CN101659947A - 一种α-半乳糖苷酶及其编码基因 - Google Patents

一种α-半乳糖苷酶及其编码基因 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种α-半乳糖苷酶及其编码基因。该α-半乳糖苷酶,是如下a)或b)的蛋白质:a)由序列表中序列1中自N端起第21-438位氨基酸残基组成的蛋白质;b)由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;c)将a)或b)限定的蛋白质经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有α-半乳糖苷酶活性的由a)或b)衍生的蛋白质。本发明酶应用于更广泛的工业生产中,为进一步工业化高产工程菌株的构建也提供了实验的素材,为丰富α-半乳糖苷酶来源的多样性研究也提供了对比的序列和性质研究参考。所以本发明酶及其编码基因具有非常好的商业应用价值的应用潜力。

Description

一种α-半乳糖苷酶及其编码基因
技术领域
本发明涉及一种α-半乳糖苷酶及其编码基因。
背景技术
α-半乳糖苷酶(alpha-galactosidase,EC 3.2.1.22)是催化α-半乳糖苷键水解的酶类,广泛的分布于植物、动物和微生物体内。它不但可以催化α-半乳糖苷类的寡糖,还可以催化含α-半乳糖苷键的多聚糖。该酶在饲料、食品、造纸和医药工业等领域具有广泛的应用前景。
目前,已分离筛选出许多产α-半乳糖苷酶的微生物,如大肠杆菌、芽胞杆菌、链霉菌、青霉、红曲霉、米曲霉、黑曲霉、焦曲霉、泡盛曲霉、葡酒色被抱霉、毛霉、根霉、黄曲霉、啤酒酵母等等。微生物α-半乳糖苷酶有较高的产量,特别是丝状真菌,每升培养基可以分泌30g蛋白质,它们产生的α-半乳糖苷酶可以分泌到胞外、具有合适的酸碱度和良好的稳定性从而最有利于技术应用。因此产生α-半乳糖苷酶的真菌受到越来越广泛的关注。
豆粕是饲料工业中应用最广的植物性蛋白质原料,一般在日粮中的用量为25~30%。在豆类饼粕饲料中,含有5~7%的单胃动物不能消化的a-半乳糖苷的低聚糖,占豆粕中碳水化合物总量的40%左右,它们是一种抗营养因子,主要包括水苏糖、棉子糖和毛蕊花糖。
在单胃动物的肠道内缺乏α-半乳糖苷酶,较高浓度的此类游离的水溶性低聚糖可能造成食糜黏度增高,对营养物的吸收和消化产生不利影响;同时这些低聚寡糖不能被家禽消化道的内源酶降解,只有经过消化道微生物发酵以后才能被利用。不仅消化能大大降低,而且在发酵过程中会产生CO2、CH4和H2等气体,使畜禽的采食量下降,还产生胀气等疾病;另外,这些低聚寡糖还能刺激肠道蠕动,提高饲料通过消化道的速度,从而降低营养物质的利用率;豆粕中还含有约14%的果胶,而果胶具有高度的粘性。这些粘性的多糖不但抑制营养物质的消化和吸收,而且还能和肠道分泌的消化酶结合,降低消化酶活性,甚至还会引起肠粘膜形态和功能的变化。果胶中约7%的a-半乳糖苷具有良好的热稳定性,在普通的饲料调制加工过程也不会失活,同时亦不能被单胃动物的内源酶消化。如果所有这些半乳糖苷都被a-半乳糖苷酶水解掉,则豆粕的代谢能含量会增加250千卡,即如果每千克日粮的代谢能含量为3000千卡,则总能量含量的增加为8.0%以上。
在豆粕类饲料中添加α-半乳糖苷酶可以提高豆粕的代谢能,消除肠道的胀气现象,增加动物的采食量。把α-半乳糖苷酶作为复合酶制剂的一个成分添加到饲料中会起到明显的效果。
在食品工业上,α-半乳糖苷酶可用于豆奶的发酵,水解豆奶中易使胃胀气的蜜二糖和水苏糖,从而获得低α-半乳糖基寡聚糖含量的豆奶制品,有利于人体消化。一种非处方的α-半乳糖苷酶口服液Beano,利用α-半乳糖苷酶缓解诸如胀气等胃肠疾病。这些疾病是由高纤维的饮食所致。临床研究表明,α-半乳糖苷酶对预防胃肠不适应某些寡糖有极好疗效。
在制糖工业上,由于棉子糖的存在,造成糖蜜黏度增加,阻碍蔗糖晶体析出,产生大量废糖蜜。使用α-半乳糖苷酶一方面可去除废糖蜜中的棉子糖,产生半乳糖和蔗糖,提高蔗糖得率,另一方面可以减少在制糖过程中降温与再加热的费用,降低生产成本。α-半乳糖苷酶用于甜菜制糖工业中,可使甜菜废糖蜜中所含的6~10%棉子糖水解76~87%,分解生成的蔗糖和废糖蜜中原来所含的蔗糖均能提取出来,使蔗糖产率提高3~4%。因此,这种工艺被称为“无废糖蜜制糖法”。甜菜上部因含棉子糖过多,往往不能利用而废弃,采用酶法制糖后,则能充分利用,并且节约能源,缩短结晶时间,使加工能力和设备周转率都有很大提高。
在造纸工业中,使用α-半乳糖苷酶也是一种令人感兴趣的选择。阿拉伯木聚糖和半乳葡聚甘露聚糖是软木中主要的半纤维素组分,α-半乳糖苷酶可以水解半纤维素类的半乳葡聚甘露聚糖,使α-半乳糖从其碳链骨架上分离下来。尽管单独使用α-半乳糖苷酶处理造纸加工过程中的软木纸浆对纸张的漂白没有什么影响,但是软木纸浆被木聚糖酶、甘露聚糖酶和α-半乳糖苷酶的处理后,可以提高纸张的漂白效果。
目前,α-半乳糖苷酶在医学界也引起广泛的兴趣。许多α-半乳糖苷酶可以从B血细胞表面的糖蛋白水解α-1,3-D连接的末端半乳糖苷残基,从而造成B型血到O型血的转换。通过把B型血转换成的O型血可以增加通用血型。
Fabry疾病(X性连锁隐性遗传性溶酶体α-半乳糖苷酶缺乏性疾病)是一种糖代谢缺陷遗传病,该疾病不但会导致疼痛,还影响肾脏、心包、中枢神经系统和皮肤,还会造成胃肠道症状。这种疾病是由人体的溶酶体α-半乳糖苷酶A缺乏造成的,从而造成糖磷脂的逐渐增加。α-半乳糖苷酶可以水解糖磷脂的末端α-半乳糖残基,这种功能可以用于治疗Fabry疾病。
α-半乳糖苷酶作为一种新型的酶制剂,在许多领域都有广阔的应用前景。目前,α-半乳糖苷酶主要是利用原菌株的发酵生产,产量较低,成本较高。α-半乳糖苷酶的基因工程菌株目前报道也较少,主要还是在实验室研究阶段。因此,不断提高菌种产酶水平,研究α-半乳糖苷酶合成的调控机制、酶基因的克隆和异源高效表达,进行产业化推广应用是今后发展的发展的主要方向。
随着分子生物学的发展,各种微生物来源的α-半乳糖苷酶基因从细菌、真菌中克隆并进行了功能表达分析,研究了这些基因的表达调控,并使其异源表达。许多表达系统已经成功的用于α-半乳糖苷酶的异源表达,如大肠杆菌系统、毕赤酵母系统、啤酒酵母系统、丝状真菌表达系统、昆虫表达系统等。α-半乳糖苷酶主要是利用微生物发酵法生产的,菌种主要来源于曲霉和犁头酶。据报道,美国、丹麦和日本已有这方面的基因工程菌,并且还发酵了少量产品。但由于价格较高,目前只是用于实验研究。利用工程菌株高效表达α-半乳糖苷酶,降低生产成本是生产饲料用α-半乳糖苷酶的发展方向。
目前研究者已经从黑曲霉,青霉,被孢霉,伞枝犁头霉,里氏木霉等真菌中克隆获得了相关α-半乳糖苷酶的基因,并进行了异源表达。但是,焦曲霉目前多为原菌发酵,还未见焦曲霉来源的α-半乳糖苷酶基因报道。所以,克隆焦曲霉的α-半乳糖苷酶基因,获得基因保守片段,进一步获得基因全长及异源表达,对于丰富α-半乳糖苷酶的具有重要的分类学理论指导和工业生产的实践意义。
随着大量的α-半乳糖苷酶的鉴定,纯化及克隆表达的研究,该酶结构和功能的关系也受到越来越广泛的重视。通过对碱性的α-半乳糖苷酶、27家族的α-半乳糖苷酶和36家族的α-半乳糖苷酶分别进行氨基酸序列的一致性分析,发现这三类α-半乳糖苷酶有两个保守的基序(Motif),一个是DD(/C)W,另一个为K*D。第27家族的α-半乳糖苷酶的活性中心被预测含有两个羧基集团,一个含羧基的氨基酸作为催化亲核子,另一个作为催化质子供体。其中K*D被认为是27家族最保守基序YLKYDNC的一部分,这个D已经被证明是催化亲核子。
在已广泛使用的α-半乳糖苷酶中,仍存在一定缺陷,需要从新来源的菌株中获得不同性质的α-半乳糖苷酶的基因,在不同领域发挥理想作用。焦曲霉属于子囊菌门,盘菌亚门,散囊菌目,发菌科,曲霉属,目前无α-半乳糖苷酶基因的报道,多为原菌发酵生产α-半乳糖苷酶。
另外,现有的技术中分离α-半乳糖苷酶的手段有限,主要是构建基因组文库或者是纯化蛋白入手。这两种方法都费时费力,效率较低,而且价格昂贵。不同物种中α-半乳糖苷酶的相似性较低,针对这样的从未报道过α-半乳糖苷酶的菌株,要获的基因序列比较困难。这也是一个种对于现有的方法去获得未知新基因的挑战。
发明内容
本发明的一个目的是提供一种α-半乳糖苷酶及其编码基因。
本发明所提供的α-半乳糖苷酶,来源于焦曲霉,是如下a)或b)或c)的蛋白质:
a)由序列表中序列1中自N端起第21-438位氨基酸残基组成的蛋白质;
b)由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
c)将a)或b)限定的蛋白质经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有α-半乳糖苷酶活性的由a)或b)衍生的蛋白质。
本发明所提供的α-半乳糖苷酶的编码基因为如下1)、2)、3)或4)的基因:
1)序列表中序列2所示DNA分子;
2)序列表中序列3所示DNA分子;
3)在严格条件下与1)或2)限定的DNA序列杂交且编码所述α-半乳糖苷酶的DNA分子;
4)与1)或2)限定的DNA序列具有90%以上的同源性且编码所述α-半乳糖苷酶的DNA分子。
上述3)和4)所示的基因可以是由自然变异产生的,也可以是人工诱变产生的。
本发明的编码基因中包括在序列2和3基础上由于遗传密码子的兼并性而产生的新序列,遗传密码子的兼并性并不影响新序列编码α-半乳糖苷酶。
为了使上述(a)或(b)中的蛋白便于纯化,可在由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质或序列1中自N端起第21-438位氨基酸残基组成的蛋白质的氨基末端或羧基末端连接上如表1所示的标签。
表1标签的序列
  标签   残基   序列
  Poly-Arg   5-6(通常为5个)  RRRRR
  Poly-His   2-10(通常为6个)   HHHHHH
  FLAG   8   DYKDDDDK
  Strep-tagII   8   WSHPQFEK
  c-myc   10   EQKLISEEDL
上述(a)或(b)中的蛋白可人工合成,也可先合成其编码基因,再进行生物表达得到。上述(c)中的蛋白的编码基因可通过将序列表中序列2或3所示的DNA序列中缺失一个或几个氨基酸残基的密码子,和/或进行一个或几个碱基对的错义突变,和/或在其5′端和/或3′端连上表1所示的标签的编码序列得到。
扩增上述任一所述基因全长或其任意片段的引物对也属于本发明的保护范围。
所述引物对具体可为如下任一所述引物对:
1)一条引物序列如序列表中序列4所示,另一条引物序列如序列表中序列5所示;
2)一条引物序列如序列表中序列6所示,另一条引物序列如序列表中序列7所示;
3)一条引物序列如序列表中序列8所示,另一条引物序列如序列表中序列9所示。
含有上述任一所述编码基因的重组载体、重组菌、转基因细胞系或表达盒也属于本发明的保护范围。
所述重组载体为在表达载体pET-30a(+)的多克隆位点插入序列表中序列2所示核苷酸序列得到的重组表达载体。
所述载体可为表达载体或病毒载体。本发明的重组载体中可以含有增强子等调节序列,可以根据欲转化的宿主细胞、所需的蛋白质表达水平等因素进行了灵活改造。
所述重组菌可以是通过将上述任一所述重组表达载体导入大肠杆菌、枯草芽孢杆菌或酵母得到的。
所述大肠杆菌具体可为大肠杆菌Rosetta。
本发明的最后一个目的是提供一种制备α-半乳糖苷酶的方法。
本发明所提供的制备α-半乳糖苷酶的方法,包括如下步骤:发酵上述任一所述重组菌得到α-半乳糖苷酶。
所述方法中,在所述发酵后,还可包括纯化的步骤。所述纯化是用Ni柱亲合层析纯化,其中用到的洗脱缓冲液具体可以为NTA-200缓冲液;所述NTA-200缓冲液由终浓度为20mmol/L的Tris-Cl缓冲液、终浓度为10%(体积百分含量)的甘油、终浓度为0.5mol/L的氯化钠和终浓度200mmol/L的咪唑组成;NTA-200缓冲液的pH值为8.0;所述终浓度为各物质在NTA-200缓冲液中的浓度。
实验证明,本发明制备α-半乳糖苷酶的方法中,重组菌产酶的能力为13.242μg/ml发酵液,得到的α-半乳糖苷酶的比活为3.02U/mg。该酶在42-50℃的温度范围内都具有高的酶活性,最适作用温度为50℃;该酶具有很好的温度稳定性,在37℃保温1小时,酶活仍保持在82.5%,在50℃保温2min,酶活保持在78%,在50℃保温4min,酶活保持在61%。该酶在pH值为6.0-9.0的范围内都具有高的酶活性,最适pH值为9.0;在pH值为6.0的条件下保温1小时后,酶活为93.7%;在pH值为7.0的条件下保温1小时后,酶活为79%;在pH值为8.0的条件下保温1小时后,酶活为84.7%;在pH值为9.0的条件下保温1小时后,酶活为85.3%。
相对于其它的丝状真菌来源的α-半乳糖苷酶,本发明酶具有中性偏碱性的特点。因此,本发明酶可应用于更广泛的工业生产中,为进一步工业化高产工程菌株的构建也提供了实验的素材,为丰富α-半乳糖苷酶来源的多样性也提供了对比的序列和性质研究参考。所以本发明酶及其编码基因具有非常好的商业应用价值的应用潜力。
附图说明
图1为α-半乳糖苷酶基因cDNA基因的琼脂糖凝胶电泳图。
图2为蛋白表达及纯化的SDS电泳结果。
图3为酶学性质曲线。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
下述实施例中使用的焦曲霉是焦曲霉(Aspergillus ustus)(CGMCC NO.3.3534),购自中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(CGMCC)。
实施例1、α-半乳糖苷酶编码基因的获得
1、通过设计简并引物获得酶编码基因的部分序列
焦曲霉属于曲霉菌属,因此搜寻现有的来源于曲霉菌属的α-半乳糖苷酶基因蛋白序列,用多序列比对程序
BLOCKS[http://blocks.fhcrc.org/block/make_blocks.html]分析,发现了两段保守序列W(G/E)IDYLKYD和HPAEYWSGP。基于这两段保守序列,设计一对简并引物,通过PCR从焦曲霉基因组DNA中扩增获得部分α-半乳糖苷酶序列。
根据两个保守区域设计简并引物,使用DNA合成仪合成。以焦曲霉(Aspergillusustus)基因组DNA为模板进行PCR扩增。除了简并引物和基因组DNA模板外,其他用于PCR扩增的试剂都购自上海申能博彩生物科技有限公司。通过PCR扩增。
简并引物序列如下:
5’TGGGGCATCGACTAC(T/C)T(A/T/C/G)AA(A/G)TA(T/C)GA 3’(序列4)
5’GGGGCCGGACCAGTA(T/C)TC(A/T/C/G)GC(A/T/C/G)GG(A/G)TG 3’(序列5)
聚合酶链式反应(PCR)的试剂与条件:
10×PCR buffer(含MgCl2)     5μl
dNTP mix(2.5mmol/L)         4μl
Taq DNA polymerase(3u/μ1)  1μl
F(10μmol/L)                3μl
R(10μmol/L)                3μl
Template(焦曲霉基因组DNA)   1μl
dd H2O                      33μl
                                            
总体系                      50μl
PCR扩增条件
1  94℃       5min
2  94℃       45S
3  62℃       30s
4  72℃       1min to 2   30cycles
5  72℃       10min
琼脂糖电泳检测,回收获得约600bp片段,PCR产物直接测序,结果确定了570bp的DNA序列为部分α-半乳糖苷酶基因。
2、完整的α-半乳糖苷酶编码基因的克隆
通过反向PCR(IPCR)、热不对称交错PCR(Tail-PCR)克隆获得了以上570bp基因片段的上下游区域。IPCR和Tail-PCR都是获得已知序列两端未知序列的有效手段,特别是Tail-PCR效率高,简单,便宜,更是值得应用的好方法。
1)反向PCR获得570bp序列的上游序列
根据以上获得的570bp的中间序列,设计了反向PCR的两对嵌套引物,分别是:反向第一轮引物
FNZ TCTCCTCCGCATTAACCAAGACC
FNF CACTCGCACAGGGAGAACTGGAA
反向第二轮引物
FWZ  CGAAACTCATCCCGCCGAATACT
FWF TCCGCCATCCTCTTGTATCGTCC
PCR程序:
反应体系:
2×PCR buffer(高GC)       10μl
dNTP mix(10mmol/L)        4μl
Taq(3u/μl)               1μl
Primer f(10μmol/L)       1μl
Primer r(10μmol/L)       1μl
模板DNA                   1μl
dd H2O                    2μl
                                       
总体系                    20μl
扩增条件(touch-down PCR):
1  94℃    3min
2  94℃    45S
3  60℃    30S    -0.5s
4  72℃    90S    2    20cycles
5  94℃    45S
6  50℃    30S
7  72℃    90S    5    30cycles
8  72℃    5min
2)热不对称交错PCR扩增570bp的下游序列
根据以上获得的570bp的中间序列,设计Tail-PCR的巢式特异引物对下游片段进行扩增。同时,用到的简并引物(AD,arbitrary degenerate primers)也是成功的关键。它们分别为:
下游Tail-PCR:
特异引物:
DSP1 ACGACTTGGGCACTGCTAAA,(down special primer)
DSP2 ACAAGGATCTCCTCCGCATT,
DSP3 AACCCGGACTATACCTTCAA.
所用简并引物:
AD  WCAGNTGWTNGTNCTG
Tail-PCR程序:
反应体系:
2×PCR buffer(高GC)  12.5μl
dNTP mix(10mmol/L)   1μl
LA Taq  (5u/μl)     1μl
SP(10μmol/L)        0.5μl
AD  (10μmol/L)      4μl
模板DNA              1μl
dd H2O               5.6μl
                                     
总体系               25μl
扩增条件:
TAIL-PCR 1(引物为:DSP1和AD)
1    94℃     1min
2    25℃     2min59s    -0.2s
3    72℃     2min30s
4    94℃     1min
5    66℃     30s
6    72℃     2min30s
7    94℃     1min
8    66℃     30s
9    72℃     1min30s
10   94℃    1min
11   44℃    1min
12   72℃    2min30s    4 14  cycles
13   72℃    10min
TAIL-PCR 2(引物为:DSP2和AD)
1    94℃    1min
2    94℃    1min
3    66℃    30s
4     72℃    1min
5     94℃    1min
6     66℃    30s
7     72℃    1min
8     94℃    1min
9     42℃    30S
10    72℃    1min    2    24cycles
11    72℃    10min
TAIL-PCR 3(引物为:DSP3和AD)
1    94℃    1min
2    94℃    30s
3    66℃    30s
4    72℃    1min
5    94℃    30s
6    66℃    30s
7    72℃    1min
8    94℃    30s
9    42℃    30S
10   72℃    1min    2    24cycles
11   72℃    10min
将TAIL-PCR 3获得的PCR产物利用胶回收试剂盒(购自上海申能博彩生物技术有限公司)回收,连入PEASY-T3Cloning Vector(购自北京全式金生物技术有限公司),转化大肠杆菌TOP10细胞,分离含有基因的菌株,测序。
通过IPCR进一步获得上游766bp的序列。
通过TAIL-PCR确定获得下游1221bp的序列。
三序列被输入DNASTAR软件,并通过序列拼接程序组装。获得序列全长为2832bp。该2832bp为编码基因的基因组序列,如序列表中SEQ ID NO.3所示。
将上述2832bp序列经过内含子分析[http://genes.mit.edu/GENSCAN.html],发现拼接获得的基因含有多段内含子区域。将内含子部分去除,通过DS GENE软件进行ORF查找,发现1314bp的开放阅读框(SEQ ID NO.2)。
3、cDNA结构分析
用QIAGEN RNeasy Plant Mini试剂盒(RNeasy Plant Mini Kit,Cat.no.74903),提取焦曲霉(Aspergillus ustus)CGMCC NO.3.3534的总RNA;利用MBI反转录试剂盒(Fermentas:RevertAidTM First Strand cDNA Synthesis Kit,#K1621)进行反转录,获得cDNA;以cDNA为模板,用如下引物进行PCR扩增:
QF:ATGTTACTTTCAGTGATCGTCATTA,(序列6)
QR:TTAGTTGCTATAATATGTCCCATTC(序列7),
将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,结果如图1所示,获得的片段大小1.3Kb左右,标示为J-galc。
PCR产物胶回收,连入PEASY-T3Cloning Vector,转化大肠杆菌TOP10细胞,分离含有基因的菌株,测序,获得的cDNA序列如序列表中SEQ ID NO.2所示。
SEQID NO.2所示核苷酸序列编码的蛋白的氨基酸序列如序列表中SEQID NO.1所示。SEQ ID NO.1所示由438个氨基酸组成,自N端起第1-20位氨基酸残基为信号肽,第21-438位氨基酸残基为酶。
该阅读框编码了一段信号肽和一个成熟蛋白,通过Signal P程序和多序列比对,确定信号肽N端的可能切割位点为Ala20-Leu21。该关于成熟活性蛋白的N端位置的数据对于蛋白质在异源表达系统中的表达是必要的。利用PeptideMass程序确定了成熟蛋白的分子量。成熟蛋白的预测分子量为49kDa。通过ProtParam[http://us.expasy.org/tools/protparam.html]预测该成熟蛋白的理论等电点约为5.36。IPCR获得基因中间序列的上游至起始密码子534bp,TAIL-PCR获得基因中间序列的下游直至终止密码子前318bp。
在NCBI的GeneBank中利用BLAST服务器
[http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast]进行相似性分析。结果表明:酶的氨基酸序列(SEQ ID NO.1自N端起第1-438位氨基酸残基)显示与褐腐菌(Postiaplacenta)的假定蛋白(Genebank号为XP_002469401)的低一致性(58%),与双色蜡蘑(Laccaria bicolor)的糖基水解酶第27家族的蛋白(Genebank号为XP_001881346)的低一致性(54%),并且具有和简青霉(Penicillium simplicissimum)的已知α-半乳糖苷酶(Genebank号为CAA08915)的低一致性(37%)。因此可以确定这个来源于焦曲霉的开放阅读框编码了一个新的α-半乳糖苷酶,将该酶命名为J-GALC。
实施例2、基因工程表达获得α-半乳糖苷酶及该酶的酶学性质分析
一、基因工程表达获得α-半乳糖苷酶
1、α-半乳糖苷酶编码基因的制备
用QIAGEN RNeasy Plant Mini试剂盒(RNeasy Plant Mini Kit,Cat.no.74903),提取焦曲霉(Aspergillus ustus)(CGMCC NO.3.3534)的总RNA;利用MBI反转录试剂盒(Fermentas:RevertAidTM First Strand cDNA Synthesis Kit,#K1621)进行反转录,获得cDNA;以cDNA为模板,用如下引物进行PCR扩增:
JYF:(ECOR I)GAATTCATGTTACTTTCAGTGATCGTCAT(序列8)
JYR:(Not I)GCGGCCGCTTAGTTGCTATAATATGTCCCAT(序列9)
将PCR扩增产物进行测序鉴定,测序结果表明,PCR产物的序列如序列表中SEQID NO.2所示。
2、重组表达载体构建
回收步骤1获得的PCR产物,连接PEASY-T3Cloning Vector,挑取克隆测序鉴定。将测序结果序列如序列表中SEQ ID NO.2所示的阳性重组质粒记作pT3-J-gal。
将阳性重组质粒pT3-J-gal用EcoRI,NotI双酶切,回收约1.3kb的片段,以EcoRI、NotI双酶切原核表达载体pET-30a(+)并回收;基因片段与载体片段16℃过夜连接,得到重组表达载体pET-J-gal。热击转化大肠杆菌TOP10感受态细胞,涂布于含有100μg kan/mL的LB培养基平板上。挑取阳性克隆,用液体LB(Kan)培养基培养,提取质粒,进行测序鉴定,得到插入基因序列和结构正确的重组表达载体pET-J-gal。
3、重组菌的构建
大肠杆菌Rosetta购自北京全式金生物技术有限公司。
将鉴定正确的重组表达质粒pET-J-gal及pET-30a(+)空载体分别转化大肠杆菌Rosetta,涂于含卡那霉素的LB(简称LB-kan)平板,37℃至长出单菌落。分别挑单菌落培养,提质粒酶切鉴定正确,得到阳性重组菌。
将转入pET-J-gal的阳性重组菌记作R-pET-J-gal。
将转入pET-30a(+)的重组菌记作R-pET-30a(+)。
4、重组菌的发酵
将阳性重组菌接种于10ml LB-kan液体培养基,37℃摇床培养过夜。按1%体积转接于100ml LB-kan液体培养基,摇床培养至OD600为0.6~0.8。加入IPTG(终浓度0.2mmol/L)在25℃诱导培养,转速为200rpm,诱导培养1.5小时,得到100ml发酵液。
5、蛋白的提取
取步骤4中诱导培养后的100ml发酵液,离心收集菌体,按菌液∶Tris-HCl缓冲液(20Mm,pH 8.0)=10∶1的比例重悬菌体,超声波破碎细胞,破碎后离心收集上清液和菌体,得到10ml上清液。
6、α-半乳糖苷酶r-J-GALC的Ni柱纯化及SDS-PAGE检测
将步骤5得到的上清液用Ni柱亲合层析纯化。步骤如下:
1)取亲和层析树脂Ni-NTA Agarose 1.5-2ml,加入已放好垫片的塑料管中,待树脂全部沉积到一起时,放入上层垫片,压紧,这样就灌好一个亲和层析柱,备用。
2)将柱子垂直摆放在4℃冰箱中,加入水15-20ml。
3)流尽后加入2~3ml 0.1mol/L硫酸镍(第一次使用时可以不加)。
4)流尽后加入15~20ml NTA-0缓冲液平衡柱子。
5)流尽后即可加入上清液,此时带有组氨酸标签的蛋白可以与树脂上的镍结合。
6)上清液全部流尽后,仍用NTA-0缓冲液20ml清洗柱子。
7)取10ml NTA-200缓冲液冲洗柱子,洗脱液回收,得到10ml洗脱液。
分别收集重组菌R-pET-30a(+)和重组菌R-pET-J-gal在诱导前和诱导后的菌体,用相应等体积的Tris-HCl缓冲液重悬,得到菌体悬浮液,用于SDS-PAGE检测;分别收集重组菌R-pET-J-gal菌体破碎后上清和沉淀,然后进行SDS-PAGE检测;收集重组菌R-pET-J-gal菌体破碎后上清用NTA-200洗脱的洗脱液,然后进行SDS-PAGE检测。
取20μL洗脱液加入2×蛋白电泳缓冲液20μL混合,5min煮沸,SDS-PAGE检测;各取20μl上清液和菌体悬液做SDS-PAGE检测。
实验设3次重复,结果如图2所示。表明,经诱导后有蛋白的诱导表达,纯化后得到单一条带,且分子量与预测的理论分子量一致。
图2中,泳道1表示重组菌R-pET-30a(+)在诱导结束的菌体悬浮液,泳道2表示重组菌R-pET-J-gal在诱导前的菌体悬浮液,泳道3表示重组菌R-pET-J-gal在诱导后的菌体悬浮液,泳道4表示重组菌R-pET-J-gal菌液离心收集菌体后经缓冲液重悬破碎后的菌体,泳道5表示重组菌R-pET-J-gal菌液离心收集菌体后经缓冲液重悬破碎后的上清,泳道6表示重组菌R-pET-J-gal菌体破碎后上清经NTA200纯化洗脱液,泳道M表示Marker。
将NTA200纯化洗脱液中的蛋白进行定量分析。
实验设3次重复,结果取平均数。结果表明,每毫升洗脱液中含有α-半乳糖苷酶132.42μg,换算得到每毫升发酵液中含有活性α-半乳糖苷酶13.242μg。
每毫升发酵液中活性α-半乳糖苷酶量=(132.42μg/ml洗脱液×10)/100ml发酵液=13.242μg/ml发酵液。
7、酶活的测定
以对硝基酚-α-D-吡喃半乳糖(pNPG)为底物,经酶解后测定释放的对硝基酚(pNP)含量,获得α-半乳糖苷酶活力。α-半乳糖苷酶活性定义为:1分钟内分解pNPG产生1μmol pNP的酶量作为1个酶活单位(1U)。
具体的检测方法如下:
PNPG溶于0.1M、pH值为9.0的(甘氨酸-氢氧化钠)缓冲液中,使其终浓度为20mmol/L。将步骤6得到的10ml洗脱液用0.1M、pH值为9.0的(甘氨酸-氢氧化钠)缓冲液稀释100倍,作为酶活测定的酶液。将1mL酶液和1mL 20mM的pNPG混合,摇匀;在温度为50℃、pH值为9.0的条件下,温育15min后,加入2mL 1M的Na2CO3溶液来终止反应。在OD405nm处测其吸光值,以对硝基酚(pNP)的生成量表示酶活力。对照管:以0.1M、pH为9.0的(甘氨酸-氢氧化钠)缓冲液代替酶液进行测定。
甘氨酸-氢氧化钠缓冲液:由终浓度为3.75g/L的甘氨酸和终浓度为1.28g g/L的NaOH组成;所述终浓度为各物质在缓冲液中的浓度。
绘制酶活标准曲线,获得酶活计算公式:
每毫升洗脱液中酶活的计算公式如下:
酶活性(U/ml洗脱液)=(196.74X+0.5174)×N/(15×1000)
x:405nm处光吸收值;15:反应15min;N:将洗脱液稀释成酶液的稀释倍数(即100)
实验设3次重复,结果取平均数。结果表明,每毫升洗脱液中含有0.4个单位的酶活。本发明发酵表达得到的蛋白具有α-半乳糖苷酶的活性。
每毫升发酵液中酶活数量的计算公式如下:
Figure G2009100932005D00151
计算得到,每毫升发酵液中含有0.04个单位的酶活,即0.04U/ml发酵液。
由步骤6中的“每毫升洗脱液中含有α-半乳糖苷酶的克数”及步骤7中的“每毫升洗脱液中酶活数”换算([0.4U/ml洗脱液]÷[132.42μg/ml洗脱液]),得到本发明酶比活为3.02U/mg。
二、酶学性质分析
以下酶活测定中,都是将实验一中步骤6得到的用NTA-200洗脱的洗脱液稀释100倍后,得到的稀释液作为酶液进行测定的。用0.1M、pH值为9.0的(甘氨酸-氢氧化钠)缓冲液进行稀释的。
α-半乳糖苷酶活性定义为:1分钟内分解pNPG产生1μmol pNP的酶量作为1个酶活单位(1U)。
1、酶的最适温度及温度稳定性
1)最适温度
在不同温度下测定酶活,方法如下:
pNPG溶于0.1M、pH值为9.0的(甘氨酸-氢氧化钠)缓冲液中,使其终浓度为20mmol/L。将1mL酶液和1mL 20mM的pNPG混合,摇匀;在不同温度(37、42、45、50、55、60、65℃)、pH值为9.0的条件下,温育15min后,加入2mL 1M的Na2CO3溶液来终止反应。在405nm处测其OD值,以对硝基酚(pNP)的生成量表示酶活力。
将温度为50℃、pH值为9.0的条件下,测得的酶活为0.4U/ml洗脱液,记作100%,其余不同条件下的酶活均是其与“温度为50℃、pH值为9.0的条件下”测得的酶活的相对值。
实验设3次重复,结果取平均数。结果表明,本发明酶在42-50℃的温度范围内都具有高的酶活性,其中在50℃时酶的活性最高(图3A)。
2)温度稳定性
温度稳定性检测:将洗脱液在37℃和50℃下分别保持
0.5min,1min,2min,4min,8min,10min,20min,30min,40min,55min,60min后,稀释得到酶液,在50℃、pH值为9.0的条件下测定酶活。酶活测定方法如1)中所述。
将未经保温的洗脱液在温度为50℃、pH值为9.0的条件下,测得的酶活为0.4U/ml洗脱液,记作100%,其余各不同条件下测得的酶活均是与“未经保温的洗脱液在温度为50℃、pH值为9.0的条件下测得酶活”的相对值。
实验设3次重复,结果取平均数。结果表明,洗脱液在37℃保温1小时,酶活仍保持在82.5%,在50℃保温2min,酶活保持在78%,在50℃保温4min,酶活保持在61%(图3B)。
2、酶的最适pH值及pH值稳定性
1)最适pH值
在不同pH值下测定酶活,pH值是通过如下缓冲液调节的:磷酸氢二钠-柠檬酸缓冲液(pH3.0);乙酸钠-乙酸缓冲液(pH4.0,pH 5.0);磷酸氢二钠-柠檬酸缓冲液(pH6.0,pH 7.0,pH 8.0)和甘氨酸-氢氧化钠缓冲液(pH9.0,pH 10.0)。
酶活测定方法如实验1中1)中所述,温度为50℃,温育时间为15min。
将温度为50℃、pH值为9.0的条件下,测得的酶活为0.4U/ml洗脱液,记作100%,其余不同条件下的酶活均是与“温度为50℃、pH值为9.0条件测得的酶活”的相对值。
实验设3次重复,结果取平均数。结果如图3C所示,表明α-半乳糖苷酶的活性随pH的变化而变化。酶在pH 9.0时表现最佳活性,在pH值为7.0的条件下仍具有55.6%的活性,在pH值为8.0的条件下具有66.6%的活性。与现有的来源于丝状真菌的α-半乳糖苷酶相比,报道的酶大多最适pH值在4.0至8.0之间,本发明酶在碱性条件下酶活相对较高。
2)pH值稳定性
方法:将洗脱液在不同的pH值条件下37℃温育1小时至冰上,然后在温度为50℃、pH值为9.0的条件下测定其酶活,温育时间为15min。不同的pH值条件为pH值为3.0、4.0、5.0、6.0、7.0、8.0、9.0、10.0。
将未处理洗脱液在温度为50℃、pH值为9.0的条件下,测得的酶活为0.4U/ml洗脱液,记作100%,其余不同条件下的酶活均是其与“未处理洗脱液在温度为50℃、pH值为9.0的条件下测得的酶活”的相对值。
实验设3次重复,结果取平均数。结果表明,本发明酶在pH值6.0-9.0之间具有较好的稳定性,在pH值为6.0的条件下保温1小时后,酶活为93.7%;在pH值为7.0的条件下保温1小时后,酶活为79%;在pH值为8.0的条件下保温1小时后,酶活为84.7%;在pH值为9.0的条件下保温1小时后,酶活为85.3%(图3D)。
序列表
<110>北京挑战农业科技有限公司
<120>一种α-半乳糖苷酶及其编码基因
<160>9
<210>1
<211>438
<212>PRT
<213>曲霉属焦曲霉(Aspergillus ustus)
<400>1
Met Leu Leu Ser Val Ile Val Ile Ser Ser Leu Ala Ala Leu Ala Gly
1               5                   10                  15
Arg Ala Ser Ala Leu Asp Ala Gly Val Gly Lys Leu Pro Lys Leu Gly
            20                   25                 30
Tyr Asn Thr Phe Asn Ala Phe Gly Cys Asn Tyr Asp Glu Asp Val Val
        35                  40                  45
Leu Ser Gln Ala Lys Ala Met Lys Ala Leu Gly Leu Val Asp Leu Gly
    50                  55                  60
Tyr Lys Ser Phe Leu Phe Asp Asp Cys Met Thr Glu Lys Thr Arg Asp
65                  70                  75                  80
Ser Asn Gly Arg Leu Val Ala Asp Ala Glu Lys Phe Pro His Gly Leu
                85                  90                  95
Lys Gln Leu Thr Ser Gln Leu Lys Ser Leu Gly Ile Ser Ser Ser Ala
            100                 105                 110
Tyr Ser Asp Ala Gly His Trp Thr Cys Ala Gly Tyr Pro Gly Ser Tyr
        115                 120                 125
Gly His Glu Ala Gln Asp Leu Glu Ser Trp Glu Asn Trp Gly Phe Asp
    130                 135                 140
Tyr Leu Lys Tyr Asp Asn Cys Phe Ile Pro Phe Asp Asn Val Thr Gln
145                 150                 155                 160
Glu Asn Val Tyr Gly Arg Tyr Lys Arg Met Ala Asp Ala Ile Ala Asp
                165                 170                 175
Arg Ala Ala Arg Lys Pro His Ser Lys Ser Phe Gln Phe Ser Leu Cys
            180                 185                 190
Glu Trp Gly Trp Gln Gln Pro Trp Ile Trp Ala Arg Gln Leu Gly Gln
        195                 200                 205
Ser Trp Arg Val Asn Gly Asp Ile Lys Pro Trp Trp Ser Ser Ile Ala
    210                 215                 220
Ser Ile Ile Asn Thr Ala Ser Phe Ile Ser Ser Ala Thr Asp Phe Tyr
225                 230                 235                 240
Gly Arg Asn Asp Phe Asp Ile Leu Glu Val Gly Asn Tyr Gly Gln Gly
                245                 250                 255
Glu Pro His Gly Asn Met Thr Tyr Asp Glu Glu Lys Ser His Phe Thr
            260                 265                 270
Thr Trp Ala Leu Leu Lys Ser Pro Leu Leu Ile Ser Ala Asn Leu Ala
        275                 280                 285
Asn Ile Thr Arg Gln Ser Leu Glu Ile Leu Ser Asn Lys Asp Leu Leu
    290                 295                 300
Arg Ile Asn Gln Asp Pro His Val Gly Ala Ser Ile Ser Pro Phe Arg
305                 310                 315                 320
Trp Gly Ile Asn Pro Asp Tyr Thr Phe Asn Glu Thr His Pro Ala Gln
                325                 330                 335
Tyr Trp Thr Gly Asn Ser Ser Tyr Gly Val Val Phe Met Leu Leu Asn
            340                 345                 350
Thr Leu Asp Thr Pro Gln Ser Met Thr Phe Asn Leu Thr Glu Ser Trp
        355                 360                 365
Ala Ile Arg Ala Gly Arg Leu Tyr Asp Val Tyr Asp Met Trp Ser His
    370                 375                 380
Thr His Asn Gly Thr Ala Tyr Arg Asn Ile Thr Val Asp Leu Pro Pro
385                 390                 395                 400
His Gly Val Ala Ala Leu Leu Leu Asn Asp Ala Gly Pro Glu Gln Gly
                405                 410                 415
Gly Leu Glu Pro Tyr Cys Ala Gly Trp Trp Gln Cys Ser Tyr Pro Asn
            420                 425                 430
Gly Thr Tyr Tyr Ser Asn
        435
<210>2
<211>1314
<212>DNA
<213>曲霉属焦曲霉(Aspergillus ustus)
<400>2
atgttacttt cagtgatcgt cattagtagt cttgctgccc ttgctggccg tgcatcggcg      60
ctcgatgccg gtgtcggcaa gcttccaaag cttggataca atacgttcaa tgccttcgga     120
tgcaattacg acgaggatgt cgtgctttcc caagccaagg caatgaaggc tctcggtctc     180
gtcgacctag ggtataagtc gtttctgttc gatgattgca tgactgagaa aacccgcgat     240
tcaaacggcc gattagtagc cgacgccgag aagttccctc atggactgaa acaacttacc     300
tcacaactca agtcacttgg gatatcgtcc agcgcatact ccgatgccgg ccattggaca     360
tgtgctgggt atcccggatc atacggccac gaagcgcaag acctagagtc ctgggagaat     420
tgggggttcg actacctcaa gtacgataac tgcttcatcc ccttcgacaa cgtcacccag     480
gagaatgtct atggacgata caagaggatg gcggatgcta tagccgatcg cgctgcgaga     540
aaacctcact ccaagtcgtt ccagttctcc ctgtgcgagt gggggtggca acagccctgg     600
atctgggcgc gccagttggg ccagagctgg cgcgtcaacg gcgacattaa gccgtggtgg     660
agttctattg cgagtatcat caacacggca tcgtttattt cctctgctac ggacttttac     720
ggtcgcaatg actttgatat cctggaggtt gggaactacg ggcagggcga gccacatggg     780
aacatgactt acgacgagga aaagagccac tttacgactt gggcactgct aaagtcgccg     840
ttgcttatca gcgccaatct ggccaacatc acccgacaga gtcttgagat tctttccaac     900
aaggatctcc tccgcattaa ccaagacccc cacgtcggag ccagcattag tcccttccgc     960
tggggcatca acccggacta taccttcaac gaaactcatc ccgcccagta ctggaccggc    1020
aactcgagtt atggtgtggt attcatgctc ctgaatacgc tcgacacacc ccaatccatg    1080
accttcaatc tcacggagag ctgggccatc cgcgctggga gactgtacga tgtctacgac    1140
atgtggagcc acacgcacaa tgggacggca tatcggaaca ttacggttga tttaccgccg    1200
catggagtcg cggcgctcct tctgaatgat gcaggaccag agcagggtgg cctggagccg    1260
tactgtgccg ggtggtggca gtgttcgtat ccgaatggga catattatag caac          1314
<210>3
<211>2832
<212>DNA
<213>曲霉属焦曲霉(Aspergillus ustus)
<400>3
tacaggtgat ggtgctgcac ccccccaagt ccctcattca aacatttcat tcatcacaat     60
cccccatctt gtacggcaca cagcggggac ttccgtgtct taagtacagt gtaatcccag    120
tcatctaata atactgtctc ccgagatgca ttggacgcag tcagaggcta cacggtatat    180
cccaattggg accggggtcg ccagacgaaa tcccgcgtgg gggatctctc agatctcatc    240
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gcttggtccg gggtctggct tgcaaatgcc gggcctccaa tactaggttc gtgtgggggt    360
tctccacggt tggagacgga gaggcggctt atatcccaat tgggaaacgg agggcaccga    420
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gctgcccttg ctggccgtgc atcggcgctc gatgccggtg tcggcaagct tccaaagctt    600
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tacgatgtct acgacatgtg gagccacacg cacaatggga cggcatatcg gaacattacg    1800
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ttggatgtcc aactgtagct actcagttag aagaactaga tccacctatt cgcagagttg    2040
atataatgag cttgcatatg ctaccaattg ggggattcta cccgtcgtat cagcaatgct    2100
gtttgagtgt agtaataaag gacaagcatg tgtccgcata tctaactagg aaggatactc    2160
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tatcatgcta gcaaggcaaa aactacaaaa acgtacacaa gtagggattg catgtggtcc    2580
ccgcgaacta cttaacttac cgggcgtggc ttaaaccgga tagaaatcga gggggtcgac    2640
ccggtgagcc ctctacccct gggttattag tctggggggc ggagccaaac ctgggggtta    2700
aaggggagag tgtacatttc ctgttacaag ccagacccat caatacctgg acaaactata    2760
ttccttagat ctctcgctta gacagtgagg tccagagtct tctccgaacg aaacctagga    2820
acgctaaaac ct                                                        2832
<210>4
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>mis-feature
<222>(15,16,18,20)
<223>n=t或c,n=a或g或c或t,n=a或g,n=c或t
<400>4
tggggcatcg actannantn ga    22
<210>5
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<221>mis-feature
<222>(15,17,19,21)
<223>n=t或c,n=a或g或c或t,n=a或g或c或t,n=a或g
<400>5
ggggccggac cagtntngng ntg    23
<210>6
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>6
atgttacttt cagtgatcgt catta    25
<210>7
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>7
ttagttgcta taatatgtcc cattc    25
<210>8
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>8
gaattcatgt tactttcagt gatcgtcat    29
<210>9
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>9
gcggccgctt agttgctata atatgtccca t    31

Claims (10)

1、一种α-半乳糖苷酶,是如下a)、b)或c)的蛋白质:
a)由序列表中序列1中自N端起第21-438位氨基酸残基组成的蛋白质;
b)由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
c)将a)或b)限定的蛋白质经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有α-半乳糖苷酶活性的由a)或b)衍生的蛋白质。
2、权利要求1所述α-半乳糖苷酶的编码基因。
3、根据权利要求2所述的基因,其特征在于:所述α-半乳糖苷酶的编码基因为如下1)、2)、3)或4)所示的基因:
1)序列表中序列2所示DNA分子;
2)序列表中序列3所示DNA分子;
3)在严格条件下与1)或2)限定的DNA序列杂交且编码所述α-半乳糖苷酶的DNA分子;
4)与1)或2)限定的DNA序列具有90%以上的同源性且编码所述α-半乳糖苷酶的DNA分子。
4、扩增权利要求2或3所述基因全长或其任意片段的引物对。
5、根据权利要求4所述的引物对,其特征在于:所述引物对为如下任一所述引物对:
1)一条引物序列如序列表中序列4所示,另一条引物序列如序列表中序列5所示;
2)一条引物序列如序列表中序列6所示,另一条引物序列如序列表中序列7所示;
3)一条引物序列如序列表中序列8所示,另一条引物序列如序列表中序列9所示。
6、含有权利要求2或3所述编码基因的重组载体、重组菌、转基因细胞系或表达盒。
7、根据权利要求6所述的重组载体,其特征在于:所述重组载体为在表达载体pET-30a(+)的多克隆位点插入序列表中序列2所示核苷酸序列得到的重组表达载体。
8、根据权利要求6所述的重组菌,其特征在于:所述重组菌是通过将权利要求6或7所述的重组表达载体导入大肠杆菌、枯草芽孢杆菌或酵母得到的。
9、一种制备α-半乳糖苷酶的方法,包括如下步骤:发酵权利要求6或8所述重组菌得到α-半乳糖苷酶。
10、根据权利要求9所述的方法,其特征在于:所述方法中,在所述发酵后,包括纯化的步骤。
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Assignee: Si Kefu (Beijing) Biotechnology Co., Ltd.

Assignor: Beijing Challenge Agriculture Technology Co., Ltd.

Contract record no.: 2014990000619

Denomination of invention: Alpha-galactosidase and coding gene thereof

Granted publication date: 20130403

License type: Exclusive License

Record date: 20140805

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