CN107220326B - 一种生物医学知识库的信息更新方法及系统 - Google Patents

Abstract

本发明提出了一种生物医学知识库的信息更新方法，包括如下步骤：第一生物医学知识库接收更新信息；第一生物医学知识库将更新信息生成临时版本信息；第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；第一生物医学知识库将临时版本信息升级为正式版本信息并存储；第二生物医学知识库用于生物医学研究的数据支撑和依据。本发明提供的一种生物医学知识库的信息更新方法及系统，让信息更新的历史可追溯查询，同时分离在用生物医学知识库和管理生物医学知识库，提高在用生物医学知识库的使用性能。

Description

一种生物医学知识库的信息更新方法及系统

技术领域

本发明涉及数据处理领域，具体涉及一种生物医学知识库的信息更新方法及系统。

背景技术

随着精准医疗技术的发展，精致医疗越来越受到人们关注。让每一个癌症患者在临床上得到最大可能的实际获益是医疗服务机构的宗旨。通过国际化和标准化的质控平台，运用高通量二代测序检测技术为代表的先进技术，基于生物医学知识库检测所有与癌症治疗密切相关的基因异常信息，为每一位患者提供医疗咨询服务。整套检测流程中生物医学知识库做为实验室下机数据生成报告的数据支撑，其重要性不言而喻，知识库信息的准确与否直接影响整个检测报告的检测结果。传统的生物医学知识库管理流程中信息更新混乱，生物医学知识库更新难以控制，出现问题难以查找，直接导致了检测报告频频出错，甚至出错了都不知道。

发明内容

为了解决上述问题，本发明提供了一种生物医学知识库的信息更新方法及系统。本发明提供的一种生物医学知识库的信息更新方法及系统，让信息更新的历史可追溯查询，同时分离在用生物医学知识库和管理生物医学知识库，提高在用生物医学知识库的使用性能。

本发明采用的技术方案如下：

一种生物医学知识库的信息更新方法，包括如下步骤：

第一生物医学知识库接收更新信息；第一生物医学知识库作为管理生物医学知识库，用于对在用生物医学知识库提供信息管理；

第一生物医学知识库将更新信息生成临时版本信息；

第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；

第一生物医学知识库将临时版本信息升级为正式版本信息并存储；

第二生物医学知识库作为在用生物医学知识库，向用户提供生物医学知识，用于生物医学研究的数据支撑和依据。

上述的一种生物医学知识库的信息更新方法，其中，所述第一生物医学知识库将更新信息生成临时版本信息后，第一生物医学知识库判断用户是否通过审核更新信息，如果是，第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；如果否，第一生物医学知识库存储临时版本信息以及未通过审核的审核意见，第一生物医学知识库不将临时版本信息更新至第二生物医学知识库。

上述的一种生物医学知识库的信息更新方法，其中，所述第一生物医学知识库判断用户是否通过审核更新信息包括如下步骤：

第一生物医学知识库获取与临时版本信息对应的历史版本信息；

第一生物医学知识库对比历史版本信息与临时版本信息；

第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容；

第一生物医学知识库获取用户根据所述差异内容给予的是否通过审核的审核意见。

上述的一种生物医学知识库的信息更新方法，其中，所述第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容包括如下步骤：

分别将历史版本信息与临时版本信息替换成html的textarea标签或者inputtext标签；

每个textarea标签或者input text标签设置为背景色透明；

创建与textarea标签或者input text标签等大小的pre标签在其下层，pre标签的字体颜色设置为白色；

通过事件监听方式监听历史版本信息的textarea标签或者input text标签与临时版本信息的textarea标签或者input text标签，对比内容是否一致；

当对比出历史版本信息的textarea标签信息或者input text标签信息与临时版本信息的textarea标签信息或者input text标签信息内容不一致时，将不一致处加上span标签，span标签设置背景色为高亮色。

上述的一种生物医学知识库的信息更新方法，其中，还包括：

第一生物医学知识库判断用户是否需要更新与更新信息对应的参考文献；如果是，第一生物医学知识库自动分析更新信息内容中是否有需要更新的参考文献，如果是，第一生物医学知识库通过网络自动抓取的方式更新所述参考文献。

一种生物医学知识库的信息更新系统，包括第一生物医学知识库与第二生物医学知识库，所述第一生物医学知识库的信息与第二生物医学知识库的信息通过唯一编码建立映射关系；

所述第一生物医学知识库用于：

接收更新信息；

将更新信息生成临时版本信息；

将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；

将临时版本信息升级为正式版本信息并存储；

所述第二生物医学知识库用于生物医学研究的数据支撑和依据。

上述的一种生物医学知识库的信息更新系统，其中，所述第一生物医学知识库还用于：

获取与临时版本信息对应的历史版本信息；

对比历史版本信息与临时版本信息；

在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容；

获取用户根据所述差异内容给予的是否通过审核的审核意见；如果是，第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；如果否，第一生物医学知识库存储临时版本信息以及未通过审核的审核意见，第一生物医学知识库不将临时版本信息更新至第二生物医学知识库。

上述的一种生物医学知识库的信息更新系统，其中，所述第一生物医学知识库通过显示装置分为三个区域同时向用户显示临时版本信息、历史版本信息、审核意见，用于显示临时版本信息的区域同时用于向用户提供对其内容进行编辑的功能。

上述的一种生物医学知识库的信息更新系统，其中，所述用于显示历史版本信息的区域通过切换方式显示不同的历史版本信息。

本发明通过生成并存储临时版本信息，利用版本化管理在用生物医学知识库的更新，让更新历程可追溯查询；本发明通过将管理生物医学知识库和在用生物医学知识库分离，从而提高在用生物医学知识库的响应性能；本发明提供第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容，实时高亮在线显示对比差异，为信息更新降低错误风险，避免人工校验即核对；本发明提供自动抓取参考文献信息的更新动态，避免编辑人员手动维护会出现的遗漏。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动性的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1是本发明一种生物医学知识库的信息更新系统的原理框图；

图2是本发明一种生物医学知识库的信息更新方法的流程示意图；

图3是本发明一种生物医学知识库的信息更新方法的中对第二生物医学知识库的变更历史进行跟踪查看流程示意图；

图4是本发明一种生物医学知识库的信息更新方法中的第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容的流程示意图。

具体实施方式

下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

实施例

如图1所示，一种生物医学知识库的信息更新系统，包括第一生物医学知识库与第二生物医学知识库，其中，第一生物医学知识库作为管理生物医学知识库，用于对第二生物医学知识库提供信息管理，具体包括对第二生物医学知识库的内容维护、历史版本追踪、版本审核、版本升级、更新、重新抓取参考文献等；第二生物医学知识库作为在用生物医学知识库，用于生物医学研究的数据支撑和依据，第二生物医学知识库包括基因知识库、靶向药物知识库、精准治疗案例知识库、临床试验知识库、肿瘤知识库等，用于提取基因变异及位点数据、提取药品数据、提取实验记录数据、提取参考文献数据、提取其他知识库数据等。

第一生物医学知识库与第二生物医学知识库通过唯一编码建立映射关系；所述唯一编码是当数据信息首次被第二生物医学知识库存储时生成的系统内部的唯一数据ID，该唯一数据ID一经生成即确定，不再变更。

第一生物医学知识库用于日常的增、删、改等操作，并进行审核和多版本管理，审核通过的正式版才会同步到第二生物医学知识库；第二生物医学知识库则用于生产系统中自动化生成报告时使用，系统从在用生物医学知识库中提取生成报告所需的相关生物医学知识库数据来生成检测报告。

如图2所示，一种生物医学知识库的信息更新方法，包括如下步骤：

第一生物医学知识库接收更新信息；

第一生物医学知识库将更新信息生成临时版本信息；第一生物医学知识库判断用户是否通过审核更新信息，如果是，第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；如果否，第一生物医学知识库存储临时版本信息以及未通过审核的审核意见，第一生物医学知识库不将临时版本信息更新至第二生物医学知识库。所有的更新过程以及更新轨迹都是存储在第一生物医学知识库中的，第二生物医学知识库中仅存储经审核的最新信息。如果需要查看该最新信息的更新轨迹，可通过唯一数据ID调用第一生物医学知识库中的相关内容；

当有新内容需要维护时，在第一生物医学知识库中生成一个此条数据的临时新版本，此时对本条生物医学知识库数据的维护都是在维护此条临时新版本的数据，当维护人员确定数据维护无误时将此临时版本提交审核，审核人员会收到第一生物医学知识库审核待办通知。

第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库后，第一生物医学知识库将临时版本信息升级为正式版本信息并存储；

第一生物医学知识库判断用户是否需要更新与更新信息对应的参考文献；如果是，第一生物医学知识库自动分析更新信息内容中是否有需要更新的参考文献，如果有，第一生物医学知识库通过网络自动抓取的方式将所述参考文献更新至第一生物医学知识库及第二生物医学知识库。

在第二生物医学知识库信息更新的知识库内容中会包含参考文献的PMID(PubMed唯一标识码)，所以在使用该第二生物医学知识库内容时，需要附上参考文献。本发明系统会根据新版本和历史版本对比找到内容中是否存在新增的参考文献PMID，如果存在新的PMID，则会自动在网络中将新增的PMID参考文献的详细内容抓取到知识库数据库中。

上述第一生物医学知识库判断用户是否通过审核更新信息包括如下步骤：

第一生物医学知识库获取与临时版本信息对应的历史版本信息；

第一生物医学知识库对比历史版本信息与临时版本信息；

第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容；

所述第一生物医学知识库通过显示装置分为三个区域同时向用户显示临时版本信息、历史版本信息、审核意见。在第一生物医学知识库维护时，采用三屏显示的在线可视化差异对比编辑技术。第一区域是历史数据区域，用于显示历史版本的数据，并且可以切换历史版本，同时会实时高亮显示出历史版本和编辑区每个编辑项目的差异。第二区域是审核意见区域，显示的是审核驳回的意见，作为修改参考。第三屏区域是编辑区域，用于显示临时版本信息，并向用户提供对该区域信息的编辑功能，在这个区域编辑要更新的内容，编辑的同时会实时对比历史数据区域，并高亮显示差异内容。

第一生物医学知识库获取用户根据所述差异内容给予的是否通过审核的审核意见。

有新版本生物医学知识库数据待审核时，审核人员在待审核页面可以查看待审核的生物医学知识库数据，并能高亮显示出和历史版本的对比，能快速准确的定位修改位置和修改数据项以及内容。审核人员可以在有问题的地方标注审核意见，并驳回。当驳回后，系统自动将审核不通过版本保存为历史版本，并将驳回版本升级一个小版本号，并返回给知识库维护人员可以在维护页面同时查看历史版本数据以及每一个编辑项的审核意见来进行修改，修改后重新提交新版本。

当审核通过后，系统自动将此版本升级一个大版本号，升级为正式版，并准备同步到第二生物医学知识库。在同步到第二生物医学知识库之前，系统会判断知识库维护时是否需要更新参考文献，如果需要对参考文献进行同步更新，那么系统会主动在线抓取参考文献，参考文献更新后，系统会将新版本的生物医学知识库数据自动同步到在用生物医学知识库中。

如图3所示，当需要对第二生物医学知识库的变更历史进行跟踪查看时，可以使用版本信息跟踪功能，能查看到知识库数据的每个版本的内容信息，并且还可以查看每个版本之前变更历程以及变更内容，并高亮显示和前一个版本的差异，还包括了版本审核通过及不通过的意见。

如图4所示，上述的一种生物医学知识库的信息更新方法，其中，所述第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容包括如下步骤：

分别将历史版本信息与临时版本信息替换成html的textarea标签或者inputtext标签；将要对比的区域替换成与之内容对应的html的textarea标签或者input text标签；

每个编辑标签即textarea标签或者input text标签设置为背景色透明；

创建与编辑标签即textarea标签或者input text标签等大小的pre标签在其下层，pre标签的字体颜色设置为白色，从而使页面上看不到pre的文字；

通过事件监听方式，监听历史版本信息的textarea标签或者input text标签与临时版本信息的textarea标签或者input text标签，对比内容是否一致；在编辑框标签上加上事件监听，当编辑框内容变化时对两个pre标签内容进行更新，当比对出两个区域内容不一致时，即找到所述差异内容；

当对比出历史版本信息的textarea标签信息或者input text标签信息与临时版本信息的textarea标签信息或者input text标签信息内容不一致时，将不一致处加上span标签，span标签设置背景色为高亮色。当比对出两个区域内容不一致时，将比对的不同处加上span标签，并设置span标签背景色为高亮色，由于编辑器的背景透明，所以就将下面的pre标签中的span高亮标签显示出来，从而实现出两个编辑去不同内容高亮对比显示的效果。

为了增强对在用生物医学知识库的管理、提高在用生物医学知识库性能、避免生物医学知识库数据错误，本发明提供一种管、用分离的多版本、可追踪的生物医学知识库更新方法及系统。系统采用B/S结构，基于SOA架构J2EE标准进行开发，使业务系统之间具有松耦合、高复用、维护灵活等特点。实验室基于在用生物医学知识库生成检测报告的工作中，在用生物医学知识库是检测报告的数据支撑和依据，在用生物医学知识库的数据必须要准确无误，并且检索快速。所以要改变在用生物医学知识库的管理方法以及技术实现，从而提高检索效率和准确性。

本发明解决了目前市面上的生物医学知识库系统中无法对变更历程进行查询的问题，引入了版本化概念，利用版本化管理生物医学知识库的变更，让变更历程可查。

本发明解决了当引入了多版本化生物医学知识库概念后，由于保存了历史版本信息导致数据量变的巨大，导致使用和匹配生物医学知识库时变的性能低下的问题，本发明将在用生物医学知识库和管理生物医学知识库分离，从而以提高了在用生物医学知识库性能。

本发明解决了生物医学知识库混乱更新的问题，增加了版本审核功能，审核通过的版本才能正式进入在用生物医学知识库，增强了生物医学知识库的管理性，同时保证了信息的准确。

本发明解决了生物医学知识库系统中进行更新操作时无法进行在线对比差异，人工编辑时常忘记修改过的位置及内容，导致生物医学知识库有漏改、错改的风险，同时修改人要花费大量时间进行校验及核对的问题，本发明采用三屏显示的在线可视化差异对比编辑技术，分为编辑区，历史数据区，审核意见区，同时标记出每个历史数据项和编辑区的高亮对比。

本发明解决了生物医学知识库系统中知识点内容中包含PMID(PubMed唯一标识码，PubMed Unique Identifier，是PubMed搜索引擎中收录的生命科学和医学等领域的文献编号)对应的参考文献，现有系统不会进行处理参考文献由知识库编辑人员手动去维护参考文献，知识库编辑人员经常忘记同步更新对应的参考文献，导致生物医学知识库内容无参考文献信息或参考文献信息不准确的问题，本发明使用在线自动抓取技术，当生物医学知识库内容变化时，自动分析内容中是否有需要更新的参考文献，然后系统通过网络自动抓取内容。

另外，本申请的一部分可被应用为计算机程序产品，例如计算机程序指令，当其被计算机执行时，通过该计算机的操作，可以调用或提供根据本申请的方法和/或技术方案。而调用本申请的方法的程序指令，可能被存储在固定的或可移动的记录介质中，和/或通过广播或其他信号承载媒体中的数据流而被传输，和/或被存储在根据所述程序指令运行的计算机设备的工作存储器中。在此，根据本申请的一个实施例包括一个装置，该装置包括用于存储计算机程序指令的存储器和用于执行程序指令的处理器，其中，当该计算机程序指令被该处理器执行时，触发该装置运行基于前述根据本申请的多个实施例的方法和/或技术方案。

对于本领域技术人员而言，显然本申请不限于上述示范性实施例的细节，而且在不背离本申请的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本申请。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性的，本申请的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要求的等同要件的含义和范围内的所有变化涵括在本申请内。不应将权利要求中的任何附图标记视为限制所涉及的权利要求。此外，显然“包括”一词不排除其他单元或步骤，单数不排除复数。装置权利要求中陈述的多个单元或装置也可以由一个单元或装置通过软件或者硬件来实现。第一，第二等词语用来表示名称，而并不表示任何特定的顺序。

当然，对于本领域技术人员而言，显然本申请不限于上述示范性实施例的细节，而且在不背离本申请的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本申请。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性的，本申请的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要求的等同要件的含义和范围内的所有变化涵括在本申请内。不应将权利要求中的任何附图标记视为限制所涉及的权利要求。

以上所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (5)

1.一种生物医学知识库的信息更新方法，其特征在于，包括如下步骤：

第一生物医学知识库接收更新信息；

第一生物医学知识库将更新信息生成临时版本信息；

第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；

第一生物医学知识库将临时版本信息升级为正式版本信息并存储；

第二生物医学知识库用于生物医学研究的数据支撑和依据；

其中，所述第一生物医学知识库将更新信息生成临时版本信息后，第一生物医学知识库判断用户是否通过审核更新信息，如果是，第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；如果否，第一生物医学知识库存储临时版本信息以及未通过审核的审核意见；

所述第一生物医学知识库判断用户是否通过审核更新信息包括如下步骤：

第一生物医学知识库获取与临时版本信息对应的历史版本信息；

第一生物医学知识库对比历史版本信息与临时版本信息；

第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容；

第一生物医学知识库获取用户根据所述差异内容给予的是否通过审核的审核意见；

所述第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容包括如下步骤：

分别将历史版本信息与临时版本信息替换成html的textarea标签或者input text标签；

每个textarea标签或者input text标签设置为背景色透明；

创建与textarea标签或者input text标签等大小的pre标签在其下层，pre标签的字体颜色设置为白色；

通过事件监听方式监听历史版本信息的textarea标签或者input text标签与临时版本信息的textarea标签或者input text标签，对比内容是否一致；

当对比出历史版本信息的textarea标签信息或者input text标签信息与临时版本信息的textarea标签信息或者input text标签信息内容不一致时，将不一致处加上span标签，span标签设置背景色为高亮色。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括：

第一生物医学知识库判断用户是否需要更新与更新信息对应的参考文献；如果是，第一生物医学知识库自动分析更新信息内容中是否有需要更新的参考文献，如果有，第一生物医学知识库通过网络自动抓取的方式更新所述参考文献。

3.一种生物医学知识库的信息更新系统，其特征在于，包括第一生物医学知识库与第二生物医学知识库，所述第一生物医学知识库的信息与第二生物医学知识库的信息通过唯一编码建立映射关系；

所述第一生物医学知识库用于：

接收更新信息；

将更新信息生成临时版本信息；

将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；

将临时版本信息升级为正式版本信息并存储；

所述第二生物医学知识库用于生物医学研究的数据支撑和依据；

所述第一生物医学知识库还用于：

获取与临时版本信息对应的历史版本信息；

对比历史版本信息与临时版本信息；

在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容；

获取用户根据所述差异内容给予的是否通过审核的审核意见；如果是，第一生物医学知识库将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；如果否，第一生物医学知识库存储临时版本信息以及未通过审核的审核意见，第一生物医学知识库不将临时版本信息更新至第二生物医学知识库；

其中，第一生物医学知识库在历史版本信息中突出显示其与临时版本信息的差异内容包括如下步骤：

分别将历史版本信息与临时版本信息替换成html的textarea标签或者input text标签；

每个textarea标签或者input text标签设置为背景色透明；

创建与textarea标签或者input text标签等大小的pre标签在其下层，pre标签的字体颜色设置为白色；

通过事件监听方式监听历史版本信息的textarea标签或者input text标签与临时版本信息的textarea标签或者input text标签，对比内容是否一致；

当对比出历史版本信息的textarea标签信息或者input text标签信息与临时版本信息的textarea标签信息或者input text标签信息内容不一致时，将不一致处加上span标签，span标签设置背景色为高亮色。

4.根据权利要求3所述的一种生物医学知识库的信息更新系统，其特征在于，所述第一生物医学知识库通过显示装置分为三个区域同时向用户显示临时版本信息、历史版本信息、审核意见。

5.根据权利要求3所述的一种生物医学知识库的信息更新系统，其特征在于，所述用于显示历史版本信息的区域通过切换方式显示不同的历史版本信息。