CN104845924B - 一株耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌及其制备方法和应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一株耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌,该耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌含有经突变改造后的rpoD基因,该基因编码的RpoD蛋白的点突变为K219E、V522G和Q649L,该耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌能耐受浓度至少为3g/L的呋喃甲醛;该耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌的分类命名为Zymomonas.mobilis ZM4‑MF,保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心,保藏号为CGMCC NO.10616,保藏时间为2015年3月12日。本发明还提供了制备该菌株的方法,其包括:突变rpoD基因的制备、重组质粒的构建、质粒转化以及利用不同梯度呋喃甲醛进行筛选。本发明还公布了该菌株在生产乙醇的应用。
Description
技术领域
本发明属于生物工程领域,具体涉及一株耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌及其制备方法和应用。
技术背景
木质纤维素含有70%的碳水化合物,是细菌生产可再生能源燃料乙醇的重要原料。然而木质纤维素中木质素与半纤维素以共价键形式结合,并将纤维素分子包埋其中,形成一种坚固的天然屏障,使一般微生物很难进入使其降解。因此,木质纤维素原料生产燃料乙醇需要先经过预处理。其中稀酸预处理是较常用而成熟的方法,但该方法处理后,会产生大量抑制细菌发酵的抑制产物,如呋喃甲醛、甲酸、乙酸等。
为了克服呋喃甲醛对细菌发酵的抑制,需要在预处理结束后对水解产物进行脱毒纯化以除去抑制剂。然而,这一过程不仅耗时,而且还需要复杂的设备,增加了成本。另一种方法则是制备可以耐受呋喃甲醛的菌株。
运动发酵单胞菌是唯一一种通过ED代谢途径厌氧发酵葡萄糖的微生物,其独特的代谢途径使其具有较高的乙醇发酵效率和乙醇耐受性,成为构建产乙醇工程菌的优选宿主之一。然而在现有研究中,还未有对运动发酵单胞菌呋喃甲醛耐受性提高的报道,主要原因在于目前尚未知晓对运动发酵单胞菌做何种基因改造可以获得耐受呋喃甲醛的突变体。
因此,亟待开发一种可以获得耐受呋喃甲醛的运动发酵单胞菌的方法。
发明内容
针对现有技术的缺点,本发明的第一个目的在于提供一株耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌,该耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌含有经突变改造后的RpoD基因,RpoD的点突变为K219E、V522G和Q649L,所述耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌能耐受浓度至少为3g/L的呋喃甲醛;所述耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌的分类命名为Zymomonas.mobilis ZM4-MF,保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心(北京市朝阳区北辰西路1号院3号 中国科学院微生物研究所 邮编100101),保藏号为CGMCC NO.10616,保藏时间为2015年3月12日。
V522G位于保守区域1.2和1.3上,Q649L位于保守区域4上。本发明菌株RpoD突变后结构-功能的关系以及对呋喃甲醛的耐受机理,尚需后续深入研究。
本发明菌株对于呋喃甲醛的耐受性优势,如本发明的一个实施例所示,当培养基中呋喃甲醛的浓度为3g/L时,本发明菌株的菌浓可达到0.8-1.5(OD600),而对照菌则几乎停止生长。
需要指出的是,本发明得到的菌株含有经突变改造后的rpoD基因,该基因编码的RpoD蛋白的点突变为K219E、V522G和Q649L,任何在本发明的基础上,再对其它无关的位置进行突变而得的菌株,均实质上与本发明相同,仍属本发明的保护范围。
本发明的第二个目的在于提供耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌的方法,该方法包括如下步骤:
1)突变RpoD的制备:利用GeneMorph Ⅱ Random Mutagenesis Kit对rpoD的PCR产物进行易错聚合酶链式反应;筛选出编码蛋白的点突变在K219E、V522G和Q649L的突变rpoD基因;
2)重组质粒的构建:对步骤1)所得物进行纯化后,用BamH Ⅰ和Xba Ⅰ处理,再用T4连接酶连接到质粒pBBR1MCS-tet上即得重组质粒,所述质粒pBBR1MCS-tet含有丙酮酸脱羧化酶的启动子和终止子;
3)将步骤2)所得的重组质粒转化入运动发酵单胞菌Z.mobilis ZM4中,并在培养基中进行培养;
4)依次将步骤3)所得物在呋喃甲醛浓度为1 g/L、2 g/L和3 g/L的RM培养基上培养,再将所得培养物涂布于呋喃甲醛浓度为3 g/L和5 μg/ml四环素的固体培养基上培养,挑取单克隆,提取质粒后,进行测序。
步骤2)中,所述纯化是利用E.Z.N.A®Gel Extraction Kit,低熔点琼脂糖凝胶的浓度为1%,纯化过程严格按照产品说明书操作说明进行。
步骤3)和步骤4)中,所述培养基为RM培养基。
步骤3)中,所述转化为电转化。
步骤3中,在所述培养时,培养方式为:先于RM固体培养基进行培养,再于RM液体培养基中在30℃下静置过夜培养。
本发明的第三个目的在于提供所得耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌在乙醇生产上的应用。如本发明的一个实施例所示,利用本发明菌株,在发酵54h后,乙醇的产量为9.8g/L;而利用对照菌在发酵54h后,乙醇的产量仅为6.9g/L。本发明的乙醇产量比利用对照菌发酵高出42%。
本发明的有益效果:
1、本发明所得菌株具有优良的耐受呋喃甲醛的能力,能耐受浓度至少为3g/L的呋喃甲醛;
2、本发明的制备方法工艺要求不苛刻,易于操作;
3、本发明菌株在乙醇的生产上具有巨大应用前景,能将乙醇的产量提高至少40%以上。
附图说明
图1为在不同呋喃甲醛浓度下的RM液体培养基中,本发明菌株和对照菌株的生长情况;其中0g/l furfural代表呋喃甲醛的浓度为0g/l;1g/l furfural代表呋喃甲醛的浓度为1g/l;2g/l furfural代表呋喃甲醛的浓度为2g/l;3g/l furfural代表呋喃甲醛的浓度为3g/l;
图2为本发明菌株与对照菌株在RM液体培养基中培养时的生长曲线;a中呋喃甲醛的浓度为0g/l ;b中呋喃甲醛的浓度为2g/l ;c中呋喃甲醛的浓度为3g/l;ZM4-rpoD意为对照菌株;ZM4-MF意为本发明菌株;
图3为呋喃甲醛对本发明菌株和对照菌株的生长情况、葡萄糖摄取情况及乙醇生长情况的影响结果;其中,Cell growth(OD600)意为细菌培养液在OD600的吸光度;glucoseand ethanol(g/l)意为葡萄糖与乙醇的浓度(g/l);Growth of ZM4-rpoD意为对照菌株的生长情况;Growth of ZM4-MF意为本发明菌株的生长情况;Glucose concentration ofZM4-ropD意为对照菌株的葡萄糖浓度;Glucose concentration of ZM4-MF意为本发明菌株的葡萄糖浓度;Ethanol of ZM4-ropD意为对照菌株的乙醇产量情况;Ethanol of ZM4-MF意为本发明菌株的乙醇产量情况;
图4为在呋喃甲醛浓度为3g/L的情况下,本发明菌株和对照菌株的PDC和ADH活性结果;其中,Enzyme activity(U/g protein)意为酶活(U/g 蛋白质);ZM4-rpoD意为对照菌株;ZM4-MF意为本发明菌株;PDC at 24h意为培养24h后PDC的酶活;PDC at 48h意为培养48h后PDC的酶活;ADH at 24h意为培养24h后ADH的酶活;ADH at 48h意为培养48h后ADH的酶活。
具体实施方式
下面通过实施例对本发明进行具体描述,有必要在此指出的是以下实施例只是用于对本发明进行进一步的说明,不能理解为对本发明保护范围的限制,该领域的技术熟练人员根据上述发明内容所做出的一些非本质的改进和调整,仍属于本发明的保护范围。
实施例1
重组质粒的构建
利用GeneMorph Ⅱ Random Mutagenesis Kit对RpoD的PCR产物进行易错聚合酶链式反应,筛选出点突变为K219E、V522G和Q649L的突变RpoD基因。将反应产物利用E.Z.N.A®Gel Extraction Kit进行纯化,低熔点琼脂糖凝胶的浓度为1%,用BamH Ⅰ和Xba Ⅰ处理,再连接到与质粒pBBR1MCS-tet所对应的限制性位点即得重组质粒,所述pBBR1MCS-tet含有丙酮酸脱羧化酶的启动子和终止子。
对照质粒的构建
将RpoD的PCR产物利用E.Z.N.A®Gel Extraction Kit进行纯化后,用BamH Ⅰ和Xba Ⅰ处理,再连接到与质粒pBBR1MCS-tet所对应的限制性位点即得对照质粒,所述pBBR1MCS-tet含有丙酮酸脱羧化酶的启动子和终止子。
实施例2
耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌(本发明菌株)的制备:
将实施例1中所得的重组质粒通过电转化的方式,转化入Z.mobilis ZM4中,将经质粒转化后的细菌铺于含有5μg/ml四环素的RM琼脂固体平板培养基上,刮取单克隆置于RM液体培养基中,在30℃下静置培养过夜。
按10%(v/v)将过夜培养菌液依次加入到呋喃甲醛浓度为1g/L、2g/L和3g/L的10ml的RM液体培养基中进行培养,再将所得培养物铺于呋喃甲醛浓度为3%和5 μg/ml四环素的固体培养基上培养,挑取单克隆,提质粒后,DNA测序。
对照菌株的制备:
将实施例1中所得的对照质粒通过电转化的方式,转化入Z.mobilis ZM4中,将经质粒转化后的细菌铺于含有5μg/ml四环素的RM琼脂固体平板培养基上,刮取单克隆置于RM液体培养基中,在30℃下静置培养过夜。对照菌株中的RpoD未受任何突变处理。
实施例3
将实施例2的耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌和对照菌株于30℃,在RM液体培养基上培养至OD600为1.0,再进行10倍梯度稀释。将各稀释液置于不同呋喃甲醛浓度的RM固体培养基中,于30℃培养4-5天。
绘制本发明菌株和对照菌株的生长曲线时,将细菌置于Bioscreen C系统中进行培养。在10%(V/V)接种量将过夜细菌分别置于呋喃甲醛浓度为2g/L和3g/L的1ml新鲜RM液体培养基中培养,初始OD600值为0.15-0.2。随后将细菌加入到Bioscreen 平板的加样孔中,每孔300μl,设三组平行样。温度控制在30摄氏度,检测光密度为600nm,细菌培养液的吸光度每隔1h自动读取一次,共持续48h,每次读取前,自动对细菌培养液进行60s的摇晃。
如图1所示,本发明菌株和对照菌株在不含呋喃甲醛的RM液体培养基培养时,生产情况没有显著差异。当培养基的呋喃甲醛的浓度升高时,对照菌株的生长受到显著抑制,当呋喃甲醛的浓度为3g/L时,对照菌株几乎不生长。
如图2所示,本发明菌株相对于对照菌株而言,生长情况更好。在不含呋喃甲醛情况下,本发明菌株与对照菌株的生长情况相似。当呋喃甲醛的浓度为2g/L时,本发明菌株的菌浓能达到OD600=1.0左右,而对照菌株的菌浓仅为OD600=0.8。当呋喃甲醛的浓度为3g/L时,本发明菌株的菌浓能达到OD600=0.8-1.0,而对照菌株几乎停止了生长。这表明本发明菌株耐受呋喃甲醛的能力得到了增强。
实施例4
葡萄糖的消耗及乙醇产量分析
将实施例2中的本发明菌株和对照菌株置于RM液体培养基,于30℃下,培养至对数中期。将10ml细菌培养物转至呋喃甲醛浓度为3g/L的100ml的新鲜RM液体培养基中(初始OD600约为0.2),于30℃下培养2-3天,每隔6h取1ml培养液置于-20℃下保存,共取9次。利用UV765分光光度计(600nm)对细菌的生长情况进行测定。将培养液过0.2μm膜取上清,用于测量葡萄糖糖和乙醇的浓度。高效液相色谱仪用于测量葡萄糖与乙醇的浓度,流动相为0.05M硫酸,流速为0.6ml/min,柱温为35℃。葡萄糖与乙醇的浓度通过与已知浓度的标准葡萄糖糖和乙醇溶液的峰面积进行比对计算而得。
如附图3所示,在RM液体培养基,本发明菌株在培养30h后,OD600达到了2.0,而对照菌株的OD600为1.3。在含有呋喃甲醛情况下,本发明菌株在培养24h后,消耗了约78%的葡萄糖,而对照菌株仅仅消耗了约42%的葡萄糖。当呋喃甲醛的浓度为3g/L的情况下,培养54h后,本发明菌株消耗了92.8%的葡萄糖,而对照菌株仅消耗了75%的葡萄糖;当呋喃甲醛的浓度为3g/L的情况下,利用本发明菌株培养54h后,乙醇的产量约为9.8g/L,而利用对照菌株培养54h后,乙醇的产量仅为6.9g/L,本发明的乙醇产量比利用对照菌发酵高出42%。
实施例5
酶的检测
PDC(丙酮酸脱羧酶)活性的检测方法参考文献Promoter and nucleotidesequences of the Zymomonas mobilis pyruvate decarboxylase进行。
ADHB活性是通过采用乙醇依赖的NAD+ 还原反应进行测定。首先,参考文献,对细菌进行通透性处理,再将细菌溶解液加入1ml溶液中,该溶液含有333mM乙醇、8.3mM NAD+和50mM磷酸钠缓冲液,溶液的pH为6.5。NADH的形成是通过在340nm的吸光度的变化来测定。PDC/ADH的单位活性定义为在特定条件下每分钟所形成的1μmol的NAD+/NADH。
如附图4所示,当呋喃甲醛的浓度为2g/L的情况下,培养24h和48h后,本发明菌株的PDC和ADH活性显著的高于对照细菌。特别的,在24h和48h时,本发明菌株的PDC活性分别是对照细菌的4.6倍和3.1倍。
实施例6
qRT-PCR
用SuperReal PreMix (SYBR Green) 在Bio-Rad iQ5 real-time PCR检测系统进行qRT-PCR实验。rrsA作为real-time PCR的内参基因。real-time PCR的参数为:95℃下15min,95℃下10s(40个循环),50-55℃下20s,72℃下20s,72℃下5min。△△Ct法用于分析基因表达水平。
当呋喃甲醛的浓度为3g/L时,本发明菌株与对照菌株相比,pdc的表达水平增强了11.8倍,adh的表达水平增强了1.85倍,coQ7的表达水平下调了2.147倍,dsdB的的表达水平下调了3.03倍,xylR的表达水平上调了15.83倍。
Claims (7)
1.一株耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌,其特征在于,所述耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌含有经突变改造后的rpoD基因,该基因编码的RpoD蛋白的点突变为K219E、V522G和Q649L,所述耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌能耐受浓度至少为3g/L的呋喃甲醛;所述耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌的分类命名为Zymomonas.mobilis,保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心,保藏号为CGMCC No. 10616,保藏时间为2015年3月12日。
2.制备如权利要求1所述耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌的方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
1)突变rpoD的制备:利用GeneMorphⅡRandom Mutagenesis Kit对rpoD的PCR产物进行易错聚合酶链式反应;筛选出编码蛋白的点突变在K219E、V522G和Q649L的突变rpoD基因;
2)重组质粒的构建:对步骤1)所得物进行纯化后,用BamHⅠ和XbaⅠ处理,再用T4连接酶连接到质粒pBBR1MCS-tet上即得重组质粒,所述质粒pBBR1MCS-tet含有丙酮酸脱羧化酶的启动子和终止子;
3)将步骤2)所得的重组质粒转化入运动发酵单胞菌Z.mobilis ZM4中,并在培养基中进行培养;
4)依次将步骤3)所得物在呋喃甲醛浓度为1g/L、2g/L和3g/L的RM培养基上培养,再将所得培养物涂布于呋喃甲醛浓度为3g/L和5μg/ml四环素的固体培养基上培养,挑取单克隆,提取质粒后,进行测序。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,步骤2)中,所述纯化是利用Extraction Kit,低熔点琼脂糖凝胶的浓度为1%,纯化过程严格按照产品说明书操作说明进行。
4.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,步骤3)和步骤4)中,所述培养基为RM培养基。
5.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,步骤3)中,所述转化为电转化。
6.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,步骤3中,在所述培养时,培养方式为:先于RM固体培养基进行培养,再于RM液体培养基中在30℃下静置过夜培养。
7.权利要求1所述的耐呋喃甲醛的运动发酵单胞菌在乙醇生产上的应用。
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Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
EXSB | Decision made by sipo to initiate substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |