CN105779575A

CN105779575A - 人eif3a基因的用途及其相关药物

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Publication number: CN105779575A
Application number: CN201410820495.2A
Authority: CN
Inventors: 聂勇战; 吴开春; 董加强; 胡思隽; 窦建华; 唐光波; 吴健
Original assignee: Fourth Military Medical University FMMU
Current assignee: Fourth Military Medical University FMMU
Priority date: 2014-12-25
Filing date: 2014-12-25
Publication date: 2016-07-20

Abstract

本发明公开了人EIF3A基因的用途及其相关药物。本发明公开了人EIF3A基因在肿瘤治疗、肿瘤诊断及药物制备中的用途。本发明还进一步构建了人EIF3A基因小分子干扰RNA、人EIF3A基因干扰核酸构建体、人EIF3A基因干扰慢病毒并公开了它们的用途。本发明提供的siRNA或者包含该siRNA序列的核酸构建体、慢病毒能够特异性抑制人EIF3A基因的表达，尤其是慢病毒，能够高效侵染靶细胞，高效率地抑制靶细胞中EIF3A基因的表达，进而抑制肿瘤细胞的生长，促进肿瘤细胞凋亡，在肿瘤治疗中具有重要意义。

Description

人EIF3A基因的用途及其相关药物

技术领域

本发明涉及生物技术领域，更具体地涉及人EIF3A基因的用途及其相关药物。

背景技术

RNA干扰(RNAinterference,RNAi)即用核苷酸组成的短的双链RNA(dsRNA)进行转录后基因沉默。它可高效、特异地阻断体内特定基因的表达，导致其降解，从而引起生物体内特异基因的沉默，使细胞表现出某种基因表型的缺失，是近年来新兴的一种常用的研究基因功能、寻找疾病治疗方法的实验室技术。研究表明，长度为21-23nt的双链RNA能够在转录和转录后水平特异性的引起RNAi(TuschlT,ZamorePD,SharpPA,BartelDP.RNAi:double-strandedRNAdirectstheATP-dependentcleavageofmRNAat21to23nucleotideintervals.Cell2000；101:25-33.)。肿瘤患者虽经化疗、放疗和综合治疗，但五年生存率仍很低，如能对肿瘤发病和进展有关的基因进行干预，将能为肿瘤的治疗开辟新途径。近年来，RNAi已成为肿瘤的基因治疗的有效策略。利用RNAi技术可以抑制原癌基因、突变的抑癌基因、细胞周期相关基因、抗凋亡相关基因等的表达来抑制肿瘤进程(Uprichard,SusanL.ThetherapeuticpotentialofRNAinterference.FEBSLetters2005；579:5996-6007.)。

真核生物蛋白合成包括起始、延伸、终止三个阶段，这一复杂的生理过程在细胞质内的核糖体上进行，有一系列称为真核翻译起始因子(eifs)的蛋白因子参与。至今为止发现13种起始因子，其中分子量最大的一个eIF3包含8-11个亚基，并在蛋白合成超始途径中起重要的作用。在缺乏其它起始因子的条件下，eIF3可结合核糖体40s小亚基从而维持40s与60s亚基的解离状态，同时还能稳定和促进三元复合物eIF2-GTP-甲硫氨酸与5’端mRNA的作用[KolupaevaVG,UnbehaunA,LomakinIB,HellenCU,PestovaTV.Bindingofeukaryoticinitiationfactor3toribosomal40Ssubunitsanditsroleinribosomaldissociationandanti-association.RNA.2005Apr；11(4):470-86.ZhouM,SandercockAM,FraserCS,RidlovaG,StephensE,SchenauerMR,Yokoi-FongT,BarskyD,LearyJA,HersheyJW,DoudnaJA,RobinsonCV.MassspectrometryrevealsmodularityandacompletesubunitinteractionmapoftheeukaryotictranslationfactoreIF3.ProcNatlAcadSciUSA.2008Nov25；105(47):18139-44]。

关于EIF3A在肿瘤相关领域的报道很少。为了研究EIF3A和肿瘤的相关性，本发明选取结肠癌细胞模型，以RNAi为手段研究EIF3A在结肠癌发生和发展中的作用。

发明内容

本发明的目的在于公开与人EIF3A基因相关的治疗方法及药物，以RNA干扰(RNAi)为手段研究EIF3A基因在肿瘤细胞的存活和凋亡过程中的作用。

本发明第一方面，以RNA干扰为手段，研究了EIF3A基因在肿瘤发生和发展中的作用，公开了一种抑制或降低肿瘤细胞生长、增殖、分化和/或存活的方法，该方法包括：向肿瘤细胞施用一种能够特异性抑制EIF3A基因的转录或翻译，或能够特异性抑制EIF3A蛋白的表达或活性的分子，以此来抑制肿瘤细胞的生长、增殖、分化和/或存活。

所述肿瘤细胞选自其生长与EIF3A蛋白的表达或活性相关的肿瘤细胞。较优的，所述肿瘤细胞选自结肠癌。

所述抑制或降低肿瘤细胞生长、增殖、分化和/或存活的方法中，所述分子的施用量为足够降低EIF3A基因的转录或翻译，或者足够降低EIF3A蛋白的表达或活性的剂量。进一步的，所述EIF3A基因的表达至少被降低50％、80％、90％、95％或99％。

所述分子可选自但不限于：核酸分子、碳水化合物、脂类、小分子化学药、抗体药、多肽、蛋白或干扰慢病毒。

所述核酸包括但不限于：反义寡核苷酸、双链RNA(dsRNA)、核酶、核糖核酸内切酶III制备的小干扰RNA(esiRNA)或者短发夹RNA(shRNA)。

所述双链RNA、核酶、esiRNA或者shRNA含有EIF3A基因的启动子序列或EIF3A基因的信息序列。

进一步的，所述双链RNA为小干扰RNA(siRNA)。所述小干扰RNA包含第一链和第二链，所述第一链和所述第二链互补共同形成RNA二聚体，并且所述第一链的序列与EIF3A基因中15-27个连续的核苷酸序列基本相同。所述小分子干扰RNA能特异性结合靶序列所编码的mRNA片段，并特异性沉默人EIF3A基因的表达。

进一步的，所述小干扰RNA的第一链序列与EIF3A基因中的靶序列基本相同。较优的，所述EIF3A基因中的靶序列含有如SEQIDNO:1任一所示的序列。

所述EIF3A基因中的靶序列即为所述小分子干扰RNA特异性沉默EIF3A基因表达时，与所述的小分子干扰RNA互补结合的mRNA片段所对应的EIF3A基因中的片段。

较佳的，所述EIF3A基因来源于人。

本发明第一方面还公开了一种分离的人EIF3A基因在制备或筛选肿瘤治疗药物，或者在制备肿瘤诊断药物中的用途。

进一步的，所述肿瘤选自结肠癌。

所述将分离的EIF3A基因用于制备或筛选肿瘤治疗药物包括两方面的内容：其一，将EIF3A基因作为药物或制剂针对肿瘤细胞的作用靶标应用于制备肿瘤治疗药物或制剂；其二，将EIF3A基因作为药物或制剂针对肿瘤细胞的作用靶标应用于筛选肿瘤治疗药物或制剂。

所述将EIF3A基因作为药物或制剂针对肿瘤细胞的作用靶标应用于制备肿瘤治疗药物或制剂具体是指：将EIF3A基因作为RNA干扰作用的靶标，来研制针对肿瘤细胞的药物或制剂，从而能降低肿瘤细胞内EIF3A基因的表达水平。

所述将EIF3A基因作为药物或制剂针对肿瘤细胞的作用靶标应用于筛选肿瘤治疗药物或制剂具体是指：将EIF3A基因作为作用对象，对药物或制剂进行筛选，以找到可以抑制或促进人EIF3A基因表达的药物作为肿瘤治疗备选药物。如本发明所述的EIF3A基因小分子干扰RNA(siRNA)即是以人EIF3A基因为作用对象筛选获得的，可用作具有抑制肿瘤细胞增殖作用的药物。除此之外，诸如抗体药物，小分子药物等也可将EIF3A基因及其蛋白作为作用对象。

所述将EIF3A基因用于制备肿瘤诊断药物，是指将EIF3A基因表达产物作为一项肿瘤诊断指标应用于肿瘤诊断药物的制备。

通过免疫组织化学的方法检测EIF3A基因在肿瘤组织、正常组织和肿瘤周围正常组织中的表达水平。研究发现：EIF3A基因在肿瘤组织中的表达量显著高于正常组织和肿瘤周围正常组织。提示EIF3A基因可能作为一种癌基因，在肿瘤的发生发展中发挥重要作用；EIF3A基因的表达水平可能成为肿瘤诊断的标志。

所述肿瘤治疗药物为能够特异性抑制EIF3A基因的转录或翻译，或能够特异性抑制EIF3A蛋白的表达或活性的分子，从而降低肿瘤细胞中EIF3A基因的表达水平，达到抑制肿瘤细胞的增殖、生长、分化和/或存活的目的。

所述通过分离的EIF3A基因制备或筛选获得的肿瘤治疗药物或者肿瘤诊断药物包括但不限于：核酸分子、碳水化合物、脂类、小分子化学药、抗体药、多肽、蛋白或干扰慢病毒。

所述肿瘤治疗药物的施用量为足够降低人EIF3A基因的转录或翻译，或者足够降低人EIF3A蛋白的表达或活性的剂量。以使人EIF3A基因的表达至少被降低50％、80％、90％、95％或99％。

采用前述肿瘤治疗药物治疗肿瘤的方法，主要是通过降低人EIF3A基因的表达水平抑制肿瘤细胞的增殖来达到治疗的目的。具体的，治疗时，将能有效降低人EIF3A基因表达水平的物质给药于患者。

本发明第二方面公开了一种降低肿瘤细胞中EIF3A基因表达的分离的核酸分子，所述核酸分子包含：

a)双链RNA，所述双链RNA中含有能够在严紧条件下与EIF3A基因杂交的核苷酸序列；或者

b)shRNA，所述shRNA中含有能够在严紧条件下与EIF3A基因杂交的核苷酸序列。

进一步的，所述双链RNA包含第一链和第二链，所述第一链和所述第二链互补共同形成RNA二聚体，并且所述第一链的序列与EIF3A基因中15-27个连续的核苷酸序列基本相同。较佳的，所述第一链的序列与EIF3A基因中19-23个连续的核苷酸序列基本相同；更佳的，所述第一链的序列与EIF3A基因中19、20或者21个连续的核苷酸序列基本相同。

更进一步的，所述双链RNA包含第一链和第二链，所述第一链和所述第二链互补共同形成RNA二聚体，并且所述第一链的序列与EIF3A基因中的靶序列基本相同。

所述双链RNA第一链和第二链的长度均为15-27个核苷酸；较佳的，长度均为19-23个核苷酸；最佳的，长度均为19、20或者21个核苷酸。

进一步的，所述双链RNA为小干扰RNA(siRNA)。

更进一步的，所述小干扰RNA第一链的序列如SEQIDNO：13所示，

具体为5’-AGGGCAGAAGAACAAAUGCUA-3’。

SEQIDNO：13所示的siRNA为以SEQIDNO:1所示的序列为RNA干扰靶序列设计的、针对人EIF3A基因的小干扰RNA的一条链，另一条链即第二链的序列与第一链序列互补，该siRNA可以起到特异性沉默肿瘤细胞中内源EIF3A基因表达的作用。

进一步的，所述shRNA包括正义链片段和反义链片段，以及连接所述正义链片段和反义链片段的茎环结构，所述正义链片段和所述反义链片段的序列互补，并且所述正义链片段的序列与EIF3A基因中15-27个连续的核苷酸序列基本相同。所述shRNA经加工后可成为小干扰RNA(siRNA)进而起到特异性沉默肿瘤细胞中内源EIF3A基因表达的作用。

更一步的，所述shRNA包括正义链片段和反义链片段，以及连接所述正义链片段和反义链片段的茎环结构，所述正义链片段和所述反义链片段的序列互补，并且所述正义链片段的序列与EIF3A基因中的靶序列基本相同。

较佳的，所述正义链片段与EIF3A基因中19-23个连续的核苷酸序列基本相同；更佳的，所述正义链片段与EIF3A基因中19、20或者21个连续的核苷酸序列基本相同。

进一步的，所述shRNA的茎环结构的序列可选自以下任一：UUCAAGAGA、AUG、CCC、UUCG、CCACC、CTCGAG、AAGCUU和CCACACC。

更进一步的，所述shRNA的序列如SEQIDNO:14所示，具体为：5’-AGGGCAGAAGAACAAAUGCUAUUCAAGAGAUAGCAUUUGUUCUUCUGCCCU-3’。

shRNA经酶切加工后可成为siRNA，进而起到特异性沉默肿瘤细胞中内源性人EIF3A基因表达的作用。

编码本发明所述shRNA的基因片段的干扰慢病毒载体含有SEQIDNO:1的序列及其互补序列。

所述双链RNA的第一链或所述shRNA的正义链片段与EIF3A基因中的靶序列基本相同，所述EIF3A基因的靶序列即为siRNA用于特异性沉默EIF3A基因表达时，被所述siRNA识别并沉默的mRNA片段所对应的EIF3A基因中的片段。

较佳的，所述EIF3A基因中的靶序列含有SEQIDNO:1的序列。

进一步的，所述EIF3A基因来源于人。

本发明第三方面，公开了一种EIF3A基因干扰核酸构建体，含有编码本发明所述分离的核酸分子中的shRNA的基因片段，能表达所述shRNA。

所述的人EIF3A基因干扰核酸构建体可以是将编码前述人EIF3A基因shRNA的基因片段克隆入已知载体获得。进一步的，所述EIF3A基因干扰核酸构建体为EIF3A基因干扰慢病毒载体。

本发明的EIF3A基因干扰慢病毒载体是将编码前述EIF3A基因shRNA的DNA片段克隆入已知载体获得，所述已知载体多为慢病毒载体，所述EIF3A基因干扰慢病毒载体经过病毒包装成为有感染力的病毒颗粒后，感染肿瘤细胞，进而转录出本发明所述shRNA，通过酶切加工等步骤，最终获得所述siRNA，用于特异性沉默EIF3A基因的表达。

进一步的，所述EIF3A基因干扰慢病毒载体还含有启动子序列和/或编码肿瘤细胞中可被检测的标记物的核苷酸序列；较优的，所述可被检测的标记物如绿色荧光蛋白(GFP)。

进一步的，所述慢病毒载体可以选自：pLKO.1-puro、pLKO.1-CMV-tGFP、pLKO.1-puro-CMV-tGFP、pLKO.1-CMV-Neo、pLKO.1-Neo、pLKO.1-Neo-CMV-tGFP、pLKO.1-puro-CMV-TagCFP、pLKO.1-puro-CMV-TagYFP、pLKO.1-puro-CMV-TagRFP、pLKO.1-puro-CMV-TagFP635、pLKO.1-puro-UbC-TurboGFP、pLKO.1-puro-UbC-TagFP635、pLKO-puro-IPTG-1xLacO、pLKO-puro-IPTG-3xLacO、pLP1、pLP2、pLP/VSV-G、pENTR/U6、pLenti6/BLOCK-iT-DEST、pLenti6-GW/U6-laminshrna、pcDNA1.2/V5-GW/lacZ、pLenti6.2/N-Lumio/V5-DEST、pGCSIL-GFP或pLenti6.2/N-Lumio/V5-GW/lacZ中的任一。

本发明实施例具体列举了以pGCSIL-GFP为载体构建的人EIF3A基因干扰慢病毒载体，命名为pGCSIL-GFP-EIF3A-siRNA。

本发明分离的核酸分子可用于制备预防或治疗肿瘤的药物，所述肿瘤为结肠癌。

本发明的EIF3A基因siRNA可用于抑制肿瘤细胞的增殖，进一步地可以用作治疗肿瘤的药物或制剂。EIF3A基因干扰慢病毒载体则可用于制备所述EIF3A基因siRNA。当用作治疗肿瘤的药物或制剂时，是将安全有效量的所述核酸分子施用于哺乳动物。具体剂量还应考虑给药途径、病人健康状况等因素，这些都是熟练医师技能范围之内的。

本发明第四方面，公开了一种EIF3A基因干扰慢病毒，由前述EIF3A基因干扰慢病毒载体在慢病毒包装质粒、细胞系的辅助下，经过病毒包装而成。该慢病毒可感染肿瘤细胞并产生针对EIF3A基因的小分子干扰RNA，从而抑制结肠癌细胞的增殖。该EIF3A基因干扰慢病毒可用于制备预防或治疗肿瘤的药物。

本发明第五方面，公开了一种用于预防或治疗肿瘤的药物组合物，其有效物质含有前述的分离的核酸分子，EIF3A基因干扰核酸构建体或EIF3A基因干扰慢病毒中的一种或多种的组合。

进一步的，所述药物组合物含有1～99wt％所述双链RNA、shRNA、EIF3A基因干扰核酸构建体或EIF3A基因干扰慢病毒，以及药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。

在制备这些组合物时，通常将活性成分与赋形剂混合，或用赋形剂稀释，或包在可以胶囊或药囊形式存在的载体中。当赋形剂起稀释剂作用时，它可以是固体、半固体或液体材料作为赋形剂、载体或活性成分的介质。因此，组合物可以是片剂、丸剂、粉剂、溶液剂、糖浆剂、灭菌注射溶液等。合适的赋形剂的例子包括:乳糖、葡萄糖、蔗糖、山梨醇、甘露醇、淀粉、微晶纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、纤维素、水、等。制剂还可包括:湿润剂、乳化剂、防腐剂(如羟基苯甲酸甲酯和丙酯)、甜味剂等。

本发明还公开了所述药物组合物在制备治疗结肠癌的肿瘤治疗药物中的应用。

该药物组合物的应用为肿瘤的治疗提供了一种方法，具体为一种预防或治疗对象体内肿瘤的方法，包括将有效剂量的所述的药物组合物施用于对象中。进一步的，所述肿瘤选自结肠癌。

所述药物组合物用于预防或治疗对象体内肿瘤时，需要将有效剂量的所述的药物组合物施用于对象中。采用该方法，所述肿瘤的生长、增殖、复发和/或转移被抑制。进一步的，所述肿瘤的生长、增殖、复发和/或转移的至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％的部分被抑制。

所述方法的对象可以为人。

本发明第六方面，公开了一种用于降低肿瘤细胞中的EIF3A基因表达的试剂盒，所述试剂盒包括：存在于容器中的所述分离的核酸分子，EIF3A基因干扰核酸构建体，和/或所述的EIF3A基因干扰慢病毒。

综上所述，本发明设计了针对人EIF3A基因的1个RNAi靶点序列，构建相应的EIF3ARNAi载体，其中编码序列SEQIDNO：1的RNAi载体pGCSIL-GFP-EIF3A-siRNA能够显著下调EIF3A基因在mRNA水平和蛋白水平的表达。使用慢病毒(lentivirus，简写为Lv)作为基因操作工具携带RNAi载体pGCSIL-GFP-EIF3A-siRNA能够靶向地将针对EIF3A基因的RNAi序列高效导入人结肠癌RKO细胞，降低EIF3A基因的表达水平，显著抑制上述肿瘤细胞的增殖能力。因此慢病毒介导的EIF3A基因沉默是恶性肿瘤潜在的临床非手术治疗方式。

本发明提供的siRNA或者包含该siRNA序列的核酸构建体、慢病毒能够特异性抑制人EIF3A基因的表达，尤其是慢病毒，能够高效侵染靶细胞，高效率地抑制靶细胞中EIF3A基因的表达，促进细胞凋亡、降低肿瘤细胞的侵袭和转移能力等，进而抑制肿瘤细胞的生长，促进肿瘤细胞凋亡，在肿瘤治疗中具有重要意义。

附图说明

图1表示pGCSIL-GFP质粒DNA图谱。

图2表示EIF3A基因在5株结肠癌细胞株中表达丰度为高。

图3表示EIF3A-RNAi慢病毒侵染结肠癌细胞4天后，与对照慢病毒侵染组相比，人结肠癌RKO细胞细胞中的EIF3AmRNA的表达水平降低了80％。

图4表示敲减EIF3A基因导致结肠癌细胞增殖抑制。EIF3A-RNAi慢病毒和对照慢病毒侵染4天后，人结肠癌RKO细胞重新铺板培养5天，与对照组相比，活力细胞数目减少了96.8％。

图5EIF3A-RNAi慢病毒侵染人结肠癌RKO细胞4天后，导致结肠癌细胞周期改变，与对照组相比，处于G1期、S期细胞明显增多，而处于G2/M期的细胞显著减少。

图6EIF3A-RNAi慢病毒侵染人结肠癌RKO细胞4天后，导致结肠癌细胞凋亡增加，与对照组相比，凋亡的细胞数量显著增多，凋亡细胞比例提高2倍以上。

图7EIF3A-RNAi慢病毒侵染人结肠癌RKO细胞10天后，人结肠癌RKO细胞与对照组相比集落数目明显减少，克隆形成能力降低。

图8EIF3A-RNAi慢病毒侵染人结肠癌RKO细胞4天后，人结肠癌RKO细胞的迁移能力下降45％左右。

具体实施方式

本发明涉及了一组针对人EIF3A基因的小分子干扰RNA(siRNA)序列、RNA干扰载体和RNA干扰慢病毒。选取人EIF3AmRNA编码区序列作为siRNA的靶位点，根据靶位点中连续的10-30(优选15-27，更优选19-23)个碱基序列设计siRNA靶点序列。通过基因克隆，构建表达上述siRNA的核酸构建体，包装表达上述siRNA的慢病毒。细胞实验证明，上述siRNA序列能够特异性沉默人肿瘤细胞中内源EIF3A基因的表达。

本发明的发明人经过广泛而深入的研究发现，在肿瘤组织中，EIF3A基因显著高表达；发明人发现，采用RNAi方法下调人EIF3A基因的表达后可有效地抑制肿瘤细胞的增殖、促进细胞凋亡、降低肿瘤细胞的侵袭和转移能力等，可以有效地控制肿瘤的生长进程，这一研究成果表明EIF3A基因是原癌基因，可作为肿瘤治疗的靶点。发明人进一步合成和测试了多种针对EIF3A基因的siRNA，筛选出了可有效抑制EIF3A的表达进而抑制结肠癌RKO细胞增殖和生长的siRNA，在此基础上完成了本发明。

本发明提供了一系列干扰人EIF3A基因的小干扰RNA(siRNA)序列，构建了可特异性沉默EIF3A基因表达的慢病毒。本发明研究发现，针对人EIF3A基因设计的小干扰RNA及RNAi慢病毒，稳定并特异地下调EIF3A基因的表达，并有效地抑制人肿瘤细胞的增殖。本发明表明EIF3A基因可促进肿瘤细胞生长，有望成为肿瘤早期诊断和治疗的靶点。而且，通过RNAi方式沉默EIF3A基因的表达，可作为抑制肿瘤发展的有效手段。

本发明的设计思路为：

本发明通过如下方法来筛选获得一种人EIF3A基因RNAi慢病毒：从Genbank中调取人EIF3A基因序列；预测siRNA位点；合成针对EIF3A基因的有效的siRNA序列、两端含酶切位点粘端的双链DNAOligo；慢病毒载体双酶切后与双链DNAOligo连接，构建表达EIF3A基因siRNA序列的RNAi质粒；将RNAi质粒和慢病毒包装需要的辅助载体(PackingMix，Sigma-aldrich公司)共转染人胚肾细胞293T，产生重组慢病毒颗粒，即可制得高效沉默EIF3A基因的慢病毒。

基于上述方法，本发明提供了1个干扰EIF3A基因的有效靶点(具体如SEQIDNO：1所示)，构建了特异干扰人EIF3A基因的慢病毒。

同时本发明还公开一种人EIF3A基因RNAi慢病毒(EIF3A-RNAi)及其制备与应用。

本研究发现，利用慢病毒介导的RNAi方法，在降低EIF3A基因在肿瘤细胞中的表达后，可以有效抑制肿瘤细胞的增殖。本研究表明，EIF3A基因是一个原癌基因，可促进肿瘤细胞增殖，在肿瘤发生和发展中具有重要的生物学功能，EIF3A基因可以为肿瘤治疗的靶标，慢病毒介导的EIF3A基因特异性沉默可作为肿瘤治疗的一种新手段。

下面结合实施例进一步阐述本发明。应理解，实施例仅用于说明本发明，而非限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件的实验方法及未说明配方的试剂均为按照常规条件，如[美]Sambrook.J等著；黄培堂等译。分子克隆试验指南，第三版。北京：科学出版社2002中所述的条件或者制造商建议的条件进行或配置。

实施例1针对人EIF3A基因RNAi慢病毒的制备

1.筛选针对人EIF3A基因的有效的siRNA靶点

从Genbank调取EIF3A(NM_00375)基因信息；设计针对EIF3A基因的有效的siRNA靶点。表1列出了其中1条针对EIF3A基因的有效siRNA靶点序列。

表1靶向于人EIF3A基因的siRNA靶点序列

2.慢病毒载体的制备

针对siRNA靶点(以SEQIDNO：1为例)合成两端含AgeI和EcoRI酶切位点粘端的双链DNAOligo序列(表2)；以AgeI和EcoRI限制性内切酶作用于pGCSIL-GFP载体(上海吉凯基因化学技术有限公司提供，图1)，使其线性化，琼脂糖凝胶电泳鉴定酶切片段。

表2两端含AgeI和EcoRI酶切位点粘端的双链DNAOligo

通过T4DNA连接酶将双酶切线性化(酶切体系如表4所示，37℃，反应1h)的载体DNA和纯化好的双链DNAOligo连接，在适当的缓冲体系(连接体系如表5所示)中于16℃连接过夜，回收连接产物。将连接产物转化氯化钙制备的新鲜的大肠杆菌感受态细胞(转化操作参考：分子克隆实验指南第二版55-56页)。在连接转化产物长出菌克隆表面沾一下，溶于10μlLB培养基，混匀取1μl作为模板；在以慢病毒载体中RNAi序列的上下游，设计通用PCR引物，上游引物序列：5’-CCTATTTCCCATGATTCCTTCATA-3’(SEQIDNO：6)；下游引物序列：5’-GTAATACGGTTATCCACGCG-3’(SEQIDNO：7)，进行PCR鉴定实验(PCR反应体系如表6-1，反应条件如表6-2)。对PCR鉴定阳性的克隆进行测序和比对分析，比对正确的克隆即为构建成功的针对SEQIDNO：1的表达RNAi的载体，命名为pGCSIL-GFP-EIF3A-siRNA。

构建pGCSIL-GFP-Scr-siRNA阴性对照质粒，阴性对照siRNA靶序列为5’-TTCTCCGAACGTGTCACGT-3’(SEQIDNO：8)。构建pGCSIL-GFP-Scr-siRNA阴性对照质粒时，针对ScrsiRNA靶点合成两端含AgeI和EcoRI酶切位点粘端的双链DNAOligo序列(表3),其余构建方法、鉴定方法及条件均同pGCSIL-GFP-EIF3A-siRNA。

表3两端含AgeI和EcoRI酶切位点粘端的双链DNAOligo

通过T4DNA连接酶将双酶切线性化(酶切体系如表4所示，37℃，反应1h)的载体

表4pGCSIL-GFP质粒酶切反应体系

试剂	体积(μl)
		pGCSIL-GFP质粒(1μg/μl)	2.0
10×buffer	5.0
		100×BSA	0.5
Age I(10U/μl)	1.0
		EcoR I(10U/μl)	1.0
dd H₂O	40.5
		Total	50.0

表5载体DNA和双链双链DNAOligo连接反应体系

试剂	阳性对照(μl)	自连对照(μl)	连接组(μl)
				线性化的载体DNA(100ng/μl)	1.0	1.0	1.0
退火的双链DNA Oligo(100ng/μl)	1.0	-	1.0
				10×T4噬菌体DNA连接酶缓冲液	1.0	1.0	1.0
T4噬菌体DNA连接酶	1.0	1.0	1.0
				dd H₂O	16.0	17.0	16.0
Total	20.0	20.0	20.0

表6-1PCR反应体系

试剂	体积(μl)
		10×buffer	2.0
dNTPs(2.5mM)	0.8
		上游引物	0.4
下游引物	0.4
		Taq聚合酶	0.2
模板	1.0
		ddH₂O	15.2
Total	20.0

表6-2PCR反应体系程序设定

3.包装EIF3A-siRNA慢病毒

以Qiagen公司的质粒抽提试剂盒提取RNAi质粒pGCSIL-GFP-EIF3A-siRNA的DNA，配制成100ng/μl储存液。

转染前24h，用胰蛋白酶消化对数生长期的人胚肾细胞293T细胞，以含10％胎牛血清的DMEM完全培养基调整细胞密度为1.5×10⁵细胞/ml，接种于6孔板，37℃，5％CO₂培养箱内培养。待细胞密度达70％-80％时即可用于转染。转染前2h，吸出原有培养基，加入1.5ml新鲜的完全培养基。按照Sigma-aldrich公司的MISSIONLentiviralPackagingMix试剂盒的说明，向一灭菌离心管中加入PackingMix(PVM)20μl，PEI12μl，无血清DMEM培养基400μl，取20μl上述抽提的质粒DNA，加至上述PVM/PEI/DMEM混合液。

将上述转染混和物在室温下孵育15min，转移至人胚肾细胞293T细胞的培养基中，37℃，5％CO₂培养箱内培养16h。弃去含有转染混和物的培养介质，PBS溶液洗涤，加入完全培养基2ml。由于慢病毒载体自身带有绿色荧光蛋白的报告基因，24h后可置于荧光显微镜下观察两组细胞GFP的表达情况，确定慢病毒质粒是否已被293T细胞包装。继续培养48h后，收集细胞上清液，CentriconPlus-20离心超滤装置(Millipore)纯化和浓缩慢病毒，步骤如下：(1)4℃，4000g离心10min，除去细胞碎片；(2)0.45μm滤器过滤上清液于40ml超速离心管中；(3)4000g离心，10-15min，至需要的病毒浓缩体积；(4)离心结束后，将过滤杯和下面的滤过液收集杯分开，将过滤杯倒扣在样品收集杯上，离心2min离心力不超过1000g；(5)把离心杯从样品收集杯上移开，样品收集杯中的即为病毒浓缩液。将病毒浓缩液分装后于-80摄氏度保存。病毒浓缩液中含有的siRNA的第一链的序列如SEQIDNO:13所示。对照慢病毒的包装过程同EIF3A-siRNA慢病毒，仅以pGCSIL-GFP-Scr-siRNA载体代替pGCSIL-GFP-EIF3A-siRNA载体。

实施例2EIF3A在5株结肠癌细胞中表达丰度检测

处于对数生长期的5株结肠癌细胞HCT116、RKO、SW480、SW620、LOVO进行胰酶消化，制成细胞悬液(细胞数约为5×10⁴/ml)接种于6孔板中，培养至细胞融合度达到约30％。根据侵染复数(MOI，RKO：10)值，加入适宜量的实施例1制备的病毒，培养24h后更换培养基，待侵染时间达到4天后，收集细胞。根据Invitrogen公司的Trizol操作说明书，抽提总RNA。具体方法为：

1)收集细胞，1000rpm离心5min，去上清，细胞沉淀中加入1mlTrizol，迅速吹打后室温静置5min，然后转移至新的1.5mleppendorf管中；

2)每管加入200μl氯仿，用手上下颠倒eppendorf管15s，室温静置10min；

3)4℃，12000rpm，离心15min；

4)吸取上清移至新的1.5mleppendorf管，加入等体积预冷的异丙醇，混匀后4℃沉淀10min；

5)4℃，12000rpm离心10min后，去上清；

6)加入至少1ml75％乙醇(用DEPC处理过的水新鲜配制)，洗涤沉淀；

7)4℃，10000rpm离心5min，弃去大部分上清；

8)4℃，10000rpm再次离心5min，吸去上清；

9)室温干燥；

10)待RNA基本透明时，加入20μlRNase-free水，至完全溶解，紫外分析测定所抽提RNA的浓度。

然后，根据Promega公司的M-MLV操作说明书，将RNA逆转录获得cDNA。M-MLV逆转录酶和dNTPs购自Promega公司，OligodT购自上海生工，RNase-free的物品都购自Axygen，具体步骤如下：

1)将1μlOligodT(0.5μg/μl)和2.0μgTotalRNA加入到PCR小管中，补充DEPC-H2O至9ul；混匀后离心，70℃温浴10min；之后立即置于0℃冰水混合物中冰浴，使OligodT和模板退火；

2)按下表7的比例配制反应体系(冰上进行)，混匀，短暂离心；

3)上述体系在42℃反应1h，然后在70℃水浴锅中水浴10min使RT酶失活；

4)将得到的RT产物--cDNA置于-80℃保存备用。

最后采用TP800型RealtimePCR仪(TAKARA)进行实时定量检测。EIF3A基因的引物如下：上游引物5’-GCCAAATAATCACCAACA-3’(SEQIDNO：9)和下游引物5’-CTGGTTCTGAGCAGGTTC-3’(SEQIDNO：10)。以管家基因GAPDH为内参，引物序列如下：上游引物5’-TGACTTCAACAGCGACACCCA-3’(SEQIDNO：11)和下游引物5’-CACCCTGTTGCTGTAGCCAAA-3’(SEQIDNO：12)。按表8中的比例配置反应体系。

设定程序为两步法Real-timePCR：预变性95℃，15s；之后每一步变性95℃，5s；退火延伸60℃，30s；共进行45个循环。每次在延伸阶段读取吸光值。PCR结束后，95℃变性1min，然后冷却至55℃，使DNA双链充分结合。从55℃开始到95℃，每一步增加0.5℃，保持4s,同时读取吸光值，制作熔解曲线。采用2-^ΔΔCt分析法计算侵染了EIF3AmRNA的表达丰度。结果如图2所示，EIF3A基因在5株结肠癌细胞株中表达丰度为高。

实施例3实时荧光定量RT-PCR法检测EIF3A基因的沉默效率

处于对数生长期的结肠癌RKO细胞进行胰酶消化，制成细胞悬液(细胞数约为5×10⁴/ml)接种于6孔板中，培养至细胞融合度达到约30％。根据侵染复数(MOI，RKO：10)值，加入适宜量的实施例1制备的病毒，培养24h后更换培养基，待侵染时间达到4天后，收集细胞。根据Invitrogen公司的Trizol操作说明书，抽提总RNA。然后，根据Promega公司的M-MLV操作说明书，将RNA逆转录获得cDNA(逆转录反应体系见表7，42℃反应1h，然后在70℃水浴锅中水浴10min使逆转录酶失活)。

采用TP800型RealtimePCR仪(TAKARA)进行实时定量检测。EIF3A基因的引物如下：上游引物5’-GCCAAATAATCACCAACA-3’(SEQIDNO：9)和下游引物5’-CTGGTTCTGAGCAGGTTC-3’(SEQIDNO：10)。以管家基因GAPDH为内参，引物序列如下：上游引物5’-TGACTTCAACAGCGACACCCA-3’(SEQIDNO：11)和下游引物5’-CACCCTGTTGCTGTAGCCAAA-3’(SEQIDNO：12)。按表8中的比例配置反应体系。

表7逆转录反应体系

试剂	体积(μl)
		5×RT buffer	4.0
10mM dNTPs	2.0
		RNasin	0.5
M-MLV-RTase	1.0
		DEPC H₂O	3.5
Total	11.0

表8Real-timePCR反应体系

试剂	体积(μl)
		SYBR premix ex taq:	10.0
上游引物(2.5μM)：	0.5
		下游引物(2.5μM)：	0.5
cDNA	1.0
		ddH₂O	8.0
Total	20.0

设定程序为两步法Real-timePCR：预变性95℃，15s；之后每一步变性95℃，5s；退火延伸60℃，30s；共进行45个循环。每次在延伸阶段读取吸光值。PCR结束后，95℃变性1min，然后冷却至55℃，使DNA双链充分结合。从55℃开始到95℃，每一步增加0.5℃，保持4s,同时读取吸光值，制作熔解曲线。采用2-^ΔΔCt分析法计算侵染了EIF3AmRNA的表达丰度。侵染对照病毒(Lv-Scr-siRNA)的细胞作为对照。实验结果(见图3，P＜0.01)表明，结肠癌RKO细胞mRNA的表达水平下调了80.0％。

实施例4检测侵染了EIF3A-siRNA慢病毒的肿瘤细胞的增殖能力

处于对数生长期的结肠癌RKO细胞进行胰酶消化，制成细胞悬液(细胞数约为5×10⁴/ml)接种于6孔板中，培养至细胞融合度达到约30％。根据侵染复数(MOI，RKO：10)，加入适宜量的病毒，培养24h后更换培养基，待侵染时间达到4天后，收集处于对数生长期的各实验组细胞。完全培养基重悬成细胞悬液(2×10⁴/ml)，以细胞密度约为2000个/孔，接种96孔板。每组5个复孔，每孔100μl。铺好板后，置37℃、5％CO₂培养箱培养。从铺板后第二天开始，每天用Cellomics仪器(ThermoFisher)检测读板一次，连续检测读板5天。通过调整Cellomicsarrayscan的输入参数，准确地计算出每次扫描孔板中的带绿色荧光的细胞的数量，对数据进行统计绘图，绘出细胞增殖曲线(结果如图4)。结果表明，慢病毒侵染组各肿瘤在细胞体外培养5天后，增殖速度显著减缓，远低于对照组肿瘤细胞的增殖速度，活力细胞数目下降了90.0％以上，表明EIF3A基因沉默导致肿瘤细胞增殖能力被抑制。

实施例5侵染EIF3A-siRNA慢病毒的肿瘤细胞细胞周期分布检测

按照实施例3中步骤进行细胞病毒感染，每组设三个复孔/6cmdish；待各实验组6cmdish细胞生长至覆盖率约为80％时(确保细胞未进入生长平台期)：吸弃细胞培养上清，D-Hanks洗涤细胞一次，胰酶消化细胞，完全培养基终止，收集细胞于5ml离心管中，经过离心去上清和预冷PBS洗涤1次以后用预冷的70％乙醇固定过夜。次日经过离心去固定液和PBS洗涤1次后加入细胞染色液重悬[40×PI母液(2mg/ml)：100×RNase母液(10mg/ml)：1×PBS＝25：10：1000]。将细胞悬液加入300目的筛网过滤于流式上机管中，上机检测。通过对各时相的百分率计算，绘出细胞G1、S、G2/M三个时相的统计图(结果如图5所示)。结果表明，慢病毒侵染组处于G1期、S期的人结肠癌RKO细胞明显增多，处于G2/M期的人结肠癌RKO细胞显著减少，表明EIF3A基因沉默导致人结肠癌RKO细胞的周期分布显著改变。

实施例6侵染EIF3A-siRNA慢病毒的肿瘤细胞细胞凋亡水平检测

按照实施例3中方法进行病毒感染至4天后，收集感染后各实验组细胞培养上清于5ml离心管中，D-Hanks洗涤细胞一次，胰酶消化细胞，培养上清终止化，收集细胞于同一5ml离心管中。经过离心弃上清再依次用PBS、1×bindingbuffer洗涤细胞沉淀一次，最终用1×stainingbuffer重悬细胞沉淀(根据细胞沉淀量决定加入染色缓冲液体积，使细胞悬液最终密度为1x10⁶―1x10⁷cell/ml)。取细胞悬液100ul(1x10⁵—1x10⁶细胞)，加入5ulannexinV-APC染色，室温避光10-15min转移至流式上机管中，上机检测。

对流式数据进行散点和峰型统计分析，绘制凋亡峰型、散点图(结果如图6上下部分所示)。结果表明，慢病毒侵染组各肿瘤在细胞体外培养5天后，凋亡细胞所占比例显著增加，远高于对照组肿瘤细胞的凋亡比例，凋亡细胞比例提高了2倍以上，表明EIF3A基因沉默导致人结肠癌细胞凋亡能力增强。

实施例7侵染EIF3A-siRNA慢病毒的肿瘤细胞克隆形成能力的检测

按照实施例3中方法进行病毒感染至4天后，将处于对数生长期的各实验组细胞胰酶消化，完全培养基重悬，制成细胞悬液并计数。在6孔板培养板中各实验组接种800个细胞/孔，每个实验组设3个复孔。将接种好的细胞于培养箱中继续培养到14天或绝大多数单个克隆中细胞数大于50为止，中途每隔3天进行换液并观察细胞状态。实验终止前荧光显微镜下对细胞克隆进行拍照，实验终止时PBS洗涤细胞1次，每孔加入1ml多聚甲醛，固定细胞30～60min后用PBS洗涤细胞1次，每孔加入洁净、无杂质GIEMSA染液500μL，染细胞20min。最后用ddH₂O洗细胞数次，直至洗净板上背景，晾干，然后用显微镜下拍照单克隆，数码相机拍照整张板。通过克隆计数绘制细胞克隆数目统计图(如图7所示)。结果表明慢病毒侵染组细胞克隆数目显著降低，远低于对照组细胞克隆数目，细胞克隆数目下降约70％，表明EIF3A基因沉默导致肿瘤细胞克隆形成能力被抑制。

实施例8侵染EIF3A-siRNA慢病毒的肿瘤细胞-Transwell迁移能力的检测

取所需数量小室于一空24孔板中，加100μL无血清培养基到小室内，培养箱放置1～2h。准备细胞悬液：胰酶消化处于对数生长期的各组细胞，用低血清培养基重悬，制成细胞悬液，并用血球计数板对细胞悬液进行细胞计数。从小室内小心移去培养基并加600μL含30％FBS(血清浓度可以根据需要调整)培养基到下室中。用无血清培养基按一定比例稀释细胞，加该细胞悬液(含100000～200000cell)100uL到每个小室中。用镊子将小室转移入含30％FBS培养基的下室中，在组织培养箱中培养4-24hours。倒扣小室于吸水纸上以去除培养基，用棉拭子轻轻移去非转移细胞。加400μl染色液到24孔板的空孔中，然后将小室浸泡在染色液中20min，在膜的下表面染色转移细胞。浸泡小室在一个大的水杯中，冲洗数次。空气中晾干。显微镜拍照膜。10％醋酸溶解，OD570检测。结果如图8所示，EIF3A-RNAi慢病毒侵染人结肠癌RKO细胞4天后，人结肠癌RKO细胞的迁移能力下降45％左右。

以上所述，仅为本发明的较佳实施例，并非对本发明任何形式上和实质上的限制，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员，在不脱离本发明方法的前提下，还将可以做出若干改进和补充，这些改进和补充也应视为本发明的保护范围。凡熟悉本专业的技术人员，在不脱离本发明的精神和范围的情况下，当可利用以上所揭示的技术内容而做出的些许更动、修饰与演变的等同变化，均为本发明的等效实施例；同时，凡依据本发明的实质技术对上述实施例所作的任何等同变化的更动、修饰与演变，均仍属于本发明的技术方案的范围内。

Claims

1.一种分离的人EIF3A基因在制备或筛选肿瘤治疗药物，或者在制备肿瘤诊断药物中的用途。

2.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述肿瘤选自结肠癌。

3.一种降低肿瘤细胞中EIF3A基因表达的分离的核酸分子，所述核酸分子包含：

4.如权利要求3所述的分离的核酸分子，其特征在于，所述双链RNA包含第一链和第二链，所述第一链和所述第二链互补共同形成RNA二聚体，并且所述第一链的序列与EIF3A基因中的靶序列基本相同；所述shRNA包括正义链片段和反义链片段，以及连接所述正义链片段和反义链片段的茎环结构，所述正义链片段和所述反义链片段的序列互补，并且所述正义链片段的序列与EIF3A基因中的靶序列基本相同。

5.如权利要求3或4所述分离的核酸分子，其特征在于，所述EIF3A基因的靶序列含有SEQIDNO:1的序列。

6.如权利要求3或4所述分离的核酸分子，其特征在于，所述双链RNA为小干扰RNA，该小干扰RNA第一链的序列如SEQIDNO：13所示。

7.如权利要求3或4所述分离的核酸分子，其特征在于，所述shRNA的序列如SEQIDNO：14所示。

8.一种EIF3A基因干扰核酸构建体，含有编码权利要求3-7任一权利要求所述分离的核酸分子中的shRNA的基因片段，能表达所述shRNA。

9.如权利要求8所述EIF3A基因干扰核酸构建体，其特征在于，所述EIF3A基因干扰核酸构建体为干扰慢病毒载体。

10.如权利要求9所述EIF3A基因干扰核酸构建体，其特征在于，所述干扰慢病毒载体由将编码所述shRNA的基因片段克隆入慢病毒载体后获得，所述慢病毒载体选自：

pLKO.1-puro、pLKO.1-CMV-tGFP、pLKO.1-puro-CMV-tGFP、pLKO.1-CMV-Neo、

pLKO.1-Neo、pLKO.1-Neo-CMV-tGFP、pLKO.1-puro-CMV-TagCFP、

pLKO.1-puro-CMV-TagYFP、pLKO.1-puro-CMV-TagRFP、pLKO.1-puro-CMV-TagFP635、

pLKO.1-puro-UbC-TurboGFP、pLKO.1-puro-UbC-TagFP635、pLKO-puro-IPTG-1xLacO、

pLKO-puro-IPTG-3xLacO、pLP1、pLP2、pLP/VSV-G、pENTR/U6、

pLenti6/BLOCK-iT-DEST、pLenti6-GW/U6-laminshrna、pcDNA1.2/V5-GW/lacZ、

pLenti6.2/N-Lumio/V5-DEST、pGCSIL-GFP或pLenti6.2/N-Lumio/V5-GW/lacZ中的任一。

11.一种EIF3A基因干扰慢病毒，由权利要求9-10任一权利要求所述干扰慢病毒载体在慢病毒包装质粒、细胞系的辅助下，经过病毒包装而成。

12.一种用于预防或治疗肿瘤的药物组合物，其有效物质含有权利要求3-7任一权利要求所述的分离的核酸分子，权利要求8-10任一权利要求所述EIF3A基因干扰核酸构建体，和/或权利要求11所述的EIF3A基因干扰慢病毒，以及药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。

13.权利要求12所述药物组合物在制备治疗结肠癌的肿瘤治疗药物中的应用。

14.一种用于降低肿瘤细胞中EIF3A基因表达的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：存在于容器中的，权利要求3-7任一权利要求所述的分离的核酸分子，权利要求8-10任一权利要求所述EIF3A基因干扰核酸构建体，和/或权利要求11所述的EIF3A基因干扰慢病毒。