CN103484550B - 一组肺癌早期诊断用microRNA生物标志物及其应用 - Google Patents

一组肺癌早期诊断用microRNA生物标志物及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明涉及生物检测领域,特别是涉及一组肺癌早期诊断用microRNA生物标志物及其应用。本发明提供一组肺癌早期诊断用miRNA生物标志物,所述miRNA生物标志物包括:hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p,hsa-miR-25,hsa-miR-126和hsa-miR-34a。本发明所提供的这5个miRNAs组成的血清miRNA生物标志物不仅可以特别适用于肺癌早期检测,还可以用于晚期肺癌的检测。

Description

一组肺癌早期诊断用microRNA生物标志物及其应用
技术领域
本发明涉及生物检测领域,特别是涉及一组肺癌早期诊断用microRNA生物标志物及其应用。
背景技术
肺癌是造成全世界癌症死亡率的首要原因,在过去的3年中,其5年生存率只有轻微改善。在到达晚期之前,肺癌没有明显的临床症状。超过75%的肺癌患者确诊的时候已经是肺癌局部晚期或转移性肺癌,四分之三肺癌病人的晚期诊断是造成生存率低下的主要原因。早期非小细胞肺癌(NSCLC)患者的5年生存率约是50%-70%,相比之下,III期和IV期NSCLC患者的生存率分别为5%-15%和低于2%。早期诊断肺癌患者能有效的降低其死亡率。胸部X射线和痰细胞学检查已用于检测某些早期肺癌,但灵敏度低。虽然计算机断层扫描(CT)可以无创性检测早期小体积NSCLC的检测,它具有较高的假阳性率。此外,CT扫描可能会使患者暴露于有害的辐射之中,导致更多的肿瘤发生。几种蛋白标志物,如细胞角蛋白19片段(CYFRA21-1),癌胚抗原(CEA),神经元特异性烯醇化酶(NSE)等用来对肺癌进行无手术诊断,但是这些标志物的灵敏度和特异性都不高。因此,需要寻找新型无创、高灵敏度和特异性的标志物来对肺癌进行早期检测。
microRNAs(miRNAs)是一类小的、高度保守的非编码的RNA,它们在多种发展过程中都有作用,并且可以作为转录后调节因子调节基因表达。它们调节多种生物学过程,包括分化、增殖和凋亡。miRNA表达水平的改变和多种癌症相关,它们作为致癌基因或肿瘤抑制基因。据报道,miRNA以一种高度稳定的形式存在人类血清中,能抵抗RNA酶的消化作用和苛刻的条件。由于血清比较容易获取,循环生物标志物有希望作为非侵入式的标志物用于癌症的检测。为了发展非侵入式的标志物用于早期检测肺癌,我们评估早期肺癌病人和健康对照人群中的血清miRNAs的表达水平,来验证miRNA可以作为生物标志物区分这两组人群。
肺肿瘤是一种异质性疾病,由复杂和多重过程发展而来。因此,我们推测,同时评估多个肿瘤相关的血清miRNA可以为早期肺癌提供一个高度敏感和特异的诊断测试。为了验证这一假设,我们评估了早期肺癌患者中5个miRNAs的表达水平,并且评估它们用于早期肺癌的诊断价值。
发明内容
鉴于以上所述现有技术的缺点,本发明的目的在于提供一组肺癌早期诊断用microRNA生物标志物及其应用,并进一步提供其相关的miRNA探针和诊断试剂盒,用于解决现有技术中的问题。
为实现上述目的及其他相关目的,本发明第一方面提供一组肺癌诊断用miRNA生物标志物,所述miRNA生物标志物包括:hsa-miR-125a-5p(MIMAT0000443),hsa-miR-193a-5p(MIMAT0004614),hsa-miR-25(MIMAT0000081),hsa-miR-126(MIMAT0000445)和hsa-miR-34a(MIMAT0000255)。
所述hsa-miR-125a-5p的序列如表1Seq ID No.1所示;
所述hsa-miR-193a-5p的序列如表1Seq ID No.2所示;
所述hsa-miR-25的序列如表1Seq ID No.3所示;
所述hsa-miR-126的序列如表1Seq ID No.4所示;
所述hsa-miR-34a的序列如表1Seq ID No.5所示。
优选的,所述miRNA组合为血清miRNA生物标志物。
本发明的血清miRNA生物标志物,联合起来可以用于人肺癌的检测,包括I-IV期人肺癌,特别适合于早期人肺癌的检测,所述早期人肺癌具体指I/II期人肺癌。
本发明第二方面提供所述miRNA生物标志物在制备或筛选人肺癌的肿瘤诊断药物中的用途。
优选的,所述miRNA生物标志物在制备或筛选早期人肺癌的肿瘤诊断药物中的用途。
本发明第三方面提供一组肺癌早期诊断用miRNA引物、探针的组合,所述miRNA引物、探针的组合包括:hsa-miR-125a-5p引物、探针,hsa-miR-193a-5p引物、探针,hsa-miR-25引物、探针,hsa-miR-126引物、探针,hsa-miR-34a引物、探针。
所述各miRNA引物具体包括各miRNA的反转录引物、定量PCR前引物、定量PCR后引物。
优选的,所述hsa-miR-125a-5p的反转录引物序列如Seq ID No.7所述、定量PCR前引物序列如Seq ID No.13所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述。
优选的,所述hsa-miR-193a-5p的反转录引物序列如Seq ID No.8所述、定量PCR前引物序列如Seq ID No.14所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述。
优选的,所述hsa-miR-25的反转录引物序列如Seq ID No.9所述、定量PCR前引物序列如Seq ID No.15所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述。
优选的,所述hsa-miR-126的反转录引物序列如Seq ID No.10所述、定量PCR前引物序列如Seq ID No.16所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述。
优选的,所述hsa-miR-34a的反转录引物序列如Seq ID No.11所述、定量PCR前引物序列如Seq ID No.17所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述。
优选的,所述各miRNA探针的探针序列如Seq ID No.20所示。
本发明第四方面提供所述miRNA引物、探针的组合在制备或筛选人肺癌的肿瘤诊断药物中的用途。
本发明第五方面提供一种人肺癌的肿瘤诊断试剂盒,包括所述miRNA引物、探针的组合。
优选的,所述试剂盒还包括Taq酶、dNTP,MgCl2和PCR缓冲液。
本发明发明人通过研究证实,早期肺癌病人的肺癌血清与正常对照相比,hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p,hsa-miR-25和hsa-miR-126下调表达,hsa-miR-34a上调表达(p<0.0001),5个miRNAs的表达水平变化0.23-2.55倍(表2)。这5个miRNAs联合起来的AUC可以达到0.966,灵敏度和特异性分别为92.3%和90.7%。
进一步的,本发明发明人通过研究亦证实,III/IV期肺癌病人的肺癌血清中,hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p,hsa-miR-25和hsa-miR-126下调表达,hsa-miR-34a上调表达(p<0.001),且III/IV期肺癌病人中和I/II期病人中的这5个miRNAs的表达水平无显著性差异,同时,两组对照之间的miRNAs表达水平也无显著性差异(p>0.05)。5个miRNAs区分III/IV期肺癌病人和正常对照的AUC为0.710-0.911,灵敏度为66.7%-96.7%,特异性为70.0%-87.5%。这5个miRNAs联合起来区分III/IV肺癌病人和正常对照的AUC为0.972,灵敏度和特异性分别为91.7%和90.7%,与检测早期肺癌相比,在灵敏度和特异性方面无显著性差异(p>0.05)。
可见,本发明所提供的这5个miRNAs组成的血清miRNA生物标志物不仅可以特别适用于肺癌早期检测,还可以用于晚期肺癌的检测。另外,将肺癌病人按照年龄、性别及吸烟史进行分层比较,显示这些临床因素均与miRNAs的表达水平无关(p>0.05)。因此,这5个miRNAs联合起来可以用于肺癌的早期和晚期的检测,尤其对早期肺癌具有很高的诊断价值。
附图说明
图1为探针法定量PCR检测miRNA的原理图。
图2A-M显示为初步筛选中13个miRNAs的表达水平变化示意图(由于hsa-miR-200b,hsa-miR-34c和hsa-miR-34c-3p的Cp值大于36,所以不予统计)。
图3A-E显示为本发明5个miRNAs在52例早期肺癌血清和54例正常对照血清中的表达水平变化示意图(所有p<0.0001)。
图4A-E显示为本发明5个miRNAs用于区分早期肺癌样本和正常对照的ROC曲线图。图4F显示为4个蛋白标志物和5个血清miRNAs区分早期肺癌样本和正常对照的ROC曲线图,虚线代表4个蛋白标志物联合检测早期肺癌的ROC曲线图,实线代表5个miRNAs联合检测早期肺癌的ROC曲线图。
具体实施方式
以下通过特定的具体实例说明本发明的实施方式,本领域技术人员可由本说明书所揭露的内容轻易地了解本发明的其他优点与功效。本发明还可以通过另外不同的具体实施方式加以实施或应用,本说明书中的各项细节也可以基于不同观点与应用,在没有背离本发明的精神下进行各种修饰或改变。
在进一步描述本发明具体实施方式之前,应理解,本发明的保护范围不局限于下述特定的具体实施方案;还应当理解,本发明实施例中使用的术语是为了描述特定的具体实施方案,而不是为了限制本发明的保护范围;在本发明说明书和权利要求书中,除非文中另外明确指出,单数形式“一个”、“一”和“这个”包括复数形式。
当实施例给出数值范围时,应理解,除非本发明另有说明,每个数值范围的两个端点以及两个端点之间任何一个数值均可选用。除非另外定义,本发明中使用的所有技术和科学术语与本技术领域技术人员通常理解的意义相同。除实施例中使用的具体方法、设备、材料外,根据本技术领域的技术人员对现有技术的掌握及本发明的记载,还可以使用与本发明实施例中所述的方法、设备、材料相似或等同的现有技术的任何方法、设备和材料来实现本发明。
除非另外说明,本发明中所公开的实验方法、检测方法、制备方法均采用本技术领域常规的分子生物学、生物化学、染色质结构和分析、分析化学、细胞培养、重组DNA技术及相关领域的常规技术。这些技术在现有文献中已有完善说明,具体可参见Sambrook等MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL,Second edition,Cold Spring HarborLaboratory Press,1989and Third edition,2001;Ausubel等,CURRENT PROTOCOLS INMOLECULAR BIOLOGY,John Wiley&Sons,New York,1987and periodic updates;the seriesMETHODS IN ENZYMOLOGY,Academic Press,San Diego;Wolffe,CHROMATINSTRUCTURE AND FUNCTION,Third edition,Academic Press,San Diego,1998;METHODSIN ENZYMOLOGY,Vol.304,Chromatin(P.M.Wassarman and A.P.Wolffe,eds.),AcademicPress,San Diego,1999;和METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY,Vol.119,ChromatinProtocols(P.B.Becker,ed.)Humana Press,Totowa,1999等。
本发明中的肺癌样本是由上海中山医院收集的。取血的时候同时收集每个病人的临床信息。肿瘤的形态学根据WHO标准来确定,根据第7版恶性肿瘤TNM分类标准对这些病人进行分期。所有病人的血都是在肺癌诊断的时候收集的,先于肿瘤切除或治疗。健康对照样本取于上海瑞金医院,根据验血、胸部X线检查和腹部超声检测的阴性结果来收集。收集的血清立刻保存于-80℃,直到使用。
血清RNA的抽提和定量
使用mirVana miRNA抽提试剂盒,根据说明书从200μL血清中抽提总RNA,最终的洗脱体积为100μL。
由于RNA浓度较低,我们使用固定的体积用于后续的反转录反应。反转录反应使用Taqman MicroRNA反转录试剂盒,根据说明书操作。定量PCR反应使用Taqman PCR试剂盒,仪器为LightCycler480。所有的定量PCR反应都设有三个复孔,每次反应都设有阴性对照。我们使用一段线虫的RNA(cel-miRNA-39,MIMAT0000010,Seq ID No.6)作为定量的内参。
血清miRNA生物标志物的选择
我们使用定量PCR在一批血清样本中(24例早期肺癌样本和24例正常对照)检测16个miRNAs(has-miR-21,has-miR-155,has-miR-205,has-miR-20a,hsa-miR-200b,hsa-miR-375,hsa-miR-486-5p,hsa-miR-186,hsa-miR-186-3p,hsa-miR-34c,hsa-miR-34c-3p,hsa-miR-126,hsa-miR-34a,hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-25)的表达情况。有显著性表达差异的miRNA进一步用样本进行验证其表达情况。
数据统计分析
使用GraphPad Prism5.01和SPSS17.0对数据进行统计分析。数据以平均值±标准误的形式表示,除非有特殊的说明。血清miRNA表达水平以相对于正常对照的倍数变化形式呈现。Mann-Whitney U检验用于比较肺癌病人组和正常对照组中血清miRNA的表达差异。所有p值均为双侧,p<0.05被认为有统计学意义。
实施例1
小部分血清样本中初步选择标志物
我们首先在48例血清(24例肺癌早期病人和24例正常对照)中检测16个miRNAs(has-miR-21,has-miR-155,has-miR-205,has-miR-20a,hsa-miR-200b,hsa-miR-375,hsa-miR-486-5p,hsa-miR-186,hsa-miR-186-3p,hsa-miR-34c,hsa-miR-34c-3p,hsa-miR-126,hsa-miR-34a,hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-25)的表达。结果表明,与正常对照相比,在肺癌血清中,hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p,hsa-miR-25和hsa-miR-126下调表达,hsa-miR-34a上调表达(p<0.001)。hsa-miR-200b,hsa-miR-34c和hsa-miR-34c-3p在血清中表达水平太低(Cp>36),不能进行准确定量。has-miR-21,has-miR-155,has-miR-205,has-miR-20a,hsa-miR-375,hsa-miR-486-5p,hsa-miR-186-3p和hsa-miR-186在肺癌早期血清样本与正常血清样本中两组表达没有显著性差异(p>0.05)(图2)。
实施例2
miRNA标志物的进一步验证
为了验证初步筛选出来的5个miRNAs(hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p,hsa-miR-25,hsa-miR-126和hsa-miR-34a)的诊断价值,在106例血清样本中进一步验证这5个miRNAs的表达水平。初步筛选步骤中的48例样本也包含在验证步骤的统计分析中(此处的106例血清样本包括52例I/II期肺癌病人血清样本和54例正常对照血清样本)。
探针法定量PCR检测miRNA的原理如图1所示,各miRNA定量PCR时所用引物与探针如下:
表1.miRNA序列,反转录引物、定量PCR前引物、通用后引物及探针序列
注:下划线标记序列为与#21探针相同序列。
结果表明,正常对照相比,在肺癌血清中,hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p,hsa-miR-25和hsa-miR-126下调表达,hsa-miR-34a上调表达(p<0.0001,图3)。和正常对照相比,在肺癌早期病人血清中,5个miRNAs的表达水平变化0.23-2.55倍(如表2所示)。这些结果表明血清miRNAs可以作为肺癌早期诊断的生物标志物。
表2.5个miRNAs在52例早期肺癌血清和54例正常对照血清中的表达结果
实施例3
受试者工作特征(ROC)曲线分析
构建ROC曲线来比较5个血清miRNAs区分早期肺癌病人和健康对照的诊断能力。5个miRNAs ROC的曲线下面积(AUC)分别如下:hsa-miR-125a-5p,0.840(95%置信区间,0.760-0.920);hsa-miR-193a-5p,0.819(95%置信区间,0.736-0.902);hsa-miR-25,0.814(95%置信区间,0.734-0.894);hsa-miR-126,0.843(95%置信区间,0.765-0.920);hsa-miR-34a,0.738(95%置信区间,0.644-0.832)(图4A-4E)。在最佳的cutoff值下,miRNAs的灵敏度和特异性如下:hsa-miR-125a-5p,分别为83.3%和82.7%;hsa-miR-193a,64.8%和94.2%;hsa-miR-25,90.7%和61.5%;hsa-miR-126,70.4%和82.5%;hsa-miR-34a,67.3%和74.1%。这5个miRNAs联合起来的AUC可以达到0.966,灵敏度和特异性分别为92.3%和90.7%(如图4F所示)。我们也评估了CYFRA21-1,CEA,NSE及SCC-Ag四个蛋白标志物联合起来检测早期肺癌能力。这4个蛋白标志物联合起来区分早期肺癌和正常人的AUC可以达到0.928(95%置信区间,0.882-0.975),灵敏度和特异性分别为83.3%和88.5%(图4F)。这些结果表明,与这几个常用的肺癌蛋白标志物相比,5个miRNAs联合对肺癌早期检测具有比较高的灵敏度和特异性。
实施例4
在III/IV期肺癌病人中进一步验证5个血清miRNAs的诊断能力
为了进一步验证5个血清miRNAs的诊断能力,我们在30例正常对照和48例III/IV期肺癌病人中检测5个血清miRNAs的表达。与正常对照相比,在肺癌血清中,miR-125a-5p,miR-193a-5p,miR-25和miR-126下调表达,miR-34a上调表达(p<0.001)。III/IV期肺癌病人中和I/II期病人中的这5个miRNAs的表达水平无显著性差异,同时,两组对照之间的miRNAs表达水平也无显著性差异(p>0.05)。5个miRNAs区分III/IV期肺癌病人和正常对照的AUC为0.710-0.911,灵敏度为66.7%-96.7%,特异性为70.0%-87.5%(如表3所示)。
表3.5个miRNAs在48例III/IV期肺癌血清及30例正常对照血清中的表达结果
这5个miRNAs联合起来区分III/IV肺癌病人和正常对照的AUC为0.972,灵敏度和特异性分别为91.7%和90.7%,与检测早期肺癌相比,在灵敏度和特异性方面无显著性差异(p>0.05)。另外,将肺癌病人按照年龄、性别及吸烟史进行分层比较表明这些临床因素均与miRNAs的表达水平无关(p>0.05)(如表4所示)。这些结果表明这5个miRNAs不仅可以用于肺癌早期检测,还可以用于晚期肺癌的检测。
表4.肺癌样本按照年龄、性别及吸烟史进行分层分析的p值结果
miR-125a-5p miR-193a-5p miR-25 miR-126 miR-34a
I/II期
年龄(>60vs≤60) 0.803571693 0.333407567 0.651705552 0.187726783 0.444506021
性别(男vs女) 0.674771171 0.7161111216 0.081209989 0.569489701 0.962813531
吸烟者vs非吸烟者 0.48154138 0.766965009 0.604034512 0.159235091 0.436621379
III/IV期
年龄(>60vs≤60) 0.263845700 0.178639596 0.068627704 0.106539002 0.717267410
性别(男vs女) 0.116853293 0.585788415 0.815334594 0.178402180 0.632483837
吸烟者vs非吸烟者 0.476467048 0.061146231 0.140054905 0.438984574 0.145672442
综上所述,本发明有效克服了现有技术中的种种缺点而具高度产业利用价值。
上述实施例仅例示性说明本发明的原理及其功效,而非用于限制本发明。任何熟悉此技术的人士皆可在不违背本发明的精神及范畴下,对上述实施例进行修饰或改变。因此,举凡所属技术领域中具有通常知识者在未脱离本发明所揭示的精神与技术思想下所完成的一切等效修饰或改变,仍应由本发明的权利要求所涵盖。

Claims (7)

1.一组肺癌早期诊断用miRNA生物标志物,所述miRNA生物标志物由如下miRNA组成:hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-193a-5p,hsa-miR-25,hsa-miR-126和hsa-miR-34a,所述miRNA生物标志物为血清miRNA生物标志物。
2.如权利要求1所述的miRNA生物标志物在筛选人肺癌的肿瘤诊断药物中的用途。
3.一组肺癌诊断用miRNA引物、探针的组合,所述miRNA引物、探针的组合包括:hsa-miR-125a-5p引物、探针,hsa-miR-193a-5p引物、探针,hsa-miR-25引物、探针,hsa-miR-126引物、探针,hsa-miR-34a引物、探针。
4.如权利要求3所述的一组肺癌诊断用miRNA引物、探针的组合,其特征在于,所述各miRNA引物具体包括各miRNA的反转录引物、定量PCR前引物、定量PCR后引物。
5.如权利要求4所述的一组肺癌诊断用miRNA引物、探针的组合,其特征在于,所述hsa-miR-125a-5p的反转录引物序列如Seq ID No.7所述、定量PCR前引物序列如Seq IDNo.13所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述;所述hsa-miR-193a-5p的反转录引物序列如Seq ID No.8所述、定量PCR前引物序列如Seq ID No.14所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述;所述hsa-miR-25的反转录引物序列如Seq ID No.9所述、定量PCR前引物序列如Seq ID No.15所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述;所述hsa-miR-126的反转录引物序列如Seq ID No.10所述、定量PCR前引物序列如Seq IDNo.16所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述;所述hsa-miR-34a的反转录引物序列如Seq ID No.11所述、定量PCR前引物序列如Seq ID No.17所述、定量PCR后引物序列如Seq ID No.19所述;所述各miRNA探针的探针序列如Seq ID No.20所示。
6.如权利要求3-5任一权利要求所述的miRNA引物、探针的组合在制备或筛选人肺癌的肿瘤诊断药物中的用途。
7.一种人肺癌的肿瘤诊断试剂盒,包括权利要求3-5任一权利要求所述的miRNA引物、探针的组合。
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