CN108171013A - 一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统 - Google Patents

一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统 Download PDF

Info

Publication number
CN108171013A
CN108171013A CN201711376957.6A CN201711376957A CN108171013A CN 108171013 A CN108171013 A CN 108171013A CN 201711376957 A CN201711376957 A CN 201711376957A CN 108171013 A CN108171013 A CN 108171013A
Authority
CN
China
Prior art keywords
debugging
flow
user
analysis
biological information
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201711376957.6A
Other languages
English (en)
Inventor
孙怀立
薛凯
吴延安
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
UNITED ELECTRONICS CO Ltd
Original Assignee
UNITED ELECTRONICS CO Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by UNITED ELECTRONICS CO Ltd filed Critical UNITED ELECTRONICS CO Ltd
Priority to CN201711376957.6A priority Critical patent/CN108171013A/zh
Publication of CN108171013A publication Critical patent/CN108171013A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B45/00ICT specially adapted for bioinformatics-related data visualisation, e.g. displaying of maps or networks

Landscapes

  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Measuring And Recording Apparatus For Diagnosis (AREA)

Abstract

本发明公开了一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统,方法包括:获取生物信息分析流程所需信息要素,并且构建一个可视化生物信息分析系统;接收用户的选取指令,在生物信息分析流程的不同节点选取相应的代码进行调试;获取流程调试的参数信息,并且接收用户通过form表单在参数设置模块输入的相关参数信息;基于分析系统的创建与参数信息对应的流程;接收用户的调试指令,并且使得调试模块根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作。所述可视化生物信息分析流程的调试方法及系统将调试过程通过可视化方式展示出来并且提高整个调试过程的准确性和效率。

Description

一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统
技术领域
本发明涉及计算机程序开发管理相关领域,特别是指一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统。
背景技术
随着基因检测的技术日渐成熟,相应的生物信息分析技术正渐渐从实验室走向商业化、工程化。在现有的技术中,多采用工作人员写脚本的方式去进行相关分析流程的调试,这样不仅会对生物信息分析人员要求比较高,必须要了解编程方面的技术,而且在具体操作时也很不方便,效率较低,具体体现如下:
首先,生物信息分析人员在进行流程的调试过程中,针对调试进度不能一目了然的查看,如果调试流程与设计流程的设计员不是同一个人的话,流程稍微复杂点,调试人员就不可能了解流程的相关进度,不仅无法快速有效实现调试,而且容易出现错误。其次,生信人员在采用写流程脚本的方式进行调试过程中,有可能因为参数设置的不合理等因素,需要暂停流程,调整完参数之后需要从中间某一个环节继续开始调试,面对这种情况,生信人员需要不断的调整程序脚本;而这种方式,流程并没有记录执行过哪些节点,生信人员要很清楚的了解这个流程以及目前流程运行情况,这样会很消耗生信人员的心智,而且很容易犯错。
因此,在实现本申请发热过程中,发明人发现现有技术至少存在以下缺陷:当前对于生物信息分析流程的调试难以做到高效、准确以及可视化,同时对于调试人员具有很高的业务要求,调试过程效率低下。
发明内容
有鉴于此,本发明的目的在于提出一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统,将调试过程通过可视化方式展示出来并且提高整个调试过程的准确性和效率。
基于上述目的本发明提供的可视化生物信息分析流程的调试方法,包括:
获取生物信息分析流程所需信息要素,并且基于获取的信息要素构建一个可视化生物信息分析系统;其中,所述生物信息分析系统包含可视化调试界面、参数设置模块以及调试模块;
接收用户的选取指令,在所述可视化调试界面中包含的生物信息分析流程的不同节点选取相应的代码进行调试;
获取流程调试的参数信息,并且接收用户通过form表单在参数设置模块输入的相关参数信息;
基于可视化生物信息分析系统创建与用户输入的参数信息对应的流程;
接收用户的调试指令,并且使得调试模块根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作。
可选的,所述接收用户的调试指令,并且根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作包括:
接收用户发出的开始调试指令使得生物信息分析流程启动调试过程;
实时获取当前可视化调试界面中显示的信息以及相应的分析结果;并相应的判断当前调试状况是否需要暂停;
若需要暂停,则用户发出暂停指令,相应的调节参数并且发出重试指令继续进行调试过程;
若不需要暂停,则继续运行直到运行结束。
可选的,还包括:基于所述可视化调试界面以及生物信息分析流程的执行相应的记录每个流程执行的节点以及用户执行的操作信息;
当用户执行重试或者暂停流程时,能够基于记录的节点信息使得用户能够基于该节点继续调试或者基于用户选取不同的节点进行重新开始调试过程。
可选的,所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
接收用户的关联指令,将采样器工具关联到相应的流程节点上;例如用户可以将位于边缘的采样器工具拖拽到相应的流程节点上;
采样器工具自动与该节点建立关联关系,并且与该节点形成预设的文件输入输出关系;
采样器工具将该节点中的流程文件按照预设的规则进行截取,并且使得截取后的文件作为该节点的运行文件。
可选的,所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
接收用户的关联指令,将文件查看器工具关联到相应的流程节点上;
文件查看器工具基于预设的关联指令与当前节点建立文件条用查看关系;
接收用户的点击查看指令,文件查看器工具从当前节点中获取该节点在流程运行过程中产生的文件并且展示给用户。
可选的,所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
接收用户的关联指令,将通知工具关联到相应的流程节点上;
通知工具基于预设的关联指令与当前节点建立监听关联指令,对当前节点的运行状态按照预设的指令进行实时监听;
当当前节点出现运行结束或者预设的监听状态时,向指定的账号发送相应的通知信息。
本申请还提供了一种可视化生物信息分析流程的调试系统,包括:
调试系统构建模块,用于获取生物信息分析流程所需信息要素,并且基于获取的信息要素构建一个可视化生物信息分析系统;其中,所述生物信息分析系统包含可视化调试界面、参数设置模块以及调试模块;
代码选取模块,用于接收用户的选取指令,在所述可视化调试界面中包含的生物信息分析流程的不同节点选取相应的代码进行调试;
参数输入模块,用于获取流程调试的参数信息,并且接收用户通过form表单在参数设置模块输入的相关参数信息;
流程创建模块,用于基于可视化生物信息分析系统创建与用户输入的参数信息对应的流程;
调试控制模块,用于接收用户的调试指令,并且使得调试模块根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作;还用于接收用户发出的开始调试指令使得生物信息分析流程启动调试过程;实时获取当前可视化调试界面中显示的信息以及相应的分析结果;并相应的判断当前调试状况是否需要暂停;若需要暂停,则用户发出暂停指令,相应的调节参数并且发出重试指令继续进行调试过程;若不需要暂停,则继续运行直到运行结束。
可选的,所述调试系统还包括采样器工具;所述采样器工具用于接收用户的关联指令,将采样器工具关联到相应的流程节点上;
采样器工具自动与该节点建立关联关系,并且与该节点形成预设的文件输入输出关系;
采样器工具将该节点中的流程文件按照预设的规则进行截取,并且使得截取后的文件作为该节点的运行文件。
可选的,所述调试系统还包括文件查看器工具,用于,
接收用户的关联指令,将文件查看器工具关联到相应的流程节点上;
文件查看器工具基于预设的关联指令与当前节点建立文件条用查看关系;
接收用户的点击查看指令,文件查看器工具从当前节点中获取该节点在流程运行过程中产生的文件并且展示给用户。
可选的,所述调试系统还包括通知工具,用于接收用户的关联指令,将通知工具关联到相应的流程节点上;
通知工具基于预设的关联指令与当前节点建立监听关联指令,对当前节点的运行状态按照预设的指令进行实时监听;
当当前节点出现运行结束或者预设的监听状态时,向指定的账号发送相应的通知信息。
从上面所述可以看出,本发明提供的可视化生物信息分析流程的调试方法及系统,通过构建具有可视化调试界面的可视化生物信息分析系统,使得生物信息的分析过程可以通过可视化界面直观的展示给用户;通过界面中分析流程以及相应节点的构建,使得用户可以便捷的根据需要选择需要的代码,提高调试的效率,通过参数设置模块以及调试指令,使得用户能够随时根据调试结果对流程中的参数或者代码进行修改调整,进一步提高效率。因此,本申请所述可视化生物信息分析流程的调试方法及系统将调试过程通过可视化方式展示出来并且提高了整个调试过程的准确性和效率。
附图说明
图1为本发明提供的可视化生物信息分析流程的调试方法一个实施例的流程示意图;
图2为本发明提供的可视化生物信息分析流程的调试方法另一个实施例的流程示意图;
图3为本发明提供的采样器工具的调试流程示意图;
图4为本发明提供的文件查看器工具的调试流程示意图;
图5为本发明提供的通知工具的调试流程示意图;
图6为本发明提供的参数设置界面示意图;
图7为本发明提供的流程调试界面示意图;
图8为本发明提供的可视化生物信息分析流程的调试系统一个实施例的结构示意图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白,以下结合具体实施例,并参照附图,对本发明进一步详细说明。
需要说明的是,本发明实施例中所有使用“第一”和“第二”的表述均是为了区分两个相同名称非相同的实体或者非相同的参量,可见“第一”“第二”仅为了表述的方便,不应理解为对本发明实施例的限定,后续实施例对此不再一一说明。
首选,针对于当前调试过程存在的问题,提出一种可视化的调试方法,使得调试员通过在可视化界面上的简单操作即可完成流程的调试工作,而不需要调试员对程序本身有细致的了解,因此,可以加快调试的效率。
具体的,参照图1所示,为本发明提供的可视化生物信息分析流程的调试方法一个实施例的流程示意图。所述可视化生物信息分析流程的调试方法包括:
步骤S1,获取生物信息分析流程所需信息要素,并且基于获取的信息要素构建一个可视化生物信息分析系统;其中,所述生物信息分析系统包含可视化调试界面、参数设置模块以及调试模块;所述可视化调试界面中设置有生物信息分析流程对应的不同功能模块,通过对生物信息分析流程中不同功能模块的位置和结构的设计可以相应得到不同的生物信息分析流程,且流程中不同功能模块之间通过连线表示流程走向,不同功能模块表示不同的流程节点。基于具体的可视化生物信息分析流程为已有知识,再次基础上,本申请通过模块化或者功能化的方式使得整个调试过程投影到可视化界面中,通过一定固定模块流程实现整个可视化生物信息分析流程,每个流程节点相应的布置不同的代码,这样可以快速有效构建一个流程,而且用户能够直观的查看流程的精度等信息。
步骤S2,接收用户的选取指令,在所述可视化调试界面中包含的生物信息分析流程的不同节点选取相应的代码进行调试;这里的代码既可以是用户当前编辑的代码,也可以是用户基于标准的需求调用或者选取得到的代码;
步骤S3,获取流程调试的参数信息,并且接收用户通过form表单在参数设置模块输入的相关参数信息;也即,在后台创建一个流程作业,这里的作业可以认为是流程所需要的一组参数数据,后台根据作业中定义的参数运行程序;
步骤S4,基于可视化生物信息分析系统创建与用户输入的参数信息对应的流程;
步骤S5,接收用户的调试指令,并且使得调试模块根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作。
由上述实施例可知,本申请所述可视化生物信息分析流程的调试方法通过构建具有可视化调试界面的可视化生物信息分析系统,使得生物信息的分析过程可以通过可视化界面直观的展示给用户;通过界面中分析流程以及相应节点的构建,使得用户可以便捷的根据需要选择需要的代码,提高调试的效率,通过参数设置模块以及调试指令,使得用户能够随时根据调试结果对流程中的参数或者代码进行修改调整,进一步提高效率。因此,本申请所述可视化生物信息分析流程的调试方法将调试过程通过可视化方式展示出来并且提高了整个调试过程的准确性和效率。
在本申请一些可选的实施例中,所述接收用户的调试指令,并且根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作包括:
步骤S51,接收用户发出的开始调试指令使得生物信息分析流程启动调试过程;其中,调试模块中设置有开始、暂停、重试、取消等按键,用户可以根据实际的调试需要相应的点击不同的按键进行调试。
步骤S52,实时获取当前可视化调试界面中显示的信息以及相应的分析结果;并相应的判断当前调试状况是否需要暂停;
步骤S53,若需要暂停,则用户发出暂停指令,相应的调节参数并且发出重试指令继续进行调试过程;
步骤S54,若不需要暂停,则继续运行直到运行结束。
进一步,还包括如下步骤:基于所述可视化调试界面以及生物信息分析流程的执行相应的记录每个流程执行的节点以及用户执行的操作信息;
当用户执行重试或者暂停流程时,能够基于记录的节点信息使得用户能够基于该节点继续调试或者基于用户选取不同的节点进行重新开始调试过程。
这样,在运行过程中,用户可以随时执行暂停作业,即暂停操作,作业暂停后会在作业中记录一个暂停标识,该操作不会影响当前正在运行的任务,其中,这里的任务可以理解成整个流程中运行的一个具体的节点,当前任务执行完毕之后,后续任务将不会执行,该作业将暂停在该节点。若需要继续进行调试,则在用户点击取消暂停后后台将暂停标识去掉,让作业继续运行。若用户点击停止按键,调试会立即将作业结束,使所有运行的任务结束,后续任务将不会去执行,整个作业结束。若用户点击重试按键,由于流程在执行过程中,已经记录了原来的执行过程,并保留了所有的执行结果,重试流程时,用户可以从任何历史节点中开始重试调试过程。
参照图2所示,为本发明提供的可视化生物信息分析流程的调试方法另一个实施例的流程示意图。由图可知,首先用户需要设置生物信息分析流程参数,然后开始进行调试,并且基于调试状态判断是否能够暂停,若是暂停,则用户需要重新设置参数,并且选择相应的节点进行重试,若是没有暂停,则继续运行直到运行结束。最后结束后判断运行结果是否失败,若是运行失败则用户依旧可以重新设置参数并且选择节点重新调试,直到最后调试成功。因此,基于上述过程完全可视化,用户能够最是根据需要调整,且不需要具有很强的专业技能,因此可以提高调试的效率。
参照图3所示,为本发明提供的采样器工具的调试流程示意图;所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
步骤S11,接收用户的关联指令,将采样器工具关联到相应的流程节点上;
步骤S12,采样器工具自动与该节点建立关联关系,并且与该节点形成预设的文件输入输出关系;这样,采样器工具将可以获取当前节点中生成的相关信息,进而实现信息的采样。
步骤S13,采样器工具将该节点中的流程文件按照预设的规则进行截取,并且使得截取后的文件作为该节点的运行文件。
由于生物信息行业fastQ文件比较大,文件虽然比较大,但是有一定规律的,比如fastQ文件是4行一条Reads,因此用采样器工具将文件进行截取4行的整数倍,这样就能够把一个大的文件保存成一个小文件,提供给流程进行调试;通过将采样器拖拽到流程节点上,使其与节点建立关联关系,当该节点输入fastQ文件时会通过该工具对文件进行截取。这样,对于较大文件,用户可以通过采样器工具的截取而选定部分的内容进行调试,可以大大缩减调试所需时间,提高调试的速率。
参照图4所示,为本发明提供的文件查看器工具的调试流程示意图。所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
步骤S21,接收用户的关联指令,将文件查看器工具关联到相应的流程节点上;
步骤S22,文件查看器工具基于预设的关联指令与当前节点建立文件条用查看关系;
步骤S23,接收用户的点击查看指令,文件查看器工具从当前节点中获取该节点在流程运行过程中产生的文件并且展示给用户。
流程在运行过程中,每经过一个节点,都会生成相关的文件,在将文件查看器关联到节点上时,就会将该工具与节点建立一种关联关系,通过该工具查看该节点运行过后产生的文件。这样用户可以在需要的时候随时查看某一节点相应的运行信息,进而获取更为精确的调试结果,帮助用户提高调试的准确性。
参照图5所示,为本发明提供的通知工具的调试流程示意图。所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
步骤S31,接收用户的关联指令,将通知工具关联到相应的流程节点上;
步骤S32,通知工具基于预设的关联指令与当前节点建立监听关联指令,对当前节点的运行状态按照预设的指令进行实时监听;
步骤S33,当当前节点出现运行结束或者预设的监听状态时,向指定的账号发送相应的通知信息。
用户在将通知工具关联到流程的节点上后,就会有一个监听一直观察该节点的运行状况,如果该节点运行完毕后,就会向指定的邮箱发送邮件或者向指定的手机号发送短信。这样,相关负责人可以远程了解调试的状态信息,进行实现更为丰富的调试管控。
参照图6所示,为本发明提供的参数设置界面示意图;对于生物信息分析流程相关参数可以预先设置一个默认值,然后在运行过程中若是调试失败,则用户基于失败的机理可以相应的调节参数重新进行流程调试。
参照图7所示,为本发明提供的流程调试界面示意图。由图可知,在可视化调试界面中设置有调试流程相关模块以及相应的调试按键,例如开始、暂停、重试、取消等等。相应的用户可以简单的通过这些按钮以及参数调节快速有效的实现流程的调试过程。
参照图8所示,为本发明提供的可视化生物信息分析流程的调试系统一个实施例的结构示意图。所述可视化生物信息分析流程的调试系统包括:
调试系统构建模块101,用于获取生物信息分析流程所需信息要素,并且基于获取的信息要素构建一个可视化生物信息分析系统;其中,所述生物信息分析系统包含可视化调试界面、参数设置模块以及调试模块;
代码选取模块102,用于接收用户的选取指令,在所述可视化调试界面中包含的生物信息分析流程的不同节点选取相应的代码进行调试;
参数输入模块103,用于获取流程调试的参数信息,并且接收用户通过form表单在参数设置模块输入的相关参数信息;
流程创建模块104,用于基于可视化生物信息分析系统创建与用户输入的参数信息对应的流程;
调试控制模块105,用于接收用户的调试指令,并且使得调试模块根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作;还用于接收用户发出的开始调试指令使得生物信息分析流程启动调试过程;实时获取当前可视化调试界面中显示的信息以及相应的分析结果;并相应的判断当前调试状况是否需要暂停;若需要暂停,则用户发出暂停指令,相应的调节参数并且发出重试指令继续进行调试过程;若不需要暂停,则继续运行直到运行结束。
进一步可选的,所述调试系统还包括采样器工具;所述采样器工具用于接收用户的关联指令,将采样器工具关联到相应的流程节点上;
采样器工具自动与该节点建立关联关系,并且与该节点形成预设的文件输入输出关系;
采样器工具将该节点中的流程文件按照预设的规则进行截取,并且使得截取后的文件作为该节点的运行文件。
进一步可选的,所述调试系统还包括文件查看器工具,用于,
接收用户的关联指令,将文件查看器工具关联到相应的流程节点上;
文件查看器工具基于预设的关联指令与当前节点建立文件条用查看关系;
接收用户的点击查看指令,文件查看器工具从当前节点中获取该节点在流程运行过程中产生的文件并且展示给用户。
进一步可选的,所述调试系统还包括通知工具,用于,接收用户的关联指令,将通知工具关联到相应的流程节点上;
通知工具基于预设的关联指令与当前节点建立监听关联指令,对当前节点的运行状态按照预设的指令进行实时监听;
当当前节点出现运行结束或者预设的监听状态时,向指定的账号发送相应的通知信息。
由上述实施例可知,上述调试系统具有与调试方法同样的技术效果,此处不再重复赘述。
所属领域的普通技术人员应当理解:以上任何实施例的讨论仅为示例性的,并非旨在暗示本公开的范围(包括权利要求)被限于这些例子;在本发明的思路下,以上实施例或者不同实施例中的技术特征之间也可以进行组合,步骤可以以任意顺序实现,并存在如上所述的本发明的不同方面的许多其它变化,为了简明它们没有在细节中提供。
另外,为简化说明和讨论,并且为了不会使本发明难以理解,在所提供的附图中可以示出或可以不示出与集成电路(IC)芯片和其它部件的公知的电源/接地连接。此外,可以以框图的形式示出装置,以便避免使本发明难以理解,并且这也考虑了以下事实,即关于这些框图装置的实施方式的细节是高度取决于将要实施本发明的平台的(即,这些细节应当完全处于本领域技术人员的理解范围内)。在阐述了具体细节(例如,电路)以描述本发明的示例性实施例的情况下,对本领域技术人员来说显而易见的是,可以在没有这些具体细节的情况下或者这些具体细节有变化的情况下实施本发明。因此,这些描述应被认为是说明性的而不是限制性的。
尽管已经结合了本发明的具体实施例对本发明进行了描述,但是根据前面的描述,这些实施例的很多替换、修改和变型对本领域普通技术人员来说将是显而易见的。例如,其它存储器架构(例如,动态RAM(DRAM))可以使用所讨论的实施例。
本发明的实施例旨在涵盖落入所附权利要求的宽泛范围之内的所有这样的替换、修改和变型。因此,凡在本发明的精神和原则之内,所做的任何省略、修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (10)

1.一种可视化生物信息分析流程的调试方法,其特征在于,包括:
获取生物信息分析流程所需信息要素,并且基于获取的信息要素构建一个可视化生物信息分析系统;其中,所述生物信息分析系统包含可视化调试界面、参数设置模块以及调试模块;
接收用户的选取指令,在所述可视化调试界面中包含的生物信息分析流程的不同节点选取相应的代码进行调试;
获取流程调试的参数信息,并且接收用户通过form表单在参数设置模块输入的相关参数信息;
基于可视化生物信息分析系统创建与用户输入的参数信息对应的流程;
接收用户的调试指令,并且使得调试模块根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作。
2.根据权利要求1所述的调试方法,其特征在于,所述接收用户的调试指令,并且根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作包括:
接收用户发出的开始调试指令使得生物信息分析流程启动调试过程;
实时获取当前可视化调试界面中显示的信息以及相应的分析结果;并相应的判断当前调试状况是否需要暂停;
若需要暂停,则用户发出暂停指令,相应的调节参数并且发出重试指令继续进行调试过程;
若不需要暂停,则继续运行直到运行结束。
3.根据权利要求1所述的调试方法,其特征在于,还包括:基于所述可视化调试界面以及生物信息分析流程的执行相应的记录每个流程执行的节点以及用户执行的操作信息;
当用户执行重试或者暂停流程时,能够基于记录的节点信息使得用户能够基于该节点继续调试或者基于用户选取不同的节点进行重新开始调试过程。
4.根据权利要求1所述的调试方法,其特征在于,所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
接收用户的关联指令,将采样器工具关联到相应的流程节点上;
采样器工具自动与该节点建立关联关系,并且与该节点形成预设的文件输入输出关系;
采样器工具将该节点中的流程文件按照预设的规则进行截取,并且使得截取后的文件作为该节点的运行文件。
5.根据权利要求1所述的调试方法,其特征在于,所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
接收用户的关联指令,将文件查看器工具关联到相应的流程节点上;
文件查看器工具基于预设的关联指令与当前节点建立文件条用查看关系;
接收用户的点击查看指令,文件查看器工具从当前节点中获取该节点在流程运行过程中产生的文件并且展示给用户。
6.根据权利要求1所述的调试方法,其特征在于,所述生物信息分析流程进行调试的过程还包括:
接收用户的关联指令,将通知工具关联到相应的流程节点上;
通知工具基于预设的关联指令与当前节点建立监听关联指令,对当前节点的运行状态按照预设的指令进行实时监听;
当当前节点出现运行结束或者预设的监听状态时,向指定的账号发送相应的通知信息。
7.一种可视化生物信息分析流程的调试系统,其特征在于,包括:
调试系统构建模块,用于获取生物信息分析流程所需信息要素,并且基于获取的信息要素构建一个可视化生物信息分析系统;其中,所述生物信息分析系统包含可视化调试界面、参数设置模块以及调试模块;
代码选取模块,用于接收用户的选取指令,在所述可视化调试界面中包含的生物信息分析流程的不同节点选取相应的代码进行调试;
参数输入模块,用于获取流程调试的参数信息,并且接收用户通过form表单在参数设置模块输入的相关参数信息;
流程创建模块,用于基于可视化生物信息分析系统创建与用户输入的参数信息对应的流程;
调试控制模块,用于接收用户的调试指令,并且使得调试模块根据调试指令的不同,相应的使得创建的流程执行开始调试、暂停、重试、取消一系列操作;还用于接收用户发出的开始调试指令使得生物信息分析流程启动调试过程;实时获取当前可视化调试界面中显示的信息以及相应的分析结果;并相应的判断当前调试状况是否需要暂停;若需要暂停,则用户发出暂停指令,相应的调节参数并且发出重试指令继续进行调试过程;若不需要暂停,则继续运行直到运行结束。
8.根据权利要求7所述的调试系统,其特征在于,还包括采样器工具;所述采样器工具用于接收用户的关联指令,将采样器工具关联到相应的流程节点上;
采样器工具自动与该节点建立关联关系,并且与该节点形成预设的文件输入输出关系;
采样器工具将该节点中的流程文件按照预设的规则进行截取,并且使得截取后的文件作为该节点的运行文件。
9.根据权利要求7所述的调试系统,其特征在于,还包括文件查看器工具,用于,
接收用户的关联指令,将文件查看器工具关联到相应的流程节点上;
文件查看器工具基于预设的关联指令与当前节点建立文件条用查看关系;
接收用户的点击查看指令,文件查看器工具从当前节点中获取该节点在流程运行过程中产生的文件并且展示给用户。
10.根据权利要求7所述的调试系统,其特征在于,还包括通知工具,用于,接收用户的关联指令,将通知工具关联到相应的流程节点上;
通知工具基于预设的关联指令与当前节点建立监听关联指令,对当前节点的运行状态按照预设的指令进行实时监听;
当当前节点出现运行结束或者预设的监听状态时,向指定的账号发送相应的通知信息。
CN201711376957.6A 2017-12-19 2017-12-19 一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统 Pending CN108171013A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201711376957.6A CN108171013A (zh) 2017-12-19 2017-12-19 一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201711376957.6A CN108171013A (zh) 2017-12-19 2017-12-19 一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN108171013A true CN108171013A (zh) 2018-06-15

Family

ID=62522961

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201711376957.6A Pending CN108171013A (zh) 2017-12-19 2017-12-19 一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN108171013A (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111930637A (zh) * 2020-10-09 2020-11-13 融智通科技(北京)股份有限公司 一种基于网页实时调试ivr流程的方法
CN112860362A (zh) * 2021-02-05 2021-05-28 达而观数据(成都)有限公司 一种机器人自动化流程的可视化调试方法及调试系统

Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101387958A (zh) * 2008-10-20 2009-03-18 东软集团股份有限公司 一种图像数据的处理方法及装置
CN101667156A (zh) * 2009-09-22 2010-03-10 中兴通讯股份有限公司 一种可视化业务流程调试方法和系统
CN102521024A (zh) * 2011-11-23 2012-06-27 北京市计算中心 基于生物信息云平台的作业调度方法
CN102663272A (zh) * 2012-03-14 2012-09-12 天津大学 氧化葡萄糖酸杆菌的基因组尺度代谢网络构建和分析方法
US20150066383A1 (en) * 2013-09-03 2015-03-05 Seven Bridges Genomics Inc. Collapsible modular genomic pipeline
US20150066381A1 (en) * 2013-09-03 2015-03-05 Seven Bridges Genomics Inc. Genomic pipeline editor with tool localization
US20160335167A1 (en) * 2006-10-31 2016-11-17 Microsoft Technology Licensing, Llc Stepping and application state viewing between points
CN106445556A (zh) * 2016-10-18 2017-02-22 中国银行股份有限公司 一种可视化代码生成方法及系统
CN107122626A (zh) * 2017-03-13 2017-09-01 上海海云生物科技有限公司 二代测序dna突变检测的生物信息学分析的方法及系统
CN107408043A (zh) * 2014-10-14 2017-11-28 七桥基因公司 用于序列流水线中的智能工具的系统和方法
CN107463800A (zh) * 2017-07-19 2017-12-12 东莞博奥木华基因科技有限公司 一种肠道微生物信息分析方法及系统

Patent Citations (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20160335167A1 (en) * 2006-10-31 2016-11-17 Microsoft Technology Licensing, Llc Stepping and application state viewing between points
CN101387958A (zh) * 2008-10-20 2009-03-18 东软集团股份有限公司 一种图像数据的处理方法及装置
CN101667156A (zh) * 2009-09-22 2010-03-10 中兴通讯股份有限公司 一种可视化业务流程调试方法和系统
WO2011035578A1 (zh) * 2009-09-22 2011-03-31 中兴通讯股份有限公司 一种可视化业务流程调试方法和系统
CN102521024A (zh) * 2011-11-23 2012-06-27 北京市计算中心 基于生物信息云平台的作业调度方法
CN102663272A (zh) * 2012-03-14 2012-09-12 天津大学 氧化葡萄糖酸杆菌的基因组尺度代谢网络构建和分析方法
US20150066383A1 (en) * 2013-09-03 2015-03-05 Seven Bridges Genomics Inc. Collapsible modular genomic pipeline
US20150066381A1 (en) * 2013-09-03 2015-03-05 Seven Bridges Genomics Inc. Genomic pipeline editor with tool localization
CN107408043A (zh) * 2014-10-14 2017-11-28 七桥基因公司 用于序列流水线中的智能工具的系统和方法
CN106445556A (zh) * 2016-10-18 2017-02-22 中国银行股份有限公司 一种可视化代码生成方法及系统
CN107122626A (zh) * 2017-03-13 2017-09-01 上海海云生物科技有限公司 二代测序dna突变检测的生物信息学分析的方法及系统
CN107463800A (zh) * 2017-07-19 2017-12-12 东莞博奥木华基因科技有限公司 一种肠道微生物信息分析方法及系统

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JEREMY LEIPZIG: "A review of bioinformatic pipeline frameworks", 《BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS》 *
陈作舟等: "一个Chip-seq的生物信息分析流程", 《生物技术世界》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111930637A (zh) * 2020-10-09 2020-11-13 融智通科技(北京)股份有限公司 一种基于网页实时调试ivr流程的方法
CN112860362A (zh) * 2021-02-05 2021-05-28 达而观数据(成都)有限公司 一种机器人自动化流程的可视化调试方法及调试系统
CN112860362B (zh) * 2021-02-05 2022-10-04 达而观数据(成都)有限公司 一种机器人自动化流程的可视化调试方法及调试系统

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110837448B (zh) 远程监控在测试设备中执行的测试的方法和计算设备
US8589886B2 (en) System and method for automatic hardware and software sequencing of computer-aided design (CAD) functionality testing
NL2010546C2 (en) Method and apparatus for automatically generating a test script for a graphical user interface.
US9239574B2 (en) Apparatus for automating field device operations by capturing device method execution steps for later use and related method
US9292413B2 (en) Setting breakpoints in a code debugger used with a GUI object
US7178135B2 (en) Scope-based breakpoint selection and operation
CN104123219A (zh) 测试软件的方法和设备
JP4295775B2 (ja) Guiテスト支援システム及びテスト支援用アプリケーションプログラム
CN104375934B (zh) 一种Android手机软件可靠性测试方法
EP3839671A1 (en) Program generating device, program generating method, and program
CN109491922B (zh) 一种基于模型驱动的测试方法和装置
WO2022134001A1 (zh) 基于容器化技术的机器学习模型框架的开发方法与系统
KR101491848B1 (ko) 스크립트 유지보수 기능을 갖는 gui 소프트웨어 테스트 자동화 시스템 및 방법
CN109290658A (zh) 焊接定序器零部件检查器
CN111666217A (zh) 用于测试代码的方法和装置
CN108171013A (zh) 一种可视化生物信息分析流程的调试方法及系统
CN110673842A (zh) 一种可视化编程方法及系统、存储介质、设备
CN104627385A (zh) 一种过程可视化决策诊断系统及其推理控制方法
EP1582949B1 (en) Method for automatic modeling a process control system and corresponding process control system
CN114297961A (zh) 一种芯片测试用例处理方法及相关装置
JP4941674B2 (ja) シミュレーション・システム
CN116559624A (zh) 一种芯片测试方法、系统、设备及存储介质
CN105975390A (zh) 一种基于复杂测试场景下的恢复测试数据方法
CN111208993B (zh) 一种流程化数据分析处理系统
CN113326193A (zh) 一种小程序测试方法及装置

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
CB02 Change of applicant information

Address after: 1002-1, 10th floor, No.56, Beisihuan West Road, Haidian District, Beijing 100080

Applicant after: Ronglian Technology Group Co., Ltd

Address before: 100080, Beijing, Haidian District, No. 56 West Fourth Ring Road, glorious Times Building, 10, 1002-1

Applicant before: UNITED ELECTRONICS Co.,Ltd.

CB02 Change of applicant information
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20180615

RJ01 Rejection of invention patent application after publication