CN107604072A - 胶质瘤预后标志物circ15:98707562|98708107的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明属于生物技术领域，公开了一种胶质瘤预后标志物circ15:98707562|98708107的应用。即检测circRNA circ15:98707562|98708107表达量的试剂用于制备胶质瘤患者的预后制剂。通过研究证实胶质瘤中circRNA circ15:98707562|98708107表达量较高的患者，拥有更高的术后生存率。通过检测胶质瘤患者胶质瘤组织中circRNA circ15:98707562|98708107的表达水平，从而对胶质瘤患者做出预后判断。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域，涉及一种用于胶质瘤预后的脑组织来源的circRNA标志物的应用，即检测该标志物的试剂在制备胶质瘤预后制剂中的应用。
背景技术
脑胶质瘤是成年人最为频发的脑肿瘤疾病，占颅内肿瘤的40.49％。从确诊开始，脑胶质瘤患者平均生存寿命不超过五年。为了诊治胶质瘤这种与遗传物质相关性极高的恶性疾病，必须在分子生物学水平，从遗传信息表达的方面来探索其发病机理。目前而言胶质瘤的诊断和治疗方法虽处于不断改进阶段，但是胶质瘤患者生存率并没有明显提高。胶质瘤诊断仍然处于以临床、病理学和影像学信息为基础的经验性阶段，而且一经诊断，绝大多数均为中晚期，手术后的生存率不容乐观。因此，寻找胶质瘤预后标志物对患者进行预后分析，以及提高胶质瘤患者的术后生活质量，并相应地选择合理的后续治疗方案，提高生存率，是神经科学领域亟待解决的研究任务。
circRNA是一类广泛且多样地存在于哺乳动物细胞中、具有调控基因表达作用的内源性非编码RNA分子，具有共价闭合的环形结构，广泛存在于各种细胞中，也是继microRNA(miRNA)后RNA家族的最新研究热点。近年来，随着深度测序技术的广泛应用和生物物理和信息学技术的快速发展，人们发现人类许多外显子的转录本可被非线性地反向剪接或通过基因重排而形成circRNA，且它们在所有剪接转录本中占了相当大的比例，并具有丰富性、稳定性、高保守性和时空特异性等特征，有作为诸多疾病分子标志物的潜力。
发明内容
本发明的目的是提供检测脑组织中circRNA circ15:98707562|98708107表达量的试剂在制备胶质瘤预后制剂中的应用，该circRNA circ15:98707562|98708107序列如SEQ NO:1所示。
所述的检测脑组织中circ15:98707562|98708107表达量的试剂为实时荧光定量PCR检测试剂。
所述的实时荧光定量PCR检测试剂包括进行实时荧光定量PCR的特异性引物，序列如SEQ NO:2和3所示。
所述的实时荧光定量PCR检测试剂为试剂盒，
所述的试剂盒，除circ15:98707562|98708107的引物外，还含有从脑组织中提取RNA并进行逆转录及荧光定量PCR的所有试剂。包括：
(1)从胶质瘤组织中抽提总RNA所用试剂，包括RNA稳定溶液、Trizol试剂、三氯甲烷、异丙醇、无酶水；
(2)以总RNA为模板将circRNAcirc15:98707562|98708107逆转录为cDNA所用试剂，包括逆转录缓冲液、三磷酸碱基脱氧核苷酸、RNA酶抑制剂、MMLV逆转录酶以及circRNAcirc15:98707562|98708107所用随机引物；
(3)将cDNA实时定量PCR所用试剂，包括circRNA circ15:98707562|98708107实时荧光定量PCR特异性引物、GAPDH内参特异性PCR引物、实时荧光定量SYBR染料、无酶水。
本发明研究证实脑组织来源的circRNA circ15:98707562|98708107可用于胶质瘤患者预后分析，脑组织来源的circRNA circ15:98707562|98708107表达量与患者术后生存率具有相关性。因此，可用于胶质瘤患者的预后分析。
申请人通过荧光定量PCR对41例胶质瘤组织与12例正常脑组织发现进行分析发现，circ15:98707562|98708107在两者中的表达差异明显(P＜0.0001)，后对其中15例胶质瘤患者进行生存曲线分析，发现胶质瘤组织来源的circRNAcirc15:98707562|98708107与患者的生存率相关，含量越高，生存率越高。此法为胶质瘤的预后分析提供了强有力的技术支持，有助于提高胶质瘤患者的术后生活质量，制订术后治疗方案，提高生存率，具有深远的临床意义和推广性。
附图说明
图1为实时荧光定量PCR分析circ15:98707562|98708107在胶质瘤组织与正常脑组织中表达差异；
图2为ROC曲线分析脑组织来源的circ15:98707562|98708107对胶质瘤与正常脑组织差异的特异性、灵敏性；circ15:98707562|98708107作为生物标记物对胶质瘤具有较高诊断价值(AUC＝0.942，P＜0.001，敏感度和特异度分别为75％和96.7％)。
图3为生存曲线分析胶质瘤组织来源的circRNA circ15:98707562|98708107与患者生存率的相关性。
具体实施方式
以下结合实施例旨在进一步说明本发明，而非限制本发明。
实施例1制备检测circRNA circ15:98707562|98708107表达量的试剂用于制备胶质瘤患者预后的试剂盒(50次反应)
1.RNA稳定溶液50ml
2.异丙醇100ml
3.三氯甲烷100ml
4.Trizol(来自Molecular Research Center公司)50ml
5.无酶水10ml
6. 1μM随机逆转录引物(Thermo公司)50μl
7. 5×逆转录缓冲液(Thermo公司)200ml
8. 10mM三磷酸碱基脱氧核苷酸(Thermo公司)100μl
9. 40U/μl RNA酶抑制剂(Thermo公司)500μl
10. 200U/μl MMLV逆转录酶(Thermo公司)50μl
11.Premix Ex Taq(Thermo公司)50μl
12. 10μM circRNA circ15:98707562|98708107实时荧光定量PCR特异性引物30μl
circRNA circ15:98707562|98708107正向引物：5'-CCGATGTGTGAGAAGACCA-3'，
circRNA circ15:98707562|98708107反向引物：5'-TGGAGATGAGCAGGATGTG-3'；
13. 10μM GAPDH特异性引物30μl
正向引物为5’-ATCATCAGCAATGCCTCCT-3’，
反向引物为5’-CATCACGCCACAGTTTCC-3’。
实施例2circRNA circ15:98707562|98708107在胶质瘤组织的表达量与预后的关系
1、胶质瘤组织的保存：收集待测胶质瘤组织存放于盛有RNA稳定溶液的冻存管中，放至-80℃冰箱备用。
2、组织中RNA的抽提：取适量标本于经180℃烘烤6-8h后的研钵中加入液氮研磨标本，研磨至粉末状后于研钵中加入1ml Trizol研钵标本，研磨成液体状后用移至tube管，于冰上静止裂解15分钟。裂解结束后4℃，12000rpm离心10min，上清液移至新的tube管。加氯仿200μl于Tube中，用手震荡15-30s，冰上放置15min，4℃12000rPm离心15min；小心取上层水相入新tube中，加入预冷的异丙醇0.5ml混匀，冰上静置20min，4℃12000rPm离心10min；弃上清，加入75％DEPC水稀释的乙醇1-2ml混匀，4℃，7500rPm离心5min，尽量弃上清，室温干燥5-10min，加入DEPC水10-20μl溶解RNA，-80℃保存。
3、circRNA circ15:98707562|98708107逆转录：使用Thermo公司的逆转录试剂盒。20μl逆转录反应的体系如下：
| 成分 | 剂量/管 |
| 随机逆转录引物(1μM) | 1μl |
| RNA样本 | 2μg |
| 无酶水 | To 12μl |
逆转录第一步条件：65℃5分钟
| 成分 | 剂量/管 |
| 5×逆转录缓冲液 | 4μl |
| 三磷酸碱基脱氧核苷酸(10mM) | 2μl |
| RNA酶抑制剂(40U/μl) | 1μl |
| MMLV逆转录酶(200U/μl) | 1μl |
| 第一步PCR的产物 | 12μl |
| 总体积 | 20μl |
逆转录第二步程序：25℃5分钟，42℃60分钟，70℃5分钟。
4、汉恒生物科技(上海)有限公司合成的circRNA circ15:98707562|98708107特异性引物进行实时定量PCR：先将逆转录产物稀释10倍，混匀。20μl反应体系如下：
PCR的特异性引物：
正向引物：5'-CCGATGTGTGAGAAGACCA-3'，
反向引物：5'-TGGAGATGAGCAGGATGTG-3'。
GAPDH内参特异性PCR引物：
正向引物为5′-ATCATCAGCAATGCCTCCT-3′，
反向引物为5′-CATCACGCCACAGTTTCC-3′。
实时荧光定量PCR反应程序：95℃3分钟,40个循环，95℃10秒，60℃30秒。
5、2-ΔΔCT的标定：用2-ΔΔCT表示对于对照组变化的倍数，其中△CT＝CT样本–CT内参，△△CT＝△CT病例–△CT对照。本实验数据采用相对定量的分析方法，GAPDH作为内参基因(引物见序列表SEQ NO:4和5)，胶质瘤患者△CT的平均值为对照。数据利用软件GraPhPad Prism和SPSS进行分析。申请人通过荧光定量PCR对41例胶质瘤组织与12例正常脑组织发现进行分析发现，circ15:98707562|98708107在两者中的表达差异明显(P＜0.0001)。
6、图2的ROC曲线分析脑组织来源的circ15:98707562|98708107对胶质瘤与正常脑组织差异的特异性、灵敏性；circ15:98707562|98708107作为生物标记物对胶质瘤具有较高诊断价值(AUC＝0.942，P＜0.001，敏感度和特异度分别为75％和96.7％)。
7、对16位患者预后生存曲线分析发现，与胶质瘤组织中circRNAcirc15:98707562|98708107低表达(低于平均值)的患者相比，胶质瘤组织中circRNA circ15:98707562|98708107高表达(高于平均值)的患者存活率更高，差异有显著性(P＝0.060)。
以上研究表明，circ15:98707562|98708107可作为胶质瘤患者预后的特异性子标志物。
序列表
<110> 中南大学湘雅医院
<120> 胶质瘤预后标志物circ15:98707562|98708107的应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 546
<212> RNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
ucugcgggcc aggcaucgac auccgcaacg acuaucagca gcugaagcgc cuggagaacu 60
gcacggugau cgagggcuac cuccacaucc ugcucaucuc caaggccgag gacuaccgca 120
gcuaccgcuu ccccaagcuc acggucauua ccgaguacuu gcugcuguuc cgaguggcug 180
gccucgagag ccucggagac cucuucccca accucacggu cauccgcggc uggaaacucu 240
ucuacaacua cgcccugguc aucuucgaga ugaccaaucu caaggauauu gggcuuuaca 300
accugaggaa cauuacucgg ggggccauca ggauugagaa aaaugcugac cucuguuacc 360
ucuccacugu ggacuggucc cugauccugg augcgguguc caauaacuac auugugggga 420
auaagccccc aaaggaaugu ggggaccugu guccagggac cauggaggag aagccgaugu 480
gugagaagac caccaucaac aaugaguaca acuaccgcug cuggaccaca aaccgcugcc 540
agaaaa 546
<210> 2
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 2
ccgatgtgtg agaagacca 19
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 3
tggagatgag caggatgtg 19
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 4
atcatcagca atgcctcct 19
<210> 5
<211> 18
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 5
catcacgcca cagtttcc 18
Claims (3)
1.检测脑组织中circRNA circ15:98707562|98708107表达量的试剂在制备胶质瘤预后制剂中的应用，该circRNA circ15:98707562|98708107序列如SEQ NO:1所示。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述的检测脑组织中circ15:98707562|98708107表达量的试剂为实时荧光定量PCR检测试剂。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述的实时荧光定量PCR检测试剂包括进行实时荧光定量PCR的特异性引物，序列如SEQ NO:2和3所示。
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