CN108265072A - 用于基因编辑的组合物及其应用 - Google Patents

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CN108265072A CN201810111563.6A CN201810111563A CN108265072A CN 108265072 A CN108265072 A CN 108265072A CN 201810111563 A CN201810111563 A CN 201810111563A CN 108265072 A CN108265072 A CN 108265072A
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lactobacillus plantarum
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    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
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Abstract

本发明公开了一种用于基因编辑的组合物及其应用,所述组合物包括基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体,其包含如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的Cas9基因。本发明通过对一株植物乳杆菌进行全基因组测序,发现其存在内源性II型CRISPR/Cas系统。经分子克隆,获得表达内源性Cas9蛋白的表达系统,在植物乳杆菌株中表达表现出蛋白质毒性,其产生了核酸切割活性,该Cas9蛋白(LpCas9)可在植物乳杆菌中的基因编辑中进行应用。通过构建含有表达Cas9蛋白的基因的载体,同时与诱导肽进行配合,可获得Cas9蛋白的表达,并且表现出基因编辑的活性。

Description

用于基因编辑的组合物及其应用
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域,具体涉及一种基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体。
背景技术
自2013年,CRISPR/Cas系统已经成为最有效的基因编辑工具,已经在多种真核生物、原核生物成功应用。尤其是II型CRISPR/Cas系统,最先应用于基因编辑工作研究中。利用该系统能够高效、快速获得基因修饰产物,广泛用于细胞基因的敲除、基因突变模式生物的建立和原核细胞的敲除与插入领域。尽管该系统能够有效对真核生物进行编辑,但仍无法对所有原核生物实行有效的编辑。
目前只有链球菌、大肠杆菌和罗氏乳杆菌成功运用该系统进行基因敲除,只有在大肠杆菌开发出有效的基因敲入手段。然而,随着共生菌群、益生菌研究的深入,微生物发酵工业领域的蓬勃发展,越来越多的新型治疗制剂和工程菌株亟待开发,也对基因编辑工作提出了更高的要求,推动了原核生物基因编辑研究的发展。
目前,益生菌研究在我国蓬勃发展,应用于食品和医药领域,但相关菌株编辑研究仍开展缓慢。亟待研发处一种基于益生菌II型CRISPR/Cas系统的基因编辑工具。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于基因编辑的组合物及其应用,用以解决现有没有针对益生菌II型CRISPR/Cas系统对益生菌基因进行编辑的工具的问题。
为实现上述目的,本发明提供一种用于基因编辑的组合物,所述组合物包括基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体,其包含如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的Cas9基因。
本发明的一个实施例中,所述Cas9基因连接在pSIP411质粒形成的。
本发明的一个实施例中,所述Cas9基因的前可操作性的连接有启动子,所述启动子为PorfX启动子。
本发明的一个实施例中,还包括如SEQ ID NO:12所示的氨基酸序列的诱导肽。
本发明的一个实施例中,所述诱导肽的浓度为40-60ng/mL。
所述的用于基因编辑的组合物在乳杆菌基因组编辑中的应用。
此外,本发明还提供一种基因编辑方法,所述方法为通过所述基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体与诱导肽共同作用,实现对目标基因的编辑。
本发明的一个实施例中,所述基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体包含SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的Cas9基因。
本发明的一个实施例中,所述诱导肽的核苷酸序列如SEQ ID NO:12所示。
本发明具有如下优点:
本发明通过对一株植物乳杆菌进行全基因组测序,发现其存在内源性II型CRISPR/Cas系统。经分子克隆,获得表达内源性Cas9蛋白的表达系统,在植物乳杆菌株中表达表现出蛋白质毒性,其产生了核酸切割活性,该Cas9蛋白(LpCas9)可在植物乳杆菌中的基因编辑中进行应用。通过构建含有表达Cas9蛋白的基因的载体,同时与诱导肽进行配合,可获得Cas9蛋白的表达,并且表现出基因编辑的活性。
附图说明
图1为本发明的植物乳杆菌CGMCC 1.557分子鉴定图。
图2为本发明的植物乳杆菌CGMCC 1.557全基因组图。
图3为本发明的植物乳杆菌CRISPR/Cas系统位点示意图。
图4为本发明的PCR扩增LpCas9基因电泳图。
图5为本发明克隆PCR扩增电泳验证图。
图6为本发明的基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体质粒的示意图。
图7为本发明的基因编辑载体剪切基因的原理图。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。
下面将更详细地描述本发明的具体实施例。提供这些实施例是为了能够更透彻地理解本发明,并且能够将本发明的范围完整的传达给本领域的技术人员。
如在通篇说明书及权利要求当中所提及的“包含”或“包括”为一开放式用语,故应解释成“包含但不限定于”。说明书后续描述为实施本发明的较佳实施方式,然所述描述乃以说明书的一般原则为目的,并非用以限定本发明的范围。本发明的保护范围当视所附权利要求所界定者为准。
本发明用于基因编辑的组合物,其包括基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体,其包含如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的Cas9基因,Cas9基因连接在pSIP411质粒形成的基因编辑载体,Cas9基因的前可操作性的连接有启动子,启动子为PorfX启动子。
本发明的用于基因编辑的组合物还包括如SEQ ID NO:12所示的氨基酸序列的诱导肽,其中,诱导肽的使用浓度为40-60ng/mL。
下面通过具体的试验例对本发明的技术方案进一步说明:
本发明还提供一种基因编辑方法,该方法为通过基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体与诱导肽共同作用,实现对目标基因的编辑。其中,基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体包含SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的Cas9基因,诱导肽的氨基酸序列如SEQ ID NO:12所示。
本发明选择CGMCC 1.557菌株进行培养培养,取出CGMCC 1.557保菌液,使用接种环蘸去少量菌液涂布于固体MRS培养基中,放入培养箱中;37℃厌氧环境培养24h;取出培养皿,用无菌枪头挑取单克隆菌落,转接新的MRS液体培养基,继续培养;每隔12h再次以1%体积转接,连续传代50次;再次涂布于固体培养基中,挑取单克隆用于实验或冷冻保藏。
CGMCC 1.557菌株菌种保藏,本发明使用含有30%甘油MRS培养基作为保菌液进行菌种的冷冻保藏,保藏方法如下:121℃湿热灭菌保菌管和甘油15min,以备使用;每管分装300uL甘油,并将连续转接3次的菌液加入分装的甘油中;将菌液转移到保菌管中,混匀后低温保藏。
本发明的CGMCC 1.557菌株总DNA的提取,将单个菌落接种于MRS培养基中,37℃厌氧培养至平台期,离心加入20ug/mL溶菌酶;37℃处理30min,除去溶菌酶,加入SDS,蛋白酶K等除去杂质蛋白,高盐环境下沉淀获得基因组DNA;利用苯酚:氯仿:异戊醇法进行抽提;乙酸盐沉淀法获得基因组DNA沉淀,放入70~75%乙醇洗涤一次,室温晾干;RTE中充分溶解。
本发明的细菌通用引物和特异性引物PCR扩增,以基因组DNA为模板,按照Taq预混液说明书进行PCR扩增;Tm值根据引物说明进行设定;如图1所示的分别以细菌通用引物20F/1500R以及植物乳杆菌特异性检测引物PCR产物的凝胶电泳示意图,完成后1%琼脂糖凝胶电泳鉴定;回收扩增产物进行连接,交付测序。
表一:细菌通用因为以及植物乳杆菌特异性引物
表一中:20F/1500R为16S rRNA检测引物,F1/R1为植物乳杆菌特异性检测引物。
本发明的CGMCC 1.557菌株全基因组测序,超声破碎基因组,构建文库;上机测序;去除接头序列,组装基因组序列;使用二代测序对三代测序进行矫正;如图2所示,本发明绘制CGMCC 1.557菌株全基因组完成图。
本发明的CGMCC 1.557菌株功能基因组及系统进化分析,NCBI数据库进行基因注释,如表二所示:
表二
CRISPRFinder预测CRISPR位点,根据CRISPR预测结果,本发明的一个CRISPR位点,长度630bp,保守的Direct Repeat序列为GTCTTGAATAGTAGTCATATCAAACAGGTTTAGAAC,共包括9个空隔(spacer)。根据这些重复序列的特点,对其之前的PAM部分进行了预测,在上游3-5位的核苷酸为GAA保守序列,该位点代表了植物乳杆菌来源的Cas9系统将这一保守序列作为PAM位点。
经搜索发现存在Cas及相关蛋白基因,经注释比对后,发现植物乳杆菌CGMCC1.557中的CRISPR/Cas系统为典型的二型CRISPR系统,只具有Cas9蛋白及Cas1/2,Csn2三个相关蛋白,仅有Cas9蛋白发挥酶切活性,该基因簇示意图如图3,表达Cas9蛋白的核苷酸序列标记为LpCas9基因,核苷酸序列如SEQ ID:1所示。
本发明的LpCas9基因表达载体构建,pSIP411质粒线性化,利用NEB NcoI/XhoI双酶切表达质粒pSIP411,经胶回收获得线性化质粒pSIP411;PCR扩增使用NEB High-Fidelity 2X Master Mix,SIP-LC9-F/R扩增LpCas9基因,成功扩增LpCas9基因,连接至线性化质粒pSIP411上,形成pSIP-LpCas9基因编辑载体,载体质粒pSIP411上带有启动子PorfX,pSIP411引物使用见下表三:
表三
转化后进行克隆PCR,使用4t-F/5'-LpC9-R和3'-LpC9-F/4t-R两对引物,配合rTaqMix验证LpCas9基因是否连接到SIP411载体上,如图5所示5个克隆的基因组PCR产物的凝胶电泳图,结果表明5个克隆均为阳性克隆。将回收的线性化pSIP411和LpCas9基因片段与Gibson Assembly Master Mix(2×)混合,配置成20ul的反应体系,50℃30min获得无缝克隆产物。
电转化将Gibson组装产物加入新鲜制备的NZ3900感受态细胞,冰上孵育20min,电击5ms,加入预热M17复苏培养基。
红霉素平板抗性筛选获得阳性克隆,扩增培养后,收集菌体,如图6所示,经溶菌酶处理后按照Axygen质粒提取说明书提取质粒pSIP-LpCas9的示意图。本发明的植物乳杆菌CGMCC 1.557诱导表达LpCas9蛋白,将复苏的植物乳杆菌CGMCC 1.557培养至平台期,以1%体积接种含有2%Gly的MRS培养基中,37℃培养至OD值为0.3~0.5,10,000×g/min离心10min,收集Gly刺激培养的培养物,弃上清,加入高压灭菌的洗液重悬菌体,离心弃上清,重复两次(共清洗三次),再利用洗液重悬菌体,完成植物乳杆菌CGMCC 1.557感受态的制备,分装至各个小管,40或者80μL/管备用。
将质粒pSIP411和重组质粒pSIP-LpCas9加入制备的感受态中,冰浴20min,加入预冷的电转杯中,以1750kV电击5ms,迅速转移电击后菌体于37℃温育的无抗性MRS液体培养基中,37℃温箱中培养3h,离心收集细菌,全部涂布于红霉素抗性平板中,继续培养24-48h,观察阳性克隆转化子。挑取阳性克隆,进行克隆PCR。挑选鉴定阳性的克隆继续培养12~24h至平台期。
以1%接种量接种阳性植物乳杆菌CGMCC 1.557于红霉素抗性液体培养基中,待其生长至OD值为0.3~0.5时加入诱导剂SppIP,其中诱导剂为诱导肽SppIP,其氨基酸序列如SEQ ID NO:12所示:MAGNSSNFIHKIKQIFTHR,其浓度为50ng/mL,继续培养7~8h,获得表达重组蛋白的细菌。
或者以1%接种量接种阳性植物乳杆菌CGMCC 1.557于红霉素抗性液体培养基中,待其生长至OD值为0.3~0.5时加入诱导剂SppIP,其中诱导剂为诱导肽SppIP,其氨基酸序列为MAGNSSNFIHKIKQIFTHR,浓度为40ng/mL,继续培养7~8h,获得表达重组蛋白的细菌。
或者以1%接种量接种阳性植物乳杆菌CGMCC 1.557于红霉素抗性液体培养基中,待其生长至OD值为0.3~0.5时加入诱导剂SppIP,其中诱导剂为诱导肽SppIP,其氨基酸序列为如SEQ ID NO:12所示MAGNSSNFIHKIKQIFTHR,浓度为60ng/mL,继续培养7~8h,获得表达重组蛋白的细菌。
GUS酶活力检测,收集菌体,洗涤液洗涤菌体两遍,最后用PBS重悬至OD=0.2,取50uL菌液加入450uL GUS Buffer,再加入12.5uL0.1%SDS和25uL氯仿,37℃5min,再加入X-Gluc(终浓度0.1%),37℃温育直至变色。
GUS酶活力检测发现SppIP诱导转入pSIP411的植物乳杆菌CGMCC1.557能有效表达GUS蛋白。如图7所示,本发明的基因编辑载体剪切基因的原理图,诱导表达LpCas9蛋白后,发现植物乳杆菌CGMCC 1.557细菌浓度与对照相比显著降低,LpCas9蛋白在植物乳杆菌CGMCC 1.557具有毒性作用,其毒性主要来自对于基因组的切割作用。本发明中的LpCas9蛋白能够实现在pSIP表达系统下的诱导表达,并且发挥切割作用,本发明pSIP-LpCas9载体可在植物乳杆菌中用于基因组编辑的作用。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施例对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之作一些修改或改进,这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110> 军事科学院军事医学研究院军事兽医研究所
<120> 用于基因编辑的组合物及其应用
<130> 20171206
<160> 12
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 4077
<212> DNA
<213> 植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum;)
<400> 1
atgaaagaac catacggtgt aggcttggat attggtacga actcggttgg ctggacggtt 60
gtggatgcaa gtggtcatgt cagaaaaatt aaggggcaga ctgggattgg tgtacggtta 120
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acagattttg gtaagttaca ggttcctggt ggcattaagt taacgggtga cgctgaaatt 4020
atatatcaat caccaactgg tttgttcgag cgaaaaattt cattaaaaga tttatag 4077
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
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<210> 3
<211> 19
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<211> 21
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<211> 20
<212> DNA
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ttacctaacg gtaaatgcga 20
<210> 6
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 6
tattacaagg agattttagc catgaaagaa ccatacggtg tag 43
<210> 7
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 7
ccggggtacc gaattcctcg agggatgaca tctttttttc gc 42
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 8
gcttcccaca cgcatttcag 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 9
cgctgtcgct gcatcattac 20
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 10
cggtttgaac aggtggttcg 20
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 11
attctgctcc cgcccttatg 20
<210> 12
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 12
Met Ala Gly Asn Ser Ser Asn Phe Ile His Lys Ile Lys Gln Ile Phe
1 5 10 15
Thr His Arg

Claims (9)

1.一种用于基因编辑的组合物,其特征在于,所述组合物包括基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体,其包含如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的Cas9基因。
2.根据权利要求1所述的用于基因编辑的组合物,其特征在于,
所述Cas9基因连接在pSIP411质粒形成的。
3.根据权利要求1所述的用于基因编辑的组合物,其特征在于,
所述Cas9基因的前可操作性的连接有启动子,所述启动子为PorfX启动子。
4.根据权利要求1所述的用于基因编辑的组合物,其特征在于,还包括如SEQ ID NO:12所示的氨基酸序列的诱导肽。
5.根据权利要求4所述的用于基因编辑的组合物,其特征在于,
所述诱导肽的浓度为40-60ng/mL。
6.权利要求1-5任一项所述的用于基因编辑的组合物在乳杆菌基因组编辑中的应用。
7.一种基因编辑方法,其特征在于,所述方法为通过所述基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体与诱导肽共同作用,实现对目标基因的编辑。
8.根据权利要求7所述的基因编辑方法,其特征在于,
所述基于植物乳杆菌CRISPR/Cas系统的基因编辑载体包含SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的Cas9基因。
9.根据权利要求7所述的基因编辑方法,其特征在于,
所述诱导肽的氨基酸序列如SEQ ID NO:12所示。
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CN104894045A (zh) * 2015-05-19 2015-09-09 中国农业科学院兰州兽医研究所 一种共表达口蹄疫病毒vp1基因与免疫佐剂牛il-6基因的重组乳酸杆菌及其制备方法和应用

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