CN110172512A - 一种子宫内膜癌生物标志物在癌症诊断和预后情况预测中的应用 - Google Patents

一种子宫内膜癌生物标志物在癌症诊断和预后情况预测中的应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种子宫内膜癌生物标志物在癌症诊断和预后情况预测中的应用。本发明提供了检测待测样本中长非编码RNA的转录水平的物质在制备诊断或辅助诊断子宫内膜癌产品中的应用；所述长非编码RNA为ZNF670‑ZNF695。本发明利用单个基因的转录水平检测对子宫内膜癌的诊断及相关预后情况的预测提供了新的参考，由于ZNF670‑ZNF695作为长非编码RNA的特性，在降低检测难度的同时降低了检测成本。

Description

一种子宫内膜癌生物标志物在癌症诊断和预后情况预测中的 应用
技术领域
本发明属于生物学和医学领域，涉及一种子宫内膜癌生物标志物在癌症诊断和预后情况预测中的应用。
背景技术
子宫内膜癌是一种常见的妇科肿瘤，在女性癌症类型中死亡率排名第三(Siegelet al.,2015；Tsikouras et al.,2013；Wild,2014)。全球每年约有189000名女性患上子宫内膜癌且有45000位病人因其而死亡，这使得子宫内膜癌成为死亡率排名第三的女性癌症类型，仅此于卵巢癌和宫颈癌(Wild,2014)。新一代的测序技术揭示了人类的基因组被普遍转录，而只有少于2％的人类基因组序列具有蛋白质编码功能(Carninci et al.,2005；Consortium et al.,2007；Jill et al.,2005；Paul et al.,2004；Philipp et al.,2007)。ENCODE协会的基因组和转录组分析表明至少80％的人类基因组会被转录，这其中的绝大部分转录物都被称为“非编码RNA”(Consortium,2012；Consortium,2004)。其中，长非编码RNA为长度超过200个核苷酸的非编码RNA。
生物标志物的应用为癌症的早期诊断与治疗干预提供了新的思路，探究与子宫内膜癌发生发展相关的重要的生物标志物不仅有助于深入了解子宫内膜癌的进展机理，更对癌症的诊断和预后情况的预测具有重要意义。在已有的研究中，长非编码RNA在子宫内膜癌的发生发展过程中发挥了重要的作用，这预示着其具有作为生物标志物的潜力(Wen etal.,2015；Yang et al.,2015)。与蛋白生物标志物相比，非编码RNA的检测方法相对较为简单，具有高灵敏性和特异性，且成本更低。相比于其它癌症，现有的子宫内膜癌相关的长非编码RNA生物标志物数量较少，不足以满足生物学研究和医学治疗上的应用。伴随着测序技术成本的降低，基因表达数据获取的门槛已越来越低。大量的测序数据中蕴藏着丰富的生物学信息，等待着被人们挖掘。诸如微阵列技术和RNA测序的基因表达谱已被广泛用于鉴定与癌症进展相关的生物标志物研究。利用生物信息学的方法对这些数据进行分析挖掘可以有效地从中甄别出重要的长非编码基因，为癌症生物标志物的发现提供途径。
发明内容
本发明的目的在于提供一个子宫内膜癌的生物标志物，应用于癌症诊断和预后情况预测。
为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：
本发明提供了检测待测样本中长非编码RNA ZNF670-ZNF69的转录水平的物质在制备诊断或辅助诊断子宫内膜癌产品中的应用。
或，本发明提供了检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质在制备诊断或辅助诊断子宫内膜癌产品中的应用。
或，本发明提供了检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质在制备预测子宫内膜癌患者预后生存情况产品中的应用。
上述生存情况为生存率。
预后生存情况为患者从接受治疗开始直至死亡或失访的时间长度一般被统计为其生存时间或患者群体从接受治疗开始直至某一时间点的生存率。
上述ZNF670-ZNF695为如下1)-3)中任一所述DNA分子编码的RNA：
1)Gene ID:100533111(NCBI提交日2019年2月13日)所示的DNA分子；
2)在严格条件下与1)或2)限定的DNA分子杂交且具有相同功能的DNA分子；
3)与1)限定的DNA分子具有80％以上或90％以上的同源性且具有相同功能的DNA分子。
上述应用中，所述检测各个样本中长非编码RNA ZNF670-ZNF69的转录水平的物质为如下1)或2)：
1)转录测序所需试剂及仪器；
2)扩增所述ZNF670-ZNF695的引物对或含有所述引物对的试剂或试剂盒。
上述应用中，所述扩增ZNF670-ZNF695的引物对由序列1所示的单链DNA分子或其衍生物和序列2所示的单链DNA分子或其衍生物组成。
上述应用中，所述单链DNA分子的衍生物为将所述单链DNA分子经过一个或几个核苷酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的且具有相同功能的单链DNA分子。
本发明另一个目的是提供如下产品:
本发明提供了一种诊断或辅助诊断子宫内膜癌产品，其包括上述检测待测样本中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质或检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质或检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质。
或本发明提供了一种预测子宫内膜癌患者预后生存情况产品，其包括上述检测待测样本中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质或检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质或检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质。
上述产品为试剂盒。
长非编码RNA的转录水平为长非编码RNA转录水平的表达量。
本发明利用单个基因的转录水平检测对子宫内膜癌的诊断及相关预后情况的预测提供了新的参考，由于ZNF670-ZNF695作为长非编码RNA的特性，在降低检测难度的同时降低了检测成本。
附图说明
图1为ZNF670-ZNF695在子宫内膜癌组织细胞与癌旁组织细胞中的表达情况。
图2为ZNF670-ZNF695在子宫内膜癌患者中的生存分析结果。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1、长非编码RNA与子宫内膜癌的关系
本发明以TCGA数据库(The Cancer Genome Atlas,http://cancergenome.nih.gov/,2018)中的子宫内膜癌患者(已经确诊)的543例癌组织和35例癌旁组织的转录组测序数据及临床信息为基础，差异分析之后通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建了基因共表达网络，在模块分析中应用KEGG通路分析、交叉分析等多种生物信息学的方法挖掘出了在子宫内膜癌中差异表达且与子宫内膜癌发生发展相关的目标lncRNA:ZNF670-ZNF695。
统计551例子宫内膜癌组织细胞与35例癌旁组织细胞中ZNF670-ZNF695转录水平。
结果如图1所示，可以看出，ZNF670-ZNF695在子宫内膜癌组织细胞的转录水平平均值±标准差为20.26±17.87(Count值)，在癌旁组织细胞的转录水平平均值±标准差为3.51±5.13(Count值)；
对各组样本中转录水平进行统计学分析(Mann-Whitney test)，发现ZNF670-ZNF695转录水平在子宫内膜癌组织细胞和癌旁组织细胞(p<0.0001)均有显著性差异。
由上述结果可知，ZNF670-ZNF695的转录水平可用作子宫内膜癌组织和非子宫内膜癌组织的判别诊断的潜在标志物，具体方法如下：
检测待检者的癌组织和癌旁组织中ZNF670-ZNF695的转录水平，癌组织中ZNF670-ZNF695的转录水平显著高于癌旁组织中ZNF670-ZNF695的转录水平的待检者为或候选为子宫内膜癌患者。
检测待检者的癌组织和癌旁组织中ZNF670-ZNF695的转录水平可以通过测序或者实施例3中的Q-PCR检测。
实施例2、长非编码RNA对于判断子宫内膜癌患者的生存分析结果
针对271例具有临床生存时间数据的子宫内膜癌患者(已经确诊)的癌组织进行ZNF670-ZNF695的转录水平检测(检测方法为测序)。
转录水平数据也可来自TCGA数据库(The Cancer Genome Atlas,http://cancergenome.nih.gov/,2018)中的子宫内膜癌患者的转录组测序数据。
具体数据如下表1所示：
表1
根据ZNF670-ZNF695的转录水平271例具有临床生存时间数据的子宫内膜癌患者的癌症癌组织细胞样本分类为ZNF670-ZNF695高表达和低表达两个组别，采用Kaplan-Meier法绘制了生存曲线并进行了对数秩检验。
将患者生存时间与依组别分类作图如图2所示。可以看出，依据ZNF670-ZNF695的表达分类的样本具有显著的生存差异，在相同生存时间时，低表达组(Low)的患者存活率更高。
这喻示着它们有作为子宫内膜癌预后预测标志物的潜力。
具体方法如下：
检测待检癌症患者的癌组织中ZNF670-ZNF695的转录水平，癌组织中ZNF670-ZNF695的转录水平低的待检癌症患者的存活率大于或显著大于癌组织中ZNF670-ZNF695的转录水平高的待检癌症患者。
检测待检癌症患者的癌组织中ZNF670-ZNF695的转录水平可以通过测序或者实施例3中的Q-PCR检测。
待检癌症患者为群体。
实施例3、检测长非编码RNA转录水平的引物设计及方法的构建
1、检测长非编码RNA转录水平的引物设计
根据ZNF670-ZNF695的基因序列(Gene ID:100533111(NCBI提交日2019年2月13日)所示的DNA分子)设计Q-PCR引物如表2:
表2
ZNF670-ZNF695-1F TCCGAGTAGCTCCTTGGGAT(序列1)
ZNF670-ZNF695-1R GCTCACACCTGCGTGAATTT(序列2)
2、检测长非编码RNA转录水平的方法的构建
提取待测子宫内膜癌患者的子宫内膜癌组织细胞与癌旁组织细胞的RNA，将其逆转录后的cDNA作为模板，分别用如下引物进行实时荧光定量核酸扩增检测，实现长非编码RNA转录水平的检测。
上述的逆转录的反应体系及反应条件如下：600ng RNA加DEPC水补充至6ul，65℃5min预变性后立即放置于冰上1min；加入2ul genomer remover，混匀后37℃5min；加入2ul5*RT Buffer，37℃15min→50℃5min→98℃5min。(反应过程在PCR仪中进行)
上述的Q-PCR的反应体系如下：SKBR 5ul,cDNA 0.5ul,引物ZNF670-ZNF695-1F0.5ul,引物ZNF670-ZNF695-1R 0.5ul,ddH2O 3.5ul；
上述的Q-PCR的反应条件如下：95℃,1min→(95℃,15s→60℃,45s)*40rotation.(反应过程在Qpcr仪中进行)。
SEQUENCE LISTING
<110> 清华大学深圳研究生院
<120> 一种子宫内膜癌生物标志物在癌症诊断和预后情况预测中的应用
<160> 2
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 1
tccgagtagc tccttgggat 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 2
gctcacacct gcgtgaattt 20

Claims (8)

1.检测待测样本中长非编码RNA ZNF670-ZNF69的转录水平的物质在制备诊断或辅助诊断子宫内膜癌产品中的应用。
2.检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质在制备诊断或辅助诊断子宫内膜癌产品中的应用。
3.检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质在制备预测子宫内膜癌患者预后生存情况产品中的应用。
4.根据权利要求1-3中任一所述的应用，其特征在于：所述检测各个样本中长非编码RNA ZNF670-ZNF69的转录水平的物质为如下1)或2)：
1)转录测序所需试剂及仪器；
2)扩增所述ZNF670-ZNF695的引物对或含有所述引物对的试剂或试剂盒。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：
所述扩增ZNF670-ZNF695的引物对由序列1所示的单链DNA分子或其衍生物和序列2所示的单链DNA分子或其衍生物组成；
所述单链DNA分子的衍生物为将所述单链DNA分子经过一个或几个核苷酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的且具有相同功能的单链DNA分子。
6.一种诊断或辅助诊断子宫内膜癌产品，其包括权利要求1-5任一中检测待测样本中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质或检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质或检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质。
7.一种预测子宫内膜癌患者预后生存情况产品，其包括权利要求1-5任一中检测待测样本中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质或检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质或检测待检者的癌组织和癌旁组织中长非编码RNA ZNF670-ZNF695的转录水平的物质。
8.根据权利要求6或7所述的产品，其特征在于：
所述产品为试剂盒。
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