CN101821629A - 用于预测患有肝脏病毒性感染的受试者针对抗病毒疗法的应答的方法 - Google Patents
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Abstract
本申请涉及改善抗病毒疗法的处理并涉及用于确定抗病毒疗法是否将有效的方法。特别地，本申请提供了用于确定具有肝脏病毒性感染的受试者将应答于抗病毒疗法的可能性的方法，所述抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性，并提供了用于实施所述确定的试剂盒。
Description
本发明涉及改善抗病毒疗法的处理并涉及用于确定抗病毒疗法是否将有效的方法。
病毒性感染代表对健康的严重威胁并且已知是动物和人发病的一个主要原因。例如，丙型肝炎病毒(HCV)感染是世界范围慢性肝脏疾病的主要原因。丙型肝炎的一个重要且显著的特征是其慢性倾向。在超过70％的感染个体中，HCV建立数十年的可能导致硬化和肝细胞癌的持续感染。
HCV生物学中的一个有趣假设提出病毒的NS3-4A蛋白酶不仅加工病毒蛋白，还切割并失活检测病毒性感染和诱导I型干扰素(IFN)转录性激活的胞内传感途径的组分。NS3-4A的靶标之一是TRIF(诱导IFNβ的含有TIR结构域的接头蛋白)，它是一种在内体中TLR3(Toll样受体3)检测dsDNA与IFNβ诱导之间重要的纽带。最近，视黄酸可诱导的基因-I(RIG-I)和MDA5(helicard)被鉴定为dsRNA的胞内传感基因。这两种传感基因通过Cardif(也称作IPS-1、MAVS、VISA)发信号以诱导IFNβ产生。Cardif可以被HCV NS3-4A切割并失活。被鉴定为dsRNA胞内传感蛋白的两种RNA解旋酶RIG-I和MDA5通过Cardif发挥作用以诱导IFNβ产生。
I型IFN不仅是先天免疫系统的重要组分，也是当前抗CHC疗法的最重要组分。当前标准疗法由每周一次皮下注射PEG化IFNα(peg IFNα)和每日口服抗病毒药利巴韦林组成。该方案在约55％患者中实现整体的持续病毒学应答(SVR)，该应答在基因型之间存在明显差异。SVR定义为治疗期间丧失可检测的HCV RNA并且它在停止治疗后继续不存在至少6个月。对实现SVR的患者的几项长期随访研究表明这种应答在超过95％的患者中是持久的。SVR的可能性强烈地依赖于早期治疗应答。不显示早期病毒学应答(EVR)的患者很可能不出现SVR并且可以在这些患者中停止治疗，其中所述的早期病毒学应答定义为治疗12周后病毒载量降低至少2log10。另一方面，具有EVR的患者具有治愈的良好机会，65％的这些患者实现SVR。具有快速病毒学应答(RVR)的患者的预后甚至更好，其中所述的快速病毒学应答定义为治疗4周后检测不到血清HCV RNA。超过85％的这些患者会实现SVR。不幸地是，少于20％的具有基因型1的患者和约60％的具有基因型2或3的患者显示RVR。对早期治疗应答重要的宿主因素目前是未知的。
I型IFN通过调节数百种基因(ISG，干扰素刺激的基因)实现其强烈的抗病毒作用。ISG的转录性激活诱导出通常在静息细胞中不合成并且在该细胞内建立非病毒特异性抗病毒状态的蛋白质。干扰素通过激活Jak-STAT途径(一种被多种细胞因子和生长因子使用的细胞信号传导范例)诱导这些蛋白质合成。所有I型IFN结合至相同的细胞表面受体(IFNAR)并激活受体相关的Janus激酶家族成员Jak1和Tyk2。所述激酶随后磷酸化并激活信号传导者和转录激活物1(STAT1)和STAT2。激活的STAT转位至细胞核中，在那里它们结合ISG启动子中的特异性DNA元件。众多的ISG具有抗病毒活性，不过其他ISG参与脂类代谢、凋亡、蛋白质降解和炎性细胞反应。如同多种病毒那样，HCV干扰IFN系统，可能在多个水平上干扰。IFN诱导的Jak-STAT信号传导在表达HCV蛋白的细胞和转基因小鼠中以及CHC患者的肝脏活组织检查中被抑制。在体外，HCV蛋白NS5A和E2结合并失活一种重要的非特异性抗病毒蛋白：蛋白激酶R(PKR)。但是，目前未知对应答于CHC患者中治疗性施用的IFN重要的分子机制。
HCV在多个不同水平上干扰IFN途径的能力是HCV成功建立慢性感染的可能机制(2)。但是，极为矛盾的是，在HCV急性或慢性感染的黑猩猩中，数百种ISG在肝脏中被诱导(16，17)。但是，尽管激活了内源性IFN系统，然而病毒未从慢性感染动物中清除(18)。用黑猩猩获得的结果难以外推至人，因为HCV感染的病理生物学在这些物种之间存在一些重大差异。大部分急性感染HCV的黑猩猩自发清除病毒，而人类中的感染大多变成慢性。另一方面，几乎很少能够用IFN治愈慢性感染的黑猩猩，而成功地治疗了超过半数的CHC患者(19)。
ISG的诱导也存在于多位CHC患者的治疗前肝脏活组织检查中，这再次表明HCV感染可能导致内源性IFN系统激活(20)。值得注意的是，与具有低初始ISG表达的患者相比较时，具有预先升高的ISG表达的患者倾向于不良地应答于疗法(20)。不了解这种差异性治疗应答的原因。
本发明基于这样的研究，其中本发明人研究了用pegIFNα治疗之前和治疗期间的慢性肝炎患者的肝脏活组织检查和外周血单核细胞(PBMC)的成对样品中IFN诱导的信号传导和ISG诱导。本发明人还将生物化学数据和分子数据与治疗应答关联。他们的工作在后附实施例中更详细地描述。
本发明人确定了患有肝脏病毒性感染的一些受试者处于“预激活”状态，从而IFN信号传导途径处于用激活的ISG刺激的状态。本发明人已经发现此类个体随后用IFN和抗病毒药治疗时具有不良的抗病毒治疗应答或无抗病毒治疗应答。相反，另一组感染的受试者没有预先的IFN受体刺激作用(并且没有ISG刺激作用)并且该组受试者良好地应答于抗病毒疗法(即他们具有快速的病毒学应答(RVR))。另外，可能根据众多特定基因的表达水平确定受试者是否是治疗的不良应答者或具有RVR，其中所述的特定基因中某些是ISG基因。换句话说，本发明人鉴定了作为预后遗传标记的一组基因，其中所述基因的表达水平预测受试者是否将应答抗病毒治疗。
这导致本发明人认识到可以开发一种方法以帮助临床决定针对患有肝脏病毒性感染的受试者的治疗方案。来自感染个体的基因表达可以与来自对照(即无病毒性感染的受试者)的基因表达比较。
(与对照相比)具有改变的基因表达的感染受试者将不可能得益于治疗方案中的IFN使用(即，不预期这些个体会具有RVR)，而与对照表达相比其基因表达大多未改变的感染受试者有可能得益于IFN疗法并具有RVR。本发明人惊讶于建立这些相关性，因为本领域技术人员本来预期ISG的激活与更好的病毒清除相关并且与不良应答于治疗的受试者亚群不相关。
尽管先前已研究了“应答”和“非应答”的肝脏病毒性感染受试者中的基因表达水平，例如Chen等人(2005)Gastroenterology 128，1437-1444，然而作为本发明的一部分所实施的研究调查了广泛得多的基因集合以确定哪些基因将充当预后标记。另外，本发明人也分析了抗病毒治疗之前和之后所取的样品中的基因表达水平，并使用这种信息来鉴定预后的遗传标记，而先前的研究仅试图将治疗结果与治疗前所取的样品中存在的基因表达水平关联。认为导致鉴定到下文所述预后的遗传标记的数据集合比先前研究中的数据完整且有力得多。
因此，在本发明的第一方面，提供了用于确定患有肝脏病毒性感染的受试者会应答于抗病毒疗法的可能性的方法，所述抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性，该方法包括：
(a)对来自受试者的样品分析来自以下每个基因集合的至少一种基因的表达：
(i)KYNU；PAH；LOC129607；DDC；FOLH1；YBX1；BCHE；ACADL；ACSM3；NARF；SLPI；RPS5；RPL3；RPLP0；TRIM5和HERC5；
(ii)HTATIP2；CDK4；IFI44L和KLHDC3；
(iii)C7；IF；IFI27；IFIT1；OAS2；G1P2；OAS1；IRF7；RSAD2；IFI44；OAS3；SIGIRR和IFIT2；
(iv)RAB4A；PPP1R1A；PPM1E；ENPP2；CAP2；ADCY1；CABYR；EVI1；PTGFRN；TRIM55和IL28RA；
(v)MME；KCNN2；SLC16A10；AMOTL1；SPP2；LRCH4；HIST1H2BG；TSPYL5；HIST1H2AC；HIST1H2BD；PHTF1；ZNF684；GSTM5；FLJ20035；FIS；PARP12；C14orf21；PNPT1；FLJ39051；GALNTL1；OSBPL1A；LGALS3BP；TXNRD2；LOC201725；TOMM7；SRPX2；DCN；PSMAL；MICAL-L2；FLJ30046；SAMD9；ANKRD35；LOC284013；LOC402560和LOC147646；和，
(b)比较该样品中所述基因的表达与对照样品中相同基因的表达。
本发明的一个实施方案是其中样品中所述基因与对照样品中相同基因的表达相比较而言改变的表达表明该受试者很可能不应答于该抗病毒疗法。
本发明的一个备选实施方案是其中样品中所述基因与对照样品中相同基因的表达相比较而言未改变的表达表明该受试者很可能应答于该抗病毒疗法。
在后续实施例的表2中提供了关于本发明第一方面中所评估的每种基因的其他信息。特别地，我们提供了每种基因的Affimetrix鉴定编号，因而允许特异地鉴定每种基因。
将理解的是本发明第一方面的方法将极有益于临床医生。IFN是蛋白生长因子并且含有IFN的药物制品造价昂贵。因而对于临床医生而言确定以适宜和经济的方式使用IFN是极重要。另外，与成本无关的是，往往希望尽可能快地消除肝脏病毒性感染。因此，如果临床医生施用IFN并且随后发现它没有有益效果，则这是浪费时间(本可以用来使用备选疗法)。本发明第一方面的方法因而与临床医生极有关系，因为他可以确定两个受试者群体。一个群体会显示上文和表2中所列基因的改变的表达并且因而将不得益于用IFN治疗。上文和表2中所列基因的表达没有显著不同于对照样品的另一个群体会得益于用IFN治疗。
在一个备选的实施方案中，认为可以以相似方式利用(治疗后4小时差异性表达的)表3基因的表达。
“抗病毒疗法”意指用于减少涉及刺激IFN活性的病毒性感染的任意治疗方案。这种方案可以涉及使用刺激I型IFN活性和/或诱导IFN刺激的基因(ISG)的化合物。该疗法可以涉及用IFN本身或其他IFN受体激动剂治疗。例如，该疗法可以使用PEG化IFNα(pegIFNα)。
该疗法可以仅涉及刺激IFN活性。但是，本发明人已经发现本发明第一方面的方法对预测包括使用联合疗法的抗病毒疗法的有效性特别有用，其中所述联合疗法包含与已知抗病毒药联合的IFN活性刺激物。多种抗病毒药是本领域已知的并且本发明的方法可以用来评价众多的不同联合疗法的有效性。但是，本发明人已经发现本发明第一方面的方法对于预测与抗病毒药利巴韦林联合使用IFN活性刺激物的疗法的有效性具有特别的价值。
最优选本发明第一方面的方法用来预测peg1FNα和利巴韦林作为抗病毒疗法的有用性。
本发明第一方面的方法可以用来评价针对众多不同肝脏病毒性感染的疗法的有效性，所述肝脏病毒性感染包括乙型肝炎病毒感染和丙型肝炎病毒感染。最优选该方法用来评价针对丙型肝炎病毒(HCV)感染的疗法的有效性。本发明人已经发现本发明的方法对区分预期具有快速病毒学应答(RVR)的受试者和非RVR的那些受试者(非RVR)特别有用。
代表受试者中基因表达的可以根据本发明使用的样品包括就该受试者表达的基因而言可提供信息的任意样品。
合适样品的例子包括活组织检查样品、外科手术期间切下的样品、血样、尿样、痰样品、脑脊液样品和拭子样品(如唾液拭子样品)。将理解的是样品来源将取决于该受试者可能患有哪种类型的病毒性感染。
最优选的样品来自肝脏组织。已经发现当所述方法用来评估具有HCV感染的受试者时，肝脏样品特别具有指示性。本发明人惊讶地发现能通过分析来自肝脏样品的基因表达来区分RVR与非RVR受试者，而外周血白细胞在暴露于IFN之前或之后没有显示出基因表达的显著变化。
合适的样品可以包括组织切片，如组织学切片或冰冻切片。本领域技术人员熟知可籍以制备此类切片从而能够提供信息的方法并且应当参考研究基因表达时意图使用的技术选择该方法，其中所述信息代表所述切片所来源的受试者中的基因表达。
虽然构思了使用包含该受试者的组织的一部分的样品，不过通常可以优选代表基因表达的样品包括从此种组织取得的合适提取物，所述提取物能够研究以提供关于该受试者中基因表达方面的信息。用于产生能够提供关于受试者中基因表达方面信息的组织提取物的合适方案是本领域技术人员熟知的。优选的方案可以参考基因表达待研究的方式选择。
在样品源自肝脏的情况下，合适的制备步骤在实施例的1.1.1和1.1.3中公开。
“对照样品”意指与来自受试者的样品等同的样品，该样品已经来源于并未患有肝脏病毒性感染的个体。虽然构成对照样品的等同组织样品或器官样品或来自此类样品的提取物可以直接用作对照样品中基因表达的信息来源，将理解并且一般优选应当以参考数据的形式提供关于“理想”对照样品中所选的一个基因(或多个基因)表达的信息。可以以指示所选对照组织中基因表达的表格形式提供此类参考数据。备选地，可以用计算机软件形式提供此类参考数据，其中所述的计算机软件含有指示所选对照组织中基因表达的检索信息。可以例如以算法形式提供参考数据，其中所述算法能够将受试者中来自每个基因集合的至少一种所选择基因的表达与对照组织样品中相同基因的表达比较。
在意欲通过处理构成对照样品的组织或器官样品来研究上文和表2中所列基因的表达的情况下，优选使用与加工受试者样品所用的相同方法实施这种处理。受试者样品和对照样品的这种平行处理允许产生程度更大的可信性，从而这些组织中的基因表达比较将相互地进行归一化(因为与处理组织和研究基因表达的所选方法相关的任意人为影响将同时应用于受试者和对照样品)。
本发明第一方面的方法可以涉及分析从每个基因集合选择的至少一种基因的基因表达。发现上文和表2或表3中所列基因的改变表达可以用于确定抗病毒疗法的有效性是出人意料的，因为尽管某些基因(如编码STAT1的那些基因)的表达已经关联于HCV感染，然而先前从未将上文和表2中所列的大部分基因鉴定为与IFN调节的基因表达相关或与疗法有效用于病毒性感染的可能性相关。另外，即便不考虑这些基因与IFN活性相关，增加的ISG表达会与后续IFN治疗的不良应答相关也是完全出乎预期的。
本发明人已经鉴定了总计83种不同的基因，它们的表达水平可以是抗病毒疗法结果的预后标记。这些基因根据其功能已经划分至5个不同的集合：集合(i)认为参与细胞代谢；集合(ii)认为参与细胞周期；集合(iii)认为参与免疫应答；集合(iv)认为参与信号转导；集合(v)是未分配到以上所述任意具体集合的每种基因。在本发明的方法中显示为这种分布，在所述方法中评估每个基因集合的至少一种基因的表达水平以确定受试者将应答于抗病毒疗法的可能性。本发明人还发现基因的这些亚群具有特殊价值并且可以在分析这些集合中每一个集合的至少一个成员的表达水平时有效用于该目的。
优选该方法基于分析至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、71、72、73、74、75、76、77或78种上文所列基因的表达。
可以通过分析代表样品中基因表达的靶分子研究上文和表2或表3中所列基因的表达。一般将使用合适的探针分子检测样品中靶分子的存在或不存在。此类检测将提供关于基因表达的信息，并因而产生受试者中出现的基因表达与对照样品中出现的表达之间的比较。探针通常能够特异地结合于直接或间接代表基因表达的靶分子。随后可以评估此类探针的结合作用并与基因表达关联以产生受试者中和对照中基因表达之间的有效预后比较。
“改变的表达”包括与对照相比时样品中的基因表达升高或降低，如上文所讨论。
相反地，“未改变的表达”包括与对照相比时样品中的基因表达不升高或不降低，如上文所讨论。
可以使用常规统计分析方法评估基因表达是否改变或未改变。
靶分子可以是肽或多肽。优选使用特异性结合分子、最优选使用抗体测定肽或多肽的量。在一个优选的例子中，可以参考样品中靶蛋白的生物学活性评估该样品中存在的某些靶蛋白的量。以这种方式评估和比较表达在具有酶活性的蛋白靶的情况下是特别合适的。用于测量样品中存在的蛋白质靶的量的合适技术包括但不限于基于适配子和抗体的技术，如放射免疫测定(RIA)、酶联免疫测定(ELISA)和蛋白质印迹法。
根据本发明的第三方面，核酸代表用于测试基因表达的优选靶分子。
为了本发明的目的，将“核酸”或“核酸分子”理解为指单链或双链形式的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸聚合物。另外，除非上下文另外要求，应当认为这些术语包括天然核苷酸的已知类似物，其中所述的已知类似物可以按照类似于天然存在核苷酸的方式发挥作用。
另外，将理解适用于本发明的靶核酸不需要包含“全长核酸”(例如全长基因转录物)，而仅需要包含允许探针分子特异性结合的足够长度。
优选核酸靶分子是mRNA基因转录物和此类转录物的人工产物。从基因转录物产生的人工靶分子的优选例子包括cDNA和cRNA，其中可以使用熟知方法或市售试剂盒或试剂产生所述二者之一。
在本发明第一方面的方法的一个优选实施方案中，可以通过裂解取自合适样品的细胞(这可以使用市售裂解缓冲液如Qiagen有限公司生产的裂解缓冲液实现)，随后使用市售核酸分离柱(如Qiagen有限公司生产的RNeasy微量离心柱)离心裂解物的方法处理样品以分离RNA靶分子。用于RNA提取的其他方法包括Chomczynski，P.和Sacchi，N.(1987)AnalyticalBiochemistry 162，156.“通过酸硫氰酸胍-酚-氯仿提取的单步骤RNA分离方法(Single Step Method of RNA Isolation by Acid GuanidiniumThiocyanate-Phenol-Chloroform Extraction)”的酚和异硫氰酸胍方法的变更方式。以这种方式获得的RNA可以构成合适的靶分子本身或可以充当模板用于产生代表基因表达的靶分子。
可以优选从受试者或对照样品来源的RNA可用作cDNA合成的底物，例如，使用Superscript系统(Invitrogen Corp.)。随后可以使用BioArrayRNA转录物标记试剂盒(Enzo Life Sciences Inc.)将所得cDNA转变成生物素化cRNA，并且使用RNeasy微量试剂盒(Qiagen Ltd)从反应混合物纯化这种cRNA。
可以从受试者或对照样品来源的组织中直接测量代表基因表达的mRNA，无需mRNA提取或纯化。例如，目的受试者或对照样品中存在的并代表基因表达的mRNA可以使用这种组织的恰当固定的切片或活组织检查样品进行研究。这种类型样品的使用可以在可与其开展表达比较的快速性方面提供益处，以及可以用来产生该样品的相对便宜且简单的组织处理过程。原位杂交技术代表可以在这种类型的组织样品中研究和比较基因表达的优选方法。维持受试者或对照样品中代表基因表达的RNA的可用性的目的组织处理技术是本领域技术人员熟知的。
但是，可以提取和收集受试者或对照样品中代表基因表达的mRNA的技术也是本领域技术人员熟知的，并且本发明人已经发现可以有利地在本发明中使用此类技术。包含来自受试者或对照样品的提取的mRNA的样品可以优选用于本发明第三方面的方法中，因为此类提取物倾向于比包含原始组织的样品更易于研究。例如，允许比较基因表达的合适靶分子可以包含从受试者来源的组织样品或从对照组织样品分离的总RNA。
另外，可以容易地扩增提取的RNA以产生放大的mRNA样品，其中所述的mRNA样品能够提供关于受试者或对照样品中基因表达的增多的信息。用于提取和扩增mRNA群体的技术的合适例子是熟知的，并在下文更详细地考虑。
例如，分离和纯化核酸以产生本发明适用的核酸靶的方法在P.Tijssen编著的《生物化学与分子生物学实验室技术》第3章“用核酸探针杂交”第I部分“理论和核酸制备”，Elsevier，N.Y.(1993)(Laboratory Techniques inBiochemistry and Molecular Biology：Hybridization With Nucleic AcidProbes，Part I.Theory and Nucleic Acid Preparation，P.Tijssen，ed.Elsevier，N.Y.(1993))中详细描述。
在一个优选的方法中，可以使用实施例中所述的技术从给定样品分离总核酸。
想要在研究和比较基因表达之前扩增核酸靶的情况下，可以优选使用维持或控制所扩增核酸在来源该样品的受试者或对照组织中相对频率的方法。
“定量”扩增的合适方法是本领域技术人员熟知的。一个熟知例子即定量PCR涉及同时地共扩增已知其量在对照与受试者样品之间不改变的对照序列。这提供了可用来校准PCR反应的内部标准。
除上文概述的方法之外，技术人员会知道将扩增基因-转录物特异性产物偶联于信号产生的任何技术也可以适用于定量。一个优选的例子使用针对聚合酶链反应(US 4683195和4683202)的便利改进，所述的便利改进通过掺入mRNA的初始逆转录至cDNA而使聚合酶链反应适于特定mRNA转录物的精确定量。其他关键性改进能够随反应进程而实时地测量积累的PCR产物。
在许多情况下，可以优选使用能够指示相关样品中靶分子(代表一种或多种上文和表2中列出的基因)存在的探针分子评估受试者或对照样品中基因表达的程度。
可以参考待研究基因表达的(直接或间接)产物，选择用于本发明方法中的探针。合适探针的例子包括具有适宜特异性的寡核苷酸探针、抗体、适配子和结合性蛋白质或小分子。
寡核苷酸探针构成本发明方法适于使用的优选探针。合适寡核苷酸探针的产生是本领域技术人员熟知的(《寡核苷酸合成：方法和应用》PietHerdewijn(编著)(Oligonucleotide synthesis：Methods and Applications，Piet Herdewijn(ed)Humana Press(2004))。寡核苷酸和经修饰的寡核苷酸是从众多公司可商业获得的。
出于本发明的目的，寡核苷酸探针可以认为包含能够通过一个或多个类型的化学键与具有互补序列的核酸靶分子特异性杂交的寡核苷酸。这种结合可以通常借助互补碱基配对并通常借助氢键形成发生。合适的寡核苷酸探针可以包括天然碱基(即A、G、C或T)或修饰的碱基(7-脱氮鸟苷、肌苷等)。此外，除磷酸二酯键之外的键也可以用来连接寡核苷酸探针中的碱基，只要这种变异不干扰该寡核苷酸探针与其靶杂交。因此，适用于本发明方法中的寡核苷酸探针可以是其中成分碱基由肽键而非磷酸二酯键连接的肽核酸。
如本文中所用的短语“特异性杂交至”指寡核苷酸探针偏好地与特定靶核苷酸序列在严格条件下结合、形成双链体或杂交，此时所述序列存在于复杂混合物(如总细胞DNA或RNA)中。优选地，探针可以仅与特定靶分子结合、形成双链体或杂交。
术语“严格条件”指这样的条件，在所述条件下探针将与其靶的子序列杂交，而最小程度地与其他序列杂交。优选地，探针可以在严格条件下与除该探针靶之外的序列不杂交。严格条件具有序列依赖性并且在不同的环境中会不同。较长的序列在更高温度上特异性杂交。
通常，可以将严格条件选择为在定义的离子强度和pH上，低于特定序列的热解链温度(Tm)约5℃。Tm是(在定义的离子强度、pH和核酸浓度下)与靶核酸互补的50％寡核苷酸探针与该靶核酸平衡杂交的温度。由于靶核酸一般过量存在，50％的探针在Tm被平衡地占据。例如，严格条件将是这些条件，其中盐浓度是在pH 7.0至8.3至少约0.01至1.0M Na+离子浓度(或其他盐)并且温度对于短探针(例如10至50个核苷酸)是至少约30℃。严格条件也可以通过添加去稳定剂如甲酰胺来实现。
寡核苷酸探针可以用来检测合适代表性样品中的互补性核酸序列(即核酸靶)。这种互补结合作用形成可以使用寡核苷酸来检测并因而允许比较特定基因表达的大部分技术的基础。优选的技术允许平行地量化多种基因的表达并且包括其中实时地将物质种类扩增与量化偶联的技术(如定量逆转录PCR技术)和其中经扩增的物质种类的量化在扩增后进行的技术，如阵列技术。
阵列技术涉及受试者或对照样品中代表基因表达的样品与多种寡核苷酸探针杂交，其中每种探针偏好地与公开的一种基因或诸基因杂交。阵列技术提供对特定寡核苷酸序列的独特鉴定，例如通过其物理位置(例如，如Affymetrix Inc.商业提供的二维阵列中的网格)或通过与另一个特征关联(例如，标记的珠子，如Illumina Inc或Luminex Inc商业提供)进行鉴定。寡核苷酸阵列可以原位地合成(例如通过光定向合成，如Affymetrix Inc商业提供)或通过(如Agilent或Applied Biosystems商业提供的)接触或喷墨技术预形成和点样。对于本领域技术人员显而易见的是完整或部分的cDNA序列也可以充当阵列技术的探针(如商业地由Clontech提供)。
寡核苷酸探针可以在印迹技术如DNA印迹或RNA印迹中用来检测和比较基因表达(例如通过代表基因表达的cDNA或mRNA靶分子)。适用于DNA印迹或RNA印迹技术中的技术和试剂将是本领域技术人员熟知的。简而言之，将包含DNA(在DNA印迹的情况下)或RNA(在RNA印迹的情况下)靶分子的样品根据它们穿透凝胶材料如丙烯酰胺或琼脂糖的能力分离。凝胶的穿透可以由毛细管作用或电场活动驱动。一旦已经实现靶分子的分离，将这些分子转移至薄膜(通常是尼龙或硝化纤维素)，随后固定在该膜上(例如通过焙烘或通过紫外线照射)。随后可以通过寡核苷酸探针与结合至该膜的靶分子杂交检测并比较基因表达。
在某些情况下，使用比较基因表达的常规杂交方案可能证明是有问题的。例如，印迹技术可能难以区别分子量大致相同的两种或多种基因产物，因为难以使用凝胶分开大小相似的产物。因此，在这种情况下，可以优选使用备选技术(如下文所述的那些技术)比较基因表达。
可以参考合适核酸样品中的整体转录物水平，通过高密度寡核苷酸阵列技术评估代表受试者中基因表达的样品中的基因表达。此类技术利用了其中寡核苷酸探针(例如通过共价结合作用)束缚至固体支持物的阵列。这些固定于固体支持物上的寡核苷酸探针阵列代表在本发明的方法和试剂盒中待用于基因表达比较的优选组分。可以按照这种方式结合庞大数目的此类探针以提供适于比较从上文和表2中所列那些基因中选出的大量基因的表达的阵列。因此，应当知道可以在本发明方法的实施方案中特别优选此类寡核苷酸阵列，在所述实施方案中需要比较多于一种基因的表达，其中从上文和表2中所列基因的每个集合中选出所述基因。
可以在比较代表基因表达的核酸靶中使用的其他合适方法学包括但不限于基于核酸序列的扩增(NASBA)或滚环DNA扩增(RCA)。
通常希望将探针标记，旨在可以轻易检测到这些探针。可以在标记根据本发明适用的探针或靶标中使用的可检测部分的例子包括通过光谱学、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学或化学手段可检测的任意组合物。合适的可检测部分包括各种酶、辅基、荧光物质、发光物质、生物发光物质、放射活性物质和比色物质。这些可检测部分适于掺入可以用于本发明方法中的全部类型的探针或靶，除非有相反说明。
合适酶的例子包括辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或乙酰胆碱酯酶；合适辅基复合体的例子包括链霉抗生物素蛋白/生物素和抗生物素蛋白生物素；合适荧光物质的例子包括伞形酮、荧光素、异硫氰酸荧光素、罗丹明、二氯三嗪胺荧光素(dichlorotriazinylamine fluorescein)、丹磺酰氯、藻红蛋白、得克萨斯红、罗丹明、绿色荧光蛋白等；发光物质的例子包括鲁米诺；生物发光物质的例子包括萤光素酶、萤光素和水母发光蛋白；合适放射性物质的例子包括125I、131I、35S、3H、14C或32P；合适比色测定物质的例子包括胶体金或有色玻璃或塑料(例如聚苯乙烯、聚丙烯、乳胶等)珠。
检测此类标记物的手段是技术人员熟知的。例如，可以使用胶片或闪烁计数器检测放射标记物；可以使用检测发射光的光探测器检测荧光标记物。酶标记物一般通过向酶提供底物并检测因该酶作用于此底物所产生的反应产物检测，并且比色测定标记物通过简单地观察有色标记物检测。
在本发明的一个优选实施方案中，可以扫描荧光标记的探针或靶并且使用激光共聚焦扫描仪检测荧光。
在标记的核酸探针或靶的情况下，合适的标记过程可以在杂交之前、期间或之后进行。在一个优选的实施方案中，用于本发明方法中的核酸探针或靶在杂交之前被标记。荧光标记物是特别优选的，并且在使用时，通过量化来自杂交的荧光标记核酸的荧光量化核酸探针与其核酸靶的杂交。更优选地，量化可以源自结合掺入核酸的半抗原的荧光标记试剂实施。
在本发明的一个优选实施方案中，可以使用合适的分析软件如微阵列分析软件包(Affymetrix Inc.)实现杂交分析。
可以使用荧光显微镜实现有效的量化，其中所述的荧光显微镜可以配备有自动化载物台以允许自动扫描阵列，并可以配备用于自动测量、记录和后续加工荧光强度信息的数据获取系统。这种自动化的合适布局是常规的并且是本领域技术人员熟知的。
在一个优选的实施方案中，通过检测连接至核酸的一种或多种可检测部分检测杂交的核酸。可检测部分可以通过本领域技术人员熟知的多种方法中任意方法掺入。然而在一个优选的实施方案中，在样品核酸(探针或靶)制备中的扩增步骤期间同时掺入此类部分。因而例如，使用以可检测部分标记的引物或核苷酸的聚合酶链反应(PCR)将提供用所述部分标记了的扩增产物。在一个优选的实施方案中，使用荧光标记的核苷酸(例如荧光素标记的UTP和/或CTP)的转录扩增将该标记物掺入转录的核酸。
备选地，可以将合适的可检测部分直接添加至原始核酸样品(例如来自目的组织的mRNA、polyA mRNA、cDNA等)或在原始核酸扩增结束后添加至扩增产物。将标记物如荧光标记物连接至核酸的方法是本领域技术人员熟知的并且包括例如切口翻译或通过激酶处理核酸(例如用标记的RNA)进行末端标记并随后连接核酸接头，其中所述核酸接头将样品核酸与标记物(如合适的荧光团)连接。
尽管本发明第一方面的方法最合适与人受试者联合使用，然而它也可以用于确定非人动物(例如马、犬、牛)中病毒性感染的治疗过程。
本发明的一个备选方法包括用于确定具有肝脏病毒性感染的受试者会应答于抗病毒疗法的可能性的方法，所述抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性，该方法包括：
(a)对来自受试者的样品分析选自下文表3中所列基因的至少一种基因的表达，
(b)比较该样品中所述基因的表达与对照样品中相同基因的表达。
该方法的一个实施方案是其中样品中所述基因与对照样品中相同基因的表达相比较而言改变的表达表明该受试者很可能不应答于该抗病毒疗法。
该方法的一个备选实施方案是其中样品中所述基因与对照样品中相同基因的表达相比较而言未改变的表达表明该受试者很可能应答于该抗病毒疗法。
相关于本发明的第一方面提供了用于开展本发明该方面的技术。尽管具体基因不同，然而技术人员会理解并能够鉴定根据这种方法待评估的靶分子以及鉴定可以使用的特定结合剂。
本发明人扩展了他们的工作，研究良好应答IFN治疗的感染受试者与不应答的那些感染受试者之间的差异以检验IFN诱导的Jak-STAT信号传导。
IFN结合至干扰素受体并激活Jak-STAT途径。这种激活中的核心事件是STAT1的磷酸化。本发明人发现用pegIFNα2b治疗受试者时，在大部分受试者中诱导了STAT1磷酸化。但是，STAT1磷酸化与抗病毒疗法中受试者对IFN治疗的应答性之间似乎没有相关性。但是，本发明人惊讶地发现检验样品中的STAT1时，应答者和非应答者中STAT1定位方面存在差异。已知STAT1易位至胞核并作为二聚体结合至ISG启动子中的特异性应答元件。全部快速应答的受试者在用pegIFNα2b治疗后具有IFN诱导的STAT1定位转变。相反，非应答性受试者(即具有预激活的IFN信号传导的那些受试者)没有可检测的STAT1转变，相反地，大部分肝细胞已经具有可察觉的核染色。
因此，根据本发明的第二方面，提供了用于确定具有肝脏病毒性感染的受试者会应答于抗病毒疗法的可能性的方法，所述抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性，该方法包括：检验来自该受试者的样品以鉴定STAT1的亚细胞定位。
如附属实施例中所述，本发明人已经确定STAT1在肝脏细胞的位置是受试者针对抗病毒疗法的应答性的预后标记物，所述的抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性。在那个数据中，显示在取自非RVR受试者(即，抗病毒疗法非应答者)的肝脏样品中大部分肝细胞在抗病毒疗法之前已经具有STAT1的可察觉的核染色，而来自RVR受试者的肝脏样品中肝细胞仅具有最小程度的核染色。在本领域没有公开或提出这个完全出乎意料的研究结果。
因此，如果肝脏样品中大部分肝细胞具有STAT1的核染色，则该受试者很可能不应答于包括刺激干扰素(IFN)活性的抗病毒疗法。相反，如果肝脏样品中极少数的细胞具有STAT1的核染色，则该受试者很可能应答于包括刺激干扰素(IFN)活性的抗病毒疗法。
优选地，该样品是肝脏样品。还优选地，该方法检验STAT1在肝细胞中的亚细胞定位。
用于确定肝脏样品中STAT1蛋白定位的方法是本领域中常规的。这种方法的例子是使用市售抗STAT抗体或其他特异性结合实体的标准免疫组织化学。后续实施例提供了用于确定肝脏样品中STAT1蛋白定位的详细方法。优选地，在本发明方法中检测的STAT1蛋白是磷酸STAT1。
“受试者”包括相关于本发明第一方面在上文定义的那些受试者。优选地，该受试者是人。
如上文所述，本发明基于这样的研究，其中本发明人研究了用pegIFNα治疗之前和治疗期间的慢性肝炎患者的肝脏活组织检查和外周血单核细胞(PBMC)的成对样品中IFN诱导的信号传导和ISG诱导；这将在后续实施例中更详细地描述。
本发明人确立了内源性IFN系统在众多感染的患者中持久地激活。另外，本发明人惊讶于具有预激活的IFN系统的患者与不良的IFN疗法应答相关。这个研究结果是违背直觉的，因为人们本来预期活跃的先天免疫系统在IFNα疗法期间将帮助消除病毒。
本发明人分析了肝脏活组织检查中的ISG表达并且进一步得出结论：存在其中HCV出人意料地诱导(不阻断)内源性IFN系统的患者，并且存在其中HCV不诱导(可能通过切割TRIF和/或Cardif所致)内源性IFN系统的患者，不过这种差异不影响HCV维持慢性感染的能力。
在IFN系统没有预激活的患者中，发明人发现pegIFNα2b在4小时内诱导肝脏中众多ISG的强烈(次)最大上调。出人意料地，这种高ISG表达水平已经存在于稍后不显示第4周快速病毒学应答的患者的治疗前活组织检查样品中。
还发现与HCV基因型2或3感染患者相比，内源性IFN系统的预激活更频繁地存在于HCV基因型1(和4)感染患者的肝脏活组织检查样品中。这是令人好奇的，因为众所周知与基因型1感染患者低于50％的治愈相比，可以治愈超过80％的基因型2和3感染患者。本发明人的研究结果-即内源性IFN系统预激活的频率和程度依赖于HCV基因型-为对HCV基因型治疗的不同易感性不同提供了解释。
本发明人认识到这些数据确立HCV干扰IFN信号传导并且因而损害治疗应答。另外，HCV抑制IFNα信号传导解释了内源性IFN系统的强烈预激活为何不导致自发消除HCV。本发明人不希望受任何假设约束，不过相信这意味着IFNα将不会在感染HCV的肝细胞中诱导抗病毒状态。在众多患者的肝脏中观察到的ISG上调随后仅将出现于非感染的肝细胞中。肝脏活组织检查中存在的ISG强烈诱导与这种模型一致，因为未感染的肝细胞比感染的肝细胞更多。在没有成功切割Cardif和/或TRIF的病毒感染的肝细胞中出现IFNβ产生。因为HCV-诱导Jak-STAT途径抑制，分泌的IFNβ将不在这些感染的肝细胞中而仅在未感染的毗邻细胞中诱导抗病毒状态。
本发明人认识到他们对HCV与免疫系统之间相互作用的新理解与设计和选择针对病毒性感染如HCV感染的治疗方案高度相关。因而本发明某些实施方案的目的是提供治疗病毒性感染的新手段。
根据本发明的第三方面，提供了减少IFN系统激活的物质用于预防或治疗肝脏病毒性感染的用途。
根据本发明的第四方面，提供了减少IFN系统激活的物质，用于制造预防或治疗肝脏病毒性感染的药物。
如上文和实施例中所阐述，本发明人已经认识到一些具有病毒性感染的受试者具有激活的IFN系统(和相关的ISG上调)并且这与使用IFN的后续抗病毒疗法的不良应答相关。这使得他们认识到根据本发明第三或第四方面的将阻止这种预激活的物质对降低IFN途径的活性有用并将有效地“激发”受试者，使得受试者将更好地应答使用IFN的后续抗病毒疗法。本发明人令人吃惊地建立了这些相关性，因为本领域技术人员本来预期受试者中提高的IFN活性与更好的病毒清除相关并且与不良应答治疗的受试者亚群不相关。
因而优选使用根据本发明第三或第四方面的物质来治疗具有病毒性感染的受试者，所述受试者还具有提高(相对于未感染的对照受试者而言)的IFN系统激活。
“减少”意指物质有效减少对ISG的刺激，从而ISG的表达水平没有显著不同于对照组织中的表达水平。
所述物质可以在治疗众多不同的肝脏病毒性感染中使用，所述肝脏病毒性感染包括乙型肝炎病毒感染和丙型肝炎病毒感染。最优选所述物质用来预防或减少丙型肝炎病毒(HCV)感染。
可以根据本发明使用的物质的例子包括以下情况，其中该物质可以结合至IFNα多肽并阻止IFN功能活性，例如抗体和其片段和衍生物(例如结构域抗体或Fab)。备选地，该物质可以通过充当针对IFNα受体(例如IFNAR1、IFNAR2a、b或c)的拮抗剂而作为IFN系统的竞争性抑制剂发挥作用。备选地，该物质可以抑制IFN途径中的酶或其他分子。备选地，该物质可以以如此方式结合至编码IFNα多肽的mRNA，从而导致减少该mRNA并因而减少IFNα多肽。备选地，该物质可以以如此方式结合至编码IFNα的核酸序列，从而导致减少所转录的编码IFNα多肽的mRNA的量。例如，该物质可以结合至IFNα基因的编码区或非编码区或结合至IFN DNA的5’或3’并因而减少该蛋白质的表达。
优选本发明第三和第四方面的物质结合至IFNα多肽、IFNα受体或结合至编码IFNα多肽的核酸。
存在众多不同的人干扰素α多肽序列。这些序列的比对结果在图8中显示。从这个比对结果已经确定以下的共有序列。该信息可以由技术人员用来开发针对IFNα多肽的结合物质。
当所述物质结合至IFNα多肽时，优选该物质结合至由已经正确折叠成其天然形式的蛋白质所定义的表位。应理解物种之间和基因型之间可以存在一些序列变异。因此，其他的优选表位包含来自基因变体的同等区域。可以使用以上在本发明第一方面中概述的序列相似性和同一性工具和数据库搜索方法鉴定来自其他IFN多肽的同等区域。
最优选该物质结合至IFNα多肽或其片段的保守区域。如从图8中IFNα多肽序列的比对结果可以看到，存在不同多肽之间保守的大量氨基酸序列区域。这种保守区域的例子是在该图中所示“共有”序列的第161至第174位置。
结合至这种区域的物质对IFNα活性具有特别明显的影响并且特别有效用于阻止IFN系统预激活并因而改善接受抗病毒疗法的受试者的HCV清除。
当所述物质结合至IFN受体时，优选该物质结合至IFN受体并抑制IFNα与IFN受体的结合。
存在众多不同的干扰素受体。这些干扰素受体的氨基酸序列在图9中显示。该信息可以由技术人员用来开发针对IFN受体多肽的结合物质。
优选该物质结合至该受体上由已经正确折叠成其天然形式的IFN受体蛋白所定义的表位。应理解物种之间和基因型之间可以存在一些序列变异。因此，其他的优选表位包含来自受体基因变体的同等区域。可以使用以上在本发明第一方面中概述的序列相似性和同一性工具和数据库搜索方法鉴定来自其他IFN多肽的同等区域。
本发明第三和第四方面的实施方案是其中所述物质是抗体或其片段。
抗体作为物质调节多肽活性的用途是熟知的。实际上，医学中日益增加地使用基于抗体的治疗剂。如上所述，本发明人认识到抗体可以通过与IFN系统结合用来平衡IFN系统或可以充当IFN受体的抑制剂。因此，显而易见此类物质具有作为药物用于改善HCV感染治疗的巨大用途。另外，此类抗体可以在本发明其他方面如上所述的预测方法中使用。
用于治疗人受试者的抗体可以针对以下对象产生：
(a)IFNα多肽本身或从IFNα多肽衍生的许多肽或包含与IFNα多肽中发现的那些氨基酸序列相对应的氨基酸序列的肽；或
(b)IFN受体或从IFN受体衍生的许多肽或包含与IFN受体中发现的那些氨基酸序列相对应的氨基酸序列的肽。
优选针对源自人IFNα多肽、人IFN受体和其肽衍生物和片段的抗原结构产生抗体。
抗体可以通过注射抗原至动物作为多克隆血清产生。优选可以通过使用本领域已知的技术，以抗原(例如完整IFNα多肽或其片段)接种动物(例如兔)产生多克隆抗体。
备选地，抗体可以是单克隆的。常规杂交瘤技术可以用来产生此类抗体。用来产生本发明中使用的单克隆抗体的抗原可以与用来产生多克隆血清的抗原相同。
在其最简单的形式下，抗体或免疫球蛋白是通常用抗体γ-免疫球蛋白(IgG)类作为例子的Y形分子。该分子由四条多肽链：每条分别大约50kD的两条相同重链(H)和每条分别大约25kD的两条相同轻链(L)组成。每条轻链通过二硫键和非共价键与重链结合(H-L)。两个相同的H-L链组合通过与两条H链之间相似的非共价键和二硫键连接以形成基本的四链免疫球蛋白结构(H-L)2。
轻链免疫球蛋白由1个V-结构域(VL)和1个恒定结构域(CL)组成，而重链由1个V-结构域和取决于H链同种型的3个或4个C-结构域(CH1、CH2、CH3和CH4)组成。
序列变动巨大的可变(V)结构域位于每条轻链或重链的氨基端区域并且负责与抗原的特异性结合。抗体对抗原的特异性实际上由V区内部称作高变环或互补决定区(CDR)的氨基酸序列决定。每条H链和L链V区具有3个这样的CDR，并且正是全部6个CDR的组合才形成抗体的抗原结合位点。显示较少变异并支撑高变环的其余V区氨基酸称作构架区(FR)。
可变结构域之外的区域(C-结构域)在序列上相对恒定。将理解本发明抗体的表征特性是VH和VL结构域。将进一步理解总体而言CH和CL结构域的确切本质对本发明是不重要的。实际上，用于本发明中的优选抗体可以具有极不同的CH和CL结构域。另外，如下文更充分地讨论，优选的抗体功能性衍生物可以包含没有C-结构域的可变结构域(例如scFV抗体)。
认为是本发明第三和第四方面的物质的优选抗体可以具有VL(第一结构域)和VH(第二结构域)结构域。其衍生物可以具有75％序列同一性、更优选具有90％序列同一性并且最优选地具有至少95％序列同一性。将理解大部分序列变异可以出现在构架区(FR)中，而所述抗体及其功能性衍生物的CDR的序列应当是最保守的。
本发明第三和第四方面物质的众多优选实施方案涉及同时具有可变结构域和恒定结构域的分子。但是，将理解本发明也包括基本上包含抗体可变区而无任何恒定区的抗体片段(例如scFV抗体或FAb)。
被视为本发明第三和第四方面物质的scFV抗体片段可以包含针对IFN多肽产生的抗体的完整VH和VL结构域。所述VH和VL结构域可以被合适的接头肽隔开。
在一个物种内产生的抗体并且尤其是mAb已知在用来治疗不同物种时具有严重缺陷。例如当在人类中使用鼠抗体时，这些抗体总是具有血清中短的循环半寿期并且可以被正在治疗的患者的免疫系统识别为外来蛋白。这可以导致不希望的人抗小鼠抗体(HAMA)应答发生。当需要频繁施用抗体时，这尤其麻烦，因为该抗体可以增强其清除作用、阻断其治疗作用并诱导超敏反应。这些因素限制了小鼠单克隆抗体在人疗法中的使用并且促进抗体工程技术的发展以产生人源化抗体。
因此，在意图使用能够降低IFN活性的抗体作为治疗剂以在人受试者中治疗HCV感染的情况下，则优选使非人来源的抗体及其片段被人源化。
可以通过将V区序列(例如源自非人杂交瘤中产生的单克隆抗体)与来自人抗体的C区(并且理想地是来自V区的FR)序列剪接起来实现人源化。所得的“工程化”抗体在人中比衍生所述工程化抗体的非人抗体具有更小的免疫原性并且因而更好地适于临床用途。
人源化抗体可以是其中使用重组DNA技术将啮齿类免疫球蛋白恒定区替换为人抗体恒定区的嵌合单克隆抗体。嵌合H链和L链基因随后可以克隆到含有合适调节元件的表达载体并导入哺乳动物细胞以产生充分糖基化的抗体。通过为该过程选择适宜的人H链C区基因，可以预先确定抗体的生物学活性。此类嵌合分子可以根据本发明用来治疗或预防癌症。
抗体的进一步人源化可以涉及抗体的CDR移植或重构。通过移植非人抗体的重和轻链CDR(其形成抗体的抗原结合位点)至人抗体的相应构架区产生此类抗体。
人源化抗体片段代表根据本发明使用的优选物质。可以通过筛选人抗体可变链的噬菌体文库鉴定识别IFNα多肽或IFN受体上表位的人FAb。本领域已知(例如由Morphosys或Cambridge Antibody Technology开发的)的技术可以用来产生可以作为本发明物质使用的Fab。简而言之，人组合Fab抗体文库可以通过将源自单链Fv文库的重和轻链可变区转移至Fab展示载体产生。该文库可以产生2.1×1010种不同的抗体片段。该肽随后可以用作“钓饵”从该文库鉴定具有所需结合特性的抗体片段。
结构域抗体(dAb)代表可以根据本发明的这个实施方案使用的另一种优选物质。dAb是抗体的最小功能性结合单位并且对应于人抗体重或轻链的可变区。此类dAb可以具有约13kDa的分子量(对应于完整抗体的约1/10(或更小)尺寸)。
根据本发明第三和第四方面的另一个实施方案，肽可以用来降低IFNα多肽的活性。此类肽代表根据本发明使用的其他优选药物。这些肽可以例如从肽文库通过鉴定该文库的哪个成员能够降低IFNα多肽的活性或表达予以分离。可以使用噬菌体展示技术产生合适的文库。
适配子代表本发明第三和第四方面的另一种优选物质。适配子是采取序列依赖性特定形状并且基于适配子与配体之间的锁-钥匹配而与特定靶配体结合的核酸分子。一般而言，适配子可以包含单链或双链DNA分子(ssDNA或dsDNA)或单链RNA分子(ssRNA)。适配子可以用来结合核酸和非核酸靶。因此，可以产生识别并因而降低IFNα的活性或表达的适配子。可以从随机序列汇集物选择合适的适配子，从所述随机序列汇集物中可以鉴定以高亲和力与所选靶分子结合的特定适配子。用于产生和选择具有所需特异性的适配子的方法是本领域技术人员熟知的并且包括SELEX(指数富集的配体系统进化)法。简而言之，产生大的寡核苷酸文库，从而允许通过反复的体外选择过程并随后通过聚合酶链反应扩增来分离庞大数目的功能性核酸。
反义分子代表本发明第三和第四方面的另一种优选物质。反义分子一般是这样的单链核酸，该单链核酸可以与一种基因产生的互补核酸序列特异性结合并使该基因失活，从而有效地“关闭”该基因。如技术人员所理解，该分子称作“反义”，原因是它互补于称作“有义”序列的该基因的mRNA。反义分子一般是15至35碱基长度的DNA、RNA或化学类似物。反义核酸已经实验地用来结合于mRNA并阻止特定基因的表达。这已经导致发展“反义疗法”作为治疗癌症、糖尿病和炎性疾病的药物。反义药物最近已经由美国FDA批准用于人类治疗用途。因此，通过设计针对编码IFN多肽的多核苷酸序列的反义分子，将有可能减少细胞中IFNα多肽的表达并因而降低IFNα活性和减少HCV感染中所见到的预激活。图8中提供编码IFNα多肽的多核苷酸序列。
小的干扰性RNA(siRNA)，有时称做短的干扰性RNA或沉默性RNA，代表本发明第三和第四方面使用的其他优选物质。如上所述，本发明人认识到IFN系统的预激活与抗病毒疗法耐受有关。因而显而易见的是，可以减少IFNα表达的siRNA分子在制备用于治疗HCV感染的药物中具有巨大用途。siRNA是一类20-25核苷酸长的参与RNA干扰途径(RNAi)的RNA分子，其中siRNA可以借助所述RNA干扰途径引起特定基因的表达减少，或特异地干扰这种mRNA的翻译，因而抑制由该mRNA编码的蛋白质的表达。siRNA具有充分定义的结构：在任意末端具有2个核苷酸3’突出端的短(通常21个核苷酸)RNA双链(dsRNA)。每条链具有一个5’磷酸基团和一个3’羟基(-OH)。在体内，这个结构是Dicer(一种将长dsRNA或发夹RNA转变成siRNA的酶)加工的结果。siRNA也可以通过多种转染方法外源(人为)地导入细胞以引起目的基因的特异性敲减。因而基于与适宜定制的siRNA的序列互补性，可以靶向序列已知的基本上任何基因。鉴于基本上敲减任何目的基因的能力，借助siRNA的RNAi已经在基础及应用生物学中激起巨大兴趣。设计旨在鉴定多种生物学途径中重要基因的大规模RNAi筛选的数目日益增加。由于疾病过程也依赖于多个基因的活性，预期在一些情况下用siRNA关闭某基因的活性可能产生治疗益处。因而他们的发现已经导致将RNAi用于生物医学研究和药物开发的兴趣激增。治疗性RNAi试验的最近I期结果表明siRNA被良好地耐受并具有合适的药代动力学特性。siRNA和相关RNAi诱导方法因此代表在可见的未来变成一种重要的新类型药物。针对编码IFNα多肽的核酸所设计的siRNA分子可以用来减少IFNα的表达并因而导致减少IFN系统的预激活。因此，本发明这个方面的实施方案是其中所述物质是与IFNα多核苷酸具有互补序列的siRNA分子。
图8中提供了编码IFNα多肽的多核苷酸序列。
使用如此信息，设计具有与IFNα多核苷酸互补的序列的siRNA分子是简单明了的并且完全在技术人员能力范围内。例如，简单的互联网搜索提供了可以用来设计siRNA分子的多个网址。
“siRNA分子”包括20至25个核苷酸长的双链RNA分子，以及组成siRNA分子的两条RNA单链中的每条链。
最优选使用发夹RNA(shRNA)形式的siRNA。这种shRNA可以包含由间隔序列(例如约9个核苷酸长)连接的两个互补siRNA分子。所述互补siRNA分子可以折叠从而它们结合在一起。
能够切割编码IFNα多肽的RNA或DNA的核酶代表本发明第三和第四方面的另一种优选物质。
优选本发明第三和第四方面的物质能够减少待治疗的受试者中IFN系统的激活，但不降低提供至该受试者的后续抗病毒疗法的活性。
例如，在本发明第三和第四方面的物质是抗体或其片段的情况下，则优选该物质可以结合至内源性IFNα多肽并降低其活性，但不结合至外源供应的IFNα多肽并且不降低其活性。可以使用例如本领域的方法和在本发明这个方面先前提供的信息衍生此类抗体。
将理解根据本发明需要的物质的量通过生物学活性和生物利用率决定，这转而取决于施用模式和该物质的物理化学特性。施用频率也将受以上提及的因素并且尤其受该物质在治疗的靶组织或受试者内部的半寿期影响。
已知方法如制药工业常规使用的那些方法(例如体内实验、临床试验等)可以用来建立所述药物的具体制剂和确切治疗方案(如每日剂量和施用频率)。
通常，某物质的0.01μg/kg体重与0.1g/kg体重之间的每日剂量可以用于治疗HCV感染的治疗方案中；更优选地，每日剂量在0.01mg/kg体重与100mg/kg体重之间。
例如，本发明抗体的合适剂量是10μg/kg体重-100mg/kg体重、更优选约01mg/kg体重-10mg/kg体重并且最优选约6mg/kg体重。
每日剂量可以作为单次施用给予(例如单次每日注射或从吸入器单次给药)。备选地，该物质(例如抗体或适配子)可能需要在一日期间施用2次或多次。
本发明的药物应当包含治疗有效量的所述物质和可药用载体。
“治疗有效量”是施用至受试者时抑制或阻止癌症生长或转移的本发明物质的任意量。
“受试者”可以是脊椎动物、哺乳动物、家畜或人。优选待治疗的受试者是人。当情况如此时，可以这样设计所述物质，从而它们最适合人疗法(例如如上文讨论的抗体人源化)。但是，也将理解所述物质也可以用来治疗有兽医意义的其他动物(例如马、犬或猫)。
如本文中提及的“可药用载体”是本领域技术人员已知用于配制药物组合物的任意生理学载体。
在一个实施方案中，药物可以包含约0.01μg和0.5g的所述物质。更优选地，所述物质在组合物中的量在0.01mg与200mg之间并且更优选在大约0.1mg与100mg之间并且甚至更优选在约1mg与10mg之间。最优选地，该组合物包含大约2mg与5mg之间的所述物质。
优选地，药物包含大约0.1％(w/w)至90％(w/w)并且更优选1％(w/w)至10％(w/w)的所述物质。该组合物的剩余部分可以包含载体。
核酸剂可以通过掺入脂质体送递至受试者，备选地，“裸”DNA分子可以通过合适的方法(例如直接内吞摄取)插入受试者的细胞。核酸分子可以通过转染、感染、微量注射、细胞融合、原生质体融合或微粒轰击法转移至待治疗的受试者的细胞中。例如，转移可以通过使用涂敷金粒子的射弹转染、含有DNA分子的脂质体、病毒载体(例如腺病毒)和通过局部直接施加DNA分子至靶组织或注射来提供直接DNA摄取(例如内吞)。
可以以众多方式使用所述抗体或其功能性衍生物。例如，可能需要全身性施用，在这种情况下所述抗体或其衍生物可以包含于组合物内部，所述组合可以例如以片剂、胶囊剂或液体剂形式口服地摄入。优选所述抗体或其衍生物通过注射被施用至血流。注射可以是静脉内(大丸剂或输注)注射或皮下(大丸剂或输注)注射。备选地，所述抗体可以直接注射至肝脏。
核酸或多肽治疗性实体可以在具有众多不同形式的药物组合物中组合，其中所述的形式尤其取决于该组合物待使用的方式。例如，该组合物可以是粉剂、片剂、胶囊剂、液体剂、油膏剂、乳膏剂、凝胶剂、水凝胶剂、气雾剂、喷雾剂、胶束、透皮贴剂、脂质体或可施用至人或动物的任何其他合适形式。将理解本发明组合物的载体应当是由给予所述组合物的受试者良好耐受并且优选地能够送递该治疗药至靶细胞、组织或器官的一种载体。
在一个优选的实施方案中，药物载体是液体并且药物组合物是溶液剂形式。在另一个实施方案中，药物载体是凝胶和该组合物是膏剂等形式。
包含此类治疗实体的组合物可以以多种形式使用。例如，可能需要全身性施用，在这种情况下所述实体可以包含于组合物内部，所述组合可以例如以片剂、胶囊剂或液体剂形式口服地摄入。备选地，该组合物可以通过注射施用至血流。注射可以是静脉内(大丸剂或输注)注射或皮下(大丸剂或输注)注射。所述实体可以通过吸入(例如鼻内)施用。
治疗性实体也可以并入缓慢或延迟释放的装置中。此类装置例如可以插在皮肤上或皮肤下，并且化合物可以经数周或甚至数月释放。当需要用实体长期治疗时并且通常将需要频繁施用(例如至少每日注射)的情况下，此类装置可能尤其有利。
本发明第一方面的物质尤其用于预处理即将经历以具有IFN(例如pegIFN)和抗病毒药如利巴韦林的抗病毒疗法治疗的患者。因而优选在启动用IFN和利巴韦林的疗法之前，将所述物质施用至病毒感染的个体。
在用相对于本发明第三和第四方面定义的物质预处理与抗病毒疗法之间的时间长度可取决于所用的物质。例如，在所述物质能够减少待治疗的受试者中IFN系统的激活，但不降低提供至该受试者的后续抗病毒疗法的活性的情况下，则时间长度可以极短。例如，可以同时地治疗，或甚至用联合治疗方案治疗受试者。
如果所述物质不是明显的，则时间长度可以取决于该物质的性质。例如，已知外源供应的抗体用约4至6周以从人体中清除。因此，如果所述物质是针对IFNα多肽或受体或IFN系统其他此类成员的抗体，则优选后续抗病毒疗法在4至6周后、优选至少6周后提供给该患者。
技术人员施行本发明第一方面方法所需要的多种元件可以并入一个试剂盒中。
因此，根据本发明的第五方面，提供了用于确定具有肝脏病毒性感染的受试者会应答于抗病毒疗法的可能性的试剂盒，所述抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性，该试剂盒包含：
(i)用于分析受试者样品中来自上文所列和表2中所示每个基因集合的至少一种基因的表达的工具；和，任选地，
(ii)用于比较该样品中所述基因的表达与对照样品中相同基因的表达的工具。
“用于分析受试者样品中来自上文所列和表2中所示每个基因集合的至少一种基因的表达的工具”包括在本发明第一方面给出的特异性结合分子，所述特异性结合分子可以靶向代表样品中基因表达的分子。优选地，该特异性结合分子是上文提及的寡核苷酸探针、抗体、适配子或结合蛋白或小分子。
“用于比较该样品中所述基因的表达与对照样品中相同基因的表达的工具”包括上文在本发明第一方面中提及的对照样品。也包括本文中提及的对照参考数据。
本发明第五方面的试剂盒也可以包含：(iii)用于分析所述基因的表达的相关缓冲液和试剂。
试剂盒配备的缓冲液和试剂可以是液体形式并且优选地以预量的等份样提供。备选地，所述缓冲液和试剂可以是用于稀释的浓缩(或甚至粉)形式。
技术人员施行本发明第二方面方法所需要的多种元件可以并入一个试剂盒中。
因此，根据本发明的第六方面，提供了用于确定具有肝脏病毒性感染的受试者会应答于抗病毒疗法的可能性的试剂盒，所述抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性，该试剂盒包含用于检验来自该受试者的样品以鉴定STAT1的亚细胞定位的工具。
“用于检验来自该受试者的样品以鉴定STAT1的亚细胞定位的工具”包括在本发明第二方面给出的特异性结合分子，所述特异性结合分子能够鉴定STAT1的亚细胞定位。优选地，该特异性结合分子是抗STAT抗体；优选地是抗磷酸STAT1抗体。
本发明第六方面的试剂盒也可以包含：(iii)用于鉴定STAT1的亚细胞定位的相关缓冲液和试剂。
试剂盒配备的缓冲液和试剂可以是液体形式并且优选地以预量的等份样提供。备选地，所述缓冲液和试剂可以是用于稀释的浓缩(或甚至粉)形式。
本文(包括后续任意权利要求、摘要和附图)中所述的全部特征和/或披露的任意方法或过程的全部步骤可以与上述方面中任意者以任何组合方式组合，不包括其中此类特征和/或步骤中至少一些是相互排斥的组合。
本发明现在将参考以下实施例和附图进一步描述，其中：
图1.肝脏和PBMC中PegIFN-α2b诱导的基因表达调节。
(A)快速应答者在应答于PEG化IFN-α2b时比非RVR患者显著地上调或下调更多的基因。显示在多于60％患者的肝脏中显著改变大于2倍、大于1.5倍或大于1.3倍和PBMC中显著改变大于5倍和大于2倍的基因的数目。
(B)在RVR组与非RVR组中至少60％患者应答于PEG化IFN-α显著地(p＜0.05)上调或下调大于1.5-倍的基因的维恩图。
(C)在RVR患者的肝脏与PBMC中至少60％患者应答于PEG化IFN-α显著地(p＜0.05)上调或下调大于2倍的基因的维恩图。
图2.HCV感染患者中PegIFN-α2b诱导的基因调节在RVR患者与非RVR患者的肝脏之间和在肝脏与PBMC之间显示重大差异。
(A)从RVR患者中B-1与B-2之间被显著调节大于1.5倍的基因名单中选出5种ISG(Mx1、Viperin、Mda5/helicard、OAS1、USP18)。在非RVR患者的肝脏中，这些基因的表达在治疗前已经是高的(泳道9-13)并在PEG化IFNα后没有进一步升高(泳道20-24)。在RVR患者中，治疗前表达(泳道3-8)类似于对照(泳道1-2)，并且PEG化IFNα诱导强烈的上调(泳道3-8与泳道14-19比较)。在PBMC中未见预活化(泳道25-46)。Y轴显示原始表达值。
(B)在RVR和非RVR患者中应答PEG化IFN-α2b时肝脏中上调的基因(CCL8)例子。
图3.所选择ISGs的和PP2A催化亚基的RT-qPCR分析。
(A)USP18 mRNA的RT-qPCR分析结果支持阵列数据。描述了个体患者中B-1与B-2之间的USP18 mRNA的诱导倍数。
(B)PP2Ac表达在EVR患者中显著低于PNR患者。
(C)所选ISG在治疗前活组织检查中的表达水平在EVR患者中低于PNR患者。
(D)与基因型2或3相比较而言，在感染基因型1的患者中USP18和IFI27在治疗前活组织检查中的表达水平显著较高。在图片B、C和D中，Y轴显示相对于GAPDH表达的表达。用非配对t-检验对USP18并用Mann-Whitney检验对其余全部基因进行统计学显著性检验。N＝每一组中患者的数目。
图4.肝脏活组织检查中Jak-STAT信号作用的分析。
(A)在pegIFN-α2b治疗之前(B-1)和之后(B-2)收集的肝脏活组织检查提取物中的STAT1磷酸化。通过使用PY(701)-STAT1特异性抗体的蛋白质印迹分析提取物。大部分患者显示应答于pegIFN-α2b时肝脏中的磷酸化STAT1增高。使用计算集成强度(千计数×mm2)的Odyssey成像软件将信号量化。值代表B-2样品中磷酸化的增高倍数。将印迹物剥离并再次探测作为每一对样品的载样对照使用的总STAT1。
(B)肝脏活组织检查中的磷酸-STAT1的免疫组织化学染色揭示非RVR患者治疗前活组织检查中的微弱核染色。
显示了RVR和非RVR患者的B-1和B-2的代表性例子。在RVR患者的治疗前活组织检查中明显没有核染色(4号患者)。胞核的淡蓝色源自用苏木精复染色。pegIFNα治疗4小时后，RVR患者的大部分肝细胞显示强烈核染色。在非RVR患者中，微弱核染色在治疗前活组织检查中已经存在，并且pegIFNα诱导少许的肝细胞变化。增加的可见核染色限于枯否氏细胞。
图5
全部患者活组织检查样品中基因表达的优势模式显示为热图(heatmap)。使用至少60％RVR中以p值小于0.05改变大于2倍的一组176种基因产生该图。原始表达值的颜色代码显示于左侧。众多基因在对照患者和RVR患者的治疗前活组织检查(B-1)中具有低表达水平，并在非RVR患者的B-1中和在全部B-2样品中具有可比较的高表达水平。
图6
以第4周对治疗的应答作为分组标准，肝脏活组织检查样品和PBMC中监督式分类器(Supervised classifier)预测结果。
(A和B)以所用4种统计检验(支持矢量机(Support Vector Machine)、稀疏线性判别分析(Sparse Linear Discriminant Analysis)、Fisher线性判别分析、K Neirest Neighbors)中的任一检验法，PBMC-1和PBMC-2样品的监督式分类器预测结果没有产生预测性基因的有用名单。错误分类率对于PBMC-1是52％并且对于PBMC-2是47％。
(C)使用两个应答组的B-2活组织检查的监督式分类器预测结果产生一组173种基因(180种转录物)作为治疗结果的最佳预测物，错误分类率14％。
(D)使用两个应答组的B-1活组织检查的监督式分类器预测结果揭示一组83种基因(91种转录物)作为治疗结果的最佳预测物，错误分类率9％。
图7
(A)对肝脏活组织检查中磷酸-STAT1的免疫组织化学染色的半定量评估。肝细胞的核染色通过在所示患者(患者编号对应于表1中的编号)的B-1(蓝色)和B-2(红色)样品中200个肝细胞的重复计数(5次)量化。在4/5的非RVR患者中，相当大比例的肝细胞具有微弱但清晰的在治疗前活组织检查中已经存在的核染色。全部RVR患者在治疗前没有胞核中的磷酸-STAT1信号，不过在peg IFNα后显示强烈诱导。
(B)应答于pegIFNα2b的STAT-DNA结合作用的诱导在大部分非RVR患者中被破坏。使用放射标记的SIE-m67寡核苷酸探针，以EMSA分析来自B-1和B-2样品的核提取物。星号(＊)表示已经结合该寡核苷酸序列的激活的STAT1二聚体的信号。凝胶移位图片上方的编号代表患者编号。上半部分图片显示在第4周具有快速应答的6位患者(编号1-6)。下半部分图片显示在第4周没有病毒学应答的5位患者(编号7-11)。
图8：人干扰素α的氨基酸和核苷酸序列。
图9：人干扰素受体1的氨基酸和核苷酸序列。
图10：人干扰素受体2的氨基酸和核苷酸序列。
图11：人干扰素受体2b的氨基酸和核苷酸序列。
图12：人干扰素受体2c的氨基酸和核苷酸序列。
实施例1
1.1方法
1.1.1受试者样品和治疗
获得了来自11位慢性HCV感染受试者的成对的人肝脏活组织检查样品。从2006年1月至2007年4月，请求称作巴塞尔大学医院临床肝脏外部受试者(outsubject)的全部慢性丙型肝炎受试者允许出于研究目的使用他们的诊断性肝脏活组织检查样品。肝脏活组织检查样品通过超声波引导技术，使用同轴针获得。
在取出2份20至25mm长的活组织检查标本用于常规组织病理学检查以根据Metavir评估系统对肝脏疾病评级和确定阶段后，剩余的5至20-mm长的活组织检查圆柱物标记为B1(用于活组织检查1)并作为将来研究参与者的处理前样品贮存。将PEG化IFNα2b(Essex Chemie AG，瑞士)处方给予参与该项研究的全部受试者。在第一次pegIFNα2b注射后4周进行第二次活组织检查(B2)。在第二次活组织检查后进行利巴韦林的首次给药以避免其他干扰因素。该方案由巴塞尔大学医院伦理委员会批准。从全部受试者获得书面告知的同意书。
此外，用于外周血单核细胞(PBMC)分离的血液在治疗前和首次pegIFNα2b注射后4小时后收集。
HCV受试者接受采用pegIFNα2b(1.5μg/kg体重)和利巴韦林(基于体重给药：＜65kg：800mg/d；65-85kg：1g/d；＜85kg：1，2g/d)的标准联合疗法。HCV-RNA在治疗启动前、在治疗第4周和第12周量化(表1)。治疗持续期对于具有基因型2/3的受试者是24周并且对于具有基因型1的受试者是48周。对于该研究中所包含的11位受试者，2位受试者(编号10和11)具有明显的非应答并且在第12周停止治疗。对于剩余9位受试者，2位受试者(编号1和2)以终末治疗应答完成该治疗。
作为非HCV对照，接受超声波引导肝脏活组织检查病灶(癌转移)的两位受试者为从病灶外部正常肝脏组织的活组织检查出具告知同意书。再次，将一部分活组织检查标本用于用于常规组织病理学诊断，并且剩余组织用于提取RNA，如稍后所述。两份对照样品在常规组织病理学检查中经证实显示无肝脏疾病。
1.1.2IFNα血清浓度的测量
使用来自PBL生物医学实验室的人干扰素αELISA试剂盒，根据制造商说明书测量治疗前hIFNa血清水平和首次注射4小时后pegIFNα2b的血清浓度。先前已经证明该ELISA试剂盒识别非PEG化的和PEG化的人IFNα34。
1.1.3来自人肝脏活组织检查的提取物的制备
肝脏活组织检查样品用于制备完整细胞、细胞浆和细胞核的提取物。对于完整细胞提取物，样品在含有100mmol/l NaCl、50mmol/l Tris pH 7.5、1mmol/lEDTA、0.1％Triton X-100、10mmol/l NaF、1mmol/l苯甲基磺酰氟和1mmol/l钒酸盐的100μl裂解缓冲液中进行杜恩斯匀浆。裂解物在4℃以14,000转/分钟离心5分钟。蛋白质浓度由Lowry(BioRad ProteinAssay)法测定。
对于胞核提取物和胞浆提取物，在含有200mmol/lHepes pH 7.6、10mmol/l KCI、1mmol/l EDTA、1mmol/l EGTA、0.2％NP-40、10％甘油和0.1mmol/l钒酸盐的低盐缓冲液中裂解肝脏。以15,000转/分钟离心5分钟后，将沉淀重悬于高盐缓冲液(补充有420mmol/L NaCl的低盐缓冲液)中。离心后，制得用于电泳迁移率变动测试(EMSA)的胞核提取物等分试样。
1.1.4蛋白质印迹和电泳迁移率变动分析
10μg来自人肝脏裂解物的总蛋白上样以进行十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳并转移至硝化纤维素膜上(Schleicher&Schuell，Bottmingen，Switzerland)。所述膜在3％BSA/乳(1∶1)-0.1％Triton X-100中封闭1小时，用Tris缓冲盐水Tween-20(TBST)洗涤并在4℃与第一抗体孵育过夜。
蛋白质用针对磷酸化STAT1(PY(701)-STAT1(Ceu Signaling，Bioconcept，Allschwil，瑞士)和STAT1(羧基端；Transduction Laboratories，BD Biosciences，Pharmingen)特异的第一抗体检测。用TBST洗涤3次后，膜在室温与红外荧光山羊抗小鼠(IRDye 680)或抗兔(IRDye 800)第二抗体(二者均来自LI-COR Biosciences)孵育1小时。印迹物由LI-COR的Odyssey红外成像系统分析。在单一扫描中获得红外图像并且使用集成强度量化信号。
作为加载对照，将膜剥离并与抗β-肌动蛋白抗体(Sigma)孵育。
EMSA使用2μg核提取物和与STAT应答元件序列相对应的32P-放射标记的DNA-寡核苷酸血清诱导型元件(SIE)-m67进行25。
1.1.5免疫组织化学
将标准的间接免疫过氧化物酶方法用于免疫组织化学(ABC-Elite，Vectra Laboratories)。将4-mm厚的切片从石蜡块切下、再水化、预处理(在ER2溶液中20分钟)、与针对磷酸-STAT1的单克隆兔抗体(稀释度1∶200，#9167 Cell Signaling)孵育并用苏木精复染。整个染色流程(脱水、预处理、孵育、复染和计数)以自动染色仪(
Vision BioSystems Europe，Newcastle-upon-Tyne，UK)进行。为量化核磷酸-STAT1染色，对每位患者的每份B-1和B-2样品计数5次200个肝细胞。在附图3中显示带标准偏差的均值。
1.1.6RNA分离和微阵列分析
使用RNeasy Mini试剂盒(Qiagen)，根据制造商说明书从肝脏和PBMC样品提取总RNA。分装RNA并和贮藏于-80℃。使用代表超过56,000种转录物和变体的每种转录物具有11条完全匹配/错配探针对的Affymetrix人基因组U133 Plus 2.0阵列，通过微阵列分析评估肝脏和PBMC中的基因表达。该微阵列杂交在巴塞尔Friedrich Miescher生物医学研究所的功能基因组机构进行。使用Affymetrix单循环扩增试剂盒如制造商说明书所述，逆转录并生物素化来自每份样品的总RNA(1-2μg)。生物素化cRNA(20μg)通过在镁存在下加热(如Affymetrix的说明书所述)进行片段化并且将15μg片段化的cRNA根据制造商说明书杂交至人U133 Plus 2.0基因芯片。使用来自Genedata AG(巴塞尔，瑞士)的Refiner 4.1进行质量控制和背景归一化。使用Refiner 4.1中的GC-RMA执行获得表达值评估。在Genedata′s Analyst4.1软件包中执行针对值500回应存在(检测P-值＜0.04)的基因的LOWESS归一化和中位数标度。LOWESS-归一化的数据在本文中称作“原始”表达值。我们还通过每个基因除以其中位数旨在使其表达水平以1.0为中心而对所述基因进行逐点划分。这种定标的数据仅显示变化的幅度和方向，而不显示绝对表达水平。定标的数据用于聚类分析。除非说明，使用所述原始数据进行全部其他分析。
使用来自Genedata AG的
Analyst 4.1进行数据分析。要求基因以P＜0.05通过t-检验并具有每个组内部至少60％患者中的配对患者样品之间1.3、1.5、2和5或更大的中位数倍数改变。对于使用在第4周应答作为分组标准的肝脏活组织检查样品和PBMC的监督式分类器预测结果，使用4种统计检验(支持矢量机、稀疏线性判别分析、Fisher线性判别分析、K Nearest Neighbors)。可对所用的每个检验确定错误分类率并且选择具有最低错误分类率的检验。
1.1.7RNA分离、逆转录和SYBR-PCR
阵列数据通过定量实时RT-PCR分析几种受IFN调节的基因(包括STAT1、IP10、USP18、IFI27、SOCS1和SOCS3)确证。
使用RNeasy Mini试剂盒(Qiagen)，根据制造商说明书从肝脏提取总RNA。该RNA由莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(Promega Biosciences，Inc.，
瑞士)在随机六聚体(Promega)和脱氧三磷酸核苷存在下逆转录。反应混合物在70℃孵育5分钟并随后在37℃孵育1小时。该反应通过在95℃加热5分钟终止。SYBR-PCR基于SYBR绿色荧光(SYBR绿色PCR主混合物；Applied Biosystems，Foster City，CA)进行。跨越外显子-内含子接点设计针对GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)、STAT1、诱导蛋白10(IP10)、SOCS1、SOCS3、USP18、IFI27和PP2Ac的引物。在表4中显示引物序列。通过从STAT1或其他目的转录物的CT值中扣除充当内部对照的GAPDH的CT值而获得循环阈值的差(ΔCT)。通过使用ABI 7000序列检测系统(AppliedBiosystems)一式两份开展全部反应。源自ΔCT值的相对于GAPDH，使用公式2-ΔCT计算转录物的mRNA表达水平。根据公式2^(ΔCTB-1-ΔCTB-2)，将肝脏活组织检查的成对样品中的表达变化计算为倍数变化。使用美国加利福尼亚州圣迭哥GraphPad软件的用于Macintosh的4.00版GraphPad Prism，www.graphpad.com，进行箱线图(Box plot)绘制、非配对t-检验和Mann Whitney检验。
1.2结果
患者和对治疗的应答
本研究中包括11位患者，4名女性和7名男性，以根据体重调整的每周一次皮下注射pegIFNα2b联合每日口服利巴韦林2次进行治疗。他们全部进行2次肝脏活组织检查，治疗前活组织检查(B-1)和第一次注射pegIFNα2b后4小时获得的第二次活组织检查(B-2)。我们选择分析pegIFNα2b注射后4小时的基因表达，因为黑猩猩肝脏中由pegIFNα诱导ISG的动力学在此时间最大并且随后是众多基因的迅速下调(22)。我们认识到可能错过了某些晚期诱导的ISG上调，不过因为迅速下调，在使用更晚的时间点时，我们会错失更多的ISG。
5位患者感染了HCV基因型1，并且3位患者感染了HCV基因型2和3位患者感染了HCV基因型3(表1)。6位患者在治疗4周具有阴性血清HCV RNA并且被划分为RVR，而5位患者在第4周仍为HCV RNA阳性(非RVR)。具有RVR的全部6位患者在第12周仍为HCV RNA阴性(EVR)。5位非RVR患者中2位患者在治疗12周后显示病毒载量大于2log10下降并且被划分为EVR。3位患者在第12周是非应答者(原发性非应答者，PNR)(表1)。
在治疗前，全部患者中的血清IFNα浓度低于检测限，并且与先前发表的药代动力学数据(24)一致，在pegIFNα2b注射后4小时获得的样品中是在34与360pg/ml之间(数据未显示)。在第4周的病毒学应答与注射后4小时的血清IFNα浓度之间不存在显著相关性。另外，尽管存在血清IFNα水平的差异，然而全部患者在PMBC中显示相似的ISG诱导作用(见下文)。
IFN-诱导的靶基因调节
用Affymetrix U133plus2.0阵列分析B-1和B-2样品中的基因表达并且还分析PBMC中的基因表达，其中所述的PBMC从首次pegIFNα2b注射之前(PBMC-1)和之后4小时(PBMC-2)获得的血液分离。对于每位患者，鉴定在治疗后的样品中上调或下调大于1.3倍、1.5倍、2倍或5倍的基因并保存在基因名单中。这些名单用来鉴定在RVR组和非RVR组中至少60％患者中显著(p＜0.05)上调或下调的全部基因。在这项分析中，发现RVR患者比非RVR的患者上调或下调数目更多的基因(图1A)。例如在RVR组中，500种基因显著地改变大于1.5倍，而在非RVR组中仅149种基因是这样。总体上，与非RVR患者相比，RVR患者中注射pegIFNα2a后头4个小时内的肝脏中诱导3-5倍更多的基因。PBMC样品中也存在差异，不过仅在1.4倍与1.8倍之间(图1A)。在RVR样品和非RVR样品中发现的显著受调节的基因存在重叠。例如，在非RVR样品中改变大于1.5倍的149种基因中的90种基因也存在于RVR组中改变的500种基因中(图1B)。
不令人惊讶的是，众多受调节的基因代表已知的ISG。但是，与我们的预期相反，这些ISG的表达水平在源自RVR患者的pegIFNα2b治疗后活组织检查样品中与非RVR相比并非更高。相反，非RVR患者样品已经在B-1中具有较高的ISG表达水平，并且B-2样品中的倍数改变因而是微小的。这在图2A中以5个ISG例子：Mx 1、Viperin、Mda5/helicard、寡腺苷酸合成酶1(OAS1)、和USP18说明。所述基因在无丙型肝炎的个体的活组织检查样品中和在RVR患者的B-1中显示极低表达。5位非RVR患者在治疗前具有这些基因的高表达，并且pegIFNα2a施用不增加或仅最小地增加它们的表达。存在该原则的极少例外(在图2B中显示一个例子)。这些基因在治疗前活组织检查样品中具有低表达，并且peg IFNα2b在全部患者中诱导这些基因。但是，基因表达的优势模式类似于图2A中所示的这个模式。已经对全部活组织检查样品绘制了在RVR组中B-1和B-2之间显著改变大于2倍的176种基因的表达热图(heat map)。
在肝脏和PBMC中存在pegIFNα2b-调节的基因的相当大重叠(图1C)。在RVR的肝脏内显著调节大于2倍的176种ISG中133种ISG也在这些患者的PBMC内显著改变。有趣地，在全部患者中，pegIFNα2b在PBMC中比在肝脏中调节更多的基因。但是，PBMC中的ISG上调在RVR与非RVR之间不存在显著差异。在非RVR的PBMC中未发现ISG的预激活，并且pegIFNα2b治疗相同地影响RVR患者和非RVR患者中的ISG调节作用(对于代表性ISG例子，见图2)。这表明慢性HCV感染强烈局部影响肝脏中的IFN系统，但在PBMC中影响小。
预测应答于治疗的基因亚集合
阵列数据的监督式分类器分析允许鉴定最佳预测结果(在本文情况下在第4周快速应答与不应答)的基因亚集合。全部肝脏活组织检查和PBMC数据集合接受监督式分类器预测，使用在治疗4周的应答作为分组标准。对于PBMC样品，该分析没有鉴定到可能预测治疗结果的基因亚集合。相反，在肝脏B-2样品中鉴定到允许以错误率14％预测治疗应答的173种基因的亚集合。在治疗前活组织检查B-1中用包括83种基因的亚集合甚至可能更好地预测，错误率为9％。在这个集合中，存在22种被peglFNa2b上调的基因和5种被peglFNa2b下调的基因(表2)。因此，27/83(33％)的最佳预测基因代表IFN-调节的基因。
与来自治疗前活组织检查的最佳预测集合中受IFN-调节的基因的优势地位不同，在衍生自B-2活组织检查分析的最佳预测基因集合中仅找到少数受IFN-调节的基因。在这个集合的173种不同基因中，仅4种受IFN调节的已知基因被peglFNa2b上调和1种受IFN调节的已知基因被peglFNa2b下调(表3)。这些结果支持图2中所示的发现，即B-2中受IFN调节的基因的表达水平在RVR样品与非RVR样品之间并无不同并且因而不适合于区分应答者与非应答者。在上文讨论的B1和B2肝脏活组织检查中存在的不受IFN调节的基因名单中存在具有信号转导、细胞周期调节、凋亡、以及氨基酸和脂质代谢方面功能的基因。
肝脏活组织检查中ISG表达的RT-qPCR分析
成对肝脏活组织检查的阵列分析强调B-1活组织检查中ISG表达对疗法结果的重要性。为证实这些数据，我们通过实时定量PCR(RT-qPCR)测量了所选ISG(USP18、Stat1、IP10、IFI27)在具有B1和B2活组织检查样品的11位患者中和51位CHC额外患者的治疗前活组织检查样品中的表达。在具有成对活组织检查样品的11位患者中，RT-qPCR值良好地匹配阵列表达，从而确证阵列数据的质量(图3A，数据未显示)。全部4种ISG在疗法前活组织检查样品中的表达在EVR组和PNR组之间显著不同(图3C)，这进一步支持以下结论：在肝脏中ISG的治疗前表达与IFNα疗法应答之间存在负相关。
治疗前ISG表达水平与HCV基因型相关
我们也相对于HCV基因型分析所选ISG的表达(图3D)。有趣地，所研究的ISG在感染有“难以治疗的”基因型1和4的患者中表现比感染基因型2和3的患者中显著较高的表达，其中可以在超过80％患者中成功地治疗所述基因型2和3。HCV基因型1和4感染患者中肝脏ISG表达增加为这些患者对IFN疗法的不良应答提供了合理解释。
非应答者具有较高的PP2Ac表达
我们先前已经证实与对照相比，PP2A的催化亚基(PP2Ac)在CHC患者的肝脏中过量表达，且PP2Ac的过量表达抑制IFNα信号作用(14，25)。我们因而在第12周分析具有已知治疗应答的患者组中的PP2Ac mRNA水平。EVR组的患者比PNR患者表达显著较少的PP2Ac mRNA(图3B)。
IFN-诱导的Jak-STAT信号作用
注射的pegIFNα2b结合至IFN受体并激活Jak-STAT途径。这种激活中的核心事件是STAT1在酪氨酸701上的磷酸化(26)。我们通过使用磷酸特异性STAT1抗体的蛋白质印迹分析来自全部B-1和B-2活组织检查的提取物(图4A)。在大部分患者中，STAT1磷酸化应答于pegIFNα2b注射而诱导。在稍晚RVR的两位患者(1和4)中观察到最强烈的诱导，而在头4周内没有清除病毒的患者8和10中观察到最弱的诱导。但是，其余患者具有相似的2倍至3.8倍诱导，与他们在第4周的病毒学应答无关。因此，STAT1磷酸化在非RVR患者中未被显著破坏。
磷酸化STAT1易位至细胞核并作为二聚体结合至ISG启动子中的特异性应答元件(26)。通过免疫组织化学，使用抗磷酸STAT1抗体评估核易位应当潜在地允许区分活组织检查材料中存在的肝细胞与其他细胞中的STAT1激活。分析RVR患者的成对活组织检查样品显示B-1样品中核染色极微弱并且在pegIFNα注射后的B-2样品的大部分肝细胞胞核中染色强烈(图4B)。相反，仅一位(编号7)非RVR患者显示明显不同的染色模式。在治疗前活组织检查样品中，大比例的肝细胞已经具有可察觉的核染色，其在B-2样品中不增加。非RVR患者的B-2样品中可见到的核染色增加源自STAT1在枯否氏细胞(肝脏巨噬细胞)而非肝细胞中的核易位(图4B)。STAT1在枯否氏细胞中和可能在混杂的血细胞中的激活可能有助于蛋白质印迹中所观察到的STAT1磷酸化增加(图4A)。
该信号传导途径的下一个步骤是胞核磷酸STAT1结合至ISG的启动子元件。我们因此通过开展电泳迁移率变动分析(EMSA)评估B-1和B-2活组织检查样品的提取物中STAT1DNA-结合作用。全部快速应答者显示B-2样品中的STAT1DNA结合作用明显增加。相反，大部分非RVR患者在pegIFNα应用后显示凝胶变动信号的极微弱升高或不升高。
这些数据表明免疫组织化学和EMSA测试的结果比磷酸STAT1的蛋白质印迹分析结果更好地相关于治疗结果。总之，所述数据显示了RVR患者和非RVR患者之间在IFN-诱导的Jak-STAT信号作用方面的相当大的不同。
1.3.讨论
为了习得更多关于HCV感染患者对IFN疗法的差异性应答下存在的可能机制，我们研究了从pegIFNα治疗之前或期间的CHC患者所收集的肝脏活组织检查的成对样品中IFN-诱导的信号作用和ISG诱导作用。比较从相同患者获得的两份肝脏样品中的IFN信号作用并与源自相同患者的匹配PBMC样品中的ISG诱导作用比较，使得我们获得以下清晰证据：对该疗法应答不良的患者显示其IFN系统的预激活并且所述预激活限于肝脏而在PBMC中不明显。重要地是，在代表未来的治疗应答者的具有低初始ISG表达的患者中，IFN系统应答于pegIFNα的激活无论治疗之前或之后不超过非应答者中见到的IFN系统激活。这可能提示具有IFN系统初始预激活的患者，即，将来的非应答者，在ISG表达的下游步骤中具有某些缺陷，这使他们耐受内源性IFN和IFN疗法。
IFNα治疗仅在一位患者中诱导STAT1磷酸化。与非RVR样品相比较，在RVR样品中存在更强烈的STAT1激活趋势。但是，免疫组织化学分析揭示了更深刻的差异。在非RVR样品中，pegIFNα在枯否氏细胞中强烈地诱导STAT1核易位，与其中STAT1核聚集在肝细胞中被优势诱导的RVR样品形成对比。有趣地，非RVR患者(一位例外)具有在治疗前活组织检查样品中已经存在的胞核磷酸STAT1。这与ISG转录物在晚期非应答者的治疗前活组织检查中上调的观察结果一致。需要进一步研究Jak-STAT途径的这种预激活如何与非RVR患者中的IFN系统耐受相联系。
在过去几年间，已经对HCV干扰先天免疫系统获得重要认识。最重要的是，一系列精致论文证实HCV抑制IFNβ诱导的TLR3-TRIF-IRF3和RIG-I/MDA5-Cardif信号传导途径的能力(27-33)。HCV的这种能力可能有助于解释该病毒为何经常建立慢性感染。但是，我们的数据和先前发表的结果(20)证实众多患者中内源性IFN系统持续激活。另外，具有预激活的IFN系统的患者似乎不良地应答于IFN疗法。这个研究结果是违背直觉的(人们本来期望活跃的先天免疫系统在IFNα疗法期间将帮助消除病毒)，然而它受到来自黑猩猩和人患者的其他已发表数据(16、17、20)的大力支持。从肝脏活组织检查中ISG表达的分析中，显而易见在一些患者中，HCV诱导(或至少不阻断)内源性IFN系统，而在其他患者中，它成功地通过切割TRIF和/或Cardif阻遏内源性IFN系统。似是而非地是，这种差异没有明显影响HCV维持慢性感染的能力。
在没有预激活的IFN系统的患者中，pegIFNα2b在4小时内诱导肝脏中众多ISG的强烈上调。相似的高ISG表达已经存在于稍后不显示第4周快速病毒学应答的患者的治疗前活组织检查样品中。多少有些复杂的是为何后面这些患者并不自发地消除慢性HCV感染，尽管存在强烈的IFN系统激活。一种可能是在两种情况下均上调的ISG蛋白具有不同的转录后修饰作用。在备选的情况下，对内源性和外源性IFNα的不应答可能因缺乏一些关键ISG的诱导所致，其中特别需要所述关键ISG用于消除HCV。我们不能排除这种可能性，不过对成对肝脏样品进行的阵列分析未揭示快速应答者中特异性上调的ISG。另外，该模型不能解释内源性IFN系统的预激活为何如此紧密地与稍后的治疗不应答联系。
备选地，诱导干扰素应答的动力学可能是决定性的。在没有预激活的IFN系统的患者中，治疗期间注射外源性IFNα应当在大部分肝脏细胞中极迅速地诱导抗病毒状态，并且HCV本不具有“足够”逃避IFN-诱导的防御。另一方面，抗病毒状态的建立可能在其余患者组中是缓慢的，其中所述的其余患者给予HCV足够时间适应于和躲避胞内抗病毒防御系统，从而使HCV还耐受后续的IFN疗法。
内源性IFN系统诱导可能如何有损IFNα疗法的成功？显然地，激活抑制IFN信号作用的负反馈环路可能发挥作用。负向调节物当中明显的候选者是细胞因子信号作用阻遏物1(SOCS1)和SOCS3(34)，结合至IFN受体并抑制Jak1和Tyk2活性的IFN诱导的两种蛋白质；和最近描述的调节物Ubp43，它是一种IFN刺激的蛋白质，与IFNα受体2(IFNAR2)结合并阻断Jak1与IFNAR2接近(35)。但是，与非RVR患者相比而言，我们不能在RVR患者的受pegIFNα2b刺激的肝脏活组织检查样品中找到这些负向调节物的表达水平的显著差异(数据未显示)。另外，负向调节物如SOCS和Ubp43的一般上调与不良应答于IFN疗法的患者亚群中观察到的大量ISG强烈组成型表达不相符。如果大部分肝脏细胞中IFNα信号作用确实被SOCSs和Ubp43的诱导而抑制，则不应当在治疗前肝脏中观察到如此明显的ISG预激活。
值得注意地是，与HCV基因型2或3感染患者相比，所测试ISG的预激活更频繁地出现于HCV基因型1和4感染患者的肝脏活组织检查样品中。众所周知与基因型1感染患者低于50％的治愈相比，可以治愈超过80％的基因型2和3感染患者(4)。我们的研究结果即内源性IFN系统预激活的频率和程度依赖于HCV基因型可能为这种差异易感性提供解释。HCV基因型2和3可能通过更有效地切割Cardif和/或TRIF而更成功地阻止激活肝脏中的先天免疫性。但是，病毒在阻止内源性IFN系统诱导方面的成功将以更易感于IFNα疗法为代价。值得注意的是，已经证明以基因型3HCV感染的单只黑猩猩比基因型1感染的动物具有较低的ISG表达水平(17)。
我们先前显示HCV通过上调蛋白质磷酸酶PP2A抑制经Jak-STAT途径的IFNα诱导的信号作用(12、14、25、36)。PP2A是支架A亚基、调节性B亚基和催化性C亚基的异源三聚复合体。PP2Ac亚基表达在基因型1感染患者的肝脏中比基因型3感染患者的肝脏中显著更高(25)。如本文中所证实，PP2Ac mRNA表达在晚期非应答者的活组织检查中比应答者更高。这些数据支持其中干扰IFN信号作用的HCV破坏治疗应答的模型。另外，HCV抑制IFNα信号传导也可能解释内源性IFN系统的强烈预激活为何不引起自发消除HCV。如果假定并非全部肝细胞均被HCV感染，而是小部分肝细胞被感染，则非RVR患者的治疗前活组织检查中观察到的ISG诱导可能优势地出现在非感染的肝细胞中。在感染细胞中，IFN将因Jak-STAT信号传导途径抑制是无效的。负责预激活该系统的IFN由未成功切割Cardif和/或TRIF的病毒感染的肝细胞分泌。因为HCV-诱导Jak-STAT途径抑制，分泌的IFNβ将不在感染的肝细胞中而在未感染的毗邻细胞中诱导抗病毒状态。为进一步认识CHC的病理生物学，深入研究应当集中于单个细胞水平的分析。不幸地是，检测在肝脏活组织检查样品中HCV感染的肝细胞仍不令人满意，造成此类研究困难。
尽管HCV逃避免疫防御系统的确切机制仍待阐明，现在已很好地建立了丙型肝炎疗法因内源性IFN系统预激活而受损。研究这种预激活是否为一种可以逆转的过程将是令人感兴趣的。治疗前注射抗IFNα/β中和抗体或阻断IFN应答的其他因子可能使内源性IFN系统返回至“天然”状态，并且潜在地增强对基于IFN的疗法的应答。
表1
| 患者编号 | 4周应答 | 性别(男性/女性) | 年龄(岁) | HCV基因型 | 基线病毒载量(logIU/ml) | 4周病毒载量(logIU/ml) | 12周病毒载量(logIU/ml) | 12周应答 | Metavir(等级/阶段) | 体重(kg) |
| 1 | RVR | m | 52 | 3a | 7.14 | neg. | neg. | EVR | A2/F2 | 75 |
| 2 | RVR | m | 37 | 3a | 4.90 | neg. | neg. | EVR | A1/F2 | 73 |
| 3 | RVR | m | 38 | 1a | 6.91 | neg. | neg. | EVR | A2/F1 | 85 |
| 4 | RVR | m | 33 | 2b | 6.27 | neg. | neg. | EVR | A1/F2 | 57 |
| 5 | RVR | m | 48 | 2b | 6.67 | neg. | neg. | EVR | A3/F4 | 110 |
| 6 | RVR | f | 53 | 2a/c | 4.95 | neg. | neg. | EVR | A3/F3 | 74 |
| 患者编号 | 4周应答 | 性别(男性/女性) | 年龄(岁) | HCV基因型 | 基线病毒载量(logIU/ml) | 4周病毒载量(logIU/ml) | 12周病毒载量(logIU/ml) | 12周应答 | Metavir(等级/阶段) | 体重(kg) |
| 7 | 非RVR | f | 54 | 3a | 4.52 | 4.08 | 1.3 | EVR | A3/F4 | 69 |
| 8 | 非RVR | m | 64 | 1b | 6.24 | 4.83 | 3.46 | EVR | A3/F4 | 74 |
| 9 | 非RVR | m | 56 | 1b | 6.89 | 6.76 | 6.01 | PNR | A2/F3 | 60 |
| 10 | 非RVR | f | 50 | 1a | 7.11 | 6.58 | 6.35 | PNR | A1/F2 | 77 |
| 11 | 非RVR | f | 47 | 1a | 6.16 | 5.99 | 5.52 | PNR | A2/F2 | 81 |
表2治疗前活组织检查中基因表达的分析(B-1)。在第4周最佳预测治疗结果的83种基因的名单(IFN调节的基因加灰色阴影显示，上调的基因以粗体显示，下调的基因以斜体显示；在RVR和非RVR之间不同、但不受IFN调节的基因不加阴影显示)。
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID | 功能 |
| RPS5 | 核糖体蛋白S5，核糖体蛋白S5 | 200024_at | 蛋白质生物合成 |
| LGALS3BP | 半乳糖苷结的凝集素可溶性3结合蛋白 | 200923_at | 应激反应 |
| RPL3 | 核糖体蛋白L3 | 201217_x_at | 蛋白质生物合成 |
| LOC201725，TOMM7 | 线粒体外膜7同源物的移位酶(酵母)，假设蛋白LOC201725 | 201812_s_at | 未知 |
| CDK4 | 细胞周期蛋白依赖性激酶4 | 202246_s_at | 细胞周期 |
| IFI27 | 干扰素α-诱导蛋白27 | 202411_at | 先天免疫应答 |
| C7 | 补体成分7 | 202992_at | 补体激活 |
| SLPI | 分泌性白细胞肽酶抑制物 | 203021_at | 肽酶 |
| IFIT1 | 具有三十四肽重复序列的干扰素诱导蛋白1 | 203153_at | 先天免疫应答 |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID | 功能 |
| MME | 膜金属内肽酶(中性内肽酶，脑啡肽酶，CALLA，CD10) | 203434_s_at | 细胞通讯 |
| RAB4A | 膜RAS癌基因家族RAB4A | 203582_s_at | 信号转导 |
| IFI44L | 干扰素诱导蛋白44样 | 204439_at | 细胞周期 |
| OAS2 | 2’-5’-寡腺苷酸合成酶2，69/71kDa | 204972_at | 先天免疫应答 |
| BCHE | 丁酰胆碱脂酶 | 205433_at | 胆碱酯酶 |
| PPP1R1A | 蛋白磷酸酶1，调节(抑制物)亚基1A | 205478_at | 信号转导 |
| G1P2 | 干扰素α-诱导蛋白(克隆IFI-15K) | 205483_s_at | 先天免疫应答 |
| SRPX2 | X连锁的含sushi重复序列的蛋白质2 | 205499_at | 未知 |
| OAS1 | 2’，5’-寡腺苷酸合成酶1，40/46kDa | 205552_s_at | 先天免疫应答 |
| GSTM5 | 谷胱甘肽S-转移酶M5 | 205752_s_at | 谷胱甘肽S-转移酶 |
| FOLH1 | 叶酸水解酶(前列腺特异性膜抗原)1 | 205860_x_at | 细胞大分子代谢 |
| PPM1E | (含PP2C结构域的)蛋白磷酸酶1E | 205938_at | 信号转导 |
| ACSM3 | 酰基辅酶A合成酶中链家族成员3 | 205942_s_at | 脂肪酸合成 |
| ACADL | 长链酰基辅酶A脱氢酶 | 206068_s_at | 脂肪酸代谢 |
| IRF7 | 干扰素调节因子7 | 208436_s_at | 先天免疫应答 |
| YBX1 | Y盒结合蛋白1 | 208628_s_at | 细胞代谢 |
| DCN | Decorin | 209335_at | 未知 |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID | 功能 |
| HTATIP2 | 30kDa的HIV-1 Tat相互作用蛋白2 | 209448_at | 凋亡 |
| OSBPL1A | 氧类固醇结合蛋白样1A | 209485_s_at | 醇代谢 |
| PHTF1 | 推定的同源异型域转录因子1 | 210191_s_at | 基因转录 |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID | 功能 |
| HIST1H2BG | 组蛋白1，H2bg | 210387_at | DNA包装 |
| KYNU | 犬尿氨酸酶(L-犬尿氨酸羟化酶) | 210663_s_at | 氨基酸代谢 |
| TRIM5 | 含有三联基序5 | 210705_s_at | 蛋白质遍在蛋白化 |
| ENPP2 | 胞外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶2(自分泌运动因子) | 210839_s_at | 信号转导 |
| TXNRD2 | 硫氧还蛋白还原酶2 | 211177_s_at | 应激反应 |
| PSMAL | 前列腺特异性膜抗原样 | 211303_x_at | 未知 |
| RPLP0 | 核糖体蛋白大P0，核糖体蛋白大P0 | 211720_x_at | 蛋白质生物合成 |
| CAP2 | CAP，腺苷酸环化酶相关蛋白2(酵母) | 212554_at | 信号转导 |
| TSPYL5 | TSPY样5 | 213122_at | DNA包装 |
| ADCY1 | 腺苷酸环化酶1(脑) | 213245_at | 信号转导 |
| RSAD2 | 含有自由基S-腺苷甲硫氨酸结构域2(viperin) | 213797_at | 先天免疫应答 |
| KLHDC3 | 含有kelch结构域3 | 214383_x_at | 细胞周期 |
| IFI44 | 干扰素诱导蛋白44 | 214453_s_at | 先天免疫应答 |
| SPP2 | 24kDa分泌性磷蛋白2 | 214478_at | 发育 |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID | 功能 |
| HIST1H2AC | 组蛋白1，H2ac | 215071_s_at | DNA包装 |
| PAH | 苯丙氨酸羟化酶 | 217583_at | 氨基酸代谢 |
| OAS3 | 2’-5’-寡腺苷酸合成酶3，100kDa | 218400_at | 先天免疫应答 |
| PARP12 | 聚(ADP-核糖)聚合酶家族成员12 | 218543_s_at | 聚(ADP-核糖)聚合酶家族 |
| SIGIRR | 单一免疫球蛋白和toll-白细胞介素1受体(TIR)结构域 | 218921_at | 先天免疫应答 |
| FLJ20035 | 假设蛋白FLJ20035 | 218986_s_ at | 解旋酶 |
| MICAL-L2 | MICAL样2 | 219332_at | 未知 |
| NARF | 核前纤层蛋白A识别因子 | 219862_s_ at | 铁代谢 |
| HERC5 | hect结构域和RLD 5 | 219863_at | 蛋白质遍在蛋白化 |
| SLC16A10 | 溶质载体家族16(一元羧酸转运蛋白)成员10 | 219915_s_ at | 运输 |
| CABYR | 钙结合酪氨酸(Y)磷酸化调节的(fibrousheathin 2) | 219928_s_ at | 信号转导 |
| KCNN2 | 钾中等/低传导的钙活化通道亚家族N成员2 | 220116_at | 细胞通讯 |
| EVI1 | 亲嗜性病毒整合位点1 | 221884_at | 信号转导 |
| LRCH4 | 含有亮氨酸丰富重复序列和钙调理蛋白同源性(CH)结构域4 | 90610_at | 发育 |
| PTGFRN | 前列素F2受体负向调节物 | 224937_at | 信号转导 |
| PNPT1 | 多核苷酸核苷酰基转移酶1 | 225291_at | RNA分解代谢 |
| AMOTL1 | 血管抑素结合蛋白样1 | 225450_at | 紧密连接 |
| FLJ30046 | 假设蛋白FLJ30046 | 225619_at | 未知 |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID | 功能 |
| LOC129607 | 假设蛋白LOC129607 | 226702_at | 氨基酸代谢 |
| IFIT2 | 具有三十四肽重复序列的干扰素诱导蛋白2 | 226757_at | 先天免疫应答 |
| LOC402560 | 假设的LOC401384 | 227554_at | |
| FLJ39051 | AK096370支持的假设基因 | 227925_at | RNA分解代谢 |
| SAMD9 | 含有不育性α基序结构域9 | 228531_at | 未知 |
| GALNTL1 | UDP-N-乙酰基-α-D-半乳糖胺：多肽N-乙酰半乳糖胺转移酶样1 | 230417_at | UDP-糖基转移酶 |
| ANKRD35 | 锚蛋白重复序列结构域35 | 231118_at | 未知 |
| HIST1H2BD | 组蛋白1，H2bd | 235456_at | DNA包装 |
| 转录的基因座 | 235945_at | ||
| TRIM55 | 含有三联基序55 | 236175_at | 信号转导 |
| 智人(Homo sapiens)(人)胎脑的全长cDNA克隆CS0DF012YD09 | 236331_at | ||
| DDC | 多巴脱羧酶(芳族L-氨基酸脱羧酶) | 236774_at | 氨基酸代谢 |
| FIS | FIS | 239380_at | 假设蛋白 |
| LOC284013 | 分泌性蛋白LOC284013 | 241894_at | 未知 |
| 转录的基因座 | 243278_at | ||
| IL28RA | 白细胞介素28受体，α(干扰素λ受体) | 244261_at | 信号转导 |
| ZNF684 | 锌指蛋白684 | 244398_x_at | 基因转录 |
| C14orf21 | 染色体14可读框21 | 1555390_at | RNA结合 |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID | 功能 |
| IF | I因子(补体) | 1555564_a_at | 补体激活 |
| gb：H41167 | 1559776_at | 鞘脂代谢 | |
| LOC147646 | 假设蛋白LOC147646 | 1560830_a_at | |
| 智人，克隆IMAGE：3934814，mRNA | 1563298_at |
表3peg IFNa治疗后4小时所获得的活组织检查中基因表达的分析(B-2)。在第4周最佳预测治疗结果的173种基因的名单(IFN调节的基因加灰色阴影显示，上调的基因以粗体显示，下调的基因以斜体显示；在RVR和非RVR之间不同、但不受IFN调节的基因不加阴影显示)
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| ACSL3 | 酰基辅酶A合成酶长链家族成员3 | 201662_s_at |
| ACSM3 | 酰基辅酶A合成酶中等链家族成员3 | 205942_s_at |
| ADCY1 | 腺苷酸环化酶1(脑) | 213245_at |
| ADRB2 | 肾上腺素能表面受体β-2 | 206170_at |
| AMOTL1 | 血管抑素结合蛋白样1 | 225450_at |
| ANXA10 | 膜联蛋白A10 | 210143_at |
| ARHGEF16 | Rho鸟嘌呤交换因子(GEF)16 | 208009_s_ at |
| ATP2A2 | Ca++运输ATP酶，心肌缓慢颤动2 | 209186_at |
| BCHE | 丁酰胆碱脂酶 | 205433_at |
| BRUNOL5 | RNA结合蛋白bruno样5(果蝇) | 230497_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| C10orf125 | 染色体10可读框125 | 230259_at |
| C1orf96 | 染色体1可读框96 | 225904_at |
| C21orf106 | 染色体21可读框106 | 1561286_a_at |
| C22orf3 | 染色体22可读框3 | 217622_at |
| C3orf4 | 染色体3可读框4 | 239146_at |
| C6orf71 | 染色体6可读框71 | 231070_at |
| C8orf47 | 染色体8可读框47 | 1552389_at |
| C9orf95 | 染色体9可读框95 | 219147_s_ at |
| CAMK2D | 钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶(CaM激酶)IIδ | 225019_at |
| CAPN3 | 钙激活中性蛋白酶3，(p94) | 211890_x_at |
| CCL14，CCL15 | 趋化因子(C-C基序)配体14，趋化因子(C-C基序)配体15 | 210390_s_at |
| CCT5 | 含有陪伴蛋白的TCP1亚基5(epsilon) | 208696_at |
| CDKN2A | 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制物2A(黑素瘤p16，抑制CDK4) | 207039_at |
| CES7 | 羧酸酯酶7 | 1553465_a_at |
| CFHL5 | 补体因子H相关5，补体因子H相关5 | 208088_s_at |
| CHMP4A，MGC5987 | 染色质修饰蛋白4A，假设蛋白MGC5987 | 228764_s_at |
| CNDP1 | 肌肽二肽酶1(金属肽酶M20家族) | 223699_at |
| CTNNA1 | 联蛋白(钙黏着蛋白关联蛋白)，α1，102kDa | 210844_x_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| CUEDC1 | 含有CUE结构域1 | 219468_s_at |
| CXCL2 | 趋化因子(C-X-C基序)配体2 | 209774_x_at |
| CYP11A1 | 细胞色素P450家族11亚家族A多肽1，细胞色素P450家族11亚家族A多肽1 | 204309_at |
| DAAM1 | 形态发生的散乱相关激活蛋白1 | 1555989_at |
| DBT | 二氢硫辛酰胺支链转酰基酶E2 | 231919_at |
| DHRS10 | 脱氢酶/还原酶(SDR家族)成员10 | 228713_s_at |
| DPAGT1 | 多萜醇磷酸(UDP-N-乙酰葡糖胺)N-乙酰葡糖胺磷酸转移酶1(GlcNAc-1-P转移酶) | 209509_s_at |
| EEF1G | 真核翻译延伸因子1γ | 200689_x_at |
| EFHD1 | EF-手结构域家族成员D1 | 209343_at |
| ENPP2 | 胞外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶2(自分泌运动因子) | 210839_s_at |
| ESR1 | 雌激素受体1 | 205225_at |
| EXOC4 | 胞吐囊复合体组分4 | 1557772_at |
| FIS | FIS | 239380_at |
| FLJ21511 | 假设蛋白FLJ21511 | 220723_s_at |
| FLJ34790 | 假设蛋白FLJ34790 | 230012_at |
| FOLH1 | 叶酸水解酶(前列腺特异性膜抗原)1 | 205860_x_at |
| FZD3 | 卷曲同源物3(果蝇) | 219683_at |
| GLRX2 | 谷氧还蛋白2 | 219933_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| GPC3 | 磷脂酰肌醇蛋白聚糖3 | 209220_at |
| GPR143 | G蛋白偶联受体143 | 206696_at |
| HCG4 | HLA复合体组4 | 206685_at |
| HERC4 | hect结构域和RLD 4 | 225988_at |
| HIST1H2AC | 组蛋白1，H2ac | 215071_s_at |
| HKDC1 | 含有己糖激酶结构域1 | 227614_at |
| HLX1 | H2.0样同源异型框1(果蝇) | 214438_at |
| HLXB9 | 同源异型框HB9 | 214614_at |
| HSPA5 | 70kDa热休克蛋白5(78kDa葡萄糖调节蛋白) | 211936_at |
| HTATIP2 | HIV-1 Tat相互作用蛋白2，30kDa | 209448_at |
| HYI | 羟基丙酮酸异构酶同源物(大肠杆菌)，羟基丙酮酸异构酶同源物(大肠杆菌) | 221435_x_at |
| IDH3A | 异柠檬酸脱氢酶3(NAD+)α | 202070_s_at |
| IDS | 艾杜糖醛酸-2-硫酸酯酶(Hunter综合征) | 206342_x_at |
| IFI27 | 干扰素α-诱导蛋白27 | 202411_at |
| ITGA6 | 整联蛋白α6 | 201656_at |
| KCNN2 | 钾中等/低传导的钙活化通道亚家族N成员2 | 220116_at |
| KIAA0090 | KIAA0090 | 212395_s_at |
| KIAA0446 | KIAA0446基因产物 | 212683_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| KIAA0888 | KIAA0888蛋白 | 235048_at |
| KIAA1522 | KIAA1522 | 224746_at |
| KIAA1609 | KIAA1609蛋白 | 65438_at |
| KIAA2002 | KIAA2002蛋白 | 225913_at |
| KPNA2 | 核周蛋白α2(RAG群1，输入蛋白α1)，核周蛋白α2(RAG群1，输入蛋白α1) | 211762_s_at |
| LGALS3BP | 半乳糖苷结合的凝集素可溶性3结合蛋白 | 200923_at |
| LOC201725，TOMM7 | 线粒体外膜7同源物的移位酶(酵母)，假设蛋白LOC201725 | 201812_s_at |
| LOC202775，LOC402617 | 假设的LOC202775，假设的LOC402617 | 241353_s_at |
| LOC221710 | 假设蛋白LOC221710 | 1564651_at |
| LOC286434，LOC389906，LOC389908 | 假设蛋白LOC286434，类似于丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶PRKX(蛋白激酶PKX1)，假设的LOC389908 | 222031_at |
| LOC402560 | 假设的LOC401384 | 227554_at |
| LOC90268 | 假设蛋白BC007706 | 229268_at |
| LONRF1 | LON肽酶氨基端结构域和环指1 | 226038_at |
| LRRC20 | 含有亮氨酸丰富重复序列20 | 218550_s_at |
| MAFB | v-maf肌腱膜纤维内瘤癌基因同源物B(禽) | 218559_s_at |
| MDK | 中肾蛋白聚糖(神经轴突生长促进因子2) | 209035_at |
| MEF2D | MADS框转录增强物因子2，多肽D(肌原细胞增强物因子2D) | 203003_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| MEGF10 | MEGF10蛋白 | 232523_at |
| MFN1 | 线粒体融合蛋白1 | 217043_s_at |
| MGC39545 | 假设蛋白LOC403312 | 1555002_at |
| MICAL-L2 | MICAL样2 | 219332_at |
| MME | 膜金属内肽酶(中性内肽酶，脑啡肽酶，CALLA，CD10) | 203434_s_at |
| MORC4 | MORC家族CW型锌指4 | 219038_at |
| MRAP | 黑皮质素2受体附属蛋白 | 1555741_at |
| MYH14 | 肌球蛋白重链多肽14 | 234290_x_at |
| NEU4 | 唾液酸酶4 | 222957_at |
| NFASC | 神经束蛋白 | 213438_at |
| OAT | 鸟氨酸氨基转移酶(回旋状萎缩) | 201599_at |
| OSTα | 有机溶质转运蛋白α | 229230_at |
| PAPPA2 | 妊娠相关血浆蛋白2 | 213332_at |
| PARP6 | 聚(ADP-核糖)聚合酶家族成员6 | 219639_x_at |
| PBX1 | 前B细胞白血病转录因子1 | 1562235_s_at |
| PCBD2 | 6-丙酮酰-四氢蝶呤合酶/肝细胞核因子1α(TCF1)2的二聚化辅因子 | 223712_at |
| PCOLCE | 前胶原C-内肽酶增强物 | 202465_at |
| PCYOX1 | 异戊烯半胱氨酸氧化酶1 | 225274_at |
| PDE4DIP | 磷酸二酯酶4D相互作用蛋白(myomegalin) | 210305_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| PPAPDC2 | 含有2型磷脂酸磷酸酶结构域2 | 227385_at |
| PPARD | 过氧化物酶体增殖活化受体，δ | 242218_at |
| PPGB | β-半乳糖苷酶保护蛋白(半乳糖唾液酸贮积病) | 200661_at |
| PPID | 肽基脯氨酰基异构酶D(亲环蛋白D) | 228469_at |
| PPP1R1A | 蛋白磷酸酶1调节(抑制物)亚基1A | 205478_at |
| PPP2R1B | 蛋白磷酸酶2(以前为2A)调节亚基A(PR65)β同工型 | 222351_at |
| PSMAL | 前列腺特异性膜抗原样 | 211303_x_at |
| PTGFRN | 前列素F2受体负向调节物 | 224950_at |
| RAB11FIP5 | RAB11家族相互作用蛋白5(I类) | 210879_s_at |
| RABEPK | 带kelch基序的Rab9效应蛋白 | 1558021_at |
| RAD52 | RAD52同源物(酿酒酵母(S.cerevisiae))，RAD52同源物(酿酒酵母) | 211994_at |
| RAI14 | 视黄酸诱导的14 | 202052_s_at |
| RPL14，RPL14L | 核糖体蛋白L14，核糖体蛋白L14，核糖体蛋白L14样，核糖体蛋白L14样 | 200074_s_at |
| RPL3 | 核糖体蛋白L3，核糖体蛋白L3 | 211666_x_at |
| RPLP0 | 大核糖体蛋白P0 | 201033_x_at |
| RPLP0 | 大核糖体蛋白P0 | 211972_x_at |
| RPS5 | 核糖体蛋白S5，核糖体蛋白S5 | 200024_at |
| RRBP1 | 核糖体结合蛋白1同源物180kDa(犬) | 201206_s_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| SAC3D1 | 含有SAC3结构域1 | 205449_at |
| SDCBP2 | 黏结蛋白聚糖结合蛋白(内居蛋白(syntenin))2 | 233565_s_at |
| SEMA4F | sema结构域、免疫球蛋白结构域(Ig)、跨膜结构域(TM)和短胞浆结构域(脑信号蛋白)4F | 210124_x_at |
| SERPINA7 | 丝氨酸蛋白酶抑制蛋白肽酶抑制物分化体A(α-1抗蛋白酶、抗胰蛋白酶)成员7 | 206386_at |
| SET7 | 含有SET结构域的蛋白7 | 224928_at |
| SH3MD1 | SH3多重结构域1 | 224817_at |
| SHD | 含有Src同源性2结构域的转化蛋白D | 227845_s_at |
| SIGIRR | 单一免疫球蛋白和toll-白细胞介素1受体(TIR)结构域 | 52940_at |
| SLC16A10 | 溶质载体家族16(一元羧酸转运蛋白)成员10 | 219915_s_at |
| SLC16A4 | 溶质载体家族16(一元羧酸转运蛋白)，成员4 | 205234_at |
| SLC19A2 | 溶质载体家族19(硫胺素转运蛋白)，成员2 | 209681_at |
| SLC23A2 | 溶质载体家族23(核碱基转运蛋白)，成员2 | 209236_at |
| SLC25A16 | 溶质载体家族25(线粒体载体蛋白；Graves病自体抗原)，成员16 | 235747_at |
| SLC25A37 | 溶质载体家族25，成员37 | 218136_s_at |
| SLC6A8 | 溶质载体家族6(神经递质转运蛋白，肌酸)成员8 | 210854_x_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| SLPI | 分泌性白细胞肽酶抑制物 | 203021_at |
| SMBP | SM-11044结合蛋白 | 217758_s_at |
| SNF1LK2 | SNF1样激酶2 | 213221_s_at |
| SPP2 | 分泌性磷蛋白2，24kDa | 214478_at |
| SSTR1 | 促生长素抑制素受体1 | 235591_at |
| ST13 | 阻抑致瘤性13(结肠癌)(Hsp70相互作用蛋白) | 208667_s_at |
| ST7L | 阻抑致瘤性7样 | 1552739_s_at |
| STMN1 | Stathmin 1/癌基因蛋白质18 | 217253_at |
| STS | (微粒体)类固醇硫酸酯酶，芳基硫酸酯酶C，同工酶S | 203768_s_at |
| TM4SF4 | 跨膜4L六家族成员4 | 209937_at |
| TMED10 | 跨膜emp24样运输蛋白10(酵母) | 200929_at |
| TRIM55 | 含有三联基序55 | 236175_at |
| UBE1L | 遍在蛋白活化酶E1样 | 203281_s_at |
| VISA | 病毒诱导的信号接头蛋白 | 229741_at |
| VKORC1L1 | 维生素K环氧化物还原酶复合体亚基1样1 | 224881_at |
| WWOX | 含WW结构域的氧化还原酶 | 210695_s_at |
| WWOX | 含WW结构域的氧化还原酶 | 219077_s_at |
| YLPM1 | 含有YLP基序1 | 214659_x_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| ZD52F10 | Dermokine | 226926_at |
| ZFP3 | 锌指蛋白3同源物(小鼠) | 235728_at |
| ZNF511 | 锌指蛋白511 | 225307_at |
| ZNF710 | 锌指蛋白710 | 213658_at |
| CDNA FLJ41000 fis，克隆UTERU2016761，高度类似于智人ES/130mRNA | 201204_s_at | |
| gb：AI341383/DB_XREF＝gi：4078310/DB_XREF＝qx91a06.x1 | 227092_at | |
| /CLONE＝IMAGE：2009842/FEA＝EST/CNT＝52/TID＝Hs.112751.2/TIER＝Stack/STK＝42/UG＝Hs.112751/LL＝23383/UG_基因＝KIAA0892/UG_TITLE＝KIAA0892蛋白 | ||
| CDNA FLJ38567 fis，克隆HCHON2005166 | 228240_at | |
| CDNA：FLJ21462 fis，克隆COL04744 | 228732_at | |
| gb：AI357655/DB_XREF＝gi：4109276/DB_XREF＝qy15d03.x1/CLONE＝IMAGE：2012069 /FEA＝EST/CNT＝15/TID＝Hs.292931.0/TIER＝Stack/STK＝13 /UG＝Hs.292931/UG_TITLE＝ESTs | 228971_at | |
| gb：AU144136/DB_XREF＝gi：11005657 | 233799_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| /DB_XREF＝AU144136/CLONE＝HEMBA1000972/FEA＝mRNA/CNT＝5/TID＝Hs.296647.0/TIER＝ConsEnd/STK＝2/UG＝Hs.296647/UG_TITLE＝智人cDNA FLJ11418 fis，克隆HEMBA1000972 | ||
| CDNA FLJ41376 fis，克隆BRCAN2008494 | 235133_at | |
| gb：AW167727 /DB_XREF＝gi：6399252/DB_XREF＝xn48c05.x1/CLONE＝IMAGE：2696936 /FEA＝EST/CNT＝15/TID＝Hs. 11873.0/TIER＝ConsEnd /STK＝3 /UG＝Hs.11873/UG_TITLE＝ESTs | 235201_at | |
| 转录的基因座，强类似于XP_513428.1预测：类似于假设蛋白4732467L16[黑猩猩(Pan troglodytes)] | 235651_at | |
| 转录的基因座 | 235945_at | |
| 转录的基因座 | 236220_at | |
| gb：BF437161 /DB_XREF＝gi：11449494/DB_XREF＝7p67c05.x1/CLONE＝IMAGE：3650697 /FEA＝EST/CNT＝6/TID＝Hs.208261.0/TIER＝ConsEnd /STK＝4 /UG＝Hs.208261/UG_TITLE＝ESTs | 239082_at | |
| gb：N57929 /DB_XREF＝gi：1201819/DB_XREF＝yv61e06.s1/CLONE＝IMAGE：247234 /FEA＝EST/CNT＝4/TID＝Hs.48100.0 | 242978_x_at |
| 基因符号 | 描述 | Affy-ID |
| /TIER＝ConsEnd /STK＝3 /UG＝Hs.48100/UG_TITLE＝ESTs | ||
| 转录的基因座 | 243130_at | |
| 转录的基因座 | 243278_at | |
| 转录的基因座 | 243302_at | |
| gb：H41167/DB_XREF＝gi：917219/DB_XREF＝yp64g06.s1/CLONE＝IMAGE：192250/TID＝Hs2.191285.1/CNT＝4/FEA＝mRNA/TIER＝ConsEnd/STK＝0/UG＝Hs.191285/UG_TITLE＝智人cDNA FLJ36989 fis，克隆BRACE2006753. | 1559776_at |
表4用于实时RT-PCR分析的引物序列。
(c)1.4参考文献
1.Li，K.等人，通过丙型肝炎病毒NS3/4A蛋白酶介导切割Toll样受体3接头蛋白TRIF的免疫逃避(Immune evasion by hepatitis C virus NS3/4Aprotease-mediated cleavage of the Toll-like receptor 3 adaptor proteinTRIF).Proc Natl Acad Sci U S A 102，2992-2997(2005).
2.Yoneyama，M.等人，RNA解旋酶RIG-I在双链RNA-诱导的先天抗病毒反应中具有重要功能(The RNA helicase RIG-I has an essentialfunction in double-stranded RNA-induced innate antiviral responses).NatImmunol 5，730-737(2004).
3.Kang，D.C等人，mda-5：一种具有双链RNA依赖性ATP酶活性和黑素瘤生长抑制特性的干扰素可诱导的推定RNA解旋酶(mda-5：Aninterferon-inducible putative RNA helicase with double-strandedRNA-dependent ATPase activity and melanoma growth-suppressiveproperties).Proc Natl Acad Sci U S A 99，637-642(2002).
4.Kawai，T.等人，IPS-1，一种触发RIG-I-和Mda5-介导I型干扰素诱导过程的接头蛋白(IPS-1，an adaptor triggering RIG-I-andMda5-mediated type I interferon induction).Nat Immunol 6，981-988(2005).
5.Meylan，E.等人，Cardif是RIG-I抗病毒途径中的接头蛋白并被丙型肝炎病毒靶向(Cardif is an adaptor protein in the RIG-I antiviralpathway and is targeted by hepatitis C virus).Nature 437，1167-1172(2005).
6.Seth，R.B.，Sun，L.，Ea，CK.和Chen，Z J.一种激活NF-κB和IRF3的线粒体抗病毒信号蛋白MAVS的鉴定和表征(Identification andcharacterization of MAVS，a mitochondrial antiviral signaling protein thatactivates NF-kappaB and IRF 3).Cell 122，669-682(2005).
7.Xu，L.G.等人，VISA是病毒触发IFN-beta信号作用所需的接头蛋白(VISA is an adapter protein required for virus-triggered IFN-betasignaling).Mol Cell 19，727-740(2005).
8.Gale，M.，Jr.和Foy，E.M.丙型肝炎病毒逃避胞内宿主防御(Evasion of intracellular host defence by hepatitis C virus).Nature 436，939-945(2005).
9.Bigger，C.B.，Brasky，K.M.和Lanford，R.E.急性自限性丙型肝炎病毒感染期间黑猩猩肝脏的DNA微阵列分析(DNA microarray analysis ofchimpanzee liver during acute resolving hepatitis C virus infection).JVirol 75，7059-7066(2001).
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序列表
<110>诺瓦提斯研究基金会
巴塞尔大学医院
<120>用于预测患有肝脏病毒性感染的受试者针对抗病毒疗法的应答的方法
<130>52237
<160>8
<170>PatentIn版本3.3
<210>1
<211>557
<212>PRT
<213>智人
<400>1
Met Met Val Val Leu Leu Gly Ala Thr Thr Leu Val Leu Val Ala Val
1 5 10 15
Ala Pro Trp Val Leu Ser Ala Ala Ala Gly Gly Lys Asn Leu Lys Ser
20 25 30
Pro Gln Lys Val Glu Val Asp Ile Ile Asp Asp Asn Phe Ile Leu Arg
35 40 45
Trp Asn Arg Ser Asp Glu Ser Val Gly Asn Val Thr Phe Ser Phe Asp
50 55 60
Tyr Gln Lys Thr Gly Met Asp Asn Trp Ile Lys Leu Ser Gly Cys Gln
65 70 75 80
Asn Ile Thr Ser Thr Lys Cys Asn Phe Ser Ser Leu Lys Leu Asn Val
85 90 95
Tyr Glu Glu Ile Lys Leu Arg Ile Arg Ala Glu Lys Glu Asn Thr Ser
100 105 110
Ser Trp Tyr Glu Val Asp Ser Phe Thr Pro Phe Arg Lys Ala Gln Ile
115 120 125
Gly Pro Pro Glu Val His Leu Glu Ala Glu Asp Lys Ala Ile Val Ile
130 135 140
His Ile Ser Pro Gly Thr Lys Asp Ser Val Met Trp Ala Leu Asp Gly
145 150 155 160
Leu Ser Phe Thr Tyr Ser Leu Val Ile Trp Lys Asn Ser Ser Gly Val
165 170 175
Glu Glu Arg Ile Glu Asn Ile Tyr Ser Arg His Lys Ile Tyr Lys Leu
180 185 190
Ser Pro Glu Thr Thr Tyr Cys Leu Lys Val Lys Ala Ala Leu Leu Thr
195 200 205
Ser Trp Lys Ile Gly Val Tyr Ser Pro Val His Cys Ile Lys Thr Thr
210 215 220
Val Glu Asn Glu Leu Pro Pro Pro Glu Asn Ile Glu Val Ser Val Gln
225 230 235 240
Asn Gln Asn Tyr Val Leu Lys Trp Asp Tyr Thr Tyr Ala Asn Met Thr
245 250 255
Phe Gln Val Gln Trp Leu His Ala Phe Leu Lys Arg Asn Pro Gly Asn
260 265 270
His Leu Tyr Lys Trp Lys Gln Ile Pro Asp Cys Glu Asn Val Lys Thr
275 280 285
Thr Gln Cys Val Phe Pro Gln Asn Val Phe Gln Lys Gly Ile Tyr Leu
290 295 300
Leu Arg Val Gln Ala Ser Asp Gly Asn Asn Thr Ser Phe Trp Ser Glu
305 310 315 320
Glu Ile Lys Phe Asp Thr Glu Ile Gln Ala Phe Leu Leu Pro Pro Val
325 330 335
Phe Asn Ile Arg Ser Leu Ser Asp Ser Phe His Ile Tyr Ile Gly Ala
340 345 350
Pro Lys Gln Ser Gly Asn Thr Pro Val Ile Gln Asp Tyr Pro Leu Ile
355 360 365
Tyr Glu Ile Ile Phe Trp Glu Asn Thr Ser Asn Ala Glu Arg Lys Ile
370 375 380
Ile Glu Lys Lys Thr Asp Val Thr Val Pro Asn Leu Lys Pro Leu Thr
385 390 395 400
Val Tyr Cys Val Lys Ala Arg Ala His Thr Met Asp Glu Lys Leu Asn
405 410 415
Lys Ser Ser Val Phe Ser Asp Ala Val Cys Glu Lys Thr Lys Pro Gly
420 425 430
Asn Thr Ser Lys Ile Trp Leu Ile Val Gly Ile Cys Ile Ala Leu Phe
435 440 445
Ala Leu Pro Phe Val Ile Tyr Ala Ala Lys Val Phe Leu Arg Cys Ile
450 455 460
Asn Tyr Val Phe Phe Pro Ser Leu Lys Pro Ser Ser Ser Ile Asp Glu
465 470 475 480
Tyr Phe Ser Glu Gln Pro Leu Lys Asn Leu Leu Leu Ser Thr Ser Glu
485 490 495
Glu Gln Ile Glu Lys Cys Phe Ile Ile Glu Asn Ile Ser Thr Ile Ala
500 505 510
Thr Val Glu Glu Thr Asn Gln Thr Asp Glu Asp His Lys Lys Tyr Ser
515 520 525
Ser Gln Thr Ser Gln Asp Ser Gly Asn Tyr Ser Asn Glu Asp Glu Ser
530 535 540
Glu Ser Lys Thr Ser Glu Glu Leu Gln Gln Asp Phe Val
545 550 555
<210>2
<211>6099
<212>DNA
<213>智人
<400>2
aggcggcgcg tgcgtagagg ggcggtgaga gctaagaggg gcagcgcgtg tgcagagggg 60
cggtgtgact taggacgggg cgatggcggc tgagaggagc tgcgcgtgcg cgaacatgta 120
actggtggga tctgcggcgg ctcccagatg atggtcgtcc tcctgggcgc gacgacccta 180
gtgctcgtcg ccgtggcgcc atgggtgttg tccgcagccg caggtggaaa aaatctaaaa 240
tctcctcaaa aagtagaggt cgacatcata gatgacaact ttatcctgag gtggaacagg 300
agcgatgagt ctgtcgggaa tgtgactttt tcattcgatt atcaaaaaac tgggatggat 360
aattggataa aattgtctgg gtgtcagaat attactagta ccaaatgcaa cttttcttca 420
ctcaagctga atgtttatga agaaattaaa ttgcgtataa gagcagaaaa agaaaacact 480
tcttcatggt atgaggttga ctcatttaca ccatttcgca aagctcagat tggtcctcca 540
gaagtacatt tagaagctga agataaggca atagtgatac acatctctcc tggaacaaaa 600
gatagtgtta tgtgggcttt ggatggttta agctttacat atagcttagt tatctggaaa 660
aactcttcag gtgtagaaga aaggattgaa aatatttatt ccagacataa aatttataaa 720
ctctcaccag agactactta ttgtctaaaa gttaaagcag cactacttac gtcatggaaa 780
attggtgtct atagtccagt acattgtata aagaccacag ttgaaaatga actacctcca 840
ccagaaaata tagaagtcag tgtccaaaat cagaactatg ttcttaaatg ggattataca 900
tatgcaaaca tgacctttca agttcagtgg ctccacgcct ttttaaaaag gaatcctgga 960
aaccatttgt ataaatggaa acaaatacct gactgtgaaa atgtcaaaac tacccagtgt 1020
gtctttcctc aaaacgtttt ccaaaaagga atttaccttc tccgcgtaca agcatctgat 1080
ggaaataaca catctttttg gtctgaagag ataaagtttg atactgaaat acaagctttc 1140
ctacttcctc cagtctttaa cattagatcc cttagtgatt cattccatat ctatatcggt 1200
gctccaaaac agtctggaaa cacgcctgtg atccaggatt atccactgat ttatgaaatt 1260
attttttggg aaaacacttc aaatgctgag agaaaaatta tcgagaaaaa aactgatgtt 1320
acagttccta atttgaaacc actgactgta tattgtgtga aagccagagc acacaccatg 1380
gatgaaaagc tgaataaaag cagtgttttt agtgacgctg tatgtgagaa aacaaaacca 1440
ggaaatacct ctaaaatttg gcttatagtt ggaatttgta ttgcattatt tgctctcccg 1500
tttgtcattt atgctgcgaa agtcttcttg agatgcatca attatgtctt ctttccatca 1560
cttaaacctt cttccagtat agatgagtat ttctctgaac agccattgaa gaatcttctg 1620
ctttcaactt ctgaggaaca aatcgaaaaa tgtttcataa ttgaaaatat aagcacaatt 1680
gctacagtag aagaaactaa tcaaactgat gaagatcata aaaaatacag ttcccaaact 1740
agccaagatt caggaaatta ttctaatgaa gatgaaagcg aaagtaaaac aagtgaagaa 1800
ctacagcagg actttgtatg accagaaatg aactgtgtca agtataaggt ttttcagcag 1860
gagttacact gggagcctga ggtcctcacc ttcctctcag taactacaga gaggacgttt 1920
ccctgtttag ggaaagaaaa aacatcttca gatcataggt cctaaaaata cgggcaagct 1980
cttaactatt taaaaatgaa attacaggcc cgggcacggt ggctcacacc tgtaatccca 2040
gcactttggg aggctgaggc aggcagatca tgaggtcaag agatcgagac cagcctggcc 2100
aacgtggtga aaccccatct ctactaaaaa tacaaaaatt agccgggtgt ggtggcgcgc 2160
gcctgttgtc ttagctactc aggaggctga ggcaggagaa tcgcttgaaa acaggaggtg 2220
gaggttgcag tgagccgaga tcacgccact gcactccagc ctggtgacag cgtgagactc 2280
tttaaaaaaa gaaattaaaa gagttgagac aaacgtttcc tacattcttt tccatgtgta 2340
aaatcatgaa aaagcctgtc accggacttg cattggatga gatgagtcag accaaaacag 2400
tggccacccg tcttcctcct gtgagcctaa gtgcagccgt gctagctgcg caccgtggct 2460
aaggatgacg tctgtgttcc tgtccatcac tgatgctgct ggctactgca tgtgccacac 2520
ctgtctgttc gccattccta acattctgtt tcattcttcc tcgggagata tttcaaacat 2580
ttggtctttt cttttaacac tgagggtagg cccttaggaa atttatttag gaaagtctga 2640
acacgttatc acttggtttt ctggaaagta gcttacccta gaaaacagct gcaaatgcca 2700
gaaagatgat ccctaaaaat gttgagggac ttctgttcat tcatcccgag aacattggct 2760
tccacatcac agtatctacc cttacatggt ttaggattaa agccaggcaa tcttttacta 2820
tgcattaaga cctctgattc aaaacttatt agaacagtag cttctgctgg aatttgcaat 2880
cactgaagtc atagaaaata ggtaactatc taattagaga aataattgtt gtattttaag 2940
atctgagagt gtgtacaagt tttagtatac atgccatgcc agaagatagt gtatgcaaga 3000
agtcttggga ccagaaaatg gcaatgatag gagactgaca tagaagaaga atgcttccct 3060
aggaaaaagg tcgctggctt tggtgcaaga ggaagaagaa tgttccactg gaagcctgag 3120
cacctaatca gctctcagtg atcaacccac tcttgttatg ggtggtctct gtcactttga 3180
atgccaggct ggcttctcgt ctagcagtat tcagataccc cttctgctca gcctgcttgg 3240
cgttaaaata caaatcattg aactgagggg gaaaaatgta actaggaaga aaaacccaat 3300
ttaagaaatt acataatgct ttccaaaggc acctacaact tagttttaaa ttacttgcta 3360
ctggggatta cccatggata tccttaatag gcaggaagtc tgggaattct ggtggcctct 3420
agggcagtgt tctcacagca ccgttccgac agggaccagt gaaagaaaag agacaaagtt 3480
agaacgtgct ggggagcggc catttctaag gccagtctgg tttaagtagt catttctgct 3540
gaaaaaacag atgatcctgg tggaagaaaa ggttgaaggc agctgccctc gggagggctg 3600
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gacccaggaa tctcatctga gaacccactc tctgccggag aaccccatgg tgacacattt 3780
tcatctttct gaccagaggc tgtttttttt tttttttgag acagtctcat tctgttgccc 3840
aggctggagt gcagtggctt gatctcggct cactgcaacc tcgcctcccg ggttcaagca 3900
attctctgcc gcagcctcca gagtagctgg gataacaggt gcccaccacc acaccccact 3960
aatttttgta tttgtatttt tagtagagat ggggtttcac catgttggtc aggctggtct 4020
tggactcctg acctcatgct ccacccgctt cggcctccca aagttctggg attacaggtg 4080
tgagccaccg tgcacggccg gcctgacctt tggaaaagcc ttgtcacttt ggacgtttgc 4140
gtctttgaag aggcgatggg agcatatcat gactgcctgc caccattgct tttcagacta 4200
ccacaactca atcatgctgt ccaggacttc tggccctgtg ttcaccactg ggaaaacgta 4260
cttcagactg gatagcctaa aaaggagcaa tgcccttgta ggatgtggag aagggaaaat 4320
acggacatta acattaaaag acaccagtga aattgttagg tctctaggaa gttggagcac 4380
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cagaaaacaa caacaaaaaa acacctcgtt tttaccttgt cttctagaca tgaaaaggca 4500
gttgcattcc actctgcatt atgttctaca tgttgcttta tcagtatatg cttagctgta 4560
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gggaacctga acacacactt gtgtttttaa gcttcccttt tttacagtgg acaaggacac 6060
aaataataaa taaatcatcc ctaatgccca agaaaaaaa 6099
<210>3
<211>515
<212>PRT
<213>智人
<400>3
Met Leu Leu Ser Gln Asn Ala Phe Ile Phe Arg Ser Leu Asn Leu Val
1 5 10 15
Leu Met Val Tyr Ile Ser Leu Val Phe Gly Ile Ser Tyr Asp Ser Pro
20 25 30
Asp Tyr Thr Asp Glu Ser Cys Thr Phe Lys Ile Ser Leu Arg Asn Phe
35 40 45
Arg Ser Ile Leu Ser Trp Glu Leu Lys Asn His Ser Ile Val Pro Thr
50 55 60
His Tyr Thr Leu Leu Tyr Thr Ile Met Ser Lys Pro Glu Asp Leu Lys
65 70 75 80
Val Val Lys Asn Cys Ala Asn Thr Thr Arg Ser Phe Cys Asp Leu Thr
85 90 95
Asp Glu Trp Arg Ser Thr His Glu Ala Tyr Val Thr Val Leu Glu Gly
100 105 110
Phe Ser Gly Asn Thr Thr Leu Phe Ser Cys Ser His Asn Phe Trp Leu
115 120 125
Ala Ile Asp Met Ser Phe Glu Pro Pro Glu Phe GluIle Val Gly Phe
130 135 140
Thr Asn His Ile Asn Val Met Val Lys Phe Pro Ser Ile Val Glu Glu
145 150 155 160
Glu Leu Gln Phe Asp Leu Ser Leu Val Ile Glu Glu Gln Ser Glu Gly
165 170 175
Ile Val Lys Lys His Lys Pro Glu Ile Lys Gly Asn Met Ser Gly Asn
180 185 190
Phe Thr Tyr Ile Ile Asp Lys Leu Ile Pro Asn Thr Asn Tyr Cys Val
195 200 205
Ser Val Tyr Leu Glu His Ser Asp Glu Gln Ala Val Ile Lys Ser Pro
210 215 220
Leu Lys Cys Thr Leu Leu Pro Pro Gly Gln Glu Ser Glu Ser Ala Glu
225 230 235 240
Ser Ala Lys Ile Gly Gly Ile Ile Thr Val Phe Leu Ile Ala Leu Val
245 250 255
Leu Thr Ser Thr Ile Val Thr Leu Lys Trp Ile Gly Tyr Ile Cys Leu
260 265 270
Arg Asn Ser Leu Pro Lys Val Leu Asn Phe His Asn Phe Leu Ala Trp
275 280 285
Pro Phe Pro Asn Leu Pro Pro Leu Glu Ala Met Asp Met Val Glu Val
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Ile Tyr Ile Asn Arg Lys Lys Lys Val Trp Asp Tyr Asn Tyr Asp Asp
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325 330 335
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355 360 365
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435 440 445
Leu Ser Ser His Leu Glu Glu Met Val Asp Pro Glu Asp Pro Asp Asn
450 455 460
Val Gln Ser Asn His Leu Leu Ala Ser Gly Glu Gly Thr Gln Pro Thr
465 470 475 480
Phe Pro Ser Pro Ser Ser Glu Gly Leu Trp Ser Glu Asp Ala Pro Ser
485 490 495
Asp Gln Ser Asp Thr Ser Glu Ser Asp Val Asp Leu Gly Asp Gly Tyr
500 505 510
Ile Met Arg
515
<210>4
<211>2898
<212>DNA
<213>智人
<400>4
gcccgcgctt ccgtatcgct cctcgtaggc cggggctcgg cgcgcgcacc cgcactaaag 60
acgcttcttc ccggcgggta ggaatcccgc cggcgagccg aacagttccc cgagcgcagc 120
ccgcggacca ccacccggcc gcacgggccg cttttgtccc ccgcccgccg cttctgtccg 180
agaggccgcc cgcgaggcgc atcctgaccg cgagcgtcgg gtcccagagc cgggcgcggc 240
tggggcccga ggctagcatc tctcgggagc cgcaaggcga gagctgcaaa gatgtaaaag 300
tcaagagaag actctaaaaa tagcaaagat gcttttgagc cagaatgcct tcatcttcag 360
atcacttaat ttggttctca tggtgtatat cagcctcgtg tttggtattt catatgattc 420
gcctgattac acagatgaat cttgcacttt caagatatca ttgcgaaatt tccggtccat 480
cttatcatgg gaattaaaaa accactccat tgtaccaact cactatacat tgctgtatac 540
aatcatgagt aaaccagaag atttgaaggt ggttaagaac tgtgcaaata ccacaagatc 600
attttgtgac ctcacagatg agtggagaag cacacacgag gcctatgtca ccgtcctaga 660
aggattcagc gggaacacaa cgttgttcag ttgctcacac aatttctggc tggccataga 720
catgtctttt gaaccaccag agtttgagat tgttggtttt accaaccaca ttaatgtgat 780
ggtgaaattt ccatctattg ttgaggaaga attacagttt gatttatctc tcgtcattga 840
agaacagtca gagggaattg ttaagaagca taaacccgaa ataaaaggaa acatgagtgg 900
aaatttcacc tatatcattg acaagttaat tccaaacacg aactactgtg tatctgttta 960
tttagagcac agtgatgagc aagcagtaat aaagtctccc ttaaaatgca ccctccttcc 1020
acctggccag gaatcagaat cagcagaatc tgccaaaata ggaggaataa ttactgtgtt 1080
tttgatagca ttggtcttga caagcaccat agtgacactg aaatggattg gttatatatg 1140
cttaagaaat agcctcccca aagtcttgaa ttttcataac tttttagcct ggccatttcc 1200
taacctgcca ccgttggaag ccatggatat ggtggaggtc atttacatca acagaaagaa 1260
gaaagtgtgg gattataatt atgatgatga aagtgatagc gatactgagg cagcgcccag 1320
gacaagtggc ggtggctata ccatgcatgg actgactgtc aggcctctgg gtcaggcctc 1380
tgccacctct acagaatccc agttgataga cccggagtcc gaggaggagc ctgacctgcc 1440
tgaggttgat gtggagctcc ccacgatgcc aaaggacagc cctcagcagt tggaactctt 1500
gagtgggccc tgtgagagga gaaagagtcc actccaggac ccttttcccg aagaggacta 1560
cagctccacg gaggggtctg ggggcagaat taccttcaat gtggacttaa actctgtgtt 1620
tttgagagtt cttgatgacg aggacagtga cgacttagaa gcccctctga tgctatcgtc 1680
tcatctggaa gagatggttg acccagagga tcctgataat gtgcaatcaa accatttgct 1740
ggccagcggg gaagggacac agccaacctt tcccagcccc tcttcagagg gcctgtggtc 1800
cgaagatgct ccatctgatc aaagtgacac ttctgagtca gatgttgacc ttggggatgg 1860
ttatataatg agatgactcc aaaactattg aatgaacttg gacagacaag cacctacagg 1920
gttctttgtc tctgcatcct aacttgctgc cttatcgtct gcaagtgttc tccaagggaa 1980
ggaggaggaa actgtggtgt tcctttcttc caggtgacat cacctatgca cattcccagt 2040
atggggacca tagtatcatt cagtgcattg tttacatatt caaagtggtg cactttgaag 2100
gaagcacatg tgcacctttc ctttacacta atgcacttag gatgtttctg catcatgtct 2160
accagggagc agggttcccc acagtttcag aggtggtcca ggaccctatg atatttctct 2220
tctttcgttc tttttttttt ttttttttga gacagagtct cgttctgtcg cccaagctgg 2280
agcgcaatgg tgtgatcttg gctcactgca acatccgcct cccaggttca agtgattctc 2340
ctgcctcagc ctccctcgca agtagctggg attacaggcg cctgccacca tgcctagcaa 2400
atttttgtat ttttagtaga gacaggattt taccatgttg gccaggctgg tctcaaactc 2460
ctgacctcaa gtgatctgcc ctcctcagcc tcgtaaagtg ctgggattac aggggtgagc 2520
cgctgtgcct ggctggccct gtgatatttc tgtgaaataa attgggccag ggtgggagca 2580
gggaaagaaa aggaaaatag tagcaagagc tgcaaagcag gcaggaaggg aggaggagag 2640
ccaggtgagc agtggagaga aggggggccc tgcacaagga aacagggaag agccatcgaa 2700
gtttcagtcg gtgagccttg ggcacctcac ccatgtcaca tcctgtctcc tgcaattgga 2760
attccacctt gtccagccct ccccagttaa agtggggaag acagacttta ggatcacgtg 2820
tgtgactaat acagaaagga aacatggcgt cggggagagg gataaaacct gaatgccata 2880
ttttaagtta aaaaaaaa 2898
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<211>331
<212>PRT
<213>智人
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Met Leu Leu Ser Gln Asn Ala Phe Ile Phe Arg Ser Leu Asn Leu Val
1 5 10 15
Leu Met Val Tyr Ile Ser Leu Val Phe Gly Ile Ser Tyr Asp Ser Pro
20 25 30
Asp Tyr Thr Asp Glu Ser Cys Thr Phe Lys Ile Ser Leu Arg Asn Phe
35 40 45
Arg Ser Ile Leu Ser Trp Glu Leu Lys Asn His Ser Ile Val Pro Thr
50 55 60
His Tyr Thr Leu Leu Tyr Thr Ile Met Ser Lys Pro Glu Asp Leu Lys
65 70 75 80
Val Val Lys Asn Cys Ala Asn Thr Thr Arg Ser Phe Cys Asp Leu Thr
85 90 95
Asp Glu Trp Arg Ser Thr His Glu Ala Tyr Val Thr Val Leu Glu Gly
100 105 110
Phe Ser Gly Asn Thr Thr Leu Phe Ser Cys Ser His Asn Phe Trp Leu
115 120 125
Ala Ile Asp Met Ser Phe Glu Pro Pro Glu Phe Glu Ile Val Gly Phe
130 135 140
Thr Asn His Ile Asn Val Met Val Lys Phe Pro Ser Ile Val Glu Glu
145 150 155 160
Glu Leu Gln Phe Asp Leu Ser Leu Val Ile Glu Glu Gln Ser Glu Gly
165 170 175
Ile Val Lys Lys His Lys Pro Glu Ile Lys Gly Asn Met Ser Gly Asn
180 185 190
Phe Thr Tyr Ile Ile Asp Lys Leu Ile Pro Asn Thr Asn Tyr Cys Val
195 200 205
Ser Val Tyr Leu Glu His Ser Asp Glu Gln Ala Val Ile Lys Ser Pro
210 215 220
Leu Lys Cys Thr Leu Leu Pro Pro Gly Gln Glu Ser Glu Ser Ala Glu
225 230 235 240
Ser Ala Lys Ile Gly Gly Ile Ile Thr Val Phe Leu Ile Ala Leu Val
245 250 255
Leu Thr Ser Thr Ile Val Thr Leu Lys Trp Ile Gly Tyr Ile Cys Leu
260 265 270
Arg Asn Ser Leu Pro Lys Val Leu Arg Gln Gly Leu Ala Lys Gly Trp
275 280 285
Asn Ala Val Ala Ile His Arg Cys Ser His Asn Ala Leu Gln Ser Glu
290 295 300
Thr Pro Glu Leu Lys Gln Ser Ser Cys Leu Ser Phe Pro Ser Ser Trp
305 310 315 320
Asp Tyr Lys Arg Ala Ser Leu Cys Pro Ser Asp
325 330
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<212>DNA
<213>智人
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Leu Met Val Tyr Ile Ser Leu Val Phe Gly Ile Ser Tyr Asp Ser Pro
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Val Val Lys Asn Cys Ala Asn Thr Thr Arg Ser Phe Cys Asp Leu Thr
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aa 1382
Claims (20)
1.用于确定具有肝脏病毒性感染的受试者将应答于抗病毒疗法的可能性的方法，所述抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性，该方法包括：
(a)对来自受试者的样品分析来自以下每个基因集合的至少一种基因的表达：
(i)KYNU；PAH；LOC129607；DDC；FOLH1；YBX1；BCHE；ACADL；ACSM3；NARF；SLPI；RPS5；RPL3；RPLP0；TRIM5和HERC5；
(ii)HTATIP2；CDK4；IFI44L；和KLHDC3；
(iii)C7；IF；IFI27；IFIT1；OAS2；G1P2；OAS1；IRF7；RSAD2；IFI44；OAS3；SIGIRR；和IFIT2；
(iv)RAB4A；PPP1R1A；PPM1E；ENPP2；CAP2；ADCY1；CABYR；EVI1；PTGFRN；TRIM55和IL28RA；
(v)MME；KCNN2；SLC16A10；AMOTL1；SPP2；LRCH4；HIST1H2BG；TSPYL5；HIST1H2AC；HIST1H2BD；PHTF1；ZNF684；GSTM5；FLJ20035；FIS；PARP12；C14orf21；PNPT1；FLJ39051；GALNTL1；OSBPL1A；LGALS3BP；TXNRD2；LOC201725；TOMM7；SRPX2；DCN；PSMAL；MICAL-L2；FLJ30046；SAMD9；ANKRD35；LOC284013；LOC402560；和LOC147646；和，
(b)比较该样品中所述基因的表达与对照样品中相同基因的表达。
2.权利要求1的方法，其中样品中所述基因与对照样品中相同基因的表达相比较而言改变的表达表明该受试者很可能不应答于所述抗病毒疗法。
3.权利要求1的方法，其中样品中所述基因与对照样品中相同基因的表达相比较而言未改变的表达表明该受试者很可能应答于所述抗病毒疗法。
4.前述权利要求任一项中所述的方法，其中抗病毒疗法包括PEG化的IFNα。
5.权利要求4的方法，其中抗病毒疗法包括PEG-IFNα和利巴韦林。
6.前述权利要求任一项中所述的方法，其中病毒性感染是乙型肝炎病毒感染或丙型肝炎病毒感染。
7.权利要求4的方法，其中病毒是丙型肝炎病毒。
8.前述权利要求任一项中所述的方法，其中样品包含肝脏组织。
9.前述权利要求任一项中所述的方法，其中分析了权利要求1的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、71、72、73、74、75、76、77或78种基因的表达。
10.前述权利要求任一项中所述的方法，其中通过测量样品中mRNA基因转录物的量或从所述mRNA衍生的cDNA的量确定基因表达。
11.权利要求1至9中任一项所述的方法，其中通过测量样品中由基因编码的肽或多肽的量确定基因表达。
12.权利要求11的方法，其中使用特异性结合分子确定肽或多肽的量。
13.前述权利要求任一项中所述的方法，其中受试者是人。
14.用于确定具有肝脏病毒性感染的受试者将应答于抗病毒疗法的可能性的方法，所述抗病毒疗法包括刺激干扰素(IFN)活性，该方法包括：检查来自该受试者的样品以鉴定STAT1的亚细胞定位。
15.权利要求14的方法，其中如果大部分细胞具有核定位的STAT1，则该受试者很可能不应答于抗病毒疗法。
16.降低IFN系统激活的物质用于预防或治疗肝脏病毒性感染的用途。
17.降低IFN系统激活的物质在制造用于预防或治疗肝脏病毒性感染的药物中的用途。
18.用于实施权利要求1至13中任一项所述的方法的试剂盒，包含：
(i)用于分析受试者样品中来自权利要求1中所列出每个基因集合的至少一种基因的表达的工具；和，任选地，
(ii)用于比较该样品中所述基因的表达与对照样品中相同基因的表达的工具。
19.权利要求18的试剂盒，包含一种或多种特异性结合分子，所述特异性结合分子能靶向代表样品中所述基因表达的分子。
20.权利要求19的试剂盒，其中所述特异性结合分子是寡核苷酸探针、抗体或适配子。
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