CN101213205A - B族链球菌 - Google Patents

Abstract

可用于开发疫苗、诊断以及作为抗生素靶的来自无乳链球菌的多肽和核酸。

Description

B族链球菌

本申请引用包括以下内容：两份CD-ROM，其中含有一个相同的标题为“PP28007 PCT sequence listing.txt”的90.1MB的文件，该文件是本申请的序列表。两份CD-ROM于2005-12-21日生成。本申请还引用包括以下内容：两份CD-ROM，其中含有一个相同的标题为“Table I.txt”的681KB的文件和表I。两份CD-ROM于2005-12-20日生成。

这里所引用的所有文献全文纳入作为参考。

技术领域

本发明属于链球菌(Streptococcus)生物学领域，更具体涉及无乳链球菌(S.agalactiae)，也称为‘B族链球菌’(GBS)。

背景技术

曾经认为革兰氏阳性菌无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)(或“B族链球菌”，缩写为“GBS”)仅会感染奶牛，但现在已经知道这种细菌会在免疫削弱的个体和新生儿中造成菌血症和脑膜炎等严重疾病。新生儿感染有两种类型。第一种(发生于早期，通常在出生5天之内)表现为菌血症和肺炎。当婴儿通过产道时产道纵向收缩。约25％的年轻女性阴道中有GBS菌落，并有约1％通过带有该菌落的母亲阴道出生的新生儿将被感染。死亡率为50-70％。第二种是在出生10-60天后发生的脑膜炎。如果用III型胶囊免疫接种怀孕的妇女，则新生儿将被动免疫，后期发作的脑膜炎的发病率将降低，但不能完全避免。

“GBS”中的“B”表示兰斯菲尔德分类，该分类基于溶于稀酸的碳水化合物(称为C碳水化合物)的抗原性。兰斯菲尔德鉴定了13种C碳水化合物，用A-O表示，可以在血清学上加以区分。发现最常见的感染人类的生物是在组A、B、D和G中。根据多糖荚膜可将组B的菌株可分为8种血清型(Ia、Ib、Ia/c、II、III、IV、V和VI)。已经公开和分析了GBS血清型V菌株的基因组序列[1，2]，包括19种造成疾病的来自同一类V菌株2603V/R分离物的比较性基因组杂交分析。血清型III菌株的基因组序列也是已知的[3]。

现有的GBS疫苗基于多糖抗原，但多糖抗原的免疫原性较弱。还采用了抗-独特型法(例如参考文献4)。但仍旧需要抗无乳链球菌感染的有效成人疫苗。

本发明的一个目的是提供可用于开发这种疫苗的蛋白质。所述蛋白质也可用于诊断以及作为抗生素的靶。

发明内容

多肽

本发明提供了含有实施例中所述GBS氨基酸序列的多肽。这些氨基酸序列是SEQ ID NO：2-22740中的偶数序列。因此有11370种氨基酸序列。由表IV所列序列编码的多肽之前在GBS菌株中未发现。

本发明还提供了含有与实施例中所述GBS氨基酸序列有序列相同性的氨基酸序列的多肽。根据具体的序列，序列相同性程度优选大于50％(例如60％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高)。这些多肽包括同源物、直向同源物(ortholog)、等位基因变体和功能性突变体。通常认为两个多肽序列之间的相同性为50％或更高则表示功能等价。多肽之间的相同性优选通过Smith-Waterman同源检索算法确定，通过MPSRCH程序(Oxford Molecular)进行，采用仿射缺口检索(affine gap search)，使用的参数为：gap open penalty(缺口开放罚分)＝12和gap extension penalty(缺口延伸罚分)＝1。

与实施例的GBS序列相比，这些多肽含有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等)保守性氨基酸置换，即用具有相关侧链的不同氨基酸取代一种氨基酸。遗传编码的氨基酸通常可分为4类：(1)酸性氨基酸，即天冬氨酸、谷氨酸；(2)碱性氨基酸，即赖氨酸、精氨酸、组氨酸；(3)非极性氨基酸，即丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸；和(4)不带电荷的极性氨基酸，即甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸。苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸有时也归为芳族氨基酸。通常，在这些类别中进行单个氨基酸取代不会对生物学活性造成巨大影响。与实施例的GBS序列相比，所述多肽具有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等)单个氨基酸缺失。与实施例的GBS序列相比，所述多肽也可包含一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等)插入(例如插入1、2、3、4或5个氨基酸)。这些缺失、插入或取代中的一些可将本发明的一个序列转变为本发明的另一个序列，例如，将Ile-185保守性取代成Val可使SEQ ID NO：8614的氨基酸180-230(与SEQ ID NO：14060的氨基酸173-223和SEQ ID NO：3916的氨基酸4-54相同)变为SEQ ID NO：12908的氨基酸180-230。

优选的本发明的多肽列于下文，其中包括位于外膜内、位于内膜内或位于周质内的脂化的(lipidated)多肽。特别优选的多肽是这些种类中的一种或多种，例如，脂化的多肽可位于外膜内。在对信号肽进行翻译后加工之后脂蛋白的N-末端半胱氨酸上可共价结合脂质。

本发明还提供了含有实施例中所述GBS氨基酸序列的片段的多肽。所述片段应含有该序列至少n个连续氨基酸，根据具体的序列，n为7或更大(例如8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100或更大)。

所述片段可包含所述序列的至少一个T细胞表位，或者优选B细胞表位。T细胞和B细胞表位可根据经验鉴定(例如采用PEPSCAN[5，6]或类似的方法)，或者可以预测(例如采用Jameson-Wolf抗原指数[7]、基于矩阵的方法[8]、TEPITOPE[9]、神经网络[10]、OptiMer&EpiMer[11，12]、ADEPT[13]、Tsites[14]，亲水性[15]、抗原指数[16]或参考文献17中揭示的方法等)。其它的优选片段是：(a)本发明GBS多肽的N-末端信号肽，(b)GBS多肽，但不包括其N-末端信号肽，(c)GBS多肽，但不包括其N-末端氨基酸残基。

其它的优选片段是与至少两个(例如2、3、4或5个)同源编码序列共有的序列，尤其是序列表中的同源编码序列共有的序列。表II显示了序列表中核酸的同源SEQID编号，如SEQ ID NO：88、4374、8834、13214和17994在序列表中是同源的，并且与现有技术的GI序列22533036和23094457同源。简单的比对显示，这5个SEQID NO的氨基酸1-131是共有的，同时氨基酸133-176、178-182、184-190、192-217、219-250、252-278、280-322、324-366、368-373和375-434也是共有的。类似的，氨基酸1-176是SEQ ID NO：88、4374、8834和13214共有的，但17994没有。因此片段1-131、1-176和133-176都是本发明的优选片段。某些情况下，当两种菌株的同源序列在全部长度上100％相同时(例如SEQ ID NO：2、8616、12910、14062和22384)，则共有‘片段’将实际上是全部序列。

其它的优选片段开始于可能的起始密码子(ATG、GTG、TTG)编码的氨基酸。开始于标出的起始密码子下游的由起始密码子编码的甲硫氨酸的片段是本发明的多肽。

本发明多肽可以通过多种方法制备，例如通过化学合成(全部或部分)、使用蛋白酶消化较长多肽、从RNA翻译、从细胞培养物中纯化(例如从重组体表达)、获自生物体本身(例如在细菌培养之后，或者直接获自患者)等等。制造长度小于40个氨基酸的肽的优选方法包括体外化学合成[18，19]。特别优选固相肽合成，如基于tBoc或Fmoc[20]化学的方法。也可部分或全部使用酶合成[21]。作为化学合成的一种替代，可采用生物合成，例如可通过翻译生成多肽。这种方法可在体外或体内进行。生物学方法通常局限于制造基于L-氨基酸的多肽，但可对翻译工具(例如氨酰基tRNA分子)进行操纵，以引入D-氨基酸(或其它非天然氨基酸，如碘代酪氨酸或甲基苯丙氨酸、叠氮高丙氨酸(azidohomoalanine)等)[22]。然而优选采用化学合成引入D-氨基酸。本发明的多肽可在C-末端和/或N-末端被共价修饰。

本发明的多肽可采取多种形式(例如天然的、融合的、糖基化的、非糖基化的、脂化的、非脂化的、磷酸化的、非磷酸化的、肉豆蔻酸化的、非肉豆蔻酸化的、单体的、多聚的、微粒化的、变性的等等)。

本发明的多肽优选以纯化或基本纯化的形式提供，即基本不含其它多肽(例如不含天然存在的多肽)、尤其是来自其它链球菌或宿主细胞的多肽，且通常至少约50％纯(以重量计)，通常至少约90％纯，即少于约50％、更优选少于约10％(例如5％)的组合物由其它表达的多肽构成。本发明的多肽优选为GBS多肽。本发明的多肽优选具有表I中相关序列的功能。

本发明的多肽可结合到固相载体。本发明的多肽可含有可检测标记(例如放射性或荧光标记、或者生物素标记)。

术语“多肽”是指任何长度的氨基酸多聚体。该多聚体可以是线性的或是分枝的，它可以含修饰的氨基酸，并且可以被非氨基酸所中断。该术语也包括天然或通过干涉，例如二硫键形成、糖基化、脂化、乙酰化、磷酸化或任何其他操作或修饰(诸如与标记成分缀合)修饰的氨基酸多聚体。该定义还包括，例如，包含某氨基酸的一个或多个类似物(包括，例如非天然氨基酸等等)的多肽，以及本领域已知的其他修饰。多肽可以存在单链或相连的链的形式。本发明的多肽可被天然或非天然糖基化(即该多肽的糖基化式样不同于在相应的天然存在的多肽中发现的糖基化式样)。

本发明多肽的长度至少为40个氨基酸(例如至少40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300、350、400、450、500或更多)。本发明的多肽可短于500个氨基酸(例如不长于40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300、350、400或450个氨基酸)。

本发明提供了包含序列-X-Y-或-Y-X-的多肽，其中：-X-是上文定义的氨基酸序列，-Y-不是上文定义的序列，即本发明提供了融合蛋白。当多肽编码序列的N-末端密码子不是ATG时，该密码子将被翻译成该密码子的标准氨基酸而不是翻译成Met，而当该密码子是起始密码子时将被翻译成Met。

本发明提供了制造本发明多肽的方法，所述方法包括在诱导多肽表达的条件下培养本发明细胞的步骤。

本发明提供了制造本发明多肽的方法，其中所述多肽是部分或全部用化学方法合成的。

本发明提供了含有两种或多种本发明多肽的组合物。

本发明还提供了用式NH₂-A-[-X-L-]_n-B-COOH表示的杂合多肽，式中，X是上文定义的本发明的多肽，L是任选的接头氨基酸序列，A是任选的N-末端氨基酸序列，B是任选的C-末端氨基酸序列，n是大于1的整数。n的值在2和x之间，x的值通常为3、4、5、6、7、8、9或10。优选n是2、3或4；更优选为2或3；最优选n＝2。对于每个n的例子，-X-可以相同或不同。对于[-X-L-]中n的每个例子，接头氨基酸序列-L-可以存在或不存在。例如，当n＝2时该杂合体可以是NH₂-X₁-L₁-X₂-L₂-COOH、NH₂-X₁-X₂-COOH、NH₂-X₁-L₁-X₂-COOH、NH₂-X₁-X₂-L₂-COOH等。接头氨基酸序列-L-将通常较短(例如有20个或更少的氨基酸，即19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1)。例子包括有利于克隆的短肽序列、多甘氨酸接头(即Gly_n，其中n＝2、3、4、5、6、7、8、9、10或更大)以及组氨酸标记(即His_n，其中n＝3、4、5、6、7、8、9、10或更大)。其它合适的接头氨基酸序列将是精通本领域的技术人员显见的。-A-和-B-是任选序列，通常较短(例如有40个或更少的氨基酸，即39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1)。例子包括引导多肽运输的前导序列或者有利于克隆或纯化的短肽序列(例如组氨酸标记，即His_n，其中n＝3、4、5、6、7、8、9、10或更大)。其它合适的N-末端和C-末端氨基酸序列将是精通本领域的技术人员显见的。

可用各种测试来评估本发明多肽的体内免疫原性。例如，多肽可被重组表达并用来通过免疫印迹筛选患者血清。多肽和患者血清之间有阳性反应表示患者之前已经产生针对待测蛋白质(即免疫原)的免疫应答。该方法也可用来鉴定免疫优势蛋白。

抗体

本发明提供了结合本发明多肽的抗体。所述抗体可以是多克隆抗体或单克隆抗体，并且可通过任何合适方法制备(例如通过重组表达)。为提高与人免疫系统的兼容性，所述抗体可以是嵌合抗体或人源化抗体[例如参考文献23和24]，或者也可使用完全的人抗体。所述抗体可包含可检测标记(例如用于诊断试验)。本发明的抗体可结合于固相载体。本发明的抗体优选为中和性抗体。

单克隆抗体特别适用于鉴定和纯化它们所针对的各多肽。本发明的单克隆抗体也可用作免疫测定、放射免疫测定(RIA)或酶联免疫吸附测定(ELISA)等的试剂。在这些应用中，所述抗体可用分析上可检测的试剂如放射性同位素、荧光分子或酶标记。用上述方法制造的单克隆抗体也可用于本发明多肽的分子鉴定和表征(表位绘图)。

本发明的抗体优选对链球菌属具有特异性，即相对于非链球菌属的细菌它们优选结合链球菌属的细菌。更具体地说，所述抗体对GBS具有特异性，即相对于非b型链球菌它们优选结合GBS菌。

本发明的抗体优选以纯化或基本纯化的形式提供。通常，所述抗体将存在于基本上不含其它多肽的组合物中，例如少于90％(按重量计)、通常少于60％、更通常少于50％的该组合物由其它多肽构成。

本发明的抗体可以是任何同种型(例如IgA、IgG、IgM，即α、γ或μ重链)，但通常是IgG。在IgG同种型内，抗体可以是IgG1、IgG2、IgG3或IgG4亚类。本发明的抗体可具有κ或λ轻链。

本发明的抗体可采取各种形式，包括完整的抗体，抗体片段如F(ab′)₂和F(ab)片段、Fv片段(非共价异二聚体)，单链抗体如单链Fv分子(scFv)，微体，寡体等。术语“抗体”不暗含任何特定来源，并包括通过非常规方法如噬菌体展示获得的抗体。

本发明提供了检测本发明多肽的方法，所述方法包括以下步骤：(a)使本发明的抗体在适合形成抗体-抗原复合物的条件下接触生物样品；和(b)检测所述复合物。

本发明提供了检测本发明抗体的方法，所述方法包括以下步骤：(a)使本发明的多肽在适合形成抗体-抗原复合物的条件下接触生物样品(例如血液或血清样品)；和(b)检测所述复合物。

为得到良好的交叉反应性，本发明的优选抗体结合至少2个(例如2、3、4或5个)同源编码序列共有的片段内的表位，如上文所详细描述的。相反，为得到良好的特异性，本发明的其它优选抗体结合的表位包含两个同源编码序列间所不同的氨基酸，例如结合SEQ ID NO：17994的Phe-132以区别于SEQ ID NO：88、4374、8834和13214，所述上述序列在第132位都含有丝氨酸残基。

核酸

本发明提供了含有实施例中所述GBS核苷酸序列的核酸。这些核酸序列是SEQID NO：1-22739中奇数编号的序列。

本发明还提供了含有与实施例中所述GBS核苷酸序列具有序列相同性的核苷酸序列的核酸。序列间的相同性优选通过上述Smith-Waterman同源性检索算法确定。

本发明还提供了可与实施例中所述GBS核酸杂交的核酸。杂交反应可在不同“严格”条件下进行。提高杂交反应严格性的条件是众所周知的并在本领域中公开[例如参考文献25的第7.52页]。相关条件的例子包括(按照严格性升高的顺序)：孵育温度为25℃、37℃、50℃、55℃和68℃；缓冲液浓度为10x SSC、6x SSC、1x SSC、0.1x SSC(其中的SSC表示0.15MNaCl和15mM柠檬酸盐缓冲液)以及采用其它缓冲系统的它们的等价物；甲酰胺浓度为0％、25％、50％和75％；孵育时间为5分钟到24小时；1、2或多次洗涤步骤；洗涤孵育时间为1、2或15分钟；以及洗涤液为6x SSC、1x SSC、0.1x SSC或去离子水。杂交技术以及它们的优化是本领域熟知的[例如见参考文献25-28等]。

一些实施方案中，本发明的核酸在低严格条件下与本发明的靶杂交；在其它实施方案中，所述核酸在中等严格条件下杂交；在优选的实施方案中，所述核酸在高严格条件下杂交。低严格杂交条件的一个例子是50℃和10x SSC。中等严格杂交条件的一个例子是55℃和1x SSC。高严格杂交条件的一个例子是68℃和0.1x SSC。

还提供了含有这些序列片段的核酸。它们应含有GBS序列至少n个连续核苷酸，根据特定的序列，n为10或更大(例如12、14、15、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200或更大)。

本发明提供了具有式5′-X-Y-Z-3′的核酸，式中：-X-是由x个核苷酸构成的核苷酸序列；-Z-是由z个核苷酸构成的核苷酸序列；-Y-是由(a)SEQ ID NO：1-22739中奇数编号序列的片段，或(b)(a)的互补序列构成的核苷酸序列；且所述核酸5′-X-Y-Z-3′既不是(i)SEQ ID NO：1-122739中奇数编号序列的片段，也不是(ii)(i)的互补序列。-X-和/或-Z-部分可含有启动子序列(或其互补序列)。

本发明还提供了编码本发明多肽和多肽片段的核酸。

本发明包括的核酸含有与序列表中所述序列互补的序列(例如用于反义或探测，或用作引物)以及实际所示定位的序列。

本发明的核酸可用于杂交反应(例如Northern或Southern印迹，或用于核酸微阵列或‘基因芯片’)和扩增反应(例如PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)以及其它核酸技术。

本发明所述的核酸可采取各种形式(例如单链的、双链的、载体、引物、探针、标记的等等)。本发明的核酸可以是环状或分支的，但通常是线性的。除非另有说明或者需要，本发明任何使用核酸的实施方案都可使用双链形式以及构成双链形式的两条互补单链形式中的任何一条。引物和探针通常是单链的，反义核酸也是单链的。

本发明的核酸优选以纯化或基本纯化的形式提供，即基本不含其它核酸(例如不含天然产生的核酸)，尤其不含其它链球菌或宿主细胞的核酸，一般为至少约50％纯(按重量计)，且通常至少约90％纯。本发明的核酸优选为GBS核酸。

本发明的核酸可用多种方法从基因组或cDNA文库等制备，例如全部或部分通过化学合成(例如DNA的亚磷酰胺合成)、通过用核酸酶(例如限制性酶)消化较长核酸、通过连接较短的核酸或核苷酸(例如用连接酶或聚合酶)。

本发明的核酸可附于固相载体(例如珠、板、滤膜、膜、载玻片、微阵列载体、树脂等)。本发明的核酸可被标记，例如用放射性标记、荧光标记或生物素标记。当将核酸用于检测技术如将核酸作为引物或探针时这将特别有用。

术语“核酸”通常包括任何长度的核苷酸的聚合形式，其含有脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸和/或它们的类似物。它包括DNA、RNA、DNA/RNA杂合体。它还包括DNA或RNA类似物，如含有修饰的主链(例如肽核酸(PNA)或硫代磷酸酯)或修饰的碱基的核酸。因此，本发明包括mRNA、tRNA、rRNA、核酶、DNA、cDNA、重组核酸、分支核酸、质粒、载体、探针、引物等。本发明的核酸采取RNA的形式，可具有或不具有5’帽。

本发明的核酸含有GBS序列，但它们也可含有非-GBS序列(例如在上述用结构式5′-X-Y-Z-3′表示的核酸中)。这对于引物特别有用，因此引物可含有与GBS核酸靶互补的第一序列和不与核酸靶互补的第二序列。引物中的任何这种非互补序列优选位于互补序列的5’端。非互补序列通常含有限制性位点或启动子序列。

本发明的核酸可用许多方法从基因组或cDNA文库等制备，例如通过化学合成(至少部分)、通过用核酸酶(例如限制性酶)消化较长核酸、通过连接较短核酸(例如用连接酶或聚合酶)。

本发明的核酸可以是载体的一部分，即设计用于转导/转染一种或多种细胞类型的核酸构建物的一部分。载体可以是，例如，设计用于分离、繁殖和复制插入的核苷酸的“克隆载体”，设计用于在宿主细胞中表达核苷酸序列的“表达载体”，设计用于制备重组病毒或病毒样颗粒的“病毒载体”，或者是具有一种以上载体属性的“穿梭载体”。优选的载体是质粒。“宿主细胞”包括可作为外源核酸受体或者已经是外源核酸受体的个体细胞或细胞培养物。宿主细胞包括单个宿主细胞的后代，由于天然的、偶然的或故意的突变和/或变化，所述后代可以不必与原始的亲本细胞完全相同(就形态或所有DNA互补序列而言)。宿主细胞包括被本发明的核酸体内或体外转染或感染的细胞。

当核酸为DNA时，应理解RNA序列中的“U”将被DNA序列中的“T”代替。类似的，当核酸是RNA时，DNA序列中的“T”将被RNA序列中的“U”代替。

当用于核酸时，术语“互补序列”或“互补”表示Watson-Crick碱基配对。因此C的互补序列是G，G的互补序列是C，A的互补序列是T(或U)，而T(或U)的互补序列是A。也可以采用碱基如I(次黄嘌呤)与例如嘧啶(C或T)互补。该术语还暗示方向：5′-ACAGT-3′的互补序列为5′-ACTGT-3′而不是5′-TGTCA-3′。

例如，本发明的核酸可用来制备多肽；作为检测生物样品中核酸的杂交探针；产生核酸的其它拷贝；产生核酶或反义寡核苷酸；作为单链DNA引物或探针；或者作为形成三链的寡核苷酸。

本发明提供了制备本发明核酸的方法，其中所述核酸是部分或全部用化学方法合成的。

本发明提供了含有本发明核苷酸序列的载体(例如克隆或表达载体)以及用这种载体转化的宿主细胞。

本发明还提供了含有用以扩增链球菌属细菌(例如GBS)核酸序列中所含模板序列的引物(例如PCR引物)的试剂盒，该试剂盒含有第一引物和第二引物，其中所述第一引物与所述模板序列基本互补，而所述第二引物与所述模板序列的互补序列基本互补，其中，所述引物基本互补的部分限定了要扩增的模板序列的两端。第一引物和/或第二引物可包含可检测标记(例如荧光标记)。

本发明还提供了含有第一和第二单链寡核苷酸的试剂盒，所述寡核苷酸能够扩增单链或双链核酸(或其混合物)中所含的链球菌模板核酸序列，其中：(a)第一寡核苷酸包含与所述模板核酸序列基本互补的引物序列；(b)第二寡核苷酸包含与所述模板核酸序列基本互补的引物序列；(c)第一寡核苷酸和/或第二寡核苷酸包含不与所述模板核酸互补的序列；和(d)所述引物序列限定了要扩增的模板序列的两端。具有特征(c)的非互补序列优选位于引物序列上游(即5’端)。(c)所述序列中的一个或多个可包含限制性位点[例如参考文献29]或启动子序列[例如30]。第一寡核苷酸和/或第二寡核苷酸可包含可检测标记(例如荧光标记)。

本发明提供了检测本发明核酸的方法，所述方法包括以下步骤：(a)在杂交条件下使本发明所述的核探针接触生物样品以形成双链体；和(b)检测所述双链体。

本发明提供了检测生物样品(如血液)中的GBS的方法，所述方法包括在杂交条件下使本发明的核酸接触生物样品的步骤。该方法可包括核酸扩增(例如PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)或杂交(例如微阵列、印迹、与溶液中的探针杂交等)。已经报告过通过PCR检测临床样品中的GBS[例如见参考文献31-34]。基于核酸的临床试验一般描述于参考文献35。

本发明提供了制备靶序列片段的方法，其中所述片段通过核酸引物延伸制备。所述靶序列和/或引物是本发明的核酸。所述引物延伸反应可包括核酸扩增(例如PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)。

本发明所述的核酸扩增可以是定量的和/或实时的。

在本发明的某些实施方案中，所述核酸的长度优选至少为7个核苷酸(例如8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60、65、70、75、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、225、250、275、300个核苷酸或更长)。

在本发明的某些实施方案中，所述核酸的长度优选至多为500个核苷酸(例如450、400、350、300、250、200、150、140、130、120、110、100、90、80、75、70、65、60、55、50、45、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15个核苷酸或更少)。

本发明的引物和探针以及用于杂交的其它核酸的长度优选为10-30个核苷酸(例如10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸)。

药物组合物

本发明提供了含有(a)本发明的多肽、抗体和/或核酸；和(b)药学上可接受的载体的组合物。这些组合物可能适合作为例如免疫原性组合物，或者作为诊断剂，或作为疫苗。本发明的疫苗可以是预防性的(即用于预防感染)或治疗性的(即用于治疗感染)，但通常是预防性的。

‘药学上可接受的载体’可以是任何本身不诱导产生对接受该组合物的患者有害的抗体的运载体。合适的运载体可以是诸如蛋白质、多糖、聚乳酸、聚乙醇酸、聚合氨基酸、氨基酸共聚物、蔗糖、海藻糖、乳糖和脂质聚集体(如油滴或脂质体)等大的、缓慢代谢的大分子。这种运载体是本领域普通技术人员熟知的。疫苗中也可含有稀释剂，如水、盐水、甘油等。此外，也可含有辅佐性物质，如润湿或乳化剂、pH缓冲物质等。无菌无热原的磷酸盐缓冲生理盐水是常用的运载体。药学上可接受的赋形剂的全面论述参见参考文献155。

本发明的组合物可含有杀菌剂，尤其是如果包装成多剂量形式时。

本发明的组合物可含有去污剂，如Tween(聚山梨醇酯)，如Tween 80。去污剂通常以低水平存在，例如＜0.01％。

本发明的组合物可含有钠盐(例如氯化钠)以提供张力。NaCl的浓度通常为10±2mg/ml。

本发明的组合物一般含有缓冲剂。通常是磷酸盐缓冲剂。

本发明的组合物可含有糖醇(例如甘露醇)或二糖(例如蔗糖或海藻糖)，例如约15-30mg/ml(例如25mg/ml)，尤其是如果要将它们冻干或者如果它们含有从冻干材料重建的材料时。在冻干之前可将要冻干的组合物的pH调至约6.1。

本发明的多肽可与其它免疫调节剂联合给予。具体地说，组合物将通常包含疫苗佐剂。可用于本发明的组合物的佐剂包括但不限于：

A.含有矿物质的组合物

适合用作本发明佐剂的含有矿物质的组合物包括矿物盐，例如铝盐和钙盐。本发明包括矿物盐，例如氢氧化物(如过氧化物(oxyhydroxide))、磷酸盐(如羟基磷酸盐、正磷酸盐)、硫酸盐等[如参见参考文献36的第8和9章]，或不同矿物质化合物的混合物，这些化合物可采取任何合适的形式(如凝胶、晶体、无定形等)，优选对盐有吸附性。含有矿物质的组合物也可配配制为金属盐颗粒[37]。

本发明的疫苗中可包含铝盐，Al³⁺的剂量为每剂0.2-1.0mg。

典型的磷酸铝佐剂是PO₄/Al摩尔比在0.84和0.92之间的无定形羟基磷酸铝，含量为0.6mgAl³⁺/ml。可用低剂量磷酸铝吸附，例如每剂每缀合物50-100μgAl³⁺。当使用磷酸铝时，由于溶液中含有游离的磷酸根离子(例如使用磷酸盐缓冲液)，因此不需要将抗原吸附到佐剂上。

B.油乳剂

适合用作本发明佐剂的油乳剂组合物包括鲨烯-水乳剂，例如MF59(利用微流化剂配制成亚微米颗粒的5％鲨烯、0.5％Tween 80和0.5％Span 85)[参考文献36的第10章；也可参见参考文献38-40]。MF59被用作FLUAD^TM流感病毒三价亚单位疫苗的佐剂。

特别优选的用于该组合物的佐剂是亚微粒水包油乳剂。在本文中优选的亚微粒水包油乳剂是任选地含有可变量MTP-PE的鲨烯/水乳剂，例如含有4-5％w/v鲨烯、0.25-1.0％w/v Tween 80(聚氧乙烯去水山梨糖醇单油酸酯)和/或0.25-1.0％Span 85(去水山梨糖醇三油酸酯)以及任选的N-乙酰胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺酰基-L-丙氨酸-2-(1′-2′-二棕榈酰基-sn-甘油-3-羟基磷酸磷酰氧)-乙胺(MTP-PE)的亚微粒水包油乳剂。亚微粒水包油乳剂、亚微粒水包油乳剂以及免疫刺激剂如胞壁酰肽的制造方法、在组合物中的应用详细描述于参考文献38和41-42。

完全弗氏佐剂(CFA)和不完全弗氏佐剂(IFA)也可用作本发明的佐剂。

C.皂苷制剂[参考文献36的第22章]

皂苷制剂也可用作本发明的佐剂。皂苷是在许多植物种类的树皮、叶、茎、根、甚至花中发现的固醇糖苷和三萜系糖苷的异质混合物(heterologous group)。皂树(Quillaia saponaria Molina)树皮中的皂苷是广泛研究的佐剂。皂苷也可购自丽花菝葜(Smilax ornata)(墨西哥菝葜(sarsaprilla))、锥花丝石竹(Gypsophilla paniculata)(婚纱花(brides veil))和肥皂草(Saponaria officianalis)(皂根(soap root))。皂苷佐剂制剂包括纯化的制剂，例如QS21，以及脂质制剂，例如ISCOM。

也可利用HPLC和RP-HPLC纯化皂苷组合物。已经鉴定了用这些技术特别纯化的部分；包括QS7、QS17、QS18、QS21、QH-A、QH-B和QH-C。皂苷优选QS21。参考文献43公开了QS21的制备方法。皂苷制剂也可含有固醇，例如胆固醇[44]。

可联用皂苷和胆固醇来形成称为免疫刺激复合物(ISCOM)的独特颗粒[参考文献36的第23章]。ISCOM一般也含有磷脂，例如磷脂酰乙醇胺或磷脂酰胆碱。任何已知的皂苷可用在ISCOM中。ISCOM优选含有一种或多种QuilA、QHA和QHC。参考文献44-46进一步描述了ISCOM。ISCOM任选不含其它去污剂[47]。

基于皂苷的佐剂开发的综述见参考文献48和49。

D.病毒体和病毒样颗粒

病毒体和病毒样颗粒(VLP)也可用作本发明的佐剂。这些结构通常含有一种或多种任选与磷脂混合或用磷脂配制的病毒蛋白质。它们通常是非病原性、非复制性，通常不含有任何天然病毒基因组。可重组产生或从完整病毒分离病毒蛋白。适用于病毒体或VLP中的病毒蛋白包括源自以下的蛋白质：流感病毒(例如HA或NA)、乙肝病毒(例如核心或衣壳蛋白)、戊肝病毒、麻疹病毒、辛德毕斯病毒、轮状病毒、口蹄疫病毒、逆转录病毒、诺瓦克病毒、人乳头瘤病毒、HIV、RNA-噬菌体、Qβ-噬菌体(例如外被蛋白)、GA-噬菌体、fr-噬菌体、AP205噬菌体和Ty(例如逆转录转座子Ty蛋白p1)。参考文献50-55进一步讨论了VLP。例如，参考文献56进一步讨论了病毒体。

E.细菌或微生物衍生物

适用于本发明的佐剂包括细菌或微生物衍生物，例如肠细菌脂多糖(LPS)的无毒衍生物、脂质A衍生物、免疫刺激性寡核苷酸和ADP-核糖基化毒素和它们的解毒衍生物。

LPS的无毒衍生物包括单磷酰基脂质A(MPL)和3-O-脱酰基MPL(3dMPL)。3dMPL是具有4、5或6条酰化链的3脱-O-酰化单磷酰基脂质A的混合物。参考文献57公开了3脱-O-酰化单磷酰基脂质A的优选“小颗粒”形式。3dMPL的这种“小颗粒”足够小从而可经0.22μm膜无菌过滤[57]。其它无毒的LPS衍生物包括单磷酰基脂质A模拟物，例如氨基烷基氨基葡糖苷磷酸酯衍生物，如RC-529[58、59]。

脂质A衍生物包括大肠杆菌的脂质A的衍生物，例如OM-174。例如，OM-174描述于参考文献60和61。

适合用作本发明佐剂的免疫刺激性寡核苷酸包括含有CpG基序(含有通过磷酸键与鸟苷相连的未甲基化胞嘧啶的二核苷酸序列)的核苷酸序列。含有回文或聚(dG)序列的双链RNA和寡核苷酸也显示具有免疫刺激性。

CpG可含有核苷酸修饰/类似物，例如硫代磷酸酯修饰物并且可以是双链或单链的。参考文献62、63和64公开了可能的类似物取代，例如用2′-脱氧-7-脱氮鸟苷取代鸟苷。参考文献65-70进一步讨论了CpG寡核苷酸作为佐剂的作用。

CpG序列可涉及TLR9，例如基序GTCGTT或TTCGTT[71]。CpG序列，例如CpG-A ODN特异地诱导Th1免疫应答，或者例如CpG-B ODN，更特异地诱导B细胞应答。参考文献72-74讨论了CpG-A和CpG-B ODN。CpG优选是CpG-A ODN。

优选将CpG寡核苷酸构建为5’端易于为受体识别。两条CpG寡核苷酸序列任选在它们的3’端相连以形成“免疫聚物”(immunomer)。参见，例如参考文献71和75-77。

细菌ADP-核糖基化毒素及其解毒衍生物可用作本发明的佐剂。蛋白质优选源自大肠杆菌(大肠杆菌热不稳定肠毒素“LT”)、霍乱(病毒)(“CT”)或百日咳(病毒)(“PT”)。参考文献78描述了解毒的ADP-核糖基化毒素作为粘膜佐剂的应用，参考文献79描述了其作为胃肠外佐剂的应用。毒素或类毒素优选为含有A和B亚基的全毒素形式。A亚基优选含有解毒性突变；B亚基优选未突变。佐剂优选是解毒的LT突变体，例如LT-K63、LT-R72和LT-G192。ADP-核糖基化毒素及其解毒衍生物，特别是LT-K63和LT-R72作为佐剂的应用见参考文献80-87。氨基酸取代的数字基准优选以参考文献88所述的ADP-核糖基化毒素的A和B亚基比对为基础，该文献专门全文纳入本文作为参考。

F.人免疫调节剂

适合用作本发明佐剂的人免疫调节剂包括细胞因子，例如白介素(如，IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12[89]等)[90]、干扰素(如，干扰素-γ)、巨噬细胞集落刺激因子和肿瘤坏死因子。

G.生物粘合剂和粘膜粘合剂

生物粘合剂(bioadhesive)和粘膜粘合剂(mucoadhesive)也可用作本发明的佐剂。合适的生物粘合剂包括酯化的透明质酸微球[91]，或者粘膜粘合剂，例如聚(丙烯酸)的交联衍生物、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、多糖和羧甲基纤维素。壳多糖及其衍生物也可用作本发明的佐剂[92]。

H.微粒

微粒也可用作本发明的佐剂。可从生物可降解和无毒的材料(例如，聚(α-羟酸)、聚羟基丁酸、聚原酸酯、聚酐、聚己酸内酯等)，优选聚(丙交酯-共-乙交酯)形成微粒(即，直径约100nm到150μm，优选约200nm到约30μm，最优选约500nm到约10μm的颗粒)，任选将这些微粒处理成带负电的表面(例如，用SDS)或带正电的表面(例如，用阳离子洗涤剂，如CTAB)。

I.脂质体(参考文献36的第13和14章)

适合用作佐剂的脂质体制剂的例子描述于参考文献93-95。

J.聚氧乙烯醚或聚氧乙烯酯制剂

适用于本发明的佐剂包括聚氧乙烯醚和聚氧乙烯酯[96]。这种制剂还包括联用辛苯聚醇的聚氧乙烯山梨糖醇酯表面活性剂[97]以及联用至少一种其它非离子表面活性剂，例如辛苯聚醇的聚氧乙烯烷基醚或酯表面活性剂[98]。优选的聚氧乙烯醚选自：聚氧乙烯-9-月桂基醚(laureth 9)、聚氧乙烯-9-硬脂酰基(steoryl)醚、聚氧乙烯-8-硬脂酰基(steoryl)醚、聚氧乙烯-4-月桂基醚、聚氧乙烯-35-月桂基醚和聚氧乙烯-23-月桂基醚。

K.聚磷腈(PCPP)

PCPP制剂描述于，例如参考文献99和100中。

L.胞壁酰肽

适合用作本发明佐剂的胞壁酰肽的例子包括N-乙酰基-胞壁酰-L-苏氨酰基-D-异谷氨酰胺(thr-MDP)、N-乙酰基-去甲胞壁酰(normuramyl)-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(nor-MDP)和N-乙酰基胞壁酰-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺-L-丙氨酸-2-(1′-2′-二棕榈酰基-sn-甘油基-3-羟基磷酰氧基)-乙胺(MTP-PE)。

M.咪唑并喹诺酮化合物

适合用作本发明佐剂的咪唑并喹诺酮化合物包括参考文献101和102中进一步描述的咪喹莫特(Imiquamod)及其同源物(例如，“瑞喹莫德3M”)。

N.缩氨基硫脲化合物

适于用作本发明中佐剂的缩氨基硫脲化合物及其配制、生产和筛选方法的例子包括参考文献103中所描述的那些。缩氨基硫脲在刺激人外周血单核细胞以产生细胞因子(例如TNF-α)中尤为有效。

O.色胺酮化合物。

适于用作本发明中佐剂的色胺酮化合物及其配制、生产和筛选方法的例子包括参考文献104中所描述的那些。色胺酮化合物在刺激人外周血单核细胞以产生细胞因子(例如TNF-α)中尤为有效。

本发明也包括联用一种或多种以上鉴定的佐剂的各方面。例如，以下佐剂组合物可用于本发明：(1)皂苷和水包油乳剂[105]；(2)皂苷(例如QS21)+无毒的LPS衍生物(例如3dMPL)[106]；(3)皂苷(例如QS21)+无毒的LPS衍生物(例如3dMPL)+胆固醇；(4)皂苷(例如QS21)+3dMPL+IL-12(任选+固醇)[107]；(5)联用3dMPL与例如QS21和/或水包油乳剂[108]；(6)含有10％鲨烯、0.4％Tween 80^TM、5％普朗尼克嵌段聚合物L121和thr-MDP的SAF，微流化为亚微米乳剂或搅拌(vortex)产生较大粒度的乳剂；(7)Ribi^TM佐剂系统(RAS)，(Ribi Immunochem)，其中含有2％鲨烯、0.2％Tween 80和一种或多种由单磷酸酰脂质A(monophosphorylipid A)(MPL)、海藻糖二分枝菌酸酯(TDM)和细胞壁骨架(CWS)组成的细菌细胞壁组分，优选MPL+CWS(Detox^TM)；(8)一种或多种矿物盐(例如铝盐)+LPS的无毒衍生物(例如3dMPL)；和(9)一种或多种矿物盐(如铝盐)+免疫刺激性寡核苷酸(如含有CpG基序的核苷酸序列)。

参考文献36的第7章公开了用作免疫刺激剂的其它物质。

特别优选使用氢氧化铝或磷酸铝佐剂，抗原通常被吸附在这些盐上。磷酸钙是另一种优选的佐剂。

本发明组合物的pH优选在6和8之间，优选约7。可用缓冲液维持稳定的pH。当氢化物含有氢氧化铝盐时，优选使用组氨酸缓冲液[109]。该组合物可以是无菌和/或不含热原的。本发明的组合物可以是对人等渗的。

组合物可存在于药瓶中，或者可存在于预填装的针筒中。针筒可配备或不配备针头。一个针筒将包含单剂量的组合物，而一个药瓶将包含单剂量或多剂量。可注射的组合物将通常为液体溶液或悬浮液。或者可将它们制成固体形式(例如冻干)，并在注射之前溶于或悬浮于液体载体。

本发明的组合物可包装成单剂量形式或多剂量形式。对于多剂量形式，药瓶优选是已经装好的针筒。可按照常规建立有效剂量体积，注射用组合物的人体剂量通常为0.5ml。

当本发明的组合物要在使用前临时制备(例如其中的组分以冻干形式存在)并采取药盒的形式时，所述药盒可装有两个药瓶，或者可装有一个已经装好的针筒和一个药瓶，针筒的内容物用来在注射前使药瓶的内容物重新活化。

用作疫苗的免疫原性组合物含有免疫有效量的抗原以及需要的任何其它组分。‘免疫有效量’指以单剂量或作为连续剂量中的一部分给予个体的量可有效进行治疗或预防。该量可根据要治疗个体的健康状况和身体状况、年龄、要治疗个体的分类群(例如非人灵长类、灵长类等)、个体免疫系统对合成抗体的接受能力、所需保护程度、疫苗配方、主治医师对于身体状况的判断以及其它有关因素而改变。预计该量将落入一个可通过常规试验确定的相对较宽的范围，每剂中各脑膜炎球菌糖类抗原的典型含量为每种抗原1μg-10mg。

药物用途

本发明还提供了治疗患者的方法，包括给予所述患者治疗有效量的本发明的组合物。所述患者可有患病风险或可以是怀孕妇女(‘母体免疫’[110])。

本发明提供了本发明所述的核酸、多肽或抗体作为药物(例如作为免疫原性组合物或作为疫苗)或作为诊断剂的用途。还提供了本发明所述的核酸、多肽或抗体在制造以下药物中的应用：(i)治疗或预防由GBS造成的疾病和/或感染的药物；(ii)检测GBS或抗GBS抗体存在的试剂；和/或(iii)可引起抗GBS的抗体的试剂。所述GBS可以是任何血清型或菌株的。所述疾病可以是，例如，菌血症、脑膜炎、产褥热、猩红热、丹毒、咽炎、脓疱病、坏死性筋膜炎(necrotising fasciitis)、肌炎或中毒性休克综合征。

所述患者优选人类。当所述疫苗用于预防用途时，所述人类优选为青少年(例如10-20岁)；当所述疫苗用于治疗用途时，所述人类优选为成人。用于儿童或青少年的疫苗也可给予成人，例如为评估安全性、剂量、免疫原性等。

检测治疗功效的一种方法包括在给予本发明的组合物之后监测GBS感染。检测预防功效的一种方法包括在施用多肽之后监测针对所给多肽的免疫应答。可将本发明的组合物给予测试对象(例如12-16个月大的儿童或者动物模型，如小鼠模型)，然后测定包括IgG的ELISA效价(GMT)在内的标准参数以确定它们的免疫原性。这些免疫应答通常在给予组合物4周后测定，并与给予组合物之前测定的值进行比较。当给予一剂以上组合物时，可进行一次以上的给药后测定。用于了解针对GBS感染的保护性功效的小鼠新生儿败血症模型是已知的，例如见参考文献111。

为诱导免疫力，给予多肽抗原是优选的治疗方法。给予本发明的抗体是另一种优选的治疗方法。这种被动免疫方法尤其适用于新生儿或怀孕妇女。这种方法将通常采用单克隆抗体，所述抗体是人源化抗体或是完全人抗体。

用于免疫的优选组合物含有一种以上GBS多肽。多种抗原可作为分离的混合多肽存在于单一组合物中，和/或可作为上述杂合多肽的一部分。优选的抗原组合含有至少一种(例如1、2、3、4、5、6或更多)‘核心’多肽(如下所述；表V)和至少一种(例如1、2、3、4、5、6或更多)‘可变’多肽(如下所述；表VI)。优选一种核心多肽与一种以上可变多肽的混合物。采用参考文献2的命名法，这些组合的例子包括：(a)GBS322(核心抗原)+GBS 80、GBS 104和GBS 67(所有都是可变抗原)；和(b)GBS 322+GBS 80和GBS 104。一些实施方案中，本发明不包括这种特定的3-价组合[112]和这种特定的4-价组合[113]，尽管它们也符合核心抗原和可变抗原组合的原则。

本发明的组合物将通常直接给予患者。直接递送可以经胃肠外注射实现(例如皮下、腹膜内、静脉内、肌肉内或组织间隙注射)，或通过直肠、口服、阴道、局部、透皮、鼻内、舌下、眼睛、耳部、肺部或其他粘膜给药实现。优选大腿或上臂肌内给药。注射可以通过注射针(例如皮下注射用针)，但也可使用无针注射。典型的肌内注射剂量是0.5ml。

本发明可以用于引起全身和/或粘膜免疫力。

剂量疗法可以是单一剂量时间表或多剂量时间表。多剂量可以用于初级免疫的时间表和/或增强免疫的时间表。初级剂量进度之后可以是增强剂量时间表。引发剂量之间(例如4-16周之间)以及引发和增强之间的适当时间安排可以按常规确定。

细菌感染影响身体的各个部位，因此本发明组合物可以各种形式制备。例如，该组合物可以制备成可注射的(液体溶液或悬浮液)。也可制备成适于在注射前溶解或悬浮在液体运载体中的固体形式(例如冻干组合物)。该组合物可以制备为局部给药，例如乳膏、油膏或粉末的形式。该组合物可以制备为口服给药，例如药片、胶囊或糖浆(任选进行调味)的形式。该组合物可以制备为肺部给药，例如使用细微粉末或喷雾的吸入器的形式。该组合物可以制备为栓剂或阴道栓剂。该组合物可以为鼻、耳或眼睛给药而制备成，例如喷雾剂、滴剂、凝胶剂或粉末剂[例如参考文献114和115]。

本发明组合物的其它抗原性组分

本发明还提供了含有本发明的多肽以及一种或多种以下其它抗原的组合物：

-来自脑膜炎奈瑟球菌(N.meningitidis)血清群A、C、W135和/或Y(优选所有4种)的糖类抗原，如参考文献116所述的血清群C的寡糖[也可参见参考文献117]或参考文献118的寡糖。

-肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)的糖类抗原[例如，119、120、121]。

-甲肝病毒抗原，如灭活的病毒[例如，122、123]。

-乙肝病毒抗原，如表面及/或核心抗原[例如，123、124]。

-白喉抗原，如白喉类毒素[例如参考文献125第3章]，例如CRM₁₉₇突变体[例如，126]。

-破伤风抗原，诸如破伤风类毒素[例如参考文献125第4章]。

-百日咳杆菌(Bordetella pertussis)抗原，如百日咳杆菌的百日咳全毒素(PT)和丝状血凝素(FHA)，也可以与百日咳杆菌黏附素(pertactin)和/或凝集原2和3[例如参考文献127和128]联用。

-流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)B的糖类抗原[例如117]。

-脊髓灰质炎抗原[例如，129、130]，如IPV。

-麻疹、腮腺炎及/或风疹抗原[例如参考文献125的第9、10、11章]。

-流感抗原[例如参考文献125第19章]，如血凝素和/或神经氨酸酶表面蛋白。

-粘膜炎莫拉氏菌(Moraxella catarrhalis)抗原[例如，131]。

-无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)(B型链球菌)的糖类抗原。

-化脓性链球菌(Streptococcus pyogenes)(A型链球菌)抗原[例如，132、133、134]。

-金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)抗原[例如，135]。

所述组合物含有一种或多种这些其它抗原。

在其它实施方案中，本发明的GBS抗原与一种或多种适合用于设计用来保护老年或免疫削弱个体的疫苗的其它非GBS抗原组合。例如，所述GBS抗原可与来自下组的抗原组合：粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermis)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、侵肺军团菌(Legionella pneumophila)、单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)、脑膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitides)、流感和副流感病毒(‘PIV’)。

如需要，可以对有毒的蛋白抗原进行解毒处理(例如通过化学和/或遗传手段对百日咳毒素的解毒处理[128])。

在所述组合物包含白喉抗原的情况下，优选同时包含破伤风抗原和百日咳抗原。类似地，在组合物包含破伤风抗原的情况下，优选地也包含白喉和百日咳抗原。类似地，在组合物包含百日咳抗原的情况下，优选地也包含白喉和破伤风抗原。因此优选DTP组合。

糖类抗原优选缀合物的形式。缀合物的载体蛋白包括细菌毒素(如白喉毒素或破伤风毒素)、脑膜炎奈瑟球菌外膜蛋白[136]、合成肽[137、138]、热休克蛋白[139、140]、百日咳蛋白[141、142]、流感嗜血菌蛋白D[143、144]、细胞因子[145]、淋巴因子[145]、流感嗜血菌蛋白、激素[145]、生长因子[145]、艰难梭菌(C.difficile)毒素A或B[146]、铁摄取蛋白[147]、含有来自不同病原体衍生抗原的多种人CD4+T细胞表位的人工蛋白[148]如N19蛋白[149]、肺炎球菌表面蛋白PspA[150]、肺炎球菌溶血素[151]等。优选的载体蛋白是CRM197蛋白[152]。

组合物中的各抗原通常应以至少1μg/ml的浓度存在。通常，任何特定抗原的浓度应足以引起针对该抗原的免疫反应。

除了使用本发明免疫原性组合物中的蛋白抗原，可以使用编码该抗原的核酸(优选DNA，例如以质粒形式)。

抗原优选吸附到铝盐上。

筛选方法

本发明提供了确定测试化合物是否结合本发明多肽的方法。如果测试化合物结合本发明的多肽且这种结合抑制了GBS菌的生活周期，则该测试化合物可用作抗生素或者用作设计抗生素的先导化合物。该方法将通常包括以下步骤：使测试化合物接触本发明的多肽，并确定测试化合物是否结合所述多肽。用于这些方法的优选的本发明的多肽是酶(例如tRNA合成酶)、膜运载体和核糖体多肽。合适的测试化合物包括多肽、多肽、碳水化合物、脂质、核酸(例如DNA、RNA及其修饰形式)以及小的有机化合物(例如MW在200和2000Da之间)。测试化合物可单独提供，但通常是文库(例如组合文库)的一部分。检测结合相互作用的方法包括NMR、滤膜结合试验、凝胶阻滞试验、置换试验、质子表面共振、反向双杂交等。可通过使化合物接触GBS菌然后监测生长抑制以检测结合本发明多肽的化合物的抗菌活性。本发明还提供了用这些方法鉴定的化合物。

优选地，该方法包括以下步骤：(a)使本发明的多肽接触一种或多种候选化合物以得到混合物；(b)孵育该混合物以使多肽和候选化合物相互作用；和(c)评价候选化合物是否结合多肽或者调节其活性。

一旦在体外鉴定出候选化合物是结合本发明多肽的化合物，则可能需要进行进一步的试验以证实该化合物对于抑制细菌生长和/或存活的体内功能。因此该方法还包括使化合物接触GBS菌并评价其功效的步骤。

用于该筛选方法的多肽可以游离在溶液中、附于固相载体、定位于细胞表面或定位在细胞内。优选地，通过与候选化合物直接或间接相关的标记检测候选化合物与多肽的结合。所述标记可以是荧光团、放射性同位素或其它可检测标记。

用于这些筛选方法的优选的多肽是下面鉴定的‘核心’序列。

概述

本发明提供了含有序列表中所列一个或多个序列的计算机可读介质(例如软盘、硬盘、CD-ROM、DVD等)和/或计算机存储器和/或计算机数据库。

术语“包含”意味着“包括”以及“由...构成”，例如“包含”X的组合物可以仅由X构成，或可以包括其它物质，例如X+Y。

与数值x有关的术语“约”表示，例如x±10％。

“基本上”不排斥“完全地”，例如“基本上不含”Y的组合物可以完全不含Y。在需要的情况下，“基本上”这个词可以从本发明定义中省略。

序列表中氨基酸序列的N-末端残基表示为由相应核苷酸序列中的第一个密码子编码的氨基酸。当第一个密码子不是ATG时，应理解，当该密码子是起始密码子时它将被翻译成甲硫氨酸，而当该序列位于融合伴侣的C-末端时将被翻译成所指出的非-Met氨基酸。本发明特别公开并包括序列表中的各氨基酸序列，这些序列中用N-末端甲硫氨酸残基(例如甲酰-甲硫氨酸残基)代替任何所指出的非-Met残基。本发明还特别公开并包括从任何序列内部的甲硫氨酸残基开始的序列表中的各氨基酸序列。

如上文所指出的，本发明的核酸和多肽可包括以下序列：

(a)与序列表中所述序列相同(即100％相同)；

(b)与序列表中所述序列具有序列相同性；

(c)与(a)或(b)的序列相比，具有1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个单个核苷酸或氨基酸改变(缺失、插入、取代)，这些改变可位于分开的位置或者可以是连续的；和

(d)当采用配对比对算法与序列表中的特定序列进行比对时，x个单体(氨基酸或核苷酸)的移动窗口从起点(N-末端或5’)移动到终点(C-末端或3’)，从而对于延伸p个单体(p＞x)的排列而言则有p-x+1个这种窗口，各窗口有至少x·y个相同排列的单体，其中：x选自20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200；y选自0.50、0.60、0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.91、0.92、0.93、0.94、0.95、0.96、0.97、0.98、0.99；并且，如果x·y不是整数则上舍到最接近的整数。优选的配对比对算法是Needleman-Wunsch全局比对算法[153]，采用默认参数(例如，Gap openingpenalty(缺口开放罚分)＝10.0，Gap extension penalty(缺口延伸罚分)＝0.5，使用EBLOSUM62评分矩阵)。该算法可用EMBOSS软件包中的needle工具方便地执行[154]。

本发明的核酸和多肽还可在这些序列(a)-(d)的N-末端/5’和/或C-末端/3’含有其它序列。

除非另有说明，实践本发明时将采用本领域的技术人员已知的常规化学、生化、分子生物学、免疫学和药理学方法。这种技术在文献中已经充分阐述。参见，例如，参考文献155-162等。

附图简述

无附图。

实施本发明的方式

对以下5种不同血清型的GBS菌株进行基因组测序：‘18RS21’(II型；MLST ST19型)，‘515’(Ia型；MLST ST23型)，‘CJB111’(V型；MLST ST1型)，‘COH1’(III型；MLST ST17型)和‘H36B’(Ib型；MLST ST6型)。在这5种基因组中鉴定出不同数量的编码序列：

菌株	18RS21	515	CJB111	COH1	H36B
						编码序列	2151	2249	2167	2410	2393

在序列表中给出了这11370个编码序列，同时给出了它们的理论翻译产物。这些多肽序列的注释示于表I。

序列表成对给出了序列，其中奇数编号的序列‘n’是DNA编码序列，偶数编号的序列‘n+1’是相应的氨基酸序列：

菌株	18RS21	515	CJB111	COH1	H36B
						SEQ ID NO	1-4302	4303-8800	8801-13134	13135-17954	17955-22740

所述多肽及其表位可用作抗原，例如用于疫苗或诊断试验。

菌株间的同源编码序列示于表II(列出了SEQ ID编码)。为进行比较，表II还包括菌株2603V/R(血清型V；MLST ST106型)[1]和NEM316(血清型III；MLST ST23型)[3]的‘gi’(GenInfo Identifier)登录号。表II的一行包括单个菌株中所有的同源物以及可能的侧向同源物。

与表II相反，表III列出了在任何其它6种测序的基因组中没有同源物的编码序列(即这6种菌株中每一种菌株所特有的)。例如，当需要菌株特异性时这些是本发明优选的编码序列。7个测序的基因组各含有13-61个其它任何菌株中不存在的序列。这种可变性超过在参考文献1的比较性基因组杂交分析中观察到的可变性。

表IV列出了在菌株2603V/R[1]或NEM316[3]中不具有任何同源物的5个新测序的基因组中的编码序列。例如，当需要现有技术未知的序列时这些是本发明优选的编码序列。

表V列出了‘核心’GBS基因，即在所有7个测序的基因组中发现的基因。例如，当不需要菌株特异性时，比如当设计具有高菌株间交叉反应性的诊断试验时，或者当制备将引发具有高菌株间交叉反应性的抗体的组合物时，或者当筛选广谱抗GBS抗生素时，本发明优选采用这些‘遍在’GBS编码序列。表VI列出了可变GBS基因，即在至少两个测序的基因组中发现但未在所有7个测序的基因组中发现的基因。表V和VI的格式如表II。

因此可将GBS“全基因组”分成3个部分：核心基因组、菌株特异性序列和仅一些菌株共享的“非必要基因”。核心基因描述GBS生物学和主要表型性状的基础方面，而非必要基因和菌株特异性基因则为观察到的种间遗传多样性做出贡献并可能赋予其选择优势，如适应不同生境、抗生素抗性以及提高的侵入能力。

构成核心基因组的大部分基因属于持家功能、细胞被膜、调控功能、以及转运和结合蛋白质类。然而，约1/3的共享基因属于假想的蛋白质和未知功能的蛋白质类别，因此提示，基础GBS生物学的许多方面仍亟待研究。然而，由于它们的‘核心’特性，这些序列仍是有用的，比如，它们可用于需要菌株间交叉反应性而不需要知道它们的真实基础生物学功能的情况。假想的基因和未知功能的基因更多地由非必要基因表示，这可能是由于对于了解较多的(即更经常发现的)基因描述了更多功能。菌株特异性基因的功能基本未知也支持了这一观点。此外，该组中与运动和染色体外元件有关的基因特别多，这也支持了大多数特异性性状取决于侧体基因转移(lateralgene transfer)现象这一假设。另一方面，这类基因在核心基因组中表现得非常少，这说明这些重排中只有一小部分在GBS的进化过程中是稳定的。

所有分离物共享的核心(表V)仅占任何单个基因组的约80％，剩余的20％在至少一种其它菌株中不存在(表VI)。测序的GBS菌株共享约1800种编码序列。基因组之间基因相同性的标准被设得较低，因此，即便编码序列在序列中非常分散也认为它们是共享的。因此，核心的大小可能被高估，但它基本上定义了GBS物种的基本特征。当存在其它GBS基因组序列时，这种“核心”可能会减少(通过类比，编码序列可从表V移至表VI)，但出于本发明的目的，“核心”是表V中给出的一组。即便采用这里的序列，加入各新基因组时核心减少，但经该曲线外推表明，核心稳定在约1800个编码序列，且即便加入更多基因组也将维持恒定。

细菌响应可变刺激、应激条件以及对不同生态位的适应性，可调节其生活周期和毒力的一种机制是相转变[163、164]。这种转变通过改变编码区内或直接上游的短重复DNA段(偶然基因)的长度而发生，从而造成移码并影响蛋白质合成。GBS中至少一个重要的毒力相关基因就是通过这种方法调节的[165]，因此，通过鉴定其它相可变基因可鉴定出新的毒力因子。毒力因子对于疫苗接种、抗生素靶等特别有用。表VII显示了这种相可变基因，这些基因是本发明优选的多肽。

应理解，已经仅通过实施例描述了本发明，可对该实施例进行修饰而仍在本发明的范围和精神之内。

表II-同源物和侧向同源物

2603vr	18rs21	515	cjb111	coh1	h36b	NEM316
							22535220	1，3919	8615	12909	14061	22383	24413708
22535221	3	8617	12911	14063	22385，22427	24413709
							22535222	5	8619，8703	12913	14065	22387	24413710
22535223	7	8621	12915	14067	22389	24413711
							22535224	9	8623	12917	14069	22391	24413712
22535225	11	8625	12919	14071	22393	24413713
							22533003	13	8627	12921	14073	22395	23094427
22533004	15	4303，8629	12923	14075	22397	23094428
							22533005	17	4305，8631	12925，12927	14077	22399	23094429
22533006，22535061	19，3631	4307，8305，8323，8325，8327，8329，8787	-	14079，17271	22401	23094430
							22533007	21	4309	9607	14081	22403	23094431
22533008	23	4311	9609	14083	22405	23094432
							22533009	25	4313	9611	14085	22407	23094433
22533010	27，29	4315	9613	14087	22409，22663	23094434
							22533012	31	4317	9615	14089	22413	23094435
22533013	33	4319	9617	14091	22415	23094436
							22533014	35	4321	9619	14093	22417	23094437
22533015	37	4323	9621	13135，14095	22419	23094438
							22533016，22534732	39	4325	9623，12021	13137，14097，16681	21493，22421	23094439
22533017	41	4327	9625	13139，13143，14099	22423	23094440
							22533018	43	4329	9627	13145，13147，13149，14101	22425，22623	23094441
22533020	45，47，49，51	4331	8801	13181	17963	23094442
							22533021	53	4333，4335	8803	13183	17965	23094443
22533022	55	4337	8805	13185	17967	23094444
							22533023	57	4339，4341	8807	13187，13189	17969	23094445
22533024	59	4343	8809	13191	17971	23094446
							22533025	61	4345	8811	13193	17973	23094447
22533026	63	4347	8813，8815	13195	17975	23094448
							22533027	65	4349	8817	13197	17977，18033，18035	23094449
22533028	67	4351	8819	13199，13245，13247，17811，17821，17859	17979，18037，22555	23094450
							22533029	69，71，3965，4017，4061	4353	8821	13201，17803，17891	17981	23094451
22533030	73，75，3963	4355	8823	13203	17983	23094452
							22533032	77	4357，4365	8825	13205	17985	23094453
22533033	79	-	8827	13207	17987	23094454
							22533034	81	4361，4369，8707	8829	13209	17989，22505	23094455
22533035	83，85	4371	8831	13211，13249，	17991	23094456

2603vr	18rs21	515	cjb111	coh1	h36b	NEM316
											13251，13253
22533036	87	4373	8833	13213	17993	23094457
							22533037	89	4375	8835	13215，17895	17995	23094458
22533038	91	4377，4413，4415，4417	8837	13217，13255，17893	17997	23094459
							22533039	93	4379	8839	13219，13257	17999	23094460
22533040	95	4381，4419，4421	8841	13221，13259	18001	23094461
							22533041	97	4383	8843	13223，13261	18003	23094462
22533042	99	4385	8845	13225	18005	23094463
							22533043	101	4387	8847	13227	18007	23094464
22533044	103	4389	8849	13229	18009	23094465
							22533045	105	4391	8851	13231	18011	23094466
22533046	107	4393	8853	13233	18013	23094467
							22533047	109	4395	8855	13235，17875，17941	18015，18039，18041，22631	23094468
22533048	111	4397	8857，13023	13237	18017	23094469
							22533049	113，115，117，3949	4399	8859	13239	18019	23094470
22533050	119	-	8861	-	18021	-
							22533051	121	4405	8863	13265	18023	23094473
22533053	123	4407	8865	13267	-	23094474
							22533054	125	4409	8867	13269	18027	23094475
22533055	127	4411	8869	13271	18029	23094476
							22533056	129	4423	8871	13273	18031	23094477
22533057	131	4425，4427	8873	13275	18043	23094478
							22533058	133	4429，4431，4433	8875	13277，13279	18045，18047，18049，18051	23094479
22533059	135	4435，4437	8877	13281	18053	23094480
							22533060	137	4439	8879	17759	18055	23094481
22533061	139	4441	8881	13283	18057	23094482
							22533062	141	-	8883	-	18059	23094483
22533063	143	4443	8885	13285	18061	23094484
							22533064	145	4445	8887	13287，13289	18063，18071	23094485
22533065	147	4447	8889	13291	18065，18073	23094486
							22533066	149	4449	8891	13293	18067，18069，18075	23094487
22533067	151	4451	8893	13295	18077	23094488
							22533068	153	4453	8895	13297	18079	23094489
22533069	155	4455	8897	13299	18081	23094490
							22533070	157	4457	8899	13301	18083	23094491
22533071	159	4461	8903	13155，13305，17925	18087	23094492
							22533072	161	4463	8905	13307	18089	23094493
22533073	163	4465	8907	13309	18091	23094494
							22533074	165	4467	8909	13311	18093	23094495
22533075	167	4469	8911	13313	18095	23094496
							22533076，22534790	169，3205	6299	12167	16801	21615	23094497，24413378
22533077	171	4471	8913	13315	18097	23094498
							22533078	173	4473	8915	13317	18099	23094499

2603vr	18rs21	515	cjb111	coh1	h36b	NEM316
							22533080	175	4475	8917	13319	18101	23094500
22533081	177	4477	8919	13321，17737	18103	23094501
							22533082	179	4481	8923	13325	18107	23094502
22533083	181	4483	8925	13327	18109	23094503
							22533084	183	4485	8927	13329	18111	23094504
22533085	185	4487	8929，8931	13331	18113	23094505
							22533086	187	4489	8933	-	18115	23094506
22533088	189	4491	8935	-	18117	23094508
							22533089	191	4493	8937	-	18119	23094509
22533090	193	4495	8939	13333，13335	18121，18123	23094510
							22533091	195	4497	8941	13337	18125	23094511
22533092，22533093，22533257，22533270	199，201，503	4499，4875	8943，8945，9475，9497	13341，13345，13663，13681，13685	18127，18135，18437，18451	23094512
							22533094，22533258，22533260	203，505	4501	8947，9477	13343，13347，13665，13687，17743	18129，18137	23094513
22533095	205	4503	8949	13349	18139	23094514
							22533096	207	4505	8951	13339，13351	18141	23094515
22533097	209	4507	8953	13353	18143	23094516
							22533098	211	4509	8955	13355，13357	18145	23094517
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22535130	-	8473	12673	17475	22099	24413620
							22535131	-	8475	12675	17477	22101，22675	24413621
22535132	-	8477	12677	17479	22103	24413622
							22535133	-	8479	12679	17481，17483	22105	24413623
22535145	-	6435	12707	17509，17783	22187	-
							22535176		8529	12771	17567	22245	24413666
22535203	-	8581，8583	12877	17685	22341	24413692
							22535204	-	8585	12879	14029	22343	24413693
-	-	4401	-	-	-	23094471
							-	-	4403	-	-	-	23094472
-	-	-	9109	-	-	23094588
							-	-	4671	9111	-	-	23094589
-	-	4673	9113	-	-	23094590
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							-	-	8339	-	17295	-	23094898
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-	-	-	-	-	18883	23094908
							-	-	-	9707	-	-	23094916
-	-	-	10003	-	-	23095036
							-	-	8313，8687	-	17279，17873	-	23095620

2603vr	18rs21	515	cjb111	coh1	h36b	NEM316
							-	-	6817	-	15641	-	23095712
-	-	6819	-	15643	20403	23095713
							-	-	-	-	15645	-	23095714
-	-	6977	11245	-	22485，22487，22553	24412894
							-	-	8509	12745，13029	17547	22225，22503	24412898，24413653
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							-	-	8503	12739，13011	17541	20557，22219	24412901，24413650
-	-	-	13009	-	20559	24412902
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-	-	-	13005	-	20563，22581	24412904
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-	-	-	12541	17333	21961，22475	24413549，24413557，24413564
							-	-	-	12549	17329	21957，22461，22465	24413561
-	-	-	12553	-	22469，22471	24413562
							-	-	-	-	17335	22477	24413565
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							-	-	8511	12747	17549	22227	24413654
-	-	8513	12749，12751	17551	22229	24413655
							-	-	4459	8901	13303	18085	-
-	-	4479	8921	13323	18105	-
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-	-	5753	10185	14619	19429	-
							-	-	6181	10597	-	-	-
-	-	6209	9981	-	-	-

2603vr	18rs21	515	cjb111	coh1	h36b	NEM316
							-	-	6211	9985	15211	-	-
-	-	6821	-	-	20405	-
							-	-	6957	11227	15785	20537	-
-	-	8315	-	17281	-	-
							-	-	8317	-	17283	-
-	-	8319	-	17285	-	-
							-	-	8321，8331	-	17287	-	-
-	-	8333	-	17289	-	-
							-	-	8335	-	17291	-	-
-	-	8673，8791	-	13161	-	-
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							-	-	-	12551	-	22467	-
-	-	-	12149	-	21599，22457	-
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							-	-	-	12139	-	22447	-
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							-	-	-	12133	-	22441	-
-	-	-	12131	-	22439	-
							-	-	-	12129	-	22437	-
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							-	-	-	12125	-	22433	-
-	-	-	12119	-	21589	-
							-	-	-	12117	-	21587	-
-	-	-	-	16093，17805，17929，17939	-	-
							-	-	-	-	16085，17881	-	-
-	-	-	10831	-	20109	-
							-	-	-	10827	-	20105	-
-	-	-	10017，10019	-	-	-
							-	-	-	10009，12953	-	-	-
-	-	-	-	-	18237，22135，22643	-
							-	-	-	9897	-	20367	-
-	-	-	10799	15375	-	-
							-	-	-	12135	-	22443	-
-	-	-	12141	-	22449	-
							-	-	-	12143	-	22451	-
-	-	-	12481	17143，17947	21903	-
							-	-	-	12605	17389	22031	-
-	-	-	12817	17629	22509	-
							-	-	-	12929	-	18873	-
-	-	-	13045	15817	-	-
							-	-	-	-	17213	21951	-
-	-	-	-	17615	22275	-
							-	-	-	-	17617	22277	-
-	-	-	-	17621	22281	-

表III-特有编码序列

2603V/R	22533205，22533568，22533571，22533574，22533576，22533597，22533706，22533776，22533967，22534356，22534614，22534650，22534875，22534876，22534877，22534880，22534882，22534885，22534886，22534887，22534889，22534891，22534892，22534894，22534895，22534898，22534900，22534901，22534903，22534906，22534907，22534908，22534911，22534912，22534915，22534916，22534917，22534919，22534924，22535035，22535159，22535160，22535163，22535164，22535165，22535166，22535167
		18RS21	1749，3623，3981，3985，3989，3991，3999，4057，4059，4081，4203，4205，4207
515	4359，4367，4803，4805，4807，4809，4811，4813，5289，5295，5493，5497，5499，5505，5507，5511，5513，5515，5563，6887，8267，8269，8647，8683，8685，8695，8725，8727，8783，8789，8797
		CJB11	9213，9237，9239，10005，10681，10809，10811，12795，12823，12827，12949，12951，12967，12997，13043，13047，13087，13091，13093，13105
COH1	13153，13157，13159，13241，13243，13263，15187，15201，15227，15819，15821，15823，15825，15827，15829，16015，16019，16021，16023，16539，16561，16565，17319，17321，17693，17705，17707，17719，17753，17785，17797，17819，17897，17921，17933
		H36B	18691，19065，19067，19071，19073，19075，19085，19087，19089，19091，19093，19095，19099，19103，19111，19113，19115，19117，19119，19123，19125，19127，19129，19131，19133，19135，19139，19141，19143，19145，19149，19165，20099，20401，22529，22531，22533，22535，22545，22547，22557，22559，22561，22565，22571，22585，22589，22621，22641，22667，22671，22679，22695，22699，22705，22715，22717，22721，22723，22725，22733
NEM316	23094662，23094664，23094667，23094668，23094669，23094670，23094794，23094796，23094797，23094798，23094799，23094802，23094803，23094806，23094808，23094809，23094810，23094811，23094812，23094813，23094814，23094815，23094816，23094818，23094820，23094821，23094822，23094823，23094824，23094825，23094827，23094828，23094829，23094830，23094831，23094832，23094833，23094835，23095107，23095109，23095110，23095111，23095112，23095115，23095116，23095119，23095121，23095122，23095123，23095124，23095125，23095126，23095127，23095128，23095129，23095131，23095133，23095134，23095135，23095136，23095137，23095138，23095140，23095141，23095142，23095143，23095144，23095145，23095146，23095148，23095423，23095425，23095426，23095427，23095428，23095429，23095430，23095431，23095433，23095434，23095435，23095436，23095437，23095438，23095440，23095442，23095443，23095444，23095445，23095446，23095447，23095448，23095449，23095450，23095452，23095455，23095456，23095459，23095460，23095461，23095462，23095463，23095569，23095570，23095571，23095572，23095573，23095574，23095575，23095576，23095577，23095578，23095579，23095580，23095581，23095582，23095583，23095584，23095585，23095586，23095587，23095614，23095615，23095617，23095623，23095624，23095626，23095627，24412909，24412910，24412911，24412912，24412921，24412922，24412923，24412924，24413555

表IV-在2603V/R或NEM316中无同源物的序列

18RS21	283，1123，1127，1129，1273，1275，1731，2321，2367，3839，3841，3843，3845，3917，4047，4099，4131，4139，4141，4159，4181，4219，4221，4223，4225，4227，4229，4231，4233，4235，4237，4239，4241，4243，4245，4247，4249，4251，4253，4255，4263，4265，4267，4269，4271，4273，4275，4277，4287
		515	4459，4479，4601，4793，4797，4801，5285，5291，5293，5559，5561，5565，5567，5569，5573，5575，5577，5579，5581，5585，5587，5589，5591，5593，5595，5621，5625，5627，5629，5687，5753，6179，6181，6209，6211，6821，6957，8315，8317，8319，8321，8331，8333，8335，8665，8667，8673，8791
CJB11	8901，8921，9043，9897，9911，9915，9917，9919，9981，9985，10009，10017，10019，10097，10143，10145，10185，10597，10799，10827，10831，11227，12117，12119，12125，12127，12129，12131，12133，12135，12137，12139，12141，12143，12145，12147，12149，12481，12551，12605，12793，12797，12799，12803，12805，12807，12809，12813，12815，12817，12819，12821，12831，12929，12953，13045
		COH1	13161，13303，13323，13459，14397，14401，14403，14405，14507，14557，14559，14619，15211，15375，15785，15803，15817，16085，16093，17143，17213，17281，17283，17285，17287，17289，17291，17389，17605，17607，17611，17615，17617，17619，17621，17623，17625，17627，17629，17631，17641，17643，17645，17647，17691，17721，17723，17727，17805，17825，17881，17929，17939，17947
H36B	18085，18105，18237，18873，18893，18895，18931，19255，19259，19261，19263，19333，19381，19383，19385，19429，19879，20105，20109，20367，20405，20537，20595，21587，21589，21599，21903，21951，22031，22135，22269，22271，22275，22277，22279，22281，22283，22285，22287，22293，22299，22301，22433，22435，22437，22439，22441，22443，22445，22447，22449，22451，22453，22455，22457，22467，22507，22509，22643

表V-‘核心’编码序列

2603vr	18rs21	515	cjb111	coh1	h36b	NEM316
							22535220	1，3919	8615	12909	14061	22383	24413708
22535221	3	8617	12911	14063	22385，22427	24413709
							22535222	5	8619，8703	12913	14065	22387	24413710
22535223	7	8621	12915	14067	22389	24413711
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表VI-可变编码序列

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							22534487	2705	7299，7309	11567	-	21007	24413107
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							22534489	2709	7303，7311	11571	-	21011，21119	24413109
22534523	2757	7387	11639	16251	21077	-
							22534524	2759	-	-	-	-	24413139
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-	2887	7519	11759	16395	21219	24413201
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							22534836	3299	-	-	-	-	-
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-	-	-	12817	17629	22509	-
							-	-	-	12929	-	18873	-
-	-	-	13045	15817	-	-
							-	-	-	-	17213	21951	-
-	-	-	-	17615	22275	-
							-	-	-	-	17617	22277	-
-	-	-	-	17621	22281	-

表VII-相-可变编码序列

可变基因(1)	重复的定位	重复的位置(2)
			SEQ ID NO：1821	5’端	145
SEQ ID NO：1861	5’端	2
			SEQ ID NO：957	5’端	116
SEQ ID NO：1941	5’端	13
			SEQ ID NO：2141	5’端	11
SEQ ID NO：2863	5’端	21
			SEQ ID NO：2887	5’端	295
SEQ ID NO：3191	5’端	18
			SEQ ID NO：2447	5’端	3
SEQ ID NO：3775	5’端	301
			SEQ ID NO：6773	5’端	76
SEQ ID NO：3723	中间	1120
			SEQ ID NO：2313	3’端	3185
SEQ ID NO：719	启动子	40
			SEQ ID NO：4631	启动子	103
SEQ ID NO：2373	启动子	1

⁽¹⁾仅给出了一种菌株的；表II可用于寻找其它菌株中的任何同源物。

                                                 ⁽²⁾相对于ATG

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Claims (16)

1.一种分离的多肽，其含有与选自SEQ ID NOS：2-22740的一个或多个偶数编号的氨基酸序列有至少75％序列相同性的氨基酸序列。

2.如权利要求1所述的多肽，其包含一个或多个选自SEQ ID NOS：2-22740的偶数编号的氨基酸序列。

3.一种分离的多肽，其含有选自SEQ ID NOS：2-22740的一个或多个偶数编号的氨基酸序列的至少7个连续氨基酸的片段。

4.如权利要求3所述的多肽，其特征在于，所述片段含有选自SEQ IDNOS：2-22740的偶数编号的氨基酸序列的T细胞或B细胞表位。

5.一种抗体，所述抗体结合上述任一权利要求所述的多肽。

6.如权利要求5所述的抗体，其为单克隆抗体。

7.一种分离的核酸，其含有与选自SEQ ID NOS：1-22739的一个或多个奇数编号的核苷酸序列有至少75％序列相同性的核苷酸序列。

8.如权利要求7所述的核酸，其所含的核苷酸序列是选自SEQ ID NOS：1-22739的奇数编号的核苷酸序列。

9.一种分离的核酸，所述核酸可在高严格条件下与权利要求8所述的核酸杂交。

10.一种分离的核酸，其含有一个或多个选自SEQ ID NOS：1-22739的奇数编号的核苷酸序列的10个或更多个连续核苷酸的片段。

11.一种分离的核酸，所述核酸编码如权利要求1-4中任一项所述的多肽。

12.一种组合物，所述组合物含有：(a)如上述权利要求中任一项所述的多肽、抗体和/或核酸；和(b)药学上可接受的载体。

13.如权利要求12所述的组合物，其还含有疫苗佐剂。

14.如权利要求1-11中任一项所述的核酸、多肽或抗体用作药物。

15.一种治疗患者的方法，所述方法包括给予所述患者治疗有效量的如权利要求12所述的组合物。

16.如权利要求1-11中任一项所述的核酸、多肽或抗体在制造用于治疗或预防GBS造成的疾病和/或感染的药物中的应用。