CN101916325A

CN101916325A - 系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型及构建方法

Info

Publication number: CN101916325A
Application number: CN 201010223122
Authority: CN
Inventors: 戴勇; 王林纤
Original assignee: Individual
Current assignee: Individual
Priority date: 2010-06-30
Filing date: 2010-06-30
Publication date: 2010-12-15
Anticipated expiration: 2030-06-30
Also published as: CN101916325B

Abstract

本发明涉及一种系统性红斑狼疮(SLE)阶段性蛋白表达差异图谱模型，通过比较SLE活动期和稳定期病人与正常人或类风湿性关节炎病人蛋白组学的差异，获得系统性红斑狼疮的阶段性蛋白表达差异图谱，对SLE的临床诊断及病情了解具有重要的意义。此外，本发明还涉及一种系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，采用相对和绝对定量的等量异位标签(iTRAQ)多重标记串联质谱技术，可有效地对人外周血单个核细胞蛋白进行鉴定和相对定量；采用该技术获得了SLE病人外周血单个核细胞的阶段性蛋白表达差异图谱模型，有助于进一步阐明SLE的发病机理，为SLE的诊断和治疗提供新途径。

Description

系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型及构建方法

【技术领域】

本发明涉及蛋白组学技术领域，尤其涉及一种系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型及其构建方法。

【背景技术】

系统性红斑狼疮(Systemic lupus erythematosus，SLE)是一种累及全身多个系统，复发和缓解交替出现的自身免疫性疾病，男女在各年龄阶段均可发病，但首次发病以40岁以下的年轻女性为主。该病的病程长，结果不可预知，任何器官都可受损。常见的临床症状包括疲乏、发热、关节炎等等；尽管近些年SLE患者的治疗、预后和长期存活已得到明显改善，SLE的发病率和死亡率仍然较高，大多数病人随着病程的延长会出现明显的器官受损和功能受限，严重者可出现包括肾、肺、心脏、脑等多器官的病理损害。同时，由于病理损害所致的相应器官功能受限，影响患者的日常生活和工作，甚至丧失工作能力，在加重患者及其家人的生活负担及心理负担的同时，进一步加重了社会负担。

SLE的致病机制尚未完全阐明，涉及遗传、T/B细胞调节性功能缺陷、感染、激素、环境因素等多种内在因素和外部因素的复杂作用。其中，淋巴细胞异常凋亡及活化、Th1和Th2调节失衡，淋巴细胞分泌功能及其免疫通路异常等被认为在SLE的致病中发挥了非常重要的作用。另一方面，由于SLE临床表现复杂，SLE的早期和准确诊断仍然是困扰临床医生的一大难题。传统的实验室诊断方法包括抗核抗体的检查等无论是特异性还是敏感性都不能有效地满足临床需求，也没有发现能较好地反应SLE疾病活动情况的标志物来监测SLE的疾病进程。

【发明内容】

基于此，有必要提供一种系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型，以用于研究SLE的发病机理，为SLE的诊断和治疗提供新途径。

此外，还有必要提供一种系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法。

一种系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型，包括：

系统性红斑狼疮稳定组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00908723、IPI00873029、IPI00910473的表达上调蛋白和分类号为IPI00219420、IPI00027462、IPI00007047、IPI00218131、IPI00019038、IPI00917714的表达下调蛋白构成；

系统性红斑狼疮活动组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00908723、IPI00743870、IPI00940952、IPI00291764、IPI00027409、IPI00299024、IPI00017526、IPI00005721、IPI00168213、IPI00942787、IPI00784258、IPI00006988、IPI00873029、IPI00419722、IPI00930596、IPI00217465、IPI00910615、IPI00926799、IPI00795501、IPI00910473的表达上调蛋白和分类号为IPI00917714、IPI00552225、IPI00941907、IPI00220278、IPI00289944、IPI00018931、IPI00917401、IPI00339385、IPI00940950、IPI00640525、IPI00219097、IPI00009904、IPI00645646、IPI00011770、IPI00012269的表达下调蛋白构成；

系统性红斑狼疮稳定组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00856098、IPI00872028、IPI00797175、IPI00873029、IPI00908723、IPI00420108、IPI00646486、IPI00930363、IPI00909717、IPI00921274、IPI00021855的表达上调蛋白和分类号为IPI00219420、IPI00941854、IPI00289944、IPI00006988、IPI00917714、IPI00026627、IPI00930688、IPI00878066的表达下调蛋白构成；

系统性红斑狼疮活动组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00908723、IPI00797175、IPI00784258、IPI00873029、IPI00816779、IPI00743870、IPI00921274、IPI00291764、IPI00479191、IPI00872028、IPI00027409、IPI00217465、IPI00218131的表达上调蛋白和分类号为IPI00917714、IPI00289944、IPI00220278、IPI00930688、IPI00552225、IPI00941907、IPI00472138、IPI00339385、IPI00940950、IPI00917064、IPI00022445、IPI00220739、IPI00938244、IPI00645646、IPI00640525、IPI00021766、IPI00011770、IPI00791367、IPI00937584、IPI00940441的表达下调蛋白构成；

以及系统性红斑狼疮活动组与系统性红斑狼疮稳定组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00219420、IPI00291764、IPI00006988、IPI00941854、IPI00017526、IPI00026627、IPI00784258、IPI00743870、IPI00027409、IPI00643623、IPI00218131、IPI00942787、IPI00005721、IPI00292532、IPI00299024、IPI00941961、IPI00910615的表达上调蛋白和分类号为IPI00856098、IPI00220278、IPI00009904、IPI00420108、IPI00552225、IPI00930363、IPI00941907、IPI00012269、IPI00220739、IPI00646486、IPI00640525、IPI00339385、IPI00917714的表达下调蛋白构成；

其中，各分类号为International Protein Index human V 3.62蛋白数据库中的蛋白分类号。

优选的，蛋白表达差异图谱由相对和绝对定量的等量异位标签多重标记的外周血单个核细胞全组蛋白，经串联质谱分析仪系统检测蛋白波谱，再经过软件统计进行报告离子的相对定量分析得到。

优选的，软件为ProteinPilot^TM 3.0 Software。

优选的，在相对定量分析中，采用质荷比114、115、116、117报告离子峰积分面积，以质荷比114的报告离子峰为对照，按115∶114、116∶114、117∶114的比值，选择比值大于等于2或比值小于等于0.5的结果进行报告，其中，比值大于等于2为蛋白表达上调，比值小于等于0.5为蛋白表达下调。

一种如权利要求1的系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，包括如下步骤：分别采集系统性红斑狼疮稳定组、系统性红斑狼疮活动组、健康对照组、类风湿性关节炎对照组的外周血单个核细胞标本；分别对各外周血单个核细胞标本进行细胞总蛋白抽提和蛋白浓度测定；将细胞总蛋白经胰蛋白酶消化后，用相对和绝对定量的等量异位标签标记，得到相对和绝对定量的等量异位标签多重标记的多肽；将多肽经强阳离子交换和反相液相色谱分离，再进行串联质谱鉴定和相对定量分析，得到上述系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型。

优选的，串联质谱鉴定过程中，采用一级质谱激光激发800次，在阳离子模式下用反射模式进行检测，选择信噪比大于40的母离子进行二级质谱分析，采用二级质谱激光激发1600次，碰撞能量为1kV，碰撞诱导解离小室内的氮气压力维持在2.0×10^-4Pa。

优选的，相对定量分析使用的软件为ProteinPilot^TM 3.0 Software。

优选的，相对定量分析过程中设定蛋白置信度大于95％或ProtScore大于1.3。

优选的，在相对定量分析过程中，采用质荷比114、115、116、117报告离子峰积分面积，以质荷比114的报告离子峰为对照，按115∶114、116∶114、117∶114的比值，选择比值大于等于2或比值小于等于0.5的结果进行报告，其中，选取报告离子的峰面积分面积比值大于等于2为蛋白表达上调，比值小于等于0.5为蛋白表达下调。

优选的，分别根据报告，选取得到系统性红斑狼疮稳定组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮活动组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮稳定组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮活动组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱以及系统性红斑狼疮活动组与系统性红斑狼疮稳定组的阶段性蛋白表达差异图谱，构建成为系统性红斑狼疮的阶段性蛋白表达差异图谱模型。

上述得到的SLE阶段性蛋白表达差异图谱模型，可用于SLE的后续分析，对这些信息进一步进行验证分析和研究将有助于SLE的原理分析，有助于揭示SLE的致病机制和疾病进程，对于SLE临床诊断及病情了解具有重要的意义，并为从蛋白质组学的角度探讨SLE的发病机制及早期诊断提供新思路和新依据。

相对和绝对定量的等量异位标签(isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ)多重标记串联质谱技术可有效地对人外周血单个核细胞蛋白进行鉴定和相对定量；采用该技术获得了SLE病人外周血单个核细胞的阶段性蛋白表达差异图谱模型；深入研究这些蛋白的分子机制将有助于进一步阐明SLE的发病机理，为SLE的诊断和治疗提供新途径。

上述的系统性红斑狼疮的阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，设计合理可行，能够有效地协助建立上述系统性红斑狼疮的阶段性蛋白表达差异图谱模型，获取作为中间结果的SLE相关信息。

【附图说明】

图1为系统性红斑狼疮的阶段性蛋白表达差异图谱构建流程图。

【具体实施方式】

比较蛋白质组学是当今蛋白质组学研究的一个重要领域，比较不同生理和病理状态下细胞内蛋白质的表达差异，对于揭示生物系统复杂的生理和病理过程具有十分重要的意义。近年来，为满足定量蛋白质组学研究的需要，基于高度敏感性和精确性的串联质谱分析进行蛋白质定量的相关标记技术发展迅速，iTRAQ标记串联质谱技术是这些新进展中的一大主力。

本实施例提供了一种系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，具体步骤如下：

分别采集系统性红斑狼疮活动组、系统性红斑狼疮稳定组、健康对照组、类风湿性关节炎对照组的外周血单个核细胞标本，并对该标本进行细胞总蛋白抽提和蛋白浓度测定，根据测定的细胞蛋白浓度使用适量的胰蛋白酶进行蛋白消化，然后用相对和绝对定量的等量异位标签进行多肽标记，再将该标记的多肽经强阳离子交换和反相液相色谱分离，然后对分离的多肽进行串联质谱鉴定和相对定量分析即得到系统性红斑狼疮的阶段性蛋白表达差异图谱模型。

下面主要结合附图及具体实施例对SLE阶段性蛋白表达差异图谱模型及其构建方法作进一步的说明。

1、材料：

1.1、主要仪器如下：

超高速低温离心机

紫外分光光度仪(德国Eppendorf公司)

真空冷冻干燥机(德国Martin Christ公司)

Agilent 1100 series色谱分离系统(美国Agilent公司)

Tempo^TM LC MALDI高效液相色谱仪

4800 Plus MALDI TOF/TOF串联质谱分析仪(美国Applied Biosystems公司)。

1.2、主要试剂如下：

质谱级超纯水、乙腈(德国Merck公司)、三氟乙酸(TFA)、丙酮(美国Sigma公司)、外周血单个核细胞分离液

(加拿大Cedarlane公司)；

蛋白抽提试剂盒、(bicinchoninic acid，二喹林甲酸)蛋白定量试剂盒(美国Pierce公司)、三乙基碳酸氢铵、氯化钾、质谱级胰蛋白酶(美国Promega公司)、iTRAQ 4-plex标记试剂盒及缓冲液(美国Applied Biosystems公司)。

1.3、样本：

SLE稳定组女5例，男1例，平均年龄33.67±9.24岁；SLE活动组女5例，男1例，平均年龄31.83±7.96岁；RA(类风湿性关节炎)组女5例，男1例，平均年龄40.17±10.19岁；健康对照组女5例，男1例，平均年龄35.67±8.14岁。

其中，SLE的诊断依据1982美国ACR(American College Of Rheumatology，美国风湿病学学会)修订的诊断标准，并按疾病活动性指数(SLEDAI)将SLE分为稳定组(SLEDAI≤8)和活动组(SLEDAI＞8)；RA的诊断符合1987年美国ARA(American Rheumatism Association，美国风湿病协会)修订的诊断标准。

2、操作步骤，如图1所示为操作流程，具体如下：

2.1、样品准备：

2.1.1人外周血单个核细胞分离，常用方法有物理方法和化学方法，物理方法如密度梯度离心法、细胞比重法等，例如常用Ficoll-Hypaque密度梯度离心法；化学方法如低渗盐水法、氯化铵溶红细胞法等。下面按照一种相关试剂盒的操作说明书，说明分离步骤如下：

(1)、收集肝素锂抗凝全血约5ml，用等量的PBS(Phosphate buffer saline，磷酸盐缓冲液)稀释，将稀释后的血液轻置于

分离液的上层，并于22℃、14,000g条件下离心10min；

(2)、弃掉上层血浆，吸取中间层的单个核细胞至另一试管中，加入5mlPBS，混匀，洗涤，然后于22℃、14,000g条件下离心5min；

(3)、弃掉上清液，重复步骤(2)一次；

(4)、弃上清液，将管底的细胞沉淀悬浮于100μL的PBS中，用血球计数板在显微镜下进行细胞计数后转入1.5ml的EP管中备用。

2.1.2细胞总蛋白抽提和蛋白浓度测定：

(1)、按1×10⁶个细胞加入约100μL蛋白抽提液的比例，加入适量的蛋白抽提液，然后于22℃、14,000g离心10min，收集上清；

(2)、采用BCA蛋白定量试剂盒，以BSA(Bovine Serum Albumin，牛血清白蛋白)为标准品，波长562nm，做标准曲线，然后测定上清液中的蛋白浓度；

(3)、每组每例标本分别取40ug蛋白样品等量混合，然后从4组混合样品中各取100ug蛋白进行下游的标记试验。

2.2、iTRAQ标记：

2.2.1、丙酮沉淀：每组混合样品各取100ug蛋白，加入6倍体积、-20℃预冷的丙酮，混匀后于-20℃冻存，过夜后将样品于4℃、5000g条件下离心5min，倒去丙酮，取沉淀、真空干燥；

2.2.2、蛋白变性、还原、半胱氨酸封闭和胰酶消化：在干燥后的蛋白样品中逐步加入酶解缓冲液、变性剂和还原剂，混匀，60℃孵育1h；然后加入半胱氨酸封闭剂，室温孵育10min；再加入胰蛋白酶，37℃酶解过夜，其中，酶解缓冲液为0.5mmol/L、pH 8.5的三乙基碳酸氢铵溶液。

2.2.3、iTRAQ标记：乙醇溶解iTRAQ标记试剂，分别加入胰酶消化后的样品中：iTRAQ114-健康对照组，iTRAQ115-SLE稳定组、iTRAQ116-SLE活动组、iTRAQ117-RA组。室温反应1h后混合所有标记样品，真空干燥。

2.3、强阳离子交换：

上述混合标记样品用上样缓冲液(10mM KH₂PO₄，25％乙腈，pH 3.0)稀释10倍，上样到强阳离子交换预装柱(35×0.3mm，

3.5μm，Zorbax Bio-SCX)，用Agilent 1100 series进行自动梯度洗脱，流速设定为20μL/min。先用0-20％缓冲液B(10mM KH₂PO₄，1M KCl，25％乙腈，pH 3.0)洗脱40min，每5min收集一次各盐浓度洗脱下的多肽；再用20％-50％缓冲液B继续洗脱20min，每10min收集一次洗脱液。

2.4、反相液相色谱分离：

洗脱下来各多肽组分经TempoTM LC MALDI在线分离系统进行自动上样、反相洗脱和点靶。C18反相柱规格为150×0.2mm，

3μm(Michrom Bioresources，美国)。流动相B由98％乙腈和0.1％TFA组成，流速设定为2μL/min，每块MALDI靶板可点样380个点左右。流动相B的线性梯度(％eluent B)和洗脱时间(Time)设定如下：

Time(min)	0	5	65	75	80	90	95	100
									％eluent B	5	5	40	60	95	95	5	stop

2.5质谱分析及数据库检索：

用美国AB公司生产的4800 Plus MALDI TOF/TOF蛋白质分析仪进行多肽的串联质谱鉴定和相对定量分析。一级质谱激光激发800次，在阳离子模式下用反射模式进行检测，选择信噪比大于40的母离子做二级质谱(MS/MS)分析，每个样品点上最多选择40个母离子；二级MS/MS激光激发1600次，碰撞能量1kV，CID(Collision induced dissociation，碰撞诱导解离)碰撞小室内的氮气压力维持在2.0×10^-4Pa。用AB分司提供的ProteinPilot^TM 3.0软件进行报告离子的相对定量分析，选用IPI(International Protein Index)human V 3.62蛋白数据库进行蛋白的检索和鉴定，同时用m/z(mass-to-charge ratio，质荷比)114、115、116、117报告离子峰积分面积进行相对定量分析，以m/z 114的报告离子峰为对照，按115∶114、116∶114、117∶114的比值，选择比值≥2或≤0.5的结果进行报告，其中比值≥2为蛋白表达上调，比值≤0.5为蛋白表达下调。

3、结果：

采用蛋白置信度或ProtScore为指标，其中，ProtScore是ProteinPilot^TM 3.0软件中Pro Group^TM算法的一个值，用于更直观地表示蛋白置信度，其数值越大表示可信度越高。例如，ProtScore为2.0时，蛋白置信度为99％，ProtScore为1.3时，蛋白置信度为95％；下面以蛋白置信度大于95％或ProtScore大于1.3为限，共鉴定了4056个肽段、452个非冗余蛋白，各组之间相对定量结果比较如下：

3.1、SLE稳定组与健康对照组的比较蛋白质组学：与健康对照组相比，SLE稳定组有3个蛋白表达上调，6个蛋白表达下调，具体见表1。

表1、SLE稳定组与健康对照组相比有显著表达差异的蛋白质

3.2、SLE活动组与健康对照组的比较蛋白质组学：与健康对照组相比，SLE活动组有20个蛋白表达上调，15个蛋白表达下调，具体见表2。

表2、SLE活动组与健康对照组相比有显著表达差异的蛋白质

3.3、SLE稳定组与RA对照组的比较蛋白质组学：与RA对照组相比，SLE稳定组有11个蛋白表达上调，8个蛋白表达下调，具体见表3。

表3、SLE稳定组与RA对照组相比有显著表达差异的蛋白质

3.4、SLE活动组与RA对照组的比较蛋白质组学：与RA对照组相比，SLE活动组有13个蛋白表达上调，20个蛋白表达下调，具体见表4。

表4、SLE活动组与RA对照组相比有显著表达差异的蛋白质

3.5、SLE活动组与SLE稳定组的比较蛋白质组学：与SLE稳定组相比，SLE活动组有17个蛋白表达上调，13个蛋白表达下调，具体见表5。

表5、SLE活动组与SLE稳定组相比有显著表达差异的蛋白质

由上述结果各组对照实验中表达上调蛋白和表达下调蛋白，即构成了SLE阶段性蛋白表达差异图谱模型。该模型包括：系统性红斑狼疮稳定组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮活动组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮稳定组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮活动组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱以及系统性红斑狼疮活动组与系统性红斑狼疮稳定组的阶段性蛋白表达差异图谱。

其中，系统性红斑狼疮稳定组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00908723、IPI00873029、IPI00910473的表达上调蛋白和分类号为IPI00219420、IPI00027462、IPI00007047、IPI00218131、IPI00019038、IPI00917714的表达下调蛋白构成；

其中，系统性红斑狼疮活动组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00908723、IPI00743870、IPI00940952、IPI00291764、IPI00027409、IPI00299024、IPI00017526、IPI00005721、IPI00168213、IPI00942787、IPI00784258、IPI00006988、IPI00873029、IPI00419722、IPI00930596、IPI00217465、IPI00910615、IPI00926799、IPI00795501、IPI00910473的表达上调蛋白和分类号为IPI00917714、IPI00552225、IPI00941907、IPI00220278、IPI00289944、IPI00018931、IPI00917401、IPI00339385、IPI00940950、IPI00640525、IPI00219097、IPI00009904、IPI00645646、IPI00011770、IPI00012269的表达下调蛋白构成；

其中，系统性红斑狼疮稳定组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00856098、IPI00872028、IPI00797175、IPI00873029、IPI00908723、IPI00420108、IPI00646486、IPI00930363、IPI00909717、IPI00921274、IPI00021855的表达上调蛋白和分类号为IPI00219420、IPI00941854、IPI00289944、IPI00006988、IPI00917714、IPI00026627、IPI00930688、IPI00878066的表达下调蛋白构成；

其中，系统性红斑狼疮活动组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00908723、IPI00797175、IPI00784258、IPI00873029、IPI00816779、IPI00743870、IPI00921274、IPI00291764、IPI00479191、IPI00872028、IPI00027409、IPI00217465、IPI00218131的表达上调蛋白和分类号为IPI00917714、IPI00289944、IPI00220278、IPI00930688、IPI00552225、IPI00941907、IPI00472138、IPI00339385、IPI00940950、IPI00917064、IPI00022445、IPI00220739、IPI00938244、IPI00645646、IPI00640525、IPI00021766、IPI00011770、IPI00791367、IPI00937584、IPI00940441的表达下调蛋白构成；

其中，系统性红斑狼疮活动组与系统性红斑狼疮稳定组的阶段性蛋白表达差异图谱，由分类号为IPI00219420、IPI00291764、IPI00006988、IPI00941854、IPI00017526、IPI00026627、IPI00784258、IPI00743870、IPI00027409、IPI00643623、IPI00218131、IPI00942787、IPI00005721、IPI00292532、IPI00299024、IPI00941961、IPI00910615的表达上调蛋白和分类号为IPI00856098、IPI00220278、IPI00009904、IPI00420108、IPI00552225、IPI00930363、IPI00941907、IPI00012269、IPI00220739、IPI00646486、IPI00640525、IPI00339385、IPI00917714的表达下调蛋白构成；

其中，各所述分类号为International Protein Index human V 3.62蛋白数据库中的蛋白分类号。或者，各所述分类号在上述数据库中所分别对应的蛋白，为后续蛋白数据库中的分类号相对应的蛋白。

应用于上例，所述蛋白表达差异图谱由相对和绝对定量的等量异位标签多重标记的外周血单个核细胞全组蛋白，经串联质谱分析仪系统检测蛋白波谱，再经过软件统计进行报告离子的相对定量分析得到。

应用于上述各例，所述软件为ProteinPilot^TM 3.0 Software或同类具有相关功能的软件。

应用于上述各例，在所述相对定量分析中，采用质荷比114、115、116、117报告离子峰积分面积，以质荷比114的报告离子峰为对照，按115∶114、116∶114、117∶114的比值，选择比值大于等于2或比值小于等于0.5的结果进行报告，其中，比值大于等于2为蛋白表达上调，比值小于等于0.5为蛋白表达下调。

综上所述，SLE和RA均为涉及广泛的组织炎性损伤和器官功能异常的自身免疫性疾病，研究表明它们的发病都与某些生化因子的作用相关，并具有相同的遗传易感性，但是，作为一种独立的疾病，SLE与RA又不尽相同，为寻找区别于RA的参与SLE致病的蛋白标志物，本例对SLE与RA患者的外周血单核细胞进行了比较蛋白组学相对定量分析，与RA相比，SLE稳定组和SLE活动组分别有11、13个蛋白表达上调，有8、20个蛋白表达下调。对这些蛋白进行进一步的验证分析和研究将有助于阐明SLE和RA在发病机制上的异同，为SLE的鉴别诊断与个性化治疗打下基础。

通过采用iTRAQ标记相关技术对SLE病人外周血单个核细胞总蛋白进行鉴定和比较蛋白组学相对定量分析，共鉴定了452个蛋白，其中有67个蛋白在不同组间出现显著差异表达，表明将iTRAQ标记串联质谱技术用于SLE病人外周血单个核细胞的比较蛋白组学分析是一种行之有效的方法。另外通过采用二维凝胶电泳技术对SLE病人和正常人的外周血单个核细胞进行比较蛋白组学分析，共鉴定了5个出现差异表达的蛋白，其中表达上调的谷胱甘肽转移酶(glutathione S-transferase)和表达下调的锌指蛋白(zinc finger protein)也在iTRAQ标记中得到证实，且iTRAQ相对定量的比值与二维凝胶电泳相对丰度的改变保持一致，说明iTRAQ是一种可靠的可用于SLE病人外周血单个核细胞蛋白相对定量的体外标记技术，因此，iTRAQ在上述各例的应用，其结果是可信的。

采用上述系统性红斑狼疮的阶段性蛋白表达差异图谱模型及其构建方法，在“整体”蛋白组范围内对系统性红斑狼疮患者外周血单个核细胞的“全组”蛋白进行鉴定、比较和相对定量分析，建立系统性红斑狼疮疾病外周血单个核细胞蛋白的“全组信息”，并绘制出SLE疾病特异性蛋白图谱，构建图谱模型，以获得参与SLE淋巴细胞调节通路的新的关键因子，进一步阐明SLE的发病机制，为SLE的诊断和治疗提供新的方法和依据，并有助于作为新靶点开发临床诊断试剂盒和临床治疗药物。

以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。

Claims

1.一种系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型，其特征在于，包括：

其中，各所述分类号为International Protein Index human V 3.62蛋白数据库中的蛋白分类号。

2.如权利要求1所述的阶段性蛋白表达差异图谱模型，其特征在于，所述蛋白表达差异图谱由相对和绝对定量的等量异位标签多重标记的外周血单个核细胞全组蛋白，经串联质谱分析仪系统检测蛋白波谱，再经过软件统计进行报告离子的相对定量分析得到。

3.如权利要求2所述的阶段性蛋白表达差异图谱模型，其特征在于，所述软件为ProteinPilot^TM 3.0 Software。

4.如权利要求2所述的阶段性蛋白表达差异图谱模型，其特征在于，在所述相对定量分析中，采用质荷比114、115、116、117报告离子峰积分面积，以质荷比114的报告离子峰为对照，按115∶114、116∶114、117∶114的比值，选择比值大于等于2或比值小于等于0.5的结果进行报告，其中，比值大于等于2为蛋白表达上调，比值小于等于0.5为蛋白表达下调。

5.一种如权利要求1所述的系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，包括如下步骤：

分别采集系统性红斑狼疮稳定组、系统性红斑狼疮活动组、健康对照组、类风湿性关节炎对照组的外周血单个核细胞标本；

分别对各所述外周血单个核细胞标本进行细胞总蛋白抽提和蛋白浓度测定；

将所述细胞总蛋白经蛋白酶消化后，用相对和绝对定量的等量异位标签标记，得到相对和绝对定量的等量异位标签多重标记的多肽；

将所述多肽经强阳离子交换和反相液相色谱分离，再进行串联质谱鉴定和相对定量分析，得到如权利要求1所述系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型，包括如权利要求1所述的系统性红斑狼疮稳定组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮活动组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮稳定组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、系统性红斑狼疮活动组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱以及系统性红斑狼疮活动组与系统性红斑狼疮稳定组的阶段性蛋白表达差异图谱，其中，各蛋白的分类号为International Protein Index human V 3.62蛋白数据库中的蛋白分类号。

6.如权利要求5所述的系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，其特征在于，所述串联质谱鉴定过程中，采用一级质谱激光激发800次，在阳离子模式下用反射模式进行检测，选择信噪比大于40的母离子进行二级质谱分析，采用二级质谱激光激发1600次，碰撞能量为1kV，碰撞诱导解离小室内的氮气压力维持在2.0×10^-4Pa。

7.如权利要求5所述的系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，其特征在于，所述相对定量分析使用的软件为ProteinPilot^TM 3.0Software。

8.如权利要求7所述的系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱的构建方法，其特征在于，所述相对定量分析过程中设定蛋白置信度大于95％或ProtScore 大于1.3。

9.如权利要求7所述的系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，其特征在于，在所述相对定量分析过程中，采用质荷比114、115、116、117报告离子峰积分面积，以质荷比114的报告离子峰为对照，按115∶114、116∶114、117∶114的比值，选择比值大于等于2或比值小于等于0.5的结果进行报告，其中，选取报告离子的峰面积分面积比值大于等于2为蛋白表达上调，比值小于等于0.5为蛋白表达下调。

10.如权利要求9所述的系统性红斑狼疮阶段性蛋白表达差异图谱模型的构建方法，其特征在于，分别根据所述报告，选取得到所述系统性红斑狼疮稳定组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、所述系统性红斑狼疮活动组与健康对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、所述系统性红斑狼疮稳定组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱、所述系统性红斑狼疮活动组与类风湿性关节炎对照组的阶段性蛋白表达差异图谱以及所述系统性红斑狼疮活动组与系统性红斑狼疮稳定组的阶段性蛋白表达差异图谱，构建成为所述系统性红斑狼疮的阶段性蛋白表达差异图谱模型。