CN108027360A - 用于最优癌症治疗的定量Her2蛋白质 - Google Patents

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Abstract

为罹患癌症的患者提供改进的治疗方法。该方法鉴定肿瘤是否将对包含抗‑Her2治疗剂的治疗方案的治疗产生应答。通过SRM质谱直接在从肿瘤组织所收集的肿瘤细胞中对特定Her2片段肽进行精确定量，所述肿瘤组织获自癌症患者，并与参考水平进行比较，以确定癌症患者是否将对采用特异性靶向Her2蛋白质的治疗剂的治疗产生积极应答。

Description

用于最优癌症治疗的定量Her2蛋白质
本申请要求2015年5月29日提交的美国临时申请第62/168,709号和2016年3月18日提交的美国临时申请第62/310,639号的优先权，每篇申请的题目均为“用于最优癌症治疗的定量Her2蛋白质”。本申请还包含通过EFS-网站以电子方式提交的序列表，该序列表作为纸件副本和计算机可读格式(CRF)，并由一个标题为“001152_8047_US02_SEQ_LISTING”的文件组成，该文件于2016年5月31日创建，其大小为444字节，并且其全部内容通过引用并入本文中。
引言
提供了通过分析来自患者的肿瘤组织以及识别那些最有可能对采用抗Her2治疗剂的治疗有应答的患者来治疗癌症患者的方法。通过定量来自全长Her2蛋白质的子序列(也称为Neu原癌基因、c-ErbB-2、酪氨酸激酶型细胞表面受体HER2、p185erbB2和CD340)的特定肽，来确定肿瘤组织中Her2的表达水平，并将该水平与参考水平进行比较。如果Her2的表达水平高于参考水平，则采用包含至少一种抗Her2治疗剂的方案治疗患者，而如果所述水平低于参考水平，则采用不包含抗Her2剂的方案治疗患者。
使用基于质谱的选择性应监测(SRM)，也称为多重反应监测(MRM)，其在本文中称为SRM/MRM测定，来检测特定的肽。使用SRM/MRM测定来直接检测从癌症患者组织(例如福尔马林固定的癌组织)获得的细胞中存在的特定Her2片段肽以及定量地测量特定Her2片段肽的含量。肽的含量允许定量肿瘤样品中完整Her2蛋白质的含量。基于在其癌细胞中存在多少Her2蛋白质，可使用特定和优化的治疗剂和治疗策略来治疗个体癌症患者的疾病。
发明内容
提供了用于治疗患有癌症的患者的方法。所述方法包括以下步骤：
(a)定量由获自患者的肿瘤样品制备的蛋白质消化物中特定Her2片段肽的水平，并通过选择反应监测使用质谱来计算所述样品中Her2肽的水平；
(b)将所述Her2片段肽的水平与参考水平进行比较，以及
(c)当所述Her2片段肽的水平高于所述参考水平时，采用包含有效量的抗-Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗，或
(d)当所述Her2片段肽的水平低于所述参考水平时，采用不包含有效量的抗-Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗。
所述参考水平约为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-250amol/μg、+/-150amol/μg、+/-100amol/μg、+/-50amol/μg、±25amol/μg，并且所述癌症可以是，例如，妇科癌症、食道癌、胆囊癌、胰腺癌、乳腺癌或肺癌。优选地，所述癌症是胃癌。
所述生物样品的蛋白质消化物可以通过Liquid Tissue方案制备。所述蛋白质消化物可以包含蛋白酶消化物，例如，胰蛋白酶消化物。
所述质谱的方法可以包括串联质谱法、离子阱质谱法、三重四极质谱法、MALDI-TOF质谱法、MALDI质谱法、混合离子阱/四极质谱法和/或飞行时间质谱法。
所使用的质谱的模式可以为，例如，选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。在这些方法中，所述特定Her2肽可以具有如SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列。
所述肿瘤样品可以是细胞、细胞集合或实体组织，也可以是福尔马林固定的实体组织，包括石蜡包埋的组织。可优选地通过与已知含量的掺入的内标肽进行比较来定量特定Her2片段肽，其中生物样品中的天然肽和内标肽均对应于如SEQ ID NO：1中所示的Her2片段肽的相同氨基酸序列。优选地，所述内标肽为同位素标记的肽，标记有，例如，一种或多种选自18O、17O、15N、13C、2H或其组合的重稳定同位素。
所述特定Her2片段肽的测量可与检测和定量来自多重形式中的其它肽进行组合，以使得有关哪种药剂用于治疗的治疗决定是依据生物样品中特定Her2片段肽与其他肽/蛋白质相结合的特定水平进行的。
在上述方法中，当所述特定肽的水平高于所述参考水平时，则所述抗-Her2治疗剂包含曲妥珠单抗，反之，当所述特定肽的水平低于所述参考水平时，则治疗性治疗不包含曲妥珠单抗。
附图简要说明
图1显示了采用曲妥珠单抗+化疗进行治疗的患者与只采用化疗进行治疗的患者的无进展生存率的比较。将Her2＞1825amol/μg的患者与Her2＜1825amol/μg的患者进行数据比较。
图2显示了采用曲妥珠单抗+化疗进行治疗的患者与只采用化疗进行治疗的患者的总生存率的比较。将Her2＞1825amol/μg的患者与Her2＜1825amol/μg的患者进行数据比较。
详细说明
提供了用于确定癌症患者是否将以有利的方式临床应答特异性靶向Her2蛋白质的癌症治疗剂的定量方法。具体而言，提供了用于测量来自患者的肿瘤样品或样品中Her2蛋白质的诊断方法，并且所得到的定量数据用于指导针对该患者的后续治疗决策。所述样品有利地是福尔马林固定的。使用测量特定Her2肽片段的SRM/MRM测定，以及关于该肽的特定特征，确定来源于福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织的细胞中的Her2的含量。肽片段来源于全长Her2蛋白质(ICD)的细胞内域，并具有ELVSEFSR序列。令人惊讶的是，已经发现这种肽可以在由肿瘤组织的FFPE样品制备的消化物中进行可靠地检测和定量。参见申请号为13,993,045的美国专利，其内容通过引用全文纳入本文。
更具体地，SRM/MRM测定可直接测量由从诸如福尔马林固定的癌症患者组织的患者组织样品取得的细胞制备的复杂蛋白质裂解物样品中的这种肽。由福尔马林固定的组织制备蛋白质样品的方法描述在美国专利第7,473,532号中，其内容通过引用全文纳入本文。美国专利号7,473,532中描述的方法可使用获自表达病理学公司(Expression PathologyInc.)(马里兰州罗克维尔)的Liquid Tissue试剂和方案方便地进行。
来自癌症患者的组织以及癌组织的最广泛且可方便获得的组织形式为福尔马林固定的石蜡包埋的组织。手术切除的组织的甲醛/福尔马林固定是迄今为止在全世界保存癌症组织样品的最常见方法，并且是用于标准病理学实践的公认惯例。甲醛水溶液被称为福尔马林。“100％”福尔马林由甲醛在水中的饱和溶液(这是40体积％或37重量％)组成，其含有少量用于限制氧化和聚合程度的稳定剂，通常为甲醇。保藏组织的最常用方式是将整个组织在通常称为10％中性缓冲福尔马林的甲醛水溶液中长时间(8小时至48小时)浸泡，接着在室温下将固定的整个组织包埋在石蜡中以便长期储存。因此，分析福尔马林固定的癌症组织的分子分析方法将是用于分析癌症患者组织的最被接受且大量利用的方法。
SRM/MRM测定的结果可用于关联自其中收集并保藏组织的患者的特定癌症内的Her2蛋白质的准确且精确的定量水平。这不仅提供有关癌症的诊断信息，还提供指导医生或其他医疗专家对病人进行适当治疗的客观标准。在这种情况下，利用该测定可以提供有关癌组织中特定Her2蛋白质表达水平并指示患者是否将以有利的方式来应答使用抗癌治疗剂的疗法的信息，所述癌组织来自患者，所述抗癌治疗剂被设计为用以特异性抑制功能和/或减少Her2蛋白质的存在。
使用抗Her2治疗剂治疗癌症患者是防止癌症生长和延长癌症患者(包括患有妇科癌症、食道癌、胆囊癌、胰腺癌、乳腺癌、肺癌和胃癌的癌症患者)寿命的最常见和最有效的策略之一。妇科癌症可以包括例如宫颈癌、卵巢癌、子宫癌、阴道癌和外阴癌。
Her2蛋白质是上皮细胞上表达的信号受体蛋白质，通常，Her2受体帮助控制健康细胞如何生长、分裂和自身修复。然而，在一些癌症中，癌细胞产生太多的Her2受体(Her2蛋白质过度表达)。这使得细胞以不受控制的方式成长和分裂。在许多情况下，这种蛋白质过度表达伴随着已扩增的Her2基因，导致该基因大量复制(称为Her2基因扩增)。在许多情况下，这些额外的Her2基因复制会引起Her2受体的增加表达(Her2蛋白质过度表达)。因此，对于临床医生来说，知道患者的癌细胞中是否有太多Her2蛋白质是有用的，因为有几种抗Her2治疗剂可用于治疗对Her2呈阳性的癌症。
目前有两个用于确定癌症患者是否为抗Her2治疗策略候选者的基本测试。这两个测试均使用来自患者的肿瘤样品的薄切片。第一个测试为IHC(免疫组织化学)测试，其采用抗体来检测癌细胞中的Her2蛋白质，并寻求确定那些细胞中是否有过多的Her2蛋白质。IHC测试的结果可以是：0(阴性)、1+(也是阴性)、2+(临界)或3+(阳性-Her2蛋白质过度表达)。第二测试为FISH(荧光原位杂交)测试，其旨在测量癌细胞中是否有太多的Her2基因复制。FISH测试结果可以是阳性(Her2基因扩增)或阴性(无Her2基因扩增)。该测试推断Her2基因扩增导致Her2蛋白质的过度表达，但不直接提供对Her2蛋白质表达的测量。
通常，只有测试IHC 3+或FISH阳性的癌症才可能对靶向Her2阳性癌症的治疗剂有应答。IHC 2+测试结果认为是临界的，如果肿瘤评分为IHC 2+，那么采用更加精确的Her2FISH测试来重新测试组织。IHC或FISH测试都不能提供预测针对抗HER2治疗剂敏感性的定量数据，例如对HER2阳性群体中曲妥珠单抗的敏感性。
研究表明，一些Her2状态测试结果可能是错误的。这可能是因为不同的实验室对于阳性和阴性的Her2状态分类具有不同的规则。运行测试的每位病理学家也可以使用不同的标准来确定结果是阳性的还是阴性的。在大多数情况下，当测试结果是临界的时候会发生这种情况，这意味着结果既不是强的Her2阳性，也不是Her2阴性。在其他情况下，来自肿瘤的一个区域的组织可测试为Her2阳性，而来自肿瘤的不同区域的组织则测试为Her2阴性。Her2测试结果不准确可能意味着被诊断为患有癌症的患者没有得到最佳护理。如果全部或部分癌症为Her2阳性，但测试结果将其归类为HER2阴性，那么即使患者可能从这些药剂中受益，医生不太可能推荐抗Her2治疗。如果一个癌症为Her2阴性，但测试结果将其归类为HER2阳性，那么即使患者不太可能获得任何益处而且还暴露于该药剂的二级风险，医生也可能推荐抗Her2治疗。
在病理学报告中，具有Her2基因扩增和/或Her2蛋白质过度表达的癌症称为Her2阳性。与Her2阴性癌症相比，Her2阳性癌症倾向于增长更快并且更可能扩散和复发。然而，治疗剂可用于特异性地结合并抑制Her2蛋白质功能，并且在患者的肿瘤对Her2测试为阳性时进行处方施用。例如，最常使用的抗Her2剂是赫赛汀(Herceptin)(化学名称：曲妥珠单抗(trastuzumab))，一种单克隆抗体其通过将自身附着于癌细胞上的Her2受体并阻断它们接受生长信号而进行作用。通过阻断这些信号，赫赛汀可能有助于减缓甚至阻止癌症的发展。除了阻断Her2受体之外，赫赛汀还可以通过提醒免疫系统以破坏与其结合的癌细胞来帮助抵抗癌症。
对于一些晚期Her2阳性癌症患者而言，另一种抗Her2治疗选择是Tykerb(化学名：拉帕替尼(lapatinib))。Tykerb通过干扰某些导致细胞生长和分裂异常的蛋白质来进行作用。Tykerb可与其他非Her2靶向药剂组合使用，所述其他非Her2靶向药剂例如：1)希罗达(Xeloda)(化学名：卡培他滨(capecitabine))，一种化学疗法，用于治疗已经对其他形式的化学疗法(诸如蒽环类药物和紫杉烷类以及赫赛汀)停止应答的晚期HER2阳性癌症，2)富马乐(Femara)(化学名称：来曲唑(letrozole))，一种激素疗法，用于治疗被诊断为激素受体阳性、HER2阳性晚期癌症的绝经后妇女。其他抗Her2治疗剂包括但不限于培妥珠单抗(pertuzumab)(一种抑制Her2与其他HER蛋白质二聚化的抗体)和来那替尼(neratinib)(一种抑制Her2和EGFR的激酶活性的激酶抑制剂)。
因此，正确评估肿瘤(尤其是肿瘤)中的Her2蛋白质的定量水平的能力则具有重大的临床价值，以使患者接受最佳治疗的机会最大。
通过SRM/MRM方法学在质谱中确定肽的检测和确定特定Her2片段肽的定量水平，由此在复杂肽混合物中确定每个肽的SRM/MRM特征色谱峰面积，所述复杂肽混合物存在于Liquid Tissue裂解物(参见上述第7,473,532号美国专利)中。然后通过SRM/MRM方法学确定Her2蛋白质的定量水平，由此将来自一个生物样品中Her2蛋白质的单个特定肽的SRM/MRM特征色谱峰面积与针对单独特定Her2片段肽的已知含量的“掺入”内标物的SRM/MRM特征色谱峰面积相比较。
在一个实施方式中，该内标物为合成形式的完全相同的Her2片段肽，其含有用一种或多种重同位素标记的一个或多个氨基酸残基。合成这类同位素标记的内标物，使得质谱分析产生可预测且一致的SRM/MRM特征色谱峰，其与天然Her2片段肽色谱特征峰不同且截然不同并可用作比较峰。因此，当内标物以已知含量掺入来自生物样品的蛋白质或肽制剂中并通过质谱分析时，可将天然肽的SRM/MRM特征色谱峰面积与内标肽的SRM/MRM特征色谱峰面积相比较，并且该数值比较显示来自生物样品的原始蛋白质制剂中存在的天然肽的绝对摩尔浓度和/或绝对重量。片段肽的定量数据根据每种样品中所分析的蛋白质的含量来显示。
为了开发Her2片段肽的SRM/MRM测定，除了简单的肽序列以外，质谱还需要使用额外信息。该额外信息允许质谱(例如三重四极质谱)对特定Her2片段肽进行准确且集中的分析。当进行SRM/MRM测定时，重要的考虑在于这样的测定可在三重四极质谱上有效地进行。该类型的质谱可能被认为是分析非常复杂的蛋白质裂解物中单个分离的靶标肽的最合适仪器，所述蛋白质裂解物可由来自细胞内所含的全部蛋白质的数十万至数百万个单独肽组成。所述额外信息提供了具有正确指示的三重四极质谱，以允许分析非常复杂的蛋白质裂解物中单个分离的靶标肽，所述蛋白质裂解物可由来自细胞内所含的全部蛋白质的数十万至数百万个单独肽组成。
尽管SRM/MRM测定可在任何类型的质谱(包括MALDI、离子阱或三重四极)上开发和执行，但通常认为三重四极仪器平台是目前用于SRM/MRM测定的最有利的仪器平台。通常关于靶标肽的额外信息，特别是关于特定Her2片段肽的额外信息，可以包括各肽单同位素质量、其前体带电状态、前体m/z值、m/z过渡离子和各过渡离子的离子类型中的一种或多种。表1中显示了该特定Her2片段肽的肽序列和该特定Her2片段肽所述的必要额外信息。
表1
为了确定用于Her2定量合适的参考水平，从患有癌症(例如胃癌)的患者群组(cohort)中获得肿瘤样品。使用标准方法将肿瘤样品进行福尔马林固定，并使用如上所述的方法来测量样品中Her2的水平。还可以通过本领域公知的方法采用IHC和FISH来检查组织样品。群组中的患者采用抗-Her2治疗剂(例如曲妥珠单抗(trastuzumab))与标准化疗(例如紫杉醇)进行联合治疗，并使用本领域公知的方法来测量患者的应答，例如在治疗后通过每隔一段时间记录患者的总生存率。可以使用本领域公知的统计方法来确定合适的参考水平，例如通过确定对数秩(log rank)测试的最低p值。
一旦确定了参考水平，就可以将其用于识别那些Her2表达水平足够高以至于他们可能从他们的治疗方案中所包含的抗Her2治疗剂中获益的患者，也可一起鉴定那些Her2表达水平足够低以至于使用抗Her2药剂不太可能具有治疗益处的患者。本领域技术人员将认识到，使用抗Her2药剂作为利用另外药物或药物组合的方案的一部分。采用非靶向标准化疗治疗癌症的治疗方案是本领域已知的，并且所使用的药物可包括氟尿嘧啶(fluorouracil)、拉米卡单抗(Cyramza)(雷莫芦单抗(Ramucirumab))、多西紫杉醇(Docetaxel)、盐酸多柔比星(Doxorubicin Hydrochloride)、赫赛汀(Herceptin)(曲妥珠单抗(Trastuzumab))和丝裂霉素C(Mitomycin C)。用于胃癌的药物组合包括FU-LV(氟尿嘧啶+亚叶酸(leucovorin))、TPF(多西紫杉醇、顺铂(cisplatin)和氟尿嘧啶)和XELIRI(卡培他滨(Capecitabine)+盐酸依立替康(IrinotecanHydrochloride))。这些药物中的一种或多种可以单独使用，也可组合使用，其结果极为相似，而且历史上没有一个药剂对别的药剂显示出更好的应答。因此，该整组药剂并不靶向特定的癌蛋白质，因此认为是标准化疗，并且在治疗和结果方面可更加互换。然而，历史上已经表明，在与不使用标准化疗治疗患者相比时，采用一种或多种这些标准化疗剂来治疗胃癌患者和一般癌症患者实际上在无进展生存率(progression-free survival，简称PFS)和总生存率(overall survival，简称OS)中显示出了显著的改善。
尽管可以使用其他单位，但通过患者样品中的SRM而确定的Her2水平通常是以amol/μg来表示的。本领域技术人员将认识到，参考水平可表示为围绕中心值的范围，例如，+/-250、150、100、50或25amol/μg。在下面详细描述的具体实施例中，发现合适的参考水平为1825amol/μg，但技术人员将认识到，可基于临床结果和经验来选择高于或低于该值的水平。已经发现，对于许多癌症(例如妇科癌症、食道癌、胆囊癌、胰腺癌、乳腺癌、肺癌和胃癌)而言，约2000amol/μg或更高的水平(可选择地为2000+/-250、150、100、50或25amol/μg)可预测对包含曲妥珠单抗的治疗方案的应答。
实验数据显示出了针对HER2阳性胃癌群体中曲妥珠单抗敏感性的HER2蛋白质表达水平的预测值的发展。
患者
来自首尔国立大学医院(Seoul National University Hospital)共计249名患者被鉴定为组织学确诊的复发或转移性胃癌。在治疗之前收集福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)的活检组织，通过免疫组织化学(IHC)和/或FISH分析Her2。本研究共使用了总计153名患者，所述患者通过IHC和/或FISH确定为Her2+。对通过组合曲妥珠单抗和标准化疗进行治疗的共计95名患者(群组(Cohort)1)进行分析并用于生存分析，同时对仅通过标准化疗进行治疗的共计58名患者(群组(Cohort)2)的对照群体进行分析并用于生存分析。
方法
将来自该研究中所有153位患者的FFPE肿瘤组织进行显微切割，以收集肿瘤细胞，并使用如上所述的Liquid Tissue试剂进行溶解，从而用于下游质谱分析。采用通过在所有患者上的选择反应监测方法(SRM)的质谱来定量Her2蛋白质水平。通过Kaplan-Meier方法来评估这些患者群体的无进展生存率(progression-free survival，简称PFS)和总生存率(overall survival，简称OS)作为Her2蛋白质水平的函数。Cox回归模型适用于评估对比HER2效果，所述Cox回归模型包括HER2蛋白质水平与治疗组(曲妥珠单抗与化疗或单独化疗)之间的相互作用项。通过对数秩(log rank)测试的最低p值来确定用以预测曲妥珠单抗敏感性的HER2SRM的最佳临界值。
结果
表2中示出了通过组合曲妥珠单抗+标准化疗进行治疗的第1群组95位患者的组织学特征。
表2
HER2+
Tmab+
N＝95
除非另有说明，数据以N(％)来表示。
缩写：Tmab为曲妥珠单抗，ECOG为东部肿瘤协作组，GEJ为胃食管交界处，PCC为粘连性差的癌，OS为总生存率，HR为危险几率。
包含印戒特征：纯印戒细胞癌(即粘连性较差的癌)或含有印戒特征的腺癌。
确定每个个体患者肿瘤的Her2水平，并且所得Kaplan-Meier曲线显示出对采用曲妥珠单抗+化疗进行治疗的患者则有显著益处，所述患者的Her2水平高于由对数秩测试的最低p值而确定的临界值1825amol/ug(＞1825amol/ug)。如图1所示，＞1825amol/ug的群组1和＜1825amol/ug的群组1之间的对比显示出PFS的显着差异，其中＞1825amol/ug的群组1的PFS＝10.6个月，而＜1825amol/ug的群组1的PFS＝7个月。统计分析表明，p值＝0.0200，这是一个具有统计学上显著性的发现。
图1还显示了，在与仅接受标准化疗的群组2相比时，＞1825amol/ug的群组1甚至从使用曲妥珠单抗+化疗的治疗中获得了更加显著的益处。＞1825amol/ug的群组1中的患者显示出PFS＝10.6个月，而群组2中的患者显示出PFS＝6个月。统计分析表明，p值＝0.0020，这是一个具有统计学上显著性的发现。
图1还显示了，＜1825amol/ug的群组1患者(曲妥珠单抗+化疗)与群组2患者(单独化疗)之间的比较。该比较显示出了非常相似的PFS，其中＜1825amol/ug的群组2患者显示出PFS＝7个月，群组1患者显示出PFS＝6个月。通过对数秩测试的统计分析表明，针对该对比的p值＝0.500显示出，相比于患者Her2值＜1825amol/ug的单独标准化疗，采用抗-Her2药剂曲妥珠单抗治疗Her2+患者并没有获得显著的益处。
类似的结果表明，在相同的统计学方法下，在总生存率(OS)方面实现了针对患者曲妥珠单抗治疗的益处，所述患者来自＞1825amol/ug的群组1。Kaplan-Meier曲线显示出在OS方面使用曲妥珠单抗+化疗进行治疗的患者获得了显著的益处，所述患者的Her2水平高于由对数秩测试的最低p值而确定的临界值1825amol/ug(＞1825amol/ug)。如图2所示，＞1825amol/ug的群组1和＜1825amol/ug的群组1之间的对比显示出PFS的显着差异，其中＞1825amol/ug的群组1的OS＝35个月，而＜1825amol/ug的群组1的PFS＝17.5个月。统计分析表明，p值＝0.0110，这是一个具有统计学上显著性的发现。
图2进一步显示在与仅接受标准化疗的群组2相比时，＞1825amol/ug的群组1甚至从使用曲妥珠单抗+化疗的治疗中获得了更加显著的益处。＞1825amol/ug的群组1中的患者显示出OS＝35个月，而群组2中的患者显示出OS＝11.9个月。统计分析表明，p值＝0.0006，这是一个具有统计学上显著性的发现。
图2还显示了，＜1825amol/ug的群组1患者(曲妥珠单抗+化疗)与群组2患者(单独化疗)之间的比较。该比较显示出了非常相似的OS，其中＜1825amol/ug的群组1患者显示出OS＝17.5个月，群组2患者显示出PFS＝11.9个月。通过对数秩测试的统计分析表明，针对该对比的p值＝0.331显示出，相比于单独化疗，采用抗-Her2药剂曲妥珠单抗+化疗来治疗Her2+患者并没有获得显著的益处，所述Her2+患者显示出Her2值＜1825amol/μg。
序列表
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<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 8
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
Glu Leu Val Ser Glu Phe Ser Arg
1 5

Claims (22)

1.一种治疗患有癌症的患者的方法，包括：
(a)定量由获自患者的肿瘤样品制备的蛋白质消化物中特定Her2片段肽的水平，并通过选择反应监测使用质谱来计算所述样品中所述Her2肽的水平；
(b)将所述Her2片段肽的水平与参考水平进行比较，以及
(c)当所述Her2片段肽的水平高于所述参考水平时，采用包含有效量的抗Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗，或
(d)当所述Her2片段肽的水平低于所述参考水平时，采用不包含有效量的抗Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平约为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-250amol/μg、+/-150amol/μg、+/-100amol/μg、+/-50amol/μg、±25amol/μg，并且所述癌症选自由妇科癌症、食道癌、胆囊癌、胰腺癌、乳腺癌以及肺癌构成的组。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-250amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-150amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-100amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-50amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考水平为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-25amol/μg，并且其中所述癌症是胃癌。
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述生物样品的所述蛋白质消化物通过Liquid Tissue方案制备。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述蛋白质消化物包含蛋白酶消化物。
10.根据权利要求8所述的方法，其中所述蛋白质消化物包含胰蛋白酶消化物。
11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中质谱包括串联质谱、离子阱质谱、三重四极质谱、MALDI-TOF质谱、MALDI质谱、混合离子阱/四极质谱和/或飞行时间质谱。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所使用的质谱的模式是为选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述特定Her2肽具有如SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列。
14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述肿瘤样品为细胞、细胞集合或实体组织。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述肿瘤样品为福尔马林固定的实体组织。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述组织为石蜡包埋的组织。
17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中定量特定Her2片段肽包括通过与已知含量的掺入的内标肽进行比较，确定所述样品中所述Her2肽的含量，其中生物样品中的天然肽和内标肽均对应于如SEQ ID NO：1中所示的Her2片段肽的相同氨基酸序列。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述内标肽为同位素标记的肽。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述同位素标记的内标肽包含一种或多种选自18O、17O、15N、13C、2H或其组合的重稳定同位素。
20.根据权利要求18所述的方法，其中检测和定量所述特定Her2片段肽可与检测和定量来自其它多重蛋白质中的其它肽进行组合，以使得有关哪种药剂用于治疗的治疗决定是基于特定Her2片段肽的特定水平进行的，所述特定Her2片段肽与生物样品中其他肽/蛋白质相组合。
21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述特定肽的所述水平高于所述参考水平时，则所述抗-Her2治疗剂包含曲妥珠单抗。
22.根据权利要求1-20中任一项所述的方法，其中当所述特定肽的所述水平低于所述参考水平时，则治疗性治疗不包含所述抗-Her2治疗剂曲妥珠单抗。
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