CN108866227B - 玉米开花期基因zcn8的两个特异性分子标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种玉米开花期相关蛋白的编码基因的两个特异性分子标记及其应用。本发明提供了一种鉴定玉米开花期的方法：以待测玉米的基因组DNA为模板，采用引物对甲或引物对乙进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物采用限制性内切酶Msp I或Bsr I进行酶切；如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且可以被酶切，待测玉米的基因型为AA型；如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且不能被酶切，待测玉米的基因型为CC型；AA型植株的开花期晚于CC型植株。引物对甲由序列4所示引物和序列5所示引物组成；引物对乙由序列8所示引物和序列9所示引物组成。本发明对于玉米分子育种、种质资源的评价和栽培技术的创新具有重要的指导意义。

Description

玉米开花期基因ZCN8的两个特异性分子标记及其应用
技术领域
本发明属于农业生物技术领域，具体涉及玉米开花期相关基因(ZCN8基因)的两个特异性分子标记及其应用。
背景技术
玉米是世界粮食作物中产量最高的谷类作物，增产潜力巨大，在农业中有极其重要的地位。近几十年来，优良杂交种的选育是玉米产量不断提高的重要因素，而种质资源创新也是玉米育种的关键。热带玉米具有非常广泛的遗传多样性，是丰富现有种质资源的重要材料，然而大多数热带玉米具有较强的光周期敏感性，种植在温带长日照条件下会表现出许多不良性状，如易倒伏、抗病性差、植株繁茂、晚花、晚熟等，这些不利性状严重阻碍了热带种质资源的利用。因此，培育和种植对光周期不敏感的品种是长日照高纬度地区扩大玉米种植范围和维持高产稳产的重要途径。传统的育种方法选育优良杂交种所需的年限较长，效率较低，具有一定局限性，随着分子生物学以及分子遗传学的飞速发展，结合分子标记辅助选择以及转基因等方法可以极大的提高育种的效率。在此基础上，研究玉米开花期和光周期周期反应的遗传基础，发掘有利等位基因并开发分子标记，用现代分子育种的手段弱化热带玉米的光周期敏感性，能有效地拓宽现有玉米种质资源，对玉米熟期遗传改良分子育种具有重要意义。
植物的开花期是一个非常复杂的数量性状，是由不同分子通路中的大量基因共同调控的。概括的说，可以将开花机制总结为五条途径：春化途径，即植物需要一段时间的低温诱导才能促进开花；光周期途径，植物通过感应光照时长来调控开花；赤霉素途径，植物需要一定的赤霉素调控才能正常成花；年龄途径，植物需要生长到一定的年限才能开花；自主途径，独立于光周期途径和赤霉素的內源因子调控的开花机制。而玉米是典型的短日照植物，日照时数的延长一般会导致开花期的延迟。大多数热带玉米材料在短日下开花期提前，具有兼性短日特征，对长日照比较敏感；而大多数温带玉米对于光周期信号没有明显的反应，被认为是日中性的。因此，在玉米由热带短日照向温带长日照地区的传播过程中，光周期敏感性的不断弱化是一个重要的适应性性状，光周期途径也是玉米调控开花的重要途径，得到广泛研究。
FT蛋白被认为是人们一直寻找的成花诱导物，即成花素，既可以在叶片维管束中编码合成成花素，然后通过韧皮部被长距离运输到顶端分生组织中发挥作用，又可以整合多个花期途径的调控因子，最终诱导开花。ZCN8基因被认为是玉米中的成花素基因，即拟南芥中FT基因的同源基因，ZCN8蛋白在维管束合成，通过韧皮部运输到顶端分生组织，与Dlf1蛋白互作，影响开花。ZCN8蛋白在长日照和短日照条件都能发挥功能，影响玉米开花时间。过表达ZCN8基因能导致植株提前开花。
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换(嘌呤/嘌呤或嘧啶/嘧啶)、颠换(嘌呤/嘧啶)，在玉米基因组中分布十分广泛，多态性丰富，是最为理想的多态性分子标记。
发明内容
本发明的目的是提供玉米开花期相关蛋白的编码基因(ZCN8基因)的两个特异性分子标记及其应用。
本发明提供了一种鉴定玉米开花期的方法(方法甲)，包括如下步骤：
以待测玉米的基因组DNA为模板，采用引物对甲进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物采用限制性内切酶Msp I进行酶切；所述引物对甲由序列表的序列4所示的正向引物和序列表的序列5所示的反向引物组成；
如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且可以被限制性内切酶Msp I酶切，待测玉米的基因型为AA型；如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且不能被限制性内切酶Msp I酶切，待测玉米的基因型为CC型；
AA型植株的开花期晚于CC型植株。
本发明还提供了一种鉴定玉米开花期的方法(方法乙)，包括如下步骤：
检测待测玉米基因组DNA中特异DNA分子的第317-321位核苷酸，判断待测玉米的基因型；
如果待测玉米基因组DNA中特异分子的该区段存在限制性内切酶Msp I的识别序列、待测玉米的基因型为AA型，如果待测玉米基因组DNA中特异分子的该区段不存在限制性内切酶Msp I的识别序列、待测玉米的基因型为CC型；
AA型植株的开花期晚于CC型植株；
所述特异DNA分子为如下(1)或(2)或(3)或(4)或(5)：
(1)引物对甲的靶序列所示的DNA分子；所述引物对甲由序列表的序列4所示的正向引物和序列表的序列5所示的反向引物组成；
(2)来源于玉米的与引物对甲的靶序列具有90％以上同一性的DNA分子；
(3)来源于玉米的与序列表的序列1具有90％以上同一性的DNA分子；
(4)来源于玉米的与序列表的序列2具有90％以上同一性的DNA分子；
(5)来源于玉米的与序列表的序列3具有90％以上同一性的DNA分子。
本发明还保护用于检测特异区段核苷酸的物质在鉴定玉米开花期中的应用在鉴定玉米开花期中的应用；
所述特异区段核苷酸为玉米基因组DNA中特异DNA分子的第317-321位核苷酸；
所述特异DNA分子为如下(1)或(2)或(3)或(4)或(5)：
(1)引物对甲的靶序列所示的DNA分子；所述引物对甲由序列表的序列4所示的正向引物和序列表的序列5所示的反向引物组成；
(2)来源于玉米的与引物对甲的靶序列具有90％以上同一性的DNA分子；
(3)来源于玉米的与序列表的序列1具有90％以上同一性的DNA分子；
(4)来源于玉米的与序列表的序列2具有90％以上同一性的DNA分子；
(5)来源于玉米的与序列表的序列3具有90％以上同一性的DNA分子。
本发明还保护引物对甲；所述引物对甲由序列表的序列4所示的正向引物和序列表的序列5所示的反向引物组成。
本发明还保护一种鉴定玉米开花期的方法(方法丙)，包括如下步骤：
以待测玉米的基因组DNA为模板，采用引物对乙进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物采用限制性内切酶Bsr I进行酶切；所述引物对乙由序列表的序列8所示的正向引物和序列表的序列9所示的反向引物组成；
如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且可以被限制性内切酶Bsr I酶切，待测玉米的基因型为AA型；如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且不能被限制性内切酶Bsr I酶切，待测玉米的基因型为CC型；
AA型植株的开花期晚于CC型植株。
本发明还保护一种鉴定玉米开花期的方法(方法丁)，包括如下步骤：
检测待测玉米基因组DNA中特异DNA分子的第32位核苷酸，该核苷酸作为特异核苷酸，判断待测玉米的基因型；
如果待测玉米的所述特异核苷酸为G纯合型、待测玉米的基因型为AA型，如果待测玉米的所述特异核苷酸为A纯合型、待测玉米的基因型为CC型；
AA型植株的开花期晚于CC型植株；
所述特异DNA分子为如下(1)或(2)或(3)或(4)：
(1)引物对乙的靶序列所示的DNA分子；所述引物对乙由序列表的序列8所示的正向引物和序列表的序列9所示的反向引物组成；
(2)来源于玉米的与引物对乙的靶序列具有90％以上同一性的DNA分子；
(3)来源于玉米的与序列表的序列6具有90％以上同一性的DNA分子；
(4)来源于玉米的与序列表的序列7具有90％以上同一性的DNA分子。
本发明还保护用于检测特异SNP的物质在鉴定玉米开花期中的应用；
所述特异SNP为玉米基因组DNA中特异DNA分子的第32位核苷酸；
所述特异DNA分子为如下(1)或(2)或(3)或(4)：
(1)引物对乙的靶序列所示的DNA分子；所述引物对乙由序列表的序列8所示的正向引物和序列表的序列9所示的反向引物组成；
(2)来源于玉米的与引物对乙的靶序列具有90％以上同一性的DNA分子；
(3)来源于玉米的与序列表的序列6具有90％以上同一性的DNA分子；
(4)来源于玉米的与序列表的序列7具有90％以上同一性的DNA分子。
本发明还保护引物对乙；由序列表的序列8所示的正向引物和序列表的序列9所示的反向引物组成。
本发明还保护一种引物组合物，由引物对甲和引物对乙组成。
本发明还保护所述引物组合物在鉴定玉米开花期性状中的应用。
本发明还保护引物对甲在鉴定玉米开花期性状中的应用。
本发明还保护引物对乙在鉴定玉米开花期性状中的应用。
以上任一所述玉米可为W22、CIMMYT 8759，也可为W22和CIMMYT 8759的后代。
也上任一所述玉米也可为现有品种或现有自交系。
本发明的发明人通过QTL定位、关联分析和群体遗传学分析，鉴定出ZCN8的2个功能位点，并开发成特异的分子标记，利用特异分子标记能有效帮助育种家进行分子标记辅助育种，实现基因的导入和聚合；同时也能有效检测现有玉米的开花期性状。
目前琼脂糖凝胶电泳及聚丙烯酰胺凝胶电泳的分辨率还不能满足SNP差异的检测。因此，本发明的发明人将SNP标记转化为共显性的CAPs/dCAPS标记，即利用SNP位点一个等位基因能被某一种限制性内切酶识别和酶切，而另外一个等位基因不能被该酶识别和酶切的特点，设计引物，扩增后酶切，用琼脂糖胶检测这种差异。
鉴于玉米在世界粮食安全和农业可持续发展中的重要作用，开发与玉米开花期性状紧密连锁的分子标记对于玉米分子育种、新品种的培育、种质资源的评价和栽培技术的创新具有重要的指导意义。
附图说明
图1为实施例2中部分植株的PCR扩增产物的电泳图。
图2为实施例2中部分植株的酶切产物的电泳图。
图3为实施例3中示例性PCR扩增产物电泳图(检测基于ZCN8_2339dCAP的基因型)。
图4为实施例3中示例性酶切产物电泳图(检测基于ZCN8_2339dCAP的基因型)。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
开花期的含义：从种子播种至雄穗的主雄1/2散粉，这个过程需要的天数。需要的天数越短、开花期越早，需要的天数越长、开花期越晚。
W22即玉米自交系W22。CIMMYT 8759，即CIMMYT accession 8759。Mo17即玉米自交系Mo17。W22、CIMMYT 8759和Mo17均记载于如下文献：Li,D.,Wang,X.,Zhang,X.,Chen,Q.,Xu,G.,Xu,D.,Wang,C.,Liang,Y.,Wu,L.,Huang,C.,et al.(2016).The geneticarchitecture of leaf number and its genetic relationship to flowering time inmaize.The New phytologist 210,256-268.。
实施例1、两个特异SNP标记的发现、CAPs/dCAPS标记的建立和检测方法
本发明的发明人通过QTL定位、关联分析和群体遗传学分析，鉴定出ZCN8基因的2个特异SNP标记，该2个特异SNP位点的基因型与ZCN8基因的表达水平相关，进而与玉米的开花期相关。
目前琼脂糖凝胶电泳及聚丙烯酰胺凝胶电泳的分辨率还不能满足SNP差异的检测。因此，本发明的发明人将SNP标记转化为共显性的CAPs/dCAPS标记。
一、第1个CAPs/dCAPS标记
第1个CAPs/dCAPS标记命名为ZCN8_1245CAP。ZCN8_1245CAP在B73参考基因组上的序列如序列表的序列1所示。ZCN8_1245CAP在W22基因组上的序列如序列表的序列2所示。ZCN8_1245CAP在CIMMYT 8759基因组上的序列如序列表的序列3所示。用于鉴定ZCN8_1245CAP的引物对命名为引物对甲，由序列表的序列4所示的正向引物(单链DNA分子)和序列表的序列5所示的反向引物(单链DNA分子)组成。
序列4：5’-GAGAGGGACAGACTAGAATCCT-3’；
序列5：5’-GCAAAGTTTCGCCAAATGTCTA-3’。
用于鉴定ZCN8_1245CAP的方法包括如下步骤：
1、提取待测玉米的基因组DNA。
2、以步骤1提取的基因组DNA为模板，采用引物对甲进行PCR扩增。
PCR扩增的反应体系(10μl)：基因组DNA溶液2μl、正向引物溶液0.5μl、反向引物溶液0.5μl、2×PCR Mix(genestar)5μl、ddH2O 2μl。基因组DNA溶液中，DNA的浓度为30ng/μl。正向引物溶液中，正向引物的浓度为10μM。反向引物溶液中，反向引物的浓度为10μM。
PCR扩增的反应程序：95℃变性5分钟；95℃变性30秒、60℃退火30秒、72℃延伸30秒，35个循环；72℃5分钟；15℃保存。
3、取步骤2得到的PCR扩增产物，采用限制性内切酶Msp I进行酶切。
酶切的反应体系(10μl)：PCR扩增产物4μl、限制性内切酶Msp I(NEB)0.5μl、10×Cutsmart buffer(NEB)1μl、ddH2O 4.5μl。
酶切的反应条件：37℃水浴4小时。
4、取步骤3得到的酶切产物，进行2％琼脂糖凝胶电泳15分钟，显色。
如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且可以被限制性内切酶Msp I酶切，待测玉米的基因型为AA型。如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且不能被限制性内切酶Msp I酶切，待测玉米的基因型为CC型。如果待测玉米的PCR扩增产物有两种，一种可以被限制性内切酶Msp I酶切，另一种不能限制性内切酶Msp I酶切，待测玉米的基因型为MM型。
CIMMYT 8759进行步骤1至4显示的带型为：317bp和126bp的两条带。
W22进行步骤1至4显示的带型为：448bp的一条带。
基于ZCN8_1245CAP的基因型，CIMMYT 8759为AA型，W22为CC型。
二、第2个CAPs/dCAPS标记
第2个CAPs/dCAPS标记命名为ZCN8_2339dCAP。ZCN8_2339dCAP在B73参考基因组和W22基因组上的序列如序列表的序列6所示。ZCN8_2339dCAP在Mo17基因组上的序列均如序列表的序列7所示。用于鉴定ZCN8_2339dCAP的引物对命名为引物对乙，由序列表的序列8所示的正向引物(单链DNA分子)和序列表的序列9所示的反向引物(单链DNA分子)组成。
序列8：5’-GCACCTGCTTCCAGCCTTTCACGATCGACTG-3’；
序列9：5’-AAGGCCCATTCTTTTCCCGGGCCGACGTAGA-3’。
用于鉴定ZCN8_2339dCAP的方法包括如下步骤：
1、提取待测玉米的基因组DNA。
2、以步骤1提取的基因组DNA为模板，采用引物对乙进行PCR扩增。
PCR扩增的反应体系(10μl)：基因组DNA溶液2μl、正向引物溶液0.5μl、反向引物溶液0.5μl、2×PCR Mix(genestar)5μl、ddH2O 2μl。基因组DNA溶液中，DNA的浓度为30ng/μl。正向引物溶液中，正向引物的浓度为10μM。反向引物溶液中，反向引物的浓度为10μM。
PCR扩增的反应程序：95℃变性5分钟；95℃变性30秒、60℃退火30秒、72℃延伸30秒，35个循环；72℃5分钟；15℃保存。
3、取步骤2得到的PCR扩增产物，采用限制性内切酶Bsr I进行酶切。
酶切的反应体系(10μl)：PCR扩增产物3μl、限制性内切酶Bsr I(NEB)、0.5μl、10×Cutsmart buffer(NEB)1μl、ddH2O 5.5μl。
酶切的反应条件：65℃水浴4小时。
4、取步骤3得到的酶切产物，进行4％琼脂糖凝胶电泳30分钟，显色。
如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且可以被限制性内切酶Bsr I酶切，待测玉米的基因型为AA型。如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且不能被限制性内切酶Bsr I酶切，待测玉米的基因型为CC型。如果待测玉米的PCR扩增产物有两种，一种可以被限制性内切酶Bsr I酶切，另一种不能限制性内切酶Bsr I酶切，待测玉米的基因型为MM型。
实施例2、应用ZCN8_1245CAP鉴定W22和CIMMYT 8759的后代
1、W22作为母本，CIMMYT 8759作为父本，杂交，获得F1代群体。
2、F1代群体作为母本，与轮回亲本W22进行两代回交，得到BC2群体。
3、BC2群体进行三代自交，得到BC2S3群体。BC2S3群体为866个家系。
4、从家系中选取目标基因区域杂合，其他背景区域纯合的HIF家系，构建近等基因系(NIL)。
5、从近等基因系中筛选基于ZCN8_1245CAP基因型为AA型植株和基因型为CC型植株(筛选方法同实施例1的步骤一)。
部分植株的PCR扩增产物的电泳图见图1。
部分植株的酶切产物的电泳图见图2。
6、2016年5月，将筛选到的近等基因系种植于北京，在平行条件下培养，检测开花期。
AA型的56株植株的开花期分别为：77、77、79、77、76、77、74、73、78、79、74、74、78、83、78、78、77、78、78、81、75、82、80、79、76、75、78、79、79、82、75、79、76、79、75、75、74、76、79、76、75、81、78、75、79、76、73、76、77、76、77、78、79、75、77、77天。AA型植株的开花期平均为77.21±2.26天。
CC型的44株植株的开花期分别为：72、72、74、74、78、77、74、74、72、76、79、75、73、79、73、77、77、74、78、75、70、75、70、69、79、73、73、69、76、74、71、77、71、76、73、74、70、76、74、72、76、75、71、73天。CC型植株的开花期平均为74.09±2.70天。
CIMMYT 8759为的开花期为77.21天。W22的开花期为74.09天。
实施例3、应用ZCN8_1245CAP或ZCN8_2339dCAP鉴定现有玉米品种
检测各个品种基于ZCN8_1245CAP的基因型，方法同实施例1的步骤一。
检测各个品种基于ZCN8_2339dCAP的基因型，方法同实施例1的步骤二。示例性PCR扩增产物电泳图见图3。示例性酶切产物电泳图见图4。
2012年5月，将植株种植于北京，在平行条件下培养，检测开花期。每个品种设置三个生物重复，每个生物重复15株。
结果见表1。基于ZCN8_1245CAP的基因型，AA型玉米自交系的开花期平均为92.4±11.11天，CC型玉米自交系的开花期平均为80.33±10.99天。基于ZCN8_2339dCAP的基因型，AA型玉米自交系的开花期平均为82.86±10.99天，CC型玉米自交系的开花期平均为73.62±11.00天。
表1中的各个玉米自交系均记载于如下文献：Yang,Q.,Li,Z.,Li,W.,Ku,L.,Wang,C.,Ye,J.,Li,K.,Yang,N.,Li,Y.,Zhong,T.,et al.(2013).CACTA-like transposableelement in ZmCCT attenuated photoperiod sensitivity and accelerated thepostdomestication spread of maize.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 110,16969-16974.。
表1
Figure BDA0001725153660000081
Figure BDA0001725153660000091
Figure BDA0001725153660000101
Figure BDA0001725153660000111
Figure BDA0001725153660000121
SEQUENCE LISTING
<110> 中国农业大学
<120> 玉米开花期基因ZCN8的两个特异性分子标记及其应用
<130> GNCYX181465
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<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 448
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<213> Zea mays
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gagagggaca gactagaatc cttatcgagt tatcatggaa tgaagaaaaa gctctagtca 60
tcttccagtg tgcgcccagg aaaccgtgtg taaaccaaat ctgaatctgt cgatacagat 120
aagtcatcct acggatgtag ctcactaggt gaacctaatg catcatgaga aataaaaatt 180
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gagagggaca gactagaatc cttatcgagt tatcatggaa tgaagaaaaa gctctagtca 60
tcttccagtg tgcgcccagg aaaccgtgtg taaaccaaat ctgaatctgt cgatacagat 120
aagtcatcct acggatgtag ctcactaggt gaacctaatg catcatgaga aataaaaatt 180
accatgcggg catgtttgcc tcctgctgga ctccataaca ctacactaca cagagaaata 240
taaatcaagt cagccaggga acaaatgtat atatagtaat tccataatat tatgccgcag 300
tacatgttca aacaaacccg agaaaaaaac acacatcgaa gaagaagaaa aaaaaatcat 360
atgcaactga agaaatagaa acccaccaaa gaccaaggat cagattcagt ctgacaccaa 420
ctaccttaga catttggcga aactttgc 448
<210> 3
<211> 443
<212> DNA
<213> Zea mays
<400> 3
gagagggaca gactagaatc cttatcgagt tatcatggaa tgaagaaaaa gctctagtca 60
tcttccagtg tgcgcccagg aaaccgtgtg taaaccaaat ctgaatctgt cgatacagat 120
aagacatcct acggatgtag ctcactaggt gaacctaatg catcatgaga aataaaaatt 180
accatgtggg catgtttgcc tcctgctgga ctccatagca ctacactaca cagagaaata 240
taaatcaagt cagccaggga acaaatgtat atatagtaac tccataatat tatgccgcag 300
tacatgttca aacaaaccgg ggaaaaacac acatcgaaga agaaaaaaaa atcatatgca 360
actgaagaaa tagaaaccca ccaaagacca aggatcagat tcagtctgac accaactacc 420
ttagacattt ggcgaaactt tgt 443
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 4
gagagggaca gactagaatc ct 22
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 5
gcaaagtttc gccaaatgtc ta 22
<210> 6
<211> 124
<212> DNA
<213> Zea mays
<400> 6
gcacctgctt ccagcctttc acgatcgagt ggagaagaac tacgcgatgc aaactttcaa 60
aaaacaaaaa aaaaaagaac taggcgatcg atgtctacgt cggcccggga aaagaatggg 120
cctt 124
<210> 7
<211> 124
<212> DNA
<213> Zea mays
<400> 7
gcacctgctt ccagcctttc acgatcgagt gaagaactac gcgatgcaaa ctttcaaaaa 60
acaaaaaaaa aaaaaagaac aaggcgatcg atgtctacgt cggcccggga aaagaatggg 120
cctt 124
<210> 8
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 8
gcacctgctt ccagcctttc acgatcgact g 31
<210> 9
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 9
aaggcccatt cttttcccgg gccgacgtag a 31

Claims (10)

1.一种鉴定玉米开花期的方法，包括如下步骤：
以待测玉米的基因组DNA为模板，采用引物对甲进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物采用限制性内切酶Msp I进行酶切；所述引物对甲由序列表的序列4所示的正向引物和序列表的序列5所示的反向引物组成；
如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且可以被限制性内切酶Msp I酶切，待测玉米的基因型为AA型；如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且不能被限制性内切酶Msp I酶切，待测玉米的基因型为CC型；
AA型植株的开花期晚于CC型植株。
2.一种鉴定玉米开花期的方法，包括如下步骤：
检测待测玉米基因组DNA中特异DNA分子的第317-321位核苷酸，判断待测玉米的基因型；
如果待测玉米基因组DNA中特异分子的该区段存在限制性内切酶Msp I的识别序列、待测玉米的基因型为AA型，如果待测玉米基因组DNA中特异分子的该区段不存在限制性内切酶Msp I的识别序列、待测玉米的基因型为CC型；
AA型植株的开花期晚于CC型植株；
所述特异DNA分子为引物对甲的靶序列所示的DNA分子；所述引物对甲由序列表的序列4所示的正向引物和序列表的序列5所示的反向引物组成。
3.用于检测特异区段核苷酸的物质在鉴定玉米开花期中的应用；
所述特异区段核苷酸为玉米基因组DNA中特异DNA分子的第317-321位核苷酸；
所述特异DNA分子为引物对甲的靶序列所示的DNA分子；所述引物对甲由序列表的序列4所示的正向引物和序列表的序列5所示的反向引物组成。
4.引物对甲；所述引物对甲由序列表的序列4所示的正向引物和序列表的序列5所示的反向引物组成。
5.一种鉴定玉米开花期的方法，包括如下步骤：
以待测玉米的基因组DNA为模板，采用引物对乙进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物采用限制性内切酶Bsr I进行酶切；所述引物对乙由序列表的序列8所示的正向引物和序列表的序列9所示的反向引物组成；
如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且可以被限制性内切酶Bsr I酶切，待测玉米的基因型为AA型；如果待测玉米的PCR扩增产物只有一种且不能被限制性内切酶Bsr I酶切，待测玉米的基因型为CC型；
AA型植株的开花期晚于CC型植株。
6.一种鉴定玉米开花期的方法，包括如下步骤：
检测待测玉米基因组DNA中特异DNA分子的第32位核苷酸，该核苷酸作为特异核苷酸，判断待测玉米的基因型；
如果待测玉米的所述特异核苷酸为G纯合型、待测玉米的基因型为AA型，如果待测玉米的所述特异核苷酸为A纯合型、待测玉米的基因型为CC型；
AA型植株的开花期晚于CC型植株；
所述特异DNA分子为引物对乙的靶序列所示的DNA分子；所述引物对乙由序列表的序列8所示的正向引物和序列表的序列9所示的反向引物组成。
7.用于检测特异SNP的物质在鉴定玉米开花期中的应用；
所述特异SNP为玉米基因组DNA中特异DNA分子的第32位核苷酸；
所述特异DNA分子为引物对乙的靶序列所示的DNA分子；所述引物对乙由序列表的序列8所示的正向引物和序列表的序列9所示的反向引物组成。
8.引物对乙；由序列表的序列8所示的正向引物和序列表的序列9所示的反向引物组成。
9.一种引物组合物，由权利要求4所述引物对甲和权利要求8所述引物对乙组成。
10.权利要求9所述引物组合物、权利要求4所述引物对甲或权利要求8所述引物对乙在鉴定玉米开花期性状中的应用。
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Title
A study of allelic diversity underlying flowering-time adaptation in maize landraces;Alberto Romero Navarro1,et al;《Nature Genetics》;20170206;1-8页 *
Analysis of genetic differentiation and genomic variation to reveal potential regions of importance during maize improvement;Xun Wu,et al;《BMC Plant Biology》;20151231;1-13 *
Identification of genetic variants associated with maize flowering time using an extremely large multi-genetic background population;Yong-xiang Li，et al;《The Plant Journal》;20160325;391-402页 *
Stepwise cis-Regulatory Changes in ZCN8 Contribute to Maize Flowering-Time Adaptation;Li Guo,et al;《Current Biology》;20180924;3005-3015页 *

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