CN103180458A - 大量元素敏感性 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种用于鉴定受体的大量元素敏感性的方法和试剂盒。所述方法包括分析来自受体的基因样本以确定多态性图谱,分析所述多态性图谱以鉴定风险等位基因并基于存在的风险等位基因的数目确定所述受体的大量元素敏感性。所述信息能用于确定引起饱腹感的适当饮食,制定用于引起饱腹感的饮食,或用于处理代谢相关的一些医疗投诉。
Description
技术领域
本发明涉及一种用于鉴定受体的大量元素敏感性的方法。本发明还涉及一种制定引起饱腹感的饮食的方法以及用于确定受体饱腹感的方法。进一步的,本发明涉及一种适于在本发明方法中使用的试剂盒。
背景技术
食物由三种大量元素和多种微量元素组成。所述三种大量元素为碳水化合物、脂类和蛋白质,而所述微量元素包括多种化合物,其中包括微量矿物质和维生素。
人类学研究表明适应特定食物类型的进化可能是个体间对饮食有不同反应的背后原因。在世界上一些地方,古代自然饮食更多是基于肉类并且源自这些群体的个体可能更适合高蛋白质、低碳水化合物的饮食。在世界上其他地方,古代自然饮食更多是基于植物或谷物并且源自这些起源的个体可能更适合高碳水化合物、低脂肪的饮食。
已提出在古代自然饮食中缺乏特定大量元素可能会导致遗传适应性,这种遗传适应性使得大量元素的代谢更新发生改变以系统性地保持更多所述大量元素。相应的,已有假设身体随时间逐步进化把缺乏的大量元素认为是珍贵的并在该大量元素可获得时尽可能多的获取该大量元素。
现代西方饮食对所有的大量元素无限制获取并且因此不再需要这些古代的适应性。实际上,因为人类身体还没有进化到足以应付如此丰富的所有大量元素,这种适应性可能对个体是不利的。
采用西方饮食的大多数人消耗相似的大量元素谱。尽管如此,对这种饮食却有非常不同的反应,随着特定大量元素系统性的积累导致部分个体病理性的后果而其他个体则没有。与不适当大量元素积累有关的一些疾病为肥胖、胰岛素抗性、瘦蛋白抗性、II型糖尿病和糖瘾,以及与上述各种疾病相关的并发症。
历史上,用于降低体重和/或改善健康的饮食主要基于积极执行卡路里限制,或与减少脂类和增加碳水化合物联合的卡路里限制。这种饮食大多不能成功解决问题,因为对于受体保持体重减少和/或整个身体脂肪的降低是极为困难的。
体重减少以及长时间维持体重减少在个体间会有本质不同。已表明这种不同可能因为在个体基因水平的不同。
已在临床上建立了肥胖和代谢疾病之间的遗传关系。这种关系可能由单基因或多基因遗传型引起。
之前的用于诊断和/或治疗与遗传多态性或基因型有关的代谢疾病的方法关注于分析经推断参与代谢调控的单基因以确定个体是否易于提高食欲。然而,之前的方法难以满足饱腹感,饱腹感是一种抑制食欲的生理学反馈机制。因此,需要一种替代的或改善的用于诊断和/或治疗与遗传多态性有关的代谢疾病的方法,特别的能够满足饱腹感。
应理解如果这里提及了任何现有技术公开物,这种参考引用不构成承认该公开物是本领域公知常识,无论在澳大利亚或任何其他国家。
发明内容
本发明的一个方面提供一种用于鉴定受体的大量元素敏感性的方法,包括以下步骤,分析来自受体的基因样本获得选自以下群组的基因或基因组合的多态性以确定多态性图谱,所述基因群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2)APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1)和LEPR(2)组成,分析所述多态性图谱以鉴定风险等位基因以及基于存在的风险等位基因的数目确定所述受体的大量元素敏感性。
受体的大量元素敏感性的确定使得饮食计划的制定考虑大量元素敏感性以使受体实现最佳饱腹感用于,例如,开始体重减少或维持减少的体重,减少身体脂肪,改善代谢综合症,改善健康并很好的生活,以及管理食物不耐受性。
所述方法可提供一种综合途径以实现饱腹感,通过同时考虑受体的基因谱以及对于受体最适当的响应所述受体的基因谱的大量元素组合物。
在一个实施方式中,所述方法包括分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16或17个基因中的至少一个的多态性,所述基因群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1)和APOA5(2)组成。
在另一个实施方式中,所述方法包括分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12或13个基因中的至少一个的多态性,所述基因群组由APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1),和LEPR(2)组成。
在本发明的又一个实施方式中,所述方法包括分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29或30个基因中的至少一个的多态性,所述基因群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2),APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1),和LEPR(2)组成。
所述多态性可以是单核苷酸多态性(SNP)。
所述方法可包括分析所述基因样本以确定单倍型类群的步骤。分析所述基因样本以确定单倍型类群的步骤可包括分析线粒体多态性或Y-染色体多态性。
在一个实施方式中,所述方法包括从所述多态性图谱计算分值的步骤。所述方法还可包括基于所述分值确定大量元素敏感性的步骤。
通过所述方法鉴定的大量元素敏感性可以是非敏感的,碳水化合物敏感的,脂类敏感的或碳水化合物和脂类敏感的。
在一个具体实施方式中,所述方法的基因样本为口腔样本。
在另一个实施方式中,所述方法包括基于受体的大量元素敏感性为受体制定饮食的步骤。制定饮食可包括开饮食单或提供作为食物的饮食。
根据所述方法的一个实施方式,所述饮食包括替餐食物或补充剂。所述饮食可包括液态食物,诸如长使用期态食物,固态食物,诸如棒或粉末,或任何其他被设计为替餐的可食用项目(item)。所述液态食物可以是摇动混合物(shake)。
为了提高知晓个体大量元素敏感性的益处或提高遵守基于大量元素敏感性所规定的饮食的效果,所述方法可与辅导和/或运动联合以及与有资质的保健专业人员监督联合。辅导主要目的在于提高受体关于健康生活习惯以及对体重增加有贡献的因素的知识以及提供支持或引导以实施健康改变,其中运动的主要目的在于提高受体身体状态的良好性。受体良好的精神状态包括其教育和援助。因此,所述方法关注获得饱腹感的综合途径,其中遵守大量元素敏感性或遵守制定的饮食的益处可通过辅助活动提高。
在另一个实施方式中,所述方法包括辅导所述受体的步骤。另外,所述方法可包括提供给受体锻炼计划的步骤。所述锻炼计划可包括有氧运动或无氧运动。
在一个具体实施方式中,所述方法包括对受体施用保健品或药物的步骤。所述保健品可辅助葡萄糖水平或脂类和/或甘油三酯水平循环正常化。
本发明的第二方面提供一种用于确定引起受体饱腹感的适当饮食的方法,包括通过第一方面的方法鉴定受体大量元素敏感性的步骤。
本发明的第三方面提供一种用于制定引起受体饱腹感的饮食的方法,包括以下步骤,分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的基因或基因组合多态性以确定多态性图谱,所述基因群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2),APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1)和LEPR(2)组成,以及基于所述多态性图谱制定饮食。
本发明的第四方面提供一种试剂盒,包括用于获得来自受体的基因样本的基因取样器,当所述基因样本根据第一方面的方法进行了分析。
本发明的第五方面提供一种用于鉴定受体大量元素敏感性的试剂盒,包括用于分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的基因(或基因组合)多态性的试剂,所述基因群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2),APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1),和LEPR(2)组成。
具体实施方式
关于饱腹感多态性的受体的基因图谱的分析提供了可用于选择饮食的信息,所述饮食包括适当比例的诱导饱腹感的大量元素以及含有这些大量元素的针对个体的图谱食物,并且其可以在不积极执行减少的卡路里摄取或忍耐增强的饥饿感的情况下引起体重减少和/或身体脂肪降低。
例如,尽管受体可能自认为他们知道“触发”他们体重增加的食物,现有的方法提供一种系统的分析途径,经科学证实,以鉴定应避免的特定的食物或食物类型。进一步的,现有的方法使得可以针对任何个体用更适合的食物取代这些食物。确实,所述饮食可以是以个性化的方式配制的调整所述组合物或一种或多种大量元素的比例。
本文公开的方法可用于引起饱腹感并用于确定有益的,理想上最佳的,用于引起个体饱腹感的饮食大量元素组合物,基于分析个体的基因图谱关于已知的与代谢调控有关的基因型。
不同的大量元素在不同的人表现不同的饱腹响应,蛋白质通常具有最持久的饱腹作用。在一个实施例中,相对于其他群体在高加索人起源的人碳水化合物通常引起最少的饱腹感。
虽然不希望限定于任何特定的假设,假设在人类祖先,例如,特定大量元素越丰富,由所述大量元素提供的饱腹感越大。显然,这是因为所述大量元素容易获得并且不需要被身体储存。因为蛋白质形成了一大部分的古代自然饮食,这种大量元素不被身体认为是珍贵的,比碳水化合物引起更高水平饱腹感,所述碳水化合物相对较缺乏。
源自这些适应高蛋白质、低碳水化合物饮食群体的人们,当他们吃高碳水化合物的饮食时,具有变为超重的趋势,因为在没有充足量的蛋白质的情况下他们没有经历适当的饱腹响应。这些人们将被认为是碳水化合物敏感的并且随着现代饮食将有关于碳水化合物处理的代谢问题,其将提高诸如II型糖尿病的疾病发生风险。相反的,源自这些适应高碳水化合物、低蛋白质饮食群体的人们,当他们在没有足够量的碳水化合物的情况下吃高脂肪饮食时,具有变为超重的趋势。
除了这些基本响应,精制的碳水化合物从进化角度是最近添加到人类的饮食中并且对这种新型食物或其丰度没有足够用于基因适应的时间。
简而言之,受体的基因决定的大量元素敏感性被认为是与祖先起源的低丰度的大量元素的需求成比例的。
下丘脑负责特定代谢过程,特别的是食欲。它合成并分泌神经激素,经常被称为下丘脑释放激素,并且这些激素接着促进或抑制垂体激素的分泌。已建立减少精制的碳水化合物并引入蛋白质可重建适当的下丘脑对食欲的控制。
除了控制食欲以及其他代谢过程,所述下丘脑也调控饱腹感。之前用于诊断和/或治疗遗传多态性或基因型相关的代谢疾病的方法关注于分析潜在参与代谢调控的单基因。进一步的,这些之前的用于体重减少和/或整个身体脂肪减少的方法关注于食欲并没能满足饱腹感。这些之前的方法大多是不成功的,因为缺乏饱腹感使受体维持极为困难。这种饱腹感的缺乏与高度陷入不健康的饮食习惯有关。然而,已建立引入诸如蛋白质的高饱腹感大量元素能重建适当的下丘脑对食欲的控制。
注意食欲和饱腹感之间的不同很重要,食欲是消耗食物的生理需求,饱腹感是身体发出已消耗足够的食物以满足身体的即时能量需求(immediateenergy requirements)的信号的反馈机制。本发明没有鉴定提高食欲的遗传易感性,而鉴定了引起饱腹感的遗传易感性和有益的大量元素组合物。
除了上下文通过明确语言或必要的暗示而另有所指,这里所使用的单词“包含”或其变形“包括”或“含有”用于包括的意思,即指明存在所述特征,但是不排除在本发明的变形实施方式中的存在或添加其他特征。
必须注意的是,在本说明书中,单数形式的“一个”,“单个”和“那个”包括复数的情况,除非上下文另有说明。
这里使用的“食欲”指消耗食物的生理需求。食欲由受体身体对能量以及营养物的需求驱动。饱腹感抑制食欲。
这里使用的“饱腹感”指是受体身体发出已消耗足够的食物以满足受体的即时能量需求的信号的生理反馈机制。
所述术语“引起饱腹感”具有其通常的意义,即带来,产生,或引起饱腹感。在相对意义上使用所述术语,所引起的饱腹感是相对于在没有使用这里所公开的方法时仍然可存在的饱腹感。也就是说,由本方法和应用本公开内容引起的饱腹感相比于其他可能存在的饱腹感更强烈。
所述“受体”包括哺乳动物。所述哺乳动物可以是人类,或可以是家禽、动物或宠物。同时特别估计这里公开的所述方法和应用适合人类,它们也可用应用于动物,包括治疗诸如狗和猫的宠物,以及诸如马、牛、羊的家禽,或者诸如猫科动物、犬科动物、牛科动物以及有蹄类动物的动物。在一个实施方式中,所述受体为人类。术语“受体”可与“个体”或“人”互换。
这里使用的“消耗”指通过吃、喝或另外的引入身体某种形式的营养物进行摄取并且可与“喂”或“吃”互换。
术语“基因型”指个体有机体的遗传物质的基本生化组成,并且隐含指在两个个体之间所述组成的不同。因此,术语“基因分型”指分析以确定个体有机体的遗传物质组成的行为,经常用于与另一个个体的基因型进行比较。基因型通常由多态性决定。
“多态性”指特定基因的DNA的两种或多种形式或突变,其在群体中具有至少1%的频率。在基因型的背景下,其指存在两种或多种形式的基因型,它们的核苷酸组成不同。多态性包括限制性片段长度多态性(RFLP),串联重复序列,可变串联重复序列多态性(VNTR),短串联重复序列(STR),小卫星,微卫星,简单序列长度多态性(SSLP),插入-缺失(indel),扩增片段长度多态性(AFLP),随机扩增多态性DNA(RAPD),单核苷酸多态性(SNP),以及任何其他的可区分两个个体的遗传学特征。在一个实施方式中,所述多态性为SNP。多态性存在于至少两个位点或等位基因。
如这里所使用的,“多态性图谱”指个体具有的被评估部分的基因组的多态性的组合。个体的多态性图谱,包括一个或多个基因型,可用于区分两个个体,这两个个体极有可能对特定的刺激,例如饱腹感,表现不同的响应。
在一些实施方式中,所述多态性图谱用于计算表示个体对大量元素敏感的可能性的分值,所述大量元素与多态性评估有关。
相似的,这里使用的“基因图谱”指个体具有的被评估部分的基因组的等位基因的组合。
在一个实施方式中,所述方法包括分析选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16或17个基因中的至少一个的多态性,所述基因群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN 11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1)和APOA5(2)组成。
在另一个实施方式中,所述方法包括分析选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12或13个基因中的至少一个的多态性,所述基因群组由APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1),和LEPR(2)组成。
在又一个实施方式中,所述方法包括分析选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29或30基因中的至少一个的多态性,所述基因群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN 11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL 1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2),APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1),和LEPR(2)组成。
这里的“等位基因”指在个体基因组中含有的两个遗传单位中的一个。群体中,可存在多于两个的等位基因。然而,任何个体通常仅具有存在群体中的等位基因的子集。例如,哺乳动物个体特定基因具有两个等位基因,尽管群体可包括三个或多个等位基因。
“风险等位基因”指基因型的特定等位基因,其赋予对特定大量元素更高概率的敏感性。
这里使用的“单核苷酸多态性”或“SNP”指在同种物种至少两个个体的基因组内的特定位点单核苷酸的改变。SNP通常包括两个可变的单核苷酸,例如A或T,或,C或G。这样的SNP可用于预测响应特定大量元素消耗的个体饱腹感。
已开发两个SNP板用于确定人由于消耗超过他们基因型所示的最优水平的碳水化合物或脂类所遭受的减少的饱腹感以及不良代谢效果的可能性,其中任何一个或多个SNP可被基因分型。
第一板表示人由于消耗过量碳水化合物所遭受的减少的饱腹感以及不良代谢效果的可能性。此板称为碳水化合物敏感板并包括下列SNP:
TCF7L2(1)(编码转录因子7类似物2(T细胞特有的,HMG-盒))NCBI唯一标识符RS12255372,其位于染色体10的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:1):
TGCCCAGGAATATCCAGGCAAGAAT[G/T]ACCATATTCTGATAATTACTCAGGC
其中所述风险等位基因为T基因型。
TCF7L2(2)(编码转录因子7类似物2(T细胞特有的,HMG-盒))NCBI唯一标识符RS7903146,其位于染色体10的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:2):
TTAGAGAGCTAAGCACTTTTTAGATA[C/T]TATATAATTTAATTGCCGTATGAGG
其中所述风险等位基因为T基因型。
KIR6.2(KCNJ11)(编码内向整流型钾离子通道,亚家族J,成员11;ATP结合盒亚家族C(CFTR/MRP)成员8)NCBI唯一标识符RS5219,其位于染色体11的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:3):
CCGCTGGCGGGCACGGTACCTGGGCT[C/T]GGCAGGGTCCTCTGCCAGGCGTGTC
其中所述风险等位基因为T基因型。
PPARG(编码过氧化物酶体增殖物活化受体γ)NCBI唯一标识符RS1801282,其位于染色体3的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:4):
AAACTCTGGGAGATTCTCCTATTGAC[C/G]CAGAAAGCGATTCCTTCACTGATAC
其中所述风险等位基因为C基因型。
IGFBP2(编码胰岛素样生长因子2mRNA结合蛋白2)NCBI唯一标识符RS4402960,其位于染色体3的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:5):
CAGTAAGGTAGGATGGACAGTAGATT[G/T]AAGATACTGATTGTGTTTGCAAACA
其中所述风险等位基因为T基因型。
CDKN2B(编码周期素依赖激酶抑制剂2B)NCBI唯一标识符RS10811661,其位于染色体9的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:6):
GCAGCTCACCTCCAGCTTTAGTTTTC[C/T]CATGACAGTAAGTCTATTACCCTCC
其中所述风险等位基因为T基因型。
FTO(编码脂肪量以及肥胖相关蛋白质)NCBI唯一标识符RS9939609,其位于染色体16的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:7):
AGGTTCCTTGCGACTGCTGTGAATTT[A/T]GTGATGCACTTGGATAGTCTCTGTT
其中所述风险等位基因为A基因型。
SLC30A8(编码溶质携带物家族30(锌转运蛋白),成员8)NCBI唯一标识符RS13266634,其位于染色体8的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:8):
GTGCTTCTTTATCAACAGCAGCCAGC[C/T]GGGACAGCCAAGTGGTTCGGAGAGA
其中所述风险等位基因为C基因型。
HHEX(编码造血表达同源异形盒)NCBI唯一标识符RS1111875,其位于染色体10的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:9):
CTCCGTACCATCAAGTCATTTCCTCT[A/G]GACGTCTGAACCTGCACTCAGGGTC
其中所述风险等位基因为G基因型。
CDKAL1(编码CDK5调节亚基关联蛋白质1类似物1)NCBI唯一标识符RS7756992,其位于染色体6的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:10):
AATATTCCCCCCTGTATTTTAGTTTT[A/G]GATCTACAGTTATGTAGCAATGAGC
其中所述风险等位基因为G基因型。
WFS1(编码Wo1fram综合征1(wolframin))NCBI唯一标识符RS10010131,其位于染色体4的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:11):
GCACACAAGGCCTTTGACCACATCCT[A/G]TCCCTCAGGCATCACGTCCGAGAAC
其中所述风险等位基因为G基因型。
NOTCH2(编码Notch同源物2)NCBI唯一标识符RS10923931,其位于染色体1的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:12):
TCTTGTTGCTCCATCCTCTGGCTTCA[G/T]GCTGAACAAGTAAGATTATGGGCAC
其中所述风险等位基因为T基因型。
JAZF1(编码JAZF锌指蛋白1)NCBI唯一标识符RS864745,其位于染色体7的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:13):
CATTTCCTACAACCATTCAAAACATT[A/G]TAACAGTTCAAATTATATTTGAGCA
其中所述风险等位基因为A基因型。
CDC123(编码细胞分裂周期123同源物)NCBI唯一标识符RS12779790,其位于染色体10的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:14):
ACCCGGACAATGTTGGGAATTTTTTC[A/G]TATTTCTTGGCCATTTATATATCTT
其中所述风险等位基因为G基因型。
G6PC2(编码葡萄糖-6-磷酸酶,催化剂,2)NCBI唯一标识符RS560887,其位于染色体2的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:15):
TCTACGATGGAAGAATAGATACAAGC[A/G]TAAAAAGCAAAGAAACTGGATCACT
其中所述风险等位基因为G基因型。
APOA5(1)(编码载脂蛋白A-V)NCBI唯一标识符RS12286037,其位于染色体11的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:16):
GACTATAGTACAATGTCTTTACCAAA[C/T]TGGAAGACCATAGTGCAGTCTTCGA
其中所述风险等位基因为T基因型。
APOA5(2)(编码载脂蛋白A-V)NCBI唯一标识符RS662799,其位于染色体11的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:17):
TGAGCCCCAGGAACTGGAGCGAAAGT[A/G]AGATTTGCCCCATGAGGAAAAGCTG
其中所述风险等位基因为G基因型。
开发的第二SNP板显示由于消耗过量脂类人遭受减少的饱腹感以及不良代谢效果的可能性。该板被称作脂类敏感板并包括下列SNP:
APOE/APOC1(编码载脂蛋白E;载脂蛋白C-I)NCBI唯一标识符RS4420638,其位于染色体19的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:18):
CAATGTCACTATGCTACACTTTTCCT[A/G]GTGTGGTCTACCCGAGATGAGGGGC
其中所述风险等位基因为G基因型。
APOB(1)(编码载脂蛋白B(包括Ag(x)抗原))NCBI唯一标识符RS693,其位于染色体2的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:19):
CACATGAAGGCCAAATTCCGAGAGAC[C/T]CTAGAAGATACACGAGACCGAATGT
其中所述风险等位基因为T基因型。
APOB(2)(编码载脂蛋白B(包括Ag(x)抗原))NCBI唯一标识符RS754523,其位于染色体2的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:20):
GTATTTGCAAAGTAGGTGACAATTGC[C/T]TAGTATCCCTAATATCAATACAAAA
其中所述风险等位基因为C基因型。
PSRC1(编码富含脯氨酸/丝氨酸的卷曲螺旋1)NCBI唯一标识符RS599839,其位于染色体1的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:21):
AAAGAGAAAGAAATAGGAGCAGGATC[A/G]ACTTCCAGATATACAGAGAATATAA
其中所述风险等位基因为A基因型。
LDLR(编码密度脂蛋白蛋白受体)NCBI唯一标识符RS6511720,其位于染色体19的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:22):
CTCACCAATCAACCTCTTCCTTAAGA[G/T]AAAATGTTAAGGAAGTCTTAGGCAA
其中所述风险等位基因为G基因型。
CETP(1)(编码胆固醇酯转运蛋白,细胞质)NCBI唯一标识符RS5882,其位于染色体16的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ IDNO:23):
TTGATTGGCAGAGCAGCTCCGAGTCC[A/G]TCCAGAGCTTCCTGCAGTCAATGAT
其中所述风险等位基因为A基因型。
CETP(2)(编码胆固醇酯转运蛋白,细胞质)NCBI唯一标识符RS708272,其位于染色体16的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:24):
ACCTGGCTCAGATCTGAACCCTAACT[C/T]GAACCCCAGTGATTCTGGGTCTCAG
其中所述风险等位基因为C基因型。
LPL(1)(编码脂蛋白脂酶)NCBI唯一标识符RS320,其位于染色体8的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:25):
ACAGAGATCGCTATAGGATTTAAAGC[G/T]TTTATACTAAATGTGCTGGGATTTT
其中所述风险等位基因为T基因型。
LPL(2)(编码脂蛋白脂酶)NCBI唯一标识符RS328,其位于染色体8的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:26):
CCATGACAAGTCTCTGAATAAGAAGT[C/G]AGGCTGGTGAGCATTCTGGGCTAAA
其中所述风险等位基因为C基因型。
PCSK9(编码蛋白原转化酶枯草杆菌蛋白酶/kexin型9)NCBI唯一标识符RS11206510,其位于染色体1的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:27):
CAAGGATATAGGGAAAACCTTGAAAG[C/T]GATGTCTGTGGTGGCCGTCTTTGGC
其中所述风险等位基因为T基因型。
FABP2(编码脂肪酸结合蛋白2,肠)NCBI唯一标识符RS1799883,其位于染色体4的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:28):
ATAAATTCACAGTCAAAGAATCAAGC[A/G]CTTTTCGAAACATTGAAGTTGTTTT
其中所述风险等位基因为A基因型。
LEPR(1)(编码瘦蛋白受体)NCBI唯一标识符RS8179183,其位于染色体1的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:29):
ATAATTAATGGAGATACTATGAAAAA[C/G]GAGAAAAATGTCACTTTACTTTGGA
其中所述风险等位基因为C基因型。
LEPR(2)(编码瘦蛋白受体)NCBI唯一标识符RS1892534,其位于染色体1的人类(Homo sapiens)基因组并且包括以下序列(SEQ ID NO:30):
GGAACTTTGTGGTTGCAGTATGTCTT[A/G]ATCCATCAGCATATTGTCCAACTCC
其中所述风险等位基因为G基因型。
所述分析可针对在一个板或两个板的基因。如果多于一个基因分析多态性,所述分析可同时或依次进行。如果多于一个基因分析多态性,所述分析可在来自相同受体的不同基因样本进行,例如空间或时间不同的样本。
在一个特定实施方式中,所述SNP包括SEQ ID NO:1(RS12255372),SEQ ID NO:2(RS7903146),SEQ ID NO:3(RS5219),SEQ ID NO:4(RS1801282),SEQ ID NO:5(RS4402960),SEQ ID NO:6(RS10811661),SEQID NO:7(RS9939609),SEQ ID NO:8(RS 13266634),或SEQ ID NO:9(RS1111875),SEQ ID NO:10(RS7756992),SEQ ID NO:11(RS10010131),SEQ ID NO:12(RS 10923931),SEQ ID NO:13(RS864745),SEQ ID NO:14(RS12779790),SEQ ID NO:15(RS560887),SEQ ID NO:16(RS 12286037)或SEQ ID NO:17(RS662799)。在另一个实施方式中,所述SNP包括SEQ ID NO:18(RS4420638),SEQ ID NO:19(RS693),SEQ ID NO:20(RS754523),SEQID NO:21(RS599839),SEQ ID NO:22(RS6511720),SEQ ID NO:23(RS5882),或SEQ ID NO:24(RS708272),SEQ ID NO:25(RS320),SEQ ID NO:26(RS328),SEQ ID NO:27(RS11206510),SEQ ID NO:28(RS1799883),SEQ IDNO:29(RS8179183)或SEQ ID NO:30(RS1892534。在又一个实施方式中,所述SNP包括SEQ ID NO:1(RS 12255372),SEQ ID NO:2(RS7903146),SEQID NO:3(RS5219),SEQ ID NO:4(RS1801282),SEQ ID NO:5(RS4402960),SEQ ID NO:6(RS10811661),SEQ ID NO:7(RS9939609),SEQ ID NO:8(RS13266634),或SEQ ID NO:9(RS1111875),SEQ ID NO:10(RS7756992),SEQ ID NO:11(RS10010131),SEQ ID NO:12(RS10923931),SEQ ID NO:13(RS864745),SEQ ID NO:14(RS 12779790),SEQ ID NO:15(RS560887),SEQID NO:16(RS 12286037),SEQ ID NO:17(RS662799),SEQ ID NO:18(RS4420638),SEQ ID NO:19(RS693),SEQ ID NO:20(RS754523),SEQ IDNO:21(RS599839),SEQ ID NO:22(RS6511720),SEQ ID NO:23(RS5882),或SEQ ID NO:24(RS708272),SEQ ID NO:25(RS320),SEQ ID NO:26(RS328),SEQ ID NO:27(RS11206510),SEQ ID NO:28(RS1799883),SEQ IDNO:29(RS8179183)或SEQ ID NO:30(RS1892534)。
在一个实施方式中,SEQ ID NO:1(RS12255372)的风险等位基因为T,SEQ ID NO:2(RS7903146)为T,SEQ ID NO:3(RS5219)为T,SEQ ID NO:4(RS1801282)为C,SEQ ID NO:5(RS4402960)为T,SEQ ID NO:6(RS10811661)为T,SEQ ID NO:7(RS9939609)为A,SEQ ID NO:8(RS13266634)为C,或SEQ ID NO:9(RS1111875)为G,SEQ ID NO:10(RS7756992)为G,SEQ ID NO:11(RS10010131)为G,SEQ ID NO:12(RS10923931)为T,SEQ ID NO:13(RS864745)为A,SEQ ID NO:14(RS12779790)为G,SEQ ID NO:15(RS560887)为G,SEQ ID NO:16(RS12286037)为T或SEQ ID NO:17(RS662799)为G。
在另一个实施方式中,SEQ ID NO:18(RS4420638)的风险等位基因为G,SEQ ID NO:19(RS693)为T,SEQ ID NO:20(RS754523)为C,SEQ ID NO:21(RS599839)为A,SEQ ID NO:22(RS6511720)为G,SEQ ID NO:23(RS5882)为A,或SEQ ID NO:24(RS708272)为C,SEQ ID NO:25(RS320)为T,SEQ ID NO:26(RS328)为C,SEQ ID NO:27(RS11206510)为T,SEQID NO:28(RS1799883)为A,SEQ ID NO:29(RS8179183)为C或SEQ IDNO:30(RS1892534)为G。
在又一个实施方式中,SEQ ID NO:1(RS12255372)的风险等位基因为T,SEQ ID NO:2(RS7903146)为T,SEQ ID NO:3(RS5219)为T,SEQ IDNO:4(RS1801282)为C,SEQ ID NO:5(RS4402960)为T,SEQ ID NO:6(RS10811661)为T,SEQ ID NO:7(RS9939609)为A,SEQ ID NO:8(RS13266634)为C,或SEQ ID NO:9(RS 1111875)为G,SEQ ID NO:10(RS7756992)为G,SEQ ID NO:11(RS10010131)为G,SEQ ID NO:12(RS10923931)为T,SEQ ID NO:13(RS864745)为A,SEQ ID NO:14(RS12779790)为G,SEQ ID NO:15(RS560887)为G,SEQ ID NO:16(RS12286037)为T,SEQ ID NO:17(RS662799)为G,SEQ ID NO:18(RS4420638)为G,SEQ ID NO:19(RS693)为T,SEQ ID NO:20(RS754523)为C,SEQ ID NO:21(RS599839)为A,SEQ ID NO:22(RS6511720)为G,SEQ ID NO:23(RS5882)为A,或SEQ ID NO:24(RS708272)为C,SEQ ID NO:25(RS320)为T,SEQ ID NO:26(RS328)为C,SEQ ID NO:27(RS11206510)为T,SEQ ID NO:28(RS1799883)为A,SEQ ID NO:29(RS8179183)为C或SEQ ID NO:30(RS1892534)为G。
所述确定大量元素敏感性的方法包括基因分型以鉴定与大量元素代谢有关的遗传位点变异。对于碳水化合物敏感性,研究表明基因相关位点包括但不局限于TCF7L2(rs12255372,rs7903146),KIR6.2(KCJN11;rs5219),PPARG(rs1801282),IGF2BP2(rs4402960),CDKN2B(rs10811661),FTO(rs9939609),SLC30A8(rs13266634),HHEX(rs1111875),CDKAL1(rs7756992),WFS1(rs10010131),NOTCH2(rs10923931),JAZF1(rs864745),CDC123(rs12779790),G6PC2(rs560887)和APOA5(rs12286037,rs662799)。
对于脂类敏感性,研究表明基因相关位点包括但不局限于APOE(rs4420638),APOB(rs693,rs754523),PSRC1(rs599839),LDLR(rs6511720),CETP(rs5882,rs708272),LPL(rs320,rs328),PCSK9(rs11206510),FABP2(rs1799883),和LEPR(rs8179183,rs1892534)。
因为基因分型的目的是为了鉴定个体是否具有使他们对大量元素敏感的基因型(gene versions),用于检测的多态性应从两组中选出以确定敏感性类型。检测的多态性的数目越多,鉴定出一种或两种大量元素的遗传敏感性的可能性越大。可使用任何本领域已知手段进行基因分型。例如,基因分型可包括聚合酶链式反应(PCR)、核苷酸测序、引物延伸反应或基于阵列的方法。
在一个实施方式中,使用阵列技术或芯片技术进行基因分型。本领域已知很多阵列技术并且可商购获得使用,包括,但不局限于,静态阵列(如光刻组,photolithographically set),悬浮阵列(如可溶阵列),以及自组装阵列(如次序和反卷积矩阵(matrix ordered and deconvoluted))。
或者,可使用包括直接分析分离的核酸的技术检测遗传物质的多态性,所述技术诸如Southern印迹杂交或直接核酸测序。另一种用于直接分析多态性的技术为分析(Third Wave Technologies,Inc(Madison,WI))。这种分析一般基于多种酶的结构特异性核苷酸酶活性,其用于切断目标依赖的剪切结构,由此表明样本中存在特定核酸序列或其特定变异。
通常,分析多态性可使用基因组DNA。然而,例如分析多态性也可使用mRNA或cDNA。分析多态性还包括通过直接检测基因产物的序列差别分析遗传多态性,例如,在多态性导致密码子改变的情况下,通过检测氨基酸的取代分析遗传多态性。
这里使用的“基因组”或“基因组的”指编码有机体的完整的遗传物质。
如这里所使用的,“基因”指提供给有机体指令执行一些生物结构功能的任何遗传物质。最常见的,但不局限于,基因包括一个或多个编码多肽或蛋白质的氨基酸序列的外显子,介于内含子中间,以及包括启动子的非编码区域,5’-非翻译区域和3’-非翻译区域。也就是说,基因特别包括非编码区域。所述术语“基因”还包括诸如增强子元件的部分,其可反式作用于基因的编码部分。
因为祖先在对饮食的基因适应性中具有作用,基因分型可包括分析母系的和父系的单倍型类群以进一步确定大量元素敏感性。
如这里所使用的,“单倍型”指一起传递的基因位点的两个或多个等位基因的组合。
接着,“单倍型类群”,为相同单倍型的集合并涉及遗传群体和祖先起源。单倍型类群可由单倍型预测。在一个实施方式中,单倍型类群包括母系的线粒体多态性或单倍型类群,或父系的Y-染色体多态性或单倍型类群。
“基因样本”包括针对一受体的任何形式的遗传物质。基因样本可以是脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA),或其任何修饰物或衍生物。所述基因样本可以是血液样本,粘膜样本,唾液样本,头发样本,包括卵泡,尿液,漱口水,羊水或其他组织或含有适于基因分型的细胞、DNA或RNA的液体样本。在一个实施方式中,所述基因样本为口腔拭子。
基因样本可使用“基因取样器”获得,其指用于获得适于基因分型的DNA或RNA的设备。基因取样器可以是拭子,刮刀或容器或任何能够捕获诸如细胞的遗传物质用于基因型分析的设备。
可通过本领域任何已知方法从所述基因样本分离遗传物质,例如,提取和沉淀或基于二氧化硅的提取。
试剂盒中可包括基因取样器。试剂盒还可包括用于检测基因型的试剂,例如,含有支撑物或支撑材料的试剂,支撑物或支撑材料诸如但是不局限于,尼龙,硝酸纤维素膜,珠子或塑料薄膜,或玻璃,或微阵列或纳米阵列,包括一组的多态性由其可确定受体的大量元素敏感性。所述试剂盒还可包括其他进行基因分型必要的试剂,包括,但不局限于,标记的或未标记的核酸探针,检测标记,缓冲液和对照。所述试剂盒可包括使用说明书。
在一个实施方式中,试剂盒包括用于分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29或30个基因中的至少一个的多态性的试剂,所述基因群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2)KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2),APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1),和LEPR(2)组成。
所述试剂盒可确定受体是否对大量元素敏感具有遗传易感性。这个信息可用于筛查个体,诸如肥胖或超重个体,包括儿童和成人以及老人,并且基于他们对有益的饱腹感的诱导的遗传易感性进行分类。所述试剂盒还可用于这些具有成功的体重减少但是不能维持所述体重减少的个体,以确定他们难以维持体重减少是否是由于对次佳(sub-optimal)饱腹感的遗传易感性。筛查正常体重个体可帮助鉴定哪个人具有大量元素敏感性或哪些人更容易增加体重。然后可在饮食以及可能的生活方式中采取适当的手段,药物和外科手术。这样的遗传学手段可帮助本领域体重控制的专家基于目标患者的大量元素敏感性提高对他们体重控制的建议的适当性。
这里使用的“饮食”指被个体消耗的营养物组合物。特别指被个体消耗的一种或多种大量元素组合物。“饮食”可以是记录用于消耗的食物和/或营养物组合物的书面的或口头的配方。“饮食”还包括用于消耗的食物和/或营养物。
术语“食物”指用于作为营养物源消耗的物质或材料。“食物”可包括在“饮食”中。在一个实施方式中,所述食物包括一种、两种或三种有益或优选量或比例的大量元素。食物可以是固体的或液体的。食物例如可以是干燥的、粉末状的、压缩的、冷冻的、胶体的或新鲜的。食物可以是棒状、块状、饼状、卷曲状、条状、涂胶状、膏状、乳剂、悬浮物、汤、浓汤、饮料、浓缩物、凝胶形式或任何适合的形式。
“液态食物”指作为营养物源消耗的液体或可流动性形式的物质或材料。液态食物的一个例子为“摇动混合物(shake)”,其指多种可以被摇动、搅拌或被摇动与搅拌的液态食物中的任何一种。“摇动混合物”经常形象的或实质性的类似于奶昔(milkshake)或浓奶茶(thickshake)。另一个实施例为饮料、汤或浓汤。
如这里所使用的,术语“替餐”指单独吃或消耗以提供受体所需要的营养物的组合物,没有任何补充的食品项目。“替餐”可以在即食实施例中预先制备并提供给受体,或者可由受体制备,例如通过在干的、配置好的食物中加水。
如这里所使用的,术语“配制”或“制定”是指饮食中大量元素量的准确表示形式。或者,大量元素对另一种饮食组分的比例可以准确形式表示。所述配方可以作为记录选择的适当食物的书面的或口头的配方提供。或者,所述配方可包括适当食物本身的规定。在另一个实施方式中,所述配方可以作为配制好的食物提供,例如替餐配方。在所有的情况下,配方提供了对大量元素组合物或根据如通过个体的基因型确定的个体需求比例的调整。
在一个实施方式中,当制定饮食或食物时,表示出一种大量元素的量或一种大量元素对其他饮食组分的比例。在另一个实施方式中,当制定饮食或食物时,表示出两种大量元素的量或两种大量元素对其他饮食组分的比例。在另一个实施方式中,当制定饮食或食物时,表示出三种大量元素的量或三种大量元素对其他饮食组分的比例。
基于受体的基因图谱的饮食配方以及受体对配制好的饮食的消耗可诱导先天下丘脑调节的饱腹感,可以在不积极执行减少的卡路里摄取或忍耐增强的饥饿感的情况下引起体重减少。进一步的,饱腹感的提高也应通过下丘脑调节的反馈抑制控制食欲。
这里使用的“大量元素”指由碳水化合物,蛋白质或脂类组成的主要能量提供营养类别中的一种。其区别于微量元素,微量元素指不是能量主要来源的营养物并且需要非常少的量。微量元素的例子包括矿物质和维生素。
“蛋白质”是指由氨基酸组成的任何蛋白质或多肽的一类术语。蛋白质是一种大量元素并且可以来自任何动物来源,蔬菜来源,或动物与蔬菜来源的组合。
“碳水化合物”是用于简单有机化合物的一类术语,所述有机化合物加入了酮类和醛类以及很多羟基基团,通常不是酮和醛官能团的一部分的每个碳原子上具有一个羟基。碳水化合物是一种大量元素并且是一种普通的能量的生物存储。碳水化合物通常由蔬菜来源获得,特别是谷物。碳水化合物可被分为简单的(单糖和双糖)或复杂的(寡糖和多糖)。“精制的碳水化合物”或“加工的碳水化合物”指谷物来源的碳水化合物,其中从整个谷物加工去除麸皮和胚芽。
“脂类”是指通常的疏水分子或两性分子的一类术语。脂类可源自酮乙基或异戊二烯基团。脂类是一种大量元素并且是一种普通的能量的生物存储。脂类可来自动物源,蔬菜源,或动物源和蔬菜源的组合。脂类包括三酸甘油脂(TAG,或甘油三酯),磷脂类,脂肪酸和固醇类。
“脂肪酸”包括烃链和末端羧基基团。脂肪酸可被分为“饱和脂肪酸”,烃链中没有不饱和的碳-碳双键,以及“不饱和脂肪酸”,烃链中有至少一个不饱和的碳-碳双键。“单不饱和脂肪酸”烃链中有一个不饱和的碳-碳双键。“多不饱和脂肪酸”烃链中有至少两个不饱和的碳-碳双键。营养上重要的脂肪酸包括,例如,棕榈酸,二十碳五烯酸和二十二碳六烯酸。
配制的饮食或配制的食物可包括营养补充剂。营养补充剂包括,例如维生素和矿物质。
维生素可用作营养补充剂,包括维生素A,生物素,维生素B1,B2,B3,B5,B6,B12,叶酸,5-甲基四氢叶酸,维生素C,维生素D,维生素E和维生素K。
矿物质可用作营养补充剂,包括硼,钙,铬,氯,铜,氟,铁,镁,锰,钼,钾,磷,钠,硒,钒,锌,以及这些矿物质的化学复合物。
配制的饮食或配制的食物可包括辅料,香料,色素,甜味剂,和/或其他成分用于提高被受体消耗的配制的饮食或配制的食物的效果或感官特性。
如这里所使用的,“大量元素敏感性”指个体的生理状态,所述个体消耗包括相对于其他大量元素的特定大量元素的食物之后对减少的饱腹感具有遗传易感性。这个易感性可通过一种或多种与代谢功能相关的基因型的存在进行鉴定。
具有一个来自碳水化合物敏感板或脂类敏感板的风险等位基因的个体具有提高的减少的饱腹感的风险和提高的产生代谢障碍的风险,如果他们消耗包括与各自的大量元素敏感性组不适应的大量元素比例的食物。
个体可基于存在于他们基因组的风险等位基因的数目和类型被分类为非敏感的,碳水化合物敏感的,脂类敏感的或碳水化合物和脂类敏感的。
例如,具有一个来自碳水化合物敏感板的风险等位基因的受体可能经历减少的饱腹感,如果他们消耗高碳水化合物的食物。相似的,具有一个来自脂类敏感板的风险等位基因的受体可能经历减少的饱腹感,如果他们消耗高脂类的食物。
个体具有的来自各相应板的风险等位基因越多,他们减少的饱腹感和代谢障碍发生的风险越高。
在脂类敏感板或碳水化合物敏感板,具有所有多态性的可能性是群体中风险等位基因频率的乘积,包括各板的所有多态性。例如,假设地,如果风险等位基因A,B和C的群体频率分别为10%,15%和40%,然后具有风险等位基因A,B和C的可能性为10%x15%x40%,为0.6%。
一般的,纯合子易感性等位基因组合的个体比杂合子易感性等位基因组合的个体具有对相关大量元素更大的敏感性。
所述碳水化合物和脂类敏感的分类指个体同时具有碳水化合物和脂类敏感的风险等位基因。例如,具有来自这些大量元素敏感性组中的一组的两种或多种风险等位基因的受体以及来自其他大量元素敏感性组的一种或多种风险等位基因的受体被分类为碳水化合物和脂类敏感的。
这里使用的“碳水化合物敏感的”指个体的生理状态,其在消耗包括相对于其他大量元素和个体需要过量的碳水化合物的食物之后对减少的饱腹感具有遗传易感性。这个易感性可通过一种或多种与代谢功能相关的基因型的存在进行鉴定。对于被鉴定为碳水化合物敏感的个体,有益的或优化的用于引起饱腹感的饮食包括降低的来自碳水化合物和/或精制的碳水化合物的饮食大量元素量,以及增加的来自脂类的饮食大量元素量。
这里使用的“脂类敏感的”指个体的生理状态,其在消耗包括相对于其他大量元素和个体需要过量的脂类的食物之后对减少的饱腹感具有遗传易感性。这个易感性可通过一种或多种与代谢功能相关的基因型的存在进行鉴定。对于被鉴定为脂类敏感的个体,有益的或优化的用于引起饱腹感的饮食包括降低的来自脂类和/或饱和脂类的饮食大量元素量,以及增加的来自碳水化合物的饮食大量元素量。
可对脂类敏感的个体进行进一步的遗传分析以确定多不饱和或单不饱和脂类饮食是否对正常的血液甘油三酯水平更有益。
对于鉴定为“碳水化合物和脂类敏感的”的人,优选的用于引起饱腹感的食物包括最少量的来自碳水化合物源和脂类源的饮食卡路里(dietarycalories),以及最大量的来自蛋白质源的饮食卡路里。
因此,“大量元素敏感性组”包括一个或多个对特定大量元素敏感的个体。
如这里所使用的,术语“分值”指由受体所具有的与给出的大量元素敏感性相关的基因型的数目计算出的数值。分值可以基于受体的单倍型,单倍型类群或祖先起源进行修改,例如,使用线粒体多态性或Y-染色体多态性进行确定。
每个基因多态性基于其对改变的脂类或水化合物代谢的作用进行选择。例如,FTO基因位于rs9939609的易感性多态性导致减少的胰岛素的分泌和提高的胃饥饿素的分泌,导致减少的葡萄糖清除率和提高的食欲,并被分类为碳水化合物敏感的易感性变异体。在另一个实施例中,所述APOE基因位于rs429358的易感性多态性导致提高的血液胆固醇和甘油三酯水平并被分类为脂类敏感的易感性变异体。
对于每个基因选择的多态性,使用mantel-haenszel检验进行优势比(odds-ratio)风险计算。所述优势比指具有风险等位基因的组发生易感性作用的可能性与没有风险等位基因的组发生易感性作用的可能性的比。假设风险等位基因=allele 1(a1):
该OR经常直接在分析SNP与易感性作用比的研究中直接报告。
考虑到非易感性风险等位基因的相对风险,a2=1,各基因型相对风险为,r=a1的频率:
a1a1=r^2
a1a2=r
a2a2=1
所述优势比用于计算在一个组中事件发生(即易感性)的可能性与在另一个组中事件发生的可能性。对于平均群体中特定遗传变异体的特定结果发生的相对可能性的计算通过平均群体中所述变异体的等位基因频率计算。从诸如HAPMAP的数据库保持的现有记录或直接从科学研究获得所述受体是(即高加索人,非裔美国人,汉族中国人等)群体的成员的SNP等位基因的频率。这个频率定义为p(易感性)和q,其中:
p+q=1
根据哈迪-温伯格平衡定义3个可能的基因型的群体频率:
a1a1=p^2
a1a2=2pq
a2a2=q^2
假设这使得可以计算平均群体敏感性,定义为R,相对于所述非敏感性基因型a2a2:
R=p^2x r^2+2pqxr+q
最终,计算这三个可能基因型中的每一个相对于一般群体的所述敏感性,定义为RR:
a1a1:RR=r^2/R
a1a2:RR=r/R
a2a2:RR=1/R
其中所述敏感性等位基因没有出现,随后的结果将获得小于1的RR,表明基因型对所述敏感性不敏感或正常。考虑不可能确定这种相互作用,所述结果被分配的中性值1取代并且没有进行进一步的修改(参见下面)。
其中用于计算OR的研究的统计功效是变化的,可使用一个系数。考虑到由具有变化的统计功效出版物获得的OR值对于区分研究之间的不同是重要的。可根据功效和得出效用系数(UC)的索引对所述研究进行分层。
对于每个索引研究,具有公开的群体:
<100:UC=1.05
101<500:UC=1.10
501<2000:UC=1.20
>2001:UC=1.25
其中出现多于一个研究,所述乘积UC(PUC)可来自所有UC的相乘。注意所述规则仅应用于群体是普遍的情况(即,所有高加索人)。所述PUC可与每个RR相乘得到PRR。
因为每种大量元素敏感性PRR可源自多于一个SNP,每个PRR可相乘以获得对于各敏感性的整体PRR,定义为对于碳水化合物的CSPRR,以及对于脂类的LSPRR,即:
CSPRR=所有碳水化合物敏感性PRR的乘积
LSPRR=所有脂类敏感性PRR的乘积
注意到上述乘法法则在等位基因频率对于被研究的群体是普遍的时候有效,即,如果被研究的是高加索人,对于RR计分系统中使用的每个SNP,从HAPMAP获得的等位基因频率应是高加索人的。还应注意所述乘法法则假设每个基因变异体是随机关联的并且在变异体之间没有分子或生理相互作用。
用于基于多SNP的遗传变异的个体敏感性分类的阈值,除非另有说明,对于大量元素敏感性假定乘法模型。
对于所有的变异体,基于总乘积分值(aggregate product score)的敏感性分类的阈值被定义为>1.00(大于1.0)的值,(或其他任何合适的阈值),其中最少3SNP的每个敏感性分类都进行了评分。其中所述分值>1.00(大于1.0),受体被认为对于所述大量元素敏感。
在另一个评分系统的实施方式中,每个SNP可独立评分并且其中所述PRR>=2(或其他认为合适的阈值),对于敏感性分类其会构成一个正的标记(positive mark)。其中敏感性分类获得2或更大的标记,所述受体被认为是对该大量元素敏感的。
或者,或另外的,所述受体的基因图谱可用于推荐适合的运动以及其他生活方式的改变,诸如进一步提高受体的饱腹感和健康福利的辅导。
“辅导”指提供建议、意见、指导和/或教育,具有直接指导受体行为的目的。如这里所使用的,这种指导涉及大量元素敏感性以及在一些情况下遵守配制的饮食和/或生活方式。
如这里所使用的,“运动”指为了提高或特别的为了提高遵守制定的饮食的身体的或生理的努力或用于增强遵守制定的饮食实现的饱腹感反应的身体的或生理的努力。身体的运动可包括心理成分。
身体的运动可包括有氧的或无氧的,并且有氧运动或无氧运动的量或比例可与受体的基因图谱以及大量元素敏感性相关。
所述配制的饮食或配制的食物可包括或搭配营养物或药物。所述受体的基因图谱可被用于推荐营养物或药物。在一个实施方式中,营养物或药物特别适于提高饱腹感。或者,营养物或药物可以提高与饱腹感相关的状况,例如肥胖,提高的血糖循环、脂类和/或甘油三酯水平。
“营养物”指食品或食品类似的物质,其具有提供健康或改善健康的性能。营养物可包括α-硫辛酸,十字花科蔬菜浓缩物,甘氨酸,艾地苯醌,吲哚-3-甲醇,L-肉碱,叶黄素,番茄红素,L-丝氨酸,N-乙酰-L-半胱氨酸,槲皮素,谷氨酰胺,精氨酸和牛磺酸。
营养物可包括植物性组合物,诸如穿心莲提取物,朝鲜蓟提取物,巴拿巴叶提取物,越橘叶提取物,猫爪草提取物,姜黄根提取物,肉桂根提取物,蒲公英根提取物,长距淫羊藿提取物,毛喉素,大蒜提取物,银杏叶提取物,北美黄连根提取物,绿茶叶提取物,霍桑提取物,迷迭香提取物,五味子浆果,黄芩和水飞蓟素。
“药物”指一种物质,通常与食物不同,引入身体用于治疗状况或疾病。
在一个实施方式中,抑制食欲的药物,诸如马吲哚和苯乙胺衍生物作用于去甲肾上腺素神经递质作为制定的饮食的一部分,如,苯丙醇胺,二乙胺苯酮,苯丁胺,苯二甲吗啉,苄非他明,安非他明,甲基苯丙胺,和芬美曲秦。其他抑制食欲的药物包括西布曲明盐酸水合物,其中作为一元胺(羟色胺和去甲肾上腺素)再摄取抑制剂并影响饱腹感(商品名Meridia,由AbbotLaboratories制造),右芬氟拉明(Redux)和芬氟拉明/芬特明(Fen-phen),其作用神经递质血清素。
制定的饮食,除了引起饱腹感,也包括控制食欲的措施,可进一步包括用于克制或防止肥胖的其他处理。对该目的有用的物质包括,例如,激素(如,儿茶酚胺,胰高血糖素,促肾上腺皮质激素);氯苯丁酯;卤化物;辛可卡因;氯丙嗪;作用于羟色胺神经递质(如芬氟拉明,色氨酸,5-羟色胺,氟西汀和舍曲林)的药物,中枢性药物(如纳洛酮,神经肽Y,甘丙肽,促肾上腺皮质激素释放激素,和胆囊收缩素);胆碱能激动剂(如吡啶斯的明);鞘脂类(如溶性鞘脂或其衍生物);热源性药物(如甲状腺激素);麻黄素;β-肾上腺素受体激动剂;作用于胃肠道的药物(如酶抑制剂,诸如四氢利泼斯汀,难消化的食物,诸如蔗糖聚酯,以及抑制胃排空抑制剂,诸如氯西卓特(threo-chlorocitric acid);β-肾上腺素受体激动剂(如异丙肾上腺素和育亨宾);提高育亨宾的β-肾上腺素样作用的氨茶碱,α-2肾上腺素受体阻断药(如可乐定单独或与生长激素释放肽结合);干扰肠道吸收的药物(如双胍类,诸如二甲双胍和苯乙双胍);散装填料(如甲基纤维素);代谢阻断剂药物(如羟基柠檬酸);孕酮;缩胆囊素拮抗药;模仿(mimic)酮酸的小分子;促肾上腺皮质激素释放激素激动剂;用于减少身体脂肪储存的麦角相关的催乳素抑制化合物,β-3-激动剂;溴隐亭;类阿片拮抗肽;神经肽Y拮抗剂;糖皮质激素受体拮抗剂;生长激素激动剂;以及其组合。
其他可以包括在配制的饮食或配制的食物中的药学物质包括,但不局限于,利莫那班,其阻断相同于大脑中对大麻(商品名Acomplia,由Sanofi-Aventis,SA制造)产生反应的愉悦受体;鼻内PYY3-36(PYY是一种自然生成的人类激素,由特定的肠道内分泌细胞(L-cells)制造,与膳食的卡里路量相当,PYY3-36是PYY的一种修饰形式,并且由Nastech Pharmaceutical CompanyInc.研发),罗氏鲜,一种与脂类结合并阻断这些脂类对饮食中的一些脂类的分解的分子(罗氏);能量消耗提高药物;β-3-肾上腺素受体激动剂;以及PPARγ激动剂。
所述术语“施用”或“给予”指将物质传递给受体并由受体摄取所述物质。物质可以通过受体自传递或可以通过他人传递。传递可以是同时的或依次的。传递可通过将所述物质放入饮食中实现或者可通过单独摄取实现。
“治疗的”或“治疗”指治疗性的治疗和预防性和防止性的措施,其中,目的是为了防止,减轻或减少与大量元素敏感性有关的健康问题。
“预防的”“预防”“防止的”或“防止”指防止状况、疾病、障碍或表现,包括异常或症状的发生,或阻碍、免于,或免受状况、疾病、障碍或表现,包括异常或症状的发生。需要预防的受体可以是具有状况发生趋势的个体。
所述术语“改善的”或“改善”指状况、疾病、障碍或表现,包括异常或症状的减少,降低或减轻。需要治疗的已具有状况,或具有状况的趋势的受体,该状况被防止。
疾病或障碍可从本发明的方法受益,所述疾病或障碍包括,但不局限于,代谢综合征,肥胖,胰岛素抗性,葡萄糖耐受不良,血脂异常,非酒精性脂肪肝病,睡眠呼吸暂停,与肥胖相关的代谢疾病,诸如骨关节炎,II型糖尿病,血压上升,高血压,中风,心脏病,心血管病,骨关节炎,不希望的体重增加(即使所述体重增加在肥胖的水平之下)或不希望的体重指数,以及过高食欲导致的不希望的体重增加。
本领域技术人员将理解,在不脱离本发明的精神和范围的情况下,可对本发明进行大量修改。
实施例
实施例1
笔记本板(Note板)可由任何数量的SNP组成,SNP的数量大于等于3每种大量元素敏感性。对于实施例,假设使用了
1)由以下组成的碳水化合物敏感板:
■FTO-rs9939609-基于代谢的替代指标
■葡萄糖代谢相关功能障碍
■TCF7L2-rs7903146-基于代谢的替代指标
■葡萄糖代谢相关功能障碍
■G6PC2-rs560887-基于代谢的替代指标
■葡萄糖代谢相关功能障碍
以及
2)由以下组成的脂类敏感板:
■APOE-rs4420638-基于代谢的替代指标
■脂类代谢相关功能障碍
■PCSK9-rs11206510-基于代谢的替代指标
■脂类代谢相关功能障碍
■APOB-rs693-基于代谢的替代指标
■脂类代谢相关功能障碍
被检测的受体可以是高加索人并且可已经获得针对上述板的正义链(方括号内为高加索人所述SNP等位基因的频率,之后是针对高加索人群体敏感性等位基因所公开的OR)的下列结果
碳水化合物敏感板
■FTO-rs9939609(AC)-[A:0.45C:0.55|OR(A)=1.3]
■TCF7L2-rs7903146(CT)-[C:0.18T:0.78|OR(C)=1.3]
■G6PC2-rs560887(GG)-[A:0.4G:0.6|OR(A)=1.0]
脂类敏感板
■APOE-rs429358(AA)-[G:0.10A:0.90|OR(G)=1.0]
■PCSK9-rs11206510(CC)-[C:0.77,T:0.23|OR(C)=1.0]
■APOB-rs693(GG)-[C:0.48G:0.52|OR(A)=1.0]
使用在一般人群中发现的正常等位基因频率,根据评分方法学中提到的方法计算每个SNP的相对大量元素敏感性。
对于实施例,碳水化合物敏感板
■FTO-rs9939609(AC)-1.3
■TCF7L2-rs7903146(CT)-1.2
■G6PC2-rs560887(GG)-0.97
综合分值(Combined score)1.51
脂类敏感板
■APOE-rs429358(AA)-0.86
■PCSK9-rs11206510(CC)-1.0
■APOB-rs693(GG)-0.95
综合分值0.817
假设跨越所有研究的统计功效没有改变并且不需要使用可变系数,然后如果碳水化合物敏感性的分值=1.51(即>1.0)并且脂类敏感性的分值=0.817,出于鉴定大量元素敏感性的目的,所述个体限定为碳水化合物敏感的。
实施例2
大约100个个体进行了MyGene饮食计划。基于基因型将个体划分到大量元素敏感性饮食组并且以周为基础监控直至6个月。基于基因型划分到大量元素敏感性饮食组的个体的平均脂肪量下降约1kg/周,同时保持肌肉量,之后通过对这些个体持续监控直到达到他们的目标体重。
双盲并且随机分配对照饮食的独立个体组不涉及饮食与基因型的匹配,4周时间内平均减少4kg体重,减少的大部分体重来自于肌肉量(2.4kg)与脂肪量(1.6kg)。
重要的是,消耗基于大量元素敏感性饮食的个体在饮食同时感觉到饱,所述大量元素敏感性与个体根据基因型一致,报告饱的感觉(即饱腹感)持续的时间,平均的,饭后3.5-4小时。相反的,上面提到的对照组的个体,其消耗与基因型不匹配的饮食,平均饭后2.5小时感觉到饥饿。
因此,基于上述观察,经修改的饮食以及基于根据基因型的大量元素敏感性的给予个体,获得了体重减少以及肌肉量保留的好处,以及饱腹感和饥饿控制的好处。同样的,维持与个体大量元素敏感性匹配的饮食,所述大量元素敏感性根据基因型,长期有望减少身体脂肪,通过保留肌肉改善身体组成,在保留肌肉量并且重要的提高餐后饱腹感和饥饿控制的饮食之后,减少体重重新增加风险。
权利要求书(按照条约第19条的修改)
1.一种用于确定受体在消耗超过其基因型最优水平的碳水化合物或脂类之后对减少的饱腹感的遗传易感性的方法,包括:
a)分析来自所述受体的基因样本得到至少两个与碳水化合物敏感性相关的多态性以及至少两个与脂类敏感性相关的多态性以获得多态性图谱;
b)分析所述多态性图谱以鉴定易感性等位基因;
c)由鉴定的易感性等位基因计算对于碳水化合物敏感性和脂类敏感性的易感性分值;以及
d)基于所述易感性分值对受体在消耗超过其基因型最优水平的碳水化合物或脂类之后对减少的饱腹感的遗传易感性进行分类。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少两个与碳水化合物敏感性相关的多态性选自由TCF7L2,FTO,KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2和APOA5组成的群组的基因的多态性。
3.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少两个与脂类敏感性相关的多态性选自由APOE,APOB,PSRC1,LDLR,CETP,LPL,PCSK9,FABP2和LEPR组成的群组的基因的多态性。
4.根据权利要求1所述的方法,其中所述方法包括分析来自所述受体的基因样本获得选自由TCF7L2,FTO,KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2和APOA5组成的群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14或15个基因的至少两个与碳水化合物敏感性相关的多态性。
5.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少两个与碳水化合物敏感性相关的多态性选自TCF7L2和FTO的多态性。
6.根据权利要求1所述的方法,其中所述方法包括分析来自所述受体的基因样本获得选自由APOE,APOB,PSRC1,LDLR,CETP,LPL,PCSK9,FABP2和LEPR组成的群组的2,3,4,5,6,7,8或9个基因的至少两个与脂类敏感性相关的多态性。
7.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少两个与脂类敏感性相关的多态性选自APOE和APOB的多态性。
8.根据权利要求1-7任一项所述的方法,其中所述多态性为单核苷酸多态性(SNP)。
9.根据权利要求8所述的方法,其中与碳水化合物敏感性相关的所述SNP选自由SEQ ID NO:1(RS12255372),SEQ ID NO:2(RS7903146),SEQ ID NO:7(RS9939609),SEQ ID NO:3(RS5219),SEQ ID NO:4(RS1801282),SEQ ID NO:5(RS4402960),SEQ ID NO:6(RS10811661),SEQ ID NO:8(RS13266634),或SEQ ID NO:9(RS1111875),SEQ ID NO:10(RS7756992),SEQ ID NO:11(RS10010131),SEQ ID NO:12(RS10923931),SEQ ID NO:13(RS864745),SEQ ID NO:14(RS12779790),SEQ ID NO:15(RS560887),SEQ ID NO:16(RS12286037),和SEQ ID NO:17(RS662799)组成的群组。
10.根据权利要求8所述的方法,其中与脂类敏感性相关的所述SNP选自由SEQ ID NO:18(RS4420638),SEQ ID NO:19(RS693),SEQ IDNO:20(RS754523),SEQ ID NO:21(RS599839),SEQ ID NO:22(RS6511720),SEQ ID NO:23(RS5882),或SEQ ID NO:24(RS708272),SEQ ID NO:25(RS320),SEQ ID NO:26(RS328),SEQ ID NO:27(RS11206510),SEQ ID NO:28(RS1799883),SEQ ID NO:29(RS8179183),和SEQ ID NO:30(RS1892534)组成的群组。
11.根据权利要求9所述的方法,其中SEQ ID NO:1(RS 12255372)的易感性等位基因为T,SEQ ID NO:2(RS7903146)为T,SEQ ID NO:7(RS9939609)为A,SEQ ID NO:3(RS5219)为T,SEQ ID NO:4(RS1801282)为C,SEQ ID NO:5(RS4402960)为T,SEQ ID NO:6(RS10811661)为T,SEQ ID NO:8(RS13266634)为C,或SEQ ID NO:9(RS 1111875)为G,SEQ ID NO:10(RS7756992)为G,SEQ ID NO:11(RS 10010131)为G,SEQ ID NO:12(RS 10923931)为T,SEQ ID NO:13(RS864745)为A,SEQ ID NO:14(RS12779790)为G,SEQ ID NO:15(RS560887)为G,SEQ ID NO:16(RS12286037)为T,或SEQ ID NO:17(RS662799)为G。
12.根据权利要求10所述的方法,其中SEQ ID NO:18(RS4420638)的易感性等位基因为G,SEQ ID NO:19(RS693)为T,SEQ ID NO:20(RS754523)为C,SEQ ID NO:21(RS599839)为A,SEQ ID NO:22(RS6511720)为G,SEQ ID NO:23(RS5882)为A,或SEQ ID NO:24(RS708272)为C,SEQ ID NO:25(RS320)为T,SEQ ID NO:26(RS328)为C,SEQ ID NO:27(RS11206510)为T,SEQ ID NO:28(RS1799883)为A,SEQ ID NO:29(RS8179183)为C或SEQ ID NO:30(RS1892534)为G。
13.根据权利要求1-12任一项所述的方法,包括进一步的分析所述基因样本以确定单倍型类群的步骤。
14.根据权利要求13所述的方法,其中所述分析所述基因样本以确定单倍型类群的步骤包括分析线粒体多态性或Y-染色体多态性。
15.根据权利要求1所述的方法,其中所述受体的遗传易感性被分类为非敏感的,碳水化合物敏感的,脂类敏感的或碳水化合物和脂类敏感的。
16.根据权利要求1-15任一项所述的方法,其中所述基因样本为口腔样本。
17.根据权利要求1-16任一项所述的方法,包括进一步的为受体基于其分类制定饮食的步骤。
18.根据权利要求17所述的方法,其中所述制定饮食包括配制饮食或提供作为食物的饮食。
19.根据权利要求17或18所述的方法,其中所述饮食包括替餐食物。
20.根据权利要求17-19任一项所述的方法,其中所述饮食包括液态食物。
21.根据权利要求20所述的方法,其中所述液态食物为摇动混合物。
22.根据权利要求1-21任一项所述的方法,包括进一步的辅导所述受体的步骤。
23.根据权利要求1-22任一项所述的方法,包括进一步的提供给受体运动计划的步骤。
24.根据权利要求23所述的方法,其中所述运动计划包括有氧运动或无氧运动。
25.根据权利要求1-24任一项所述的方法,包括进一步的施用给受体营养物或药物的步骤。
26.根据权利要求25所述的方法,其中所述营养物辅助循环的葡萄糖水平或循环的脂类和/或甘油三酯水平的正常化。
27.一种用于确定引起受体饱腹感的适当饮食的方法,包括:
a)通过权利要求1-26任一项所述方法确定受体在消耗超过其基因型最优水平的碳水化合物或脂类之后对减少的饱腹感的遗传易感性;以及
b)使受体对减少的饱腹感的遗传易感性与包含对于他们的基因型适当水平的大量元素的饮食匹配。
28.一种用于制定引起受体饱腹感的饮食的方法,包括:
a)分析来自所述受体的基因样本得到至少两个与碳水化合物敏感性相关的多态性以及至少两个与脂类敏感性相关的多态性以获得多态性图谱;
b)分析所述多态性图谱以鉴定易感性等位基因;
c)计算对于碳水化合物敏感性和脂类敏感性的易感性分值,基于优势比风险计算对于碳水化合物敏感性和脂类敏感性的易感性等位基因;
d)基于所述易感性分值将受体分类为非敏感的,碳水化合物敏感的,脂类敏感的或碳水化合物和脂类敏感的;以及
e)基于所述受体的分类制定饮食。
29.一种试剂盒,当在权利要求1-28任一项所述方法中使用时,包括用于获得来自受体的基因样本的基因取样器。
30.一种用于鉴定受体在消耗超过他们基因型最优水平的碳水化合物或脂类之后对减少的饱腹感的遗传易感性的试剂盒,包括用于分析来自所述受体的基因样本得到至少两个与碳水化合物敏感性相关的多态性以及至少两个与脂类敏感性相关的多态性以获得多态性图谱的试剂;
其中所述至少两个与碳水化合物敏感性相关的多态性选自由TCF7L2,FTO,KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2和APOA5组成的群组的基因的多态性;以及
其中所述至少两个与脂类敏感性相关的多态性选自由APOE,APOB,PSRC1,LDLR,CETP,LPL,PCSK9,FABP2和LEPR组成的群组的基因的多态性。
31.权利要求1-28任一项所述的方法或权利要求29或30所述的试剂盒,在治疗代谢综合征,肥胖,胰岛素抗性,葡萄糖耐受不良,血脂异常,非酒精性脂肪肝病,睡眠呼吸暂停,与肥胖相关的代谢疾病,骨关节炎,Ⅱ型糖尿病,血压上升,高血压,中风,心脏病,心血管病,骨关节炎,不希望的体重增加,或不希望的体重指数,或过盛食欲中的应用。
Claims (32)
1.一种用于鉴定受体的大量元素敏感性的方法,包括以下步骤:分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的基因或基因组合的多态性以确定多态性图谱,所述群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2),APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1)和LEPR(2)组成,分析所述多态性图谱以鉴定风险等位基因以及基于存在的风险等位基因的数目确定所述受体的大量元素敏感性。
2.根据权利要求1所述的方法,包括分析选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16或17个基因中的至少一个的多态性,所述群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1)和APOA5(2)组成。
3.根据权利要求1所述的方法,包括分析选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12或13个基因中的至少一个的多态性,所述群组由APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1)和LEPR(2)组成。
4.根据权利要求1所述的方法,包括分析选自以下群组的2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29或30个基因中的至少一个的多态性,所述群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2),APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1)和LEPR(2)组成。
5.根据权利要求1-4任一项所述的方法,其中所述多态性为单核苷酸多态性(SNP)。
6.根据权利要求5所述的方法,其中所述SNP包括SEQ ID NO:1(RS12255372),SEQ ID NO:2(RS7903146),SEQ ID NO:3(RS5219),SEQ IDNO:4(RS1801282),SEQ ID NO:5(RS4402960),SEQ ID NO:6(RS10811661),SEQ ID NO:7(RS9939609),SEQ ID NO:8(RS13266634),or SEQ ID NO:9(RS1111875),SEQ ID NO:10(RS7756992),SEQ ID NO:11(RS10010131),SEQ ID NO:12(RS10923931),SEQ ID NO:13(RS864745),SEQ ID NO:14(RS12779790),SEQ ID NO:15(RS560887),SEQ ID NO:16(RS 12286037),或SEQ ID NO:17(RS662799)。
7.根据权利要求5所述的方法,其中所述SNP包括SEQ ID NO:18(RS4420638),SEQ ID NO:19(RS693),SEQ ID NO:20(RS754523),SEQ IDNO:21(RS599839),SEQ ID NO:22(RS6511720),SEQ ID NO:23(RS5882),orSEQ ID NO:24(RS708272),SEQ ID NO:25(RS320),SEQ ID NO:26(RS328),SEQ ID NO:27(RS11206510),SEQ ID NO:28(RS1799883),SEQ ID NO:29(RS8179183),或SEQ ID NO:30(RS1892534)。
8.根据权利要求5所述的方法,其中所述SNP包括SEQ ID NO:1(RS12255372),SEQ ID NO:2(RS7903146),SEQ ID NO:3(RS5219),SEQ IDNO:4(RS 1801282),SEQ ID NO:5(RS4402960),SEQ ID NO:6(RS10811661),SEQ ID NO:7(RS9939609),SEQ ID NO:8(RS13266634),orSEQ ID NO:9(RS1111875),SEQ ID NO:10(RS7756992),SEQ ID NO:11(RS10010131),SEQ ID NO:12(RS10923931),SEQ ID NO:13(RS864745),SEQ ID NO:14(RS 12779790),SEQ ID NO:15(RS560887),SEQ ID NO:16(RS 12286037),SEQ ID NO:17(RS662799),SEQ ID NO:18(RS4420638),SEQID NO:19(RS693),SEQ ID NO:20(RS754523),SEQ ID NO:21(RS599839),SEQ ID NO:22(RS6511720),SEQ ID NO:23(RS5882),or SEQ ID NO:24(RS708272),SEQ ID NO:25(RS320),SEQ ID NO:26(RS328),SEQ ID NO:27(RS11206510),SEQ ID NO:28(RS1799883),SEQ ID NO:29(RS8179183),或SEQ ID NO:30(RS1892534)。
9.根据权利要求6所述的方法,其中SEQ ID NO:1(RS12255372)的所述风险等位基因为T,SEQ ID NO:2(RS7903146)为T,SEQ ID NO:3(RS5219)为T,SEQ ID NO:4(RS1801282)为C,SEQ ID NO:5(RS4402960)为T,SEQ ID NO:6(RS 10811661)为T,SEQ ID NO:7(RS9939609)为A,SEQ ID NO:8(RS 13266634)为C,或SEQ ID NO:9(RS 1111875)为G,SEQ ID NO:10(RS7756992)为G,SEQ ID NO:11(RS10010131)为G,SEQID NO:12(RS10923931)为T,SEQ ID NO:13(RS864745)为A,SEQ ID NO:14(RS12779790)为G,SEQ ID NO:15(RS560887)为G,SEQ ID NO:16(RS12286037)为T,或SEQ ID NO:17(RS662799)为G。
10.根据权利要求7所述的方法,其中所述SEQ ID NO:18(RS4420638)的风险等位基因为G,SEQ ID NO:19(RS693)为T,SEQ ID NO:20(RS754523)为C,SEQ ID NO:21(RS599839)为A,SEQ ID NO:22(RS6511720)为G,SEQ ID NO:23(RS5882)为A,或SEQ ID NO:24(RS708272)为C,SEQ ID NO:25(RS320)为T,SEQ ID NO:26(RS328)为C,SEQ ID NO:27(RS11206510)为T,SEQ ID NO:28(RS1799883)为A,SEQ ID NO:29(RS8179183)为C或SEQ ID NO:30(RS1892534)为G。
11.根据权利要求8所述的方法,其中所述SEQ ID NO:1(RS 12255372)的风险等位基因为T,SEQ ID NO:2(RS7903146)为T,SEQ ID NO:3(RS5219)为T,SEQ ID NO:4(RS1801282)为C,SEQ ID NO:5(RS4402960)为T,SEQ ID NO:6(RS 10811661)为T,SEQ ID NO:7(RS9939609)为A,SEQ ID NO:8(RS13266634)为C,或SEQ ID NO:9(RS1111875)为G,SEQ ID NO:10(RS7756992)为G,SEQ ID NO:11(RS10010131)为G,SEQID NO:12(RS10923931)为T,SEQ ID NO:13(RS864745)为A,SEQ ID NO:14(RS12779790)为G,SEQ ID NO:15(RS560887)为G,SEQ ID NO:16(RS12286037)为T,SEQ ID NO:17(RS662799)为G,SEQ ID NO:18(RS4420638)为G,SEQ ID NO:19(RS693)为T,SEQ ID NO:20(RS754523)为C,SEQ ID NO:21(RS599839)为A,SEQ ID NO:22(RS6511720)为G,SEQ ID NO:23(RS5882)为A,或SEQ ID NO:24(RS708272)为C,SEQ ID NO:25(RS320)为T,SEQ ID NO:26(RS328)为C,SEQ ID NO:27(RS11206510)为T,SEQ ID NO:28(RS1799883)为A,SEQ ID NO:29(RS8179183)为C,或SEQ ID NO:30(RS1892534)为G。
12.根据权利要求1-11任一项所述的方法,包括进一步的分析所述基因样本以确定单倍型类群的步骤。
13.根据权利要求12所述的方法,其中所述分析所述基因样本以确定单倍型类群的步骤包括分析线粒体多态性或Y-染色体多态性。
14.根据权利要求1-13任一项所述的方法,包括从所述多态性图谱计算分值的步骤。
15.根据权利要求14所述的方法,包括基于所述分值确定大量元素敏感性的步骤。
16.根据权利要求1-15任一项所述的方法,其中鉴定的所述大量元素敏感性可为非敏感的,碳水化合物敏感的,脂类敏感的或碳水化合物和脂类敏感的。
17.根据权利要求1-16任一项所述的方法,其中所述基因样本为口腔样本。
18.根据权利要求1-17任一项所述的方法,包括进一步的为受体基于他们的大量元素敏感性制定饮食的步骤。
19.根据权利要求18所述的方法,其中制定所述饮食包括配制饮食或提供作为食物的饮食。
20.根据权利要求18或19所述的方法,其中所述饮食包括替餐食物。
21.根据权利要求18-20任一项所述的方法,其中所述饮食包括液态食物。
22.根据权利要求21所述的方法,其中所述液态食物为摇动混合物。
23.根据权利要求1-20任一项所述的方法,包括进一步的辅导所述受体的步骤。
24.根据权利要求1-23任一项所述的方法,包括进一步的提供给受体运动计划的步骤。
25.根据权利要求24所述的方法,其中所述运动计划包括有氧运动或无氧运动。
26.根据权利要求1-25任一项所述的方法,包括进一步的施用给受体营养物或药物的步骤。
27.根据权利要求26所述的方法,其中所述营养物辅助循环的葡萄糖水平或循环的脂类和/或甘油三酯水平的正常化。
28.一种用于确定引起受体饱腹感的适当饮食的方法,包括通过权利要求1-27任一项所述方法鉴定所述受体的大量元素敏感性的步骤。
29.一种用于制定引起受体饱腹感的饮食的方法,包括以下步骤:分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的基因的多态性以确定多态性图谱,所述群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2)APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1)和LEPR(2)组成,以及基于存在的风险等位基因的数目制定饮食。
30.一种试剂盒,包括用于获得来自受体的根据权利要求1、28或29任一项所述方法进行分析的基因样本的基因取样器。
31.一种用于鉴定受体大量元素敏感性的试剂盒,包括用于分析来自所述受体的基因样本获得选自以下群组的基因的多态性的试剂,所述群组由TCF7L2(1),TCF7L2(2),KIR6.2(KCJN11),PPARG,IGF2BP2,CDKN2B,FTO,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,WFS1,NOTCH2,JAZF1,CDC123,G6PC2,APOA5(1),APOA5(2)APOE,APOB(1),APOB(2),PSRC1,LDLR,CETP(1),CETP(2),LPL(1),LPL(2),PCSK9,FABP2,LEPR(1)和LEPR(2)组成。
32.权利要求1、28或29所述的方法或权利要求30或31所述的试剂盒,在治疗代谢综合征,肥胖,胰岛素抗性,葡萄糖耐受不良,血脂异常,非酒精性脂肪肝病,睡眠呼吸暂停,与肥胖相关的代谢疾病,骨关节炎,Ⅱ型糖尿病,血压上升,高血压,中风,心脏病,心血管病,骨关节炎,不希望的体重增加,或不希望的体重指数,或过盛食欲中的应用。
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