CN109486940A - 一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒 - Google Patents

一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN109486940A
CN109486940A CN201811592377.5A CN201811592377A CN109486940A CN 109486940 A CN109486940 A CN 109486940A CN 201811592377 A CN201811592377 A CN 201811592377A CN 109486940 A CN109486940 A CN 109486940A
Authority
CN
China
Prior art keywords
artificial sequence
dna
primer
primer sets
present
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201811592377.5A
Other languages
English (en)
Inventor
田彦捷
武会娟
刘文丽
洪甜
傅莹茜
怀雪飞
张志超
梁丹丹
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Beijing Beiji Medical Laboratory Co Ltd
Original Assignee
Beijing Beiji Medical Laboratory Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Beijing Beiji Medical Laboratory Co Ltd filed Critical Beijing Beiji Medical Laboratory Co Ltd
Priority to CN201811592377.5A priority Critical patent/CN109486940A/zh
Publication of CN109486940A publication Critical patent/CN109486940A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858Allele-specific amplification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒,涉及SNP的应用技术领域。本发明所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物;所述特异性引物具有包括如SEQ ID No.1~48所示的核苷酸序列;所述单碱基延伸引物具有包括如SEQ ID No.49~72所示的核苷酸序列。本发明通过特异性引物设计,所有的位点放在同一个反应中,通过多重PCR进行扩增,使用飞行时间质谱检测,一次同时检测17个相关基因的24个位点,减少操作复杂程度,降低成本,节约时间,提高效率。

Description

一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒
技术领域
本发明属于SNP的应用技术领域,具体涉及一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及其应用。
背景技术
颅内动脉瘤是颅内局部血管异常导致的瘤样突起,经常发生于颅内动脉的分叉处,因动脉瘤壁缺少平滑肌细胞变的薄弱容易破裂引起自发性蛛网膜下腔出血。颅内动脉瘤破裂后病死率大约为40%。国内有关颅内动脉瘤流行病学的研究,发现我国动脉瘤患病率约为7%,高于欧美其他国家的患病率。其病因迄今尚未十分清楚,目前公认为颅内动脉瘤是一种在先天遗传因素和多种后天环境因素共同作用下发生的复杂性疾病。
颅内动脉瘤破裂可以通过外科手术或者血管内介入进行治疗。已知的危险因素包括吸烟、高血压、高龄和具有家族史颅内动脉瘤家族。颅内动脉瘤的发病率在30岁以后随着年龄的增长而增长,主要集中在小于65岁的人群中,并且女性为男性的1.6倍。研究发现至少10%的患者具有家族史,表明颅内动脉瘤与遗传关系密切。随着基因测序技术、DNA连锁和基因组关联研究以及基于微阵列的基因表达研究的发展,进一步探索了颅内动脉瘤遗传风险因素和分子基础。通过了解颅内动脉瘤发病的先天易感基因,从而为有针对性的预防颅内动脉瘤提供科学的参考依据。
全基因组关联分析(genome wide association studies,GWAS)是应用人类基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms SNP)为标记进行关联分析,以期发现影响复杂性疾病发生的SNPs的一种策略。SNP是全基因组DNA序列中单个碱基的变异从而出现基因组序列间的多态性。SNP和人类的许多疾病密切相关,通过研究基因碱基位点的突变,可发现基因与疾病的内在联系。过去已经有多种检测基因多态性的方法,用来预测颅内动脉瘤的方法却很少。检测基因多态性的方法有芯片法,芯片法比较繁琐,只使用在研发阶段,无法实现大规模的商业转化;荧光定量PCR的方法,此方法使用起来不够灵活,检测基因不全面,在增加基因位点时操作起来会很复杂且耗时长。
发明内容
有鉴于此,本发明的目的在于提供一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及其检测试剂盒,可同时检测24个SNP位点,减少操作复杂程度,降低成本,节约时间,提高效率。
为了实现上述发明目的,本发明提供以下技术方案:
本发明提供了一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组,所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物;
所述特异性引物具有包括如SEQ ID No.1~48所示的核苷酸序列;
所述单碱基延伸引物具有包括如SEQ ID No.49~72所示的核苷酸序列。
优选的,所述引物组根据以下基因设计:ALDH2、BET1L、BOLL、CDKN2B-AS1、CNNM2、COL1A2、COL3A1、COL3A2、COL4A1、EDNRA、HDAC9、JDP2、KLK8、LOC105375179-LOC105375180、RBBP8、SOX17和STARD13。
优选的,所述基因的SNP位点包括:rs671、rs2280543、rs700651、rs1333040、rs10757272、rs6475606、rs10733376、rs12413409、rs2621215、rs1800255、rs42524、rs3783107、rs6842241、rs12669789、rs7798197、rs175646、rs1722561、rs1701946、rs10230207、rs11661542、rs10958409、rs9298506、rs1504749和rs9315204。
本发明还提供了一种检测颅内动脉瘤相关基因的试剂盒中,包括上述引物组、PCRmaster mix、虾碱性磷酸酶SAP、SAP Mix和延伸Mix。
本发明提供了一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组,包括特异性引物对和单碱基延伸引物,可一次检测出17个相关基因的24个SNP位点。本发明通过特异性引物设计,所有的位点放在同一个反应中,通过多重PCR进行扩增,使用飞行时间质谱检测,一次同时检测24个位点,减少操作复杂程度,降低成本,节约时间,提高效率。
具体实施方式
本发明提供了一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组,所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物;
所述特异性引物具有包括如SEQ ID No.1~48所示的核苷酸序列;
所述单碱基延伸引物具有包括如SEQ ID No.49~72所示的核苷酸序列。
在本发明中,所述引物对和单碱基延伸引物根据以下基因设计:ALDH2、BET1L、BOLL、CDKN2B-AS1、CNNM2、COL1A2、COL3A1、COL3A2、COL4A1、EDNRA、HDAC9、JDP2、KLK8、LOC105375179-LOC105375180、RBBP8、SOX17和STARD13。本发明所述基因的SNP位点包括:rs671、rs2280543、rs700651、rs1333040、rs10757272、rs6475606、rs10733376、rs12413409、rs2621215、rs1800255、rs42524、rs3783107、rs6842241、rs12669789、rs7798197、rs175646、rs1722561、rs1701946、rs10230207、rs11661542、rs10958409、rs9298506、rs1504749和rs9315204。具体对应关系如表1和表2所示,在表2中正向引物以R表示,反向引物以F表示,单碱基延伸引物以D表示:
表1颅内动脉瘤及其破裂相关基因与SNP位点对应关系
表2 SNP位点设计引物序列
本发明还提供了一种检测颅内动脉瘤相关基因的试剂盒,包括上述引物组、PCRmaster mix、虾碱性磷酸酶SAP、SAP Mix和延伸Mix。本发明在应用所述试剂盒时,优选以人基因组DNA为模板DNA,采用多重PCR技术进行扩增。本发明所述人基因组DNA优选采集自面颊,本发明对所述面颊基因组DNA的采集方法并没有特殊限定,利用本领域的常规方法即可。
本发明所述多重PCR,优选包括:利用正向引物、反向引物和模板DNA进行PCR,得PCR产物;对PCR产物进行碱性磷酸酶处理,之后再进行单碱基延伸,利用树脂纯化单碱基延伸后的产物,上机检测。
本发明所述PCR的体系优选为5μL体系,包括:DNA20~50ng,Hotstar Taq 0.5U,正向引物和反向引物各0.5pmol,0.1μL的25mM dNTP,4μL的PCR master mix。本发明对所述PCR体系中的各组分来源并没有特殊限定。本发明所述PCR的程序优选为:94℃4min;94℃20s,56℃30s,72℃1min,45个循环;72℃3min;4℃保持。
本发明在所述碱性磷酸酶处理前,优选还包括去除所述PCR产物中的游离dNTPs,所述去除的方法为利用SAP(shrimp alkaline phosphatase,虾碱性磷酸酶)处理。本发明所述碱性磷酸酶处理体系优选为7μL体系,具体包括:SAP Mix 2μL,PCR产物5μL。本发明对所述SAP Mix的来源并没有特殊限定。本发明所述碱性磷酸酶处理的程序优选为:37℃40min;85℃5min;4℃维持。
本发明所述单碱基延伸的体系优选为9μL体系,具体包括:单碱基延伸反应液EXTEND Mix 2μL,SAP处理后PCR产物7μL。本发明对所述单碱基延伸反应液EXTEND Mix的来源并没有特殊限定。本发明所述单碱基延伸的反应条件,包括:
I.94℃ 30s;
II.94℃ 5s;
III.52℃ 5s;
IV.80℃ 5s;
V.返回III,4个循环;
VI.返回II,39个循环;
VII.72℃ 3min;
VII.4℃ 保持。
本发明所述树脂纯化优选采用Clean Resin树脂进行纯化。
本发明所述上机检测优选包括:使用Agena公司MassARRAYTMRS1000点样仪转移纯化后的产物至检测芯片,并使用Agena公司MassARRAYTM分析仪进行检测。
下面结合实施例对本发明提供的扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及其应用进行详细的说明,但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
样本提取及分析:
1.将在面颊内擦拭过的棉签转置于2mL离心管中,用剪刀将棉签部分从起杆上剪下,加入40μL缓冲液GA。
2.加入20μLProteinase K溶液,涡旋30s混匀,56℃放置60min,其间每15min涡旋混匀数次。
3.加入400μL缓冲液GB,充分颠倒混匀,70℃放置10min,此时溶液应变清亮,简短离心以去除管盖内壁的液滴,然后挤压去除拭子,将尽可能多的裂解液转移至新的离心管中。
4.加入200μL无水乙醇,充分颠倒混匀,简短离心以去除管盖内壁的液滴。
5.将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CR2中(吸附柱CR2放入收集管中),12000rpm离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CR2放回收集管中。
6.向吸附柱CR2中加入500μL缓冲液GD,12000rpm离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CR2放回收集管中。
7.向吸附柱CR2中加入600μL漂洗液PW,12000rpm离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CR2放回收集管。
8.重复操作步骤7。
9.12000rpm离心2min,倒掉废液。将吸附柱CR2室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
10.将吸附柱CR2转入一个干净的离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加30μL洗脱缓冲液TB,室温放置3min,12000rpm离心2min。
实施例2
PCR扩增:
(1)在一个新的1.5ml EP管中配制PCR master mix溶液。
PCRmaster mix液配制体系如表3所示:
表3 PCR master mix液配制体系
PCRMix 对每个反应,μL
10×PCRBuffer 0.5
MgCl<sub>2</sub>(25mM) 0.4
dNTPmix(25mM) 0.1
HotStarTaq(5U/μL) 0.1
1.9
PCRprimermix 1
TotalVolume 4
(2)使用24通道加样器,调节加样体积为4μL,在384孔板的每个加样孔中加入PCRmaster mix液。该384孔板即为PCR反应板。
(3)取出已经制备好的DNA样品384孔板,使用24通道加样器,调节加样体积为1μL,每个5μLPCR反应体系中包含模板DNA20~50ng,Hotstar Taq 0.5U,每条扩增引物0.5pmol,0.1μL的25mM dNTPs。
(4)在兼容384孔板的PCR仪上设定PCR反应条件为:94℃4min;94℃20s,56℃30s,72℃1min,45个循环;72℃3min;4℃保持。将384孔PCR反应板放置于PCR仪上,启动PCR反应。
实施例3
PCR产物碱性磷酸酶处理:
(1)在PCR反应结束后,将PCR产物用SAP(shrimp alkaline phosphatase,虾碱性磷酸酶)处理,以去除体系中游离的dNTPs。
(2)配制碱性磷酸酶处理反应液,SAP Mix配制体系如表4所示:
表4 SAP Mix配制体系
SAPMix 对每个反应,μL
1.53
SAP Buffer(10×) 0.17
SAP Enzyme(1.7U/μL) 0.3
Total Volume 2
(3)使用24通道加样器,调节加样体积为2μL,将SAP Mix加入384孔PCR反应板。对于每个碱性磷酸酶处理反应孔,反应体系总体积为7μL,其中PCR产物5μL,SAP Mix 2μL。
(4)将384孔板放置在兼容384孔板的PCR仪上,设定PCR反应条件:37℃40min;85℃5min;4℃维持,启动PCR仪进行碱性磷酸酶处理。
实施例4
单碱基延伸:
(1)在碱性磷酸酶处理结束后,进行单碱基延伸反应,反应体系总体积9μL。
(2)配制单碱基延伸反应液,EXTEND Mix配制体系如表5所示:
表5 EXTEND Mix配制体系
(3)使用24通道加样器,调节加样体积为2μL,将EXTEND Mix对应加入384孔反应板。对于每个反应孔,单碱基延伸反应体系包含SAP处理后PCR产物7μL及EXTEND Mix液2μL。
(4)将384孔板放置在兼容384孔板的PCR仪上,设定PCR反应条件:
I.94℃ 30s;
II.94℃ 5s;
III.52℃ 5s;
IV.80℃ 5s;
V.返回III,4个循环;
VI.返回II,39个循环;
VII.72℃ 3min;
VII.4℃ 保持。
启动PCR仪进行单碱基延伸反应。
实施例5
树脂纯化:
(1)将Clean Resin树脂平铺到6mg的树脂板中;
(2)加16μL水到延伸产物的对应孔内;
(3)将干燥后的树脂倒入延伸产物板中,封膜,低速垂直旋转30min,使树脂与反应物充分接触;
(4)离心使树脂沉入孔底部。
上机检测:
1)使用Agena公司MassARRAYTMRS1000点样仪转移至检测芯片;
2)使用Agena公司MassARRAYTM分析仪进行检测。
检测结果如表6所示:
表6质谱检测结果
位点 样本1 样本2 样本3 样本4 样本5
rs6842241 AA CC CC CC CC
rs10230207 GG GG GG TT GT
rs175646 CC CT CC CT CC
rs1800255 AG AG GG AG GG
rs12669789 TT TT TC TT TC
rs2280543 CC CC CC CC TC
rs12413409 GG AA GG GG GG
rs6475606 CC CC TT CT CT
rs1333040 CC CC TT CT CT
rs10958409 GA GG GA GA GA
rs10733376 GG GG CC GC CC
rs11661542 AA CA AA CC AA
rs1722561 AA AA AG AA AA
rs3783107 AG AG GG AG GG
rs7798197 AA AA GA GA AA
rs9298506 AG AA AG AG AA
rs10757272 CC CC TT CT TT
rs1701946 TT TT CT TT TT
rs1504749 CA AA CA CA CA
rs671 GG GG GG GG GG
rs42524 GG GG GG CG GG
rs700651 AA AA AA AA GG
rs2621215 TT TT TT GT TT
rs9315204 TC TC CC TT TC
由表6可见,24个位点的基因型均能正确检出,检出率为100%。基因型分布符合中国汉族基因型分布频率。
本发明提供了一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒,试剂盒基因检测以人的基因组DNA为样本,将成套引物经多重PCR扩增后采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法检测样本SNP位点分型,所述的成套引物多重PCR扩增产物的基因检测结果显示抗颅内动脉瘤及其破裂能力。通过对人颅内动脉瘤及其破裂相关易感基因进行检测,预测先天的抗颅内动脉瘤及其破裂能力,从而对颅内动脉瘤的预防方案提供科学依据。本发明所述试剂盒可一次同时检测24个位点,减少操作复杂程度,降低成本,节约时间,提高效率。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 北京北基医学检验实验室有限公司
<120> 一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒
<160> 72
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
acgttggatg gttattctgg ttggctgatt c 31
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
acgttggatg gtcatctagt agggttagac 30
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
acgttggatg caaagatctt cattccaggc 30
<210> 4
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
acgttggatg gtccccagaa attaactggc 30
<210> 5
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
acgttggatg aggtctctcc atccaatgtg 30
<210> 6
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
acgttggatg agtttcccag gaaggcccaa 30
<210> 7
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
acgttggatg aacgtggacc tcctggattg 30
<210> 8
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
acgttggatg agttaccttt cctccttcgg 30
<210> 9
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
acgttggatg ccaacagtca aggagctatc 30
<210> 10
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
acgttggatg aacactcccg agacaccaac 30
<210> 11
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
acgttggatg taggtttcag ggcaacagca 30
<210> 12
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
acgttggatg agtgcaagct cacttctcac 30
<210> 13
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
acgttggatg ttcaggaggg attctcaagc 30
<210> 14
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
acgttggatg cagatacaga ctgcagcttc 30
<210> 15
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
acgttggatg aagaacatgg cacccaatcc 30
<210> 16
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
acgttggatg ttgtagaaca caacaacccc 30
<210> 17
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
acgttggatg cattcaagag agacaggagg 30
<210> 18
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
acgttggatg agccactgtt gtagtatacc 30
<210> 19
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
acgttggatg agttctgcct agtgattgcc 30
<210> 20
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
acgttggatg cacagaagag ttagagttag 30
<210> 21
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
acgttggatg agagattcgc cgaggtaaac 30
<210> 22
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
acgttggatg ggggatgagt cttacatag 29
<210> 23
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
acgttggatg acccacaaca attagttccc 30
<210> 24
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
acgttggatg ggaaaatggt agtttcaggc 30
<210> 25
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
acgttggatg accatatccc caagagacca 30
<210> 26
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
acgttggatg tactgccatg aaagccagtc 30
<210> 27
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
acgttggatg cccagctaaa attagcctcc 30
<210> 28
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
acgttggatg acagaatgag gaccagaagg 30
<210> 29
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
acgttggatg gcgtaagggc aaattcagtc 30
<210> 30
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
acgttggatg cctcaagcaa tcactgcaaa 30
<210> 31
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
acgttggatg ttgttttcct cagacaggac 30
<210> 32
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
acgttggatg ctcagggacc aacataaagg 30
<210> 33
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
acgttggatg gctgggatta tgaaaggtcg 30
<210> 34
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
acgttggatg aataccactg acatggagag 30
<210> 35
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
acgttggatg ccaggcgtac tgtgtatttc 30
<210> 36
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
acgttggatg tggactcctg ggtctgaag 29
<210> 37
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
acgttggatg caaacactat ctccttctgc 30
<210> 38
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
acgttggatg aggtcttggc tggtattaac 30
<210> 39
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
acgttggatg ttggtggcta caagatgtcg 30
<210> 40
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
acgttggatg aggtcccaca ctcacagttt 30
<210> 41
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
acgttggatg ctttcagggt gttcaaggtg 30
<210> 42
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
acgttggatg gagttgactt acctggaagc 30
<210> 43
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
acgttggatg cgctgcctgt ttccattgtg 30
<210> 44
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
acgttggatg gtgggaaaat tagatacgac 30
<210> 45
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
acgttggatg ctcactcttg gaggtaatgc 30
<210> 46
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
acgttggatg aaggacattg ttaccaggag 30
<210> 47
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
acgttggatg atgtcagccg aatggatcac 30
<210> 48
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
acgttggatg tgatgtgtgg gattagagcg 30
<210> 49
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
ggctgattct ccctc 15
<210> 50
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
tccaggctca gcttt 15
<210> 51
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
agtgtggcac agcag 15
<210> 52
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
aggacttaga ggtgga 16
<210> 53
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
accaacccca tttagcc 17
<210> 54
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
gcttctcacc cagcaag 17
<210> 55
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
gggttacaag cacaaca 17
<210> 56
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
tggacactca gtgaaag 17
<210> 57
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
gggtcagagg taagaatg 18
<210> 58
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
cgattctatt tcctgccca 19
<210> 59
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
gagtcttaca tagtagcca 19
<210> 60
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 60
gtcctggact ttgtgaaaa 19
<210> 61
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
gatgtgtgga agagaccact 20
<210> 62
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
taacattagc ctcctctatg c 21
<210> 63
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
tcactgcaaa ataacataag c 21
<210> 64
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 64
accgcagaca ggaccttgtc a 21
<210> 65
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 65
attatgaaag gtcgtaagaa g 21
<210> 66
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 66
aactgtgtat ttcctgtaat gg 22
<210> 67
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 67
agctctcctt ctgcctcaaa tgt 23
<210> 68
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 68
cccccgggct gcaggcatac act 23
<210> 69
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 69
gtgtaaaagg tgaacagggt ccc 23
<210> 70
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 70
gacgactatt cattcagttc taaa 24
<210> 71
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 71
tttaccagga gattttattg tatgt 25
<210> 72
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 72
gttggggatt agagcgataa acctt 25

Claims (4)

1.一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组,其特征在于,所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物;
所述特异性引物具有包括如SEQ ID No.1~48所示的核苷酸序列;
所述单碱基延伸引物具有包括如SEQ ID No.49~72所示的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述引物组,其特征在于,所述引物组根据以下基因设计:ALDH2、BET1L、BOLL、CDKN2B-AS1、CNNM2、COL1A2、COL3A1、COL3A2、COL4A1、EDNRA、HDAC9、JDP2、KLK8、LOC105375179-LOC105375180、RBBP8、SOX17和STARD13。
3.根据权利要求2所述引物组,其特征在于,所述基因的SNP位点包括:rs671、rs2280543、rs700651、rs1333040、rs10757272、rs6475606、rs10733376、rs12413409、rs2621215、rs1800255、rs42524、rs3783107、rs6842241、rs12669789、rs7798197、rs175646、rs1722561、rs1701946、rs10230207、rs11661542、rs10958409、rs9298506、rs1504749和rs9315204。
4.一种检测颅内动脉瘤相关基因试剂盒,其特征在于,包括权利要求1~3任一项所述引物组、PCR master mix、虾碱性磷酸酶SAP、SAP Mix和延伸Mix。
CN201811592377.5A 2018-12-25 2018-12-25 一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒 Pending CN109486940A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811592377.5A CN109486940A (zh) 2018-12-25 2018-12-25 一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811592377.5A CN109486940A (zh) 2018-12-25 2018-12-25 一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN109486940A true CN109486940A (zh) 2019-03-19

Family

ID=65711883

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201811592377.5A Pending CN109486940A (zh) 2018-12-25 2018-12-25 一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN109486940A (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109628564A (zh) * 2019-02-25 2019-04-16 北京市理化分析测试中心 一种用于检测snp多态性的引物组和利用引物组检测snp多态性的方法
CN111100927A (zh) * 2019-12-18 2020-05-05 华中科技大学 精浆boll的应用及诊断无精子症减数分裂阻滞的试剂盒

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101668865A (zh) * 2007-02-21 2010-03-10 解码遗传学私营有限责任公司 与心血管疾病相关联的遗传易感性变体
US20150044239A1 (en) * 2011-03-31 2015-02-12 Yale University Compositions and Methods for Diagnosing, Preventing and Treating Intracranial Aneurysms
US20170291945A1 (en) * 2014-09-15 2017-10-12 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Targeting aneurysm disease by modulating phagocytosis pathways
JP2018143178A (ja) * 2017-03-06 2018-09-20 国立大学法人三重大学 循環器疾患の遺伝的リスク検出法

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101668865A (zh) * 2007-02-21 2010-03-10 解码遗传学私营有限责任公司 与心血管疾病相关联的遗传易感性变体
US20150044239A1 (en) * 2011-03-31 2015-02-12 Yale University Compositions and Methods for Diagnosing, Preventing and Treating Intracranial Aneurysms
US20170291945A1 (en) * 2014-09-15 2017-10-12 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Targeting aneurysm disease by modulating phagocytosis pathways
JP2018143178A (ja) * 2017-03-06 2018-09-20 国立大学法人三重大学 循環器疾患の遺伝的リスク検出法

Non-Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
B KRISCHEK等: "《Association of the Jun dimerization protein 2 gene with intracranial aneurysms in Japanese and Korean cohorts as compared to a Dutch cohort》", 《J.NEUROSCIENCE》 *
D MOHAN等: "《Genetic factors involves in intracranial aneurysms-actualities》", 《JOURNAL OF MEDICINE AND LIFE》 *
ELENA V. ZHOLDYBAYEVA等: "《Genetic Risk Factors for Intracranial Aneurysmin the Kazakh Population》", 《JOURNAL OF MOLECULAR NEUROSCIENCE》 *
MIAOMIAO SUO等: "《Association of Kallikrein gene polymorphisms with sporadic intracranial aneurysms in the Chinese population》", 《J NEUROSURG》 *
NO REPORTED: "《SNPedia 动脉瘤》", 《HTTPS://WWW.SNPEDIA.COM/INDEX.PHP/ANEURYSM》 *
付晓红等: "《Ⅲ型胶原蛋白α1链基因 rs1800255多态性与颅内动脉瘤发病关系的系统评价》", 《中国现代医学杂志》 *
吴鹏飞等: "《COL4A1基因多态性与中国东北地区散发颅内动脉瘤的相关性研究》", 《山东医药》 *
吴鹏飞等: "《中国人群COL1A2基因多态性与散发颅内动脉瘤的相关性》", 《山东医药》 *
彭定天等: "《COL3A1基因多态性与颅内动脉瘤的相关性研究》", 《临床医药文献杂志》 *
王春: "《口服避孕药及遗传变异与中国女性脑卒中发病风险的病例—对照研究》", 《南京医科大学博士学位论文 医药卫生科技辑》 *
赵菁等主编: "《运动性心律失常与猝死》", 31 July 2017, 河南科学技术出版社 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109628564A (zh) * 2019-02-25 2019-04-16 北京市理化分析测试中心 一种用于检测snp多态性的引物组和利用引物组检测snp多态性的方法
CN109628564B (zh) * 2019-02-25 2022-02-01 北京市理化分析测试中心 一种用于检测snp多态性的引物组和利用引物组检测snp多态性的方法
CN111100927A (zh) * 2019-12-18 2020-05-05 华中科技大学 精浆boll的应用及诊断无精子症减数分裂阻滞的试剂盒

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20200291478A1 (en) Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic dna
TR201807917T4 (tr) Maternal numunelerde fetal nükleik asitlerin fraksiyonunu belirleme yöntemleri.
CN109689896A (zh) 使用在胎儿和怀孕雌性动物之间差异甲基化的dna区域检测胎儿染色体非整倍性
Brown et al. Validation of QF‐PCR for prenatal aneuploidy screening in the United States
CN106701987A (zh) 人叶酸代谢相关的三个snp位点基因分型的pcr扩增系统和检测试剂盒
CN105567822B (zh) 一种用于肺癌风险预测的基因检测引物组和试剂盒
CN114292909B (zh) SNP rs241970作为靶标在开发用于筛查高原肺水肿易感人群的试剂盒中的应用
CN108570504A (zh) 一种mgmt启动子甲基化检测引物及其检测方法
CN111057755A (zh) 一种心脑血管疾病遗传风险评估检测panel及其应用
CN109486940A (zh) 一种扩增颅内动脉肿瘤相关基因的引物组及检测试剂盒
CN107022641A (zh) 一种检测耳聋基因的引物及其应用
CN104830852A (zh) 一种检测hla-b*15:02等位基因的多重实时荧光pcr方法
CN107208314A (zh) 一种单体型分型测序文库的构建方法、分型方法和试剂
CN112553325B (zh) 舒芬太尼个体化用药基因的指导方法及试剂盒
CN102140509B (zh) 一种基于固相载体上核酸扩增的基因突变检测方法
CN114381517B (zh) 检测SNP rs12569857多态性在制备筛查高原肺水肿易感人群试剂盒中的应用
CN112592972B (zh) 弥漫性毒性甲状腺肿易感基因的早筛方法及试剂盒
CN111235252A (zh) 通过检测产品进行质谱法判别尼群地平个体化用药的方法
CN113502324A (zh) 用于孕期维生素d缺乏风险评估检测试剂盒与应用方法
CN113337598A (zh) 用于孕期维生素b12缺乏风险评估检测试剂盒与应用方法
CN111235255A (zh) 通过引物组合物进行质谱法判别尼群地平个体化用药的方法
CN111206087A (zh) 通过引物组合物进行质谱法判别群多普利个体化用药的方法
CN111206086A (zh) 通过检测产品进行质谱法判别群多普利个体化用药的方法
CN111235256A (zh) 降高血压药物拉西地平用药指导基因检测试剂盒
CN111206089A (zh) 一组判别群多普利个体化用药型的引物组合物

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20190319