝杆菌的染色体的4334692位点，序列为C/T；
SNP位点1044为结核分枝杆菌的染色体的4334957位点，序列为G/C；
SNP位点1045为结核分枝杆菌的染色体的4338250位点，序列为G/T；
SNP位点1046为结核分枝杆菌的染色体的4343784位点，序列为G/A；
SNP位点1047为结核分枝杆菌的染色体的4345548位点，序列为G/A；
SNP位点1048为结核分枝杆菌的染色体的4349642位点，序列为G/T；
SNP位点1049为结核分枝杆菌的染色体的4352200位点，序列为G/T；
SNP位点1050为结核分枝杆菌的染色体的4352600位点，序列为A/G；
SNP位点1051为结核分枝杆菌的染色体的4352940位点，序列为C/G；
SNP位点1052为结核分枝杆菌的染色体的4353835位点，序列为C/G；
SNP位点1053为结核分枝杆菌的染色体的4355319位点，序列为C/G；
SNP位点1054为结核分枝杆菌的染色体的4358148位点，序列为G/A；
SNP位点1055为结核分枝杆菌的染色体的4358392位点，序列为G/C；
SNP位点1056为结核分枝杆菌的染色体的4366689位点，序列为C/G；
SNP位点1057为结核分枝杆菌的染色体的4373504位点，序列为G/C；
SNP位点1058为结核分枝杆菌的染色体的4373689位点，序列为C/G；
SNP位点1059为结核分枝杆菌的染色体的4376549位点，序列为C/G；
SNP位点1060为结核分枝杆菌的染色体的4379438位点，序列为T/C；
SNP位点1061为结核分枝杆菌的染色体的4381746位点，序列为G/C；
SNP位点1062为结核分枝杆菌的染色体的4384064位点，序列为C/G；
SNP位点1063为结核分枝杆菌的染色体的4386248位点，序列为G/C；
SNP位点1064为结核分枝杆菌的染色体的4386834位点，序列为C/T；
SNP位点1065为结核分枝杆菌的染色体的4390471位点，序列为C/A；
SNP位点1066为结核分枝杆菌的染色体的4391008位点，序列为G/C；
SNP位点1067为结核分枝杆菌的染色体的4397857位点，序列为A/G；
SNP位点1068为结核分枝杆菌的染色体的4400863位点，序列为G/C；
SNP位点1069为结核分枝杆菌的染色体的4401262位点，序列为C/T；
SNP位点1070为结核分枝杆菌的染色体的4401509位点，序列为C/T；
SNP位点1071为结核分枝杆菌的染色体的4406788位点，序列为G/C；
SNP位点1072为结核分枝杆菌的染色体的4408175位点，序列为C/G；
SNP位点1073为结核分枝杆菌的染色体的4409954位点，序列为G/C。
发明人从NCBI数据库获得30个结核分枝杆菌谱系3的全基因组数据，在此基础上进行比对，构建结核分枝杆菌谱系3的进化树后，通过设置Fst系数筛选出最能代表结核分枝杆菌谱系3进化树上每一分枝的共1073个SNP位点，该1073个SNP位点以NC_000962.3的结核分枝杆菌H37Rv的全基因组序列为基础进行定义和定位的。由于本发明提供的1073个SNP位点在最大程度上体现了结核分枝杆菌谱系3的关键信息，所以，对待研究的结核分枝杆菌的上述上述1073个SNP位点进行检测，对得到的检测数据进行分析，就可以结核分枝杆菌谱系3的分型，具体为实现菌株水平的鉴定或进化分析或是亚谱系判断。可以理解的是，对未知具体分类的结核分枝杆菌谱系3菌株进行上述1073个SNP位点的检测，经对比，可以得知该菌株具体属于哪一种亚谱系，进一步精确到菌株水平的分型，同时通过进化树等手段的分析得知菌株的进化信息。
用于检测1073个SNP位点的物质针对结核分枝杆菌谱系3，在如下任一种中的应用：
1)亚谱系判断的产品；
2)菌株水平鉴定的产品；
3)进化分析的产品；
此处的1073个SNP位点为上述具体列举的1073个SNP位点。
本发明提供的1073个SNP位点将NCBI数据库中30个结核分枝杆菌谱系3的分为3个亚谱系。此外，本发明提供的1073个SNP位点也可以实现结核分枝杆菌的菌株水平鉴定。研究证实，本发明提供的1073个SNP位点和全部的8900个SNP位点的分辨能力基本相当。此外，由于本发明提供的SNP位点数量远远小于现有技术中所需的SNP位点数量，所以又大大降低了SNP的检测数量与成本。因此，开发制备用于检测该1073个SNP位点的物质，并且制备成检测产品，例如试剂或试剂盒，这对结核分枝杆菌谱系3的亚谱系判断或是菌株水平鉴定或是进化分析都有的重要意义。
在优选地实施方式中，用于检测1073个SNP位点的物质包括PCR引物、芯片、生物传感器或分子探针。可以理解的是，可以采用现有技术中能够对SNP位点进行检测的物质对该1073个SNP位点检测，例如但不限于PCR引物、芯片、生物传感器或分子探针，不同形式的检测物质也就对应了不同的检测手段，例如PCR或芯片法的检测形式，都可以将检测引物或芯片制备成试剂或试剂盒的产品形式，试剂或试剂盒还可以包括检测用的其他常规材料，例如缓冲液、聚合酶、dNTPS等等。
一种对结核分枝杆菌谱系3进行亚谱系判断和/或菌株水平鉴定和/或进化分析的试剂盒，包括上述用于检测1073个SNP位点的物质。利用用于检测1073个SNP位点的物质制备成产品形式的试剂盒，方便1073个SNP位点的检测以及操作的规范和模块化，该试剂盒准确率高，实用性强。
在优选地实施方式中，物质包括PCR引物、芯片、生物传感器或分子探针。
一种对结核分枝杆菌谱系3进行亚谱系判断和/或菌株水平鉴定和/或进化分析的方法，对本发明提供的1073个SNP位点进行检测，构建进化树进行分析。该方法将未知菌株的1073个SNP位点对应位置的碱基检测提取出来，再与本发明中已知的序列构建进化树，如果是同一谱系会聚在一起，非谱系3的菌会分离自成一支。该方法具有良好的分辨率，克服了VNTR分型方法的同源异质性的缺点，并且也克服了WGS分析数据繁杂的缺点，具有良好的实用价值。
在优选地实施方式中，对本发明提供的1073个SNP位点的检测方法可以采用现有技术中的相关手段，在此不做特殊限定。本发明中SNP位点的检测方法例如可以为但不限于质谱检测法或基于凝胶电泳的SNP检测法等等。其中，基于凝胶电泳的SNP检测法包括但不限于：a)变性梯度凝胶电泳检测法；b)单链构象多态性检测法；c)等位基因特异性PCR检测法；d)酶切扩增多态性序列检测法等等；质谱检测法例如但不限于基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱检测法等等。
与现有技术相比，本发明的有益效果为：
发明人从NCBI数据库中得到30个结核分枝杆菌谱系3的全基因组序列，通过分析优化得到共1073个SNP位点，这1073个SNP位点为确定结核分枝杆菌谱系3的亚谱系、菌株水平和基因功能密切相关的关键SNP位点。这1073个SNP位点除了能够将30个结核分枝杆菌谱系3细分为3个亚谱系，还能实现菌株水平的鉴定，该领域的技术分辨率得到远远提高。现有技术中需要8900个SNP位点才可以将NCBI数据库中的30株结核分枝杆菌谱系3分成3个亚谱系，并且实现菌株水平的鉴定。研究证实，本发明提供的1073个SNP位点的分辨能力与现有技术中8900个SNP位点的效果相同，然而，本申请的技术方案中SNP位点数量远小于8900个SNP位点的数量。本发明最终实现在分辨率和SNP位点数量之间取得最佳平衡。该1073个SNP位点对结核分枝杆菌谱系3的亚谱系判断、菌株水平鉴定和进化分析，甚至是成簇菌株分析都具有重要意义，用于检测这1073个SNP位点的物质及其构成的试剂盒与相关的检测方法都能实现结核分枝杆菌谱系3的亚谱系判断、菌株水平鉴定和进化分析。
附图说明
图1为实施例2中1073个SNP位点构建得到的进化树；
图2为实施例2中MST图验证结果。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本发明，而不应视为限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。
实施例1
筛选SNP位点的步骤如下：
1、菌株数据下载：在NCBI数据库中进行筛查，获取具有代表性的结核分枝杆菌谱系3的测序信息，下载筛查得到的结核分枝杆菌谱系3的全基因组数据，结果共获得30株结核分枝杆菌谱系3的相关数据。
2、质量评估全基因组数据：对30株结核分枝杆菌谱系3的全基因组数据(fastq文件)中的GC含量进行质检评估，工具采用软件FastQC(version 0.10.1)，具体标准如下：(1)删除30株结核分枝杆菌谱系3的测序数据中GC含量大于70％的测序数；(2)删除30株结核分枝杆菌谱系3的测序数据中GC含量小于60％的测序数据；(3)删除30株结核分枝杆菌谱系3的测序数据中SNP miss call值大于15％的测序数据。结果上述30株结核分枝杆菌谱系3的测序数据全部纳入本研究之中。
3、统计回帖率：以结核分枝杆菌参考基因组H37Rv(NC_000962.3)为参照，利用软件BWA(version 0.7.12)对其余菌株的测序文件进行统计，计算得到菌株的回帖率。筛选回帖率小于85％的菌株数据进行删除。
4、SNP Calling：利用工具samtools v 1.6，处理步骤3中生成的Sam文件，将Bam转换成bcf，同时进行排序处理和去重操作。利用变异鉴定软件bcftools v 1.6对得到的bcf文件进行SNP的鉴定，舍弃结果中基因组比对的质量小于30或者碱基的质量小于50的SNP位点。随后使用PLINK 2.0筛选MAF>0.05和缺失率<0.1的位点。并使用RepeatMasker(http://www.repeatmasker.org/)或PhageFinder排除位于基因组重复区域的所有SNP(例如，PPE/PE-PGRS家族基因，噬菌体序列，插入或移动遗传元件)。
最终，从30株结核分枝杆菌菌株的基因数据中得到1073个SNP位点。
实施例2
构建进化树包括如下步骤：
1、样本过滤：利用实施例1中的方法处理数据，得到本发明提供的1073个SNP位点。
2、构建进化树：采用MEGA(version6.0)软件构建进化树，以本发明提供的1073个SNP位点为处理对象，数据处理时，将M.canettii(NC_019950.1)菌株作为外群的菌株，采用邻接法生成进化树。然后，对Bootstrap value大于95％的分枝进行分群处理，对进化树进行谱系分群，最终得到系统进化树，构建的进化树如图1所示。从图中可以看出，构建的进化树可以将30株结核分枝杆菌谱系3分为3个亚谱系，具体为亚谱系3.1，3.2，3.3。
3、亚谱系判断效果评估
现有技术中总共需要8900个SNP位点才能实现将结核分枝杆菌谱系3分为3个亚谱系，或者实现菌株水平的鉴定。结果发现，本发明提供的1073个SNP位点同样将结核分枝杆菌谱系3分成相同的3个亚谱系，并且实现菌种水平的鉴定。由此可以看出，本发明提供的1073个SNP位点在数量上显著少于8900个SNP位点，同时又具有良好的分辨能力，分型准确。
4、1073个SNP位点的菌株水平鉴定
结核分枝杆菌MDR_31251的分型类型为已知，发明人在NCBI数据库上得到MDR_31251的全基因组。获取该菌株的1073个SNP位点的信息，对该菌株进行分型，结果如下表1，MST图验证结果如图2所示，可以看出，1073个SNP位点的菌株水平鉴定效果与参考文献一致。
表1已知参考菌株基因组注释
Accesion 预测的谱系和亚谱系 MST的鉴定结果 参考的谱系结果
MDR_31251 3；3.1 东非-中亚谱系 东非-中亚谱系
尽管已用具体实施例来说明和描述了本发明，然而应意识到，在不背离本发明的精神和范围的情况下可以作出许多其它的更改和修改。因此，这意味着在所附权利要求中包括属于本发明范围内的所有这些变化和修改。

Claims (9)

1.1073个SNP位点针对结核分枝杆菌谱系3，在如下至少一种中的应用：
1)亚谱系判断；
2)菌株水平鉴定；
3)进化分析；
所述1073个SNP位点的物理位置来源于Accesion Number为NC_000962.3的结核分枝杆菌H37Rv的全基因组序列；
具体包括：
SNP位点1为结核分枝杆菌的染色体的1419位点，序列为C/G；
SNP位点2为结核分枝杆菌的染色体的1829位点，序列为T/C；
SNP位点3为结核分枝杆菌的染色体的2039位点，序列为G/C；
SNP位点4为结核分枝杆菌的染色体的3446位点，序列为C/T；
SNP位点5为结核分枝杆菌的染色体的9341位点，序列为C/T；
SNP位点6为结核分枝杆菌的染色体的10043位点，序列为C/G；
SNP位点7为结核分枝杆菌的染色体的10407位点，序列为G/T；
SNP位点8为结核分枝杆菌的染色体的11410位点，序列为G/A；
SNP位点9为结核分枝杆菌的染色体的12297位点，序列为C/T；
SNP位点10为结核分枝杆菌的染色体的12990位点，序列为G/A；
SNP位点11为结核分枝杆菌的染色体的13376位点，序列为C/G；
SNP位点12为结核分枝杆菌的染色体的16643位点，序列为C/T；
SNP位点13为结核分枝杆菌的染色体的17842位点，序列为G/C；
SNP位点14为结核分枝杆菌的染色体的24007位点，序列为G/T；
SNP位点15为结核分枝杆菌的染色体的24904位点，序列为G/A；
SNP位点16为结核分枝杆菌的染色体的28082位点，序列为G/C；
SNP位点17为结核分枝杆菌的染色体的37450位点，序列为C/G；
SNP位点18为结核分枝杆菌的染色体的39030位点，序列为C/T；
SNP位点19为结核分枝杆菌的染色体的40675位点，序列为C/G；
SNP位点20为结核分枝杆菌的染色体的42519位点，序列为C/G；
SNP位点21为结核分枝杆菌的染色体的47241位点，序列为C/G；
SNP位点22为结核分枝杆菌的染色体的53128位点，序列为A/C；
SNP位点23为结核分枝杆菌的染色体的59223位点，序列为C/T；
SNP位点24为结核分枝杆菌的染色体的61742位点，序列为G/C；
SNP位点25为结核分枝杆菌的染色体的63885位点，序列为A/G；
SNP位点26为结核分枝杆菌的染色体的65083位点，序列为G/A；
SNP位点27为结核分枝杆菌的染色体的65631位点，序列为G/A；
SNP位点28为结核分枝杆菌的染色体的66632位点，序列为C/T；
SNP位点29为结核分枝杆菌的染色体的68380位点，序列为T/G；
SNP位点30为结核分枝杆菌的染色体的79379位点，序列为A/C；
SNP位点31为结核分枝杆菌的染色体的83069位点，序列为T/C；
SNP位点32为结核分枝杆菌的染色体的84931位点，序列为A/G；
SNP位点33为结核分枝杆菌的染色体的89451位点，序列为C/A；
SNP位点34为结核分枝杆菌的染色体的93729位点，序列为C/G；
SNP位点35为结核分枝杆菌的染色体的99223位点，序列为C/G；
SNP位点36为结核分枝杆菌的染色体的99604位点，序列为C/G；
SNP位点37为结核分枝杆菌的染色体的99870位点，序列为C/A；
SNP位点38为结核分枝杆菌的染色体的100029位点，序列为G/C；
SNP位点39为结核分枝杆菌的染色体的100137位点，序列为T/C；
SNP位点40为结核分枝杆菌的染色体的100465位点，序列为C/G；
SNP位点41为结核分枝杆菌的染色体的101314位点，序列为G/A；
SNP位点42为结核分枝杆菌的染色体的103930位点，序列为G/C；
SNP位点43为结核分枝杆菌的染色体的104830位点，序列为C/A；
SNP位点44为结核分枝杆菌的染色体的111821位点，序列为C/T；
SNP位点45为结核分枝杆菌的染色体的113872位点，序列为C/T；
SNP位点46为结核分枝杆菌的染色体的117389位点，序列为C/T；
SNP位点47为结核分枝杆菌的染色体的117566位点，序列为T/G；
SNP位点48为结核分枝杆菌的染色体的122499位点，序列为C/T；
SNP位点49为结核分枝杆菌的染色体的123745位点，序列为G/A；
SNP位点50为结核分枝杆菌的染色体的130693位点，序列为C/G；
SNP位点51为结核分枝杆菌的染色体的132954位点，序列为C/G；
SNP位点52为结核分枝杆菌的染色体的133524位点，序列为G/A；
SNP位点53为结核分枝杆菌的染色体的135503位点，序列为G/A；
SNP位点54为结核分枝杆菌的染色体的140750位点，序列为G/C；
SNP位点55为结核分枝杆菌的染色体的142113位点，序列为C/G；
SNP位点56为结核分枝杆菌的染色体的144865位点，序列为C/T；
SNP位点57为结核分枝杆菌的染色体的145164位点，序列为G/C；
SNP位点58为结核分枝杆菌的染色体的149838位点，序列为C/A；
SNP位点59为结核分枝杆菌的染色体的153818位点，序列为G/C；
SNP位点60为结核分枝杆菌的染色体的160736位点，序列为C/G；
SNP位点61为结核分枝杆菌的染色体的168176位点，序列为G/T；
SNP位点62为结核分枝杆菌的染色体的170277位点，序列为C/T；
SNP位点63为结核分枝杆菌的染色体的175911位点，序列为C/A；
SNP位点64为结核分枝杆菌的染色体的187990位点，序列为C/A；
SNP位点65为结核分枝杆菌的染色体的198401位点，序列为G/T；
SNP位点66为结核分枝杆菌的染色体的200736位点，序列为A/G；
SNP位点67为结核分枝杆菌的染色体的204866位点，序列为T/G；
SNP位点68为结核分枝杆菌的染色体的206128位点，序列为C/G；
SNP位点69为结核分枝杆菌的染色体的206386位点，序列为T/C；
SNP位点70为结核分枝杆菌的染色体的208425位点，序列为C/T；
SNP位点71为结核分枝杆菌的染色体的208811位点，序列为G/A；
SNP位点72为结核分枝杆菌的染色体的218816位点，序列为G/C；
SNP位点73为结核分枝杆菌的染色体的231581位点，序列为G/A；
SNP位点74为结核分枝杆菌的染色体的233212位点，序列为C/T；
SNP位点75为结核分枝杆菌的染色体的233238位点，序列为C/T；
SNP位点76为结核分枝杆菌的染色体的233963位点，序列为A/G；
SNP位点77为结核分枝杆菌的染色体的235716位点，序列为T/C；
SNP位点78为结核分枝杆菌的染色体的237116位点，序列为C/T；
SNP位点79为结核分枝杆菌的染色体的241758位点，序列为G/A；
SNP位点80为结核分枝杆菌的染色体的257071位点，序列为C/T；
SNP位点81为结核分枝杆菌的染色体的267617位点，序列为C/T；
SNP位点82为结核分枝杆菌的染色体的276633位点，序列为C/T；
SNP位点83为结核分枝杆菌的染色体的283496位点，序列为G/A；
SNP位点84为结核分枝杆菌的染色体的284146位点，序列为T/G；
SNP位点85为结核分枝杆菌的染色体的288715位点，序列为C/T；
SNP位点86为结核分枝杆菌的染色体的301839位点，序列为C/T；
SNP位点87为结核分枝杆菌的染色体的304045位点，序列为G/A；
SNP位点88为结核分枝杆菌的染色体的307823位点，序列为G/A；
SNP位点89为结核分枝杆菌的染色体的310972位点，序列为C/T；
SNP位点90为结核分枝杆菌的染色体的316184位点，序列为C/G；
SNP位点91为结核分枝杆菌的染色体的323414位点，序列为T/C；
SNP位点92为结核分枝杆菌的染色体的327789位点，序列为C/T；
SNP位点93为结核分枝杆菌的染色体的330340位点，序列为G/A；
SNP位点94为结核分枝杆菌的染色体的330710位点，序列为A/G；
SNP位点95为结核分枝杆菌的染色体的332231位点，序列为G/A；
SNP位点96为结核分枝杆菌的染色体的332522位点，序列为G/C；
SNP位点97为结核分枝杆菌的染色体的334151位点，序列为A/G；
SNP位点98为结核分枝杆菌的染色体的334153位点，序列为T/C；
SNP位点99为结核分枝杆菌的染色体的335642位点，序列为A/G；
SNP位点100为结核分枝杆菌的染色体的335643位点，序列为G/T；
SNP位点101为结核分枝杆菌的染色体的335651位点，序列为G/C；
SNP位点102为结核分枝杆菌的染色体的335654位点，序列为G/A；
SNP位点103为结核分枝杆菌的染色体的335847位点，序列为C/A；
SNP位点104为结核分枝杆菌的染色体的335919位点，序列为T/G；
SNP位点105为结核分枝杆菌的染色体的335920位点，序列为C/G；
SNP位点106为结核分枝杆菌的染色体的335922位点，序列为C/G；
SNP位点107为结核分枝杆菌的染色体的335927位点，序列为A/G；
SNP位点108为结核分枝杆菌的染色体的335929位点，序列为T/C；
SNP位点109为结核分枝杆菌的染色体的336728位点，序列为G/A；
SNP位点110为结核分枝杆菌的染色体的336957位点，序列为T/C；
SNP位点111为结核分枝杆菌的染色体的336975位点，序列为T/G；
SNP位点112为结核分枝杆菌的染色体的336976位点，序列为T/C；
SNP位点113为结核分枝杆菌的染色体的338561位点，序列为G/A；
SNP位点114为结核分枝杆菌的染色体的338618位点，序列为C/G；
SNP位点115为结核分枝杆菌的染色体的338648位点，序列为T/G；
SNP位点116为结核分枝杆菌的染色体的338669位点，序列为T/C；
SNP位点117为结核分枝杆菌的染色体的338682位点，序列为T/G；
SNP位点118为结核分枝杆菌的染色体的338683位点，序列为C/G；
SNP位点119为结核分枝杆菌的染色体的338685位点，序列为C/G；
SNP位点120为结核分枝杆菌的染色体的338690位点，序列为A/G；
SNP位点121为结核分枝杆菌的染色体的338692位点，序列为T/C；
SNP位点122为结核分枝杆菌的染色体的338810位点，序列为G/C；
SNP位点123为结核分枝杆菌的染色体的338876位点，序列为G/A；
SNP位点124为结核分枝杆菌的染色体的338903位点，序列为G/C；
SNP位点125为结核分枝杆菌的染色体的339230位点，序列为G/C；
SNP位点126为结核分枝杆菌的染色体的342381位点，序列为G/A；
SNP位点127为结核分枝杆菌的染色体的342382位点，序列为C/T；
SNP位点128为结核分枝杆菌的染色体的348386位点，序列为C/T；
SNP位点129为结核分枝杆菌的染色体的350088位点，序列为C/A；
SNP位点130为结核分枝杆菌的染色体的350388位点，序列为G/T；
SNP位点131为结核分枝杆菌的染色体的353197位点，序列为C/T；
SNP位点132为结核分枝杆菌的染色体的358567位点，序列为C/T；
SNP位点133为结核分枝杆菌的染色体的367508位点，序列为C/G；
SNP位点134为结核分枝杆菌的染色体的369886位点，序列为C/G；
SNP位点135为结核分枝杆菌的染色体的371102位点，序列为A/T；
SNP位点136为结核分枝杆菌的染色体的379028位点，序列为G/A；
SNP位点137为结核分枝杆菌的染色体的390447位点，序列为G/C；
SNP位点138为结核分枝杆菌的染色体的390593位点，序列为C/A；
SNP位点139为结核分枝杆菌的染色体的394767位点，序列为C/A；
SNP位点140为结核分枝杆菌的染色体的402836位点，序列为G/A；
SNP位点141为结核分枝杆菌的染色体的404845位点，序列为A/C；
SNP位点142为结核分枝杆菌的染色体的409532位点，序列为C/A；
SNP位点143为结核分枝杆菌的染色体的409554位点，序列为C/G；
SNP位点144为结核分枝杆菌的染色体的411274位点，序列为G/C；
SNP位点145为结核分枝杆菌的染色体的411819位点，序列为C/T；
SNP位点146为结核分枝杆菌的染色体的415693位点，序列为G/A；
SNP位点147为结核分枝杆菌的染色体的417810位点，序列为C/T；
SNP位点148为结核分枝杆菌的染色体的422678位点，序列为G/A；
SNP位点149为结核分枝杆菌的染色体的428921位点，序列为G/A；
SNP位点150为结核分枝杆菌的染色体的430561位点，序列为G/T；
SNP位点151为结核分枝杆菌的染色体的430674位点，序列为T/C；
SNP位点152为结核分枝杆菌的染色体的431525位点，序列为T/G；
SNP位点153为结核分枝杆菌的染色体的431587位点，序列为C/G；
SNP位点154为结核分枝杆菌的染色体的433727位点，序列为C/G；
SNP位点155为结核分枝杆菌的染色体的442689位点，序列为T/C；
SNP位点156为结核分枝杆菌的染色体的455024位点，序列为G/A；
SNP位点157为结核分枝杆菌的染色体的457392位点，序列为G/A；
SNP位点158为结核分枝杆菌的染色体的466808位点，序列为G/C；
SNP位点159为结核分枝杆菌的染色体的473310位点，序列为A/G；
SNP位点160为结核分枝杆菌的染色体的475987位点，序列为C/T；
SNP位点161为结核分枝杆菌的染色体的476612位点，序列为G/A；
SNP位点162为结核分枝杆菌的染色体的480350位点，序列为T/G；
SNP位点163为结核分枝杆菌的染色体的482268位点，序列为T/C；
SNP位点164为结核分枝杆菌的染色体的484623位点，序列为G/A；
SNP位点165为结核分枝杆菌的染色体的485730位点，序列为C/T；
SNP位点166为结核分枝杆菌的染色体的491940位点，序列为T/C；
SNP位点167为结核分枝杆菌的染色体的495890位点，序列为C/T；
SNP位点168为结核分枝杆菌的染色体的519183位点，序列为C/T；
SNP位点169为结核分枝杆菌的染色体的519844位点，序列为C/T；
SNP位点170为结核分枝杆菌的染色体的521871位点，序列为C/T；
SNP位点171为结核分枝杆菌的染色体的523541位点，序列为C/G；
SNP位点172为结核分枝杆菌的染色体的541153位点，序列为C/T；
SNP位点173为结核分枝杆菌的染色体的542104位点，序列为C/A；
SNP位点174为结核分枝杆菌的染色体的549873位点，序列为C/T；
SNP位点175为结核分枝杆菌的染色体的550630位点，序列为T/C；
SNP位点176为结核分枝杆菌的染色体的551206位点，序列为T/C；
SNP位点177为结核分枝杆菌的染色体的555492位点，序列为G/A；
SNP位点178为结核分枝杆菌的染色体的573699位点，序列为C/A；
SNP位点179为结核分枝杆菌的染色体的575920位点，序列为C/T；
SNP位点180为结核分枝杆菌的染色体的580797位点，序列为A/AG；
SNP位点181为结核分枝杆菌的染色体的597411位点，序列为G/C；
SNP位点182为结核分枝杆菌的染色体的608684位点，序列为C/G；
SNP位点183为结核分枝杆菌的染色体的620043位点，序列为C/G；
SNP位点184为结核分枝杆菌的染色体的622788位点，序列为G/C；
SNP位点185为结核分枝杆菌的染色体的623877位点，序列为C/T；
SNP位点186为结核分枝杆菌的染色体的625493位点，序列为T/G；
SNP位点187为结核分枝杆菌的染色体的632600位点，序列为C/T；
SNP位点188为结核分枝杆菌的染色体的633562位点，序列为C/T；
SNP位点189为结核分枝杆菌的染色体的634425位点，序列为G/A；
SNP位点190为结核分枝杆菌的染色体的635139位点，序列为G/C；
SNP位点191为结核分枝杆菌的染色体的642657位点，序列为T/G；
SNP位点192为结核分枝杆菌的染色体的643217位点，序列为G/T；
SNP位点193为结核分枝杆菌的染色体的645005位点，序列为C/T；
SNP位点194为结核分枝杆菌的染色体的656523位点，序列为C/T；
SNP位点195为结核分枝杆菌的染色体的662858位点，序列为G/T；
SNP位点196为结核分枝杆菌的染色体的663878位点，序列为T/C；
SNP位点197为结核分枝杆菌的染色体的665568位点，序列为G/A；
SNP位点198为结核分枝杆菌的染色体的666022位点，序列为C/G；
SNP位点199为结核分枝杆菌的染色体的671718位点，序列为G/A；
SNP位点200为结核分枝杆菌的染色体的673188位点，序列为C/G；
SNP位点201为结核分枝杆菌的染色体的679507位点，序列为T/G；
SNP位点202为结核分枝杆菌的染色体的680820位点，序列为C/T；
SNP位点203为结核分枝杆菌的染色体的684660位点，序列为A/C；
SNP位点204为结核分枝杆菌的染色体的697126位点，序列为G/A；
SNP位点205为结核分枝杆菌的染色体的697478位点，序列为C/T；
SNP位点206为结核分枝杆菌的染色体的705091位点，序列为G/A；
SNP位点207为结核分枝杆菌的染色体的708056位点，序列为T/C；
SNP位点208为结核分枝杆菌的染色体的717018位点，序列为G/A；
SNP位点209为结核分枝杆菌的染色体的718261位点，序列为C/A；
SNP位点210为结核分枝杆菌的染色体的720616位点，序列为C/T；
SNP位点211为结核分枝杆菌的染色体的726295位点，序列为A/T；SNP位点212为结核分枝杆菌的染色体的734129位点，序列为G/T；
SNP位点213为结核分枝杆菌的染色体的735751位点，序列为G/A；
SNP位点214为结核分枝杆菌的染色体的752992位点，序列为C/T；
SNP位点215为结核分枝杆菌的染色体的756758位点，序列为C/T；
SNP位点216为结核分枝杆菌的染色体的759464位点，序列为G/A；
SNP位点217为结核分枝杆菌的染色体的759746位点，序列为C/T；
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SNP位点934为结核分枝杆菌的染色体的3937848位点，序列为A/G；
SNP位点935为结核分枝杆菌的染色体的3940932位点，序列为G/A；
SNP位点936为结核分枝杆菌的染色体的3941572位点，序列为C/G；
SNP位点937为结核分枝杆菌的染色体的3945928位点，序列为T/C；
SNP位点938为结核分枝杆菌的染色体的3947395位点，序列为G/A；
SNP位点939为结核分枝杆菌的染色体的3952753位点，序列为G/C；
SNP位点940为结核分枝杆菌的染色体的3958971位点，序列为G/A；
SNP位点941为结核分枝杆菌的染色体的3960322位点，序列为C/G；
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SNP位点943为结核分枝杆菌的染色体的3967507位点，序列为G/A；
SNP位点944为结核分枝杆菌的染色体的3970123位点，序列为A/G；
SNP位点945为结核分枝杆菌的染色体的3971609位点，序列为T/G；
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SNP位点948为结核分枝杆菌的染色体的4004896位点，序列为G/A；
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SNP位点961为结核分枝杆菌的染色体的4075145位点，序列为G/C；
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SNP位点1016为结核分枝杆菌的染色体的4260135位点，序列为G/T；
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SNP位点1018为结核分枝杆菌的染色体的4265151位点，序列为C/G；
SNP位点1019为结核分枝杆菌的染色体的4266983位点，序列为G/A；
SNP位点1020为结核分枝杆菌的染色体的4281944位点，序列为G/A；
SNP位点1021为结核分枝杆菌的染色体的4282707位点，序列为C/G；
SNP位点1022为结核分枝杆菌的染色体的4286937位点，序列为C/T；
SNP位点1023为结核分枝杆菌的染色体的4291078位点，序列为G/T；
SNP位点1024为结核分枝杆菌的染色体的4291979位点，序列为T/G；
SNP位点1025为结核分枝杆菌的染色体的4296077位点，序列为G/C；
SNP位点1026为结核分枝杆菌的染色体的4296231位点，序列为G/A；
SNP位点1027为结核分枝杆菌的染色体的4302956位点，序列为G/A；
SNP位点1028为结核分枝杆菌的染色体的4303333位点，序列为A/G；
SNP位点1029为结核分枝杆菌的染色体的4308976位点，序列为G/C；
SNP位点1030为结核分枝杆菌的染色体的4309137位点，序列为C/A；
SNP位点1031为结核分枝杆菌的染色体的4313156位点，序列为G/A；
SNP位点1032为结核分枝杆菌的染色体的4314018位点，序列为G/A；
SNP位点1033为结核分枝杆菌的染色体的4314657位点，序列为C/G；
SNP位点1034为结核分枝杆菌的染色体的4314765位点，序列为G/A；
SNP位点1035为结核分枝杆菌的染色体的4314815位点，序列为C/G；
SNP位点1036为结核分枝杆菌的染色体的4315395位点，序列为G/C；
SNP位点1037为结核分枝杆菌的染色体的4316938位点，序列为C/T；
SNP位点1038为结核分枝杆菌的染色体的4319179位点，序列为G/C；
SNP位点1039为结核分枝杆菌的染色体的4320514位点，序列为G/A；
SNP位点1040为结核分枝杆菌的染色体的4322555位点，序列为T/C；
SNP位点1041为结核分枝杆菌的染色体的4327373位点，序列为A/G；
SNP位点1042为结核分枝杆菌的染色体的4329783位点，序列为G/A；
SNP位点1043为结核分枝杆菌的染色体的4334692位点，序列为C/T；
SNP位点1044为结核分枝杆菌的染色体的4334957位点，序列为G/C；
SNP位点1045为结核分枝杆菌的染色体的4338250位点，序列为G/T；
SNP位点1046为结核分枝杆菌的染色体的4343784位点，序列为G/A；
SNP位点1047为结核分枝杆菌的染色体的4345548位点，序列为G/A；
SNP位点1048为结核分枝杆菌的染色体的4349642位点，序列为G/T；
SNP位点1049为结核分枝杆菌的染色体的4352200位点，序列为G/T；
SNP位点1050为结核分枝杆菌的染色体的4352600位点，序列为A/G；
SNP位点1051为结核分枝杆菌的染色体的4352940位点，序列为C/G；
SNP位点1052为结核分枝杆菌的染色体的4353835位点，序列为C/G；
SNP位点1053为结核分枝杆菌的染色体的4355319位点，序列为C/G；
SNP位点1054为结核分枝杆菌的染色体的4358148位点，序列为G/A；
SNP位点1055为结核分枝杆菌的染色体的4358392位点，序列为G/C；
SNP位点1056为结核分枝杆菌的染色体的4366689位点，序列为C/G；
SNP位点1057为结核分枝杆菌的染色体的4373504位点，序列为G/C；
SNP位点1058为结核分枝杆菌的染色体的4373689位点，序列为C/G；
SNP位点1059为结核分枝杆菌的染色体的4376549位点，序列为C/G；
SNP位点1060为结核分枝杆菌的染色体的4379438位点，序列为T/C；
SNP位点1061为结核分枝杆菌的染色体的4381746位点，序列为G/C；
SNP位点1062为结核分枝杆菌的染色体的4384064位点，序列为C/G；
SNP位点1063为结核分枝杆菌的染色体的4386248位点，序列为G/C；
SNP位点1064为结核分枝杆菌的染色体的4386834位点，序列为C/T；
SNP位点1065为结核分枝杆菌的染色体的4390471位点，序列为C/A；
SNP位点1066为结核分枝杆菌的染色体的4391008位点，序列为G/C；
SNP位点1067为结核分枝杆菌的染色体的4397857位点，序列为A/G；
SNP位点1068为结核分枝杆菌的染色体的4400863位点，序列为G/C；
SNP位点1069为结核分枝杆菌的染色体的4401262位点，序列为C/T；
SNP位点1070为结核分枝杆菌的染色体的4401509位点，序列为C/T；
SNP位点1071为结核分枝杆菌的染色体的4406788位点，序列为G/C；
SNP位点1072为结核分枝杆菌的染色体的4408175位点，序列为C/G；
SNP位点1073为结核分枝杆菌的染色体的4409954位点，序列为G/C。
2.用于检测1073个SNP位点的物质针对结核分枝杆菌谱系3，在如下任一种中的应用：
1)亚谱系判断的产品；
2)菌株水平鉴定的产品；
3)进化分析的产品；
所述1073个SNP位点为权利要求1中所述的1073个SNP位点。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述物质包括PCR引物、芯片、生物传感器或分子探针。
4.一种对结核分枝杆菌谱系3进行亚谱系判断和/或菌株水平鉴定和/或进化分析的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2或3中所述的用于检测1073个SNP位点的物质。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述物质包括如下任一种：a)PCR引物；b)芯片；c)生物传感器；d)分子探针。
6.一种对结核分枝杆菌谱系3进行亚谱系判断和/或菌株水平鉴定和/或进化分析的方法，其特征在于，对权利要求1中所述的1073个SNP位点进行检测，构建进化树进行分析。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，1073个SNP位点的检测方法质谱检测法或基于凝胶电泳的SNP检测法。
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，基于凝胶电泳的SNP检测法包括变性梯度凝胶电泳检测法、单链构象多态性检测法、等位基因特异性PCR检测法或酶切扩增多态性序列检测法。
9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，质谱检测法包括基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱检测法。
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