CN105039568A - 大豆身份证的重要性状snp标记组合筛选方法与应用 - Google Patents

大豆身份证的重要性状snp标记组合筛选方法与应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了大豆身份证的重要性状SNP标记组合筛选方法与应用。本发明提供了检测14个SNP位点的物质在鉴别大豆种质中的应用。本发明提供了一套准确可靠、简单易行的种质资源鉴别体系。且该体系的鉴别适应性广泛，对来自于我国不同生态区的大豆种质资源进行鉴别分析，其鉴别效率均达到70％以上。这无疑对作物品种资源管理与品种保护利用及评价起到积极的作用，也为作物新品种审定及种质材料评价提供科学依据。

Description

大豆身份证的重要性状SNP标记组合筛选方法与应用
技术领域
本发明涉及大豆品种鉴别或育种领域，具体地，本发明涉及大豆身份证的构建及其应用，更具体地，本发明涉及利用大豆重要性状SNP标记组合与筛选构建大豆品种身份证及其利用。
背景技术
大豆(Glycinemax)是豆科(fabaceae)大豆属(glycine)一年生草本作物。大豆起源于中国已得到国际学者普遍认可，我国大豆种质资源丰富，保存的数量居全世界之首。大豆也是我国重要的经济作物之一，在全国都有广泛种植，到目前为止，已育成和推广大豆品种超过1800个。随着大豆种质资源和品种交换的发生，种子市场中“同物异名”和“套牌”、“冒牌”现象日趋严重，这不仅给市场管理和消费者带来困扰，更会给品种选育、审定以及农业生产和农民经济利益带来重大损失。因此，种质资源和品种身份证的构建具有重要意义。
作物品种资源种子身份证的构建已从形态标记向高通量分子鉴定技术发展。传统的鉴定方法主要是形态标记、生理标记和生化指标，随着品种资源数目的增加，仅仅基于这些特性已经难以对现有品种进行准确鉴定。因此急需开发一套准确可靠、简单易行的快速鉴定体系，为作物新品种审定及种质材料评价提供科学依据。20世纪以来，DNA分析技术开始被大量的应用于植物学研究，开发出RFLP、RAPD、AFLP、SSR以及SNP、SRAP等一系列标记。分子标记不但能够节省常规田间调查和收集整理数据的时间，而且具有不受环境影响、鉴别品种准确和变异极丰富等优点，利用分子标记构建DNA指纹图谱进行品种真伪性已成为发展趋势。
鉴于方法的稳定和有效性，国际植物品种权保护联盟(UPOV)在BMT测试指南草案中已将构建DNA指纹数据库的标记方法确定为SSR和SNP。较SSR标记相比，SNP具有针对性强，变异来源丰富，且潜在数量巨大等特点。到目前为止，SNP标记在栽培大豆中的总数达到4-5百万个，野生大豆PAN-GENOME中存在3.63-4.72百万个。由于SNP大多只有两种碱基形式，被视为二等位标记，具有简化基因分型方法及后续数字编码的优势。且SNP是核苷酸自身变异，不需要读取分子量大小，采用测序方法直接获得等位变异基因型，遗传稳定性高，更适合于数字化建库。利用SNP分子标记鉴定作物的指纹图谱，对作物品种资源管理与品种保护利用及评价无疑将起到积极的作用。
发明内容
本发明的一个目的是提供检测14个SNP位点的物质的应用。
本发明提供的检测14个SNP位点的物质在鉴别和/或区分大豆种质中的应用；所述14个SNP位点为如下：
AR2位点为Glyma.19G194300基因的GenBankAGGessionNumberAB511820.1的第186位脱氧核糖核苷酸；
AR5位点为Glyma.19G194300基因的GenBankAGGessionNumberAB511820.1的第1289位脱氧核糖核苷酸；
AR7位点为Glyma.06G202300基因的GenBankAGGessionNumberEU190438.1的第5980位脱氧核糖核苷酸；
TT8位点为Glyma.06G202300基因的GenBankAGGessionNumberEU190438.1的第5980位脱氧核糖核苷酸；
TT11位点为Glyma.10G221500基因的GenBankAGGessionNumberAB797177.1的第15077位脱氧核糖核苷酸；
PRO19位点为Glyma.18G023500基因的GenBankAGGessionNumberAB495280.1的第411位脱氧核糖核苷酸；
AT21位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第573位脱氧核糖核苷酸；
AT23位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第1200位脱氧核糖核苷酸；
SER32位点Glyma.02G121400基因的GenBankAGGessionNumberXM_003520081.2的第639位脱氧核糖核苷酸；
SER36位点为Glyma.13G190800基因的GenBankAGGessionNumberAC166330.6的第1010位脱氧核糖核苷酸；
SER43位点为Glyma.14G204500基因的GenBankAGGessionNumberGU047076.1的第1173位脱氧核糖核苷酸；
SER64位点为序列1的第151位脱氧核糖核苷酸；
TT12位点为Glyma.19G224200基因的GenBankAGGessionNumberAB797209.1的第3835位脱氧核糖核苷酸；
AT22位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第933位脱氧核糖核苷酸。
上述检测14个SNP位点的物质在制备鉴别和/或区分大豆种质产品中的应用也是本发明保护的范围。
上述应用中，所述大豆种质为44份种质、27份种质或45份种质；
所述44份种质为如下：查干花茶秣食豆、大青豆、方正秣食豆、丰收5号、公476号、合丰36、合丰38、合丰46、合交13、黑河28、黑河5号、吉林34、吉林35、吉林小粒4号、吉林小粒7号、吉农13、吉农6号、吉原引3号、九农12号、九农22、九农25、蒙豆12、蒙豆5号、蒙豆6号、牡丰6号、牡师2号、嫩丰15、绥农19、泰兴黑豆(苏)、铁荚青、通农11、通农13、通农14、通农6号、兔子眼、相文88-A、新四粒黄、延农3号、永吉枣豆、永吉紫花猪眼豆、杂交豆1号、长豆5号、长农13和长农17；
所述27份种质：鲁宁一号、绿75、绿皮黄豆、绿肉黑皮豆、蒙9793-1、泌阳小籽黄、南关小皮青、邳县碾庄六月先、平顶黑、齐黄13、齐黄30、青6号、胜利3号、沭阳春黑豆丙、四角齐黄豆、天鹅蛋、兔儿眼、淅川鸡窝黄、小白豆<2>、小黑豆、小黄豆、新八达2号、新六青、徐豆10号、早熟6号、中豆33和中作00-683；
所述45份种质如下：Hartwig×晋1265、L69-4659、L76-1113、Lamar、Perrin、Sharkey、Suwon165(水原165)、白秋1号、柏枝豆、茶黄代豆1、大黄豆、大黄珠、大青仁、大乌豆、代米豆、汉源巴利小黑豆、黑豆、华春2号、化眉豆、剑阁化林鸡窝、荆黄35乙、老鼠皮、绿豆子、绿皮豆、马山仁蜂黄豆、七月黄-1、渠县八月黄、瑞金青皮豆、沙县乌豆、扇子白黄豆、上饶八月白、什邡螺丝豆、泗豆2号、松子豆、铜山天鹅蛋、小白毛、小颗黄豆、徐豆8、徐豆9号、羊眼豆、仪征大粒黄豆、英德褐豆、粤春03-3、中豆24(82-24)和中特1号。
上述44份大豆种质来源于表3所示的60份北方大豆种质；
上述27份大豆种质来源于表4所示的36份黄淮海大豆种质；
上述45份大豆种质来源于表5所示的60份南方大豆种质。
本发明另一个目的是提供鉴别大豆种质的产品。
本发明提供的产品，为检测上述14个SNP位点的物质。
本发明第3个目的是提供一种鉴别和/或区分大豆种质的方法。
本发明提供的方法，包括如下步骤：检测待测大豆种质上述14个SNP位点，若该待测大豆种质的14个SNP位点为表3中编号为1-44的样本对应的SNP位点或表4中编号为1-27的样本对应的SNP位点或表5中编号为1-45的样本对应的SNP位点，则待测大豆种质为或候选为该大豆种质。
上述的方法或上述的方法在构建鉴别大豆的条形码中的应用也是本发明保护的范围。
本发明提供了一套准确可靠、简单易行的种质资源鉴别体系。且该体系的鉴别适应性广泛，对来自于我国不同生态区的大豆种质资源进行鉴别分析，其鉴别效率均达到70％以上。这无疑对作物品种资源管理与品种保护利用及评价起到积极的作用，也为作物新品种审定及种质材料评价提供科学依据
附图说明
图1为SNP标记组合分析。
图2为“紫花2号”品种身份证示意图。
图3为“紫花2号”品种身份证一维条形码与二维码。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
下述实施例中表1、表3、表4和表5中的编号后面的一列为品种志统编号(品种志统编号)，没有的是记载该生物材料的文献。
实施例1、14个SNP位点组合GlySNP14的筛选
利用东北和黄淮254份表型精准鉴定种质进行重要性状SNP标记鉴定，其中北方种质102份，黄淮种质152份(表1)。通过优化SNP标记的不同组合，最终利用最少SNP标记构建大豆种质身份证。
表1为254份大豆的SNP位点
一、14个SNP位点的筛选
1)23个SNP标记
本发明中23个SNP标记共来自于12个基因，分别与结荚习性、茸毛色、熟期、百粒重、大豆胞囊线虫病与花叶病毒病抗性相关(表2)，用上述23个标记分析254份种质，每个SNP标记遗传多样性指数变异范围为0-0.749，平均值为0.318。上述多样性指数计算参照Shannon-Weaver公式：H＝-∑PilnPi，Pi为每个位点的等位变异频率。在23个SNP标记中，有10个SNP发生颠换，变异范围为0.026-0.716；5个SNP位点发生缺失，变异范围为0.026-0.714；另有5个SNP的变异类型为转换，变异范围为0.026-0.749。
表2SNP标记多样性分析
注：TS代表转换；TV代表颠换；D代表缺失；ND代表数据缺失通过对23个SNP位点的等位变异分析，发现两类特殊的SNP，一类是2个具有特异等位变异的SNP位点(TT12和AT22)，仅用这一个位点就既可以区分半野生和黄豆<2>，也可将这2份种质与其他种质区分开来。另一类是3个没有多样性的SNP位点，包括TT14、PRO16和SER46，即这三个位点不具备区分任何一种参试种质的能力，不适宜用于身份证构建。具有多态性的20个SNPs对254份种质进行单倍型分析，共形成146个单倍型，其中112个为特异单倍型，即20个SNPs可以将该112份种质完全区分。
2)14个SNP标记组合GlySNP14的选择
在去除上述两类特殊等位变异的基础上，进一步对18个多态性SNPs进行组合分析，采用随机组合和按SNPs多样性指数由高到低逐一组合两种方法，选出鉴别品种能力最佳标记组合GlySNP14。如图1所示，上述方法中选用多样性指数高的SNPs组合的鉴别种质效率明显优于随机组合，选用多样性指数最高的两个SNP标记PRO19和SER43进行组合，可以鉴别出1份种质，平均每个标记鉴别0.5份种质，而随机选用AR2和AR4进行组合，不能鉴别出任何种质；在上述基础上，增加TT8与PRO19和SER43进行组合，可以鉴别出3份种质，平均每个SNPs鉴别效率为1，而利用随机选取的AR5与AR2和AR4进行组合，仅能鉴别出1份种质，平均每个SNPs鉴别效率为0.33。当多样性指数高的前12个SNP标记(AR2、AR5、AR7、TT8、TT11、PRO19、AT21、AT23和SER32、36、43、64)进行组合时，可以鉴别94份大豆种质，每个SNPs的平均鉴别效率最高，达到7.83，即该12个SNP标记为最佳组合。利用上述12个SNP标记与具有特异等位变异的2个SNP标记(TT12和AT22)相结合组成GlySNP14，在254份大豆种质中共形成136个单倍型，其中96个为特异单倍型。即利用GlySNP14可以将96份大豆种质完全区分，同时也可以将该96份大豆种质从其他种质种中区分出来。
上述由14个SNP标记组成的GlySNP14如下：
AR2位点为Glyma.19G194300基因的GenBankAGGessionNumberAB511820.1的第186位脱氧核糖核苷酸(提交日，10-MAY-2010)，该位点的核苷酸为G/T；
AR5位点为Glyma.19G194300基因的GenBankAGGessionNumberAB511820.1的第1289位脱氧核糖核苷酸(提交日，10-MAY-2010)，该位点的核苷酸为A/T；
AR7位点为Glyma.06G202300基因的GenBankAGGessionNumberEU190438.1的第5980位脱氧核糖核苷酸(提交日，05-DEC-2008)，该位点的核苷酸为A/-；
TT8位点为Glyma.06G202300基因的GenBankAGGessionNumberEU190438.1的第5980位脱氧核糖核苷酸(提交日，05-DEC-2008)，该位点的核苷酸为C/-；
TT11位点为Glyma.10G221500基因的GenBankAGGessionNumberAB797177.1的第15077位脱氧核糖核苷酸(提交日，06-SEP-2013)，该位点的核苷酸为A/T；
PRO19位点为Glyma.18G023500基因的GenBankAGGessionNumberAB495280.1的第411位脱氧核糖核苷酸(提交日，06-AUG-2014)，该位点的核苷酸为T/C；
AT21位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第573位脱氧核糖核苷酸(提交日，06-AUG-2014)，该位点的核苷酸为T/C；
AT23位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第1200位脱氧核糖核苷酸(提交日，06-AUG-2014)，该位点的核苷酸为A/G；
SER32位点Glyma.02G121400基因的GenBankAGGessionNumberXM_003520081.2的第639位脱氧核糖核苷酸(提交日，07-JAN-2014)，该位点的核苷酸为C/G；
SER36位点为Glyma.13G190800基因的GenBankAGGessionNumberAC166330.6的第1010位脱氧核糖核苷酸(提交日，15-JUL-2014)，该位点的核苷酸为G/C；
SER43位点为Glyma.14G204500基因的GenBankAGGessionNumberGU047076.1的第1173位脱氧核糖核苷酸(提交日，07-JAN-2014)，该位点的核苷酸为A/T；
SER64位点为DNA片段(序列1)第151位脱氧核糖核苷酸；该位点的核苷酸为A/C；
TT12位点为Glyma.19G224200基因的GenBankAGGessionNumberAB797209.1的第3835位脱氧核糖核苷酸(提交日，11-SEP-2013)，该位点的核苷酸为G/A；
AT22位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第933位脱氧核糖核苷酸(提交日，06-AUG-2014)，该位点的核苷酸为A/T。
实施例2、14个SNP位点组合GlySNP14鉴别60份北方大豆种质
1、提取大豆基因组DNA
提取表3中60份北方大豆叶片的基因组DNA。
2、检测
通过BioyongTechnologiesInc公司的质谱法检测SNP分型(仪器：equenomMassarray基因分型系统)技术检测上述各份大豆基因组DNA中14个SNP位点的碱基。
结果，每份大豆每个SNP位点的碱基如表3所示。
表3为60份北方大豆叶片及基因组上14个SNP位点的核苷酸
利用GlySNP14鉴定60份北方大豆种质，每个SNP标记遗传多样性指数变异范围为0～0.939，平均值为0.523。在14个SNP标记中，有7个SNP发生颠换，变异范围为0.451～0.918；2个SNP位点发生缺失，变异系数分别为0.199和0.675；另有3个SNP的变异类型为转换，变异范围为0.502-0.939；其中TT12和AR2没有多态性。在60份北方大豆种质中形成50个单倍型，其中44个为特异单倍型(表3中编号为1-44的大豆)。
表明，即GlySNP14可以将该44份种质从60份大豆种质中鉴别出来，同时也可以将这44份种质完全区分开，其鉴别效率达到73.33％。
经过测序，44份种质大豆(表3中编号为1-44的大豆)的14个SNP位点的碱基与上述质谱法检测SNP分型方法鉴定的SNP碱基结果一致，说明本发明的方法正确。
因此，14个SNP位点可以用来区分待测大豆群体中的不同种质，待测大豆群体为表3中编号为1-44的大豆。
也可以用来鉴定待测大豆是否为表3中编号为1-44的大豆中任一种，若待测大豆的14个SNP位点为表3中编号为1-44的大豆中任一种对应的14个SNP位点，则待测大豆为该大豆。
实施例3、14个SNP位点组合GlySNP14鉴别36份黄淮海大豆种质
1、提取大豆基因组DNA
提取表4中36份黄淮海大豆叶片的基因组DNA。
2、检测
通过BioyongTechnologiesInc公司的质谱法检测SNP分型(仪器：equenomMassarray基因分型系统)技术检测上述各份大豆基因组DNA中14个SNP位点的碱基。
结果，每份大豆每个SNP位点的碱基如表4所示。
表4为36份黄淮海大豆叶片及基因组上14个SNP位点的核苷酸
利用GlySNP14鉴定36份黄淮海大豆种质，每个SNP标记遗传多样性指数变异范围为0～0.693，平均值为0.485。在14个SNP标记中，有8个SNP发生颠换，变异范围为0.349～0.668；2个SNP位点发生缺失，变异系数分别为0.530和0.693；另有3个SNP的变异类型为转换，变异范围为0.349～0.679；其中TT12没有多态性。GlySNP14在36份黄淮海大豆种质中形成30个单倍型，其中27个为特异单倍型(表2中编号为1-27的大豆)。
即GlySNP14可以将该27份种质从36份大豆种质中鉴别出来，同时也可以将这27份种质完全区分开，其鉴别效率达到75.00％。
经过测序，27份种质大豆(表4中编号为1-27的大豆)的14个SNP位点的碱基上述质谱法检测SNP分型方法鉴定的SNP碱基结果一致，说明本发明的方法正确。
因此，14个SNP位点可以用来区分待测大豆群体中的不同种质，待测大豆群体为表4中编号为1-27的大豆。
也可以用来鉴定待测大豆是否为表4中编号为1-44的大豆中任一种，若待测大豆的14个SNP位点为表4中编号为1-27的大豆中任一种对应的14个SNP位点，则待测大豆为该大豆。
实施例4、14个SNP位点组合GlySNP14鉴别60份南方大豆种质
1、提取大豆基因组DNA
提取表5中60份南方大豆叶片的基因组DNA。
2、检测
通过BioyongTechnologiesInc公司的质谱法检测SNP分型(仪器：equenomMassarray基因分型系统)技术检测上述各份大豆基因组DNA中14个SNP位点的碱基。
结果，每份大豆每个SNP位点的碱基如表5所示。
表5为60份南方大豆叶片及基因组上14个SNP位点的核苷酸
利用GlySNP14鉴定60份南方大豆种质，每个SNP标记遗传多样性指数变异范围为0～0.688，平均值为0.503。在14个SNP标记中，有8个SNP发生颠换，变异范围为0.291～0.688；2个SNP位点发生缺失，变异系数分别为0.423和0.562；另有3个SNP的变异类型为转换，变异范围为0.624～0.673；其中TT12没有多态性。GlySNP14在60份南方大豆种质中形成50个单倍型，其中45个为特异单倍型。
即GlySNP14可以将该45份种质从60份大豆种质中鉴别出来，同时也可以将这45份种质完全区分开，其鉴别效率达到75.00％。
经过测序，45份种质大豆(表5中编号为1-45的大豆)的14个SNP位点的碱基上述质谱法检测SNP分型方法鉴定的SNP碱基结果一致，说明本发明的方法正确。
因此，14个SNP位点可以用来区分待测大豆群体中的不同种质，待测大豆群体为表5中编号为1-45的大豆。
也可以用来鉴定待测大豆是否为表5中编号为1-45的大豆中任一种，若待测大豆的14个SNP位点为表5中编号为1-45的大豆中任一种对应的14个SNP位点，则待测大豆为该大豆。
实施例5、分子身份证的构建方法及其应用
一、用于大豆种质的鉴别分子身份证的构建
如图2所示，分子身份证由38个数字组成，前1-10位数字为种质属性信息码，包括品种类别、来源地等；后11-38位数字为品种分子指纹码，代表品种的特异分子信息，并最终以一维码和二维码的形式表示，为种质资源简易管理与保护利用提供有效途径。其特征在于它包括如下步骤：
1)SNP分子指纹图谱构建
为构建身份证，对大豆种质的SNP数据进行数字化编码。在14个SNP标记中共有10种基因型，分别为AA、GG、CC、TT、DELDEL、TA、CT、CG、GA和C.DEL，用数字1-5对碱基A、G、C、T和DEL其进行编码。例如，地方品种“茶色豆”的14个SNP标记基因型分别为GG、AA、AA、CC、TT、GG、TT、CC、TT、GG、CC、GG、TT和AA，转换成28位的指纹编码为2211113344224433442233224411，其中第1-4位的“2211”表示前两个SNP位点AR2和AR5基因型为GG和AA，第5-8位的“1133”表示位列第3、4位的SNP位点基因型为AA与CC，其余20位的编码以此类推。
选育品种“北丰14”的SNP指纹编码如下，14个SNP标记在“北丰14”中的基因型分别为GG、AA、AA、DELDEL、TA、GG、CT、TT、AA、AA、CC、GG、TA和AT，转换成28位的指纹编码为2211115541223444111133224141，其中第1-4位的“2211”表示前两个SNP位点AR2和AR5基因型均为GG和AA，第5-8位的“1155”表示位列第3、4位的SNP位点基因型为AA与DELDEL，其余20位的编码以此类推。
2)大豆种质商品码构建
除了SNP指纹编码外，又进一步对大豆品种的商品信息进行编码。基本商品信息分为3部分：(1)作物及品种属性代码。利用7位数字标识作物及品种属性，其中1-6位表示大豆种属(大豆属于大田作物中的豆科作物)；第7位表示大豆栽培、野生类型。(2)区域代码。用于表示大豆品种的来源地区，以各省市的标准编码组成，即河北为13、山东为37、黑龙江为23等，国外品种以00表示。(3)品种类别代码。用“1、2”表示大豆的地方与选育两种类型。例如，大豆品种“青仁黑豆”的商品码为“0102011221”，其中前7位“0102011”为作物及品种属性代码，其中第1、2位的“01”表示大田作物；第3、4位的“02”表示豆科；第5、6位的“01”表示大豆；第7位的“1”表示栽培豆。第8、9位的“22”是区域代码，表示该品种来源地为吉林省。第10位“1”表示该品种为地方品种。
3)大豆种质身份证构建
大豆种质身份证由上述的商品码与指纹码构成，总数为38位。以“紫花2号”为例，其身份证号为01020112322211115544223444111132224111，其作物属性为大田作物—豆科—大豆—栽培种(01-02-01-1)；品种来源为黑龙江省选育品种(23-2)；品种DNA指纹为2211115544223444111132224111，表示其14个SNP分子标记基因型分别为GG、AA、AA、DELDEL、TT、GG、CT、TT、AA、AA、CG、GG、TA和AA。依据此方法完成了其他大豆种质身份证的构建。利用条码在线生成软件分别生成大豆品种身份证的一维码与二维码。
利用条码在线生成软件分别生成96份大豆品种身份证的一维码与二维码。“紫花2号”的身份证条码如图3，其余95份品种的部分身份证条码见表6。将本研究中大豆品种身份证以一维码或二维码的形式来标签相应的种子，就可以对种子的相关信息进行快速识别和规范管理，也对相应品种的知识产权提供了保护和科学依据。
表6部分大豆品种的身份证条码信息
二、44份北方大豆种质的鉴别分子身份证的构建
1)SNP分子指纹图谱构建
为构建身份证，对实施例2的44份北方大豆种质的SNP数据进行数字化编码。在14个SNP标记中共有7种基因型，分别为AA、GG、CC、TT、DELDEL、TA和CG，用数字1-5对碱基A、G、C、T和DEL其进行编码。例如，地方品种“方正秣食豆”的14个SNP标记基因型分别为GG、AA、AA、CC、AA、GG、TT、CC、TT、GG、GG、GG、TT和AA，转换成28位的指纹编码为2211113311224433442222224411，其中第1-4位的“2211”表示前两个SNP位点AR2和AR5基因型为GG和AA，第5-8位的“1133”表示位列第3、4位的SNP位点基因型为AA与CC，其余20位的编码以此类推。
选育品种“蒙豆6号”的SNP指纹编码如下，14个SNP标记的基因型分别为GG、AA、AA、DELDEL、AA、GG、TT、TT、AA、AA、GG、GG、TA和TA，转换成28位的指纹编码为2211115511224444111122224141，其中第1-4位的“2211”表示前两个SNP位点AR2和AR5基因型均为GG和AA，第5-8位的“1155”表示位列第3、4位的SNP位点基因型为AA与DELDEL，其余20位的编码以此类推。
2)大豆种质商品码构建
除了SNP指纹编码外，又进一步对大豆品种的商品信息进行编码。基本商品信息分为3部分：(1)作物及品种属性代码。利用7位数字标识作物及品种属性，其中1-6位表示大豆种属(大豆属于大田作物中的豆科作物)；第7位表示大豆栽培、野生类型。(2)区域代码。用于表示大豆品种的来源地区，以各省市的标准编码组成，即河北为13、山东为37、黑龙江为23等，国外品种以00表示。(3)品种类别代码。用“1、2”表示大豆的地方与选育两种类型。例如，大豆品种“新四粒黄”的商品码为“0102011231”，其中前7位“0102011”为作物及品种属性代码，其中第1、2位的“01”表示大田作物；第3、4位的“02”表示豆科；第5、6位的“01”表示大豆；第7位的“1”表示栽培豆。第8、9位的“23”是区域代码，表示该品种来源地为黑龙江省。第10位“1”表示该品种为地方品种。
3)大豆种质身份证构建
大豆种质身份证由上述的商品码与指纹码构成，总数为38位。以“通农13”为例，其身份证号为01020112222211115544224444111133334144，其作物属性为大田作物—豆科—大豆—栽培种(01-02-01-1)；品种来源为吉林省选育品种(23-2)；品种DNA指纹为2211115544224444111133334144，表示其14个SNP分子标记基因型分别为GG、AA、AA、DELDEL、TT、GG、TT、TT、AA、AA、CC、CC、TA和TT。依据此方法完成了其他大豆种质身份证的构建。利用条码在线生成软件分别生成大豆品种身份证的一维码与二维码。
实施例2中的44个大豆种质的身份证如表7所示。
表7为大豆种质身份证
名称 商品码 指纹码 身份证
1 查干花茶秣食豆 01020111221 2211113311224433442222224411 010201112212211113311224433442222224411
2 方正秣食豆 01020111231 2211113311224444111122224411 010201112312211113311224444111122224411
3 合丰36 01020111442 2211115544224444111122224411 010201114422211115544224444111122224411
4 合丰38 01020111232 2211115544224444111122334144 010201112322211115544224444111122334144
5 合丰46 01020111232 2211113311223344111133224144 010201112322211113311223344111133224144
6 合交13 01020111442 2211115544223444111132224144 010201114422211115544223444111132224144
7 吉林35 01020111222 2211115544224444111133324411 010201112222211115544224444111133324411
8 吉林小粒4号 01020111222 2211115544223344111122224411 010201112222211115544223344111122224411
9 吉林小粒7号 01020111222 2211115544223344111122334411 010201112222211115544223344111122334411
10 吉农13 01020111222 2241115544223344111133334111 010201112222241115544223344111133334111
11 吉农6号 01020111222 2211115541223434412133224411 010201112222211115541223434412133224411
12 吉原引3号 01020111222 2211113344224444111122224111 010201112222211113344224444111122224111
13 九农12号 01020111222 2211115544223344111133324411 010201112222211115544223344111133324411
14 九农22 01020111222 2211115544223444111133334411 010201112222211115544223444111133334411
15 九农25 01020111222 2211115544224433442233224411 010201112222211115544224433442233224411
16 蒙豆12 01020111152 2211115544223344111122224111 010201111522211115544223344111122224111
17 蒙豆6号 01020111152 2211115511224444111122224141 010201111522211115511224444111122224141
18 牡师2号 01020111232 2241115544223344111133224444 010201112322241115544223344111133224444
19 泰兴黑豆 01020111321 2211113344223333112233224411 010201113212211113344223333112233224411
20 铁荚青 01020111231 2211113311224444111133224144 010201112312211113311224444111133224144
21 通农11 01020111222 2241553344224444111133334444 010201112222241553344224444111133334444
22 通农13 01020111222 2211115544224444111133334144 010201112222211115544224444111133334144
23 通农14 01020111222 2241553344224444111122224411 010201112222241553344224444111122224411
24 兔子眼 01020111231 2211113311223333442222334411 010201112312211113311223333442222334411
25 相文88-A 01020111222 2211115544223333442233224111 010201112222211115544223333442233224111
26 新四粒黄 01020111232 2211115544223344111133334111 010201112322211115544223344111133334111
27 永吉紫花猪眼豆 01020111221 2211113344224444111122224144 010201112212211113344224444111122224144
28 杂交豆1号 01020111222 2211115341223434412133224141 010201112222211115341223434412133224141
29 长豆5号 01020111222 2241115544224444111133224111 010201112222241115544224444111133224111
30 长农13 01020111222 2211115544223344111133334411 010201112222211115544223344111133334411
31 长农17 01020111222 2241115544224444111133324411 010201112222241115544224444111133324411
32 公476号 01020111222 2211113311224444111133224111 010201112222211113311224444111133224111
33 永吉枣豆 01020111221 2211113344223333442233224444 010201112212211113344223333442233224444
34 牡丰6号 01020111232 2211113344224433442233224411 010201112322211113344224433442233224411
35 黑河28 01020111232 2211113344224444111133224144 010201112322211113344224444111133224144
36 延农3号 01020111222 2211115544223344111133334444 010201112222211115544223344111133334444
37 黑河5号 01020111222 2211115544223344111133224141 010201112222211115544223344111133224141
38 嫩丰15 01020111232 2211115544223344442233224144 010201112322211115544223344442233224144
39 丰收5号 01020111232 2211115544223444111133224444 010201112322211115544223444111133224444
40 蒙豆5号 01020111152 2211115544223444111133224111 010201111522211115544223444111133224111
41 吉林34 01020111222 2211115544224444111133334411 010201112222211115544224444111133334411
42 绥农19 01020111232 2211115544224444111133334444 010201112322211115544224444111133334444
43 大青豆 01020111221 2241115544223344111133224111 010201112212241115544223344111133224111
44 通农6号 01020111222 2241553344223344111133224444 010201112222241553344223344111133224444
可以看出，能根据14个SNP位点构建鉴定分子身份证，用于区分不同的大豆种质。
三、27份黄淮海大豆种质的鉴别分子身份证的构建
1)SNP分子指纹图谱构建
为构建身份证，对实施例3的27份黄淮海大豆种质的SNP数据进行数字化编码。在14个SNP标记中共有7种基因型，分别为AA、GG、CC、TT、DELDEL、TA和CG，用数字1-5对碱基A、G、C、T和DEL其进行编码。例如，地方品种“绿草豆”的14个SNP标记基因型分别为GG、AA、AA、DELDEL、TT、GG、CC、TT、AA、AA、GG、GG、TT和AA，转换成28位的指纹编码为2211115544223344111122224411，其中第1-4位的“2211”表示前两个SNP位点AR2和AR5基因型为GG和AA，第5-8位的“1155”表示位列第3、4位的SNP位点基因型为AA与DELDEL，其余20位的编码以此类推。
选育品种“齐黄13”的SNP指纹编码如下，14个SNP标记的基因型分别为GG、AA、AA、CC、TT、GG、CC、TT、AA、AA、GG、GG、TT和AA，转换成28位的指纹编码为2211113344223344111122224411，其中第1-4位的“2211”表示前两个SNP位点AR2和AR5基因型均为GG和AA，第5-8位的“1133”表示位列第3、4位的SNP位点基因型为AA与CC，其余20位的编码以此类推。
2)大豆种质商品码构建
除了SNP指纹编码外，又进一步对大豆品种的商品信息进行编码。基本商品信息分为3部分：(1)作物及品种属性代码。利用7位数字标识作物及品种属性，其中1-6位表示大豆种属(大豆属于大田作物中的豆科作物)；第7位表示大豆栽培、野生类型。(2)区域代码。用于表示大豆品种的来源地区，以各省市的标准编码组成，即河北为13、山东为37、黑龙江为23等，国外品种以00表示。(3)品种类别代码。用“1、2”表示大豆的地方与选育两种类型。例如，大豆品种“齐黄13”的商品码为“0102011371”，其中前7位“0102011”为作物及品种属性代码，其中第1、2位的“01”表示大田作物；第3、4位的“02”表示豆科；第5、6位的“01”表示大豆；第7位的“1”表示栽培豆。第8、9位的“37”是区域代码，表示该品种来源地为山东省。第10位“1”表示该品种为选育品种。
3)大豆种质身份证构建
大豆种质身份证由上述的商品码与指纹码构成，总数为38位。以“泌阳小籽黄”为例，其身份证号为01020114112211113344223344111133224411，其作物属性为大田作物—豆科—大豆—栽培种(01-02-01-1)；品种来源为河南省地方品种(41-1)；品种DNA指纹为2211113344223344111133224411，表示其14个SNP分子标记基因型分别为GG、AA、AA、CC、TT、GG、CC、TT、AA、AA、CC、GG、TT和AA。依据此方法完成了其他大豆种质身份证的构建。利用条码在线生成软件分别生成大豆品种身份证的一维码与二维码。
实施例3中的27个大豆种质的身份证如表8所示。
表8为大豆种质身份证
名称 商品码 指纹码 身份证
1 鲁宁一号 01020111372 2241115544224444111133224111 010201113722241115544224444111133224111
2 绿75 01020111212 2241115544224444111133334444 010201112122241115544224444111133334444
3 绿皮黄豆 01020111521 2211113311224444111133224411 010201115212211113311224444111133224411
4 蒙9793-1 01020111152 4411115544223344111122224411 010201111524411115544223344111122224411
5 南关小皮青 01020111131 4411115544223344111133224411 010201111314411115544223344111133224411
6 平顶黑 01020111131 4411113344223333442222221111 010201111314411113344223333442222221111
7 齐黄13 01020111372 2211113344223344111122224411 010201113722211113344223344111122224411
8 齐黄30(鲁99-2) 01020111372 4411553344223333442222224111 010201113724411553344223333442222224111
9 青6号 01020111372 2241553344223344111122224411 010201113722241553344223344111122224411
10 胜利3号 01020111372 2211115544223344111133224111 010201113722211115544223344111133224111
11 沭阳春黑豆丙 01020111321 2211113311224433442222224411 010201113212211113311224433442222224411
12 四角齐黄豆 01020111131 2241115544224444111133224144 010201111312241115544224444111133224144
13 天鹅蛋 01020111231 2211113344224444111122224411 010201112312211113344224444111122224411
14 小白豆<2> 01020111141 2211115544224444111133224411 010201111412211115544224444111133224411
15 新八达2号 0102011100 2211113311224444111133224111 01020111002211113311224444111133224111
16 新六青 01020111342 2211115544223344111133224144 010201113422211115544223344111133224144
17 早熟6号 01020111112 2211115544223344111133224444 010201111122211115544223344111133224444
18 中作00-683 01020111112 2211115511224444111122334111 010201111122211115511224444111122334111
19 小黑豆 01020111231 2211113311223333442222224411 010201112312211113311223333442222224411
20 绿肉黑皮豆 01020111341 2211113311223344111122224411 010201113412211113311223344111122224411
21 徐豆10号 01020111322 2211113311224444111133334111 010201113222211113311224444111133334111
22 泌阳小籽黄 01020111411 2211113344223344111133224411 010201114112211113344223344111133224411
23 小黄豆 01020111231 2211115544223344111133224411 010201112312211115544223344111133224411
24 中豆33 01020111422 2211115544224444111122324411 010201114222211115544224444111122324411
25 邳县碾庄六月先 01020111321 2211553344223344111133224411 010201113212211553344223344111133224411
26 淅川鸡窝黄 01020111411 2211553344223344111122224411 010201114112211553344223344111122224411
27 兔儿眼 01020111131 2241115544223344111133224444 010201111312241115544223344111133224444
可以看出，能根据14个SNP位点构建鉴定分子身份证，用于区分不同的大豆种质。
四、45份南方大豆种质的鉴别分子身份证的构建
1)SNP分子指纹图谱构建
为构建身份证，对实施例4的45份南方大豆种质的SNP数据进行数字化编码。在14个SNP标记中共有9种基因型，分别为AA、GG、CC、TT、DELDEL、TA、CT、GA和CG，用数字1-5对碱基A、G、C、T和DEL其进行编码。例如，选育品种“华春2号”的14个SNP标记基因型分别为GG、AA、AA、CC、TT、GG、TT、TT、AA、AA、CC、GG、TA和TT，转换成28位的指纹编码为2211113344224444111133224144，其中第1-4位的“2211”表示前两个SNP位点AR2和AR5基因型为GG和AA，第5-8位的“1133”表示位列第3、4位的SNP位点基因型为AA与CC，其余20位的编码以此类推。
地方品种“柏枝豆”的14个SNP标记基因型分别为TT、AA、DELDEL、CC、TT、GG、CC、TT、AA、AA、GG、GG、TT和AA，转换成28位的指纹编码为4411553311223344111122224411，其中第1-4位的“4411”表示前两个SNP位点AR2和AR5基因型为TT和AA，第5-8位的“5533”表示位列第3、4位的SNP位点基因型为DELDEL与CC，其余20位的编码以此类推。
2)大豆种质商品码构建
除了SNP指纹编码外，又进一步对大豆品种的商品信息进行编码。基本商品信息分为3部分：(1)作物及品种属性代码。利用7位数字标识作物及品种属性，其中1-6位表示大豆种属(大豆属于大田作物中的豆科作物)；第7位表示大豆栽培、野生类型。(2)区域代码。用于表示大豆品种的来源地区，以各省市的标准编码组成，即河北为13、山东为37、黑龙江为23等，国外品种以00表示。(3)品种类别代码。用“1、2”表示大豆的地方与选育两种类型。例如，大豆品种“徐豆9号”的商品码为“0102011322”，其中前7位“0102011”为作物及品种属性代码，其中第1、2位的“01”表示大田作物；第3、4位的“02”表示豆科；第5、6位的“01”表示大豆；第7位的“1”表示栽培豆。第8、9位的“32”是区域代码，表示该品种来源地为江苏省。第10位“2”表示该品种为选育品种。
3)大豆种质身份证构建
大豆种质身份证由上述的商品码与指纹码构成，总数为38位。以“老鼠皮”为例，其身份证号为01020116112211115544224444111122224444，其作物属性为大田作物—豆科—大豆—栽培种(01-02-01-1)；品种来源为陕西省地方品种(61-1)；品种DNA指纹为2211115544224444111122224444，表示其14个SNP分子标记基因型分别为GG、AA、AA、DELDEL、TT、GG、TT、TT、AA、AA、GG、GG、TT和TT。依据此方法完成了其他大豆种质身份证的构建。利用条码在线生成软件分别生成大豆品种身份证的一维码与二维码。
实施例4中的45个大豆种质的身份证如表9所示。
表9为大豆种质身份证
可以看出，能根据14个SNP位点构建鉴定分子身份证，用于区分不同的大豆种质。

Claims (6)

1.检测14个SNP位点的物质在鉴别和/或区分大豆种质中的应用；所述14个SNP位点为如下：
AR2位点为Glyma.19G194300基因的GenBankAGGessionNumberAB511820.1的第186位脱氧核糖核苷酸；
AR5位点为Glyma.19G194300基因的GenBankAGGessionNumberAB511820.1的第1289位脱氧核糖核苷酸；
AR7位点为Glyma.06G202300基因的GenBankAGGessionNumberEU190438.1的第5980位脱氧核糖核苷酸；
TT8位点为Glyma.06G202300基因的GenBankAGGessionNumberEU190438.1的第5980位脱氧核糖核苷酸；
TT11位点为Glyma.10G221500基因的GenBankAGGessionNumberAB797177.1的第15077位脱氧核糖核苷酸；
PRO19位点为Glyma.18G023500基因的GenBankAGGessionNumberAB495280.1的第411位脱氧核糖核苷酸；
AT21位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第573位脱氧核糖核苷酸；
AT23位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第1200位脱氧核糖核苷酸；
SER32位点Glyma.02G121400基因的GenBankAGGessionNumberXM_003520081.2的第639位脱氧核糖核苷酸；
SER36位点为Glyma.13G190800基因的GenBankAGGessionNumberAC166330.6的第1010位脱氧核糖核苷酸；
SER43位点为Glyma.14G204500基因的GenBankAGGessionNumberGU047076.1的第1173位脱氧核糖核苷酸；
SER64位点为序列1的第151位脱氧核糖核苷酸；
TT12位点为Glyma.19G224200基因的GenBankAGGessionNumberAB797209.1的第3835位脱氧核糖核苷酸；
AT22位点为Glyma.08G107700基因的GenBankAGGessionNumberAB495283.1的第933位脱氧核糖核苷酸。
2.检测14个SNP位点的物质在制备鉴别和/或区分大豆种质产品中的应用。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：
所述大豆种质为44份种质、27份种质或45份种质；
所述44份种质为如下：查干花茶秣食豆、大青豆、方正秣食豆、丰收5号、公476号、合丰36、合丰38、合丰46、合交13、黑河28、黑河5号、吉林34、吉林35、吉林小粒4号、吉林小粒7号、吉农13、吉农6号、吉原引3号、九农12号、九农22、九农25、蒙豆12、蒙豆5号、蒙豆6号、牡丰6号、牡师2号、嫩丰15、绥农19、泰兴黑豆(苏)、铁荚青、通农11、通农13、通农14、通农6号、兔子眼、相文88-A、新四粒黄、延农3号、永吉枣豆、永吉紫花猪眼豆、杂交豆1号、长豆5号、长农13和长农17；
所述27份种质：鲁宁一号、绿75、绿皮黄豆、绿肉黑皮豆、蒙9793-1、泌阳小籽黄、南关小皮青、邳县碾庄六月先、平顶黑、齐黄13、齐黄30、青6号、胜利3号、沭阳春黑豆丙、四角齐黄豆、天鹅蛋、兔儿眼、淅川鸡窝黄、小白豆<2>、小黑豆、小黄豆、新八达2号、新六青、徐豆10号、早熟6号、中豆33和中作00-683；
所述45份种质如下：Hartwig×晋1265、L69-4659、L76-1113、Lamar、Perrin、Sharkey、Suwon165(水原165)、白秋1号、柏枝豆、茶黄代豆1、大黄豆、大黄珠、大青仁、大乌豆、代米豆、汉源巴利小黑豆、黑豆、华春2号、化眉豆、剑阁化林鸡窝、荆黄35乙、老鼠皮、绿豆子、绿皮豆、马山仁蜂黄豆、七月黄-1、渠县八月黄、瑞金青皮豆、沙县乌豆、扇子白黄豆、上饶八月白、什邡螺丝豆、泗豆2号、松子豆、铜山天鹅蛋、小白毛、小颗黄豆、徐豆8、徐豆9号、羊眼豆、仪征大粒黄豆、英德褐豆、粤春03-3、中豆24(82-24)和中特1号。
4.鉴别大豆种质的产品，为检测权利要求要求1-3中任一中所述14个SNP位点的物质。
5.一种鉴别和/或区分大豆种质的方法，检测待测大豆种质权利要求要求1-3任一中14个SNP位点，若该待测大豆种质的14个SNP位点为表3中编号为1-44的样本对应的SNP位点或表4中编号为1-27的样本对应的SNP位点或表5中编号为1-45的样本对应的SNP位点，则待测大豆种质为或候选为该大豆种质。
6.权利要求1-3任一所述的方法或权利要求5所述的方法在构建鉴别大豆的条形码中的应用。
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