CN108929851A - 一种用于检测肿瘤良恶性程度的模型及其应用 - Google Patents
一种用于检测肿瘤良恶性程度的模型及其应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明涉及基因诊断领域,具体涉及一种用于检测肿瘤良恶性程度的模型及其应用,所述模型通过计算印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量对印记基因在肿瘤中的变化进行分级。本发明所述检测模型和装置,首次以直观的方法表现了印记缺失在肿瘤病人的样本上的表现,通过对印记基因原位标记的方法,客观、直观、早期、精确地检测出印记(迹)基因的变化,并可以提供量化的模型,为分子病理学的诊断做出巨大贡献。
Description
技术领域
本申请涉及生物技术领域,涉及基因诊断领域,具体涉及一种用于检测肿瘤良恶性程度的模型及其应用。
背景技术
根据国际癌症数据统计,全球每年死于癌症的大约八百多万人。所以早期发现,确诊,治疗尤为重要。癌症的产生是由于在细胞层面上,随时间的推移而积累的复杂的基因变异和表观遗传改变,最终导致不受控制的细胞分裂。
传统病理学对细胞的良恶性诊断是基于细胞的大小,形态,侵润性和周边细胞组织的关系来作出判断的。它对细胞(癌症)的早期变化的发现有很大的局限性,因此细胞分子水平的癌症诊断方法,一度成为研究热点。随着人们在分子生物学领域的不断深入研究,越来越多的分子检测技术被运用到癌症诊断中。
目前,病变组织的良恶性和对癌症分型或癌症阶段的判断在很大程度上,都是根据被苏木素和伊红染液染色的病理组织切片上观察到的细胞形态来决定的。但是,这个方法有其固有的局限性。首先,该方法不能观察肿瘤发生时分子层面的改变,而分子的改变能够提供更为精准的预诊和诊断的依据;其次,细胞形态学诊断是主观判断,这本身会造成诊断的不准确。这种主观判断造成的误差对于早期癌症的诊断影响巨大,尤其是癌症早期诊断的敏感性和精确性对病人而言是性命攸关的。最后,部分恶性肿瘤细胞在形态学上与良性肿瘤细胞差异极小。
从遗传学的角度讲,肿瘤的发展是一个多基因变化的过程,表观遗传的修饰对于肿瘤的发生、诊断和治疗具有重要意义,也逐渐在临床上也得到了应用。已有大量科学研究证实了印记状态基因重新表达与细胞癌变的相关性。
目前临床上对于印记基因的研究主要基于甲基化检测,其检测技术主要包括即限制性酶切法、富集法和亚硫酸盐转化法,然而目的基因不同区段甲基化位点对基因转录活性的影响存在很大的差别,即使存在一个准确的甲基化检测方法,也不能准确地对肿瘤进行诊断。
基因组印记是表观遗传学基因调控的一种方式,表现为对于特定基因,只有来自特定亲代的等位基因可以表达,而另外一个等位基因则表现为基因沉寂。大量的研究证明,印记(迹)缺失是指印记(迹)基因中原先处在沉寂状态的等位基因被激活(去甲基化),是癌症中最常见和最早期就发生的表观遗传改变,并且这个特性可以用作病理标记。相对而言,在健康细胞检测中,印迹缺失比例很低。
基于上述原因,目前的临床疾病诊断需要新的检测装置和检测模型,基于患者活检样本,解析癌症在细胞层面上存在的分子标记物变化,以此提供更精确的预诊和诊断信息。
发明内容
针对现有技术的不足及实际的需求,本申请提供了一种用于检测肿瘤良恶性程度的模型及其应用,该检测装置和模型是用于单细胞和组织水平下早期直观地观察各类型肿瘤的印记(迹)基因的变化从而判断肿瘤的良恶性及恶性程度。
为达到上述目的,本申请采用以下技术方案:
第一方面,本发明提供了一种印记基因分级模型,所述模型通过计算印迹基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量在肿瘤中的变化对印记基因进行分级;
本发明中,所述印记基因缺失为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,所述印记基因拷贝数异常为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记,所述拷贝数异常是由于癌细胞异常地进行基因复制,导致这个基因表达时呈现为三倍体甚至更高的多倍体的情况。
本发明中,所述苏木素染色后的标记选自但不限于红色或棕色,用其他颜色进行染色标记也可用于印迹基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的计算。
本发明中,所述印记基因与印迹基因同时一个概念,表示同一个意思,可以进行替换。
所述印记基因Z1-Z16,所述印记基因Z1为Gnas,所述印记基因Z2为Igf2,所述印记基因Z3为Peg10,所述印记基因Z4为Igf2r,所述印记基因Z5为Mest,所述印记基因Z6为Plagl1,所述印记基因Z7为Cdkn1c,所述印记基因Z8为Dcn,所述印记基因Z9为Dlk1,所述印记基因Z10为Gatm,所述印记基因Z11为Grb10,所述印记基因Z12为Peg3,所述印记基因Z13为Sgce,所述印记基因Z14为Slc38a4,所述印记基因Z15为Diras3,所述印记基因Z16为Snrpn/Snurf。
根据本发明,所述模型计算印记基因的方法为:计算印记基因的组合,所述印记基因为Z1-Z16的十六个印记基因的组合。
本发明中,在特定的实施例中,发明人发现通过计算印记基因Z2的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到71.4%,通过计算印记基因Z3的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到78.6%,通过计算印记基因Z4的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到78.6%,通过计算印记基因Z5的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到64.3%,通过计算印记基因Z6的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到57.1%,通过计算印记基因Z8的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到58.3%,通过计算印记基因Z9的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到64.3%,通过计算印记基因Z10的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到71.4%,通过计算印记基因Z11的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到71.4%,通过计算印记基因Z12的LOI、CNV和TE,对于甲状腺癌的检测敏感度可以达到69.2%;
本发明中,发明人发现通过计算两个或两个以上的印记基因的LOI、CNV和TE可以进一步提高敏感度,在特定的实施例中,检测印记基因的两个印记基因的组合,对甲状腺癌的诊断敏感度可以达到92.9%以上,检测Z3和Z4的组合时,对甲状腺癌的诊断敏感度可以达到92.9%以上,检测Z3和Z10的组合时,对甲状腺癌的诊断敏感度可以达到92.9%以上,检测Z4和Z9的组合时,对甲状腺癌的诊断敏感度可以达到92.9%以上。
根据本发明,所述计算印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的公式如下:
总表达量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常印记基因表达量=b/(b+c+d)×100%;
印记基因缺失基因表达量=c/(b+c+d)×100%;
印记基因拷贝数异常的基因表达量=d/(b+c+d)×100%;
其中,所述a为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存在;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,印记基因缺失;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记,印记基因拷贝数变异。
优选地,所述印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量分成五个不同的等级为针对Z1-Z16的十六个印记基因的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量分别进行划分的五个不同的等级。
针对Z1的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量小于1.5%;
I级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为15-25%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为1.5-2.5%;
II级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为25-30%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为30-35%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
针对Z2和Z12的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%;
II级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为2-3%;
III级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为25-35%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为3-5%;
IV级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量大于5%;
本发明中,所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量是相互独立的。
针对Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%;
II级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为20-30%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为30-35%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
本发明中,所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量是相互独立的。
针对Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%;
II级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为25-35%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
本发明中,所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量是相互独立的。
针对Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量小于10%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量小于0.5%;
I级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为10-15%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为0.5-1%;
II级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%;
III级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为2-3%;
IV级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量大于25%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量大于3%;
本发明中,所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量是相互独立的。
第二方面,本发明提供了一种检测肿瘤良恶性程度的装置,包括如下单元:
(1)取样单元:获取待测样本;
(2)探针设计单元:根据印记基因序列设计特异性引物;
(3)检测单元:将步骤(2)的探针与待测样本进行原位杂交;
(4)分析单元:显微镜成像分析印记基因的表达情况;
其中,所述分析单元通过计算印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量,通过第一方面所述的模型,从而通过印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的等级来判断肿瘤的良恶性程度。
本发明中,所述印记基因缺失为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,所述印记基因拷贝数异常为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记,所述拷贝数异常是由于癌细胞异常地进行基因复制,导致这个基因表达时呈现为三倍体甚至更高的多倍体的情况。
本发明中,所述苏木素染色后的标记选自但不限于红色或棕色,用其他颜色进行染色标记也可用于印迹基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的计算。
本发明所述检测装置是用于单细胞和组织水平下早期直观地观察各类型肿瘤的印记(迹)基因的变化从而判断肿瘤的良恶性及恶性程度,为早期肿瘤患者提供最有利的治疗机会。
根据本发明,步骤(1)所述的待测样本来自于人的组织和/或细胞。
本发明中,所述待测样本只要RNA经过及时固定的处理都是可行的,本领域技术人员可以根据需要进行选择,在此不做特殊限定,本发明所述待测样本包括组织的石蜡切片和/或穿刺活检细胞压片和/或自然脱落和机械方法获取的脱落细胞。
所述组织的石蜡切片具体操作步骤为获取人体肿瘤组织样本,及时用10%中性福尔马林或其他固定方法固定,石蜡包埋,切成10μm厚,用带正电荷的玻片制成组织片子;因为只有10μm厚,因此显微镜下看见的有一部分为不完整的细胞核,所以会出现部分假阴性的基因缺失。
所述穿刺活检细胞压片具体操作步骤为获取人体细胞,及时用10%中性福尔马林或其他固定方法固定即可。
所述自然脱落和机械方法获取的脱落细胞具体操作步骤为获取人体细胞,及时用10%中性福尔马林或其他固定方法固定即可。
本发明中,由于穿刺取细胞对病人伤害小,取样过程简单,相较于血液的循环特性,穿刺细胞还能定位,穿刺细胞作为实验样本有其特殊的优势。
优选地,所述待测样本为活检穿刺细胞。
优选地,所述印记基因为Z1-Z16,所述印记基因Z1为Gnas,所述印记基因Z2为Igf2,所述印记基因Z3为Peg10,所述印记基因Z4为Igf2r,所述印记基因Z5为Mest,所述印记基因Z6为Plagl1,所述印记基因Z7为Cdkn1c,所述印记基因Z8为Dcn,所述印记基因Z9为Dlk1,所述印记基因Z10为Gatm,所述印记基因Z11为Grb10,所述印记基因Z12为Peg3,所述印记基因Z13为Sgce,所述印记基因Z14为Slc38a4,所述印记基因Z15为Diras3,所述印记基因Z16为Snrpn/Snurf。
本发明中,所述印记基因Z1(Gnas),Z2(Igf2),Z3(Peg10),Z4(Igf2r),Z5(Mest),Z6(Plagl1),Z7(Cdkn1c),Z8(Dcn),Z9(Dlk1),Z10(Gatm),Z11(Grb10),Z12(Peg3),Z13(Sgce),Z14(Slc38a4),Z15(Diras3),Z16(Snrpn/Snurf)在正常肿瘤细胞组织内有不同程度的表达,在发生恶性病变时,表达量和印记状态都会发生明显变化。
本发明中,所述设计探针是根据印记基因Z1-Z16,即Gnas,Igf2,Peg10,Igf2r,Mest,Plagl1,Cdkn1c,Dcn,Dlk1,Gatm,Grb10,Peg3,Sgce,Slc38a4,Diras3和Snrpn/Snurf进行设计的,具体在每个基因的内旋子内选择一段序列作为探针,具体的探针由AdvancedCell Diagnostics公司设计。
优选地,所述原位杂交采用RNAscope原位杂交方法。
优选地,所述RNAscope原位杂交方法使用单通道或多通道的呈色试剂盒或者单通道或多通道的荧光试剂盒,优选为单通道红色/棕色呈色试剂盒或多通道的荧光试剂盒。
本发明中,所述多通道呈色试剂盒或多通道荧光试剂盒包括两通道或两通道以上的呈色试剂盒或荧光试剂盒,所述两通道的呈色试剂盒或多通道的荧光试剂盒可以使用两个印记基因探针或印记基因和其他基因的联合表达甚至多个印记基因和非印记基因的综合表达。
本发明中,将探针通过原位杂交,和Hemotoxy(苏木精)细胞核染色扩增信号,在40×或60×显微镜下,判断每一个细胞核内印记基因存在、印记基因缺失或拷贝数变异,通过计算印记基因表达量、印记基因缺失基因表达量和印记基因拷贝数异常的基因表达量来判定该样本的肿瘤良恶性程度。由于切片仅为10微米,所以在显微镜下所见细胞核大约有20%为不完整细胞核,也就是说有部分假阴性的可能性存在。
优选地,所述印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量分成五个不同的等级。
优选地,所述五个不同的等级为针对Z1-Z6的六个印记基因的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量分别进行划分。
针对Z1的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量小于1.5%;
I级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为15-25%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为1.5-2.5%;
II级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为25-30%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为30-35%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
针对Z2和Z12的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%;
II级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为2-3%;
III级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为25-35%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为3-5%;
IV级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量大于5%;
本发明中,所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量是相互独立的。
针对Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%;
II级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为20-30%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为30-35%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
本发明中,所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量是相互独立的。
针对Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%;
II级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为25-35%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
本发明中,所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量是相互独立的。
针对Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量小于10%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量小于0.5%;
I级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为10-15%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为0.5-1%;
II级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%;
III级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为2-3%;
IV级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量大于25%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量大于3%;
本发明中,所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量是相互独立的。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度分为良性、恶性潜能、早期恶性肿瘤、中期恶性肿瘤和晚期恶性肿瘤。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均为0级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级中的任意一种情况,则为良性肿瘤。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种情况,则判断为恶性潜能。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因印记基因拷贝数异常表达量为III级,则为早期恶性肿瘤。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为中期恶性肿瘤。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期恶性肿瘤。
优选地,所述肿瘤为本领域常规的肿瘤都是可行的,本发明选自但不限于甲状腺肿瘤、肺肿瘤或脑肿瘤中的任意一种或至少两种的组合。
第三方面,本发明提供一种如第一方面所述的模型或如第二方面所述的装置用于制备肿瘤检测的药物。
优选地,所述肿瘤为本领域常规的肿瘤都是可行的,本发明选自但不限于甲状腺肿瘤、肺肿瘤或脑肿瘤中的任意一种或至少两种的组合。
优选地,所述肿瘤检测为判断肿瘤的类型,所述肿瘤类型包括良性、恶性潜能、早期恶性肿瘤、中期恶性肿瘤和晚期恶性肿瘤。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均为0级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级中的任意一种情况,则判断为良性肿瘤。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种情况,则为恶性潜能。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,则为早期恶性肿瘤。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为中期恶性肿瘤。
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期恶性肿瘤。
本发明中,针对不同的肿瘤对各个印记基因的敏感性不同,不同肿瘤的各个指标会有上下20%的浮动。
与现有技术相比,本申请具有如下有益效果:
(1)本申请所述检测模型和装置,以直观的方法表现了印记缺失在肿瘤病人的样本上的表现,通过对印记基因原位标记的方法,客观,直观,早期,精确地检测出印记(迹)基因的变化,并可以提供量化的模型,为分子病理学的诊断做出巨大贡献;
(2)本发明创立了一种直接从病人穿刺活检细胞中诊断印记缺失的检测方法和装置,可以在肿瘤病人手术前得出肿瘤良恶性程度的判断,从而为手术及精准治疗提供依据,这是细胞分子领域诊断肿瘤的革命性突破;
(3)本发明可以精确的判断肿瘤的类型,填补了目前组织细胞形态学诊断的局限性,能够做到早期的精确诊断,为后期的靶向性治疗提供帮助;
(4)本发明是首例可以在单个细胞和组织水平下检测印记基因表达情况,并可以对印记基因在细胞水平的表达进行定性、定量研究和空间定位,指出器官组织印记缺失与肿瘤的发生阶段的关系;
(5)本申请检测方法区别于免疫组化方法,减少了假阳性和其他负面作用,不仅如此,通过发现的肿瘤相关印记基因缺失位点导致该基因沉默、剔除、重排的靶向药物或技术方法,可用于指导后期的治疗和用药。
附图说明
图1是本发明印记基因缺失和癌症的关系图;
图2是本发明苏木素染色细胞核的甲状腺癌的病理切片,其中,所述a为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存在;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,印记基因缺失;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记,印记基因拷贝数变异;
图3为本发明实施例的16个基因在甲状腺肿瘤不同恶性程度的病理切片中的表达状态,其中图3(a)为0级甲状腺肿瘤的病理切片中16个基因的表达情况,图3(b)为I级甲状腺癌的病理切片中16个基因的表达情况,图3(c)为II级甲状腺癌的病理切片中16个基因的表达情况,图3(d)为III级甲状腺癌的病理切片中16个基因的表达情况,图3(e)为IV级甲状腺癌的病理切片中16个基因的表达情况;
图4为本发明的16个基因应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,其中图4(a)为印记基因Z1应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(b)为印记基因Z2应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(c)为印记基因Z3应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(d)为印记基因Z4应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(e)为印记基因Z5应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(f)为印记基因Z6应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(g)为印记基因Z8应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(h)为印记基因Z9应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(i)为印记基因Z10应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(j)为印记基因Z11应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(k)为印记基因Z12应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(l)为印记基因Z13应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图4(m)为印记基因Z16应用于17例甲状腺肿瘤病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准。
图5是本发明的16个基因在不同恶性程度的皮肤病理切片的表达状态,其中图5(a)为黑痣的组织切片中16个基因的表达状态,图5(b)为皮肤恶性黑色素瘤的病理切片中16个基因的表达状态。
图6是本发明的16个基因在不同恶性程度的肺肿瘤病理切片的表达状态,其中图6(a)为良性肺肿瘤的组织切片中16个基因的表达状态,图6(b)为肺癌的病理切片中16个基因的表达状态。
图7是本发明的16个基因在不同恶性程度的膀胱肿瘤病理切片的表达状态,其中图7(a)为良性膀胱肿瘤的组织切片中16个基因的表达状态,图7(b)为膀胱癌的病理切片中16个基因的表达状态。
图8是本发明的16个基因在不同恶性程度的胰腺肿瘤病理切片的表达状态,其中图8(a)为良性胰腺肿瘤的组织切片中16个基因的表达状态,图8(b)为胰腺癌的病理切片中16个基因的表达状态。
具体实施方式
为更进一步阐述本申请所采取的技术手段及其效果,以下结合附图并通过具体实施方式来进一步说明本申请的技术方案,但本申请并非局限在实施例范围内。
实施例1甲状腺癌的印记基因分析
本实施例提供一种采用印记基因检测甲状腺癌的方法,其关系如图1所示,所述的检测方法,包括如下步骤:
(1)获取甲状腺癌的组织细胞切片(10微米),放入专利ZL200710024048.6所述的固定液中进行固定,以防RNA降解,固定时间为24小时,石蜡包埋(FFPE),所述玻片需要用正电荷脱载玻片,所述切片在40℃烤箱烘烤3h以上;
(2)按照RNASCope的样品处理方法进行脱蜡处理,封闭样本中内源性过氧化物酶活性,增强通透性并暴露出RNA分子;
(3)设计探针:根据印记基因序列设计特异性引物;
所述设计探针是根据印记基因Z1(Gnas),Z2(Igf2),Z3(Peg10),Z4(Igf2r),Z5(Mest),Z6(Plagl1),Z7(Cdkn1c),Z8(Dcn),Z9(Dlk1),Z10(Gatm),Z11(Grb10),Z12(Peg3),Z13(Sgce),Z14(Slc38a4),Z15(Diras3)和Z16(Snrpn/Snurf)进行设计的,具体在每个基因的内旋子内选择一段序列作为探针,具体的探针由Advanced Cell Diagnostics公司设计。
(4)将步骤(3)的探针与待测样本通过试剂盒进行RNASCope原位杂交;
(5)信号扩增和苏木精染色,用显微镜成像分析印记基因的表达情况;
所述模型中的计算印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的公式如下:
总表达量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常印记基因表达量=b/(b+c+d)×100%;
印记基因缺失基因表达量(LOI)=c/(b+c+d)×100%;
印记基因拷贝数异常的基因表达量(CNV)=d/(b+c+d)×100%;
其中,a、b、c、d如图2所示,所述a为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达的细胞核;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存在的细胞核;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,印记基因缺失的细胞核;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记,印记基因拷贝数异常的细胞核,其结果如图3(a)-图3(e)所示。
从图3(a)-图3(e)可以看出,从0级到IV级的样本中,印记缺失(细胞核内有两个信号点)和拷贝数异常(细胞核内有三个或以上信号点)的细胞比例随恶性程度的增加而逐渐增加。
实施例2Z1-Z16印记基因对甲状腺癌的反应敏感性
获取17例甲状腺肿瘤病人的组织(10微米),其他检测方法同实施例1,检测结果如图4(a)-图4(m)所示。
从图4(a)-图4(m)可以看出,17例甲状腺肿瘤组织样本中各个探针的印记缺失和拷贝数异常的比例呈现从低到高的分布,根据不同探针的分布趋势,我们计算得到了图中虚线所示的分级标准,可以将每个探针的印记缺失和拷贝数异常分别从低到高分成5个等级,具体等级分型如下:
从图4(a)可以看出,对于所述印记基因Z1,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1.5%为0级,印记基因缺失表达量为15-25%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1.5-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为25-30%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为30-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(b)可以看出,对于所述印记基因Z2,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2%为I级,印记基因缺失表达量为20-25%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2-3%为II级,印记基因缺失表达量为25-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为3-5%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于5%为IV级;
从图4(c)可以看出,对于所述印记基因Z3,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-30%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为30-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(d)可以看出,对于所述印记基因Z4,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-30%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为30-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(e)可以看出,对于所述印记基因Z5,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-25%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为25-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(f)可以看出,对于所述印记基因Z6,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-25%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为25-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(g)可以看出,对于所述印记基因Z8,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-25%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为25-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(h)可以看出,对于所述印记基因Z9,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-30%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为30-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(i)可以看出,对于所述印记基因Z10,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-30%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为30-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(j)可以看出,对于所述印记基因Z11,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-30%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为30-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(k)可以看出,对于所述印记基因Z12,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2%为I级,印记基因缺失表达量为20-25%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2-3%为II级,印记基因缺失表达量为25-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为3-5%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于5%为IV级;
从图4(l)可以看出,对于所述印记基因Z13,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-25%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为25-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级;
从图4(m)可以看出,对于所述印记基因Z16,印记基因缺失表达量小于15%和/或印记基因拷贝数异常表达量小于1%为0级,印记基因缺失表达量为15-20%和/或印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%为I级,印记基因缺失表达量为20-25%和/或印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%为II级,印记基因缺失表达量为25-35%和/或印记基因拷贝数异常表达量为4-6%为III级,印记基因缺失表达量大于35%和/或印记基因拷贝数异常表达量大于6%为IV级。
从这17个甲状腺肿瘤的样本综合分析可以得出:
所述判断甲状腺肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均为0级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级中的任意一种情况,则判断为良性甲状腺肿瘤。
所述判断甲状腺肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种情况,则为甲状腺肿瘤恶性潜能。
所述判断甲状腺肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,则为早期甲状腺癌。
所述判断甲状腺肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为中期甲状腺癌。
所述判断甲状腺肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期甲状腺癌。
实施例3皮肤癌的印记基因分析
获取正常黑痣和皮肤恶性黑色素瘤的组织样本,经10%中性福尔马林固定24小时以上,其他检测方法同实施例1,检测结果如图5(a)-图5(b)所示。
从图5(a)-图5(b)可以看出,图5(a)为良性黑痣,图5(b)为皮肤恶性黑色素瘤,黑痣中只有个别印记缺失的细胞,没有发现拷贝数异常的细胞,皮肤恶性黑色素瘤中存在大量印记缺失和拷贝数异常的细胞。
实施例4肺癌的印记基因分析
获取良性肺肿瘤和肺癌的组织样本,经10%中性福尔马林固定24小时以上,其他检测方法同实施例1,检测结果如图6(a)-图6(b)所示。
从图6(a)-图6(b)可以看出,图6(a)为良性肺肿瘤,图6(b)为肺癌,良性肺肿瘤中只有个别印记缺失的细胞,没有发现拷贝数异常的细胞,肺癌中存在大量印记缺失和拷贝数异常的细胞。
实施例5膀胱癌的印记基因分析
获取良性膀胱肿瘤和膀胱癌的组织样本,经10%中性福尔马林固定24小时以上,其他检测方法同实施例1,检测结果如图7(a)-图7(b)所示。
从图7(a)-图7(b)可以看出,图7(a)为良性膀胱肿瘤,图7(b)为膀胱癌,良性膀胱肿瘤中只有个别印记缺失的细胞,没有发现拷贝数异常的细胞,膀胱癌中存在大量印记缺失和拷贝数异常的细胞。
实施例6胰腺癌的印记基因分析
获取良性胰腺肿瘤和胰腺癌的组织样本,经10%中性福尔马林固定24小时以上,其他检测方法同实施例1,检测结果如图8(a)-图8(b)所示。
从图8(a)-图8(b)可以看出,图8(a)为良性胰腺肿瘤,图8(b)为胰腺癌,良性胰腺肿瘤中只有个别印记缺失的细胞,没有发现拷贝数异常的细胞,胰腺癌中存在大量印记缺失和拷贝数异常的细胞。
综上所述,本申请所述检测模型和装置,以直观的方法表现了印记缺失在肿瘤病人的样本上的表现,通过对印记基因原位标记的方法,客观,直观,早期,精确地检测出印记(迹)基因的变化,并可以提供量化的模型,为肿瘤的诊断做出巨大贡献。
申请人声明,本申请通过上述实施例来说明本申请的详细方法,但本申请并不局限于上述详细方法,即不意味着本申请必须依赖上述详细方法才能实施。所属技术领域的技术人员应该明了,对本申请的任何改进,对本申请产品各原料的等效替换及辅助成分的添加、具体方式的选择等,均落在本申请的保护范围和公开范围之内。
Claims (10)
1.一种用于肿瘤的印记基因分级模型,其特征在于,其通过计算印记基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量在肿瘤中的变化对印记基因的表达状态进行分级。
2.根据权利要求1所述的模型,其特征在于,所述印记基因Z1-Z16,所述印记基因Z1为Gnas,所述印记基因Z2为Igf2,所述印记基因Z3为Peg10,所述印记基因Z4为Igf2r,所述印记基因Z5为Mest,所述印记基因Z6为Plagl1,所述印记基因Z7为Cdkn1c,所述印记基因Z8为Dcn,所述印记基因Z9为Dlk1,所述印记基因Z10为Gatm,所述印记基因Z11为Grb10,所述印记基因Z12为Peg3,所述印记基因Z13为Sgce,所述印记基因Z14为Slc38a4,所述印记基因Z15为Diras3,所述印记基因Z16为Snrpn/Snurf;
优选地,所述模型计算印记基因的方法为:计算印记基因的组合,所述印记基因为Z1-Z16的十六个印记基因的组合。
3.根据权利要求1或2所述的模型,其特征在于,所述计算印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的公式如下:
总表达量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常印记基因表达量=b/(b+c+d)×100%;
印记基因缺失表达量=c/(b+c+d)×100%;
印记基因拷贝数异常表达量=d/(b+c+d)×100%;
其中,所述a为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存在;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,印记基因缺失;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记,印记基因拷贝数异常。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的模型,其特征在于,所述印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量分成五个不同的等级;
优选地,所述五个不同的等级为针对Z1-Z16的十六个印记基因的印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量分别进行划分的五个不同的等级;
优选地,针对Z1的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量小于1.5%;
I级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为15-25%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为1.5-2.5%;
II级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为25-30%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为30-35%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
优选地,针对Z2和Z12的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%;
II级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为2-3%;
III级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量为25-35%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量为3-5%;
IV级:所述印记基因Z2和Z12的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z2和Z12的印记基因拷贝数异常表达量大于5%;
优选地,针对Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%;
II级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为20-30%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量为30-35%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z3、Z4、Z9、Z10和Z11的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
优选地,针对Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量小于15%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量小于1%;
I级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为1-2.5%;
II级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-4%;
III级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量为25-35%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%;
IV级:所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因缺失表达量大于35%和/或所述印记基因Z5、Z6、Z8、Z13和Z16的印记基因拷贝数异常表达量大于6%;
优选地,针对Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量小于10%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量小于0.5%;
I级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为10-15%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为0.5-1%;
II级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为15-20%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%;
III级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量为20-25%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量为2-3%;
IV级:所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因缺失表达量大于25%和/或所述印记基因Z7、Z14和Z15的印记基因拷贝数异常表达量大于3%。
5.一种检测肿瘤良恶性程度的装置,其特征在于,采用如权利要求1-4中任一项所述的模型,包括如下单元:
(1)取样单元:获取待测样本;
(2)探针设计单元:根据印记基因序列设计特异性引物;
(3)检测单元:将步骤(2)的探针与待测样本进行原位杂交;
(4)分析单元:显微镜成像分析印记基因的表达状态;
其中,所述分析单元通过计算印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量,通过权利要求1-4中任一项所述的模型,从而通过印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的等级来判断肿瘤的良恶性程度。
6.一种检测肿瘤良恶性程度的方法,其特征在于,采用如权利要求1-4中任一项所述的模型或如权利要求5所述的装置,包括如下步骤:
(1)获取待测样本;
(2)根据印记基因序列设计特异性引物;
(3)将步骤(2)的探针与待测样本进行原位杂交;
(4)显微镜成像分析印记基因的表达状态;
其中,所述分析单元通过计算印记基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量,通过权利要求1-4中任一项所述的模型,从而通过印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的等级来判断肿瘤的良恶性程度。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,步骤(1)所述的待测样本为人的组织和/或细胞,优选为穿刺活检样本;
优选地,所述原位杂交采用RNAscope原位杂交方法;
优选地,所述RNAscope原位杂交方法使用单通道或多通道的呈色试剂盒或者单通道或多通道的荧光试剂盒,优选为单通道红色/棕色呈色试剂盒或多通道的荧光试剂盒。
8.根据权利要求6或7所述的方法,其特征在于,待判断的肿瘤的良恶性程度分为良性、恶性潜能、早期恶性肿瘤、中期恶性肿瘤和晚期恶性肿瘤;
优选地,判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均为0级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级中的任意一种情况,则为良性肿瘤;
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种情况,则判断为恶性潜能;
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,则为早期恶性肿瘤;
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为中期恶性肿瘤;
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期恶性肿瘤。
9.一种如权利要求1-4中任一项所述的模型或如权利要求5所述的装置在制备肿瘤检测和/或治疗的药物中的用途。
10.根据权利要求9所述的用途,其特征在于,待判断的肿瘤的良恶性程度分为良性、恶性潜能、早期恶性肿瘤、中期恶性肿瘤和晚期恶性肿瘤;
优选地,判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均为0级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级中的任意一种情况,则为良性肿瘤;
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种情况,则判断为恶性潜能;
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级、印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,则为早期恶性肿瘤;
优选地,所述判断肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级,印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11、Z12、Z13、Z14、Z15和Z16中不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为中期恶性肿瘤;
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