CN103290006B - 一种与临床原因不明的noa相关的线粒体dna snp标志物及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明属于基因工程及生殖医学领域，涉及一种与临床原因不明的NOA相关的线粒体DNA SNP标志物及其应用。该标志物主要由线粒体DNA下列SNP组合而成：T3394C、A6881G、G11696A、G13135A、G13928C、A15662G、T15968C、T16224C和G16319A。该标志物及其特异性引物和/或特异性探针可用于临床原因不明的NOA的辅助诊断，大大提高疾病诊断的敏感性和特异性。
Description
发明领域
本发明属于基因工程及生殖医学领域，涉及一种与临床原因不明的NOA（非梗阻性无精子症）相关的线粒体DNA SNP标志物及其应用。
背景技术
全世界约有8－15%的育龄夫妇具有不同程度的生育障碍，其中男方因素约占50%。研究表明，半个多世纪以来，人类精液质量显著下降，目前认为精子生成障碍的发生是一个多因素、多阶段的过程，是环境危险因素（外因）和个体遗传因素（内因）共同作用的结果。其中，个体遗传因素包括染色体遗传因子改变、表观遗传修饰异常及线粒体基因组遗传结构变异。线粒体基因组作为核外唯一的基因组，其遗传结构变异被认为是男性不育最重要的遗传病因之一。
线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）存在于线粒体胞浆中，较核基因组DNA具有相当程度的独立性。人类mtDNA是16569bp（GenBank登录号NC_012920）的闭环核外基因，包括富含鸟嘌呤的重（H）链和富含胞嘧啶的轻（L）链，有37个基因负责编码细胞中13个蛋白质亚基，22种转运RNA（tRNA）和两种核糖体RNA（rRNA），12S和16S的tRNA基因为线粒体蛋白质的合成所需，这13个蛋白质亚基都是呼吸链酶复合物的亚单位，包括复合物I（NADH-Q还原酶）、复合物Ⅱ7亚基（ND1到ND6以及4L）、复合物III（细胞色素b）、细胞色素氧化酶3亚基（COXI、COX II和COX III）、复合物IV和复合物V（ATP酶6和8亚基），与细胞核DNA编码复合物Ⅱ一起参与氧化磷酸化。与核基因不同，线粒体DNA无内含子，所有编码序列是连续重叠的，mtDNA中任何突变都会累及基因组中的重要功能区域。此外，线粒体缺少组蛋白或DNA捆绑蛋白保护，且复制快速，无有效的校正读码和DNA修复机制，因此其突变率高于核DNA的10-100倍。哺乳动物精子细胞尾部中段含有约72-80个线粒体，线粒体是精子中唯一的细胞器，为精子生成提供ATP，精子线粒体在精子生成方面起到了十分重要的作用。
目前，非梗阻性无精子症（NOA）的初步诊断方法主要为病史询问、体格检查、精液参数、精浆生化、血性激素检测、B超以及染色体检测等。世界卫生组织在男性不育的诊断检查及处理手册指明：无精子症是指精子密度等于0，即使将精液离心后检查亦不能发现精子。临床上通常3次离心镜检精液仍未见到精子，同时，排除不射精和逆行射精后方可确诊为无精子症病人。常规的精子密度分析目前主要依靠精子密度判别（人工计数或利用计算机辅助系统分析，即CASA），尚无其他有效的手段，但其自身存在一定的缺陷，如个体精液质量波动较大，尤其易受到禁欲天数、温度、采集精液方法等因素的影响，从而造成精子密度测量不准确；对相应疾病的早期诊断效果也远不能满足需要。而明确诊断常需进行睾丸穿刺活检，这给寻求生育帮助的人群带来极大的痛苦。尽管目前国内外研究者正努力探索新的NOA诊断生物标志物，并对现有评估手段进行有效的补充，但一直难以突破传统生物标志物发展和男性生殖实际应用中的瓶颈，即有创穿刺活检、精液质量分析结果波动、以及早期诊断困难等。此外，由于病因不明，缺乏有效的治疗手段，大多数NOA病人只能选择ICSI或AID等辅助生育手段，不仅无法满足心理上的要求，而且有可能出现后代的遗传缺陷。
研究表明，遗传因素是引起男性不育的主要因素，线粒体遗传变异在其中起重要作用。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。遗传变异的存在被认为赋予了个体不同的表型性状，以及对于环境暴露、药物治疗等因素的不同反应性，因此遗传变异可能是导致个体对常见疾病发病和预后易感性差异的重要遗传基础。利用疾病易感的遗传变异谱对相关疾病进行辅助诊断，不仅灵敏、准确和快速，具有广阔的应用前景。目前还没有将线粒体DNA遗传变异应用于NOA诊断的报道，若能筛选出NOA易感的线粒体DNA遗传变异作为生物标志物，并研制相应的诊断试剂盒，对NOA的诊断现状必将是一次有力的推动，也为其药物筛选、药效评价及靶向治疗开辟了新的途径。
发明内容
本发明的目的是针对上述技术问题，提出一种与临床原因不明的NOA相关的线粒体DNA SNP标志物。
本发明的第二个目的是提供上述SNP标志物的特异性引物。
本发明的第三个目的是提供上述SNP标志物的特异性荧光探针对。
本发明的第四个目的是提供上述SNP标志物及其特异性引物和/或特异性荧光探针在制备临床原因不明的NOA辅助诊断试剂盒中的应用。
本发明第五个目的是提供临床原因不明的NOA辅助诊断试剂盒。
发明人通过分离和研究临床原因不明的NOA患者及与其年龄匹配的健康男性对照外周血线粒体DNA遗传变异，寻找一组与NOA高度相关的高特异性和敏感性的线粒体DNA遗传变异，并研制出可用于临床应用的NOA辅助诊断试剂盒，为临床原因不明的NOA的筛查和诊断提供数据支持，为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物提供数据支持。
本发明的目的是通过下列技术方案实现的：
一种与临床原因不明的非梗阻性无精子症相关的线粒体DNA SNP标志物，该标志物主要由线粒体DNA下列SNP组合而成：T3394C、A6881G、G11696A、G13135A、G13928C、A15662G、T15968C、T16224C和G16319A。
所述的SNP标志物的特异性引物，该引物为：
T3394C的引物序列为SEQ ID No:1和SEQ ID No:2；
A6881G的引物序列为SEQ ID No:5和SEQ ID No:6；
G11696A的引物序列为SEQ ID No:9和SEQ ID No:10；
G13135A的引物序列为SEQ ID No:13和SEQ ID No:14；
G13928C的引物序列为SEQ ID No:17和SEQ ID No:18；
A15662G的引物序列为SEQ ID No:21和SEQ ID No:22；
T15968C的引物序列为SEQ ID No:25和SEQ ID No:26；
T16224C的引物序列为SEQ ID No:29和SEQ ID No:30；
G16319A的引物序列为SEQ ID No:33和SEQ ID No:34。
所述的SNP标志物的特异性荧光探针对，该荧光探针为：
T3394C的荧光探针对序列为SEQ ID No:3和SEQ ID No:4；
A6881G的荧光探针对序列为SEQ ID No:7和SEQ ID No:8；
G11696A的荧光探针对序列为SEQ ID No:11和SEQ ID No:12；
G13135A的荧光探针对序列为SEQ ID No:15和SEQ ID No:16；
G13928C的荧光探针对序列为SEQ ID No:19和SEQ ID No:20；
A15662G的荧光探针对序列为SEQ ID No:23和SEQ ID No:24；
T15968C的荧光探针对序列为SEQ ID No:27和SEQ ID No:28；
T16224C的荧光探针对序列为SEQ ID No:31和SEQ ID No:32；
G16319A的荧光探针对序列为SEQ ID No:35和SEQ ID No:36。
所述的SNP标志物在制备临床原因不明的非梗阻性无精子症辅助诊断试剂盒中的应用。
所述的SNP标志物的特异性引物在制备临床原因不明的非梗阻性无精子症辅助诊断试剂盒中的应用。
所述的SNP标志物的特异性荧光探针对在制备临床原因不明的非梗阻性无精子症辅助诊断试剂盒中的应用。
一种临床原因不明的非梗阻性无精子症辅助诊断试剂盒，该试剂盒用于检测外周血线粒体DNA中T3394C、A6881G、G11696A、G13135A、G13928C、A15662G、T15968C、T16224C和G16319A。
所述的诊断试剂盒，该试剂盒含有上述SNP标志物的特异性引物和/或特异性荧光探针对。
所述诊断试剂盒，该试剂盒还包括PCR技术常用的试剂。
具体地说，本发明解决问题的技术方案包括：（1）建立统一标准的标本库和数据库：以标准操作程序（SOP）采集符合标准的血液样本，系统收集完整的人口学资料和临床资料。（2）基因型检测：选择临床原因不明的NOA病例、与临床原因不明的NOA病例年龄匹配的健康男性对照，利用Illumina测序技术，在线粒体全基因组范围内找出与临床原因不明的NOA相关的线粒体DNA遗传变异（SNP）。（3）对筛选出的阳性关联线粒体遗传变异，进一步在大样本人群中进行检测，以判断其关联的稳定性。（4）NOA辅助诊断试剂盒的研制：根据NOA病例和健康男性对照中基因型分布频率有显著差异的线粒体遗传变异开发线粒体遗传变异辅助诊断试剂盒。
本发明人以标准操作程序（SOP）采集符合标准的血液样本，系统收集完整的人口学资料、临床资料等，并采用了Illumina测序技术进行线粒体全基因组扫描，TaqMan基因分型进行单个位点的检测等。
具体来说研究的实验方法主要包括以下几个部分：
1.研究样本的选择
（1）重复精液质量检测/睾丸穿刺活检，确诊为无精子症；
（2）一次射精精液经离心无精子，排除梗阻性病因；
（3）性功能正常。排除具有隐睾症病史、血管外伤史、睾丸炎、输精管梗阻、输精管切除术、多染色体异常及Y染色体无精子症因子微缺失等具有已知病因的患者；
（4）与病例年龄匹配的健康男性对照。
本研究共采用1409例符合标准的样本进行研究。
2.酚-氯仿法提取外周血基因组DNA，按常规方法操作。通常能得到20-50ng/μlDNA，纯度（紫外260nm OD与280nm OD比值）在1.6-1.9。
3.线粒体DNA基因组全测序
（1）取受试者全基因组DNA样本；
（2）利用illumina测序技术进行线粒体全基因组扫描；
（3）检测并比较各基因型在NOA病例与健康男性对照中的差异。
4.单个遗传变异位点的TaqMan基因分型
（1）取受试者DNA样本；
（2）设计单个遗传变异的特异性引物和特异性荧光探针对；
（3）进行PCR反应；
（4）检测并比较临床原因不明的NOA病例与健康男性对照中不同基因型的分布差异。
5.诊断试剂盒制备方法
利用Illumina测序技术进行全基因组扫描和单个遗传变异检测后确定临床原因不明的NOA病例与健康男性对照中基因型分布频率有显著差异的遗传变异，作为临床原因不明的NOA诊断的指标。最后筛选出的与临床原因不明的NOA发病有关的遗传变异组成辅助诊断试剂盒（T3394C、A6881G、G11696A、G13135A、G13928C、A15662G、T15968C、T16224C和G16319A）。诊断试剂可以包括这些变异位点的特异性引物和特异性荧光探针对，以及Taq酶、dNTP等试剂。
6.统计分析方法
运用χ2检验（用于分类变量）或者Student t检验（用于连续性变量）比较人口学特征等在研究对象组间分布的差异。用logistic回归分析中的additive模型进行关联分析。
为了进一步研究这9个遗传变异构成的综合指征用于早期诊断的效果，我们构建了一个数学公式，综合考虑每个遗传变异位点与临床原因不明的NOA发病的正、负关联情况和联系强度。具体来说，我们对每个遗传变异位点的二种基因型进行评分，野生纯合型=“0”，变异纯合型=“2”，以单个SNP分析时的additive模型下的回归系数为权重，综合考虑每个SNP的情况给每个研究对象确定一个危险分值。危险分值的计算方法如下：危险分值=（1.04×T3394C的评分）+（1.65×A6881G的评分）+（2.29×G11696A的评分）+（1.90×G13135A的评分）+（1.05×G13928C的评分）+（1.70×A15662G的评分）+（2.16×T15968C）+（1.85×T16224C的评分）+（0.79×G16319A的评分），获得的危险分值系数以及界限值被直接应用于线粒体基因组关联研究的384例样本中。
统计学分析均通过专门的统计学分析软件完成(PLINK1.07)。统计学显著性水平P值设为0.05，所有统计学检验均为双侧检验。
以下是本发明进一步的说明：
在上述192例符合条件的临床原因不明的NOA病例及192例健康男性对照中，两组年龄均衡可比。我们将这两组人群经Illumina测序技术进行线粒体全基因组扫描获得相关结果。
根据全基因组检测结果，本发明人检测到在“临床原因不明的NOA病例”组和“健康男性对照”组中基因型分布频率存在差异的遗传变异包括：T3394C、A6881G、G11696A、G13135A、G13928C、A15662G、T15968C、T16224C和G16319A。
根据上述检测结果，我们将这9个与临床原因不明的NOA发病相关的遗传变异在另外536例临床原因不明的NOA病例和与其年龄匹配的489例健康男性对照中进行了单个遗传变异的检测，结果与全基因组检测一致。
单因素和多因素Logistic回归分析结果均表明，这9个遗传变异与临床原因不明的NOA的发病存在着显著关联，9个遗传变异均是危险因素，变异等位基因可增加临床原因不明的NOA的发病风险。
进一步分析这9个遗传变异的组合用于临床原因不明的NOA诊断的效果，发现其组合能够很好的区分病例与对照。
根据上述实验结果，本发明人制备了一种能用于临床原因不明的NOA辅助诊断的试剂盒，包含测定受试者血标本DNA中上述遗传变异的特异性引物、特异性荧光探针对和其他检测试剂。
具体而言，这9个遗传变异的组合，或者这9个遗传变异的特异性引物及特异性荧光探针对的组合构成的相关诊断试剂盒有助于临床原因不明的NOA的辅助诊断，为临床医生快速准确掌握患者的疾病状态和病情严重程度，及时采取更具个性化的防治方案提供支持。
本发明有益效果：
本发明提供的遗传变异标志物作为临床原因不明的NOA辅助判断的生物标志物的优越性在于：
（1）遗传变异位点是一种新型基因生物标志物，区别于传统生物标志物，具有稳定、微创、易于检测的特点，将大大提高疾病诊断的敏感性和特异性，该类生物标志物的成功开发将为临床原因不明的NOA的诊断和治疗开创全新局面，为其他疾病生物标志物的研制提供借鉴。
（2）遗传变异位点试剂盒是一种系统、全面的诊断试剂盒，可用于临床原因不明的NOA的辅助诊断，有助于反映患者的疾病状态，为临床医生快速准确掌握患者病情、及时采取更具个性化的防治方案提供支持。
（3）采用严密的验证和评价体系，本发明人初期采用全基因组测序以获取疾病相关的遗传变异谱，并应用TaqMan基因分型方法在大样本中进行了验证；以上方法和策略的应用加速和保证了遗传变异生物标志物和诊断试剂盒在临床上的应用，也为其他疾病生物标志物的研制提供方法和策略上的借鉴。
本发明通过控制年龄等对疾病发展的影响因素，研究遗传变异在临床原因不明的NOA辅助诊断的应用前景，阐述遗传变异对于临床原因不明的NOA进展的影响，揭示其诊断价值。因此，本发明获得了临床原因不明的NOA发病相关遗传变异谱和特异性标志物；通过遗传变异生物标志物和诊断试剂盒的研制和应用，可使得临床原因不明的NOA的诊断更加方便易行，为临床医生快速准确掌握患者病情，为临床治疗效果评价奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。
附图说明
图1是关联SNP研究病例组和对照组的ROC曲线。
具体实施方式
以下通过实施例对本发明作进一步的阐述。
实施例1：样品的收集和样品资料的整理
发明人于2007年6月4月开始至2011年1月从南京医科大学生殖医学中心收集了大量的NOA患者血标本，通过对样品资料的整理，发明人从中选择了1409例符合下列标准的样本全基因组芯片扫描和单个SNP TaqMan基因分型的实验样品：
1、重复精液质量检测/睾丸穿刺活检，确诊为无精子症；
2、一次射精精液经离心无精子，排除梗阻性病因；
3、性功能正常。排除具有隐睾症病史、血管外伤史、睾丸炎、输精管梗阻、输精管切除术、多染色体异常及Y染色体无精子症因子微缺失等具有已知病因的患者；
4、与病例年龄匹配的健康男性对照。
并系统采集了这些样本的人口学资料和临床资料等情况。
实施例2外周血DNA中SNP的全基因组扫描
在上述符合条件的192例临床原因不明的NOA患者和192例健康男性对照中，两组年龄匹配。将这两组人群经Illumina全测序获得相关结果。具体步骤为：
1、向储存于2ml冻存管中的外周血加入溶血试剂（即裂解液，40份量配置方法如下：蔗糖219.72g、氯化镁2.02g和曲拉通X-100（amresco 0694）20ml混合后，用TrisHcl溶液定容至2000ml，下同），颠倒混匀后完全转入；
2、去除红细胞：用溶血试剂将5ml离心管补至4ml，颠倒混匀，4000rpm离心10min，弃上清。向沉淀中加入4ml溶血试剂，再次颠倒混匀清洗一次，4000rpm离心10min，弃上清；
3、抽提DNA：向沉淀中加1ml抽提液（每300ml中含有122.5ml0.2M氯化钠，14.4ml0.5M乙二胺四乙酸，15ml10%十二烷基硫酸钠，148.1ml双蒸水，下同）和8μl蛋白酶K，震荡器上充分震荡混匀，37℃水浴过夜；
4、去除蛋白质：加1ml饱和酚充分混匀（手轻摇15min），4000rpm离心10min，取上清转入新的5ml离心管中。在上清液中加入等体积氯仿与异戊醇混合液（氯仿：异戊醇=24：1，v/v，下同），充分混匀后（手摇15min），4000rpm离心10分钟，取上清（分入两个1.5ml的离心管）；
5、DNA沉淀：在上清液中加入3M的醋酸钠60μl,再加入与上清液等体积的冰无水乙醇，上下轻摇，可见白色絮状沉淀物，再以12000rpm离心10min；
6、DNA洗涤：在沉淀中加入冰无水乙醇1ml，12000rpm离心10min,弃上清后真空抽干或置于清洁干燥环境中蒸干；
7、测量浓度:通常能得到20-50ng/μl DNA，纯度（紫外260nm OD与280nm OD比值）在1.6-1.9；
8、进行全测序：利用illumina测序技术进行线粒体全基因组扫描；
9、数据分析与处理：在“临床原因不明的NOA病例”组和“健康男性对照”组中发现的基因型分布频率有显著差异的遗传变异在上文中已经罗列出，关联分析结果见表1。
表1病例组与对照组全基因组关联分析结果
实施例3 单个遗传变异的TaqMan基因分型
将上述全基因组扫描发现与临床原因不明的NOA发病有关的SNP在另外536例临床原因不明的NOA病例和489例健康男性对照中进行检测，具体步骤为：
1、向储存于2ml冻存管中的外周血加入溶血试剂，颠倒混匀后完全转入；
2、去除红细胞：用溶血试剂将5ml离心管补至4ml，颠倒混匀，4000rpm离心10min，弃上清。向沉淀中加入4ml溶血试剂，再次颠倒混匀清洗一次，4000rpm离心10min，弃上清；
3、抽提DNA：向沉淀中加1ml抽提液和8μl蛋白酶K，震荡器上充分震荡混匀，37℃水浴过夜；
4、去除蛋白质：加1ml饱和酚充分混匀（手轻摇15min），4000rpm离心10min，取上清转入新的5ml离心管中。在上清液中加入等体积氯仿与异戊醇混合液（氯仿：异戊醇=24：1），充分混匀后（手摇15min），4000rpm离心10分钟，取上清（分入两个1.5ml的离心管）；
5、DNA沉淀：在上清液中加入3M的醋酸钠60μl,再加入与上清液等体积的冰无水乙醇，上下轻摇，可见白色絮状沉淀物，再以12000rpm离心10min；
6、DNA洗涤：在沉淀中加入冰无水乙醇1ml,12000rpm离心10min,弃上清后真空抽干或置于清洁干燥环境中蒸干；
7、测量浓度:通常能得到20-50ng/μl DNA，纯度（紫外260OD与280OD比值）在1.6-2.0；
8、进行TaqMan基因分型。对全基因组扫描发现的9个阳性关联的遗传变异设计特异性引物和特异性荧光探针对（表2）。反应体系包括2.5μl 2×TaqMan基因分型Master Mix、每对正向和反向引物的混合物0.25μl(20pmol/μl)、0.125μl TaqMan荧光探针（10pmol/μl，同时含有相应的两种等位基因的荧光探针）和1.25μl双蒸水。加入0.5μl DNA。仪器使用的是ABI Prism 7900HT荧光定量PCR仪，PCR反应条件为：95℃、5分钟进行1个循环→95℃、15秒，60℃、1分钟进行40个循环；
9、基因型判读：采用ABI Prism 7900HT荧光定量PCR仪进行；
10、数据处理和分析：利用logistic回归模型中的addtive模型比较每个遗传变异的两种基因型在病例组合对照组中分布频率的差异，结果与全基因组扫描类似不再列出。
表2.相关SNP引物和探针信息
实施例4利用危险度评分方法进一步分析SNP与临床原因不明的NOA发病
根据上述结果，本发明人通过对2组样品（“临床原因不明的NOA病例组”和“健康男性对照组”）基因型分布频率的比较，选择阳性关联的SNP，以全基因组扫描样本中单个SNP回归系数为权重，进一步求得危险分值，绘制ROC来评估预测的灵敏性和特异性，进而评估这些SNP对临床原因不明的NOA发病的判断能力。对9个SNP标志物的联合分析发现，这9个SNP以76.8%的AUC将健康男性对照组和临床原因不明的NOA病例组分开，最佳临界点的灵敏度为73.96%，特异度：71.88%（图1）。
因此，本发明人证明了采用T3394C、A6881G、G11696A、G13135A、G13928C、A15662G、T15968C、T16224C和G16319A的组合能够很好地将健康男性对照和临床原因不明的NOA患者区分。
实施例5用于临床原因不明的NOA辅助诊断SNP试剂盒的制作
SNP试剂盒的制作和操作流程是基于Illumina基因组全测序和TaqMan基因分型技术。试剂盒含有一批遗传变异特异性引物（包括下列引物：T3394C的引物序列为SEQ ID No:1和SEQ ID No:2；A6881G的引物序列为SEQ ID No:5和SEQ ID No:6；G11696A的引物序列为SEQ ID No:9和SEQ ID No:10；G13135A的引物序列为SEQ IDNo:13和SEQ ID No:14；G13928C的引物序列为SEQ ID No:17和SEQ ID No:18；A15662G的引物序列为SEQ ID No:21和SEQ ID No:22；T15968C的引物序列为SEQID No:25和SEQ ID No:26；T16224C的引物序列为SEQ ID No:29和SEQ ID No:30；G16319A的引物序列为SEQ ID No:33和SEQ ID No:34、特异性荧光探针对（包括下列荧光探针：T3394C的荧光探针对序列为SEQ ID No:3和SEQ ID No:4；A6881G的荧光探针对序列为SEQ ID No:7和SEQ ID No:8；G11696A的荧光探针对序列为SEQID No:11和SEQ ID No:12；G13135A的荧光探针对序列为SEQ ID No:15和SEQ IDNo:16；G13928C的荧光探针对序列为SEQ ID No:19和SEQ ID No:20；A15662G的荧光探针对序列为SEQ ID No:23和SEQ ID No:24；T15968C的荧光探针对序列为SEQID No:27和SEQ ID No:28；T16224C的荧光探针对序列为SEQ ID No:31和SEQ IDNo:32；G16319A的荧光探针对序列为SEQ ID No:35和SEQ ID No:36），还可以有相应PCR技术所需的常用试剂，如：dNTPs、MgCl2、双蒸水、荧光探针、Taq酶等，这些常用试剂都是本领域技术人员熟知的，另外还可以有标准品和对照（如确定基因型的标准品和空白对照等）。此试剂盒的价值在于只需要外周血而不需要其它组织样品，通过最精简和特异的引物及荧光探针对检测遗传变异，再通过遗传变异谱辅助判断临床原因不明的NOA，不仅稳定、检测方便，且精确，大大提高疾病诊断的敏感性和特异性，因此将此试剂盒投入实践，可以帮助指导诊断和更有效的个体化治疗。
Claims (1)
1.一种与临床原因不明的非梗阻性无精子症相关的线粒体DNA SNP标志物，其特征在于该标志物为下列线粒体DNA SNP的组合：T3394C、A6881G、G11696A、G13135A、G13928C、A15662G、T15968C、T16224C和G16319A。
2、一种用于扩增权利要求1所述的SNP标志物的特异性引物，其特征在于该引物为：
T3394C的引物序列为SEQ ID No:1和SEQ ID No:2；
A6881G的引物序列为SEQ ID No:5和SEQ ID No: 6；
G11696A的引物序列为SEQ ID No:9和SEQ ID No:10；
G13135A的引物序列为SEQ ID No:13和SEQ ID No:14；
G13928C的引物序列为SEQ ID No:17和SEQ ID No:18；
A15662G的引物序列为SEQ ID No:21和SEQ ID No:22；
T15968C的引物序列为SEQ ID No:25和SEQ ID No:26；
T16224C的引物序列为SEQ ID No:29和SEQ ID No:30；
G16319A的引物序列为SEQ ID No:33和SEQ ID No:34。
3、一种用于检测权利要求1所述的SNP标志物的特异性荧光探针对，其特征在于该荧光探针对为：
T3394C的荧光探针对序列为SEQ ID No:3和SEQ ID No:4；
A6881G的荧光探针对序列为SEQ ID No:7和SEQ ID No: 8；
G11696A的荧光探针对序列为SEQ ID No:11和SEQ ID No:12；
G13135A的荧光探针对序列为SEQ ID No:15和SEQ ID No:16；
G13928C的荧光探针对序列为SEQ ID No:19和SEQ ID No:20；
A15662G的荧光探针对序列为SEQ ID No:23和SEQ ID No:24；
T15968C的荧光探针对序列为SEQ ID No:27和SEQ ID No:28；
T16224C的荧光探针对序列为SEQ ID No:31和SEQ ID No:32；
G16319A的荧光探针对序列为SEQ ID No:35和SEQ ID No:36。
4、权利要求2所述特异性引物在制备临床原因不明的非梗阻性无精子症辅助诊断试剂盒中的应用。
5、权利要求3所述的特异性荧光探针对在制备临床原因不明的非梗阻性无精子症辅助诊断试剂盒中的应用。
6、一种临床原因不明的非梗阻性无精子症辅助诊断试剂盒，其特征在于该试剂盒用于检测外周血线粒体DNA中T3394C、A6881G、G11696A、G13135A、G13928C、A15662G、T15968C、T16224C和G16319A，该试剂盒含有权利要求2所述的特异性引物和权利要求3所述的特异性荧光探针对。
7、根据权利要求6所述诊断试剂盒，其特征在于该试剂盒还包括PCR技术常用的试剂。
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| Title |
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| Aston KI1和Carrell DT.Genome-wide study of single-nucleotide polymorphisms associated with azoospermia and severe oligozoospermia.《J Androl.》.2009,第30卷(第6期),711-725. |
| Genome-wide study of single-nucleotide polymorphisms associated with azoospermia and severe oligozoospermia;Aston KI1和Carrell DT;《J Androl.》;20090528;第30卷(第6期);711-725 * |
| Replication study and meta-analysis of human nonobstructive azoospermia in Japanese populations;Sato Y等;《Biol Reprod》;20130411;第88卷(第4期);87 * |
| Sato Y等.Replication study and meta-analysis of human nonobstructive azoospermia in Japanese populations.《Biol Reprod》.2013,第88卷(第4期),87. |
| 冯雪莹.精子线粒体基因突变与男性不育相关性研究.《中国优秀博硕士学位论文全文数据库（硕士）-医药卫生科技辑》.2006,(第10期),E067-6. * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN103290006A (zh) | 2013-09-11 |
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