CN102859004A - 确定基因-营养物的相互作用的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了允许基于个体在谷胱甘肽S-转移酶pi基因和/或白介素-6基因的基因型，给个体建立个性化重量管理方案的方法和测试。公开了确定个体基因型的方法，所述基因型可以被用于选择合适的治疗/膳食方案或关于生活方式的建议。这类个性化体重管理方案相比未将遗传学信息考虑在内的传统体重管理方案有明显的益处(例如就体重减少和体重维持而言，得到更好的结果)。

Description

确定基因-营养物的相互作用的方法
发明领域
本发明涉及基于基因-营养物的相互作用，以及基于谷胱甘肽S-转移酶pi基因(GSTP1)和/或白介素IL-6基因(IL-6)的多态性，预测对饮食因素的代谢反应的方法，并提供对饮食和生活方式的建议。
发明背景
二十世纪后半叶以来，生活在工业化国家的人的饮食习惯发生了相当大的变化。以植物为基础的传统饮食被高脂肪或者热量并且含有大量基于动物的食品的饮食所取代。并且由于工业化国家的人们逐步转向久坐不动的生活方式，他们的体力活动也普遍下降。
饮食和缺乏体力活动被称为是与体重增加或肥胖症的发展有关的关键风险因素。临床上被诊断为超重或肥胖的人的数量不断增加，对于许多健康咨询机构，过度的体重增加和肥胖是一个重要的健康问题。肥胖是一种影响到所有年龄组的慢性疾病，并且与许多健康风险相关，例如高血压、冠心病或糖尿病。一个人如果有过多的体脂和/或如果他们严重超重，即他们的体重显著大于一般认为对该年龄、身高和国籍的人来说是健康的体重，则该人是肥胖的。过多体脂的存在也增加了一个人发生身体残疾的风险。
几十年来，各国政府、慈善机构及健康咨询机构已发出过关于例如饮食、运动、吸烟和日光浴的各种健康忠告。此类组织提供的旨在防止体重增加或肥胖的饮食或运动指导往往是把公众作为一个整体，或者最多是分成几个群体，比如老人、儿童和孕妇。因此，这种建议可能非常笼统，其性质决定了无法考虑个体的危险因素，比如个体的遗传特征。此外，近年来，关于特定食品、药品等和医学状况之间的关联的研究结果被大量宣传，往往引起健康方面的恐慌。
造成健康状况和对医学状况的易感性的因素在群体之间和群体内个体之间是不同的，所以个体从这些一般性的报告和研究中获取适合他/她的具体情况的有用建议往往是不可能的。
为了使医生和其他专业人士能够更针对个人需求来提供意见，希望对个体的基因组成进行分析从而识别与积极或消极影响相关的任何基因。通过确定营养物或营养学方案的影响的机制，营养遗传学(也被称为营养基因组学)试图界定这些特定的营养物质和特定的营养方案对人体健康的关系。在个体的基因组中对多种基因变异进行研究的技术目前进展顺利。营养遗传学领域目前的问题是要找到足够大的变异集合，从而能够以有助于他们的健康和健身的方式给个体提供有意义的建议。
发明概述
本发明包括用于给个体选择减重方案的方法。一方面中，所述方法包括：确定个体在基因座位点313、341或两者的GSTP1基因型，和根据个体包含的下述基因型给个体选择减重方案：在位点313是G等位基因的纯合子、位点313是杂合子(A/G)、位点341是T等位基因纯合子、位点341是杂合子(C/T)，以及它们的组合，其中所述减重方案是由位点313和341均为野生型的有可比性个体的减重方案改进的。所述方法还显示，当个体的基因型包含位点313的G等位基因纯合子或者位点313的杂合子(A/G)时，预计所述个体比位点313是A等位基因纯合子的个体对减重方案的反应更强。本发明该方法的另一个方面还显示，当个体的基因型包含位点341的T等位基因纯合子或杂合子(C/T)时，预计所述个体比位点341是C等位基因纯合子的个体对减重方案的反应更强。
本发明另一方面中，所述方法进一步显示，当个体的基因型包含位点313的G等位基因纯合子或杂合子(A/G)时，选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括的膳食方案能量摄入高或者持续时间短。该方法还可以包括选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括更高的钙摄入量。
本发明又一方面中，所述方法进一步显示，当个体的基因型包含位点341的C等位基因纯合子时，减重方案与具有位点341G等位基因的基因型个体的相比，包括能量摄入较低或者持续时间更长的膳食方案。
本发明另一方面中，所述方法进一步显示，当个体的基因型在位点313是A等位基因纯合子和/或位点341是C等位基因纯合子时，减重方案与具有位点313G等位基因纯合子或位点313杂合子(A/G)和具有位点341T等位基因纯合子或位点341杂合子(C/T)的个体相比，包括的膳食方案能量摄入较低或者持续时间更长。
本发明还有一个方面中，所述方法进一步显示，当个体的基因型在位点341是T等位基因纯合子或者位点341是杂合子(C/T)时，选定的减重方案与位点341具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括十字花科蔬菜摄入量更高的膳食方案。
本发明又一方面中，所述方法进一步显示，当个体的基因型在位点313是G等位基因纯合子或者位点313是杂合子(A/G)时，选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括维生素A摄入量更高的膳食方案。
本发明另一方面中，该方法进一步显示，当个体的基因型在位点313是G等位基因纯合子或者位点313是杂合子(A/G)时，选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括钙摄入量更高的膳食方案。
本发明还有一个方面中，所述方法进一步显示，当个体的基因型在位点313是G等位基因纯合子或者位点313是杂合子(A/G)并且在位点341是T等位基因纯合子或者位点341是杂合子(C/T)时，选定的减重方案所包含的膳食方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，维生素A摄入更高，与位点341具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，十字花科蔬菜摄入更高。
本发明又一方面中，所述方法进一步显示，当个体的基因型在位点313是G等位基因纯合子或者位点313是杂合子(A/G)并且在位点341是T等位基因纯合子或者位点341是杂合子(C/T)时，选定的减重方案所包含的膳食方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，钙摄入更高，与位点341具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，十字花科蔬菜摄入更高。
本发明还提供了一种用于给需要增重的个体选择膳食方案的方法。所述方法包括确定个体在GSTP1基因的基因座位点313的GSTP1基因型，和当个体在位点313是A等位基因纯合子时选择膳食方案，其中所述膳食方案与不需要增重的个体的膳食方案相比，钙摄入较低。
本发明另一方面中显示，GSTP1等位基因是作为一组至少5个基因的基因组群的一部分被确定的，所述基因组群中的基因都具有一或多个等位基因。所述方法还提供了从下列基因中选出的该组群中的其它基因：亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)；甲硫氨酸合成酶还原酶(MS-MTRR)；甲硫氨酸合酶(MTR)；β胱硫醚合成酶(CBS)；锰超氧化物歧化酶(MnSOD)；超氧化物歧化酶3(SOD3)；谷胱甘肽S-转移酶M1(GSTM1)；谷胱甘肽S-转移酶T1(GSTT1)；谷胱甘肽S-转移酶pi(GSTP1)；载脂蛋白C-III(APOC3)；载脂蛋白A-V(APOA5)；胆固醇酯转移蛋白(CETP)；脂蛋白脂酶(LPL)；内皮型一氧化氮合酶(eNOS)；血管紧张素转换酶基因(ACE)；维生素D受体(VDR)；I型胶原α-1(COL1A1)；肿瘤坏死因子-α(TNF-a)；过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(PPAR-Y2)；环氧化物水解酶I(EPHX1)；肝脂酶(LIPC)；对氧磷酶1(PON1)；乙醇脱氢酶IB(ADH1B)；乙醇脱氢酶IC(ADH1C)；血管紧张素原(AGT)；细胞色素P450 1A1(CYP1A1)；细胞色素P450 1A2*1B(CYP1A2_1B)，细胞色素P450 1A2*1E(CYP1A2_1E)和细胞色素P4501A2*1F(CYP1A2_1F)。
本发明还提供了用于给50岁以下个体选择减重方案的方法。所述方法还包括：确定个体在基因座位点-174的IL-6基因型。所述方法进一步包括当个体包含下述基因型时给个体选择减重方案：在位点-174是G等位基因的纯合子和位点-174是杂合子(C/G)，其中所述减重方案是由位点-174是C等位基因纯合子的有可比性个体的减重方案改进的。所述方法还显示，当个体的基因型是位点-174的C等位基因纯合子时，预计该个体比位点-174是G等位基因纯合子和位点-174是杂合子的个体对减重方案的反应更强。在本发明所述方法的再一方面中，方法进一步显示，当个体的基因型选自位点-174是G等位基因纯合子和位点-174是杂合子(C/G)时，选定的减重方案所包含的膳食方案与包含位点-174是C等位基因纯合子基因型的有可比性个体的减重方案相比，能量摄入更低和/或持续时间更长。在所述方法的还有一个方面中，IL-6等位基因是作为一组至少5个基因的基因组群的一部分被确定的，所述基因组群中的基因都具有一或多个等位基因。所述方法还提供了从下列基因中选出的该组群中的其它基因：亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)；甲硫氨酸合成酶还原酶(MS-MTRR)；甲硫氨酸合酶(MTR)；β胱硫醚合成酶(CBS)；锰超氧化物歧化酶(MnSOD)；超氧化物歧化酶3(SOD3)；谷胱甘肽S-转移酶M1(GSTM1)；谷胱甘肽S-转移酶T1(GSTT1)；谷胱甘肽S-转移酶pi(GSTP1)；载脂蛋白C-III(APOC3);载脂蛋白A-V(APOA5)；胆固醇酯转移蛋白(CETP)；脂蛋白脂酶(LPL)；内皮型一氧化氮合酶(eNOS)；血管紧张素转换酶基因(ACE)；维生素D受体(VDR)；I型胶原α-1(COL1A1)；肿瘤坏死因子-α(TNF-a)；过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(PPAR-Y2)；环氧化物水解酶I(EPHX1)；肝脂酶(LIPC)；对氧磷酶1(PON1)；乙醇脱氢酶IB(ADH1B)；乙醇脱氢酶IC(ADH1C)；血管紧张素原(AGT)；细胞色素P450 1A1(CYP1A1)；细胞色素P450 1A2*1B(CYP1A2_1B)，细胞色素P450 1A2*1E(CYP1A2_1E)和细胞色素P450 1A2*1F(CYP1A2_1F)。
发明详述
本发明人确定了GSTP1的两个等位基因和身体质量指数之间的关联，并进一步发现了某些饮食因素和这些等位基因之间的关系。此外，本发明人确定了与年龄相关的IL-6的位点-174等位基因和身体质量指数之间的关联。通过评估个体中是否存在这些等位基因，有可能给个体选择体重管理方案。
本发明涉及通过确定个体在基因座位点313、341或者两者的GSTP1基因型，给个体选择体重管理方案，比如减重方案的方法。
谷胱甘肽S-转移酶pi基因(GSTP1)是一个多形态基因，其编码有活性的功能不同的GSTP1变体蛋白，这些蛋白被认为具有参与外源物质代谢的功能，以及对癌症和其他疾病的易感性中发挥作用。但目前还没有关于它们与正常膳食因素的关联的报告。GSTP1基因的序列(开放阅读框)及其翻译分别如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示。野生型(cDNA)序列如SEQ ID NO：3所示。编号基于开放阅读框，其中第一个甲硫氨酸ATG在序列中被编号为1-3。
有两种常见的GSTP1等位基因变体。一个是在核酸的开放阅读框位点313，由A变为G(SEQ ID NO：4)，另一个是位点341的C到T的改变(SEQID NO：6)。这两种变化都导致编码序列的变化，产生蛋白变体Ile105Val(SEQID NO：5)和Alal114Val(SEQ ID NO：7)。该基因是常染色体显性遗传，因此个体在每个等位基因可以是纯合子或杂合子。
GSTP1基因的序列(开放阅读框)及其翻译分别如SEQ ID NO：1和SEQID NO：2所示。野生型(cDNA)序列如SEQ ID NO：3所示。编号基于开放阅读框，其中第一个甲硫氨酸ATG在序列中被编号为1-3。正如上面指出的，位点313和341的变化也会产生编码序列，在文献中分别又被称为Ile105Val和Alal114Val。在本发明中，因为遗传筛查主要是通过参考核苷酸分析进行的，提及等位基因时引用了核苷酸编号和变化。
单核苷酸多态性在Database of Single Nucleotide Polymorphisms(dbSNP),Bethesda(MD):National Center for Biotechnology Information,NationalLibrary of Medicine中被给予分类(参见Sherry ST,et al;dbSNP:the NCBIdatabase of genetic variation.Nucleic Acids Res.2001 Jan 1;29(1):308-11)。SNPs通过独特的登录号进行了编目。在本例中，GSTP1 A313G多态性是SNP登录号rs l695，GSTP1 C341T多态性是rsl 138272。
本发明的一个实施方案包括确定个体在基因座位点313、341或者两者的GSPT1基因型。个体的基因型一般是通过对从个体获得的核酸(通常是DNA)样品，例如腮抹试或者类似样品进行分析确定的。分析利用本领域已知的常规方法进行。可能包括对位点313和341中的一个或两个使用PCR进行扩增并测序；或者包括使用核酸探针，所述探针能够通过与野生型和变体序列的差异杂交来区分等位基因。由于等位基因也反映在蛋白编码的变化中，因此有可能在蛋白水平上检测等位基因，例如，通过免疫测定法或其他蛋白分析方法。利用来自个体的含有可检测水平GSTP1蛋白的样品即可实施这样的方法。
本发明的这个实施方案还包括当个体基因型在位点313是G等位基因纯合子或位点313杂合子(A/G)时，预计该个体比位点313是A等位基因纯合子的个体对减重方案的反应更强。此外，当个体的基因型被确定为位点341的T等位基因纯合子或位点341的杂合子(C/T)时，也预计该个体比位点341是C等位基因纯合子的个体对减重方案的反应更强。
本发明的另一个实施例包括当个体的基因型是位点313的G等位基因纯合子或者位点313杂合子(A/G)时，选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括的膳食方案能量摄入高或者持续时间短。该方法还提供了选择与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括更高钙摄入量的减重方案。
受试对象的BMI和钙摄入与GSTP1 313多态性的不同等位基因之间存在关联。那些是AA等位基因纯合子的个体似乎得益于低钙摄入，其中那些位点313G等位基因纯合子或者位点313杂合子(A/G)的个体得益于高摄入。低摄入是指可能最多每天1000mg，例如最多每天900mg，比如最多每天800mg的摄入量。高摄入是指例如每天至少1100mg，例如每天至少1200mg，比如每天1300mg的摄入量。
在本发明的一些实施例中，所述方法进一步显示，当个体的基因型包含位点341的T等位基因纯合子或者位点341的杂合子(C/T)时，选定的减重方案与位点341具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括十字花科蔬菜摄入量更高的膳食方案。
可食性十字花科(Brassicaceae或Cruciferae)植物被称为十字花科蔬菜。最常食用的这类蔬菜包括卷心菜、西兰花、花椰菜、羽衣甘蓝、抱子甘蓝、芜菁、油菜、芥菜、小萝卜、辣根、水芹和西洋菜。使用本发明的方法，具有位点341 GSTP1 T等位基因(即杂合CT或纯合TT基因型)并且十字花科蔬菜摄入量高的个体与CC纯合子相比，与较低的体重指数呈正相关。合适的是，与CT或TT基因型中观察到的益处相关的最小十字花科蔬菜摄入水平是每周至少3个食用份量的十字花科蔬菜，例如每周至少5个食用份量，比如每周至少7个食用份量。一个食用份量的十字花科蔬菜被认为是大约100g的蔬菜份额。
在本发明的一些实施例中，所述方法进一步提供当个体的基因型包含位点313的G等位基因纯合子或位点313杂合子(A/G)时，选定的减重方案所包含的膳食方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，维生素A摄入更高。
个体的维生素A摄入可能是来自食物和维生素补充剂形式的组合，所述补充剂一般是视黄醇或在体内转化为视黄醇的胡萝卜素形式。位点313G等位基因纯合子或313位点杂合子(A/G)的个体具有与维生素摄入量低相关的较高身体质量指数。因此，这些个体可能会受益于通过增加含有该维生素的食物来源和/或服用维生素A补充剂来提高他们饮食中的维生素A摄入量。适宜地，与在AG和GG基因型中观察到的益处相关的最小维生素A摄入水平可能是每天至少3000(国际单位)，例如，至少每天4000IU，比如每天至少5000IU。
在本发明的这个和其他方法中，建议的食物亚类型(即，视情况可以是十字花科蔬菜、维生素A或钙)摄入水平可以考虑目前的饮食有关问卷调查数据进行改进。例如，可能受益于高十字花科蔬菜摄入量的个体如果已经超过了最低摄入量，可能现在的膳食摄入就能够达到建议的最低水平。
本发明再一个实施方案是用于给需要增重的个体选择膳食方案(即增重计划)的方法。所述方法包括：确定个体在GSPT1基因的基因座位点313的GSPT1基因型。具体来说，由于具有313A纯合子基因型且高钙饮食的个体比那些有G等位基因的个体的BMI更高，该个体应当被开高钙膳食补充剂处方，或者被建议富含钙的饮食来协助实现增重目标。位点313是A等位基因纯合子的个体应当被处方与不需增重的个体相比，钙摄入较低的饮食方案。此外，本发明还设想了确定GSPT1基因中位点341的GSPT1基因型从而给需要增加体重的个体选择膳食方案。
本发明的另一个实施方案是用于通过确定基因座位点-174的个体IL-6基因型来给个体选择体重管理方案的方法。白介素-6(IL-6)基因(SEQ IDNO：10代表编码SEQ ID NO：11的野生型IL-6)是一个多态性基因，其中启动子区域的位点-174的核苷酸序列可以是C或G(SEQ ID NO：8)。单核苷酸多态性在Database of Single Nucleotide Polymorphisms(dbSNP),Bethesda(MD):National Center for Biotechnology Information,NationalLibrary of Medicine中被给予分类(参见Sherry ST,et al;dbSNP:the NCBIdatabase of genetic variation.Nucleic Acids Res.2001 Jan 1;29(1):308-11)。SNPs通过独特的登录号进行了编目。在本实施方案中，IL-6-174多态性是登录号rsl800795(SEQ ID NO：9)。
个体的基因型一般是通过对从个体获得的核酸(通常是DNA)样品，例如腮抹试或者类似样品进行分析确定的。分析利用本领域已知的常规方法进行。可能包括对位点-174使用PCR进行扩增并测序；或者包括使用核酸探针，所述探针能够通过与野生型和变体序列的差异杂交来区分等位基因。
本实施方案中提供了用于给50岁以下个体选择减重方案的方法。所述方法包括确定个体在基因座位点-174的IL-6基因型；和当个体在位点-174是G等位基因纯合子或者位点-174是杂合子(C/G)时选择减重方案，所述减重方案是由位点-174为野生型的有可比性个体的减重方案改进的。
在本发明的许多实施方案中，在基因芯片阵列中确定GSTP1和/或IL-6的等位基因，其中还分析了与生活方式和饮食危险因素相关的多个其他基因变体。
虽然本发明可以通过分开检验GSTP1等位基因和/或IL-6等位基因进行实施，也考虑了将等位基因作为与饮食和健康相关的基因panel的一部分来确定。
还考虑了个体的基因型使上述两种或更多种膳食因素与有利或有害影响相关，本发明提供了与这些因素的任何组合有关的生活方式和饮食建议。
“个体”或“受试对象”
本发明意图在人受试对象上进行。一般来说，人是成年人，即18岁或以上。受试对象可以是男性或女性。
本文所报告的相关性在高加索两性受试者中均得到确认，并且男性和女性之间没有显著差异。但是与连锁不平衡可能会发生在不同种族亚群中的单倍型分析不同，本发明涉及蛋白质编码区的等位基因。这表明不同基因型之间的差异是结构变化和由此产生的GSTP1蛋白活性变化的结果。因此，本发明也可以实施在其他种族群体的受试对象上，例如非洲黑人或东方血统的受试对象，因为无论特定等位基因的具体出现频率如何不同，蛋白质的活性在所有人口群体中是类似的。
就IL-6的多态性来说，本文所报告的相关性在高加索两性受试者中均得到确认，并且男性和女性之间没有显著差异。相信IL-6的多态性影响的是基因的表达水平，并且这种差别在所有种族亚群中都存在，即使等位基因的出现频率不同也如此。因此，本发明也可以实施在其他种族群体的受试对象上，例如非洲黑人或东方血统的受试对象，因为这种基因的活性在所有人口群体中是类似的，无论特定等位基因的具体出现频率如何不同都如此。
在本发明中，对于本发明相关方法来说，有可比性个体是这样的个体或个体群，所述个体或个体群经确认具有野生型GSPT1 313(A等位基因纯合子)、341(T等位基因纯合子)和/或IL-6-174等位基因(C等位基因的纯合子的)的个体。此外，有可比性个体与方法其他相关特征来说是方法的受试对象的个体类似。例如，相关特征包括年龄、体重、身高、健康史、性别、其他遗传特征、生活方式因素和/或饮食。
预测对减重计划的反应
个体或者医疗人员可以利用本发明所述的GSTP1或IL-6基因多态性来预测对减重方案的反应。本发明的数据显示，在平衡的控制热量的饮食情况下，具有GSTP1 313 G或GSTP1 341 T等位基因的受试对象的重量减少大于具有野生型等位基因的受试对象。此外，本发明的数据显示对于IL-6基因，既有年龄相关的也有IL-6等位基因相关的对BMI的影响。
该信息可用于向采用上述饮食的携带野生型等位基因的个体建议说，他们的重量减少可能会小于那些带有变体等位基因的个体。这类信息对于例如临床情景或者营利性或非营利性减重机构的减重方案可能是有用的。确切的减重程度将取决于饮食性质和/或伴随该饮食的锻炼状况。对于每个方案，可以根据GSTP1或IL-6基因型的情况，对历史性或预测的参与者平均体重下降进行改进，以便该个体的预期或目标更好地适应其特定基因组成。例如，带有GSTP1野生型等位基因的个体可能会被告知，他们的重量减少可能低于遵循同样的饮食或运动计划的参与者的平均水平，而那些带有GSTP1 313G或GSTP1 341 T等位基因的个体可以预期在类似方案的过程中减重超过平均水平。此外，带有IL-6G等位基因(“较高BMI相关性质”)的50岁以下个体会被告知，他们的重量减少可能低于遵循同样的饮食或运动计划的参与者的平均水平，而那些不具备这种年龄-基因型组合的个体(“较低BMI相关性质”)可以预期在类似方案的过程中减重超过平均水平。
膳食方案
除了预计具体饮食的相对可能重量减少，本发明还允许在这种方案的范围内，根据GSTP1基因型或IL-6基因型对方案进行调适。例如，带有野生型GSTP1基因的个体不仅可以被告知他们可能预期的重量减少，还可以被给予关于如何通过降低饮食的热量摄入、增加锻炼或延长参加方案的时间来实现更多减重的指导和建议。类似地，那些带有GSPT1 313 G或GSPT1 341T等位基因的个体可以设定一个更加雄心勃勃的减重目标，或者修改膳食方案以允许比带有野生型等位基因的个体有更高的热量。
对于个体某个饮食的精确能量摄入需要由涉及的个体，在必要或适当咨询保健顾问的情况下来确定，因此精确的数字不可能适用于任何情况下的所有个体。一般来说，正在节食的个体的热量摄入在1000-2000千卡/天(约4200-8400kJ/天)的范围内。因此，对于参加特定减重计划的一群个体，可能要将这个群体按照发明所述BMI-相关特性进行分组，那些具有较高BMI相关特性(即，第313位的A等位基因的纯合子或第341位的C等位基因的纯合子)的个体相比具有较低BMI相关特性的个体(位点313有G等位基因的个体或者位点341有T等位基因的个体)，给他们制定的饮食要减少例如大约5-20%，比如大约5-10％的能量摄入。
对于IL-6基因型，具有较高BMI相关特性的个体不仅可以被告知他们可能预期的重量减少，还可以被给予关于如何通过降低饮食的热量摄入、增加锻炼或延长参加方案的时间来实现更多减重的指导和建议。类似地，那些具有较低BMI相关特性的个体可以设定一个更加雄心勃勃的减重目标，或者修改膳食方案以允许比带有野生型等位基因的个体有更高的热量。此外，可以建议具有较低BMI相关特性的个体要在年轻时小心控制自己的体重，以减轻从50岁起增加的较高BMI风险。
营养遗传学筛选
营养遗传学筛选领域涉及对受试对象的一或多个基因的分析，所述基因参与对膳食或其他健康相关因素的响应，其中鉴定到可能改变所述响应的一个或多个等位基因。在一个典型过程中，提供来自受试对象的DNA样本。样品可能是腮抹拭或其他身体样品的形式。然后检验DNA，以确定存在的是目标一或多个基因的哪个等位基因。如果确认是会造成一或多个不良后果(例如较低的骨矿物质密度，较高风险的心脏疾病等)的风险增加的基因等位基因，可能会建议个体根据这一风险来改变他或她的饮食。例如，意见可能包括建议的最小和/或最大量的食物亚型，如脂肪，蔬菜亚组(芸苔属植物、葱蒜类蔬菜等)。这样的方法可以是上面提到的US7054758的方法。
在一些营养遗传学筛选实施方案中，个体还可以结合DNA样品，提供有关生活方式详细信息(例如，当前饮食、年龄、性别、酒精摄入量和他们是否抽烟中的一或多个详细信息)的问卷的回答。这可以使建议进一步适合个人的要求。
在典型的营养遗传学筛选方法中，GSTP1的等位基因是在5到100个，比如5-20个其他具有等位基因变体的与饮食或健康响应或危险因素有关的基因组群中被确定的。组群中可以包含的其他基因选自亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)；甲硫氨酸合成酶还原酶(MS-MTRR)；甲硫氨酸合酶(MTR)；β胱硫醚合成酶(CBS)；锰超氧化物歧化酶(MnSOD)；超氧化物歧化酶3(SOD3)；谷胱甘肽S-转移酶M1(GSTM1)；谷胱甘肽S-转移酶T1(GSTT1)；谷胱甘肽S-转移酶pi(GSTP1)；载脂蛋白C-III(APOC3)；载脂蛋白A-V(APOA5)；胆固醇酯转移蛋白(CETP)；脂蛋白脂酶(LPL)；内皮型一氧化氮合酶(eNOS)；血管紧张素转换酶基因(ACE)；维生素D受体(VDR)；I型胶原α-1(COL1A1)；肿瘤坏死因子-α(TNF-a)；过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(PPAR-Y2)；环氧化物水解酶I(EPHX1)；肝脂酶(LIPC)；对氧磷酶1(PON1)；乙醇脱氢酶IB(ADH1B)；乙醇脱氢酶IC(ADH1C)；血管紧张素原(AGT)；细胞色素P450 1A1(CYP1A1)；细胞色素P450 1A2*1B(CYP1A2_1B)，细胞色素P450 1A2*1E(CYP1A2_1E)和细胞色素P450 1A2*1F(CYP1A2_1F)。
同样，在典型的营养遗传学筛选方法中，IL-6的等位基因是在5到100个，比如5-20个其他具有等位基因变体的与饮食或健康响应或危险因素有关的基因组群中被确定的。组群中可以包含的其他基因选自亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)；甲硫氨酸合成酶还原酶(MS-MTRR)；甲硫氨酸合酶(MTR)；β胱硫醚合成酶(CBS)；锰超氧化物歧化酶(MnSOD)；超氧化物歧化酶3(SOD3)；谷胱甘肽S-转移酶M1(GSTM1)；谷胱甘肽S-转移酶T1(GSTT1)；谷胱甘肽S-转移酶pi(GSTP1)；载脂蛋白C-III(APOC3);载脂蛋白A-V(APOA5)；胆固醇酯转移蛋白(CETP)；脂蛋白脂酶(LPL)；内皮型一氧化氮合酶(eNOS)；血管紧张素转换酶基因(ACE)；维生素D受体(VDR)；I型胶原α-1(COL1A1)；肿瘤坏死因子-α(TNF-a)；过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(PPAR-Y2)；环氧化物水解酶I(EPHX1)；肝脂酶(LIPC)；对氧磷酶1(PON1)；乙醇脱氢酶IB(ADH1B)；乙醇脱氢酶IC(ADH1C)；血管紧张素原(AGT)；细胞色素P450 1A1(CYP1A1)；细胞色素P450 1A2*1B(CYP1A2_1B)，细胞色素P450 1A2*1E(CYP1A2_1E)和细胞色素P450 1A2*1F(CYP1A2_1F)。
对于以上基因的基因panel多态性，当包括在面板中时，可以选自表1中列出的下列基因：
表1
Figure BDA00002298580800121
Figure BDA00002298580800131
因此，文中描述的本发明的各种方法可以对GSTP1基因单独实施从而确定位点313和341中的一个或两个等位基因；或者作为营养遗传学筛选方法的一部分。对于后一种情况，所述方法可以包括确定上表中一或多个基因的等位基因。
此外，文中描述的本发明的各种方法可以对IL-6基因单独实施从而确定位点-174的等位基因；或者作为营养遗传学筛选方法的一部分。对于后一种情况，所述方法可以包括确定表1中一或多个基因的等位基因。
身体质量指数(BMI)
众所周知本领域中，术语超重和肥胖是指大于通常认为对于给定高度是健康的重量范围。利用体重和高度测量值计算他们的体重质量指数(BMI)可以将一个人归类为超重或肥胖。可以使用下面的公式计算身体质量指数：
BMI(kgm-2)=体重(kg)÷[身高(m)]2。
BMI往往被用来将个体归类为超重或肥胖是因为对于大多数人来说，BMI与他们的身体脂肪量有相关性。对于成年人来说，健康的BMI通常介于18.5-25kgm-2。如果成人的BMI为至少25kgm-2，但小于30kgm-2，他们一般被归类为超重。BMI大于或等于30kgm-2表明该成年人是肥胖的。
本发明可能对体重过轻、健康体重(BMI在18.5-25)、超重和肥胖个体都有用。本发明作为膳食方案的一部分使用时，可能对那些归类为超重或肥胖的人特别有用。在健康体重的个体中使用本发明也可以提供将BMI维持在18.5-25的范围内的建议。
US 7054758中公开了用于给人受试对象确定个性化生活方式建议的各种方法，该专利的公开内容通过引用并入本文。一般来说，方法包括以下通常由计算机辅助的步骤：
(i)在第一数据处理装置上提供第一数据组，所述第一数据组包含的信息指出个体等位基因与生活方式危险因素的对应关系，其中所述等位基因已知与增加或减少的疾病易感性有关；
(ii)在第二数据处理装置上提供第二数据组，所述第二个数据组包含的信息可以将每个所述危险因素与至少一种生活方式建议匹配;
(ⅲ)输入确定所述受试对象中存在的等位基因的第三数据组，其中所述等位基因是所述第一数据组中的一或多个等位基因；
(iv)通过所述第一数据组提供的等位基因与危险因素的对应关系，确定与所述人受试对象中存在的所述等位基因相关的危险因素；;
(v)在步骤(iv)确定的每个危险因素的基础上，通过来自所述第二数据组的所述危险因素与生活方式建议的匹配，从而确定至少一种生活方式建议；
(ⅵ)生成个性化的生活方式建议，其包含至少一种步骤(v)中确定的生活方式建议。
个性化的生活方式建议书可能包括食品亚型的推荐最小和/或最大量。本文公开的与GSTP1基因的关联性可以用于给上述过程的步骤(i)提供等位基因，给步骤(ii)提供和BMI相关的危险因素和当前的膳食摄入，并给步骤(v)提供文中公开的建议，从而制定考虑了GSTP1基因型(和其他遗传标记物)的个性化生活方式建议书。
发明的另外一个实施方案提供了试剂盒和试剂盒的使用方法，其中所述试剂盒包含采集个体DNA样品的装置，和任选的问卷调查用于收集与个体BMI和十字花科蔬菜、维生素A和钙中的一或多个的摄入有关的数据。“与BMI有关的数据”可能是BMI本身或者可以用于计算BMI的身高和体重数据。使用试剂盒的方法包括的步骤有对DNA样品进行分析以确定个体在GSTP1位点313和/或341和/或IL-6的基因型；和根据确定的GSTP1基因型和/或IL-6基因型提供有关饮食和/或生活方式(例如，锻炼或运动水平)的建议。
本申请在此通过引用将美国专利申请61/307,522和61/307,526全文并入。
虽然已经详细描述了本发明的各种实施方案，但很明显本领域技术人员会想到这些实施方案的改进和调适。然而应当明确地理解，这类改进和调适包括在以下示范性权利要求给出的本发明的范围内。
实施例
以下实施例用于说明的目的，而不是意在限制文中所要求保护的发明范围。本领域技术人员所想到的任何变化都落入本发明范围内。本申请中提到的所有文献通过引用并入本文，与本公开没有不一致。
正如下面实施例1-5中描述的，发现个体对受控饮食的响应(减重)在那些有一个或另一个变体基因型(位点313是AG或GG，位点341是CT或TT)的个体中大于具有野生型等位基因的个体。位点341具有变体基因型的个体被发现比具有野生型等位基因的个体的身体质量指数(BMI)更低。
实施例1-5中提供的数据显示BMI和体重调节与GSTP1基因型之间存在联系。这种联系使得可以根据基因型预测饮食和运动的可能结果，允许个体或健康专业人士给所述个体提供建议，从而决定可能有利于达到减重或保持健康体重的饮食和/或运动计划。
相应地，本发明的发现可以被用来在GSTP1基因型的基础上提供一般的饮食和/或生活方式建议，也可以提供更具体的关于食物亚型(即一或多种十字花科蔬菜、维生素A和钙)摄入量的建议。
实施例1
本实施例阐述了GSPT1多态性与体重减少之间的遗传学关联。41位有减重失败历史(定义为至少有两次或两次以上的不成功尝试)的患者参加了希腊雅典的体重管理诊所，遵循传统体重管理方案，所述方案包括低血糖指数的地中海饮食、建议的日常锻炼和在诊所中的定期随访：
早餐：一杯咖啡或茶，一薄片全麦面包或者黑麦饼干，和一片奶酪及一片火鸡火腿，或者和人造黄油(BecelTM)和少许蜂蜜，或一份谷物和1.5％低脂牛奶
午餐-晚餐：
第1天：新鲜或煮熟蔬菜沙拉，一片奶酪，一片面包。
第2天：烤鱼+沙拉
第3天：烤鸡+沙拉
第4天：一份青豆，与番茄和橄榄油共同烹制。一片奶酪
第5天：烤鱼片+沙拉
第6天：一份扁豆，一片奶酪，一片面包
第7天：烤鱼+沙拉
患者的饮食方案是由标准饮食根据位点313或341的GST1变体结果改进的。在谷胱甘肽S-转移酶pi基因的位点313或341携带一或两个拷贝变体等位基因的患者建议确保饮食中规律地包含十字花科(每周5次)和葱蒜(每日)蔬菜，并提供给患者建议和食谱，而且如果需要的话添加西兰花提取物和大蒜补充剂。
定期由病人的临床记录进行BMI测试结果分析。100天(平均随访167天或5.6个月)后测量了41个人的BMI。
对于营养遗传学测试，使用了Sciona Body Benefits试剂盒(Sciona IncBoulder CO)。临床上用两个颊黏膜拭子取颊细胞样品，并且患者完成了全面的饮食和生活方式的调查问卷。拭子和样品快递发送到Sciona，并使用Sequenom Mass Array系统进行了基因测试。
统计方法：通过比较5.6个月随访时，野生型纯合子基因型和携带一或两个变体等位基因的体重减少、BMI减少和BMI减少评估了GSTP1基因位点313和341多态性基因型与体重减少之间的遗传学关联性。该关联的统计学显著性利用HelixTree软件包(GoldenHelix Inc Bozeman，MT USA)的线性回归模块进行了评价。
线性回归分析包括年龄和性别作为协变量。对于每个基因型，利用协变量分析并输出S-Plus 6中调整最小的均值，来评估调整后的平均BMI减少、体重减少和BMI减少百分比(Insightful Corp，WA)。平均体重减少、BMI减少和BMI减少百分比(作为位于基线处的原始BMI的百分比)用于GSTP1基因多态性。统计显著性p-值以BMI的变化作为结果变量。
表2A：5.6个月后的减重测量值-位点313等位基因
Figure BDA00002298580800171
表2B：5.6个月后的减重测量值-位点341等位基因
Figure BDA00002298580800172
Figure BDA00002298580800181
实施例2
本实施例阐述了GSPT1多态性和身体质量指数之间的遗传学关联。基因型、BMI和营养物摄入数据采集自3000名客户，这些客户参加了Sciona
Figure BDA00002298580800182
营养遗传学测试(所有数据在分析前是匿名的)，其自我报告的种族是白人。基因分型和营养物摄取分析如实施例1的描述进行。在个体自我报告的种族群体中，按性别进行基因-营养物-BMI相互作用的分析。
通过比较野生型纯合子基因型和携带一或两个变体等位基因的BMI评估了GSTP1基因位点341多态性基因型与体重减少之间的遗传学关联性。该关联的统计学显著性利用HelixTree软件包(
Figure BDA00002298580800183
GoldenHelix Inc Bozeman，MT USA)的线性回归模块进行了评价。线性回归分析包括了年龄和性别作为协变量。如表3所示，携带一或两个拷贝变体等位基因(“T”)的个体比具有野生型基因型的有较更低的身体质量指数。
表3:CC比对(vs)CT/TT等位基因的BMI
Figure BDA00002298580800184
实施例3
在这个和下面的实施例中，术语“基因-环境相互作用”或“基因-营养物相互作用”是指这样的情形，所述情形中对某性状的影响只在某些环境(比如个体的年龄)或营养物摄入情况下看到，或者是根据营养物摄入或环境条件看到对所述性状的不同影响。
本实施例阐述了就维生素A摄入而言，GSTP1位点313多态性基因型对身体质量指数的差别影响。
利用线性回归模型或方差分析对基因-营养物相互作用的统计学评价：
统计学上，相互作用是在两个或更多个变量的效应不是简单叠加时，统计模型中增加的术语。该术语反映了一个变量的效果依赖于一个或多个其他变量的值。这里的情况中，BMI=aX1+bX2+e，其中X1可以代表个体对给定营养物的摄入量或者个体的年龄，X2可以代表个体的基因型，a和b是通过回归模型估计的系数。与此相反，BMI=aX1+bX2+c(X1xX2)+e是变量XI和X2之间有相互作用的模型例子(“e”是指随机变量，其值是观察到的BMI与线性模型拟合情况下BMI预期值的差别量)。相互作用的变量可以是分类变量(如基因型)或实数。相互作用的结果是一个变量带来的影响取决于另一个变量的值。
方差分析或多重线性回归模型产生的值表明对于基因型变量、营养物变量和相互作用变量差异是由于它们的确不同(相对由于巧合造成的不同)产生的概率。获取每个个体因素(即主效果)的显著性值，以及因素相互作用(即交互效果)的显著性。对于交互效果，当考虑两个或更多因素时，返回一个显著性p值。如果因素(营养物摄入和基因型或年龄和基因型)之间发现有相互关系，ANOVA或线性回归模型会产生统计学上的显著性概率值(例如，<0.05)(James J.Jaccard,Robert Turrisi,Interaction Effects in Multiple Regression,Sage Publications,2003,ISBN 0-7619-2742-5)。通过在S-Plus 6.0中的线性回归模型中包括相互作用项(term)估计了基因-营养物相互作用或基因-年龄相互作用的统计学显著性。
位点313的GSTP1基因型之间的遗传学关联在个体中，即维生素A摄入量半数以下(bottom half)(小于11,000IU/天)和维生素A摄入量半数以上(top half)(11,000IU/天或以上)的个体中分开进行了研究。
表4A：维生素A摄入量低于50％的受试对象
  GSTP1 313基因型   AA   AG   GG
  BMI   27.11   27.72   27.996
  Std err   0.222   0.228   0.454
对这群人，通过方差分析发现位点313的基因型与BMI显著相关(P<0.025)，所述方差分析包括按该多态性携带的“G”等位基因拷贝数把基因型作为分类变量0、1、2，以及年龄和性别作为协变量。
表4B：维生素A摄入量高于50％的受试对象：
  GSTP1 313基因型   AA   AG   GG
  BMI   26.774   26.677   26.013
  se   0.212   0.213   0.413
这个群体中，经方差分析发现位点313的基因型与BMI没有显著相关性(P<0.16)，所述方差分析包括按该多态性携带的“G”等位基因拷贝数把基因型作为分类变量0、1、2，以及年龄和性别作为协变量。
利用软件S-PLUS 6.0进行的线性回归模型拟合显示相互作用项是统计学显著的(p<0.01)，其中包括了位点313的GSTP1基因型(简称为GSTP1_313)、维生素A摄入量、年龄、性别以及维生素A和GSTPl基因型的相互作用。GSTP1_313对BMI的主效果不是统计学显著的，维生素A的主效果有统计学显著性(P<0.0001)。
因此，只在维生素A摄入量低的个体中看到G等位基因的较高BMI对BMI的显著相关性。
对于313等位基因的情况，在维生素A摄入量低的受试对象中没有观察到变体AG或GG基因型的有益效果。如果没有足够的维生素A摄入，AG和GG基因型与BMI增加相关。这种效果会被饮食中充足的维生素A摄入所抵消。
实施例4
本实施例阐述了位点341处有GSTP1多态性的基因型对依赖于十字花科蔬菜摄入的身体质量指数的不同影响。位点341的GSTP1基因型之间的遗传学关联在个体中，即十字花科蔬菜摄入量半数以下(每周小于三个食用份)和十字花科蔬菜摄入量半数以上(每周大于三个食用份)的个体中分开进行了研究。
表5A：十字花科蔬菜摄入量高于50％的个体
  GSTP1 341基因型   CC   CT或TT
  BMI   26.47   25.315
  Std err   0.229   0.504
对这群人，通过方差分析发现位点341的基因型与BMI显著相关(P<0.036)，所述方差分析包括按个体携带T等位基因(1)还是不携带(0)把基因型作为分类变量0、1。年龄和性别作为协变量。
表5B：十字花科蔬菜摄入量低于50％的个体
 GSTP1 341基因型   CC   CT或TT
  BMI   27.322   27.098
  Std err   0.13   0.314
这个群体中，经方差分析发现位点341的基因型与BMI没有显著相关性(P<0.43)。
利用软件S-PLUS 6.0进行的线性回归模型拟合显示相互作用项是统计学显著的(p<0.02)，其中包括了位点341的GSTP1基因型(简称为GSTP1_341)、十字花科蔬菜摄入量、年龄、性别以及十字花科蔬菜和GSTP1_341基因型的相互作用。因此，只在十字花科蔬菜摄入量大的个体中优先看到T等位基因的较低BMI对BMI的显著相关性。
在十字花科蔬菜摄入量高的个体中观察到CT或TT 341基因型的有益效果，这一有益效果在该食物亚群摄入量低的个体中没有看到。
实施例5
本实施例阐述了根据钙摄入，GSTP1位点313多态性基因型对身体质量指数的差别影响。这是以类似所述实施例3和4的方式确定的，在低(低于770mg/天)和高(770mg/天或以上)摄入群体中观察到以下差别。
表6A：钙摄入量低于50％的个体
  GSTP1 313   AA   AG   GG
  BMI   26.855   27.364   27.210
  Std err   0.168   0.172   0.345
该组中根据年龄和性别对相关性进行了调整P<0.083
表6B：钙摄入量高于50％的个体
  GSTP1 313   AA   AG   GG
  BMI   27.376   26.536   26.352
  Std err   0.383   0.381   0.684
与BMI的相关性根据年龄和性别进行了调整P<0.084
钙摄入量和GSTP1 313基因型之间的相互作用P<0.027。
野生型(AA)基因型在钙摄入量高的个体中与较高BMI关联，但在钙摄入量低的个体中与较低BMI关联。
313基因型对BMI有和钙摄入量有关的影响。具体来说，那些具有AA基因型的个体似乎受益(就较低的BMI而言)于较低的钙摄入量，而高钙摄入量似乎对这种基因型是不利的。相反，313带有G等位基因(即AG和GG基因型)的个体受益于较高的钙摄入量。
实施例6
术语“基因-环境相互作用”或“基因-营养物相互作用”是指这样的情形，所述情形中对某性状(例如身体质量指数)的影响只在某些环境(比如可以是个体的年龄)或营养物摄入情况下看到，或者根据营养物摄入或环境条件看到对所述性状的不同影响。
本实施例阐述了位点-174的IL-6多态性对取决于年龄的身体质量指数的差别影响。分别在年龄小于50岁以及年龄50岁或以上的个体中研究了位点-174的IL-6基因型之间的遗传学关联。
表7A年龄在50岁以下的个体
  IL6-174基因型   CC   CG   GG
  BMI   26.072   26.439   26.999
  Std err   0.346   0.214   0.235
通过ANOVA发现IL-6基因在位点-174的基因型与BMI在50岁以下个体中显著相关(P<0.016)，其中G等位基因与较高的BMI关联(表7A)。方差分析包括按该C(变体)等位基因拷贝数把基因型作为分类变量0、1、2。性别作为协变量。
表7B年龄满50岁或以上的个体
  IL6-174基因型   CC   CG   GG
  BMI   28.153   27.276   27.649
  se   0.353   0.219   0.242
通过ANOVA发现，IL-6基因在位点-174的基因型与BMI在年满50岁或以上的个体中不相关(P<0.49)，但是这个年龄组中带有G等位基因的个体有较低的BMI(表7B)。
利用软件S-PLUS 6.0进行的线性回归模型拟合显示相互作用项不是统计学显著的(p<0.086)，其中包括了位点-174的IL6基因型、年龄、性别以及年龄和IL6-174基因型的相互作用。
对本发明的以上描述是为了说明的目的。该描述并非意图将发明限制在文中公开的形式。因此，与上述教导、相关领域的技能或知识相当的变化和修改均在本发明的范围内。文中以上描述的实施方案进一步旨在解释用于实施本发明的已知最佳模式，以便本领域的其它普通技术人员能够在这类或其他实施方案中利用本发明，并能根据本发明的具体应用或用途进行各种改进。所附权利要求书应当被理解为包括现有技术能够允许的范围内的替代实施例。文中提及的每份出版物和参考文献通过引用全部并入本文。
Figure IDA00002298581200011
Figure IDA00002298581200021
Figure IDA00002298581200031
Figure IDA00002298581200041
Figure IDA00002298581200061
Figure IDA00002298581200071
Figure IDA00002298581200081
Figure IDA00002298581200091
Figure IDA00002298581200101
Figure IDA00002298581200111
Figure IDA00002298581200121

Claims (18)

1.给个体选择减重方案的方法，其包括
a.确定个体在基因座位点313、341或两者的GSTP1基因型；
b.根据个体包含的选自下述的基因型给个体选择减重方案：在位点313是G等位基因的纯合子、在位点313是杂合子(A/G)、在位点341是T等位基因纯合子、在位点341是杂合子(C/T)，以及它们的组合，其中所述减重方案是由位点313和341均为野生型的有可比性个体的减重方案改进的。
2.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包含位点313的G等位基因纯合子或者位点313的杂合子(A/G)，且其中所述个体被预计比位点313是A等位基因纯合子的个体对减重方案的反应更强。
3.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包含位点341的T等位基因纯合子或杂合子(C/T)，且其中所述个体被预计比位点341是C等位基因纯合子的个体对减重方案的反应更强。
4.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包含位点313的G等位基因纯合子或杂合子(A/G)，且其中选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括的膳食方案的能量摄入高或者持续时间短。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括更高的钙摄入量。
6.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包含位点341的C等位基因纯合子，且其中所述减重方案与位点341具有T等位基因的基因型的个体相比，包括的膳食方案的能量摄入较低或者持续时间更长。
7.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包含位点313是A等位基因纯合子和/或位点341是C等位基因纯合子，且其中所述减重方案与位点313具有G等位基因纯合子或位点313为杂合子(A/G)且位点341具有T等位基因纯合子或位点341为杂合子(C/T)的个体相比，包括的膳食方案的能量摄入较低或者持续时间更长。
8.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包括位点341是T等位基因纯合子或者位点341是杂合子(C/T)，且其中所述选定的减重方案与位点341具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括的膳食方案的十字花科蔬菜摄入量更高。
9.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包括位点313是G等位基因纯合子或者位点313是杂合子(A/G)，且其中所述选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括的膳食方案的维生素A摄入量更高。
10.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包括位点313是G等位基因纯合子或者位点313是杂合子(A/G)，且其中所述选定的减重方案与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，包括的膳食方案的钙摄入量更高。
11.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包括位点313是G等位基因纯合子或者位点313是杂合子(A/G)并且包括位点341是T等位基因纯合子或者位点341是杂合子(C/T)，且其中所述选定的减重方案所包含的膳食方案，与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，维生素A摄入更高，与位点341具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，十字花科蔬菜摄入更高。
12.如权利要求1所述的方法，其中个体的基因型包括位点313是G等位基因纯合子或者位点313是杂合子(A/G)并且包括位点341是T等位基因纯合子或者位点341是杂合子(C/T)，且其中所述选定的减重方案所包含的膳食方案，与位点313具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，钙摄入更高，与位点341具有野生型基因型的有可比性个体的减重方案相比，十字花科蔬菜摄入更高。
13.给需要增重的个体选择膳食方案的方法，其包括
a.确定个体在GSTP1基因的基因座位点313的GSTP1基因型;
b.当个体包含位点313的A等位基因纯合子时选择膳食方案，其中所建议的膳食方案与不需要增重的个体的膳食方案相比，钙摄入较低。
14.前述权利要求中任一项所述的方法，其中GSTP1等位基因是作为一组至少5个基因的基因组群的一部分被确定的，所述基因组群中的基因都具有一或多个等位基因，所述方法还提供了从下列基因中选出的该组群中的其它基因：亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)；甲硫氨酸合成酶还原酶(MS-MTRR)；甲硫氨酸合酶(MTR)；β胱硫醚合成酶(CBS)；锰超氧化物歧化酶(MnSOD)；超氧化物歧化酶3(SOD3)；谷胱甘肽S-转移酶M1(GSTM1)；谷胱甘肽S-转移酶T1(GSTT1)；谷胱甘肽S-转移酶pi(GSTP1)；载脂蛋白C-III(APOC3);载脂蛋白A-V(APOA5)；胆固醇酯转移蛋白(CETP)；脂蛋白脂酶(LPL)；内皮型一氧化氮合酶(eNOS)；血管紧张素转换酶基因(ACE)；维生素D受体(VDR)；I型胶原α-1(COL1A1)；肿瘤坏死因子-α(TNF-a)；过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(PPAR-Y2)；环氧化物水解酶I(EPHX1)；肝脂酶(LIPC)；对氧磷酶1(PON1)；乙醇脱氢酶IB(ADH1B)；乙醇脱氢酶IC(ADH1C)；血管紧张素原(AGT)；细胞色素P450 1A1(CYP1A1)；细胞色素P450 1A2*1B(CYP1A2_1B)，细胞色素P450 1A2*1E(CYP1A2_1E)和细胞色素P450 1A2*1F(CYP1A2_1F)。
15.给50岁以下个体选择减重方案的方法，其包括：
a.确定个体在基因座位点-174的IL-6基因型；
b.当个体包含选自下述基因型时给个体选择减重方案：在位点-174是G等位基因的纯合子和位点-174是杂合子(C/G)，其中所述减重方案是由位点-174是C等位基因纯合子的有可比性个体的减重方案改进的。
16.如权利要求15所述的方法，其中个体的基因型是位点-174的C等位基因纯合子，其中预计该个体比位点-174是G等位基因纯合子和位点-174是杂合子的个体对减重方案的反应更强。
17.如权利要求15所述的方法，其中个体的基因型选自位点-174是G等位基因纯合子和位点-174是杂合子(C/G)，且其中所述选定的减重方案所包含的膳食方案与包含位点-174是C等位基因纯合子基因型的有可比性个体的减重方案相比，能量摄入更低和/或持续时间更长。
18.如权利要求15-17中任一项所述的方法，其中IL-6等位基因是作为一组至少5个基因的基因组群的一部分被确定的，所述基因组群中的基因都具有一或多个等位基因。所述方法还提供了从下列基因中选出的该组群中的其它基因：亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)；甲硫氨酸合成酶还原酶(MS-MTRR)；甲硫氨酸合酶(MTR)；β胱硫醚合成酶(CBS)；锰超氧化物歧化酶(MnSOD)；超氧化物歧化酶3(SOD3)；谷胱甘肽S-转移酶M1(GSTM1)；谷胱甘肽S-转移酶T1(GSTT1)；谷胱甘肽S-转移酶pi(GSTP1)；载脂蛋白C-III(APOC3);载脂蛋白A-V(APOA5)；胆固醇酯转移蛋白(CETP)；脂蛋白脂酶(LPL)；内皮型一氧化氮合酶(eNOS)；血管紧张素转换酶基因(ACE)；维生素D受体(VDR)；I型胶原α-1(COL1A1)；肿瘤坏死因子-α(TNF-a)；过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(PPAR-Y2)；环氧化物水解酶I(EPHX1)；肝脂酶(LIPC)；对氧磷酶1(PON1)；乙醇脱氢酶IB(ADH1B)；乙醇脱氢酶IC(ADH1C)；血管紧张素原(AGT)；细胞色素P450 1A1(CYP1A1)；细胞色素P450 1A2*1B(CYP1A2_1B)，细胞色素P450 1A2*1E(CYP1A2_1E)和细胞色素P450 1A2*1F (CYP1A2_1F)。
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