CN108411008B - 72个snp位点及相关引物在鉴定或辅助鉴定人类族群中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了72个SNP位点及相关引物在鉴定或辅助鉴定人类族群中的应用。本发明公开的72个SNP位点的成套引物,由序列表中序列1‑216所示的216条单链DNA组成,可用于检测72个位点的基因型。本发明利用基于72个SNP位点的引物利用微流控SNP芯片(iMAP)系统进行人类族群的鉴定,并建立了鉴定人类族群的方法,具有操作简单,反应时间快,试剂消耗极少,反应稳定的优点,还可进行高通量检测即定量检测。实验证明,利用本发明的成套引物进行SNP分型的准确性高,可达100%,与此同时,利用本发明的鉴定人类族群的方法的鉴定人类族群的可靠性高,具有很高的应用价值。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域中,72个SNP位点及相关引物在鉴定或辅助鉴定人类族群中的应用。
背景技术
单核苷酸多态性(Single Nuclotide Polymorphism,SNP)是单个核苷酸变异引起的多态性。近年来,SNP受到了广泛的关注,研究人员提出了许多祖先信息位点的集合(ancestry informative markers AIMs)用于特定研究。一些集合集中在估计混合人群之间的祖先来源,如非裔和欧洲对非洲裔美国人的遗传贡献,欧洲、美洲原住民和非洲裔美洲人对拉丁裔人口的贡献。其他研究则侧重于区分来自三、四个大陆地区的祖先来源,如撒哈拉以南非洲、欧洲、东亚和美洲,或区分更广泛地分布在许多全球分布的人群之间。然而,没有一个集合能够把两个地理位置相近东亚亚人群进行很好的区别。
SNP检测技术平台非常多主要分为两大类:传统的凝胶检测技术和现代的高通量技术,传统技术如序列特异性引物(SSP)、单链构象多态性分析技术(SSCP)、等位基因特异性探针(ASO)、技术PCR-RFLP等,它们的特点是自动化程度低,检测的灵敏度低。而现代的高通量技术如DNA芯片技术,它的优点在于:大规模、高通量、高度平行性;缺点是重复性差、检测灵敏度较低、技术复杂、成本昂贵、分析范围较窄;SNaPshot和质谱法的特点是准确性高,但是通量还是较低,一次只能检测20-30个位点;相比以上方法,竞争性等位基因特异性扩增是一种简单、可靠、高通量、快捷的检测SNP的方法。然而采用常规的96/384孔板实现相关检测存在试剂消耗量大、成本较高且加样繁琐的问题。
发明内容
本发明的目的是如何检测未知个体的族群。
为解决上述技术问题,本发明首先提供了72个SNP位点在鉴定或辅助鉴定人类族群中的应用;所述72个SNP位点为rs1229984、rs1572018、rs1800414、rs1876482、rs1950993、rs2125345、rs2241894、rs2814778、rs310644、rs3737576、rs3827760、rs385194、rs734873、rs870347、rs2033111、rs2899826、rs3811801、rs1040404、rs174570、rs2006996、rs316598、rs10516441、rs10236187、rs10511828、rs11652805、rs12913832、rs13400937、rs1426654、rs16891982、rs17028973、rs1871428、rs2024566、rs2166624、rs2238151、rs2242480、rs2986742、rs3118378、rs459920、rs4670767、rs4833103、rs6451722、rs647325、rs671、rs6754311、rs6990312、rs7226659、rs9319336、rs174574、rs17822931、rs6054605、rs192655、rs2702414、rs37369、rs7238445、rs174592、rs7745461、rs8003942、rs10108270、rs10496971、rs10512572、rs10513300、rs1513056、rs735480、rs7554936、rs7722456、rs798443、rs7997709、rs8021730、rs8035124、rs8113143、rs818386和rs917115。
本发明还提供了用于检测所述72个SNP位点基因型的成套引物,所述成套引物由序列表中序列1-216所示的216条单链DNA组成。
序列表中序列1-216中,序列3n、序列3n-1和序列3n-2用于检测同一个SNP位点的基因型。每个SNP位点的三条引物如表1所示。每个SNP位点的三条引物的质量比如表1所示。
上述成套引物中,序列3n和序列3n-1标记有不同的荧光物质,n为1-72中的任一自然数。
在本发明的一个实施例中,序列3n的5′端标记有HEX,序列3n-1的5′端标记有FAM。
上述成套引物中,每个SNP位点的三条引物包装在一起。
本发明还提供了用于检测所述72个SNP位点基因型的系统,所述系统包括所述成套引物。
上述系统还可包括微流控芯片。上述系统还可包括LGC公司的2×Mater mix。
所述微流控芯片可为为北京博奥晶典生物技术有限公司产品(iMAP)。
上述系统可由所述成套引物与所述微流控芯片、LGC公司的2×Mater mix组成,还可由所述成套引物与所述微流控芯片组成,还可由所述成套引物与LGC公司的2×Matermix组成。
所述系统可为产品。所述系统具体可为试剂盒。
本发明还提供了鉴定或辅助鉴定人类族群的方法,所述方法包括:检测待测样本所述72个SNP位点基因型,根据所述72个SNP位点的基因型确定所述待测样本的族群。
根据所述72个SNP位点的基因型确定所述待测样本的族群具体可包括:将所述待测样本的72个SNP位点的基因型与不同的人群族群进行比较,所述待测样本属于与所述待测样本的72个SNP位点的基因型一致性最高的人类族群。
具体的,可通过计算所述待测样本与不同人类族群的群体匹配概率、进行PCA主成分分析和/或计算祖先成分比例确定所述待测样本的族群来源,所述待测样本中祖先成分比例最高的人类族群即为所述待测样本所述人类族群。群体匹配概率可通过种族推断软件DNA Ancetry Analyzer V1.0计算。进行PCA主成分分析可通过R v3.2.3进行。计算祖先成分比例可通过STRUCTUREV2.3.4软件计算。
上述方法中,所述检测待测样本72个SNP位点基因型可利用所述成套引物所述系统进行。
上述方法中,所述检测待测样本72个SNP位点基因型可包括:利用所述成套引物对所述待测样本的基因组DNA在微流控芯片上进行PCR扩增,得到PCR产物,检测所述PCR产物确定所述待测样本的所述72个SNP位点的基因型。
本发明还提供了用于鉴定人类族群的72个SNP分子标记,所述72个SNP分子标记为所述72个SNP位点的脱氧核苷酸。
本发明还提供了所述成套引物在制备鉴定或辅助鉴定人类族群产品中的应用。
本发明中,所述人类族群可为北亚、美洲、东亚、大洋洲、北非、南亚、南非、欧洲、西南亚或东南亚人群。
本发明利用基于72个SNP位点的引物利用微流控SNP芯片(iMAP)系统进行人类族群的鉴定,并建立了鉴定人类族群的方法,首次将微流控技术应用到法医,与传统实验技术相比,微流控技术具有无可比拟的优势:(1)微流控的反应孔体积微小,反应时间快,反应时所需样品量极微,试剂消耗极少,可节省大量试剂;(2)复合扩增速度快,高通量使其足以满足大多数的反应,特别适合高通量SNP研究或者是大样本检测的应用;(3)微流控芯片反应孔大小均匀,体系封闭,保障了微滴内部反应条件的稳定性,这是宏观实验途径很难实现的;(4)微流控技术单分散性良好,有助于实验的定量研究。本发明的鉴定人类族群的方法只需2.5个小时即可完成SNP的检测和分型,每个反应孔体积只有1微升,试剂消耗量小,使用方便。实验证明,利用本发明的成套引物进行SNP分型的准确性高,可达100%,进而表明利用本发明的鉴定人类族群的方法的鉴定人类族群的可靠性高,具有很高的应用价值。
附图说明
图1为微流控芯片检测SNP位点的结果图。其中,A为芯片完成PCR扫描后的实物图;B为对一个SNP位点rs1572018的基因型进行分型时的散点图。
图2为主成分分析结果。其中,1-20为样本编号。
图3为灵敏度检测结果。A、B、C、D、E分别代表11号样本在150微升扩增体系中DNA量为75ng、150ng、300ng、750ng、1500ng时的芯片图。
图4为灵敏度检测结果。A、B分别代表11号样本在150微升扩增体系中DNA含量为150ng和75ng时FAM通道S-B_Median-635与HEX通道S-B_Median-532每个位点两次重复所对FAM通道与HEX通道的荧光值,其中横坐标代表SNP位点编号,纵坐标代表荧光值。图中每个样本左侧的柱子为FAM通道荧光值,右侧柱子为HEX通道荧光值。
图5为稳定性检测结果。A、B、C表示11号样本三次重复的芯片图;D、E分别代表11号样本三次重复75个位点所对应FAM通道S-B_Median-635与HEX通道S-B_Median-532的荧光值,D、E的横坐标代表位点编号横坐标代表SNP位点编号,纵坐标代表荧光值,D和E中每个样本左侧的柱子为重复次数1的结果,中间柱子为重复次数2的结果,右侧柱子为重复次数3的结果。
图6为适应性检测结果。A、B分别为血斑与接触性检材的FAM通道S-B_Median-635与HEX通道S-B_Median-532的荧光值。图中每个样本左侧的柱子为FAM通道荧光值,右侧柱子为HEX通道荧光值。
图7为组织同一性检测结果。A为皮肤组织的DNA芯片图,B、C分别为皮肤组织和毛发组织的FAM通道S-B_Median-635与HEX通道S-B_Median-532的SNP位点的荧光值。B、C中每个样本左侧的柱子为FAM通道荧光值,右侧柱子为HEX通道荧光值。
图4-7中的柱状图横坐标,从左至右依次为1-75;图1、3-7中,1-75分别表示rs1229984、rs1572018、rs1800414、rs1876482、rs1950993、rs2125345、rs2241894、rs2814778、rs310644、rs3737576、rs3827760、rs385194、rs734873、rs870347、rs2033111、rs2899826、rs3814134、rs3811801、rs1040404、rs174570、rs2006996、rs316598、rs10516441、rs174574、rs17822931、rs6054605、rs7745461、rs8003942、rs10108270、rs10496971、rs10512572、rs10513300、rs11652805、rs12913832、rs13400937、rs1426654、rs16891982、rs17028973、rs1871428、rs2024566、rs2166624、rs2238151、rs2242480、rs2986742、rs3118378、rs459920、rs4670767、rs4833103、rs4908343、rs6451722、rs647325、rs671、rs6754311、rs6990312、rs7226659、rs735480、rs7554936、rs7722456、rs798443、rs7997709、rs8021730、rs8035124、rs8113143、rs818386、rs917115、rs9319336、rs9522149、rs10236187、rs10511828、rs1513056、rs192655、rs2702414、rs37369、rs7238445、rs174592,NC表示阴性对照。
图8为实施例8的部分结果。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐明本发明,而不是为了限制本发明的范围。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂、仪器等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。下述实施例中,如无特殊说明,序列表中各核苷酸序列的第1位均为相应DNA的5′末端核苷酸,末位均为相应DNA的3′末端核苷酸。
实施例1、用于检测72个SNP位点基因型的成套引物的制备
本发明提供的用于检测72个SNP位点基因型的成套引物检测如下72个SNP位点的核苷酸并能确定其基因型:rs1229984、rs1572018、rs1800414、rs1876482、rs1950993、rs2125345、rs2241894、rs2814778、rs310644、rs3737576、rs3827760、rs385194、rs734873、rs870347、rs2033111、rs2899826、rs3811801、rs1040404、rs174570、rs2006996、rs316598、rs10516441、rs10236187、rs10511828、rs11652805、rs12913832、rs13400937、rs1426654、rs16891982、rs17028973、rs1871428、rs2024566、rs2166624、rs2238151、rs2242480、rs2986742、rs3118378、rs459920、rs4670767、rs4833103、rs6451722、rs647325、rs671、rs6754311、rs6990312、rs7226659、rs9319336、rs174574、rs17822931、rs6054605、rs192655、rs2702414、rs37369、rs7238445、rs174592、rs7745461、rs8003942、rs10108270、rs10496971、rs10512572、rs10513300、rs1513056、rs735480、rs7554936、rs7722456、rs798443、rs7997709、rs8021730、rs8035124、rs8113143、rs818386和rs917115。
该成套引物由216条引物组成,检测每个SNP位点的引物均有三条,具体以及摩尔比如表1所示。序列表中序列1-216中,序列3n的5′端标记有HEX,序列3n-1的5′端标记有FAM,n为1-72中的任一自然数。
该成套引物的216条引物中,检测同一SNP位点的三条引物包装在一起。
表1、SNP位点、扩增片段长度以及对应的引物信息
表1中,“引物比例”列中,各比例是指反向引物1、反向引物2与正向引物的摩尔比。
在与表1的72个SNP进行实验的过程中,有三个SNP(rs3814134、rs4908343和rs9522149)为在实验过程中分型不成功的位点,在下述实施例中均与上文中的72个位点同时进行了实验。
实施例2、利用用于检测72个SNP位点基因型的成套引物鉴定人类族群方法的建立
一、研究对象
107份无关个体的静脉血DNA,均来源于国家科技资源共享服务平台计划项目(编号:YCZYPT[2017]01-3和2017JB025),所有样本对象均签署知情同意书。用于验证人类族群区分的有20份样本,来源信息见表2。本研究已经通过公安部物证鉴定中心伦理委员会的伦理审查。
表2 20个测试个体的样本信息
二、鉴定方法的建立
1、DNA提取
采用QIAamp DNA Blood Midi Kit(德国Qiagen公司)提取各研究对象的静脉血基因组DNA。所有提取的DNA提取后经过NanoDrop2000c分光光度计(美国Thermo公司)定量,放置在4℃冰箱中备用。
2、SNP分型
采用微流控芯片原位PCR后末点荧光检测来对72个SNP位点的基因型进行分型,具体流程如下:
将实施例1中成套引物中的72个SNP位点的引物均固定在微流控芯片((iMAP)(北京博奥晶典生物技术有限公司))上,每孔固定一个SNP位点的三条引物,表1中“引物比例”列中引物比例为1:1:5的SNP的反向引物1、反向引物2和正向引物的固定量分别为0.2ng、0.2ng、1ng,引物比例为2:2:5的SNP的反向引物1、反向引物2和正向引物的固定量分别为0.2ng、0.2ng、0.5ng,引物比例为1:1:10的SNP的反向引物1、反向引物2和正向引物的固定量分别为0.2ng、0.2ng、2ng),得到固定有引物的芯片。
配制如下150μL的扩增体系:75μL 2×Mater mix(LGC公司),15μL待测对象基因组DNA(50ng/μL),60μL超纯水,每个扩增体系一种待测对象基因组DNA。将扩增体系注入固定有引物的芯片后以4000rpm的转速离心2min完成样本往反应孔中的分配,扩增体系在每孔中的含量为1.3μL,每个待测对象一个芯片。其后用热封仪(北京博奥晶典生物技术有限公司)隔离芯片的各个反应孔,之后将完成隔离的芯片放置在平板PCR仪(北京博奥晶典生物技术有限公司)上进行PCR扩增。完成扩增后,将芯片通过激光共聚焦扫描仪(LuxScan-D,北京博奥晶典生物技术有限公司)扫描并获取各个反应孔的荧光信号,并依此获得各个位点的分型结果用于后续族群鉴定。利用不加引物的扩增体系作为阴性对照(NC)。
PCR扩增为:95℃15min;95℃20s,61-55℃(退火温度)1min,10个循环,每个循环退火温度降0.6℃;95℃20s,55℃1min,29个循环;4℃保持。
将得到的PCR产物使用北京博奥晶典生物技术有限公司的在线软件https://snptyper.capitalbiotech.online/(SNP TYPER软件)进行基因分型。rs3814134、rs4908343、rs9522149同时进行实验,分型不成功。
芯片完成PCR扫描后的实物如图1中A所示,扩增完的芯片各反应孔里的体系饱满,说明没发生泄露挥发等问题,两种颜色分别代表FAM(红色)和HEX(绿色)通道的荧光值,这两个通道各代表一种SNP型。图1中B是对一个SNP位点rs1572018的基因型进行分型时的散点图。在进行分型时,有四种类型:1)FAM通道有荧光信号,HEX通道无荧光信号,则代表待测样本的该SNP位点为FAM通道对应的基因型纯合;2)FAM通道无荧光信号,HEX通道有荧光信号,则代表待测样本的该SNP位点为HEX通道对应的基因型纯合;3)FAM和HEX通道荧光均有荧光信号,则代表待测样本的该SNP位点为杂合;4)FAM和HEX通道荧光均无荧光信号,则代表没有样本或扩增失败。
微流控SNP芯片通过激光共聚焦扫描仪(LuxScan-D,北京博奥晶典生物技术有限公司)扫描参数设置为Cyanine 5:power 51,PMT,515;Cyanine 3:power 50,PMT 500。使用SNP TYPER软件(北京博奥晶典生物技术有限公司)判别SNP位点的分型,具体如下:提取FAM通道S-B_Median-635和HEX通道的S-B_Median-532的荧光值(S-B_Median是荧光值减去背景值的中位值)、Ratio_Medians-(635/532)值,(Ratio_Medians-(635/532)=S-B_Median-635/S-B_Median-532),判别标准如下:
判断阳性的标准有两个:(1)信噪比。S-B_Median与阴性对照(不加核酸)的比值应该大于2,该标准是为了排除假阳性信号;(2)S-B_Median值大于4000,同时满足这两个条件后,该位点的信号才可以算作阳性。
分型标准:(1)杂合子:如果两个等位基因都满足阳性标准,且Ratio_Medians-(635/532)在(0.5-2)之间则为杂合子。(2)纯合子:如果某个突变位点,只有一个等位基因满足阳性标准,则为纯合子;或者两个等位基因都满足阳性标准、且Ratio_Medians-(635/532)>2或<0.5则分别为FAM通道的纯合子或者是HEX通道的纯合子。
20个样本的72个位点的基因型分型结果如表3。
表3、分型结果
3、族群来源分析
根据20份实际样本的SNP分型结果,用种族推断软件DNA Ancetry Analyzer V1.0计算似然比(Likelihood Ratio,LR)以及群体的匹配概率(Population assignment matchprobability,AMP),当LR>100时,AMP值排在第一位的人群为未知个体的来源人群;当LR<100时,AMP值位于前两位人群均不排除。此时,应根据祖先成分与PCA图综合去分析。用STRUCTURE V2.3.4软件计算样本的祖先成分比例,参数设置1000,0Burnine,1000,0repetion,10interaction,K=5,6,7,8,9,10,11,用R v3.2.3进行主成分分析(Principalcomponent analysis,PCA)。
用STRUCTURE V2.3.4软件分析得到20份样本的祖先成分,在K=11时20个样本在东亚的祖先成分相比其它族群所占的比例是最高的,初步推断20个样本全部来自于东亚。
表4、十一大洲际人群祖先成分
表4中,SA、N-AFR、S-AFR、AME、EUR、CAS、SWA、PAC、EA、NA和SEA分别表示南亚、北非、南非、美洲、欧洲、中亚、西南亚、大洋洲、东亚、北亚、东南亚。
根据参考人群数据库(以61个人群的3312个样本为参考人群数据库,Li C X,Pakstis A J,Jiang L,et al.A panel of 74AISNPs:Improved ancestry inferencewithin Eastern Asia[J].Forensic Sci Int Genet,2016.23:101-110.)中72个SNP等位基因频率,根据FI软件计算出20份样本的群体匹配概率和似然比(表5和表6),表中只列出20个样本LR,从数据可以看出,20份样本群体匹配概率最大是东亚,似然比最高的是东亚,推断20份样本全部来自于东亚。
表5、群体匹配概率
表5中,SA、N-AFR、S-AFR、AME、EUR、CAS、SWA、PAC、EA、NA和SEA分别表示南亚、北非、南非、美洲、欧洲、中亚、西南亚、大洋洲、东亚、北亚、东南。
表6、似然比值
表6中,SA、N-AFR、S-AFR、AME、EUR、CAS、SWA、PAC、EA、NA和SEA分别表示南亚、北非、南非、美洲、欧洲、中亚、西南亚、大洋洲、东亚、北亚、东南。
根据参考人群数据库的样本及用20份样本进行主成分分析(图2),综合似然比、祖先成分、主成分分析,可确定20份样本均来源东亚,该结果与实际情况一致,准确性为100%。
实施例3、利用用于检测72个SNP位点基因型的成套引物鉴定SNP位点的准确性
从实施例2的107份无关个体的静脉血DNA样本中随机抽取52份样本用实施例2的方法检测72个SNP位点的分型,并将检测结果与MassArray(Agena,美国)所测的7结果进行比对,并将与MassArray分型不一致的位点用一代测序验证,分析实施例2的微流控芯片分型方法得到的结果的准确性。rs3814134、rs4908343、rs9522149同时进行实验。
结果显示,用实施例2的方法对52份样本的72个SNP位点进行检测,检出率为100%,将52份样本的72个SNP位点的结果与MassArray的结果进行比对,结果一致的SNP位点是71个,一致率是98.6%;不一致的位点有1个(即rs7745461),将不一致的位点所对应的3个样本用生工一代进行测序,经比对发现用实施例2的方法的检测结果与生工一代的测序结果相同,表明,用实施例2的方法检测72个SNP位点的准确率为100%。
实施例4、利用用于检测72个SNP位点基因型的成套引物鉴定SNP位点的灵敏度
从实施例2的107份无关个体的静脉血DNA样本中随机抽取5份样本,将各样本的基因组DNA进行梯度稀释,利用实施例2的方法检测灵敏度,150微升的扩增体系中DNA模板含量分别为1500ng、750ng、300ng、150ng、75ng,验证成套引物在芯片上的扩增性能和分型准确性。rs3814134、rs4908343、rs9522149同时进行实验。
结果显示,5份样本DNA模板在150ng时,72个位点仍然能够正确扩增,但是DNA含量在75ng时,72个位点无法全部正确扩增,说明利用实施例1的成套引物在微流控芯片上检测人DNA的模板的最低限是150ng,每个反应孔需要DNA 1.3ng(150微升的扩增体系没有全部注入反应孔中,96个反应孔所需扩增体系共125微升)。以11号样本为例,结果如图3和4。随着DNA量的变化,每个位点所对应的荧光值变化不大,11号样本在75ng时编号为60号的SNP位点的信号值开始丢失。
实施例5、利用用于检测72个SNP位点基因型的成套引物鉴定SNP位点的稳定性
从实施例2的107份无关个体的静脉血DNA样本中随机抽取3份样本,利用实施例2的方法对72个SNP位点进行分型,每份样本做三次重复。rs3814134、rs4908343、rs9522149同时进行实验。
12号样本的检测结果如图5所示。图5中A为三次实验的芯片扫描图,图5中B为提取了荧光信号后的三次实验的结果。根据实施例2中设定的阈值,这三次实验的结果重复率100%,分型正确率为100%,说明利用实施例2的方法进行分型的稳定性、重复性良好。
实施例6、利用用于检测72个SNP位点基因型的成套引物鉴定SNP位点的适应性
为了验证芯片是否适合各种案件检材,分别用血斑、血卡、口腔拭子、接触性检材模拟现场检材,用滴管将一滴志愿者的静脉血滴在一块大小约与手绢上,模拟血斑样本;同样将该志愿者的静脉血滴在一张血卡上,模拟血卡样本;在知情同意下,志愿者用棉签轻轻蘸取口腔内细胞,作为口腔拭子样本;接触性检材用棉签擦拭志愿者专用的鼠标得到。以上所有检材均来源于同一人,且均得到志愿者的知情同意系,样本编号为HMS,所有检材在晾干两周后进行提取DNA,利用实施例2的方法进行SNP的分型检测。rs3814134、rs4908343、rs9522149同时进行实验。
结果如图6所示,对于血斑、血卡、口腔拭子,用芯片所测结果与Massary(Agena,美国)检测结果一致。而对于接触性检材有编号为9、10、13、15、35、38、39、55、68、71的这10个位点的信号值丢失,原因是接触性检材提取的核酸的量较低,没达到芯片检测灵敏度的需要。表明,实施例2的方法可用于检测血斑、血卡、口腔拭子样本。
实施例7、利用用于检测72个SNP位点基因型的成套引物鉴定SNP位点的组织同一性
在案件中,样本检材可能来源于人的不同部位组织,为了验证利用本发明实施例2的方法对各种组织检验结果的准确一致性,经公安部物证鉴定中心伦理会批准,本实施例中分别对同一个体(捐赠的遗体)的心、肝、肾、脾、肺、毛发、皮肤、肌肉、软骨、大脑各组织的DNA,用实施例2的方法检测其结果的一致性。rs3814134、rs4908343、rs9522149同时进行实验。
结果(图7)显示,除了毛发组织的其它9份组织DNA的72位点的检出率是100%,正确性是100%(与Massary(Agena,美国)检测结果均一致),一致性是100%;毛发组织DNA的检出率为率为87.5%,信号值丢失的位点为14个,正确率为80.55%,原因是DNA量较少。
实施例8、利用其他方法采用实施例1中成套引物进行SNP分型
按照如下方法采用微流控芯片原位PCR后末点荧光检测来对72个SNP位点的基因型进行分型,所用样本为实施例2的107份无关个体的静脉血DNA样本中随机抽取的23份样本,样本编号分别为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23:
微流控芯片((iMAP)(北京博奥晶典生物技术有限公司))在使用前每孔固定0.2μL模板DNA(10ng/μL)。使用时,配置含有实施例1中成套引物的扩增体系150μL,其中包含75μL2×Mater mix(LGC,英国),30μL引物(1μmol/μL),45μL超净水;将扩增体系注入芯片后以4000rpm的转速离心2min完成样本到反应孔中的分配;其后用热封仪(北京博奥晶典生物技术有限公司)隔离芯片的各个反应孔;完成隔离的芯片放置在平板PCR仪(北京博奥晶典生物技术有限公司)上进行PCR温度循环(参数为95℃15min;95℃20s,61-55℃1min,10个循环,每个循环降0.6℃;95℃20s,55℃1min,29个循环;4℃保持);完成扩增后,芯片通过激光共聚焦扫描仪(LuxScan-D,北京博奥晶典生物技术有限公司)扫描并获取各个反应孔的荧光信号,使用在线软件https://snptyper.capitalbiotech.online/进行基因分型获得各个位点的分型结果与Massary平台的结果进行比对。
结果显示,该方法不如实施例2的检测效果好,实施例2的检测在一张芯片上同时可以得到一个样本的72个位点的检测结果,且节省引物试剂的消耗量,四个位点的结果如图8所示。
<110> 公安部物证鉴定中心
<120> 72个SNP位点及相关引物在鉴定或辅助鉴定人类族群中的应用
<160> 216
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
caggttgcca ctaaccacg 19
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ggtggctgta ggaatctgtc a 21
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gtctctagtt tacatgttgt ttgctccaa 29
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acactaatgg atatatgtga gaccac 26
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gtacactaat ggatatatgt gagaccat 28
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gagcagaatc ccgtcagata tccta 25
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gtggtttctc tcttacagcg 20
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caggagcaca tcaattgcag agacaa 26
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gctgtaccct cactattggt gg 22
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gtatctgtgc ttcaccatat gttctcata 29
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gataacacat actatgcaaa gtgaaattac 30
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aaagataaca catactatgc aaagtgaaat taa 33
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acgtacaact ctgagaaggc tgt 23
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cgtacaactc tgagaaggct gc 22
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atatttagtg tagagatcag tctcctaaa 29
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ctagctggag ttattcccca tattgt 26
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aatgccctat cttattatca tatgagttct 30
<210> 94
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 94
ccctcaaagt ttggtgcatc ctctt 25
<210> 95
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 95
aacttcatgt tgtgtcctca cacg 24
<210> 96
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 96
caacttcatg ttgtgtcctc acaca 25
<210> 97
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 97
gcgaggccag tttcatttga gcatt 25
<210> 98
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 98
gatgatagcg tgcagaactt gacat 25
<210> 99
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 99
atgatagcgt gcagaacttg acac 24
<210> 100
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 100
tccaaggtta atggaattca accaaagttt 30
<210> 101
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 101
atattgaaca catttcagga agttgaattg 30
<210> 102
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 102
catattgaac acatttcagg aagttgaatt t 31
<210> 103
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 103
ctgaactgcc cgctgccatg aa 22
<210> 104
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 104
attgtctcag gatgttgcag gca 23
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 105
gtctcaggat gttgcaggcg 20
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 106
gaaagaggag tcgaggttgg atgtt 25
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 107
aggaaaacac ggagttgatg cac 23
<210> 108
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 108
aggaaaacac ggagttgatg cag 23
<210> 109
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 109
tggtgagact tcaggcagag actat 25
<210> 110
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 110
cctaaaatcc tttcatcggt gg 22
<210> 111
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 111
cctcctaaaa tcctttcatc ggtga 25
<210> 112
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 112
ggttggatga gaggattgct aaacatatt 29
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 113
aaatgccttc aattccacag cacttt 26
<210> 114
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 114
aatgccttca attccacagc acttc 25
<210> 115
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 115
agcccagaaa tgcagaactg ccaaa 25
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 116
ttattttctt taaaagtgtc ctgcctt 27
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 117
ctttattttc tttaaaagtg tcctgcctc 29
<210> 118
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 118
ggtgcctata gaatgtacag gtggta 26
<210> 119
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 119
gattcatgtt tcagacatct aattataaga ca 32
<210> 120
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 120
catgtttcag acatctaatt ataagacg 28
<210> 121
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 121
gggacgcata gggagtggtg aa 22
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 122
gcaatggact ttccctgg 18
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 123
gctgcaatgg actttccctg a 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 124
cagttttacc caataaggtg agtggat 27
<210> 125
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 125
cctccctcct tctccatgta c 21
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 126
ctcctccctc cttctccatg tat 23
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 127
gccaggcctg tgggtgggta 20
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 128
gatacagctg gtgaggaccc c 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 129
agatacagct ggtgaggacc ct 22
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 130
cacatcacac atactccacg tccat 25
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 131
aataattcca agtaatgata gaagtatagc aaa 33
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 132
aattccaagt aatgatagaa gtatagcaag 30
<210> 133
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 133
cccctgggaa acagccatgt gta 23
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 134
acctccctct tcctcattcc g 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 135
cacctccctc ttcctcattc ca 22
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 136
caatgcattg cagtattgac gtgaagata 29
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 137
ggattctgtt ctcttgatgt atttg 25
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 138
tctggattct gttctcttga tgtatttt 28
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<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 139
gccactgata tatcagtacc tgagtaaat 29
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 140
gggtggctgg tcatgaccta at 22
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 141
ggtggctggt catgacctaa g 21
<210> 142
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 142
attctctctg taagcagcta ttgccattt 29
<210> 143
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 143
cattctcagg atacaggatt ttgtgt 26
<210> 144
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 144
cattctcagg atacaggatt ttgtgc 26
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 145
ccccgcagaa ctggctcctt t 21
<210> 146
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 146
gtagaagatg atgccactgg aga 23
<210> 147
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 147
gtagaagatg atgccactgg agg 23
<210> 148
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 148
ggtcccacac tcacagtttt cactt 25
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 149
acgggctgca ggcatacact a 21
<210> 150
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 150
cgggctgcag gcatacactg 20
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 151
ctttgggaag ctagcagctc agtta 25
<210> 152
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 152
attctggcag aatagttagc tcgtc 25
<210> 153
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 153
ctggcagaat agttagctcg tt 22
<210> 154
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 154
cccatccccc caaaatacac atattttta 29
<210> 155
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 155
cctccctgga gacctgtac 19
<210> 156
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 156
ctcctccctg gagacctgta a 21
<210> 157
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 157
atcaagggat ctgtgggaca ataacaaa 28
<210> 158
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 158
catcaaaatt atgatgattc taatgtcaga tc 32
<210> 159
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 159
catcaaaatt atgatgattc taatgtcaga ta 32
<210> 160
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 160
gcctgcttaa aagtcatgcg cctaa 25
<210> 161
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 161
gagaacgtaa ctgtgtttct gcac 24
<210> 162
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 162
ggagaacgta actgtgtttc tgcat 25
<210> 163
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 163
ctcatcctag tgaatgccat ccgta 25
<210> 164
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 164
cagtaaagtc ataggtgaac cttcg 25
<210> 165
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 165
acagtaaagt cataggtgaa ccttca 26
<210> 166
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 166
caccacagcc tgctcacaat gtatt 25
<210> 167
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 167
ccctgggtct gaaattacag atc 23
<210> 168
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 168
gccctgggtc tgaaattaca gatt 24
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<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 169
gtgcagatgg gaaatgctta ttatgctaa 29
<210> 170
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 170
ccagttaata atttccacta acaacgcaa 29
<210> 171
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 171
cagttaataa tttccactaa caacgcag 28
<210> 172
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 172
ggatggattg ctcaacaaat agtgctaaa 29
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 173
gtgtttccct cagtggttag cg 22
<210> 174
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 174
gtgtttccct cagtggttag ca 22
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 175
ttccaggtgg ttctgaaggt gagtt 25
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 176
gagaggttca gggattttcc 20
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 177
gctgagaggt tcagggattt tca 23
<210> 178
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 178
agcgtgcatt tccagaaata atgagagat 29
<210> 179
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 179
agttctctct gagtgtggtt cct 23
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 180
gttctctctg agtgtggttc cg 22
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 181
gggttcttgc tgtgttggat aacacat 27
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 182
ccaactcaga gtggctctat gataa 25
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 183
caactcagag tggctctatg atac 24
<210> 184
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 184
acttacaagc cctcaaacat ttctcgaa 28
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<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 185
aaaacatgag atgtgttgat ttagaataat tac 33
<210> 186
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 186
aaaacatgag atgtgttgat ttagaataat tat 33
<210> 187
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 187
gcagtagcaa cacaaatacc tttatggat 29
<210> 188
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 188
tacggcttct tcctttcttc catg 24
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 189
ttacggcttc ttcctttctt ccata 25
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 190
tctgatgctg caatgggcac agaa 24
<210> 191
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 191
caccctctcc ctgcttctat c 21
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 192
gcaccctctc cctgcttcta tt 22
<210> 193
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 193
gaacggcaga caaagcctca catta 25
<210> 194
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 194
tctggatgct ttactaaaga gatgct 26
<210> 195
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 195
ctggatgctt tactaaagag atgcg 25
<210> 196
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 196
ggacaggaaa tatgagtttg caaagtataa 30
<210> 197
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 197
ttacagagaa ggttcctcag tacc 24
<210> 198
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 198
tacagagaag gttcctcagt act 23
<210> 199
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 199
tgaaagttgg gtatctggaa atggctt 27
<210> 200
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 200
accttgagcc agaactatcc agt 23
<210> 201
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 201
ccttgagcca gaactatcca gc 22
<210> 202
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 202
ttgcatagct cacgaaattt ccctaagaa 29
<210> 203
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 203
gtactggctg aatgtaaagc tgtgtt 26
<210> 204
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 204
actggctgaa tgtaaagctg tgtc 24
<210> 205
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 205
gttggctgtg caactttgaa taagttctt 29
<210> 206
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 206
aatagaatga ctgatatcag gaaacctta 29
<210> 207
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 207
agaatgactg atatcaggaa accttg 26
<210> 208
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 208
tcggccgcct gtggcataca a 21
<210> 209
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 209
gcattggagg gtggaagaag ac 22
<210> 210
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 210
atgcattgga gggtggaaga agat 24
<210> 211
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 211
gaggacacat gtcattgtgc agagat 26
<210> 212
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 212
aaccatatca ttcactatgc catttacttt 30
<210> 213
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 213
ccatatcatt cactatgcca tttacttc 28
<210> 214
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 214
gtttgccagc tttaattaga ggtgtc 26
<210> 215
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
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gagggcctca agttcatcag ttct 24
<210> 216
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 216
gagggcctca agttcatcag ttcc 24
Claims (7)
1.检测72个SNP 位点的试剂在鉴定或辅助鉴定人类族群中的应用,其特征在于:
所述72个SNP位点为rs1229984、rs1572018、rs1800414、rs1876482、rs1950993、rs2125345、rs2241894、rs2814778、rs310644、rs3737576、rs3827760、rs385194、rs734873、rs870347、rs2033111、rs2899826、rs3811801、rs1040404、rs174570、rs2006996、rs316598、rs10516441、rs10236187、rs10511828、rs11652805、rs12913832、rs13400937、rs1426654、rs16891982、rs17028973、rs1871428、rs2024566、rs2166624、rs2238151、rs2242480、rs2986742、rs3118378、rs459920、rs4670767、rs4833103、rs6451722、rs647325、rs671、rs6754311、rs6990312、rs7226659、rs9319336、rs174574、rs17822931、rs6054605、rs192655、rs2702414、rs37369、rs7238445、rs174592、rs7745461、rs8003942、rs10108270、rs10496971、rs10512572、rs10513300、rs1513056、rs735480、rs7554936、rs7722456、rs798443、rs7997709、rs8021730、rs8035124、rs8113143、rs818386和rs917115。
2.用于检测权利要求1中所述72个SNP 位点基因型的成套引物,其特征在于:所述成套引物由序列表中序列1-216所示的216条单链DNA组成,序列3n、序列3n-1和序列3n-2用于检测同一个SNP位点的基因型,序列3n的5′端标记有HEX,序列3n-1的5′端标记有FAM,n为1-72中的任一自然数;
其中,序列表中序列1-3所示的3条单链DNA为用于检测rs1229984的引物;
序列表中序列4-6所示的3条单链DNA为用于检测rs1572018的引物;
序列表中序列7-9所示的3条单链DNA为用于检测rs1800414的引物;
序列表中序列10-12所示的3条单链DNA为用于检测rs1876482的引物;
序列表中序列13-15所示的3条单链DNA为用于检测rs1950993的引物;
序列表中序列16-18所示的3条单链DNA为用于检测rs2125345的引物;
序列表中序列19-21所示的3条单链DNA为用于检测rs2241894的引物;
序列表中序列22-24所示的3条单链DNA为用于检测rs2814778的引物;
序列表中序列25-27所示的3条单链DNA为用于检测rs310644的引物;
序列表中序列28-30所示的3条单链DNA为用于检测rs3737576的引物;
序列表中序列31-33所示的3条单链DNA为用于检测rs3827760的引物;
序列表中序列34-36所示的3条单链DNA为用于检测rs385194的引物;
序列表中序列37-39所示的3条单链DNA为用于检测rs734873的引物;
序列表中序列40-42所示的3条单链DNA为用于检测rs870347的引物;
序列表中序列43-45所示的3条单链DNA为用于检测rs2033111的引物;
序列表中序列46-48所示的3条单链DNA为用于检测rs2899826的引物;
序列表中序列49-51所示的3条单链DNA为用于检测rs3811801的引物;
序列表中序列52-54所示的3条单链DNA为用于检测rs1040404的引物;
序列表中序列55-57所示的3条单链DNA为用于检测rs174570的引物;
序列表中序列58-60所示的3条单链DNA为用于检测rs2006996的引物;
序列表中序列61-63所示的3条单链DNA为用于检测rs316598的引物;
序列表中序列64-66所示的3条单链DNA为用于检测rs10516441的引物;
序列表中序列67-69所示的3条单链DNA为用于检测rs174574的引物;
序列表中序列70-72所示的3条单链DNA为用于检测rs17822931的引物;
序列表中序列73-75所示的3条单链DNA为用于检测rs6054605的引物;
序列表中序列76-78所示的3条单链DNA为用于检测rs7745461的引物;
序列表中序列79-81所示的3条单链DNA为用于检测rs8003942的引物;
序列表中序列82-84所示的3条单链DNA为用于检测rs10108270的引物;
序列表中序列85-87所示的3条单链DNA为用于检测rs10496971的引物;
序列表中序列88-90所示的3条单链DNA为用于检测rs10512572的引物;
序列表中序列91-93所示的3条单链DNA为用于检测rs10513300的引物;
序列表中序列94-96所示的3条单链DNA为用于检测rs11652805的引物;
序列表中序列97-99所示的3条单链DNA为用于检测rs12913832的引物;
序列表中序列100-102所示的3条单链DNA为用于检测rs13400937的引物;
序列表中序列103-105所示的3条单链DNA为用于检测rs1426654的引物;
序列表中序列106-108所示的3条单链DNA为用于检测rs16891982的引物;
序列表中序列109-111所示的3条单链DNA为用于检测rs17028973的引物;
序列表中序列112-114所示的3条单链DNA为用于检测rs1871428的引物;
序列表中序列115-117所示的3条单链DNA为用于检测rs2024566的引物;
序列表中序列118-120所示的3条单链DNA为用于检测rs2166624的引物;
序列表中序列121-123所示的3条单链DNA为用于检测rs2238151的引物;
序列表中序列124-126所示的3条单链DNA为用于检测rs2242480的引物;
序列表中序列127-129所示的3条单链DNA为用于检测rs2986742的引物;
序列表中序列130-132所示的3条单链DNA为用于检测rs3118378的引物;
序列表中序列133-135所示的3条单链DNA为用于检测rs459920的引物;
序列表中序列136-138所示的3条单链DNA为用于检测rs4670767的引物;
序列表中序列139-141所示的3条单链DNA为用于检测rs4833103的引物;
序列表中序列142-144所示的3条单链DNA为用于检测rs6451722的引物;
序列表中序列145-147所示的3条单链DNA为用于检测rs647325的引物;
序列表中序列148-150所示的3条单链DNA为用于检测rs671的引物;
序列表中序列151-153所示的3条单链DNA为用于检测rs6754311的引物;
序列表中序列154-156所示的3条单链DNA为用于检测rs6990312的引物;
序列表中序列157-159所示的3条单链DNA为用于检测rs7226659的引物;
序列表中序列160-162所示的3条单链DNA为用于检测rs735480的引物;
序列表中序列163-165所示的3条单链DNA为用于检测rs7554936的引物;
序列表中序列166-168所示的3条单链DNA为用于检测rs7722456的引物;
序列表中序列169-171所示的3条单链DNA为用于检测rs798443的引物;
序列表中序列172-174所示的3条单链DNA为用于检测rs7997709的引物;
序列表中序列175-177所示的3条单链DNA为用于检测rs8021730的引物;
序列表中序列178-180所示的3条单链DNA为用于检测rs8035124的引物;
序列表中序列181-183所示的3条单链DNA为用于检测rs8113143的引物;
序列表中序列184-186所示的3条单链DNA为用于检测rs818386的引物;
序列表中序列187-189所示的3条单链DNA为用于检测rs917115的引物;
序列表中序列190-192所示的3条单链DNA为用于检测rs9319336的引物;
序列表中序列193-195所示的3条单链DNA为用于检测rs10236187的引物;
序列表中序列196-198所示的3条单链DNA为用于检测rs10511828的引物;
序列表中序列199-201所示的3条单链DNA为用于检测rs1513056的引物;
序列表中序列202-204所示的3条单链DNA为用于检测rs192655的引物;
序列表中序列205-207所示的3条单链DNA为用于检测rs2702414的引物;
序列表中序列208-210所示的3条单链DNA为用于检测rs37369的引物;
序列表中序列211-213所示的3条单链DNA为用于检测rs7238445的引物;
序列表中序列214-216所示的3条单链DNA为用于检测rs174592的引物。
3.用于检测72个SNP 位点基因型的系统,其特征在于:所述72个SNP 位点为权利要求1中所述的72个SNP 位点;所述系统包括权利要求2中所述的成套引物;所述系统还包括微流控芯片。
4.鉴定或辅助鉴定人类族群的方法,包括:检测待测样本72个SNP 位点基因型,所述72个SNP 位点为权利要求1中所述的72个SNP 位点,根据所述72个SNP 位点的基因型确定所述待测样本的族群。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于:所述检测待测样本72个SNP 位点基因型利用权利要求2所述成套引物或权利要求3所述系统进行。
6.根据权利要求4或5所述的方法,其特征在于:所述检测待测样本72个SNP 位点基因型包括:利用权利要求2所述成套引物对所述待测样本的基因组DNA在微流控芯片上进行PCR扩增,得到PCR产物,检测所述PCR产物确定所述待测样本的所述72个SNP位点的基因型。
7.权利要求2所述成套引物在制备鉴定或辅助鉴定人类族群产品中的应用。
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