CN105441560A - 一种鸡体尺性状选育分子标记igf-1r基因及其应用 - Google Patents

一种鸡体尺性状选育分子标记igf-1r基因及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN105441560A
CN105441560A CN201511017189.6A CN201511017189A CN105441560A CN 105441560 A CN105441560 A CN 105441560A CN 201511017189 A CN201511017189 A CN 201511017189A CN 105441560 A CN105441560 A CN 105441560A
Authority
CN
China
Prior art keywords
chicken
gene
igf
wuding
miniature
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201511017189.6A
Other languages
English (en)
Inventor
豆腾飞
徐志强
谷大海
林秋叶
李琦华
贾俊静
汪善荣
赵筱
张彦华
李正田
荣华
曹振辉
刘丽仙
黄英
佟荟全
葛长荣
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Yunnan Agricultural University
Original Assignee
Yunnan Agricultural University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Yunnan Agricultural University filed Critical Yunnan Agricultural University
Priority to CN201511017189.6A priority Critical patent/CN105441560A/zh
Publication of CN105441560A publication Critical patent/CN105441560A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及动物分子育种的基因工程技术，特别是一种与鸡体尺性状相关的胰岛素样生长因子1受体（IGF-1R）基因及其应用技术，本发明利用云南特有的武定鸡和大围山微型鸡为研究材料，采用目标区域深度重测序的方法，结合生物信息学分析，筛选出与大围山微型鸡和武定鸡的体尺性状有显著相关性的内含子2上C17393427T位点，以此位点作为分子标记对鸡的选育进行辅助选择，并通过对大围山微型鸡、武定鸡的鸡肝脏和骨骼肌细胞中以IGF-1R基因mRNA表达量的检测，探索IGF-1R基因对家禽体型大小的影响，为云南本土鸡的选育提供重要的科学借鉴。

Description

一种鸡体尺性状选育分子标记IGF-1R基因及其应用
技术领域
本发明涉及动物分子育种的基因工程技术，特别是一种与鸡体尺性状相关的胰岛素样生长因子1受体(IGF-1R)基因及其应用技术。
背景技术
胰岛素样生长因子1受体(IGF-1R)是细胞的有丝分裂、细胞的转化作用、抗凋亡等生长过程的主要调节者，IGF1R是IGFs发挥生物学效应的效应器，它不但可以调节IGFs的半衰期和活性，而且本身在细胞周期、移植、代谢、生存、增殖和分化等发育期和成年期的关键过程起重要的调控作用。IGF-1R转导的信号通路促进细胞存活、抗细胞凋亡，同时通过激活Ras-MAPK的级联酶促反应促进细胞增殖。正常组织中IGF1R低表达或不表达，实验中IGF-1R的高表达可能表现促分化，也可能表现为抑制分化、促进增殖。研究表明，IGF-1R发挥的作用是由其下游物质决定的。当下游信号通路主要由IRS.1介导时，表现为促增殖和转化；当IRS.1缺少，信号通路由Shc介导时，表现为促分化。
IGF1R基因对动物的生长发育有明显的影响，是影响机体生长发育等功能的重要因子，IGF1R基因的突变会影响IGF1R基因发挥其正常生理功能，甚至会导致生长受阻或其他一些疾病的发生。在鸡等禽类中，IGF1R作为IGFs(IGF-1、IGF-2)唯一受体，对IGFs发挥功能非常重要，而且本身在细胞周期、移植、代谢、增殖和分化等发育期和成年期的关键过程起重要的调控作用。IGF-1R是生长激素(GH)/生长激素受体(GHR)/胰岛素样生长因子1(IGF-1)生长轴上下游信号与IGF-1结合调节动物生长、控制体尺的重要功能基因。在鸡等禽类中，IGF1R在代谢、增殖和分化等发育期和成年期的关键过程起重要的调控作用，是影响家禽体尺性状的重要候选基因。
优良品种是发展畜牧业的基础，使得人们不断进行家畜品种改良。分子标记从本质上揭示遗传变异及其变异规律，在动物的育种中发挥了越来越重要的作用，为动物DNA分子标记辅助选择奠定了一定的基础。在畜禽育种过程中，找到畜禽的体型大小的相关分子标记，对畜禽育种有着重要的意义。因此，探索IGF-1R基因对家禽体型大小的影响，可为优质家禽的品种改良和选育提供一定的理论依据。
发明内容
鉴于以上研究背景，本发明利用云南特有的武定鸡和大围山微型鸡为研究材料，采用目标区域深度重测序的方法，结合生物信息学分析，筛选出与大围山微型鸡和武定鸡的体尺性状有显著相关性的内含子2上C17393427T位点，以此位点作为分子标记对鸡的选育进行辅助选择，并通过对大围山微型鸡、武定鸡的鸡肝脏和骨骼肌细胞中以IGF-1R基因mRNA表达量的检测，探索IGF-1R基因对家禽体型大小的影响，为云南本土鸡的选育提供重要的科学借鉴。
本发明的目的是提供一种鸡体尺性状选育分子标记IGF-1R基因，通过设计特异性引物克隆了大围山微型鸡和武定鸡IGF-1R基因编码区的全长序列(CDS)，如SEQ.ID.NO.1和SEQ.ID.NO.2，GenBank登陆号分别为KC242244和KC242243；并按照克隆出来的CDS序列预测IGF-1R基因编码区的蛋白质序列，氨基酸序列如SEQ.ID.NO.3和SEQ.ID.NO.4。
本发明的另一个目的是与鸡体尺性状相关的IGF-1R基因的内含子2上C17393427T位点在云南大围山微型鸡和武定鸡中体尺性状选育中的应用，采用PCR-RFLP方法，检测IGF-1R基因内含子的多态性，并分析了不同基因型与尺性状的关联性，即通过现代分子生物学技术筛选出与大围山微型鸡和武定鸡的体尺性状有显著相关性的C17393427T位点，以此位点作为体尺性状的分子标记对鸡的选育进行辅助选择
作为上述分子标记IGF-1R基因的应用，本发明还公开了一种大围山微型鸡和武定鸡选育中遗传改良的方法，在大围山微型鸡和武定鸡群中，检测IGF-1R基因Intron2序列260bp位点(基因组第17393427位点)，未发生突变的为TT型，发生T→C突变的为CT型和CC型，保留CC基因型个体，淘汰CT型基因型和TT型基因型个体，保留CC型，淘汰CT型和TT型，提纯体尺性状较优的大围山微型鸡和武定鸡品种。
本发明的有益效果：
1、本发明通过设计特异性引物克隆了大围山微型鸡和武定鸡IGF-1R基因编码区的全长序列(CDS)，实现对大围山微型鸡和武定鸡的IGF-1R基因进行完全测序，并探索云南本土鸡种IGF-1R基因上的突变位点，为云南本土鸡种提供一定的理论依据
2、本发明采用目标区域深度重测序的方法，结合生物信息学分析，利用PCR-RFLP技术对IGF-1R基因进行多态性分析，筛选出与大围山微型鸡和武定鸡的体尺性状有显著相关性的内含子2上C17393427T位点，并以此位点作为分子标记对鸡的体尺性状选育进行辅助选择，为云南本土鸡的选育提供重要的科学借鉴。
3、本发明还提供了一种大围山微型鸡和武定鸡选育中遗传改良的方法，可通过对IGF-1R基因分子标记的检测，保留CC型，淘汰CT型和TT型，提纯体尺性状较优的大围山微型鸡和武定鸡品种。
附图说明
图1为本发明IGF-1R基因5’RegulatoryRegionG17440010A位点在大围山微型鸡中的多态性检测(微型鸡GG型测序图谱)；
图2为本发明IGF-1R基因5’RegulatoryRegionG17440010A位点在大围山微型鸡中的多态性检测(微型鸡AG型测序图谱)；
图3为本发明IGF-1R基因5’RegulatoryRegionG17440010A位点在武定鸡中的多态性检测(武定鸡GG型测序图谱)；
图4为为本发明IGF-1R基因5’RegulatoryRegionG17440010A位点在武定鸡中的多态性检测(武定鸡AG型测序图谱)；
图5为本发明IGF-1R基因Intron2T174169946位点在大围山微型鸡中的多态性检测(微型鸡TG型测序图谱)；
图6为本发明IGF-1R基因Intron2T17416994G位点在大围山微型鸡中的多态性检测(微型鸡GG型测序图谱)；
图7为本发明IGF-1R基因Intron2T17416994G位点在武定鸡中的多态性检测(武定鸡TG型测序图谱)；
图8为本发明IGF-1R基因Intron2T17416994G位点在武定鸡中的多态性检测(武定鸡GG型测序图谱)；
图9为本发明IGF-1R基因Intron2C17393427T位点在大围山微型鸡中的多态性检测(微型鸡CT型测序图谱)；
图10为本发明IGF-1R基因Intron2C17393427T位点在大围山微型鸡中的多态性检测(微型鸡TT型测序图谱)；
图11为本发明IGF-1R基因Intron2C17393427T位点在大围山微型鸡中的多态性检测(微型鸡CC型测序图谱)；
图12为本发明IGF-1R基因Intron2C17393427T位点在武定鸡中的多态性检测(武定鸡CT型测序图谱)；
图13为本发明IGF-1R基因Intron2C17393427T位点在武定鸡中的多态性检测(武定鸡TT型测序图谱)；
图14为本发明IGF-1R基因Intron2C17393427T位点在武定鸡中的多态性检测(武定鸡CC型测序图谱)。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例和附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
一、体尺性状指标的测定
本发明采用20周龄大围山微型鸡和武定鸡各100只，公母各半，进行体尺(胫长、胫围、胸宽、胸深、体斜长等)测量，20周龄武定鸡胫长、胫围、胸宽、胸深、体斜长等均显著高于大围山微型鸡。
表1不同品种鸡体重及体尺性状的比较分析
注：P.＞0.05，差异不显著；0.01＜P＜0.05，差异显著；P＜0.01，差异极显著。
二、血液激素水平指标样品采集
采血前均禁食12小时，于次日早晨进行翅静脉采血。制备血浆，检测IGF-1R激素含量，结果显示武定鸡血液中IGF-1R激素含量高于大围山微型鸡。
表220周龄微型鸡和武定鸡血浆中IGF1R激素含量
三、IGF-1R基因CDS区的克隆：
1)提取武定鸡和大围山微型鸡肌肉组织总RNA，并反转录为cDNA。
2)根据GenBanK中原鸡(Gallusgallus)的IGF-1R基因序列(NCBI登录号：NM_205032)，使用引物设计软件primerpremier5.0设计6对引物分别为：IGF1R-1、IGF1R-2、IGF1R-3、IGF1R-4、IGF1R-5、IGF-1R-6，完全覆盖了IGF1R基因的编码区(CDS)全序列。
表3IGF-1R基因引物信息
3)采用PCR扩增试剂盒扩增目标片段。
4)采用UNIQ柱式DNA胶回收试剂盒纯化PCR目标产物DNA片段。
6)对IGF-1R基因进行扩增片段连接反应后，进行基因克隆质粒转化，取合格菌液进行测序。
7)大围山微型鸡和武定鸡IGF-1R基因，PCR产物经纯化回收，克隆测序，测序结果通过人工仔细核对碱基及其所对应的谱图，更正错误的碱基，经DNAStar分析软件比对并拼接碱基序列。
测序结果：
以GenBank原鸡IGF-1R基因(NM_205032)mRNA为参考，根据本次测序结果比对和拼接大围山微型鸡IGF-1R基因的序列。将测序所得到的6个序列核对、校正和拼接完成大围山微型鸡IGF-1R基因CDS区全序列4092bp，如SEQ.ID.NO.1，编码1363个氨基酸，氨基酸序列如SEQ.ID.NO.3。大围山微型鸡IGF-1R基因CDS区全序列成功提交GenBank，登陆号：KC242244。武定鸡IGF-1R基因CDS区全序列4092bp，如SEQ.ID.NO.2，编码1363个氨基酸，氨基酸序列如SEQ.ID.NO.4。武定鸡IGF-1R基因CDS区全序列成功提交GenBank，登陆号：KC242243。
通过对大围山微型鸡IGF-1R基因CDS区(KC242244)、武定鸡IGF-1R基因CDS区(KC242243)和GenBank原鸡IGF-1R基因(NM_205032)mRNACDS区(参考序列)进行序列比对分析，发现的基因多态位点信息如下：
(1)大围山微型鸡IGF-1R基因CDS区(KC242244)序列与GenBank原鸡IGF-1R基因(NM_205032)mRNACDS区进行比对分析发现，微型鸡IGF-1R基因CDS区共存在12个突变位点，其中有11个突变位点是同义突变，没有改变氨基酸序列；微型鸡在C1296A1个位点的碱基突变为错义突变，导致编码的氨基酸发生变化，由天冬氨酸变为谷氨酸。
(2)大围山微型鸡IGF-1R基因CDS区(KC242244)与武定鸡IGF-1R基因CDS区(KC242243)进行比对分析发现，微型鸡IGF-1R基因CDS区共存在13个突变位点，其中有11个突变位点是同义突变，微型鸡A732C、T1190C、C1296A三个位点的碱基突变为错义突变，导致编码的氨基酸发生变化。
(3)大围山微型鸡IGF-1R基因CDS区(KC242244)与武定鸡IGF-1R基因CDS区(KC242243)及GenBank原鸡IGF-1R基因(NM_205032)mRNACDS区进行比对分析发现微型鸡IGF1RCDSC1296C/A为错义突变，导致编码的氨基酸发生变化，由天冬氨酸变为谷氨酸，武定鸡与NCBI参考基因组相同，均为天冬氨酸。
四、利用PCR-RFLP技术对IGF-1R基因进行多态性分析
1)提取血液基因组DNA，进行PCR实验。
2)设计三对引物IGF1R-7、IGF1R-9、IGF1R-10，分别位于IGF1R基因的5’regulatoryregion(G17440010A)、Intron2(T17416994G)、Intron2(C17393427T)，引物由上海生物工程有限责任公司合成。
表4IGF-1R基因引物信息
3)采用PCR扩增试剂盒扩增目标片段；
4)酶切：限制性内切酶具有特异的酶切位点，序列比对分析发现RFLP技术检测IGF1R-7、IGF1R-9和IGF1R-10引物扩增目的片段的突变位点，相应的诊断酶分别是：Hin6I、BgIII和MspI
表5限制性内切酶的识别位点及反应温度
5)使用DNAStar(5.0)软件进行DNA序列比较和寻找酶切位点，计算基因频率和基因型频率并进行检验，进而进行不同位点遗传多态性分析和核苷酸多态位点与性状关系的分析；
a.G17440010A位点
检测IGF-1R基因5’RegulatoryRegionG17440010A位点的基因多态性，以大围山微型鸡、武定鸡DNA为模板，IGF1R-7引物扩增的目的片段长度为320bp。用Hin6I限制性内切酶对相应的PCR产物进行酶切，PCR产物被切成240bp/80bp的GG型和320bp/240bp/80bp的AG型。
对突变位点的证实得到，IGF1R-7引物扩增5’regulatoryregion(G17440010A)序列的目的片段240bp位点存在Hin6I的酶切位点：G→A突变为AG型或AA型，未发生突变的为GG型。大围山微型鸡发现了AG和GG两种基因型；武定鸡发现了AG和GG两种基因型。大围山微型鸡测序结果和GenBank上序列的比对结果及测序图谱如图1。武定鸡测序结果和GenBank上序列的比对结果及测序图谱如图2。测序结果显示：大围山微型鸡有GG型和AG型两种基因型，武定鸡有GG型和AG型两种基因型。
大围山微型鸡：
①大围山微型鸡GG型测序结果与GenBank序列比对结果：
②大围山微型鸡AG型测序结果与GenBank序列比对结果：
微型鸡GG型测序图谱(69位点只有碱基G)如图1所示；微型鸡AG型测序图谱(65位点存在G/A两种碱基)如图2所示；
武定鸡：
①武定鸡GG型测序结果与GenBank序列比对结果：
②武定鸡AG型测序结果与GenBank序列比对结果：
武定鸡GG型测序图谱(67位点只有碱基G)如图3所述，武定鸡AG型测序图谱(67位点存在G/A两种碱基)如图4所示；
b.T17416994G位点
检测IGF-1R基因Intron2T17416994G位点的基因多态性，以大围山微型鸡、武定鸡DNA为模板，IGF1R-9引物扩增的目的片段长度为413bp。用BgIII限制性内切酶对相应的PCR产物进行酶切，PCR产物被切开成413bp/303bp/110bp的TG型和未切开的GG型。
IGF1R-9引物扩增的IGF1R基因Intron2序列110bp位点存在BgIII酶切的位点，未发生突变的为GG型，发生G→T突变的为TG型。大围山微型鸡发现TG和GG两种基因型。武定鸡发现TG和GG两种基因型。大围山微型鸡测序结果与GenBank上序列的比对结果及测序图谱如图3。武定鸡测序结果与GenBank上序列的比对结果及测序图谱如图4。测序结果显示：大围山微型鸡有TG型和GG型两种基因型，武定鸡有TG型和GG型两种基因型。
大围山微型鸡：
①微型鸡TG型测序结果与Genbank序列比对结果：
②微型鸡GG型测序结果与Genbank序列比对结果：
微型鸡TG型测序图谱(271位点碱基T/G)如图5所示；微型鸡GG型测序图谱(271位点碱基为G)如图6所示；
武定鸡：
①武定鸡TG型测序结果与Genbank序列比对结果：
②武定鸡GG型测序结果与Genbank序列比对结果：
武定鸡TG型测序图谱(270位点碱基T/G)如图7所示；武定鸡GG型测序图谱(270位点碱基为G)如图8所示；
c.C17393427T位点
检测IGF-1R基因Intron2C17393427T位点的基因多态性，以大围山微型鸡、武定鸡DNA为模板，IGF1R-10引物扩增的目的片段长度为340bp。用MspI限制性内切酶对相应的PCR产物进行酶切，发现了两个基因型：未切开的TT型和切成260bp/80bp的CC型以及切成340bp/260bp/80bp的CT型。
对突变位点的证实得到，IGF1R-10引物扩增的IGF1R基因Intron2序列260bp位点存在MspI酶切位点，未发生突变的为TT型，发生T→C突变的为CT型和CC型。微型鸡发现TT型、CT型和CC型三种基因型。武定鸡发现TT型、CT型和CC型三种基因型。微型鸡测序结果和GenBank上序列比对结果及测序图谱如图5。武定鸡测序结果和GenBank上序列比对结果及测序图谱如图6。测序结果显示：大围山微型有CT型、TT型、CC型三种基因型，武定鸡有TT型、CT型、CC型三种基因型。
大围山微型鸡：
①微型鸡CT型测序结果与Genbank序列比对结果：
②微型鸡TT型测序结果与Genbank序列比对结果：
③微型鸡CC型测序结果与Genbank序列比对结果：
微型鸡CT型测序图谱(61位点碱基T/C)如图9所示；微型鸡TT型测序图谱(64位点碱基T)如图10所示；微型鸡CC型测序图谱(61位点碱基C)如图11所示；
武定鸡：
①武定鸡TT型测序结果与Genbank序列比对结果：
②武定鸡CT型测序结果与Genbank序列比对结果：
③武定鸡CC型测序结果与Genbank序列比对结果：
武定鸡TT型测序图谱(64位点碱基T)如图12所示；武定鸡CT型测序图谱(61位点碱基T/C)如图13所示；武定鸡CC型测序图谱(61位点碱基C)如图14所示；
五、大围山微型鸡、武定鸡IGF1R基因多态性的分析
(1)大围山微型鸡与武定鸡IGF1R基因多态位点、基因型及基因频率的分析见表6。
经卡方适合性检验表明：
在5′RegulatoryRegion(Hin6I)上，大围山微型鸡、武定鸡群体的X2值均小于5.59，显示微型鸡、武定鸡群体处于Hardy-Weingerg平衡状态。
在Intron2(BgIII)上，大围山微型鸡种群和武定鸡群体的X2值均小于5.59，即大围山微型鸡和武定鸡的群体均处于Hardy-Weingerg平衡状态。
在Intron5(MspI)上，大围山微型鸡、武定鸡群体的X2值均小于5.59，即大围山微型鸡和武定鸡的群体均处于Hardy-Weingerg平衡状态。
表6鸡IGF1R基因多态位点基因型及等位基因频率
a：Hardy-Weingerg平衡检验卡方值*：0.01＜P＜0.05，**：P＜0.01；X20.05(2)＝5.59，X20.01(2)＝9.91。
(2)大围山微型鸡与武定鸡IGF1R基因纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量的分析见表7。
表7鸡GHR基因的纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量
PIC是估计基因多态性的一个指标。Bostein(1980)确定座位多态性的标准是PIC＞0.5，为高度多态；0.5＞PIC＞0.25，为中度多态；PIC＜0.25，为低度多态。从表7可知：
在5′regulatoryregion(Hin6I)上，大围山微型鸡和武定鸡PIC均小于0.25，即大围山微型鸡和武定鸡表现为低度多态。
在Intron2BgIII)上，大围山微型鸡、武定鸡PIC均小于0.25，均表现为低度多态。
在Intron2(MspI)上，大围山微型鸡PIC小于0.25，表现为低度多态；而武定鸡PIC为0.3(0.5＞PIC＞0.25)，表现为中度多态。
六、大围山微型鸡、武定鸡IGF1R基因多态性与体尺性状的关联性分析
IGF-1R基因5′RegulatoryRegionG17440010A位点多态与体尺性状的关联性分析，见表8。试验结果显示：大围山微型鸡GG型和AG型与体尺性状间均无显著的相关性(P＞0.05)。武定鸡GG型和AG型与体尺性状间均无显著的相关性(P＞0.05)。该位点基因型之间表型性状的比较分析，如表9。
表8大围山微型鸡和武定鸡IGF1R基因5′regulatoryregionG17440010A位点多态与表型指标的关联性
表9大围山微型鸡、武定鸡不同基因型之间体尺性状比较分析
IGF-1R基因Intron2T17416994G位点多态与体尺性状的关联性分析，见表10。结果显示：大围山微型鸡GG型和TG型与体尺性状间均无显著的相关性(P＞0.05)。武定鸡的基因型与其胸深间有显著相关性(P＜0.05)，TG型的胸深比GG型的较高。武定鸡的基因型与除胸深外的其他体尺性状间均无显著的相关性(P＞0.05)。大围山微型鸡、武定鸡Intron2T17416994G多态位点基因型之间的表型分析，如表11。
表10大围山微型鸡和武定鸡IGF1R基因Intron2T17416994G位点多态与表型性状指标的关联性
表11大围山微型鸡、武定鸡不同基因型之间体尺性状比较分析
IGF-1R基因Intron2C17393427T位点多态与体尺性状的关联性分析，见表12。结果显示：大围山微型鸡、武定鸡的基因型与其体尺性状有显著相关性(P＜0.01)。大围山微型鸡、武定鸡体斜长：CC型＞CT型＞TT型。大围山微型鸡、武定鸡CC型胸深高于CT型和TT型。微型鸡、武定鸡CC型的胫长均比CT型和TT型低。微型鸡、武定鸡CC型的盆骨宽均比CT型和TT型高。微型鸡、武定鸡Intron2C17393427T多态位点基因型之间的表型分析，如表13、14。
表12大围山微犁鸡和武定鸡IGF1R基因Intron2C17393427T位点多态与表犁性状指标的关联性
表13大围山微型鸡不同基因型之间体尺性状比较分析
注：品种内不同基因型间同行肩标不同表示差异显著(P＜0.05)；同行肩标相同或无肩标表示差异不显著(P＞0.05)。
表14武定鸡不同基因型之间体尺性状比较分析
注：品种内不同基因型间同行肩标不同表示差异显著(P＜0.05)；同行肩标相同或无肩标表示差异不显著(P＞0.05)。
本发明通过设计特异性引物克隆了大围山微型鸡和武定鸡IGF-1R基因编码区的全长序列(CDS)，实现对大围山微型鸡和武定鸡的IGF-1R基因进行完全测序，并探索云南本土鸡种IGF-1R基因上的突变位点，为云南本土鸡种提供一定的理论依据；并利用PCR-RFLP技术对IGF-1R基因进行多态性分析，筛选出与大围山微型鸡和武定鸡的体尺性状有显著相关性的内含子2上C17393427T位点，并以此位点作为分子标记对鸡的体尺性状选育进行辅助选择，为云南本土鸡的选育提供重要的科学借鉴。
根据上述结论，本发明还提供了一种大围山微型鸡和武定鸡选育中遗传改良的方法，可通过对IGF-1R基因分子标记的检测，保留CC型，淘汰CT型和TT型，提纯体尺性状较优的大围山微型鸡和武定鸡品种。
最终，以上实施例和附图仅用以说明本发明的技术方案而非限制，尽管通过上述实施例已经对本发明进行了详细的描述，但本领域技术人员应当理解，可以在形式上和细节上对其作出各种各样的改变，而不偏离本发明权利要求书所限定的范围。

Claims (5)

1.一种鸡体尺性状选育分子标记IGF-1R基因，是从云南大围山微型鸡和武定鸡肌肉组织中分离、克隆的与体尺性状相关的胰岛素样生长因子1受体IGF-1R基因，其特征在于：基因的CDS序列全长为4092bp,其CDS核苷酸序列分别为SEQ.ID.NO.1和SEQ.ID.NO.2，并且CDS核苷酸序列编码1363个氨基酸，氨基酸序列分别为SEQ.ID.NO.3和SEQ.ID.NO.4。
2.根据权利要求1所述的鸡体尺性状选育分子标记IGF-1R基因在云南大围山微型鸡和武定鸡中体尺性状选育中的应用。
3.根据权利要求1所述的与大围山微型鸡和武定鸡的体尺性状有显著相关性鸡体尺性状选育分子标记，其特征在于：所述的与大围山微型鸡和武定鸡的体尺性状有显著相关突变位点为IGF-1R基因内含子2上C17393427T位点。
4.根据权利要求3所述的与大围山微型鸡和武定鸡的体尺性状有显著相关性鸡体尺性状选育分子标记，其特征在于：C17393427T位点作为鸡体尺性状选育分子标记在在云南大围山微型鸡和武定鸡中体尺性状选育中的应用。
5.一种大围山微型鸡和武定鸡选育中遗传改良的方法，其特征在于：在大围山微型鸡和武定鸡群中，检测IGF-1R基因Intron2序列260bp位点(基因组第17393427位点)，未发生突变的为TT型，发生T→C突变的为CT型和CC型，保留CC基因型个体，淘汰CT型基因型和TT型基因型个体。
CN201511017189.6A 2015-12-29 2015-12-29 一种鸡体尺性状选育分子标记igf-1r基因及其应用 Pending CN105441560A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201511017189.6A CN105441560A (zh) 2015-12-29 2015-12-29 一种鸡体尺性状选育分子标记igf-1r基因及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201511017189.6A CN105441560A (zh) 2015-12-29 2015-12-29 一种鸡体尺性状选育分子标记igf-1r基因及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN105441560A true CN105441560A (zh) 2016-03-30

Family

ID=55552182

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201511017189.6A Pending CN105441560A (zh) 2015-12-29 2015-12-29 一种鸡体尺性状选育分子标记igf-1r基因及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN105441560A (zh)

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106319072A (zh) * 2016-09-30 2017-01-11 扬州大学 一种利用igf‑ir基因培育边鸡快长系的方法
CN109207608A (zh) * 2018-10-17 2019-01-15 佛山科学技术学院 一种与鸡体尺性状相关的snp及其应用
CN111004851A (zh) * 2019-12-19 2020-04-14 南昌师范学院 Vipr1基因与公鸡体质量和屠宰性状相关性的检测方法及应用
CN111910009A (zh) * 2020-08-21 2020-11-10 云南农业大学 一种影响鸡法氏囊指数的分子标记及其应用
CN111926086A (zh) * 2020-08-21 2020-11-13 云南农业大学 一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用
CN113215271A (zh) * 2021-04-29 2021-08-06 华南农业大学 一种肉鸡体重和胫长性状相关的snp分子标记及其应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
GE Y.等: "Accession No. KC242244", 《GENBANK》 *
ZHANG M.等: "Accession No. KC242243", 《GENBANK》 *
佟荟全等: "《遗传多样性：前沿与挑战--中国的遗传学研究（2013-2015）--2015中国遗传学会大会论文摘要汇编》", 31 August 2015 *

Cited By (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106319072A (zh) * 2016-09-30 2017-01-11 扬州大学 一种利用igf‑ir基因培育边鸡快长系的方法
CN109207608A (zh) * 2018-10-17 2019-01-15 佛山科学技术学院 一种与鸡体尺性状相关的snp及其应用
CN111004851A (zh) * 2019-12-19 2020-04-14 南昌师范学院 Vipr1基因与公鸡体质量和屠宰性状相关性的检测方法及应用
CN111004851B (zh) * 2019-12-19 2021-05-11 南昌师范学院 Vipr1基因与公鸡体质量和屠宰性状相关性的检测方法及应用
CN111910009A (zh) * 2020-08-21 2020-11-10 云南农业大学 一种影响鸡法氏囊指数的分子标记及其应用
CN111926086A (zh) * 2020-08-21 2020-11-13 云南农业大学 一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用
CN111910009B (zh) * 2020-08-21 2022-05-31 云南农业大学 一种影响鸡法氏囊指数的分子标记及其应用
CN111926086B (zh) * 2020-08-21 2022-05-31 云南农业大学 一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用
CN113215271A (zh) * 2021-04-29 2021-08-06 华南农业大学 一种肉鸡体重和胫长性状相关的snp分子标记及其应用
CN113215271B (zh) * 2021-04-29 2022-11-01 华南农业大学 一种肉鸡体重和胫长性状相关的snp分子标记及其应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Maughan et al. Genomic insights from the first chromosome-scale assemblies of oat (Avena spp.) diploid species
Kreplak et al. A reference genome for pea provides insight into legume genome evolution
CN105441560A (zh) 一种鸡体尺性状选育分子标记igf-1r基因及其应用
Lightfoot et al. Single-molecule sequencing and Hi-C-based proximity-guided assembly of amaranth (Amaranthus hypochondriacus) chromosomes provide insights into genome evolution
Nicolas et al. A gradual process of recombination restriction in the evolutionary history of the sex chromosomes in dioecious plants
de Oliveira Santos et al. Characterisation of the cacao somatic embryogenesis receptor-like kinase (SERK) gene expressed during somatic embryogenesis
Kocabas et al. Molecular characterization and differential expression of the myostatin gene in channel catfish (Ictalurus punctatus)
Ragland et al. Evidence for conservation of ferritin sequences among plants and animals and for a transit peptide in soybean.
Guan et al. Genome structure variation analyses of peach reveal population dynamics and a 1.67 Mb causal inversion for fruit shape
Bai et al. Taxonomic status and genetic diversity of cultured largemouth bass Micropterus salmoides in China
CN112375130A (zh) 玉米穗长基因和分子标记及其应用
CN109112146A (zh) 控制甘蓝型油菜角果长和粒重性状的基因qSLWA9的克隆与育种应用
CN112852976A (zh) 蛋鸡ncs1基因中与后期产蛋性状相关的分子标记及其应用
CN110205388A (zh) 鸡mmp-11基因5′调控区两个突变位点分子标记方法及其在鸡性早熟性状选育中的应用
Enayati et al. Genomic growth hormone, growth hormone receptor and transforming growth factor β-3 gene polymorphism in breeder hens of Mazandaran native fowls
Li et al. Genetic divergence and population structure in weedy and cultivated broomcorn millets (Panicum miliaceum L.) revealed by specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq)
Tepolt et al. Rapid adaptation to temperature via a potential genomic island of divergence in the invasive green crab, Carcinus maenas
Yang et al. Arabidopsis thaliana ECP63 encoding a LEA protein is located in chromosome 4
CN105441559A (zh) 一种鸡生长性能选育分子标记ghr基因及其应用
CN113862375A (zh) 牛aanat和asmt基因的snp标记及应用
Zhang et al. Haplotypes of qGL3 and their roles in grain size regulation with GS3 alleles in rice
CN101260435B (zh) 与猪生产性状相关的分子标记tiaf1及应用
CN108484741A (zh) 一种控制作物籽粒粒重的蛋白及其应用
CN112538487B (zh) 番茄不规则裂果关键调控基因及其鉴定方法和应用
Ohtsu et al. Characterization and expression of the genes for cytochrome c oxidase subunit VIb (COX6b) from rice and Arabidopsis thaliana

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
CB03 Change of inventor or designer information

Inventor after: Dou Tengfei

Inventor after: Rong Hua

Inventor after: Tong Huiquan

Inventor after: Ge Changrong

Inventor after: Liu Lixian

Inventor after: Jia Junjing

Inventor after: Huang Ying

Inventor after: Xu Zhiqiang

Inventor after: Gu Dahai

Inventor after: Li Qihua

Inventor after: Wang Shanrong

Inventor after: Li Zhengtian

Inventor before: Dou Tengfei

Inventor before: Li Zhengtian

Inventor before: Rong Hua

Inventor before: Cao Zhenhui

Inventor before: Liu Lixian

Inventor before: Huang Ying

Inventor before: Tong Huiquan

Inventor before: Ge Changrong

Inventor before: Xu Zhiqiang

Inventor before: Gu Dahai

Inventor before: Lin Qiuye

Inventor before: Li Qihua

Inventor before: Jia Junjing

Inventor before: Wang Shanrong

Inventor before: Zhao Xiao

Inventor before: Zhang Yanhua

COR Change of bibliographic data
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20160330

RJ01 Rejection of invention patent application after publication