CN102634533A - 诺如病毒核酸标准样品的制备方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开一种诺如病毒核酸标准样品的制备方法,其特征在于按如下步骤进行:提取诺如病毒RNA;RT-PCR反应;目标基因的纯化;目的片段的连接转化;回收质粒;体外转录。本发明不仅制备过程省时省力,而且所制备的诺如病毒核酸标准样品稳定性高、均匀性好,可以为诺如病毒检测研究、医药研究、应用研究等提供标准样品,以实现不同实验室结果的比对,从而保证实验室的质量控制。
Description
技术领域
本发明涉及一种病毒核酸标准样品的制备方法,尤其是一种省时省力、稳定性高、均匀性好的诺如病毒核酸标准样品的制备方法。
背景技术
诺如病毒(Norovirus,NV),属杯状病毒科、沃克病毒属的小圆状结构病毒,呈2O面体对称,无包膜,电镜下缺乏显著的形态特征,与动物嵌杯病毒不同的是没有明显的嵌杯凹陷或表面孔洞,在氯化铯(CsCl)中的浮密度为1.38~1.41 g/cm。对各种理化因子的抵抗力较强,耐乙醚、酸及热,100℃ 30分钟不能完全灭活。
诺如病毒在病毒引起的肠道传染病中属常见的致病源,它已成为非细菌性肠胃炎的最主要致病源。该病毒传染性极强,容易引起暴发流行,若治疗不及时或治疗方法不正确,轻者影响人体的生长发育,严重者可导致脱水死亡。近年来,该病毒引起的病例有上升的趋势,对该病的诊断控制尤为重要,但由于诺如病毒不能体外繁殖、无动物模型、不能用组织培养法或动物实验进行分离检测等,阻碍了对该病的病原学、致病机理、诊断方法的研究和防治措施的制订。
由于该病毒不但具有上述的特殊性,而且该病毒属于RNA病毒,其RNA极其容易被降解,各自实验室提取RNA病毒,不但费时费力,而且很难保持其稳定性和均匀性,难以保证实验室的质量控制。
发明内容
本发明是为了解决现有技术所存在的上述技术问题,提供一种省时省力、稳定性高、均匀性好的诺如病毒核酸标准样品的制备方法。
本发明的技术解决方案是:一种诺如病毒核酸标准样品的制备方法,其特征在于按如下步骤进行:
a. 提取诺如病毒RNA
在离心管中加入Trizol裂解液1000μl、感染诺如病毒粪便200μl、加入氯仿200μl震荡混匀,10 000 g离心15min;吸取上清液500μl加入到500μl异丙醇中,反复颠倒混匀,10 000 g离心15min;弃去上清后,倒置于吸水纸上,沾干液体,加入75%的酒精1000μl,颠倒洗涤,10 000 g离心10min;再弃去上清后,倒置于吸水纸上,沾干液体;4 000g离心10sec,用吸干管底的液体,室温干燥3 min;加入11.5μl的DEPC水,溶解管内的RNA,2 000g离心5sec,4℃保存,做为模板备用;
b. RT-PCR反应
b-1. 反转录体系
5×M-MLV Buffer 4μl,dNTPs(各2.5mmol/L)2μl,M-MLV(5U/μl)1μl,RNA酶抑制剂0.5μl,反转录游引物(20pmol/μL)1μl,a步骤所得RNA模板11.5μl;所述反转录游引物是5’-TCATTCGACGCCATCTTCATT-3’;
b-2. 反转录条件
42℃水浴1h~2h;
b-3. PCR扩增反应体系
10×PCR Buffer(含Mg2+)2.5μl,dNTPs(各2.5mmol/L)0.5μl,Taq DNA聚合酶(5U/μL)1μl,上游引物、下游引物(20pmol/μl)各1μl,b-2的反转录产物0.5μl,用无菌水补充至25μl;
所述上游引物是5’-TCATTCGACGCCATCTTCATT-3’;
所述下游引物是5’-TCACTATGATGCTGATTACTC-3’;
b-4. PCR扩增条件:94℃预变性3min;94℃变性1min,53℃退火1min,72℃延伸1.5min,30个循环;72℃ 5min;4℃保存;
c. 目标基因的纯化
采用TaKaRa Agarose Gel DNA Purification Kit Ver.2.0试剂盒,回收目标分子DNA片段;
d. 目的片段的连接转化
d-1连接体系
c步骤所得到的纯化的目的片段4μl,2×Rapid ligation buffer 5μl,PGEM-T载体0.5μl,T4 DNA Ligase 0.5μl,室温连接1h;
d-2 转化
将上一步骤的连接产物加入到感受态细胞中,轻轻混匀,冰浴20min,42℃热应激1min,冰浴2min,加入800μl SOC培养基,150g摇菌1.5h,1 000g离心10min,弃去培养液,加入新鲜的SOC培养基200μl,混匀后涂在含有Amp+的LB平板上,风干后,37℃倒置培养12h~110h;
d-3 阳性克隆的筛选
挑取单克隆菌进行培养,用PCR方法进行阳性克隆的筛选,PCR体系及反应条件如b-3、b-4;
e. 回收质粒;
f.体外转录
将e步骤所得质粒用SalI进行单酶切,反应体系为:10×H Buffer 5μl,SalI 1μl,质粒 10μl,双蒸水 34μl;37℃2h,用Omega回收试剂盒回收线性化质粒;转录反应体系为:10×T7 RNA polymerase buffer 5μl,DTT 5μl,NTP 10μl,Rnasin 1μl,线性化质粒5μl,T7 RNApolymerase 1μl,DEPC处理水28μl;37℃2h,然后再加入10U DnaseI 2μl,37℃,30min。
本发明不仅制备过程省时省力,而且所制备的诺如病毒核酸标准样品稳定性高、均匀性好,可以为诺如病毒检测研究、医药研究、应用研究等提供标准样品,以实现不同实验室结果的比对,从而保证实验室的质量控制。
附图说明
图1是本发明实施例诺如病毒聚合酶基因的RT-PCR扩增电泳图。
图2是本发明实施例诺如病毒聚合酶基因系统发育树。
具体实施方式
a. 提取诺如病毒RNA在离心管中加入Trizol裂解液1000μl、人感染诺如病毒粪便200μl(购于中国疾病预防控制中心)、同时设阳性对照、阴性对照。加入氯仿200μl震荡混匀,10 000 g离心15min;吸取上清液500μl加入到500μl异丙醇中,反复颠倒混匀,10 000 g离心15min;弃去上清后,倒置于吸水纸上,沾干液体,加入75%的酒精1000μl,颠倒洗涤,10 000 g离心10min;再轻轻弃去上清后,倒置于吸水纸上,沾干液体;4 000g离心10sec,用微量加样器吸干管底的液体,室温干燥3 min;加入11.5μl的DEPC水,轻轻混匀,溶解管内的RNA,2 000g离心5sec,4℃保存,做为模板备用;
b. RT-PCR反应
b-1. 反转录体系
5×M-MLV Buffer 4μl,dNTPs(各2.5mmol/L)2μl,M-MLV(5U/μl)1μl,RNA酶抑制剂0.5μl,反转录游引物(20pmol/μL)1μl,a步骤所得RNA模板11.5μl;所述反转录游引物是5’-TCATTCGACGCCATCTTCATT-3’;
b-2. 反转录条件
42℃水浴1h~2h;
b-3. PCR扩增反应体系
10×PCR Buffer(含Mg2+)2.5μl,dNTPs(各2.5mmol/L)0.5μl,Taq DNA聚合酶(5U/μL)1μl,上游引物、下游引物(20pmol/μl)各1μl,b-2的反转录产物0.5μl,用无菌水补充至25μl;
所述上游引物是5’-TCATTCGACGCCATCTTCATT-3’;
所述下游引物是5’-TCACTATGATGCTGATTACTC-3’;
上述引物均为人工合成;
b-4. PCR扩增条件:94℃预变性3min;94℃变性1min,53℃退火1min,72℃延伸1.5min,30个循环;72℃ 5min;4℃保存;
PCR电泳结果如图1所示:图中出现明显目的条带,M为DL2 000 Marker;1为诺如病毒聚合酶基因;2为阴性对照;
c. 目标基因的纯化
采用TaKaRa Agarose Gel DNA Purification Kit Ver.2.0试剂盒(货号DV805A),并按其操作说明回收目标分子DNA片段;
d. 目的片段的连接转化
d-1连接体系
c步骤所得到的纯化的目的片段4μl,2×Rapid ligation buffer 5μl,PGEM-T载体0.5μl,T4 DNA Ligase 0.5μl,室温连接1h;
d-2 转化
将上一步骤的连接产物加入到感受态细胞(购于大连宝生物公司)中,轻轻用移液器混匀,冰浴20min,42℃热应激1min,冰浴2min,加入800μl SOC培养基,150g摇菌1.5h,1 000g离心10min,弃去培养液,加入新鲜的SOC培养基200μl,混匀后涂在含有Amp+的LB平板上,风干后,37℃倒置培养12h~110h;
d-3 阳性克隆的筛选
挑取单克隆菌进行培养,用PCR方法进行阳性克隆的筛选,PCR体系及反应条件如b-3、b-4;
e. 回收质粒;
应用Omega公司质粒回收试剂盒回收质粒;
f.体外转录
将e步骤所得质粒用SalI进行单酶切,反应体系为:10×H Buffer 5μl,SalI 1μl,质粒 10μl,双蒸水 34μl;37℃2h,用Omega回收试剂盒回收线性化质粒;转录按照宝生物公司体外转录试剂盒说明书进行。反应体系为:10× T7 RNA polymerase buffer 5μl,DTT 5μl,NTP 10μl,Rnasin 1μl,线性化质粒5μl,T7 RNApolymerase 1μl,DEPC处理水28μl;37℃2h,然后再加入10U DnaseI 2μl,37℃,30min。
将e步骤所回收的质粒通过宝生物公司ABI 3730进行测序。结果如下
TCACTATGATGCTGATTACTCCCGGTGGGACTCAACACAACAAAGAGCCGTGTTAGCAGCGGCTTTAGAAATCATGGTCAAGTTCTCCCCAGAGCCGCATCTGGCCCAAAAGGTTGCAGAAGACCTTCTTTCTCCCAGTGTGATGGACGTGGGTGATTTTAAAATATCAATCAATGAGGGTCTCCCCTCCGGGGTGCCCTGCACCTCCCAATGGAATTCCATCGCCCACTGGCTCCTCACTCTATGTGCACTCTCTGAGGTTACAAACCTGTCCCCTGACATTATCCAGGCCAACTCTCTCTTTTCTTTCTACGGTGATGATGAAATTGTGAGCACAGACATAAAATTGGACCCAGAAAAGCTGACAGCAAAACTCAAGGAATACGGGTTGAAACCGACCCGCCCTGACAAGACTGAGGGACCCCTTGTTATCTCTGAAGACCTGGATGGCCTAACCTTCCTGCGGAGGACCGTGACCCGCGACCCAGCAGGCTGGTTTGGAAAGTTGGAACAGAGTTCAATACTCAGACAAATGTATTGGACTAGGGGCCCCAACCATGAAGACCCATCTGAAACAATGATACCACACTCCCAGAGGCCCATACAATTGATGTCTTTGCTGGGTGAGGCCGCACTCCACGGCCCAGCATTCTACAGCAAAATCAGCAAACTGGTCATTGCAGAGTTGAAGGAAGGTGGCATGGATTTTTACGTGCCAAGACAAGAGCCAATGTTCAGATGGATGAGATTCTCGGATCTGAGCACGTGGGAGGGCGATCGCAATCTGGCTCCCAGTTTTGTGAATGAAGATGGCGTCGAATGA
本发明扩增了诺如病毒聚合酶基因的部分片段,全长823bp,将本发明毒株聚合酶基因序列提交NCBI数据库进行核苷酸序列相似性检索,结果表明该毒株序列与GII-4基因群序列核苷酸相似性最高。见表1。
表1诺如病毒聚合酶基因核苷酸序列blast结果
注册号 | 毒株名称 | 核苷酸序列相似性 |
AB2947810.1 | Hu/GII-4/Funabashi/0501001/2005/JP | 99% |
AB294787.1 | Hu/GII-4/Ichikawa/050701/2005/JP | 99% |
AB294782.1 | Hu/GII-4/Chiba/040974/2004/JP | 99% |
AB220925.1 | Hu/Chiba/04-974/2004/JP | 99% |
AB220923.1 | Hu/Ehime/05-30/2005/JP | 99% |
AB294791.1 | Hu/GII-4/Inba/0101099/20010/JP | 99% |
AB447448.1 | Hu/GII-4/Sakai2/20010/JP | 98% |
AB220921.1 | Hu/Chiba/04-1050/2005/JP | 98% |
AB220922.1 | Hu/Sakai/04-179/2005/JP | 99% |
EU187437.1 | Hu/5017.34/2003/JPN | 98% |
经Philip软件绘制进化树,如图2,结果表明本发明毒株与Hu/GII-4/Inba/0101099/20010/JP 的亲缘关系最近,由同一毒株衍化而来,与其他毒株的亲缘关系较远。
均匀性和稳定性检验:
均匀性检验结果:
取本发明实施例制备的诺如病毒核酸标准样品,随机分成A、B两组,每组分别为2×15个样品,采用病毒半数感染量的检测方法,在重复条件测试2×15份样品A和2×15份样品B的病毒的半数感染量。结果数据用单因素方差分析进行统计处理,统计步骤及结果见表2、表3、表4。
表2 样品A均匀性试验结果表
表3 样品B均匀性试验结果表
表4 样品均匀性检验
稳定性试验结果
采用两种类型的稳定性试验:一种是在贮存温度(-20℃)下的稳定性试验,随机取本发明实施例标准样品24份,分成A、B两组,每个月同一天A、B两组各检测1份,共计12个月,另一种是在较高的温度(模拟样品的运输条件4℃)下的稳定性试验,随机取本发明实施例标准样品14份,每1天检测2份共计7天测试结果见下表5、表6。
表5 稳定性检验实验(-20℃)
表6 稳定性检验实验(4℃)结果
定值方法
随机选10个本发明制备的诺如病毒核酸标准样品,用SN/T 1635-2005中“贝类中诺沃克病毒检测方法普通RT-PCR方法和实时荧光RT-PCR方法” 所示进行定值试验,结果完全一致,均为诺如病毒核酸阳性。
本诺如病毒核酸标准样品经中国检验检疫科学研究院、山东检验检疫局、珠海检验检疫局、山西检验检疫局、大连疾病预防控制中心协作试验定值结果统计见表7。
表7 协作试验定值结果表
应用SN/T 1635-2005规定的方法对本标准样品的定值实验结果均为诺如病毒核酸阳性。
序列表
<110> 大连民族学院
<120> 诺如病毒核酸标准样品的制备方法
<160> 4
<210> 1
<211> 823
<212> DNA
<213> 诺如病毒(NOROVIRUS)
<400> 1
TCACTATGATGCTGATTACTCCCGGTGGGACTCAACACAACAAAGAGCCGTGTTAGCAGCGGCTTTAGAAATCATGGTCAAGTTCTCCCCAGAGCCGCATCTGGCCCAAAAGGTTGCAGAAGACCTTCTTTCTCCCAGTGTGATGGACGTGGGTGATTTTAAAATATCAATCAATGAGGGTCTCCCCTCCGGGGTGCCCTGCACCTCCCAATGGAATTCCATCGCCCACTGGCTCCTCACTCTATGTGCACTCTCTGAGGTTACAAACCTGTCCCCTGACATTATCCAGGCCAACTCTCTCTTTTCTTTCTACGGTGATGATGAAATTGTGAGCACAGACATAAAATTGGACCCAGAAAAGCTGACAGCAAAACTCAAGGAATACGGGTTGAAACCGACCCGCCCTGACAAGACTGAGGGACCCCTTGTTATCTCTGAAGACCTGGATGGCCTAACCTTCCTGCGGAGGACCGTGACCCGCGACCCAGCAGGCTGGTTTGGAAAGTTGGAACAGAGTTCAATACTCAGACAAATGTATTGGACTAGGGGCCCCAACCATGAAGACCCATCTGAAACAATGATACCACACTCCCAGAGGCCCATACAATTGATGTCTTTGCTGGGTGAGGCCGCACTCCACGGCCCAGCATTCTACAGCAAAATCAGCAAACTGGTCATTGCAGAGTTGAAGGAAGGTGGCATGGATTTTTACGTGCCAAGACAAGAGCCAATGTTCAGATGGATGAGATTCTCGGATCTGAGCACGTGGGAGGGCGATCGCAATCTGGCTCCCAGTTTTGTGAATGAAGATGGCGTCGAATGA
<210> 2
<211>21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc feature
<223> 引物
<400>2
TCATTCGACGCCATCTTCATT
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc feature
<223> 引物
<400> 3
TCATTCGACGCCATCTTCATT
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc feature
<223> 引物
<400> 4
TCACTATGATGCTGATTACTC
Claims (1)
1.一种诺如病毒核酸标准样品的制备方法,其特征在于按如下步骤进行:
a. 提取诺如病毒RNA
在离心管中加入Trizol裂解液1000μl、感染诺如病毒粪便200μl、加入氯仿200μl震荡混匀,10 000 g离心15min;吸取上清液500μl加入到500μl异丙醇中,反复颠倒混匀,10 000 g离心15min;弃去上清后,倒置于吸水纸上,沾干液体,加入75%的酒精1000μl,颠倒洗涤,10 000 g离心10min;再弃去上清后,倒置于吸水纸上,沾干液体;4 000g离心10sec,用吸干管底的液体,室温干燥3 min;加入11.5μl的DEPC水,溶解管内的RNA,2 000g离心5sec,4℃保存,做为模板备用;
b. RT-PCR反应
b-1. 反转录体系
5×M-MLV Buffer 4μl,dNTPs(各2.5mmol/L)2μl,M-MLV(5U/μl)1μl,RNA酶抑制剂0.5μl,反转录游引物(20pmol/μL)1μl,a步骤所得RNA模板11.5μl;所述反转录游引物是5’-TCATTCGACGCCATCTTCATT-3’;
b-2. 反转录条件
42℃水浴1h~2h;
b-3. PCR扩增反应体系
10×PCR Buffer(含Mg2+)2.5μl,dNTPs(各2.5mmol/L)0.5μl,Taq DNA聚合酶(5U/μL)1μl,上游引物、下游引物(20pmol/μl)各1μl,b-2的反转录产物0.5μl,用无菌水补充至25μl;
所述上游引物是5’-TCATTCGACGCCATCTTCATT-3’;
所述下游引物是5’-TCACTATGATGCTGATTACTC-3’;
b-4. PCR扩增条件:94℃预变性3min;94℃变性1min,53℃退火1min,72℃延伸1.5min,30个循环;72℃ 5min;
c. 目标基因的纯化
采用TaKaRa Agarose Gel DNA Purification Kit Ver.2.0试剂盒,回收目标分子DNA片段;
d. 目的片段的连接转化
d-1连接体系
c步骤所得到的纯化的目的片段4μl,2×Rapid ligation buffer 5μl,PGEM-T载体0.5μl,T4 DNA Ligase 0.5μl,室温连接1h;
d-2 转化
将上一步骤的连接产物加入到感受态细胞中,轻轻混匀,冰浴20min,42℃热应激1min,冰浴2min,加入800μl SOC培养基,150g摇菌1.5h,1 000g离心10min,弃去培养液,加入新鲜的SOC培养基200μl,混匀后涂在含有Amp+的LB平板上,风干后,37℃倒置培养12h~110h;
d-3 阳性克隆的筛选
挑取单克隆菌进行培养,用PCR方法进行阳性克隆的筛选,PCR体系及反应条件如b-3、b-4;
e. 回收质粒;
f. 体外转录
将e步骤所得质粒用SalI进行单酶切,反应体系为:10×H Buffer 5μl,SalI 1μl,质粒 10μl,双蒸水 34μl;37℃2h,用Omega回收试剂盒回收线性化质粒;转录反应体系为:10× T7 RNA polymerase buffer 5μl,DTT 5μl,NTP 10μl,Rnasin 1μl,线性化质粒5μl,T7 RNApolymerase 1μl,DEPC处理水28μl;37℃2h,然后再加入10U DnaseI 2μl,37℃,30min。
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CN (1) | CN102634533A (zh) |
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2012
- 2012-03-27 CN CN2012100827602A patent/CN102634533A/zh active Pending
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Non-Patent Citations (1)
Title |
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杜雄伟等: "诺如病毒聚合酶基因的扩增及其遗传变异研究", 《中国病原生物学杂志》, vol. 6, no. 10, 31 October 2011 (2011-10-31) * |
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CN103031386B (zh) * | 2012-12-10 | 2014-01-08 | 浙江大学 | 一种检测人杯状病毒的三重荧光定量rt-pcr试剂盒 |
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Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20120815 |