CN102876668A - 小黄鱼微卫星dna分子标记 - Google Patents
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- CN102876668A CN102876668A CN 201210281134 CN201210281134A CN102876668A CN 102876668 A CN102876668 A CN 102876668A CN 201210281134 CN201210281134 CN 201210281134 CN 201210281134 A CN201210281134 A CN 201210281134A CN 102876668 A CN102876668 A CN 102876668A
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Abstract
本发明公开了小黄鱼微卫星DNA分子标记。本发明通过构建小黄鱼微卫星（GT）17、（GGT）9和（CTAT）8富集文库，筛选小黄鱼多态性微卫星引物，以及对小黄鱼微卫星位点进行遗传多态性检测，开发了小黄鱼21个多态性丰富的微卫星标记。本发明可应用于小黄鱼种群的种群遗传结构和遗传变异水平等研究。
Description
技术领域
本发明涉及一种分子标记技术，具体涉及一种小黄鱼微卫星DNA分子标记。
背景技术
小黄鱼（Larimichthys polyactis）隶属于鲈形目、石首鱼科、黄花鱼属，为广泛分布于渤海、黄海和东海北部的暖温性底层鱼类，是我国重要的海洋渔业经济种类，曾被誉为我国“四大渔业”之一。近些年来，高强度的捕捞压力已经使得小黄鱼资源处于过度捕捞状态。为了保护和管理小黄鱼渔业资源，研究其种群遗传结构和遗传变异水平是非常必要的。微卫星分子标记因具有多态性高、共显性等优点已经成为目前海水鱼类群体遗传分析最常用的手段。然而，迄今为止针对小黄鱼开发的微卫星分子标记只有35个（Chen等，Conservation genetics2009，10：1469-1471；Li等，Molecular Ecology Notes 2006，6(1)：188-190；Ma等，Genetics and Molecular Research 2011，10(3)：1455-1460），即使加上从近缘种如大黄鱼（Pseudosciaena crocea）和鮸鱼（Miichthys miiuy）筛选出可应用于小黄鱼的20个微卫星标记（Conservation genetics 2009，10:1629–1631；Genetics and Molecular Research 2012，11(2)：1469-1474），数量也是非常有限，亟待开发更多新的小黄鱼微卫星分子标记。
发明内容
本发明所要解决的技术问题在于：开发小黄鱼微卫星DNA标记，提供多态性引物，建立小黄鱼微卫星标记开发的技术体系，为小黄鱼的遗传背景分析提供更多新的微卫星标记，弥补目前小黄鱼微卫星标记较为缺乏的不足。
本发明解决技术问题的技术方案：通过构建小黄鱼微卫星（GT）17、（GGT）9和（CTAT）8富集文库，筛选小黄鱼多态性微卫星引物，以及对小黄鱼微卫星位点进行遗传多态性检测，开发了小黄鱼21个多态性丰富的微卫星标记。21个小黄鱼微卫星DNA分子标记的编号为：H5，H22，H26，H31，H33，H37，H38，H43，H44，H47，H51，H54，H65，H70，H71，H75，H80，H82，H84，H106，H111，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1，SEQ ID NO.2，SEQ ID NO.3，SEQ IDNO.4，SEQ ID NO.5，SEQ ID NO.6，SEQ ID NO.7，SEQ ID NO.8，SEQ ID NO.9，SEQ ID NO.10，SEQ ID NO.11，SEQ ID NO.12，SEQ ID NO.13，SEQ ID NO.14，SEQ ID NO.15，SEQ ID NO.16，SEQ ID NO.17，SEQ ID NO.18，SEQ ID NO.19，SEQ ID NO.20，SEQ ID NO.21所示。
21个微卫星标记H5，H22，H26，H31，H33，H37，H38，H43，H44，H47，H51，H54，H65，H70，H71，H75，H80，H82，H84，H106，H111的引物序列分别为：
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H5 primer sequence
H5-F:CTCAATGCTTCCAAATGCTG
H5-R:ATTTGACCCGAAGCTGAATG；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H22 primer sequence
H22-F:TACGGCCTCTGTCTGTGAGA
H22-R:GAGAGGATGAGGGGAGGAGT；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H26 primer sequence
H26-F:CCTCATCCTCTCTGCCTTTG
H26-R:ACGAATCAAACGCACCTTTT；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H31 primer sequence
H31-F:CATTCACATTTTCCCCCAAC
H31-R:CCTGCTACTATGTGTGTGCGTA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H33 primer sequence
H33-F:GAAACGAGGACAGGGATGAA
H33-R:ACCTCCTTACCGCCTCACTT；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H37 primer sequence
H37-F:CCCCTGGTGAGAGTGGAAAT
H37-R:AGAAGGCGAAAAAGTGCAAA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H38 primer sequence
H38-F:AAGAGAAATGAGGCGTCAGG
H38-R:GGTTGGAAACAAGCCAAATG；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H43 primer sequence
H43-F:GATAGGACCACGGATGCTGT
H43-R:CTTGCTGACGCGCACTATAA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H44 primer sequence
H44-F:GGTGGTGGCAAAATTTGATT
H44-R:CCACACACCTAATGCCTCCT；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H47 primer sequence
H47-F:CAGCTTGGCTTCAATCCTTC
H47-R:CTCATCGTCCACATGGTTTG；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H51 primer sequence
H51-F:GGTGGAGCTGACCTTACTGC
H51-R:CCTTGTTCCCTGCCTCTCTC；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H54 primer sequence
H54-F:TCCATGAACCACGGTTACTTC
H54-R:GTGGGCACACAACCACAC；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H65 primer sequence
H65-F:GCTTTGCGATGTAAAACACG
H65-R:GTTGGGAGGAAGACGATGAA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H70 primer sequence
H70-F:CAGCTTCTCCTCCCAAAATG
H70-R:ATGGTGTGCTGACAAAACGA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H71 primer sequence
H71-F:GGAGACAGCCAGTTTCACCT
H71-R:CGACACTGTGACTCGATGCT；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H75 primer sequence
H75-F:AAGGACGTTCACGTTCTGTTG
H75-R:GGTGGGATGTGACATGTTGA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H80 primer sequence
H80-F:TGCGTGTCAAGGCTGTTTAG
H80-R:CACATGGAGGCAAACACAAA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H82 primer sequence
H82-F:ACCATTGTGAAGTGCGAGTG
H82-R:GGCACAGTGGGCTTATTGTC；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H84 primer sequence
H84-F:ACGTGCACAGGCAGGTCT
H84-R:TGTAGGTGTGAGCAGTCTGGA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H106 primer sequence
H106-F:CCTGCCCAATAACAGCTTTC
H106-R:GGCAATCTCCAGGGTTTACA；
小黄鱼（Larimichthys polyactis）microsatellite H111 primer sequence
H111-F:TCACCGTGTTCCAGTTTATCC
H111-R:TGCGCAGTGTCTTTTCTTTG。
附图说明
图1：位点H5的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图2：位点H22的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图3：位点H26的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图4：位点H31的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图5：位点H33的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图6：位点H37的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图7：位点H38的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图8：位点H43的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图9：位点H44的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图10：位点H47的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图11：位点H51的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图12：位点H54的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图13：位点H65的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图14：位点H70的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图15：位点H71的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图16：位点H75的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图17：位点H80的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图18：位点H82的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图19：位点H84的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图20：位点H106的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
图21：位点H111的引物扩增24尾小黄鱼基因组DNA的MICROSATELLITE分型图；
在图1-21中，1-24表示24尾小黄鱼。
具体实施方式
实施例1
1、小黄鱼微卫星分子标记富集文库的构建：
1.1基因组DNA的提取：
采用酚氯仿法提取基因组DNA，具体步骤如下：剪取20mg尾鳍于1.5ml离心管中，加入570μL STE buffer（10mmol/L Tris-Cl,pH=8.0;100mmol/L EDTA,pH=8.0;100mmol/L NaCl）并将组织剪碎。加入10μL 20mg/ml的蛋白酶K和20μL 20% SDS，55-56℃消化。加入600μL酚:氯仿:异戊醇（25:24:1）抽提两次，13000r/min离心5min，取上清。加入等体积-20℃预冷的无水乙醇，混匀，13000r/min离心5min，弃上清，用70%乙醇洗涤沉淀2次，室温下晾干，然后加入50-100μL TE buffer（1mmol/L EDTA，10mmol/L Tris-HCl，pH=8.0）溶解DNA。紫外分光光度计检测DNA浓度，用TE buffer将其稀释至100μg/mL，并用1%的琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性。DNA样品存于-80℃冰箱中备用。
1.2酶切、加接头及预扩增：
取250ng基因组DNA，用5U MseI内切酶充分酶切，反应体系为25μL。取10μL上述酶切产物用T4连接酶与MseI街头（A:5’-TACTCAGGACTCAG-3’和B:5’-GACGATGAGTCCTGAG）连接。以连接产物作为模板，用AFLP预扩增引物（5’-GATGAGTCCTGAGTAAN-3’）进行扩增。PCR反应体系为25μL：1.5mM MgCl2，0.2mMdNTP，1μM MseI-N，1U Taq DNA polymerase和5μL稀释的酶切连接的DNA。PCR反应程序：94℃ 30s，53℃ 1min，72℃ 1min 20个循环。PCR产物用WizardPCR preps（Promega）纯化回收。
1.3磁珠富集，扩增、克隆测序及引物设计
纯化回收产物与100nM生物素标记的（GT）17、（GGT）9和（CTAT）8探针在60℃下杂交1小时。用连接有重复序列的链霉亲和素包裹的磁珠捕获杂交产物中的重复序列。然后洗脱、变性将目的片段富集并回收。回收得到的片段用上述PCR程序重新扩增、回收，然后与PMD18-T plasmid vector连接转化到DH5α感受态细胞中，通过蓝白斑筛选进行克隆测序。利用Primer3在线软件对获得的重复序列设计引物。
2、小黄鱼多态性微卫星引物的筛选
按1.1方法提取24尾小黄鱼个体的基因组DNA，然后1.3得到的引物进行PCR扩增（正向引物5’端用荧光染料HEX或者6-FAM标记）。扩增反应体系为20μL：0.5μM引物，0.2mM dNTP，1.5mM MgCl2，1×PCR buffer，1U Taq DNA聚合酶以及50ng模板DNA。反应程序：94℃ 5min，94℃ 30s，每个SSR位点最佳退火温度30s，72℃ 30s，最后延伸5min。PCR产物用ABI PRISM 3730 DNA自动测序仪（Applied Biosystems）分离，片段长度用软件GeneMapper根据内标ROX-500确定。
3、小黄鱼多态性微卫星位点的遗传多态性检测
利用软件Genepop3.4检测哈迪-温伯格平衡（HWE）和连锁不平衡（LD），软件Cervus2.0检测每个微卫星位点的等位基因数目（A），观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）。结果表明：我们获得了21个多态性的小黄鱼微卫星标记。每个位点的等位基因数目为2-22，观测杂合度和期望杂合度分别为0.250-1.000和0.454-0.958（表1）。
表1 小黄鱼21个微卫星标记的遗传特征（基序、引物序列、退火温度和遗传多态性参数）
Ta，退火温度；NA，等位基因数目；HO，观测杂合度；HE，期望杂合度；P，HWE检测P值。
SEQUENCE LISTING
<110> 中山大学
<120> 小黄鱼微卫星DNA分子标记
<130>
<160> 21
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 302
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 1
gcatagagat ttatgaggcc gtacaggaaa atataatcgt tgtattcgga tgccagtcag 60
catgtcaccg taagtaacac actgtactca atgcttccaa atgctggctg aaagtgcaca 120
cacccatatt atacacacac acacacacgc acacacacac acacacacac acgcacgctc 180
gcagagaccc cctgctcttc catacaggtc tagtttatgg tgcgtgacat tcagcttcgg 240
gtcaaatcac agcccaggct ggaggtgaat gaagccgcct tcagacttct gcaccagtag 300
cc 302
<210> 2
<211> 172
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 2
tcctgcagtt tttactacgg cctctgtctg tgagaacaca cacacacaca cacacacaca 60
cacacacaca cacacacaca gggtgaggaa accataggaa cagatgaagg cgctgtcagg 120
agcacctgct cctcctccac agcttgcact cctcccctca tcctctctgc ct 172
<210> 3
<211> 228
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 3
tgcactcctc ccctcatcct ctctgccttt gtctccccct cctcccttac cttcctttct 60
tcctttttct cctcacctca tctcctcccc cctctctctc tctctctctc tctctctggg 120
ttcccttcac ctctctctca tccccttctt tctttacttc cctcctcgcc gactcacttt 180
gttcaccaaa aaaaaggtgc gtttgattcg tccttcacgc cgcctttc 228
<210> 4
<211> 353
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 4
attattcagg gcatcatttg gcaaatattt cttcacatat tttcacactt atggacctct 60
gaacatacag ctcagccatc ctctgactgg caggcccttc acaataatat acacaacttt 120
attctccaca tacatttgat tatctccata aaatggctga acagaactta caagggtgat 180
acattcacat tttcccccaa caaaaatatc agaatattgc catcaatttc cgccagaatc 240
atttacaata agaacacaaa gttgagcaca aataaacata agttttctta catacatgca 300
agtttgagca cacacacaca catacgcaca cacatagtag caggtgaata ggc 353
<210> 5
<211> 279
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 5
acacacacac agggtaggat ggcgagagag gcagagtgaa tataaaacaa cagagtgtgt 60
gttgaggtgt gtcctagacg ggaagaaacg aggacaggga tgaacgacag attggattca 120
gatacaggaa gtgctgcatt gaccaggcac cagaaactaa cagggattac accactgtgc 180
ctcacatgca cacacacaca cacacacaca cacacctaca gattgtgtgt gaactccatc 240
aggtaagtga ggcggtaagg aggttgcctg gcttgcctg 279
<210> 6
<211> 439
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 6
atccacacga aactctaaaa cgaagaagaa gaagaagaag aagaagggga agccccctgg 60
tgagagtgga aattgttact gcacacatac acaaatcccc aaaagaacac acacataaac 120
acacacacac gcaagcatgt taggcattgt cgcatctcat tttcttgcct cccctctgag 180
tgttttatgt ctgctcgaca ggacacatgt ttagagaaga gtgtgtgttt gcactttttc 240
gccttctttg atgtgcaaag gtgggacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca 300
cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacacc ccccgtgcaa 360
aaaagagata tctctctcag acacatacac acactcttta tgcatttttg tgcacacaac 420
acacactctc gggggggat 439
<210> 7
<211> 263
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 7
ccgaacatct gagacctgac aacatgaaag agaaatgagg cgtcaggtga gccagagtta 60
tttggaggac gtgttgtaaa tctttatcac actttacgga tcgagttcag gtttgatgga 120
ctgttcttcc tgcagcagca gcagcagcag cagcagtgag cgattcatac agactttgat 180
atcacctcca aacaaatcat ttggcttgtt tccaacccgt gtgatcatcg ggctgctcgt 240
gtttctcgcc ttgtccgact cct 263
<210> 8
<211> 322
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 8
atgaaggaac actaggctga ctttggcttt tacgtggaca acatttggac atagtccaca 60
tattatgtgg tgtgaaaatg taacgcagtc acatgcttta gtaaacaaga cagatgtcag 120
gcttgatagg accacggatg ctgtagtgag aaggaacaca tggcctcagg gtattctgtg 180
tatacgtgtg tgtgtgtgtg tgtgcgtgtg cgtgtgtgtt gctcgtttcc tctggagtca 240
tgtccttcac tgtttctgca ttcacctgga tattctgtgc attatagtgc gcgtcagcaa 300
gaaatcactg aggcagagaa gg 322
<210> 9
<211> 346
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 9
gaggtgtatt ctaaactgca catgctgatg atttacaaat gaattcagta tcaggtggtg 60
gcaaaatttg attatatttt acagaaacat actcacccct ctacagagat ggaaagaata 120
cagtattgtt gtgtgcaata actatatctt ttctactttc ttgtgtgtgt gtgtgtgtgt 180
gtgtaggatt gtgcgtttcc cctggcagat gagtgaggac aaagtgcgcc gtgtgctcca 240
ggaggcatta ggtgtgtgga gtgcagtgac tcctctgagg ttcagcgagg tcactggtga 300
gaaagcagac atcattattg acttcaacag gtaagagacg gtggcc 346
<210> 10
<211> 350
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 10
aagtcataat gactaattgt gttgagagat gaagcagaca gcttggcttc aatccttctg 60
tgactaacca ggcctgtact gagcaaacag agccgtgttc acacacacac acagcaacac 120
caaacgtcaa ctctccattg tctcacgtat cctgcttcac actgtattat ttctcttttc 180
tatatttacc tgtatacgtt cctcaagtgg acaaaacaga cacaacctat catctgacac 240
atgacacatc agattacctc tgcaaaccat gtggacgatg aggtttcggc tcagtcacga 300
acaacacaaa aacaccacat tgaggctaca aagtctttca gttttcgccc 350
<210> 11
<211> 331
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 11
caagagtaaa ggctcctgtg tcaagctgcc actgtgtgat gaagcaccta ctgtcagcca 60
tgtttgcata tcatagcctg tagcattgtg aaggtggagc tgaccttact gctatctctt 120
gtatagttcg ttgccctcac ttcacatgta ctcataagta ctcacacaca caaacctctc 180
ttgctctctc tgtctctctc tctctcacac acacaaacac acacatttgt gcatgcatga 240
acagaaacac agcacagagt atttatacac cgagagaggc agggaacaag gccaggcctg 300
aaaacctttc tcactgcact acatagtggt t 331
<210> 12
<211> 433
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 12
atcaaccgag ctgctcagag tcagaccaca cagtcagtca ttaggtggga tagtaaataa 60
aacacgtatg ctgtgcctaa agaagtaaag tgatcttacc ctccaacatg gcgagatgca 120
tggcatcatt agctctcttg ggaacactga gcatcacttc caaaccatct ttgatctccc 180
ctttaccctc ctcacaacaa gacagtaact cctgcaggag aggacaggat gtgaaatgtg 240
aagagaggca gaaaaacaaa atattttgtg ctccatgaac cacggttact tcctgactct 300
ccctcgcttc ttcttctcaa tggcacatgg atatcatccc ccacgtttac actcattctg 360
tacaccatcg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtttgtgtg agtgtgtgtg 420
gttgtgtgcc cac 433
<210> 13
<211> 262
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 13
agaggacgag acagactaca aggctgcata tttggcgacg gcagcggctt tgcgatgtaa 60
aacacgaacc agtgattcag tactgtgggg cacgtctgag gttgtgtatt tgcatgtgtg 120
tgtctgtgtg tgtgtctaaa gaatagagaa cggctattgc ttccaccgtc cttgtctttc 180
atcgtcttcc tcccaacatc ttcttcaatc ttcattttgt ctttgattgg cctcagtgtc 240
cggctctttg tcgcaattat gc 262
<210> 14
<211> 344
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 14
cataggcctc caagtagcgc catgctcggg tgatatttat tgatatgcaa cagcccccga 60
gcgcctaatt ggctgttttg gaactgaccc gacctgcgat ggctccctcg gctgccagct 120
tctcctccca aaatggctac ccccaaccac aagccttcgg gttggcccgg cacttttcat 180
ggagctcagc tgtaaatcct cttttttctt ctccctctct ctctctctct ctctctctct 240
ctctcctttc gcctctaacg tcttcattac caaagtcgtt ttgtcagcac accattgagc 300
gtaacagaat accatgctga ccgacattta ggtcatttcc tcct 344
<210> 15
<211> 287
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 15
taggagacag ccagtttcac ctgcactgcc tgcatttaga ttacaataat taccacacac 60
acacacacgc acgcacgcac aaagcacgct caacaagccc acacactcat acagtaaaca 120
cgtaaacaca gagcccagct cctgcagcat cgagtcacag tgtcgagtct ttttacctgc 180
accagatgac actgttaggc tgagacgatg aaaaacagta acagctttca gcatctttca 240
gctttttttt ttttactgta atatctaact cactgataaa ctatctg 287
<210> 16
<211> 263
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 16
tgtcaccaga aaggacgttc acgttctgtt ggtctgtaac cagacacctt gtcagttgtc 60
tttatccttt cttcaaggac atctgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtct cagaagttcc 120
aggatcgtcc ccctctgggt tatcttgact tgcctgtcaa catgtcacat cccaccacag 180
ctctgttctt ggaaaggcag gtggtgctta cattacgtat atgtgtgtgt gtgtttgcat 240
atgtgcatgt gtgatattgg aac 263
<210> 17
<211> 323
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 17
catagataac tggagggaag gtcatggtag acaaagaaac gtgactttac agtcgtctta 60
tagaaagcta cttgaaagcg gggagtgata tgcacgctcg gcgcacgttt cttttcaggg 120
ttgtaaacag tgcgtgtcaa ggctgtttag aggagcaaag atactgcacc aaccagccat 180
cttactttcc atggtgagag atctttgtga gtggacagcc ttggtgagct cccttcacct 240
ctgtgtgtgt gtctgtcggt gtgggttttt gtgtgtgtgt atgtgtgtga ggtgcatgta 300
tttgtgtttg cctccatgtg agc 323
<210> 18
<211> 429
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 18
gatacagtac tgcagagaca caccacaagg gtataggtgt tttgaacaaa gacaggagtg 60
tacaagcaac actcctggac tgcattgtgt gcatgtcaat gcatgtgttt gctggtgcat 120
gtttatttga gaacctttcg ctctttgtta tccctttgag tctgtaattc cccaaacctg 180
ggcccagtcg tctcatcctt tacactaggt aaacaccatt gtgaagtgcg agtgaagtgt 240
gtgtgtgtgt gtgtgtgtga gagaatgtgt gtgtgcctat ttacttgtgc ctgtgcacgc 300
gctaactctc agtgactgta cagcaaaaac tttttgccgt catctttcag cggtgtcctt 360
cggagacaat aagcccactg tgcccacatt gctgagataa atcgtccctc tctgtgtaca 420
attagaagt 429
<210> 19
<211> 309
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 19
cacactgacg tgcacaggca ggtctgcaca tgcacacaca cacacacaca cacacacaca 60
cacactcatt cacttgagag ccaataaagt cattgcagta ataacatgct tcaatttcag 120
tctccctcta cccctctcca gactgctcac acctacatac aggcttccat atacacacac 180
acacacacac acacacacac acacacacac acacacacac acgcacacac acacgcgcac 240
acacacgcac acacacacac acacacacac acacacacac acacacacac ctctgtgtgt 300
ttgtctcac 309
<210> 20
<211> 449
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 20
gagcgagttg agcgtttcta ttccctctgt ctccctcctc cgttccatcc ctcattcatg 60
ggctgccacg gtaactagcc tattatctga cagttccact ccactgacct gcccaataac 120
agctttcaca tccctataaa tgccccggag aggacgacga gagagagaga gagagagaga 180
gagagagaga gagagagaag gaagtgtatg tgtatgactg gacgtgcaca tgtgcatgtg 240
catcaacgtg taaaccctgg agattgcccc gtgttataaa catttacgcc aggctaacag 300
atcatctccg agatccggga ttggtccgac tccccctgtc cccccggcga attgaaagcc 360
caaagattag tgagatgata gcttttcaga ttggcgagga aacagaaatg agtttcaccg 420
ggtgagttta cggaggttag attggagca 449
<210> 21
<211> 407
<212> DNA
<213> 小黄鱼
<400> 21
tacaagctct ttcacttcag gaagtcaatt tctgtggcac cactgctttt gtcacatcag 60
tccgcacctg tcacactctc acctcccata gctagtgcat gaatgacact attattcacc 120
gtgttccagt ttatccagct ttacactccc tttcttttct gggttctcat ttatatgaac 180
caactgattc agataagtgt gtgtctcttt tttctgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg 240
tgtgtgtgtt tgacccactt ctcaagttgc cacctgagtg aagaagagat aacatgtcgc 300
atgcagttgc aggacaaaga aaagacactg cgcatgttta gtttagaggt tttagaggtt 360
tcagaggtag atgtaaagaa gaggactgtg cttgcattgc ttattct 407
Claims (2)
1.小黄鱼微卫星DNA分子标记，其特征在于：所述的21个微卫星标记编号为：H5，H22，H26，H31，H33，H37，H38，H43，H44，H47，H51，H54，H65，H70，H71，H75，H80，H82，H84，H106，H111，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1，SEQ ID NO.2，SEQ ID NO.3，SEQ ID NO.4，SEQ ID NO.5，SEQ ID NO.6，SEQ ID NO.7，SEQ ID NO.8，SEQ ID NO.9，SEQ ID NO.10，SEQ ID NO.11，SEQ ID NO.12，SEQ ID NO.13，SEQ ID NO.14，SEQ ID NO.15，SEQ ID NO.16，SEQ ID NO.17，SEQ ID NO.18，SEQ ID NO.19，SEQ ID NO.20，SEQ ID NO.21所示。
2.根据权利要求1所述的小黄鱼微卫星标记，其特征在于：所述21个微卫星标记H5，H22，H26， H31， H33， H37， H38， H43， H44，H47，H51，H54，H65，H70，H71，H75，H80，H82，H84，H106，H111的引物序列分别为：
小黄鱼 microsatellite H5 primer sequence
H5-F: CTCAATGCTTCCAAATGCTG
H5-R: ATTTGACCCGAAGCTGAATG；
小黄鱼 microsatellite H22 primer sequence
H22-F: TACGGCCTCTGTCTGTGAGA
H22-R: GAGAGGATGAGGGGAGGAGT；
小黄鱼microsatellite H26 primer sequence
H26-F: CCTCATCCTCTCTGCCTTTG
H26-R: ACGAATCAAACGCACCTTTT；
小黄鱼microsatellite H31 primer sequence
H31-F: CATTCACATTTTCCCCCAAC
H31-R: CCTGCTACTATGTGTGTGCGTA；
小黄鱼microsatellite H33 primer sequence
H33-F: GAAACGAGGACAGGGATGAA
H33-R: ACCTCCTTACCGCCTCACTT；
小黄鱼microsatellite H37 primer sequence
H37-F: CCCCTGGTGAGAGTGGAAAT
H37-R: AGAAGGCGAAAAAGTGCAAA；
小黄鱼 microsatellite H38 primer sequence
H38-F: AAGAGAAATGAGGCGTCAGG
H38-R: GGTTGGAAACAAGCCAAATG；
小黄鱼 microsatellite H43 primer sequence
H43-F: GATAGGACCACGGATGCTGT
H43-R: CTTGCTGACGCGCACTATAA；
小黄鱼microsatellite H44 primer sequence
H44-F: GGTGGTGGCAAAATTTGATT
H44-R: CCACACACCTAATGCCTCCT；
小黄鱼microsatellite H47 primer sequence
H47-F: CAGCTTGGCTTCAATCCTTC
H47-R: CTCATCGTCCACATGGTTTG；
小黄鱼 microsatellite H51 primer sequence
H51-F: GGTGGAGCTGACCTTACTGC
H51-R: CCTTGTTCCCTGCCTCTCTC；
小黄鱼microsatellite H54 primer sequence
H54-F: TCCATGAACCACGGTTACTTC
H54-R: GTGGGCACACAACCACAC；
小黄鱼microsatellite H65 primer sequence
H65-F: GCTTTGCGATGTAAAACACG
H65-R: GTTGGGAGGAAGACGATGAA；
小黄鱼microsatellite H70 primer sequence
H70-F: CAGCTTCTCCTCCCAAAATG
H70-R: ATGGTGTGCTGACAAAACGA；
小黄鱼microsatellite H71 primer sequence
H71-F: GGAGACAGCCAGTTTCACCT
H71-R: CGACACTGTGACTCGATGCT；
小黄鱼microsatellite H75 primer sequence
H75-F: AAGGACGTTCACGTTCTGTTG
H75-R: GGTGGGATGTGACATGTTGA；
小黄鱼microsatellite H80 primer sequence
H80-F: TGCGTGTCAAGGCTGTTTAG
H80-R: CACATGGAGGCAAACACAAA；
小黄鱼microsatellite H82 primer sequence
H82-F: ACCATTGTGAAGTGCGAGTG
H82-R: GGCACAGTGGGCTTATTGTC；
小黄鱼microsatellite H84 primer sequence
H84-F: ACGTGCACAGGCAGGTCT
H84-R: TGTAGGTGTGAGCAGTCTGGA；
小黄鱼microsatellite H106 primer sequence
H106-F: CCTGCCCAATAACAGCTTTC
H106-R: GGCAATCTCCAGGGTTTACA；
小黄鱼microsatellite H111 primer sequence
H111-F: TCACCGTGTTCCAGTTTATCC
H111-R: TGCGCAGTGTCTTTTCTTTG。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN 201210281134 CN102876668A (zh) | 2012-08-08 | 2012-08-08 | 小黄鱼微卫星dna分子标记 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN 201210281134 CN102876668A (zh) | 2012-08-08 | 2012-08-08 | 小黄鱼微卫星dna分子标记 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN102876668A true CN102876668A (zh) | 2013-01-16 |
Family
ID=47478184
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN 201210281134 Pending CN102876668A (zh) | 2012-08-08 | 2012-08-08 | 小黄鱼微卫星dna分子标记 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN102876668A (zh) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103305508A (zh) * | 2013-06-03 | 2013-09-18 | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 | 钝吻黄盖鲽微卫星位点及引物 |
| CN108118051A (zh) * | 2017-12-14 | 2018-06-05 | 浙江海洋大学 | 一种小黄鱼微卫星富集文库的构建方法 |
-
2012
- 2012-08-08 CN CN 201210281134 patent/CN102876668A/zh active Pending
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103305508A (zh) * | 2013-06-03 | 2013-09-18 | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 | 钝吻黄盖鲽微卫星位点及引物 |
| CN108118051A (zh) * | 2017-12-14 | 2018-06-05 | 浙江海洋大学 | 一种小黄鱼微卫星富集文库的构建方法 |
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| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C02 | Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001) | ||
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20130116 |