CN107523629A - 无头精子症致病基因新突变及其应用 - Google Patents
无头精子症致病基因新突变及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN107523629A CN107523629A CN201710868727.5A CN201710868727A CN107523629A CN 107523629 A CN107523629 A CN 107523629A CN 201710868727 A CN201710868727 A CN 201710868727A CN 107523629 A CN107523629 A CN 107523629A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- sun5
- mutation
- head
- disease
- genes
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/36—Gynecology or obstetrics
- G01N2800/367—Infertility, e.g. sperm disorder, ovulatory dysfunction
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
无头精子症致病基因新突变及其应用,涉及无头精子症疾病的标记物及其应用。经过大规模筛选,首次发现无头精子症致病基因SUN5新突变。以无头精子症多个患病家系及患病个体为研究对象,对家系中的患病个体进行了外显子组测序和比较,发现不同患者携带SUN5基因新突变。利用这些突变可以对无头精子症进行检测。
Description
技术领域
本发明涉及基因,尤其是涉及无头精子症致病基因新突变及其应用。
背景技术
无头精子症(acephalic spermatozoa)是一种隐性遗传的导致男性不育的畸形精子症,是一种罕见的遗传疾病,其主要临床特征是精子没有头部或者头部与尾部之间连接松散。早期研究中也有文献称这个病为断头精子症(decapitated spermatozoa)、大头针状精子(pinhead sperm)。国际早期的分子发病机制研究发现SUN5基因发生了突变(Zhu F,Wang F,Yang X,Zhang J,Wu H,Zhang Z,He X,Zhou P,Wei Z,Gecz J and CaoY.Biallelic SUN5Mutations Cause Autosomal-Recessive Acephalic SpermatozoaSyndrome.Am J Hum Genet.2016;99(4):942-949)。
目前,无头精子症的基因突变谱尚未完全发现,基因型和表现型的关系也不明确。目前单基因疾病的研究开始大量采用全外显子组测序(whole-exome sequencing)及全基因组测序(whole-genome sequencing)的方法,这两种方法被成功地应用于发现稀有单基因疾病的致病基因。全外显子组测序及全基因组测序技术已被证明为降低稀有单基因疾病候选基因甚至发现其致病基因的有力、有效手段。仅通过对几个很少的个体(包括患者及正常对照)的全外显子组或基因组进行测序来筛选与疾病相关的变异,其成功率大为提升。
因此本领域对无头精子症的研究尚不清晰,对造成该疾病的原因更不明了,因此本领域迫切需要对无头精子症的致病机理进行研究,找到致病基因及新的突变位点。
发明内容
本发明的第一目的在于提供无头精子症的生物标记物。
本发明的第二目的在于提供一种检测无头精子症的方法。
本发明的第三目的在于提供通过PCR检测SUN5基因或SUN5蛋白突变中使用的引物对。
本发明的第四目的在于提供与突变SUN5基因互补的核酸探针。
本发明的第五目的在于提供检测突变SUN5基因或SUN5蛋白的试剂盒,。
本发明的第六目的在于提供检测突变SUN5基因的试剂盒。
本发明通过外显子组测序的方法确定无头精子症的新致病基因。
所述无头精子症的生物标记物为突变的SUN5基因或SUN5蛋白,所述生物标记物是具有选自如下的突变的SUN5基因或SUN5蛋白:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7)。
所述突变的SUN5基因为SEQ ID NO:1的序列中具有以下突变:
在外显子6中移码突变(c.381delA)。
所述突变的SUN5蛋白为SEQ ID NO:2的序列中具有以下突变:
在外显子6中移码突变(p.V128Sfs*7)。
所述突变的SUN5蛋白为SEQ ID NO:2的序列中具有外显子6中移码突变(p.V128Sfs*7)。
所述突变的SUN5蛋白的序列是SEQ ID NO:5。
所述一种检测无头精子症的方法,包括检测受试者的SUN5基因或SUN5蛋白中是否存在突变位点,若有突变位点,则所述受试者被鉴定为患有无头精子症或易患无头精子症,所述突变位点选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7)。
所述SUN5蛋白为SEQ ID NO:2的序列表示。
所述SUN5基因为SEQ ID NO:1的序列表示。
所述检测无头精子症的方法包括如下至少一组引物扩增的步骤:
SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4。
所述检测无头精子症的方法中检测突变位点通过选自如下的技术进行:测序、电泳、核酸杂交、原位杂交、PCR、逆转录酶链反应和变性高效液相色谱。
所述通过PCR检测SUN5基因或SUN5蛋白突变中使用的引物对,所述突变是选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7),
其中,所述引物对分别基于选自如下的位置前后设计,使得扩增该位置:381,编号基于SUN5的cDNA序列。
所述与突变SUN5基因互补的核酸探针,所述突变是选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7);
所述探针与突变SUN5基因的互补区包括选自如下的位置:381,编号基于SUN5的cDNA序列。
所述检测突变SUN5基因或SUN5蛋白的试剂盒,包含至少一组引物对,其中所述突变是选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7),
其中,所述引物对分别基于选自如下的位置前后设计,使得其扩增产物涵盖该位置:381,编号基于SUN5的cDNA序列。
所述检测突变SUN5基因或SUN5蛋白的试剂盒包含选自如下的至少一组引物:
SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4。
所述检测突变SUN5基因的试剂盒,包含至少一个核酸探针,所述突变是选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7),
所述探针与突变SUN5基因上包含选自如下的位置的区域互补:381,编号基于SUN5的cDNA序列。
本发明将为无头精子症的发病机制研究奠定重要基础,为无头精子症的患者治疗提供全新的理论依据。
具体实施方式
在本发明中,采用本领域通用表示法表示突变。例如,移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7)中,c.381delA表示DNA水平第381位缺失A,p.V128Sfs*7表示从第128位起算的6个氨基酸的移码,形成的突变蛋白质仅有133个氨基酸,如SEQ ID NO:5中所示。
野生型SUN5基因的cDNA序列如SEQ ID NO:1所示。
SEQ ID NO:2:野生型SUN5蛋白的氨基酸序列。
对于本发明中提及基因序列,本领域技术人员应当理解,实际包括互补双链的任意一条或者两条。为了方便,在本发明中,虽然多数情况下至给出了一条链,但实际上也公开了与之互补的另一条链。例如提及SUN5基因的cDNA序列,实际上包括该序列以及其互补序列。例如,提及SEQ ID NO:1,实际包括其互补序列。本领域技术人员还可以理解,利用一条链可以检测另一条链,反之亦然。
本发明中的基因序列包括DNA形式或RNA形式,公开其中一种,意味着另一种也被公开。例如提及SUN5基因的cDNA序列,实际也包括相应的RNA序列。
以下给出具体实施例。
实施例1确定无头精子症的致病基因。
收集14例无头精子症病例,所有患者均表现为不育,无头、大头针样头或头尾部连接松散等典型的无头精子症疾病特征。
对所有患者进行了全外显子组测序,具体步骤如下:
样品制备:采集所述患者及其父母家人外周血,利用试剂盒抽提外周血白细胞中的基因组DNA(QIAamp DNA Mini Kit 51304.Qiagen,USA),利用NanoDrop 2000测量DNA的浓度及纯度(Thermo Scientific,USA),所得的每个标本基因组DNA的OD260/OD280均位于1.7-2.0之间,浓度不少于100ng/μl,总量不少于30μl。
然后,对上述14个样本的外显子组序列进行了测序。测序平台为Illumina Hiseq2000,依照Illumina标准建库说明书(参见http://www.illumina.com/)进行测序,简述如下:
1)使用Illumina公司试剂盒TruSeq DNA Library Prep Kit制作DNA文库。在外显子捕获过程中使用Agilent公司试剂盒SureSelect Human All Exon V5;
2)使用Illumina公司HiSeq2000测序平台对捕获的外显子区域进行平行测序读取长度为90bp,每个样本的平均测序深度最少为100;
3)使用Burrows-Wheeler Aligner(http://bio-bwa.sourceforge.net/)将测序结果比对到人参考基因组中(hg19)。使用SAMtools将重复读取结果去除,通过GATK(https://www.broadinstitute.org/gatk/)进行调整和校准。然后使用SAMtools(http://www.samtools.sourceforge.net/)挖掘出SNVs及InDels,并用ANNOVAR(http://www.openbioinformatics.org/annovar/)命名。
将等位基因频率大于1%的突变位点剔除(参考数据库包括dbSNP,1000Genomes,Exome Aggregation Consortium(ExAC))。
4个患者在基因SUN5上具有纯合突变:通过1个家系中1名患者和2位正常人SNP筛查共分离,这些位点可能是致病位点。
结果显示参见表1。
表1
因此认为SUN5基因极有可能为无头精子症的致病基因。
实施例2在其他病例中确认上述无头精子症的致病基因。
纳入所有无头精子症患者,对SUN5基因为无头精子症的致病基因进行验证。验证中利用Sanger法测序验证SUN5基因的突变,其中考虑了家系内、家系外、散发等样本验证情况。
分别对4名患者、2名家系内正常人(即其中2名患者的父母或兄弟,他们均未发病)基因进行检测。
具体方法步骤如下:
1.DNA提取:
分别提取4名患者、2名家系内正常人的外周静脉血,按照实施例1的方法提取基因组DNA和测定DNA含量。
2.引物设计及PCR反应
引物设计参考人类基因组序列数据库hg19,具体参见表2。
a)引物序列:
表2
b)反应体系:
PCR扩增体系:
c)PCR反应条件:
94℃变性5min,然后进入每个循环,即94℃变性30s,退火(通常为55℃,根据不同引物的退火温度设定)30s,72℃延伸1min,总共设定30个循环。所有循环结束,最终72℃延伸10min,并将PCR产物保存在4或-20℃。
3)将步骤2中获得的获自4名无头精子症患者、2名家系内正常人(即该1例患者的父母或兄弟,他们均未发病)的PCR扩征产物直接进行DNA测序,方法同实施例1。
收集14例无头精子症病例中有4例在SUN5基因中检测到有意义的突变位点。同时所发现的突变位点在家族正常人中均未能检测到。这些突变位点在ExAC数据库中的频率极低或无频率(参见表1),提示所检测到的位点很可能并非SNP。因此认为SUN5基因为无头精子症的致病基因。
序列表说明
SEQ ID NO:1:野生型SUN5基因的cDNA序列
ATGCCACGGTCCTCAAGGAGCCCTGGGGACCCAGGCGCCCTACTCGAAGATGTGGCCCACAATCCCAGACCCCGGAGGATTGCCCAGCGAGGCCGGAACACCAGCAGGATGGCAGAGGACACCTCCCCAAACATGAATGACAACATCCTGTTGCCTGTCCGCAACAATGACCAAGCCCTAGGCCTGACTCAGTGCATGCTGGGATGTGTGTCCTGGTTCACCTGTTTTGCCTGCTCCCTGAGAACTCAGGCCCAGCAGGTTCTGTTTAACACGTGCAGATGCAAGCTGCTGTGCCAGAAGCTCATGGAGAAGACAGGCATTCTGCTCCTCTGTGCTTTCGGATTCTGGATGTTTTCTATTCACTTACCATCGAAAATGAAAGTCTGGCAGGATGACAGCATAAATGGTCCACTGCAGAGCTTGAGGTTGTACCAGGAGAAGGTGCGACATCACAGTGGGGAAATCCAGGACCTCCGAGGTAGCATGAACCAGCTCATTGCCAAGCTCCAGGAGATGGAAGCCATGTCCGATGAGCAAAAAATGGCCCAGAAAATAATGAAGATGATACACGGAGATTACATCGAAAAGCCAGACTTTGCCCTGAAGTCTATAGGGGCCAGCATTGACTTTGAGCACACGTCAGTCACCTATAACCATGAGAAGGCCCACTCCTACTGGAACTGGATCCAGCTGTGGAACTACGCACAGCCCCCAGACGTGATCCTTGAGCCCAACGTGACACCTGGCAATTGCTGGGCCTTTGAGGGTGACCGCGGCCAGGTGACCATCCAATTGGCTCAGAAGGTTTACCTGTCCAACCTCACGCTGCAGCACATCCCCAAGACCATCTCATTGTCAGGCAGCCTGGACACCGCCCCCAAGGACTTCGTCATCTATGGCATGGAGGGCTCCCCCAAGGAGGAGGTGTTCCTGGGGGCATTTCAGTTTCAGCCAGAAAACATCATCCAGATGTTCCCACTCCAGAACCAGCCGGCCCGGGCTTTCAGTGCGGTCAAGGTGAAGATCTCAAGCAACTGGGGGAACCCAGGCTTCACTTGCCTGTACCGCGTGCGAGTGCATGGCTCTGTGGCCCCGCCCAGAGAGCAGCCTCACCAGAACCCCTACCCTAAGAGAGATTAA
SEQ ID NO:2:野生型SUN5蛋白的氨基酸序列
MPRSSRSPGDPGALLEDVAHNPRPRRIAQRGRNTSRMAEDTSPNMNDNILLPVRNNDQALGLTQCMLGCVSWFTCFACSLRTQAQQVLFNTCRCKLLCQKLMEKTGILLLCAFGFWMFSIHLPSKMKVWQDDSINGPLQSLRLYQEKVRHHSGEIQDLRGSMNQLIAKLQEMEAMSDEQKMAQKIMKMIHGDYIEKPDFALKSIGASIDFEHTSVTYNHEKAHSYWNWIQLWNYAQPPDVILEPNVTPGNCWAFEGDRGQVTIQLAQKVYLSNLTLQHIPKTISLSGSLDTAPKDFVIYGMEGSPKEEVFLGAFQFQPENIIQMFPLQNQPARAFSAVKVKISSNWGNPGFTCLYRVRVHGSVAPPREQPHQNPYPKRD
SEQ ID NO:5:突变SUN5蛋白(p.V128Sfs*7)的氨基酸序列
MPRSSRSPGDPGALLEDVAHNPRPRRIAQRGRNTSRMAEDTSPNMNDNILLPVRNNDQALGLTQCMLGCVSWFTCFACSLRTQAQQVLFNTCRCKLLCQKLMEKTGILLLCAFGFWMFSIHLPSKMKSGRMTA。
序列表
<110> 厦门市妇幼保健院(厦门市计划生育服务中心),锦州医科大学附属第一医院,首都医科大学附属北京妇产医院,烟台毓璜顶医院
<120> 无头精子症致病基因新突变及其应用
<130> 2017
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1140
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 1
atgccacggt cctcaaggag ccctggggac ccaggcgccc tactcgaaga tgtggcccac 60
aatcccagac cccggaggat tgcccagcga ggccggaaca ccagcaggat ggcagaggac 120
acctccccaa acatgaatga caacatcctg ttgcctgtcc gcaacaatga ccaagcccta 180
ggcctgactc agtgcatgct gggatgtgtg tcctggttca cctgttttgc ctgctccctg 240
agaactcagg cccagcaggt tctgtttaac acgtgcagat gcaagctgct gtgccagaag 300
ctcatggaga agacaggcat tctgctcctc tgtgctttcg gattctggat gttttctatt 360
cacttaccat cgaaaatgaa agtctggcag gatgacagca taaatggtcc actgcagagc 420
ttgaggttgt accaggagaa ggtgcgacat cacagtgggg aaatccagga cctccgaggt 480
agcatgaacc agctcattgc caagctccag gagatggaag ccatgtccga tgagcaaaaa 540
atggcccaga aaataatgaa gatgatacac ggagattaca tcgaaaagcc agactttgcc 600
ctgaagtcta taggggccag cattgacttt gagcacacgt cagtcaccta taaccatgag 660
aaggcccact cctactggaa ctggatccag ctgtggaact acgcacagcc cccagacgtg 720
atccttgagc ccaacgtgac acctggcaat tgctgggcct ttgagggtga ccgcggccag 780
gtgaccatcc aattggctca gaaggtttac ctgtccaacc tcacgctgca gcacatcccc 840
aagaccatct cattgtcagg cagcctggac accgccccca aggacttcgt catctatggc 900
atggagggct cccccaagga ggaggtgttc ctgggggcat ttcagtttca gccagaaaac 960
atcatccaga tgttcccact ccagaaccag ccggcccggg ctttcagtgc ggtcaaggtg 1020
aagatctcaa gcaactgggg gaacccaggc ttcacttgcc tgtaccgcgt gcgagtgcat 1080
ggctctgtgg ccccgcccag agagcagcct caccagaacc cctaccctaa gagagattaa 1140
<210> 2
<211> 379
<212> PRT
<213> Homo Sapiens
<400> 2
Met Pro Arg Ser Ser Arg Ser Pro Gly Asp Pro Gly Ala Leu Leu Glu
1 5 10 15
Asp Val Ala His Asn Pro Arg Pro Arg Arg Ile Ala Gln Arg Gly Arg
20 25 30
Asn Thr Ser Arg Met Ala Glu Asp Thr Ser Pro Asn Met Asn Asp Asn
35 40 45
Ile Leu Leu Pro Val Arg Asn Asn Asp Gln Ala Leu Gly Leu Thr Gln
50 55 60
Cys Met Leu Gly Cys Val Ser Trp Phe Thr Cys Phe Ala Cys Ser Leu
65 70 75 80
Arg Thr Gln Ala Gln Gln Val Leu Phe Asn Thr Cys Arg Cys Lys Leu
85 90 95
Leu Cys Gln Lys Leu Met Glu Lys Thr Gly Ile Leu Leu Leu Cys Ala
100 105 110
Phe Gly Phe Trp Met Phe Ser Ile His Leu Pro Ser Lys Met Lys Val
115 120 125
Trp Gln Asp Asp Ser Ile Asn Gly Pro Leu Gln Ser Leu Arg Leu Tyr
130 135 140
Gln Glu Lys Val Arg His His Ser Gly Glu Ile Gln Asp Leu Arg Gly
145 150 155 160
Ser Met Asn Gln Leu Ile Ala Lys Leu Gln Glu Met Glu Ala Met Ser
165 170 175
Asp Glu Gln Lys Met Ala Gln Lys Ile Met Lys Met Ile His Gly Asp
180 185 190
Tyr Ile Glu Lys Pro Asp Phe Ala Leu Lys Ser Ile Gly Ala Ser Ile
195 200 205
Asp Phe Glu His Thr Ser Val Thr Tyr Asn His Glu Lys Ala His Ser
210 215 220
Tyr Trp Asn Trp Ile Gln Leu Trp Asn Tyr Ala Gln Pro Pro Asp Val
225 230 235 240
Ile Leu Glu Pro Asn Val Thr Pro Gly Asn Cys Trp Ala Phe Glu Gly
245 250 255
Asp Arg Gly Gln Val Thr Ile Gln Leu Ala Gln Lys Val Tyr Leu Ser
260 265 270
Asn Leu Thr Leu Gln His Ile Pro Lys Thr Ile Ser Leu Ser Gly Ser
275 280 285
Leu Asp Thr Ala Pro Lys Asp Phe Val Ile Tyr Gly Met Glu Gly Ser
290 295 300
Pro Lys Glu Glu Val Phe Leu Gly Ala Phe Gln Phe Gln Pro Glu Asn
305 310 315 320
Ile Ile Gln Met Phe Pro Leu Gln Asn Gln Pro Ala Arg Ala Phe Ser
325 330 335
Ala Val Lys Val Lys Ile Ser Ser Asn Trp Gly Asn Pro Gly Phe Thr
340 345 350
Cys Leu Tyr Arg Val Arg Val His Gly Ser Val Ala Pro Pro Arg Glu
355 360 365
Gln Pro His Gln Asn Pro Tyr Pro Lys Arg Asp
370 375
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Homo sapiens)
<400> 3
cacctggcca agacttttaa ataat 25
<210> 4
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Homo sapiens)
<400> 4
cctttctgag gtcctctgag acttt 25
<210> 5
<211> 133
<212> PRT
<213> Homo Sapiens
<400> 5
Met Pro Arg Ser Ser Arg Ser Pro Gly Asp Pro Gly Ala Leu Leu Glu
1 5 10 15
Asp Val Ala His Asn Pro Arg Pro Arg Arg Ile Ala Gln Arg Gly Arg
20 25 30
Asn Thr Ser Arg Met Ala Glu Asp Thr Ser Pro Asn Met Asn Asp Asn
35 40 45
Ile Leu Leu Pro Val Arg Asn Asn Asp Gln Ala Leu Gly Leu Thr Gln
50 55 60
Cys Met Leu Gly Cys Val Ser Trp Phe Thr Cys Phe Ala Cys Ser Leu
65 70 75 80
Arg Thr Gln Ala Gln Gln Val Leu Phe Asn Thr Cys Arg Cys Lys Leu
85 90 95
Leu Cys Gln Lys Leu Met Glu Lys Thr Gly Ile Leu Leu Leu Cys Ala
100 105 110
Phe Gly Phe Trp Met Phe Ser Ile His Leu Pro Ser Lys Met Lys Ser
115 120 125
Gly Arg Met Thr Ala
130
Claims (12)
1.无头精子症的生物标记物,其特征在于为突变的SUN5基因或SUN5蛋白,所述生物标记物是具有选自如下的突变的SUN5基因或SUN5蛋白:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7);
所述突变的SUN5基因为SEQ ID NO:1的序列中具有以下突变:
在外显子6中移码突变(c.381delA);
所述突变的SUN5蛋白为SEQ ID NO:2的序列中具有以下突变:
在外显子6中移码突变(p.V128Sfs*7);
所述突变的SUN5蛋白为SEQ ID NO:2的序列中具有外显子6中移码突变(p.V128Sfs*7)。
2.如权利要求1所述无头精子症的生物标记物,其特征在于所述突变的SUN5蛋白的序列是SEQ ID NO:5。
3.一种检测无头精子症的方法,其特征在于包括检测受试者的SUN5基因或SUN5蛋白中是否存在突变位点,若有突变位点,则所述受试者被鉴定为患有无头精子症或易患无头精子症,所述突变位点选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7)。
4.如权利要求3所述一种检测无头精子症的方法,其特征在于所述SUN5蛋白为SEQ IDNO:2的序列表示。
5.如权利要求3所述一种检测无头精子症的方法,其特征在于所述SUN5基因为SEQ IDNO:1的序列表示。
6.如权利要求3所述一种检测无头精子症的方法,其特征在于包括如下至少一组引物扩增的步骤:
SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4。
7.如权利要求3所述一种检测无头精子症的方法,其特征在于所述检测无头精子症的方法中检测突变位点通过选自如下的技术进行:测序、电泳、核酸杂交、原位杂交、PCR、逆转录酶链反应和变性高效液相色谱。
8.通过PCR检测SUN5基因或SUN5蛋白突变中使用的引物对,其特征在于所述突变是选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7),
其中,所述引物对分别基于选自如下的位置前后设计,使得扩增该位置:381,编号基于SUN5的cDNA序列。
9.与突变SUN5基因互补的核酸探针,其特征在于所述突变是选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7);
所述探针与突变SUN5基因的互补区包括选自如下的位置:381,编号基于SUN5的cDNA序列。
10.检测突变SUN5基因或SUN5蛋白的试剂盒,其特征在于包含至少一组引物对,其中所述突变是选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7),
其中,所述引物对分别基于选自如下的位置前后设计,使得其扩增产物涵盖该位置:381,编号基于SUN5的cDNA序列。
11.如权利要求10所述所述检测突变SUN5基因或SUN5蛋白的试剂盒,其特征在于包含选自如下的至少一组引物:
SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4。
12.如权利要求10所述所述检测突变SUN5基因或SUN5蛋白的试剂盒,其特征在于所述检测突变SUN5基因的试剂盒,包含至少一个核酸探针,所述突变是选自如下任一种或其组合:
在外显子6中移码突变(c.381delA;p.V128Sfs*7),
所述探针与突变SUN5基因上包含选自如下的位置的区域互补:381,编号基于SUN5的cDNA序列。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710868727.5A CN107523629A (zh) | 2017-09-22 | 2017-09-22 | 无头精子症致病基因新突变及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710868727.5A CN107523629A (zh) | 2017-09-22 | 2017-09-22 | 无头精子症致病基因新突变及其应用 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN107523629A true CN107523629A (zh) | 2017-12-29 |
Family
ID=60737417
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201710868727.5A Pending CN107523629A (zh) | 2017-09-22 | 2017-09-22 | 无头精子症致病基因新突变及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN107523629A (zh) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN109576359A (zh) * | 2018-11-16 | 2019-04-05 | 厦门市妇幼保健院(厦门市计划生育服务中心) | 一种无头精子症诊断用生物标记物及其应用 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107164520A (zh) * | 2017-06-26 | 2017-09-15 | 厦门市妇幼保健院(厦门市计划生育服务中心) | 一种严重弱精子症新致病基因及其应用 |
CN107176993A (zh) * | 2017-06-26 | 2017-09-19 | 厦门市妇幼保健院(厦门市计划生育服务中心) | 一种mmaf致病基因新突变及其应用 |
-
2017
- 2017-09-22 CN CN201710868727.5A patent/CN107523629A/zh active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107164520A (zh) * | 2017-06-26 | 2017-09-15 | 厦门市妇幼保健院(厦门市计划生育服务中心) | 一种严重弱精子症新致病基因及其应用 |
CN107176993A (zh) * | 2017-06-26 | 2017-09-19 | 厦门市妇幼保健院(厦门市计划生育服务中心) | 一种mmaf致病基因新突变及其应用 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
FUXI ZHU等: "Biallelic SUN5 Mutations Cause Autosomal-Recessive Acephalic Spermatozoa Syndrome", 《THE AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS》 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN109576359A (zh) * | 2018-11-16 | 2019-04-05 | 厦门市妇幼保健院(厦门市计划生育服务中心) | 一种无头精子症诊断用生物标记物及其应用 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Shearer et al. | Deafness in the genomics era | |
US20120053845A1 (en) | Method and system for analysis and error correction of biological sequences and inference of relationship for multiple samples | |
CN107164520A (zh) | 一种严重弱精子症新致病基因及其应用 | |
CN102206701A (zh) | 遗传性疾病相关基因的鉴定方法 | |
CN103571847B (zh) | Foxc1基因突变体及其应用 | |
US20190309374A1 (en) | Determining a physiological condition in an individual by analyzing cell-free dna fragment endpoints in a biological sample | |
CN102618549A (zh) | Ncstn突变型基因、其鉴定方法和工具 | |
JP2021101629A (ja) | ゲノム解析および遺伝子解析用のシステム並びに方法 | |
CN107176994B (zh) | 一种mmaf新致病基因及其应用 | |
CN103834673A (zh) | Ext1基因突变体及其应用 | |
Pezzoli et al. | A new mutational mechanism for hypertrophic cardiomyopathy | |
Gioli-Pereira et al. | Frequency of 22q11. 2 microdeletion in sporadic non-syndromic tetralogy of Fallot cases | |
CN104073499B (zh) | Tmc1基因突变体及其应用 | |
CN107475420A (zh) | 无头精子症致病新基因及其应用 | |
CN107523629A (zh) | 无头精子症致病基因新突变及其应用 | |
CN107475423A (zh) | 无头精子症新致病基因及其应用 | |
CN107557468B (zh) | 一种与原发性肺癌辅助诊断相关的癌-睾丸基因遗传标志物及其应用 | |
CN108504660A (zh) | Adcy10基因突变体及其应用 | |
CN107523628A (zh) | 一种mmaf致病新基因及其应用 | |
Steyaert et al. | Comprehensive validation of a diagnostic strategy for sequencing genes with one or multiple pseudogenes using pseudoxanthoma elasticum as a model | |
CN109097465B (zh) | Clip3基因的snp位点的应用 | |
CN103509800B (zh) | 常染色体隐性非综合征型耳聋致病基因 | |
CN109134639B (zh) | 一种与结节性硬化症2型相关的核酸及其应用 | |
CN107475351B (zh) | 类风湿性关节炎高贡献致病基因的筛选方法 | |
JPH11510059A (ja) | 遺伝子診断の共優性テスト |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20171229 |
|
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |