CN105803113A - 一种同步检测百合隐症病毒和斑驳病毒的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种免疫捕获双重RT‑PCR同步检测百合隐症病毒和百合斑驳病毒的方法,其步骤包括在同一个PCR反应管中用LSV和LMoV的多克隆抗体特异性捕获LSV和LMoV粒子、利用LSV和LMoV的特异性引物进行双重反转录聚合酶链式反应RT‑PCR、琼脂糖凝胶电泳检测目的片段;该方法将ELISA和RT‑PCR结合,对现有的免疫捕获RT‑PCR进行了改进,实现了用免疫捕获RT‑PCR同步检测两种百合病毒LSV和LMoV,从而完善了免疫捕获RT‑PCR技术。
Description
技术领域
本发明涉及一种同步检测百合隐症病毒和斑驳病毒的方法,更进一步涉及一种用免疫捕获双重RT-PCR技术同步检测百合隐症病毒和百合斑驳病毒的方法。
背景技术
百合病毒自20世纪40年代被发现以来,已成为危害百合种球生产和鲜切花品质的世界性病害;至今被发现侵染百合病毒有20多种,其中百合隐症病毒(Lily symptomlessvirus,LSV)和百合斑驳病毒 (Lily mottle virus,LMoV)是发生较普遍、危害严重的2种病毒。
LSV属于香石竹潜隐病毒属(Carlavirus),是正义单链 RNA 病毒;LSV 基因组为不分段 RNA,全长为 8394 bp,5′端含帽子结构,3′端有polyA 尾巴,共有 6 个开放阅读框(ORF),编码 4 个蛋白,依 5′至 3′分别编码:RNA 依赖的 RNA 聚合酶(RdRp),三基因连锁结构(TGBp1-3),外壳蛋白(CP)和核酸结合蛋白;LSV的ORF1为RdRp,编码一个蛋白(220kD),与病毒在植物体内复制有关;ORF2、ORF3 和 ORF4 分别编码 TGBp1、TGBp2 和 TGBp3(25 kD,12 kD,7 kD),是病毒在宿主体内运动的 3 个基因序列互相重叠的运动蛋白(MP);ORF5为CP,编码唯一参与病毒颗粒形态构成的蛋白质(32kD);ORF6推测是核酸结合蛋白(16kD),该蛋白含有一个CysZ-CysZ结构的锌指结构域。
LMoV属于马铃薯Y病毒科、马铃薯Y病毒属(Potyvirus),病毒粒子为弯曲线状且呈螺旋对称,大小(650~900)nm ×(11~15)nm;病毒基因组为单分子正链RNA,约9.4kb,具有potyvirus属成员的典型基因组结构特征,包括一个Poly(A)尾巴,编码一个由3095个氨基酸组成的分子量为351.0 kDa的多聚蛋白;多聚蛋白通过自我剪切后形成外壳蛋白(CP)等10个不同大小的功能蛋白;LMoV CP亚基由274 aa组成,大小为30kDa左右,组装成外壳包裹病毒RNA。
防治百合病毒病较有效的手段是采用无毒繁殖材料或进行脱毒快繁,而这有赖于灵敏、快速和可靠的检测技术;基于病毒外壳蛋白抗原抗体反应的酶联免疫吸附法(ELISA)和基于病毒核酸的RT-PCR检测是目前较为广泛的检测病毒的方法;然而,ELISA检测一个反应体系只能完成一种病毒的检测,不能实现同步检测两种或多种病毒;RT-PCR虽然可以对两种或多种病毒实现同步检测,但是检测必须提取高质量的RNA,百合以及水仙、郁金香等球茎花卉种球富含多酚和多糖,提取的RNA中残留多酚和多糖会严重影响检测的灵敏性和特异性;免疫捕获RT-PCR或IC-RT-PCR结合了ELISA和RT-PCR另种方法的优点,具有较高的灵敏度,且更加简便高效,更重要的是不用提取RNA,检测成本低,不受多糖多酚的影响,非常适合百合、水仙、郁金香种球的病毒检测;关于免疫捕获RT-PCR,目前已有用该方法检测多种植物病毒的相关报道,但是已建立的检测体系都仅能完成一种单一病毒的检测,至今未见用该方法同步检测两种或多种病毒的相关报道。
为了进一步提高检测效率,降低试验成本,本发明对现有的免疫捕获RT-PCR反应进行了改进,实现了用该方法同步检测百合隐症病毒和百合斑驳病毒;具体是在免疫捕获RT-PCR反应的第一部分将通常单一的免疫反应改进为复合的免疫反应,即PCR管壁上同时捕获LSV和LMoV粒子;第二部分将第一链cDNA的合成改进为第一链cDNAs混合物的合成;第三部分将单一的PCR反应改进为了双重PCR检测。
发明内容
本发明的目的在于克服现有方法的不足,提供一种快速、准确、简便地用免疫捕获双重RT-PCR同时检测LSV和LMoV的方法。
整个检测方法省略了RNA提取过程,利用两种病毒抗体的特异性,迅速捕获两种目的病毒,从而高效快速的获得目的片段,为球茎类作物病毒的准确检测提供了快捷特异的方法,从而完善了免疫捕获RT-PCR技术。
本发明的目的是通过以下技术方案实现的:
一种同步检测LSV和LMoV的方法,其特征在于包括以下步骤:
①LSV和LMoV的多克隆抗体被包被在同一个PCR反应管中,高效特异捕获LSV和LMoV粒子;
②利用LSV和LMoV的特异性引物进行双重反转录聚合酶链式反应RT-PCR;
③琼脂糖凝胶电泳检测目的片段。
上述进行双重RT-PCR的引物为LSV和LMoV的特异性引物。
采用琼脂糖凝胶电泳检测步骤②获得的反应产物,LSV和LMoV的目标电泳条带分别出现在198和395碱基对(bp)处。
本发明是将免疫学检测技术和分子生物学检测技术有机的结合起来,吸附在PCR管壁上的LSV和LMoV多克隆抗体能特异性捕获检测样品中的LSV和LMoV粒子,起到浓缩和纯化病毒的作用,又利用PCR技术放大了检测的灵敏度,可用于感病样品低浓度病毒的检测;该发明省去了普通RT-PCR中提取总RNA的繁琐步骤,大大降低了检测成本;另一方面由于抗原与抗体的结合,提高了检测的特异性;利用免疫捕获PCR还可以避免球根类花卉种球中富含的多糖和多酚对RT-PCR的干扰,因而该技术尤其适合对百合种球鳞茎LSV和LMoV进行准确的检测,从而从种源上严格控制LSV和LMoV对百合产业的危害,减少经济损失。
附图说明
图1为本发明实施例百合隐症病毒和斑驳病毒的电泳检测图
图中:
M, 600bp Marker;
1,阴性对照;
2,LSV+LMoV感病组织;
3,阳性对照。
具体实施方式
本发明的实施例技术方案如下:
1.引物设计
根据LSV和LMoV的CP基因序列,设计了LSV和LMoV的特异性正向和反向引物,引物序列为:LSV-F(5’- TATGGGCTTCCAATACAAC-3’)/ LSV-R(5’-TATTCGGTTTCCAGGTTC-3’),LMoV-F(5’- TGGCACCTCACCAAATGTA -3’)/ LMoV-R(5’-CATCATCTGCTGTATGCCTCT-3’),扩增产物的大小分别为198bp和395bp;
2.免疫捕获
1)取100mg复合感染LSV+LMoV的组织,加1mL PBST研磨后将研磨液转入1.5mL灭菌离心管中,4000rpm离心2min,上清液即感病组织粗提液;
2)用pH9.6的碳酸盐缓冲液将LMoV和LSV多克隆抗体稀释后混合,使LMoV和LSV两种抗体的终浓度分别为1μg/mL和10μg/mL;取200μL上述稀释的混合抗体加入PCR管,37℃孵育2h;
3)弃去包被液,用PBST洗3次,每次3min; 加入200μL感病组织粗提液,37℃孵育3h;
4)弃去抗原液,用 PBST洗3次,ddH2O洗1次,短暂离心,吸去残液;
3. 双重RT-PCR
1) 在包被过的PCR管中加入浓度均为10 μmol/L的LSV和LMoV特异性反向引物LSV-R和LMoV-R各2μL, 8μL ddH2O,混合后于70℃保温10min,之后迅速冰浴2 min;
2)双重RT:向上述PCR管中按以下体系加入试剂,混合均匀后,42℃水浴1h,70℃保温15min,得到cDNAs混合物;
M-MLV buffer (5×) 4μL
dNTP混合物 (各10mmol/L ) 2μL
RNase抑制剂(30U/μL) 0.68μL
M-MLV反转录酶(200U /μL) 0.70μL
DEPC-H2O 0.62μL
3)双重PCR:取一新的PCR管,按以下体系加入各试剂进行双重PCR:.
上述cDNAs混合物 2.0μL
10×PCR buffer 2.5μL
MgCl2(25 mmol/L) 2.5μL
dNTP混合物(各2.5mmol/L ) 2.5μL
LSV-F(10μmol/L) 0.5μL
LSV-R(10μmol/L) 0.5μL
LMoV-F(10μmol/L) 0.5μL
LMoV-R(10μmol/L) 0.5μL
Taq DNA聚合酶(5U/μL) 0.3μL
ddH2O 13.2μL
双重PCR的反应条件为: 94℃预变性4min,94℃变性30s,50℃~58℃退火45s,72℃延伸1min,扩增30~35个循环,72℃延伸7min,降至常温;
4. 电泳检测
PCR反应结束后取10μL反应产物进行2.0%琼脂糖凝胶电泳,在1×TBE缓冲液环境中,100V稳压电泳40min,然后用凝胶成像系统并观察并记录结果;
5. 结果分析
根据电泳胶上扩增条带的有无及其大小判定所检测的样品是否感染LSV或LMoV:
若凝胶中仅存在198bp的核酸片段则说明样品中含有LSV;
若凝胶中仅存在395bp的核酸片段则说明样品中含有LMoV;
若凝胶中同时存在198bp和395bp的核酸片段,则说明样品中同时含有LSV和LMoV。
依据上述方法,经检测兰州地区食用百合和切花百合样品上的LSV和LMoV,电泳检测结果中如含有198bp的片段,说明样品中含有百合隐症病毒;如含有395bp的片段,说明样品中含有百合斑驳病毒。
Claims (3)
1.一种同步检测百合隐症病毒和斑驳病毒的方法,其特征在于,包括以下步骤:
①LSV和LMoV的多克隆抗体被包被在同一个PCR反应管中,捕获LSV和LMoV粒子,具体是用pH9.6的碳酸盐缓冲液将兔抗LMoV和LSV多克隆抗体稀释后混合,使LMoV和LSV两种抗体的终浓度分别为1μg/mL和10μg/mL,取200μL上述稀释的混合抗体加入PCR管;
②捕获的LSV和LMoV粒子作为模板,利用LSV 和LMoV 的特异性反向引物LSV-R和LMoV-R以及M-MLV反转录酶进行双重RT,合成LSV和LMoV 两种病毒的cDNAs第一链混合物;
③利用②获得的cDNAs为模板,在TaqDNA聚合酶的作用下进行双重PCR;
④采用琼脂糖凝胶电泳检测步骤③获得的双重PCR反应产物,LSV和LMoV两种病毒核酸片段的电泳条带分别出现在198bp和395bp处;
⑤根据电泳胶上扩增条带的有无及其大小判定所检测的样品是否感染LSV或LMoV,若凝胶中仅存在198bp的核酸片段则说明样品中含有LSV;若凝胶中仅存在395bp的核酸片段则说明样品中含有LMoV;若凝胶中同时存在198bp和395bp的核酸片段,则说明样品中同时含有LSV和LMoV。
2.根据权利要求1 所述的同步检测百合隐症病毒和斑驳病毒的方法,其特征是所述进行双重RT-PCR的引物为LSV和LMoV的特异性引物。
3.根据权利要求2所述的同步检测百合隐症病毒和斑驳病毒的方法,所述 LSV和LMoV分别为百合隐症病毒和百合斑驳病毒。
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Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107164566A (zh) * | 2017-07-19 | 2017-09-15 | 上海市农业科学院 | 一种检测百合斑驳病毒的lamp引物组、试剂盒及检测方法 |
CN108754025A (zh) * | 2018-06-21 | 2018-11-06 | 中国科学院寒区旱区环境与工程研究所 | 一种特异性检测百合隐症病毒的试剂盒及其检测方法 |
CN108796127A (zh) * | 2018-06-21 | 2018-11-13 | 中国科学院寒区旱区环境与工程研究所 | 一种特异性检测百合斑驳病毒的试剂盒及其检测方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN1793858A (zh) * | 2005-12-22 | 2006-06-28 | 云南农业大学 | 同步检测百合斑驳病毒、百合无症病毒和黄瓜花叶病毒的方法 |
CN1873019A (zh) * | 2005-06-03 | 2006-12-06 | 云南省农业科学院 | 百合病毒的多重逆转录聚合酶链式反应快速检测方法 |
KR20150145771A (ko) * | 2014-06-19 | 2015-12-31 | 대한민국(농촌진흥청장) | 나리 바이러스 다중 진단용 프라이머 세트 및 이를 이용한 진단 방법 |
-
2016
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Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN1873019A (zh) * | 2005-06-03 | 2006-12-06 | 云南省农业科学院 | 百合病毒的多重逆转录聚合酶链式反应快速检测方法 |
CN1793858A (zh) * | 2005-12-22 | 2006-06-28 | 云南农业大学 | 同步检测百合斑驳病毒、百合无症病毒和黄瓜花叶病毒的方法 |
KR20150145771A (ko) * | 2014-06-19 | 2015-12-31 | 대한민국(농촌진흥청장) | 나리 바이러스 다중 진단용 프라이머 세트 및 이를 이용한 진단 방법 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
KIM ET AL.: "Development of an Indirect ELISA and Immunocapture RT-PCR for Lily Virus Detection", 《J. MICROBIOL. BIOTECHNOL.》 * |
YUN ZHENG等: "Specific and Rapid Detection of Lily symptomless virus and Arabis mosaic virus in Lily by Dual IC-RT-PCR", 《J PHYTOPATHOL》 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107164566A (zh) * | 2017-07-19 | 2017-09-15 | 上海市农业科学院 | 一种检测百合斑驳病毒的lamp引物组、试剂盒及检测方法 |
CN108754025A (zh) * | 2018-06-21 | 2018-11-06 | 中国科学院寒区旱区环境与工程研究所 | 一种特异性检测百合隐症病毒的试剂盒及其检测方法 |
CN108796127A (zh) * | 2018-06-21 | 2018-11-13 | 中国科学院寒区旱区环境与工程研究所 | 一种特异性检测百合斑驳病毒的试剂盒及其检测方法 |
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