CN110129457B - 一种遗传标记组合及其应用 - Google Patents

一种遗传标记组合及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN110129457B
CN110129457B CN201910529570.2A CN201910529570A CN110129457B CN 110129457 B CN110129457 B CN 110129457B CN 201910529570 A CN201910529570 A CN 201910529570A CN 110129457 B CN110129457 B CN 110129457B
Authority
CN
China
Prior art keywords
number corresponding
snp number
snp
loci
genetic marker
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201910529570.2A
Other languages
English (en)
Other versions
CN110129457A (zh
Inventor
赵国栋
乔宗赟
陈洁
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shanghai Ren Dong Medical Laboratory Ltd
Original Assignee
Shanghai Ren Dong Medical Laboratory Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shanghai Ren Dong Medical Laboratory Ltd filed Critical Shanghai Ren Dong Medical Laboratory Ltd
Priority to CN201910529570.2A priority Critical patent/CN110129457B/zh
Publication of CN110129457A publication Critical patent/CN110129457A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN110129457B publication Critical patent/CN110129457B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers

Abstract

本发明公开了一种遗传标记组合,包括46个SNP位点;所述46个SNP位点均在人体的常染色体基因上;所述遗传标记组合的46个SNP位点均在常染色体上,能够有效方便的作为个体身份信息认证依据,可以一次性通过探针捕获技术获取到所有相关位点,通过高通量测序分析,可进行个体身份识别,实验操作和数据分析方法简便,可以降低成本,提高分析效率。

Description

一种遗传标记组合及其应用
技术领域
本发明属于遗传信息技术领域,具体涉及一种遗传标记组合及其应用。
背景技术
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,几乎所有常见的单核苷酸多态性(SNP)位点只有两个等位基因。单核苷酸多态性(SNP)位点的分布是不均匀的,在非编码区比在编码区更常见。DNA指纹图谱是指个体间的遗传变异(尤其是在基因组的非编码区),常被用于法医学。同时,这些遗传变异也构成了人体对疾病易感性的差异,以及疾病的严重程度及治疗效果的差异,造成这种差异的原因是由于药物在不同的个体内活化、代谢和清除等方面的基因差异,这种差异的来源就是SNP。在人类基因组中,每隔100至300个碱基就会存在一处SNP位点。每3个SNP位点中有2个会是胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)的相互转变。SNP可以作为遗传标记,用于个体的身份识别。在全基因组上选择特定的多个SNP,可以准确的鉴别一个人的身份,随着SNP数量的增多,这种识别的错误率降低,准确性提高。个体遗传信息的身份号是由这些SNP位点的组合数据来表示,选出来的基因位点的组合因而具有唯一性。
SNPs的二态性,也有利于对其进行基因分型。利用基因分型的结果中SNP组合作为遗传标记,可用于区分人群,这些位点有些会与特定的表型形状相关联。根据所有人群的SNP的分布频率,基于肿瘤诊断领域的panle覆盖位点进行身份鉴定,也有助于数据的一致性和完整性分析,目前还没有人涉及。
随着二代测序技术的发展和成本的降低,为更多人提供了通过基因检测进行疾病预防和遗传性疾病筛查的选择,尤其是基于NGS的癌症panel检测使该领域得到快速发展。在遗传性疾病筛查有关领域,从不同染色体上搜寻互相独立的SNP位点进行身份识别将对遗传信息的分析和存储有一定帮助。遗传标记在联合应用时,必须位于不同染色体上;或位于同一染色体上但间距较远,可以独立分离。此时遗传标记之间都是彼此独立遗传的。只有在这种情况下,进行个人识别或亲权鉴定中,多个遗传标记累积鉴别概率的计算是使用独立遗传的表型频率或基因频率才有效。
短串联重复(Short tandem repeats,STR),又称微卫星DNA(MicrosatelliteDNA)或简单重复序列(Simple repeat sequence,SRS或SSR),是广泛存在于原核生物和真核生物基因组中的核苷酸重复序列。STR是以核心序列(core repeat units)首尾相连多次重复形成。每个STR的核心序列结构相同,长度为2-6bp,但其重复单位数目和重复区域的长度不同,因此STR在不同种族、不同人群之间的分布具有很大差异性,构成了STR遗传多态性。不同个体之间在一个同源STR位点的重复次数也不同,因而同指纹识别一样,STR位点分析也可对个体进行身份识别。通过识别个体基因组在特定位点的特定序列重复,STR分型也是一种个体身份鉴定分析方法,广泛应用于法医学、亲子鉴定及细胞鉴定等领域。STR的检测需要对细胞基因组特定的多态性区域,设计荧光标记的引物进行PCR扩增,然后对扩增产物通过专用的系统及软件进行检测,从而确定某个位点具体有多少个重复序列,同时可绘制STR图谱,利用图谱即可非常精确地鉴别每个个体。
目前国内的元码基因开发了基于71个SNP位点,25个STR位点以及用于增强标记组合的Y染色体多态性位点的个体身份识别遗传标记组合,其中71个SNP位点中有16个来自线粒体的SNP,55个来自常染色体的SNP。该方法涉及位点众多,需要定制较多的PCR引物,以及对不同类型的多态性位点需要多次PCR,再进行混合建库测序。
申请号为CN201810189741.7的专利公开了一种基于二代测序的个体识别体系、试剂盒及其用途,个体识别体系包括针对112个STR位点和318个SNP位点设计的引物序列,112个STR位点包括53个常染色体STR位点、23个X染色体STR位点及35个Y染色体STR位点和一个性别决定位点AMEL;318个SNP位点包括186个常染色体SNP位点、69个X染色体SNP位点、57个Y染色体SNP位点、及6个血型表型相关SNP位点。这种个体识别体系需要同时获得常染色体、X染色体、Y染色体上的二代或三代遗传标记信息,这种操作方法过程繁琐,分析周期较长,分析效率较低,使用成本较高。
发明内容
本发明的目的是提供了一种遗传标记组合及其应用,作为遗传标记组合的46个SNP位点均在常染色体上,可以一次性通过探针捕获技术获取到所有相关位点,通过高通量测序分析,可进行个体身份识别,实验操作和数据分析方法简便,可以降低成本,提高分析效率。
本发明的技术方案如下:
一种遗传标记组合,包括46个SNP位点;所述46个SNP位点所在的基因均在人体的常染色体基因上;所述46个SNP位点不同,具体为:NTRK3位置的G或T、GSTP1位置的A或G、CCND1位置的G或A、ERBB2位置的C或G、ALK位置的A或G、XPC位置的G或T、FLT3位置的G或A、NF1位置的G或T、DDR2位置的C或T、SLCO1B1位置的C或T、ROS1位置的G或C、BRCA2位置的A或G、MTHFR位置的G或A、BRCA1位置的G或A、MTOR位置的G或C、CDA位置的A或C、EGFR位置的T或G、FASTKD3位置的A或G、CCND3位置的A或T、BRAF位置的T或C、GAPDH位置的T或C、KDR位置的T或A、BCL2L11位置的T或C、MET位置的G或A、SMO位置的G或T、FGFR2位置的G或A、MAP2K2位置的G或T、ERBB4位置的T或C、ABCB1位置的A或T、RET位置的C或G、ERBB3位置的G或C、NTRK1位置的G或T、ERCC1位置的A或G、TP53位置的G或T、PIK3R1位置的C或T、XRCC1位置的T或C、CCND2位置的C或T、CBR3-AS1位置的G或A、AKT1位置的C或T、GNA11位置的C或T、ESR1位置的T或C、NOTCH1位置的A或G、APC位置的T或C、LRRC56位置的A或G、PTCH1位置的G或T和SOD2位置的A或G。
一种遗传标记组合在制备用于个体身份信息识别的试剂盒中的应用。
一种用于个体身份信息识别的试剂盒,所述试剂盒包括遗传标记组合。
优选的,所述试剂盒在制备用于鉴定不同基因是否来自同一个个体的制剂中的用途。
本发明具有如下有益效果:
本发明遗传标记组合中的46个SNP位点的型别信息,能够有效方便的作为个体身份信息认证依据。所称的个体,不限人种和地域。所称的个体身份信息,包括但不限于个体的表型、所属种族、所属血统家系信息等。遗传分型也称基因分型,是进行遗传鉴定例如亲子鉴定、罪犯认定、失踪人口认定的有力工具。遗传学的证据可以从任何的生物学材料得来,包括但不限于头发、血液、精子、骨头、牙齿、肌肉和唾液。法医领域用于对生物材料进行分类的遗传标记数据库已经过数次的更新和完善,从标记本身到所使用的方法。对位点进行分型,可以利用已知方法,本发明对此不做限制。通过个体身份信息识别可有效鉴定对照组织的Normal样本与肿瘤组织的Tumor样本是否来自同个个体,或者鉴定不同批次的肿瘤组织的Tumor样本是否来自同个患者。作为遗传标记组合的46个SNP位点所在的基因均在常染色体上,可以一次性通过探针捕获技术获取到所有相关位点,通过高通量测序分析,可进行个体身份识别,实验操作和数据分析方法简便,可以降低成本,提高分析效率。
具体实施方式
为了更好的理解本发明,下面通过实施例对本发明进进一步说明,实施例只用于解释本发明,并不会对本发明构成任何限定。
将常染色体上的46个SNP位点作为遗传标记组合,遗传标记组合的46个SNP位点信息如表1所示。
表1为常染色体上的46个SNP位点
NO. Locus Lead SNP Chr Build position Risk Other
1 NTRK3 rs2229910 chr15 88576185 G T
2 GSTP1 rs1695 chr11 67352689 A G
3 CCND1 rs9344 chr11 69462910 G A
4 ERBB2 rs1058808 chr17 37884037 C G
5 ALK rs2256740 chr2 29455267 A G
6 XPC rs2228001 chr3 14187449 G T
7 FLT3 rs1933437 chr13 28624294 G A
8 NF1 rs1801052 chr17 29508775 G T
9 DDR2 rs2298258 chr1 162737116 C T
10 SLCO1B1 rs2291075 chr12 21331625 C T
11 ROS1 rs619203 chr6 117622184 G C
12 BRCA2 rs1801406 chr13 32911888 A G
13 MTHFR rs1801133 chr1 11856378 G A
14 BRCA1 rs1799949 chr17 41245466 G A
15 MTOR rs2275527 chr1 11190646 G C
16 CDA rs2072671 chr1 20915701 A C
17 EGFR rs2227984 chr7 55238874 T G
18 FASTKD3 rs1801394 chr5 7870973 A G
19 CCND3 rs1051130 chr6 41903782 A T
20 BRAF rs9648696 chr7 140449150 T C
21 GAPDH rs1803621 chr12 6647109 T C
22 KDR rs1870377 chr4 55972974 T A
23 BCL2L11 rs724710 chr2 111907691 T C
24 MET rs41737 chr7 116436097 G A
25 SMO rs2228617 chr7 128846328 G T
26 FGFR2 rs1047057 chr10 123239112 G A
27 MAP2K2 rs10250 chr19 4101062 G T
28 ERBB4 rs3748962 chr2 212251864 T C
29 ABCB1 rs1045642 chr7 87138645 A T
30 RET rs1800863 chr10 43615633 C G
31 ERBB3 rs2271189 chr12 56494991 G C
32 NTRK1 rs6334 chr1 156846233 G T
33 ERCC1 rs11615 chr19 45923653 A G
34 TP53 rs1042522 chr17 7579472 G T
35 PIK3R1 rs706713 chr5 67522722 C T
36 XRCC1 rs25487 chr19 44055726 T C
37 CCND2 rs3217805 chr12 4388084 C T
38 CBR3-AS1 rs1056892 chr21 37518706 G A
39 AKT1 rs1130233 chr14 105239894 C T
40 GNA11 rs4900 chr19 3119239 C T
41 ESR1 rs2077647 chr6 152129077 T C
42 NOTCH1 rs2229971 chr9 139407932 A G
43 APC rs2229992 chr5 112162854 T C
44 LRRC56 rs12628 chr11 534242 A G
45 PTCH1 rs357564 chr9 98209594 G T
46 SOD2 rs4880 chr6 160113872 A G
实施例1
本发明的遗传标记组合在二代测序中的应用具体如下:
1、样本的DNA提取
采用德国Qiagen公司QIAamp DNA FFPE Tissue Kit说明书中的DNA提取方法,从人体血液中的白细胞和患者组织白片中分别提取Normal样本DNA和Tumor样本DNA。
2、DNA扩增和建库
将提取的Normal样本DNA加入Covaris 130μl打断管中,设置程序:50W,20%,200cycles,330s;DNA打断结束后取1μl,qsep 100检测片段分布,主峰150-200bp。加入AMPure beads进行混匀,室温孵育5min,在温度为37℃的条件下对gDNA进行末端修复,修复时间为10min。修复完成后,在DNA两侧加上建库用接头序列配制如表2所示的引物反应体系,涡旋混匀并短暂离心。将离心后的混合物放置于PCR仪上进行反应,PCR仪的反应参数如表3所示,反应后加入
Figure BDA0002099304420000071
AMPure beads纯化。
表2为引物反应体系
组分 体积
2×KAPA HiFi HotStart ReadyMix 25μl
Reagent R1 5μl
接头连接纯化产物 20μl
总体积 50μl
表3为PCR仪的反应参数
Figure BDA0002099304420000072
3、文库杂交捕获进行目标基因富集
在1.5ml低吸附离心管中加入如表4所示的混合试剂,45℃抽干,抽干后的样品可以继续杂交或者室温放置过夜。
表4为混合试剂
组分
混合文库 500ng
Cot-1 DNA 5μg
xGen Universal Blockers-TS Mix 2μl
探针杂交
加入如表5所示的试剂到抽干的离心管中,室温放置5-10min,吸打混匀后转到0.2ml PCR管中;
表5为混合试剂
组分 体积
2×Hybridization Buffer 8.5μl
Hybridization Buffer Enhancer 2.7μl
H<sub>2</sub>O 1.8μl
再将0.2ml PCR管置于温度为95℃的PCR仪上反应10min,结束后立即从PCR仪上取下并马上加入4μl探针,涡旋并离心,置于PCR仪上65℃杂交过夜,热盖温度设为75℃。再经过捕获和清洗之后,进行PCR富集,富集方法为配制如表6所示的富集反应体系,吸打混匀,保证磁珠均匀分散在溶液中。将溶液放置于PCR仪上进行反应,PCR仪的反应参数如表7所示,反应后加入
Figure BDA0002099304420000081
AMPure beads再次进行纯化。
表6为富集反应体系
组分 体积
2×KAPA HiFi HotStart ReadyMix 25μl
10μM Illumina P5primer 2.5μl
10μM Illumina P7primer 2.5μl
含有捕获DNA的磁珠 20μl
总体积 50μl
表7为PCR仪的反应参数
Figure BDA0002099304420000091
4、DNA文库进行测序。
使用NextSeq 500测序仪进行测序
将文库变性并稀释,最终的装入剂量为1.3ml,装入浓度为1.8pmol/L(高输出试剂盒)和1.5pmol/L(中等输出试剂盒)。在具体操作时,装入浓度会因文库制备和定量方法而异。有关说明,参见《NextSeq系统变性和稀释文库指南》(文档号15048776)。
使用干净的1ml移液器吸头刺穿封箔口,将制备的1.3ml 1.8pmol/L文库装入标有Load Library Here(在此处装入文库)的槽中,装入文库时,避免碰到封箔口。
在测序仪的”Home(主页)”屏幕中,选择Sequence(测序)。
等测序完成,对下机后的bcl文件将各个样本数据根据index信息拆分转化为fastq格式的原始数据,以进行后续生物信息分析处理。拆分软件:illumina官方软件bcl2fastq v2.20.0.422。
5、原始数据预处理、序列比对。
使用trimmomatic 0.36对fastq数据进行过滤,过滤条件如下:
切除Reads的5’端低质量碱基或N碱基(Base quality低于3的)
切除Reads的3’端低质量碱基或N碱基(Base quality低于3的)
使用窗口为4bp的碱基平均质量,当窗口中碱基平均质量低于15,则切除该窗口内碱基只保留大于等于36bp的Reads。
比对采用Bwa软件将Tumor样本序列比对到参考基因组上,BWA-MEM是最新开发的算法,对于高质量的测序数据,其比对的速度更快,精确度更高,对于70-100bp的reads,BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列,获得Normal样本DNA序列。
6、将Tumor样本DNA替换步骤2中的Normal样本DNA,并采用步骤2至步骤5所述的检测方法,获得Tumor样本DNA序列。
7、Normal样本和Tumor样本的46个SNP位点基因型判断
当同一个个体的Normal样本和Tumor样本同时含有这46个SNP位点时,错误率最低。但真实样本中不一定含有全部46个SNP位点,对任意两个不同样本存在于这46个SNP位点中的SNPs,可比较它们共同的SNPs比例,它们相互之间至少有3个不同的SNPs,这样可以确定是来自两个人的样本。如果46个SNP位点基因型完全一致,则判断两个样本来自于同一个个体;如果有至少一个SNP位点不一致,则判断两个样本来自不同个体。
实施例2
本发明的遗传标记组合在二代测序中的应用具体如下:
1、样本的DNA提取
采用德国Qiagen公司QIAamp DNA FFPE Tissue Kit说明书中的DNA提取方法,分别从患者不同批次的组织白片中提取不同批次的Tumor样本DNA,以便分别对不同批次的Tumor样本DNA进行基因测序。
2、DNA扩增和建库
将提取的不同批次的Tumor样本DNA分别加入Covaris 130μl打断管中,设置程序:50W,20%,200cycles,330s;DNA打断结束后取1μl,qsep 100检测片段分布,主峰150-200bp。加入AMPure beads进行混匀,室温孵育5min,在温度为37℃的条件下对gDNA进行末端修复,修复时间为10min。修复完成后,在DNA两侧加上建库用接头序列配制如表2所示的引物反应体系,涡旋混匀并短暂离心。将离心后的混合物放置于PCR仪上进行反应,PCR仪的反应参数如表3所示,反应后加入
Figure BDA0002099304420000111
AMPure beads纯化。
表2为引物反应体系
组分 体积
2×KAPA HiFi HotStart ReadyMix 25μl
Reagent R1 5μl
接头连接纯化产物 20μl
总体积 51μl
表3为PCR仪的反应参数
Figure BDA0002099304420000112
3、文库杂交捕获进行目标基因富集
在1.5ml低吸附离心管中加入如表4所示的混合试剂,45℃抽干,抽干后的样品可以继续杂交或者室温放置过夜。
表4为混合试剂
Figure BDA0002099304420000113
Figure BDA0002099304420000121
探针杂交
加入如表5所示的试剂到抽干的离心管中,室温放置5-10min,吸打混匀后转到0.2ml PCR管中;
表5为混合试剂
组分 体积
2×Hybridization Buffer 8.5μl
Hybridization Buffer Enhancer 2.7μl
H<sub>2</sub>O 1.9μl
再将0.2ml PCR管置于温度为95℃的PCR仪上反应10min,结束后立即从PCR仪上取下并马上加入4μl探针,涡旋并离心,置于PCR仪上65℃杂交过夜,热盖温度设为75℃。再经过捕获和清洗之后,进行PCR富集,富集方法为配制如表6所示的富集反应体系,吸打混匀,保证磁珠均匀分散在溶液中。将溶液放置于PCR仪上进行反应,PCR仪的反应参数如表7所示,反应后加入
Figure BDA0002099304420000122
AMPure beads再次进行纯化。
表6为富集反应体系
组分 体积
2×KAPA HiFi HotStart ReadyMix 25μl
10μM Illumina P5primer 2.5μl
10μM Illumina P7primer 2.5μl
含有捕获DNA的磁珠 20μl
总体积 51μl
表7为PCR仪的反应参数
Figure BDA0002099304420000123
Figure BDA0002099304420000131
4、DNA文库进行测序。
使用NextSeq 500测序仪进行测序
将文库变性并稀释,最终的装入剂量为1.3ml,装入浓度为1.8pmol/L(高输出试剂盒)和1.5pmol/L(中等输出试剂盒)。在具体操作时,装入浓度会因文库制备和定量方法而异。有关说明,参见《NextSeq系统变性和稀释文库指南》(文档号15048776)。
使用干净的1ml移液器吸头刺穿封箔口,将制备的1.3ml 1.8pmol/L文库装入标有Load Library Here(在此处装入文库)的槽中,装入文库时,避免碰到封箔口。
在测序仪的”Home(主页)”屏幕中,选择Sequence(测序)。
等测序完成,对下机后的bcl文件将各个样本数据根据index信息拆分转化为fastq格式的原始数据,以进行后续生物信息分析处理。拆分软件:illumina官方软件bcl2fastq v2.20.0.422。
5、原始数据预处理、序列比对。
使用trimmomatic 0.36对fastq数据进行过滤,过滤条件如下:
切除Reads的5’端低质量碱基或N碱基(Base quality低于3的)
切除Reads的3’端低质量碱基或N碱基(Base quality低于3的)
使用窗口为4bp的碱基平均质量,当窗口中碱基平均质量低于15,则切除该窗口内碱基只保留大于等于36bp的Reads。
5、比对采用Bwa软件将不同批次的Tumor样本序列比对到参考基因组上,BWA-MEM是最新开发的算法,对于高质量的测序数据,其比对的速度更快,精确度更高,对于70-100bp的reads,BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列,获得不同批次的Normal样本DNA序列。
6、两批Tumor样本的46个SNP位点基因型判断
当两批Tumor样本同时含有这46个SNP位点时,错误率最低。但真实样本中不一定含有全部46个SNP位点,对任意两个不同样本存在于这46个SNP位点中的SNPs,可比较它们共同的SNPs比例,它们相互之间至少有3个不同的SNPs,这样可以确定两批Tumor样本不是来自同一个患者。如果46个SNP位点基因型完全一致,则判断两批Tumor样本来自于同一个患者;如果有至少一个SNP位点不一致,则判断两批Tumor样本来自不同患者。
以上所述仅为本发明的实施例,并非因此限制本发明的专利范围,凡是利用本发明说明书内容所作的等效结构或等效流程变换,或直接或间接运用在其他相关的技术领域,均同理包括在本发明的专利保护范围内。

Claims (4)

1.一种遗传标记组合,其特征在于,包括46个SNP位点;所述46个SNP位点所在的基因均在人体的常染色体基因上;所述46个SNP位点不同,具体为:NTRK3位置的G或T、GSTP1位置的A或G、CCND1位置的G或A、ERBB2位置的C或G、ALK位置的A或G、XPC位置的G或T、FLT3位置的G或A、NF1位置的G或T、DDR2位置的C或T、SLCO1B1位置的C或T、ROS1位置的G或C、BRCA2位置的A或G、MTHFR位置的G或A、BRCA1位置的G或A、MTOR位置的G或C、CDA位置的A或C、EGFR位置的T或G、FASTKD3位置的A或G、CCND3位置的A或T、BRAF位置的T或C、GAPDH位置的T或C、KDR位置的T或A、BCL2L11位置的T或C、MET位置的G或A、SMO位置的G或T、FGFR2位置的G或A、MAP2K2位置的G或T、ERBB4位置的T或C、ABCB1位置的A或T、RET位置的C或G、ERBB3位置的G或C、NTRK1位置的G或T、ERCC1位置的A或G、TP53位置的G或T、PIK3R1位置的C或T、XRCC1位置的T或C、CCND2位置的C或T、CBR3-AS1位置的G或A、AKT1位置的C或T、GNA11位置的C或T、ESR1位置的T或C、NOTCH1位置的A或G、APC位置的T或C、LRRC56位置的A或G、PTCH1位置的G或T和SOD2位置的A或G; NTRK3对应SNP号为rs2229910; GSTP1对应SNP号为rs1695; CCND1对应SNP号为rs9344;ERB对应SNP号为rs1058808;ALK对应SNP号为rs2256740; XPC对应SNP号为rs2228001; FLT3对应SNP号为rs1933437; NF1对应SNP号为rs1801052; DDR2对应SNP号为rs2298258; SLC01B1对应SNP号为rs2291075; ROS对应SNP号为rs619203; BRCA2对应SNP号为rs1801406;MTHFR对应SNP号为rs1801133; BRCA1对应SNP号为rs1799949;MTOR对应SNP号为rs 2275527; CDA对应SNP号为rs2072671; EGFR对应SNP号为rs2227984; FASTKD3对应SNP号为rs1801 394; CCND3对应SNP号为rs1051130; BRAF对应SNP号为rs 9648696;GAPDH对应SNP号为rs1803621; KDR对应SNP号为rs1870377; BCL2L11对应SNP号为rs724710; MET对应SNP号为rs41737; SMO对应SNP号为rs 2228617; FGFR2对应SNP号为rs1047057;MAP2K2对应SNP号为rs10250; ERBB4对应SNP号为rs3748962; ABCB1对应SNP号为rs1045642; RET对应SNP号为rs1800863; ERBB3对应SNP号为rs2271189; NTRK1对应SNP号为rs6334;ERCC1对应SNP号为rs11615;TP53对应SNP号为rs1042522; PIK3R1对应SNP号为rs706713; XRCC1对应SNP号SNP号为rs25487; CCND2对应SNP号为rs3217805;CBR3- AS1对应SNP号为rs1056892; AKT1 对应SNP号为rs1130233; GNA11对应SNP号为rs4900; ESR1对应SNP号为rs2077647; NOTCH1对应SNP号为rs2229971; APC对应SNP号为rs 2229992;LRRC56对应SNP号为rs12628; PTCH1对应SNP号为rs357564; SOD对应SNP号为rs4880。
2.一种如权利要求1所述遗传标记组合在制备用于个体身份信息识别的试剂盒中的应用。
3.一种用于个体身份信息识别的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括如权利要求1所述遗传标记组合。
4.如权利要求3所述试剂盒在制备用于鉴定不同基因是否来自同一个个体的制剂中的用途。
CN201910529570.2A 2019-06-19 2019-06-19 一种遗传标记组合及其应用 Active CN110129457B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910529570.2A CN110129457B (zh) 2019-06-19 2019-06-19 一种遗传标记组合及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910529570.2A CN110129457B (zh) 2019-06-19 2019-06-19 一种遗传标记组合及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN110129457A CN110129457A (zh) 2019-08-16
CN110129457B true CN110129457B (zh) 2020-03-20

Family

ID=67577943

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910529570.2A Active CN110129457B (zh) 2019-06-19 2019-06-19 一种遗传标记组合及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110129457B (zh)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112143819B (zh) * 2020-10-20 2022-04-19 北京金则医学检验实验室有限公司 一种用于个体身份识别的遗传标记组合以及专用引物组合
CN112342303A (zh) * 2020-12-04 2021-02-09 郑州高新生物技术有限公司 一种基于ngs的人类y染色体str和snp遗传标记联合检测体系及检测方法
CN113564266B (zh) * 2021-09-24 2021-12-17 上海仁东医学检验所有限公司 Snp分型遗传标记组合、检测试剂盒及用途

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102337345B (zh) * 2011-11-04 2013-04-17 四川大学 基于20个三等位基因snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒
CN103805706B (zh) * 2014-02-17 2015-09-09 无锡中德美联生物技术有限公司 一种快速检测snp位点的四重荧光定量试剂盒
CN105483123B (zh) * 2015-11-23 2019-02-22 元码基因科技(北京)股份有限公司 遗传标记组合、个体基因身份证及其用途
CN106702010B (zh) * 2017-03-06 2020-07-28 黄捷 一种遗传标记组合、个体基因身份证、二维码、试剂盒及其用途
CN107541554B (zh) * 2017-09-14 2021-06-11 中山大学 用于人体个体识别和/或亲权鉴定的遗传标记及其检测方法和试剂盒
CN109321660A (zh) * 2018-10-09 2019-02-12 北京优迅医学检验实验室有限公司 遗传标记组合、个体基因身份证及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN110129457A (zh) 2019-08-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
AU2019203491B2 (en) Using cell-free DNA fragment size to determine copy number variations
EP3230469B1 (en) Using cell-free dna fragment size to determine copy number variations
RU2752700C2 (ru) Способы и композиции для днк-профилирования
JP6659672B2 (ja) 胎児染色体部分異数性およびコピー数変動の検出
CN110129457B (zh) 一种遗传标记组合及其应用
CA2840418C (en) Method for determining the presence or absence of different aneuploidies in a sample
CN103198238B (zh) 构建药物反应相关基因标准型别数据库的方法及其应用
EP3636777A1 (en) System and methodology for the analysis of genomic data obtained from a subject
CN106715712B (zh) 用于鉴定多个生物样本之间身份关系的方法和系统
EP2691544B1 (en) Method for verifying bioassay samples
CN105524981A (zh) 目标基因的捕获试剂盒及捕获方法
CN113278611B (zh) 捕获测序探针及其用途
EP2971087B1 (en) Assessing dna quality using real-time pcr and ct values
US20190352711A1 (en) Method for Rapidly Constructing Amplicon Library Through One-Step Process
JP2018130036A (ja) Hla遺伝子のpcrプライマーセット及びそれを用いたシークエンス法
He et al. T2T-YAO: a telomere-to-telomere assembled diploid reference genome for Han Chinese
CN106702010B (zh) 一种遗传标记组合、个体基因身份证、二维码、试剂盒及其用途
WO2015196752A1 (en) A method and a kit for quickly constructing a plasma dna sequencing library
CN112592981B (zh) 用于dna档案建库的引物组、试剂盒和方法
JP2019506151A (ja) ウイルス性出血性敗血症ウイルスの遺伝子変異の検出方法
JP2023521687A (ja) 浮動バーコード
CN111748621A (zh) 一种检测肺癌相关41基因的探针库、试剂盒及其应用
CN105886497A (zh) 多态性短串联重复基因座等位基因梯、其制备方法、鉴定及应用
CN109852702A (zh) 一种snp-snp标记的复合体系及其检测不平衡混合样本的方法和应用
CN112646869B (zh) 阿托伐他汀个体化用药基因的指导方法及试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant