CN102994463A - 郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因和探针 - Google Patents
郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因和探针 Download PDFInfo
- Publication number
- CN102994463A CN102994463A CN2012104284516A CN201210428451A CN102994463A CN 102994463 A CN102994463 A CN 102994463A CN 2012104284516 A CN2012104284516 A CN 2012104284516A CN 201210428451 A CN201210428451 A CN 201210428451A CN 102994463 A CN102994463 A CN 102994463A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- sequence
- protein
- tff3h
- seq
- gene
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
- C12N9/0071—Oxidoreductases (1.) acting on paired donors with incorporation of molecular oxygen (1.14)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y114/00—Oxidoreductases acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (1.14)
- C12Y114/11—Oxidoreductases acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (1.14) with 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom each of oxygen into both donors (1.14.11)
- C12Y114/11009—Flavanone 3-dioxygenase (1.14.11.9), i.e. naringenin-3-dioxygenase
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
Abstract
本发明涉及一种郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因和探针,所述蛋白质为如下(a)或(b)的蛋白质:(a)由如SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列经过取代、缺失或者添加一个或几个氨基酸且具有郁金香黄烷酮-3-羟化酶活性的由(a)衍生的蛋白质。本发明还提供了一种编码上述蛋白质的核酸序列,以及检测上述核酸序列的探针;本发明为利用基因工程技术对郁金香TfF3H基因的时空表达特性进行调控,从而改变花色、创新花色提供了理论依据,具有重大的应用价值。
Description
技术领域
本发明涉及郁金香花色苷合成途径中的关键酶及其编码基因和探针,具体是一种郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因和探针。
背景技术
花的颜色是影响植物传粉的重要因素,同时也决定一种花卉的商品价值和观赏价值。改变花色,创造新花色,可以增加花卉的商品价值和观赏价值。花朵颜色是花瓣细胞中积累花色素的结果。类黄酮是花色素的一大类,它使花朵产生从黄到紫的全部颜色。在类黄酮的合成途径中,黄烷酮-3-羟化酶(F3H)是紧接查尔酮合成酶(CHS),查尔酮异构酶(CHI)的第三个酶。它催化黄烷酮在C3位置羟基化形成无色的黄烷酮醇,也能够催化圣草酚、柚皮素、5羟基双氢黄酮等在3′位置的羟基化,生成二氢黄酮醇。由于二氢黄酮醇是黄酮醇和花色素的共同前体,因此,F3H是位于类黄酮合成通路分支点处的关键酶。
F3H在决定种皮和花的颜色中具有重要作用。拟南芥中F3H的突变会导致种皮中色素的减少,叶和茎等器官中的的花色素减少,从而使种皮颜色变为灰白色。抑制F3H基因的表达也可以直接阻碍类黄酮的合成。用反义RNA技术阻止F3H基因在一种同时缺乏二氢黄酮醇3′-羟化酶(F3′H)和二氢黄酮醇3′,5′-羟化酶(F3′5′H)的康乃馨突变株中的表达时,得到了一系列颜色由原本橘色逐渐衰减至无色的转基因植株;矮牵牛花中通过反义抑制F3H的表达,使花颜色由原来的橙色/微红色减弱甚至完全失去。
目前,很多植物中的F3H基因已被分离鉴定,如大麦、苹果、紫花苜蓿、玉米、拟南芥等,但对于球根花卉郁金香(Tulipa fosteriana),F3H基因的克隆、表达模式及F3H蛋白编码序列目前尚不清楚。目前,未有任何与郁金香F3H蛋白及其编码基因序列相关的文献报道。
发明内容
本发明的目的在于填补郁金香F3H基因家族成员的克隆、表达模式分析以及郁金香F3H蛋白及其编码基因序列的空白,提供了一种郁金香TfF3H蛋白,本发明还提供了一种编码上述蛋白质的核酸序列以及检测所述核酸序列的探针。本发明提供了郁金香TfF3H蛋白及其编码基因序列在郁金香不同器官、不同发育阶段的表达模式,为今后利用基因工程技术对TfF3H基因的时空表达特性进行调控,从而改变花色,创新花色提供了理论依据,具有重大的应用价值。
本发明是通过以下技术方案实现的,
一方面,本发明提供了具有郁金香黄烷酮-3-羟化酶活性的蛋白质,所述蛋白质是由如SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列组成的蛋白质;或由SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列经过取代、缺失或者添加一个或几个氨基酸且具有郁金香黄烷酮-3-羟化酶活性的由(a)衍生的蛋白质。该蛋白质在花朵的不同发育阶段、不同器官内的有无及活性大小存在较大差异。
优选的,所述蛋白质为SEQ ID NO.4所示氨基酸序列经过1~50个氨基酸的缺失、插入和/或取代,或者在C末端和/或N末端添加1~20个以内氨基酸而得到的序列。
进一步优选的,所述蛋白质为SEQ ID NO.4所示氨基酸序列中1~10个氨基酸被性质相似或相近的氨基酸所替换而形成的序列。
另一方面,本发明提供了一种编码上述蛋白质的核酸序列。
优选的,所述核酸序列具体为:
(a)碱基序列如SEQ ID NO.3第1~1101位所示;
或(b)与SEQ ID NO.3第1~1101位所示的核酸有至少70%的同源性的序列;
或(c)能与SEQ ID NO.3第1~1101位所示的核酸进行杂交的序列。
优选的,所述核酸序列具体为SEQ ID NO.3第1~1101位所示的核酸序列中1~90个核苷酸的缺失、插入和/或取代,以及在5′和/或3′端添加60个以内核苷酸形成的序列。
此外,本发明提供了一种用于检测上述核酸序列的探针,所述探针为包含有所述核酸序列8~100个连续核苷酸的核酸分子。该探针可用于检测样品中是否存在编码郁金香F3H相关的核酸分子。
在本发明中,“分离的”、“纯化的”DNA是指,该DNA或片段已从天然状态下位于其两侧的序列中分离出来,还指该DNA或片段已经与天然状态下伴随核酸的组分分开,而且已经与在细胞中相伴随的蛋白质分开。
在本发明中,术语“TfF3H蛋白编码序列”指编码具有郁金香TfF3H蛋白活性的多肽的核苷酸序列,如SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列及其简并序列。该简并序列是指,位于SEQ ID NO.3所示序列的第1~1101位核苷酸中,有一个或多个密码子被编码相同氨基酸的简并密码子所取代后而产生的序列。由于密码子的简并性,所以与SEQ ID NO.3所示序列中第1~1101位核苷酸序列同源性低至约70%的简并序列也能编码出SEQ IDNO.4所示的氨基酸序列。该术语还包括与SEQ ID NO.3所示序列中从核苷酸第1~1101位的核苷酸序列的同源性至少70%的核苷酸序列。
该术语还包括能编码具有与天然的郁金香TfF3H相同功能的蛋白的SEQ ID NO.3所示序列的变异形式。这些变异形式包括(但并不限于):通常为1~90个核苷酸的缺失、插入和/或取代,以及在5′和/或3′端添加为60个以内核苷酸。
在本发明中,术语“TfF3H蛋白”指具有郁金香TfF3H蛋白活性的SEQ ID NO.4所示序列的蛋白质。该术语还包括具有与天然郁金香TfF3H相关相同功能的、SEQ ID NO.4所示序列的变异形式。这些变异形式包括(但并不限于):通常为1~50个氨基酸的缺失、插入和/或取代,以及在C末端和/或N末端添加一个或为20个以内氨基酸。例如,在本领域中,用性能相近或相似的氨基酸进行取代时,通常不会改变蛋白质的功能。又比如,在C末端和/或N末端添加一个或数个氨基酸通常也不会改变蛋白质的功能。该术语还包括郁金香TfF3H蛋白的活性片段和活性衍生物。
本发明的郁金香TfF3H多肽的变异形式包括:同源序列、保守性变异体、等位变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严谨条件下能与郁金香TfF3H相关DNA杂交的DNA所编码的蛋白、以及利用郁金香TfF3H多肽的抗血清获得的多肽或蛋白。
在本发明中,“郁金香TfF3H保守性变异多肽”指与SEQ ID NO.4所示序列的氨基酸序列相比,有至多10个氨基酸被性质相似或相近的氨基酸所替换而形成多肽。这些保守性变异多肽最好根据表1进行替换而产生。
表1
最初的残基 | 代表性的取代 | 优选的取代 |
Ala(A) | Val;Leu;Ile | Val |
Arg(R) | Lys;Gln;Asn | Lys |
Asn(N) | Gln;His;Lys;Arg | Gln |
Asp(D) | Glu | Glu |
Cys(C) | Ser | Ser |
Gln(Q) | Asn | Asn |
Glu(E) | Asp | Asp |
Gly(G) | Pro;Ala | Ala |
His(H) | Asn;Gln;Lys;Arg | Arg |
Ile(I) | Leu;Val;Met;Ala;Phe | Leu |
Leu(L) | Ile;Val;Met;Ala;Phe | Ile |
Lys(K) | Arg;Gln;Asn | Arg |
Met(M) | Leu;Phe;Ile | Leu |
Phe(F) | Leu;Val;Ile;Ala;Tyr | Leu |
Pro(P) | Ala | Ala |
Ser(S) | Thr | Thr |
Thr(T) | Ser | Ser |
Trp(W) | Tyr;Phe | Tyr |
Tyr(Y) | Trp;Phe;Thr;Ser | Phe |
Val(V) | Ile;Leu;Met;Phe;Ala | Leu |
发明还包括郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白或多肽的类似物。这些类似物与郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H相关多肽的差别可以是氨基酸序列上的差异,也可以是不影响序列的修饰形式上的差异,或者兼而有之。这些多肽包括天然或诱导的遗传变异体。诱导变异体可以通过各种技术得到,如通过辐射或暴露于诱变剂而产生随机诱变,还可通过定点诱变法或其他已知分子生物学的技术。类似物还包括具有不同于天然L-氨基酸的残基(如D-氨基酸)的类似物,以及具有非天然存在的或合成的氨基酸(如β、γ-氨基酸)的类似物。应理解,本发明的多肽并不限于上述列举的代表性的多肽。
修饰(通常不改变一级结构)形式包括:体内或体外的多肽的化学衍生形式如乙酰化或羧基化。修饰还包括糖基化,如那些在多肽的合成和加工中或进一步加工步骤中进行糖基化修饰而产生的多肽。这种修饰可以通过将多肽暴露于进行糖基化的酶(如哺乳动物的糖基化酶或去糖基化酶)而完成。修饰形式还包括具有磷酸化氨基酸残基(如磷酸酪氨酸,磷酸丝氨酸,磷酸苏氨酸)的序列。还包括被修饰从而提高了其抗蛋白水解性能或优化了溶解性能的多肽。
在本发明中,可用实时荧光定量PCR的方法分析郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H基因产物的表达模式,即分析TfF3H基因的mRNA转录物在细胞中的存在与否和数量。
本发明检测样品中是否存在郁金香TfF3H相关核苷酸序列的检测方法,包括用上述的探针与样品进行杂交,然后检测探针是否发生了结合。该样品是PCR扩增后的产物,其中PCR扩增引物对应于郁金香TfF3H相关核苷酸编码序列,并可位于该编码序列的两侧或中间。引物长度一般为15~50个核苷酸。
此外,根据本发明的郁金香TfF3H核苷酸序列和氨基酸序列,可以在核酸同源性或表达蛋白质的同源性基础上,筛选郁金香TfF3H相关同源基因或同源蛋白。
为了得到与郁金香TfF3H相关基因的点阵,可以用DNA探针筛选郁金香cDNA文库,这些探针是在低严谨条件下,用32P对郁金香TfF3H相关的全部或部分做放射活性标记而得的。适合于筛选的cDNA文库是来自郁金香的文库。构建来自感兴趣的细胞或者组织的cDNA文库的方法是分子生物学领域众所周知的。另外,许多这样的cDNA文库也可以购买到,例如购自Clontech,Stratagene,Palo Alto,Cal.。这种筛选方法可以识别与郁金香TfF3H相关的基因家族的核苷酸序列。
本发明的郁金香TfF3H相关核苷酸全长序列或其片段通常可以用PCR扩增法、重组法或人工合成的方法获得。对于PCR扩增法,可根据本发明所公开的有关核苷酸序列,尤其是开放阅读框序列来设计引物,并用市售的cDNA库或按本领域技术人员已知的常规方法所制备的cDNA库作为模板,扩增而得有关序列。当序列较长时,常常需要进行两次或多次PCR扩增,然后再将各次扩增出的片段按正确次序拼接在一起。
当获得有关序列后,可用重组法来大批量地获得有关序列。这通常是将其克隆入载体,再转入细胞,然后通过常规方法从增殖后的宿主细胞中分离得到有关序列。
此外,还可通过化学合成将突变引入本发明蛋白序列中。
除了用重组法产生之外,本发明蛋白的片段还可用固相技术,通过直接合成肽而加以生产(Stewart等人,(1969)固相多肽合成,WH Freeman Co.,San Francisco;Merrifield J.(1963)J.Am Chem.Soc 85:2149-2154)。在体外合成蛋白质可以用手工或自动进行。例如,可以用Applied Biosystems的431A型肽合成仪(Foster City,CA)来自动合成肽。可以分别化学合成本发明蛋白的各片段,然后用化学方法加以连接以产生全长的分子。
利用本发明的郁金香TfF3H蛋白,通过各种常规筛选方法,可筛选出与郁金香TfF3H相关发生相互作用的物质,或者受体、抑制剂或拮抗剂等。
郁金香为世界十大切花之一,观赏价值极高,应用广泛,新花色品种的市场需求也越来越大。本发明首次克隆了郁金香植物体内类黄酮合成途径分支点处的关键酶黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白的编码序列,并采用荧光实时定量PCR的方法分析TfF3H基因的时空表达特点,为今后利用基因工程技术对TfF3H基因的时空表达特性进行调控,从而改变颜色、创新花色提供了理论依据,具有重大的参考价值。
附图说明
通过阅读参照以下附图对非限制性实施例所作的详细描述,本发明的其它特征、目的和优点将会变得更明显:
图1为本发明的郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H基因与百合黄烷酮-3-羟化酶基因mRNA的核苷酸序列的同源比较(GAP)结果;
图2为本发明的郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H基因与百合黄烷酮-3羟化酶基因mRNA的核苷酸序列的同源比较(GAP)结果;
图3为本发明的郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白与百合黄烷酮-3-羟化酶的氨基酸序列的同源比较(FASTA)结果,其中,相同的氨基酸在两个序列之间用氨基酸单字符标出。
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,例如Sambrook等分子克隆:实验室手册(New York:Cold Spring HarborLaboratory Press,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1、郁金香TfF3H基因的克隆
1.植物材料的获得
将健康、大小一致的郁金香球茎(Tulipa fosteriana‘Shangnongzaoxia’,已通过上海市农作物品种审定委员会审定。编号:沪农品认花卉2011第004号)按常规种植并进行田间管理,待花朵完全开放,花瓣完全着色时采集花瓣组织,用于提取RNA;
2.RNA的抽提
用“RNA prep pure植物总RNA提取试剂盒”抽提总RNA(RNA prep pure Plant Kit:天根生化科技(北京)有限公司)。用甲醛变性胶电泳鉴定RNA的完整性,然后在分光光度计(Thermo Scientific NANODROP 1000 Spectrophotometer)上测定RNA的纯度及浓度;
3.基因的全长克隆
根据其它物种中F3H基因的氨基酸保守序列,利用同源性基因克隆原理,采用RACE方法(3′-Full RACE Core Set Ver.2.0:宝生物工程(大连)有限公司,SMARTerTM RACEcDNA Amplification Kit:Clontech Laboratories,Inc.)进行cDNA全长克隆,分三个阶段进行:
(1)RT-PCR获得基因中间片段
将提取的RNA进行反转录(Prime Script Ⅱ 1st Strand cDNA Synthesis Kit:宝生物工程(大连)有限公司),以第一链cDNA为模板,利用引物F1(SEQ ID NO.1)和R1(SEQ ID NO.2)进行PCR,扩增得到716bp片段,回收并连接到pMD18-T Simplevector载体上,用RV-M和M13-47作为通用引物,采用终止物荧光标记(Big-Dye,Perkin-Elmer,USA)的方法,在ABI 377测序仪(Perkin-Elmer,USA)上进行测序。测序结果通过在NCBI网站进行BLAST(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)比对已有的数据库(GenBank),知其核酸序列及编码蛋白与已知的百合属黄烷酮-3-羟化酶基因的同源性很高,故初步认为它是一个黄烷酮-3-羟化酶基因;
(2)3′RACE
3′端的序列通过使用3′-Full RACE Core Set Ver.2.0:宝生物工程(大连)有限公司获得,二轮巢式PCR完成3′末端序列的扩增:
第一轮:outerprimer+F3H3-1(5′-TTCTACCCCAAGTGCCCCCAACCTG-3′)
第二轮:innerprimer+F3H3-2(5′-GCACCATCACCCTCCTTCTCCAAGA-3′)
Outerprimer和Innerprimer为试剂盒提供。3′RACE得到TfF3H的3′末端序列(约620bp),回收,连接到pMD18-T Simple vector载体上,用RV-M和M13-47作为通用引物,采用终止物荧光标记(Big-Dye,Perkin-Elmer,USA)的方法,在ABI 377测序仪(Perkin-Elmer,USA)上进行测序,测序结果通过在NCBI网站进行BLAST(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)比对已有的数据库(GenBank),知其核酸序列及编码蛋白与已知的百合属黄烷酮-3-羟化酶基因的同源性很高;
(3)5′RACE
5′端的序列通过使用SMARTerTM RACE cDNA Amplification Kit获得;
以5′RACE ready cDNA为模板,通过引物UPM(试剂盒提供)与F3H 5-1(5′-TGATCCAAGTGTCGCCACCGTCCT-3′)扩增获得TfF3H的5′末端序列(815bp),回收连接后用同上面一样的方法进行测序;
将通过上述3种方法获得的序列的测序结果进行拼接,将拼接序列提交BLAST分析,结果证明从郁金香中新得到的TfF3H基因确为一个与黄烷酮-3-羟化酶相关的基因;将测序结果结合NCBI的ORF Finding(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf)预测,发现了郁金香TfF3H基因的起始密码子与终止密码子;根据获得的序列,分别从起始密码子和终止密码子处设计特异性引物ORF-F(5′-ATGGCTCCGACCTTCCTCCCCACCG-3′),ORF-R(5′-TCAAGCAAGAATTTGATCAAGTTTC-3′),以郁金香cDNA为模板进行PCR,扩增得到1101bp郁金香TfF3H蛋白的全长编码基因序列,如SEQ ID NO.3所示。
实施例2、郁金香TfF3H基因的序列信息与同源性分析
本发明的郁金香TfF3H全长CDS开放读码框序列为1101bp,详细序列如SEQ ID NO.3所示的序列,根据CDS开放读码框序列推导出郁金香TfF3H的氨基酸序列,共366个氨基酸残基,分子量为40669.2道尔顿,等电点(pI)为5.10,详细序列如SEQ ID NO.4所示序列;
将郁金香TfF3H的CDS开放读码框序列及其编码蛋白的氨基酸序列用BLAST程序在Non-redundant GenBank+EMBL+DDBJ+PDB和Non-redundant GenBank CDStranslations+PDB+SwissProt+Superdate+PIR数据库中进行核苷酸和蛋白质同源性检索,结果发现它与百合F3H基因(GenBank登陆号AB699160.1)在核苷酸水平上具有83%的相同性,如图1和图2所示(Query:郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H的编码基因序列,Sbjct:百合黄烷酮-3-羟化酶的mRNA序列);在氨基酸水平上,它与百合F3H基因(GenBank登陆号BAM28970.1)也有88%的一致性和93%的相似性,如图3所示(Query:郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H的氨基酸序列,Sbjct:百合黄烷酮-3-羟化酶的氨基酸序列)。由此可见,郁金香TfF3H基因与百合F3H基因无论从核酸还是蛋白水平上都存在较高的同源性。
实施例3、郁金香TfF3H基因在花朵不同发育阶段及在郁金香不同组织中的表达差异性
1.材料的获得:在郁金香花朵的4个不同发育阶段(花蕾,花瓣未着色;花蕾,花瓣开始着色;花朵部分开放,花瓣未完全着色;花朵完全开放,花瓣完全着色),于田间采取其花瓣,同时采取其叶片、地上茎、花部器官雄蕊、雌蕊、花瓣(各着色阶段花瓣的混合样),将样品分别用铝铂纸包好后立刻投入液氮中,接着转入-80℃超低温冰箱中贮存待用;
2.RNA的提取:利用RNA prep pure植物总RNA提取试剂盒”(RNA prep pure PlantKit:天根生化科技(北京)有限公司)提取郁金香不同着色阶段花瓣以及不同组织中的RNA;
3.RNA的完整性、纯度、浓度的确定:用普通琼脂糖凝胶电泳(胶浓度1.2%;0.5×TBE电泳缓冲液;150v,15min)检测完整性;电泳条带中最大rRNA亮度应为第二条rRNA亮度的1.5~2.0倍,否则表示rRNA样品的降解;纯度较好的RNA,A260/A280以及A260/A230约为2.0左右;用分光光度计测定OD值并计算RNA含量;
4.cDNA的获得:以500ng的总RNA为模板,按照宝生物公司TaKaRa PrimeScriptTMRT reagent Kit Perfect Real Time试剂盒操作说明进行反转录获得cDNA备用;
5.设计特异性引物以进行实时荧光定量PCR分析基因在各器官与组织中的表达量:根据已经获得的郁金香TfF3H基因序列,利用引物设计软件primer premier 5.0设计用于Real-time PCR中TfF3H基因定量分析的特异性引物,F3H-F(5′-GGCACCATCACCCTCCTT-3′),F3H-R(5′-CGATAGACGGCTGCTCTTC-3′);内参基因为Actin(GenBank登陆号AB456684),其引物为Actin-F(5′-AGTCAGTCATACAGTGCCAATC-3′),Actin-R(5′-TCATAAGAGAGTCGGTCAAATCC-3′);
6.制作目的基因及内参基因的标准曲线:用EASY Dilution(试剂盒提供)将标准品cDNA溶液进行梯度稀释,然后分别以稀释后的cDNA溶液为模板,以目的基因及内参基因的特异性引物进行Real-time PCR扩增,反应结束后绘制溶解曲线和标准曲线,分析溶解曲线,判断目的基因及内参基因的溶解曲线是否得到单一峰,以判断使用该引物能否得到单一的PCR扩增产物,通过标准曲线确定模板cDNA的合适稀释倍数;
7.待测样品中目的基因的实时荧光定量分析:以合成的cDNA第一条链为模板,分别用目的基因与内参照基因的特异性引物扩增进行荧光定量分析,Real-time PCR反应在BIO-RAD Chromo 4实时定量仪上进行,反应体系为20μL,反应采用三步法,94℃变性20s,接着41个循环:94℃15s;56℃15s;72℃25s;每次扩增完成后,均做溶解曲线,以检验扩增产物是否为特异产生;
8.采用2-ΔΔCt法作相对定量分析:结果表明TfF3H基因的表达水平随着花朵的发育而不断上升,前2个阶段增长较缓,后2个阶段显著提高,花朵完全开放、花瓣完全着色时TfF3H的表达量最高,为刚着色花蕾阶段表达量的2.2倍,说明该基因的表达与花朵的发育过程有明显的相关性。TfF3H基因在茎、叶、花瓣中的表达较强烈,在雄蕊中的表达很弱。其中,TfF3H基因在茎中表达量最高,与在叶、花瓣中的表达水平之间无显著差异,与在雌蕊中的表达水平有显著差异,为其2.4倍,与在雄蕊有极显著差异,为其7.2倍。这些结果表明TfF3H基因的表达具有明显的空间差异性。
Claims (7)
1.一种如下(a)或(b)的蛋白质:
(a)由如SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
(b)SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列经过取代、缺失或者添加一个或几个氨基酸且具有郁金香黄烷酮-3-羟化酶活性的由(a)衍生的蛋白质。
2.如权利要求1所述的蛋白质,其特征是,所述蛋白质为SEQ ID NO.4所示氨基酸序列经过1~50个氨基酸的缺失、插入和/或取代,或者在C末端和/或N末端添加1~20个以内氨基酸而得到的序列。
3.如权利要求2所述的蛋白质,其特征是,所述蛋白质为SEQ ID NO.4所示氨基酸序列中1~10个氨基酸被性质相似或相近的氨基酸所替换而形成的序列。
4.一种编码权利要求1所述蛋白质的核酸序列。
5.如权利要求4所述的核酸序列,其特征是,所述核酸序列具体为:
(a)碱基序列如SEQ ID NO.3第1~1101位所示;
或(b)与SEQ ID NO.3第1~1101位所示的核酸有至少70%的同源性的序列;
或(c)能与SEQ ID NO.3第1~1101位所示的核酸进行杂交的序列。
6.如权利要求4所述的核酸序列,其特征是,所述核酸序列具体为SEQ ID NO.3第1~1101位所示的核酸序列中1~90个核苷酸的缺失、插入和/或取代,或者在5′和/或3′端添加60个以内核苷酸形成的序列。
7.一种用于检测如权利要求4所述核酸序列的探针,其特征在于,所述探针为包含有所述核酸序列8~100个连续核苷酸的核酸分子。
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN2012104284516A CN102994463A (zh) | 2012-10-31 | 2012-10-31 | 郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因和探针 |
CN201310529319.9A CN103614348B (zh) | 2012-10-31 | 2013-10-30 | 郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN2012104284516A CN102994463A (zh) | 2012-10-31 | 2012-10-31 | 郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因和探针 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN102994463A true CN102994463A (zh) | 2013-03-27 |
Family
ID=47923576
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN2012104284516A Pending CN102994463A (zh) | 2012-10-31 | 2012-10-31 | 郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因和探针 |
CN201310529319.9A Expired - Fee Related CN103614348B (zh) | 2012-10-31 | 2013-10-30 | 郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201310529319.9A Expired - Fee Related CN103614348B (zh) | 2012-10-31 | 2013-10-30 | 郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (2) | CN102994463A (zh) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103695406A (zh) * | 2013-12-16 | 2014-04-02 | 上海交通大学 | 郁金香苯丙氨酸解氨酶TfPAL蛋白及其编码基因 |
CN103725656A (zh) * | 2013-12-16 | 2014-04-16 | 上海交通大学 | 郁金香谷胱甘肽S-转移酶TfGST蛋白及其编码基因 |
CN112458065A (zh) * | 2020-11-04 | 2021-03-09 | 江南大学 | 水飞蓟来源黄酮3-羟化酶及其应用 |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN105985936A (zh) * | 2015-02-02 | 2016-10-05 | 中国人民解放军第二军医大学 | 灯盏花黄烷酮-3-羟化酶及其编码基因与应用 |
CN112708627A (zh) * | 2021-02-01 | 2021-04-27 | 中国农业科学院作物科学研究所 | 一种通过花色识别转基因大豆植株的方法 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102485897B (zh) * | 2010-12-06 | 2014-12-10 | 华中农业大学 | 利用棉花基因GbF3H改变花瓣颜色 |
-
2012
- 2012-10-31 CN CN2012104284516A patent/CN102994463A/zh active Pending
-
2013
- 2013-10-30 CN CN201310529319.9A patent/CN103614348B/zh not_active Expired - Fee Related
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
YUAN,Y ET AL: "Genbank:KC261504.1", 《GENBANK》 * |
张华玲等: "苦荞黄烷酮3-羟化酶基因F3H的克隆及序列分析", 《西北植物学报》 * |
陈索梅等: "不同花色菊花品种花色素结构基因的表达特性", 《西北植物学报》 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103695406A (zh) * | 2013-12-16 | 2014-04-02 | 上海交通大学 | 郁金香苯丙氨酸解氨酶TfPAL蛋白及其编码基因 |
CN103725656A (zh) * | 2013-12-16 | 2014-04-16 | 上海交通大学 | 郁金香谷胱甘肽S-转移酶TfGST蛋白及其编码基因 |
CN112458065A (zh) * | 2020-11-04 | 2021-03-09 | 江南大学 | 水飞蓟来源黄酮3-羟化酶及其应用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN103614348B (zh) | 2016-02-10 |
CN103614348A (zh) | 2014-03-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN103333233B (zh) | 百子莲生长素受体蛋白tir1及其编码基因和探针 | |
CN103695382A (zh) | 郁金香类黄酮3-O-葡萄糖基转移酶Tf3GT蛋白及其编码基因 | |
CN102994463A (zh) | 郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因和探针 | |
CN102965349A (zh) | 郁金香二氢黄酮醇-3′-羟化酶TfF3′H蛋白及其编码基因和探针 | |
CN102978194A (zh) | 郁金香查尔酮异构酶TfCHI蛋白及其编码基因和探针 | |
CN105837670B (zh) | 百子莲生长素响应因子ApARF2及其编码基因和探针 | |
CN104745560B (zh) | 茄子查尔酮合成酶SmCHS1蛋白及其编码基因 | |
CN103074307B (zh) | 郁金香TfbHLH1蛋白及其编码基因和探针 | |
CN104745561B (zh) | 茄子查尔酮异构酶SmCHI蛋白及其编码基因 | |
CN103756982B (zh) | 郁金香黄酮醇合成酶TfFLS蛋白及其编码基因 | |
CN103342741B (zh) | 百子莲赤霉素受体APGID1b蛋白及其编码基因和探针 | |
CN102965352A (zh) | 郁金香查尔酮合成酶TfCHS蛋白及其编码基因和探针 | |
CN104961815B (zh) | 百子莲生长素信号转录调控蛋白Aux/IAA1及其编码基因和探针 | |
CN104961814B (zh) | 百子莲生长素信号转录调控蛋白Aux/IAA3及其编码基因和探针 | |
CN105085642B (zh) | 百子莲生长素信号转录调控蛋白Aux/IAA2及其编码基因和探针 | |
CN103483437A (zh) | 百子莲光周期开花途径关键基因ApCO蛋白及其编码基因和探针 | |
CN103087168B (zh) | 郁金香TfMYB2蛋白及其编码基因和探针 | |
CN104017781B (zh) | 百子莲赤霉素合成双加氧酶APGA20ox蛋白及其编码基因和探针 | |
CN103333232B (zh) | 百子莲赤霉素受体APGID1a蛋白及其编码基因和探针 | |
CN103288942A (zh) | 百子莲开花相关基因ApFT蛋白编码基因和探针 | |
CN103725656A (zh) | 郁金香谷胱甘肽S-转移酶TfGST蛋白及其编码基因 | |
CN103695406A (zh) | 郁金香苯丙氨酸解氨酶TfPAL蛋白及其编码基因 | |
CN101985624A (zh) | 小苍兰ACC合成酶FhACS1蛋白编码序列 | |
CN106946986B (zh) | 百子莲y2sk2型脱水素蛋白及其编码基因和探针 | |
CN106967724B (zh) | 百子莲sk3型脱水素蛋白及其编码基因和探针 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
C02 | Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001) | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20130327 |