CN109402093B - 一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶及其编码基因与应用 - Google Patents

一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶及其编码基因与应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种6‑磷酸‑β‑葡萄糖苷酶Pbgl及其编码基因与应用。本发明提供的6‑磷酸‑β‑葡萄糖苷酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,或着,对SEQ ID NO.2所示氨基酸序列中的氨基酸残基进行取代、缺失、添加中的任意一种或几种修饰得到的仍然具有6‑磷酸‑β‑葡萄糖苷酶活性的氨基酸序列。本发明从嗜热芽孢杆菌CCTCC No:M2011468中克隆得到了一个新的6‑磷酸‑β‑葡萄糖苷酶基因pbgl,可在宿主细胞中表达该基因以生产6‑磷酸‑β‑葡萄糖苷酶,用于纤维素的降解。

Description

一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶及其编码基因与应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶及其编码基因与应用。
背景技术
为了解决人类当前面临的全球性的能源危机和环境恶化问题,科学与技术的发展已逐步转向研究、开发与利用可再生生物质资源。木质纤维素是植物利用二氧化碳和水在太阳光能作用下通过光合作用合成的地球上最丰富的可再生的生物质资源。木质纤维素主要由纤维素或半纤维素等多糖类与木质素构成。其中的多糖类物质在纤维素酶、半纤维素酶、糖苷酶的作用下水解为小分子糖类后,可被微生物利用,从而实现生物燃料或生物基化学品的生产。
纤维素是由β-1,4-键连接的葡萄糖的聚合物。许多微生物产生水解纤维素的酶。通常,内切-1,4-β-D-葡聚糖酶(endo-1,4-β-D-glucanase,EC3.2.1.4)可在任意位置消化纤维素聚合物,使其打开而被外切-1,4-β-D-葡聚糖酶(exo-1,4-β-D-glucanase,EC3.2.1.91)攻击。外切-1,4-β-D-葡聚糖酶从纤维素聚合物的末端顺序地释放纤维二糖分子。纤维二糖是葡萄糖以β-1,4-糖苷键连接的二聚体。β-葡萄糖苷酶(β-glucosidase,EC3.2.1.21)将纤维二糖水解成葡萄糖从而被微生物利用。除此之外,自然界中还存在能直接转运和利用纤维二糖的微生物。纤维二糖可经由磷酸烯醇式丙酮酸-糖磷酸转移酶系统(PEP-PTS)转运入胞内并磷酸化为纤维二糖-6-磷酸,之后被6-磷酸-β-葡萄糖苷酶(6-phospho-β-glucosidase,Pbgl,EC3.2.1.86)水解为等摩尔的葡萄糖和葡萄糖-6-磷酸。因此,与β-葡萄糖苷酶一样,6-磷酸-β-葡萄糖苷酶在微生物利用纤维素及其降解产物方面占据重要地位。但目前关于6-磷酸-β-葡萄糖苷酶的研究较少。
发明内容
本发明要解决的技术问题是提供一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶及其编码基因。
本发明还要解决的技术问题是提供上述6-磷酸-β-葡萄糖苷酶在纤维素降解中的应用。
本发明提供了一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶,命名为Pbgl,其来源于嗜热芽孢杆菌CCTCC No:M2011468,本发明公开的6-磷酸-β-葡萄糖苷酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,若对SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列中的氨基酸残基进行取代、缺失、添加中的任意一种或几种修饰得到的仍然具有6-磷酸-β-葡萄糖苷酶活性的氨基酸序列也在本发明的保护范围之内。
一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,对SEQ IDNO.1所示核苷酸序列中的碱基进行取代、缺失、添加中的任意一种或几种修饰得到的仍然能够编码具有6-磷酸-β-葡萄糖苷酶活性的核苷酸序列也在本发明的保护范围之内。
本发明中,核苷酸序列如序列表中序列1所示的基因,命名为pbgl,全长1095bp。其编码序列从第1个碱基起至第1095个碱基止,起始密码子为GTG,终止密码子为TAG。该序列无内含子,其编码的蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。
如本领域技术人员所知,由于密码子的简并性,编码序列表中序列2的氨基酸序列的所对应的核苷酸序列不仅仅局限于序列表中序列1。本发明的6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因的核苷酸序列也可以是编码序列表中序列2的所示氨基酸序列的其他任何核苷酸序列。另外,还可以通过适当引入替换、缺失或插入来提供一个多聚核苷酸的同系物。本发明中多聚核苷酸的同系物可以通过对序列表中序列1的一个或多个碱基在保持酶活性范围内进行替换、缺失或增加来制得。
一种包含本发明所述核苷酸序列的表达载体。它可通过本领域常规方法将本发明所述核苷酸序列连接于各种载体上构建而成。所述的载体可为本领域常规的各种载体,如市售的质粒、粘粒、噬菌体或病毒载体等。优选pETDuet-1。较佳的,可通过下述方法制得本发明的重组表达载体:将通过PCR扩增所得的核酸产物用Promega纯化试剂盒纯化,同时将载体pETDuet-1用限制性内切酶EcoRI和KpnI双酶切胶回收,经全式金pEASY-Uni SeamlessCloning and Assembly Kit试剂盒连接,形成含有本发明的6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因的重组表达质粒pETDuet-pbgl。
扩增上述核苷酸序列全长或其任意片段的引物对也是本发明保护的范围。
一种包含本发明所述重组表达载体的重组表达转化体。它可通过将本发明的重组表达载体转化至宿主细胞中制得。所述的宿主细胞可为本领域常规的各种宿主细胞,只要能满足重组表达载体可稳定地自行复制,且所携带的本发明的6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因可被有效表达即可。本发明优选大肠杆菌,更优选大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)。将前述重组表达质粒pETDuet-pbgl转化至E.coli BL21(DE3)中,即可得本发明优选的基因工程菌株,即E.coli BL21(pETDuet-pbgl)。
上述表达载体在制备6-磷酸-β-葡萄糖苷酶中的应用在本发明的保护范围之内。
上述重组细胞在制备6-磷酸-β-葡萄糖苷酶中的应用在本发明的保护范围之内。
上述所述6-磷酸-β-葡萄糖苷酶在水解纤维素中的应用在本发明的保护范围之内。
有益效果:
本发明从嗜热芽孢杆菌CCTCC No:M2011468克隆得到了一个新的6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因pbgl,可在宿主细胞中表达该基因以生产6-磷酸-β-葡萄糖苷酶Pbgl,用于纤维素的降解。
附图说明
图1为基因pbgl的PCR扩增电泳图谱。
图2为重组6-磷酸-β-葡萄糖苷酶Pbgl的聚丙烯酰胺凝胶电泳图。其中,泳道M为标准分子量蛋白,泳道1为包含空质粒pETDuet-1的E.coli BL21(DE3)对照菌株粗酶液,泳道2为包含重组质粒pETDuet-pbgl的E.coli BL21(DE3)重组菌株诱导表达后的粗酶液,泳道3为重组6-磷酸-β-葡萄糖苷酶使用HisTrapTM HP亲和层析柱进一步纯化结果。
图3为序列表中序列2利用NCBI Blastp与目前NCBI数据库中所有蛋白比对后给出的序列一致性最高的比对结果(比对日期:2018-11-12)。
具体实施方式
根据下述实施例,可以更好地理解本发明。然而,本领域的技术人员容易理解,实施例所描述的内容仅用于说明本发明,而不应当也不会限制权利要求书中所详细描述的本发明。
实施例1:嗜热芽孢杆菌CCTCC No:M2011468 6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因pbgl的扩增
采用常规的方法制备嗜热芽孢杆菌CCTCC No:M2011468的基因组DNA,该过程可参照Takara MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit Ver.5.0试剂盒说明书。
设计引物,引入能插入质粒pETDuet-1的EcoRI和KpnI的限制酶切位点,引物序列如下:
上游引物5’-caccacagccaggatccgaattcggtgtgccatttgggacaaat-3’(下划线代表EcoRI)
下游引物5’-cggtttctttaccagactcgagggtaccctatgaaaaaatcaatt-3’(下划线代表KpnI)
以提取的嗜热芽孢杆菌CCTCC No:M2011468的基因组为模板,利用上述引物进行扩增,扩增得到6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因序列。
实施例2:嗜热芽孢杆菌CCTCC No:M2011468 6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因pbgl序列比对与分析
将实施例1中PCR扩增获得的产物利用Promega纯化试剂盒进行纯化,并送测序公司测序。测序结果显示,pbgl核苷酸序列为1095bp,如序列表中序列1所示。该基因编码一个大小为364个氨基酸的蛋白,如序列表中序列2所示,分子量约41.7kDa,等电点6.342。通过NCBI Blast比对分析,该蛋白属于DUF871superfamily(DUF,Domain of UnknownFunction,未知功能的结构域),比如结果如附图3所示。已报道的6-磷酸-β-葡萄糖苷酶大多属于糖苷水解酶GH1或GH4家族,利用MEGA、ClustalX、Espript等软件对其氨基酸序列与已经报道的糖苷水解酶进行比对,在该序列上没有找到GH1家族的特征水解位点,也没有找到GH4家族的特征水解位点。
实施例3:包含6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因pbgl的重组表达菌株的构建
1、包含6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因pbgl重组质粒的构建
将实施例1中PCR扩增获得的产物利用Promega纯化试剂盒进行纯化。用限制性内切酶EcoRI和KpnI双酶切pETDuet-1质粒,也利用Promega纯化试剂盒进行纯化。上述两种纯化产物利用全式金的pEASY-Uni Seamless Cloning and Assembly Kit在50℃连接15分钟,连接产物热激转化大肠杆菌Trans-T1感受态细胞,涂布氨苄青霉素抗性平板,筛选阳性重组菌株,并利用适用于pETDuet-1的通用引物pET Upstream Primer和T7TerminatorPrimer测序,确定阳性重组菌株。
2、包含6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因pbgl的重组表达菌株的构建
将上述筛选到的正确的大肠杆菌重组菌株接种于5mL含有终浓度100μg/mL氨苄青霉素的LB液体培养基中,37℃摇床培养8~12小时,提取重组质粒,取重组质粒30~100μg,热激转化100μL大肠杆菌BL21(ED3)感受态细胞,涂布氨苄青霉素抗性平板,筛选阳性重组菌株并提取质粒进行酶切或者PCR验证,验证正确的重组表达菌株命名为E.coli BL21(pETDuet-pbgl)。
实施例4:6-磷酸-β-葡萄糖苷酶Pbgl在大肠杆菌重组菌株中的表达
将实施例3获得的重组菌株E.coli BL21(pETDuet-pbgl)接种于5mL含有100μg/mL氨苄青霉素的LB液体培养基中,37℃摇床培养8~12小时后,以1%接种量转接至500mL含有100μg/mL氨苄青霉素的LB液体培养基中,37℃摇床培养,当OD600nm达到0.6~0.8后加入终浓度1mmol/L的IPTG,将培养温度调节为25℃诱导表达8小时。诱导培养结束后,8,000rpm离心5分钟收集菌体,菌体沉淀使用50mmol/L磷酸盐缓冲液(pH7.0)洗涤两次,然后将菌体重悬于结合缓冲液(20mM NaH2PO4、0.5M NaCl、20mM咪唑,pH 7.4)中,调节菌体浓度至OD600nm为30,加入1mmol/L PMSF和10%甘油,于冰上超声破碎,破碎流程为工作3秒,间歇5秒,工作20分钟,菌体破碎液12,000rpm 4℃下离心20分钟除去完整细胞和细胞碎片,所获得的上清液即为含有重组酶6-磷酸-β-葡萄糖苷酶Pbgl的粗酶液。
实施例5:6-磷酸-β-葡萄糖苷酶Pbgl的纯化
将实施例4获得的含有重组6-磷酸-β-葡萄糖苷酶的粗酶液,使用0.22μm孔径的滤头过滤后,利用HisTrapTM HP亲和层析柱对重组蛋白进行纯化,HisTrapTM HP柱子购于GE公司,流动压力:≤0.3MPa;流速:2mL/min。使用洗脱缓冲液(20mM NaH2PO4、0.5M NaCl、500mM咪唑,pH 7.4)梯度洗脱,洗脱梯度为20%,40%,60%,80%,100%,收集含有6-磷酸-β-葡萄糖苷酶的60%梯度洗脱液,即获得纯化的重组6-磷酸-β-葡萄糖苷酶,通过SDS-PAGE检测目的条带,用Amicon Ultra-4超滤浓缩后放4℃备用。
实施例6:6-磷酸-β-葡萄糖苷酶Pbgl水解对硝基苯基-β-D-葡萄糖苷-6-磷酸的应用
6-磷酸-β-葡萄糖苷酶以对硝基苯基-β-D-葡萄糖苷-6-磷酸为底物。将实施例5获得的6-磷酸-β-葡萄糖苷酶溶液与对硝基苯基-β-D-葡萄糖苷-6-磷酸溶液混合,在pH 7.0、50℃下保温2min,2min后立即加入2mL浓度为1M的Na2CO3溶液终止反应,再加入10mL的蒸馏水混匀后用紫外分光光度计在410nm下测定吸光值。数据显示,6-磷酸-β-葡萄糖苷酶Pbgl能够将对硝基苯基-β-D-葡萄糖苷-6-磷酸水解,比酶活是15.2U/mg(一个酶活力单位定义为在上述最适反应条件下每分钟内催化1μmol对硝基苯基-β-D-葡萄糖苷-6-磷酸转化为对硝基苯酚所需的酶量)。此外,将对硝基苯基-β-D-葡萄糖苷-6-磷酸替换为对硝基苯基-β-D-葡萄糖苷后检测不到酶活力,进一步说明了Pbgl确实为6-磷酸-β-葡萄糖苷酶,而不是β-葡萄糖苷酶。
序列表
<110> 南京林业大学
<120> 一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶及其编码基因与应用
<140> 2018113675959
<141> 2018-11-16
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1095
<212> DNA
<213> 嗜热芽孢杆菌(Bacillus thermophilus)
<400> 1
gtgtgccatt tgggacaaat cggtatttct atttatccgt cgcgcagccg ttttgaagag 60
gacaaagctt atttggatct ggcaaaaaaa tacgatttta caagaatttt tgcaagtttg 120
ctggaaattc aggggaataa ggaagaagtt attcagaaat ttaaaaatat tatccactat 180
ggaaacgcaa tcggtatgga gacgatactc gatatcaatc cgggtttgtt tgaacaattg 240
gggatccgtt acgatgatct cggctttttt aaagatcttg gggcatccgg catccgtctt 300
gatcttggat tcaccggggc tgaagaagcc aaaatgacgc aaaacccgta cggcctcaag 360
attgaagtta atatgagttc aggaacaagg tatatcgatc atatcatgag ttacaggccg 420
aatacagaaa aactatatgc ctcccataat ttttatccgc agagatactc gggcctttca 480
cagaaacatt ttgaacaaac gacagccgtt ttccggggat accctattca tactgcggcg 540
tttgtcactt cccgctatgg ggatctcggg ccgtggccgg tccagtccgg cctttgcaca 600
ttggaacagc accgcaatct cagcctgctg acccaggtgg cgcattaccg catcatggga 660
accattgatg atattttgat tggcaatgcg tatgcaacgg aagatgagtt gcgcgccatg 720
tcagcagttt atttgaatgt ccatccttct ttggaagtgg aattgcagcc gaatctgtca 780
aacattgaac atcagatttt gcaggaagtt caccagtacc ggggggattg ttccgaatat 840
atgatccgtt cttctgtgac aagaagaaaa taccgggacc aggacatcaa gcctggtaat 900
acgcgctcga ttcaacgtgg ggatctgtta atttgcaatg atcgttttgg acagtacaaa 960
ggggagcttc agattgcatt gaaagagatg gagaacgaag gaaaccgcaa tgttgtcggc 1020
catgtgaaag aagaagccgt tttcttattg gattacctgc agccttggtc cactttcaaa 1080
ttgatttttt catag 1095
<210> 2
<211> 364
<212> PRT
<213> 嗜热芽孢杆菌(Bacillus thermophilus)
<400> 2
Val Cys His Leu Gly Gln Ile Gly Ile Ser Ile Tyr Pro Ser Arg Ser
1 5 10 15
Arg Phe Glu Glu Asp Lys Ala Tyr Leu Asp Leu Ala Lys Lys Tyr Asp
20 25 30
Phe Thr Arg Ile Phe Ala Ser Leu Leu Glu Ile Gln Gly Asn Lys Glu
35 40 45
Glu Val Ile Gln Lys Phe Lys Asn Ile Ile His Tyr Gly Asn Ala Ile
50 55 60
Gly Met Glu Thr Ile Leu Asp Ile Asn Pro Gly Leu Phe Glu Gln Leu
65 70 75 80
Gly Ile Arg Tyr Asp Asp Leu Gly Phe Phe Lys Asp Leu Gly Ala Ser
85 90 95
Gly Ile Arg Leu Asp Leu Gly Phe Thr Gly Ala Glu Glu Ala Lys Met
100 105 110
Thr Gln Asn Pro Tyr Gly Leu Lys Ile Glu Val Asn Met Ser Ser Gly
115 120 125
Thr Arg Tyr Ile Asp His Ile Met Ser Tyr Arg Pro Asn Thr Glu Lys
130 135 140
Leu Tyr Ala Ser His Asn Phe Tyr Pro Gln Arg Tyr Ser Gly Leu Ser
145 150 155 160
Gln Lys His Phe Glu Gln Thr Thr Ala Val Phe Arg Gly Tyr Pro Ile
165 170 175
His Thr Ala Ala Phe Val Thr Ser Arg Tyr Gly Asp Leu Gly Pro Trp
180 185 190
Pro Val Gln Ser Gly Leu Cys Thr Leu Glu Gln His Arg Asn Leu Ser
195 200 205
Leu Leu Thr Gln Val Ala His Tyr Arg Ile Met Gly Thr Ile Asp Asp
210 215 220
Ile Leu Ile Gly Asn Ala Tyr Ala Thr Glu Asp Glu Leu Arg Ala Met
225 230 235 240
Ser Ala Val Tyr Leu Asn Val His Pro Ser Leu Glu Val Glu Leu Gln
245 250 255
Pro Asn Leu Ser Asn Ile Glu His Gln Ile Leu Gln Glu Val His Gln
260 265 270
Tyr Arg Gly Asp Cys Ser Glu Tyr Met Ile Arg Ser Ser Val Thr Arg
275 280 285
Arg Lys Tyr Arg Asp Gln Asp Ile Lys Pro Gly Asn Thr Arg Ser Ile
290 295 300
Gln Arg Gly Asp Leu Leu Ile Cys Asn Asp Arg Phe Gly Gln Tyr Lys
305 310 315 320
Gly Glu Leu Gln Ile Ala Leu Lys Glu Met Glu Asn Glu Gly Asn Arg
325 330 335
Asn Val Val Gly His Val Lys Glu Glu Ala Val Phe Leu Leu Asp Tyr
340 345 350
Leu Gln Pro Trp Ser Thr Phe Lys Leu Ile Phe Ser
355 360
<210> 4
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
caccacagcc aggatccgaa ttcggtgtgc catttgggac aaat 44
<210> 4
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
cggtttcttt accagactcg agggtaccct atgaaaaaat caatt 45

Claims (7)

1.一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶,其特征在于,所述6-磷酸-β-葡萄糖苷酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。
2.一种6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因,其特征在于,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
3.一种表达载体,其特征在于,该表达载体中含有权利要求2所述6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因。
4.一种重组细胞,其特征在于,该重组细胞中包含权利要求2所述6-磷酸-β-葡萄糖苷酶基因。
5.权利要求3所述表达载体在制备6-磷酸-β-葡萄糖苷酶中的应用。
6.权利要求4所述重组细胞在制备6-磷酸-β-葡萄糖苷酶中的应用。
7.权利要求1所述6-磷酸-β-葡萄糖苷酶在水解纤维素中的应用。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Recovery of the peptidoglycan turnover product released by the autolysin Atl in Staphylococcus aureus involves the phosphotransferase system transporter MurP and the novel 6-phospho-N-acetylmuramidase MupG;Kluj R M et al.;《Frontiers in microbiology》;20181116;第9卷;全文 *
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热稳定6-磷酸-β-葡萄糖苷酶TteBglB异源表达,分离纯化及酶学性质分析;刘晴等;《中国农业科技导报》;20141215;第16卷(第6期);全文 *
腾冲嗜热厌氧杆菌6-磷酸-β-葡萄糖苷酶的表达与结晶及其功能鉴定;尹捷等;《中国生物化学与分子生物学报》;20081020;全文 *

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