CN103748234A - 用于膀胱癌诊断的序列及其使用方法和应用 - Google Patents

用于膀胱癌诊断的序列及其使用方法和应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了用于膀胱癌诊断评估的序列、使用方法及其应用。具体地，本发明提供了检测选自UTX、CREBBP、EP300、ARID1A、CHD6、MLL、NCOR1和MLL3至少一种基因的突变的探针组、引物组、组合物和阵列。本发明还提供了通过检测上述基因变化诊断膀胱癌的方法，和上述探针组和引物组在制备检测膀胱癌的试剂盒和微阵列中的用途。

Description

用干膀胱癌诊断的序列及其使用方法和应用
技术领域
本发明涉及病理学、 遗传学、 基因组学等领域。 具体地， 本 发明涉及用于膀胱癌诊断评估的序列、 使用方法及其应用。 背景技术
膀胱癌是当今全球第九大癌症 [Parkin, D.M., Bray, F.， Ferlay, J. & Pisani, P. Global cancer statistics, 2002. CA Cancer J Clin 55, 74-108 (2005).] , 临床上一般分为两种： 早期和中晚期。
70%的病人表现为早期 （NMI-TCCs, stage Ta 或 Tl ) , 一般没 有生命危险，但容易复发。 30%的病人表现为晚期（MI-TCCs, stage T2-4) , 表现为转移性， 会危及生命 [Wu， X.R. Urothelial tumorigenesis: a tale of divergent pathways. Nat Rev Cancer 5， 713-25 (2005)] 。 以前基于基因组研究发现， 两种亚型的膀胱癌 在基因上就有很大差异： 早期癌症在 FGFR3基因和 Ras基因家族 中突变特别多；中晚期癌症的 TP53和 RB1基因缺失严重 [Wu， X.R. Urothelial tumorigenesis: a tale of divergent pathways. Nat Rev Cancer 5， 713-25 (2005)]。 这些发现对以后的临床诊断和治疗具 有深远的意义和影响。 但是仅仅是上述这几种基因远远不能满足 分期和检测的准确性要求 , 为此很有必要对其他和膀胱癌发生相 关的重要基因进行同步检测， 以此提高检测的精确度， 或者寻找 更为准确定检测靶点。 发明内容
为此发明人进行了多方面的研究， 跟踪现有技术， 发现通过 外显子捕获技术找到膀胱癌组织中特有的 Somat ic Mutat ions , 可以找到高频突变基因， 通过分析进而找到膀胱癌发生的重要原 因。 我们可以根据这些基因提供针对膀胱癌检测的序列， 为膀胱 癌的发生机制和临床诊断及靶点药物的开发提供丰富可靠的信 息。 更为具体地， 本发明为膀胱癌易感性的检测、 膀胱癌分期的 检测、 膀胱癌的个体化医疗提供了广泛具体的支持依据。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述， 但是 本领域技术人员将理解， 下列实施例仅用于说明本发明， 而不是 对本发明的范围的限定。 根据优选实施方案的下列详细描述， 本 发明的各种目的和有利方面对于本领域技术人员来说将变得显 然。
除非特别指明， 否则本发明中所使用的分子生物学实验方法 基本上按照本领域公知的常规方法进行或者按照产品说明书进 行。 所用试剂或仪器未注明生产厂商者， 均为可以通过市购获得 的常规产品。 本领域技术人员知晓， 实施例以举例方式描述本发 明， 且不意欲限制本发明所要求保护的范围。 实施例 1 : 样品的测序
在本实施例中， 发明人使用 nimblegen芯片 （ Roche公司， NimbleGen Sequence Capture Human Exome 2.1M Array ) 以及 Hi seq高通量测序系统 （ Illumina公司， Hiseq 2000 ) , 对获自北 京大学深圳医院的 97 例膀胱癌病患的样品（癌组织和对应血液） 进行了外显子组测序。
97例膀胱癌病患的样品的详细信息示于表 1中。 表 1: 97例膀胱癌病患的样品的详细信息。
B18 618300 男 66 左后壁 3χ 2.5 移行细胞癌 II级 T1N0M0
B2 N 男 55 N (？) Ν Ν III级 Τ2Ν0Μ0
B20 177583 男 66 前壁 2χ 3.5 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 Τ4Ν0Μ0
B21 324697 男 61 膀胱壁、 后尿道 2.3χ 2.5 移行细胞癌 I级 Τ4Ν0Μ0
B22 765492 男 79 左侧壁 x3 移行细胞癌 II级 Τ4Ν0Μ0
B23 767225 男 85 右侧壁 2x2 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T1N0M0
B24 767192 男 53 顶壁、 左右侧壁 8x5 移行细胞癌 I级 Τ4Ν0Μ0
B25 489549 男 65 三角区 5.3χ 2.7 移行细胞癌 III级 T4aN0M0
B34 2009068198 男 66 顶壁 1.5x2 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T3aN0M0
B35 253609 男 80 侧壁、 三角区 1.5 1.8 移行细胞癌 Ι-ΙΙ级 T1N0M0
B36 255434 男 65 右后壁 2.3χ 2 移行细胞癌 Ι-ΙΙ级 T2N0M0
B37 20957 男 71 侧壁、 三角区 3.2x2.8 移行细胞癌 龍 T4N0M0
B41 782077 男 69 左后壁 3χ 2.5 移行细胞癌 II级 T3bN0M0
B 3 782385 男 43 右前壁 6.4x6 移行细胞癌 III级 T3aNlM0
B 5 2026597 男 82 右后壁 7x 移行细胞癌 I级 TlbNOMO
B 7 765702 男 84 右侧壁、 右后壁 5x 移行细胞癌 III级 T3aN0M0
B5 174092 男 53 膀胱颈、 三角区 3.0χ 2.8 移行细胞癌 ΙΙ-ΙΙΙ级 T4N0M0
B50 784429 男 73 顶壁、 三角区 3x3 移行细胞癌 II级 T2bNXMX
B52 2009078120 男 57 左侧壁 2.5 2.8 移行细胞癌 0-1级 T3N0M0
B54 2010005379 男 49 三角区 2.5 1.5 移行细胞癌 ΙΙ-ΙΙΙ级 T4N0M0
B55 2028479 男 41 右侧壁 3 3 移行细胞癌 Ι-ΙΙ级 T3N0M0
B56 786904 男 41 右侧壁 6x5 移行细胞癌 II级 TlNxMx
B57 787299 女 72 右后壁 3.2 移行细胞癌 I级 T2aNxMx
B59 787659 女 67 后壁 6x5 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T3aNxMx
B59-0 788365 男 50 三角区 6x5 移行细胞癌 Ι-ΙΙ级 T2aNxMx
B59-1 189752 男 43 左侧壁 2x2 移行细胞癌 I级 T1N0M0 B59-3 793669 男 65 膀胱颈、 三角区 3x2 移行细胞癌 Ι-ΙΙ级 Τ2Ν0Μ0
B60 791009 女 80 右侧壁 x3 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 Τ4Ν0Μ0
B61 788532 女 53 后侧壁 x3 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 Τ3Ν0Μ0
B62-0 791962 男 58 左侧壁 2.5x2 移行细胞癌 I级 ΤΙΝοΜο
B63 792491 男 70 前后壁 2x2.5 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T2aN0M0
后壁、 左侧壁、 膀
B64 797951 男 66 2x2 移行细胞癌 I级 T1N0M0
胱颈
后壁、 顶壁、 三角
B65 426354 男 87 2x2 移行细胞癌 II级 T3aN0M0
区
B66 796927 男 54 左侧壁 3x3 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T2N0M0
B66-0 797940 女 50 左后壁 4x5 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 TaNOMO
B68 766774 男 85 侧壁 3 2.5 移行细胞癌 II级 T2N0M0
B69 2010015266 男 87 右侧壁 3 2.5 移行细胞癌 I级 T4N0M0
B70 2037243 男 65 左侧壁 1.3χ 2.0 移行细胞癌 II级 T2N0M0
B71 2010012896 男 65 前后壁 5x5 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T2N0M0
B73 2035564 男 44 前侧壁 3χ 2.5 移行细胞癌 I级 T1N0M0
B74 2034578 男 60 左侧壁、 三角区 2.5x2.5 移行细胞癌 ΙΙ-ΙΙΙ级 T3aN0M0
B77 2010023787 男 75 左后壁 3.5x1.5 移行细胞癌 II级 T1N0M0
B78 2010011281 男 80 左前壁 x3 移行细胞癌 II级 TaNOMO
B79 799385 男 63 膀胱颈、 三角区 6.0χ 3.0 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T3aN0M0
Β8 759153 男 55 侧壁、 三角区 2.8χ 3.5 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T3aN0M0
B80 800364 男 76 右侧壁 2x2.4 移行细胞癌 III级 T4aN0M0
B80-0 800389 男 82 左侧壁 2.5x4 移行细胞癌 II级 T1N0M0
B80-11 798621 男 28 膀胱颈 1.5 2.0 移行细胞癌 Ι-ΙΙ级 T1N0M0
B80-13 802775 男 63 左、 右侧壁 2. 1.7 移行细胞癌 I级 T1N0M0
B80-3 799961 男 51 右侧壁、 膀胱颈 0.7 χ 0.5 移行细胞癌 II级 T4N0M0 B80-4 799634 男 54 膀胱颈 2.5x2.1 移行细胞癌 I-II级 T1N0M0
B80-7 N 男 58 N N N II级 T3N0M0
B80-8 N 女 63 N N N III级 T2N0M0
B81 802224 男 63 右后壁 5.6x4.1 移行细胞癌 III级 T2N0M0
B81-1 804976 男 62 右后侧壁 1.6x2.4 移行细胞癌 I级 T2N0M0
B82 184794 男 56 侧壁、 三角区 2.5 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T3aN0M0
B83 2041040 女 84 左、 右侧壁 2.0χ 2.5 移行细胞癌 I-II级 T3N0M0
B84 185596 男 64 后壁 1 1.5 移行细胞癌 I级 T1N0M0
B85-0 584807 男 76 左、 右侧壁 3.3 3.5 移行细胞癌 I级 TaNOMO
B85-2 583637 男 74 三角区右侧 2.5x2 移行细胞癌 I级 TaNOMO
B86 806578 男 48 膀胱颈 8.1 5.9 移行细胞癌 I级 T2N0M0
B87 805057 男 57 左后壁 4.3x4.9 移行细胞癌 I-II级 T1N0M0
B88 804594 男 56 左侧壁、 后壁 7.0x4.6 移行细胞癌 I-II级 T3N0M0
B89-1 805342 男 65 左侧壁、 顶壁 2.0χ 2.5 移行细胞癌 I-II级 T2N0M0
B89-10 2043702 男 65 顶壁 2.3χ 3 移行细胞癌 I级 T1N0M0
B89-12 189515 女 72 三角区 3.9x2.4 移行细胞癌 III级 T2N0M0
B89-16 269798 男 68 左侧壁 2.2x1.5 移行细胞癌 I-II级 T1N0M0
B89-3 806608 男 65 侧壁 2.2x2 移行细胞癌 I级 T3N0M0
B89-4 2014113 男 71 右侧壁 1 χ 2 移行细胞癌 I级 T1N0M0
B89-5 2010041410 男 50 左侧壁 2x2 移行细胞癌 I级 T1N0M0
B9 760698 男 81 膀胱颈、 三角区 5.2 3.4 移行细胞癌 II-III级 T3N0M0
B90 272438 男 84 右侧壁 2.0χ 2.5 移行细胞癌 I-II级 T1N0M0
B96 2045318 男 69 三角区、 侧壁 5x4 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T3N0M0
B98 200155 男 63 右侧壁 5.2x .5 移行细胞癌 Π-ΙΙΙ级 T3N0M0
B99 2047222 女 37 顶壁 1.0χ 1.5 移行细胞癌 I级 T1N0M0
(表 1中 N表示无详细信息） 1、 基因组 DNA的片段化
从各个病患的样品中使用试剂盒 Q amp DNA Mini Ki t ( Qiagen, 51306 )提取基因组 DNA, 并使用超声法（ Covaris, S-2 ) 将获得的基因组 DNA片段化为大小约 200bp的片段。
2、 DNA片段的末端修复以及 3'连接" A"碱基
根据制造商的说明书， 使用 T4 DNA Polymerase(Enzymatics, P708L) 、 Klenow Fragment (Enzymatics, P706L) 和 T4 Polynucleot ide Kinase ( Enzymatics, Y904L ) , 对步骤 1获得 的片段化的 DNA进行末端修复， 从而形成平末端的 DNA片段。 然 后使用 Klenow (3'-5' exo-)酶（Enzymatics, P701-LC-L ) , 在具 有平末端的 DNA片段的 3'末端连接" A"碱基。
3、 标签接头 (Index Adapter)的连接及 DNA片段的捕获 使用 T4 DNA Ligase ( Enzymatics, L603-HC-L ) , 将步錄 2 获得的 3'末端连接有" Α"碱基的 DNA片段分别连接至不同的标签 接头（Index Adapter) (序列自行设计 , 由 Invitrogen公司合成）。 然后根据制造商的说明书， 使用 nimblegen 芯片 （ Roche , NimbleGen Sequence Capture Human Exome 2.1M Array ) , 捕 获连接有标签接头（Index Adapter)的 DNA片段。 使用 NimbleGen Sequence Capture Wash and Elut ion Ki t ( NimbleGen, 05340730001 ) 洗涤芯片和洗脱捕获的样品。 然后使用 Phus ion Flash High- Fidel i ty PCR Mas ter Mix(NEB, F-531L)扩增与 MinElute PCR Purif icat ion Ki t(Qiagen, 28006)纯化洗脱的样品， 从而获得各个样品的测序文库。 4、 测序
根据制造商的说明书， 使用 I l lumina Hi seq 2000测序平台 ( Illumina, Hiseq 2000 )对各个样品的测序文库进行测序， 其中， 测序的读取长度为 l OObp, 并且每个样本的平均测序深度至少为 6 Ox (本例中即测序量为外显子组的 60倍） , 从而获得每个样品 的外显子组测序数据。 实施例 2: 样品的外显子组测序数据的处理与分析
如下处理和分析实施例 1得到的各个样品的外显子组测序数 据， 以鉴定膀胱癌样品中发生高频突变的与染色质修饰相关的基 因， 以及这些基因中发生突变的位点
1、 如实施例 1所述， 获取各个样品的外显子组测序数据；
2、 针对各个样品的外显子组测序数据， 将实施例 1的步骤 4 中的含有接头序列（adapter connector)的测序片段 (reads)去除；对 每个 lane的下机数据进行测序片段去重复处理，该步骤是为了去 掉测序引起的一些数据冗余。
具体执行步骤：
首先根据每个 lane下机数据的报告得到其特异的接头序列， 遍历下机数据的每条测序片段将含有接头序列的测序片段去除 (通常有两种方法， 一种是只去除接头序列保留截取接头序列后 的测序片段， 另一种是直接将含有接头序列的测序片段扔掉， 由 于含有接头序列的测序片段量较少不足以影响我们后续分析， 因 此我们为了序列的整齐利于后续分析而采取直接将含有接头序列 的测序片段扔掉的方法） 。
其次，每个 lane的下机数据中由于实施例 1中的扩增作用产 生的完全一致的测序片段为重复序列，数据量越大， dupl icat ion 比例越高， 完全重复的测序片段是冗余的， 根据测序片段的个异 性去除数据冗余。
3、 使用序列比对软件 bwa ( http://bio-bwa.sourceforge.net/ 软件： Burrows-Wheeler Aligner ) , 将步骤 2处理得到的测序数 据与来自数据库 NCBI的人类基因组参考序列 hgl8 ( 8个突变基 因是癌症样本序列与正常组织样本序列分别与参考序列比对后进 一步分析得到的突变位点对应的基因，既 8个基因是 hgl8序列上 对应的基因）进行比对， 得到比对结果。
4、通过对每个样品的比对结果应用如下处理以统计得到各个 样品的测序数据的质量， 测序深度， 以及外显子靶区域覆盖度。
具体执行步骤：
首先读取比对结果， 得到总测序片段数， 进一步得到比对到 外显子靶区域的测序片段数， 非冗余的比对到外显子测序片段区 域的测序片段数， 外显子测序片段区域位点数等， 通过数学关系 式得到各自的统计结果。
5、 依然以人类基因组 hgl8 为参考序列， 使用比对软件 Varscan ( http://varscan.sourceforge.net/ )和 GATK ( http://www. broadinstitute. org/gsa/wiki/index.php/The_Genome_Analysis —Toolkit ) 来鉴定各样品的测序数据中具有单核苷酸多态性的位 点 （即， 与参考序列 hgl8相比， 发生了突变的位点） ；
6、 使用 NCBI ( The National Center for Biotechnology Information ) 数据库 Dbsnp, 例如多 态性位点数据库 dbsnpl 30 (http://www.ncbi.nlm.nih. gov/proj ects/SNP/)和人类基 因组国际单体型 hapmap ( www.hapmap.org ) , 对步骤 5所鉴定 的位点进行可信度数据优化， 从测序片段支持数等相关方面进行 过滤并根据该网站 ( http://genome.ucsc.edu/ )上得到的人类相关 基因信息进行注释;
7、 获得发生了突变的位点的详细信息， 做 PCR 实验进行 Sanger测序法验证；
通过上述步骤， 发明人在 9例膀胱癌组织的深度测序下进行 突变分析的发现阶段中鉴定到的高频突变基因与染色体修饰相 关，并在用于验证的其他 88例膀胱癌中发现了相关的 8个发生高 频突变的基因。
所述的基因分别为： UTX (示于 SEQ ID N0: 1 ) 、 CREBBP (示 于 SEQ ID NO: 2 ) 、 EP300 (示于 SEQ ID NO: 3 ) 、 ARID1A (示 于 SEQ ID NO: 4 ) 、 CHD6 (示于 SEQ ID NO: 5 ) 、 MLL (示于 SEQ ID NO: 6 ) 、 NC0R1 (示于 SEQ ID NO: 7 )和 MLL3 (示于 SEQ ID NO: 8 ) 。
综合各个样品的外显子组测序数据及其分析结果， 发明人鉴 定并验证了 8个发生高频突变的基因，并鉴定到了 96个与这些基 因相关的突变。 8个发生高频突变的基因的详细信息列于表 2中， 并且所鉴定到的 96个非同义突变的详细信息列于表 3中。
表 2: 8个发生高频突变的基因的详细信息。
表 3: 96个突变的详细信息 g. chrl: 2697 TCC=>
ARID1A B5 c. 3590OG Ser=>Cys p. S1197C 水口 错义
1940OG TGC
g. chrl: 2697 TCA=> Ser=> 终
ARID1A B5 c. 37430A 水口 无义
24510A TAA 止
g. chrl: 2697
c. 5216: 524
8192-269782
9delcaggac
25delcaggac 移框-插
ARID1A B52 agagaacgct - - - - agagaacgcta 入 /缺失 actggatcct
ctggatcctgg
gggaggt t
gaggt t
g. chrl: 2697 CAG=> Gln=> 终
ARID1A B60 c. 4750OT 水口 无义
4055OT TAG 止
g. chrl: 2693 TCA=> Ser=> 终
ARID1A B71 c. 1850OG p. S617* 水口 无义
1800OG TGA 止
g. chrl: 2697 TGG=> Trp=> 终
ARID1A B79 c. 5009OA p. W1670* 水口 无义
4670OA TAG 止
g. chrl: 2697
B85- c. 5607: 560 移框-插
ARID1A 8582-269785 - - - - 0 7delg 入 /缺失 82delg
g. chrl: 2697 CAG=> Gln=> 终
ARID1A c. 44770T 水口 无义
37820T TAG 止
g. chrl: 2693 CAG=> Gln=> 终
ARID1A B90 c. 18970T 水口 无义
18470T TAG 止
g. chr20: 394 GCA=>
CHD6 B35 c. 4126G>T Ala=>Ser p. A1376S 水口 错义
88150OA TCA
g. chr20: 395 GTC=>
CHD6 B36 c. 1717G>A Va l=>I le p. V573I 水口 错义
50622OT ATC
g. chr20: 394 CAC=>
CHD6 B55 c. 64810A Hi s=>Asn p. H2161N 水口 错义
78647G>T AAC
<=ovo
89εειο/εΐοζ OAV
89εειο/εΐοζ OAV g. chr22: 398 c.4240: 424 移框-插
EP300 B87 - - - - m
o o 95519insT OinsT 入 /缺失
1
g. chr22: 398 c.4377: 438
p. AQAT9 96446-39896 Sdelgcccaa
EP300 - - - - 57-960d
457delgccca gcgact
el agcgact
g. chr22: 398 CAT=>
EP300 c.4352A>T His=>Leu p. H1451L 错义
96421A>T CTT
g. chr22: 398 GAA=>
EP300 B90 c.4561G>C Glu=>Gln P.E1521Q 水口 错义
98557G>C CAA
g. chr22: 398
c.644: 654d
43686-39843 移框-插
EP300 B96 elctggcaac - - - - 696delctggc 入 /缺失
tta
aactta
g. chrll: 117 CAC=>
MLL B103 c.43680A His=>Gln p. H1456Q 杂合 错义
8645740A CAA oo
g. chrll: 117 TGC=>
MLL B112 c.44370G Cys=>Trp P.C1479W 纯合 错义
8646430G TGG
g. chrll: 117 TCT=>
MLL B35 c.113480G Ser=>Cys p. S3783C 水口 错义
8959170G TGT
g. chrll: 117
c.5972: 599
875247-1178
ldelttgaag 移框-插
MLL B66 75266delttg - - - - ttttcagaag 入 /缺失 aagttttcaga
agtg
agagtg
g. chrll: 117 TCA=> Ser=> 终
MLL B69 c.31730G 水口 无义
8527460G TGA 止
g. chrll: 117 c.4427: 442 插入 /缺
MLL B69 - - - - 864633-1178 9delgtc 失 ϋυ/: Oπ1£ 89oiAV
<=voo 09ΐ： ·3
S6l7..0/llOZN3/X3d 89εειο/εΐοζ OAV g. chrX: 4480 剪接位
UTX B77 - - - - 水口
7610OC 点突变 g. chrX: 4485 CAG=> Gln=> 终
UTX B79 c. 41290T 水口 无义
43910T TAG 止
g. chrX: 4481 移框-插
UTX B82 c. 2105 insA - - - - 3948 insA 入 /缺失 g. chrX: 4482 CCT=>
UTX B83 c. 28970G Pro=>Arg P. P966R 杂合 错义
26530G CGT
g. chrX: 4481 TCA=> Ser=> 终
UTX c. 23240G 纯合 无义
41680G TGA 止
B85- g. chrX: 4483 TGG=> Trp=> 终
UTX c. 3582G>A p. W1194* 纯合 无义
2 3965G>A TGA 止
g. chrX: 4471 CAG=> Gln=> 终
UTX c. 3490T 水口 无义
88690T TAG 止
g. chrX: 4482 GAA=> Glu=> 终 J —
UTX c. 2995G>T p. E99卜9* ^水八口 无义
3391G>T TAA 止
g. chrX: 4471 TAC=> Tyr=> 终
UTX c. 3780G 杂合 无义
88980G TAG 止
g. chrX: 4480 CAG=> Gln=> 终
UTX B90 c. 1105OT 纯合 无义
35660T TAG 止
g. chrX: 4480 CAG=> Gln=> 终
UTX B96 c. 16630T 纯合 无义
77460T TAG 止
注： 表中 ins表示插入； del表示缺失。 上述结果表明， 所鉴定到的发生高频突变的 8个基因以及在 这 8个基因中所鉴定到的 96个突变位点与膀胱癌密切相关，并且 所述 8个基因和 96个突变位点可用于对膀胱癌进行诊断、分期和 药物敏感性评估。 尽管本发明的具体实施方式已经得到详细的描述， 但本领域 技术人员将理解： 根据已经公开的所有教导， 可以对细节进行各 种修改和变动， 并且这些改变均在本发明的保护范围之内。 本发 明的全部范围由所附权利要求及其任何等同物给出。

Claims (8)

  1. 1. 探针组， 其由特异性检测选自： UTX (示于 SEQ ID NO: 1 ) 、 CREBBP (示于 SEQ ID NO: 2 ) 、 EP300 (示于 SEQ ID NO: 3 ) 、 ARID1A (示于 SEQ ID NO: 4 ) 、 CHD6 (示于 SEQ ID NO: 5 ) 、 MLL (示于 SEQ ID NO: 6 ) 、 NC0R1 (示于 SEQ ID NO: 7 )和 MLL3 (示于 SEQ ID NO: 8 ) 中的至少一个基因的变化的探针构成， 所述变化包括移框、 插入、 缺失、 无义、 错义突变中的至少一种。
  2. 2. 引物组， 其由特异性扩增 SEQ ID NO: 1 - 8中的至少一个基因 的特定序列引物组构成。
  3. 3.组合物，其中含有权利要求 1的探针组或权利要求 2的引物组。
  4. 4. 微阵列， 其上固定有权利要求 1的探针组或者引物组。
  5. 5. 权利要求 1的探针组或权利要求 2的引物组，其包含特异性检 测或者扩增表 3所示的任何一种基因变化的探针或者引物。
  6. 6. 诊断受试者是否患有膀胱癌或处于发展该疾病的风险中的方 法， 该方法包括测量来自所述受试者的受试样品中 SEQ ID NO: 1 - 8的至少一种基因的变化， 其中与 SEQ ID NO: 1 - 8相应的基 因相比， 受试样品中基因的改变表示受试者患有膀胱癌或处于发 展膀胱癌的风险中。
  7. 7. 权利要求 6的方法，其包括使用权利要求 1的探针组或权利要 求 2的引物组对取自人体的待测膀胱组织进行检测， 当检测结果 表明所述组织中的对应于 SEQ ID NO: 1 - 8的基因中存在表 3所 述的基因变化达到 2种以上， 所述样品为膀胱癌的阳性率为 90 % 以上。
  8. 8.权利要求 1的探针组或权利要求 2的引物组在制备用于膀胱癌 检测的微阵列、 试剂盒、 个体化治疗中的用途。
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