CN105518462A

CN105518462A - 动态测定选择和样本制备装置和方法及其机器可读介质

Info

Publication number: CN105518462A
Application number: CN201480050134.2A
Authority: CN
Inventors: A.纳塔勒; I.菲格罗亚
Original assignee: Siemens Healthcare Diagnostics Inc
Current assignee: Siemens Healthcare Diagnostics Inc
Priority date: 2013-09-12
Filing date: 2014-09-12
Publication date: 2016-04-20
Also published as: US20160319329A1; CN110702933A; WO2015038910A1; EP3044595A1; EP3044595A4; EP3044595B1

Abstract

公开了用于测定的制备患者样本的自动化的方法。该方法包括：在提取板的多个提取板井中执行多个患者样本的样本处理，以在多个提取板井的至少一些中制备多个洗脱的样本，并且基于包括多个测定区域的电子板图，将多个洗脱的样本之一从多个提取井中的单个提取井转移到测试板的多个测试井中，其中测试板的多个测试井中的每一个被配置成执行不同的测定，并且为不同的测定类型接收不同的主混合。描述被配置成执行该方法的样本制备装置，这是其它方面。

Description

动态测定选择和样本制备装置和方法及其机器可读介质

相关申请

本申请要求2013年9月12日提交的序列号61/876798、题为“开放动态测定选择和样本制备”的美国临时申请的优先权，由此通过引用将该美国临时申请的公开整体并入本文。

技术领域

本发明一般涉及用于制备测试板以用于执行测定（诸如通过使用聚合酶链式反应（PCR）测试）的方法和装置。

背景技术

各种各样的诊断仪器（例如临床分析仪或免疫测定仪器）用于分析患者标本（生物样本）。这些诊断仪器可使用磁性颗粒、一个或多个试剂、缓冲液、对照（control）或其它添加剂来进行测定（例如免疫测定），以识别患者样本中的一个或多个组分（例如核酸）或患者样本的特征。一些免疫测定系统可使用聚合酶链式反应（PCR），其中使用提供自动化的样本制备和提取技术的样本制备装置。一旦样本由自动化的样本制备系统制备，扩增和检测（AD）设备可用于从生物样本分离和纯化来自处理的洗脱液的DNA和/或RNA。

如图1A中所示，在PCR测试中使用的典型的聚合酶链式反应（PCR）微井板100包括提供测试位置（例如8×12=96个潜在测试位置）的多个微井102。在深井提取板上样本制备之后，PCR微井板100从提取板以及主混合（mastermix）和正在进行的测定专用的可能的其它组分接收洗脱的样本，并且在AD设备中经历处理以复制和量化感兴趣的组分（例如核酸）。在这样的PCR测试中，当运行测定时、在PCR板中的任何潜在的测试位置（例如测试井）是未使用时，增加PCR测定材料每次测试、每名患者的成本。另外，当由于高劳动成本组成而使用手动制备代替自动化的制备时，每次测试、每名患者的成本可能增加。

如图1B中所示，已经历史性地或者手动制备或者通过在PCR微井板100上使用固定测定选择和固定板布局自动制备在PCR测试板100上的kPCR样本制备（“SP”）。来自多个样本容器（例如101A-101D）的患者样本被转移到提取板103的深井。然后经由顺序添加试剂、磁性颗粒、洗涤缓冲液、洗脱缓冲液和产生患者样本洗脱（纯化的样本）的可能的其它组分而被处理。这些患者样本洗脱液然后被转移到PCR微井板100，并且各自在PCR微井板100上经历相同的测定。手动样本制备对于制备者是非常繁琐的，并且由于实现完整的样本制备所需的非常大量的手动步骤，同时协调添加患者样本、试剂、磁性颗粒、洗涤缓冲液、洗脱缓冲液和测定主混合可能受到高发生的人为制备错误。

虽然它可减少人为制备错误，但自动化的样本制备在历史上由于固定的测定选择和固定的板布局而已经不灵活。在如由图1B中所示的一个现有技术系统中，只在PCR微井板100上进行一个测定，因此仅仅为单个测定提供每个患者单个结果。为了提供进一步的灵活性，已经使用分割板测定，其中患者样本被转移到提取板103的多个提取板井，并且然后来自那些多个患者样本的处理的洗脱液被转移到第一和第二测试板104、105，其中在第一测试板104上进行第一测定并且在第二测试板105上进行第二测定。因此，为来自第一测试板104的患者样本产生第一测定结果，并且为来自第二测试板105的患者样本产生第二测定结果。虽然这些现有技术方法如期望地操作，它们往往易于出错（手动）或通常是不灵活的，即每个测试板一个测定。

所以，期望改进自动化样本处理（例如PCR处理）的效率和成本效能的方法和装置。

发明内容

根据第一方面，提供一种制备样本的方法，用于在具有多个井的测试板上测定。该方法包括：经由用户接口接收指令以运行第一测定类型和第二测定类型，为待测定的多个样本确定样本标识，接收对应于样本标识的测定订单，基于测定订单和样本标识，定义多个井的第一和第二测定区域，其中每个定义的测定区域包括多个井中的至少一个，并创建包括指令的电子板图，以在第一测定区域内包含的样本上运行第一测定类型，并且在第二测定区域内包含的样本上运行第二测定类型。

在另一个方面，提供了一种填充具有多个测试板井的测试板的方法。该方法包括：在提取板的多个提取板井中执行多个患者样本的样本处理，以在多个提取板井的至少一些中制备多个洗脱的样本，并且基于包括多个测定区域的电子板图，将多个洗脱的样本之一从多个提取板井中的单个提取板井转移到测试板的多个测试井中，其中测试板的多个测试井中的每一个在多个测定区域的不同的一个中，并且每一个被配置成执行不同的测定类型。

根据另一个方面，提供一种制备样本的方法，用于在具有多个PCR板井的PCR板上测定。该方法包括：提供待测定的多个患者样本，患者样本包括样本标识，从LIS系统接收对应于多个患者样本的测定订单，基于测定订单和样本标识，选择测定的数量和类型以在PCR板上执行，为包括处理前的对照和处理后的对照的类型和数量的测定的类型中的每一个动态定义测定数据集，制备多个患者样本和处理前的对照，直到在提取板的提取板井上的患者样本洗脱液和对照样本洗脱液，基于测定的类型，定义将执行的测定的数量和对照的数量、包括含多个PCR板井的多个测定区域的电子板图，其中多个测定区域中的每一个包括多个PCR板井中的至少一个，并将患者样本洗脱液从提取板井分配到多个测定区域中，其中PCR板上的多个测定区域的数量为2个或更多；并且将在多个测定区域的每一个中执行不同的测定。

根据另一个方面，提供一种样本制备装置。该样本调制装置包括：提取板；测试板；存储器，其可操作以至少存储患者样本标识；用于每个患者样本的测定订单；以及测定的数量和类型；处理器，其耦合到存储器并且可操作以至少基于患者样本的数量、用于患者样本中每一个的测定订单的数量和类型以及对照的数量来生成包括多个测定区域的电子板图；以及一个或多个机器人，每一个包括被配置成从提取板的提取板井和主混合到多个测定区域的患者样本洗脱液的一个或多个耦合的移液管。

根据另一个方面，提供一种具有在其上存储的非瞬时指令的机器可读介质。该机器可读介质包括：动态运行设置模块，其被配置成至少部分地基于将运行的测定的数量和类型以及对照的数量和类型而定义具有期望的运行配置的多个测定数据集；以及工作列表和板图显示模块，其被配置成生成包括空间信息的电子板图，该空间信息关联患者样本洗脱液和对照洗脱液的测试板的多个测定区域以及任选地一个或多个处理后的对照内的位置。

通过图示许多示例性实施例和实现方式（包括预期用于实现本发明的最佳模式），本发明的其它方面、特征和优点可从下面的详细描述中显而易见。本发明还可能能够是其它和不同的实施例，并且可在各种方面修改其若干细节，所有都不脱离本发明的范围。相应地，附图和描述在本质上将被视为是说明性的，而不是限制性的。附图不一定按比例绘制。本发明将涵盖落入发明范围内的所有修改、等价物和替代方案。

附图说明

以下描述的附图仅用于说明的目的，而不一定按比例绘制。附图并不旨在以任何方式限制本公开的范围。

图1A图示根据实施例的PCR测试板的立体图。

图1B图示根据现有技术的样本制备装置和方法。

图1C图示根据现有技术的另一个样本制备装置和方法。

图2图示根据实施例的被配置成执行样本制备方法的样本制备装置。

图3图示根据实施例的患者样本到提取板的提取板井的转移以及随后洗脱的样本到包括多个测定区域的测试板（例如PCR板）的测试板井的转移。

图4图示根据实施例的样本制备方法的流程图。

图5A图示根据实施例的另一个样本制备方法的流程图。

图5B图示根据实施例的另一个样本制备方法的流程图。

图6图示根据实施例的适于执行样本制备方法的样本制备软件程序的各种模块。

图7图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的工作流开始模块的工作流模块屏幕。

图8图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的动态测定运行设置模块的动态测定运行设置屏幕。

图9图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的工作列表和板图显示模块的工作列表和板图显示屏幕。

图10图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的所需的库存模块的所需库存屏幕。

图11图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的所需的库存模块的SP试剂载体加载屏幕。

图12图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的患者样本使用模块的患者样本使用概要屏幕。

图13图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的所需的库存模块的样本制备试剂载体加载屏幕。

图14图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的状态模块的状态概要屏幕。

图15图示根据实施例的适于执行样本制备方法的一部分的样本制备软件程序的错误报告模块的样本制备运行报告屏幕。

具体实施方式

现在将详细地对本公开的各种实施例做出参考，本公开的示例在附图中被图示。只要可能，将在整个附图中使用相同的附图标记来指代相同或相似的部件。下面的定义部分提供本文使用的术语中的一些的定义。

如上所讨论的，由于测试板上的固定格式的制备，PCR板中的许多潜在测试位置（例如测试板微井）在现有的自动化处理方法中可能不被使用。可替代地，实验室内的低样本制备吞吐量可起因于允许放置足够数量的测定订单并更充分地填充PCR板，但是以高劳动成本、增加的错误风险和可变性为代价的。

相应地，本发明的一个或多个实施例提供包括改进的灵活性、吞吐量和/或效率的样本制备方法和样本制备装置。

在第一广泛的方面，本发明的样本制备方法和样本制备装置实施例提供在单个测试板（例如PCR板）上运行大量不同的患者样本和大量的测定类型（例如每患者样本两个或更多个测定类型）的能力。在一些实施例中，每患者样本可运行三个或更多个测定类型、四个或更多个测定类型、五个或更多个测定类型、或者甚至六个或更多个测定类型。多个测定类型可包括在测试板（例如PCR板）上提供的多个测定区域中，该测定区域中的每一个可接收不同的主混合。因此，样本制备装置和方法在患者样本的选择方面提供极端灵活性、每患者样本的测定、测定试剂盒以及每测定所期望的对照的类型和数量。

装置和方法产生电子板图，作为交付，该电子板图可被显示给用户、打印并且以后可由扩增和检测设备（AD设备）使用，以帮助处理各种样本测定。测定结果可被返回到可将测定结果与实验室信息系统（LIS）接口连接的样本制备装置。在另一个实施例中，样本制备装置和方法可允许使用处理前的对照、处理后的对照或二者。可包括诸如通用阴性对照之类的其它对照，作为样本制备过程的一部分。

本文将参照图2-15描述发明的实施例的这些和其它方面和特征。

本文将参考图2至图15来充分解释根据实施例提供的样本制备方法（下文中的“SP方法”）和样本制备装置（下文中的SP“装置200”）。

在第一方面，如图2中最佳地显示，SP装置200包括提取板220和测试板225，提取板220可能是96井（例如8×12）的深井板，测试板225可能是PCR测试板。测试板225可包括96个（例如8×12）井。然而，应当显而易见的是：提取板220和测试板225可具有其它配置（例如不同数量的井，或不同数量的行和列）。可使用任何合适的配置。SP装置200可进一步包括一个或多个样本架226，一个或多个样本架226可被配置成包含可在样本容器229（例如样本管）中包含的患者样本228。患者样本228可能是尿，全血，血清或血浆，来自泌尿生殖器、鼻咽、口腔或眼棉球、脑脊髓液、精液、大便、乳汁、唾液、痰、细胞培养、羊水、腹水、支气管肺泡灌洗（BAL）、采集介质、外周血单核细胞（PBMC）、血沉棕黄层等等的棉球提取物。样本架226可被加载到一个或多个自动加载的托盘上，并且可根据方法的一些实施例经由提示而被自动加载。在被加载到SP装置200中时，读取器233可读取样本架的标识符、每个样本容器上的样本容器标识符以及样本槽位置（即在样本架226中的隔开的位置）。在患者样本上的该样本标识数据和在样本架226中的它们的位置可被存储在SP装置200的控制器230的存储器230M中。

SP装置200可包括被配置成包含耗材的一个或多个访问区227。耗材可包括在SP方法400的部分中使用的组件，该方法400可发生在提取板220上或以后在测试板225上。耗材可包括板、移液管头、一个或多个试剂、洗涤缓冲液、洗脱缓冲液、裂解缓冲液、磁珠、处理前的对照、处理后的对照、内部对照、蛋白酶K和/或其它处理组分。耗材可被加载到一个或多个自动加载的托盘上，该耗材可被自动加载到SP装置200中，使得它们根据一个或多个方面而驻留在一个或多个访问区227并且可从其访问。

SP装置200可包括控制器230，控制器230包括处理器230P和存储器230M。处理器230P可包括适于执行样本制备（SP）软件程序指令并与SP装置的存储器230M和各种其它组件接口连接的任何合适的微处理器或其它处理设备。例如，处理器230P可能是基于windows的计算机。存储器230M可能是可操作的，以至少存储来自样本容器229的患者样本228的患者样本标识，样本架226中每一个的位置，用于每个患者样本228的测定订单，以及待执行的不同测定类型的数量。处理器230P可耦合到存储器230M，并且可执行SP软件程序，以生成电子板图，如将从下面显而易见的。电子板图包括关于多个测定区域的信息（至少基于患者样本的数量和用于每个患者样本的测定订单的数量和类型）以及用于每个测定类型的对照数量。

具有耦合到并且可移动的一个或多个移液管（例如移液管236A、236B、236C、236D）的多个机器人（例如机器人235A、235B、235C、235D）因此可由来自控制器230的驱动信号控制，以引起在坐标空间（例如X和Z和/或X、Y和Z，其中Z出入图2中的纸中）中移液管236A、236B、236C、236D的各种运动。例如，一个或多个机器人（如机器人235A）可用于在两个或更多各坐标方向上移动一个或多个移液管（如移液管236A），以便从驻留在样本架226中的样本容器229吸出患者样本228，并且将患者样本228的预定体积分配在提取板220中的提取井中，如图3中所示。

例如，患者样本S1可被从在样本架226的第一槽中接收的第一样本容器229A中吸出，并且然后被分配到提取板220的提取板井，患者样本2 229B（标为S2）可被从样本容器229B吸出，并且被分配到提取板220的另一个提取板井，患者样本S3可被从样本容器229C吸出，并且被分配到另一个提取板井，等等。取决于待运行的不同测定类型的数量，提取井可包括多个患者样本（例如S1至S6）、校准器、其它对照（例如通用对照UC），诸如阴性对照和/或处理前的对照（例如处理前的对照PR1-PR4）。可使用任何合适类型的对照。例如，对照可包括校准器，处理前的对照，或者任何其它类型的提取前的材料，以及它们的组合。

同样地，一个或多个机器人（如机器人235B）可用于吸出和分配耗材中的一些。耗材可包括裂解缓冲液、磁珠和内部对照（如果使用的话）。耗材可包括试剂，诸如蛋白酶K、洗涤缓冲液和/或洗脱缓冲液。在一些实施例中，裂解缓冲液、磁珠和内部对照（如果使用的话）可预混合以形成裂解鸡尾酒（cocktail），裂解鸡尾酒可包含在诸如96井深的井板之类的鸡尾酒提取板320C的井中。整个SP方法400中，可监控和存储各种耗材（例如洗涤缓冲液、洗脱缓冲液、蛋白酶K、磁珠、裂解缓冲液和内部对照——如果使用的话）的剩余液体水平。同样地，可监控和存储患者样本S1-Sn和/或处理前的对照（PR1-PR4）的剩余的水平。也可监控其它耗材物品。

任何合适的吸出和分配系统可用于患者样本228和各种耗材的吸出和分配，诸如US5777221；US6060320；US6158269；US6250130；US6463969：US7998751；US7205158中所述。可使用其它合适的吸出和分配系统。每次从试剂移液管头和样本移液管头的供应分配之后，可替换移液管头。

为了执行SP方法400，控制器230可从输入设备231接收Tech输入。输入设备231可能是键盘、鼠标、触摸屏或它们的组合。此外，显示器232可显示用于执行样本制备方法400的样本制备软件程序的（SP软件程序）的软件模块的各种屏幕。例如，显示器232可能是任何合适的显示设备，诸如屏幕或其它显示设备。显示器232可显示由包括可选择的动态协议的列表的SP软件程序生成的各种屏幕，动态测定设置屏幕，使患者样本228与测定订单关联的工作列表，待使用的提取前的对照和提取后的对照的列表或图像，用于提取后的对照的加载时间提醒，所需库存的部分或全部列表，以及在一个或多个载体或自动加载的托盘上的它们可能的放置位置，样本容器使用概要，患者样本使用概要，状态概要，样本制备报告，和/或板图的图形表示。

如上所讨论的，控制器230还可从读取器233接收输入，读取器233可能是条形码读取器、射频识别设备（RFID）或被配置成读取样本容器229的每一个上的标识符（例如设备、标签、条形码或其它可读标记）的其它合适的读取器设备。读取器233还可读取样本架226上的标识符，和/或样本架226内的样本容器229的槽位置。因此，控制器230可包括在存储器230M中存储的内部数据库，内部数据库使患者样本228（例如S1至Sn）的标识与样本架226和在包含它们的样本架226中的架槽位置相关联。

控制器230还可从实验室信息系统234（下文中的LIS 234）接收输入。LIS 234可包括LIS通信装置234D。LIS通信装置234D可通过LIS接口模块230I与控制器230接口连接并数字通信，LIS接口模块230I可从用于患者样本228的LIS通信装置234D接收测定订单信息，并且还向LIS通信装置234D返回结果文件和/或其它信息。LIS接口模块230I和LIS通信装置234D之间的通信例如可通过使用ASTM 1394和1381协议。可使用其它合适的通信协议。

现在将参照图4至15更详细地解释样本制备（SP）方法400和SP软件程序600以及它们的各种模块。通过允许Tech任选地选择待运行的所期望测定是动态的还是固定的，SP方法400可开始于SP方法400的SP软件程序的工作流开始模块640（图6）。如本文所用的“动态测定”是指：将在测试板225上为提取板的提取板井中包含的患者样本（S1-Sn）中的至少一些运行一个以上的测定类型，并且测定类型和对照的组合可能是动态可选择的。如本文所用的“固定测定”是指：将为每个提取板井中包含的每个洗脱的样本运行一个并且仅仅一个测定，并且每个测试板只运行一个测定类型。

在图7中示出工作流开始模块640的示例性工作流屏幕740S。在工作流开始模块640内，Tech可以在固定或动态测定协议（还参见图4的块402）之间选择。在所描绘的实施例中，可选择一个以上的固定测定协议，诸如固定测定协议1至固定测定协议3。这样的固定测定协议可能是当前存在的任何测定协议，并且因此可根据现有技术方法执行用于固定测定协议的样本制备。

根据发明的实施例，在工作流开始模块640处，Tech可选择以运行动态测定协议（也参见块402——图4）。在所描绘的实施例中，可选择一个以上的动态测定协议类型（参见块404）。例如，示出动态测定协议1至动态测定协议3，并且可选择一个动态测定协议。更多或更少数量的动态测定协议类型可被呈现为选项。动态测定协议1至动态测定协议3可在提取处理步骤、吸出的样本和/或缓冲液的体积、孵育时间和温度和/或分配的PCR反应组分或其它测定具体因素方面彼此不同。

一旦Tech选择动态测定协议类型（例如动态测定协议1至动态测定协议3），它们可选择RunProtocol，并且然后开始其中可定义各种数据集的SP方法400的选择部分。在图4中，在块402中的动态测定协议的或固定测定协议的选择可能是任选的。例如，在一些方法中，SP装置200可专用于仅运行动态协议，因此没有任何选择可能是必需的。同样地，在块404中的动态测定协议类型的选择可能是任选的，因为一些方法和一些SP装置可被简化为仅运行一个特定类型的动态测定协议。

SP方法400和SP装置200还可包括SP软件程序，动态测定运行设置模块642，如图8中所示。在动态测定运行设置模块642内，Tech可在块406（图4）中选择将运行的许多测定配置。因此，SP程序可经由用户界面（包括输入设备231和显示器232）接收作为输入的指令，以运行第一测定类型和第二测定类型。例如，将运行的测定数量可能是两个或更多，三个或更多，四个或更多，五个或更多，或者甚至六个或更多。该块406也被示为是任选的，如在SP装置的一些实施例中，固定数量的动态测定类型可被预定义。然而，为了用于小规模实验室的最大灵活性，动态定义待使用的测定类型提供极好的灵活性以适应不同的测试工作量。

一旦选择将运行的测定的数量，Tech可在块408中定义具有期望的运行配置的测定数据集。定义的测定数据集可包括可从可在显示器232上显示的动态测定运行设置屏幕842S上的可选择的选项定义的各种组合，如图8中所示。每个定义的测定数据集（例如所示的六个数据集）可至少包括测定名称（例如示出CMV、EBV、HSV、VZV、JCV、PARVO）、处理前的对照的数量以及处理后的对照的数量。例如，测定数据集还可包括试剂盒批号、有效期。因此，应当理解的是：可用处理前的对照和处理后的对照的各种组合选择多个数据集。在一些实施例中，可选择并且从可能的测定运行配置的单独列表填充出一个或多个测定数据集。在一些实施例中，内部对照（IC）的使用可在块410中被任选地选择。在所示的实施例中，IC的使用被提供为全局变量，并且被应用到所有测定，如果选择的话。任选地，内部对照（IC）的使用可被提供为每个测定可选择的变量，很像处理前的对照。

根据另一个方面，在412中，SP方法400确定患者样本信息。SP软件程序可向马达发起驱动信号，并且因此拉/加载样本载体（例如包含一个或多个样本架226）到SP装置200的叠卡（deck）上。SP软件程序可为样本架226上包含的所有样本容器229（例如样本管）读取所有的样本架ID（例如样本架226上的ID）、患者样本ID（例如每个样本容器229上的条形码）和样本槽位置（例如在每个槽位置处的条形码或其它可读标记）。读取可由任何合适的读取器233执行，所述读取器233诸如本文所述的条形码或其它读取器设备。因此，确定关于样本标识、样本架226的标识以及样本架226上用于每个样本容器229的精确槽位置的信息。因此，SP软件程序可在块412中为待测定的多个患者样本确定患者样本标识。

在块414中，SP方法400可接收测定订单。LIS 234（如果可用、连接、通信的话）可被查询，并且用测定订单响应，测定订单与用于每个患者样本228的每个样本ID的LIS 234中的开放订单相关联，每个患者样本228已经由读取器233读取并且存储在存储器230M中。基于先前从LIS 234读取的样本ID和开放测定订单，以及动态测定过程/运行配置（基于患者样本的数量、测定类型的数量、每个患者样本的测定类型和每个测定类型的对照数量），SP软件可执行工作列表和板图显示模块644的工作列表文件的第一通过/推荐填充。SP软件程序可计算患者样本和每个测定类型的对照的数量，并且定义至少包括测试板225的第一区域和第二区域的动态TDef配置。动态测定运行配置在本文中被定义为用户定义的布局和PCR板的填充。可以任何次序填充动态运行配置。

在一个或多个实施例中，工作列表945的推荐的填充可由Tech修改。Tech可回顾患者样本228和推荐的测定订单，并随着它们认为合适而通过改变工作列表和板图显示屏幕944S的工作列表945上的选择进行修改。不具有LIS 234中的订单的任何患者样本228可被标记（例如通过被显示为单独的颜色），由工作列表945中的Tech手动输入，该患者样本诸如是STAT样本。如果在样本架226中提供，还可输入校准器样本，并且像任何其它患者样本一样看待。

此外，如果LIS 234不是正在通信，通过在工作列表945上输入样本ID并切换期望的测定选择，测定订单可通过由Tech手动填充而被接收。当再次连接LIS 234时，已经手动输入的任何新测定订单可由LIS接口模块230I发送到LIS 234。

在块416中，利用SP软件程序的板图文件模块660的SP方法400可生成（例如创建）电子板图。可在工作列表和板图显示模块644内生成（例如创建）板图。电子板图可能是数据文件，该数据文件包含基于动态TDef的样本信息、测定类型、对照信息、相应的测试板井位置和测定区域信息的编译。因此，块416包括：基于从块412接收的测定订单和来自412的样本标识，至少定义测试板225的多个测试板井的第一和第二测定区域，其中每个定义的测定区域包括多个测试板井中的至少一个。因此，电子板图包括和定义两个或更多个测定区域，其每一个都是测试板225上物理井位置的集合。取决于SP装置200的能力，可提供多个测定区域，诸如两个到六个或更多。

电子板图包括由板图文件模块660生成的指令，以在第一测定区域内包含的样本上运行第一测定类型，并且在第二测定区域内包含的样本上运行第二测定类型。如果在块406中选择两个以上的测定，则提供进一步的指令以在额外的测定区域内包含的样本洗脱液和可能的对照洗脱液或对照上运行额外的测定类型。

电子板图可至少基于患者样本的数量和识别，以及将为每个患者样本执行的测定的数量和类型。电子板图也可基于处理后的对照的数量、处理前的对照的数量、其它对照（例如通用对照和/或校准器）的数量以及可能的其它信息。测试板225的多个测定区域的数量和位置/尺寸可由SP软件程序设置。每个测定区域可被选择为PCR板上的区域。可在测试板225上的任何合适的图案中提供测定区域。每个可能是不同的尺寸，并且可能是不同的形状。测定区域可能是任何合适的多边形形状。

电子板图中的内容可被显示为作为板图946的显示器232上的图形表示，如图9中所示。因此，在一个或多个实施例中，SP方法400显示至少指示第一测定区域和第二测定区域的测试板225的图形表示。可包括其它测定区域，这取决于选择的测定类型的数量。六个测定区域（CMV、EBV、HSV、VZV、JCV、PARVO）在图9中被示为大小相等的列，但是可选择其它数量的区域和尺寸的区域。可为视觉效果提供颜色编码。例如，处理前的对照洗脱液可用一种颜色指示，而患者样本洗脱液、处理后的对照和其它对照可由其它颜色标明。

在一些实施例中，板图946可被显示为工作列表和板图显示屏幕944S的一部分。在所描绘的实施例中，在相同的工作列表和图显示屏幕944S上显示板图946和工作列表945。然而，在一些实施例中可在单独的显示屏幕上显示它们。Tech可对工作列表945进行手动变化（编辑），并且那些变化可在板图946上被立即图示。相应地，Tech和SP软件程序可以帮助计划，以确保在提取板220上运行样本制备之前完全或接近完全利用和填充测试板225的测试井。

在一些实施例中，SP软件程序可包括所需的库存模块652，如图4中所示。所需的库存模块652可制备可需要根据SP方法400运行各种测定的库存需求的一些或全部的列表或视觉图像。例如，库存需求可基于电子板图文件中的信息。因此，在一个实施例中，库存需求可包括深井提取板、PCR测试板和（一个或多个尺寸的）移液管头的数量。列表或图像文件可被创建，并且可在显示器232上被显示为库存列表或图像，或者以其它合适的格式（例如硬拷贝打印输出）来提供。在一些实施例中，如图10所示的图形库存图像1050S可以图形方式指示Tech：在何处以及多少库存项目将加载到SP装置200的载体或托盘（例如自动加载的托盘）上的给定位置上。可与图形库存图像1050S一起提供指令。当Tech已经加载自动加载的托盘时，然后它们可选择继续，并且托盘可被加载到SP装置200中。

类似的库存图像可由所需的库存模块652提供，用于其它库存物品，诸如用于样本制备SP耗材和No SP耗材（例如处理前的对照、处理后的对照、通用对照、蛋白酶K、内部对照、裂解缓冲液、磁性颗粒、洗涤缓冲液、洗脱缓冲液、主混合、酶混合、引物和探针混合等等）。SP耗材是在提取板220上使用的耗材，而No SP耗材以后用在测试板225上发生的处理中。库存图像可指示Tech：何处和/或每个耗材中的多少加载在给定的载体或托盘（例如自动加载的盘）上。可提供库存图像，以帮助Tech在SP装置200的多个托盘上加载耗材物品。以这种方式，可最小化耗材废物，并且可避免中断和/或离线时间。图11图示SP分析物试剂载体加载屏幕1154s。该屏幕显示图像和/或以其它方式为SP载体和No SP载体上的每个选择的测定类型及其位置提供各种SP试剂和No SP试剂的列表（例如打印列表）。

在块418中，SP方法400然后可在提取板220上处理患者样本以及选择的对照，以在提取板220的处理阶段的结尾产生洗脱的样本（洗脱液）。洗脱的样本可包括洗脱的患者样本和洗脱的对照样本。

参照图2和3A，将进一步描述用于在提取板220上处理患者样本和对照的示例性方法。如在提取板处理序列中的第一步骤，诸如蛋白酶K（PK）之类的试剂可由SP装置200的机器人235B分配，以基于工作列表945和电子板图向将接收患者样本228或对照（即所有将被填充）的提取板220的所有提取板井分配PK。箭头347标明：将被填充的所有提取板井可接收PK。

SP装置200还可分配对照和/或校准器。如所描绘的，排序的处理前的对照（例如PR1——用于被选择的第一测定类型1的处理前的对照）可由一个或多个机器人235B和耦合的移液管236B吸出并分配给提取板220的提取板井，正如所示。同样地，如果选择的话，通用对照（UC）可由一个或多个机器人235B和一个或多个耦合的移液管236B吸出并分配到提取板220的一个或多个板井，正如所示。额外的排序的处理前的对照（例如PR2-PR4——用于已被选择的测定类型2-4的处理前的对照）可由一个或多个机器人235B和一个或多个耦合的移液管236B吸出和分配到提取板220的提取板井，正如所示。正如应当显而易见的：当运行动态测定运行设置模块642时，零个、一个或一个以上的处理前的对照可由Tech选择。也可分配内部对照和/或通用对照（UC）。干净的移液管可由一个或多个机器人235B拾起，用于不同的处理前的对照或其它对照的每个新的吸出和分配。

基于由动态测定运行设置模块642中的Tech选择的测定的数量，标明测试板225（例如PCR测试板）上的许多测定区域。基于具有被排序的该特定测定的患者样本的数量、预处理的对照的数量、用于该测定的处理后的对照的数量以及其它对照或校准器的数量，选择测定区域中每一个的尺寸。在所描绘的图3的测试板225（例如PCR测试板）中，基于在动态测定运行设置模块642中选择的四个测定，提供四个测定区域225A、225B、225C和225D。然而，可选择其它数量的测定区域，诸如两个或更多个、三个或更多、四个或更多、五个或更多、或者甚至六个或更多个板区域。例如，每个测定区域可专用于某一测定，诸如CMV、EBV、JCV、BKV、HSV、VZV、HHV-6、Parvo或Adeno。可运行其它类型和数量的测量。

用于那些测定类型的选择的处理前的对照的任何组合（例如PR1、PR2、PR3、PR4）可被提供给提取板220的提取板井。同样地，患者样本（例如所示的S1-Sn）可由一个或多个机器人235A和耦合的移液管236A吸出并直接分配到提取板220的一个或多个提取板井。取决于在动态测定运行设置模块642中选择的测定的数量和对照的数量，在大约1至大约96之间的患者样本例如可被分配到提取板220。可基于使用的测试板225的尺寸来分配其它数量的患者样本。

同样地，内部对照（如果选择的话）、裂解缓冲液和磁珠可由一个或多个机器人235B和一个或多个耦合的移液管236B吸出和直接分配到包含患者样本S1-Sn或对照（例如PR1、PR2、PR3、PR4和/或UC）的提取板220的填充的提取板井中的每一个。在一些实施例中，如果选择的内部对照（IC）、裂解缓冲液（LB）和磁珠（MB）可被提供为鸡尾酒提取板320C上的预混合鸡尾酒，如图3中所示。一旦蛋白酶K、处理前的对照（例如PR1-PR4）、其它对照（例如通用对照（UC）和/或校准器）、患者样本（S1-Sn）已被分配到提取板220上，如果选择的内部对照（IC）、裂解缓冲液（LB）和磁珠（MB）的预混合鸡尾酒可被分配给提取板220的每个占用的提取板井。大箭头指示：所有填充的提取板井从鸡尾酒提取板320C接收预混合鸡尾酒。

随着吸出和分配发生，可跟踪患者样本、蛋白酶k、对照、缓冲液和/或吸出的裂解鸡尾酒的各种使用的和/或剩余的体积。例如，患者样本使用模块650可跟踪使用的患者样本的量和在测试板225上已经填充什么测定。可以图形方式显示患者样本体积。患者样本使用模块650还可生成可在一个或多个样本架226（例如叠卡1——叠卡4）上显示样本ID及其位置的患者样本使用概要屏幕1256S（图12），并且还可表明样本是否已经接收订单（例如通过颜色）。此外，患者样本使用概要屏幕1256S可指示样本架226上的位置是否是空的。

根据块418，提取板220及其内容可经历各种处理周期，包括培养（包括加热和冷却）、摇动、添加有各种洗涤缓冲液（例如WB1-WB3等等）的多个洗涤周期、磁分离和添加洗脱缓冲液（EB）。各种处理周期都是已知的，并且本文中将不作进一步扩展。一旦已经完成提取板220上的处理，洗脱的患者样本和洗脱的对照样本仍然在提取板220的提取板井中。这些洗脱的患者样本和洗脱的对照样本准备用于在测试板225（例如PCR测试板）上发生的处理的下一阶段中的处理。

在块420中，包括两个或更多个测定区域（例如图3中所示的四个区域）的测试板225的各种测试板井可用纯化的样本（在本文被称为“洗脱液”）来填充。填充的动作由箭头348标明，其中一个或多个机器人235D和一个或多个耦合的移液管236D从提取板220的提取板井吸出和分配各种洗脱的患者样本和洗脱的对照样本，并将这些洗脱液转移到测试板225的各种测定区域（例如225A-225D）。洗脱液包括：已通过提取板220的提取板井而被处理的患者样本洗脱液（例如SE1、SE2、SE3、SE4、SE5、SE6、S.E至SnE），以及来自已通过提取板220而被处理的各种对照（例如通用对照UC和处理前的对照PR1-PR4）的任何对照样本洗脱液（例如PR1E、PR2E、PR3E、PR4E、UCE）。S.E标明患者样本洗脱液S6E和SnE之间的任何样本洗脱液。

可以任何次序或顺序填充测定区域（例如测定区域225A-225D）。例如，填充方法可包括先进先出（FIFO）方法学。如果可能的话，应当吸出并且然后在继续分配不同的洗脱液之前分配来自提取板220的单个井的洗脱液。例如，处理前的对照洗脱液（例如PR1E、PR2E、PR3E、PR4E）可首先被各自吸出和分配到各种测定区域（例如测定区域225A-225D）中，接着吸出和分配通用对照洗脱液（UCE）到各种测定区域（例如测定区域225A-225D）。这些可跟随有还未通过提取板220处理的任何处理后的对照（例如P01、P03）的吸出和分配。最后，患者样本洗脱液可被吸出和分配到各种测定区域（例如测定区225A-225D）中。可使用处理前的对照、处理后的对照、通用对照和/或样本洗脱液的分配的其它订单。

根据一个方面，患者样本洗脱液中的每一个可从个体提取板井中吸出，并且然后被分配到位于各种测定区域内的测试板225的多个测试板井中。分配可基于电子板图（例如板图文件——*.MAP文件））。因此，基于确定的测定订单的患者样本洗脱液可被分配到仅仅一个测定区域、多于一个测定区域或所有测定区域中。如应当显而易见的：在测定填充中包括测试板225的完全或接近完全利用的极端灵活性可由SP方法400和SP装置200提供。

还应当显而易见的是：可为一些、全部或没有测定区域选择和提供处理前的对照，如由Tech在运行动态测定运行设置模块642时所选择。另外，是来自试剂盒的有效地预先制备的洗脱液的任何处理后的对照（例如处理后的对照P01、P03）可被吸出和直接分配给测试板225的各自的测定区域（例如测定区域224A、225B、225C和225D）的一个或多个测试板井，这取决于哪个测定区域具有作为其测定数据集的一部分的处理后的对照。可为一些、全部或没有测定区域选择和提供处理后的对照，如由Tech在运行动态测定运行设置模块642时所选择。时间模块655可指示Tech何时添加处理后的对照（例如处理后的对照P01、P03）。时间模块655可能可听地发出蜂鸣声，并且可能应当时间剩余，直到No SP载体可被加载。用于期望引物和探针的那些协议的引物或探针（或引物探针混合）可被添加对应的测定区域。同样地，用于期望酶的那些协议的酶可被添加到相应的测定区域。

可以不限于所示和所述的次序和顺序的次序或顺序执行或进行SP方法400的以上过程块。例如，在一些实施例中，可在处理块406之前或与处理块406同时地执行处理块404；可在处理块408之前或与处理块408同时地执行处理块410；和/或可在处理块412之前或与处理块412同时地执行处理块414。

如可以从图3中看出的，可在单个测定（例如测定区域225A）中选择和提供一个以上的对照样本洗脱液（例如PR1E）。还示出的是包括每个区域（例如测定区域225A-225D）中的通用对照洗脱液UCE。测定区域可仅包括患者样本洗脱液，并且没有对照，患者样本洗脱液（有或没有内部对照）连同通用对照洗脱液、处理前的对照洗脱液和处理后的对照的各种组合。本文已经描述某些对照。然而，SP方法400和SP装置200可容易地或者全局或者作为任何测定数据集的可选择部分地并入其它对照或校准器，诸如阳性对照或独立对照。

一旦所有的患者样本洗脱液（例如S1E-SnE）和对照洗脱液（UCE、PR1E-PR4E、P01、P03）已被填充到每个电子板图的测试板225的各种测定区域（例如测定区域225A-225D）的各自的测试板井中，主混合（例如MM1-MM4）和任何其它NO SP试剂可由一个或多个机器人235和一个或多个耦合的移液管236C吸出和分配到各自的测定区域（例如测定区域225A-225D），其中一种类型的主混合专用于每个测定类型，并且单个测定类型在每个测定区域（例如测定区域225A-225D）中被提供。因此，主混合MM1被分配到第一测定区域225A中的所有测试板井，主混合MM2被分配到第二测定区域225A中的所有测试板井，等等。额外的试剂分配在一些实施例中可每个测定发生。一旦每个电子板图填充测定区域（例如测定区域225A-225D），测试板225可被转移到AD设备238。

示例——动态测定选择和样本制备

根据一个或多个实施例，以下通过由SP装置200执行的示例性样本制备（SP）方法来提供工作流导航的概要。

步骤1——用户（下文中用于技术员的“Tech”）可在SP装置200的一个或多个自动加载的托盘上（在SP装置200上，但尚未加载到SP装置200的内部叠卡中）放置耗材。所述耗材可包括：

1000ml移液管头（最多9个托盘）

300ml移液管头（最多2个托盘）

一个或多个深井提取板（例如2深井提取板）

PCR微井测试板

洗涤缓冲液1（1槽）

洗涤缓冲液2（1槽）

洗涤缓冲液3（1槽）

洗脱缓冲液（1）

裂解缓冲液（1）

磁珠（1）

蛋白酶K（PK，1管）。

步骤2——Tech可从ShellScreen（例如工作流模块屏幕740S）上的协议表格选择动态协议（参见块404——图4），并且选择“运行协议”。该选择为根据实施例提供的动态测定方法开始工作流。

步骤3——样本制备（SP）软件可提示Tech清空固体废弃物容器（任选的）。

步骤4——Tech可清空废弃物容器。

步骤5——SP软件显示可如图8中所示的动态测定运行设置屏幕842S（测定运行设置）。

步骤6——Tech选择将运行的测定的数量（参见块406）。

步骤7——SP软件启用和禁用对应于从块406选择的将运行的测定的数量许多测定数据集。例如，如果提供6个选项，并且选择四个，则将禁用两个。测定数据集可包括字段：测定名称、提取前的对照的数量、提取后的对照的数量、试剂盒批号和有效期。

步骤8——Tech定义测定数据集。测定数据集可包括测定名称、处理前的对照、处理后的对照，并且还可包括批号和批有效期。注意：在首次运行之后，可从可用的先前定义的测定数据集中选择测定。

步骤9——Tech通过返回到步骤8重复，直到所有选择和启用的测定数据集用期望的测定运行配置来填充。每个期望的测定运行配置可能不同，如图8中所示。

步骤10——Tech可在块410中任选地选择是否分配内部对照（IC），这取决于已被选择的测定的类型。IC可能是适当类型的IC，并且IC可被选择以应用到所有启用的测定，如在图8中所示。任选地，是否使用IC对于每个测定可能是可选择的选项，很像许多处理前的对照。

步骤11——Tech还可选择是否使用通用阴性对照与否，因此结合处理前和/或处理后的对照的每个测定集内的任何通用阴性对照。Tech还可选择将使用的扩增检测（AD）协议名称。AD协议名称可用于经由电子板图（例如PCR板图）将选择的动态协议和测定数据集链接到AD TDef。AD TDef在本文中被定义为包括PCR热循环条件和信号检测参数的测试定义文件。

步骤12——一旦完成所有测定数据集，Tech选择在显示器232上显示的动态测定运行设置屏幕842S上的继续（Continue），以继续运行。

步骤13——SP方法400的SP软件提示Tech加载包含患者样本228的样本载体（例如样本架226），以制备或结束运行。

步骤14——Tech将包含患者样本228的样本载体（例如样本架226）加载到自动加载的托盘上，然后提示SP装置200加载患者样本228。

步骤15——SP软件程序可将样本载体（例如样本架226）拉到叠卡上，并且可读取所有的载体ID、样本ID（例如条形码）和用于样本架226上包含的样本容器229（例如样本管）的样本槽位置。读取过程可由任何合适的读取器233来执行。

步骤16——SP软件程序可确定没有任何条形码读取错误。

步骤17——SP软件程序可检查额外的样本载体（例如样本架226），并且如果检测未读的样本架，SP软件程序可从步骤15重复。

步骤18——SP软件程序可提示Tech确认在每个样本载体中（例如在每个样本架226中）检测的样本容器229（例如样本管）的数量。

步骤19——Tech确认系统（例如SP装置200）读取患者样本的正确数量（例如样本容器229的数量）。

步骤20——SP软件程序可为每个患者样本228查询LIS 234，以确定将为每个患者样本228运行哪些测定。

步骤21——LIS（如果可用、连接、通信的话）可用测定订单响应，该测定订单用于与每个患者样本228相关联的患者样本标识（样本ID）。

步骤22——基于在样本载体（例如样本架226）中找到的样本ID（例如条形码），SP软件程序然后可用来自LIS 234的样本ID和开放测定订单填充工作列表和板图显示模块644的工作列表文件。可手动输入不包括LIS 234中的订单的任何患者样本228。此外，如果LIS不是正在通信，工作列表文件可由Tech手动填充。

步骤23——SP软件程序可在示出板图（例如PCR板图）的图形表示的显示器232上显示工作列表和板图显示屏幕944S（另外被称为“工作列表编辑器”），并且还可示出工作列表945。

步骤24——基于动态TDef配置和工作列表选择，SP软件程序可用对照、校准器和样本ID填充PCR板图。

步骤25——Tech可修改板图中校准器/对照的名称，以与他/她将所正在加载的对齐。

步骤26——Tech可指示：通过从工作列表和板图显示屏幕944S选择继续，工作流应当继续向前。

步骤27——SP软件程序可能可听地（发出蜂鸣声）和/或可视地提示Tech将所有耗材加载到一个或多个自动加载的托盘上。耗材可包括但不限于头、深井和测试板，以及各种提取前分析物试剂（SP试剂）和缓冲液。Tech应当确保从所有管和槽去除帽，并且然后可选择加载耗材。

步骤28——SP软件程序可加载提取前分析物试剂载体（SP试剂载体），并且然后可扫描、读取和监控是否加载正确的提取前分析物试剂。SP软件程序然后可为每个提取前分析物试剂（包括PK和IC）检查液体水平。

步骤29——SP软件程序可检查以查看可消耗的载体在一个或多个自动加载的盘上可用，并且可将它们加载到SP装置200的叠卡上。

步骤30——SP软件程序可包括时间模块655（图6），时间模块655可示出为加载提取后试剂（No SP试剂，如图11中所示）递减计数时间的样本制备过程对话时间框的图形图像。

步骤31a——基于工作列表945和板图946（图9），自动化的SP仪器在提取板220上从提取前分析物试剂直到但不包括提取后分析物试剂逐步执行样本制备。

步骤31b——基于工作列表945和板图946，SP装置200从一个或多个样本管载体（例如样本架226）到提取板220移液所有的患者样本。

步骤31c——SP软件程序可包括患者样本使用模块650（图6），患者样本使用模块650可向Tech报告样本管使用状态，示出每个患者样本S1-Sn）的状态，但是不等待响应。在图12中示出患者样本使用概要屏幕1256S。每个样本的状态可用多个颜色来呈现。

步骤32——SP软件程序可提示Tech将提取后的载体（No SP载体）加载到自动加载的托盘上（例如可听地（发出蜂鸣声）和/或可视地）。

步骤33——一旦来自SP软件程序的提示由用户识别和确认（点击）（参见图13），提取前的载体（SP载体）由SP装置200弹出。

步骤34——Tech从自动加载的托盘去除提取前的载体，并将提取后的载体（NO SP载体）放置在其适当的位置，并且然后提示仪器它准备好被加载。

步骤35——在从提取后的载体加载屏幕1358S选择加载载体时（图13），SP软件程序可将提取后分析物试剂载体（NO SP载体）加载到叠卡上，并且可为对照和分析物试剂扫描，并且可检查每一个的液体水平正如预期。

步骤36——基于动态TDef和电子板图，SP软件程序通过样本制备运行的剩余的逐步执行而指导SP装置200。在该步骤中，提取板处理被如上所讨论地执行，并且然后测试板225被填充。一旦完成SP方法400，运行完整的屏幕。

步骤37——SP软件程序可基于电子板图生成板图文件模块660内的板图文件（*.MAP文件），并且筹备它，用于传输到AD设备238的AD软件（图2和6）。传输可能通过以太网通信或其它合适的手段。

步骤38——SP软件程序可从错误报告模块664生成如图15中所示的样本制备运行报告1565S，并且可将作为文件的报告存储到维护\日志文件文件夹中。

步骤39——经由状态模块668，SP软件程序可通知Tech：样本制备运行已经完成（例如可听地（发出蜂鸣声）和/或如图14中所示地在状态概要屏幕1468S上提供视件）。

步骤40——Tech然后可经由状态概要屏幕1468S查看样本制备运行报告屏幕1565S（图15），并且还可打印该报告。

步骤41——Tech可引入由板图文件模块660生成的板图文件，板图文件模块660在AD设备238的AD软件上打开AD测试定义。注意：MAP文件可位于“C：\Name\PlateMap”。

步骤42——经由状态概要屏幕1468S，Tech可卸载所有载体，包括来自SP装置200的测试板225（PCR板），盖住测试板225并退出屏幕。

步骤43——Tech在AD设备238上加载测试板225（例如PCR板）。

步骤44——Tech用可对应于测定名称的适当的光学通道名称来建立AD测试，并且基于打印运行报告任选地识别校准器/对照井。

步骤45——Tech从数据收集清除/取消选择井，该井对应于具有在从样本制备运行报告屏幕1565S打印的样本制备运行报告上的样本制备错误的井。

步骤46——Tech发起AD设备238的运行。

步骤47——AD软件运行AD测试定义，处理测试板225（例如PCR板）到完成。

步骤48——Tech回顾结果与样本制备运行报告，以便检测由于样本制备错误而未从数据收集中清除/取消选择的任何结果。如果检测到对应于样本制备错误的结果，Tech确定采取什么缓和行动。

步骤49——Tech向LIS 234发送测试结果，例如通过打开SP软件程序的LIS接口。

步骤50——场景结束。

图5A图示根据进一步的实施例的填充具有多个测试井的测试板（例如测试板225）的方法的流程图。方法500A包括：在块502A中，在提取板（例如提取板220）的多个提取井中执行多个患者样本（例如患者样本S1-Sn）的样本处理，以在多个提取井的至少一些中制备多个洗脱的样本（例如S1E-SnE），并且在块504A中，基于包括多个测定区域（例如图9中所示的6个测定区域）的电子板图（参见图9的板图946），将多个洗脱的样本之一从多个提取井中的单个提取井转移到测试板（例如测试板225）的多个测试井中，其中测试板的多个测试井中的每一个在多个测定区域（例如225A-225D）的不同的一个中，并且每一个被配置成执行不同的测定类型（例如测定类型CMV-PARVO）。

图5B图示根据进一步的实施例的用于在具有多个PCR板井的PCR板上测定的制备样本的方法的流程图。方法500B包括：在块502B中，提供待测定的多个患者样本（例如S1-Sn），患者样本包括样本标识（例如样本容器229的条形码），并且在块504B中，从LIS（例如LIS 234）接收对应于多个患者样本的测定订单。方法500B包括：在块506B中，基于测定订单和样本标识，选择测定的数量和类型以在PCR板上执行，并且在块508B中，为至少包括处理前的对照和处理后的对照的类型和数量的测定的类型中的每一个动态地定义测定数据集。方法500B包括：在块510B中，制备多个患者样本和处理前的对照，直到在提取板（例如提取板220）的提取板井上的患者样本洗脱液和对照样本洗脱液。方法500B包括：在块512B中，基于测定的类型，定义将执行的测定的数量和对照的数量、包括含多个PCR板井的多个测定区域的电子板图（例如参见图9的板图946），其中多个测定区域（例如测定区域225A-225D）中的每一个包括多个PCR板井中的至少一个，并且在块514B中，将患者样本洗脱液从提取板井分配到多个测定区域中，其中PCR板（例如测试板225）上多个测定区域的数量为2或更多；并且将在多个测定区域的每一个中执行不同的测定。

一些实施例或其部分可被提供为计算机程序产品或软件，计算机程序产品或软件可包括具有在其上存储的非瞬时指令的机器可读介质，该指令可用于编程控制器230以根据一个或多个实施例执行样本制备方法。在一个实施例中，可提供具有在其上存储的非瞬时指令的机器可读介质。“机器可读介质”指的是参与提供可由计算机、处理器或相似设备读取的数据（例如指令）的任何法定介质。这样的介质可采取许多形式，包括但不限于非易失性介质、易失性介质和具体法定类型的传输介质。非易失性介质例如包括光盘或磁盘和其它永久存储器。易失性介质包括典型地构成主存储器的DRAM。常见形式的计算机可读介质例如包括软盘、柔性盘、硬盘、磁带、任何其它磁介质、CD-ROM、数字视频盘（DVD）、任何其它光学介质、穿孔卡、纸带、具有孔图案的任何其它物理介质、RAM、PROM、EPROM、FLASH-EEPROM、USB记忆棒、加密狗（dongle）、任何其它存储器芯片或盒、载波或计算机可以从中读取的任何其它介质。术语“计算机可读存储器”和/或“有形介质”明确排除信号、波和波形或不过可由计算机读取的其它无形的或短暂的介质。

具有非瞬时指令的机器可读介质包括：动态运行设置模块，被配置成至少部分地基于将运行的测定的数量和类型以及对照的数量和类型来定义具有期望的运行配置的多个测定数据集；以及工作列表和板图显示模块，被配置成生成包括空间信息的电子板图，该空间信息关联患者样本洗脱液和对照洗脱液的测试板的多个测定区域以及任选地一个或多个处理后的对照内的位置（例如测试板井位置）。

样本制备软件程序可进一步包括适于执行具体编程任务的额外的模块，诸如工作流开始模块640、患者样本使用模块650、所需的库存模块652、状态模块668和错误报告模块664，如上所讨论。

定义

显示器——向观众传达信息的区域或设备。信息可能是动态的，在这种情况下，液晶显示器（LCD）、发光二极管（LED）、阴极射线管（CRT）、数字光处理（DLP）、等离子、背投、前投等等可用于形成显示器。显示器的纵横比可能是4:3、16:9等等。此外，显示器的分辨率可能是任何适当的分辨率，诸如480i、480p、720p、1080i、1080p等等。发送到显示器的信息的格式可能是任何适当的格式，诸如标准清晰度电视（SDTV）、增强清晰度电视（EDTV）、高清晰度电视（HDTV）等等。一些显示器可能是交互式的，并且可包括容易理解的触摸屏构件或相关联的小键盘。

洗脱液——通过洗脱或淘析分离出的物质（例如靶核酸）或者洗脱或淘析的产物。

处理前的对照——已在提取板上与患者样本一起被处理并且然后被转移到PCR板的那些处理对照。

处理后的对照——已由制造商处理并与洗脱的样本和主混合一起被直接加载到测试板（例如PCR板）上的那些处理对照。

内部对照——被添加到提取板上的患者样本、指示进程已经继续进行而没有干扰最终结果的任何反应问题的那些处理对照。

蛋白酶K——蛋白酶K是广谱丝氨酸蛋白酶。蛋白酶K一般在分子生物学中用来消化蛋白质并从核酸的制备去除污染物。将蛋白酶K添加到核酸制备迅速地失活可能在纯化过程中以其它方式降解DNA或RNA的核酸酶。

主混合——主混合是以对于DNA模板的有效扩增最佳的浓度包含聚合酶组分和其它组分（例如Taq DNA聚合酶、dNTP、MgCl₂和反应缓冲液）的预混合的易于使用的溶液。

前面的描述仅仅公开发明的示例性实施例。落入发明范围内的以上公开的装置、系统和方法的修改对本领域普通技术人员将是易于显而易见的。相应地，虽然已经结合示例性实施例公开了本发明，但应当理解的是：其它实施例可落入如由下面的权利要求限定的发明的范围内。

Claims

1.一种用于在具有多个井的测试板上测定的制备样本的方法，包括：

经由用户接口接收指令以运行第一测定类型和第二测定类型；

为待测定的多个样本确定样本标识；

接收对应于样本标识的测定订单；

基于测定订单和样本标识，定义多个井的第一和第二测定区域，其中每个定义的测定区域包括多个井中的至少一个；以及

创建包括指令的电子板图，以在第一测定区域内包含的样本上运行第一测定类型，并且在第二测定区域内包含的样本上运行第二测定类型。

2.根据权利要求1所述的方法，包括：显示指示第一测定区域和第二测定区域的测试板的图形表示。

3.根据权利要求1所述的方法，包括三个或更多个测定区域，并且其中在三个或更多个测定区域的每一个中制备不同的测定类型。

4.根据权利要求3所述的方法，包括：显示指示三个或更多个测定区域的测试板的图形表示。

5.根据权利要求1所述的方法，包括：

同时包括：

来自测试板的一个或多个测定区域上的提取板的一个或多个处理前的对照样本洗脱液，以及

在测试板的一个或多个测定区域上的一个或多个处理后的对照。

6.根据权利要求1所述的方法，包括：为正在特定批量中运行的第一测定类型和第二测定类型中的每一个定义测定数据集，测定数据集至少包括测定名称、以及存在处理前的对照、存在处理后的对照或二者。

7.根据权利要求1所述的方法，包括：显示至少一些库存需求的图形表示，至少一些库存需求用于制备将在包括第一测定区域和第二测定区域的测试板上运行的测定。

8.根据权利要求1所述的方法，包括：基于测定订单、样本标识和对照定义第一和第二测定区域。

9.根据权利要求1所述的方法，包括：在测试板上同时包括一个或多个处理前的对照样本和一个或多个处理后的对照样本。

10.根据权利要求1所述的方法，包括：提供用于处理第一和第二测定以及样本的至少一些库存需求的列表。

11.根据权利要求1所述的方法，包括：基于电子板图，生成库存图像文件。

12.根据权利要求1所述的方法，进一步包括：将电子板图转移到扩增和检测设备。

13.根据权利要求12所述的方法，其中电子板图包括指令，以在第一测定区域内包含的洗脱的患者样本和第一主混合上运行第一测定类型，并且在第二测定区域内包含的洗脱的患者样本和第二主混合上运行第二测定类型。

14.一种填充具有多个测试板井的测试板的方法，包括：

在提取板的多个提取板井中执行多个患者样本的样本处理，以在多个提取板井的至少一些中制备多个洗脱的样本；以及

基于包括多个测定区域的电子板图，将多个洗脱的样本之一从多个提取板井中的单个提取板井转移到测试板的多个测试井中，其中测试板的多个测试井中的每一个在多个测定区域的不同的一个中，并且每一个被配置成执行不同的测定类型。

15.根据权利要求14所述的方法，其中来自多个井的单个提取井的多个洗脱的样本之一被转移到测试板的多个测试井的三个或更多个，其中多个测试井的三个或更多个中的每一个在不同的板区域中。

16.根据权利要求14所述的方法，其中多个洗脱的样本之一被转移到测试板的多个测试井的两个到六个之间。

17.根据权利要求14所述的方法，其中在测试板的不同测定区域中提供不同测定类型中的每一个。

18.一种用于在具有多个PCR板井的PCR板上测定的制备样本的方法，包括：

提供待测定的多个患者样本，患者样本包括样本标识；

从LIS接收对应于多个患者样本的测定订单；

基于测定订单和样本标识，选择测定的数量和类型以在PCR板上执行；

为包括处理前的对照和处理后的对照的类型和数量的测定的类型中的每一个动态定义测定数据集；

制备多个患者样本和处理前的对照，直到在提取板的提取板井上的患者样本洗脱液和对照样本洗脱液；

基于测定的类型，定义将执行的测定的数量和对照的数量、包括含多个PCR板井的多个测定区域的电子板图，其中多个测定区域中的每一个包括多个PCR板井中的至少一个；以及

将患者样本洗脱液从提取板井分配到多个测定区域中，其中PCR板上的多个测定区域的数量为两个或更多个；并且将在多个测定区域的每一个中执行不同的测定。

19.一种样本制备装置，包括：

提取板；

测试板；

存储器，可操作以至少存储患者样本标识、用于每个患者样本的测定订单、以及测定的数量和类型；

处理器，耦合到存储器，并且可操作以至少基于患者样本的数量、用于患者样本中每一个的测定订单的数量和类型、以及对照的数量来生成包括多个测定区域的电子板图；以及

一个或多个机器人，每一个包括被配置成从提取板的提取板井和主混合到多个测定区域的患者样本洗脱液的一个或多个耦合的移液管。

20.根据权利要求19所述的样本制备装置，包括：通信装置，被配置成从电子板图向扩增和检测设备转移包括信息的电子数据文件。

21.根据权利要求19所述的样本制备装置，包括：包括所需的库存模块的样本制备软件，所需的库存模块被配置成由处理器执行，以为多个测定制备库存需求的至少一些的列表或图像文件。

22.一种具有在其上存储的非瞬时指令的机器可读介质，包括：

动态运行设置模块，被配置成至少部分地基于将运行的测定的数量和类型以及对照的数量和类型而定义具有期望的运行配置的多个测定数据集；以及

工作列表和板图显示模块，被配置成生成包括空间信息的电子板图，该空间信息关联患者样本洗脱液和对照洗脱液的测试板的多个测定区域以及任选地一个或多个处理后的对照内的位置。