CN101622540A - 用于鉴定可调节鼻病毒感染的化合物的方法和靶 - Google Patents
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Abstract
本发明提供用于鉴定可调节鼻病毒感染的基因、表达调节子、受体、蛋白质产物受体和蛋白的方法。可将鉴定的基因用作疾病发作和进展的标记物并用于测量治疗剂的功效。本发明也提供筛选能够调节鼻病毒感染的试剂的方法。本发明也提供鉴定治疗化合物的方法,所述治疗化合物可通过调节已鉴定的基因、表达调节子、受体、蛋白产物受体、以及蛋白的表达和活性治疗多种疾病。
Description
发明领域
本发明涉及鉴定靶基因、蛋白、表达调节子、受体、蛋白产物受体的方法,以及用于调节、诊断、以及监控鼻病毒感染的化合物。
发明背景
感冒症状主要由200种不同的病毒引起,其中大约30%至50%的感冒由鼻病毒引起。它们也是引起哮喘急性发作和慢性阻塞性肺部疾病(COPD)的最常见的病原体。然而,鼻病毒触发或加剧气道疾病的机制仍未得到充分的阐明。
感冒感染是如此常见以至于据估计成人可能每年患2至3次感冒,而儿童可能每年患5至7次感冒。在美国,50%的就医情况与呼吸道疾病有关。感冒造成50%的工作和学业短期缺席。感冒的平均持续时间为7至10天。用于减轻症状、缩短感冒持续时间和降低感冒发生率的有效治疗方法已经成为难于达到的目标。市售的感冒治疗剂对一些感冒症状有效,但对其他症状无效。
鼻病毒(RV)是小的不包膜的包含正链RNA的病毒,属于小核糖核酸病毒家族。RV可通过气溶胶或直接接触传播。鼻病毒感染是感冒的主要原因,可是我们对感染导致疾病的机制的了解仍然有限。
感染的主要位点是鼻黏膜。RV粘附到呼吸上皮并局部扩散至鼻咽,通过鼻进入体内。多数RV病毒株通过人RV受体,即细胞间粘附分子1(ICAM-1)进入上皮细胞。RV也将ICAM-1用于后来的细胞感染期间的病毒脱壳。一旦进入细胞,病毒开始复制过程,并且在8至10小时内发生病毒脱落。RV大量脱落,每毫升鼻洗液中存在1百万个感染性的病毒粒子。病毒脱落可能在患者发觉感冒症状前几天发生,峰值出现在患病2至7天时,并且可持续3至4周。
感冒发病机理非常复杂。已经确定,培养的人气道上皮细胞对人鼻病毒感染有反应,它们产生多种在疾病发病机理中起作用的前炎性分子和宿主防御分子。因此,专家的共识是宿主反应,而不是病毒,引起大多数感冒症状。已经对炎症介质和感冒症状之间的关系进行了一些详细的研究。感冒症状由多个炎性途径作用产生。呼吸道中对病毒的局部炎性反应可能导致流鼻涕、鼻充血、打喷嚏和咽喉刺激。不发生对鼻上皮细胞的损伤,并且炎症由产生的细胞因子和其它介质介导。这种前炎性和抗炎性细胞因子的复合混合物可早在感染后3至8小时内产生。随着时间的过去,细胞因子含量随感冒症状的发展进程而增加或减少。基于单分子方法的感冒治疗剂不能阻断所有这些途径,仅仅能减轻部分症状。这是一个在其中产品能用于影响炎症介质产生以及随后的感冒症状的区域。
到患病3至5天时,由于分叶核白细胞响应于趋化因子(如白介素-8)已移至感染位点,鼻涕可能变得黏脓。患病期间鼻黏膜纤毛传送明显减少,并且可能减弱数周。分泌型免疫球蛋白A和血清抗体介入疾病消退过程并防止再感染。
因此,对鉴定感冒过程调节子的需要始终存在。然而,与鉴定用于治疗感冒的化合物相关的一个问题是缺乏好的筛选靶标和好的用于鉴定此类化合物的筛选方法。当前基因组学和生物信息学领域的迅速发展使得人们能够更全面的评估和更深入的了解与疾病相关的基本过程。
发明概述
本发明涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:使至少一种化合物接触靶,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、由表I基因编码的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;确定所述化合物是否与靶结合;并且鉴定那些与靶结合的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:使至少一种化合物接触靶,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的表II中鉴定的蛋白、由表I基因编码的表II中鉴定的表达调节子、由表I基因编码的表II中鉴定的蛋白受体、由表I基因编码的表II中鉴定的蛋白产物、由表I基因编码的表II中鉴定的蛋白产物的受体、以及它们的组合;确定所述化合物是否与靶结合;并且鉴定那些与靶结合的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:将至少一种化合物接触包含靶的鼻病毒感染模型体系,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、表I基因的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;进一步确定所述化合物是否调节鼻病毒感染模型体系中的鼻病毒感染;并且鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节鼻病毒感染的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:使至少一种化合物接触靶,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的表II中鉴定的蛋白、由表I基因编码的表II中鉴定的表达调节子、由表I基因编码的表II中鉴定的蛋白受体、由表I基因编码的表II中鉴定的蛋白产物、由表I基因编码的表II中鉴定的蛋白产物的受体、以及它们的组合;确定所述化合物是否与靶结合;进一步确定所述化合物是否调节鼻病毒感染模型体系中的鼻病毒感染;并且鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节鼻病毒感染的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:使至少一种化合物接触包含靶的鼻病毒感染模型体系,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、表I基因的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;进一步确定所述化合物是否在鼻病毒感染模型体系中调节对鼻病毒感染的响应;并且鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节对鼻病毒感染响应的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法:将至少一种化合物接触表达由表I基因编码和由表II中鉴定的蛋白的细胞群;确定并比较接触所述化合物的细胞群中的蛋白活性水平与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白活性水平;并且鉴定那些与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白活性相比,在接触所述化合物的细胞群中的调节蛋白活性的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:将至少一种化合物接触表达表I中鉴定的蛋白的细胞群;确定并比较接触所述化合物的细胞群中的蛋白活性水平与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白活性水平;并且鉴定那些与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白活性相比,在接触所述化合物的细胞群中的调节蛋白活性的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:将至少一种化合物接触表达由表I基因编码和由表II中鉴定的蛋白的细胞群;确定并比较接触所述化合物的细胞群中的蛋白表达水平与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白表达水平;并且鉴定那些与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白表达相比,在接触所述化合物的细胞群中的调节蛋白表达的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:将至少一种化合物接触表达表I中鉴定的蛋白的细胞群;确定并比较接触所述化合物的细胞群中的蛋白表达水平与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白表达水平;并且鉴定那些与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白表达相比,在接触所述化合物的细胞群中的调节蛋白表达的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,该方法包括:将至少一种化合物接触表达表I中鉴定的基因的细胞群;确定并比较接触所述化合物的细胞群中的基因表达水平与不接触所述化合物的细胞群中的基因表达水平;并且鉴定那些与不接触所述化合物的细胞群中的基因表达相比,在接触所述化合物的细胞群中的调节基因表达的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及诊断鼻病毒感染的方法,该方法包括:确定生物样本中一种或多种靶的表达谱,所述靶选自涉及生物样本中表I和表II中鉴定的鼻病毒感染的靶;或测量生物样本中表II中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的表达水平或活性;比较生物样本中鉴定的一种或多种靶的表达水平与来自对照样本或数据库的一种或多种靶的表达水平,或比较来自样本的蛋白的表达水平或活性分布与来自对照样本或数据库的蛋白的表达水平或活性分布,其中与对照物水平的显著差异指示鼻病毒感染的症状发展。
本发明还涉及诊断鼻病毒感染的方法,该方法包括:制备表I中鉴定的涉及鼻病毒感染的一种或多种基因的基因表达谱;或测量生物样本中表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的表达水平或活性;比较来自样本的基因的表达水平与来自对照样本或数据库的基因的表达水平,或比较来自样本的蛋白的表达水平或活性与来自对照样本或数据库的蛋白的表达水平或活性,其中与对照物水平的显著差异指示鼻病毒感染的症状发展。
本发明还涉及监控鼻病毒感染进程的方法,该方法包括:(a)确定生物样本中表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种基因的基因表达谱;或制备来自合适鼻病毒感染模型体系的生物样本中的表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的蛋白表达谱或蛋白活性分布;(b)在实施治疗方案后的合适时间之后制备类似于步骤(a)的表达谱或活性分布;在治疗期间重复步骤(b)并评估数据以监控鼻病毒感染的进程。
本发明还涉及监控鼻病毒感染进程的方法,该方法包括:(a)制备生物样本中表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种基因的基因表达谱;或制备来自合适的鼻病毒感染模型体系的表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的蛋白表达谱或蛋白活性分布;(b)对受试者施用治疗方案;(c)在实施治疗方案后的合适时间之后制备类似于步骤(a)的表达谱或活性分布;(d)比较干预前后的表达谱或活性分布;并且在治疗期间重复步骤(b)、(c)和(d)并评估数据以监控鼻病毒感染的进程。
本发明还涉及监控具有鼻病毒感染症状发展的患者的疾病治疗或进程的方法,该方法包括:(a)确定生物样本中表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种基因的基因表达谱;或制备受试者生物样本中的表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的蛋白表达谱或蛋白活性分布;(b)对受试者施用治疗方案;(c)在实施治疗方案后的合适时间之后制备来自受试者生物样本的蛋白的类似于步骤(a)的表达谱或活性分布;(d)比较治疗前后的表达谱或活性分布;并且在治疗或疾病期间重复步骤(b)、(c)和(d)并评估数据以监控治疗效果或疾病进程。
本发明还涉及监控具有鼻病毒感染症状发展的患者的疾病治疗或进程的方法,该方法包括:(a)制备表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种基因的基因表达谱;或制备来自受试者的表II中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的蛋白表达谱或蛋白活性分布;(b)对受试者施用治疗方案;(c)在实施治疗方案后的合适时间之后制备来自受试者细胞或组织样本的蛋白的类似于步骤(a)的表达谱或活性分布;(d)比较治疗前后的表达谱或活性分布;并且在治疗或疾病期间重复步骤(b)、(c)和(d)并评估数据以监控治疗效果或疾病进程。
本发明还涉及药用组合物,所述组合物包含:安全和有效量的至少一种化合物,所述化合物通过以下方法鉴定:使至少一种化合物接触靶,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、表I基因的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;确定所述化合物是否与靶结合;并且鉴定那些与靶结合的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物;和一种药用的载体。
本发明还涉及药用组合物,所述组合物包含:表I中鉴定的、涉及调节鼻病毒感染的安全和有效量的蛋白激动剂或拮抗剂;和一种药用的载体。
本发明还涉及用于在需要此类调节的受试者中调节鼻病毒感染的方法,该方法包括:鉴定需要调节鼻病毒感染的受试者;并且给受试者施用安全和有效量的化合物,所述化合物通过以下方法鉴定:使至少一种化合物接触靶,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、表I基因的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;确定所述化合物是否与靶结合;并且鉴定那些与靶结合的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物;或通过以下方法鉴定:将至少一种化合物接触包含靶的鼻病毒感染模型体系,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、表I基因的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;进一步确定所述化合物是否调节鼻病毒感染模型体系中的鼻病毒感染;并且鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节鼻病毒感染的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
本发明还涉及用于在需要此类调节的受试者中调节鼻病毒感染的方法,该方法包括:鉴定需要调节鼻病毒感染的受试者;给受试者施用安全和有效量的化合物,所述化合物是由表I鉴定的基因编码的蛋白的激动剂、拮抗剂、和活化剂或抑制剂。
在表II中鉴定了能由表I中鉴定的基因编码的蛋白、表达调节子、蛋白产物、蛋白受体的非限制性实例。
发明详述
发明的分子
本发明包括多种分子:DNA基因;RNA转录物;调节它们的表达的核酸如反义分子、siRNA、小RNA;可用于检测它们的分子如DNA或RNA探针;可用于鉴定和分离相关基因的引物;和蛋白质与多肽,以及抑制或活化它们的化合物。
因此,本文使用术语分子描述本发明的所有或一些实体。应根据它被使用的上下文对它进行解释。
通过转录(例如通过控制启动、RNA前体供应、RNA加工)或翻译控制改变不同基因的表达可实现多种生物学功能。例如,基本的生物过程如细胞周期、细胞分化和细胞凋亡,其特征常常在于基因组表达水平和它们的翻译产物含量的差异。
基因表达的改变也可能与发病机理有关。例如,功能性肿瘤抑制子基因的表达不足或癌基因/原癌基因的过度表达可能导致肿瘤发生或细胞增生性生长。因此,特定基因或基因家族的表达水平的改变可作为多种疾病存在和发展的信号。
监控基因表达的改变在药物筛选中也可以提供某些益处。筛选药物时经常只针对它与主要靶相互作用的能力,而不考虑药物对细胞的其他作用。此类其他作用常常在完全哺乳动物中引起毒性反应,这阻止了潜在药物的用途。
本发明人已经检查了鼻病毒感染的多个模型以鉴定鼻病毒感染期间的基因表达的总体变化。基因表达的总体变化,也称为表达谱,也提供了用于鼻病毒感染治疗的新型靶。它们也可提供用于诊断的标记物以及用于监控疾病状态、疾病进程、毒性、药物功效、和药物代谢的标记物。
表达谱可用于鉴定在不同条件下差异表达的基因。此外,本发明也可用于鉴定差异表达的基因家族。如本文所用,“基因家族”包括但不限于由本文保藏编号鉴定的特定基因以及相关序列。相关序列可以是例如与已鉴定序列在核苷酸含量或氨基酸含量上具有高度序列同源性的序列。高度序列同源性被认为是在核苷酸含量上与已鉴定的序列有至少约65%的序列同一性;优选地至少约80%,或更优选地至少约85%,或更优选地至少约90%,或更优选地至少约95%,或更优选地至少约98%或更高的序列同一性。关于氨基酸同一性,高度同源性被认为是与已鉴定的序列有至少约50%的序列同一性,或更优选地至少约75%,或更优选地至少约85%,或更优选地至少约95%,或更优选地至少约98%或更高的序列同一性。用于确定不同序列间同源性和同一性的方法是本领域已知的,其中一些方法将在下文中描述。具体地讲,相关的序列包括来自不同生物的同源物和直向同源物。例如,假如已鉴定的基因来自非人类的哺乳动物,基因家族将包括来自其他脊椎动物或包括人在内的哺乳动物的同源基因。假如已鉴定的基因是人类基因,基因家族将包括来自其他生物的同源基因。本领域的技术人员将认识到同源基因可以是不同的长度,并且可以包括具有与特定的已鉴定序列序列同一性不同的区域。
本领域技术人员也将认识到来自那些序列列表之外的物种(尤其是脊椎动物)的基因和蛋白也能用于本发明。此类物种包括但不限于大鼠、豚鼠、兔子、狗、猪、山羊、牛、猴子、黑猩猩、绵羊、仓鼠和斑马鱼。本领域的技术人员将进一步认识到通过使用来自已知物种的序列的探针,与已知序列同源的cDNA或基因组序列能够通过已知的克隆方法从相同或替代物种获得。将此类同源物或直向同源物设想用作本发明的基因和蛋白。
“变体”是指相似序列。例如,保守变体可包括那些因为遗传密码简并而编码本发明其中一种多肽的氨基酸序列的序列。天然存在的等位变体和剪接变体可使用已知技术进行鉴定,例如使用聚合酶链反应(PCR)、单核苷酸多态性(SNP)分析、和杂交技术进行鉴定。为了分离直向同源物和同源物,一般利用由特异序列、序列长度、鸟嘌呤+胞嘧啶(GC)含量和其他参数所规定的严谨杂交条件。变体核苷酸序列也包括合成来源的核苷酸序列,例如使用定点诱变获得的核苷酸序列。变体可包含来自单独的基因组位置的序列或与其他序列结合的附加序列。
本方面的分子也包括平截的和/或突变的蛋白,其中无需配体结合或信号转导的蛋白区域已经被删除或修饰。同样的,它们也可以发生突变以改变配体结合或信号转导活性。此类突变可涉及非保守型突变、删除、或添加氨基酸或蛋白结构域。变体蛋白可以保留也可以不保留生物活性。此类变体可由例如遗传性多态现象或由人为操纵产生。
本发明也包括本发明的基因和蛋白的片段和变体。“片段”是指一部分核苷酸或蛋白序列。片段可保留天然蛋白的生物活性。核苷酸序列片段也可用作杂交探针和引物,或用于调节基因表达,例如调节反义基因、siRNA或小RNA的表达。也可通过分离一部分核苷酸序列、表达所分离的序列(例如通过重组表达)、和评估所编码蛋白的活性来制备生物活性部分。
也设想了将蛋白或蛋白片段与不同的多肽融合。使用已知方法,本领域的技术人员将能够制造融合蛋白,融合蛋白不同于天然形式的蛋白,将是有用的。例如,融合对象可以是信号(或前导)多肽序列,它在翻译的同时或在翻译后引导蛋白从其合成位点转移到另一位点(例如酵母α-因子前导肽)。作为另外一种选择,也可将其加入以利于本发明蛋白的纯化或鉴定(例如多聚组氨酸poly-His、Flag肽、或荧光蛋白)。
也可通过多种方法制备本发明的分子,所述方法包括但不限于本领域已知的克隆、基于PCR的克隆、定点诱变、诱变、DNA改组、和核苷酸序列改造。参见例如Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第2版,Sambrook,Fristch,和Maniatis(1989),Cold Spring HarborLaboratory Press;Current Protocols in Molecular Biology,Ausubel等人,(1996)和更新资料,John Wiley和Sons;Methods inMolecular Biology(series),卷158和182。Humana Press;PCRProtocols:A guide to Methods and Applications,Innis,Gelfand,Sninsky,和White,1990,Academic Press。
重组多核苷酸文库也可由一组相关序列生成,所述相关序列包括具有基本一致的序列同一性并且可以进行体外或体内重组的区域。例如,使用此方法,编码受关注结构域的序列基序可以在本发明的基因和其他已知基因之间进行改组以获得编码具有受关注的改性蛋白的新基因,例如显性负突变(Ohba等人(1998)Mol.Cell.Biol.18:51199-51207,Matsumoto等人(2001)J.Biol.Chem.276:14400-14406)。
“百分比同一性”或“序列同一性”可通过在比较窗口上比对两个序列或亚序列进行确定,其中比较窗口中的序列部分可任选地与参比序列(它可包括添加或删除)相比包括添加或删除(即间隙)以达到最佳的两序列比对效果。百分比通过以下方法进行计算:确定两序列中具有相同残基(例如,核酸碱基或氨基酸)的位置的数目,将该匹配位置的数目除以比较窗口中位置的总数,并且所得结果乘以100来获得序列同一性的百分比。
序列同一性百分比可通过Smith&Waterman,Adv.Appl.Math.2:482-485(1981)的局部同源性算法进行计算;或通过Needleman&Wunsch,J.Mol.Biol.48:443-445(1970)的同源比对算法进行计算;用人工或计算机具体实施这些算法(GAP&BESTFIT,GCG WisconsinSoftware Package,Genetics Computer Group;多种BLAST,来自National Center for Biotechnology Information(NCBI),NIH)。
确定同源性或序列同一性的优选方法是通过BLAST(Basic LocalAlignment Search Tool,基本的基于局部对准的搜索工具)分析,该分析使用由程序blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx(Karlin等人(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87,2264-2268和Altschul,(1993)J.Mol.Evol.36,290-300)所用的算法,它们被定制用于序列相似性搜索。
如本文所述,这些不同的基因和蛋白、它们的等位基因和其他变体(例如剪接变体)、它们来自其他物种的同源物和直向同源物、以及不同的片段和突变型可表现出序列变异。需要进行比较的序列的长度可小于全长序列的长度。
除非另外指明,如本文所用,术语“表达调节子”是指上调或下调基因表达的蛋白、DNA或其他分子。
除非另外指明,如本文所用,术语“受体”是指由表I中基因编码的蛋白受体(例如CCR5是CCL5的受体)。
除非另外指明,如本文所用,术语“蛋白产物”是指由表I中基因编码的蛋白酶生成的或动员的产物(例如PGE2是基因PTGE2编码的蛋白COX的“蛋白产物”)。
除非另外指明,如本文所用,术语“蛋白产物受体”是指上文定义的蛋白产物的受体(例如EP2受体用于蛋白产物PGE2)
如本文所用,术语“哺乳动物”指人、狗、猫、马、牛、绵羊、猪、兔子、豚鼠、仓鼠、沙鼠、雪貂、动物园哺乳动物、小鼠等。
除非另外指明,如本文所用,术语“结合”是指与任何蛋白或两种或多种蛋白的复合物的选择性相互作用,所述蛋白复合物可包括其他非蛋白分子;受到刺激后发生的细胞或生物的状态或活性的改变;与任何核酸分子的选择性相互作用;在转录调节中起到作用;与细胞外或细胞内信使结合以启动细胞活性的改变;以及与另一分子上的一个或多个位点发生选择性的,常常可化学计量的,分子相互作用。
细胞系、载体、克隆、以及重组分子的表达
可制备本发明的分子用于多种用途,包括但不限于:用于纯化蛋白或核酸产品、用于生成抗体、用作筛选分析中的试剂、以及用作药物组合物。使用分离基因或蛋白可完成一些实施方案,然而其他实施方案可能需要使用表达它们的细胞。
分子来源于细胞系,细胞可内源表达分子;可对其进行刺激以提高内源性表达;或对其进行遗传工程改造以表达所述分子。受关注的蛋白的表达可通过以下方法确定:例如,用合适抗体检测多肽(例如Westernblot)、用DNA探针检测编码蛋白的mRNA(例如,northern blot或多种基于PCR的技术)、或测量对所关注的多肽具有选择性的试剂的结合情况(例如,一种带合适标记的选择性配体)。
本发明还提供包含本发明分子的编码序列或变体形式的重组分子。在重组DNA分子中,将编码DNA序列可操纵地连接到其他受关注的DNA序列上,包括但不限于多种用于整合、复制、转录、表达和修饰的控制序列。
将本发明的基因序列可操纵地连接到其上的载体和控制序列的选择取决于所需的功能性特征(例如蛋白表达,需进行转化的宿主细胞)。本发明的载体能够引导复制或插入宿主染色体,并优选地表达基因。
用于调节基因表达的控制元件是本领域已知的,包括但不限于诱导型或组成型启动子、分泌信号、增强子、中止信号、核糖体结合位点、和其他调节元件。作为最佳选择,诱导型启动子易于控制,如对营养物质或抗生素作出响应。
在一个实施方案中,包含核酸分子的载体可包括原核复制子,即,具有在原核宿主细胞中引导自主复制和保持染色体外重组DNA分子的能力的DNA序列,如细菌宿主细胞。此外,包括原核复制子的载体也可包括其表达具有可检测特征的基因(例如,氨苄青霉素抗性)。
载体还可包括原核或噬菌体启动子,该启动子能够引导细菌宿主细胞(如大肠杆菌)中的编码基因序列的表达(转录和翻移)。与细菌宿主相容的启动子序列可在包含限制性内切位点的质粒载体中提供,所述内切位点用于插入本发明的DNA序列,例如pCDNA1、pCDNA3。
与真核细胞相容的表达载体也可用于构建包含所关注序列的重组分子。可商购获得的载体常常包含原核和真核复制子以及控制序列,用于容易地从原核细胞转换到真核细胞及ES细胞以生成转基因细胞或哺乳动物(例如,来自InvitrogenTM的pCNA系列)。
用于构建本发明的重组分子的真核细胞表达载体还可包括在真核细胞中有效的选择性标记(例如新霉素抗性)。作为另外一种选择,选择性标记可存在于分离质粒上、通过共转染宿主细胞导入的两个载体上、和通过在合适药物中培养的选择得到的转染子上。载体也可包含融合蛋白,或有利于纯化或表达蛋白检测的标记序列。
本发明还提供用本发明的重组分子转化的宿主细胞。宿主细胞可以是原核细胞,例如细菌,或真核细胞,例如酵母、昆虫或脊椎动物细胞,包括但不限于来自小鼠、猴子、青蛙、人类、大鼠、豚鼠、兔子、狗、猪、山羊、牛、黑猩猩、绵羊、仓鼠或斑马鱼的细胞。常用的真核宿主细胞包括但不限于CHO细胞、ATCC CCL61、NIH-3T3、和BHK细胞。在许多实例中,可优选来自哺乳动物的原代细胞培养物。
含有本发明分子的合适宿主细胞的转化可通过已知的方法完成,所述方法取决于所用的宿主体系。就转化原核宿主细胞而言,可使用电穿孔和盐处理方法,当转化真核细胞时,可使用电穿孔、阳离子脂质、或盐处理方法(参见Sambrook等人(1989),前文已述)。也已经发展了有利于转染原代或终分化细胞的病毒载体,包括但不限于逆转录病毒和腺病毒载体。其他技术也可用于将DNA导入细胞,例如脂质体、胶体金颗粒、或将包含受关注基因的DNA表达载体(射弹形式)直接注射到人组织中。
可将成功转化过的细胞进行克隆以生产稳定的克隆。可使用已知方法收获来自这些克隆的细胞,将其溶解并检查其内容物以确定重组分子是否存在。
生物样本
对本领域的普通技术人员来说显而易见的是,本发明的方法和检测分析法中使用的核酸样本(可以是DNA和/或RNA)可以通过可利用的方法制备。分离总mRNA的方法是已知的。例如,分离和纯化核酸的方法详细描述于Chapter 3of Tijssen(1993)Laboratory Techniques inBiochemistry and Molecular Biology:Hybridization with NucleicAcid Probes,Elsevier Press。此类样本包括RNA样本,但是也可以包括从受关注的细胞或组织中分离的mRNA样本合成的cDNA。此类样本也包括从cDNA扩增的DNA,以及从扩增DNA转录出的RNA。
包含核酸或蛋白的生物样本可以是来自任何生物以及体外生长细胞的任何生物组织或组织液或细胞,诸如细胞系和组织培养细胞。样本可以是“临床样本”,它是来源于患者的样本。典型的临床样本包括但不限于唾液、鼻洗液、血液、血细胞(例如白细胞)、多种组织或器官或它们的部分、或细针穿刺活检样本、尿液、腹腔液、和胸膜液、或它们的细胞。生物样本也可包括组织切片,如用于组织学目的的冰冻切片或甲醛固定切片。
鼻洗液方法
鼻洗液样本可通过将5mL盐水溶液灌输到每个鼻孔中进行收集。可将此洗液立即排入蜡纸杯中,冷藏并进行制备处理供分析用。
为了评估病毒和鼻病毒是否存在,一部分鼻洗液样本可以与4X浓度的病毒收集肉汤混合。将大约2mL处理后的样本置于旋盖冷冻管中并冻存于-70℃直至对其进行评估。就生物标记物浓度评估而言,一部分鼻洗液样本可以与5%的牛白蛋白混合。然后将一(1)mL处理后的样本置于2mL冷冻管中并冻存于-70℃直至对其进行评估。
鼻刮擦方法
鼻刮擦样本可从下鼻甲骨的前部直接目测采集。它们可以用一次性细胞采集刮器(Rhinoprobe,Arlington Scientific,Inc.,Springville,UT)轻轻刮擦鼻甲骨表面五次进行采集。然后用第二个刮器重复此程序。
将两个刮器放入无RNA酶的旋盖冷冻管中,管中包含TRIzol试剂(Invitrogen Corp.,Carlsbad,CA)以保存RNA。冷冻管可进行涡旋处理以从刮器上移除细胞物质,然后冻存于-70℃用于基因表达水平的检测分析。
基因芯片分析
总RNA分离可包括将细胞悬浮在~500ul RNA-STAT60(Tel-Test,Friendswood,TX)中并使用5mm不锈钢珠在Retsch(Wunsiedel,Bavaria)MM300Bead-Beater Mill中进行均质化处理。将氯仿加入到细胞溶解液中并振摇混合物1至2分钟。将包含粗制核酸的含水相移除并用异丙醇沉淀。离心沉淀核酸并用70%乙醇洗涤沉淀物,然后将其重悬于DEPC水中。然后使用QIAgen(Hilden,Germany)RNEasy Cleanupminicolumns,按照制造商推荐的规程纯化RNA。RNA通过UV光谱法进行定量,用Agilent(Palo Alto,CA)Bioanalyzer 2100进行定性。
基因芯片靶合成和基因芯片处理可涉及使用Affymetrix提供的规程将纯化总RNA转化成cRNA基因芯片靶。按照Affymetrix ExpressionAnalysis规程将cRNA靶片段化并进行杂交、洗涤和扫描。用于靶合成和基因芯片处理的完整规程参见:www.affymetrix.com/support/download/manuals/expressions2_manual.pdf
最后,涉及基因芯片扫描的基因芯片分析可使用Affymetrix MAS5.0算法转换成表列数据,该算法描述于:www.affymetrix.com/Auth/support/downloads/manuals/mas_manual.zip。一旦确认了数据质量,可使用多种可商购获得的工具对其进行分析和可视化处理,所述工具包括Affymetrix Data Mining Tool(DMT)、Spotfire(Sommerville,MA)和Omniviz(Maynard,MA)。
其他相关核酸分子的分离
如上所述,表I和/或表II的人核酸分子的鉴定允许技术人员分离编码除本文所述序列之外的基因家族的其他成员的分子。此外,目前公开的核酸分子允许技术人员分离编码基因家族其他成员的核酸分子。
技术人员可使用表II的蛋白或其片段来生成抗体探针以筛选从合适细胞制备的表达文库。在一个实施方案中,片段可包含氨基酸插入和取代。来自用纯化蛋白免疫过的哺乳动物如兔子的多克隆抗血清或单克隆抗体可用于检测哺乳动物cDNA或基因组表达文库,如λgt11文库,以获取蛋白家族其他成员的合适编码序列。可将克隆cDNA序列表达成融合蛋白,使用它自身的控制序列进行表达,或使用适合特定宿主的控制序列通过构建体进行表达,所述宿主用于表达蛋白。
作为另外一种选择,可以合成本文所述的一部分编码序列并将其用作探针以检索编码来自任何生物的蛋白家族成员的DNA。低聚物,例如包含18至20个核苷酸,可以被制备并用于筛选基因组DNA或cDNA文库以在严谨条件下或严谨程度足以消除非预期假阳性结果的条件下获得杂交结果。
此外,可以制备寡核苷酸引物用于聚合酶链式反应(PCR)以克隆核酸分子。不同的PCR形式是本领域已知的,并且可对其进行调节以用于分离其他核酸分子。
受试化合物的选择
可根据本发明的检测分析法进行筛选的化合物包括但不限于已知化合物的文库,包括天然产物如植物或哺乳动物提取物。也包括合成化学品、生物活性物质例如蛋白质、核酸和肽,包括但不限于随机肽库成员和由D-或L-构型氨基酸制造的组合化学来源的分子文库、和磷酸肽、抗体(包括但不限于多克隆抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、人抗体、抗独特型抗体或单链抗体、和Fab、F(ab’)2和Fab表达库片段、以及它们的表位结合片段);以及其他有机或无机分子。
除了较传统来源的受试化合物之外,计算机建模和搜索技术还允许通过利用来自本发明蛋白配体结合位点的结构信息来理性化选择受试化合物。此类受试化合物的理性化选择可减少受试化合物的数目,为了鉴定治疗化合物,必须对受试化合物进行筛选。对本发明蛋白序列的了解可允许生成它们的结合位点的模型,这可用于筛选潜在的配体。这一过程可通过本领域已知的方法完成。优选的方法涉及生成蛋白序列对模板(衍生自相似蛋白的晶体结构或基于NMR的模型)的序列比对、氨基酸结构转化和通过分子力学和视觉检查精修模型。如果不能获得强序列比对,也可通过疏水螺旋建模生成模型。也可使用针对接触残基的突变数据定位彼此相对的螺旋结构以便完成这些接触。在此过程中,也可将已知配体导入螺旋结构中的结合位点空穴,以通过能稳定配体结合的发展相互作用来帮助定位螺旋结构。通过使用分子力学的精修方法和使用标准同源建模技术的建环方法来完成模型。关于建模的综合信息可参见Schoneberg,T.等人,Molecular and Cellular Endocrinology,151:181-193(1999),Flower,D.,Biochim Biophys Acta,1422,207-234(1999),和Sexton,P.M.,Curr.Opin.Drug Discovery and Development,2,440-448(1999)。
一旦完成模型,它可以与几个计算机程序中的其中一个协同使用以减少想要筛选的化合物的数目,例如DOCK程序(UCSF Molecular DesignInstitute,533Parnassus Ave,U-64,Box 0446,San Francisco,California 94143-0446)或FLEXX(Tripos Inc.,1699 South HanleyRd.,St.Louis,MO)。技术人员也可以筛选商业数据库和/或用于结合位点立体配合及粗略静电互补的专有化合物。
对鉴定化合物的筛选检测分析法
已发现,本发明的基因可在调节、监控和/或治疗鼻病毒感染过程中起作用,这使得我们能够使用多种方法筛选一种或多种化合物以鉴定可用于鼻病毒感染预防或治疗的化合物。
当选择适用于预防、监控或治疗的化合物时,优选对本发明的蛋白表达调节子、蛋白产物和蛋白受体具有选择性的化合物。就最初的筛选而言,优选使用本发明的蛋白与氨基酸序列一起进行体外筛选,所述氨基酸序列是例如与表II所述蛋白序列至少约80%相同,优选至少约90%相同,更优选相同的序列。优选地,受试化合物对脊椎动物蛋白进行筛选,更优选人类蛋白。就筛选化合物而言,优选使用来自考虑对其进行治疗的物种的蛋白。
本发明的方法可适用于高通量应用;然而,术语“筛选”包括仅使用一种化合物。这种体外筛选提供一种选择化合物范围的方法,即,值得进行进一步研究的化合物。例如,在小于200nM的浓度下活化本发明的蛋白的化合物可在哺乳动物模型中进行进一步检测,然而那些超出阀值的化合物不必进行进一步检测。
可将下述的检测分析体系配制成试剂盒,所述试剂盒包括本发明的蛋白或表达本发明蛋白的细胞,可将它们包装在多种容器中,例如小瓶、管、微孔板、瓶等。试剂盒可包括其他试剂例如阳性或阴性对照样本,以及缓冲液。
在一个实施方案中,本发明提供一种鉴定与本发明的蛋白结合的化合物的方法。确定化合物与蛋白结合的方法是本领域已知的。所述检测分析法包括在受试化合物存在或不存在的情况下分别与标记化合物一起培养本发明的蛋白,标记化合物已知是结合所述蛋白的,然后确定标记化合物的结合量。本发明的蛋白来源可以是表达蛋白的细胞或一些分离的蛋白形式。标记化合物可以是标记的已知配体或配体类似物,以使得可对它进行测量,优选定量测量(例如,用125I、35S-甲硫氨酸、或荧光标记物、或肽或荧光融合蛋白进行标记)。此类标记方法是本领域已知的。结合本发明的蛋白的受试化合物可减少结合蛋白的配体,因此与对照样本相比降低了信号水平。此技术的变型已经被描述于Keen,M.,Radioligand BindingMethods for Membrane Preparations and Intact cells in ReceptorSignal Transduction Protocols,R.A.J.Challis,(编辑),HumanaPress Inc.,Totoway,N.J.(1997)。
在另一个实施方案中,本发明提供用于筛选受试化合物以鉴定活化本发明蛋白的化合物的方法。此检测分析法是基于细胞的方法。然而,能够区分激动剂和拮抗剂结合的非细胞检测分析法是已知的。基于细胞的检测分析法包括使表达本发明的蛋白的细胞接触受试化合物或对照物质,并通过测量受影响信号转导途径的组分的表达或活性来测量蛋白活化程度。例如,在与受试化合物一起合适培养后,可制备细胞溶解产物并检测分析转录、翻译、或蛋白改性,例如磷酸化、或糖基化、或第二信使(如cAMP)诱导。此外,可使用许多高通量检测分析法在无需溶解细胞的情况下测量响应,例如钙成像。
在一个实施方案中,可使用重组构建体测量cAMP诱导,重组构建体包含连接到多种报道基因的任何一种上的cAMP响应元件。此类报道基因包括但不限于氯霉素乙酰转移酶(CAT)、荧光素酶、葡糖苷酸合成酶、生长激素、荧光蛋白、或碱性磷酸酶。在细胞暴露于受试化合物后,可对报道基因表达水平进行定量以确定受试化合物提高cAMP水平的能力并因此确定受试化合物活化本发明蛋白的能力。
在另一个实施方案中,可利用特异性磷酸酪氨酸或磷酸丝氨酸抗体来测量信号蛋白暴露于受试化合物后的磷酸化水平,由此磷酸化水平与对照样本的显著差异将指示本发明蛋白的活化情况。在某些情况下,蛋白(例如受体)响应在长期暴露于激动剂后下调或变得不敏感。在许多情况下,受关注的蛋白可以是一种酶,因此受试化合物的结合效果可根据酶活性的改变进行测量。同样的,细胞内钙浓度[Ca2+]的改变一般指示许多级联信号的活化。
基于细胞的受体结合检测分析法
作为评估新化合物潜在生物活性的有用工具,基于细胞的受体结合检测分析法常用于制药和生物工艺学领域。事实上,这种高通量筛选(HTS)方法已经变成了用于药物开发的新先导化合物的主要来源。药物发明和基础研究程序需要更迅速可靠的程序来处理和筛选大量未知的活性化合物。已经开发了几种专门的检测技术以利于成本和时间均高效地筛选几百万种化合物。
其中一种最频繁使用的检测分析技术可以是亲近闪烁检测法(SPA)。可使用这种技术确定多种药物对受体的亲和力以及受体家族的结合位点密度和它们在不同组织或样本中的亚型。抑制剂可通过竞争受体结合位点降低特异性化学发光或放射性强度。这些研究可有助于确定是否药物在不同亚型时将具有治疗效果或不利影响。
一般的检测分析法程序涉及将细胞或细胞膜与所需靶受体一起加入到检测分析板中。可加入一种最小化非特异性结合的阻滞剂并在RT(室温)下培养30分钟。可将受试化合物、试剂、标记配体、连同读数缓冲液一起加入并培养一定时间。可根据需要的频率进行强度读数。不表达受体的细胞将显示无特异性结合。竞争结合曲线可产生受试化合物的活性程度排序。
NF-κB活化检测分析法
许多前炎性试剂(例如细胞因子、趋化因子和环加氧酶)的转录受转录因子NF-κB的调节。本发明人发现,NF-κB和许多趋化因子及细胞因子在鼻病毒(RV)感染后发生上调,这指示抑制NF-κB将是减轻症状的关键干预点。
核因子-KB(NF-KB)是关键的核转录因子,它调节大量对炎症至关重要的基因的表达,包括细胞因子和趋化因子转录。当活化时,NF-KB从细胞质转移到核中并活化其启动子用于转录。来自文献和本发明人实验室的结果都证实鼻病毒感染后大量基因发生转录,这指示NF-KB是一个潜在的关键干预点。因此,用于监控NF-KB活化和转移的检测分析法将对评估潜在抗炎剂的技术有用。
Cellomics,Inc.(Pittsburgh,PA)已经开发了一种基于抗体的检测分析法,它显示了NF-KB的亚细胞定位,因此允许对NF-KB从细胞质至核的转移进行定量。因为NF-KB必须在核中才能诱导基因表达,它的转移是其活化的可靠量度,并且标志着比报道基因表达更早的事件的发生。此检测分析法是96孔中等通量技术的实例,该技术能在几种细胞型中检测NF-KB转移。这种基于细胞的检测分析法具有预测呼吸有益效果的潜力。
可以在标准高密度微板中进行检测分析,其中NF-κB转移速率和程度的测量在完整细胞中进行,完整细胞提供更多的生物代表性信息。Cellomics NF-κB活化试剂盒(目录号#K01-001-1)可与荧光试剂和用于最优化样本制备及检测分析的规程联合应用,并且不需要细胞溶解、纯化或过滤步骤。经固定后,所述板在避光4℃条件下可长期保持稳定。
技术人员可基于cell-by-cell方法进行全自动筛选以鉴别抑制或活化NF-κB的化合物。制备的细胞可使用标准荧光显微镜法或Cellomics的全自动HCS Reader结合质核转移生物分析软件进行分析,HCS Reader提供自动板处理、调焦、图象采集、分析、定量、和数据储存功能。
COX抑制剂筛选检测分析法
环加氧酶(COX,也称为前列腺素H合酶或PGHS)包含环加氧酶和过氧化物酶活性。COX催化前列腺素(PG)、血栓素、和环前列腺素生物合成的第一步;将花生四烯酸转化成PGH2。目前已确定有两种不同类型的COX。环加氧酶-1(COX-1)在多种细胞型中组成型表达,并且涉及正常细胞动态平衡。多种促有丝分裂刺激如佛波醇酯、脂多糖和细胞因子导致第二种COX,环加氧酶-2(COX-2)的诱导型表达。COX-2负责急性炎症条件下的PG生物合成。这种诱导型COX-2据信是非类固醇抗炎药物的抗炎剂活性的靶向酶。
COX抑制剂筛选检测分析法(目录号#560101,产自CaymanChemical Company,Ann Harbor,Michigan)的一个实例直接测量由SnCl2还原COX来源的PGH2产生的PGF2。前列腺素产物可使用广特异性的抗体通过酶免疫测定(EIA)进行定量,所述广特异性抗体结合所有主要前列腺素化合物。因此,COX检测分析法比基于过氧化物酶抑制的检测分析法更准确可靠。为了筛选同功酶特异性抑制剂,Cayman COX抑制剂筛选检测分析法包括绵羊COX-1和人重组COX-2酶。这一检测分析法是一种优良的工具,能用于一般抑制剂的筛选,或用于消除由特异性不强的方法产生的假阳性结果。
前列腺素E2检测分析法
环氧合酶能参与前列腺素的生成,前列腺素可以是炎症和疼痛的调节子。COX2(环加氧酶-2)是由病毒感染诱导的蛋白(由基因PTGS2编码),PGE2(前列腺素E2)是能导致症状样不适、头痛、喉咙痛的产物。抑制PGE2生成或COX活性的化合物能减轻病毒感染的症状。
前列腺素的生成起始于磷脂酶A2响应炎性刺激从膜磷脂释放花生四烯酸。环加氧酶COX-1和COX-2然后将花生四烯酸转化成PGH2(前列腺素H2)。COX-1发生组成型表达并且它起着维持稳态功能如粘液分泌的作用,然而COX-2响应炎性刺激发生诱导型表达。在更下游,细胞特异性前列腺素合酶将PGH2转化成一系列前列腺素,包括PGI2、PGF2、PGD2和PGE2。PGE2是花生四烯酸代谢的主要产物,由几种细胞类型产生,包括巨噬细胞、纤维原细胞和一些恶性细胞。它通过4种受体发挥作用:EP1、EP2、EP3和EP4。它的生产是检测COX-1和COX-2调节和前列腺素合酶的通用方法。
有几种可用于定量PGE2的标准方法。HTRFPGE2检测分析法(由Cisbio International开发,目录号#62P2APEB)是用于定量PGE2的高敏感方法的实例。它的原理基于HTRF技术(均相时间分辨荧光,Homogeneous Time-Resolved Fluorescence)。它的操作能够在细胞上清液中执行,或直接在完整细胞存在的情况下执行。此方法是一种竞争性的免疫测定法,其中细胞产生的天然PGE2和d2标记的PGE2竞争结合到穴状化合物标记的MAb抗PGE2上。HTRF信号与校准品或样本中的PGE2浓度成反比。加入HTPF检测试剂后的培养时间和温度对检测结果影响不大,这从另一水平上为检测分析法提供了灵活性。
简而言之,可使用稀释剂制备连续稀释样本(在0至5000pg/mL范围内)。将试剂分配(按照规程略述的方法)到384孔低容量板中(20ul)。包括阴性和阳性对照。用板密封盖覆盖板,并且在室温下培养5小时或在4℃培养过夜。来自样本的游离PGE2与XL665标记的PGE2竞争结合缀合穴状化合物的抗PGE2抗体。然后所述板在相容的HTRF阅读器上读数。
使用鼻病毒的细胞培养物、组织和哺乳动物模型筛选化合物
对于选自一种或多种由如上所述体外检测分析法分析的受试化合物的化合物,可进一步测试其调节鼻病毒的能力。此类模型包括体外细胞培养模型和体内哺乳动物模型。此类附加水平的筛选可用于进一步缩小候选化合物的范围,所述候选化合物值得进行进一步的研究,例如临床试验。此类模型体系可包括但不限于支气管上皮细胞前列腺素和趋化因子释放检测分析法、PBMC增殖/存活检测分析法、PBMC趋化性检测分析法、趋化因子受体结合检测分析法、RV感染的支气管上皮细胞中的鼻病毒滴度、和人RV诱导的感冒模型。
趋化性检测分析法
表I中的多种趋化因子当RV感染(例如IP10、MCP1)时被诱导。趋化因子是由受感染细胞释放的小蛋白分子,它在其他免疫细胞(例如淋巴细胞)上起受体作用并诱导趋化性,因此启动炎性过程。因此,病毒感染能受此类活性物质的控制:1)下调趋化因子;或2)阻遏趋化因子受体。趋化因子受体拮抗剂能够通过趋化性检测分析法进行鉴定。
趋化性检测分析的目的是为了确定受关注的蛋白或小分子是否具有对特异细胞型的趋化活性。趋化性是蛋白引导特异细胞迁移的能力。这种检测分析法是基于以下前提:制造趋化剂梯度,并允许细胞穿过膜向趋化剂迁移。如果该试剂不是细胞趋化性的,那么大部分细胞会停留在膜上。如果该试剂是细胞趋化性的,那么细胞将迁移穿过膜并停留在趋化性板的孔底。
这种检测分析法可使用多孔室(例如NeuroProbe)对其中24、96、384个白细胞或其他迁移细胞的样本进行平行评估。其优点是几个平行样本在相同条件下进行检测分析。通过包含相同大小的孔的过滤器分离多孔室。被研究的白细胞的大小决定了所述过滤器的孔径大小。必须选择允许活性转移的孔径。
将包含趋化因子或向化因子的溶液置于室底部,并将白细胞悬浮液置于室上部。细胞能够迁移通过孔,穿过过滤器并朝趋化因子源(较低的室)迁移。对迁移通过过滤器并粘附在下侧的细胞进行计数。常常将数据表达成术语迁移指数:响应于激动剂迁移的细胞数目相对于无规则迁移的细胞数目,即,仅加入缓冲液时发生的迁移。为了检测细胞,常用染色技术(例如台盼蓝)或特异性探针技术(例如用MTT检测分析法进行的mt-脱氢酶检测)。也使用标记(例如荧光染料,如Cell Tracker Green)过的细胞。
炎症调节子的多重检测分析
多重检测分析已经成为用于测量单个样本中的多个蛋白含量和/或活性的非常有用的工具。它们是定量的、基于板的抗体芯片,该芯片基于传统的ELISA(酶联免疫吸附检测分析法)技术和压电打印技术。能对它们进行最优化以定量测量血清中的多个分析物(蛋白);EDTA、肝素和血浆柠檬酸钠;培养上清液;以及其他样本类型。
在所提供的每个微板孔中预置了能捕集特异分析物的抗体,标准品和样本也被加入板中。在洗涤去除非结合性蛋白后,加入生物素化的检测抗体,它会结合到靶蛋白的第二位点。每个抗体点可捕集一个特异性细胞因子、趋化因子或其他生物标记物,它们用生物素化的混合抗体检测,然后加入链亲和素-辣根过氧化物酶(SA-HRP)和SuperSignal ELISA化学发光底物。可移除多余的检测抗体并加入SA-HRP或SA-DyLight 800Fluor。酶-底物(HRP-SuperSignal)反应产生光信号,可使用SearchLight Plus CCD Imaging System检测光信号。就红外芯片而言,来自DyLight 800F luor的信号可以用来自LI-COR Biosciences的Odyssey或AeriusInfrared Imaging System进行测量。每个点产生的信号量与最初的标准品或样本中的每个特异蛋白量成比例。
产生自HRP催化的底物氧化的光可以通过用冷却的CCD相机通过板成像进行测量。使用重组芯片蛋白的混合物生成标准曲线。样本中的蛋白浓度可通过比较点密度与对应的标准曲线进行定量。
转基因哺乳动物和基因疗法
许多种哺乳动物,优选脊椎动物,包括但不限于小鼠、大鼠、兔子、豚鼠、猪、山羊、狗、青蛙、以及除人之外的灵长类动物,可用于生成表达本发明蛋白的转基因哺乳动物。本领域已知的几种技术可用于将转基因导入哺乳动物以产生转基因哺乳动物的奠基品种。此类技术包括但不限于原核注射、逆转录病毒介导的基因转入生殖系、基因靶向进入胚胎干细胞、胚胎电穿孔和精子介导的转基因。
本发明蛋白的总体活性可以通过过表达该蛋白的基因来提高。过表达将提高细胞蛋白的总体活性并因此提高蛋白功能。将基因或受关注的基因插入到适于在受试者中表达的载体中。这些载体包括但不限于腺病毒、腺病毒相关的病毒、逆转录病毒和疱疹病毒载体。其他技术也可用于将DNA导入细胞,例如脂质体、胶体金颗粒、或将包含受关注基因的DNA表达载体(射弹形式)直接注射到人组织中。
鼻病毒感染的治疗
本发明的基因、蛋白、表达调节子、蛋白产物、和受体(靶),以及一种或多种活化或抑制靶的化合物,包括但不限于至少一种化合物,至少两种化合物,至少三种化合物,可用于治疗鼻病毒感染的方法。术语“调节”包括但不限于通过多种方法上调或下调、固定、整顿或统一、管理、或引导。在一个方面,在用于治疗“鼻病毒感染”的方法中可使用化合物。本发明可治疗的鼻病毒感染和与鼻病毒感染相关的疾病的非限制性实例如下文所述。
本发明的靶和化合物可用于治疗、监控或诊断上呼吸道感染(URI),包括但不限于感冒和流感。这包括但不限于鼻病毒、副流感病毒、冠状病毒、腺病毒、黏病毒、人肠道孤病毒、呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒、和引起大部分URI的流感病毒。
药物制剂和使用方法
可施用如本文所述的筛选方法鉴定的化合物于哺乳动物以治疗或预防疾病或失调,所述疾病或失调可由本发明的基因、蛋白、表达调节子、蛋白产物、和受体(靶)调节。本文所用术语“治疗”是指施用本发明的化合物减轻宿主的疾病或失调。因此,术语“治疗”包括预防宿主发生的疾病,尤其是当宿主容易患病,但仍未被诊断出患病的时候;抑制疾病;和/或减轻或逆转疾病。就本发明的用于预防疾病的方法而言,应当理解术语“预防”不需要完全阻止疾病状态。(参见Webster’s NinthCollegiate Dictionary。)如本文所用,术语预防更适当的是指技术人员识别易感人群,以便在疾病发作前施用本发明的化合物的能力。该术语并不意味着完全避免疾病状态。由本发明的筛选方法鉴定的化合物可以与其他化合物联合施用。
已鉴定的化合物的安全性和治疗功效可通过标准程序使用体外或体内技术进行确定。优选表现出较高治疗指标的化合物,尽管治疗指标较低的化合物,如果其副作用水平可以接受,也可能是有用的。获取自体外和体内的毒理和药理技术数据可用于确定剂量范围。
化合物的效力可在哺乳动物模型或鼻病毒感染患者的临床研究中进一步进行评估。
如本文所用,“药用载体”是指包括所有溶剂、分散介质、包衣、抗菌和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂等,适于药物施用。用于药物活性物质的此类介质和试剂的用途是本领域已知的。除了迄今与活性化合物不相容的一些常规介质或试剂外,可在本发明的组合物中使用此类介质。也可以将补充活性化合物掺入所述组合物中。将本发明的药物组合物配制成与其设想的给药途径相容。给药途径的实例包括肠胃外给药,例如静脉注射、皮内注射、皮下注射、口服(例如吸入)、透皮(局部用)、透粘膜、以及经直肠给药。用于肠胃外给药、皮内注射、或皮下注射应用的溶液或悬浮液可包括以下组分:无菌稀释剂如注射用水、盐水溶液、不挥发性油、聚乙二醇、丙二醇或其他合成溶剂;抗菌剂如苄醇或对羟基苯甲酸甲酯;抗氧化剂如抗坏血酸或亚硫酸氢钠;螯合剂如乙二胺四乙酸;缓冲液如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐以及用于紧张调节的试剂如氯化钠或右旋糖。pH可以用酸或碱调节,如盐酸或氢氧化钠。可以将肠胃外给药制剂包封在由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多剂量瓶中。
适于注射用的药物组合物包括无菌水溶液(水溶性的),或分散体及无菌粉末,无菌粉末用于临时制备无菌注射液或分散体。就静脉注射给药而言,合适的载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor ELTM(BASF,Parsippany,N.J.)或磷酸缓冲盐水(PBS)。在任何情况下所述组合物必须无菌并且应有一定程度的流动性以便于注射。它在制造和贮藏条件下必须稳定,并且保存应防止微生物如细菌和真菌的污染。所述载体可以是溶剂或分散介质,它们包含例如水、乙醇、多羟基化合物(例如甘油、丙二醇和聚乙二醇液体等)、以及它们的合适混合物。应保持合适的流动性,例如,通过使用包衣如卵磷脂、通过在分散体情况下维持所需的粒度和通过使用表面活性剂。可通过多种抗菌和抗真菌剂预防微生物污染,例如对羟基苯甲酸脂、氯代丁醇、苯酚、抗坏血酸、乙基汞硫代水杨酸钠等。在许多情况下,在组合物中将优选包括等渗剂,例如糖、多元醇如甘露糖醇、山梨醇和氯化钠。通过在组合物中包括吸收延迟剂延长注射型组合物的吸收,例如单硬脂酸铝和明胶。
无菌注射液可通过在合适溶剂中掺入所需量的活性化合物进行制备,如需要的话可同时掺入一种上文列举的成分或它们的组合,随后进行过滤除菌。一般来讲,分散体通过将活性化合物掺入无菌载体中进行制备,无菌载体包含基本的分散介质和所需的其他成分。在用于制备无菌注射液的无菌粉末的情况下,优选的制备方法是通过真空干燥和冷冻干燥从先前的活性成分和任何附加所需成分的无菌过滤溶液得到它们的粉末。
口腔组合物一般包括惰性稀释剂或可食用载体。可将它们包封在明胶胶囊中或压制成片剂。就口服而言,可将所述剂包含在肠溶剂型中以通过胃,或通过已知的方法进一步包被或混合以在GI道的特定区域释放。为了口服治疗剂,可以将活性化合物与赋形剂一起掺入并以片剂、药片、或胶囊形式使用。口腔组合物也可以使用载液制备成漱口水,其中载液中的化合物被用于口腔、漱口后吐出或咽下。组合物也可包括药物相容的结合剂和/或辅剂材料。片剂、药丸、胶囊、药片等可包含任何以下成分或性质相似的化合物:粘合剂如微晶纤维素、黄蓍胶粉或明胶;赋形剂如淀粉或乳糖,崩解剂如藻酸,PrimogelTM,或玉米淀粉;润滑剂如硬脂酸镁;助流剂如胶态二氧化硅;甜味剂如蔗糖或糖精;或调味剂如胡椒薄荷、水杨酸甲酯或橙味剂。
就吸入给药而言,化合物以气溶胶喷雾的形式从加压容器或分配器中进行递送,所述容器包含合适的抛射剂,例如气体如二氧化碳,或喷雾器。
全身给药也可通过透粘膜的或透皮的方法完成。就透粘膜或透皮给药而言,适于透过屏障的渗透剂被用于制剂中。此类渗透剂通常是本领域已知的,并且包括例如用于透粘膜给药的洗涤剂、胆汁盐、和梭链孢酸衍生物。可使用鼻喷剂或栓剂完成透粘膜给药。就透皮给药而言,活性化合物被配制成本领域通常已知的油膏剂、药膏、凝胶、或霜膏。
也可将化合物制成栓剂(例如用常规栓剂基质如椰子油和其他甘油酯)或保留灌肠剂用于直肠给药的递送。
在一个实施方案中,活性化合物与载体一起制备,载体将保护化合物不被人体迅速消除,如缓释制剂,包括灌装和微胶囊化递送体系。可使用能生物降解的、生物相容的聚合物,如乙烯乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、胶原、聚原酸酯和聚乳酸。制备此类制剂的方法对本领域的技术人员来说将是显而易见的。材料也可商购自Alza Corporation和NovaPharmaceuticals,Inc.。脂质体悬浮液(包括靶向受感染细胞的脂质体和抗病毒抗原的单克隆抗体)也可用作药用的载体。可按照本领域的技术人员已知的方法制备这些载体,例如如美国专利公开4,522,811所述的方法。
将口服或肠胃外给药组合物配制成易于给药的剂量单位形式和相同剂量是尤其有利的。如本文所用,“剂量单位形式”是指用于接收治疗的受试者的适于单剂量的离散单位,每单位包含预先确定量的活性化合物和所需的药物载体,该活性化合物的量经计算能产生所需的治疗效果。剂量单位的规格由以下几个因素规定并直接取决于它们:活性化合物的特性、想要达到的特定治疗效果和本领域配混此类活性化合物用于个体治疗时固有的限制。
诊断用途
如上所述,表I提供的基因和基因表达信息可用作诊断标记物用于预测或鉴定样本组织的疾病状态。例如,组织样本可通过上述的任何方法进行检测分析,并且表I的基因或基因家族成员的表达水平可与正常受试者的表达水平进行比较。表达水平也可以与在表现出相似疾病状态的样本组织中观察到的表达水平进行比较,这可有助于它的诊断。表达数据以及可利用序列或其他信息的比较可以由研究人员或诊断医生完成,或利用如上所述的计算机和数据库完成。此类方法可用于诊断或鉴定特征在于表I中所述的基因非正常表达的病症。
本发明的方法对诊断或监控治疗方案的效力尤其有用。调节一种或多种表I和/或I I中鉴定的基因或基因家族或蛋白或表达调节子或蛋白产物或蛋白受体,和/或调节由表I中鉴定的一种或多种基因或基因家族成员编码的一种或多种蛋白或表达调节子或蛋白产物或蛋白受体的活性的化合物将可用于诊断、监控、和评估患者对治疗方案的响应。
实施例
实施例A
可将BEAS-2B细胞的体外细胞系用鼻病毒RV-16感染。然后将细胞暴露于多种化合物和提取物,随后检测分析呼吸生物标记蛋白的含量。通过在将受感染细胞暴露于提取物和化合物后监控呼吸生物标记蛋白的含量并与未暴露于提取物和化合物的受感染细胞中的呼吸生物标记蛋白含量比较,可将提取物和化合物鉴定为调节呼吸生物标记蛋白的物质。
在所述实施例中,测试成分是草本穿心莲提取物或其主要组分穿心莲内酯。测试成分经测试穿心莲内酯含量为5μM。呼吸生物标记蛋白为IP-10(CXCL10),一种趋化剂。
测试成分(5μM穿心莲内酯含量) | IP-10(CXCL10)pg/mL |
对照物 | 61.99 |
穿心莲内酯 | 18.07 |
穿心莲A | 0.46 |
穿心莲B | 2.34 |
穿心莲A来源于Sabinsa,Piscataway,NJ。
穿心莲B来源于GNC,Pittsburgh,PA。
测试成分与对照物相比,能观察到趋化蛋白含量的大幅降低。
实施例B
可通过监控呼吸蛋白生物标记含量来评估受试化合物在人自然诱发感冒的鼻病毒感染期间的功效。从表现出感冒最初症状的受试者处采集鼻洗液。然后治疗受试者并在随后几天中采集鼻洗液样本。
治疗剂由含20mg总穿心莲内酯的标准化穿心莲提取物、28.8mg刺五加提取物和650mg姜黄素(姜黄提取物)组成。此组合物每日服用三次。呼吸生物标记蛋白为IP-10(CXCL10),一种趋化剂。在治疗后的几天中检测分析呼吸生物标记蛋白的含量,并用治疗前的基线值进行统计学校正。
测试成分 | IP-10(CXCL10)pg/mL |
对照物 | 8183 |
穿心莲、刺五加、姜黄素组合 | 3584 |
姜黄素得自Sabinsa,Piscataway,NJ。
测试成分与对照物相比,能观察到趋化蛋白含量的大幅降低。
实施例C
可通过监控呼吸蛋白生物标记含量来评估受试化合物在人自然诱发感冒的鼻病毒感染期间的功效。从表现出感冒最初症状的受试者处采集鼻洗液。然后治疗受试者并在随后几天中采集鼻洗液样本。
治疗剂由400mg布洛芬和4mg马来酸氯苯那敏组成。组合物每日服用三次。呼吸生物标记蛋白为MCP1(CCL2),一种趋化剂。在治疗后的几天中检测分析呼吸生物标记蛋白的含量,并用治疗前的基线值进行统计学校正。
测试成分 | MCP1(CCL2)pg/mL |
对照物 | 271 |
布洛芬和马来酸氯苯那敏组合。 | 163 |
布洛芬得自Wyeth Consumer Healthcare,Wilmington DE。
马来酸氯苯那敏得自Schering Plough,Kenilworth NJ。
测试成分与对照物相比,能观察到趋化蛋白含量的大幅降低。
实施例D、E和F
下列实施例进一步描述和证明了本发明范围内的实施方案。所给的这些实施例仅仅是说明性的,不可理解为是对本发明的限制,因为在不背离本发明的实质和保护范围的情况下可以进行许多改变。除非另外指明,所有示例浓度均为重量-重量百分比。
姜黄提取物可得自Sabinsa Corporation,Piscataway,NJ。刺五加和穿心莲提取物可得自Dansk Droge,Denmark。
实施例D
组分 | 每粒胶囊含量 |
穿心莲提取物 | 51.0mg* |
姜黄提取物 | 166.7mg** |
刺五加提取物 | 7.2mg*** |
胡椒碱 | 1.2mg |
微晶纤维素,Avicel PH 200 | 171.9mg |
硬脂酸镁 | 2.0mg |
*51.0mg穿心莲包含5mg穿心莲内酯。
**166.7mg姜黄提取物包含158.3mg姜黄素。
***7.2mg刺五加提取物等同于120mg刺五加根提取物。
将穿心莲、姜黄、刺五加、胡椒碱和纤维素粉末混合在一起。然后加入硬脂酸镁并将全部共混物一起混合。将所得粉末共混物分配到胶囊中,每粒胶囊含量400mg。剂量为每天服三次,每次服四片。
实施例E
组分 | 每粒胶囊含量 |
穿心莲提取物 | 102.0mg* |
姜黄提取物 | 333.3mg** |
刺五加提取物 | 14.4mg*** |
胡椒碱 | 2.4mg |
微晶纤维素,Avicel PH 200 | 144.9g |
硬脂酸镁 | 3.0mg |
*102mg穿心莲包含10mg穿心莲内酯。
**333.3mg姜黄提取物包含316.7mg姜黄素。
***14.4mg刺五加提取物等同于240mg刺五加根提取物。
将穿心莲、姜黄、刺五加、胡椒碱和纤维素粉末混合在一起。然后加入硬脂酸镁并将全部共混物一起混合。将所得粉末共混物分配到胶囊中,每粒胶囊含量为600mg。剂量为每天服三次,每次服两片。
实施例F
组分 | 每片含量 |
穿心莲提取物 | 102.0mg* |
姜黄提取物 | 333.3mg** |
刺五加提取物 | 14.4mg*** |
胡椒碱 | 2.4mg |
聚乙烯吡咯烷酮 | 18.0mg |
交联羧甲纤维素钠 | 12.0mg |
微晶纤维素,Avicel PH 200 | 114.9mg |
硬脂酸镁 | 3.0mg |
*102mg穿心莲包含10mg穿心莲内酯。
**333.3mg姜黄提取物包含316.7mg姜黄素。
***14.4mg刺五加提取物等同于240mg刺五加根提取物。
将穿心莲、姜黄、刺五加、胡椒碱、聚乙烯吡咯烷酮、纤维素和一半量的交联羧甲基纤维素纳与少量水混合至成颗粒。将颗粒烘干以移除水分,然后研磨该共混物。然后加入剩余一半量的交联羧甲基纤维素纳和硬脂酸镁并混合全部共混物。将所得粉末共混物压制成片剂,每片含量为600mg。该片剂可任选地涂覆有糖或膜包衣。剂量为每天服三次,每次服两片。
实施例G
因为鼻病毒感染后多个趋化因子可能发生上调,用于阻遏趋化性的方法为使用广谱趋化因子受体拮抗剂。PBMC通常为单核细胞和淋巴细胞的混合物,即,已分离并移除了粒细胞的血液白细胞。PBMC能用荧光染料标记,如Cell Tracker Green,得自Lonza Group Ltd.,Basel,Switzerland,并能监控响应于趋化因子的迁移抑制。趋化性迁移可由SDF1a(Stromal来源的因子-1α)诱导,SDF1a得自US Biological,Swampscott,Massachusetts。SDF1a可通过结合到发生在PBMC’s上的趋化性受体上诱导趋化性迁移,如CXCR4和其他可发生在PBMC’s上的受体。当应用潜在的趋化抑制剂时可观察到趋化性迁移的抑制,趋化抑制剂如vMIP-II(病毒巨噬细胞炎性蛋白-II),得自Sigma-Aldrich,St.Louis,Missouri.vMIP-II能结合到趋化性受体上,如CCR2、CCR5和其他可发生在PBMC’s上的受体。趋化抑制剂可显示对趋化现象的部分或完全抑制,并且可显示出剂量依赖性。
vMIP-II(浓度μg/mL) | %抑制SDF1a诱导的趋化作用 |
0.01564 | 50% |
0.22 | 100% |
实施例H
受试化合物如乙氧喹啉、丁子香酚或二氢丁子香酚,得自Sigma-Aldrich,St.Louis,Missouri,能使用纯化酶检测分析其对环加氧酶活性的抑制。受试化合物可通过使它们分别接触鼻病毒感染的细胞来检测分析它们对前列腺素生成的抑制。用于前列腺素的检测分析法得自CisbioInternational,Bedford Massachusetts。一种适合鼻病毒感染的细胞系是A549(ATCC命名CCL-185),一种人肺癌上皮细胞,得自ATCC,Manassas,Virginia。可将测试结果报道为IC50(抑制剂浓度50%),PGE2形成或COX-1或COX-2活性浓度是它最大值的二分之一。COX检测分析法得自Cayman Chemical,Ann Arbor,Michigan。
实施例I
受试化合物如姜黄素(得自Sigma-Aldrich,St.Louis Missouri)和Ro1069920(得自CalBiochem,EMD Biosciences,DarmstadtGermany)能通过使用NF-kB Activation HitKitHCS Reagent Kit(得自Cellomics,Pittsburgh,PA)测量NF-kB迁移的减少来检测分析其对NF-kB活性的抑制。受试化合物可通过使它们分别接触已感染鼻病毒的细胞或已用IL1β活化的细胞来检测分析其对NF-kB转移的抑制。两种适于感染鼻病毒的细胞系是A549(人肺癌上皮细胞,ATCC CCL-185)和BEAS-2B(人支气管上皮细胞系,ATCC CRL-9609)。在这个实施例中,两种类型的细胞都用IL1b(0.05ng/mL用于A549细胞,0.5ng/mL用于BEAS-2B细胞)预处理30分钟以刺激NF-kB在加入测试抑制剂前转移到核中。在加入测试抑制剂后,将所述细胞再培养30分钟。固定细胞并使用Cellomics NFKB Activation HitKitHCS Reagent Kit检测分析。可将测试结果报道为IC50(抑制剂浓度50%),NF-kB的转移浓度是它最大值的二分之一。
实施例J
可将来自绿茶(茶)提取物的组分如表没食子儿茶素和表没食子儿茶素没食子酸酯置于接近ICAM-1(由表I基因编码的人鼻病毒受体)处。所述组分与ICAM-1表达物的结合程度可以通过标准竞争性结合检测分析法确定。可根据这些牢固结合ICAM-1的组分抑制病毒结合及摄入的效应,将其鉴定为涉及调节鼻病毒感染的化合物。
本文所公开的量纲和值不旨在被理解为严格地限于所述的精确值。相反,除非另外指明,每个这样的量纲旨在表示所引用的数值和围绕该数值的功能上等同的范围。例如,公开为“40mm”的量纲旨在表示“约40mm”。
本文所有引用的文献的相关部分均引入本文以供参考;对任何文献的引用均不可解释为承认其是本发明的现有技术。
虽然已经举例说明和描述了本发明的具体实施方案,但是对于本领域技术人员来说显而易见的是,在不脱离本发明实质和范围的情况下可以做出多个其他改变和变型。因此,旨在在随附权利要求书中包括属于本发明范围内的所有这些改变和变型。
表I:在感染RV16的受试者的48小时鼻样本中表达的主要基因列表
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
202869_at | 2′,5′-寡聚腺苷酸合成酶1,40/46kDa | OAS1 |
205552_s_at | 2′,5′-寡聚腺苷酸合成酶1,40/46kDa | OAS1 |
204972_at | 2′-5′-寡聚腺苷酸合成酶2,69/71kDa | OAS2 |
206553_at | 2′-5′-寡聚腺苷酸合成酶2,69/71kDa | OAS2 |
228607_at | 2′-5′-寡聚腺苷酸合成酶2,69/71kDa | OAS2 |
218400_at | 2′,5′-寡聚腺苷酸合成酶3,100kDa | OAS3 |
232666_at | 2′,5′-寡聚腺苷酸合成酶3,100kDa | OAS3 |
205660_at | 2′,5′-寡聚腺苷酸合成酶样 | OASL |
210797_s_at | 2′,5′-寡聚腺苷酸合成酶样 | OASL |
219684_at | 28kD干扰素响应蛋白 | IFRG28 |
204607_at | 3-羟基-3-甲基戊二酰-辅酶A合酶2(线粒体) | HMGCS2 |
1555785_a_at | 5′-3′外切核醣核酸酶1 | XRN1 |
233632_s_at | 5′-3′外切核醣核酸酶1 | XRN1 |
223298_s_at | 5′-核苷酸酶,胞浆III | NT5C3 |
222162_s_at | 去整联蛋白样金属蛋白酶(reprolysin型)与凝血酶1型基序,1 | ADAMTS1 |
237281_at | 激酶(PRKA)锚定蛋白质14 | AKAP14 |
237282_s_at | 激酶(PRKA)锚定蛋白质14 | AKAP14 |
206513_at | 黑素瘤缺乏因子2 | AIM2 |
1557418_at | 酰基辅酶A合成酶长链家族成员4 | ACSL4 |
201786_s_at | RNA特异性腺苷脱氨酶 | ADAR |
213217_at | 腺苷酸环化酶2(brain) | ADCY2 |
225342_at | 腺苷酸激酶3 | AK3L1 |
1553734_at | 腺苷酸激酶7 | AK7 |
209869_at | 肾上腺素能,α-2A-,受体 | ADRA2A |
206170_at | 肾上腺素能,β-2-,受体,表面 | ADRB2 |
202912_at | 肾上腺髓质素 | ADM |
206262_at | 醇脱氢酶1C(I类),γ多肽 | ADH1C |
207544_s_at | 醇脱氢酶6(V类) | ADH6 |
214261_s_at | 醇脱氢酶6(V类) | ADH6 |
210505_at | 醇脱氢酶7(IV类),μ或σ多肽 | ADH7 |
205640_at | 醛脱氢酶3家族成员B1 | ALDH3B1 |
211004_s_at | 醛脱氢酶3家族成员B1 | ALDH3B1 |
203609_s_at | 醛脱氢酶5家族成员A1(琥珀酸半醛脱氢酶) | ALDH5A1 |
209901_x_at | 同种异体移植炎症因子1 | AIF1 |
213095_x_at | 同种异体移植炎症因子1 | AIF1 |
215051_x_at | 同种异体移植炎症因子1 | AIF1 |
1552698_at | α类微管蛋白 | MGC16703 |
205156_s_at | 阿米洛利敏感阳离子通道2,神经元 | ACCN2 |
1555284_at | 肌萎缩性侧索硬化2(青少年) | ALS2 |
211110_s_at | 雄性激素受体(二氢睾酮受体;睾丸雌性化;脊髓延髓肌萎缩症;甘乃迪氏症) | AR |
219962_at | 血管紧张素I转化酶(肽酰-二肽酶A)2 | ACE2 |
210486_at | 锚蛋白重复域和MYND域1 | ANKMY1 |
238439_at | 锚蛋白重复域22 | ANKRD22 |
239196_at | 锚蛋白重复域22 | ANKRD22 |
211712_s_at | 膜联蛋白A9 | ANXA9 |
210873_x_at | 载脂蛋白B mRNA编辑酶,催化多肽样3A | APOBEC3A |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
209546_s_at | 载脂蛋白L,1 | APOL1 |
221653_x_at | 载脂蛋白L,2 | APOL2 |
221087_s_at | 载脂蛋白L,3 | APOL3 |
1555600_s_at | 载脂蛋白L,4 | APOL4 |
223801_s_at | 载脂蛋白L,4 | APOL4 |
219716_at | 载脂蛋白L,6 | APOL6 |
241869_at | 载脂蛋白L,6 | APOL6 |
221241_s_at | 凋亡调节子BCL-G | BCLG |
204446_s_at | 花生四烯酸5-脂氧合酶 | ALOX5 |
214366_s_at | 花生四烯酸5-脂氧合酶 | ALOX5 |
204445_s_at | 花生四烯酸5-脂氧合酶 | ALOX5 |
213952_s_at | 花生四烯酸5-脂氧合酶 | ALOX5 |
238878_at | 无芒相关同源框 | ARX |
223794_at | 含犰狳蛋白重复4 | ARMC4 |
205969_at | 芳香乙酰胺脱乙酰基酶(酯酶) | AADAC |
215407_s_at | 星形肌动蛋白2 | ASTN2 |
213138_at | AT富含结合结构域5A(MRF1样) | ARID5A |
232265_at | 失调蛋白ataxin7样1 | ATXN7L1 |
237400_at | ATP合酶,H+转运,线粒体F0复合物,亚基s(因子B) | ATP5S |
239859_x_at | ATP合酶,H+转运,线粒体F0复合物,亚基s(因子B) | ATP5S |
214255_at | ATP酶,V类,10A型 | ATP10A |
207583_at | ATP结合盒,亚家族D(ALD),成员2 | ABCD2 |
206076_at | B7基因 | B7 |
205662_at | B9蛋白 | EPPB9 |
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209498_at | 癌胚抗原相关细胞粘附分子1 | CEACAM1 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
(胆汁糖蛋白) | ||
211883_x_at | 癌胚抗原相关细胞粘附分子1(胆汁糖蛋白) | CEACAM1 |
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210563_x_at | CASP8和FADD样凋亡调节子 | CFLAR |
209939_x_at | CASP8和FADD样凋亡调节子 | CFLAR |
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239629_at | CASP8和FADD样凋亡调节子 | CFLAR |
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209508_x_at | CASP8和FADD样凋亡调节子 | CFLAR |
211367_s_at | 半胱天冬酶1,凋亡相关半胱氨酸蛋白酶(白介素1,β,转化酶) | CASP1 |
211368_s_at | 半胱天冬酶1,凋亡相关半胱氨酸蛋白酶(白介素1,β,转化酶) | CASP1 |
205467_at | 半胱天冬酶10,凋亡相关半胱氨酸蛋白酶 | CASP10 |
213596_at | 半胱天冬酶4,凋亡相关半胱氨酸蛋白酶 | CASP4 |
209310_s_at | 半胱天冬酶4,凋亡相关半胱氨酸蛋白酶 | CASP4 |
207500_at | 半胱天冬酶5,凋亡相关半胱氨酸蛋白酶 | CASP5 |
207181_s_at | 半胱天冬酶7,凋亡相关半胱氨酸蛋白酶 | CASP7 |
207686_s_at | 半胱天冬酶8,凋亡相关半胱氨酸蛋白酶 | CASP8 |
201432_at | 过氧化氢酶 | CAT |
238363_at | 过氧化氢酶 | CAT |
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227458_at | CD274抗原 | CD274 |
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211075_s_at | CD47抗原(Rh相关抗原,整合素相关的信号转导子) | CD47 |
213857_s_at | CD47抗原(Rh相关抗原,整合素相关的信号转导子) | CD47 |
203507_at | CD68抗原 | CD68 |
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205288_at | CDC14细胞分裂周期14同源物A(酿酒酵母) | CDC14A |
210742_at | CDC14细胞分裂周期14同源物A(酿酒酵母) | CDC14A |
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823_at | 趋化因子(C-X3-C基序)配体1 | CX3CL1 |
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205242_at | 趋化因子(C-X-C基序)配体13(B细胞趋化因子) | CXCL13 |
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203915_at | 趋化因子(C-X-C基序)配体9 | CXCL9 |
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225009_at | 趋化因子样因子超家族4 | CKLFS4 |
209395_at | 壳多糖酶3样1(软骨糖蛋白-39) | CHI3L1 |
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213415_at | 细胞内氯通道2 | CLIC2 |
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206869_at | 软骨粘附素 | CHAD |
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207571_x_at | 染色体1开放读框38 | C1ORF38 |
238453_at | 染色体10开放读框13 | C10ORF13 |
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215692_s_at | 染色体11开放读框8 | C11ORF8 |
237974_at | 染色体14开放读框29 | C14ORF29 |
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225929_s_at | 染色体17开放读框27 | C17ORF27 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
225931_s_at | 染色体17开放读框27 | C17ORF27 |
230000_at | 染色体17开放读框27 | C17ORF27 |
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240232_at | 染色体3开放读框1 | C3ORF1 |
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226603_at | 染色体7开放读框6 | SAMD9L |
230036_at | 染色体7开放读框6 | SAMD9L |
235643_at | 染色体7开放读框6 | SAMD9L |
243271_at | 染色体7开放读框6 | SAMD9L |
218541_s_at | 染色体8开放读框4 | C8ORF4 |
221946_at | 染色体9开放读框116 | C9ORF116 |
59437_at | 染色体9开放读框116 | C9ORF116 |
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1553905_at | 染色体X开放读框22 | CXORF22 |
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228739_at | 纤毛相关蛋白(CYS1) | |
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222549_at | 紧密连接蛋白1 | CLDN1 |
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214598_at | 紧密连接蛋白8 | CLDN8 |
243585_at | 克隆DNA57844ELIP488(UNQ488)mRNA,完全序列 | |
209716_at | 集落刺激因子1(巨噬细胞) | CSF1 |
207442_at | 集落刺激因子3(粒细胞) | CSF3 |
1555229_a_at | 补体组分1,s亚组分 | C1S |
208747_s_at | 补体组分1,s亚组分 | C1S |
209906_at | 补体组分3a受体1 | C3AR1 |
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202284_s_at | 细胞周期素依赖性激酶抑制剂1A(p21,Cipl) | CDKN1A |
210140_at | 胱抑素F(白细胞蛋白) | CST7 |
205081_at | 半胱氨酸富含蛋白1(肠) | CRIP1 |
230866_at | 半胱氨酰白三烯受体1 | CYSLTR1 |
231747_at | 半胱氨酰白三烯受体1 | CYSLTR1 |
203922_s_at | 细胞色素b-245,β多肽(慢性肉芽瘤病) | CYBB |
203923_s_at | 细胞色素b-245,β多肽(慢性肉芽瘤病) | CYBB |
1553434_at | 细胞色素P4504Z2假基因 | CYP4Z2P |
206504_at | 细胞色素P450,家族24,亚家族A,多肽1 | CYP24A1 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
206424_at | 细胞色素P450,家族26,亚家族A,多肽1 | CYP26A1 |
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223961_s_at | 细胞因子诱导含SH2蛋白 | CISH |
231794_at | T-淋巴细胞相关的细胞毒素蛋白4 | CTLA4 |
236341_at | T-淋巴细胞相关的细胞毒素蛋白4 | CTLA4 |
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222793_at | DEAD(天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸)箱多肽58 | DDX58 |
242961_x_at | DEAD(天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸)箱多肽58 | DDX58 |
213420_at | DEAD(天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸/组氨酸)箱多肽57 | DHX57 |
210397_at | 防御素,β1 | DEFB1 |
225415_at | deltex 3样(果蝇属) | DTX3L |
231552_at | DKFZP434C212蛋白 | GAPVD1 |
202887_s_at | DNA损伤诱导转录因子4 | DDIT4 |
1560020_at | DnaJ(Hsp40)同源物,亚家族C,成员13 | DNAJC13 |
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208893_s_at | 双特异性磷酸酶6 | DUSP6 |
1565337_at | 动力蛋白,纤毛轴,重链多肽6 | DNAH6 |
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235273_at | 诵读困难易感1候选基因1 | DYX1C1 |
1562921_at | E1A结合蛋白质p300 | EP300 |
220624_s_at | E74样因子5(ets结构域转录因子) | ELF5 |
205249_at | 早期生长反应因子2(Krox-20同源物,果蝇属) | EGR2 |
209392_at | 外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶2(自毒素) | ENPP2 |
210839_s_at | 外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶2(自毒素) | ENPP2 |
201842_s_at | 含EGF的纤连蛋白样细胞外基质蛋白1 | EFEMP1 |
207111_at | 含egf样模块,粘液样,激素受体样1 | EMR1 |
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244660_at | ELAV(胚胎致死,异常视力,果蝇属)样1(Hu抗原R) | ELAVL1 |
227180_at | ELOVL家族成员7,长链脂肪酸延长因子(酵母) | ELOVL7 |
204858_s_at | 内皮细胞生长因子1(血小板源性) | ECGF1 |
217497_at | 内皮细胞生长因子1(血小板源性) | ECGF1 |
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227609_at | 上皮基质结合因子1(胸) | EPSTI1 |
239979_at | 上皮基质结合因子1(胸) | EPSTI1 |
235276_at | 上皮基质结合因子1(胸) | EPSTI1 |
222646_s_at | ERO1样(酿酒酵母) | ERO1L |
206710_s_at | 红细胞膜带4.1蛋白样3 | EPB41L3 |
212681_at | 红细胞膜带4.1蛋白样3 | EPB41L3 |
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221680_s_at | ets基因变型7(TEL2癌基因) | ETV7 |
224225_s_at | ets基因变型7(TEL2癌基因) | ETV7 |
204211_x_at | 真核翻译启动因子2-α激酶2 | EIF2AK2 |
223533_at | 脂肪细胞分化因子158 | LRRC8C |
1554547_at | 序列相似家族13,成员C1 | FAM13C1 |
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204780_s_at | Fas(TNF受体超家族,成员6) | FAS |
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1554899_s_at | IgE的Fc片段,高亲和力I,受体;γ多肽 | FCER1G |
204232_at | IgE的Fc片段,高亲和力I,受体;γ多肽 | FCER1G |
216950_s_at | IgG的Fc片段,高亲和力Ia,受体(CD64) | FCGR1A |
203561_at | IgG的Fc片段,低亲和力IIa,受体(CD32) | FCGR2A |
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230645_at | 含FERM结构域3 | FRMD3 |
235846_at | 纤维蛋白原沉默子结合蛋白 | RAD54B |
222693_at | 含纤粘蛋白III型结构域3B | FNDC3B |
205237_at | 纤维胶凝蛋白(含胶原/纤维蛋白原结构域)1 | FCN1 |
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215300_s_at | 含黄素单氧化酶5 | FMO5 |
231985_at | 黄素蛋白氧化还原酶MICAL3 | mical3 |
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230741_at | 全长插入cDNA克隆YX74D05 | |
1556190_s_at | 全长插入cDNA克隆ZC64C06 | |
237690_at | G蛋白偶联受体115 | GPR115 |
210473_s_at | G蛋白偶联受体125 | GPR125 |
209631_s_at | G蛋白偶联受体37(内皮素受体B型样) | GPR37 |
223767_at | G蛋白偶联受体84 | GPR84 |
223278_at | 间隙连接蛋白,β2,26kDa(连接蛋白26) | GJB2 |
213685_at | 来自PAC 886K2,染色体1的基因 | |
222102_at | 谷胱甘肽S转移酶A3 | GSTA3 |
204550_x_at | 谷胱甘肽S转移酶M1 | GSTM1 |
204418_x_at | 谷胱甘肽S转移酶M2(肌) | GSTM2 |
204149_s_at | 谷胱甘肽S转移酶M4 | GSTM4 |
227163_at | 谷胱甘肽S转移酶Ω2 | GSTO2 |
203815_at | 谷胱甘肽S转移酶θ1 | GSTT1 |
205164_at | 甘氨酸C-乙酰基转移酶(2-氨基-3-酮丁酸辅酶A连接酶) | GCAT |
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205488_at | 颗粒酶A(颗粒酶1,细胞毒素T-淋巴细胞-相关的丝氨酸酯酶3) | GZMA |
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210321_at | 颗粒酶H(组织蛋白酶G样2,蛋白h-CCPX) | GZMH |
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204115_at | 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白),γ11 | GNG11 |
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202269_x_at | 鸟苷酸结合蛋白1,干扰素诱导性,67kDa | GBP1 |
202270_at | 鸟苷酸结合蛋白1,干扰素诱导性,67kDa | GBP1 |
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231578_at | 鸟苷酸结合蛋白1,干扰素诱导性,67kDa | GBP1 |
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235574_at | 鸟氨酸结合蛋白4 | GBP4 |
229625_at | 鸟苷酸结合蛋白5 | GBP5 |
238581_at | 鸟苷酸结合蛋白5 | GBP5 |
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232790_at | 人,克隆IMAGE:6058191,mRNA | |
1561355_at | 人,类似于心室内表达的肉毒碱缺乏症相关基因1,克隆IMAGE:4837775,mRNA | |
205221_at | 尿黑酸1,2加双氧酶(尿黑酸氧化酶) | HGD |
219865_at | HSPC157蛋白 | HSPC157 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
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223541_at | 透明质酸合酶3 | HAS3 |
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204130_at | 羟基类固醇(11-β)脱氢酶2 | HSD11B2 |
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37590_g_at | 假定蛋白DKFZp547K1113 | DKFZP547K1113 |
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53720_at | 假定蛋白FLJ11286 | FLJ11286 |
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219381_at | 假定蛋白FLJ13231 | FLJ13231 |
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221909_at | 假定蛋白FLJ14627 | FLJ14627 |
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219455_at | 假定蛋白FLJ21062 | FLJ21062 |
219334_s_at | 假定蛋白FLJ22833 | FLJ22833 |
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1554141_s_at | 假定蛋白FLJ23129 | WDR78 |
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230047_at | 假定蛋白FLJ32810 | FLJ32810 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
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1552390_a_at | 假定蛋白FLJ39553 | FLJ39553 |
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1553055_a_at | 假定蛋白MGC19764 | MGC19764 |
235498_at | 假定蛋白MGC22773 | LRRC44 |
228532_at | 假定蛋白MGC24133 | C1ORF162 |
236085_at | 假定蛋白MGC26610 | CAPSL |
1561200_at | 假定蛋白MGC26733 | MGC26733 |
228606_at | 假定蛋白MGC33212 | MGC33212 |
1555007_s_at | 假定蛋白MGC33630 | WDR66 |
229302_at | 假定蛋白MGC33926 | MGC33926 |
1553729_s_at | 假定蛋白MGC35140 | LRRC43 |
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238008_at | 假定蛋白MGC35308 | MGC35308 |
237020_at | 假定蛋白MGC39581 | MGC39581 |
243832_at | 假定蛋白MGC5391 | SFT2D3 |
221477_s_at | 假定蛋白MGC5618 | MGC5618 |
235743_at | 假定蛋白MGC61716 | MTERFD2 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
213038_at | 含IBR结构域3 | IBRDC3 |
36564_at | 含IBR结构域3 | IBRDC3 |
230670_at | 免疫球蛋白超家族,成员10 | IGSF10 |
210029_at | 吲哚胺-吡咯2,3加双氧酶 | INDO |
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1555349_a_at | 整合素,β2(抗原CD18(p95),淋巴细胞功能相关抗原1;巨噬细胞抗原1(mac-1)β亚基) | ITGB2 |
208083_s_at | 整合素,β6 | ITGB6 |
226535_at | 整合素,β6 | ITGB6 |
208084_at | 整合素,β6 | ITGB6 |
202637_s_at | 细胞间粘附分子1(CD54),人鼻病毒受体 | ICAM1 |
202638_s_at | 细胞间粘附分子1(CD54),人鼻病毒受体 | ICAM1 |
215485_s_at | 细胞间粘附分子1(CD54),人鼻病毒受体 | ICAM1 |
201601_x_at | 干扰素诱导跨膜蛋白1(9-27) | IFITM1 |
214022_s_at | 干扰素诱导跨膜蛋白1(9-27) | IFITM1 |
201315_x_at | 干扰素诱导跨膜蛋白2(1-8D) | IFITM2 |
212203_x_at | 干扰素诱导跨膜蛋白3(1-8U) | IFITM3 |
1555464_at | 干扰素诱导解旋酶C结构域1 | IFIH1 |
216020_at | 干扰素诱导解旋酶C结构域1 | IFIH1 |
219209_at | 干扰素诱导解旋酶C结构域1 | IFIH1 |
202531_at | 干扰素调节子1 | IRF1 |
208436_s_at | 干扰素调节子7 | IRF7 |
204057_at | 干扰素调节子8 | IRF8 |
204698_at | 干扰素刺激基因20kDa | ISG20 |
33304_at | 干扰素刺激基因20kDa | ISG20 |
205483_s_at | 干扰素,α诱导蛋白(克隆IFI-15K) | G1P2 |
204415_at | 干扰素,α诱导蛋白(克隆IFI-6-16) | G1P3 |
210354_at | 干扰素,γ | IFNG |
209417_s_at | 干扰素诱导蛋白35 | IFI35 |
214059_at | 干扰素诱导蛋白44 | IFI44 |
214453_s_at | 干扰素诱导蛋白44 | IFI44 |
204439_at | 干扰素诱导蛋白44样 | IFI44L |
203153_at | 干扰素诱导蛋白,含三十四肽重复1 | IFIT1 |
217502_at | 干扰素诱导蛋白,含三十四肽重复2 | IFIT2 |
226757_at | 干扰素诱导蛋白,含三十四肽重复2 | IFIT2 |
204747_at | 干扰素诱导蛋白,含三十四肽重复3 | IFIT3 |
229450_at | 干扰素诱导蛋白,含三十四肽重复3 | IFIT3 |
203595_s_at | 干扰素诱导蛋白,含三十四肽重复5 | IFIT5 |
203596_s_at | 干扰素诱导蛋白,含三十四肽重复5 | IFIT5 |
212657_s_at | 白介素1受体拮抗剂 | IL1RN |
39402_at | 白介素1,β | IL1B |
207433_at | 白介素10 | IL10 |
207375_s_at | 白介素15受体,α | IL15RA |
1555016_at | 白介素16(淋巴细胞趋化因子) | IL16 |
209827_s_at | 白介素16(淋巴细胞趋化因子) | IL16 |
222868_s_at | 白介素18结合蛋白 | IL18BP |
220745_at | 白介素19 | IL19 |
1552609_s_at | 白介素28A(干扰素,λ2) | IL28A |
203828_s_at | 白介素32 | IL32 |
230966_at | 白介素4诱导1 | IL4I1 |
210744_s_at | 白介素5受体,α | IL5RA |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
205207_at | 白介素6(干扰素,β2) | IL6 |
206693_at | 白介素7 | IL7 |
241808_at | 白介素7 | IL7 |
226218_at | 白介素7受体 | IL7R |
202859_x_at | 白介素8 | IL8 |
211506_s_at | 自介素8 | IL8 |
233290_at | 白介素-1受体相关激酶1结合蛋白1 | IRAK1BP1 |
1554739_at | 促池内A颗粒多肽 | IPP |
236235_at | 痒同源物E3泛素蛋白连接酶(小鼠) | ITCH |
205841_at | Janus激酶2(蛋白酪氨酸激酶) | JAK2 |
205842_s_at | Janus激酶2(蛋白酪氨酸激酶) | JAK2 |
227677_at | Janus激酶3(蛋白酪氨酸激酶,白细胞) | JAK3 |
229294_at | 亲联蛋白3 | JPH3 |
205157_s_at | 角蛋白17 | KRT17 |
209125_at | 角蛋白6A | KRT6C |
204166_at | KIAA0963 | KIAA0963 |
212942_s_at | KIAA1199 | KIAA1199 |
1562648_at | KIAA1212 | KIAA1212 |
234936_s_at | KIAA1345蛋白 | KIAA1345 |
225076_s_at | KIAA1404蛋白 | KIAA1404 |
1569503_at | KIAA1414蛋白 | KIAA1414 |
227409_at | KIAA1443 | KIAA1443 |
222139_at | KIAA1466基因 | KIAA1466 |
241347_at | KIAA1618 | KIAA1618 |
225193_at | KIAA1967 | KIAA1967 |
203934_at | 激酶插入区受体(III型受体酪氨酸激酶) | KDR |
223778_at | 运动蛋白家族成员9 | KIF9 |
228429_x_at | 运动蛋白家族成员9 | KIF9 |
231319_x_at | 运动蛋白家族成员9 | KIF9 |
204385_at | 犬尿氨酸酶(L-犬尿氨酸水解酶) | KYNU |
210663_s_at | 犬尿氨酸酶(L-犬尿氨酸水解酶) | KYNU |
217388_s_at | 犬尿氨酸酶(L-犬尿氨酸水解酶) | KYNU |
205306_x_at | 犬尿氨酸3-单氧酶(犬尿氨酸3-羟化酶) | KMO |
203276_at | 核纤层蛋白B1 | LMNB1 |
217933_s_at | 亮氨酸氨基肽酶3 | LAP3 |
236917_at | 富含亮氨酸重复34 | LRRC34 |
236918_s_at | 富含亮氨酸重复34 | LRRC34 |
220003_at | 富含亮氨酸重复36 | LRRC36 |
205266_at | 白血病抑制因子(胆碱能分化因子) | LIF |
205876_at | 白血病抑制因子受体 | LIFR |
225571_at | 白血病抑制因子受体 | LIFR |
227771_at | 白血病抑制因子受体 | LIFR |
225575_at | 白血病抑制因子受体 | lifr |
210660_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族A(含TM结构域),成员1 | LILRA1 |
211100_x_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族A(含TM结构域),成员2 | LILRA2 |
207104_x_at | 自细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含TM和ITIM结构域),成员1 | LILRB1 |
229937_x_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含TM和ITIM结构域),成员1 | LILRB1 |
207697_x_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含TM和ITIM结构域),成员2 | LILRB2 |
210225_x_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含 | LILRB2 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
TM和ITIM结构域),成员2 | ||
210784_x_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含TM和ITIM结构域),成员2 | LILRB2 |
211135_x_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含TM和ITIM结构域),成员2 | LILRB2 |
208594_x_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含TM和ITIM结构域),成员6 | LILRB3 |
215838_at | 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含TM和ITIM结构域),成员7 | LILRA5 |
210644_s_at | 白细胞偶联Ig样受体1 | LAIR1 |
224806_at | LOC440448 | LOC440448 |
230552_at | LOC440523 | LOC440523 |
239279_at | LOC440702 | LOC440702 |
237585_at | LOC441054 | LOC441054 |
236045_x_at | LOC441801 | LOC441801 |
202067_s_at | 低密度脂蛋白受体(家族性高胆固醇血症) | LDLR |
217173_s_at | 低密度脂蛋白受体(家族性高胆固醇血症) | LDLR |
202068_s_at | 低密度脂蛋白受体(家族性高胆固醇血症) | LDLR |
235126_at | LQK1假定蛋白短型(LQK1)mRNA,完全序列,或者剪接过的序列 | |
220532_s_at | LR8蛋白 | LR8 |
207797_s_at | LRP2结合蛋白 | LRP2BP |
206486_at | 淋巴细胞活化基因3 | LAG3 |
205569_at | 溶酶体相关膜蛋白3 | LAMP3 |
209728_at | 主要组织相容性复合体,II类,DR β4 | HLA-DRB4 |
204475_at | 基质金属蛋白酶1(间质胶原酶) | MMP1 |
204580_at | 基质金属蛋白酶12(巨噬细胞弹性蛋白酶) | MMP12 |
202827_s_at | 基质金属蛋白酶14(插入膜内) | MMP14 |
217279_x_at | 基质金属蛋白酶14(插入膜内) | MMP14 |
203936_s_at | 基质金属蛋白酶9(明胶酶B,92kDa明胶酶,92kDaIV型胶原酶) | MMP9 |
218810_at | MCP-1处理诱导的蛋白 | ZC3H12A |
1552594_at | MDAC1 | MDAC1 |
205655_at | Mdm4,转化过的3T3细胞双微粒体基因4,p53结合蛋白(小鼠) | MDM4 |
241876_at | Mdm4,转化过的3T3细胞双微粒体基因4,p53结合蛋白(小鼠) | MDM4 |
219703_at | 减数分裂特异性核结构蛋白1 | MNS1 |
221369_at | 褪黑激素受体1A | MTNR1A |
219574_at | 膜结合环指(C3HC4)1 | 1-Mar |
229383_at | 膜结合环指(C3HC4)1 | 1-Mar |
219607_s_at | 跨膜4-结构域,亚家族A,成员4 | MS4A4A |
212185_x_at | 金属硫蛋白2A | MT2A |
201761_at | 亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)2,次甲基四氢叶酸环水解酶 | MTHFD2 |
205101_at | MHC II类反式激活因子 | MHC2TA |
226084_at | 微管相关蛋白1B | MAP1B |
228943_at | 微管相关蛋白6 | MAP6 |
1552573_s_at | 镜像多指畸形1 | MIPOL1 |
222528_s_at | 线粒体溶质载体蛋白 | SLC25A37 |
238025_at | 混合系列蛋白激酶样结构域 | MLKL |
204041_at | 单胺氧化酶B | MAOB |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
215731_s_at | M期磷蛋白9 | MPHOSPH9 |
1561272_at | MRNA;cDNA DKFZp313J0134(来自克隆DKFZp313J0134) | |
225812_at | MRNA;cDNA DKFZp586F0922(来自克隆DKFZp586F0922) | |
1568698_at | MRNA;cDNA DKFZp686G0585(来自克隆DKFZp686G0585) | |
238484_s_at | MRNA;克隆CD 43T7 | |
238752_at | MRS2样,镁稳态因子(酿酒酵母) | MRS2L |
222712_s_at | 粘蛋白13,上皮跨膜 | MUC13 |
218687_s_at | 粘蛋白13,上皮跨膜 | MUC13 |
227241_at | 粘蛋白15 | MUC15 |
235740_at | 多种C2结构域,含两个跨膜区域1 | MCTP1 |
213306_at | 多个PDZ结构域蛋白 | MPDZ |
212913_at | mutS同源物5(大肠杆菌) | MSH5 |
200798_x_at | 骨髓细胞白血病序列1(BCL2相关) | MCL1 |
200796_s_at | 骨髓细胞白血病序列1(BCL2相关) | MCL1 |
200797_s_at | 骨髓细胞白血病序列1(BCL2相关) | MCL1 |
202086_at | 黏病毒(流行性感冒病毒)抗性1,干扰素诱导蛋白p78(小鼠) | MX1 |
204994_at | 黏病毒(流行性感冒病毒)抗性2(小鼠) | MX2 |
206418_at | NADPH氧化酶1 | NOX1 |
213915_at | 自然杀伤细胞类7序列 | NKG7 |
1557071_s_at | NEDD8终产物-1 | NYREN18 |
238844_s_at | 肾消耗病1(青少年) | NPHP1 |
1552309_a_at | 结合蛋白(F肌动蛋白结合蛋白) | NEXN |
226103_at | 结合蛋白(F肌动蛋白结合蛋白) | NEXN |
211086_x_at | NIMA(永离有丝分裂基因a)相关激酶1 | NEK1 |
210037_s_at | 一氧化氮合酶2A(诱导性,肝细胞) | NOS2A |
200632_s_at | N-myc下游调节基因1 | NDRG1 |
206197_at | 转移抑制细胞蛋白表达5(二磷酸核苷激酶) | NME5 |
210218_s_at | 核抗原Sp100 | SP100 |
209636_at | B细胞κ轻肽基因增强子核因子2(p49/p100) | NFKB2 |
201502_s_at | B细胞κ轻肽基因增强子核因子抑制因子,α | NFKBIA |
223217_s_at | B细胞κ轻肽基因增强子核因子抑制因子,Z | NFκBIZ |
223218_s_at | B细胞κ轻肽基因增强子核因子抑制因子,Z | NFKBIZ |
241031_at | 核定位因子1 | NLF1 |
225344_at | 核受体辅激活因子7 | NCOA7 |
205729_at | 制瘤素M受体 | OSMR |
226621_at | 制瘤素M受体 | OSMR |
210415_s_at | 精子尾外致密纤维2 | ODF2 |
238575_at | 氧固醇结合蛋白样6 | OSBPL6 |
209230_s_at | p8蛋白(候选转移1) | P8 |
222725_s_at | palmdelphin | PALMD |
1556773_at | 甲状旁腺素样激素 | PTHLH |
206300_s_at | 甲状旁腺素样激素 | PTHLH |
214204_at | PARK2协同调节 | PACRG |
234927_s_at | 含PDZ结构域,X染色体 | FLJ21687 |
236548_at | PDZ结构域蛋白GIPC2 | GIPC2 |
1553589_a_at | PDZK1结合蛋白1 | PDZK1IP1 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
219630_at | PDZK1结合蛋白1 | PDZK1IP1 |
1553681_a_at | 穿孔素1(成孔蛋白) | PRF1 |
214617_at | 穿孔素1(成孔蛋白) | PRF1 |
224210_s_at | 过氧化物膜蛋白4,24kDa | PXMP4 |
228230_at | 过氧化物酶体增殖物激活受体A结合复合物285 | PRIC285 |
232517_s_at | 过氧化物酶体增殖物激活受体A结合复合物285 | PRIC285 |
219195_at | 过氧化物酶体增殖物激活受体,γ,辅激活因子1,α | PPARGC1A |
204285_s_at | 佛波醇-12-十四酸酯-13-乙酸酯-诱导蛋白1 | PMAIP1 |
204286_s_at | 佛波醇-12-十四酸酯-13-乙酸酯-诱导蛋白1 | PMAIP1 |
232553_at | 磷酸二胞苷酰转移酶1,胆碱,β型 | PCYT1B |
239808_at | 磷脂酰肌醇转运蛋白,细胞质1 | PITPNC1 |
1558680_s_at | 磷酸二酯酶1A,钙调蛋白依赖性的 | PDE1A |
231213_at | 磷酸二酯酶1A,钙调蛋白依赖性的 | PDE1A |
226459_at | 磷酸肌醇-3-激酶衔接蛋白1 | PIK3AP1 |
202430_s_at | 磷脂爬行酶1 | PLSCR1 |
202446_s_at | 磷脂爬行酶1 | PLSCR1 |
241916_at | 磷脂爬行酶1 | PLSCR1 |
218901_at | 磷脂爬行酶4 | PLSCR4 |
1558534_at | PI-3-激酶-相关激酶SMG-1样 | DKFZP547E087 |
211924_s_at | 血浆酶原激活因子,尿激酶受体 | PLAUR |
203470_s_at | 普列克底物蛋白(pleckstrin) | PLEK |
203471_s_at | 普列克底物蛋白(pleckstrin) | PLEK |
218613_at | 普列克底物蛋白(pleckstrin)和含Sec7结构域3 | PSD3 |
1557363_a_at | 普列克底物蛋白(pleckstrin)同源结构域结合蛋白 | PHIP |
224701_at | 多聚(ADP-核糖)聚合酶家族,成员14 | PARP14 |
235157_at | 多聚(ADP-核糖)聚合酶家族,成员14 | PARP14 |
223220_s_at | 多聚(ADP-核糖)聚合酶家族,成员9 | PARP9 |
227807_at | 多聚(ADP-核糖)聚合酶家族,成员9 | PARP9 |
225291_at | 多聚核糖核苷酸核苷酸转移酶1 | PNPT1 |
1555167_s_at | 前B细胞克隆增强因子1 | PBEF1 |
207838_x_at | 前B细胞白血病转录因子结合蛋白1 | PBXIP1 |
235229_at | 预测:人类类嗅觉受体2I2(LOC442197),mRNA | |
238531_x_at | 预测:人类类嗅觉受体2I2(LOC442197),mRNA | |
238629_x_at | 预测:人类类嗅觉受体2I2(LOC442197),mRNA | |
231077_at | 预测:人类类RIKEN cDNA 1700009P17(LOC257177),mRNA | |
230044_at | 前原神经肽B | NPB |
227458_at | 细胞程序死亡1配体1 | PDCD111 |
223834_at | 细胞程序死亡1配体1 | PDCD111 |
206503_x_at | 早幼粒细胞白血病 | PML |
209640_at | 早幼粒细胞白血病 | PML |
210362_x_at | 早幼粒细胞白血病 | PML |
211012_s_at | 早幼粒细胞白血病 | PML |
211013_x_at | 早幼粒细胞白血病 | PML |
211588_s_at | 早幼粒细胞白血病 | PML |
235508_at | 早幼粒细胞白血病 | PML |
213652_at | 前蛋白转化酶枯草杆菌蛋白酶/西布曲明5型 | PCSK5 |
204748_at | 前列腺素内过氧化物合酶2(前列腺素G/H | PTGS2 |
合酶和环加氧酶) | ||
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
218083_at | 前列腺素E合酶2 | PTGES2 |
1555097_a_at | 前列腺素F受体(FP) | PTGFR |
207177_at | 前列腺素F受体(FP) | PTGFR |
222277_at | 前列腺胶原三股螺旋 | PCOTH |
226279_at | 蛋白酶,丝氨酸,23 | PRSS23 |
229441_at | 蛋白酶,丝氨酸,23 | PRSS23 |
204211_x_at | 干扰素诱导的双链RNA依赖的蛋白激酶 | PRKR |
237105_at | 蛋白激酶,干扰素诱导的双链RNA依赖的激活因子 | PRKRA |
228620_at | 干扰素诱导的双链RNA依赖的蛋白激酶 | PRKRA |
218273_s_at | 蛋白磷酸酶2C,镁依赖的,催化亚基 | PPM2C |
222572_at | 蛋白磷酸酶2C,镁依赖的,催化亚基 | PPM2C |
207808_s_at | 蛋白S(α) | PROS1 |
1569552_at | 蛋白酪氨酸磷酸酶,非受体型18(脑源) | PTPN18 |
208300_at | 蛋白酪氨酸磷酸酶,受体型,H | PTPRH |
203030_s_at | 蛋白酪氨酸磷酸酶,受体型,N端多肽2 | PTPRN2 |
209323_at | 蛋白激酶,干扰素诱导的双链RNA依赖的抑制剂,阻遏蛋白(P58阻遏蛋白) | PRKRIR |
227289_at | 原钙粘蛋白17 | PCDH17 |
205656_at | 原钙粘蛋白17 | PCDH17 |
227282_at | 原钙粘蛋白19 | PCDH19 |
238117_at | 原卟啉原氧化酶 | PPOX |
204788_s_at | 原卟啉原氧化酶 | ppox |
220005_at | G蛋白偶联的嘌呤能P2Y受体,13 | P2RY13 |
206637_at | G蛋白偶联的嘌呤能P2Y受体,14 | P2RY14 |
1563104_at | RAB11家族结合蛋白3(II类) | RAB11FIP3 |
205925_s_at | RAB3B,RAS癌基因家族成员 | RAB3B |
227123_at | RAB3B,RAS癌基因家族成员 | RAB3B |
239202_at | RAB3B,RAS癌基因家族成员 | RAB3B |
213797_at | 含防御型S腺苷甲硫氨酸结构域2 | RSAD2 |
242625_at | 含防御型S腺苷甲硫氨酸结构域2 | RSAD2 |
226436_at | Ras相关(RalGDS/AF-6)相关区域家族4 | RASSF4 |
209545_s_at | 受体结合丝氨酸苏氨酸激酶2 | RIPK2 |
1555804_a_at | COPD激酶中调节的 | YSK4 |
202988_s_at | G蛋白信号调节子1 | RGS1 |
223691_at | G蛋白信号调节子22 | RGS22 |
220105_at | 横纹肌样瘤删除区域基因1 | RTDR1 |
206526_at | 具有卷曲螺旋的RIB43A结构域2 | RIBC2 |
206111_at | 核糖核酸酶,RNA酶A家族,2(肝脏,嗜酸细胞源神经毒素) | RNASE2 |
242442_x_at | 含RNA(鸟嘌呤-9-)转甲基酶结构域2 | RG9MTD2 |
238763_at | RNA结合基序蛋白20 | RBM20 |
235004_at | RNA结合基序蛋白24 | RBM24 |
223609_at | 精子特异性蛋白1样 | ROPNIL |
220330_s_at | SAM结构域,SH3结构域和核定位信号,1 | SAMSN1 |
213435_at | SATB家族成员2 | SATB2 |
223843_at | 清道夫受体A,成员3 | SCARA3 |
213456_at | 含硬骨素结构域1 | SOSTDC1 |
205241_at | SCO细胞色素氧化酶缺失同系物2(酵母) | SC02 |
216346_at | SEC14样3(酿酒酵母) | SEC14L3 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
240699_at | SEC14样3(酿酒酵母) | SEC14L3 |
213716_s_at | 分泌型和跨膜型1 | SECTM1 |
209875_s_at | 分泌型磷蛋白1(骨桥蛋白,骨涎蛋白I,早期T-淋巴细胞活化1) | SPP1 |
204563_at | 选择素L(淋巴细胞粘附分子1) | SELL |
228869_at | 选择素配体结合因子细胞质-1 | SLIC1 |
231669_at | 硒蛋白P,血浆,1 | SEPP1 |
217977_at | 硒蛋白X,1 | SEPX1 |
215028_at | sema结构域,跨膜结构域(TM),和细胞质结构域,(信号素)6A | SEMA6A |
225660_at | sema结构域,跨膜结构域(TM),和细胞质结构域,(信号素)6A | SEMA6A |
223567_at | sema结构域,跨膜结构域(TM),和细胞质结构域,(信号素)6B | SEMA6B |
202376_at | 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,进化枝A(α-1抗蛋白酶,抗胰蛋白酶),成员3 | SERPINA3 |
212268_at | 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,进化枝B(卵清蛋白),成员1 | SERPINB1 |
239213_at | 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,进化枝B(卵清蛋白),成员1 | SERPINB1 |
1552463_at | 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,进化枝B(卵清蛋白),成员11 | SERPINB11 |
1563357_at | 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,进化枝B(卵清蛋白),成员9 | SERPINB9 |
209723_at | 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,进化枝B(卵清蛋白),成员9 | SERPINB9 |
242814_at | 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,进化枝B(卵清蛋白),成员9 | SERPINB9 |
200986_at | 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,进化枝G(C1抑制剂),成员1,(遗传性血管性水肿) | SERPING1 |
206319_s_at | 丝氨酸蛋白酶抑制剂样,具有Kunitz和WAP结构域1(eppin) | SPINLW1 |
228035_at | 丝氨酸/苏氨酸激酶33 | STK33 |
208607_s_at | 血清淀粉样蛋白A1 | SAA1 |
214456_x_at | 血清淀粉样蛋白A1 | SAA1 |
207096_at | 血清淀粉样蛋白A4,组成型 | SAA4 |
222717_at | 血清剥夺反应相关蛋白(磷脂酰丝氨酸结合蛋白) | SDPR |
44673_at | 唾液酸粘附蛋白 | SN |
208322_s_at | 唾液酸转移酶4A(β-半乳糖苷α-2,3-唾液酸转移酶) | SIAT4A |
209969_s_at | 信号转导子和转录激活因子1,91kDa | STAT1 |
232375_at | 信号转导子和转录激活因子1,91kDa | STAT1 |
205170_at | 信号转导子和转录激活因子2,113kDa | STAT2 |
217199_s_at | 信号转导子和转录激活因子2,113kDa | STAT2 |
225636_at | 信号转导子和转录激活因子2,113kDa | STAT2 |
206181_at | 淋巴细胞信号激活分子家族成员1 | SLAMF1 |
1559760_at | 类锚蛋白重复域20A | LOC442146 |
226612_at | 类CG4502-PA | FLJ25076 |
231044_at | 类CG5435-PA | LOC127003 |
1560118_at | 类富含半胱氨酸和组氨酸结构域(CHORD),锌结合蛋白1 | LOC388943 |
1554609_at | 类细胞色素c,体细胞 | MGC12965 |
230314_at | 类假定蛋白628 | LOC440424 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
239150_at | 类假定蛋白A430083B19 | LOC132203 |
231923_at | 类假定蛋白LOC231503 | LOC441027 |
230033_at | 来自短尾猿的类假定睾丸蛋白 | LOC352909 |
241912_at | 类假定锌指蛋白KIAA1956 | LOC400721 |
240287_at | 类免疫响应基因1 | LOC341720 |
1570541_s_at | 类干扰素诱导的鸟苷酸结合蛋白1(GTP结合蛋白1)(鸟嘌呤核苷酸结合蛋白1)(HuGBP-1) | LOC400759 |
216565_x_at | 类干扰素诱导的跨膜蛋白3(干扰素诱导的蛋白1-8U) | LOC391020 |
236666_s_at | 类富含亮氨酸重复序列10 | LOC390205 |
227522_at | 类小鼠2310016A09Rik基因 | LOC134147 |
230615_at | 类Numb结合同源物基因 | LOC405753 |
237291_at | 类RIKEN cDNA 2010316F05 | LOC344405 |
227628_at | 类RIKEN cDNA 2310016C16 | LOC493869 |
242555_at | 类RIKEN cDNA 4921524J17 | LOC388272 |
222068_s_at | 类RIKEN cDNA 4930457P18 | LRRC50 |
228362_s_at | 类RIKEN cDNA A630077B13基因;RIKEN cDNA2810048G17 | LOC441168 |
229390_at | 类RIKEN cDNAA630077B13基因;RIKEN cDNA2810048G17 | LOC441168 |
229391_s_at | 类RIKEN cDNA A630077B13基因;RIKEN cDNA2810048G17 | LOC441168 |
230591_at | 类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PLK1(Polo样激酶1)(PLK-1)(丝氨酸苏氨酸蛋白激酶13)(STPK13) | LOC441777 |
1559681_a_at | 类含三重基序区16;雌激素响应B盒蛋白 | LOC147166 |
244551_at | 类锌指蛋白92(HTF12) | LOC442699 |
219159_s_at | SLAM家族成员7 | SLAMF7 |
222838_at | SLAM家族成员7 | SLAMF7 |
234306_s_at | SLAM家族成员7 | SLAMF7 |
219386_s_at | SLAM家族成员8 | SLAMF8 |
232547_at | SNAP25结合蛋白 | SNIP |
241436_at | 钠离子无电位门控通道1,γ | SCNN1G |
243713_at | 溶质载体家族1(神经元/上皮高亲和力谷氨酸转运蛋白,体系Xag),成员1 | SLC1A1 |
219593_at | 溶质载体家族15,成员3 | SLC15A3 |
1557918_s_at | 溶质载体家族16(羧酸转运蛋白),成员1 | SLC16A1 |
202236_s_at | 溶质载体家族16(羧酸转运蛋白),成员1 | SLC16A1 |
209900_s_at | 溶质载体家族16(羧酸转运蛋白),成员1 | SLC16A1 |
202497_x_at | 溶质载体家族2(促葡萄糖转运蛋白),成员3 | SLC2A3 |
216236_s_at | 溶质载体家族2(促葡萄糖转运蛋白),成员3 | SLC2A14 |
1554161_at | 溶质载体家族25,成员27 | SLC25A27 |
1560705_at | 溶质载体家族25,成员28 | SLC25A28 |
221432_s_at | 溶质载体家族25,成员28 | SLC25A28 |
223192_at | 溶质载体家族25,成员28 | SLC25A28 |
206529_x_at | 溶质载体家族26,成员4 | SLC26A4 |
232277_at | 溶质载体家族28(钠偶联核苷转运蛋白),成员3 | SLC28A3 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
204204_at | 溶质载体家族31(铜转运蛋白),成员2 | SLC31A2 |
206628_at | 溶质载体家族5(钠/葡萄糖共转运蛋白),成员1 | SLC5A1 |
210854_x_at | 溶质载体家族6(神经传递素转运蛋白,肌氨酸),成员8 | SLC6A8 |
213843_x_at | 溶质载体家族6(神经传递素转运蛋白,肌氨酸),成员8 | SLC6A8 |
237058_x_at | 溶质载体家族6(神经传递素转运蛋白,GABA),成员13 | SLC6A13 |
219614_s_at | 溶质载体家族6(脯氨酸亚氨基转运蛋白),成员20 | SLC6A20 |
225516_at | 溶质载体家族7(阳离子氨基酸转运蛋白,y+体系),成员2 | SLC7A2 |
1561615_s_at | 溶质载体家族8(钠/钙交换蛋白),成员1 | SLC8A1 |
1554988_at | 溶质载体家族9,11型 | SLC9A11 |
218404_at | 分选连接蛋白10 | SNX10 |
208012_x_at | SP110核体蛋白 | SP110 |
208392_x_at | SP110核体蛋白 | SP110 |
209761_s_at | SP110核体蛋白 | SP110 |
209762_x_at | SP110核体蛋白 | SP110 |
223980_s_at | SP110核体蛋白 | SP110 |
210033_s_at | 精子结合抗原6 | SPAG6 |
206815_at | 精子结合抗原8 | SPAG8 |
205406_s_at | 精子自身抗原蛋白17 | SPA17 |
233251_at | 精子细胞核周的RNA结合蛋白 | STRBP |
233252_s_at | 精子细胞核周的RNA结合蛋白 | STRBP |
244439_at | sprouty相关的,含EVH1结构域1 | SPRED1 |
204595_s_at | 斯钙素1 | STC1 |
204596_s_at | 斯钙素1 | STC1 |
204597_x_at | 斯钙素1 | STC1 |
230746_s_at | 斯钙素1 | STC1 |
213820_s_at | 含START结构域5 | STARD5 |
1554923_at | 含不育α基序结构域6 | SAMD6 |
219691_at | 含不育α基序结构域9 | SAMD9 |
228531_at | 含不育α基序结构域9 | SAMD9 |
218800_at | 甾体5α-还原酶2样 | SRD5A2L |
225241_at | 甾体敏感基因1 | URB |
225242_s_at | 甾体敏感基因1 | URB |
243864_at | 甾体敏感基因1 | URB |
203767_s_at | 甾体硫酸酯酶(微粒体),芳香基硫酸酯酶C,同功酶S | STS |
203770_s_at | 甾体硫酸酯酶(微粒体),芳香基硫酸酯酶C,同功酶S | STS |
243543_at | 甾醇-C4-甲基氧化酶样 | SC4MOL |
1553794_at | stomatin蛋白(EPB72)样3 | STOML3 |
1553202_at | 鹳头盒1 | STOX1 |
229378_at | 鹳头盒1 | STOX1 |
223939_at | 琥珀酸受体1 | SUCNR1 |
1553030_a_at | 亚硫酸盐氧化酶 | SUOX |
219934_s_at | 硫酸转移酶家族1E,雌激素优选的,成员1 | SULT1E1 |
222940_at | 硫酸转移酶家族1E,雌激素优选的,成员1 | SULT1E1 |
215078_at | 过氧化物歧化酶2,线粒体 | SOD2 |
215223_s_at | 过氧化物歧化酶2,线粒体 | SOD2 |
216841_s_at | 过氧化物歧化酶2,线粒体 | SOD2 |
221477_s_at | 过氧化物歧化酶2,线粒体 | SOD2 |
209999_x_at | 细胞因子信号抑制子1 | SOCS1 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
210001_s_at | 细胞因子信号抑制子1 | SOCS1 |
213337_s_at | 细胞因子信号抑制子1 | SOCS1 |
203372_s_at | 细胞因子信号抑制子2 | SOCS2 |
203373_at | 细胞因子信号抑制子2 | SOCS2 |
206359_at | 细胞因子信号抑制子3 | SOCS3 |
206360_s_at | 细胞因子信号抑制子3 | SOCS3 |
227697_at | 细胞因子信号抑制子3 | SOCS3 |
210190_at | 突触融合蛋白11 | STX11 |
1569566_at | TBC1(tre-2/USP6,BUB2,cdc16)结构域家族,成员1 | TBC1D1 |
204526_s_at | TBC1结构域家族,成员8(具有GRAM结构域) | TBC1D8 |
1556318_s_at | TBP结合蛋白 | CAND1 |
1552542_s_at | T-细胞活化GTP酶活化蛋白 | TAGAP |
229723_at | T-细胞活化GTP酶活化蛋白 | TAGAP |
234050_at | T-细胞活化GTP酶活化蛋白 | TAGAP |
242388_x_at | T-细胞活化GTP酶活化蛋白 | TAGAP |
201645_at | 肌腱蛋白C(肌腱抗原) | TNC |
216005_at | 肌腱蛋白C(肌腱抗原) | TNC |
218864_at | 张力蛋白 | TNS1 |
1566606_a_at | 睾丸表达基因9 | TEX9 |
237057_at | 睾丸特异性,10 | TSGA10 |
203824_at | 四次跨膜蛋白8 | TSPAN8 |
244571_s_at | 三十四肽重复结构域12 | TTC12 |
244190_at | 含THAP结构域5 | THAP5 |
201666_at | 金属蛋白酶组织抑制剂1(红系增能活性,胶原酶抑制剂) | TIMP1 |
220655_at | TNFAIP3结合蛋白3 | TNIP3 |
204924_at | toll样受体2 | TLR2 |
1552798_a_at | toll样受体4 | TLR4 |
224341_x_at | toll样受体4 | TLR4 |
229560_at | toll样受体8 | TLR8 |
209593_s_at | 扭转蛋白家族1,成员B(扭转蛋白B) | TOR1B |
236833_at | 扭转蛋白家族2,成员A | TTC16 |
226117_at | 具有双头结构域的TRAF结合蛋白 | TIFA |
228941_at | 转录位点 | |
229278_at | 转录位点 | |
229869_at | 转录位点 | |
230406_at | 转录位点 | |
231181_at | 转录位点 | |
235670_at | 转录位点 | |
236198_at | 转录位点 | |
236203_at | 转录位点 | |
236256_at | 转录位点 | |
237573_at | 转录位点 | |
238392_at | 转录位点 | |
239582_at | 转录位点 | |
240013_at | 转录位点 | |
240183_at | 转录位点 |
240422_at | 转录位点 | |
241371_at | 转录位点 | |
241853_at | 转录位点 | |
243063_at | 转录位点 | |
243379_at | 转录位点 | |
243754_at | 转录位点 | |
244116_at | 转录位点 | |
244313_at | 转录位点 | |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
235892_at | 转录位点,适度相似于XP_510261.1的类γ-微管蛋白复合物组分5(GCP-5)[黑猩猩] | |
229641_at | 转录位点,适度相似于XP_517655.1的类KIAA0825蛋白[黑猩猩] | |
230269_at | 转录位点,非常相似于NP_001186.1的珠状纤维结构蛋白1,晶状体丝蛋白[人类] | |
235428_at | 转录位点,非常相似于XP_511361.1的类核糖体蛋白L23a;60S核糖体蛋白L23a;cDNA序列BC029892[黑猩猩] | |
229843_at | 转录位点,非常相似于XP_519844.1的类CGI-90蛋白[黑猩猩] | |
240182_at | 转录位点,非常相似于XP_531023.1LOC463393[黑猩猩] | |
230927_at | 转录位点,弱相似于NP_694983.1DHHC-包含蛋白20[人类] | |
235949_at | 转录位点,弱相似于NP_775735.11(3)mbt样4(果蝇属)[人类] | |
238725_at | 转录位点,弱相似于XP_496299.1假定蛋白LOC148206[人类] | |
235247_at | 转录因子CP2样3 | TFCP2L3 |
232116_at | 转录因子CP2样4 | TFCP2L4 |
206715_at | 转录因子EC | TFEC |
232383_at | 转录因子EC | TFEC |
201042_at | 转谷氨酰胺酶2(C多肽,蛋白-谷氨酰胺-γ-谷氨酰转肽酶) | TGM2 |
211573_x_at | 转谷氨酰胺酶2(C多肽,蛋白-谷氨酰胺-γ-谷氨酰转肽酶) | TGM2 |
1554485_s_at | 跨膜蛋白37 | TMEM37 |
227190_at | 跨膜蛋白37 | TMEM37 |
217875_s_at | 跨膜,前列腺雄性激素诱导RNA | TMEPAI |
202307_s_at | 转运蛋白1,ATP-结合盒,亚家族B(MDR/TAP) | TAP1 |
204770_at | 转运蛋白2,ATP-结合盒,亚家族B(MDR/TAP) | TAP2 |
225973_at | 转运蛋白2,ATP-结合盒,亚家族B(MDR/TAP) | TAP2 |
202478_at | 毛球族同源物2(果蝇属) | TRIB2 |
202479_s_at | 毛球族同源物2(果蝇属) | TRIB2 |
36742_at | 含三联基序15 | TRIM15 |
213293_s_at | 含三联基序22 | TRIM22 |
213884_s_at | 含三联基序3 | TRIM3 |
208170_s_at | 含三联基序31 | TRIM31 |
215444_s_at | 含三联基序31 | TRIM31 |
210705_s_at | 含三联基序5 | TRIM5 |
200628_s_at | 色氨酸-tRNA合成酶 | WARS |
200629_at | 色氨酸-tRNA合成酶 | WARS |
228882_at | 桶状同源物(小鼠) | TUB |
207490_at | 微管蛋白,α4 | TUBA4 |
223501_at | 肿瘤坏死因子(配体)超家族,成员13b | TNFSF13B |
223502_s_at | 肿瘤坏死因子(配体)超家族,成员13b | TNFSF13B |
1552648_a_at | 肿瘤坏死因子受体超家族,成员10a | TNFRSF10A |
231775_at | 肿瘤坏死因子受体超家族,成员10a | TNFRSF10A |
218368_s_at | 肿瘤坏死因子受体超家族,成员12A | TNFRSF12A |
203508_at | 肿瘤坏死因子受体超家族,成员1B | TNFRSF1B |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
207536_s_at | 肿瘤坏死因子受体超家族,成员9 | TNFRSF9 |
202510_s_at | 肿瘤坏死因子,α诱导蛋白2 | TNFAIP2 |
206026_s_at | 肿瘤坏死因子,α诱导蛋白6 | TNFAIP6 |
220804_s_at | 肿瘤蛋白p73 | TP73 |
232770_at | 肿瘤抑制子候选3 | TUSC3 |
205890_s_at | 泛素D | UBD |
219211_at | 泛素特异性蛋白酶18 | USP18 |
207213_s_at | 泛素特异性蛋白酶2 | USP2 |
1562738_a_at | 泛素特异性蛋白酶3 | USP3 |
237247_at | 泛素特异性蛋白酶51 | USP51 |
201649_at | 泛素结合酶E2L6 | UBE2L6 |
238657_at | 含UBX结构域3 | UBXD3 |
203868_s_at | 血管细胞粘附分子1 | VCAM1 |
204929_s_at | 囊泡相关膜蛋白5(肌短蛋白) | VAMP5 |
203798_s_at | 视锥蛋白样1 | VSNL1 |
1566324_a_at | v-maf肌腱膜纤维肉瘤致癌因子同系物(禽) | MAF |
218559_s_at | v-maf肌腱膜纤维肉瘤致癌因子同系物B(禽) | MAFB |
222670_s_at | v-maf肌腱膜纤维肉瘤致癌因子同系物B(禽) | MAFB |
36711_at | v-maf肌腱膜纤维肉瘤致癌因子同系物F(禽) | MAFF |
205205_at | v-rel网状内皮组织增殖病毒致癌基因同源物B,B细胞κ轻肽基因增强子核因子3(禽) | RELB |
1557132_at | WD重复结构域17 | WDR17 |
225898_at | WD重复结构域54 | WDR54 |
204712_at | WNT抑制因子1 | WIF1 |
210301_at | 黄嘌呤脱氢酶 | XDH |
241994_at | 黄嘌呤脱氢酶 | XDH |
206133_at | XIAP相关因子-1 | BIRC4BP |
228617_at | XIAP相关因子-1 | BIRC4BP |
242234_at | XIAP相关因子-1 | BIRC4BP |
241588_at | 含YTH结构域2 | YTHDC2 |
242020_s_at | Z-DNA结合蛋白1 | ZBP1 |
220104_at | 锌指抗病毒蛋白 | ZAP |
213051at | 锌指抗病毒蛋白 | ZAP |
225634_at | 锌指抗病毒蛋白 | ZAP |
218543_s_at | 含锌指CCCH型结构域1 | PARP12 |
220104_at | 锌指CCCH型,抗病毒1 | ZC3HAV1 |
203603_s_at | 锌指同源盒1b | ZFHX1B |
229848_at | 锌指蛋白质10(KOX 1) | ZNF10 |
235366_at | 锌指蛋白10(KOX 1) | ZNF10 |
229848_at | 锌指蛋白10(KOX 1) | ZNF10 |
1567031_at | 锌指蛋白160 | ZNF160 |
220497_at | 锌指蛋白214 | ZNF214 |
226754_at | 锌指蛋白251 | ZNF251 |
1565614_at | 锌指蛋白337 | ZNF337 |
201531_at | 锌指蛋白36,C3H型,同源物(小鼠) | ZFP36 |
238454_at | 锌指蛋白540 | ZNF540 |
1562282_at | 锌指蛋白568 | ZNF568 |
1553696_s_at | 锌指蛋白569 | ZNF569 |
228093_at | 锌指蛋白599 | ZNF599 |
222816_s_at | 含锌指CCHC结构域2 | ZCCHC2 |
转录物ID | 名称 | 首字母缩写 |
1552557_a_at | 含锌指DHHC结构域15 | ZDHHC15 |
205714_s_at | 含锌指MYND结构域10 | ZMYND10 |
216663_s_at | 含锌指MYND结构域10 | ZMYND10 |
1553454_at | ||
1556003_a_at | ||
1556216_s_at | ||
1557012_a_at | ||
1557236_at | ||
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1557617_at | ||
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1561882_at | ||
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1564656_at | ||
201422_at | ||
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214511_x_at | ||
214712_at | ||
216834_at | ||
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227361_at | ||
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229437_at | ||
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234517_at | ||
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235456_at | ||
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235681_at | ||
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239302_s_at | ||
239896_at |
241710_at | ||
241857_at | ||
242007_at | ||
242620_at | ||
243803_at | ||
244045_at | ||
244383_at |
表II:蛋白、受体、酶、蛋白产物、蛋白产物受体和表达调节子的种
类的实施例列表
功能种类 | 实施例 |
抗氧化蛋白 | 一氧化氮合酶、泛素、PARK2、过氧化氢酶、原卟啉原氧化酶、亚硫酸盐氧化酶、过氧化物歧化酶2、谷胱甘肽S-转移酶、过氧化物歧化酶2、SOD、谷胱甘肽过氧化物酶 |
抗病毒 | 2′,5′-寡腺苷酸合成酶、蝰蛇毒素、磷脂爬行酶1、腺苷脱氨酶、ACE2、颗粒酶A、B和H、GBP1-5、干扰素刺激基因、白血病抑制因子受体、白血病抑制因子、干扰素诱导的双链RNA依赖的(PRKR)蛋白激酶、锌指抗病毒蛋白、锌指蛋白10、DDX58 |
细胞凋亡 | BCL-2、BCL-G、钙激活蛋白酶、CASP1-10、Fas、Fas配体、PMAIP1、BCL2-拮抗剂/杀伤剂1、CASP8和FADD样细胞凋亡调节子、MCL1、细胞程序死亡配体 |
细胞粘附 | 碳水化合物硫酸基转移酶、CEACAM1、钙粘素、C型凝集素、接触蛋白、纤维胶凝蛋白、整合素、ICAM1、肌腱蛋白、四次跨膜蛋白、唾液酸粘附蛋白、选择素、上皮基质结合因子1(EPSTI1)、透明质酸合酶2、原钙粘蛋白17、分泌型磷蛋白1、淋巴细胞粘附分子1、TIMP1、VCAM1 |
细胞表面分子(分化簇) | CD163、CD274、CD36、CD47、CD68、CD69、CD7、CD80、CD83、CD84、CD86 |
细胞溶解 | 颗粒溶素、颗粒酶A、B&H、SLAM家族成员(SLAMF7&SLAMF8)、突触融合蛋白、穿孔素 |
趋化性 | CCL2、CCL3L1、CCL5、CCL8、CCL18、CCL19、XCL1、XCL2、CCL20、CXCL1、CX3CL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13、CXCL14、MCP-1、趋化因子样因子超家族3&4、IP-10、 |
趋化因子受体 | CCR1、CCR2、CCR3,CCR5、CCRL2、CXCR3、CXCR4、CX3CR1、XCR1 |
结缔组织 | 纤粘蛋白,胶原 |
细胞因子受体 | 白血病抑制因子受体,制瘤素M受体 |
细胞因子 | 肿瘤坏死因子(TNF)、IL1、IL12、I型干扰素I(IFN-a、IFN-b)、IL10、IL6、IL15、IL18、干扰素-g(IFN-g))、IL19、IL-4、IL5、转化生长因子-b(TGF-b)、淋巴毒素(LT)、IL13、CSFs、IL-28A、IL32、IL5R、IL7、IL1ra、IL-8、胱抑素、防御素、SOCS1-3、TAGAP |
细胞骨架和Mobility | 钙激活蛋白酶、细胞周期素依赖性激酶抑制剂、自毒素、动力蛋白、细丝蛋白、角蛋白、微管蛋白、stomatin蛋白、张力蛋白、四次跨膜蛋白、核纤层蛋白、微管相关蛋白、结合蛋白、palmdelphin、血浆酶原激活因子、 |
DNA复制 | DNA解旋酶B |
内皮细胞促有丝分裂原 | PD-ECGF1 |
细胞外基质 | EFEMP1、透明质酸合酶、HAPLN3、TIMP1、基质金属蛋白酶(MMP)、 |
G蛋白偶联受体 | α-&β-肾上腺素受体、琥珀酸受体、嘌呤能受体、内皮素受体A型、前列腺素F受体 |
间隙连接蛋白 | 连接蛋白、亲联蛋白、紧密连接蛋白、钙粘蛋白 |
免疫球蛋白受体 | 白细胞关联Ig-样受体 |
免疫球蛋白 | IgE和IgG的Fc片段 |
炎症蛋白 | 花生四烯酸5-脂氧合酶、COX、LOX、MMP、TACE、ICE、透明质酸酶、诱导型一氧化氮合酶、前列腺素、白三烯 |
功能种类 | 实施例 |
干扰素诱导蛋白 | 干扰素诱导跨膜蛋白(IFITM1-IFITM3)、含三十四肽重复的干扰素诱导蛋白(IFIT1-IFIT5)、IFI35、IFI44、IFI44L、MX1、MX2、GBP1-GBP5、IFIH-1 |
脂质结合蛋白 | 载脂蛋白1至6、血清淀粉样蛋白、LRP2结合蛋白 |
粘液素样激素受体 | EMR1,EMR2 |
粘液素 | MUC13,MUC15,唾液酸转移酶4A |
RIG样受体 | IFIH-1,DDX58 |
RNA代谢 | 外切核酸酶,核糖核酸酶 |
信号转导 | JAKs、STAT1、STAT2、NFkB、磷酸二酯酶、腺苷酸环化酶、双特异性磷酸酶、stomatin蛋白、丝氨酸苏氨酸激酶、RIPK2、酪氨酸磷酸酶、Janus激酶、RGS1、RGS22、磷酸二酯酶、鸟苷酸结合蛋白(GBP)、GTP酶 |
TNF受体 | 肿瘤坏死因子受体超家族 |
Toll样受体 | TLR2、TLR4、TLR8 |
转录因子 | CREB、E1A结合蛋白、ETS结构域转录因子、FOSL1、EIF2AK2、干扰素调节子(IRF1、IRF7、IRF8)、TBP结合蛋白、TIFA、转录因子EC、转录因子CP2样 |
转运蛋白和通道 | CLIC2、CLIC4、钠通道、锚蛋白、钙通道β-3亚基、ATP结合盒、ATP酶、溶质载体家族蛋白、TAP2、TAP1 |
血管内平衡 | 内皮素、内皮素受体A型 |
病毒受体 | ICAM1(人RV受体) |
Claims (36)
1.一种用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,所述方法包括:
a.使至少一种化合物接触靶,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、表I基因的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;
b.确定所述化合物是否与所述靶结合;以及
c.鉴定那些与所述靶结合的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
2.如权利要求1所述的方法,所述方法包括至少两种化合物。
3.一种用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,所述方法包括:
a.使至少一种化合物接触包含靶的鼻病毒感染模型体系,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、表I基因的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;
b.进一步确定所述化合物是否调节鼻病毒感染模型体系中的鼻病毒感染;以及
c.鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节鼻病毒感染的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
4.如权利要求3所述的方法,所述方法包括至少两种化合物。
5.如权利要求1所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求1的步骤(c)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节所述哺乳动物的鼻病毒感染,其中调节所述哺乳动物鼻病毒感染的化合物被鉴定为用于体内调节鼻病毒感染的化合物。
6.如权利要求1所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求1的步骤(c)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节对所述哺乳动物的鼻病毒感染的响应,其中调节对所述哺乳动物鼻病毒感染的响应的化合物被鉴定为用于体内调节鼻病毒感染的化合物。
7.如权利要求3所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求3的步骤(c)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节所述哺乳动物的鼻病毒感染,其中调节所述哺乳动物鼻病毒感染的化合物被鉴定为用于体内调节鼻病毒感染的化合物。
8.一种用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,所述方法包括:
a.使至少一种化合物接触包含靶的鼻病毒感染模型体系,所述靶选自下列:表I中鉴定的基因、由表I基因编码的蛋白、表I基因的表达调节子、由表I基因编码的蛋白受体、由表I基因编码的蛋白产物、由表I基因编码的蛋白产物的受体、以及它们的组合;
b.进一步确定所述化合物是否在鼻病毒感染模型体系中调节对鼻病毒感染的响应;以及
c.鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节对鼻病毒感染响应的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
9.如权利要求8所述的方法,所述方法包括至少两种化合物。
10.如权利要求8所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求8的步骤(c)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节对所述哺乳动物的鼻病毒感染的响应,其中调节对所述哺乳动物鼻病毒感染的响应的化合物被鉴定为用于体内调节鼻病毒感染的化合物。
11.一种用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法:
a.使至少一种化合物接触表达由表I基因编码和由表II中鉴定的蛋白的细胞群;
b.确定并比较接触所述化合物的所述细胞群中的蛋白活性水平与不接触所述化合物的所述细胞群中的蛋白活性水平;以及
c.鉴定那些与不接触所述化合物的所述细胞群中的蛋白活性相比,在接触所述化合物的所述细胞群中调节蛋白活性的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
12.如权利要求11所述的方法,所述方法还包括:
d.进一步确定在权利要求11的步骤(c)中鉴定的所述化合物是否调节鼻病毒感染模型体系中的鼻病毒感染;以及
e.鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节鼻病毒感染的化合物用于为调节鼻病毒感染的化合物。
13.如权利要求11所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求11的步骤(c)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节所述哺乳动物的鼻病毒感染,其中调节所述哺乳动物鼻病毒感染的化合物被鉴定为用于调节鼻病毒感染的化合物。
14.如权利要求12所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求12的步骤(e)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节所述哺乳动物的鼻病毒感染,其中调节所述哺乳动物鼻病毒感染的化合物被鉴定为用于调节鼻病毒感染的化合物。
15.一种用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,所述方法包括:
a.使至少一种化合物接触表达由表I基因编码和由表II中鉴定的蛋白的细胞群;
b.确定并比较接触所述化合物的所述细胞群中的蛋白表达水平与不接触所述化合物的所述细胞群中的蛋白表达水平;以及
c.鉴定那些与不接触所述化合物的细胞群中的蛋白表达相比,在接触所述化合物的细胞群中调节蛋白表达的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
16.如权利要求15所述的方法,所述方法还包括:
d.确定在权利要求15的步骤(c)中鉴定的所述化合物是否调节鼻病毒感染模型体系中的鼻病毒感染;以及
e.鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节鼻病毒感染的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
17.如权利要求15所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求15的步骤(c)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节所述哺乳动物的鼻病毒感染,其中调节所述哺乳动物鼻病毒感染的化合物被鉴定为用于调节鼻病毒感染的化合物。
18.如权利要求16所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求16的步骤(e)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节所述哺乳动物的鼻病毒感染,其中调节所述哺乳动物鼻病毒感染的化合物被鉴定为用于调节鼻病毒感染的化合物。
19.一种用于鉴定调节鼻病毒感染的化合物的方法,所述方法包括:
a.使至少一种化合物接触表达表I中鉴定的基因的细胞群;
b.确定并比较接触所述化合物的所述细胞群中的基因表达水平与不接触所述化合物的所述细胞群中的基因表达水平;以及c.鉴定那些与不接触所述化合物的细胞群中的基因表达相比,在接触所述化合物的细胞群中调节基因表达的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
20.如权利要求19所述的方法,所述方法还包括:
d.确定在权利要求19的步骤(c)中鉴定的所述化合物是否调节鼻病毒感染模型体系中的鼻病毒感染;以及
e.鉴定那些在鼻病毒感染模型体系中调节鼻病毒感染的化合物为用于调节鼻病毒感染的化合物。
21.如权利要求19所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求19的步骤(c)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节所述哺乳动物的鼻病毒感染,其中调节所述哺乳动物鼻病毒感染的化合物被鉴定为用于调节鼻病毒感染的化合物。
22.如权利要求20所述的方法,所述方法还包括:给哺乳动物施用在权利要求20的步骤(e)中鉴定的所述化合物,并且确定所述化合物是否调节所述哺乳动物的鼻病毒感染,其中调节所述哺乳动物鼻病毒感染的化合物被鉴定为用于调节鼻病毒感染的化合物。
23.一种用于诊断鼻病毒感染的方法,所述方法包括:
a.确定生物样本中一种或多种靶的表达谱,所述靶选自涉及生物样本中表I和表II中鉴定的鼻病毒感染的靶;或测量生物样本中表II中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的表达水平或活性;
b.比较生物样本中鉴定的一种或多种靶的表达水平与来自对照样本或数据库的一种或多种靶的表达水平,或比较来自样本的所述蛋白的表达水平或活性分布与来自对照样本或数据库的所述蛋白的表达水平或活性分布,其中与对照物水平的显著差异指示鼻病毒感染的症状发展。
24.一种监控鼻病毒感染进程的方法,所述方法包括:
a.确定生物样本中表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种基因的基因表达谱;或制备来自合适鼻病毒感染模型体系的生物样本中的表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的蛋白表达谱或蛋白活性分布;
b.在实施所述治疗方案后的合适时间之后制备类似于步骤
(a)的表达谱或活性分布;
c.在所述治疗期间重复步骤(b)并评估所述数据以监控鼻病毒感染的进程。
25.一种监控具有鼻病毒感染症状发展的患者的疾病治疗或进程的方法,该方法包括:
a.确定生物样本中表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种基因的基因表达谱;或制备受试者生物样本中的表I中鉴定的涉及调节鼻病毒感染的一种或多种蛋白的蛋白表达谱或蛋白活性分布;
b.对所述受试者施用治疗方案;
c.在实施所述治疗方案后的合适时间之后制备来自所述受试者生物样本的类似于步骤(a)的表达谱或活性分布;
d.比较所述治疗前和治疗后的所述表达谱或活性分布;以及
e.在所述治疗或疾病期间重复所述步骤(b)、(c)和(d)并评估所述数据以监控所述治疗效果或所述疾病进程。
26.一种药用组合物,所述组合物包含:
a.安全和有效量的至少一种化合物,所述化合物通过如权利要求1所述的方法鉴定;和
b.药用的载体。
27.一种药用组合物,所述组合物包含安全和有效量的通过权利要求1的方法鉴定的至少一种化合物。
28.一种药用组合物,所述组合物包含安全和有效量的通过权利要求3的方法鉴定的至少一种化合物。
29.一种药用组合物,所述组合物包含安全和有效量的通过权利要求8的方法鉴定的至少一种化合物。
30.一种药用组合物,所述组合物包含安全和有效量的通过权利要求11的方法鉴定的至少一种化合物。
31.一种药用组合物,所述组合物包含安全和有效量的通过权利要求15的方法鉴定的至少一种化合物。
32.一种药用组合物,所述组合物包含安全和有效量的通过权利要求19的方法鉴定的至少一种化合物。
33.一种用于在需要此类调节的受试者中调节鼻病毒感染的方法,所述方法包括:
a.鉴定需要调节鼻病毒感染的受试者;以及
b.给所述受试者施用安全和有效量的通过权利要求1的方法鉴定的至少一种化合物。
34.如权利要求33所述的方法,其中所需的鼻病毒感染调节是减轻所述受试者的鼻病毒感染。
35.一种用于在需要此类调节的受试者中调节鼻病毒感染的方法,所述方法包括:
a.鉴定需要调节鼻病毒感染的受试者;以及
b.给所述受试者施用安全和有效量的通过权利要求3的方法鉴定的至少一种化合物。
36.如权利要求35所述的方法,其中所需的鼻病毒感染调节是减轻所述受试者的鼻病毒感染。
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