CN109694922A - 薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定方法 - Google Patents

薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定方法 Download PDF

Info

Publication number
CN109694922A
CN109694922A CN201910147906.9A CN201910147906A CN109694922A CN 109694922 A CN109694922 A CN 109694922A CN 201910147906 A CN201910147906 A CN 201910147906A CN 109694922 A CN109694922 A CN 109694922A
Authority
CN
China
Prior art keywords
thin shell
dependable
shell mountain
primer
peach cultivars
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201910147906.9A
Other languages
English (en)
Other versions
CN109694922B (zh
Inventor
朱汤军
彭华正
金群英
其他发明人请求不公开姓名
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Zhejiang Academy of Forestry
Original Assignee
Zhejiang Academy of Forestry
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Zhejiang Academy of Forestry filed Critical Zhejiang Academy of Forestry
Priority to CN201910147906.9A priority Critical patent/CN109694922B/zh
Publication of CN109694922A publication Critical patent/CN109694922A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN109694922B publication Critical patent/CN109694922B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13Plant traits

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及薄壳山核桃品种Dependable的多对高特异性特征序列、分子特异性标记引物、以及一种能对薄壳山核桃品种Dependable进行快速、准确地鉴定的方法;所述分子特异性标记引物组序列如下:1)上游引物:5′‑GAAAGAGAGCGCCGATACGA‑3′;下游引物:5′‑TACACTACGCGGCTTTTGGA‑3′2)上游引物:5′‑GGAGACAAGGGAATGGCCAA‑3′;下游引物:5′‑CATGATCCTGCACTCTACCGT‑3′3)上游引物:5′‑TCATGGGAAAGCCAGTCGAC‑3′;下游引物:5′‑TCCTCTCCTCCTCAAGCCAA‑3′本发明分子特异性标记引物可对薄壳山核桃品种Dependable进行快速的早期鉴别,方法简单、快捷、准确,是表观特征辨别薄壳山核桃品种所不可替代的分子手段。

Description

薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定 方法
技术领域
本发明涉及薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、分子特异性标记引物组合以及利用该分子特异性标记引物组合对薄壳山核桃品种Dependable进行特异性鉴定的方法。
背景技术
薄壳山核桃(Carya illinoënsis (Wangenh.) K.Koch)是胡桃科山核桃属中最有经济价值的树种;薄壳山核桃是典型的异交植物,现有生产实践发现,薄壳山核桃的品种配置是影响其产量的主要因素之一;美国是薄壳山核桃的原产地之一,也是中心产区,多年来,美国已选育命名的栽培品种约1000个;我国引种薄壳山核桃已有100多年历史,目前生产上常用的品种有几十个,多年的生产实践证明我国广大亚热带地区是薄壳山核桃的适生区;
但是,我国现有薄壳山核桃产区面临的主要问题是产量低下和不稳定,造成这一现象的原因有多个方面,其中之一就是现有引进的品种尚缺乏明确的亲缘关系分析,再加上一些杂交后代定名的混乱,导致难以进行有效的亲本选择和合理配置,不便于品种鉴定、推广、交流及新品种的培育,因此着力从分子水平上开发出一些稳定、特异的DNA品种指纹标记是实现薄壳山核桃品种准确快速鉴定的科学途径;
国内外已报导一些用于薄壳山核桃品种鉴定和亲缘关系分析的分子标记方法,比较好的有SSR分子标记法,但这些旧有的检测方法较为繁琐,且结果不稳定。
发明内容
本发明目的是提供薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、分子特异性标记引物组合以及利用该分子特异性标记引物组合对薄壳山核桃品种Dependable进行特异性鉴定的方法;
本发明采用的技术方案是:
薄壳山核桃品种Dependable的特征序列组,其序列组如下:
1)5′-AATTCTAATCTCTACCACCAAACTGCCCCTATGAAGATTCGAGGAAACAATCGTCCACACAGAAAGAGAGCGCCGATACGAGTAGCCACAAAGAAGAGCTGAGCTCCTATTAAATTAGTCAGCGTAGCAAGAATCGGGTCTTCACGAGCCACGACTGCATATAAGCTTGAACCATAAGCTATCACCATTGCGTAAATAGCTAATTCATTTAAGGTCACGGAAATTCCTCTCCATCTGACGAATACATCCGGGTCCATTTTCAATCCAAAAGCCGCGTAGTGTAAAAACATTGAGGCAACTGAGAAAACAAACGCCAAGTAATTAGATATTACAAATGTGTCCAA-3′
2)5′-AATTCAGTAGATGATCTGGAGATGGTGTTCTATTTCTTCGACTTCCAGGAGACAAGGGAATGGCCAATGAACACACAAAATCCAGTGGTTGATCTACGTGTATCTGGGCAGTTGGCCCAATTAGCATCTGAGTAAGCTATGCATTCCATCTTTGAACTGGCAGAGAAGAAGATGCCTTGCCCAGGTGTGCTTTTGACATAGCTTGAGAACCGTGATGACAGCATCGTAATGAGGGACTCTCGATGTTGCCATGAATTGACTAAGTAAATTAACACCGTAACTTAAGTCTGGTTGTGTATTGGTTAGATAAAGAAGCTTACCAACCAATTTACGGTAGAGTGCAGGATCATGAAAGAGTGCACCTTCATCCTTTTTGAGTTTGAT-3′
3)5′-AATTCATGATCATGGGAAAGCCAGTCGACCAAGCAGCAATGTACGCTACGCAGCAGCCTCGAGCACCTATGGCTTTCATGCCATGGCCACAGAGTCAAACTCAGCAGCAGCAGCCACCACAGCAGCAGCAAACAGACTCTTGAATCTTGGTCACTGTGGTCAAGGTAATGTAACAGATGTTTTCAGGCACCCCTTTGACTGATAGAGATGAATTGCTGGTAGTGTCTTTTAGCAAGTAGCGTTCTTTTTTCTTTCCCCTAAGTTGGTAGCTTTAATGCTGAGTGGATGATGAGCTTGTGATTTGGTACTATGTATGGGCTTTGTAGTCGCCTCTTATTTAAAAGTATTTCTCAATGTGCATCCTTGGATGTTTTGATAAGTACGGGTGAATGATGATTGGAATGGTTGGCTTGAGGAGGAGAGGATACAGAAAGCTTAAATAGTTTTCAAAAATGGCCAAAAATCTTTACTCATG-3′
本发明还涉及薄壳山核桃品种Dependable的分子特异性标记引物组,所述引物序列为:
1)上游引物:5′-GAAAGAGAGCGCCGATACGA-3′;
下游引物:5′-TACACTACGCGGCTTTTGGA-3′
2)上游引物:5′-GGAGACAAGGGAATGGCCAA-3′;
下游引物:5′-CATGATCCTGCACTCTACCGT-3′
3)上游引物:5′-TCATGGGAAAGCCAGTCGAC-3′;
下游引物:5′-TCCTCTCCTCCTCAAGCCAA-3′
上述3对引物组合的来源:首先,从常见的24个品种中筛选出性状差异较大的5个品种进行简化基因的测序和比较分析;接着,根据分析结果设计1000多对引物,在24个样品中进行筛选和验证,获得薄壳山核桃品种Dependable的特异性DNA片段;然后,将该片段克隆测序,再经过三次以上重复性取样的复筛,最终获得的分子特异性标记引物组合;以上述特异性引物组合对薄壳山核桃品种进行PCR扩增,仅Dependable可获得分别为222bp、304bp、416bp大小的3条特异性片段,其他薄壳山核桃品种均不能获得选出引物组合的特异性片段;需要说明的是,本发明的分子特异性标记引物组合仅限于薄壳山核桃品种的鉴定,即待测样品仅限于薄壳山核桃;
针对上述特征序列,设计的3对特异性引物,所扩增的3个产物分别为:
1)222bp:5’-GAAAGAGAGCGCCGATACGAGTAGCCACAAAGAAGAGCTGAGCTCCTATTAAATTAGTCAGCGTAGCAAGAATCGGGTCTTCACGAGCCACGACTGCATATAAGCTTGAACCATAAGCTATCACCATTGCGTAAATAGCTAATTCATTTAAGGTCACGGAAATTCCTCTCCATCTGACGAATACATCCGGGTCCATTTTCAATCCAAAAGCCGCGTAGTGTA-3’
2)304bp:5’-GGAGACAAGGGAATGGCCAATGAACACACAAAATCCAGTGGTTGATCTACGTGTATCTGGGCAGTTGGCCCAATTAGCATCTGAGTAAGCTATGCATTCCATCTTTGAACTGGCAGAGAAGAAGATGCCTTGCCCAGGTGTGCTTTTGACATAGCTTGAGAACCGTGATGACAGCATCGTAATGAGGGACTCTCGATGTTGCCATGAATTGACTAAGTAAATTAACACCGTAACTTAAGTCTGGTTGTGTATTGGTTAGATAAAGAAGCTTACCAACCAATTTACGGTAGAGTGCAGGATCATG-3’
3)416bp:5’-TCATGGGAAAGCCAGTCGACCAAGCAGCAATGTACGCTACGCAGCAGCCTCGAGCACCTATGGCTTTCATGCCATGGCCACAGAGTCAAACTCAGCAGCAGCAGCCACCACAGCAGCAGCAAACAGACTCTTGAATCTTGGTCACTGTGGTCAAGGTAATGTAACAGATGTTTTCAGGCACCCCTTTGACTGATAGAGATGAATTGCTGGTAGTGTCTTTTAGCAAGTAGCGTTCTTTTTTCTTTCCCCTAAGTTGGTAGCTTTAATGCTGAGTGGATGATGAGCTTGTGATTTGGTACTATGTATGGGCTTTGTAGTCGCCTCTTATTTAAAAGTATTTCTCAATGTGCATCCTTGGATGTTTTGATAAGTACGGGTGAATGATGATTGGAATGGTTGGCTTGAGGAGGAGAGGA-3’
Dependable是C. Forkert通过杂交育种推出的品种,由'Jewett'×'Success'的杂交后代于1900年选出,于1914年发布,是美国最早的杂交育种品种;雌花先熟,坚果属中果型,平均单果重8.3g左右,坚果长圆形,顶端尖锐度中等而底部较圆;果仁背中脊基部粗,上部尖细,基部裂隙明显,两翼不齐;
本发明还涉及一种利用所述的分子特异性标记引物组合,对薄壳山核桃品种Dependable进行快速鉴定的方法,所述方法为:提取待测薄壳山核桃品种叶片的基因组DNA作为模板,以所述分子特异性标记引物组作为扩增引物,进行PCR扩增,对扩增产物进行电泳检测,若电泳结果同时出现分别为222bp、304bp、416bp大小的3条DNA条带,则待测薄壳山核桃品种为薄壳山核桃品种Dependable,反之则否;所述分子特异性标记引物序列为:
1)上游引物:5′-GAAAGAGAGCGCCGATACGA-3′;
下游引物:5′-TACACTACGCGGCTTTTGGA-3′
2)上游引物:5′-GGAGACAAGGGAATGGCCAA-3′;
下游引物:5′-CATGATCCTGCACTCTACCGT-3′
3)上游引物:5′-TCATGGGAAAGCCAGTCGAC-3′;
下游引物:5′-TCCTCTCCTCCTCAAGCCAA-3′
本发明方法关键在于扩增引物组合的选择,DNA提取,PCR反应体系及反应条件确定,以及电泳检测,均可按照本领域常规方法进行;
本发明方法与现有薄壳山核桃品种的分子标记方法相比,如SSR等标记方法,有以下优点:(1)因为所用引物经测序和反复验证,故可靠性提高了很多;(2)检测方便、直观,直接通过普通电泳观察条带的有无组合即可判断,而应用SSR标记法的话扩增后还需要利用高分辨率电泳进一步分析或者测序;(3)对样品的要求较低,叶片等组织的DNA样品均可以满足品种鉴定的需要;
优选的,本发明所述PCR扩增体系组成如下:
PCR Buffer 终浓度为1×
dNTPs 1 mmol/L
MgCl2 2.5 mmol/L
Taq 酶 1.0 U/反应
上、下游引物 各0.2 μM
模板DNA 60 ng/反应
余量为ddH2O;
所述PCR扩增条件如下:94℃预变性300s后,95℃变性10s,56℃退火时间50s,72℃延伸40s,共循环30次,最后在72℃补平300s;终止温度为4℃;
PCR Buffer终浓度为1×,是指PCR Buffer中各组分在反应体系中的浓度与1×PCRBuffer相同,通常选用体积为反应体系体积1/10的10×PCR Buffer;10×PCR Buffer成分为:100 mM Tris-HCl(pH 8.5)、500 mM KCl、25 mM MgCl2和1.0% Triton-X-100,溶剂为ddH2O;
具体的,所述方法如下:
(1) 取待测薄壳山核桃叶片,加液氮磨碎,采用bioteke新型快速植物基因组DNA提取试剂盒的操作说明提取待测薄壳山核桃叶片的基因组DNA;
(2) 以步骤(1)提取的基因组DNA为模板,以所述分子特异性标记引物作为扩增引物,进行PCR扩增:
PCR反应体系每15μl组成如下:
2×TsingKE master mix 7.5μl
10 μM上、下游引物 各0.2μl
20 ng/μl模板DNA 2μl
dd H2O 4.3μl;
PCR反应条件如下:
94℃预变性300s后,95℃变性10s,56℃退火时间50s,72℃延伸40s,共循环30次,最后在72℃补平300s;终止温度为4℃;
(3) 取步骤(2)扩增产物3μl,与1μl 0.25%溴酚兰缓冲液混匀,点样于1.5%的琼脂糖凝胶上,于1×TAE缓冲液中、5V/cm电压下电泳,电泳结束后EB染色,于自动凝胶图像分析仪上照相,若电泳结果出现分别为222bp、304bp、416bp大小的DNA条带,则待测薄壳山核桃品种为Dependable;反之则否。
附图说明
图1为将24种薄壳山核桃品种进行PCR扩增的结果(编号1-24代表薄壳山核桃品种依次为:1、Moore,2、Dependable,3、Nacono,4、靖州1号,5、Van Deman,6、Sturat5,7、Forkert,8、Desirable,9、Davis,10、Elliott,11、Caddo,12、Schley,13、Choctaw,14、绍兴,15、Wichita,16、Sumner,17、Mahan,18、Gloria Grande,19、Peruque,20、Sioux,21、Pyzner,22、Pawnee,23、Osage,24、Oconee);M为Takara DL2000 marker;仅编号2为薄壳山核桃品种Dependable扩增出了分别为222bp、304bp、416bp大小的3条特异DNA条带;其余编号为其它的薄壳山核桃品种,未见有特异DNA条带产生。
具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明进行进一步描述,但本发明的保护范围并不仅限于此:
实施例1:
(1)薄壳山核桃品种基因组DNA的提取:
取待测薄壳山核桃品种幼嫩叶片0.05 g,加液氮彻底磨碎,基因组DNA的提取采用bioteke新型快速植物基因组DNA提取试剂盒的操作说明,经多次抽提,来获得薄壳山核桃品种的基因组DNA提取物;DNA提取物再经过1.5%的琼脂糖凝胶电泳来检测完整性、纯度及浓度;判断条带亮度用于后续PCR扩增;DNA提取物于-20℃冰箱贮藏备用;
(2)设计特异PCR扩增引物,引物对的序列为:
A:上游引物:5′-GAAAGAGAGCGCCGATACGA-3′;
下游引物:5′-TACACTACGCGGCTTTTGGA-3′
B:上游引物:5′-GGAGACAAGGGAATGGCCAA-3′;
下游引物:5′-CATGATCCTGCACTCTACCGT-3′
C:上游引物:5′-TCATGGGAAAGCCAGTCGAC-3′;
下游引物:5′-TCCTCTCCTCCTCAAGCCAA-3′
由上海生物工程技术有限公司合成;
(3)PCR扩增:
PCR反应液组成(15μl):
2×TsingKE master mix master mix(擎科生物,北京) 7.5μl
10 μM上、下游引物 各0.2μl
20 ng/μl模板DNA 2μl
dd H2O 4.3μl;
扩增反应在TC-XP型扩增仪上进行;扩增条件:94℃预变性300s后,95℃变性10s,56℃退火时间50s,72℃延伸40s,共循环30次,最后在72℃补平300s;终止温度为4℃;
(4)电泳检测:取步骤(3)PCR扩增产物3μl,与1μl 0.25%溴酚兰缓冲液混匀,点样于1.5%的琼脂糖凝胶上,于1×TAE缓冲液中,5V/cm电压下电泳,电泳结束后,在含0.5 μg/mlEB的水溶液中染色30分钟,然后在Bio-rad 凝胶成像系统Gel Doc上照相;
按照上述方法分别对24个薄壳山核桃品种(编号1-24代表薄壳山核桃品种依次为:1、Moore,2、Dependable,3、Nacono,4、靖州1号,5、Van Deman,6、Sturat5,7、Forkert,8、Desirable,9、Davis,10、Elliott,11、Caddo,12、Schley,13、Choctaw,14、绍兴,15、Wichita,16、Sumner,17、Mahan,18、Gloria Grande,19、Peruque,20、Sioux,21、Pyzner,22、Pawnee,23、Osage,24、Oconee)的PCR扩增图谱进行电泳检测,结果见图1;
其中仅从编号为2的薄壳山核桃品种Dependable中扩增出了三条清晰明亮、稳定的分别为222bp、304bp、416bp大小的特异DNA条带,而其余编号的薄壳山核桃品种,未见有特殊DNA条带产生,也未有其它非目的条带产生,可见本发明开发出的分子特异性标记引物对用于薄壳山核桃品种Dependable的早期鉴定,其稳定性、特异性非常高。
SEQUENCE LISTING
<110> 浙江省林业科学研究院
<120> 薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定方法
<130>
<160> 12
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 344
<212> DNA
<213> Carya illinoensis
<220>
<221> unsure
<400> 1
aattctaatc tctaccacca aactgcccct atgaagattc gaggaaacaa tcgtccacac 60
agaaagagag cgccgatacg agtagccaca aagaagagct gagctcctat taaattagtc 120
agcgtagcaa gaatcgggtc ttcacgagcc acgactgcat ataagcttga accataagct 180
atcaccattg cgtaaatagc taattcattt aaggtcacgg aaattcctct ccatctgacg 240
aatacatccg ggtccatttt caatccaaaa gccgcgtagt gtaaaaacat tgaggcaact 300
gagaaaacaa acgccaagta attagatatt acaaatgtgt ccaa 344
<210> 2
<211> 222
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 2
gaaagagagc gccgatacga gtagccacaa agaagagctg agctcctatt aaattagtca 60
gcgtagcaag aatcgggtct tcacgagcca cgactgcata taagcttgaa ccataagcta 120
tcaccattgc gtaaatagct aattcattta aggtcacgga aattcctctc catctgacga 180
atacatccgg gtccattttc aatccaaaag ccgcgtagtg ta 222
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 3
gaaagagagc gccgatacga 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 4
tacactacgc ggcttttgga 20
<210> 5
<211> 384
<212> DNA
<213> Carya illinoensis
<220>
<221> unsure
<400> 5
aattcagtag atgatctgga gatggtgttc tatttcttcg acttccagga gacaagggaa 60
tggccaatga acacacaaaa tccagtggtt gatctacgtg tatctgggca gttggcccaa 120
ttagcatctg agtaagctat gcattccatc tttgaactgg cagagaagaa gatgccttgc 180
ccaggtgtgc ttttgacata gcttgagaac cgtgatgaca gcatcgtaat gagggactct 240
cgatgttgcc atgaattgac taagtaaatt aacaccgtaa cttaagtctg gttgtgtatt 300
ggttagataa agaagcttac caaccaattt acggtagagt gcaggatcat gaaagagtgc 360
accttcatcc tttttgagtt tgat 384
<210> 6
<211> 304
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 6
ggagacaagg gaatggccaa tgaacacaca aaatccagtg gttgatctac gtgtatctgg 60
gcagttggcc caattagcat ctgagtaagc tatgcattcc atctttgaac tggcagagaa 120
gaagatgcct tgcccaggtg tgcttttgac atagcttgag aaccgtgatg acagcatcgt 180
aatgagggac tctcgatgtt gccatgaatt gactaagtaa attaacaccg taacttaagt 240
ctggttgtgt attggttaga taaagaagct taccaaccaa tttacggtag agtgcaggat 300
catg 304
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 7
ggagacaagg gaatggccaa 20
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 8
catgatcctg cactctaccg t 21
<210> 9
<211> 475
<212> DNA
<213> Carya illinoensis
<220>
<221> unsure
<400> 9
aattcatgat catgggaaag ccagtcgacc aagcagcaat gtacgctacg cagcagcctc 60
gagcacctat ggctttcatg ccatggccac agagtcaaac tcagcagcag cagccaccac 120
agcagcagca aacagactct tgaatcttgg tcactgtggt caaggtaatg taacagatgt 180
tttcaggcac ccctttgact gatagagatg aattgctggt agtgtctttt agcaagtagc 240
gttctttttt ctttccccta agttggtagc tttaatgctg agtggatgat gagcttgtga 300
tttggtacta tgtatgggct ttgtagtcgc ctcttattta aaagtatttc tcaatgtgca 360
tccttggatg ttttgataag tacgggtgaa tgatgattgg aatggttggc ttgaggagga 420
gaggatacag aaagcttaaa tagttttcaa aaatggccaa aaatctttac tcatg 475
<210> 10
<211> 416
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 10
tcatgggaaa gccagtcgac caagcagcaa tgtacgctac gcagcagcct cgagcaccta 60
tggctttcat gccatggcca cagagtcaaa ctcagcagca gcagccacca cagcagcagc 120
aaacagactc ttgaatcttg gtcactgtgg tcaaggtaat gtaacagatg ttttcaggca 180
cccctttgac tgatagagat gaattgctgg tagtgtcttt tagcaagtag cgttcttttt 240
tctttcccct aagttggtag ctttaatgct gagtggatga tgagcttgtg atttggtact 300
atgtatgggc tttgtagtcg cctcttattt aaaagtattt ctcaatgtgc atccttggat 360
gttttgataa gtacgggtga atgatgattg gaatggttgg cttgaggagg agagga 416
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 11
tcatgggaaa gccagtcgac 20
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> unknown
<220>
<221> unsure
<223> 人工序列
<400> 12
tcctctcctc ctcaagccaa 20

Claims (5)

1.薄壳山核桃品种Dependable的特征序列组,其序列组如下:
5′-AATTCTAATCTCTACCACCAAACTGCCCCTATGAAGATTCGAGGAAACAATCGTCCACACAGAAAGAGAGCGCCGATACGAGTAGCCACAAAGAAGAGCTGAGCTCCTATTAAATTAGTCAGCGTAGCAAGAATCGGGTCTTCACGAGCCACGACTGCATATAAGCTTGAACCATAAGCTATCACCATTGCGTAAATAGCTAATTCATTTAAGGTCACGGAAATTCCTCTCCATCTGACGAATACATCCGGGTCCATTTTCAATCCAAAAGCCGCGTAGTGTAAAAACATTGAGGCAACTGAGAAAACAAACGCCAAGTAATTAGATATTACAAATGTGTCCAA-3′
5′-AATTCAGTAGATGATCTGGAGATGGTGTTCTATTTCTTCGACTTCCAGGAGACAAGGGAATGGCCAATGAACACACAAAATCCAGTGGTTGATCTACGTGTATCTGGGCAGTTGGCCCAATTAGCATCTGAGTAAGCTATGCATTCCATCTTTGAACTGGCAGAGAAGAAGATGCCTTGCCCAGGTGTGCTTTTGACATAGCTTGAGAACCGTGATGACAGCATCGTAATGAGGGACTCTCGATGTTGCCATGAATTGACTAAGTAAATTAACACCGTAACTTAAGTCTGGTTGTGTATTGGTTAGATAAAGAAGCTTACCAACCAATTTACGGTAGAGTGCAGGATCATGAAAGAGTGCACCTTCATCCTTTTTGAGTTTGAT-3′
3)5′-AATTCATGATCATGGGAAAGCCAGTCGACCAAGCAGCAATGTACGCTACGCAGCAGCCTCGAGCACCTATGGCTTTCATGCCATGGCCACAGAGTCAAACTCAGCAGCAGCAGCCACCACAGCAGCAGCAAACAGACTCTTGAATCTTGGTCACTGTGGTCAAGGTAATGTAACAGATGTTTTCAGGCACCCCTTTGACTGATAGAGATGAATTGCTGGTAGTGTCTTTTAGCAAGTAGCGTTCTTTTTTCTTTCCCCTAAGTTGGTAGCTTTAATGCTGAGTGGATGATGAGCTTGTGATTTGGTACTATGTATGGGCTTTGTAGTCGCCTCTTATTTAAAAGTATTTCTCAATGTGCATCCTTGGATGTTTTGATAAGTACGGGTGAATGATGATTGGAATGGTTGGCTTGAGGAGGAGAGGATACAGAAAGCTTAAATAGTTTTCAAAAATGGCCAAAAATCTTTACTCATG-3′。
2.薄壳山核桃品种Dependable的分子特异性标记引物组,所述引物序列如下:
1)上游引物:5′-GAAAGAGAGCGCCGATACGA-3′;
下游引物:5′-TACACTACGCGGCTTTTGGA-3′
2)上游引物:5′-GGAGACAAGGGAATGGCCAA-3′;
下游引物:5′-CATGATCCTGCACTCTACCGT-3′
上游引物:5′-TCATGGGAAAGCCAGTCGAC-3′;
下游引物:5′-TCCTCTCCTCCTCAAGCCAA-3′。
3.一种利用权利要求2所述的分子特异性标记引物对薄壳山核桃品种Dependable进行快速鉴定的方法,所述方法为:提取待测薄壳山核桃品种叶片的基因组DNA作为模板,以所述分子特异性标记引物作为扩增引物,进行PCR扩增,对扩增产物进行电泳检测,若电泳结果同时出现分别为222bp、304bp、416bp大小的3条特异DNA条带,则待测薄壳山核桃品种为薄壳山核桃品种Dependable,反之则否;所述分子特异性标记引物组序列为:
1)上游引物:5′-GAAAGAGAGCGCCGATACGA-3′;
下游引物:5′-TACACTACGCGGCTTTTGGA-3′
2)上游引物:5′-GGAGACAAGGGAATGGCCAA-3′;
下游引物:5′-CATGATCCTGCACTCTACCGT-3′
3)上游引物:5′-TCATGGGAAAGCCAGTCGAC-3′;
下游引物:5′-TCCTCTCCTCCTCAAGCCAA-3′。
4.如权利要求3所述的方法,其特征在于所述PCR扩增条件如下:94℃预变性300s后,95℃变性10s,56℃退火时间50s,72℃延伸40s,共循环30次,最后在72℃补平300s;终止温度为4℃。
5.如权利要求3、4所述的方法,其特征在于所述方法如下:
取待测薄壳山核桃叶片,加液氮磨碎,基因组DNA的提取采用bioteke新型快速植物基因组DNA提取试剂盒的操作说明;
以步骤(1)提取的基因组DNA为模板,以所述分子特异性标记引物作为扩增引物,进行PCR扩增:
PCR反应体系每15μl组成如下:
2×TsingKE master mix 7.5μl
10μM上、下游引物 各0.2μl
20 ng/μl模板DNA 2μl
dd H2O 4.3μl;
PCR扩增条件如下:
94℃预变性300s后,95℃变性10s,56℃退火时间50s,72℃延伸40s,共循环30次,最后在72℃补平300s;终止温度为4℃;
取步骤(2)扩增产物3μl,与1μl 0.25%溴酚兰缓冲液混匀,点样于1.5%的琼脂糖凝胶上,于1×TAE缓冲液中、5V/cm电压下电泳,电泳结束后EB染色,于自动凝胶成像系统上照相,若电泳结果同时出现分别为222bp、304bp、416bp大小的3条DNA特异条带,则待测薄壳山核桃品种为Dependable,反之则否。
CN201910147906.9A 2019-02-28 2019-02-28 薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定方法 Active CN109694922B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910147906.9A CN109694922B (zh) 2019-02-28 2019-02-28 薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910147906.9A CN109694922B (zh) 2019-02-28 2019-02-28 薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN109694922A true CN109694922A (zh) 2019-04-30
CN109694922B CN109694922B (zh) 2022-03-29

Family

ID=66233683

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910147906.9A Active CN109694922B (zh) 2019-02-28 2019-02-28 薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN109694922B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114182043A (zh) * 2021-12-31 2022-03-15 浙江省淡水水产研究所 一种用于少刺、散磷草鱼突变体鉴定的分子标记及方法

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104946641A (zh) * 2015-07-10 2015-09-30 浙江省林业科学研究院 油茶良种长林3号和21号的特异性标记引物及检测方法
US20170268072A1 (en) * 2016-03-21 2017-09-21 The Samuel Roberts Noble Foundation, Inc. Methods for identifying pecan tree cultivars
CN107475427A (zh) * 2017-09-27 2017-12-15 河北农业大学 一种利用ssr技术鉴别核桃品种的方法
CN107557369A (zh) * 2017-09-02 2018-01-09 浙江省林业科学研究院 薄壳山核桃品种Nacono的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN109694923A (zh) * 2019-02-28 2019-04-30 浙江省林业科学研究院 薄壳山核桃品种靖州1号的特征序列、标记引物及鉴定方法

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104946641A (zh) * 2015-07-10 2015-09-30 浙江省林业科学研究院 油茶良种长林3号和21号的特异性标记引物及检测方法
US20170268072A1 (en) * 2016-03-21 2017-09-21 The Samuel Roberts Noble Foundation, Inc. Methods for identifying pecan tree cultivars
CN107557369A (zh) * 2017-09-02 2018-01-09 浙江省林业科学研究院 薄壳山核桃品种Nacono的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN107475427A (zh) * 2017-09-27 2017-12-15 河北农业大学 一种利用ssr技术鉴别核桃品种的方法
CN109694923A (zh) * 2019-02-28 2019-04-30 浙江省林业科学研究院 薄壳山核桃品种靖州1号的特征序列、标记引物及鉴定方法

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JUAN LI等: "Development of SSR Markers in Hickory (Carya cathayensis Sarg.) and Their Transferability to Other Species of Carya", 《CURRENT GENOMICS》 *
彭华正等: "薄壳山核桃SCAR标记开发及其在品种间的多态性", 《经济林研究》 *
施娟娟等: "37个新引进的薄壳山核桃品种遗传多样性SSR分析", 《安徽农业大学学报》 *
李永荣等: "薄壳山核桃品种果质性状变异及选择改良研究", 《江苏林业科技》 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114182043A (zh) * 2021-12-31 2022-03-15 浙江省淡水水产研究所 一种用于少刺、散磷草鱼突变体鉴定的分子标记及方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN109694922B (zh) 2022-03-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108660136A (zh) 薄壳山核桃品种Davis的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN107557434B (zh) 薄壳山核桃品种Van Deman的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN107557369A (zh) 薄壳山核桃品种Nacono的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN107586867A (zh) 薄壳山核桃品种Pawnee的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN105154529B (zh) 一种油茶良种的分子特异性标记引物及鉴定方法
CN108330163A (zh) 薄壳山核桃品种Nacono和Sumner的特征序列、引物及鉴定方法
CN101654709B (zh) 利用sts引物鉴定人参品种的方法
CN107630103A (zh) 一种鉴定水稻品种的caps分子标记方法及应用
CN109652589A (zh) 薄壳山核桃品种Gloria Grande的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN109694923A (zh) 薄壳山核桃品种靖州1号的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN104673790B (zh) 油茶良种长林18号的分子特异性标记引物及鉴定方法
CN109706262A (zh) 薄壳山核桃品种Davis的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN107586866A (zh) 薄壳山核桃品种Moore的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN109694922A (zh) 薄壳山核桃品种Dependable的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN111378781A (zh) 一种快速高效鉴别水稻耐盐基因skc1的分子标记引物及应用
CN109652415A (zh) 薄壳山核桃品种Osage的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN109652428A (zh) 薄壳山核桃品种Sioux的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN112680542B (zh) 一种兰科植物通用型ssr分子标记引物组合物及其应用
CN104975010B (zh) 油茶良种长林21号的分子特异性标记引物及检测方法
CN110964844B (zh) 一种用于定性参苓白术散的引物、试剂盒及方法
CN109652416A (zh) 薄壳山核桃品种Sumner的特征序列、标记引物及鉴定方法
KR102174274B1 (ko) 대추 품종 &#39;보은&#39;과 &#39;추석&#39;을 판별하기 위한 분자마커 및 이의 용도
CN114410821A (zh) 鉴定苋菜叶色性状的InDel分子标记及其应用
CN109666759A (zh) 薄壳山核桃品种Wichita的特征序列、标记引物及鉴定方法
CN109694865A (zh) 薄壳山核桃品种Desirable的特征序列、标记引物及鉴定方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
CB03 Change of inventor or designer information

Inventor after: Zhu Tangjun

Inventor after: Jin Qunying

Inventor after: Peng Huazheng

Inventor after: Ye Hualin

Inventor before: Zhu Tangjun

Inventor before: Peng Huazheng

Inventor before: Jin Qunying

Inventor before: Other inventors ask not to disclose names

CB03 Change of inventor or designer information
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant