CN103834642B - 一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其应用。所述分子标记为SEQ ID NO:1所示序列中的第342处的C/T碱基突变。利用引物SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3对其进行扩增，将所得扩增产物用限制性内切酶Msp I酶切，根据酶切结果来判断该突变位点的基因型。本方法操作简便，结果可靠。通过对上述C/T突变位点的检测，可以确定目标鸡群皮肤颜色这一性状的基因型，也可以通过基因型判别某一个体的皮肤颜色，为有目的地对鸡群肤色性状进行选择提供依据，提高后代鸡群皮肤颜色的一致性。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其应用。
背景技术
在一些国家和地区，消费者习惯性地将鲜亮的黄色皮肤视为肉鸡产品优质和优味的标志，鸡皮肤的黄度是决定其市场价格的重要因素之一。鸡皮肤呈现的黄色是由β类胡萝卜素和叶黄素等黄色素沉积的结果，取决于遗传因素，受饲料、环境、饲养、生理健康、同一只鸡不同部位等因素的影响。鸡的白色肤色和黄色肤色是由一对等位基因Ww控制的，白色为W，对于黄色w为显性，该等位基因通过影响β-类胡萝卜素在皮肤中的沉积从而影响皮肤表皮外层的颜色。资料显示，鸡本身携带的BCDO2基因能使有色的类胡萝卜素降解为无色的物质。等位基因ww能抑制BCDO2基因在皮肤表皮中的表达，允许类胡萝卜素在皮肤中沉积而使鸡的皮肤呈现黄色；等位基因WW和Ww不能抑制BCDO2表达，类胡萝卜素会被分解而使鸡的皮肤呈现白色。
在实际饲养生产应用中，还能通过增加日粮中叶黄素、类胡萝卜素的份量以及添加着色剂使鸡的肤色变黄。由于现代育种及饲养技术的迅速发展，家禽的饲养期短，生长速度快，因而单纯依赖饲料中的天然色素已满足不了人们对商品鸡皮肤色泽的要求，添加各类着色剂成为现代养禽业中广泛采用的方法。添加着色剂对肉鸡生产没有任何营养价值，虽然尚未发现会产生任何副作用，但不能完全承认其安全性，使用着色剂亦会增加养殖成本（每羽鸡色素成本约0.1元）。因此，从长远考虑，最根本的方式，是通过育种，有针对性地对携带等位基因ww的鸡苗进行选择饲养，提高其后代鸡群肤色的一致性。因此，建立一种快速鉴别鸡皮肤颜色相关基因型的方法，对于优质鸡育种具有重要作用。
发明内容
本发明要解决的技术问题是为了克服现有技术中缺乏快速鉴别鸡皮肤颜色相关基因型方法的缺陷，提供一种鸡皮肤颜色相关的分子标记。
本发明的另一个目的在于提供一种利用鸡皮肤颜色相关的分子标记快速鉴别鸡皮肤颜色相关基因型的方法。
本发明的目的通过以下技术方案予以实现：
一种鸡黄白皮肤颜色相关的分子标记，所述分子标记为SEQIDNO:1所示序列中的第342处的C/T碱基突变。
一种快速鉴别上述分子标记的方法，包括如下步骤：
S1.以鸡BCDO2基因的DNA序列为参考，设计如下引物并进行PCR扩增：
正向引物：5'—AGGGGAGATCACAACGGACAAGA—3'，
反向引物：5'—GCTGGTGTTCTCCGAGTCTATA—3'。
S2.将所得扩增产物用限制性内切酶MspI酶切，
若只有一条带，则该突变位点处是TT纯合型，即鸡的肤色为黄色；
若有两条带，则该突变位点处是CC纯合型，即鸡的肤色为白色；
若有三条带，则该突变位点处是CT杂合型，即鸡的肤色为白色。
上述分子标记在鸡皮肤颜色性状辅助选择中的应用。
本发明的有益效果是：本发明提供的方法操作简便，结果可靠。通过对上述C/T突变位点的检测，可以确定目标鸡群皮肤颜色这一性状的基因型，也可以通过基因型判别某一个体的皮肤颜色，为有目的地对鸡群肤色性状进行选择提供依据，提高后代鸡群皮肤颜色的一致性。
附图说明
图1是通过PCR获得的白皮肤和黄皮肤固始鸡BCDO2基因部分DNA序列；W1、W2为白皮肤鸡BCDO2基因的PCR扩增片段；Y1、Y2为黄皮肤鸡BCDO2基因的PCR扩增片段。
图2是对上述两只白皮肤固始鸡和两只黄皮肤固始鸡的BCDO2基因部分DNA序列进行对比的结果。
图3是用限制性内切酶MspI对上述406bp的BCDO2基因片段进行基因分型的电泳图谱，琼脂糖凝胶浓度为2.0%。
具体实施方式
下面结合说明书附图和具体实施例对本发明作进一步的说明，但本发明保护的范围并不局限于此。
实施例1
S1.引物设计
根据BCDO2基因（GENBANK登录号为：NC_006111.3）上的一个位点（位置：Chr24:6135267，Gallus_gallus-4.0），利用GeneTool软件设计一对引物，该引物扩增得到的DNA序列如SEQIDNO:1所示，全长406bp。引物序列如下：
BCDO2F：5'–AGGGGAGATCACAACGGACAAGA-3'（SEQIDNO:2）
BCDO2R：5'-GCTGGTGTTCTCCGAGTCTATA-3'(SEQIDNO:3)。
S2.筛选分子标记
S21.实验材料如表1所示。
表1实验材料
S22.PCR扩增
总体积为30μL的PCR反应体系中，各成分如表2所示。
表2PCR反应体系（30μL）
PCR反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸30s，共32个循环；72℃后延伸5min，最后4℃保存。
S23.实验步骤与结果
选取2只白皮肤的固始鸡和2只黄皮肤的固始鸡的血液DNA为模板，进行PCR扩增，PCR产物经1.5%琼脂糖凝胶电泳检测，结果如图1所示。图1是鸡BCDO2基因部分DNA序列SEQIDNO:1，用于筛选与鸡黄白肤色相关的分子标记片段的电泳检测图片，检测结果显示PCR产物均为特异的一条406bp的片段，其中，M为DNAMarker（DL2000），W1、W2为白皮肤鸡BCDO2基因的PCR扩增片段，Y1、Y2为黄皮肤鸡BCDO2基因的PCR扩增片段。将PCR产物送北京六合华大基因科技股份有限公司测序，测序序列如图2所示。利用DNAstar中SeqMan功能模块进行拼接组装，并进行序列比对筛选变异位点，发现有2处SNP，与白皮肤鸡比对发现黄皮肤鸡在342处发生了碱基突变，由C突变为T，该突变位点在鸡基因组上的位置是Chr24:6135478（参考序列为Gallus_gallus-4.0）。图2中W1、W2为白皮肤鸡，Y1、Y2为黄皮肤鸡，方框所示为该序列在342位碱基处存在的C/T突变位点。
S3.分子标记的基因型检测及应用
该片段342处的C/T突变恰好可以被限制性内切酶MspI识别。选取白皮肤的固始鸡、黄皮肤的固始鸡和白皮肤的霸王山鸡各24只，以其血液DNA为模板，利用引物BCDO2F/R进行PCR扩增，用MspI酶切上述PCR产物，反应体系如表3所示，将样品混合均匀后离心，置于37℃培养箱孵育5h。
表3PCR产物酶切反应体系
反应结束后，用2.0%琼脂糖凝胶电泳检测，部分检测结果如图3所示。该突变位点由两个等位基因控制，其中T是没有形成酶切位点的等位基因，C是有酶切位点的等位基因。这两个等位基因可组成三种基因型，其中TT型是无酶切位点的纯合型，电泳检测只有一条406bp的条带；CC型为有酶切位点的纯合型，电泳检测时有341bp和65bp的两条带，CT型为杂合型，电泳检测时有341bp、65bp和406bp的三条带。M泳道为DNAMarker（DL2000）。
用内切酶MspI对两个品系不同肤色鸡群BCDO2基因分型，表4是基因型分布情况。
由表4可知，含有C等位基因的个体均为白色皮肤，具有TT纯合型基因型的个体为黄色皮肤，即所检测的个体基因型均与皮肤颜色相符，说明该方法能有效、可靠地鉴别鸡皮肤颜色。
SEQUENCELISTING
<110>华南农业大学
<120>一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其应用
<130>
<160>3
<170>PatentInversion3.3
<210>1
<211>406
<212>DNA
<213>鸡黄白皮肤颜色相关的分子标记
<400>1
aggggagatcacaacggacaagatgactccactgtcttctgccgtggcgttaggcactgg60
cacaaaaacaggctctgaggggtaggatccatcctcctgccaaatctatcaagcacaata120
acatatggccgtgtttcatttcacgatgtttgtctgctatagttagcagagctgcaagtt180
agaaagctccccgcagagtgacccaattgcacctcatgccccagggaacccactgttcac240
ccttttgagtcatccttttgatttgcactaacagaatgctggtgttgtgacagaatgccc300
attgtgccaagcactgtgcaaacaggcagtgaaatggttcccggtgctcatttcatccag360
cagcctgtactggcaaataccagctatagactcggagaacaccagc406
<210>2
<211>23
<212>DNA
<213>BCDO2F
<400>2
aggggagatcacaacggacaaga23
<210>3
<211>22
<212>DNA
<213>BCDO2R
<400>3
gctggtgttctccgagtctata22
Claims (2)
1.一种鸡黄白皮肤颜色相关的分子标记在鸡皮肤颜色辅助选择中的应用，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO:1所示，其中第342位碱基处存在C/T碱基突变。
2.一种利用权利要求1中所述分子标记快速鉴别鸡皮肤颜色基因型的方法，包括如下步骤：
S1.以鸡BCDO2基因的DNA序列为参考，设计引物BCDO2F和BCDO2R，并进行PCR扩增：BCDO2F和BCDO2R引物序列如SEQIDNO:2~3所示；
S2.将所得扩增产物用限制性内切酶MspI酶切；若只有一条带，则该突变位点处是TT纯合型，若有两条带，则该突变位点处是CC纯合型，若有三条带，则该突变位点处是CT杂合型。
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