CN110268044A - 一种染色体变异的检测方法及装置 - Google Patents

一种染色体变异的检测方法及装置 Download PDF

Info

Publication number
CN110268044A
CN110268044A CN201780085820.7A CN201780085820A CN110268044A CN 110268044 A CN110268044 A CN 110268044A CN 201780085820 A CN201780085820 A CN 201780085820A CN 110268044 A CN110268044 A CN 110268044A
Authority
CN
China
Prior art keywords
window
sample
depth
unit
windows
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201780085820.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN110268044B (zh
Inventor
庄雪寒
高雅
陈芳
殷旭阳
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
BGI Shenzhen Co Ltd
Original Assignee
BGI Shenzhen Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by BGI Shenzhen Co Ltd filed Critical BGI Shenzhen Co Ltd
Publication of CN110268044A publication Critical patent/CN110268044A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN110268044B publication Critical patent/CN110268044B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids

Abstract

一种染色体变异的检测方法及装置,所述装置包括待测样本测序单元,用于对含有核酸的待测样本进行测序,获得由若干测序数据构成的测序结果;待测样本校正单元,用于使用正常数据集对待测样本进行校正;分割单元,用于对校正后的测序结果进行分割获得若干数据片段;以及检测单元,用于检测各数据片段是否为拷贝数变异片段。本申请降低了染色体异常漏检的概率,降低了假阳性和假阴性,对染色体非整体和染色体拷贝数变异具有更高的检测准确性,且能在低胎儿深度条件下检测出片段更小的染色体拷贝数变异。

Description

PCT国内申请,说明书已公开。

Claims (39)

  1. PCT国内申请,权利要求书已公开。
CN201780085820.7A 2017-03-07 2017-03-07 一种染色体变异的检测方法及装置 Active CN110268044B (zh)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PCT/CN2017/075858 WO2018161245A1 (zh) 2017-03-07 2017-03-07 一种染色体变异的检测方法及装置

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN110268044A true CN110268044A (zh) 2019-09-20
CN110268044B CN110268044B (zh) 2022-08-02

Family

ID=63447180

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201780085820.7A Active CN110268044B (zh) 2017-03-07 2017-03-07 一种染色体变异的检测方法及装置

Country Status (2)

Country Link
CN (1) CN110268044B (zh)
WO (1) WO2018161245A1 (zh)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114220481A (zh) * 2021-11-25 2022-03-22 深圳思勤医疗科技有限公司 基于全基因组测序完成待测样本的核型分析的方法、系统和计算机可读介质
CN114792548A (zh) * 2022-06-14 2022-07-26 北京贝瑞和康生物技术有限公司 校正测序数据、检测拷贝数变异的方法、设备和介质
CN115132271A (zh) * 2022-09-01 2022-09-30 北京中仪康卫医疗器械有限公司 一种基于批次内校正的cnv检测方法
WO2023207396A1 (zh) * 2022-04-25 2023-11-02 天津华大基因科技有限公司 用于分析变异检测结果的模型的构建方法

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111916150A (zh) * 2019-05-10 2020-11-10 北京贝瑞和康生物技术有限公司 一种基因组拷贝数变异的检测方法和装置
CN112712853B (zh) * 2020-12-31 2023-11-21 北京优迅医学检验实验室有限公司 一种无创产前检测装置
CN113046430B (zh) * 2021-03-15 2022-02-01 北京阅微基因技术股份有限公司 一种染色体非整倍体数目异常的扩增组合物及其应用
CN115762633B (zh) * 2022-11-23 2024-01-23 哈尔滨工业大学 一种基于三代测序的基因组结构变异基因型校正方法

Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102682224A (zh) * 2011-03-18 2012-09-19 深圳华大基因科技有限公司 检测拷贝数变异的方法和装置
WO2013059967A1 (zh) * 2011-10-28 2013-05-02 深圳华大基因科技有限公司 一种检测染色体微缺失和微重复的方法
CN104221022A (zh) * 2012-04-05 2014-12-17 深圳华大基因医学有限公司 一种拷贝数变异检测方法和系统
CN104603284A (zh) * 2012-09-12 2015-05-06 深圳华大基因研究院 利用基因组测序片段检测拷贝数变异的方法
CN104745718A (zh) * 2015-04-23 2015-07-01 北京嘉宝仁和医疗科技有限公司 一种检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法
CN105349678A (zh) * 2015-12-03 2016-02-24 上海美吉生物医药科技有限公司 一种染色体拷贝数变异的检测方法
CN105408496A (zh) * 2013-03-15 2016-03-16 夸登特健康公司 检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法
CN105574361A (zh) * 2015-11-05 2016-05-11 上海序康医疗科技有限公司 一种检测基因组拷贝数变异的方法
CN106520940A (zh) * 2016-11-04 2017-03-22 深圳华大基因研究院 一种染色体非整倍体和拷贝数变异检测方法及其应用
CN108268752A (zh) * 2018-01-18 2018-07-10 东莞博奥木华基因科技有限公司 一种染色体异常检测装置

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102952877B (zh) * 2012-08-06 2014-09-24 深圳华大基因研究院 检测α珠蛋白基因拷贝数的方法和系统
CN104789686B (zh) * 2015-05-06 2018-09-07 浙江安诺优达生物科技有限公司 检测染色体非整倍性的试剂盒和装置

Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102682224A (zh) * 2011-03-18 2012-09-19 深圳华大基因科技有限公司 检测拷贝数变异的方法和装置
WO2013059967A1 (zh) * 2011-10-28 2013-05-02 深圳华大基因科技有限公司 一种检测染色体微缺失和微重复的方法
CN104136628A (zh) * 2011-10-28 2014-11-05 深圳华大基因医学有限公司 一种检测染色体微缺失和微重复的方法
CN104221022A (zh) * 2012-04-05 2014-12-17 深圳华大基因医学有限公司 一种拷贝数变异检测方法和系统
CN104603284A (zh) * 2012-09-12 2015-05-06 深圳华大基因研究院 利用基因组测序片段检测拷贝数变异的方法
CN105408496A (zh) * 2013-03-15 2016-03-16 夸登特健康公司 检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法
CN104745718A (zh) * 2015-04-23 2015-07-01 北京嘉宝仁和医疗科技有限公司 一种检测人类胚胎染色体微缺失和微重复的方法
CN105574361A (zh) * 2015-11-05 2016-05-11 上海序康医疗科技有限公司 一种检测基因组拷贝数变异的方法
CN105349678A (zh) * 2015-12-03 2016-02-24 上海美吉生物医药科技有限公司 一种染色体拷贝数变异的检测方法
CN106520940A (zh) * 2016-11-04 2017-03-22 深圳华大基因研究院 一种染色体非整倍体和拷贝数变异检测方法及其应用
CN108268752A (zh) * 2018-01-18 2018-07-10 东莞博奥木华基因科技有限公司 一种染色体异常检测装置

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HONGTAI LIU,YAGAO ET AL: "Performance Evaluation of NIPT in Detection", 《PLOS ONE》 *
殷旭阳,陈芳等: "孕妇血浆游离核酸高通量测序检测胎儿遗传异常", 《中国产前诊断杂志(电子版)》 *
陈大洋等: "低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用探索", 《生物技术通报》 *

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114220481A (zh) * 2021-11-25 2022-03-22 深圳思勤医疗科技有限公司 基于全基因组测序完成待测样本的核型分析的方法、系统和计算机可读介质
CN114220481B (zh) * 2021-11-25 2023-09-08 深圳思勤医疗科技有限公司 基于全基因组测序完成待测样本的核型分析的方法、系统和计算机可读介质
WO2023207396A1 (zh) * 2022-04-25 2023-11-02 天津华大基因科技有限公司 用于分析变异检测结果的模型的构建方法
CN114792548A (zh) * 2022-06-14 2022-07-26 北京贝瑞和康生物技术有限公司 校正测序数据、检测拷贝数变异的方法、设备和介质
CN115132271A (zh) * 2022-09-01 2022-09-30 北京中仪康卫医疗器械有限公司 一种基于批次内校正的cnv检测方法

Also Published As

Publication number Publication date
WO2018161245A1 (zh) 2018-09-13
CN110268044B (zh) 2022-08-02

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110268044B (zh) 一种染色体变异的检测方法及装置
CN108573125B (zh) 一种基因组拷贝数变异的检测方法及包含该方法的装置
IL249095B1 (en) Detection of subchromosomal aneuploidy in the fetus and variations in the number of copies
JP2018522531A5 (zh)
CN112669901A (zh) 基于低深度高通量基因组测序的染色体拷贝数变异检测装置
US20210065847A1 (en) Systems and methods for determining consensus base calls in nucleic acid sequencing
CN109979529B (zh) Cnv检测装置
US11929148B2 (en) Systems and methods for enriching for cancer-derived fragments using fragment size
US20230268025A1 (en) Target-associated molecules for characterization associated with biological targets
KR20010042824A (ko) 화학적 및 생물학적 분석의 평가방법
CN112746097A (zh) 一种检测样本交叉污染的方法以及预测交叉污染源的方法
CN111226281B (zh) 确定染色体非整倍性、构建分类模型的方法和装置
KR101678962B1 (ko) 대규모 병렬형 게놈서열분석 방법을 이용한 비침습적 산전검사 장치 및 방법
US6502039B1 (en) Mathematical analysis for the estimation of changes in the level of gene expression
CN111696622B (zh) 一种校正和评估变异检测软件检测结果的方法
CN112712853A (zh) 一种无创产前检测装置
CN108229099B (zh) 数据处理方法、装置、存储介质及处理器
CN116013419A (zh) 检测染色体拷贝数变异的方法
CN112863602B (zh) 染色体异常的检测方法、装置、计算机设备和存储介质
EP1630709B1 (en) Mathematical analysis for the estimation of changes in the level of gene expression
CN110970089B (zh) 胎儿浓度计算的预处理方法、预处理装置及其应用
KR101618032B1 (ko) 비침습적 태아 염색체 이상 검출방법
CN114267409A (zh) 无创产前基因检测测序数据的分析方法、装置及存储介质
KR102532991B1 (ko) 태아의 염색체 이수성 검출방법
US20240011105A1 (en) Analysis of microbial fragments in plasma

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant