CN106591479A - 一种洪湖碘泡虫pcr特异性检测引物及其检测方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物及其检测方法。该洪湖碘泡虫的PCR特异性检测引物,包括正向引物和反向引物;正向引物MHF:5’‑TAAAGTTAGCATCGAGAGCA‑3’;反向引物MHR:5’‑CGCTGTATGATTAAACTGCT‑3’。上述洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,设计合理,用于洪湖碘泡虫检测,不仅能成功从鲫鱼喉部组织、血液中检测洪湖碘泡虫,也能从水样、土壤中检测洪湖碘泡虫,具有较高的特异性与灵敏性,操作简便,快速准确,同时还可以监测洪湖碘泡虫在水域生态系统中的整个生活史过程,可直接应用于生产实践中,对减轻洪湖碘泡虫对我国异育银鲫养殖业造成的损失有积极的作用。

Description

一种洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物及其检测方法
技术领域
本发明涉及生物技术领域,特别是涉及一种洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物及其检测方法。
背景技术
粘孢子虫是一类世界分布的后生动物寄生虫,可寄生于鲫鱼、两栖类、爬行类、鸟类以及哺乳类,绝大多数种类对宿主不会造成危害,但部分种类能造成非常严重的病害。异育银鲫是中国科学院水生生物研究所的鲫鱼育种专家于1976~1981年研制成功的一种鲫鱼养殖新对象,它是利用天然雌核发育的方正银鲫为母本,以兴国红鲤为父本,经人工授精繁育的子代。该鱼具有良好的杂种优势,增产效果明显,且肉质细嫩,营养丰富。近年来,随着中科三号的成功培育及养殖技术的推广,其养殖规模也不断扩大,随之而来的鲫鱼病害也日趋严重。
粘孢子虫具有复杂的生活史,其宿主包括宿主鱼和水蚯蚓。研究表明,粘孢子虫在鱼体内行无性繁殖形成营养体,然后通过血液移形到靶器官发育成熟形成包囊(成熟孢子);孢子成熟后脱落或随着鱼体死亡、鲫鱼粪便、尿液落入水柱中并沉淀到底部,进而被土壤中的水蚯蚓吞食,孢子被水蚯蚓摄入后在其体内行有性生殖发育、移形并以放射孢子虫的形式释放到水柱中,水柱中的放射孢子虫又通过皮肤、鳃等感染鲫鱼宿主并在体内发育进行下一个生活史。
洪湖碘泡虫是异育银鲫“喉孢子虫病”病原体,主要感染鲫鱼鱼种,但近年来在鱼苗也有发现,主要寄生在鲫鱼喉部,严重寄生时会导致鲫鱼喉部严重充血,剪开喉部会发现里面充满了大量豆腐渣样包囊,有时也会直接撑破喉部导致鲫鱼死亡。然而,当鲫鱼喉部出现明显病症,镜检可发现成熟孢子时已处于发病末期,主要是由于粘孢子虫成熟后在孢子外形成坚硬的几丁质壳,一般的药物无法穿透,因此无法杀死该虫。但当孢子在鱼体内处于营养体以及在水 体中处于放射孢子虫阶段时,普通的药物都可以轻易将它杀死,从而达到预防的目的。另一方面,土壤中孢子丰度对我们评估洪湖碘泡虫的爆发有积极指导作用。因此,发展洪湖碘泡虫特异性检测方法检测鱼体内处于营养期的孢子、水体中放射孢子虫以及土壤中孢子丰度尤为必要。
发明内容
基于此,有必要提供一种特异性强、灵敏度高、快速检测的洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物及其检测方法。
一种洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,包括正向引物和反向引物;
正向引物MHF:5’-TAAAGTTAGCATCGAGAGCA-3’;
反向引物MHR:5’-CGCTGTATGATTAAACTGCT-3’。
一种洪湖碘泡虫的PCR特异性检测方法,包括以下步骤:以洪湖碘泡虫的ITS基因为靶基因,通过PCR方法,以待检样品为模板,以上述特异性检测引物扩增靶基因,经琼脂糖电泳后检测是否会产生432bp大小的特异性电泳条带,从而将洪湖碘泡虫成分进行特异性鉴定。
在其中一个实施例中,PCR方法的反应体系为:10×PCR BuFFer 2.5μL,2.5mmol/L的dNTP Mixture 2.0μL,5U/μl Takara Taq 0.3μL,10μmol/L MHF 0.5μL,10μmol/L MHR0.5μL,DNA模板1μL,灭菌双蒸水补足至体积25μL。
在其中一个实施例中,所述PCR方法的反应参数如表1所示:
表1
上述洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,设计合理,用于洪湖碘泡虫检测,不仅能成功从鲫鱼喉部组织、血液中检测洪湖碘泡虫,也能从水样、土壤中检测洪湖碘泡虫,具有较高的特异性与灵敏性,操作简便,快速准确,同时还可以监测洪湖碘泡虫在水域生态系统中的整个生活史过程,可直接应用于生产实 践中,对减轻洪湖碘泡虫对我国异育银鲫养殖业造成的损失有积极的作用。
附图说明
图1为本发明的洪湖碘泡虫PCR引物特异性检测图,其中,1:双蒸水空白对照;2:洪湖碘泡虫;3:鲫鱼肌肉组织;4:瓶囊碘泡虫;5:吴李碘泡虫;6:塔形碘泡虫;7:射阳碘泡虫;8:倪李碘泡虫;9:丑陋圆形碘泡虫;10:口腔碘泡虫;11:普罗尼碘泡虫;12:荆州碘泡虫;13:多涅茨尾孢虫;14:水滴尾孢虫;15:DL2000Marker;
图2为鲫鱼喉部组织样品中洪湖碘泡虫PCR特异性检测图,图中,1:孢子添加个数为7.0x104;2:孢子添加个数为7.0x103;3:孢子添加个数为7.0x102;4:孢子添加个数为7.0x101;5:孢子添加个数为7.0x100;M:DL2000Marker;
图3为鲫鱼血液中洪湖碘泡虫PCR特异性检测图,图中,1:孢子添加个数为7.0x104;2:孢子添加个数为7.0x103;3:孢子添加个数为7.0x102;4:孢子添加个数为7.0x101;5:孢子添加个数为7.0x100;M:DL2000Marker;
图4为池塘水中洪湖碘泡虫PCR特异性检测图,图中,1:孢子添加个数为7.0x104;2:孢子添加个数为7.0x103;3:孢子添加个数为7.0x102;4:孢子添加个数为7.0x101;5:孢子添加个数为7.0x100;M:DL2000Marker;
图5为土壤样品中洪湖碘泡虫PCR特异性检测图,图中,1:孢子添加个数为7.0x104;2:孢子添加个数为7.0x103;3:孢子添加个数为7.0x102;4:孢子添加个数为7.0x101;5:孢子添加个数为7.0x100;M:DL2000Marker。
具体实施方式
下面结合附图对本发明的较佳实施例进行详细阐述,以使本发明的优点和特征能更易于被本领域技术人员理解,从而对本发明的保护范围做出更为清楚明确的界定。
实施例中主要试剂与仪器为:
动物组织和血液样品基因组提取试剂盒(采购于北京百泰克生物技术有限公司)、土壤样品和水样基因组提取试剂盒(采购于Omega Bio-Tek公司)。Percoll 细胞分离液(GE)、胎牛血清、Marker DL2000、6×Loading BuFFer、10×PCR BuFFer、dNTP Mixture、TaqDNA聚合酶均购自Takara公司。
实施例1
洪湖碘泡虫PCR特异性引物筛选:
将目前在我国鲫鱼发现并实验室内有的粘孢子虫序列全部下载下来进行同源性比较与筛选,最终在ITS序列筛选到一对特异性非常强的引物。引物具体信息如下:
正向引物MHF:5’-TAAAGTTAGCATCGAGAGCA-3’;
反向引物MHR:5’-CGCTGTATGATTAAACTGCT-3’。
实施例2
洪湖碘泡虫PCR引物的特异性检测方法,包括以下步骤:
1)洪湖碘泡虫、鲫鱼肌肉组织、瓶囊碘泡虫、吴李碘泡虫、塔形碘泡虫、射阳碘泡虫、倪李碘泡虫、丑陋圆形碘泡虫、口腔碘泡虫、普罗尼碘泡虫、荆州碘泡虫、多涅茨尾孢虫、水滴尾孢虫的基因组DNA提取;
2)采用PCR方法,用实施例1中的洪湖碘泡虫PCR特异性引物扩增步骤1)各样品的DNA基因,其中PCR方法的反应体系为:10×PCR BuFFer 2.5μL,2.5mmol/L的dNTP Mixture2.0μL,5U/μl Takara Taq 0.3μL,10μmol/L MHF 0.5μL,10μmol/L MHR 0.5μL,DNA模板1μL,灭菌双蒸水补足至体积25μL。
其中,PCR方法的反应参数如表2所示:
表2
3)琼脂糖凝胶电泳检测:将各扩增后的DNA基因经琼脂糖凝胶电泳检测后结果如图1所示。由图1可知,所设计的洪湖碘泡虫PCR特异性引物可以成功的扩增出432bp的目的条带,且特异性良好,能很好的区别其他在鲫鱼上发 现的粘狍子虫。
实施例3
洪湖碘泡虫PCR特异性检测方法的应用
1)鲫鱼喉部组织样品中洪湖碘泡虫的检测:将纯化得到洪湖碘泡虫人为的添加到鲫鱼喉部组织中,以7.0x104、7.0x 103、7.0x 102、7.0x101、7.0x100个添加进去,用上述组织基因组DNA抽取试剂盒提取基因组,同时用发展的引物和上述体系和条件进行PCR扩增、电泳检测,结果如图2所示。
结果表明:利用洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,通过PCR方法,可以成功检测鲫鱼喉部组织样品中的洪湖碘泡虫,且最低个数为7.0x101个。
2)鲫鱼血液样品中洪湖碘泡虫的检测:将纯化得到洪湖碘泡虫人为的添加到抽取的鲫鱼血液中,以7.0x104、7.0x 103、7.0x 102、7.0x101、7.0x100个添加进去,用上述血液组织基因组DNA抽取试剂盒提取基因组,同时用发展的引物和上述体系和条件进行PCR扩增、电泳检测,结果如图3所示。
结果表明:利用洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,通过PCR方法,可以成功检测鲫鱼血液中的洪湖碘泡虫,且最低个数为7.0x101个。
3)水样中洪湖碘泡虫的检测:将纯化得到洪湖碘泡虫人为的添加到1L的池塘水中,以7.0x104、7.0x 103、7.0x 102、7.0x101、7.0x100个添加进去,用上述水样基因组DNA抽取试剂盒提取基因组,同时用发展的引物和上述体系和条件进行PCR扩增、电泳检测,结果如图4所示。
结果表明:利用洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,通过PCR方法,可以成功检测池塘水中的洪湖碘泡虫,且最低个数为7.0x101个。
4)土壤中洪湖碘泡虫的检测:将纯化得到洪湖碘泡虫人为的添加到1L的池塘水中,以7.0x104、7.0x 103、7.0x 102、7.0x101、7.0x100个添加进去,用上述土壤样品基因组DNA抽取试剂盒提取基因组,同时用发展的引物和上述体系和条件进行PCR扩增、电泳检测,结果如图4所示。
结果表明:利用洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,通过PCR方法,可以成功检测土壤中的洪湖碘泡虫,且最低个数为7.0x102个。
上述洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,设计合理,用于洪湖碘泡虫检测,不仅能成功从鲫鱼喉部组织、血液中检测洪湖碘泡虫,也能从水样、土壤中检测洪湖碘泡虫,具有较高的特异性与灵敏性,操作简便,快速准确,同时还可以监测洪湖碘泡虫在水域生态系统中的整个生活史过程,可直接应用于生产实践中,对减轻洪湖碘泡虫对我国异育银鲫养殖业造成的损失有积极的作用。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式,其描述较为具体和详细,但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干变形和改进,这些都属于本发明的保护范围。因此,本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
SEQUENCE LISTING
<110> 华大(镇江)水产科技产业有限公司
<120> 一种洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物及其检测方法
<130> 20170113001
<160> 2
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(20)
<400> 1
taaagttagc atcgagagca 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(20)
<400> 2
cgctgtatga ttaaactgct 20

Claims (4)

1.一种洪湖碘泡虫PCR特异性检测引物,其特征在于,包括正向引物和反向引物;
正向引物MHF:5’-TAAAGTTAGCATCGAGAGCA-3’;
反向引物MHR:5’-CGCTGTATGATTAAACTGCT-3’。
2.一种洪湖碘泡虫的PCR特异性检测方法,其特征在于,包括以下步骤:以洪湖碘泡虫的ITS基因为靶基因,通过PCR方法,以待检样品为模板,以权利要求1中的特异性检测引物扩增靶基因,经琼脂糖电泳后检测是否会产生432bp大小的特异性电泳条带,从而将洪湖碘泡虫成分进行特异性鉴定。
3.根据权利要求2所述的洪湖碘泡虫的PCR特异性检测方法,其特征在于,PCR方法的反应体系为:10×PCR BuFFer 2.5μL,2.5mmol/L的dNTP Mixture 2.0μL,5U/μl Takara Taq0.3μL,10μmol/L MHF 0.5μL,10μmol/L MHR 0.5μL,DNA模板1μL,灭菌双蒸水补足至体积25μL。
4.根据权利要求2所述的洪湖碘泡虫的PCR特异性检测方法,其特征在于,所述PCR方法的反应参数如表1所示:
表1
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