CN101153846A - 通过不同基因的五个SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 - Google Patents
通过不同基因的五个SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN101153846A CN101153846A CNA2006101166692A CN200610116669A CN101153846A CN 101153846 A CN101153846 A CN 101153846A CN A2006101166692 A CNA2006101166692 A CN A2006101166692A CN 200610116669 A CN200610116669 A CN 200610116669A CN 101153846 A CN101153846 A CN 101153846A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- gene
- snp site
- primer
- lung cancer
- ercc2
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种检测肺癌易感性的试剂盒。该试剂盒包括同时检测PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针、用于荧光定量PCR检测的常规组件等。本发明的试剂盒通过同时检测分析个体的PARP1基因、CYP1A1基因、XRCC1基因和ERCC2基因上的SNPs位点基因携带型来预测个体对肺癌的易感性。
Description
技术领域
本发明涉及一种疾病易感性检测用的试剂盒,尤其是一种检测肺癌易感性的试剂盒,通过同时检测多聚ADP核糖转移酶家族成员1(poly(ADP-ribose)polymerase family,member 1,PARP1,又简写为ADPRT)、细胞色素P4501A1酶基因(cytochrome P450,family 1,subfamily A,polypeptide 1,CYP1A1)、X射线交错互补修复基因1(X-ray repair cross--complementing gene 1,XRCC1)和切除修复复合物2(Excision RepairCross-complementing Rodent Repair Deficiency,Complementation Group 2,ERCC2)的单核苷酸多态性位点(SNP)来预测个体对肺癌的易感性。
背景技术
原发性支气管肺癌,简称肺癌,为当前世界各地最常见的恶性肿瘤之一,是一种严重威胁人类健康和生命的疾病。肿瘤细胞源于支气管粘膜或腺体,常有区域性淋巴结和血行转移,早期常有刺激性咳嗽、痰中带血等呼吸道症状,病情进展速度与细胞的生物特性有关。
半个世纪以来,世界各国肺癌的发病率和病死率都有明显增高趋势。世界卫生组织(WHO)2000年报告:1997年全世界死于恶性肿瘤的共706.5万人,占死亡人数的12.6%,其中肺癌占恶性肿瘤死亡的19%,居恶性肿瘤死因的第一位。我国1990~1992年的抽样调查显示,在城市人口的肿瘤死亡中,肺癌由原来的第4位上升为第1位,农村上升最快的也是肺癌。云南锡矿的肺癌发病率在1954~1959年间为28.02/10万,1960~1969年间为197.87/10万,1970~1979年间上升到219.10/10万,这在全世界也是罕见的。英国著名肿瘤学家R.Peto预言:如果我国不及时控制吸烟和空气污染,到2025年我国每年肺癌将超过100万,成为世界第一肺癌大国。
病因和发病机制迄今尚未明确。一致认为肺癌的发病与下列因素有关:①吸烟(包括主动吸烟和被动吸烟);②职业致癌因子,已被确认的致人类肺癌的职业因素包括石棉、无机砷化合物、二氯甲醚、铬及其化合物、镍、氡、芥子气、氯乙烯、煤烟、焦油和石油中的多环芳烃、烟草的加热产物等;③空气污染(包括室内小环境和室外大环境污染);④电离辐射:⑤饮食与营养,美国纽约和芝加哥开展的前瞻性人群观察的结果说明,食物中天然维生素A类、β胡萝卜素的摄入量与十几年后癌症的发生呈负相关,其中最突出的是肺癌;⑥其他,美国癌症学会将结核列为肺癌的发病因素之一。有结核病者患肺癌的危险性是正常人群的10倍。其主要组织学类型是腺癌。此外,病毒感染、真菌毒素(黄曲霉)、机体免疫功能低下、内分泌失调以及家族遗传等因素,对肺癌的发生可能也起一定的综合作用。
近年研究表明,肺癌的发生与某些癌基因的活化及抑癌基因的失活密切相关。已经证明的几个癌基因家族包括引起突变的ras族、放大基因的myc族、C-erB2、机制不明的bcl-2、Kit及由野生型变异的抗癌基因p53、p16和RB等。大量研究表明C-myc、L-myc、N-myc和RAF在小细胞肺癌中均有过度表达。非小细胞肺癌中则常可见ras族基因的过度表达。这些深入的研究将为基因预防和治疗肺癌提供理论基础。
SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性标记,是一类基于单碱基变异引起的DNA多态性,被遗传学界称为第三代遗传标记。主要是指由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基转换、颠换,以及单碱基的插入/缺失等。它是基因组中最为广泛存在的一类多态性标记,占大约90%。这些基因组序列变异可以导致个体间表型的差异以及不同个体对疾病,特别是复杂疾病的易感性和对环境因素、药物反应的差异。
PARP1基因位于第1号染色体1q41-q42位置,全长47.3kb,mRNA全长3861bp,共有23个外显子,编码1015氨基酸的多聚ADP核糖转移酶蛋白。这种酶通过聚ADP核糖基化反应修正多种核蛋白。这种修正以DNA为基础,参与多种重要的细胞活动,例如:分化,增殖,肿瘤转移等,同时也参与分子水平的活动,例如修复DNA受损的细胞等等。PARP1的主要功能通常被描述为3个方面:1.DNA修复功能(BER);2.抑制受损DNA的转录;3.耗尽细胞中的能量,导致细胞凋亡;4.参与部分基因的转录调控。这些功能可以修复细胞中受损的DNA,抑制破损DNA的转录,甚至杀死无法修复的细胞,达到抑制癌症发生的作用。研究发现,PARP1功能缺失会提高乳腺癌,肺癌等癌症的发病率。
rs1136410是位于第1号染色体上PARP1基因上的一个T/C多态,引起PARP1基因编码的蛋白第762个氨基酸由Val变为Ala。NCBI公布的世界人群中的该多态的频率分布,T占0.808,C占0.192左右,杂合度为0.311。分子生物学研究表明,PARP1上762号氨基酸由Val转化为Ala,降低了酶的活性,导致多种癌症的发生风险升高。大样本的中国人群的关联分析显示,该位点的多态现象是中国人群中重要的肺癌影响因素之一。
CYP1A1基因位于第15号染色体15q22-q24位置,全长6.0kb,mRNA全长2601bp,共有7个外显子,编码513个氨基酸的细胞色素P4501A1。P4501A1是重要的活化多环芳烃类致癌物的主要酶类,被激活的CYP1A1能将多种环境中的有机物质如:PAH(polycyclic aromatic hydrocarbons)多环芬芳碳氢化合物转化为细胞毒素或其他致癌物质,从而增加癌症发生的危险。国内外的众多研究显示CYP1A1的多态与野生型相比有更高的酶接触反应活性和可诱导性,从而增加肝癌、肺癌、乳腺癌、食道癌、前列腺癌等疾病的危险度。细胞色素P450酶(CYP450)是细胞内重要的I相代谢酶,在致癌物的活化和解毒过程中起着重要的作用。P4501A1(CYP1A1)是活化多环芳烃类致癌物的主要酶类。CYP1A1作为一种微神经元体细胞酶与一些致癌物质的生物激活有关,例如benzo[a]pyrene。同时,CYP1A1易于被TCDD和多环的芳香族化合物所诱变,包括3-甲基胆蒽等实验室用致癌物质。目前的动物实验表明,CYP1A1的表达与芳基碳氢化合物受体(AhR)和Arnt(AhR Nuclear Translocator)的激动剂,以及USF1(Upstream Stimulatory Factor)的拮抗剂有关。同时,CYP1A1通过C2羟基化作用参与雌激素的代谢活动。
rs1048943是位于CYP1A1基因上的一个A/G多态,位于第7外显子462号氨基酸由Ile转化为Val。目前NCBI公布的世界人口频率:A∶G为0.896∶0.104,杂合度0.186。世界人群的关联分析表明,CYP1A1Ile462Val位点ValVal和ValIle基因型在肺癌病例组中的频率明显高于对照组,在女性中风险度尤其突出。基于多个中国人群肺癌发病与CYP1A1 Ile462Val位点的关联分析研究,上千例肺癌个体与健康对照个体的分析,显示CYP1A1 Ile462Val这种位于酶蛋白的血红素结合区的变异,是中国人群中重要的肺癌遗传易感因素之一,在女性中尤为突出。酶动力学研究表明,3种基因型表达的酶活性存在差异。Val/Val活化毒物的能力最强,Ile/Val次之,而Ile/Ile最弱。研究显示,CYP1A1ValVal基因型是中国人群中重要的肺癌遗传易感因素之一。
XRCC1位于第19号染色体19q13.2-13.3位置,全长32.3kb,mRNA全长2087bp,共有17个外显子,编码634个氨基酸的蛋白。XRCC1编码的蛋白对因电离辐射和烷基化物引起的DNA单链断裂能起到有效的修复作用。XRCC1编码的蛋白与DNA连接酶III、聚合酶β、多聚ADP核糖转移酶交互作用,参与DNA的碱基切除修复(Base Excision Repair,BER)通路。众多研究显示,XRCC1基因上部分位点的多态性,与癌症发生有密切的关系。与XRCC1相关的癌症主要有:乳腺癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、胃癌、结肠癌、胰腺癌、肺癌等。
rs25487是位于第19号染色体XRCC1基因上的一个G/A多态,引起XRCC1基因编码的蛋白第399个氨基酸由Arg变为Gln。Arg399Gln位于第10号外显子,XRCC1蛋白BCRTI区域。在世界人群中的该多态的频率分布,G占0.72,A占0.28左右。中国人群中的分布G为0.68,A为0.32。分子生物学研究表明,XRCC1基因上第399号氨基酸Arg-Gln的替代加强XRCC1蛋白与DNA-致癌物加合物的结合能力,从而影响个体的肿瘤易感性。通过大量对于大规模人群的肺癌病例对照研究,XRCC1的399氨基酸突变位点在做单因素分析时与肺癌发生相关,但是分层分析后发现在大量吸烟的人群中,肺癌发病风险降低。ERCC2,位于第19号染色体19q13.3位置,共有23个外显子,基因全长19.0kb,mRNA全长2355bp,编码含761个氨基酸的蛋白。由ERCC2编码的蛋白参与转录偶联的核苷酸切除修复,它可识别与修复结构无关的大范围的损伤,如大的加合物和胸腺嘧啶二聚体,并且是基本转录因子复合物BTF2/TFIIH的一个组成成分。该蛋白具有ATP依赖性的DNA解旋活性,属于RAD3/XPD解旋酶亚家族。ERCC2的功能缺失导致基本转录因子复合物不能正确识别DNA损伤位点,从而使碱基切除修复无法正确进行,导致DNA上的致癌损伤积累。ERCC2基因的突变或者失活可能导致的疾病包括:癌症、着色性干皮病、毛发硫营养不良、柯凯因氏综合症。
rs13181是位于第19号染色体ERCC2基因第23号外显子段Lys751Gln的T/G多态。世界人群中的频率约为T∶G=0.798∶0.202,杂合度0.322,中国人群中的频率约为T∶G=0.91∶0.09。目前的多项研究表明,Lys751Gln的氨基酸替代位于ERCC2蛋白C-末端部,这个位点的多态性与肺癌、膀胱癌、乳腺癌、皮肤癌等疾病有关。ERCC2Lys751Gln位点的多态现象与肺癌特别是肺鳞癌的发生存在显著关联。
rs1799793是位于第19号染色体ERCC2基因第10号外显子段Asp312Asn的G/A多态。世界人群中的频率约为G∶A=0.778∶0.222,中国人群中的频率约为G∶A=0.94∶0.06。目前的多项研究表明,该位点的多态会导致ERCC2参与构成的转录因子复合物的性能发生弱化,从而使得对DNA损伤修复的能力下降,转录因子的能力也同时发生下降,导致一系列诸如肺癌,前列腺癌等疾病的发生。ERCC2Asp312Asn多态性与肺癌特别是肺鳞癌发生有显著关联,该位点的多态现象被认为是中国人群中肺癌遗传易感因素之一。
国内外的大量的关联分析表明,PARP1基因上的rs1136410号SNP位点基因型为C时肺癌的发生几率增加;CYP1A1基因上rs1048943号SNP位点基因型为G时肺癌的发生几率增加;XRCC1基因上rs25487号SNP位点基因型为A时肺癌的发生几率增加;ERCC2基因上rs13181号SNP位点基因型为G时肺癌的发生几率增加;ERCC2基因上rs1799793号SNP位点基因型为A时肺癌的发生几率增加。这五个SNPs位点的多态性可用于评估个体对肺癌的易感性。
发明内容
基于PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点的多态性可用于评估个体对肺癌的易感性的基础上,本发明提供一种检测肺癌易感性的试剂盒。
该试剂盒包括:检测PARP1基因上的rs1136410号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针、检测CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针、检测XRCC1基因上的rs25487号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针、检测ERCC2基因上的rs13181号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针、检测ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针、Taq酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、荧光定量PCR反应缓冲液、去离子水。
本试剂盒中所述的特异性引物对是指针对PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点而设计,能特异性扩增出耙位点的DNA片段。设计这类引物对是本领域技术人员能够轻易完成的。优选地,试剂盒中包含具有SEQ ID NO:1和2所示序列的引物对、具有SEQ ID NO:3和4所示序列的引物对、具有SEQ ID NO:5和6所示序列的引物对、具有SEQ ID NO:7和8所示序列的引物对以及具有SEQ ID NO:9和10所示序列的引物对。特异性引物对可用常规的合成技术进行合成。本领域的技术人员能够理解,本发明的引物不限于这五对引物。
本试剂盒中所述的特异性荧光探针是指针对PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点而设计,能通过荧光定量PCR技术特异性检测出这五个SNPs位点肺癌易感基因型的探针。设计这类探针是本领域技术人员能够轻易完成的。优选地,试剂盒中包含具有SEQ ID NO:11、12、13、14和15所示序列的Taqman探针。特异性荧光探针可用常规的合成技术进行合成。本领域的技术人员能够理解,本发明的特异性荧光探针不限于这五条探针,所有可用于荧光定量PCR检测PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点的探针均在本发明范围内。
本发明试剂盒的组分和含量包括:
1μl 10X荧光定量PCR反应缓冲液,
0.1μl 25mM dNTP混合液,
0.5μl 25mM MgCl2溶液,
O.02μl(5units/μl)Taq DNA聚合酶,
20μM特异性引物对(十条)各0.225μl,
10μM特异性荧光探针(五条)各0.25μl,
去离子水2.88μl。
本试剂盒供一人份检测应用,试剂盒的保存温度为-20℃。
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,或按照厂商所建议的条件。
实施例1.检测试剂盒的使用
步骤1:DNA模板的抽取
用硅胶吸附法抽提口腔上皮细胞的基因组DNA。
步骤2:荧光定量PCR反应
使用可检测肺癌易感性的荧光定量PCR检测试剂盒,其中,含有下列引物对和荧光探针:
有义引物1:5’-TTTGCCATTCACTGTGTTGG-3’(SEQ ID NO:1)Tm值为58℃
反义引物1:5’-ATCCTTGCTGCTATCATCA-3’(SEQ ID NO:2)Tm值为54℃
有义引物2:5’-GTGTTAAGTGAGAAGGTGAT-3’(SEQ ID NO:3)Tm值为56℃
反义引物2:5’-AGGATAGCCAGGAAGAGAAA-3’(SEQ ID NO:4)Tm值为58℃
有义引物3:5’-TAACTGGCATCTTCACTTCT-3’(SEQ ID NO:5)Tm值为56℃
反义引物3:5’-TCCAGATTCCTGGCATTGC-3’(SEQ ID NO:6)Tm值为58℃
有义引物4:5’-ACTCAGGAGTCACCAGGAA-3’(SEQ ID NO:7)Tm值为58℃
反义引物4:5’-TCTGTTCTCTGCAGGAGGA-3’(SEQ ID NO:8)Tm值为58℃
有义引物5:5’-ATCAAAGAGACAGACGAGCA-3’(SEQ ID NO:9)Tm值为58℃
反义引物5:5’-TCAGGAAGCCCAGGAAAT-3’(SEQ ID NO:10)Tm值为54℃
荧光探针1:5’-CAGGCCAAGGCGGAAATGCT-3’(SEQ ID NO:11)Tm值为64℃
荧光探针2:5’-TATCGGTGAGACCGTTGCCC-3’(SEQ ID NO:12)Tm值为64℃
荧光探针3:5’-CGGCTGCCCTCCCAGAGG-3’(SEQ ID NO:13)Tm值为64℃
荧光探针4:5’-AATCTGCTCTATCCTCTGCAGC-3’(SEQ ID NO:14)Tm值为66℃
荧光探针5:5’-TGCCCAACGAAGTGCTGCAG-3’(SEQ ID NO:15)Tm值为64℃
有义引物1,反义引物1和荧光探针1特异地针对检测PARP1基因上的rs1136410号SNP位点多态性;有义引物2,反义引物2和荧光探针2特异地针对检测CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点多态性;有义引物3,反义引物3和荧光探针3特异地针对检测XRCC1基因上rs25487号SNP位点多态性;有义引物4,反义引物4和荧光探针4特异地针对检测ERCC2基因上的rs13181号SNP位点多态性;有义引物5,反义引物5和荧光探针5特异地针对检测ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点多态性。
荧光定量PCR反应体系为总体积10μl,包含浓度为20ng/μl的DNA模板2μl、1μl 10X荧光定量PCR反应缓冲液、0.1μl 25mM dNTP混合液、0.5μl 25mM MgCl2溶液、O.02μl(5units/μl)Taq DNA聚合酶、20μM的有义引物1、2、3、4和5各0.225μl、20μM的反义引物1、2、3、4和5各0.225μl、10μM的荧光探针1、2、3、4和5各0.25μl,去离子水2.88μl。
在ABI9700型PCR扩增仪上进行反应,反应条件为50℃、2分钟,95℃、10分钟,进行60个循环的95℃、30秒,60℃、1分钟。反应结束后在ABI7900型荧光定量PCR仪上读取样品荧光量。
步骤3:SNP基因型分析
将荧光定量PCR仪上显示的最终样品荧光量和正常对照相对比,荧光探针1最终的荧光信号明显高于正常对照,说明被检测DNA的PARP1基因上的rs1136410号SNP位点基因型携带有C型,为肺癌易感型;荧光探针2最终的荧光信号明显高于正常对照,说明被检测DNA的CYP1A1基因上rs1048943号SNP位点基因型携带有G型,为肺癌易感型;荧光探针3最终的荧光信号明显高于正常对照,说明被检测DNA的XRCC1基因上rs25487号SNP位点基因型携带有A型,为肺癌易感型;荧光探针4最终的荧光信号明显高于正常对照,说明被检测DNA的ERCC2基因上的rs13181号SNP位点基因型携带有G型,为肺癌易感型;荧光探针5最终的荧光信号明显高于正常对照,说明被检测DNA的ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点基因型携带有A型,为肺癌易感型。
实施例2.指导人们主动预防肺癌的服务
目前在上海主健生物工程有限公司已经开展了这项服务。
步骤1:DNA提取
对被检测者进行服务前咨询,由被检测者签署知情同意书,填写生活饮食习惯问卷调查表。依照取样盒中的指示使用口腔采样拭进行口腔上皮细胞取样,采用硅胶吸附法进行口腔上皮细胞的DNA抽提。
步骤2:基因分型检测
使用本发明提供的试剂盒,对被检测者DNA的PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点同时进行荧光定量PCR检测,确定这五个SNPs位点的基因型。
步骤3:指导人们主动预防肺癌
通过对被检测者SNPs基因型的分析,出具基因分型检测报告和被检测者个体化健康指导报告。基因检测报告详细说明了被检测者肺癌易感程度的高低以及患病的概率大小。个体化健康指导报告以被检测者的基因分型检测结果为基础,结合其生活饮食习惯问卷调查结果,评估被检测者肺癌遗传易感的相对风险。同时制定出针对于被检测者的个性化健康行动方案,方案包括在饮食习惯、生活方式上的改进建议等,并为被检测者普及预防肺癌的健康知识。
序列表
<110>上海主健生物工程有限公司
<120>通过不同基因的五个SNPs检测肺癌易感性的试剂盒
<160>15
<210>1
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>1
tttgccattc actgtgttgg 20
<210>2
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>2
atccttgctg ctatcatca 19
<210>3
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>3
gtgttaagtg agaaggtgat 20
<210>4
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>4
aggatagcca ggaagagaaa 20
<210>5
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>5
taactggcat cttcacttct 20
<210>6
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>6
tccagattcc tggcattgc 19
<210>7
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>7
actcaggagt caccaggaa 19
<210>8
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>8
tctgttctct gcaggagga 19
<210>9
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>9
atcaaagaga cagacgagca 20
<210>10
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>10
tcaggaagcc caggaaat 18
<210>11
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>探针
<400>11
caggccaagg cggaaatgct 20
<210>12
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>探针
<400>12
tatcggtgag accgttgccc 20
<210>13
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>探针
<400>13
cggctgccct cccagagg 18
<210>14
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>探针
<400>14
aatctgctct atcctctgca gc 22
<210>15
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>探针
<400>15
tgcccaacga agtgctgcag 20
Claims (6)
1.一种检测肺癌易感性的试剂盒,包括:同时检测PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针、Taq酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、荧光定量PCR反应缓冲液、去离子水。
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:所述的特异性引物对是指针对PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点而设计,能特异性扩增出包含PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点的引物对。
3.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:所述的特异性荧光探针是指针对PARP1基因上的rs1136410号SNP位点、CYP1A1基因上的rs1048943号SNP位点、XRCC1基因上的rs25487号SNP位点、ERCC2基因上的rs13181号SNP位点和ERCC2基因上的rs1799793号SNP位点而设计,能通过荧光定量PCR技术特异性检测出这五个SNPs位点肺癌易感基因型的探针。
4.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:所含的特异性引物对选自具有SEQ ID NO:1和2所示序列的引物对、具有SEQ ID NO:3和4所示序列的引物对、具有SEQ ID NO:5和6所示序列的引物对、具有SEQ ID NO:7和8所示序列的引物对以及具有SEQ ID NO:9和10所示序列的引物对。
5.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:所含的特异性荧光探针选自具有SEQ ID NO:11、12、13、14和15所示序列的Taqman探针。
6.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:试剂盒的组分和含量包括1μl 10X荧光定量PCR反应缓冲液,0.1μl 25mM dNTP混合液,0.5μl 25mM MgCl2溶液,0.02μl(5units/μl)Taq DNA聚合酶,20μM特异性引物对(十条)各0.225μl,10μM特异性荧光探针(五条)各0.25μl,去离子水2.88μl。本试剂盒供一人份检测应用,试剂盒的保存温度为-20℃。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CNA2006101166692A CN101153846A (zh) | 2006-09-28 | 2006-09-28 | 通过不同基因的五个SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CNA2006101166692A CN101153846A (zh) | 2006-09-28 | 2006-09-28 | 通过不同基因的五个SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN101153846A true CN101153846A (zh) | 2008-04-02 |
Family
ID=39255615
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CNA2006101166692A Pending CN101153846A (zh) | 2006-09-28 | 2006-09-28 | 通过不同基因的五个SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN101153846A (zh) |
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102373287A (zh) * | 2011-11-30 | 2012-03-14 | 盛司潼 | 一种检测肺癌易感基因的方法及试剂盒 |
CN102534008A (zh) * | 2012-01-16 | 2012-07-04 | 南京医科大学 | 一种与非贲门癌辅助诊断相关的snp标志物及其应用 |
CN102534009A (zh) * | 2012-01-16 | 2012-07-04 | 南京医科大学 | 一种与原发性肺癌辅助诊断相关的snp标志物及其应用 |
WO2016205969A1 (es) * | 2015-06-26 | 2016-12-29 | Universidad De Chile | Biomarcadores y metodo ex vivo para determinar la susceptibilidad para desarrollar cancer pulmonar |
CN106434978A (zh) * | 2016-11-24 | 2017-02-22 | 深圳市核子基因科技有限公司 | 一种用于检测肺癌易感性的试剂盒及其snp标志物 |
TWI617668B (zh) * | 2017-03-15 | 2018-03-11 | Carcinoma risk assessment method | |
CN108034728A (zh) * | 2018-02-07 | 2018-05-15 | 北京诺赛基因组研究中心有限公司 | 用于检测肺癌易感性的snp标记组合、引物组合及试剂盒 |
-
2006
- 2006-09-28 CN CNA2006101166692A patent/CN101153846A/zh active Pending
Cited By (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102373287A (zh) * | 2011-11-30 | 2012-03-14 | 盛司潼 | 一种检测肺癌易感基因的方法及试剂盒 |
CN102534008A (zh) * | 2012-01-16 | 2012-07-04 | 南京医科大学 | 一种与非贲门癌辅助诊断相关的snp标志物及其应用 |
CN102534009A (zh) * | 2012-01-16 | 2012-07-04 | 南京医科大学 | 一种与原发性肺癌辅助诊断相关的snp标志物及其应用 |
CN102534008B (zh) * | 2012-01-16 | 2014-03-19 | 南京医科大学 | 一种与非贲门癌辅助诊断相关的snp标志物及其应用 |
WO2016205969A1 (es) * | 2015-06-26 | 2016-12-29 | Universidad De Chile | Biomarcadores y metodo ex vivo para determinar la susceptibilidad para desarrollar cancer pulmonar |
CN106434978A (zh) * | 2016-11-24 | 2017-02-22 | 深圳市核子基因科技有限公司 | 一种用于检测肺癌易感性的试剂盒及其snp标志物 |
TWI617668B (zh) * | 2017-03-15 | 2018-03-11 | Carcinoma risk assessment method | |
CN108034728A (zh) * | 2018-02-07 | 2018-05-15 | 北京诺赛基因组研究中心有限公司 | 用于检测肺癌易感性的snp标记组合、引物组合及试剂盒 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Shen et al. | Polymorphisms in the DNA nucleotide excision repair genes and lung cancer risk in Xuan Wei, China | |
Catto et al. | Differential expression of hMLH1 and hMSH2 is related to bladder cancer grade, stage and prognosis but not microsatellite instability | |
CN101153846A (zh) | 通过不同基因的五个SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 | |
Beadling et al. | Gene expression of the IGF pathway family distinguishes subsets of gastrointestinal stromal tumors wild type for KIT and PDGFRA | |
Jha et al. | Genome-wide methylation profiling identifies an essential role of reactive oxygen species in pediatric glioblastoma multiforme and validates a methylome specific for H3 histone family 3A with absence of G-CIMP/isocitrate dehydrogenase 1 mutation | |
López‐Lázaro | Cancer etiology: Variation in cancer risk among tissues is poorly explained by the number of gene mutations | |
Li et al. | Patient‐derived upper tract urothelial carcinoma organoids as a platform for drug screening | |
Salinas‐Sánchez et al. | Polymorphic deletions of the GSTT1 and GSTM1 genes and susceptibility to bladder cancer | |
Liu et al. | Molecular epidemiology of non-small cell lung cancer | |
Nikolić et al. | Genetic variants within endothelial nitric oxide synthase gene and prostate cancer: a meta‐analysis | |
Sobti et al. | Combined effect of GSTM1, GSTT1 and GSTP1 polymorphisms on histological subtypes of lung cancer | |
Sonu et al. | Optimal molecular methods in detecting p190BCR-ABL fusion variants in hematologic malignancies: a case report and review of the literature | |
Gao et al. | Impact of AhR, CYP1A1 and GSTM1 genetic polymorphisms on TP53 R273G mutations in individuals exposed to polycyclic aromatic hydrocarbons | |
Cheng et al. | HMGA2 gene polymorphisms and Wilms tumor susceptibility in Chinese children: a four‐center case‐control study | |
CN101140229A (zh) | 一种通过xrcc1基因和cyp1a1基因检测肺癌易感性的试剂盒 | |
CN101140232A (zh) | 一种通过cyp1a1基因和ercc2基因检测肺癌易感性的试剂盒 | |
CN101153325A (zh) | 通过ERCC2等基因的SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 | |
CN101918592A (zh) | 与人类特别预期寿命相关的exo1启动子多态性 | |
CN101153324A (zh) | 通过XRCC1等基因的SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 | |
CN101153845A (zh) | 一种通过PARP1等基因的SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 | |
CN101153345A (zh) | 通过XRCC1和ERCC2上的三个SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 | |
CN101139631A (zh) | 通过XRCC1基因和ERCC2基因的SNPs位点进行肺癌易感性检测的试剂盒 | |
CN101139632A (zh) | 一种通过xrcc1基因和parp1基因检测肺癌易感性的试剂盒 | |
CN101144773A (zh) | 通过PARP1基因、CYP1A1基因和ERCC2基因的SNPs位点进行肺癌易感性检测的试剂盒 | |
CN101144101A (zh) | 一种通过ERCC2基因的两个不同SNPs检测肺癌易感性的试剂盒 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C02 | Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001) | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20080402 |