CN102844434A

CN102844434A - Cetp表达的调节

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Publication number: CN102844434A
Application number: CN2011800179976A
Authority: CN
Inventors: T·A·贝尔三世; R·M·克鲁克; M·J·格雷厄姆
Original assignee: Isis Pharmaceuticals Inc
Current assignee: Ionis Pharmaceuticals Inc
Priority date: 2010-04-07
Filing date: 2011-04-07
Publication date: 2012-12-26
Also published as: AU2011237426A1; EP2556159A1; CA2795750A1; JP2013527148A; WO2011127307A1; US20130053430A1

Abstract

本文提供的是用于减少动物中CETP mRNA和蛋白的表达的方法、化合物和组合物。本文还提供的是用于在动物中增加HDL水平和/或HDL活性并且减少血浆脂质、血浆葡萄糖和动脉粥样硬化斑块的方法、化合物和组合物。此类方法、化合物和组合物可用于治疗、预防、延缓或减轻任何一种或多种心血管疾病或代谢疾病或其症状。

Description

CETP表达的调节

序列表

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发明领域

本文提供的是减少CETP mRNA和蛋白在动物中的表达的方法、化合物和组合物。同时，本文提供的是具有用于减少动物中的CETP相关疾病或疾患的CETP抑制剂的方法、化合物和组合物。此类方法、化合物和组合物例如用于治疗、预防、延缓或减轻动物的一种或多种心血管疾病或炎性综合征或其症状。

发明背景

控制与高胆固醇血症和心血管疾病有关的风险因子已经是学术界和工业的许多研究的焦点。因为升高的循环血浆低密度脂蛋白(LDL)胆固醇水平在高胆固醇血症和心血管疾病的发展中被鉴定为独立的风险因子，所以很多策略已指向降低在致动脉粥样硬化脂蛋白中携带的胆固醇的水平。相反，高密度脂蛋白(HDL)通过在称为反向胆固醇转运的过程中将过量胆固醇从外周组织递送至肝以分泌到胆汁中来防止血管动脉粥样硬化起关键性作用(Yamashita等人，Biochim.Biophys.Acta，2000，1529，257-275)。来自外周细胞的胆固醇被HDL吸收后，其转化成胆固醇酯。该HDL胆固醇酯可被运输回肝且被肝吸收，或被转移至极低密度脂蛋白(VLDL)、中等密度脂蛋白(IDL)和低密度脂蛋白(LDL)(Yamashita等人，Biochim.Biophys.Acta，2000，1529，257-275).

HDL胆固醇酯的重新分配通过胆固醇酯转移蛋白(也称为CETP和脂质转移蛋白II)介导。在该过程中，CETP促进来自HDL的胆固醇酯的中性脂质转移成来自VLDL、IDL和LDL的甘油三酯(Yamashita等人，Biochim.Biophys.Acta，2000，1529，257-275)。胆固醇酯转移蛋白存在于人和兔中，但不存在于啮齿类动物中(Hirano等人，Curr.Opin.Lipidol.，2000，11，589-596)。

胆固醇酯转移蛋白于1987年克隆(Drayna等人，Nature，1987，327，632-634)，随后定位到染色体16q21(Lusis等人，Genomics，1987，1，232-235)。其在肝、脾、小肠、脂肪组织、肾上腺、肾、心和骨骼肌中表达且由多种细胞类型(包括单核细胞源性巨噬细胞、B-淋巴细胞、脂肪细胞和肝细胞)分泌(Yamashita等人，Biochim.Biophys.Acta，2000，1529，257-275)。

胆固醇酯转移蛋白mRNA的两个同种型是已知的：全长形式和其中外显子9缺失的可选剪接形式(Inazu等人，Biochemistry，1992，31，2352-2358)。可选剪接形式已被证明表达在脂质转移中失活的蛋白并且其表达已被建议用作调节特定组织内脂质转移活性的开关(Inazu等人，Biochemistry，1992，31，2352-2358)。

多种转基因动物(包括啮齿类动物，包含人胆固醇酯转移蛋白基因)已被工程化且综述(Barter等人，ATVB，2003，23，160-167)。胆固醇酯转移蛋白过表达与动脉粥样硬化之间的关系已证实在其中脂蛋白代谢与人的完全不同的小鼠模型中非常复杂(de Grooth等人，Journal of Lipid Res，2004，45，1967-1974)。在其中肝介导的致动脉粥样硬化脂蛋白摄取受损的小鼠模型中，CETP活性是促致动脉粥样硬化的但在高甘油三酯血症和功能障碍的HDL中，CETP活性可以是有益的(de Grooth等人，Journal of Lipid Res，2004，45，1967-1974)。

胆固醇酯转移蛋白缺乏(剪接缺陷或错义突变)引起胆固醇酯转移蛋白的浓度、组成和功能的各种异常情况并且已被鉴定为亚洲人群中高α脂蛋白症(HALP)的最常见原因(Yamashita等人，动脉粥样硬化，2000，152，271-285)。

已在糖尿病中的反向胆固醇转运的综述中检查胆固醇酯转移蛋白活性对反向胆固醇转运的效应(Quintao等人，Diabetes Metab.Res.Rev.，2000，16，237-250)。

胆固醇酯从HDL至LDL和VLDL的转移的过程可能是有害的，因为LDL和VLDL已知是致动脉粥样硬化的(Chong和Bachenheimer，Drugs，2000，60，55-93)。这种假设的支持可从以下方面得出：显示极低的动脉粥样硬化发病率的大鼠中胆固醇酯转移蛋白的缺乏(Chong和Bachenheimer，Drugs，2000，60，55-93)和具有胆固醇酯转移蛋白缺陷的日本受试者具有高HDL水平和增加的寿命的观察(Inazu等人，N.Engl.J.Med.，1990，323，1234-1238)。相反，具有减少的胆固醇酯转移蛋白水平的日本男人的另一项研究发现增加的冠心病危险(Ishigami等人，J.Biochem.(Tokyo)，1994，116，257-262)。

胆固醇酯转移蛋白的小分子抑制剂在本领域中充分呈示并且包括多种结构种类(包括甾醇、多环天然产物和杂环)(Sikorski和Glenn，Annu.Rep.Med.Chem.，2000，35，251-260)。针对胆固醇酯转移蛋白的抗体(Saito等人，J.Lipid Res.，1999，40，2013-2021；Sugano等人，J.Lipid Res.，2000，41，126-133)和来自猪血浆的肽(Cho等人，Biochim.Biophys.Acta，1998，1391，133-144)也已被证明用作人胆固醇酯转移蛋白的抑制剂。

CETP的小分子抑制剂(SMI)已广泛地在临床中试验并且来自这些试验的结果已产生多种对药理学、功效和耐受性的效应(Vergeer和Stroes，Am J Cardiol.，2009，104，32E-8E)。最初开发的CETP SMI之一是托彻普(Torcetrapib)。在早期临床试验中，发现托彻普是CETP的有效抑制剂并且提供了有益的LDL/HDL比转移(van der Steeg WA等人，Curr Opin Lipidol.，2004，15(6)，631-6)。然而，托彻普的开发由于处理组的不良事件增加而止步于临床III。托彻普的否定效应归因于血压的增加和循环醛固醇水平(Joy和Hegele，Curr OpinCardiol.，2009，24(4)，364-71)。而且，用托彻普治疗的患者也呈现出扩大的富含apoAII的HDL，其可能具有延缓的分解代谢(BrousseauME等人，J Lipid Res.，2009，50(7)，1456-62)。临床开发中的两个其它CETP SMI(Anacetrapib和Dalcetrapib(以前称为JTT-705))并未显示对血压和醛固酮的负面效应并且提供了有益的HDL和LDL的转移(Masson D，Curr Opin Investig Drugs，2009，10(9)，980-7以及Rennings和Stalenhoef，Expert Opin Investig Drugs，2008，17(10)，1589-97)。然而，此时并未详细描述这些化合物对HDL代谢和清除的效应。Anacetrapib和Dalcetrapib的III期试验的即将来临的结果将显示CETP的小分子抑制剂是否是心血管疾病的可行治疗策略。

靶向人胆固醇酯转移蛋白核苷酸329至349的硫代磷酸酯寡核苷酸用于抑制人胆固醇酯转移蛋白在人胆固醇酯转移蛋白转染的中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系中的表达(Liu等人，Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol.，1999，19，2207-2213)。在该研究中，通过将寡核苷酸与N,N-二棕榈酰基甘氨酰基-载脂蛋白E(129-169)肽(用作LDL受体配体)缀合而开发了用于将反义硫代磷酸酯寡核苷酸靶向递送至肝的系统(Liu等人，Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol.，1999，19，2207-2213)。

于胆固醇酯转移蛋白对血浆脂蛋白胆固醇水平(Sugano和Makino，J.Biol.Chem.，1996，271，19080-19083)和对动脉粥样硬化在兔中的发展(Sugano等人，J.Biol.Chem.，1998，273，5033-5036)的效应的体内研究中，靶向偶联至无唾液酸糖蛋白-聚-L-赖氨酸载体分子的兔胆固醇酯转移蛋白序列的位置148至168的21-mer反义寡核苷酸用于减少胆固醇酯转移蛋白的表达。这些研究得出结论，给兔施用反义寡核苷酸-无唾液酸糖蛋白缀合物可降低LDL和VLDL的血浆水平(Sugano和Makino，J.Biol.Chem.，1996，271，19080-19083)并且抑制动脉粥样硬化在兔中的发病率(Sugano等人，J.Biol.Chem.，1998，273，5033-5036)。

在德国专利DE 19731609中公开且要求保护的是针对人胆固醇酯转移蛋白反义寡核苷酸(包括经修饰的DNA/RNA杂种寡核苷酸)以便抑制胆固醇酯转移蛋白的表达(Budzinksi等人，1999)。在同一专利中另外公开且要求保护的是含有5’-非翻译区域和调节序列的人胆固醇酯转移蛋白基因的转录构建体(Budzinksi等人，1999)。

在美国专利申请USSN 09/925,139、11/031,827和国际申请PCT/US02/24919中公开的是靶向CETP的反义寡核苷酸和调节CETP的方法。

目前，胆固醇酯转移蛋白抑制剂包括数类小分子、抗体、肽和先前引用的反义抑制剂的实例。所有这些抑制剂中，CETP的小分子抑制剂已在临床和实验室中得到最广泛的试验并且显示提供对完全血浆脂蛋白分布的阳性效应(Masson D，Curr Opin Investig Drugs，2009，10(9)，980-7以及Rennings和Stalenhoef，Expert Opin Investig Drugs，2008，17(10)，1589-97)。然而，由于在用小分子抑制剂治疗的患者中观察到的对血压和醛固酮的潜在负面效应加之HDL亚类的潜在负面变化，仍需要通过可选方式抑制CETP活性的治疗剂(Joy和Hegele，Curr Opin Cardiol.，2009，24(4)，364-71和Brousseau ME等人，J LipidRes.，2009，50(7)，1456-62)。CETP反义抑制提供了相比于传统小分子抑制剂的唯一优势，因为反义抑制剂不依赖于化合物与蛋白质的竞争结合并且通过减少CETP表达来直接抑制活性。

反义化合物容易地在表达CETP的组织例如肝和脂肪组织中积累(Antisense Drug Technology，第2版，ST Crooke编，CRC Press，Boca Raton，FL)制备反义技术独特地适用于靶CETP表达和功能。反义技术作为用于减少某些基因产物的表达的有效方法出现并且由此可证明其可独特地用于多种调节CETP的治疗、诊断和研究应用。

目前缺乏用于治疗心血管和代谢病症的可接受选择。因此本文的目的是提供用于治疗此类疾病和病症的化合物和方法。

本申请引用的所有文件、或文件的一部分(包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和书籍)据此通过引用清楚(针对本文所述的文件以及其整体)并入。

发明概述

本文提供的是可用于经由作用反义机理例如RNA酶H、RNAi和dsRNA酶，以及其它基于靶降解或靶占有的反义机理来调节基因表达和相关途径的反义化合物。

本文提供的是用于抑制CETP表达并且治疗、预防、延缓或减轻CETP相关疾病、疾患或其症状的方法、化合物和组合物。在某些实施方案中，CETP相关疾病或疾患是心血管疾病或炎性疾病。

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸。CETP靶可具有选自SEQ ID NO：1-4中任一个的序列。靶向CETP的经修饰的寡核苷酸可具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO：1-4的等长部分互补的至少8个连续核碱基。经修饰的寡核苷酸可具有包含至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个连续核碱基的核碱基序列。经修饰的寡核苷酸的连续核碱基部分可与选自SEQ ID NO：1-4中任一个的CETP区域的等长部分互补。

在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含：a)由连接脱氧核苷组成的缺口区段；b)由连接核苷组成的5’翼区段；和c)由连接核苷组成的3’翼区段。缺口区段位于5’翼区段与3'翼区段之间并且每个翼区段中的每个核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成，缺口区段由10个连接脱氧核苷组成，5’翼区段由5个连接核苷组成，3’翼区段由5个连接核苷组成，每个翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖，每个核苷间键合是硫代磷酸酯键合且每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。

某些实施方案提供了减少动物中CETP表达或活性的方法，其包括向所述动物施用包含靶向本文描述的CETP的经修饰的寡核苷酸的化合物。

某些实施方案提供了增加动物中的HDL水平和/或HDL活性的方法，其包括向所述动物施用包含靶向本文描述的CETP的经修饰的寡核苷酸的化合物。

某些实施方案提供了减少动物中的LDL、TG或葡萄糖水平的方法，其包括向所述动物施用包含靶向本文描述的CETP的经修饰的寡核苷酸的化合物。

某些实施方案提供了减少动物中的LDL/HDL比例的方法，其包括向所述动物施用包含靶向本文描述的CETP的经修饰的寡核苷酸的化合物。

某些实施方案提供了减轻动物中的心血管疾病或代谢疾病的方法，其包括向所述动物施用包含靶向本文描述的CETP的经修饰的寡核苷酸的化合物。

某些实施方案提供了用于治疗患有心血管疾病或代谢疾病的动物的方法，其包括：1)鉴定患有代谢疾病或心血管疾病的所述动物，和2)向所述动物施用治疗有效量的包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成并且具有与SEQ IDNO：1-4中任一个至少90%互补(如对经修饰的寡核苷酸的整体性所测量)的核碱基序列，由此治疗患有心血管疾病或代谢疾病的动物。在某些实施方案中，向动物施用的治疗有效量的化合物减少动物中的心血管疾病或代谢疾病。

发明详述

应理解，前述一般描述和以下详细描述仅仅是示例性的且说明性的，并不限制如要求保护的本发明。在本文，使用的单数包括复数，除非另有明确指出。如本文所用的，使用的“或”意指“和/或”，除非另有指出。而且，使用的术语“包括”以及其它形式例如“包括”和“被包括”并不是限制性的。同时，术语例如“要素”或“组分”包含要素和组分两者，包含一个单元和要素以及包含一个以上亚单元的组分，除非另有明确指出。

本文所述的部分标题仅仅是为了组织的目的并不应理解为限制所述的主题。本申请引用的所有文件、或文件的一部分(包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和书籍)据此通过引用清楚(针对本文所述的文件以及其整体)并入。

定义

除非提供了明确定义，否则结合本文所述的分析化学、合成有机化学、以及医药和制药化学所用的命名法、以及它们的方法和技术是本领熟知且常用的。标准技术可用于化学合成以及化学分析。当允许时，所有专利、申请、公布的申请和其它公布、GENBANK登记号及可通过数据库例如National Center for BiotechnologyInformation(NCBI)和其它在本整个公开中提及的数据获得的相关序列信息通过引用(针对本文所论述的文件的部分以及其整体)并入本文。

除非另有指出，下列术语具有以下含义：

“2’-O-甲氧基乙基”(也称为2’-MOE和2’-O(CH₂)₂-OCH₃)是指呋喃糖基环的2’位的O-甲氧基-乙基修饰。2’-O-甲氧基乙基修饰的糖是经修饰的糖。

“2’-O-甲氧基乙基核苷酸”意指包含2’-O-甲氧基乙基修饰的糖部分的核苷酸。

“3’靶位点”是指与特定反义化合物的3’最末端核苷酸互补的靶核酸的核苷酸。

“5’靶位点”是指与特定反义化合物的5’最末端核苷酸互补的靶核酸的核苷酸。

“5-甲基胞嘧啶”意指用与5’位连接的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶是经修饰的核碱基。

“约”意指在值的±10%内。例如，如果提及“该化合物实现对CETP的至少约70%抑制”，则暗示该CETP水平被抑制在63%至77%的范围内。

“活性药用剂(Active pharmaceutical agent)”意指当施用于个体时提供了治疗益处的药物组合物中的物质。例如，在某些实施方案中，靶向于CETP的反义寡核苷酸是活性药用剂。

“活性靶区域”或“靶区域”意指靶向一个或多个活性反义化合物的区域。“活性反义化合物”意指减少靶核酸水平或蛋白水平的反义化合物。

“脂肪形成”意指脂肪细胞自前脂肪细胞的发展。“脂肪形成”意指脂肪的产生或形成，脂肪变性或脂肪浸润。

“肥胖症”或“肥胖症”是指肥胖或与去脂肪体重有关的过度高量的体脂肪或脂肪组织的状态。体脂肪的量包括关心脂肪遍及身体的分布和脂肪组织沉积物的大小与质量。体脂肪分布可通过皮肤褶测量、腰臀围比或技术例如超声、计算机断层摄影术或核磁共振成像来评价。根据疾病控制和预防中心，体重指数(BMI)为30或以上的个体被认为是肥胖的。本文所用的术语"肥胖症"包括由于在体内脂肪组织的过度积累而使体脂肪的增加超过身体需要的疾患。术语“肥胖症”包括但不限于以下疾患：成年型肥胖症；营养性肥胖症；内源性或炎性肥胖症；内分泌性肥胖症；家族性肥胖症；胰岛功能亢进性肥胖症；增生性-肥大性肥胖症；性腺机能衰退性肥胖症；甲状腺功能减退性肥胖症；终身性肥胖症；病态肥胖症和外源性肥胖症。

“伴随施用(Administered concomitantly)”是指以两种活性剂的药理学作用在患者中同时出现的任何方式两种活性剂的共施用。伴随施用不需要两种活性剂以单一药物组合物、以相同剂量形式或通过相同施用途径施用。两种活性剂的效应不需要同时显示它们自身。效应仅需要在一定时段内重叠并且不需要共存。

“施用”意指给动物提供活性剂，并且包括但不限于通过医学专业人员施用和自身施用。

“活性剂(Agent)”意指当施用于动物时可提供治疗益处的活性物质。“第一活性剂”意指本发明的治疗化合物。例如，第一活性剂可以是靶向CETP的反义寡核苷酸.“第二活性剂”意指本发明的第二治疗化合物(例如靶向CETP的第二反义寡核苷酸)和/或非-CETP治疗化合物。

“减轻”是指减轻相关疾病、病症或疾患的至少一个指标、症状或症候。指标的严重度可通过本领域技术人员已知的主观或客观量度来确定。

“动物”是指人或非-人动物，包括但不限于小鼠、大鼠、兔、狗、猫、猪和非-人灵长类，包括但不限于猴和猩猩。

“反义活性”意指归因于反义化合物与其靶核酸的杂交的任何可检测或可测量的活性。在某些实施方案中，反义活性是由此类靶核酸编码的把核酸或蛋白的量或表达的减少。

“反义化合物”意指能够通过氢键合经受与靶核酸杂交的寡聚化合物。如本文所用的，术语“反义化合物”包括本文所述的化合物的药学上可接受的衍生物。

“反义抑制”意指在与靶核酸互补的反义化合物的存在下靶核酸水平或靶蛋白水平相比于在反义化合物存在下的靶核酸水平或靶蛋白水平的减少。

“反义寡核苷酸”意指具有允许与相应的靶核酸区域或区段杂交的核碱基序列的单链寡核苷酸。如本文所用的，术语“反义寡核苷酸”包括本文所述的化合物的药学上可接受的衍生物。

“含有ApoB的脂蛋白”意指具有载脂蛋白B作为其蛋白组分的任何脂蛋白，并且应理解为包括LDL、VLDL、IDL和脂蛋白，且可通常由脂质降低剂和疗法靶向。“含有ApoB-100的LDL”意指含有ApoB-100同种型的LDL。

“动脉粥样硬化”意指影响大型和中型动脉的动脉的硬化并且其特征在于存在脂肪沉积物。脂肪沉积物被称为"动脉粥样化"或“斑块”，其主要由胆固醇和其它脂肪、钙和癜痕脂肪，以及动脉内层的损伤组成。

“双环糖”意指通过两个非孪位环原子的桥接修饰的呋喃糖基环。双环糖是经修饰的糖。

“双环核酸”或“BNA”是指核苷或核苷酸，其中该核苷或核苷酸的呋喃糖部分包括连接呋喃糖环上的两个碳原子的桥，由此形成双环系统。

“帽结构”或“端帽部分”意指已在反义化合物的任一末端并入的化学修饰。

“心血管疾病”或“心血管病症”是指一组涉及心、血管或循环的疾患。心血管疾病的实例包括但不限于，动脉瘤、心绞痛、心律不齐、动脉粥样硬化、脑血管疾病(中风)、冠心病、高血压、血脂障碍、高脂血症和高胆固醇血症。

“胆固醇酯转移蛋白”或“CETP”(也称为脂质转移蛋白II)意指CETP的任何核酸或蛋白。

“CETP表达”意指从编码CETP的基因转录的mRNA的水平或从mRNA翻译的蛋白的水平。CETP表达可通过本领域已知的方法例如Northern或Western印迹来测定。

“CETP核酸”意指任何编码CETP的核酸。例如，在某些实施方案中，CETP核酸包括编码CETP的DNA序列、从编码CETP的DNA转录的RNA序列(包括包含内含子和外显子的基因组DNA)和编码CETP的mRNA序列。“CETP mRNA”意指编码CETP蛋白的mRNA。

“化学上不同的区域”是指以某种方式化学上不同于同一反义化合物的另一区域的反义化合物的区域。例如，具有2’-O-甲氧基乙基核苷酸的区域化学上不同于具有无2’-O-甲氧基乙基修饰的核苷酸的区域。

“嵌合反义化合物”意指具有至少两个化学上不同的区域的反义化合物。

“共施用”意指给个体施用两种或更多种活性剂。两种或更多种活性剂可以在单一药物组合物中，或可以在分开的药物组合物中。两种或更多种活性剂中的每一种可通过相同或不同的施用路径施用。共施用包括平行或相继施用。

“受限的乙基”或“cEt“是指具有包含在4’与2’碳原子之间的甲基(亚甲基氧基)(4’-CH(CH₃)-O-2’)桥的呋喃酰基糖的双环核苷。

“胆固醇”是存在于所有动物组织的细胞膜中的甾醇分子。胆固醇必须经由脂蛋白在动物的血浆中进行转运，所述脂蛋白包括极低密度脂蛋白(VLDL)、中等密度脂蛋白(IDL)、低密度脂蛋白(LDL)和高密度脂蛋白(HDL)。“血浆胆固醇”是指存在于血浆或血清中的所有脂蛋白(VDL、IDL、LDL、HDL)酯化的和/或非酯化的胆固醇的总和。

“胆固醇吸收抑制剂”意指抑制由饮食获得的外源性胆固醇的吸收的活性剂。

“互补性”意指第一核酸与第二核酸的核碱基之间配对的能力。在某些实施方案中，第一核酸与第二核酸之间的互补性可在两条DNA链之间、在两条RNA链之间，或在DNA和RNA链之间。在某些实施方案中，一条链上的一些核碱基基于其它链与互补氢键合匹配。在某些实施方案中，一条链上的所有核碱基基于其它链与互补氢键匹配。在某些实施方案中，第一核酸是反义化合物且第二核酸是靶核酸。在某些此类实施方案中，反义寡核苷酸是第一核酸且靶核酸是第二核酸。

“连续核碱基”意指彼此直接相邻的核碱基。

“交叉反应的”意指靶向一个核酸序列的寡聚化合物可与不同核酸序列杂交。例如，在一些情况下，靶向人CETP的反义寡核苷酸可与鼠CETP交叉反应。寡聚化合物是否与核酸序列而不是其指定靶交叉反应取决于该化合物与非-靶核酸序列所具有的互补性的程度。

“治愈”意指恢复健康或规定的针对疾病的治疗的方法。

“冠心病(CHD)”意指供应血和氧至心脏的小血管的狭窄，其通常是动脉粥样硬化的结果。

“脱氧核糖核苷酸”意指在核苷酸的糖部分的2’位具有氢的核苷酸。脱氧核糖核苷酸可被多种取代基中的任一种修饰。

“糖尿病(Diabetes mellitus)"或"糖尿病"是特征在于紊乱的代谢和异常高的血糖(高血糖症)的综合征，这是由胰岛素水平不足或胰岛素敏感性降低引起的。特有症状是由于高血糖水平导致的过量尿生成(多尿症)、过度口渴和试图补偿排尿增加的流体摄取的增加(烦渴)、由于高血糖对眼光学的效应导致的视力模糊、不明体重减轻和嗜睡。

“糖尿病性血脂障碍”或“具有血脂障碍的2型糖尿病”意指特征在于2型糖尿病、减少的HDL-C、升高的甘油三酯和升高的小且致密LDL颗粒的疾患。

“稀释剂”意指组合物中缺少药理学活性但是药学上必需或期望的成分。例如，注射型组合物中的稀释剂可以是液体，例如盐水溶液。

“血脂障碍”是指脂质和/或脂蛋白代谢的病症，包括脂质和/或脂蛋白过度生成或缺乏。血脂障碍可表现为脂质例如胆固醇和甘油三酯以及脂蛋白例如低密度脂蛋白(LDL)胆固醇的升高。

“剂量单位”意指提供药用剂的形式，例如丸剂、片剂或其它本领域中已知的剂量单位。在某些实施方案中，剂量单位是含有冻干的反义寡核苷酸的小瓶。在某些实施方案中，剂量单位是含有复原的反义寡核苷酸的小瓶。

“剂量”意指在单个施用中或在指定时间内提供的指定量的药用剂。在某些实施方案中，剂量可在一个、两个或多个大丸剂(bolus)、片剂或注射剂中施用。例如，在某些实施方案中，当期望皮下施用时，所需剂量需要不易由单次注射调节的体积，因此，两个或更多个注射可用于实现所需剂量。在某些实施方案中，药用剂通过在延长的时段内或连续地输注来施用。剂量可被陈述为每小时、每天、每周或每月药用剂的量。剂量可例如以mg/kg表示。

“有效量”或“治疗有效量”意指足以在需要活性剂的个体中实现所需生理学结果的活性药用剂的量。有效量可在个体间变化，取决于待治疗个体的健康和身体条件、待治疗个体的分类群、组合物的制剂、个体的医疗条件的评价、以及其它相关因素。

“完全互补”或“100%互补”意指第一核酸的核碱基序列的每个核碱基在第二核酸的第二核碱基序列中具有互补核碱基。在某些实施方案中，第一核酸是反义化合物且第二核酸是靶核酸。

“缺口基体(Gapmer)”意指其中具有多个支持RNA酶H切割的核苷的内部区域位于具有一个或多个核苷的外部区域的嵌合反义化合物，其中包含内部区域的核苷化学上不同于包含外部区域的核苷。内部区域可被称为“缺口区段”且外部区域可被称为“翼区段”。

“缺口加宽的”意指具有12或更多个连续2’-脱氧核糖核苷的缺口区段的嵌合反义化合物的位置在具有1至6个核苷的5’和3’翼区段之间和与所述5’和3’翼区段直接相邻。

“葡萄糖”是被细胞用作能量和炎性中间体的来源的单糖。“血浆葡萄糖”是指存在于血浆中的葡萄糖。

“高密度脂蛋白-C(HDL-C)”意指与高密度脂蛋白颗粒相关的胆固醇。HDL-C在血清(或血浆)中的浓度通常以mg/dL或nmol/L量化。“HDL-C”和“血浆HDL-C”是指分别在血清和血浆中的HDL-C。

“HMG-CoA还原酶抑制剂”意指通过抑制酶HMG-CoA还原酶起作用的活性剂，例如阿托伐他汀、罗苏伐他汀、氟伐他汀、洛伐他汀、普伐他汀和辛伐他汀。

“杂交”意指互补核酸分子的退火。在某些实施方案中，互补核酸分子包括反义化合物和靶核酸。

“高胆固醇血症”意指这样的疾患，其特征在于升高的胆固醇或循环(血浆)胆固醇、LDL-胆固醇和VLDL-胆固醇，如根据Expert PanelReport of the National Cholesterol Educational Program(NCEP)ofDetection，Evaluation of Treatment of high Cholesterol in adults的指南(参见，Arch.Int.Med.(1988)148，36-39)。

“高脂血症”或“血脂过多(hyperlipemia)”是特征在于升高的血清脂质或循环(血浆)脂质的疾患。这种疾患显示异常高的脂肪浓度。循环血液中的脂质部分是胆固醇、低密度脂蛋白、极低密度脂蛋白和甘油三酯。

“高甘油三酯血症”意指特征在于升高的甘油三酯水平的疾患。

“鉴定”或“选择患有代谢疾病或心血管疾病的动物”意指鉴定或选择已诊断有代谢疾病、心血管疾病或代谢综合征的受试者；或，鉴定或选择患有代谢疾病、心血管疾病或代谢综合征的受试者包括但不限于高胆固醇血症、高血糖症、高脂血症、高甘油三酯血症、高血压、增加的胰岛素抵抗、减少的胰岛素敏感性、超过正常体重、和/或超过正常体脂肪含量或其任何组合。此类鉴定可通过任何方法实现，包括但不限于标准临床试验或评价，例如测量血清或循环(血浆)胆固醇、测量血清或循环(血浆)血液-葡萄糖、测量血清或循环(血浆)甘油三酯、测量血压、测量体脂肪含量、测量体重等。

“提高的心血管结果”意指不良心血管事件或其风险发生的减少。不良心血管事件的实例包括但不限于死亡、再梗塞、中风、心源性休克、肺水肿、心跳停止和房性心律失常。

“直接相邻”意指在直接相邻的要素之间例如区域、区段、核苷酸和/或核苷之间没有插入要素。

“个体”或“受试者”或“动物”意指对于治疗或疗法所选定的人或非-人动物。

"诱导"、"抑制"、"加强"、"升高"、"增加"、"减少"等例如指示两个状态之间的定量差异。例如，"有效抑制CETP的活性或表达的量”意指CETP在经处理的样品中的活性或表达的水平不同于CETP活性或表达在未经处理的样品中的水平。此类术语用于例如表达水平和活性水平。

“抑制表达或活性”是指RNA或蛋白的表达或活性的减少或阻断并且不一定指示表达或活性的完全消除。

“胰岛素抵抗”被定义为其中正常量的胰岛素不足以从脂肪细胞、肌细胞和肝细胞产生正常胰岛素响应的疾患。脂肪细胞中的胰岛素抵抗导致所存贮甘油三酯的水解，其升高血浆中的游离脂肪酸。肌肉中的胰岛素抵抗减少葡萄糖摄取而肝中的胰岛素抵抗减少葡萄糖存贮，两种效应用于升高血糖。胰岛素和葡萄糖的高血浆水平由于胰岛素抵抗而常引起代谢综合征和2型糖尿病。

“胰岛素敏感性”是个体如何有效地加工葡萄糖的量度。具有高胰岛素敏感性的个体有效地加工葡萄糖，而具有低胰岛素敏感性的个体不能有效地加工葡萄糖。

“核苷间键合”是指核苷之间的化学键。

“静脉内施用”意指进入静脉的施用。

“连接核苷”意指键合在一起的相邻核苷。

“脂质降低”意指受试者中的一种或多种脂质的减少。脂质降低可用一个或多个剂量随时间流逝而发生。

“降脂质治疗”或“脂质降低剂”意指提供给受试者以减少受试者中的一种或多种脂质的治疗方案。在某些实施方案中，提供降脂质治疗以减少受试者中的CETP、ApoB、总胆固醇、LDL-C、VLDL-C、IDL-C、非-HDL-C、甘油三酯、小且致密的LDL颗粒和Lp(a)中的一者或多者。降脂质治疗的实例包括他汀类药物、贝特类药物、MTP抑制剂。

“脂蛋白”例如VLDL、LDL和HDL是指一组存在于血清、血浆和淋巴且对于脂质转运重要的蛋白质。每种脂蛋白的化学组成不同，因为HDL具有较高的蛋白与脂质的比例，而VLDL具有较低的蛋白与脂质的比例。

“低密度脂蛋白-胆固醇(LDL-C)”意指低密度脂蛋白颗粒中携带的胆固醇。LDL-C在血清(或血浆)中的浓度通常以mg/dL或nmol/L量化。“血清LDL-C”和“血浆LDL-C”是指分别在血清和血浆中的LDL-C。

“主要风险因子”是指归因于特定疾病或疾患的高风险的因子。在某些实施方案中，冠心病的主要风险因子包括但不限于吸烟、高血压、低HDL-C、冠心病的家族史、年龄和其它本文公开的因子。

“代谢病症”或“代谢疾病”是指特征在于代谢功能改变或紊乱的疾患。“代谢”和“新陈代谢”是本领域熟知的术语并且一般包括在活器官内发生的一系列生物过程。代谢病症包括但不限于，高血糖症、糖尿病前期、糖尿病(I型和2型)、肥胖症、胰岛素抵抗、代谢综合征和由于2型糖尿病引起的血脂障碍。

“代谢综合征”意指特征在于代谢来源的脂质和非-脂质心血管风险因子的聚类的疾病。在某些实施方案中，代谢综合征通过存在以下因素的任何3个来鉴定：腰围男性大于102cm或女性大于88cm；血清甘油三酯为至少150mg/dL；HDL-C男性低于40mg/dL或女性低于50mg/dL；血压为至少130/85mmHg；和空腹葡萄糖为至少110mg/dL。这些决定子可在临床实践中容易测量(JAMA，2001，285：2486-2497)。

“错配”或“非-互补核碱基”是指当第一核酸的核碱基不能与第二靶核酸相应核碱基配对的情况。

“混合型血脂障碍”意指特征在于升高的胆固醇和升高的甘油三酯的疾患。

“经修饰的核苷间键合”是指来自天然存在核苷间键(即磷酸二酯核苷间键)的取代或任何变化。

“经修饰的核碱基”是指不是腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸苷或尿嘧啶的任何核碱基。“未经修饰的核碱基”意指嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。

“经修饰的核苷”意指独立地具有经修饰的糖部分或经修饰的核碱基的核苷。

“经修饰的核苷酸”意指不独立地具有经修饰的糖部分、经修饰的核苷间键合或经修饰的核碱基的核苷酸。“经修饰的核苷”意指独立地具有经修饰的糖部分或经修饰的核碱基的核苷。

“经修饰的寡核苷酸”意指包含至少一个经修饰的核苷酸的寡核苷酸。

“经修饰的糖”是指天然糖的取代或变化。

“基序”意指反义化合物中化学上不同区域的模型。

“MTP抑制剂”意指抑制酶、微粒体甘油三酯转移蛋白的活性剂。

“天然存在核苷间键合”意指3'至5'磷酸二酯键合。

“天然糖部分”意指发现于DNA(2’-H)或RNA(2’-OH)中的糖。

“非酒精性脂肪肝疾病”或“NAFLD”意指特征在于不是由于过度酒精(例如，超过20g/天的酒精消耗)使用引起的肝的脂肪炎症的疾患。在某些实施方案中，NAFLD与胰岛素抵抗和代谢综合征相关。NAFLD包括范围为肝细胞(肝脂肪变性)中的单一甘油三酯蓄积到具有炎症的肝脂肪变性(脂肪肝炎)、纤维化和肝硬化的疾病谱。

“非酒精性脂肪肝炎”(NASH)从NAFLD的进展发生，迟于甘油三酯的沉积。能够诱导坏死、炎症和纤维化的“第二次打击(second hit)”对于NASH的发展是必需的。用于第二次打击的候选可分为以下大类：引起氧化性应激增加的因素和促进促炎性细胞因子的表达的因素。

“核酸”是指由单体核苷酸组成的分子。核酸包括核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)、单链核酸、双链核酸、小干扰核糖核酸(siRNA)和微RNA(miRNA)。核酸还可以包含这些要素在单个分子中的组合。

“核碱基”意指能够与另一个核酸的碱基配对的杂环部分。

“核碱基互补性”是指能够与另一个核碱基配对的核碱基。例如，在DNA中，腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)互补。例如，在RNA中，腺嘌呤(A)与尿嘧啶(U)互补。在某些实施方案中，互补核碱基是指能够与其靶核酸的核碱基碱基配对的反义化合物的核碱基。例如，如果在反义化合物的某个位置的核碱基能够与在靶核酸的某个位置的核碱基氢键合，那么寡核苷酸和靶核酸被认为在该核碱基对具有互补性。

“核碱基序列”意指不依赖于任何糖、键合或核碱基修饰的连续核碱基的次序。

“核苷”意指与糖连接的核碱基。

“核苷模拟物”包括用于替换糖或糖和碱基并且不一定在寡聚化合物的一个或多个位置连接的那些结构；例如具有吗啉代、环己烯基、环己基、四氢呋喃基、二环或三环糖模拟物例如非呋喃糖单元的核苷模拟物。

“核苷酸”意指具有共价连接于核苷的糖部分的磷酸基的核苷。

“核苷酸模拟物”包括用于替代核苷且寡聚化合物的一个或多个位置连接的那些结构，例如肽核酸或吗啉代(通过-N(H)-C(=O)-O-或其它非-磷酸二酯键合连接的吗啉代)。

“寡聚化合物"或“寡聚物”是指包含两个或更多个子结构并且能够与核酸分子的区域杂交的聚合结构。在某些实施方案中，寡聚化合物是寡核苷。在某些实施方案中，寡聚化合物是寡核苷酸。在某些实施方案中，寡聚化合物是反义化合物。在某些实施方案中，寡聚化合物是反义寡核苷酸。在某些实施方案中，寡聚化合物是嵌合寡核苷酸。

“寡核苷酸”意指连接核苷的聚合物，每个连接核苷可经修饰或未经修饰，彼此无关。

“胃肠外施用”意指经由注射或输注的施用。胃肠外施用包括皮下施用、静脉内施用、肌内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用，例如鞘内或脑室内施用。施用可以是连续的、或慢性的、或短期或间歇的。

“肽”意指通过连接至少两个氨基酸经由酰胺键形成的分子。肽是指多肽和蛋白质。

“药用剂”意指当施用于个体时提供治疗益处的物质。例如，在某些实施方案中，靶向于CETP的反义寡核苷酸是药用剂。

“药物组合物”或“组合物”意指适用于给个体施用的物质的混合物。例如，药物组合物可包含一种或多种活性剂和无菌水溶液。

“药学上可接受的载体”意指不干扰寡核苷酸的结构的介质或稀释剂。某些此类载体能使药物组合物配制成例如片剂、丸剂、糖丸、胶囊、液体、凝胶剂、糖浆剂、浆液、混悬液和锭剂以给受试者口服摄入。某些此类载体能使药物组合物配制成注射、输注或局部施用。例如，药学上可接受的载体可以是无菌水溶液。

“药学上可接受的衍生物”包括本文所述的化合物的衍生物例如溶剂合物、水合物、酯、前药、多晶型物、异构体、同位素标记的变体、缀合物、药学上可接受的盐和其它本领域已知的衍生物。

“药学上可接受的盐”或“盐”意指反义化合物的生理学和药学上可接受的盐，即保留母体寡核苷酸的所需生物活性并且不赋予其不想要的毒理学效应的盐。术语“药学上可接受的盐”或“盐”包括由药学上可接受的非-毒性酸或碱基制备的盐，包括无机或有机酸和碱。本文所述的化合物的“药学上可接受的盐”可通过本领域熟知的方法来制备。对于药学上可接受的盐的综述，参见Stahl和Wermuth，Handbookof Pharmaceutical Salts：Properties，Selection and Use(Wiley-VCH，Weinheim，Germany，2002)。反义寡核苷酸的钠盐是有用的并且公认用于给人治疗施用。因此，在一个实施方案中，本文所述的化合物是钠盐形式。

“硫代磷酸酯键合”意指核苷之间的键合，其中磷酸二酯键通过用硫原子替代非桥接氧原子之一来修饰。硫代磷酸酯键合是经修饰的核苷间键合。

“部分”意指核酸的确定数量的连续(即连接)核碱基。在某些实施方案中，部分是靶核酸的确定数量的连续核碱基。在某些实施方案中，部分是反义化合物的确定数量的连续核碱基。

“预防”是指延缓或阻止疾病、病症或疾患的发作或发展达到从数分钟至无限期的时段。预防还意指减少疾病、病症或疾患发展的风险。

“前药”意指以无活性形式制备的治疗剂，其在体内或其细胞内通过内源性酶或其它化学品或条件的作用被转化为活性形式(即药物)。

“区域”或“靶区域”被定义为具有至少一个可识别的结构、功能或特征的靶核酸的部分。

“核糖核苷酸”意指在核苷酸的糖部分的2’位具有羟基的核苷酸。核糖核苷酸可被多种取代基中的任一种修饰。

“第二活性剂”或“第二治疗剂”意指可用于与“第一活性剂”组合的活性剂。第二治疗剂可以是减轻、抑制或预防代谢疾病和/或心血管疾病的任何活性剂。第二治疗剂可包括但不限于siRNA或反义寡核苷酸包括靶向CETP或另一靶的反义寡核苷酸。第二活性剂还可以包括抗体(例如，抗-CETP抗体)、肽抑制剂(例如，CETP肽抑制剂)、胆固醇降低剂、脂质降低剂、葡萄糖降低剂和抗炎剂。

“区段”被定义为核酸内的区域的较小的亚部分。例如，“靶区段”意指一个或多个反义化合物所靶向的靶核酸的核苷酸的序列。“5’靶位点”是指靶区段的5’最末端核苷酸。“3’靶位点”是指靶区段的3’最末端核苷酸。

本文教导的反义寡核苷酸或靶核酸的“缩短的”或“截短的”形式具有一个、两个或更多个缺失的核苷。

“副作用”意指可归因于治疗而不是所需效应的生理学反应。在某些实施方案中，副作用包括注射部位反应、肝功能试验异常、肾功能异常、肝毒性、肾毒性、中枢神经系统异常、肌病和不适。例如，增加的血清氨基转移酶水平可指示肝毒性或肝功能异常。例如，增加的胆红素可包括肝毒性或肝功能异常。

“单链寡核苷酸”意指不与互补链杂交的寡核苷酸。

“特异性杂交”是指在反义寡核苷酸与靶核酸之间具有足够的互补性程度以诱导所需效应同时在体内测定和治疗性处理的情况下在需要特异性结合的条件即在生理学条件下对非-靶核酸表现出最低效应或无效应的反义化合物。

“抑制素(Statin)”意指抑制HMG-CoA还原酶活性的活性剂。

“受试者”意指对治疗或疗法所选定的人或非-人动物。

“皮下施用”意指在皮肤正下方的施用。

“靶向”或“被靶向”意指设计和选择与靶核酸特异性杂交并且诱导所需效应的反义化合物的方法。

“靶核酸”、“靶RNA”和“靶RNA转录物”均是指能够通过反义化合物靶向的核酸。

“靶区段”意指反义化合物所靶向的靶核酸的核苷酸的序列。“5’靶位点”是指靶区段的5’最末端核苷酸。“3’靶位点”是指靶区段的3’最末端核苷酸。

“治疗性生活方式变化”意指旨在降低脂肪/脂肪组织质量/或胆固醇的饮食和生活方式变化。此类变化可减少发展心脏病的危险，并且可包括每天总卡路里、总脂肪、饱和脂肪、多不饱和脂肪、单不饱和脂肪、碳水化合物、蛋白质、胆固醇、不溶纤维的饮食摄取的推荐以及体力活动的推荐。

“甘油三酯”或“TG”意指由与三个脂肪酸分子组合的甘油的脂质或中性脂肪。

“2型糖尿病”(也称为“2型糖尿病”或“糖尿病，2型”，并且之前称为“糖尿病2型”、“非-胰岛素依赖性糖尿病(NIDDM)”、“肥胖症相关性糖尿病”或“成人型糖尿病”)是主要特征在于胰岛素抵抗、相对胰岛素缺乏和高血糖症的代谢病症。

“治疗”是指向动物施用药物组合物以实现疾病、病症或疾患的改变或提高。

“未经修饰的核苷酸”意指由天然存在核碱基、糖部分和核苷间键合组成的核苷酸。在某些实施方案中，未经修饰的核苷酸是RNA核苷酸(即β-D-核糖核苷)或DNA核苷酸(即β-D-脱氧核糖核苷)。

某些实施方案

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸。CETP靶可具有选自SEQ ID NO：1-4中任一个的序列。

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由10至30个核苷组成并且具有包含与SEQ ID NO：1-4的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列。

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由10至30个连接核苷并且具有包含与SEQ ID NO：1-4的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个连续核碱基的核碱基序列。

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物可由10至30个连接核苷组成并且具有包含SEQ ID NO：41-114中任一个的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的核碱基序列。

在某些实施方案中，以下反义化合物或寡核苷酸靶向CETP核酸的区域并且实现对CETP mRNA的至少60%抑制：SEQ ID NO：49、53、56、57、58、59、60、62、66、70、71、76、77、78、80、83、86、89、92、93、94、96、97、99、102、105、106、107、108、109、110、111、113、114。

在某些实施方案中，以下反义化合物或寡核苷酸靶向CETP核酸的区域并且实现对CETP mRNA的至少65%抑制：SEQ ID NO：49、53、56、57、58、59、60、62、66、70、71、76、77、78、80、83、86、89、92、93、94、96、97、99、102、105、106、108、109、110、111、113、114。

在某些实施方案中，以下反义化合物或寡核苷酸靶向CETP核酸的区域并且实现对CETP mRNA的至少70%抑制：SEQ ID NO：49、56、57、58、59、60、62、66、70、71、77、80、83、86、93、94、96、99、102、105、106、109、110、111、114。

在某些实施方案中，以下反义化合物或寡核苷酸靶向CETP核酸的区域并且实现对CETP mRNA的至少75%抑制：SEQ ID NO：49、56、57、58、59、60、62、71、80、86、93、94、99、102、109、110、114。

在某些实施方案中，以下反义化合物或寡核苷酸靶向CETP核酸的区域并且实现对CETP mRNA的至少80%抑制：SEQ ID NO：57、58、62、80、86、94、99、102、109、110、114。

在某些实施方案中，以下反义化合物或寡核苷酸靶向CETP核酸的区域并且实现对CETP mRNA的至少85%抑制：SEQ ID NO：58、62、80、86、102、109、114。

在某些实施方案中，以下反义化合物或寡核苷酸靶向CETP核酸的区域并且实现对CETP mRNA的至少90%抑制：SEQ ID NO：58、102、109、114。

在某些实施方案中，反义化合物或寡核苷酸靶向CETP核酸的区域。在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的反义化合物或寡核苷酸可靶向SEQ ID NO：1的以下核苷酸区域：132-151、239-278、303-435、511-550、614-654、703-722、773-812、845-910、996-1047、1093-1112、1168-1187、1208-1297、1318-1384、1406-1425、1446-1493、1539-1727、1763-1782。

在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的区域的化合物或寡核苷酸可具有与该区域的等长核碱基部分互补的连续核碱基部分。例如，该部分可以是与SEQ ID NO：1区域：132-151、239-278、303-435、511-550、614-654、703-722、773-812、845-910、996-1047、1093-1112、1168-1187、1208-1297、1318-1384、1406-1425、1446-1493、1539-1727、1763-1782的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基部分。

在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的以下核苷酸区域当通过反义化合物或寡核苷酸靶向时展示出对CETP的至少60%抑制：132-151、239-258、303-396、416-435、511-530、614-654、773-812、845-864、891-910、1028-1047、1093-1112、1168-1187、1238-1297、1343-1384、1406-1425、1474-1493、1539-1697、1708-1727、1763-1782。

在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的以下核苷酸区域当通过反义化合物或寡核苷酸靶向时展示出对CETP的至少65%抑制：132-151、239-258、303-396、416-435、511-530、614-654、773-812、845-864、891-910、1028-1047、1093-1112、1168-1187、1238-1297、1343-1384、1406-1425、1474-1493、1539-1590、1613-1697、1708-1727、1763-1782。

在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的以下核苷酸区域当通过反义化合物或寡核苷酸靶向时展示出对CETP的至少70%抑制：132-151、303-396、416-435、511-530、614-654、793-812、891-910、1028-1047、1093-1112、1258-1297、1343-1362、1406-1425、1474-1493、1539-1590、1636-1697、1763-1782。

在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的以下核苷酸区域当通过反义化合物或寡核苷酸靶向时展示出对CETP的至少75%抑制：132-151、303-396、416-435、635-654、891-910、1093-1112、1258-1297、1406-1425、1474-1493、1636-1675、1763-1782。

在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的以下核苷酸区域当通过反义化合物或寡核苷酸靶向时展示出对CETP的至少80%抑制：313-352、416-435、891-910、1093-1112、1278-1297、1406-1425、1474-1493、1636-1675、1763-1782。

在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的以下核苷酸区域当通过反义化合物或寡核苷酸靶向时展示出对CETP的至少85%抑制：333-352、416-435、891-910、1093-1112、1474-1493、1636-1655、1763-1782。

在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的以下核苷酸区域当通过反义化合物或寡核苷酸靶向时展示出对CETP的至少90%抑制：333-352、1474-1493、1636-1655、1763-1782。

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物包含经修饰的寡核苷酸的盐。

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物还包含药学上可接受的载体或稀释剂。

在某些实施方案中，以经修饰的寡核苷酸的整体为基准，测得经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：1-4中任一个至少70%、80%、90%、95%或100%互补。

在某些实施方案中，本发明的化合物由单链的经修饰的寡核苷酸组成。

在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个连接核苷组成。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成。

在某些实施方案中，所述经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键合是经修饰的核苷间键合。在某些实施方案中，每个核苷间键合是硫代磷酸酯核苷间键合。

在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含至少一个经四氢吡喃修饰的核苷，其中四氢吡喃环代替呋喃糖环。在某些实施方案中，每一个经四氢吡喃修饰的核苷具有以下结构：

其中Bx是任选保护的杂环碱基部分。在某些实施方案中，至少一种经修饰的糖是双环糖。在某些实施方案中，至少一种经修饰的糖包含2’-O-甲氧基乙基或4’-(CH₂)_n-O-2’桥，其中n是1或2。

在某些实施方案中，所述经修饰的寡核苷酸中的至少一个核苷包含经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含：a)由连接脱氧核苷组成的缺口区段；b)由连接核苷组成的5’翼区段；和c)由连接核苷组成的3’翼区段。缺口区段位于5’翼区段与3'翼区段之间并且每个翼区段中的每个核苷包含经修饰的糖。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成，缺口区段由10个连接脱氧核苷组成，5’翼区段由5个连接核苷组成，3’翼区段由5个连接核苷组成，每个翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖，每个核苷间键合是硫代磷酸酯键合并且每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成并且具有包含与SEQ ID NO：1-4中任一个的等长部分互补的至少8个连续核碱基的核碱基序列，其中经修饰的寡核苷酸包含：a)由10个连接脱氧核苷组成的缺口区段；b)由5个连接核苷组成的5’翼区段；和c)由5个连接核苷组成的3’翼区段。缺口区段位于5’翼区段与3’翼区段之间，每个翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖，每个核苷间键合是硫代磷酸酯键合且每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。

某些实施方案提供了用于抑制CETP表达的方法、化合物和组合物。

某些实施方案提供了减少动物中的CETP表达的方法，其包括向所述动物施用本文描述的本发明化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸。

某些实施方案提供了减少动物中的CETP活性的方法，其包括向所述动物施用本文描述的本发明化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸。

某些实施方案提供了在动物中增加HDL水平和/或增加HDL活性的方法，其包括向所述动物施用本文描述的本发明化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，HDL水平和/或HDL活性增加至少5%、10%、20%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。

某些实施方案提供了减少动物中的LDL、TG或葡萄糖水平的方法，其包括向所述动物施用本文描述的本发明化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸。

某些实施方案提供了减少动物中的LDL/HDL比例的方法，其包括向所述动物施用本文描述的本发明化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸。

某些实施方案提供了预防或减轻动物中的代谢疾病或心血管疾病的方法，其包括向所述动物施用本文描述的本发明化合物。在某些实施方案中，所述化合物包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，心血管疾病是动脉粥样硬化。

某些实施方案提供了用于治疗患有代谢疾病或心血管疾病的动物的方法，包括：a)鉴定患有代谢疾病或心血管疾病的所述动物，和b)向所述动物施用治疗有效量的包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成并且具有与SEQ IDNO：1-4中任一个至少90%互补(如对经修饰的寡核苷酸的整体性所测量)的核碱基序列。

在某些实施方案中，施用于动物的治疗有效量的化合物减少动物中的代谢疾病或心血管疾病。在某些实施方案中，代谢疾病或心血管疾病是肥胖症、糖尿病、动脉粥样硬化、血脂障碍、冠心病、非酒精性脂肪肝疾病(NAFLD)、高脂肪酸血症(hyperfattyacidemia)、代谢综合征或其组合。在某些实施方案中，心血管疾病是动脉瘤、心绞痛、心律不齐、动脉粥样硬化、脑血管疾病、冠心病、高血压、血脂障碍、高脂血症或高胆固醇血症。血脂障碍可以是高脂血症、高胆固醇血症或高甘油三酯血症。NAFLD可以是肝脂肪变性或脂肪肝炎。糖尿病可以是具有血脂障碍的2型糖尿病或2型糖尿病。

在某些实施方案中，施用本发明化合物可导致胰岛素敏感性、肝胰岛素敏感性或心血管结果提高或动脉粥样硬化斑块、动脉粥样硬化损伤、肥胖症、葡萄糖、脂质、葡萄糖抵抗、胰岛素抵抗或其任何组合减少。

在某些实施方案中，CETP具有如表1所列出的GenBank登记号中任一个所述的序列(以SEQ ID NO：1-6并入本文)。在某些实施方案中，CETP具有如GenBank登记号NT_010498.15的核苷酸10609000至10633000中所述的人序列(以SEQ ID NO：4并入本文)。在某些实施方案中，CETP具有如GenBank登记号NM_000078.1中所述的人mRNA序列(以SEQ ID NO：2并入本文)。

表1

基因靶名称和序列

在某些实施方案中，该动物是人。

在某些实施方案中，本发明的化合物和组合物被称为第一活性剂。在某些实施方案中，本发明的方法包括施用第一活性剂和第二活性剂。在某些实施方案中，共施用第一活性剂和第二活性剂。在某些实施方案中，相继或伴随共施用第一活性剂和第二活性剂。

在某些实施方案中，第二活性剂是葡萄糖降低剂。葡萄糖降低剂可包括但不限于治疗性生活方式改变、PPAR激动剂、二肽基肽酶(IV)抑制剂、GLP-1类似物、胰岛素或胰岛素类似物、胰岛素促泌素、SGLT2抑制剂、人胰淀素类似物、双胍类、α-糖苷酶抑制剂或其组合。葡萄糖降低剂可包括但不限于二甲双胍、磺酰脲、罗格列酮、美格列奈、噻唑烷二酮类、α-糖苷酶抑制剂或其组合。磺酰脲可以是醋酸己脲、氯磺丙脲、甲苯磺丁脲、妥拉磺脲、格列美脲、格列吡嗪、格列本脲或格列奇特。美格列奈可以是那格列奈或瑞格列奈。噻唑烷二酮类可以是吡格列酮或罗格列酮。α-糖苷酶可以是阿卡波糖或米格列醇。

在某些实施方案中，第二活性剂是降脂质治疗。在某些实施方案中，第二活性剂是降LDL治疗。在某些实施方案中，第二活性剂是降TG治疗。在某些实施方案中，第二活性剂是降胆固醇治疗。在某些实施方案中，降脂质治疗可包括但不限于治疗性生活方式改变、他汀类药物、贝特类药物或MTP抑制剂。

在某些实施方案中，施用包含胃肠外施用。

某些实施方案提供了本文描述的化合物用于减少动物中的CETP的用途。在某些实施方案中，所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP的。

某些实施方案提供了本文描述的化合物用于增加动物中的HDL和/或HDL活性的用途。在某些实施方案中，所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP。

某些实施方案提供了本文描述的化合物用于减少动物中的LDL、TG或葡萄糖水平的用途。在某些实施方案中，所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP。

某些实施方案提供了本文描述的化合物用于治疗、减轻、延缓或预防一种或多种代谢疾病或心血管疾病或其症状的用途。在某些实施方案中，所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP。

某些实施方案提供了本文描述的化合物在制备用于治疗、减轻、延缓或预防一种或多种代谢疾病、心血管疾病或其症状的药物中的用途。在某些实施方案中，所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP。

某些实施方案提供了用于治疗、预防或减轻一种或多种本文所述的代谢疾病、心血管疾病或其症状的试剂盒，其中所述试剂盒包含：a)本文描述的化合物；和任选的b)本文描述的其它活性剂或治疗。该试剂盒还可包括使用该试剂盒来治疗、预防或减轻一种或多种代谢疾病或心血管疾病的说明或标签。

反义化合物

寡聚化合物包括但不限于，寡核苷酸、寡核苷、寡核苷酸类似物、寡核苷酸模拟物、反义化合物、反义寡核苷酸和siRNA。寡聚化合物可以与靶核酸“反义”，意指能够通过氢键合与靶核酸经受杂交。

在某些实施方案中，反义化合物具有这样的核碱基序列，当其以5'至3'方向书写时包含其所靶向的靶核酸的靶区段的反向补体序列。在某些此类实施方案中，反义寡核苷酸具有这样的核碱基序列，当其以5'至3'方向书写时包含其所靶向的靶核酸的靶区段的反向补体序列。

在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的反义化合物的长度为10至30个核苷酸。换句话说，反义化合物为10至30个连接核碱基。在其它实施方案中，反义化合物包含由8至80、10至80、12至50、15至30、18至24、19至22个或20个连接核碱基组成的经修饰的寡核苷酸。在某些此类实施方案中，反义化合物包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由长度为8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79或80个连接核碱基、或由上述值中的任何两个所定义的范围组成。在一些实施方案中，反义化合物是反义寡核苷酸。

在某些实施方案中，反义化合物包含缩短的或截短的经修饰的寡核苷酸。缩短的或截短的经修饰的寡核苷酸可具有从5'端(5’截短)、中央部分或可选地从3'端(3’截短)缺失的单一核苷。缩短的或截短的寡核苷酸可具有两个或更多个从5'端缺失的核苷、两个或更多个从中央部分缺失的核苷或可选地可具有两个或更多个从3'端缺失的核苷。在某些实施方案中，缺失的核苷可遍及经修饰的寡核苷酸分散，例如在具有一个或多个从5'端缺失的核苷和一个或多个从3'端缺失的核苷的反义化合物中。

当单个额外的核苷存在于延长的寡核苷酸中时，额外的核苷可位于寡核苷酸的5’或3'端或中央部分。当存在两个或或更多个额外的核苷时，添加的核苷可彼此相邻，例如在具有两个添加至寡核苷酸的中央部分、5'端(5’添加)或可选地至3'端(3’添加)的核苷的寡核苷酸中。可选地，所添加的核苷可遍及反义化合物分散，例如在具有一个或多个添加至5'端的核苷，一个或多个添加至3'端的核苷和/或一个或多个添加中央部分的核苷的寡核苷酸中。

可能增加或减少反义化合物例如反义寡核苷酸的长度，和/或可能引入错配碱基而消除活性。例如，在Woolf等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309，1992)中，测试长度为13-25个核碱基的一系列反义寡核苷酸诱导靶RNA在卵母细胞注射模型中的切割的能力。在邻近反义寡核苷酸的末端处具有8或11个错配碱基的长度为25个核碱基的反义寡核苷酸能够指导靶mRNA的特异性切割，尽管达到比不含错配的反义寡核苷酸小的程度。同样地，使用13个核碱基反义寡核苷酸(包括具有1或3个错配的那些)实现靶特异性切割。

Gautschi等人(J.Natl.Cancer Inst.93:463-471，2001年3月)证明了与bcl-2mRNA具有100%互补性并且具有与bcl-xL mRNA的3个错配的寡核苷酸减少在体外和体内表达bcl-2和bcl-xL两者的能力。而且，该寡核苷酸在体内证明了有效的抗-肿瘤活性。

Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358，1988)分别测试了一系列串联14个核碱基反义寡核苷酸以及由2个或3个串联反义寡核苷酸的序列组成的28和42核碱基反义寡核苷酸阻止人DHFR在兔网状细胞测定中的翻译的能力。三个14核碱基反义寡核苷酸中的每一个单独地能够抑制翻译，尽管以比28或42核碱基反义寡核苷酸更适度的水平抑制翻译。

反义化合物基序

在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的反义化合物具有排列在模型或基序中的经化学修饰的亚单位以赋予反义化合物性质例如增强的抑制活性、增加的对靶核酸的结合亲和力或体内核酸酶对降解的抵抗。

嵌合反义化合物通常包含至少一个经修饰的区域以赋予增加的对核酸酶降解的抵抗、增加在细胞摄取、增加的对靶核酸的结合亲和力和/或增加的抑制活性。嵌合反义化合物的第二区域可任选地用作细胞内切核酸酶RNA酶H的底物，其切割RNA:DNA双链体的RNA链。

具有缺口基体基序的反义化合物被认为是嵌合反义化合物。在缺口基体中，具有多个支持RNAeH切割的核苷酸的内部区域位于具有在化学上不同于内部区域的核苷的多个核苷酸的外部区域之间。在具有缺口基体基序的反义寡核苷酸的情况下，缺口区段通常用作内切核酸酶切割的底物，尽管翼区段包含经修饰的核苷。在某些实施方案中，缺口基体的区域通过包含每个不同区域的糖部分类型来区分。用于区分缺口基体的区域的糖部分类型可在一些实施方案中包括β-D-核糖核苷、β-D-脱氧核糖核苷、2'-修饰的核苷(此类2’-修饰的核苷此外还可包括2’-MOE和2’-O-CH₃)和经双环糖修饰的核苷(此类经双环糖修饰的核苷可包括具有4’-(CH2)n-O-2’桥的那些，其中n=1或n=2)。优选地，每个不同区域包含一致的糖部分。翼-缺口-翼基序常被称为“X-Y-Z”，其中“X”表示5’翼区域的长度，“Y”表示缺口区域的长度，以及“Z”表示3’翼区域的长度。如本文所用的，称为“X-Y-Z”的缺口基体具有这样的构型以使缺口区段的位置与5’翼区段与3'翼区段中的每个直接相邻。因此，没有插入核苷酸存在于5’翼区段与缺口区段、或缺口区段与3’翼区段之间。本文描述的任何反义化合物可具有缺口基体基序。在一些实施方案中，X和Z相同，在其它实施方案中，它们是不同的。在优选的实施方案中，Y为8至15个核苷酸。X、Y或Z可以是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个或更多个核苷酸中的任一个。因此，缺口基体包括但不限于，例如5-10-5、4-8-4、4-12-3、4-12-4、3-14-3、2-13-5、2-16-2、1-18-1、3-10-3、2-10-2、1-10-1、2-8-2、6-8-6、5-8-5、1-8-1、2-6-2、2-13-2、1-8-2、2-8-3、3-10-2、1-18-2或2-18-2。

在某些实施方案中，作为“翼基体(wingmer)”基序的反义化合物具有翼-缺口或缺口-翼构型，即本文对于缺口基体构型所述的X-Y或Y-Z构型。因此，翼基体构型包括但不限于，例如5-10、8-4、4-12、12-4、3-14、16-2、18-1、10-3、2-10、1-10、8-2、2-13或5-13。

在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的反义化合物具有5-10-5缺口基体基序。

在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的反义化合物具有缺口加宽的基序。

靶核酸、靶区域和核苷酸序列

编码CETP的核苷酸序列包括但不限于以下：如GenBank登记号M30185.1所列的序列(以SEQ ID NO：1并入本文)、GenBank登记号NM_000078.1(以SEQ ID NO：2并入本文)、GenBank登记号M83573.1(以SEQ ID NO：3并入本文)或GenBank登记号NT_010498.15的核苷酸10609000至10633000(以SEQ ID NO：4并入本文)。应理解，本文所含的实施例中每个SEQ ID NO所列的序列与糖部分、核苷间键合或核碱基的任何修饰无关。照这样，由SEQ IDNO定义的反义化合物可独立地包含糖部分、核苷间键合或核碱基的一或多个修饰。由Isis号(Isis No)所述的反义化合物指示核碱基序列和基序的组合。

在某些实施方案中，靶区域是靶核酸的结构上限定的区域。例如，靶区域可包含3’UTR、5’UTR、外显子、内含子、外显子/内含子接头、编码区、翻译起始区、翻译终止区或其它定义的核酸区域。CETP的结构上定义的区域可通过序列数据库例如NCBI的登记号获得并且此类信息通过引用并入本文。在某些实施方案中，靶区域可包含靶区域内的一个靶区段的5’靶位点的序列至靶区域内的另一靶区段的3’靶位点。

在某些实施方案中，“靶区段”是较小的、核酸内的靶区域的亚部分。例如，靶区段可以是一个或多个反义化合物所靶向的靶核酸的核苷酸的序列。“5’靶位点”是指靶区段的5’最末端核苷酸。“3’靶位点”是指靶区段的3’最末端核苷酸。

靶向包括确定反义化合物与其杂交以使所需效应发生的至少一个靶区段。在某些实施方案中，所需效应是mRN靶核酸水平减少。在某些实施方案中，所需效应是通过靶核酸或与靶核酸相关的表型改变编码的蛋白的水平的降低。

靶区域可包含一个或多个靶区段。靶区域内的多个靶区段可以重叠。可选地，它们可以是非重叠的。在某些实施方案中，靶区域内的靶区段被最多约300个核苷酸间隔。在某些实施方案中，靶区域内的靶区段被多个核苷酸(为、约为、最多、最多为靶核酸上的250、200、150、100、90、80、70、60、50、40、30、20或10个核苷酸)间隔，或为由任何两个前述值定义的范围。在某些实施方案中，靶区域内的靶区段被靶核酸上的最多或最多约5个核苷酸间隔。在某些实施方案中，靶区段是连续的。考虑的是通过具有起始核酸(为本文所列的5’靶位点或3’靶位点的任一个)的范围定义的靶区域。

可在5’UTR、编码区、3’UTR、内含子、外显子或外显子/内含子接头内发现适合的靶区段。包含起始密码子或终止密码子的靶区段也是适合的靶区段。适合的靶区段可明确地排除某种结构上定义的区域例如起始密码子或终止密码子。

适合的靶区段的确定可包括靶核酸序列与其它序列通过基因组的比较。例如，BLAST算法可用于在不同核酸中鉴定相似性区域。这种比较可防止可以与序列而不是所选靶核酸(即，非-靶或脱-靶序列)以非特异性方式杂交的反义化合物序列的选择。

可存在反义化合物在活性靶区域内的活性(例如，由靶核酸水平减少百分比所定义的)的变化。在某些实施方案中，CETP mRNA水平的减少指示CETP蛋白表达的抑制。CETP蛋白水平的减少也指示靶mRNA表达的抑制。此外，表型改变例如促炎细胞因子或葡萄糖的水平的减少可指示CETP mRNA和/或蛋白表达的抑制。

杂交

在一些实施方案中，杂交在本文公开的反义化合物与CETP核酸之间发生。最为常见的杂交机理包括核酸分子的互补核碱基之间的氢键合(例如，Watson-Crick、Hoogsteen或反向Hoogsteen氢键合)。

杂交可在不同条件下发生。严格条件是序列依赖性的并且由待杂交的核酸分子的性质和组分决定。

确定序列是否可特异性与靶核酸杂交的方法是本领域所熟知的(Sambrooke和Russell，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第3版，2001)。在某些实施方案中，本文提供的反义化合物可与CETP核酸特异性杂交。

互补性

当反义化合物的足够量的核碱基可与靶核酸的相应核碱基发生氢键合，反义化合物和靶核酸彼此互补以使所需效应发生(例如，靶核酸例如CETP核酸的反义抑制)。

反义化合物可在CETP核酸的一个或多个区段上杂交以使插入或相邻区段不参与杂交事件(例如，环结构、错配或发夹结构)。

在某些实施方案中，本文提供的反义化合物或其特定部分与CETP核酸、靶区域、靶区段或其特定部分具有或至少具有70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%互补性。具有靶核酸的反义化合物的互补性百分比可使用常规方法来测定。

例如，反义化合物的18至20个核碱基与靶区域互补并且将由此特异性杂交的反义化合物代表90%互补性。在此实例中，剩余的非-互补核碱基可与互补核碱基簇生或散开并且不需彼此连续或与互补核碱基连续。照这样，长度为18个核碱基的具有4(4)个非-互补核碱基(其通过完全互补性的两个区域与靶核酸侧翼连接)的反义化合物将与靶核酸具有77.8%全互补性并且因此在本发明的范围内。反义化合物与靶核酸区域的互补性百分比可常规地使用本领域已知的BLAST程序(基础定点校准研究工具)和PowerBLAST程序(Altschul等人，J.Mol.Biol.，1990，215，403410；Zhang和Madden，Genome Res.，1997，7，649 656)来测定。同源性、序列同一性或互补性的百分比可通过例如，Gap程序(Wisconsin序列分析包，Version 8 for Unix，Genetics Computer Group，University Research Park，Madison Wis.)、利用使用Smith和Waterman的算法(Adv.Appl.Math.，1981，2，482489)的缺省设定来测定。

在某些实施方案中，本文提供的反义化合物或或其特定部分与靶核酸、或其特定部分完全互补(即100%互补)。例如，反义化合物可与CETP核酸、或靶区域、或靶区段或其靶序列完全互补。如本文所用的，“完全互补”意指反义化合物的每个核碱基能够与靶核酸的相应核碱基精确碱基配对。例如，20核碱基反义化合物与400核碱基长的靶序列完全(100%)互补，只要存在与反义化合物完全互补的靶核酸的相应20核碱基部分。提及第一和/或第二核酸的特定部分时，还可使用完全互补。例如，30核碱基反义化合物的20核碱基部分可与400核碱基长的靶序列“完全互补”。30核碱基寡核苷酸的20核碱基部分与靶序列“完全互补”，如果靶序列具有相应的20核碱基部分，其中每个核碱基与反义化合物的20核碱基部分互补。同时，整个30核碱基反义化合物可与靶序列完全互补，取决于反义化合物的剩余10核碱基是否也与靶序列互补。

非-互补核碱基的位置可在反义化合物的5'端或3'端。可选地，非-互补核碱基或核碱基可以在反义化合物的内部位置。当存在两个或更多个非-互补核碱基时，它们可以是连续(即连接)或非连续的。在一个实施方案中，非-互补核碱基位于缺口基体反义寡核苷酸的翼区段。

在某些实施方案中，长度为或至多为10、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核碱基的反义化合物包含相对于与靶核酸例如CETP核酸或其特定部分的最多4个、最多3个、最多2个或最多1个非-互补核碱基。

在某些实施方案中，长度为或至多为10、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核碱基的反义化合物包含相对于靶核酸例如CETP核酸或其特定部分的最多6个、最多5个、最多4个、最多3个、最多2个或最多1个非-互补核碱基。

本文提供的反义化合物还包括与靶核酸的一部分互补的那些。如本文所用的，“部分”是指在靶核酸的区域或区段内的确定数量的连续(即连接)核碱基。“部分”还可以是指反义化合物中确定数量的连续核碱基。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少8核碱基部分互补。在某些实施方案中，反义化合物与靶区段的至少10核碱基部分互补。在某些实施方案中，与靶区段的至少15核碱基部分互补。还考虑的是与靶区段的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个核碱基部分、或由这些值中的任何两个所定义的范围互补的反义化合物。

同一性

本文提供的反义化合物还可与特定核苷酸序列、SEQ ID NO或由特定Isis号所示的的化合物的序列或其部分具有确定的同一性百分比。如本文所用的，反义化合物与本文公开的序列具有同一性，如果其具有相同的核碱基配对能力。例如，公开的DNA序列中包含替代胸苷的尿嘧啶的RNA将被认为与DNA序列具有同一性，因为尿嘧啶和胸苷两者与腺嘌呤配对。还考虑本文所述的反义化合物以及具有与本文提供的反义化合物相关的非-相同碱基的化合物的缩短的和延长的形式。非-相同碱基可彼此相邻或遍及反义化合物分散。根据具有与其所相比较的序列相关的相同碱基配对的碱基数计算反义化合物的同一性百分比。

在某些实施方案中，反义化合物或其部分与一个或多个反义化合物或SEQ ID NO或其本文公开的部分具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性。

修饰

核苷是碱基-糖组合。核苷的核碱基(也称为碱基)部分通常为杂环碱基部分。核苷酸是还包括共价连接于核苷的糖部分的磷酸基的核苷。对于那些包括戊呋喃糖基糖的核苷，磷酸基可连接于糖的2'、3'或5'羟基部分。寡核苷酸通过相邻核苷彼此的共价键合而形成，以形成线性聚合寡核苷酸。在寡核苷酸结构内，磷酸基通常被称为形成寡核苷酸的核苷间键合。

对反义化合物的修饰包括对核苷间键合、糖部分或核碱基的取代或改变。因为所需性质例如，例如增加的细胞摄取、增强的对核酸靶的亲和力以及增加的在核酸酶存在下的稳定性、或增加的抑制活性，与天然形式相比，通常优选经修饰的反义化合物。

还可以比较经化学修饰的核苷以增加缩短的或截短的反义寡核苷酸对于其靶核酸的结合亲和力。因此，通常可用具有此类经化学修饰的核苷的较短的反义化合物获得类似的结果。

经修饰的核苷间键合

RNA和DNA的天然存在核苷间键合是3'至5'磷酸二酯键合。因为所需的性质例如，增加的细胞摄取、增强的对靶核酸的亲和力以及增加的在核酸酶存在下的稳定性，与具有天然存在核苷间键合的反义化合物相比，通常选择具有一个或多个修饰的即非-天然存在的核苷间键合的反义化合物。

寡核苷酸具有经修饰的核苷间键合，包括保留磷原子的核苷间键合以及不具有磷原子的的核苷间键合。代表性含磷核苷间键合包括但不限于，磷酸二酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯、和硫代磷酸酯。制备含磷和非-含磷键合的方法是熟知的。

在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的反义化合物包含一个或多个经修饰的核苷间键合。在某些实施方案中，经修饰的核苷间键合是硫代磷酸酯键合。在某些实施方案中，反义化合物的每个核苷间键合是硫代磷酸酯核苷间键合。

经修饰的糖部分

本发明的反义化合物可任选地包含一个或多个核苷，其中糖基团已被修饰。此类经糖修饰的核苷可赋予反义化合物增强的核酸酶稳定性、增加的结合亲和力或一些其它有益的生物学性质。在某些实施方案中，核苷包含经化学修饰的呋喃核糖环部分。经化学修饰的呋喃核糖环的实例包括但不限于添加取代基基团(包括5'和2'取代基基团；桥接非孪位环原子以形成双环核酸(BNA)；用S、N(R)或C(R1)(R)2(R=H、C₁-C₁₂烷基或保护基团)替代核糖基环氧原子；及其组合。经化学修饰的糖的实例包括，2'-F-5'-甲基取代核苷(参见，于2008年8月21日公布的PCT国际申请WO 2008/101157，对于其它公开的5'、2'-双取代的核苷)、用S替代核糖基环氧原子并且在2'-位进一步取代(参见，公布的U.S.专利申请US2005/0130923，于2005年6月16日公布)，或可选地，5'-取代BNA(参见，于2007年11月22日公布的PCT国际申请WO 2007/134181，其中LNA被例如5'-甲基或5'-乙烯基基团取代)。

具有经修饰的糖部分的核苷的实例包括不但不限于，包含5'-乙烯基、5'-甲基(R或S)、4'-S、2'-F、2'-OCH₃、2’OCH₂CH₃、2’-OCH₂CH₂F和2'-O(CH₂)2OCH₃取代基基团的核苷。2’位的取代基还可以选自烷基、氨基、叠氮基、硫代、O-烷基、O-C1-C10烷基、OCF₃、O(CH₂)2SCH₃、O(CH₂)2-O-N(Rm)(Rn)和O-CH₂-C(=O)-N(Rm)(Rn)，其中每个Rm和Rn独立地是H或取代的或未取代的C1-C10烷基。

如本文所用的，“双环核苷”是指包含双环糖部分的经修饰的核苷。双环核苷的实例包括不但不限于，包含4'和2'核糖基环原子之间的桥的核苷。在某些实施方案中，本文提供了包括一个或多个双环核苷的反义化合物，其中桥包含4'至2'双环核苷。此类4'至2'双环核苷的实例包括但不限于下式之一：4'-(CH₂)-O-2'(LNA)；4'-(CH₂)-S-2'；4'-(CH₂)₂-O-2'(ENA)；4'-CH(CH₃)-O-2'和4'-CH(CH₂OCH₃)-O-2'及其类似物(参见，U.S.专利7,399,845，于2008年6月15日授权)；4'-C(CH₃)(CH₃)-O-2'及其类似物(参见，公布的国际申请WO2009/006478，于2009年1月8日公布)；4'-CH₂-N(OCH₃)-2'及其类似物(参见，公布的PCT国际申请WO2008/150729，于2008年12月11日公布)；4'-CH₂-O-N(CH₃)-2'(参见公布的U.S.专利申请US2004/0171570，于2004年9月4日公布)；4'-CH₂-N(R)-O-2'，其中R是H、C₁-C₁₂烷基或保护基团(参见，U.S.专利7,427,672，于2008年9月23日授权)；4'-CH₂-C(H)(CH₃)-2'(参见Chattopadhyaya,等人，J.Org.Chem.,2009，74，118-134)；和4'-CH₂-C(=CH₂)-2'及其类似物(参见，公布的PCT国际申请WO 2008/154401，于2008年12月8日公布)。还参见，例如：Singh等人，Chem.Commun.，1998，4，455-456；Koshkin等人，Tetrahedron，1998，54，3607-3630；Wahlestedt等人，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.，2000，97，5633-5638；Kumar等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.，1998，8，2219-2222；Singh等人，J.Org.Chem.，1998，63，10035-10039；Srivastava等人，J.Am.Chem.Soc.，129(26)8362-8379(Jul.4，2007)；Elayadi等人，Curr.Opinion Invens.Drugs，2001，2，558-561；Braasch等人，Chem.Biol.，2001，8，1-7；Orum等人，Curr.Opinion Mol.Ther.，2001，3，239-243；U.S.专利No.7,053,207、6,268,490、6,770,748、6,794,499、7,034,133、6,525,191、6,670,461和7,399,845；；国际申请WO 2004/106356、WO 1994/14226、WO 2005/021570和WO 2007/134181；U.S.专利申请No.US2004/0171570(US专利7,696,345)、US2007/0287831(US专利7,547,684)和US2008/0039618；U.S.专利序列No.12/129,154、60/989,574、61/026,995、61/026,998、61/056,564、61/086,231、61/097,787和61/099,844；和PCT国际申请No.PCT/US2008/064591(WO2008/150729)、PCT/US2008/066154(WO 2008/154401)和PCT/US2008/068922(WO 2009/006478)。可以制备前述双环核苷中的每一个，其具有一个或多个立体化学糖构型，包括例如α-L-呋喃核糖和β-D-呋喃核糖(参见PCT国际申请PCT/DK98/00393，于1999年3月25日以WO 99/14226公布)。

在某些实施方案中，BNA核苷的双环糖部分包括但不限于，在戊呋喃糖基糖部分的4'位与2’位之间具有至少一个桥的化合物，其中此类桥独立地包含1或2至4个独立地选自以下的连接基团：-[C(R_a)(R_b)]_n-、-C(R_a)=C(R_b)-、-C(R_a)=N-、-C(=NR_a)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(R_a)₂-、-S(=O)_x-和-N(R_a)-；

其中：

x是0、1或2；

n是1、2、3或4；

R_a和R_b各自独立地是H、保护基团、羟基、C₁-C₁₂烷基、取代的C₁-C₁₂烷基、C₂-C₁₂烯基、取代的C₂-C₁₂烯基、C₂-C₁₂炔基、取代的C₂-C₁₂炔基、C₅-C₂₀芳基、取代的C₅-C₂₀芳基、杂环自由基、取代的杂环自由基、杂芳基、取代的杂芳基、C₅-C₇脂环族自由基、取代的C₅-C₇脂环族自由基、卤素、OJ₁、NJ₁J₂、SJ₁、N₃、COOJ₁、酰基(C(=O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(=O)₂-J₁)或磺酰氧基(S(=O)-J₁)；并且

J₁和J₂各自独立地是H、C₁-C₁₂烷基、取代的C₁-C₁₂烷基、C₂-C₁₂烯基、取代的C₂-C₁₂烯基、C₂-C₁₂炔基、取代的C₂-C₁₂炔基、C₅-C₂₀芳基、取代的C₅-C₂₀芳基、酰基(C(=O)-H)、取代的酰基、杂环自由基、取代的杂环自由基、C₁-C₁₂氨基烷基、取代的C₁-C₁₂氨基烷基、或保护基团。

在某些实施方案中，双环糖部分的桥是-[C(R_a)(R_b)]_n-、-[C(R_a)(R_b)]_n-O-、-C(R_aR_b)-N(R)-O-或–C(R_aR_b)-O-N(R)-。在某些实施方案中，桥是4'-CH₂-2'、4'-(CH₂)₂-2'、4'-(CH₂)₃-2'、4'-CH₂-O-2'、4'-(CH₂)₂-O-2'、4'-CH₂-O-N(R)-2'和4'-CH₂-N(R)-O-2'，其中每一个R独立地是H、保护基团或C₁-C₁₂烷基。

在某些实施方案中，双环核苷进一步由异构构型定义。例如，包含4’-2’亚甲基-氧基桥的核苷可以呈α-L构型或β-D构型。先前，α-L-亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)BNA's已被并入到显示反义活性的反义寡核苷酸中(Frieden等人，Nucleic acids Research，2003，21，6365-6372)。

在某些实施方案中，双环核苷包括但不限于，(A)α-L-亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)BNA、(B)β-D-亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)BNA、(C)亚乙基氧基(4’-(CH₂)₂-O-2’)BNA、(D)氨基氧基(4’-CH₂-O-N(R)-2’)BNA、(E)氧基氨基(4’-CH₂-N(R)-O-2’)BNA、(F)甲基(亚甲基氧基)(4’-CH(CH₃)-O-2’)BNA、(G)亚甲基-硫基(4’-CH₂-S-2’)BNA、(H)亚甲基-氨基(4’-CH2-N(R)-2’)BNA、(I)甲基碳环(4’-CH₂-CH(CH₃)-2’)BNA和(J)亚丙基碳环(4’-(CH₂)₃-2’)BNA，如下所述。

其中Bx是碱基部分且R独立地是H、保护基团或C₁-C₁₂烷基。

在某些实施方案中，具有式I的双环核苷：

其中：

Bx是杂环碱基部分；

-Q_a-Q_b-Q_c-是-CH₂-N(R_c)-CH₂-、-C(=O)-N(R_c)-CH₂-、-CH₂-O-N(R_c)-、-CH₂-N(R_c)-O-或-N(R_c)-O-CH₂；

R_c是C₁-C₁₂烷基或氨基保护基团；并且

T_a和T_b各自独立地是H、羟基保护基团、缀合物基团、反应性磷基团、磷部分、或支持介质的共价连接。

在某些实施方案中，具有式II的双环核苷：

其中：

Bx是杂环碱基部分；

T_a和T_b各自独立地是H、羟基保护基团、缀合物基团、反应性磷基团、磷部分、或支持介质的共价连接；

Z_a是C₁-C₆烷基、C₂-C₆烯基、C₂-C₆炔基、取代的C₁-C₆烷基、取代的C₂-C₆烯基、取代的C₂-C₆炔基、酰基、取代的酰基、取代的酰胺、巯基、或取代的硫基。

在一个实施方案中，取代的基团中的每一个独立地被选自以下的取代基基团单取代或多取代：卤素、氧代、羟基、OJ_c、NJ_cJ_d、SJ_c、N₃、OC(=X)J_c和NJ_eC(=X)NJ_cJ_d，其中每一个J_c、J_d和J_e独立地是H、C₁-C₆烷基或取代的C₁-C₆烷基且X是O或NJ_c。

在某些实施方案中，具有式III的双环核苷：

其中：

Bx是杂环碱基部分；

Z_b是C₁-C₆烷基、C₂-C₆烯基、C₂-C₆炔基、取代的C₁-C₆烷基、取代的C₂-C₆烯基、取代的C₂-C₆炔基、或取代的酰基(C(=O)-)。

在某些实施方案中，具有式IV的双环核苷：

其中：

Bx是杂环碱基部分；

R_d是_C1-C₆烷基、取代的C₁-C₆烷基、C₂-C₆烯基、取代的C₂-C₆烯基、C₂-C₆炔基、或取代的C₂-C₆炔基；

q_a、q_b、q_c和q_d各自独立地是H、卤素、C₁-C₆烷基、取代的C₁-C₆烷基、C₂-C₆烯基、取代的C₂-C₆烯基、C₂-C₆炔基、或取代的C₂-C₆炔基、C₁-C₆烷氧基、取代的C₁-C₆烷氧基、酰基、取代的酰基、C₁-C₆氨基烷基、或取代的C₁-C₆氨基烷基；

在某些实施方案中，具有式V的双环核苷：

其中：

Bx是杂环碱基部分；

q_a、q_b、q_e和q_f各自独立地是氢、卤素、C₁-C₁₂烷基、取代的C₁-C₁₂烷基、C₂-C₁₂烯基、取代的C₂-C₁₂烯基、C₂-C₁₂炔基、取代的C₂-C₁₂炔基、C₁-C₁₂烷氧基、取代的C₁-C₁₂烷氧基、OJ_j、SJ_j、SOJ_j、SO₂J_j、NJ_jJ_k、N₃、CN、C(=O)OJ_j、C(=O)NJ_jJ_k、C(=O)J_j、O-C(=O)NJ_jJ_k、N(H)C(=NH)NJ_jJ_k、N(H)C(=O)NJ_jJ_k或N(H)C(=S)NJ_jJ_k；

或q_e和q_f一起=C(q_g)(q_h)；

q_g和q_h各自独立地是H、卤素、C₁-C₁₂烷基、或取代的C₁-C₁₂烷基。

亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)BNA单体腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、5-甲基-胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶的合成和制备与其寡聚化，以及核酸识别性质已被描述(参见，例如，Koshkin等人，Tetrahedron，1998，54，3607-3630)。BNA及其制备也描述于WO 98/39352和WO 99/14226中。

亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)BNA和2'-硫代-BNA的类似物已被制备(参见，例如，Kumar等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.，1998，8，2219-2222)。包含作为核酸聚合酶的底物的寡脱氧核糖核苷酸双链体的锁定核苷类似物的制备还已被描述(参见，例如，Wengel等人，WO99/14226)。而且，2'-氨基-BNA(一种新型的构象上受限的高亲和力寡核苷酸类似物)的合成已在本领域中被描述(参见，例如，Singh等人，j.Org.Chem.，1998，63，10035-10039)。此外，2'-氨基-和2'-甲基氨基-BNA's已被制备并且其具有互补RNA和DNA链的双链体的热稳定性已被先前报道。

在某些实施方案中，具有式VI的双环核苷：

其中：

Bx是杂环碱基部分；

q_i、q_j、q_k和q_l各自独立地是H、卤素、C₁-C₁₂烷基、取代的C₁-C₁₂烷基、C₂-C₁₂烯基、取代的C₂-C₁₂烯基、C₂-C₁₂炔基、取代的C₂-C₁₂炔基、C₁-C₁₂烷氧基、取代的C₁-C₁₂烷氧基、OJ_j、SJ_j、SOJ_j、SO₂J_j、NJ_jJ_k，N₃、CN、C(=O)OJ_j、C(=O)NJ_jJ_k、C(=O)J_j、O-C(=O)NJ_jJ_k、N(H)C(=NH)NJ_jJ_k、N(H)C(=O)NJ_jJ_k或N(H)C(=S)NJ_jJ_k；并且

q_i和q_j或q_l和q_k一起=C(q_g)(q_h)，其中q_g和q_h各自独立地是H、卤素、C₁-C₁₂烷基、或取代的C₁-C₁₂烷基。

一种具有4'-(CH₂)₃-2'桥和烯基类似物、桥4'-CH=CH-CH₂-2'的碳环双环核苷已被描述(参见，例如，Freier等人，Nucleic acids Research，1997，25(22)，4429-4443和Albaek等人，J.Org.Chem.，2006，71，7731-7740)。碳环双环核苷的合成和制备及其寡聚化以及生化研究已被描述(参见，例如，Srivastava等人，J.Am.Chem.Soc.2007，129(26)，8362-8379)。

如本文所用的，“4’-2’双环核苷”或“4'至2'双环核苷”是指包含呋喃糖环的双环核苷，该呋喃糖环包含在呋喃糖环的4’位与2’位之间的桥。

如本文所用的，“单环核苷”是指包含经修饰的糖部分(不是双环糖部分)的核苷。在某些实施方案中，核苷的糖部分、或糖部分类似物可在任何位置被修饰或取代。

如本文所用的，“2’-修饰的糖”意指在2’位修饰的呋喃酰基糖。在某些实施方案中，此类修饰包括选自以下的取代基：卤化物，包括但不限于取代的和未取代的烷氧基、取代的和未取代的硫烷基、取代的和未取代的氨基烷基、取代的和未取代的烷基、取代的和未取代的烷基、和取代的和未取代的炔基。在某些实施方案中，2’修饰选自取代基，包括但不限于：O[(CH₂)_nO]_mCH₃、O(CH₂)_nNH₂、O(CH₂)_nCH₃、O(CH₂)_nONH₂、OCH₂C(=O)N(H)CH₃和O(CH₂)_nON[(CH₂)_nCH₃]₂，其中n和m是1至约10。其它2'-取代基基团还可以选自：C₁-C₁₂烷基；取代的烷基；烯基；炔基；烷芳基；芳烷基；O-烷芳基或O-芳烷基；SH；SCH₃；OCN；Cl；Br；CN；CF₃；OCF₃；SOCH₃；SO₂CH₃；ONO₂；NO₂；N₃；NH₂；杂环烷基；杂环烷芳基；氨基烷基氨基；聚烷基氨基；取代的甲硅烷基；RNA离去基团；报道基因；插入剂；和提高反义化合物的药动学性质的基团、用于提高反义化合物的药效学性质的基团，以及其它具有类似性质的取代基。在某些实施方案中，经修饰的核苷包含2’-MOE侧链(参见，例如，Baker等人，J.Biol.Chem.，1997，272，11944-12000)。此类2'-MOE取代已被描述为与未经修饰的核苷和其它经修饰的核苷(例如2’-O-甲基、O-丙基和O-氨基丙基)相比具有提高的结合亲和力。也已显示具有2'-MOE取代基的寡核苷酸是基因表达的反义抑制剂，其具有用于体内应用的有希望特征(参见，例如，Martin，P.，Helv.Chim.Acta，1995，78，486-504；Altmann等人，Chimia，1996，50，168-176；Altmann等人，Biochem.Soc.Trans.，1996，24，630-637；和Altmann等人，NucleosideNucleotides，1997，16，917-926)。

如本文所用的，“经修饰的四氢吡喃核苷”或“经修饰的THP核苷”意指具有在正常核苷(糖替代品)中用于取代戊呋喃糖基残基的六元四氢吡喃“糖”的核苷。经修饰的THP核苷包括但不限于，在本领域被称为己糖醇核酸(HNA)、anitol核酸(ANA)、甘露醇核酸(MNA)(参见Leumann，CJ.Bioorg.& Med.Chem.(2002)10:841-854)、氟HNA(F-HNA)或具有式X的那些化合物：

式X：

其中对于式X的所述至少一个四氢吡喃核苷类似物中的每一个独立地：

Bx是杂环碱基部分；

T₃和T₄各自独立地是连接四氢吡喃核苷类似物与反义化合物的核苷间连接基团或T₃和T₄之一是连接四氢吡喃核苷类似物与反义化合物的核苷间连接基团并且T₃和T₄中的另一个是H、羟基保护基团、连接的缀合物基团、或5'或3'-末端基团；

q₁、q₂、q₃、q₄、q₅、q₆和q₇各自独立地是H、C₁-C₆烷基、取代的C₁-C₆烷基、C₂-C₆烯基、取代的C₂-C₆烯基、C₂-C₆炔基或取代的C₂-C₆炔基；并且

R₁和R₂之一是氢且另一个选自卤素、取代的或未取代的烷氧基、NJ₁J₂、SJ₁，N₃、OC(=X)J₁、OC(=X)NJ₁J₂、NJ₃C(=X)NJ₁J₂和CN，其中X是O、S或NJ₁，并且J₁、J₂和J₃中每一个独立地是H或C₁-C₆烷基。

在某些实施方案中，提供了式X的经修饰的THP核苷，其中q₁、q₂、q₃、q₄、q₅、q₆和q₇各自是H。在某些实施方案中，q₁、q₂、q₃、q₄、q₅、q₆和q₇中的至少一个不是H。在某些实施方案中，q₁、q₂、q₃、q₄、q₅、q₆和q₇中的至少一个是甲基。在某些实施方案中，提供了式X的THP核苷，其中R₁和R₂之一是F。在某些实施方案中，R₁是氟且R₂是H，R₁是甲氧基且R₂是H，且R₁是甲氧基乙氧基且R₂是H。

如本文所用的，“2’-修饰的”或“2’-取代的”是指包含糖的核苷，该糖包含在2’位的不是H或OH的取代基。2’-修饰的核苷包括但不限于，其中连接糖环的两个碳原子的桥连接糖环的2’碳和另一个碳的双环核苷以及具有非桥接2’取代基、例如烷基、氨基、叠氮基、硫代、O-烷基、O-C₁-C₁₀烷基、-OCF₃、O-(CH₂)₂-O-CH₃、2'-O(CH₂)₂SCH₃、O-(CH₂)₂-O-N(R_m)(R_n)或O-CH₂-C(=O)-N(R_m)(R_n)的核苷，其中每个Rm和R_n独立地是H或取代的或未取代的C₁-C₁₀烷基。2’-修饰的核苷还可包含例如在糖的其它位置和/或在核碱基的其它修饰。

如本文所用的，“2’-F”是指包含糖的核苷，该糖包含在2’位的氟基。

如本文所用的，“2’-OMe”或“2’-OCH₃”或“2’-O-甲基”各自是指包含糖的核苷，其在糖环的2’位包含-OCH₃基团。

如本文所用的，“MOE”或“2’-MOE”或“2’-OCH₂CH₂OCH₃”或“2’-O-甲氧基乙基”各自是指包含糖的核苷，其在糖环的2’位包含-OCH₂CH₂OCH₃基团。

如本文所用的，"寡核苷酸"是指包含多个连接核苷的化合物。在某些实施方案中，多个核苷中的一个或多个被修饰。在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个核糖核苷(RNA)和/或脱氧核糖核苷(DNA)。

很多其它二环和三环糖替代环系统也是本领域已知的，其可用于修饰核苷以并入反义化合物中(参见，例如，综述文章：Leumann，J.C，Bioorganic & Medicinal Chemistry，2002，10，841-854)。

此类环系统可经历各种其它取代以增强活性。

用于制备经修饰的糖的方法是对于本领域技术人员而言是熟知的。

在具有经修饰的糖部分的核苷酸中，维持核碱基部分(天然的、经修饰的或其组合)以与适当的核酸靶杂交。

在某些实施方案中，反义化合物包含一个或多个具有经修饰的糖部分的核苷酸。在某些实施方案中，经修饰的糖部分是2’-MOE。在某些实施方案中，布置2’-MOE修饰的核苷酸在缺口基体基序中。在某些实施方案中，经修饰的糖部分是双环核苷。在某些实施方案中，双环核苷包含(4’-CH(CH₃)-O-2’)桥。在某些实施方案中，布置(4’-CH(CH₃)-O-2’)双环核苷酸遍及缺口基体基序的翼。在某些实施方案中，双环核苷酸是cEt。在某些实施方案中，布置cEt双环核苷酸遍及缺口基体基序的翼。

经修饰的核碱基

核碱基(或碱基)修饰或取代结构上可区别于天然存在的或合成的未经修饰的核碱基，但功能上可与其互换。天然的和经修饰的核碱基均能够参与氢键合。此类核碱基修饰可赋予反义化合物核酸酶稳定性、结合亲和力或一些其它有益的生物学性质。经修饰的核碱基包括合成的和天然的核碱基如，例如，5-甲基胞嘧啶(5-me-C)。某些核碱基取代，包括5-甲基胞嘧啶取代，特别可用于增加反义化合物对靶核酸的结合亲和力。例如，已显示5-甲基胞嘧啶取代增加核酸双链体稳定性0.6-1.2℃(Sanghvi，Y.S.，Crooke，S.T.和Lebleu，B.编，AntisenseResearch and Applications，CRC Press，Boca Raton，1993，pp.276-278)。

其它未经修饰的核碱基包括5-羟基甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其它烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其它烷基衍生物、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶和胞嘧啶以及嘧啶碱基的其它炔基衍生物、6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫代尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-巯基、8-硫代烷基、8-羟基和其它8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤、5-卤代(特别是5-溴)、5-三氟甲基和其它5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤和7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基-腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤、7-去氮鸟嘌呤和7-去氮腺嘌呤和3-去氮鸟嘌呤和3-去氮腺嘌呤。

杂环碱基部分还可以包括其它嘌呤或嘧啶碱基被其它杂环例如7-去氮-腺嘌呤、7-去氮鸟苷、2-氨基吡啶和2-吡啶酮代替的那些。特别可用于增加反义化合物的结合亲和力的核碱基包括5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶和N-2、N-6和O-6取代的嘌呤，包括2氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。

在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的反义化合物包含一个或多个经修饰的核碱基。在某些实施方案中，缺口加宽的靶向于CETP核酸的反义寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。

组合物和用于配制药物组合物的方法

反义寡核苷酸可与药学上可接受的活性或惰性物质混合以用于制备药物组合物或制剂。组合物和用于配制药物组合物的方法取决于多种标准，包括但不限于施用途径、疾病程度或所施用的剂量。

靶向于CETP核酸的反义化合物可通过将反义化合物与适合的药学上可接受的稀释剂或载体组合来用于药物组合物。

在某些实施方案中，"药用载体"或"赋形剂"是用于给动物递送一个或多个核酸的药学上可接受的溶剂、悬浮剂或任何其它药理上惰性的媒介物。赋形剂可以是液体或固体并且可考虑所计划的施用方法来选择，以便与核酸和给定药物组合物的其它组分组合时提供所需体积、浓度等。典型的药用载体包括但不限于，粘合剂(例如，预胶化玉米淀粉、聚乙烯吡咯烷酮或羟丙基甲基纤维素等)；填充剂(例如，乳糖和其它糖、微晶纤维素、果胶、明胶、硫酸钙、乙基纤维素、聚丙烯酸酯或磷酸氢钙等)；润滑剂(例如，硬脂酸镁、滑石、硅石、胶体二氧化硅、硬脂酸、金属硬脂酸盐、氢化植物油、玉米淀粉、聚乙二醇、苯甲酸钠、乙酸钠等)；崩解剂(例如，淀粉、淀粉羟乙酸钠等)；和润湿剂(例如，月桂基硫酸钠等)。

适用于胃肠外或非胃肠外施用的药学上可接受的有机或无机赋形剂(其不会有害地与核酸反应)还可用于配制本发明的组合物。适合的药学上可接受的载体包括但不限于，水、盐溶液、醇、聚二乙醇、明胶、乳糖、直链淀粉、硬脂酸镁、滑石、硅酸、粘稠石蜡、羟基甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮等。

药学上可接受的稀释剂包括磷酸盐缓冲盐水(PBS)。PBS是适用于组合物进行胃肠外递送的稀释剂。因此，在一个实施方案中，本文所述的方法所用的是包含靶向于CETP核酸的反义化合物和药学上可接受的稀释剂的药物组合物。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂是PBS。在某些实施方案中，反义化合物是反义寡核苷酸。

包含反义化合物的药物组合物包含任何药学上可接受的盐、酯或此类酯的盐、或寡核苷酸，其在施用于动物(包括人)时，能够提供(直接或间接)生物学活性的代谢物或其残基。因此，例如，本公开涉及反义化合物的药学上可接受的盐、前药、此类前药的药学上可接受的盐、及其它生物等效形式。适合的药学上可接受的盐包括但不限于，钠盐和盐。

前药可包括在反义化合物的一端或两端并入另外的核苷，其在体内通过内源核酸酶被切割，以形成活性反义化合物。

缀合的反义化合物

反义化合物可共价连接于一个或多个部分或缀合物，其增强所得反义寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞摄取。典型缀合物基团包括胆固醇部分和脂质部分。另外的缀合物基团包括碳水化合物、磷脂、生物素、吩嗪、叶酸盐、菲啶、蒽醌、吖啶、荧光素、罗丹明、香豆素和染料。

反义化合物还可被修饰以具有一个或多个通常连接于反义化合物的一端或两端的稳定基团，从而增强性质例如，例如核酸酶稳定性。稳定基团中包括帽结构。这些末端修饰防止具有末端核酸的反义化合物从外切核酸酶降解，并且可有助于在细胞内递送和/或定域。帽可存在于5'-末端(5'-帽)或3'-末端(3'-帽)或可存在于两端。帽结构是本领域所熟知的并且包括例如倒置的脱氧脱碱基帽。更多的3'和5'-稳定基团(其用于覆盖反义化合物的一端或两端的顶部以赋予核酸酶稳定性)包括在于2003年1月16日公布的WO 03/004602公开的那些。

细胞培养物和反义化合物处理

可在多种细胞类型中体外测试反义化合物对CETP核酸的水平、活性或表达的效应。用于此类分析的细胞类型可从商业贩售商(例如American Type Culture Collection，Manassus，VA；Zen-Bio，Inc.，Research Triangle Park，NC；Clonetics Corporation，Walkersville，MD)得到并且细胞根据贩售商的技术说明使用市售可得的试剂(例如Invitrogen Life Technologies，Carlsbad，CA)来培养。示例性细胞类型包括但不限于，HepG2细胞、Hep3B细胞、Huh7(肝细胞癌)细胞、原代肝细胞、A549细胞、GM04281成纤维细胞和LLC-MK2细胞。

反义寡核苷酸的体外试验

本文所述的是用反义寡核苷酸处理细胞的方法，该反义寡核苷酸可经适当地修饰以用其它反义化合物处理。

一般而言，当细胞在培养中达到约60-80%汇合时用反义寡核苷酸处理细胞。

一种通常用于将反义寡核苷酸引入所培养的细胞中的试剂包括阳离子转染试剂(Invitrogen，Carlsbad，CA)。将反义寡核苷酸与

在

1(Invitrogen，Carlsbad，CA)中混合以实现反义寡核苷酸的所需最终浓度和

浓度，其通常为2至12ug/mL每100nM反义寡核苷酸。

另一种通常用于将反义寡核苷酸引入所培养的细胞中的试剂包括LIPOFECTAMINE(Invitrogen，Carlsbad，CA)。将反义寡核苷酸与LIPOFECTAMINE

在

1低血清培养基(Invitrogen，Carlsbad，CA)中混合以实现反义寡核苷酸的所需最终浓度和

浓度，其通常为2至12ug/mL每100nM反义寡核苷酸。

另一种通常用于将反义寡核苷酸引入所培养的细胞中的试剂包括

(Invitrogen，Carlsbad，CA)。将反义寡核苷酸与

在

1低血清培养基(Invitrogen，Carlsbad，CA)中混合以实现反义寡核苷酸的所需浓度和浓度，其通常为2至12ug/mL每100nM反义寡核苷酸。

另一种通常用于将反义寡核苷酸引入所培养的细胞中的试剂包括Oligofectamine^TM(Invitrogen Life Technologies，Carlsbad，CA)。将反义寡核苷酸与Oligofectamine^TM在Opti-MEM^TM-1低血清培养基(Invitrogen Life Technologies，Carlsbad，CA)中混合以实现寡核苷酸的所需浓度，其具有约0.2至0.8μL每100nM的Oligofectamine^TM：寡核苷酸比。

另一种通常用于将反义寡核苷酸引入所培养的细胞中的试剂包括FuGENE 6(Roche Diagnostics Corp.，Indianapolis，IN)。将反义寡聚物化合物与FuGENE 6混合在1mL无血清RPMI中混合以实现寡核苷酸的所需浓度，其具有1至4μL FuGENE 6每100nM的FuGENE 6：寡聚化合物比。

另一种通常用于将反义寡核苷酸引入所培养的细胞中的技术包括电穿孔(Sambrooke和Russell，Molecular Cloning：A LaboratoryManual，3^rd Ed.，2001)。

通过常规方法用反义寡核苷酸处理细胞。通常在反义寡核苷酸处理24小时收获细胞，此时靶核酸的RNA或蛋白水平通过本领域已知的和本文所述的方法来测量(Sambrooke和Russell，Molecular Cloning.A Laboratory Manual.第三版.Cold Spring Harbor laboratory Press，Cold Spring Harbor，New York.2001)。一般而言，当以多个复制进行处理时，该数据以复制处理的平均值呈示。

所用的反义寡核苷酸浓度随细胞系而变化。测定特定细胞系的最佳反义寡核苷酸浓度的方法是本领域所熟知的(Sambrooke和Russellin Molecular Cloning.A Laboratory Manual.第三版.Cold SpringHarbor laboratory Press，Cold Spring Harbor，New York.2001)。当用LIPOFECTAMINE

(Invitrogen，Carlsbad，CA)、

(Invitrogen，Carlsbad，CA)或Cytofectin^TM(Genlantis，SanDiego，CA)转染时，通常以1nM至300nM范围的浓度使用反义寡核苷酸。当利用电穿孔转染时，以625至20,000nM范围的较高浓度使用反义寡核苷酸。

RNA分离

可在总细胞RNA或poly(A)+mRNA上进行RNA分析。RNA分离的方法是本领域所熟知的。RNA根据生产厂商的推荐方案，使用本领域所熟知的方法例如使用

试剂(Invitrogen，Carlsbad，CA)来制备。

抑制靶水平或表达的分析

CETP核酸的水平或表达的抑制可用多种本领域已知的方法(Sambrooke和Russell in Molecular Cloning.A Laboratory Manual.第三版.Cold Spring Harbor laboratory Press，Cold Spring Harbor，NewYork.2001)来测定。例如，靶核酸水平可通过例如Northern印迹分析、竞争聚合酶链反应(PCR)或定量实时PCR来定量。RNA分析可在总细胞RNA或poly(A)+mRNA上进行。RNA分离的方法是本领域所熟知的。Northern印迹分析也在本领域中是常规的。定量实时PCR可使用市售可得的ABI

7600、7700或7900序列DetectionSystem(可由PE-Applied Biosystems，Foster City，CA得到)方便地实现并且根据生产厂商的技术说明来使用。

靶RNA水平的定量实时PCR分析

靶RNA水平的定量可根据生产厂商的技术说明通过定量实时PCR使用

7600、7700或7900序列检测系统(PE-AppliedBiosystems，Foster City，CA)来实现。定量实时PCR的方法是本领域所熟知的。

在实时PCR前，将分离的RNA经受逆转录酶(RT)反应，其产生互补DNA(cDNA)，然后cDNA用作实时PCR扩增的底物。在相同的样品孔中相继进行RT和实时PCR反应。RT和实时PCR试剂由Invitrogen(Carlsbad，CA)获得。RT和实时-PCR反应通过本领域技术人员所熟知的方法来进行。

通过实时PCR获得的基因(或RNA)靶数量可使用表达恒定的基因(例如亲环蛋白A)的表达水平，或通过使用

(Invitrogen，Inc.Carlsbad，CA)定量总RNA来进行标准化。亲环蛋白A表达通过实时PCR，通过与靶、多路技术同时运行或单独地来定量。总RNA使用

RNA定量试剂(Invitrogen，Inc.Carlsbad，CA)来定量。通过

进行RNA定量的方法教导于Jones，L.J.等人(Analytical Biochemistry，1998，265，368-374)中。4000仪器(PE Applied Biosystems)用于测量

荧光。

设计探针和引物以与CETP核酸杂交。用设计实时PCR探针和引物的方法是本领域所熟知的，并且可包括使用软件例如PRIMER软件(Applied Biosystems，Foster City，CA)。

通过RT、实时PCR获得的基因靶数量使用表达恒定的GAPDH或亲环蛋白A基因的表达水平，或通过定量总RNA使用RiboGreenTM(Molecular Probes，Inc.Eugene，OR)来标准化。GAPDH或亲环蛋白A表达可通过RT、实时PCR，通过与靶、多路技术同时运行或单独地来定量。总RNA使用RiboGreenTM RNA定量试剂(Molecular Probes，Inc.Eugene，OR)来定量。

表2中所示的是用于在本文所述的细胞类型中测量GAPDH或亲环蛋白A表达的引物和探针。PCR探针具有共价连接于5’端的JOE或FAM和共价连接于3’端的TAMRA或MGB，其中JOE或FAM是荧光报道基因染料且TAMRA或MGB是淬灭剂染料。在一些细胞类型中，从不同物种被设计至序列的引物和探针用于测量表达。例如，人GAPDH引物和探针组可用于测量猴源性细胞和细胞系中的GAPDH表达。

表2

用于实时PCR的GAPDH引物和探针

设计用于实时PCR的探针和引物以与靶特异性序列杂交。靶特异性PCR探针可具有共价连接于5’端的FAM和共价连接于3'端的TAMRA或MGB，其中FAM是荧光染料且TAMRA或MGB是淬灭剂染料。

蛋白水平的分析

CETP核酸的反义抑制可通过测量CETP蛋白水平来评估。CETP的蛋白水平可用多种本领域熟知的方法，例如免疫沉淀、Western印迹分析(免疫印迹)、酶联免疫吸附测定法(ELISA)、定量蛋白质测定法、蛋白质活性测定法(例如，半胱天冬酶活性测定法)、免疫组织化学、免疫细胞化学或荧光激活细胞分选法(FACS)来评价或定量。针对靶的抗体可被鉴定且由多种来源例如抗体的MSRS目录(AerieCorporation，Birmingham，MI)获得，或可经由本领域熟知的常规单克隆或多克隆抗体产生方法来制备。

反义化合物的体内试验

在动物中测试反义化合物例如反义寡核苷酸以评估其抑制CETP表达并且产生表型改变的能力。试验可在正常动物中或在实验疾病模型中进行。对于给动物施用，在药学上可接受的稀释剂例如磷酸盐缓冲溶液中配制反义寡核苷酸。施用包括胃肠外施用途径。反义寡核苷酸剂量和给药频率的计算取决于因素例如施用途径和动物体重。在用反义寡核苷酸处理的时段后，从组织中分离RNA并且测量CETP核酸表达的变化。CETP蛋白水平的变化也被测量。

某些适应症

在某些实施方案中，本文提供的是治疗个体的方法，其包括施用一种或多种本文所述的药物组合物。在某些实施方案中，个体具有炎性疾病、代谢疾病或心血管疾病。

因此，本文提供的是用于在需要其的受试者中减轻与炎性疾病、代谢疾病或心血管疾病相关的症状的方法。在某些实施方案中，提供的是用于减少与炎性疾病、代谢疾病或心血管疾病相关的症状的发作的速率的方法。在某些实施方案中，提供的是用于减少与炎性疾病、代谢疾病或心血管疾病相关的症状的严重度的方法。在此类实施方案中，该方法包括给需要其的个体施用治疗有效量的靶向于CETP核酸的化合物。

在某些实施方案中，治疗有效量的靶向于CETP核酸的反义化合物的施用伴随监测CETP水平或炎性疾病、代谢疾病或心血管疾病或其它与CETP表达相关的疾病过程的标记物，以确定个体对施用反义化合物的响应。医师利用个体对施用反义化合物的响应来确定治疗干预的量和持续时间。

在某些实施方案中，靶向于CETP核酸的反义化合物的施用导致CETP表达减少至少约15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或99%，或由这些值的任意两个所限定的范围。

在某些实施方案中，包含靶向于CETP的反义化合物的药物组合物可用于制备用于治疗罹患或易感于炎性疾病、代谢疾病或心血管疾病的患者的药物。

在某些实施方案中，本文所述的方法包括施用包含具有8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基部分的经修饰的寡核苷酸的化合物。

施用

本发明的化合物或药物组合物可用多种方法来施用，取决于局部或全身治疗是否是期望的以及待治疗的面积。施用可以是局部的(包括眼部和粘膜(包括阴道和直肠递送))、皮内(用于局部治疗皮肤纤维化或瘢痕化)、肺部(例如，通过局部吸入或吹入粉末或气溶胶(包括通过雾化器)；气管内、鼻内、表皮和经皮)、口服或胃肠外。

在某些实施方案中，胃肠外施用本文所述的化合物和组合物。胃肠外施用包括静脉内、动脉内、皮下、腹膜内或肌内注射或输注施用；或颅内施用，例如鞘内或室内施用。

在某些实施方案中，胃肠外施用是通过输注。输注可以是长期的或连续的或短时间的或间歇的。在某些实施方案中，用泵递送经输注的药剂。

在某些实施方案中，胃肠外施用是通过注射。注射可用注射器或泵来递送。在某些实施方案中，注射是弹丸注射。在某些实施方案中，将注射直接施用于组织或器官。

在某些实施方案中，用于胃肠外、鞘内或室内施用的制剂可包括无菌水溶液，其还可以包含缓冲剂、稀释剂和其它适合的添加剂例如但不限于穿透促进剂、载体化合物和其它药学上可接受的载体或赋形剂。

在某些实施方案中，用于局部施用本发明的化合物和组合物的制剂可包括但不限于药用载体、赋形剂、无菌和非无菌水溶液、在常见溶剂例如醇中的非水溶液，或化合物或组合物在液态或固态油基质中的溶液。该溶液还可包含缓冲剂、稀释剂和其它适合的添加剂。用于局部施用的制剂可包括透皮贴剂、软膏剂、洗剂、霜剂、凝胶剂、滴剂、栓剂、喷雾剂、液体和粉剂。

在某些实施方案中，用于施用本发明的化合物和组合物的制剂可包括但不限于药用载体、赋形剂、粉剂或颗粒剂、微粒、纳米粒、混悬剂或在水或非水介质中的溶液剂、胶囊、凝胶胶囊、囊剂、片剂或小片。增稠剂、调味剂、稀释剂、乳化剂、分散助剂或粘合剂可期望的。在某些实施方案中，口服制剂是其中本发明化合物与一种或多种穿透促进剂、表面活性剂和螯合剂结合施用的制剂。

给药

在某些实施方案中，药物组合物根据给药方案(例如，剂量、给药频率和持续时间)来施用，其中可选择给药方案来实现所需效应。所需效应可以是，例如减少CETP或预防、减少、减轻或延缓与CETP相关的疾病或疾患的进程。

在某些实施方案中，调整给药方案的变量以在受试者中产生药物组合物的所需浓度。涉及给药方案的所用的“药物组合物的浓度”可以是指化合物、寡核苷酸或药物组合物的活性成分。例如，在某些实施方案中，可调整剂量和给药频率以提供足以达到所需效应的药物组合物的组织浓度或血浆浓度。

给药取决于待治疗的疾病状态的严重度和响应性，疗程持续数天至数月，或者直到实现治愈或实现疾病状态减轻。给药也取决于药物效能和代谢。在某些实施方案中，剂量为0.01μg至100mg每kg体重，或在0.001mg至600mg给药的范围内，并且每天、每周、每月或每年可给予一次或多次，或者甚至每2至20年一次。成功治疗后，可期望使患者经受维持治疗以预防疾病状态的复发，其中以维持剂量施用寡核苷酸，给药范围为0.01μg至100mg每kg体重，每天一次或多次，至每20年一次或范围为0.001mg至600mg。

某些联合疗法

在某些实施方案中，第一活性剂包含本发明的经修饰的寡核苷酸与一种或多种第二活性剂共施用。在某些实施方案中，设计此类第二活性剂以治疗与本文所述的第一活性剂相同的炎性疾病、代谢疾病或心血管疾病。在某些实施方案中，设计此类第二活性剂来治疗与本文所述的第一活性剂不同的疾病、病症或疾患。在某些实施方案中，设计此类第二活性剂来治疗一种或多种本文所述的药物组合物的不期望的副作用。在某些实施方案中，设计此类第一活性剂来治疗第二活性剂的不期望的副作用。在某些实施方案中，第二活性剂与第一活性剂共施用以治疗第一活性剂的不期望的效应。在某些实施方案中，第二活性剂与第一活性剂共施用来产生组合效应。在某些实施方案中，第二活性剂与第一活性剂共施用来产生协同效应。在某些实施方案中，第一活性剂和第二活性剂的共施用允许使用比当所述活性剂作为独立治疗施用时实现治疗或预防效应所需的剂量低的剂量。

在某些实施方案中，第一活性剂和一种或多种第二活性剂在相同时间施用。在某些实施方案中，第一活性剂和一种或多种第二活性剂在不同时间施用。在某些实施方案中，第一活性剂和一种或多种第二活性剂被制备在单一药物制剂中。在某些实施方案中，第一活性剂和一种或多种第二活性剂被分开制备。

在某些实施方案中，第二活性剂包括但不限于，葡萄糖降低剂、降胆固醇或脂质治疗或抗炎剂或炎症降低剂。葡萄糖降低剂可包括但不限于治疗性生活方式改变、PPAR激动剂、二肽基肽酶(IV)抑制剂、GLP-1类似物、胰岛素或胰岛素类似物、胰岛素促泌素、SGLT2抑制剂、人胰淀素类似物、双胍类、α-糖苷酶抑制剂或其组合。葡萄糖降低剂可包括但不限于二甲双胍、磺酰脲、罗格列酮、美格列奈、噻唑烷二酮类、α-糖苷酶抑制剂或其组合。磺酰脲可以是醋酸己脲、氯磺丙脲、甲苯磺丁脲、妥拉磺脲、格列美脲、格列吡嗪、格列本脲或格列奇特。美格列奈可以是那格列奈或瑞格列奈。噻唑烷二酮类可以是吡格列酮或罗格列酮。α-糖苷酶可以是阿卡波糖或米格列醇。胆固醇或降脂质治疗可包括但不限于治疗性生活方式改变、他汀类药物、胆酸多价螯合剂、烟酸和贝特类药物。他汀类药物是阿托伐他汀、氟伐他汀、洛伐他汀、普伐他汀、罗苏伐他汀和辛伐他汀等。胆酸多价螯合剂可以是考来维仑、考来烯胺、考来替泊等。贝特类药物可以是吉非贝齐、非诺贝特、氯贝丁酯等。炎症降低剂可包括但不限于治疗性生活方式改变、类固醇或NSAID。类固醇可以是皮质类固醇。NSAID可以是阿司匹林、对乙酰氨基酚、布洛芬、萘普生、COX抑制剂、吲哚美辛等。

实施例

非限定性公开且通过引用并入

尽管根据某些实施方案已选择性描述本文所述的某些化合物、组合物和方法，但是下列实施例仅用于举例说明本文所述的化合物并且不旨在限制于此。本申请引用的每篇参考文献通过引用整体并入本文。

实施例1：SW872脂肉瘤细胞中人CETP mRNA的反义抑制

体外测试靶向于CETP核酸的反义寡核苷酸对CETP mRNA转录物的效应。使用lipofectin试剂，用150nM反义寡核苷酸转染以50,000细胞每孔的密度在24孔板中培养的SW872脂肉瘤细胞。约24小时后，从细胞分离RNA，通过定量实时PCR测量CETP mRNA水平。人引物探针组(前向序列GGCATCCCTGAGGTCATGTC，在本文被称为SEQ ID NO：38；反向序列GGCTCACGCCTTTGCTGTT，在本文被称为SEQ ID NO：39；探针序列CGGCTCGAGGTAGTGTTTACAGCCCTC，在本文被称为SEQ IDNO：40)用于定量CETP mRNA。根据总RNA含量调节CETP mRNA转录物水平，如通过管家基因GAPDH mRNA水平来测量。使用引物探针组用SEQ ID NO：10、11、13中所列的序列来测量GAPDH。结果以相对于未处理的对照细胞的CETP抑制百分比呈示。

表3中的反义寡核苷酸是5-10-5缺口基体，其中缺口区段包含10个2'-脱氧核苷且每个翼区段包含5个2'-MOE核苷。5’翼区段中的每个核苷酸和3’翼区段中的每个核苷酸具有2’-MOE修饰。每个缺口基体中的核苷间键合为硫代磷酸酯(P=S)键合。每个缺口基体中的所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。‘靶起始位点’指示反义寡核苷酸所靶向的5’最末端核苷酸。‘靶终止位点’指示反义寡核苷酸所靶向的3’最末端核苷酸。表3中所列的所有反义寡核苷酸靶向人CETP mRNA，在本文被称为SEQ ID NO：1(GENBANK登记号M30185.1)。

表3

靶向SEQ ID NO：1的5-10-5缺口基体对SW872细胞中人CETPmRNA的抑制

实施例2：SW872脂肉瘤细胞中人CETP的剂量依赖性反义抑制

以各种剂量测试表现出SW872脂肉瘤细胞中CETP的体外抑制的数种反义寡核苷酸(参见实施例1)。将细胞在24孔板中以50,000细胞每孔的密度铺板并且使用Lipofectin试剂用50nM、150nM和300nM浓度的每种反义寡核苷酸铺板。约16小时后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量CETP mRNA水平。将CETPmRNA水平标准化成总RNA含量，如通过管家基因GAPDH mRNA水平测量。结果以相对于未处理的对照细胞的CETP抑制百分比示于表4中。

表4

SW872脂肉瘤细胞中人CETP的剂量依赖性反义抑制

ISIS No	50nM	150nM	300nM
				349461	75	80	88
349465	96	87	96
				349483	100	98	85
349490	97	93	88
				349506	93	86	93
349512	86	98	97
				349513	97	100	95
349517	100	98	98

实施例3：SW872脂肉瘤细胞中人CETP的剂量依赖性反义抑制

以各种剂量进一步测试表现出SW872脂肉瘤细胞中CETP的显著剂量依赖性抑制的ISIS 349513和ISIS 349517(参见实施例2)。也在相同条件下测试在USSN 11/031,827(通过参考并入本文)中首次公开的ISIS 17291(GACAAGTGGCTGATCTGGAT，6-8-6MOE(SEQ IDNO：115))、ISIS 17302(GCTTGCCTTCTGCTACAAGC，6-8-6MOE(SEQ ID NO：116))和ISIS17305(CCAGTGGGCCTTTAGGATAG，6-8-6 MOE(SEQ ID NO：117)。将细胞以50,000细胞每孔的密度在24孔板中铺板并且使用Lipofectin试剂用50nM、150nM和300nM浓度的每个反义寡核苷酸转染。约16小时后，从细胞分离RNA并且通过定量实时PCR测量CETPmRNA水平。将CETP mRNA水平标准化成总RNA含量，如通过管家基因GAPDH mRNA水平测量。结果以相对于未处理的对照细胞的CETP抑制百分比示于表5中。

表5

SW872脂肉瘤细胞中人CETP的剂量依赖性反义抑制

实施例4：来自人CETP转基因小鼠的原代肝细胞中人胆固醇酯转移蛋白(CETP)mRNA的反义抑制

通过其天然侧翼区域控制的表达人CETP的转基因小鼠响应于高胆固醇血症而增加该基因的表达(Jiang，X.C.等人，J.Clin.Invest.1992.90：1290-1295)。这些小鼠用于以下研究中。

体外测试靶向于CETP核酸并且在实施例1中描述的反义寡核苷酸对CETP mRNA转录物的效应。使用cytofectin试剂，用100nM或200nM反义寡核苷酸转染以17,500细胞每孔的密度在96孔板中培养的来自人CETP转基因小鼠的原代肝细胞。约24小时后，从细胞分离RNA，通过定量实时PCR测量CETP mRNA水平。根据总RNA含量调整CETP mRNA转录物水平，如通过管家基因GAPDH mRNA水平测量。结果以相对于未处理的对照细胞的CETP抑制百分比示于表6中。

表6

5-10-5缺口基体对huCETP转基因小鼠的原代肝细胞中人CETPmRNA的抑制百分比

实施例5：喂养正常饲料饮食的huCETP转基因小鼠中人CETP的反义抑制

评价证明了统计学显著的剂量依赖性体外抑制的ISIS349511(SEQ ID NO：108)、ISIS 349512(SEQ ID NO：109)、ISIS349515(SEQ ID NO：112)和ISIS 349517(SEQ ID NO：114)体内减少人CETP mRNA转录物的能力。

处理

将雄性huCETP转基因小鼠维持在12-小时光/暗循环中并且随意喂养正常的Purina小鼠饲料。在起始实验之前使动物在研究设施中适应至少7天。将反义寡核苷酸(ASO)在缓冲盐水(PBS)中制备并且通过滤过0.2微米滤器灭菌。将寡核苷酸溶于0.9%PBS以用于注射。

将小鼠分成5个处理组。将前四组接受腹膜内注射ISIS 349511、ISIS 349512、ISIS 349515或ISIS 349517，以50mg/kg的剂量每周两次，持续6周。将第五组接受腹膜内注射盐水，每周两次，持续6周。将盐水注射组用作对照组，将寡核苷酸处理组与其相比较。

CETP mRNA的抑制

最终剂量后24小时处死动物并且分离肝组织。分离肝RNA以用于CETP的实时PCR分析。使用两个引物探针组hCETP(前向序列CAGCTGACCTGTGACTCTGGTAGA，在本文被称为SEQ ID NO：118；反向序列CAGCTTATGGAAAGACAGGTAGCA，在本文被称为SEQ ID NO：119；探针序列TGCGGACCGATGCCCCTGAX，在本文被称为SEQ ID NO：120)和hCETP2_LTS00182(前向序列GGCATCCCTGAGGTCATGTC，在本文被称为SEQ ID NO：38；反向序列GGCTCACGCCTTTGCTGTT，在本文被称为SEQ ID NO：39：探针序列CGGCTCGAGGTAGTGTTTACAGCCCTCX，在本文被称为SEQ ID NO：40)。这些引物探针组靶向在不同区域的CETP mRNA转录物。如表7所示，用反义寡核苷酸处理减少了CETP mRNA表达。单独地和共同地使用引物探针组以测量CETP mRNA表达并且在所有三种情况下给出类似结果。将RNA表达水平标准化成被组成型表达的鼠亲环蛋白(一种管家基因)。使用表2所述的引物探针组测量亲环蛋白水平，结果以相对于PBS对照的CETP mRNA抑制百分比表示。

表7

转基因小鼠中肝CETP mRNA表达的抑制百分比

CETP蛋白的抑制

CETP蛋白的血浆水平通过ELISA(Alpco，NH)来测量。结果示于表8中并且证明所有ISIS反义寡核苷酸对CETP蛋白水平的显著抑制。结果以相对于PBS对照的抑制百分比表示。

表8

转基因小鼠中血浆CETP蛋白水平的抑制百分比

肝功能

为了评价ISIS寡核苷酸对肝功能的效应，使用自动临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)(Nyblom，H.等人，Alcohol & Alcoholism 39：336-339，2004；Tietz NW(编)：Clinical Guideto Laboratory Tests，第3版W.B.Saunders，Philadelphia，PA，1995)测量转氨酶血浆浓度。测量第3周和第6周时ALT(丙氨酸转氨酶)的血浆浓度并且结果示于表9中，以IU/L表示。大多数ISIS寡核苷酸被认为在小鼠中是耐受的，如通过其肝转氨酶特性所表明。

表9

第3周和第6周时转基因小鼠的丙氨酸转氨酶水平(IU/L)

体重和器官重量

给药前和在处理期常规地测量小鼠的体重。体重示于表10中，并且以克表示。在研究结束时测量肝、脾和肾重量，并且示于表11中。

表10

转基因小鼠的体重

表11

第6周时转基因小鼠的器官重量

	肝(g)	肾(mg)	脾(mg)
				PBS	1.3	315.6	79.4
ISIS 349511	1.3	312.5	76.0
				ISIS 349512	2.1	333.8	86.8
ISIS 349515	1.7	349.5	89.3
				ISIS 349517	1.7	355.5	89.0

葡萄糖水平

血浆葡萄糖值使用Beckman葡萄糖分析仪II(Beckman Coulter)通过葡萄糖氧化酶法(Lott，J.A.等人，Clin.Chem.21：1754-1760，1975)来测定。结果示于表12，以mg/dL表示。

表12

转基因小鼠的葡萄糖水平

	第3周	第6周
			PBS	306	228
ISIS 349511	286	245
			ISIS 349512	267	248
ISIS 349515	275	237
			ISIS 349517	333	254

胆固醇和甘油三酯水平

在第3周和第6周时通过Bligh和Dyer的方法(Bligh，E.G.和Dyer，W.J.Can.J.Biochem.Physiol.37：911-917，1959)萃取血浆胆固醇，并且用Olympus临床分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)来测量。通过HPLC分别测量HDL、LDL和VLDL胆固醇。甘油三酯水平借助于市售可得的甘油三酯试剂盒(DCL甘油三酯试剂；Diagnostic Chemicals Ltd.)来测量。结果示于表13和14中并且以mg/dL表示。用ISIS寡核苷酸处理的小鼠中HDL水平显著增加。HDL水平相对于总胆固醇水平的百分比示于表15中。

表13

第3周时转基因小鼠的胆固醇和甘油三酯水平(mg/dL)

	总胆固醇	HDL	LDL	甘油三酯
					PBS	70	45	20	88
ISIS 349511	83	60	15	87
					ISIS 349512	85	62	14	100
ISIS 349515	89	60	19	83
					ISIS 349517	79	59	14	68

表14

第6周时转基因小鼠的胆固醇和甘油三酯水平(mg/dL)

	总胆固醇	HDL	LDL	VLDL	甘油三酯
						PBS	75	48	19	8	120
ISIS 349511	88	66	17	4	84
						ISIS 349512	134	100	31	3	92
ISIS 349515	87	66	18	4	115
						ISIS 349517	75	55	15	4	103

表15

转基因小鼠中HDL占总胆固醇的百分比

	第3周	第6周
			PBS	65	65
ISIS 349511	73	76
			ISIS 349512	74	74
ISIS 349515	68	75
			ISIS 349517	75	74

实施例6：喂养正常饲料或富含胆固醇的饮食的huCETP转基因小鼠中人CETP的反义抑制

进一步评价ISIS 349511(SEQ ID NO：108)和ISIS 349517(SEQ IDNO：114)体内减少人CETP mRNA转录物的能力。

处理

将雄性huCETP转基因小鼠维持在12-小时光/暗循环中。随意给一组小鼠喂养正常Purina小鼠饲料并且给第二组喂养富含0.5%胆固醇的饲料(Harlan Teklad TD.97234，Harlan Laboratories，Indianapolis，IN)。在起始实验之前使动物在研究设施中适应至少7天。将反义寡核苷酸(ASO)在缓冲盐水(PBS)中制备并且通过滤过0.2微米滤器灭菌。将寡核苷酸溶于0.9%PBS以用于注射。

将正常饲料喂养的小鼠分成三个处理组。将富含胆固醇的饲料喂养的小鼠分成三个处理组。两个饲料喂养的组接受ISIS 349511或ISIS349517的皮下注射，以50mg/kg的剂量每周两次，持续6周。类似地，富含胆固醇的组接受ISIS 349511或ISIS 349517的皮下注射，以50mg/kg的剂量每周两次，持续6周。一个饲料喂养的组和一个富含胆固醇的饲料喂养的组接受盐水皮下注射，每周两次，持续6周。盐水注射的组用作对照组，将相应的寡核苷酸处理组与其相比较。

CETP mRNA的抑制

最终剂量后24小时处死动物并且分离肝组织。分离肝RNA以用于CETP的实时PCR分析。引物探针组hCETP用于测量CETP水平。如表16所示，用反义寡核苷酸处理减少了CETP mRNA表达。将RNA表达水平标准化成鼠亲环蛋白。结果以相对于PBS对照的CETPmRNA抑制百分比表示。对正常饲料喂养的小鼠和富含胆固醇的饲料喂养的小鼠中CETP mRNA水平的抑制没有差异。

表16

转基因小鼠中肝CETP mRNA表达的抑制百分比

CETP蛋白的抑制

CETP蛋白的血浆水平通过ELISA(Alpco，NH)来测量。结果示于表17中并且证明了所有ISIS反义寡核苷酸对CETP蛋白水平的显著抑制。结果以相比于PBS对照的抑制百分比表示。

表17

转基因小鼠中血浆CETP蛋白水平的抑制百分比

肝功能

为了评价ISIS寡核苷酸对肝功能的效应，使用自动临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)(Nyblom，H.等人，Alcohol & Alcoholism 39：336-339，2004；Tietz NW(编)：Clinical Guideto Laboratory Tests，第3版W.B.Saunders，Philadelphia，PA，1995)测量转氨酶血浆浓度。在第0周、第3周和第6周测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆浓度并且结果示于表18和19中，以IU/L表示。

表18

转基因小鼠中的丙氨酸转氨酶水平(IU/L)

表19

转基因小鼠的天冬氨酸转氨酶水平(IU/L)

器官重量

肝、脾和肾重量在研究结束时测量，并且示于表20中。

表20

转基因小鼠的体重

葡萄糖水平

血浆葡萄糖值使用Beckman葡萄糖分析仪II(Beckman Coulter)通过葡萄糖氧化酶法(Lott，J.A.等人，Clin.Chem.21：1754-1760，1975)来测量。结果示于表21中并且以mg/dL表示。

表21

转基因小鼠中的葡萄糖水平

胆固醇和甘油三酯水平

第3周和第6周时通过Bligh和Dyer的方法(Bligh,E.G.和Dyer,W.J.Can.J.Biochem.Physiol.37：911-917，1959)萃取血浆胆固醇并且第0周、第3周和第6周时用Olympus临床分析仪(HitachiOlympus AU400e，Melville，NY)测量。通过HPLC分别测量HDL、LDL和VLDL胆固醇。第0周、第3周和第6周时借助于市售可得的甘油三酯试剂盒(DCL甘油三酯试剂；Diagnostic Chemicals Ltd.)测量甘油三酯水平。第6周时测量VLDL水平。结果示于表22-26中并且以mg/dL表示。

表22

转基因小鼠中的总胆固醇水平(mg/dL)

表23

转基因小鼠中的LDL胆固醇水平(mg/dL)

表24

转基因小鼠中的HDL胆固醇水平(mg/dL)

表25

转基因小鼠中的VLDL胆固醇水平(mg/dL)

表26

转基因小鼠中的甘油三酯水平(mg/dL)

实施例7：心血管疾病小鼠模型中CETP的反义抑制的效应以及在提高HDL胆固醇水平方面与用烟酸处理的比较

心血管疾病的转基因小鼠模型已在ISIS Pharmaceuticals开发并且进一步记载于国际申请PCT/US10/20435(通过引用并入本文)中。小鼠模型包含人胆固醇酯转移蛋白(huCETP^+/-)的半合子拷贝、人载脂蛋白B(huApoB^+/-)的半合子拷贝并且具有鼠低密度脂蛋白受体(mLDLr^+/-)的部分缺陷。小鼠模型可用于筛选预防剂和/或治疗剂以用于高胆固醇血症和/或心血管疾病例如动脉粥样硬化和心脏病。在该研究中，huApoB^+/-huCETP^-/-mLDLr^+/-小鼠也用作对照。

在该模型中评价ISIS 349511、ISIS 349517和1%烟酸提高HDL胆固醇水平的功效。

处理

将雄性转基因小鼠维持在12-小时光/暗循环中并且随意喂养正常的Purina小鼠饲料。在起始实验之前使动物在研究设施中适应至少7天。将反义寡核苷酸(ASO)在缓冲盐水(PBS)中制备并且通过滤过0.2微米滤器灭菌。将寡核苷酸溶于0.9%PBS以用于注射。

将huApoB^+/-huCETP^+/-mLDLr^+/-小鼠分成5个处理组，每组5-7只小鼠。两个这样的组接受皮下注射ISIS 349511或ISIS 349517，以25mg/kg的剂量每周两次，持续6周。一组小鼠接受皮下注射2g烟酸/kg/天，持续6周，且还对其喂养含有1%烟酸的饮食。一组小鼠接受ISIS 141923(CCTTCCCTGAAGGTTCCTCC，5-10-5MOE缺口基体、SEQ ID NO：121)、无已知鼠靶的对照寡核苷酸。一组小鼠接受皮下注射ISIS 349511 PBS，每周两次，持续6周。将盐水注射组用作对照组，将寡核苷酸处理组与其相比较。一组5只huApoB^+/-huCETP^-/-mLDLr^+/-小鼠接受皮下注射ISIS 349517，以25mg/kg的剂量每周两次，持续6周。该组用作反义寡核苷酸对CETP的效应的阴性对照。这些组在表27中被进一步描述，并且指定为字母A-F，此后将通过这些字母提及这些组。

表27

处理组

CETP mRNA的抑制

最终剂量后24小时处死动物并且分离肝组织。分离肝RNA以用于CETP的实时PCR分析。引物探针组hCETP用于测量CETP水平。如示于表28中，用反义寡核苷酸(组C和D)的处理减少了CETPmRNA表达。将RNA表达水平标准化成鼠亲环蛋白。这些结果以相对于PBS对照的CETP mRNA抑制百分比表示(组A)。用烟酸(组E)处理的转基因小鼠显示无抑制数据，如所期望的。对照寡核苷酸ISIS141923也显示无CETP mRNA抑制潜能，如所期望的(组B)。对于CETP减少，未测试阴性对照(组F)。

表28

转基因小鼠中肝CETP mRNA表达的抑制百分比

组ID

抑制%

B	0
		C	70
D	86
		E	0

胆固醇和甘油三酯水平

第0周、第3周和第6周时通过Bligh和Dyer的方法(Bligh,E.G.和Dyer,W.J.Can.J.Biochem.Physiol.37：911-917，1959)萃取血浆胆固醇并且用Olympus临床分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)测量。通过HPLC分别测量HDL和LDL胆固醇。第0周、第3周和第6周时借助于市售可得的甘油三酯试剂盒(DCL甘油三酯试剂；Diagnostic Chemicals Ltd.)测量甘油三酯水平。结果示于表29-33中并且以mg/dL表示。

表29

转基因小鼠中的总胆固醇水平(mg/dL)

组ID	第0周	第3周	第6周
				A	201	220	223
B	201	228	235
				C	208	212	223
D	193	171	197
				E	195	169	170
F	158	175	177

表30

转基因小鼠中的LDL胆固醇水平(mg/dL)

组ID	第0周	第3周	第6周
				A	126	146	142
B	123	149	150
				C	129	126	132
D	116	87	109
				E	122	102	102
F	73	91	95

表31

转基因小鼠中的HDL胆固醇水平(mg/dL)

组ID	第0周	第3周	第6周
				A	48	54	69
B	50	55	74
				C	49	64	77
D	48	68	72
				E	45	57	65
F	65	65	75

表32

转基因小鼠中的HDL/总胆固醇%

表33

转基因小鼠中的甘油三酯水平(mg/dL)

组ID	第0周	第3周	第6周
				A	142	159	194
B	137	177	192
				C	145	199	248
D	142	177	210
				E	134	108	138
F	150	213	201

肝功能

为了评价ISIS寡核苷酸对肝功能的效应，使用自动临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)(Nyblom，H.等人，Alcohol & Alcoholism 39：336-339，2004；Tietz NW(编)：Clinical Guideto Laboratory Tests，第3版W.B.Saunders，Philadelphia，PA，1995)测量转氨酶血浆浓度。在第0周、第3周和第6周测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆浓度并且结果示于表34和35中，以IU/L表示。用ISIS寡核苷酸或烟酸处理没有不利影响肝功能，因为在延长的寡核苷酸施用后转氨酶水平没有变化。

表34

转基因小鼠的丙氨酸转氨酶水平(IU/L)

组ID	第0周	第3周	第6周
				A	22	23	33
B	28	27	31
				C	22	24	31
D	37	26	33
				E	25	28	34
F	20	25	32

表35

转基因小鼠的天冬氨酸转氨酶水平(IU/L)

组ID	第0周	第3周	第6周
				A	40	36	84
B	38	41	62
				C	36	35	56
D	52	45	91
				E	61	43	64
F	37	41	60

体重器官重量

每周小鼠的体重并且示于表36.肝、脾和肾重量在研究结束时测量，并且示于表37中。

表36

转基因小鼠的体重

表37

转基因小鼠的器官重量

组ID	肝	肾	脾
				A	1.35	0.39	0.09
B	1.48	0.39	0.10
				C	1.46	0.35	0.09
D	1.58	0.38	0.11
				E	1.22	0.37	0.09
F	1.51	0.39	0.09

实施例8：huCETP转基因小鼠模型中ISIS 349517对CETP的反义抑制的效应

评价了化合物ISIS 349517的功效和耐受性。

处理

将雄性转基因小鼠维持在12-小时光/暗循环中并且随意喂养Western饮食(TD88137；来自脂肪的42%卡路里、0.2%胆固醇；HarlanLaboratories，Indianapolis，IN)。在起始实验之前使动物在研究设施中适应至少7天并且在整个研究期间维持该饮食。将反义寡核苷酸(ASO)在缓冲盐水(PBS)中制备并且通过滤过0.2微米滤器灭菌。将寡核苷酸溶于0.9%PBS以用于注射。

将小鼠分成两组，每组4-6只小鼠。一组接受皮下注射ISIS349517，以25mg/kg的剂量每周两次，持续2周。将盐水注射组用作对照组，将寡核苷酸处理组与其相比较。

CETP mRNA的抑制

最终剂量后24小时处死动物并且分离肝组织。分离肝RNA以用于CETP的实时PCR分析。引物探针组hCETP用于测量CETP水平。如示于表38，用ISIS 349517处理显著减少CETP mRNA表达。将RNA表达水平标准化成鼠亲环蛋白。这些结果以相对于PBS对照的CETP mRNA抑制百分比表示。

表38

转基因小鼠中肝CETP mRNA表达的抑制百分比

处理	抑制%
		ISIS 349517	84
PBS	0

CETP蛋白的抑制

血浆CETP蛋白水平通过ELISA(Alpco)来测量。如示于表39，用ISIS 349517处理显著减少CETP蛋白水平。这些结果以相对于PBS对照的CETP蛋白抑制百分比表示。

表39

转基因小鼠中血浆CETP蛋白水平的抑制百分比

处理	抑制%
		ISIS 349517	96
PBS	0

CETP活性的抑制

CETP活性水平使用CETP活性测定试剂盒(Roar Biomedical Inc.，New York，NY)来测量。如示于表40，用ISIS 349517处理显著减少CETP活性。这些结果以相对于PBS对照的CETP蛋白抑制百分比表示。

表40

转基因小鼠中CETP活性的抑制百分比

胆固醇和甘油三酯水平

第6周时通过Bligh和Dyer的方法(Bligh,E.G.和Dyer,W.J.Can.J.Biochem.Physiol.37：911-917，1959)萃取血浆胆固醇并且用Olympus临床分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)测量。通过HPLC分别测量HDL和LDL胆固醇。借助于市售可得的甘油三酯试剂盒(DCL甘油三酯试剂；Diagnostic Chemicals Ltd.)测量甘油三酯水平。结果示于表41中并且以mg/dL表示。用ISIS 349517处理导致第3周时的HDL水平相比于PBS对照增加30%。

表41

转基因小鼠中的胆固醇和甘油三酯水平(mg/dL)

肝功能

为了评价ISIS 349517对肝功能的效应，使用自动临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)(Nyblom，H.等人，Alcohol& Alcoholism 39：336-339，2004；Tietz NW(编)：Clinical Guide toLaboratory Tests，第3版W.B.Saunders，Philadelphia，PA，1995)测量转氨酶血浆浓度。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆浓度并且结果示于表42中，以IU/L表示。用ISIS寡核苷酸或烟酸处理没有不利影响肝功能，因为在延长的寡核苷酸施用后转氨酶水平没有变化。

表42

转基因小鼠的转氨酶水平(IU/L)

实施例9：huCETP转基因小鼠模型中ISIS 349517对CETP的反义抑制的剂量响应效应

评价了不同剂量的ISIS寡核苷酸的功效和耐受性。

处理

三组接受皮下注射ISIS 349517，以1.5mg/kg/周、5mg/kg/周或15mg/kg/周的剂量持续6周。另一组接受皮下注射对照寡核苷酸ISIS141923，以50mg/kg/周的剂量持续6周。一组小鼠接受皮下注射PBS，持续6周。PBS注射组用作对照组，将处理组与其相比较。

CETP mRNA的抑制

最终剂量后24小时处死动物并且分离肝组织。分离肝RNA以用于CETP的实时PCR分析。引物探针组hCETP和hCETP2_LTS00182单独地用于测量CETP水平。如示于表43，用ISIS 349517处理以剂量依赖性方式减少CETP mRNA表达。两个引物探针组均产生类似的结果。将RNA表达水平标准化成鼠亲环蛋白。这些结果以相对于PBS对照的CETP mRNA抑制百分比表示。

表43

转基因小鼠中肝CETP mRNA表达的抑制百分比

对心血管病症中牵涉的基因的mRNA表达的抑制

分离肝RNA以用于实时PCR分析ABCA1、ApoAI和SR-B1。ATP-结合盒转运蛋白ABCA1(人转运蛋白亚家族ABCA的成员1)，也称为胆固醇外流调节蛋白(CERP)，是一种在人中被ABCA1基因编码的蛋白质(Luciani，M.F.等人，Genomics.1994.21：150-9)。这种转运蛋白是细胞胆固醇和磷脂体内稳态的主要调节子。载脂蛋白A-I是一种在人中被APOA1基因编码的蛋白质(Breslow，J.L.等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1982.79：6861-5)。载脂蛋白A-I是HDL在血浆中的主要蛋白组分。该蛋白促进胆固醇从组织外流到肝来分泌。清道夫受体B类I型(SR-BI)是在许多细胞类型/组织中发现的完整膜蛋白，包括肝和肾上腺(Acton，S.L.等人，J.Biol.Chem.1994.269：21003-21009)。其最为人所知的是在促进胆固醇酯从肝中的高密度脂蛋白的摄取中的作用。因此，所有三个基团在HDL调节中起作用。

引物探针组RTS1204(前向序列GGACTTGGTAGGACGGAACCT，在本文被称为SEQ ID NO：122，反向序列ATCCTCATCCTCGTCATTCAAAG，在本文被称为SEQ IDNO：123，探针序列AGGCCCAGACCTGTAAAGGCGAAGX，具有荧光团，在本文被称为SEQ ID NO：124)用于测量abca1水平。引物探针组RTS14737(前向序列ACTCTGGGTTCAACCGTTAGTCA，在本文被称为SEQ ID NO：125，反向序列TATCCCAGAAGTCCCGAGTCAA，在本文被称为SEQ ID NO：126，探针序列CTGCAGGAACGGCTGGGCCCX，具有荧光团，在本文被称为SEQ ID NO：127)用于测量apoA1水平。引物探针组mSRB-1(前向序列TGACAACGACACCGTGTCCT，在本文被称为SEQ ID NO：128，反向序列ATGCGACTTGTCAGGCTGG，在本文被称为SEQ IDNO：129，探针序列CGTGGAGAACCGCAGCCTCCATTX，具有荧光团，在本文被称为SEQ ID NO：130)用于测量sr-b1水平。结果作为相应的表达水平相比于PBS对照的增加或减少%示于表44中。两个引物探针组产生类似的结果。将RNA表达水平标准化成鼠亲环蛋白。用ISIS 349517处理导致ApoA1和SR-B1水平增加。

表44

ISIS寡核苷酸对转基因小鼠中肝mRNA表达的抑制百分比

CETP蛋白的抑制

血浆CETP蛋白水平通过ELISA(Alpco)来测量。这些结果以相对于PBS对照的CETP蛋白抑制百分比表示。如示于表45，用ISIS349517处理显著减少CETP蛋白水平。

表45

ISIS核苷酸对转基因小鼠中血浆CETP蛋白水平的抑制百分比

CETP活性的抑制

CETP活性水平使用CETP活性测定试剂盒(Roar Biomedical Inc.)来测量。如示于表46，以50mg/kg/周的最大剂量用ISIS 349517处理显著减少CETP活性77%。

表46

ISIS寡核苷酸对转基因小鼠中CETP活性的抑制百分比

胆固醇和甘油三酯水平

第6周时通过Bligh和Dyer的方法(Bligh,E.G.和Dyer,W.J.Can.J.Biochem.Physiol.37：911-917，1959)萃取血浆胆固醇并且用Olympus临床分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)测量。通过HPLC分别测量HDL和LDL胆固醇。借助于市售可得的甘油三酯试剂盒(DCL甘油三酯试剂；Diagnostic Chemicals Ltd.)测量甘油三酯水平。结果示于表47-51中并且以mg/dL表示。

表47

用ISIS寡核苷酸处理的转基因小鼠中的总胆固醇水平(mg/dL)

表48

用ISIS寡核苷酸处理的转基因小鼠中的HDL胆固醇水平(mg/dL)

表49

用ISIS寡核苷酸处理的转基因小鼠中相比于总胆固醇的HDL水平的变化%

表50

用ISIS寡核苷酸处理的转基因小鼠中的LDL胆固醇水平(mg/dL)

表51

用ISIS寡核苷酸处理的转基因小鼠中的甘油三酯水平(mg/dL)

肝功能

为了评价ISIS 349517对肝功能的效应，使用自动临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)(Nyblom，H.等人，Alcohol& Alcoholism 39：336-339，2004；Tietz NW(编)：Clinical Guide toLaboratory Tests，第3版W.B.Saunders，Philadelphia，PA，1995)测量转氨酶血浆浓度。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆浓度并且结果示于表52-53中，以IU/L表示。用ISIS寡核苷酸处理没有不利影响肝功能，因为在延长的寡核苷酸施用后转氨酶水平没有变化。

表52

用ISIS寡核苷酸处理的转基因小鼠的ALT水平(IU/L)

表53

用ISIS寡核苷酸处理的转基因小鼠的AST水平(IU/L)

葡萄糖水平

血浆葡萄糖值使用Beckman葡萄糖分析仪II(Beckman Coulter)通过葡萄糖氧化酶法(Lott，J.A.等人，Clin.Chem.21：1754-1760，1975)来测定。结果示于表54，以mg/dL表示。

表54

用ISIS寡核苷酸处理的转基因小鼠中的葡萄糖水平

实施例10：huCETP转基因LDL受体敲除小鼠模型中CETP的反义抑制的效应

在人CETP转基因小鼠中，胆固醇在血浆中的体积与HDL相关，并且在该模型中，由CETP从HDL转移至VLDL/LDL的胆固醇酯(CE)被LDL受体(LDLr)快速清除(Zhou，H.等人，Biochim Biophys.Acta.1761：14821488，2006)。用于该实施例的人CETP转基因、LDLr敲除小鼠模型是心血管疾病动物模型。在该模型中，LDL的清除由于缺少LDLr而延时，导致小鼠不能通过LDL途径清除CE(Plump，A.S.等人，Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol.19：1105-1110，1999)。这种人CETP转基因、LDLr敲除小鼠可有助于评估CETP反义抑制对HDL组成的效应，因为该模型具有促致动脉粥样硬化脂蛋白特征，其中大部分胆固醇存在于VLDL和LDL中。

处理

一组接受皮下注射ISIS 349517，以15mg/kg/周的剂量持续6周。另一组接受皮下注射对照寡核苷酸ISIS 141923，以15mg/kg/周的剂量持续6周。一组小鼠接受皮下注射PBS，持续6周。PBS注射组用作对照组，将处理组与其相比较。

在处理期结束时，采集血浆样品以用于进一步分析。

对HDL组成的效应

VLDL+IDL、LDL和HDL脂蛋白亚级分通过超离心法基于其相对密度来分离。将来自所有组(每组500μL)的混合的血浆样品加至2mL Beckman Quick-Seal离心管且用溴化钾(KBr)将密度调节至1.019g/mL。然后于4℃将样品在Beckman TL-100超速离心机中以100,000rpm旋转4小时。切下并收集含有VLDL+IDL亚级分的管的顶部。

将底部级分收集在新管中；将密度再调节至1.063g/ml并且在4℃以100,000rpm再旋转5小时以浓缩LDL亚级分。收集含有LDL亚级分的管的顶部。再一次，将底部级分放在新管中并且用KBr将密度接着调节至1.21g/ml以浓缩HDL亚级分。将管在4℃以100,000rpm旋转6小时。最终收集HDL亚级分。将所有脂蛋白亚级分在PBS中透析过夜以除去过量KBr。

然后使用来自Roche的酶测定(Basel，Switzerland)测定亚级分的总胆固醇和甘油三酯(TG)。使用来自Wako Chemicals USA的酶测定(Richmond，VA)测量磷脂(PL)和游离胆固醇(FC)。通过FisherScientific’s BCA测定(Pittsburgh，PA)测量蛋白(Pro)浓度。将胆固醇酯(CE)计算为(总胆固醇–游离胆固醇)x1.67(CE是胆固醇+脂肪酸，1.67调整考虑到脂肪酸将添加的质量的增加(Rudel LL等人，JCI 100(1)；74-83))。S/C比是表面组分(Pro、FC和PL)与核组分(CE和TG)的比率。

HDL级分中的每种组分的浓度(%)示于表55中。该数据显示对该小鼠模型中CETP的反义寡核苷酸抑制减少CETP介导的脂质从/至HDL颗粒的转移。转移至HDL的TG的减少导致HDL的TG组分从46%减至13%，使HDL颗粒变得更小且更致密。从HDL转移的CE的减少导致HDL的TG组分从17.4%增至38%。此外，S/C比增加，表明在对CETP的反义寡核苷酸后较小HDL的转移。因此，在该模型中，抑制CETP介导的TG至HDL的转移以及CE从HDL的转移导致形成更小的、更致密的且富含CE的HDL。

小鼠中在CETP抑制后形成的更小的、更致密、富含CE的HDL的总组分比对照小鼠中形成的大的、富含TG的HDL更类似于在正常健康人中发现的活性HDL颗粒(Childs，Kinzler和Vogelstein，TheMetabolic and Molecular Bases of Inherited Disease第8版，Vol 2，pg2707)。于对照组中发现的较大的、富含TG的HDL更类似于罹患高甘油三酯血症和代谢综合征的患者中发现的HDL(Deckelbaum RJATVB 4:3225-231)。来自罹患这些疾病的患者的HDL展示出下降的反向胆固醇转运的能力和减少的抗炎性和抗氧化能力(Brites等人.Archives of Medical Research 35(2004)235-240，Kontush，NatureClinical Practice 3:3144-153)。

因此，认为更小的、更致密的HDL、富含CE的HDL颗粒的形成指示活性HDL颗粒。增加的HDL活性促进胆固醇递送和胆固醇去除(Skeggs，J.W.和Morton，R.E.J.Lipid Res.43：1264-1274，2002)。

表55

CETP转基因LDLr-/-小鼠模型中CETP反义抑制对HDL组成的的效应

Claims

1.一种减少动物中的CETP表达的方法，其包括向所述动物施用包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸的化合物，其中在所述动物中的CETP表达减少。

2.一种减少动物中的CETP活性的方法，其包括向所述动物施用包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸的化合物，其中在所述动物中的CETP活性减少。

3.一种增加动物中的HDL水平或HDL活性的方法，其包括向所述动物施用包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸的化合物，其中在所述动物中的HDL水平或HDL活性增加。

4.一种减少动物中的LDL、TG或葡萄糖水平的方法，其包括向所述动物施用包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸的化合物，其中在所述动物中的LDL、TG或葡萄糖的水平减少。

5.一种减少动物中的LDL/HDL比例的方法，其包括向所述动物施用包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸的化合物，其中在所述动物中的LDL/HDL比例减少。

6.一种减轻动物中的代谢疾病或心血管疾病的方法，其包括向所述动物施用包含靶向于CETP的长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸的化合物，其中在所述动物中的所述代谢疾病或心血管疾病减轻。

7.权利要求6所述的方法，其中所述心血管疾病是动脉瘤、心绞痛、心律不齐、动脉粥样硬化、脑血管疾病、冠心病、高血压、血脂障碍、高脂血症或高胆固醇血症。

8.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述化合物由单链修饰的寡核苷酸组成。

9.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述动物是人。

10.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述化合物是第一活性剂，并且还包括施用第二活性剂。

11.权利要求10所述的方法，其中共施用所述第一活性剂和第二活性剂。

12.权利要求10中任一项所述的方法，其中所述第二活性剂是葡萄糖降低剂。

13.权利要求10所述的方法，其中所述第二活性剂是降LDL、TG或胆固醇治疗。

14.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中施用包含胃肠外施用。

15.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中以所述经修饰的寡核苷酸的整体为基准，测得所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：1-4中任一个至少90%互补。

16.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中以所述经修饰的寡核苷酸的整体为基准，测得所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：1-4中任一个至少95%互补。

17.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中以所述经修饰的寡核苷酸的整体为基准，测得所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：1-4中任一个至少100%互补。

18.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键合是经修饰的核苷间键合。

19.权利要求18所述的方法，其中每个核苷间键合是硫代磷酸酯核苷间键合。

20.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含经修饰的糖。

21.权利要求20所述的方法，其包含至少一个经四氢吡喃修饰的核苷，其中四氢吡喃环代替呋喃糖环。

22.权利要求21所述的方法，其中所述至少一个经四氢吡喃修饰的核苷中的每一个具有以下结构：

其中Bx是任选保护的杂环碱基部分。

23.权利要求20所述的方法，其中至少一种经修饰的糖是双环糖。

24.权利要求20所述的方法，其中至少一种经修饰的糖包含2’-O-甲氧基乙基或4’-(CH₂)_n-O-2’桥，其中n是1或2。

25.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中经修饰的寡核苷酸的至少一个核苷包含经修饰的核碱基。

26.权利要求25所述的方法，其中所述经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。

27.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成。

28.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：

由连接脱氧核苷组成的缺口区段；

由连接核苷组成的5’翼区段；

由连接核苷组成的3’翼区段；

其中所述缺口区段位于5’翼区段与3'翼区段之间并且每个翼区段中的每个核苷包含经修饰的糖。

29.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成，具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO：1-4中任一个的等长部分互补的至少8个连续核碱基，并且包含：

由10个连接脱氧核苷组成的缺口区段；

由5个连接核苷组成的5’翼区段；

由5个连接核苷组成的3’翼区段；

其中所述缺口区段位于5’翼区段与3’翼区段之间，其中每个翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖，其中每个核苷间键合是硫代磷酸酯键合，并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。

30.一种用于治疗患有代谢疾病或心血管疾病的动物的方法，其包括

a.鉴定患有代谢疾病或心血管疾病的所述动物，

b.向所述动物施用治疗有效量的包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成并且以经修饰的寡核苷酸的整体为基准，测得其具有的核碱基序列与SEQ ID NO：1-4中任一个至少90%互补。

其中患有代谢疾病或心血管疾病的所述动物被治疗。

31.权利要求1、2、3、4、5、6或40所述的方法，其中向所述动物施用所述化合物减少所述动物中的代谢疾病或心血管疾病。

32.权利要求31的方法，其中所述代谢疾病或心血管疾病是肥胖症、糖尿病、动脉粥样硬化、血脂障碍、冠心病、非酒精性脂肪肝疾病(NAFLD)、高脂肪酸血症、代谢综合征或其组合。

33.权利要求3所述的方法，其中所述HDL水平和/或HDL活性增加至少5%、10%、20%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。

34.化合物用于减少动物中的CETP水平或活性的用途，其中所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP。

35.化合物用于增加动物中的HDL水平和/或HDL活性的用途，其中所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP。

36.化合物用于减少动物中的LDL、TG或葡萄糖水平的用途，其中所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP。

37.化合物治疗动物中的代谢疾病或心血管疾病的用途，其中所述化合物包含长度为10至30个连接核苷的经修饰的寡核苷酸，其靶向于如SEQ ID NO：1-4中任一个所示的CETP。

38.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，其由10至30个连接核苷组成并且具有的核碱基序列包含SEQ ID NO：41-114中任一个的至少8个连续核碱基。

39.权利要求38所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：1-4中任一个至少95%互补。

40.权利要求38所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：1-4中任一个至少100%互补。

41.权利要求38所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸是单链。

42.权利要求38所述的化合物，其中至少一个核苷间键合是经修饰的核苷间键合。

43.权利要求42所述的化合物，其中每个核苷间键合是硫代磷酸酯核苷间键合。

44.权利要求38所述的化合物，其中至少一个核苷包含经修饰的糖。

45.权利要求44所述的化合物，其包含至少一个经四氢吡喃修饰的核苷，其中四氢吡喃环代替呋喃糖环。

46.权利要求45所述的化合物，其中所述至少一个经四氢吡喃修饰的核苷中的每一个具有以下结构：

其中Bx是任选保护的杂环碱基部分。

47.权利要求44所述的化合物，其中至少一种经修饰的糖是双环糖。

48.权利要求44所述的化合物，其中至少一种经修饰的糖包含2’-O-甲氧基乙基或4’-(CH₂)_n-O-2’桥，其中n是1或2。

49.权利要求38所述的化合物，其中至少一个核苷包含经修饰的核碱基。

50.权利要求49所述的化合物，其中所述经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。

51.权利要求38所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：

由连接脱氧核苷组成的缺口区段；

由连接核苷组成的5’翼区段；

由连接核苷组成的3’翼区段；

其中所述缺口区段位于5’翼区段与3’翼区段之间，并且其中每个翼区段的每个核苷包含经修饰的糖。

52.权利要求38所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成并且包含：

由10个连接脱氧核苷组成的缺口区段；

由5个连接核苷组成的5’翼区段；

由5个连接核苷组成的3’翼区段；

其中所述缺口区段位于5’翼区段与3’翼区段之间，其中每个翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖，其中每个核苷间键合是硫代磷酸酯键合且其中每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。

53.权利要求38所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成。

54.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，所述经修饰的寡核苷酸由20个连接核苷组成并且具有的核碱基序列包含与SEQ ID NO：1-4中任一个的等长部分互补的至少8个连续核碱基，其中所述经修饰的寡核苷酸包含：

由10个连接脱氧核苷组成的缺口区段；

由5个连接核苷组成的5’翼区段；

由5个连接核苷组成的3’翼区段；

55.权利要求38或54中任一项所述的化合物用于增加动物中的HDL水平和/或HDL活性的用途。

56.权利要求38或54中任一项所述的化合物用于治疗动物中的代谢疾病或心血管疾病的用途。